4Z2H | Genus

Total Genus 163

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	163
sequence length	498
structure length	498
Chain Sequence	STRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPAARTKFAQSCVRIMKDYGFDGVDIDWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTIADGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKITNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPNADYWLVGCDECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRLA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__074693272998274__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__074693272998274__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4z2h/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__074693272998274__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"074693272998274","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4z2h/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__074693272998274__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03e7d99b115de662a18c8f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03e7d99b115de662a18c8f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03e7d99b115de662a18c8f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03e7d99b115de662a18c8f/pdb.gz): 1413 ms

reading 498 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

498 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 32 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:497});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Serratia marcescens
publication title	Creation of Customized Bioactivity within a 14-Membered Macrolide Scaffold: Design, Synthesis, and Biological Evaluation Using a Family-18 Chitinase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Chitinase B
total genus	163
structure length	498
sequence length	498
ec nomenclature	ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date	2015-03-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.10.10.20	Mainly Beta	Ribbon	Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)	Carbohydrate-binding module superfamily 5/12	4z2hA03
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	4z2hA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4z2hA01

4PRWA 4NZCA 1E6XM 3LPFA 3WUEA 3WFZA 3MSGA 1XD0A 2CNCA 1V6YA 2XFFA 4CD6A 1VB9A 1CXHA 1E72M 4AD5A 2OSWA 1W91A 4LX4A 1JZ6A 1W3JA 4F9JA 3AS2A 4GINA 4F9DA 1JAEA 2V5DA 3WMCA 1U2YA 2DT2A 3VDAA 5IDIA 2G3JA 1BVNP 3F5LA 5M5DA 3WKZA 2BY3A 2BHUA 1NH6A 3WL1A 2WK2A 3VIPA 2XHYA 8A3HA 1ZBCA 1C93A 3CBWA 2DSUA 1V3LA 4MB4A 1E0WA 1ZU8A 2PC8A 1PIFA 1UA3A 4CUCA 3NCOA 3WUFA 2EO7A 4H2CA 1J0HA 1XYZA 1HIZA 3AS1A 2W92A 1FP9A 1Q6CA 2E40A 6A3HA 4UFKA 1K9TA 4PTMA 1ECEA 4JCMA 2J7EA 2E9MA 3BCDA 3BH4A 1BLIA 3ZT7A 2JE8A 3W29A 1OINA 2WSPA 5C8BB 2VC9A 3VOCA 2TAAA 1HX0A 3T08A 1JNEA 1JF5A 1V0NA 4C7FA 3UEQA 2Y24A 1F4HA 5I6SA 3NUKA 4DWSC 3N18A 4PTVA 2X2YA 1IV8A 3VILA 3AXHA 4YN5A 4OBSA 4MDPA 4UNIA 4MDOA 3EDFA 4QCFA 4KGJA 1GJUA 4Q22A 1US2A 1MW2A 3VMPA 2DSWA 1WZMA 2E8ZA 4GI8A 4PCTA 3IJ7A 2WB5A 1XH0A 4B9YA 4MJ2A 1EGZA 2EQDA 3EBVA 4PMNA 3FHQA 3VGEA 4HTYA 5IXEA 2J79A 3GDBA 3UERA 3AHTA 2WC3A 4WJXA 3BAYA 1FFQA 1TMQA 1EO5A 4D6IA 2PWEA 4QCEA 1BHGA 1VEOA 4EK7A 3LPGA 2J47A 5D8WA 5KEZA 4URIA 3ZMRA 1B3VA 4E8CA 1JZ3A 1GOOA 2ZUMA 1JZ4A 4CD4A 1EHNA 4XUYA 3CUGA 3SCQA 5E9AA 1UQZA 2HVMA 3SUWA 5EMYA 2VR4A 2QPSA 3WH7A 2VTFA 1E15A 1HXJA 3WFLA 1XSJA 4WKAA 1B0IA 1HNYA 1M7XA 4CCEA 1E4NA 1W9UA 1Q4NX 3NSXA 3HMCA 2ZXQA 1GHRA 1XRVA 4MADA 2OSXA 1UH3A 1ITCA 4QFUA 1UZ1A 3BSHA 1Q6DA 3THDA 3QOKA 1TE1A 4OJYA 2PWGA 2BVTA 2Y8VA 1RP8A 2D23A 1MWOA 5GNXA 1QW8A 3IJ9A 4P7NA 4AYSA 1DP0A 4PMVA 1EQCA 1PPIA 4GZIA 4PMOA 4H8HA 4QLLA 2JEQA 4KRTA 5HXMA 1BQCA 3L2MA 3L4XA 2YL5A 4Y7EA 3PBGA 3TA9A 1PJ9A 2YJQA 2J7HA 1TFVA 3BAIA 1R8LA 3NSMA 1QI3A 3AS3A 4D6HA 2JF6A 3AFBA 2UWFA 3GBDA 1UD6A 4J3SA 1BSIA 3BAKA 3OZOA 3DC0A 2UY5A 1H49A 5BWFA 2D22A 4YHGA 2D49A 3AHZA 3HN3A 4KH2A 1H1NA 3VNZA 3GXFA 1U33A 2VZSA 1OCQA 1CWYA 3VDHA 1K9FA 1AQHA 1CGXA 1BFNA 2XIIA 4WKFA 1XSIA 2WVVA 4DUVA 3IANA 2PF0A 3GZAA 5BCAA 2V5CA 4IM4A 2WC7A 4W5UA 1QNOA 1EDQA 1XC6A 2V3GA 4XZBA 6CGTA 2VVSA 4D6DA 3CPUA 1WO2A 4TX6A 4D6JA 3JUGA 1KQZA 1UHVA 4D71A 2XJ7A 3BLPX 3SUVA 2XSBA 1QBAA 3AI0A 2XM2A 1EDTA 3GNRA 1B30A 2VI0A 1H0IA 1F4AA 4W93A 2WPGA 3A4XA 4AISA 1GOIA 3QHOA 4Z2IA 2WLYA 2CBIA 2CITA 1HJXA 1K9EA 3B9DA 4PMYA 4JKMA 2BXZA 1UD8A 1GCYA 1MW1A 2GK1B 1Y7VA 2CESA 4PMUA 4BQ4A 4N42A 3OLDA 2IXUA 5CPQA 3M7SA 3TTYA 1E3XA 3ZT6A 2F2HA 2QPUA 1B3ZA 4BQ2A 3M07A 3CTTA 3W6LA 1AQMA 3AZSA 1KQYA 2YL6A 3WMBA 3ARUA 2DSVA 4HOXA 2BY0A 2UY3A 3F5KA 1UD3A 3POCA 1VFOA 1C90A 2DT3A 4JFTA 3WNMA 2C0HA 4TX8A 2NT0A 2XWEA 1IZKA 1E6ZA 1E1EA 1KWKA 1JG9A 4UZUA 2MANA 3SCTA 2G41A 5CGTA 1O7AA 3PZGA 5FD0A 2QMKA 1GJWA 5GQBA 1KXVA 3OGSA 1M04A 2VNCA 4AZBA 4ACZA 3VD7A 4MJ4A 1HP5A 3T2QA 1QVBA 4HU0A 3VMOA 4JIEA 1CXFA 4FMVA 2YA2A 1CTNA 4UOZA 4M82A 1J01A 4HMEA 1HJSA 3WEOA 2GFTA 4GO8A 3ZSSA 3DYOA 3AMKA 3MV11 1GONA 3KE0A 3PZ9A 4W8BA 4CVUA 2E8YA 1DTUA 3A6OA 4W86A 4ZFMA 2D2OA 4GI6A 1E1FA 5HBFA 3CUFA 3VTRA 1CYGA 1Q6FA 4TOQA 4CU6A 5M3WA 3APGA 4OOUA 4XV0A 2D3NA 3FY1A 3OGVA 5BRQA 3WD2A 3AS0A 1QBBA 2XVNA 3UESA 2VL4A 1X6LA 1FHDA 3FW6A 1TVNA 1AVAA 1OIMA 1CECA 1AIWA 2EJ1A 4AZ5A 2CERA 1GQKA 1V0KA 2PBGA 2VURA 2VCBA 3CLWA 4FLOA 1OIFA 1JYWA 1W1PA 1VJZA 1MW3A 4JL1A 3PZVA 3ARZA 3GBEA 1KR1A 1E43A 1DHKA 3AHXA 4J3XA 1B2YA 1AQ0A 3ZOAA 3U5YA 4JCLA 1KBBA 1W9PA 5ABEA 1UH2A 1HVXA 3UG3A 3DECA 4CD5A 5JBFA 2WXDM 2J7BA 4Z2KA 3L4ZA 4ZENA 1VBUA 1LJYA 1E0VA 2OYMA 2WMGA 3RM4A 3BGAA 4OZOA 1GORA 3QOMA 4GPNA 1L8NA 1YQ2A 1GQJA 1UR4A 3WIJA 5GPRA 4AY1A 4NI3A 2ZXDA 1M03A 3VM5A 1VENA 2WAGA 1CLXA 2W91A 2CXGA 3L2LA 3MANA 3I3BA 3QR3A 2GVYA 1OD0A 4HPHA 4PMXA 4JFUA 3W38A 5BXSA 3OGRA 4UOQA 4OIFA 4P7LA 3VGBA 4PMRA 1CGTA 4MTVA 3TONA 3S2CA 1A47A 1TA3B 3WD0A 2YL9A 1EOMA 2GDVA 2BHYA 1HF6A 4HZ7A 4E4PA 2BS9A 2VZOA 4Z2LA 2F61A 3WBAA 2VR5A 4PYSA 2C8NA 4AZHA 3ZJKA 2ZX7A 3L4TA 4DM2A 2CCRA 4NRSA 3AJ7A 4KMQA 3BAXA 3IK2A 1TUXA 4JL2A 1UWTA 4V2XA 1XH2A 2X1IA 4JKKA 4HZ8A 1OGBA 2ZUUA 2WWCA 2ZOXA 5HOSA 2VO5A 4PUEA 3RJYA 3AYRA 2ZE0A 1QHZA 3VINA 3WBEA 4RE4A 4ZXOA 3GXMA 2XSAA 2EPOA 4UFHA 4ZE4A 2GDUA 1J11A 2JIEA 2J7CA 1BYBA 1J0KA 1RD6A 1MYRA 2DGAA 3VGDA 1UG6A 3VGFA 1B1YA 3UG5A 1FH9A 2WKLA 3VX1A 3BMWA 2JEPA 2E0PA 3W0KA 1U30A 4UQAA 2IXVA 1ODUA 3WDHA 1E6SM 1DEDA 1WP6A 3I3DA 2DIJA 5FIPA 2WWDA 1XCWA 4AC1X 1ODZA 4Z2JA 4M56A 3BAJA 2GUYA 5ABGA 1Q6EA 3WD4A 5A6BA 1VIWA 3B8SA 3G6MA 3LMYA 4PSPA 4ATLA 3GM8A 2VUYA 3VD4A 2G3IA 1PAMA 4LXFA 1JIBA 4AD4A 1WE5A 1KCKA 1HJQA 1J12A 2IUZA 3ARTA 3MUIA 4N0RA 1V0MA 2EEXA 4V28A 4JHZA 4CU7A 3CMGA 1QI2A 1QI0A 5CXPA 3SUTA 2OWXA 7TAAA 1GZJA 3OBAA 2AOSA 1E6QM 2J74A 3AIVA 3ZJ7A 1X6NA 2XVPA 1H0GA 2W4XA 2G3MA 4QDMA 3WDPP 1US3A 4B3KA 2RTSA 4GZEA 4JFWA 4DUXA 1LQ0A 3L4WA 3VGGA 1V3HA 2XPKA 3MUAA 3WF4A 4V27A 3WH6A 3BXWA 2CHOA 1BYAA 3OA5A 5D9MA 2X09A 1QNSA 3WF1A 2DSZA 1W1VA 1FH7A 1WDSA 3K8LA 3ZM8A 3FN9A 1JD9A 1OD8A 2AAAA 2E4TA 3WDIA 2PBOA 2XTKA 1UR2A 2CHNA 2XVGA 1XCXA 3EDDA 1CDGA 1NQ6A 4KWUA 1HKMA 4ATWA 1GOWA 4BA0A 1VFMA 2J8FA 2XGBA 1VEPA 2RGLA 4D72A 1ZB5A 4D1IA 1EXPA 1JAKA 5CQ1A 5BXRA 1G5AA 4JKLA 1LL4A 4M29A 1CXIA 2D20A 1TCMA 3BCFA 3W24A 1J0YA 4UQBA 4UQEA 3KZSA 3WSUA 1G01A 1QI5A 2NSXA 2EBNA 4AD3A 5GNYA 2X0YA 1QNPA 2WHMA 1D7FA 3CO4A 1CGUA 3CGTA 1SR0A 1W3HA 3CHFA 1V3JA 2VCAA 2J4GA 1UR9A 4DWSD 1ZS2A 4MB5A 2J25A 3DYPA 3KEHA 1CGWA 4R27A 3TTSA 1V3IA 1JDCA 4D6CA 2X05A 2D0FA 1EQPA 1MQRA 4CGTA 1E6RA 4GZJA 3VPLA 4P7OA 3WD3A 2WVSA 3ECQA 5CLTA 3N11A 1J0ZA 4UQ9A 4UCFA 1UQYA 4HA3A 2ZUWA 4JHOA 2OYKA 4W88A 3RDKA 3AHVA 2OWCA 4OBRA 4W7UA 4CKQA 5HPOA 1CEOA 2XM1A 5CSUA 2FHFA 2VX7A 1NWUA 1MQPA 4M24A 1BTCA 3N12A 3FNDA 1BPLB 4U5IA 1JL8A 3MU7A 3WELA 1JD7A 1G9HA 1UD4A 2BVYA 5A6AA 1JYXA 4EKJA 1GOKA 4UTFA 2GJRA 4OOZA 4HMDA 3VM7A 3VDCA 2VZUA 3NDZA 5DEZA 4KGLA 2YOCA 3NSNA 2ZXBA 3RM8A 3CZGA 2E3ZA 4J3VA 4PBGA 3CZLA 3FHAA 1VFUA 1C7SA 1EDGA 2A3BA 4LPCA 1WNOA 4W84A 3D5HA 2X0HA 2YKKA 1CGYA 3AXXA 1VBRA 4D6FA 4AIEA 4DUWA 1WCGA 4LQ1A 2DT1A 4HZ6A 2W61A 1LG2A 5A8OA 2CYGA 3WF2A 1KWGA 4M81A 1TVPA 3KL0A 4AD2A 3FAWA 4IPLA 3I3EA 3RCNA 2EPKX 2ZUTA 4UR9A 1E4LA 1HL8A 3ZJ6A 3VX0A 5CZKA 1B90A 2D1ZA 1E0XA 1WDPA 3WQWA 5I79A 5LA2A 3AICA 1E56A 1HT6A 1V6WA 3K4DA 1JI1A 3WNOA 1I1WA 2VCCA 3J7HA 4RL3A 5M17A 4CN6A 2WLZA 1C3FA 1ZJAA 1H11A 3WDQA 1E70M 1E5NA 5A6SA 2VZVA 3CZ8A 2YLAA 1V08A 1V02A 4MB3A 4H7VA 3UR7A 4P8XA 3PZTA 3D3AA 2EPMX 5KZ6A 4UOJA 3O2LA 5A6BD 4C7GA 2CETA 4A3YA 3II1A 5IHSA 4JAWA 1AMYA 2FGZA 2Y8KA 2WCGA 2ZIDA 4AZGA 3CH9A 5CGMA 1JZ5A 1JZ8A 1PBGA 4BF7A 3T0DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4Z2HA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

pfam database annotations