4Z2I | Genus

Total Genus 162

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	162
sequence length	498
structure length	498
Chain Sequence	STRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPAARTKFAQSCVRIMKDYGFDGVDIDWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTIADGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKITNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPNADYWLVGCDECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRLA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__925970767756441__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__925970767756441__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4z2i/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__925970767756441__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"925970767756441","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4z2i/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__925970767756441__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03e86c9b115de662a18cb9/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03e86c9b115de662a18cb9/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03e86c9b115de662a18cb9/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03e86c9b115de662a18cb9/pdb.gz): 1408 ms

reading 498 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

498 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 31 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:497});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Serratia marcescens
publication title	Creation of Customized Bioactivity within a 14-Membered Macrolide Scaffold: Design, Synthesis, and Biological Evaluation Using a Family-18 Chitinase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Chitinase B
total genus	162
structure length	498
sequence length	498
ec nomenclature	ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date	2015-03-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.10.10.20	Mainly Beta	Ribbon	Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)	Carbohydrate-binding module superfamily 5/12	4z2iA03
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	4z2iA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4z2iA01

3CHFA 2CYGA 5A2AA 3PZGA 3NSXA 3VD7A 5A1AA 1V0KA 3VIIA 4URIA 3O6AA 1XHGA 4EE9A 2XGBA 5CLTA 5GQBA 4GI9A 4QAWA 4HZ6A 1W1VA 1BHGA 4B3LA 1JI1A 3WD2A 3GXFA 2PWFA 3GH4A 5D9PA 2CETA 3UG5A 1ZJAA 3EDDA 5DFAA 1MQRA 1CGVA 1SR0A 2PWEA 3W26A 4W89A 1V02E 4HZ7A 2WLYA 2XSAA 1ZU8A 1E72M 1CXLA 5M17A 1H49A 2BFGA 5FIPA 3MUZ1 1JYWA 1E6SM 2YA1A 4LXFA 9CGTA 4E8CA 1DWAM 4OIFA 1C91A 1W2PA 3IANA 3PTQA 3WDRA 5A2CA 3TONA 1DWHM 3L4TA 2Y8VA 4PMVA 1TFVA 1K9FA 3SCTA 3RM9A 4P8XA 3CUHA 1UG6A 4D6GA 3G6MA 3AIEA 1U30A 3VILA 5BRPA 4F9JA 2EQDA 2EEXA 1W3LA 1W3HA 1NP0A 3ZR6A 3VKKA 2YBUA 2F2HA 2O9PA 2XUCA 1KWKA 3GTNA 2Y5EA 2ZUWA 1GZJA 1UR2A 1UWUA 2D3NA 3GDBA 1HKKA 4HTYA 2VNCA 5BRQA 2WWCA 1OT1A 1H0IA 3BSGA 1C90A 3EDEA 4FK9A 2O9TA 4ACYA 1CLVA 4H41A 3CHCA 5BXSA 3NDZA 3SUVA 2GK1B 4JHOA 4MDPA 3GBDA 2WM0A 4D6EA 2PB1A 5E0CA 2OSXA 3LPFA 1CGYA 1R8LA 2DQXA 1Q6GA 3IJ9A 2ZUTA 1JL8A 4CU6A 2Y8KA 1PEZA 2VT0A 1VEMA 3VGEA 1QBBA 2QLYA 3ALFA 3ZSTA 3MO4A 1GHRA 2VZVA 4CKQA 4GZEA 5A2BA 4WKAA 1X1NA 1MXDA 3OLDA 3ARXA 1PZ3A 2G4FA 1US3A 3TP4A 2GJXB 1KQYA 5AYIA 2V5CA 3WKZA 2DT2A 1W1PA 5CGMA 3VD5A 2D0HA 4PMQA 2QHAA 3ARVA 2VX7A 2OWWA 3PTKA 3VTRA 3AXHA 2YKKA 1U2YA 1VJZA 3N9KA 4AZ7A 5A6MA 3VIGA 2XM1A 1XD0A 2ZXBA 3LPPA 1HJSA 1QNQA 1M01A 4TVCA 2WCGA 1CXEA 3DC0A 2J74A 3OLIA 4HZ8A 3VGBA 3WNOA 4WKFA 1E1EA 3ARPA 1C92A 4QLKA 2ZX7A 3MUY1 3QOKA 1WAWA 3FN9A 1NWSA 2E0PA 4PSRA 5IHRA 5I2UA 3ALGA 3K1DA 2ZOXA 1GPFA 3WF1A 1GQIA 1UQZA 3K8LA 4J3TA 5FL1A 3SEPA 1BG4A 4QP0A 1J9YA 3WEOA 1VRXA 3WELA 1D2KA 4W88A 5A6BA 5IDIA 1DTUA 2D49A 4UCFA 4M81A 1X6NA 2DSUA 4PSPA 1V3JA 4PMRA 5CSYA 1JDDA 3VO0A 2WVTA 3MS8A 1QNPA 3VX0A 4UFMA 4CUCA 2A3EA 5A6LA 1B3YA 2J62A 4LYQA 3N17A 3T09A 2YL9A 4QLLA 2FHBA 1YQ2A 2CIPA 1HL9A 4GIAA 4U3AA 5AC5A 1UH4A 4J27A 3OG2A 1CZ1A 1HJQA 1OT2A 3WY1A 1H3GA 1ESWA 3RO8A 1E3XA 3WH9A 1KCLA 1AQ0A 1H41A 3BMVA 4AEFA 5DF0A 3VD9A 4KWUA 2WWDA 3WNPA 4AWEA 3M6DA 3SUUA 3EBVA 2A3BA 4HA3A 4MDOA 3WMBA 4MNJA 1B9ZA 5CGTA 3T2OA 4P7NA 1E9LA 1US2A 3QHNA 1Q4NX 3THDA 4JFSA 1H09A 3VMPA 2GK1A 1ISWA 4HU0A 3DECA 2DSVA 1QI0A 1BQCA 2C8NA 1VFFA 4W84A 4H04A 4ATWA 4ZE4A 1PX4A 4HPGA 4DWSB 3KEHA 3EDJA 4M29A 4JKKA 1FP9A 2JF6A 3AXXA 4EANA 5F7UA 1DWIM 5A6KA 5E70A 3VM5A 1GCYA 2CBJA 2BHYA 5I79A 1QBAA 3VD3A 2GJXA 4GINA 1HNYA 3M7SA 4WLCA 1PBGA 3MSGA 2BVYA 5HPCA 2YL8A 1E6NA 3QHMA 2YDSA 3BGAA 4ZXLA 1V3HA 4ZEPA 1JF6A 3N12A 1KXTA 3CTTA 2ZX6A 2WB5A 3AYRA 1BSIA 3EMZA 2Y4SA 5LYRA 4TUFA 2J7FA 4JCLA 4MB4A 4TVUA 1ODUA 5E9AA 5M5DA 1NP2A 3TTQA 2ZXDA 1B0IA 4Z2KA 4UZUA 1PIGA 1M53A 1MW3A 1WZLA 1BTCA 1QI5A 1CNVA 2XGIA 3CZJA 2Y24A 2A3AA 1JXKA 3CUIA 2QPUA 2WKLA 4QLJA 3VM7A 1LWJA 1QPKA 4A3YA 4AXNA 3WMSA 3GYCA 3AHVA 1J0HA 2ZUNA 1JD9A 3SIMA 1LQ0A 4OJYA 1TUXA 1C3FA 3GZAA 5EFDA 3AIUA 1PAMA 4CD7A 4BQ3A 2EO7A 3UETA 5I78A 4BS0A 3W37A 4PMOA 4HMCA 2PBOA 2W91A 1AQHA 1TA3B 3EMCA 1KXVA 2BY0A 5FCZA 3BXWA 4UQ9A 4ZE5A 4AIEA 5E09A 2WYSA 2VX6A 5BXTA 2AAAA 2Z1SA 1OCQA 1HVQA 3CZGA 3PTMA 1R7AA 3SCWA 2ZX8A 4PMUA 4HOWA 3RJYA 3TA9A 3UESA 2D3LA 1WE5A 3VNZA 4EKJA 3AS3A 2Z1KA 1OGGA 3PBGA 1QVBA 2VQUA 3VMNA 4D6FA 3FY1A 1HP5A 5ABEA 3BAKA 3GNPA 4PEEA 1OINA 4NZCA 1V3LA 1Q6EA 2X09A 3UG3A 4A3HA 2WVUA 4D6HA 4V2XA 1E0WA 2RGMA 4HMEA 1HJXA 4GQRA 3A47A 2XYLA 2WVVB 1QW9A 3CZLA 3OZOA 2GUYA 5AYBA 1FH8A 3A4AA 1GORA 4ML4A 1UKSA 1V6YA 3L4XA 4DM1A 4IUGA 4GI6A 1UD2A 2FGZA 1GVYA 1PIFA 4FLSA 1KXHA 4WSJA 4PBGA 4AW7A 5A8MA 3NJ3A 3AS0A 3WD4A 3OGVA 3OA5A 2GDVA 1B3XA 3ARZA 1WO2A 2EPKX 1JI2A 1W91A 3VIFA 2J25A 3VGGA 1E4LA 4KRUA 5EB8A 3MSDA 4AD0A 2D23A 4JZ5A 4PUEA 3ZT6A 4CN6A 3W28A 3ARQA 2XVKA 3UCQA 1QOXA 1XH2A 3ZJ7A 2X8RA 4L4OA 3PZOA 4UQDA 2NSXA 2QMKA 1UH3A 1VBRA 1OD8A 1CXIA 1M7XA 4W93A 1V6XA 3WF0A 1GJWA 2CERA 3SCQA 3W6LA 1TG7A 1WCGA 1QI4A 1WPCA 2IUZA 1CIUA 1KWGA 1CENA 5C71A 3AJ7A 1VEOA 2CHNA 2F61A 1J01A 1GUVA 2ZUMA 5JH8A 2WZHA 5E0FA 1VJSA 5LA2A 4XV0A 1CLXA 2E8YA 2UY2A 4U31A 1JD7A 2JEQA 1ISXA 4J28A 4AZGA 3W53A 3WDPP 1UH2A 4C7GA 1EA9C 2UY5A 1UQYA 1KGWA 2XHYA 1UUQA 1VFOA 3KL0A 4B15A 3AMCA 4JKLA 1B90A 5I6SA 2G3MA 2J8FA 4D1IA 1WP6A 3MMWA 4AY1A 2CESA 3EYPA 5CG0A 3O9NA 1J10A 3W24A 2ZICA 3ARYA 1JYNA 1RD6A 1JAEA 4IPLA 1D7FA 2XJ7A 1WKYA 2IXVA 5KEZA 1J0YA 3VDAA 1J12A 3ZM8A 5FL0A 1F4HA 4WKHA 1Q6CA 2YL6A 4ZENA 1B3WA 2EBNA 1ZB5A 3VIOA 4MJ4A 3CZEA 4U5KA 5BCAA 3WUGA 4M24A 3U57A 3AISA 3HU7A 5JBEA 3KE0A 2VZUA 1RP8A 2WVSA 4D6DA 1NQ6A 2V3DA 1XH0A 1IT0A 3WF4A 5A6AA 1V3IA 3RM4A 2VOTA 1EH9A 4FLQA 3WNNA 2RGLA 3EDKA 1EDTA 4KGLA 2J7HA 2VZTA 2BXYA 2GFTA 1CXKA 3VPLA 3QGVA 2V5DA 3MV11 2BY2A 1JZ6A 2DGAA 4K68A 1VEPA 1UWIA 3L4VA 1G01A 4JHZA 4FLOA 4LGXA 5FOOA 4JL1A 2CHOA 4MB1A 1L0PA 4KMQA 1WZMA 1E6QM 2WCSA 2XG9A 3PZMA 4PYSA 4ATLA 4CD8A 4WSKA 3WF2A 3AMDA 3MUAA 1W9PA 4MNMA 2YLLA 1ISYA 1LLOA 3AQUA 3UERA 4ACZA 3B8SA 5CXPA 3CH9A 4GQQA 3L4YA 1ZL1A 1GJUA 4AISA 1GOWA 5HOSA 4D6JA 3AMKA 4MADA 1XGZA 1ZBVA 3WQ8A 4GI8A 5D9OA 5ECUA 3W29A 3F5LA 5A8OA 1KCKA 3VIPA 1Q6DA 1FP8A 1CYGA 1XRVA 2VRKA 4XUYA 4PCTA 5I3DA 1GOKA 3WMCA 1XSIA 4N42A 1JAKA 2XM2A 4BCEA 1VB9A 1E0VA 2JFEX 3CO4A 1OGBA 3M07A 2D1ZA 3FAWA 3WD3A 5GNYA 2NW0A 5HBFA 2XFYA 1C7TA 1FHLA 4TVDA 3S2CA 1AIWA 3WBEA 4FMVA 1NWTA 3AZRA 3PZTA 3FHQA 1G94A 3NCOA 1DEDA 3RDKA 3EMQA 5C70A 1HXJA 1MYRA 2E9MA 1F4AA 3WF3A 1XD1A 4NI3A 1XCWA 1OGSA 1TZ7A 5M3WA 4WJXA 1N82A 1UR1A 4MNLA 2XVPA 3F4VA 1CDGA 3AICA 1TR1A 3A6OA 3DYOA 3PZQA 5JIWA 1UWRA 1BFNA 3PZUA 3VNYA 4C7DA 3U5YA 2ESCA 4XX6A 4M8UA 4RL3A 4W5UA 3AI0A 3GXMA 2CKRA 4NSBA 4JL2A 1UD5A 1C93A 1EGZA 4A4AA 3WQWA 1RH9A 3WUFA 2CITA 1HF6A 2W5FA 4HOXA 4AIOA 3BAXA 3PZNA 1R85A 2GVYA 2J78A 1FHDA 5D9MA 5CLWA 4AZ6A 1PX8A 3ARUA 4QCEA 2WBKA 5BROA 1NOWA 1MXGA 1ISZA 4W7VA 3W25A 3AXIA 1AVAA 2Y2WA 3K8KA 3HJEA 5IFPA 1B3ZA 3SUSA 1V0LA 2BVDA 3WH6A 4RE2A 3I3BA 3IJ8A 1E15A 1CWYA 2XFFA 2BY3A 2G3NA 4UNIA 1FFQA 1ZBCA 1W9XA 3A3HA 1B1YA 2QF8A 3CLWA 4UQCA 2OSWA 3WFZA 1LL4A 1W3KA 1GQKA 2PWGA 1QI2A 4BQ2A 1NM9A 5A69A 3UR8A 2JEPA 5ABGA 2BY1A 3GXIA 3W4RA 3ZJKA 2VX4A 5EMYA 3HN3A 1KBBA 4DM2A 4UOQA 5AC4A 3UR7A 2CCRA 1HIZA 3W38A 4F66A 1E56A 3NUKA 4H8VA 3WH5A 1E40A 1GONA 3U7VA 4XB3A 2WMHA 3KZSA 5A8PA 4H7VA 2X0YA 1MQQA 1JF5A 1OB0A 1UR4A 2DIJA 2V3GA 1MWOA 1FA2A 3KWXA 1CECA 4Z2JA 4IPNB 4MTVA 5A8QA 2DH2A 2V3EA 4PMZA 1GOQA 1XYZA 4Q22A 3QOMA 4V28A 2WHLA 1H2JA 2EXOA 5A6BD 1J11A 3W27A 5ABFB 4RE3A 1KR1A 3AHTA 3B9EA 1E5NA 1VBUA 5HNNA 1GOOA 1I1XA 1B31A 4H2CA 4ZFMA 4Z2GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4CN4 A;  2G3J A;  3O2L A;  3EDF A;  2X05 A;  3AIQ A;  1QHZ A;  1CGU A;  1OBA A;  2VCB A;  2DIE A;  2PF0 A;  2V3F A;  1UKO A;  2VL4 A;  5CQ1 A;  4BQ5 A;  4GXP A;  3WN6 A;  2J8G A;  1A3H A;  3CPU A;  1G9H A;  3WBA A;  4UR9 A;  5LA0 A;  2J7E A;  3SCV A;  3CUF A;  1U33 A;  4HA4 A;  3RJX A;  1M04 A;  4DUV A;  4AZI A;  2G8Z A;  3K8M A;  1GQL A;  1HKM A;  1UKP A;  3BMW A;  3VIH A;  3DHU A;  1H5V A;  2BXZ A;  1HL8 A;  1OIM A;  2EPN A;  3WDH A;  4JCM A;  1W3J A;  2VTF A;  2YDQ A;  5DT5 A;  5D9N A;  4UQE A;  1HJW A;  5CPS A;  3MMU A;  4J3V A;  3J7H A;  3F5K A;  1ZJB A;  1JIB A;  3WQ4 A;  1DP0 A;  3AIB A;  1E55 A;  3L2M A;  2OSY A;  4LPC A;  3L4W A;  1UD4 A;  3GH5 A;  4X0N A;  3WQV A;  2YJQ A;  4W85 A;  4OKD A;  4GO8 A;  2VX5 A;  1JDC A;  2WMI A;  4PTX A;  4Y7E A;  1V6V A;  4S3J A;  2UY4 A;  3UG4 A;  1X6L A;  1G0C A;  3ZO9 A;  1K9T A;  1CEO A;  1OM0 A;  4AYS A;  4ACZ B;  3K4A A;  4BQ4 A;  1AMY A;  3VIJ A;  4EAM A;  2VZO A;  1VEN A;  1ITC A;  4MAZ A;  3DHP A;  3KL5 A;  3BCF A;  4D1J A;  1KGX A;  5LA1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4Z2IA

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