3C18A

Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (zp_00538802.1) from exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 a resolution
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
GMEQATRTIYSEYAAYPETQGIIAVEKRQPRDSLTDQFDVLLLVITRDPSVEWTVKHYRLNTLRVSLHLVHEQVLSRWLILNANRRAVHWVSEGTIIFERNDYLTDLKKQLRNFPETERCLQMSLSFAKLLRRFQDGRNLFSRGNYYDAYTHVHHALHHLARLSVLEKGAHPEVVVWEQARLDDPDVYKLYEQLLLSEETLEQRIHLALIGLEHLLQSKVLSGGKYLFEVMRERDRPWTMHELMEESRLTELKVDLGSLVDFFIRKGLIRISYQRTKGLGVELVTYEPVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (ZP_00538802.1) from Exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 A resolution
rcsb
molecule keywords Nucleotidyltransferase-like protein
molecule tags Transferase
source organism Exiguobacterium sibiricum
total genus 107
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14540 NTF-like Nucleotidyltransferase-like
A PF18576 HTH_52 Helix-turn-helix domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3c18A03
1.20.120.330 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Nucleotidyltransferases domain 2 3c18A02
3.30.460.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 2 Beta Polymerase, domain 2 3c18A01
3HRMA 1D8KA 2PXIA 1IN6A 3ZP5A 1KQ0A 1FYLA 1LB2A 2HWVA 1R1UA 2JPUA 4UD4A 3RQFA 2XAHA 3L7WA 1K05A 1H9TA 4QZHA 2Q2EA 1J59A 4BH9A 4WC3A 2EFQA 1BPEA 3JPRA 8ICBA 3QP6A 5DD8A 1J7KA 2PMUA 3JPTA 4WX9A 1R5HA 4LMYA 1RNLA 5J2EA 3N4MA 3REOA 3WTXC 4UVCA 4IQWA 4LLGF 4WBYA 2VBWA 2XGXA 4PH5A 3CO6C 1OR7A 4F5PA 1IRFA 5FLXK 1ZHFA 4GYGA 4X4OA 2JT1A 2O5AA 2LF7A 1XMAA 1UFMA 2PJPA 3SFZA 2F2EA 4X4SA 4YIFA 2W85A 2G7HA 3HRUA 4X4QA 1OYWA 3E5UA 5EOZA 4AVPA 3DXJF 3MGHA 1B4AA 4YFNF 2MA3A 2O1PA 4OMZA 5D8KB 5LRRA 1IRGA 3T8TA 3VODA 2Z5UA 4OMYA 2OD5A 2HDCA 4LLNA 1RIOH 1KNYA 1QVXA 3ECOA 4EBJA 1CGPA 1V4RA 3H38A 5DKWA 4HX8A 4BHCA 4RT2A 4L0YB 1BI0A 1ZG3A 4YIIA 1HKTA 4AT8B 4Y17A 4CO8A 1XCBA 5JR3A 3JTHA 1YW7A 3I64A 1K78A 9ICJA 3LA7A 3OOPA 3UQ2A 8ICZA 5JI6A 3WE2A 1V4AA 2EK5A 3ZMTA 4D0PA 1FLIA 2VT3A 2HYGD 5D49A 4I28A 2KIMA 2PLYA 1U6GA 2YR2A 2EB7A 1U3EM 1R1VA 3CDHA 1XSDA 2CGPA 3AU2A 2VOOA 5LGTA 2PG4A 5E8GA 4O9MA 5CVVA 2YWAA 4M9GA 1L3LA 4R8HA 4IJAA 4FHVA 3BOQA 2K7LA 2DI3A 1IN4A 2L3DA 1OYYA 3M8EA 3L2CA 4GO1A 2VT2A 4XLPF 2QBYA 7ICIA 4HQEA 4XLNF 3R61A 4LB5A 3LQQA 1JMSA 1NHAA 3WG9A 1A04A 4G6QA 3LA3A 2M45A 1F5TA 9ICEA 2HTJA 1HKQA 1ZQEA 4EJVA 3I5UA 5LHIA 5A2QK 1YS7A 2IW5A 2XIGA 2P5LC 3GM2A 3MZYA 4AT7A 3O2PE 2P66A 1UFBA 4UB5A 1S6LA 3VB2A 4AD9A 2M5WA 2P7CB 3ZN0A 1R8CA 5DDYA 2A5YB 2XAQA 1O57A 1QGPA 4OIPF 5EEGA 4LJZF 1S3JA 1D8JA 2R7FA 1W5SA 2ZH9A 2VC1A 2HYFA 4KMUX 5CVJA 1AOYA 2KJBA 2ZKZA 2EJRA 4XEVA 3QU3A 4X4PA 1KYWA 2KRFA 4NKUA 3IC7A 9ICKA 4RQ1A 3TOAA 1O3RA 2ZJ2A 9ICOA 3T0YA 4L5IA 3RDIA 1MIYA 5D8LB 4YD2A 1SD5A 4MF8A 2EFPA 1BPBA 2FF4A 2V9VA 3H3UA 1R36A 2X4HA 1JXSA 3I71A 5BQTA 4U88A 3AUOA 2L02A 4M6XA 5AIPA 3PMNA 1XGSA 5J2JA 4XQ8A 4AWXB 2FMYA 2IA0A 2KIFA 1XMKA 3E5QA 5HDGA 1XD7A 4MQ9F 4JWNA 2XROA 4FHWA 2HOEA 2NNYA 2UXXA 3OV7A 1K78B 3GUDA 1U5TA 3G3ZA 2DPDA 4I2IA 3F8MA 4M9LA 4WBZA 1YIOA 1JHHA 2DTRA 4RB1A 3AQNA 2MLKA 3KLOA 3RJPA 1YTYA 3UXOA 2BCQA 3I58A 1F1ZA 3OV8A 1FBUA 3MCZA 5IIMA 2COMA 4KN7X 3BZ6A 3FZVA 3J80K 5DCMA 1FWZA 1W5TA 3F8FA 2PQ8A 3LQCB 1BC8C 4A0XA 4HLYA 2FOKA 2LK4A 3HOTA 4DNCA 2VONA 4U0WA 3VFZA 1QZYA 2STTA 5DD4A 7ICEA 2VBXA 4RQ8A 2AXLA 2M30A 1MJAA 3F8NA 2IVMA 2YU3A 3MWMA 3PQJA 2M87A 1XCVA 3EYYA 5A2QZ 2E7WA 2P6TA 3RPQA 1RUNA 7ICKA 1UHMA 8ICKA 4UD5A 4KLQA 2CSOA 4LZGA 3KP5A 2A07F 4FH5A 5D46A 2ZFWA 4KIGA 3T1BA 1OKRA 3CTAA 4UAWA 1ZQQA 4U0YA 4P9FA 2FE3A 2QUFA 5HHHA 3GDXA 4G8XA 4G7HF 4FHTA 1U8RA 3KP6A 4Q5SF 3M9AA 3UQ0A 3RYPA 4FX4A 4RPXA 3T5XA 2GXBA 1FT9A 3FX3A 4I2GA 3ISPA 4R1HA 3R60A 4YFKF 2DK8A 4OINF 2BBYA 3I59A 3F21A 3ISCA 1PP7U 1R58A 4PGYA 2X0LA 1PX5A 1ZQNA 3HYIA 3ECHA 3C1DA 5J8FA 2Z33A 2J5PA 4QZDA 5LBQA 5L3FA 2OQGA 4QZIA 5IT9K 3VEPA 4TUSA 4U7DA 3WTWC 2EWNA 4I7HA 3JPOA 1XSVA 2JSCA 2IP2A 2VBYA 2IRFG 5HS8A 1IUYA 4QZEA 1U5TB 2C6YA 2VBZA 4HW0A 5J0RA 5L3GA 4KLLA 5E1ZB 4KLHA 4PHEA 4ATBA 2DRBA 4NM1A 4WXDA 2PBEA 4BYYA 3ABUA 1W7PA 2O0YA 2XRNA 3L09A 4X4UA 2GWRA 4MTDA 1ON1A 2HQRA 5H6QA 2ZNYA 1B1BA 3HRSA 1BPDA 1JAJA 5ICFA 5DCMB 4KIBA 4RGXA 4UAZA 1MIWA 3HSFA 4ENMA 4LD5A 4R65A 3GX4X 3K7DA 1QPMA 3FWEA 4Z6FA 1I1SA 2LF8A 1TNTA 4X5VA 4AIKA 5HRKA 1R22A 3P7NA 1JGSA 1Q78A 3I54A 2FMSA 2Y75A 4WXHA 1NO5A 4HZFA 1KU3A 1R00A 3AAFA 3MBYA 2M2WA 5IIKA 4I2FA 3DPTA 1J9IA 1RZTA 3KZZA 4AIHA 4HF0A 3O10A 1UHWA 5CB1A 3C8GD 4ETSA 3NEUA 2FEZA 5DV5A 3C5GA 3WU1B 4YMMA 4R79A 2PFBA 4EQQA 1R23A 5J0YA 5J0WA 4EJTA 4I0BA 2HEOA 1IXSB 4NLNA 2A3SA 4EP7A 4I01A 3GFJA 5CWRA 2R3SA 1G3YA 3V7CA 3MEXA 4I2CA 2XAFA 3ROUA 3WFPA 1OU5A 9ICNA 2UXNA 3RJGA 4NB5A 1TFWA 1IZ1A 3W6KB 1IW7F 4Y13A 3F72A 3KP3A 3JAMZ 1K04A 2H6BA 3G73A 2VN2A 4YD1A 2O6GE 2CYYA 5DYMA 3ZMZA 4AT8A 7ICQA 5F2VO 4MQVA 2L4MA 4RAYA 3PMLA 9ICPA 1TQMA 4UV9A 3QOPA 1YG2A 3NYBA 5E8IA 5HRLA 4GGGA 1EH8A 2EFNA 4IQVA 4RWQA 3WTUC 4I2DA 5TZVA 1F9NA 2A6EF 3TQNA 2W25A 1SAXA 4M9JA 3HUGA 3LA2A 3DEUA 1TW3A 5IIOA 4XEKA 3ABTA 4NM2A 7ICHA 1MJBA 1BJAA 1ZQIA 4UAYA 4RPYA 1L0OC 4GXKA 1I1GA 1U2WA 3H3AA 3JSOA 2VOPA 5D6EA 3JPNA 4LG0B 4HLXA 3V72A 2XHKA 3KP7A 5HS7A 3HJ4A 2RKHA 1O3QA 1KU9A 2P8TA 1TV9A 4CXFA 1J5YA 4CYDA 1XSNA 2K86A 3H39A 2ELHA 9ICHA 1P4WA 3E6CC 2EA4A 4RQ5A 1T98A 5K1YA 1ZJNA 5J2FA 4IQUA 1BIAA 1JHFA 1ZGJA 3E3VA 2YX4A 2OA4A 4TURA 4FH3A 3NRVA 5IILA 9ICRA 1ZZPA 4KDPA 1SFXA 2WWYA 4FHPA 1DPRA 1BPXA 1I5ZA 5HVQC 1REPC 1EH7A 4I2BA 1HXDA 5FD6A 3L00A 4ZYHA 2GAUA 4P2HA 1YLQA 5D5WB 4EM1A 2D2WA 4S3NA 1O3UA 2FMPA 5K5RA 4KN4X 3UXNA 2QM3A 1TLHB 4XQ7A 4KLTA 4OIQF 1P92A 1ZQDA 1R7JA 4GXJA 3GO5A 3WFQE 7ICUA 3QU6A 1ZQVA 1G3WA 1NOMA 3PNCA 3DPLC 4R63A 4EJOA 2H09A 3U9GA 1AWCA 2DU9A 2WTEA 2GIVA 4Q47A 5BOLA 4ESBA 1IXCA 5TJJA 4GXOA 3IWZA 1KGSA 5BPCA 4L18B 4QZBA 4F5QA 2IJLA 3DKWA 3EQLF 5LHGA 3ELKA 7ICMA 4WC0A 3RQEA 4QZCA 5J0XA 4IRIA 4RWOA 1STZA 2XAJA 2FSWA 2GA2A 4IPAA 1MGTA 4X4VA 4AT9A 2LDUA 8ICFA 3DF8A 1WOLA 3C3WA 1ZQZA 4ZH4F 5HLHA 4JBAA 3L9FA 4MNUA 3QRFF 3DFGA 3B0YA 1S8NA 4KA4A 2G7UA 1DP7P 1KU7A 4HYEA 1ZQKA 2L6HA 3QAHA 2KJCA 4JWMA 5L3CA 3V7KA 1T2KA 2O3FA 3RPUA 2J5OA 4A6DA 4QLCU 1ZQWA 4A5MA 2DR9A 3ZQ7A 2JZYA 2O61A 4IRHA 3RJKA 7ICVA 4CDGA 2IHMA 1JN3A 1HQCA 1R1TA 3FMSA 2QQAA 4I02A 4ON0A 4L9VA 5ILSA 2FNAA 3V8LA 3MFNA 4RS8A 8ICHA 1KQ9A 1HBXG 3ERED 2ZH2A 3KETA 2CG4A 2DAOA 1YS6A 1B59A 2HKXA 3K2ZA 4X0BA 2H6CA 2YSRA 4RB3C 3C5FA 2DQLA 1YYVA 3AQMA 3LK9A 4GYIA 2M2TA 2FNPA 2KK1A 1O3SA 4M04A 4KLGA 1XSLA 1G4DA 1HW5A 4KMFA 1O7FA 3MDAA 3T8RA 1TVAA 4HDUA 2JPCA 3EUHA 3E6DA 3RH5A 4UB4A 3AQLA 4G7OF 1BI1A 9ICTA 8ICLA 3CO7C 1ZG1A 3OVSA 4O5KA 5F64A 1JQRA 4B8XA 3HHHA 4M5DA 2FA5A 3HRTA 4XUSA 4EGYA 3F8CA 3O6BB 3EETA 2E1CA 1ZN2A 2QYOA 2V1XA 3BROA 4O5EA 2VC0A 3ZMSA 1ZG5A 4N9HA 1ZLKA 1ZQOA 1BBYA 4PZJA 4BHBA 2NRAC 1T38A 1FY7A 1IAWA 1ZLJA 2DW4A 1BI3A 4M9NA 3M1EA 1B6AA 3TO9A 4HF1A 3RKXA 1X3UA 4LFUA 2IA1A 1BI2A 1HW1A 3RJJA 3TGNA 3RTRA 4HX4A 4WC2A 4UBCA 3B71A 2VANA 2HS5A 3GF2A 2EV0A 3AQKA 4ZZDA 4QZFA 2BPCA 3H37A 2PFPA 3KFWX 4DQ2A 1TQIA 2DO7A 1KU2A 3TDUC 2DRAA 2F5FA 1QBJA 1ZYRF 3HOSA 1OPCA 3RYRA 2M2VA 1K7AA 4RQ3A 5ED4A 4AT9B 5DECA 3C18A 4WC7A 2CQKA 3B73A 5J2IA 1ZH5A 4O6JA 5CA7A 1IF1A 3U0CA 2YPRA 3IRQA 1LVAA 3KLNA 1Z1DA 4LLLA 5DBCA 1H9GA 1SD6A 2MH9A 3QPTA 3ISBA 4F7ZA 3GXOA 5D5UB 3C66A 3BPVA 1F4KA 4K4GA 5AONA 2V1UA 3UPSA 4RQ7A 4QZAA 3WFSC 2CO5A 3FXQA 4KLIA 4IG8A 5HC9A 1ZARA 4EGZA 3FHZA 2P5VA 4CICA 2K4BA 3C8GA 4TUPA 1O7LA 3WTZA 5HRDA 5ERIA 4P96A 1OYIA 1ZQLA 2BCRA 1I6XA 2UWMA 2QWWA 3E5XA 5HLGA 4E70A 4TUQA 4PHPA 4HV5A 2DBBA 5HRIA 5J0OA 5HOOA 3HTUA 2P4WA 2PEXA 1JOGA 1FYMA 2HKOA 4P4PA 8ICIA 1G6NA 2NNNA 4PGXA 4I0AA 2VE9A 2FXAA 5BS6A 1D3YA 1GXQA 2VXZA 3P9KA 3K9TA 5DB7A 3GFIA 5DDGA 3RJIA 3LQRA 4OIRF 4RQ0A 4Q4ZF 2D45A 1R89A 4YG2F 4M71A 4L0ZB 3F6VA 1WOTA 4FHYA 3LWFA 2K27A 3V8KA 4WK8F 1Y0UA 5DEDA 4EJWA 2M1BA 1Z6TA 4L5JA 4OOIA 2E1NA 4GCVA 3LFKA 4M9SA 3RKYA 5D5XB 4RPZA 2W9MA 3K0LA 1LDJA 3FXUA 5IIJA 1EH6A 3E6BA 1ZQSA 3COAC 4ZYGA 3J81Z 1ZQFA 4DO9A 2PN6A 1UCRA 4IHSA 2MH2A 2Z9OA 3B0XA 5J2GA 5L3DA 2BPGA 3WGGA 3JAMK 3ISDA 3BPXA 2PFNA 3IWFA 3F3XA 3QP5A 4LT6A 4IXAA 5DBAA 4KLJA 4DOAA 1UEVA 4JK1X 2P6SA 4G7ZF 2XUBA 4LVSA 2OBPA 5H6RA 4MGRA 5K5OA 1KA8A 2QVOA 2V79A 4O3MA 2MD5A 5CLSA 4LGWA 2ZXJA 3KE2A 7ICGA 2PI0A 3J7AO 1E17A 5J6XA 3KP2A 1RPLA 1FNNA 1YO5C 5DB6A 1LJ9A 1Z91A 1P4XA 5LRSA 3K1MA 1QNTA 1WTYA 1HUZA 3HIFA 1ZRCA 1KQ8A 4LG0A 3WFRE 4WC4A 4M9HA 5KK1A 7ICNA 4L9NA 1BOAA 5DB9A 2BGCA 3Q9SA 3GWZA 5J2CA 5F28E 5ILVA 7ICRA 5HRFA 9ICFA 3WFOA 2QLZA 3LAPA 1VJ7A 2M8EA 5DUKA 1UB9A 3K69A 1CF7B 4QZ8A 5D5VB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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