3C18A

Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (zp_00538802.1) from exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 a resolution
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
GMEQATRTIYSEYAAYPETQGIIAVEKRQPRDSLTDQFDVLLLVITRDPSVEWTVKHYRLNTLRVSLHLVHEQVLSRWLILNANRRAVHWVSEGTIIFERNDYLTDLKKQLRNFPETERCLQMSLSFAKLLRRFQDGRNLFSRGNYYDAYTHVHHALHHLARLSVLEKGAHPEVVVWEQARLDDPDVYKLYEQLLLSEETLEQRIHLALIGLEHLLQSKVLSGGKYLFEVMRERDRPWTMHELMEESRLTELKVDLGSLVDFFIRKGLIRISYQRTKGLGVELVTYEPVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Exiguobacterium sibiricum
publication title Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (ZP_00538802.1) from Exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 A resolution
rcsb
molecule keywords Nucleotidyltransferase-like protein
total genus 107
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14540 NTF-like Nucleotidyltransferase-like
A PF18576 HTH_52 Helix-turn-helix domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3c18A03
1.20.120.330 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Nucleotidyltransferases domain 2 3c18A02
3.30.460.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 2 Beta Polymerase, domain 2 3c18A01
2H94A 1ON1A 2L54A 7ICEA 2O8XA 4E7XA 3DFGA 3HJ1A 5L3GA 2LKPA 2RKHA 4ZYDA 5E1ZB 1FPQA 8ICQA 9ICPA 2A69F 5J0XA 4I09A 5E8GA 1JMSA 3MZYA 4FX0A 4RQ0A 1SD4A 3E6CC 5ICCA 1J7KA 4EM0B 3C8GB 1KQ0A 2X0LA 3JSOA 1E17A 4M9GA 3F23A 1SFEA 2ZH3A 1MDMB 1TBXA 3J7AO 4L18B 2VOPA 4F7ZA 1XSLA 2EA4A 5HRKA 4GYIA 2R7DA 4KMUX 3B02A 4X4OA 2PQ8A 1TTYA 5D5UB 4EGYA 1SMYF 4M9ZA 3V8JA 2E1CA 4RGUA 5D8KB 3H3AA 2FBIA 1AOYA 3GFMA 1HW2A 2YWAA 1UCRA 2YX4A 2ESNA 1Z6TA 1MJ9A 4NB5A 4UD4A 1DPUA 2KJBA 4WC5A 3Q9SA 2YPRA 4I2IA 1ODDA 2P7CB 2EWNA 2FMYA 5CVIA 1TV9A 1BI2A 3CUOA 2ISZA 1KQ8A 8ICBA 4WX9A 4FHYA 4PHDA 3F21A 2KJCA 3WFRE 2Q00A 4ZYHA 3TKYA 1TQMA 2VBYA 2MLGA 2EK5A 4NXZA 8ICXA 3K1MA 1G3TA 2EFNA 1S8NA 2DT5A 4F5PA 5HS7A 1HKTA 3SQNA 4X0BA 1ULYA 1ZG1A 1TW2A 4GXIA 4AT7B 5BOLA 2QQAA 3TQNA 2OA4A 2M8EA 5J2GA 1JAJA 3RH4A 2PEXA 2HKOA 4HQEA 4KIFA 2HQNA 3C3WA 2XGXA 1ZQDA 4WBZA 2UXXA 4UVAA 4WXCA 3HSEA 4HX7A 2BCSA 5CLSA 2CGPA 2X4HA 5H6RA 1FY7A 2HS5A 3LAPA 1GHCA 3RQFA 4XLPF 1BM9A 3CO6C 3J81K 4QZDA 1S7OA 1ZQHA 2YR2A 5DD4A 4DNCA 1ZQPA 2PXIA 1KYWA 4CXFA 4KA4A 2PG4A 3PNCA 4BXUA 1XGNA 4ZZDA 3C1DA 3JTGA 2ESHA 2BCVA 4A6EA 1ZJNA 3KZYA 4N0BA 4Q48A 4XQ7A 5FGMA 1KGSA 1ZQVA 5D49A 3V8LA 5TZVA 4UV8A 5DUIA 4ON0A 1ZQLA 4M04A 5TJJA 2Q2EA 1FNNA 1HXDA 2XV4S 4ASNA 5TRDA 2DPDA 2V1XA 2DR9A 1QZYA 3WTUC 2FRHA 4YMOA 3I4PA 3G73A 4AWXB 4KLEA 1SD5A 4EVIA 4YFXF 1W5SA 1EH8A 4QWQA 9ICXA 2W24A 1RPLA 1O7LA 2MH9A 2RN7A 2FF4A 3F6OA 1U5TA 4KNYA 1ZQYA 2XAFA 1KA8A 2IVMA 5HS8A 4MF2A 1ZRCA 3P9CA 5CVRA 4ETSA 5J0YA 3UPQA 4AIKA 1ZRDA 4AT9B 3RIRA 1YQAA 7ICUA 3TFSA 2ZNYA 2KIMA 4L5IA 4R66A 5LLQA 4WC4A 4ESJA 5DD8A 2BEOA 3O6BB 3RJFA 5HDGA 2XASA 2FXAA 4IRIA 3IKTA 2BE5F 4R65A 4WC2A 4NM1A 5DDGA 1D8JA 4EP7A 3ECOA 3BJAA 5DECA 4JBAA 2L02A 4PGXA 2HOEA 4L9JA 1D3YA 1OR7A 4RQ7A 3JPQA 7ICFA 2JX0A 2VXZA 3RI4A 4XBFA 1YFHA 1R8CA 4BHCA 4RQ3A 4RQ8A 2JPUA 2RC4A 2EFQA 4KLOA 5DCMB 2EV6A 4M5DA 1EH6A 5IIMA 1C0WA 4I0AA 3GYHX 4CZZA 9ICQA 1KU7A 2Z9OA 2VODA 3C5GA 3AJMA 5DYMA 2AXLA 3RTRA 3GFIA 1R36A 4Z6EA 3E6MA 3P9IA 7ICTA 2KKOA 4JQFA 3V7SA 4WWCA 4L9VA 5AONA 4UBCA 1SD6A 4IJAA 1UB9A 5CP2A 2ZH4A 1B4AA 2ZFWA 4EBKA 1WRJA 3V7CA 2FQ3A 3ZN0A 1KU3A 2CSOA 3U0CA 1O3TA 1BPBA 5IT9K 2QQ9A 2IJLA 3MFNA 2HWVA 2A6HF 4OOIA 3RPUA 1ZQXA 3HJ4A 2O3FA 2XROA 1ZQQA 2EB7A 1MKMA 1YYVA 3M8FA 3T8RA 2VBZA 1Z1DA 3J81Z 7ICHA 2O6GE 3KP2A 3R4KA 4R79A 5CYVA 1F1ZA 4KLJA 3TULA 3SXYA 4YG2F 3L7WA 1RZ4A 4M9NA 2XKOA 3NQOA 1OMIA 3GW2A 4ATBB 1P2FA 2FNPA 4Z6FA 2XIGA 2KIUA 1S3JA 4M9XA 1HSTA 3F72A 2DR7A 4G6QA 4RB1A 1MJBA 4PCQA 3TOAA 4AT8B 4UAZA 2JRTA 5DB6A 5CJ7A 1YW8A 3T5XA 4QZAA 3E3VA 3HTSB 5HRBA 3GLXA 1K78B 1ZQWA 1FSEA 1ZQAA 3RJIA 3CUQC 1TFYA 4HOBA 5CHGA 3F8BA 4TUPA 1T2KA 4MFFA 1BI0A 2PFBA 1QVXA 1MZBA 1IZ1A 4QZGA 3L00A 4I02A 5J2BA 4IVNA 8ICIA 1ONVA 4MNUA 2HHPA 2O03A 1OPCA 4NQWA 3RYPA 3AQNA 4WC3A 1IAWA 4PHAA 3M1EA 3RJJA 1T6SA 4MQVA 4P4MA 3C2KA 4QZHA 2OD5A 1OW7A 4WXDA 1K6OA 4A5MA 1KDHA 1WKMA 1R00A 3ZMDA 4A5NA 2L4MA 2HQRA 5D5VB 4LZGA 2L6GA 4MTEA 4DQ2A 3IRRA 4FH5A 4I2BA 2MH2A 1R8BA 5IIIA 2EFPA 4LZDA 2VC1A 5IIOA 2RFFA 4IQWA 3RH5A 2H6CA 1SD7A 2H6BA 1DPRA 1G6NA 1QGPA 4KFCA 3QU6A 3V8KA 2PFOA 3C8GD 3DQVC 2DVIA 4I2FA 9ICFA 4QZFA 1KU9A 2DQLA 2LK4A 3SZPA 3AU2A 3RQGA 4IRGA 2P8TA 3PMNA 2XVCA 4K4GA 8ICAA 3N4MA 5CWRA 1K79A 4RS8A 3FMSA 4UB2A 3E97A 1BPXA 4HAMA 2L01A 1WOTA 3JPOA 7ICOA 3M9AA 3I58A 4X4VA 2FNAA 2JTVA 1P6RA 3PQKA 4UB3A 4EGZA 2OBPA 2K02A 3ISCA 2HR3A 4FH3A 1W7PD 9ICJA 1LNWA 4A0XA 3AAFA 1MIVA 4OIRF 3CDHA 3B71A 2V1DA 4Q4ZF 4S3NA 4KLQA 4FT8A 1ZQBA 2WTEA 4GXKA 2M45A 2A5YB 2ZHBA 1OKRA 3RDIA 4G8XA 3S2WA 3WFOA 3QP6A 3VOEA 8ICUA 4XSZF 3D5LA 5BPCA 3UQ0A 3UPSA 5IT9Z 1JN3A 2AS5F 2ZMEA 1GVJA 3BDDA 4LLGF 2EV0A 4ENNA 4O5CA 4RT2A 2OQRA 2QZ8A 2H27A 3AQMA 3L2CA 2HYFA 3H92A 2VT2A 4GCVA 4R64A 1V4AA 2P5KA 4M6XA 3I53A 2K4BA 4EJOA 4HLYA 1JXSA 1IN8A 2VC0A 2D2WA 3H37A 5EEGA 8ICVA 2BPCA 1QNTA 9ICSA 3K1PA 3M7GA 2QYOA 3BOQA 4ESBA 4NKTA 5HHHA 2GA2A 4WCWA 1XDUA 5LGUA 2HSBA 8ICHA 2ZH6A 2M2WA 9ICEA 4B8XA 3JAMK 1ZHFA 3E6BA 3MWMA 2PLYA 7ICIA 5HC9A 5H6QA 5DDMA 1IN7A 1NHAA 3C2LA 1Z05A 1Q79A 4Y13A 1YLFA 5D6FA 2NRAC 2ZCWA 2V79A 1R5HA 2M30A 4B09A 3LQCB 1H9GA 8ICWA 2PFPA 3GM1A 3L9DA 1YIOA 2QLZA 3MEXA 4NM2A 1O3QA 3WFSC 4R1HA 3ECHA 8ICOA 1IRFA 5F2VO 4YIIA 4R8HA 4LVSA 3GM3A 1ZQIA 5DB9A 4FHWA 3LAJA 4KLIA 2DPUA 5HDKA 3T8TA 3WG9A 3EQLF 4M71A 1R89A 1FP1D 2ZH8A 4MFCA 4KLFA 4L5JA 3ML6A 5J0RA 5CA7A 3T1BA 3JPTA 2Y0MA 4RQ1A 4O6JA 3ZMVA 1BN5A 2QBYB 5HREA 2Q8KA 2DRAA 4A12A 3KZZA 5DV5A 4OIQF 4RPYA 4IF4A 4BHBA 5IT3A 2DK5A 3MBYA 2W84A 4HA8A 5FO5A 2HEOA 2UZKA 2ZO4A 5LBQA 2E1NA 2NRKA 2HGCA 2QBYA 4UXNA 5LGTA 5J2DA 3ZPLA 4X0AA 1ZGAA 4UAYA 3O3KA 4EM2A 2FU4A 5BPDA 4FHVA 4RAYA 3DV8A 2DW4A 2XAHA 3RKYA 9ICWA 7ICGA 4D0PA 1HW5A 5BPIA 4M9SA 3WGIA 1DUXC 2ZH1A 4F5QA 5HRGA 3HWTA 1MIWA 2FMLA 2I9GA 1BI1A 3MGHA 5J2HA 9ICBA 3RYRA 4MGRA 1V4RA 3GDXA 2W85A 2Z33A 4P9FA 1K7AA 2IPQX 2L6HA 1Q1HA 3I0TA 1FBQA 1OW6A 1W7PA 2ZH2A 4XEFA 1MGTA 2Q0OA 3FX3A 4MF8A 3N97A 2CFXA 1LQ1A 5FLXK 4XEKA 1Q78A 2MA3A 4U7BA 3CUQA 1H0MA 4M6YA 2K86A 1IN6A 2Z3YA 7ICMA 3F22A 5L3BA 3I59A 2OZ6A 3MZHA 2NAZA 4HBLA 4I98B 4L0ZB 2JT1A 4WC7A 3C2MA 4EV0A 1SMTA 1ZZPA 1S29A 4CYDA 3JPPA 3O2PE 5ICFA 4MHGA 2F2EA 5HHIA 3OVAA 5DKWA 4ESFA 1E2XA 2CW0F 4TUQA 4KLHA 3OVBA 2P4WA 1ZREA 1ZG5A 8ICNA 4WXHA 3EYYA 4PPXA 4M9JA 3JAMZ 4O5VA 4UBBA 5LHHA 1HKQA 3CLOA 1OYIA 4DOAA 1K05A 1P4AA 2LF8A 3U1DA 5LHIA 2O5AA 2QUFA 2V1UA 4NQFA 5CVJA 4HLXA 1YO5C 8ICFA 4PZJA 3PFIA 4UVCA 2FEZA 1ZH5A 4I27A 2QM3A 3OGUA 1LDKB 1CGPA 3E5XA 4HV5A 1ZQJA 3LA3A 4P5OA 1GXPA 1U5TB 2JPCA 5HRFA 4Y15A 4EQQA 2GWSA 5EOZA 2YU3A 5HLGA 2FBHA 5HRLA 1WSUA 1MJAA 4LK1F 4EJWA 5ILSA 4E70A 1S6LA 5CVUA 1T98A 1XGOA 2M2TA 3V72A 1IXRC 4MFAA 2ADUA 3KLNA 1WI9A 1J0RA 3ZMTA 4AIJA 1RIOH 1JGSA 1BOAA 4TURA 1U78A 1Z6RA 2M87A 4PDKA 4WK8F 2A68F 4I2DA 2GXBA 2XAGA 1BJAA 2BCRA 5J0SA 1VJ7A 3IL2A 1PP7U 2A6EF 1TLHB 3MCZA 1ZQEA 2ZNZA 4I0BA 2W57A 3MAJA 3W6JB 1B6AA 4EJVA 4KUMA 3TO7A 2GIVA 4U0VA 3D0SA 1BPZA 3OVSA 3C66A 2BCUA 2STWA 3HHHA 4XEVA 3P7NA 3S9OA 2LF7A 4I01A 3WGGA 4CHUA 2ZXJA 3I71A 3LA7A 3TOBA 5DEQA 5CB1A 4WCGA 4RWNA 3HUGA 3JTHA 3MQ0A 1XCBA 4M73A 4S04A 1J9IA 5J8CA 4RB2C 4IQVA 1FYMA 5J2AA 4PGQA 4X5VA 4MEYF 3AQKA 4LFUA 4X4UA 1SFUA 1B1BA 8ICPA 1D5VA 1BPDA 1ZYRF 1R1UA 3TO9A 3JYYA 4QZ9A 4S05A 9ICOA 3JPRA 3COAC 1TVAA 3E5UA 1XGMA 1ZRFA 5E1XA 3HIFA 1IW7F 1R58A 4ZYEA 1BC8C 1HQCA 3R60A 5FLXZ 3C7JA 1G3SA 3J80K 1WWXA 2BPFA 5D6EA 3LA2A 2JSCA 3ABUA 3ISDA 3LWFA 2EA2A 3U2RA 1ZJMA 5J2KA 4JWMA 9ICHA 1FZPB 3FXUA 1K40A 1BPYA 5FD6A 1XSDA 8ICMA 3WTYC 5BS6A 1WOLA 2DK8A 2F5FA 7ICLA 9ICRA 1L3LA 2PFQA 5IILA 1XCVA 5AIPA 2XUBA 2PMHA 4UD5A 4K4IA 4GYGA 2FSWA 3RJHA 2WWYA 4P4PA 3WU1B 3R61A 4IHSA 2IW5A 1TFWA 4X4RA 3O10A 3TO6A 5BQTA 4EM1A 4KDPA 1I27A 3DXJF 4XQ8A 5E17F 4M2YA 3WTWC 4WBYA 5D8LB 4OMYA 1ZQTA 1R22A 1PP8F 2JZYA 3HHGA 4YD1A 1B59A 5D46A 3L09A 3V7LA 2EFWA 3LQQA 3QAHA 4IXAA 4X4PA 4ZZLA 4G7HF 3BP8A 5FFZA 4G7ZF 4IHTA 4LT6A 4NLNA 2GQQA 4NLZA 5EEHA 3FXQA 3F8MA 4I2GA 4A0YA 4G9YA 4FO6A 4M47A 4ZH4F 1OYYA 1SFXA 4M9LA 3IHUA 1XB4A 3MDAA 4HX8A 4I7HA 3JSPA 5LEJA 3WTXC 2F5DA 4LD5A 3KLOA 1KYZA 1ZN2A 3HOTA 2ZH9A 4M74A 4OIOF 3TFRA 3PMLA 4MTDA 2NYXA 2RNJA 3OV8A 4MQ9F 4Y17A 3MFKA 4RWOA 2IA1A 3KE2A 4YIFA 3WTSC 1UHMA 2R3SA 2FMPA 1FOKA 4BH9A 2ZJ2A 1R7JA 2DBBA 3HTUA 5J8FA 2XHKA 4KLGA 5L3FA 1SAXA 5DBAA 3ULQB 5J2EA 1RZTA 4I2CA 1U2WA 3FM3A 3GX4X 4Q47A 3R0AA 2HYGD 8ICZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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