3C18A

Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (zp_00538802.1) from exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 a resolution
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
GMEQATRTIYSEYAAYPETQGIIAVEKRQPRDSLTDQFDVLLLVITRDPSVEWTVKHYRLNTLRVSLHLVHEQVLSRWLILNANRRAVHWVSEGTIIFERNDYLTDLKKQLRNFPETERCLQMSLSFAKLLRRFQDGRNLFSRGNYYDAYTHVHHALHHLARLSVLEKGAHPEVVVWEQARLDDPDVYKLYEQLLLSEETLEQRIHLALIGLEHLLQSKVLSGGKYLFEVMRERDRPWTMHELMEESRLTELKVDLGSLVDFFIRKGLIRISYQRTKGLGVELVTYEPVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (ZP_00538802.1) from Exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 A resolution
rcsb
molecule keywords Nucleotidyltransferase-like protein
molecule tags Transferase
source organism Exiguobacterium sibiricum
total genus 107
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14540 NTF-like Nucleotidyltransferase-like
A PF18576 HTH_52 Helix-turn-helix domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3c18A03
1.20.120.330 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Nucleotidyltransferases domain 2 3c18A02
3.30.460.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 2 Beta Polymerase, domain 2 3c18A01
4RAYA 2Z5UA 2YR2A 3ZMTA 4KLHA 1JQRA 5DBBA 4RGSA 4JQFA 4LFUA 4TUSA 5E8IA 3GM2A 1YLQA 3E5QA 1R8CA 4RB2C 4XRFA 4CO8A 8ICLA 9ICTA 4PGGA 4GCVA 4GYIA 2R7DA 4DOAA 3RPUA 3H39A 2Q0OA 1IAWA 3ZMSA 3F6VA 1ZJNA 4R79A 2JTVA 8ICWA 2G7UA 4WC0A 1RUNA 3BJAA 3NRVA 1TNSA 2NYXA 2VC1A 2VN2A 5J0TA 1J7KA 2OQGA 1F4KA 3KP5A 4LLLA 3FX3A 4AT8B 5DD4A 4ZH4F 3LSTA 4HOBA 3V7KA 3JSOA 5K5OA 3KETA 4L9NA 5FD6A 3MZHA 3GM1A 4KFCA 4O5VA 2BYVE 3TO9A 5DD8A 5EEGA 2RC4A 4UV9A 3GM3A 2EV5A 5H6RA 4JWNA 4KICA 1OYWA 4L9VA 5JHUA 5DBAA 2MA3A 4K4HA 3K2ZA 3GZ5A 9ICHA 1WQ2A 2ZFWA 2E7WA 2FBHA 4BAYA 3OV8A 3C8GB 3DV8A 1O3QA 2BE5F 2X4HA 1FBUA 9ICKA 3GXOA 5ILSA 3HIFA 4U7DA 5ICEA 1J2XA 3RIRA 3LAJA 5F2VO 2GAUA 2ZKZA 2DRBA 8ICVA 4EQQA 1QZYA 1R5HA 2GA2A 2W9MA 2FNPA 4JWMA 4NLKA 1B1BA 8ICRA 3WTSC 1SD4A 3FMRA 1XB4A 1ZQMA 5DKWA 4M6XA 1TNTA 1FA0A 3L7WA 1IUYA 4IJAA 2XROA 1JGSA 3P9KA 4IQWA 4MEYF 4I2AA 3CUOA 3T8RA 1FBSA 3DPLC 3GYHX 3DF8A 2FOKA 4UNOA 1WI9A 2BCQA 3RKXA 4QZBA 4LB5A 1YLFA 1O3SA 3K1MA 1EH6A 1SFUA 1ZLKA 1F9NA 1TBXA 1ZQKA 4R63A 2Y75A 1G3YA 1IXCA 4ZZLA 1WWXA 2LF8A 4RQ6A 3GFIA 3E3VA 4PHDA 3WFOA 1XGMA 2K4JA 4YIFA 2G9WA 3HYIA 1XD7A 4MQ9F 5TZVA 4KIBA 4I2BA 1S7OA 1YIOA 2A6HF 1QQIA 1VTNC 2M5WA 3WODF 3DEUA 1R8AA 5E18F 3MDAA 2ZJ2A 4X4RA 4PDKA 8ICIA 3MGIA 3I54A 3JAMZ 1JXSA 5CR0A 1I5ZA 3V7JA 4WXCA 1P4AA 3HTUA 3BPXA 4HX8A 4O5CA 5TRDA 9ICLA 3RI4A 4X4QA 4B09A 4OINF 3VOEA 3HRSA 2PMHA 3PMNA 4UAYA 3V7LA 3C2LA 1BN5A 1W5TA 4R1HA 2NS0A 2M2WA 4WC3A 3RH5A 2XV4S 3FM3A 3I64A 7ICMA 4WCWA 4EM1A 3RTRA 1XSLA 9ICAA 1H9TA 3KLNA 4UVBA 1IF1A 4OIRF 3RQGA 1DDNA 3BROA 5DUIA 5D4SA 2STTA 4UXNA 2L6HA 2EA4A 5J2EA 2DQLA 3M9AA 4WC1A 3RJIA 3L8JA 9ICGA 2LKPA 4TUPA 3DP7A 5FGMA 1YW7A 2DR8A 3JPTA 3ROUA 1XGSA 2UXNA 4UBBA 2EFPA 2K4BA 1B9MA 3KP6A 2ETHA 4BHPA 3BOQA 3PFIA 2ZH2A 3HSFA 4FHPA 5FLXZ 2COMA 2XKPA 1WWPA 4X4TA 3U2RA 1YW8A 2VANA 3TULA 3HTSB 3HUGA 1TQMA 4M0AA 2GWRA 5BMZA 2NRKA 1EH7A 5D8KB 1PDNC 4GYGA 4I2JA 5A2QZ 1HBXG 2A68F 3O10A 4KLIA 3K1PA 1RZ4A 3AAFA 2A5YB 4CDGA 1ZARA 1ZZPA 4P4OA 4ZYDA 1HSTA 4XEKA 4M5DA 2MLGA 4F5OA 4RPZA 3AJMA 4QZ8A 3I71A 2ESHA 9ICBA 3TO7A 3G3ZA 3GFLA 5FLXK 1ZQBA 1R1VA 1U2WA 3LAPA 5L3FA 5BOLA 4I2DA 1S3JA 3RJGA 4MQVA 2JSCA 5F6FA 8ICEA 3FM5A 3E5UA 2NRAC 3I59A 4X5VA 4EJTA 4NLZA 2PFQA 2ESNA 4DOCA 3WFSC 3VB2A 2ZHAA 3BZ6A 3E6BA 3GZ6A 2F5DA 2HS5A 1YS7A 5IIMA 1KEJA 4QZCA 4L9TA 5J2KA 4D0PA 3QAHA 3ZMZA 1P4WA 3ZN0A 1XSDA 3D0SA 4L0YB 4YFNF 1W7PA 3ZQ7A 4PPXA 1FT9A 1NO5A 4QZ9A 4A2UA 2C6YA 1FNNA 4O3MA 4E80A 5CVVA 5HREA 3MEXA 1G3TA 2O61A 4GXOA 4R8HA 1RZTA 5D49A 2PQ8A 5L3CA 5HRFA 3BPVA 3GO5A 1KQ0A 5JR3A 3RKYA 2PLYA 2ZH5A 3IL2A 1MJ9A 3QRFF 1OPCA 2PN6A 4TV7A 1IXSB 1B4AA 2EA2A 3MDCA 8ICNA 3HHHA 1QBJA 4MHGA 2XAJA 4EBKA 4KLGA 4WC4A 3H3AA 5DV5A 3HJ1A 9ICMA 3H38A 5DEQA 3MFKA 4XSXF 5FFXA 1TLHB 1K7AA 3C5GA 4YIIA 4ZYEA 3OVAA 2MH2A 1IN5A 1UEVA 1BPXA 1LEBA 3AU6A 3AUOA 5IT3A 5DBCA 4PZJA 1D5VA 1ZQOA 4RQ4A 1W7PD 4AD9A 5LEJA 2JRTA 9ICEA 2XAQA 2XUBA 2PFPA 5HVQC 4UUVA 2L3DA 1J9IA 2PFBA 3EYIA 2DLLA 5HS7A 2VT3A 4AIJA 2F5FA 5KVRA 1BBYA 5HHHA 4A5MA 1EH8A 2MD5A 2PXIA 1FP2A 2BPCA 3V7RA 1D3YA 1KQ9A 1Z9CA 4XEVA 5HRHA 2O03A 3WTYC 4OIOF 4QZFA 4UB1A 2PBEA 1WTYA 3K9TA 1TTYA 4N9IA 3F6OA 3WGGA 5IT9Z 4ESFA 3ZMVA 2ADUA 2A07F 3RDIA 3TFSA 1S6LA 3F8FA 4EM0B 3GFJA 2E7XA 5AIPA 4KLDA 2KIMA 4NHJA 5F64A 4PGYA 5CLSA 1IZ1A 4QZGA 4E7XA 5J2DA 2DK5A 1G3SA 3F21A 3JW4A 4M9NA 2CFXA 2BCSA 4S3NA 4X0BA 3WTVC 1TQPA 1O7FA 5BQTA 4U0WA 1RIOH 3OGUA 2W25A 4WXDA 3GW2A 1PX5A 2ISYA 1P92A 4NLNA 5BS6A 3D5LA 2VC0A 3EUHA 1K78A 5J0XA 4HV5A 3C7JA 3FZVA 4LT6A 2QWWA 4B8XA 3I59B 5ILVA 2KRFA 1XSVA 4LJZF 2LNBA 1ZQLA 1WOTA 3MWMA 3WTWC 4M9GA 4XA5A 2J5PA 2V1DA 3KFWX 3IRRA 4I0BA 4M9ZA 3MZYA 3I5UA 4OIPF 4A5NA 4KUMA 4RQ7A 4OIQF 2UWMA 4X4NA 1W7PB 4UAZA 4I01A 2GIVA 2YU3A 2ZH9A 3QP6A 4PGXA 3E6DA 1BI3A 5DCFA 2HR3A 4KIGA 2DR5A 4FT8A 4AIHA 4F5PA 4MFAA 2ZCWA 4Q4ZF 1XDUA 2H94A 5CVJA 1S29A 1XSXA 1Q1HA 3JTGA 3R4KA 2V1UA 3L2CA 2DO7A 1LNWA 1R58A 3DKWA 4I28A 2VOOA 3HOTA 3UXNA 5HDNA 3RJKA 4Y15A 1MQ3A 3C66A 4OMYA 3P7NA 5CVIA 2QZ8A 1ZRCA 1V3FA 2YWAA 5J0OA 1B59A 2DTRA 4M47A 3U0CA 1OKRA 4EP7A 3ULQB 1BC7C 3L9DA 1XGNA 3HIYA 1KU9A 1MD0A 2A61A 3DQVC 5IIIA 1Z05A 4PHAA 5HC9A 4YD2A 4KA4A 2DPDA 5DDMA 4M72A 2L6FA 2PI0A 4K4IA 4O9MA 4E8FA 4G7HF 1U5TB 4E70A 2GXBA 2PJPA 2HEOA 3BRJA 3LWFA 4EMSA 2RNJA 8ICFA 2JPCA 1ZLJA 2FMLA 3RQFA 3UXOA 2PG4A 1LDKB 1ZAOA 3HSEA 4FO6A 1YTYA 4RGRA 2DRAA 4KLOA 2DFIA 3OUYA 1ZQNA 1ZYRF 3L00A 4HDUA 4FHXA 2VBWA 5EEHA 2OA4A 4YFXF 1ZG1A 4RQ1A 4WK8F 4U0VA 5J2AA 1HUOA 5H6QA 3I4PA 4EGYA 2D45A 2YX7A 2EFQA 4ATBA 9ICCA 3TQNA 4FH5A 5J2BA 3WFRE 5FD5A 5BOMA 5HRIA 5DCMA 4GO1A 2ZH3A 2V9VA 4OMZA 1PP8F 1R23A 1LVAA 2CWEA 3M8FA 4Q5SF 5J0YA 1WRJA 2A3SA 4WF2A 5LGTA 4DNCA 1UHMA 5DB8A 3WE2A 1KNYA 5D6EA 4F5NA 5FFZA 4PCQA 4WC6A 2OZUA 9ICOA 5CB1A 3UXPA 1D8KA 2JT1A 3C1DA 1MJAA 1ZQZA 1G4DA 5E8GA 1XCBA 3P9IA 4UAWA 3GFMA 4RQ3A 3F22A 1HKQA 5HLHA 5J2CA 5CHGA 3JPOA 4EJWA 1MGTA 4F5QA 4I02A 2VE8A 4CZZA 2DT5A 3LA2A 4I29A 1YQAA 2ISZA 3S2WA 1XSPA 2A6EF 3JZ0A 2P7CB 1WOLA 1U8RA 3C2KA 4QZDA 4ESJA 1R1TA 4QLCU 3RKWA 3KCCA 4HA8A 4LK0F 2FXAA 3RJHA 5J8CA 5CVRA 4RGUA 1AOYA 8ICYA 3KEOA 3QPTA 1CF7B 3ISCA 3TGNA 1Z6TA 4NQFA 2FMYA 1R8BA 1RNLA 3IWZA 4PGHA 7ICFA 3FXUA 1YFHA 1ZQVA 2K86A 1AWCA 3L9FA 5HRKA 4KIFA 1ZGJA 1I6XA 3M8EA 4U88A 5HDGA 3ECOA 4AIKA 4YMMA 2M1BA 4XEFA 5D46A 2FMPA 5J0SA 1OYYA 1ZQHA 4NKTA 1O57A 1JE8A 5AIQA 5CP2A 4RS8A 1FLIA 5E20A 1O3RA 4BXUA 2HWVA 1UETA 9ICSA 3PNCA 2GQQA 4I2CA 5IINA 3J80Z 4M9XA 4TURA 4QZIA 3CDHA 3B71A 5HS8A 1ZH5A 2ZH7A 3FXQA 3W6KB 2VT2A 9ICFA 3SFZA 5KK1A 2K27A 1W4MA 2ZH4A 2ZMEA 1BPYA 3S9OA 2Z99A 4I2IA 3CO6C 7ICJA 8ICAA 2BEOA 2EFWA 4XQ8A 3F8CA 4PHPA 3K69A 1VJ7A 3B0YA 3C3WA 5ILUA 2P8TA 7ICVA 3OVSA 1BI2A 4LB6B 1R5GA 2IA2A 4G94A 4LVSA 2MC3A 5IIJA 3K1NA 3BDDA 3WTUC 3H37A 1JOGA 7ICLA 4WCGA 2FQ3A 3OUYB 4IQTA 3RYPA 4N9HA 3RJJA 5ICCA 1K79A 4XSZF 2P6SA 1E2XA 4RB0A 2HGCA 2XAGA 2Z3YA 9ICPA 2FA5A 4R65A 3O6BB 2KIUA 2EV0A 5J0UA 5ICGA 3ISPA 9ICUA 4MF2A 2JZYA 2ACJA 4ATBB 1ZQSA 4IHTA 8ICJA 4WXHA 3JAMK 5DCMB 7ICOA 4M73A 3KP7A 4FHYA 1TQIA 1U6GA 5K1YA 7ICRA 1ZQJA 2Q8KA 4WWCA 4X4UA 2H6BA 2HTSA 1ZQRA 1GVJA 4ASNA 5J8FA 4G7OF 2LDUA 5DYMA 2OAZA 2Q2EA 4HLYA 4IHSA 2RVCA 3H92A 4LD5A 2DVIA 3ISBA 4I98B 2EK5A 4I2GA 1CGPA 1DP7P 4HQEA 3E97A 1TFWA 3SXYA 2HFHA 5HOOA 2O0YA 1B9NA 2GA1A 3ECHA 4Z6DA 1BPEA 5K5QA 4KDPA 3IC7A 3T5XA 4MNUA 3NEUA 4I2HA 3WU0A 1T39A 4FHTA 4WC2A 3MQ0A 3DXJF 1ON1A 4GXJA 1HXDA 4RWOA 1H9GA 7ICTA 4PH5A 2LF7A 3NQOA 2GWSA 3ZP5A 4RQ2A 3ERED 1S8NA 2L4MA 2Y48A 4RWNA 2R7FA 5ERIA 4DOBA 2D1HA 4P4PA 4F5RA 4LGWA 2ZXJA 3R6SA 1LB2A 1IRGA 5A2QK 4EGZA 2HQNA 4FX0A 3G73A 1UB9A 3MCZA 1FYLA 8ICBA 4I09A 1OMIA 1QNTA 2L4AA 1PP7U 5JFRA 1F5AA 1XSNA 4L5IA 2F5EA 3FF5A 4QZAA 4IRHA 5L3GA 2L01A 4KLFA 3VFZA 3ZMUA 2QBYA 1JN3A 7ICIA 4HW0A 2O6GE 2R3SA 1FPQA 4YN4A 1FBQA 3UPQA 1J75A 2LK4A 1U78A 2H6CA 1OR7A 4Z6CA 1BPBA 2KIFA 2YPRA 7ICSA 4KLLA 4ON0A 2FRHA 4RT2A 2BV6A 4ETSA 5DB7A 4ZZDA 3HJ4A 3RH6A 2ZMEB 4WBYA 3T0YA 3H3UA 1A04A 1KYZA 5K5RA 1R1UA 1W5SA 4HZFA 5J2FA 2VBXA 2HOEA 4RAZA 3AQKA 4ENMA 1ZRFA 4R64A 4HF1A 4IRGA 5LHIA 2E1NA 5FB2A 3V8KA 1GXPA 3U3FA 3HWTA 4RQ0A 1P6RA 4M74A 3AQLA 4BHCA 1ONVA 3WFQE 1O7LA 1Z6RA 3WTXC 1OW8A 5TJJA 4RPYA 4M6YA 3T8TA 9ICNA 2XAHA 3TOBA 2QQBA 1WSUA 1D8JA 1DPRA 1BM9A 1E17A 1HKTA 1Q78A 3K75D 3JYYA 2O3FA 4KNYA 2DPUA 1ZQDA 1R89A 1USTA 5HDKA 4NY8A 3SZTA 1MIWA 5F28E 3LK9A 1IN8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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