3C18A

Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (zp_00538802.1) from exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 a resolution
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
GMEQATRTIYSEYAAYPETQGIIAVEKRQPRDSLTDQFDVLLLVITRDPSVEWTVKHYRLNTLRVSLHLVHEQVLSRWLILNANRRAVHWVSEGTIIFERNDYLTDLKKQLRNFPETERCLQMSLSFAKLLRRFQDGRNLFSRGNYYDAYTHVHHALHHLARLSVLEKGAHPEVVVWEQARLDDPDVYKLYEQLLLSEETLEQRIHLALIGLEHLLQSKVLSGGKYLFEVMRERDRPWTMHELMEESRLTELKVDLGSLVDFFIRKGLIRISYQRTKGLGVELVTYEPVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (ZP_00538802.1) from Exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 A resolution
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Exiguobacterium sibiricum
molecule keywords Nucleotidyltransferase-like protein
total genus 107
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14540 NTF-like Nucleotidyltransferase-like
A PF18576 HTH_52 Helix-turn-helix domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3c18A03
1.20.120.330 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Nucleotidyltransferases domain 2 3c18A02
3.30.460.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 2 Beta Polymerase, domain 2 3c18A01
4BH9A 2XUBA 5J8FA 4IRHA 2A69F 3L9DA 2FOKA 4DOAA 3RDIA 4PGXA 3P9CA 3TDZC 3DEUA 2QYOA 4KFCA 2L02A 2EFNA 3LAJA 2EA4A 3ZN1A 1K40A 3B0XA 2XVCA 1MD0A 1ZJNA 3ZQ7A 2P4WA 4EJVA 2KK1A 4G6DA 1O3SA 2LF7A 1T39A 4IF4A 4LT6A 3I64A 2YPRA 1J75A 4YMOA 2A61A 3BOQA 5J2HA 1ZHFA 2P6SA 1OKRA 4X4TA 5L3DA 2Q00A 8ICHA 3G73A 1I27A 4WBYA 2QUFA 5HOOA 4JWMA 3J81K 3EQLF 3UXNA 3ISDA 3V72A 2HYFA 4EBJA 3QP5A 3VOEA 2RGVA 1KNYA 4MFCA 4FO6A 1O7LA 3HWTA 3GWZA 3M1EA 2P5LC 4WBZA 2KIFA 1ZQMA 4RQ8A 1KU2A 4I98B 5DB9A 8ICFA 4AIHA 4QZ8A 1LJ9A 5J2AA 9ICQA 4XBFA 2QQAA 2H6CA 4ASNA 2EJRA 1ZQDA 3U2RA 4GXIA 4NM1A 2KJBA 1ZJMA 4A5MA 5JI6A 2PG4A 3QPTA 1BPYA 4LZGA 5HR9A 3IC7A 1LDJA 5J0WA 4BYYA 2FQ3A 1JE8A 2QQBA 2F5FA 2FSWA 3PQJA 3V4GA 1LDKB 4AD9A 3GVAA 3K7DA 2FA5A 3IL2A 3FWEA 7ICPA 5JHUA 4TV7A 1D5VA 2IA1A 3JTGA 2H94A 3JPRA 4LB6B 2HTSA 1SD7A 4A6DA 3K75D 8ICVA 9ICBA 9ICLA 3E6DA 3TO6A 4A2UA 3GM2A 5BMZA 3V8JA 2ZH1A 4I29A 1XGOA 3IRRA 4UV9A 1ZARA 4JBAA 3I53A 5J0XA 1ZG5A 3F8NA 4S3NA 4PPXA 3GFJA 5D8KB 3RYRA 4DOBA 1OYWA 2OAZA 2K4BA 6PAXA 4KICA 3SQNA 1BC7C 3DQVC 5HRKA 2MH2A 5BPDA 1TQMA 3HSRA 3WTWC 1RUNA 4XEFA 5L3FA 7ICJA 3PNCA 3K0LA 4R64A 1T0FA 2JT1A 2ZCWA 3VB2A 1H9TA 4E7XA 4YFKF 2JX0A 1ZQWA 2F5CA 1Y0UA 4UAYA 2UWMA 3UQ0A 3L00A 3H3AA 1V4RA 4HF0A 3K1MA 1J2XA 4N0BA 2YWAA 1NHAA 1STZA 3V7CA 1XSDA 3O3KA 3JPQA 4EV0A 3ELKA 2E7WA 4GXJA 1FBQA 3AUOA 4G9YA 3MCZA 3L9FA 3DPLC 5FLXK 1HW5A 2FMSA 3WFQE 2K4JA 1R5GA 3MWMA 5HLIA 1LQ1A 4UVAA 1XSLA 1YQAA 4KMFA 1JHHA 3JAMZ 1MQ2A 1UFBA 1TQPA 1LDDA 4HDVA 4Z2YA 4LJZF 3LQRA 4IQTA 4R63A 5CVUA 3B73A 1H9GA 2PLYA 3GO5A 1ZRCA 4X0BA 5ED4A 2DR8A 3RJGA 5F6FA 2WWYA 3EYYA 3K9TA 1G3SA 5D5WB 5HRHA 4RGXA 1FT9A 1MZBA 4XLPF 2GXGA 1S6LA 4M73A 4FHPA 2BE5F 3KP3A 4XQ8A 2A3SA 3OV7A 2UXXA 4JWNA 1T6SA 4B8XA 8ICYA 4KNYA 3AQNA 2MC3A 3HW8A 4ENMA 4L0YB 1Z91A 2PFOA 4I2JA 2ZHAA 1W5SA 3U1DA 4RGSA 2X0LA 3C8GA 2HKXA 2RNJA 5A2QK 3Q5FA 4RGRA 3R6SA 4UVCA 1ZQSA 4KLGA 1KEJA 4AIKA 9ICUA 3WTZA 1F9NA 4X4PA 3V7LA 3UQ2A 3W6KB 3JW4A 2DO7A 3ZMVA 2ADUA 2BYVE 2VONA 3JPSA 4Q48A 2EB7A 3KP5A 3M9AA 3ABTA 1MDMA 3C8GB 4HZFA 5J0PA 4HQMA 2Z99A 5EOZA 1QZZA 3IRQA 2XAGA 8ICAA 3AAFA 4A5NA 1K05A 5H6QA 2Z5UA 4M9JA 2DR7A 7ICKA 2JTVA 1GHCA 4LGWA 2XGXA 1HKSA 3C5GA 5IT9Z 1LEBA 1TW2A 1U3EM 4GXKA 2HQRA 3QU3A 2VANA 3TOBA 1PP8F 8ICBA 2XASA 5D5VB 1IN4A 3REOA 5IILA 3LA2A 2L6HA 4S05A 3K69A 2CQKA 1B6AA 5J0YA 7ICMA 2DI3A 4ZYEA 4WWCA 1V3FA 2V79A 1ZN2A 3HRUA 3LQCB 2BCSA 2COMA 5FO5A 4ZYGA 1OMIA 2ZFWA 4AT8A 1ZQAA 4XLNF 1IXSB 3F8BA 5H6RA 3KETA 1QZYA 5IIMA 3ISBA 1QQIA 2GA2A 1YS7A 1CF7A 2DU9A 4QWQA 1ZQIA 2BCVA 3ZMSA 5K1YA 5J2GA 5HDKA 3E5XA 8ICMA 2EFPA 4HX4A 1EH8A 3BJ6A 2J5OA 1I1SA 1W7PB 4RWQA 4HV5A 4I2IA 5J2BA 4LG0A 2NRAC 5D5XB 1ULYA 4I7HA 4WK8F 2LSOA 2GQQA 3KEOA 2EV6A 4R1HA 4ESFA 1CF7B 3R0AA 3P9KA 5DB7A 3C2MA 4K2EA 2L3DA 3ML6A 3WE3A 2W24A 5HREA 3I71A 9ICTA 4RB3C 3K1NA 4NY8A 3JPPA 3I59A 1LEAA 1U6GA 2OZ6A 3SFZA 4I0BA 4RS8A 3DF8A 4LG0B 2CGPA 2NAZA 1XGNA 3PMLA 1SFEA 4KIFA 2ZMEA 5TZVA 3C18A 2IJLA 4G7ZF 1YLFA 3F72A 4KLEA 4JK1X 2F5EA 2LDUA 4RB0A 3MGIA 2FRHA 2O0YA 4A12A 4NKTA 3R4KA 3I59B 4KLJA 2ZH4A 3J80Z 1BI3A 9ICOA 7ICHA 4H0EA 4TURA 2XAJA 2O6GE 3C1DA 2EV0A 5CVIA 5F1RA 4HBLA 9ICFA 3GF2A 1JOGA 1KYZA 3I5UA 1WWXA 3ULQB 1IUYA 2A6HF 4RT3A 5E17F 2PMHA 1FPQA 5KVRA 8ICXA 5D6FA 5DBCA 1R22A 4YCXA 7ICNA 1IN7A 4I2HA 1L3LA 5ICCA 2K27A 2A6EF 2W85A 5E1ZB 4KLOA 1YYVA 5D49A 4EM0B 3E97A 2VC0A 3DXJF 1HQCA 2E1NA 3GFLA 4HV6A 3RH4A 4I2OA 4G6QA 3C3WA 1ZQGA 1SFUA 4MTEA 5CWRA 3MQ0A 1IZ1A 4L9JA 3ZPLA 4L0ZB 4Y13A 1D3YA 4M74A 3JSOA 1REPC 4PHAA 2LK4A 1T2KA 2V1UA 7ICEA 2GWSA 4G7OF 5LGTA 1J9IA 4L9TA 3I58A 3MDAA 1ZQQA 2BPFA 4LFUA 3QP6A 1BPXA 4AIJA 2EFQA 3ZMZA 2EV5A 1KA8A 2V9VA 1G4DA 5HDNA 4HF1A 1AOYA 1DUXC 4IVNA 1ZGJA 3F8CA 3U3FA 2VE8A 1TFYA 2IA0A 2DLLA 2GZWA 4RPYA 4K4IA 3H37A 4MEYF 2FMPA 2W84A 4QZHA 2XROA 3T5XA 1Q79A 2GIVA 4L5IA 4RQ4A 4JQFA 3L09A 3JPTA 5DDMA 2HEOA 2BCRA 3CTAA 4NXZA 1AWCA 1IN8A 2HGCA 1O7FA 3M8FA 3WTVC 2FNAA 2PFNA 3QPHA 2M1BA 3HOSA 2ZH6A 1TNTA 9ICGA 1BPDA 3K2ZA 1HBXG 9ICNA 4KLSA 2EA2A 4I09A 4X4UA 5FGMA 4L9VA 3JSPA 5D8LB 5LHIA 1VTNC 4ETSA 1FNNA 2L54A 4RAZA 4ZYHA 3HRMA 2XV4S 5ICFA 3WE2A 1FYMA 7ICGA 4N9IA 1XN7A 4UB1A 2CSOA 4I2AA 2H6BA 1BIAA 2L6GA 2IHMA 3ZN0A 1Z6RA 2G9WA 1RI7A 2D45A 3BJAA 4UNOA 2HQNA 8ICTA 4M6YA 3WTYC 1R1UA 3NYBA 2ISZA 3ZMDA 4MQVA 5F28E 2A07F 2E7XA 2PBIA 4WXDA 4WX9A 1JXSA 1BOAA 4KMUX 4U88A 1BJAA 5H20A 3MDCA 4RAYA 2HZTA 2J5PA 2OZUA 5LLQA 1TV9A 4MF8A 4I2CA 4YN4A 4R66A 4DO9A 1LNWA 2M2TA 3TDUC 3RJKA 2M5WA 3HTUA 1X3UA 5E18F 3B02A 4IHTA 4X0AA 5L3GA 2DVIA 4P9UA 1DDNA 1E2XA 1JQRA 2LKPA 3FF5A 5K5QA 1PDNC 5LBQA 3QRFF 4LZDA 4OINF 2P7VB 2BGCA 1NO5A 3GLXA 2EFWA 5ICGA 1ZZPA 2VT2A 1JHFA 4UBBA 2MBFA 7ICVA 5HLHA 1KTMA 4O5VA 1F4KA 3WGGA 1USTA 2P66A 1ZG1A 2OQGA 1SMTA 8ICGA 4UD5A 1ZQEA 2TDXA 2YX7A 3IKVA 1WOLA 1BIBA 2Z33A 5DEDA 5J0OA 4U0WA 8ICRA 1ZQOA 4UHTA 3WTSC 4KDPA 4U0YA 4P4OA 2Q0OA 4TUSA 2FMLA 2ZNYA 2HR3A 3AU6A 3T8RA 4X4NA 4E80A 2G7UA 5IIOA 4L18B 1DP7P 1E17A 5J2DA 4KLFA 4IHSA 3DKWA 4IJAA 5J8CA 4Z6EA 2V1XA 5E8IA 2BCQA 3OOPA 3TFSA 2RQPA 4IQVA 3MAJA 5HHIA 3LSTA 4NQFA 3LWFA 1R58A 4EQQA 1C0WA 3RQFA 4HOBA 2W9MA 3LQQA 3T0YA 5LEKA 3N97A 5E20A 4U0VA 2Z9OA 2KJCA 3GZ5A 5J2EA 3KLOA 1G6NA 3JZ0A 1OYIA 4PGGA 1U78A 2VBZA 1XSNA 2D1VA 3J81Z 3G3ZA 1P4AA 9ICRA 5D4SA 3IWZA 2JPBA 1OPCA 1MIVA 1J7KA 2RVCA 1JMSA 2P5VA 5BOMA 3MFKA 1ZQBA 1ZQPA 3D5LA 1MGTA 3SZPA 4EVIA 3QU6A 4HAMA 2CWEA 3CO7C 2RV8A 2V1DA 4MEXF 2HWVA 1T98A 4A6EA 4IQUA 4ENKA 3DPTA 3WTUC 2AS5F 5L3EA 4O5CA 3DV8A 3V8KA 5CVVA 2PQ8A 5CHGA 1WQ2A 3L8JA 7ICFA 3KP6A 2FEZA 5J2FA 4EGZA 1RUOA 4I27A 1U5TC 3MGHA 5DD4A 3GEZA 3EDPA 3SXYA 3FMSA 5DBBA 4LLGF 4E70A 1U5TA 3Q9SA 4UXNA 2BCUA 5DBAA 4IPAA 4ESJA 1P6RA 3OV8A 3KEQA 5HHHA 1FBSA 1B9MA 3F8FA 9ICCA 4KIBA 1HUOA 3ERED 1OU5A 4UAWA 4EMSA 4KA4A 4XRHA 3WFSC 4P5OA 4AT7A 3OGUA 1ZYRF 1HKQA 1QBJA 5CVRA 2H27A 3GYHX 4MFFA 4YG2F 4U7DA 1XB4A 1IAWA 3ISPA 3R60A 4X4OA 1XDSA 5E1WA 1U5TB 4IRGA 3FM5A 1R8BA 1BPBA 5DCMA 5J0QA 3BRJA 3RJIA 3RQGA 3L7WA 3P9IA 3E6MA 5TRDA 3HSEA 4I2BA 5ICEA 4MFAA 1ZLJA 2M2UA 3BROA 3F22A 4AT7B 5D46A 4KLLA 2L6FA 4KLIA 3DFGA 3HIFA 3TFRA 3OUYA 3QAHA 2HS5A 4RGUA 4XSXF 2DPUA 4P2HA 2WV0A 2DW4A 1TBXA 5J0UA 2DRBA 7ICSA 2F2EA 2HKOA 2JRTA 5D4RA 1L0OC 5DD8A 5HS9A 3TGNA 2ESNA 1F1ZA 3R0JA 3HOTA 1XMAA 1PP7U 4LLNA 2VOOA 3C5FA 1BPEA 4HX7A 1RNLA 5DCMB 7ICIA 5IINA 5HS8A 4M2YA 2XAFA 4XUSA 4F5OA 3ISCA 3WU1B 3E5QA 3HX0A 3RJPA 3HJ4A 2NS0A 4HLYA 1KU9A 7ICTA 2PJPA 4K4GA 5FLXZ 1MDMB 5CB1A 5DB8A 2M30A 4A0ZA 1FWZA 4X4SA 3UXPA 3H38A 1EH6A 1FYLA 1WI9A 1XCVA 4R79A 1O3UA 4YMNA 3LAPA 2R7DA 3J7AO 1MKMA 4HW0A 2VE9A 4KLQA 4KIGA 1I5ZA 4P4MA 4HLXA 1S7AA 2NYXA 4ENNA 1KQ0A 4ZZLA 3LFKA 1EH7A 2YX4A 5L3BA 2JZYA 2ZH3A 4F5QA 5LHGA 4O5EA 9ICWA 4MTDA 2HHPA 4O5KA 3S2WA 4R65A 3KZYA 5IIKA 5D5UB 9ICXA 4CDGA 1A04A 4PGHA 4RQ2A 1ZQHA 2RFFA 1ZQKA 4HQEA 3RYPA 4LK1F 2A5YB 3JPOA 2O3FA 3BY6A 4KN4X 5A2QZ 3KCCA 4CO8A 2MH9A 2RN7A 5J2IA 1RZTA 4AT8B 1YG2A 1Z9CA 1ZGAA 4HYEA 3OVBA 1ZQXA 2DQRA 1K78A 4EP7A 5DUIA 2ZKZA 1ZQVA 5DDGA 4PDKA 2YU3A 3CLOA 4EM2A 4OIPF 3V7SA 2HTJA 3QOPA 2QWWA 3TO9A 4DOCA 4Z6CA 5F2VO 4CICA 3E6BA 4IXAA 4L5JA 3EYIA 2PBEA 4G8XA 4KYWA 2R3SA 2MLKA 1IXCA 3F23A 1BI1A 5AONA 1V4AA 1R89A 4UUVA 1RIOH 1S8NA 1RZ4A 4ZH4F 2KIUA 2HYGD 1K78B 4UVBA 2STTA 1R1TA 4TUPA 2X4HA 1O3QA 3ZMUA 4FHVA 1YS6A 2MD5A 2ZJ2A 4OOIA 4UB2A 4BNCA 3O10A 2VOPA 5CVJA 1G3WA 3UXOA 4NHJA 5E1XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5JUA A;  3HRS A;  3LSI A;  4DJA A;  1G3T A;  3GTL J;  1N78 A;  4I2D A;  2PFB A;  4YMM A;  3E7L A;  3BG3 A;  4QSH A;  4J19 A;  1ZU5 A;  4BBS J;  3X2Q H;  1FA0 A;  4RQ6 A;  4R64 A;  2B0L A;  3I4M J;  1UCR A;  4FIS A;  2FBH A;  2DT6 A;  3PFI A;  4YD1 A;  2DTR A;  1ZQF A;  4M5D A;  3RW0 A;  3WFR E;  1HF0 A;  3FHD A;  4W8P A;  2LG4 A;  1XWJ A;  4CX9 A;  3Q0U A;  1F5A A;  8ICU A;  1ZQJ A;  2PMU A;  1SMY F;  1HLV A;  4WXC A;  3OIP A;  3CQZ J;  5DUK A;  2E34 A;  5JVG F;  2EWN A;  4P9T A;  2J8W A;  2DB4 A;  3N0T A;  3QYE A;  1OQY A;  3JSE O;  5J0T A;  2LFF A;  2C04 A;  3KFW X;  4FHT A;  2VKD A;  2JSC A;  1UB9 A;  3MKY B;  3WOD F;  1M1E B;  2Z1D A;  3DPU A;  3VPR A;  3ZQL A;  3PMN A;  2OA4 A;  1I3A A;  4L9N A;  4M6X A;  4ON0 A;  3N4M A;  1A7D A;  1YYJ A;  4EM1 A;  3CCU I;  4LDK A;  5JSL A;  5F5F A;  4CGZ A;  3OYM A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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