3C18A

Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (zp_00538802.1) from exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 a resolution
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
GMEQATRTIYSEYAAYPETQGIIAVEKRQPRDSLTDQFDVLLLVITRDPSVEWTVKHYRLNTLRVSLHLVHEQVLSRWLILNANRRAVHWVSEGTIIFERNDYLTDLKKQLRNFPETERCLQMSLSFAKLLRRFQDGRNLFSRGNYYDAYTHVHHALHHLARLSVLEKGAHPEVVVWEQARLDDPDVYKLYEQLLLSEETLEQRIHLALIGLEHLLQSKVLSGGKYLFEVMRERDRPWTMHELMEESRLTELKVDLGSLVDFFIRKGLIRISYQRTKGLGVELVTYEPVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (ZP_00538802.1) from Exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 A resolution
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Exiguobacterium sibiricum
molecule keywords Nucleotidyltransferase-like protein
total genus 107
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14540 NTF-like Nucleotidyltransferase-like
A PF18576 HTH_52 Helix-turn-helix domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3c18A03
1.20.120.330 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Nucleotidyltransferases domain 2 3c18A02
3.30.460.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 2 Beta Polymerase, domain 2 3c18A01
2HQRA 1ZQAA 2H6BA 1BPXA 1DPUA 4MTDA 1IN7A 2RKHA 2OAZA 3WU0A 2LKPA 4HF2A 4NLZA 5D46A 8ICWA 2ZXJA 4XSZF 5HRBA 4FHTA 4IHTA 4XQ7A 5J2KA 4PH5A 4GYIA 8ICOA 4UAYA 8ICGA 2VN2A 3QU6A 2HTJA 4CXFA 1FBQA 1MD0A 5LGTA 3L2CA 2PJPA 2W24A 3RIRA 2QM3A 1O7LA 4RGUA 3TQNA 2HKXA 4EJWA 4N9HA 1OW6A 3O6BB 1S6LA 3RJPA 1TLHB 1XSPA 5HRDA 5L3BA 4ENNA 4XQ8A 4M47A 9ICVA 5FD6A 4KDPA 1H9GA 3ZMSA 2ELHA 2RN7A 4FHYA 2FBKA 1QNTA 2J5PA 5LRSA 1D8KA 6PAXA 1S3JA 4KIFA 4RB3C 2CGPA 3ABUA 2CWEA 3IKVA 4PHDA 2HTSA 1ZQQA 3KLOA 3CUQB 1YIOA 3KEOA 2ESHA 1HUZA 7ICUA 2LF7A 2OD5A 5DB8A 1ZG5A 3CUQC 5H6RA 4ZZLA 4HQEA 4EM0B 2FMSA 4GXKA 3ISPA 4OIOF 5F1RA 4MF8A 4EBKA 2H94A 4Z6FA 4X4VA 3QOPA 4A5NA 7ICIA 4I2GA 2EFOA 4UB4A 1ZQOA 4P2HA 4KMUX 9ICQA 1O3UA 4KNYA 1G3YA 2HFHA 2WC2A 1Y0UA 4EP7A 3HOSA 8ICRA 3V72A 3U3FA 4RQ6A 3E6CC 4KLMA 1LEAA 8ICHA 1WRJA 2STTA 1I27A 1D3YA 3W6KB 2DR9A 5E18F 2Q0OA 1Z91A 2XHKA 2ZJ2A 1BIBA 4RAYA 4ENKA 5EOZA 3AUOA 1J9IA 3ZPLA 4L0ZB 4YN4A 3ISBA 3TFRA 3AQLA 5J0QA 2BE5F 1MJ9A 3I53A 4O3MA 4IG8A 1T38A 2BCQA 3SXYA 2L54A 2NNNA 2O1PA 2QLZA 5J8CA 4Z6DA 3UXOA 1D8JA 5D5XB 1ZHFA 9ICEA 3BP8A 4LK1F 3Q9VA 4RPZA 1OPCA 1MGTA 1FT9A 5CP2A 1DP7P 1ZQMA 4HLYA 1ZQDA 2DTRA 1HUOA 2FE3A 3LA7A 4A2UA 2XIGA 3ECOA 4IQTA 1KU9A 3CUOA 3CUQA 3MZYA 1KQ8A 1JE8A 3WFSC 5F64A 2EFQA 4EGZA 4XUSA 5CVJA 1DDNA 2H6CA 4I02A 4Y15A 2CQKA 4M9ZA 1R1VA 3WU1B 8ICBA 3GWZA 1MQ2A 2ADUA 2ZHAA 1FPQA 5HDNA 1PV3A 1QPMA 4RGXA 3L8JA 5CR0A 3MDCA 1EH7A 4FO6A 2VE9A 3EETA 2WTEA 2OQRA 1Z05A 3E97A 3V4GA 4MFFA 4IPAA 5E20A 4TUSA 3PNCA 1H9TA 4L9NA 1JOGA 2A07F 5CHGA 3SQNA 2LNBA 4PGGA 2M30A 3SFZA 1BI2A 5DCMB 1I5ZA 3UPQA 7ICTA 4UAZA 3FHZA 2Z9OA 5H20A 1USSA 8ICMA 2ZH9A 5J2AA 5F6FA 1IRFA 3GFIA 3HRSA 3MWMA 1CF7B 4HF1A 4YG2F 5ICFA 2GXBA 4HW0A 1QO0D 5K1YA 3H3UA 4IRGA 4RT2A 2EB7A 2YPRA 9ICPA 3RDIA 1R8BA 2M5WA 1ZN2A 3T8RA 1BM9A 2ZHBA 3WTWC 2YU3A 3IRRA 3CTAA 4BQAA 3ISCA 4AWXB 1XSNA 4WXCA 5F2VO 5LHHA 4L18B 1H0MA 1U8RA 3I4PA 3CO6C 1J59A 3TO6A 1XSLA 4FH5A 4G8XA 1XB4A 1ZLKA 2PFBA 4P96A 2K4JA 2HS5A 2IVMA 5BOXA 1TVAA 2L4AA 5AONA 2L4MA 3K9TA 4OINF 2ZH5A 2EV5A 3R0AA 3H39A 5ED4A 1Z1DA 1ZQKA 2ZNZA 5TRDA 3GM2A 4Q5SF 4A6DA 1K79A 4EM2A 4I2JA 2P7CB 1R5GA 2FA5A 1FYMA 1STZA 4BHPA 1KYWA 5IT9Z 4PGQA 4AT7B 2KIFA 5ILVA 3QP5A 2M2TA 4LG0A 1RNLA 5CVUA 1IXRC 3F22A 3GM3A 3E6BA 4IQUA 4S3NA 3KP4A 3LQRA 3MEXA 5DCMA 2FMQA 2A61A 9ICUA 2PQ8A 4NLNA 4I0BA 3FXUA 3GXOA 4MEXF 2P66A 4YIFA 2DW4A 1ZYRF 3EYIA 4DQ2A 4M2YA 4E7XA 5HRKA 2GA2A 1CF7A 3FXRA 5L3CA 4Q4ZF 3ZN0A 1BI1A 5CB1A 4QZ9A 4BAYA 4M6XA 2CSOA 1U78A 4QZBA 2MH2A 1ULYA 4G6QA 2FU4A 9ICJA 3AQMA 9ICCA 2FNAA 2ZH6A 8ICCA 4P4OA 3F8NA 4Y17A 7ICEA 2X4HA 1I1SA 4G94A 4I2AA 1LEBA 1AOYA 4Z6CA 3L9DA 2QBYB 2O03A 2VANA 3RYPA 4UVBA 3WFPA 3DF8A 4RB1A 4L0YB 4KT5C 3LAJA 4EQQA 5HOOA 5BS6A 2D1HA 5AIQA 4FT8A 1LNWA 1OYWA 5FO5A 1HKQA 1R7JA 4U0WA 1W5SA 4B09A 2HOEA 2JPUA 3D0SA 2QENA 3K1PA 1GHCA 4G9YA 2D45A 4KFCA 4UNOA 1B1BA 3JPQA 4IQWA 2QQBA 3S9OA 1WOLA 3M1EA 2O0YA 4AT7A 3L8IA 3OVSA 1IW7F 3ZN1A 5D8KB 1ZQSA 2XROA 3VODA 3T5XA 3JYYA 4A5MA 4LB5A 1EH6A 1O57A 3UQ2A 2R7FA 3C66A 3G73A 5HHHA 1R23A 3I71A 1HKSA 4OOIA 7ICFA 1R36A 4X4PA 1WI9A 1WSUA 2GZWA 1F5AA 4LZDA 1YLFA 4EJUA 2PLYA 2LDUA 5HRHA 5J2FA 4UXNA 4M72A 4MNUA 1WWXA 3O10A 2XGXA 2MLGA 3HRTA 5TJJA 3RPUA 3PQKA 3K1NA 2VBYA 3HW8A 4IQVA 4U7BA 4OMZA 1TQIA 1IN8A 5HRGA 5H6QA 4P4PA 5F28E 8ICIA 3FM3A 4ASNA 3JPTA 4KYWA 1FLIA 3D5LA 7ICPA 4FHXA 8ICSA 3IWZA 4HX8A 1UHMA 3WODF 2QBYA 1E17A 3BOQA 4YMOA 4RWNA 2PEXA 2NYXA 3KLNA 4I98B 1P4XA 2F5EA 2MLKA 4AIJA 4FX0A 3WGIA 1P4WA 1L0OC 2V6CA 4I2BA 1V3FA 2ZH8A 9ICBA 5E1XA 3O3KA 2PMUA 3H3ZA 3WFQE 3KP3A 4Q47A 2QVOA 2IJLA 1XN7A 1TV9A 1WQ2A 5IINA 1FY7A 3RYRA 4TUPA 3ULQB 4I27A 4RAZA 3KP2A 4WXDA 4AIKA 1ZLJA 2COMA 4BYYA 2FBIA 5DDGA 2DPDA 1IN4A 3GDXA 2Y48A 4PCQA 2ISPA 9ICTA 3BJOA 1MJAA 4LFUA 4R64A 3QP6A 1FYLA 2QQ9A 1JXSA 4UV8A 1ZRDA 4GGGA 2V79A 3ABTA 1HXDA 2BPFA 2DRBA 7ICNA 3EQLF 5J0TA 3C8GD 3WFOA 3KP6A 4NY8A 1RUOA 1ZGJA 1ZGAA 3RJIA 3ROUA 3F21A 2AXLA 4X4SA 3R6SA 2VOPA 4KLSA 1MJBA 1XD7A 2HDCA 2A69F 3HIYA 2VONA 3KFWX 8ICPA 4I2OA 4M74A 1D5VA 2YSRA 2DRAA 4KN7X 3IL2A 1FBUA 1KU3A 2DVIA 3H38A 4P5OA 3U9GA 5HDKA 4E70A 4X4TA 1MQ3A 1U6GA 1S7OA 1ZQFA 1G6NA 4UB1A 2L3DA 4MFAA 4R32A 4NM1A 1IUYA 3LA3A 1UFBA 5DB6A 3COAC 1KQ9A 1HKTA 5CWRA 3JAMK 3VEPA 2O61A 4HV6A 3C2KA 1UEVA 5FFZA 4I2DA 1YW7A 3F23A 2EWNA 1AWCA 3N4MA 3BDDA 5HREA 1IXCA 2RVCA 4MEYF 4BH9A 2GWRA 1VTNC 5J8FA 5A2QK 3GVAA 2FOKA 5FD5A 3AQKA 1LDKB 3UPSA 3ISDA 2M2VA 4WWCA 5J0UA 5BOLA 4UBBA 3PFIA 2L01A 2B0LA 3MAJA 1J2XA 5DYMA 5J0XA 4RWPA 5FB2A 5HRFA 4NQFA 4EJTA 3V7CA 4TURA 2JPCA 1V4RA 8ICVA 3I59B 2Z5UA 5DD4A 3CJNA 3FWEA 4JWMA 4KLGA 8ICTA 5ERIA 3IKTA 2M1BA 2L6GA 3MGIA 3GM1A 3DKWA 1P6RA 2DAOA 2YX4A 4M9NA 1ZQXA 4IF4A 3U2RA 2RQPA 3GUDA 3LFKA 3F8MA 4AVPA 3I0TA 1G3SA 7ICJA 3FZVA 4ZH4F 2OZ6A 5J0PA 2JPBA 7ICRA 4JK1X 4XLNF 4M0AA 3Q9SA 3DEUA 1R8CA 1XGOA 3WE2A 4LT6A 1QBJA 1TW2A 4KLUA 1T98A 5D49A 3OVAA 1ZG3A 1F5TA 3FM5A 4I0AA 4KICA 2NS0A 1KTMA 1BPDA 8ICEA 2FF4A 9ICKA 2QUFA 1TNSA 3P9CA 4KLEA 3R4KA 3HX0A 5TZVA 4NM2A 2O3FA 3OUYB 4BNCA 3REOA 5CVRA 4K4IA 5IIJA 1HSTA 1O3RA 2STWA 2UXXA 5J2JA 3SHFA 4F5NA 4KLDA 2WV0A 1JMSA 2K7LA 5J0RA 1HQCA 4LD5A 4EGYA 2DR8A 4WBZA 4O6JA 1RI7A 1ZQIA 3RJJA 3T1BA 3P9IA 4UD4A 5CYVA 2ZO4A 4QZ8A 4DOBA 2LF8A 1BI3A 5EEHA 4X4NA 3B71A 4UB2A 5DDYA 4LVSA 7ICGA 2DPUA 1R89A 1BC8C 2Q8KA 3I59A 1FYKA 2IW5A 3H3AA 4DOCA 3M7GA 4I2IA 1ZJNA 4XSXF 1Z9CA 1O3SA 3RJFA 4RQ3A 1R1UA 1ONVA 5ILUA 5D5WB 5E17F 3UXPA 2FNPA 5BPDA 2CO5A 4I2FA 3GX4X 2DR7A 2FMYA 4NHJA 5ILSA 1SFUA 3U0CA 3E5UA 2Z33A 4MQ9F 8ICFA 1VJ7A 1F9NA 3RI4A 3TOAA 5BMZA 1YFHA 2ZMEB 3UXNA 1LDDA 3R0JA 4PHPA 3C8GB 3LK9A 4ATBB 1KGSA 1YQAA 2IPQX 3MZHA 4HX7A 4IXAA 4UD5A 9ICIA 3JPOA 4R8HA 8ICYA 2CG4A 4F5RA 2ZKZA 2FBHA 5CVVA 3J7AO 2BV6A 3TGNA 3FF5A 1CGPA 5DBAA 4QZHA 2FMLA 3OUYA 1TFYA 3M9AA 5HLIA 3RH6A 3BPXA 2JTVA 1FOKA 2A6EF 2ETHA 2G7UA 1ZAOA 2Q2EA 1OU5A 3LQCB 8ICZA 3DV8A 1XSXA 4S05A 3P7NA 1K04A 3PMNA 1FX7A 4ZYHA 4KLIA 3WTYC 4U0VA 3F8FA 2G9WA 2VOOA 1ZQTA 1Q78A 1OYYA 1C0WA 5K5QA 1J5YA 4RQ1A 1SAXA 3DP7A 1MKMA 1S8NA 1OW8A 7ICMA 3GFJA 4A12A 3HSFA 1HW2A 4EVIA 5IIOA 5HVQC 5J0YA 4Z6EA 9ICOA 4YIIA 3W6JB 3QPTA 4WBYA 4QZFA 3VB2A 3F6OA 4N9IA 3J80K 1JAJA 1FZPB 3GLXA 3LAPA 4UUVA 3KP7A 4HDVA 2IP2A 5IIIA 1ZQCA 4M04A 1BPBA 4AIHA 1SMTA 4JWNA 5FGMA 2ZMEA 9ICHA 3C8GA 4ATBA 2L02A 2RNJA 4PGHA 5LHIA 5L3FA 2L6HA 3IRQA 4F5OA 2JRTA 2P5LC 1MDMB 3KETA 4GO1A 1SMYF 4LK0F 1XGSA 3HWTA 4M9JA 1KEJA 3G3ZA 4YD2A 3C2LA 2XAQA 2CFXA 2VC1A 3HHGA 3C5FA 1EV7A 1T0FA 3O2PE 2VXZA 2XVCA 4XRFA 4M9HA 3P9KA 3MFNA 3C5GA 4EBJA 2OZUA 3H37A 1OR7A 2GQQA 3NYBA 1A04A 4YFNF 3HYIA 4NB5A 4RPYA 3OV8A 2DQLA 2P5VA 2NAZA 1KNYA 3GFLA 4ENJA 4OIPF 2VBXA 2QQAA 1BN5A 4KLJA 2ZCWA 2HHPA 5DEQA 4P4MA 4RGRA 2FSWA 2HR3A 4KLHA 1B9NA 4CICA 2BCVA 4U7DA 1ZRCA 2V1DA 9ICSA 2R3SA 2DFIA 3K2ZA 3J81Z 5FLXK 2P5KA 4DO9A 1UHWA 2M45A 3V7LA 3F8BA 2F5DA 4MHGA 2DR5A 4AT8B 2CW0F 2DO7A 5AIPA 3WTSC 4IVNA 4QLCU 1S29A 4FX4A 4CHUA 1KQ0A 1LJ9A 3HRUA 3AU2A 3WTVC 4DNCA 1HBXG 3B73A 4WC0A 4F5PA 2MA3A 3I64A 2BCUA 4O5CA 5HRLA 2F5CA 5DB7A 4R1HA 4MQVA 3L9FA 1R00A 3R61A 4KLTA 1MDMA 5D6FA 1MIYA 4E80A 1R5HA 2KKOA 5L3GA 4HX4A 1ZQYA 1IN6A 2ZH1A 4ESFA 4EJOA 1RZ4A 2HWVA 3E5QA 5J2IA 3GW2A 7ICKA 2TDXA 2XAGA 7ICHA 2H27A 4YFXF 3LSTA 4X5VA 4KLOA 3GYHX 4X4QA 3NEUA 5JI6A 3WE3A 2VT2A 3S2WA 5LGNA 4QZGA 3JAMZ 1PUEE 4PGXA 4K4HA 5IIKA 5J2HA 3L09A 3V7JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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