3C18A

Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (zp_00538802.1) from exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 a resolution
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
GMEQATRTIYSEYAAYPETQGIIAVEKRQPRDSLTDQFDVLLLVITRDPSVEWTVKHYRLNTLRVSLHLVHEQVLSRWLILNANRRAVHWVSEGTIIFERNDYLTDLKKQLRNFPETERCLQMSLSFAKLLRRFQDGRNLFSRGNYYDAYTHVHHALHHLARLSVLEKGAHPEVVVWEQARLDDPDVYKLYEQLLLSEETLEQRIHLALIGLEHLLQSKVLSGGKYLFEVMRERDRPWTMHELMEESRLTELKVDLGSLVDFFIRKGLIRISYQRTKGLGVELVTYEPVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (ZP_00538802.1) from Exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 A resolution
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Exiguobacterium sibiricum
molecule keywords Nucleotidyltransferase-like protein
total genus 107
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14540 NTF-like Nucleotidyltransferase-like
A PF18576 HTH_52 Helix-turn-helix domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3c18A03
1.20.120.330 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Nucleotidyltransferases domain 2 3c18A02
3.30.460.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 2 Beta Polymerase, domain 2 3c18A01
1KNYA 2BEOA 5LHHA 4P4PA 2W25A 4S05A 2E7WA 4E70A 2J5PA 1D8KA 2EA2A 3I58A 4KLQA 2FE3A 3HX0A 3BY6A 3RJHA 4KLLA 1XSDA 3JPTA 3P9KA 1R8BA 2ISYA 9ICEA 5J0SA 1Z7UA 2OA4A 1R8AA 3UPSA 5J2EA 1SFUA 1S6LA 2KKOA 4A0YA 4I2IA 3RPUA 5CHGA 1DDNA 1J5YA 1OMIA 4EJVA 5ICGA 1IF1A 1FNNA 3CO6C 1ZQPA 3F23A 8ICPA 5CA7A 2TDXA 4BAYA 2ZH1A 4IHSA 2LKPA 1MIYA 3WODF 1J2XA 4HDVA 1O3QA 4X0BA 8ICIA 4X4PA 3DKWA 2UXNA 4MF8A 3GZ5A 5HHIA 2P5VA 1D3YA 3CO7C 1S7OA 2ACJA 2D45A 1FYKA 1VTNC 2MBFA 1ZQRA 3RH4A 4M47A 3WFSC 5D4RA 7ICOA 4JWMA 4RB2C 1ZN2A 4KLJA 2XGXA 2GAUA 3HJ4A 2QVOA 3GM3A 4XA5A 5KK1A 1HW2A 1XGNA 3QU3A 1BIBA 1YTYA 4RQ5A 1K78A 4XSXF 1F5AA 4UB2A 1B6AA 1IXCA 4I01A 5L3GA 1DPUA 1OW8A 1JQRA 1I6XA 2Q00A 1BPDA 4PHPA 4UXNA 4HQMA 4RQ1A 3M1EA 5E1XA 3ISBA 2ZH2A 4RQ7A 4EV0A 5HR9A 2HOEA 4NLNA 2IA0A 5HC9A 4K4HA 1Q1HA 1H0MA 1NO5A 5CB1A 4R65A 3BZ6A 4LJZF 3L7WA 3LQCB 1L0OC 4DNCA 2W9MA 1PP8F 9ICSA 3HOTA 4KUMA 4ETSA 3F3XA 2YX4A 3AU6A 2JSCA 1ZRFA 4EM0B 4KN4X 3H3ZA 3O2PE 4M9NA 2L3DA 5LHIA 2QQAA 1LEBA 4Z6DA 5HRKA 3FMRA 2M30A 3MCZA 3AU2A 4EBJA 2M8EA 2ZFWA 3KZZA 2Q0OA 1K04A 9ICWA 1XCBA 3C5GA 4NKUA 4GGGA 2PLYA 2HFHA 3JPRA 9ICXA 2OZUA 3ZQ7A 4YFKF 2ZH5A 3DF8A 3C2MA 1LNWA 2M5WA 4FHWA 2IRFG 1OYYA 5IIJA 4KLGA 5JFRA 3GEZA 5ICFA 4PGQA 4L9TA 3LA7A 2ZCWA 3WFRE 4Z6FA 3B02A 3KCCA 7ICIA 9ICRA 3K0LA 5DCFA 1KGSA 3RQEA 1EH6A 3V8JA 1IUYA 4XRHA 2V9VA 3RJFA 2YPRA 1XN7A 3TKYA 4GXKA 4I2FA 2QQ9A 2EV5A 3JTGA 4MEXF 3P9IA 5E17F 4X4VA 2A5YB 4RQ4A 3HTUA 4MF2A 3QPTA 2PMUA 4RQ8A 5E1ZB 3RQGA 8ICWA 1TBXA 3AQLA 1KU9A 1R1TA 5BPCA 2NYXA 2PFPA 5CVJA 1ZGJA 3OVAA 1XSVA 3V7RA 3FM3A 4AVPA 4FX4A 3ZMDA 2VBZA 5TRDA 4O5EA 4G7HF 3RH6A 2A3SA 1XDUA 3LA2A 3MEXA 1TLHB 3I4PA 5JHUA 2JT1A 2X4HA 3TO9A 2BBYA 1BN5A 1TVAA 4R66A 4MTEA 4ENJA 3H3AA 4R1HA 7ICMA 2CYYA 2QZ8A 4X4TA 5J0QA 2EFWA 1Y0UA 4HV6A 1XCVA 4IQUA 3CUQA 4ZH4F 3HIYA 2P7CB 4PGHA 5J2FA 4LT6A 4M9SA 1ZLKA 3EYIA 2FMPA 3GW2A 4KIBA 4UVCA 1T38A 3ML6A 3KP4A 4MHGA 1XMKA 1STZA 1DUXC 3E6BA 4G6DA 1U78A 3MWMA 4AT9A 1ZQHA 1ZQNA 2GZWA 2MLKA 3GFIA 3RTRA 2WC2A 4KIGA 2L6GA 4U88A 4IPAA 3ZMUA 3C8GA 3V7CA 8ICCA 1FBSA 1BC7C 1U5TA 4RWOA 1EV7A 4IF4A 4A5MA 2VE8A 1F4KA 5DV5A 5DBBA 2DQLA 3WG9A 4I2GA 1W7PB 4KN7X 3V7SA 5J0XA 2FMYA 1JGSA 4LFUA 1UEUA 1Z05A 4I2DA 2KJBA 5BOMA 4KLUA 2RKHA 4MGRA 3U9GA 3ERED 3ZMVA 2PQ8A 1R22A 2DPDA 3HHGA 1IN4A 3V7LA 4HLXA 4MFAA 2ISOA 1U6GA 2LK4A 5H6RA 2V1XA 2LF7A 5ICEA 3L8JA 4B09A 2BE3A 2KIFA 2KIUA 1HW5A 1IRGA 4DO9A 2ZNZA 1G6NA 3VFZA 2NRAC 4AT8A 2GA2A 5DUKA 4JQFA 4P55A 4ATBA 3CLOA 1FOKA 2HDCA 5D8LB 4I0BA 3U2RA 4QZ9A 4YG2F 3GUDA 7ICNA 1SMTA 4BYYA 4YD2A 3V7JA 1MIWA 4MEYF 3F6OA 3TFRA 2QUFA 4RAYA 5J0WA 5J2KA 2HYFA 4FHXA 3C2LA 4LZDA 4Z2YA 3GM2A 5DB9A 4P5OA 1IN7A 4KMFA 4QZCA 2DU9A 5HRLA 3OV7A 3DPLC 3ECOA 3K69A 5JVTA 3ELKA 3LWFA 4PDKA 2ZKZA 4FX0A 3EQLF 3RH5A 1XDSA 3BJAA 4UV8A 5LLQA 3GFJA 3B73A 4N0BA 1Q79A 3FF5A 2P5LC 4UBCA 5DEDA 4YMMA 5LGTA 8ICNA 3WGHA 4RB3C 2NS0A 5HDNA 3H38A 1F9NA 5HDGA 3E5QA 5J2DA 2F2EA 3OVBA 1QO0D 4A12A 1FWZA 5HOOA 4RGRA 3CJNA 5CR0A 1RPLA 2D2WA 4IXAA 3WGGA 4YCXA 2HR3A 2VE9A 1ZJNA 2XAQA 5ERIA 3ZP5A 4NQWA 4O9MA 2A61A 2A69F 3JSPA 2XAGA 2V6CA 1RZ4A 5HRFA 4KLIA 4I7HA 5ICCA 1G4DA 4YD1A 3RKYA 4WC4A 4LVSA 4U7DA 3F8NA 8ICGA 3WU0A 3ABTA 9ICIA 1R1UA 1R1VA 3E6DA 3HW8A 3C2KA 7ICJA 3H3UA 4UB3A 2V79A 4NXZA 5D4BA 3MGIA 4PGYA 1R00A 1SD5A 1KQ9A 1BPBA 4MQ9F 5IT9K 3Q9VA 3JSOA 4FH5A 4UD5A 4PHAA 4IHTA 4RGUA 8ICEA 5K5RA 4UNOA 3BOQA 3SZTA 3OUYA 4HOBA 4HF1A 1ZH5A 2C6YA 1D5VA 3KE2A 1RIOH 2BV6A 1E2XA 2Y48A 3I59A 1KYZA 2STTA 2PEXA 2E7XA 2DQRA 3CDHA 4RS8A 3N4MA 1CF7A 4XQ7A 4XLNF 4FHYA 1XGMA 5FD6A 5IIIA 2EFNA 4WBZA 3I64A 4PZJA 2X0LA 2P4WA 1IN6A 2YWAA 4UAWA 4GXJA 3WTXC 4AIKA 1UB9A 3ISDA 2ZH9A 3PFIA 4A6EA 2BCRA 2F5DA 2L4MA 3AJMA 1Q78A 2FBIA 5K1YA 3ZN1A 1O57A 8ICTA 4GYGA 1GVJA 2HQNA 2VC0A 2WTEA 2UWMA 4G7OF 4PCQA 2EFQA 4I02A 5D4SA 3K9TA 3TDUC 2P6TA 5AIPA 3WTZA 2DFIA 1ZG3A 5CJ9A 2EJRA 4EJWA 9ICOA 2OZ6A 4BHCA 2DAOA 2XAJA 3B71A 3LQRA 4RQ6A 3EUHA 4AIJA 2KRFA 2DR5A 4KFCA 3NYBA 1TQPA 4L18B 7ICFA 2R7FA 1I27A 1XD7A 4UD4A 1TNTA 2NNYA 4AWXB 1OYWA 5J0TA 3JPSA 1R8CA 1ZAOA 1G3TA 1BM9A 1MJBA 9ICFA 2IP2A 3MZHA 2WWYA 5J2BA 2Q8KA 4U0YA 3AQKA 2OBPA 1J9IA 1FP2A 2PBIA 4A6DA 1W5TA 2R7DA 7ICPA 2CQKA 3QPHA 2AS5F 2VT3A 1B1BA 3L9DA 4IRIA 2KJCA 4UAZA 1UHWA 4IQWA 5DB6A 3HRSA 3G73A 7ICLA 1LDJA 2EV0A 3RQFA 1ODDA 4CO8A 4ZZLA 4NLZA 4OINF 3E5UA 1OW6A 3TFSA 3GLXA 1REPC 4WXCA 5F64A 1SD4A 1R89A 4WC1A 4G9YA 5J0OA 4CGZA 5DDGA 2LF8A 2L4AA 4IJAA 4M9GA 2CO5A 4NY8A 2UXXA 4CICA 2H09A 4K2EA 1C0WA 1ON2A 5IILA 4LG0B 2FMLA 2XASA 4ZZDA 4UV9A 1RNLA 7ICGA 3HIFA 2IW5A 9ICGA 3TGNA 1USTA 4G8XA 3BROA 1QPMA 1QNTA 7ICKA 3FXUA 3RJEA 3JZ0A 3I71A 4HZFA 3I5UA 5CYVA 2NRKA 4O6JA 3QOPA 2O8XA 2YX7A 3NQOA 3H37A 1P6RA 1QZYA 2P7VB 3AQMA 3ZMTA 5CLSA 1KQ8A 5BPIA 1FYLA 4A0ZA 2ELHA 1FY7A 4KYWA 4WC5A 2RC4A 4NHJA 2VONA 3M8FA 9ICKA 5DB7A 2W85A 4S04A 3GFLA 5DBAA 5DD4A 2DR7A 8ICOA 3SHFA 1HKTA 4IQTA 3KP7A 5LHGA 4EJTA 3JTHA 2BYVE 4PH5A 2DTRA 2GXBA 4U7BA 3OOPA 3JAMK 4UB4A 4X4NA 1IN5A 2IA2A 4QZHA 3NRVA 1UHMA 2DVIA 1ZGAA 3EYYA 4I2HA 1Z1DA 5ILUA 4EM1A 2K27A 3R6SA 1PP7U 1ZQJA 3ECHA 3GO5A 2HZTA 3T1BA 3C18A 4EJUA 4IQVA 3WTVC 2PFQA 2ZO4A 4Q48A 4DQ2A 1TFYA 1BPZA 3M8EA 4KIFA 4LB5A 2H94A 3FX3A 4GO1A 5DCMB 1MQ3A 4KLFA 2DBBA 1LDKB 2BPGA 2Z9OA 3C5FA 2KK1A 3F8FA 1KQ0A 3V8LA 2DK5A 1PUEE 1JHHA 2XAHA 4S3NA 3FZVA 1BI2A 1WI9A 3GDXA 3ZN0A 4PGGA 5K5QA 1FSEA 3CUQC 3IRQA 5DD8A 2XVCA 4QZBA 1VFGA 2RQPA 2HYGD 4AT7B 9ICMA 2G7UA 8ICXA 4R79A 4AT7A 6PAXA 2RN7A 3U0CA 1T6SA 4MFCA 4EVIA 5AIQA 2ESHA 4TUPA 2NAZA 4XRFA 3R4KA 4UAYA 1PX5A 4CXFA 2W24A 2DI3A 2W57A 5ED4A 5CWRA 2VN2A 5LEJA 2HGCA 5A2QZ 5E8IA 5J0PA 1KEJA 3R0AA 4QZEA 3I54A 2FBHA 4XEFA 3UXPA 4P96A 1NHAA 3IL2A 4CYDA 1J59A 5HREA 3LK9A 1SMYF 5HLIA 3K1NA 3WE2A 4EMSA 9ICHA 2DT5A 3DXJF 3F8CA 4XLPF 1OW7A 2BGCA 5DEQA 1LQ1A 2FSWA 4HDUA 3LSTA 1ZQSA 5D5WB 5DYMA 2O0YA 2K7LA 4JBAA 1O3RA 5D49A 1ZQDA 1FSHA 3MQ0A 3COAC 4M9ZA 1W7PD 1YLQA 4QZAA 5HS8A 4P2HA 2G7HA 4FO6A 5HS9A 4BH9A 1L3LA 1WSUA 2YSRA 2XKPA 4YFNF 4P9UA 1ZQXA 3JPNA 4M9LA 4Q4ZF 1BI3A 2HS5A 5IT9Z 2FMSA 1MKMA 5D5XB 3BRJA 1BJAA 5L3EA 4RB0A 1QVXA 4M9XA 1K7AA 2L6HA 7ICHA 2VBXA 4EBKA 3F72A 2CW0F 3F22A 1TTYA 1P2FA 4X4UA 1IW7F 2P5KA 3JPQA 3V72A 5D5UB 3SFZA 2ZBKA 1IAWA 3L9FA 4I28A 2V1DA 4XQ8A 3MGHA 8ICHA 3Q5FA 3GM1A 4TURA 5D6FA 4UB1A 4RT3A 3C66A 2CGPA 5J2CA 4RQ2A 4KLDA 3O3KA 4O5VA 4DOAA 4LLLA 9ICJA 4ZYEA 3ZPLA 1HSJA 4ZYHA 2HHPA 2LSOA 4OMZA 1MJAA 1W7PA 5BMZA 4IG8A 3DP7A 5J0RA 1U2WA 2CWEA 1UEVA 4A5NA 3K7DA 4PGXA 1Z9CA 5L3BA 1XGSA 2XAFA 2O6GE 2VC1A 4PHDA 4WC2A 4E80A 4WX9A 1J7KA 3E97A 1CGPA 1XSLA 3LFKA 4OIPF 1SD7A 4QZGA 3FMQA 4HA8A 4HW0A 4JWNA 4GCVA 4RAZA 3M9AA 5E20A 3HHHA 1AOYA 4Z6CA 5J2IA 4NM1A 5H20A 5DBCA 1FP1D 2H6BA 5KVRA 2JPBA 1EH7A 2MD5A 2Z3YA 4QWQA 1R23A 1IN8A 1BI0A 3ZMZA 1GHCA 2DW4A 1B4AA 5CP2A 1ZQFA 3E3VA 1P4WA 2I9GA 3WTSC 3QRFF 8ICAA 1KU2A 4L0YB 9ICAA 2BPCA 1YYVA 4RWNA 2XIGA 1BIAA 1OU5A 5CVIA 1D8JA 2XKOA 1ONVA 2QBYB 2FNPA 5F1RA 1S3JA 3WFPA 2GWRA 1O7LA 3G3ZA 3HRUA 3F8BA 4WBYA 4L5IA 2PXIA 2H27A 2GWSA 5EOZA 4XUSA 3J81K 2EV6A 2ESNA 5HRHA 9ICPA 8ICUA 4L9JA 2FQ3A 3TOBA 2JRTA 4CHUA 5A2QK 3DPTA 2BCQA 2QENA 1WRJA 1LEAA 1QGPA 2RGVA 1S7AA 2EFOA 1MJ9A 1JE8A 4X0AA 3T5XA 1RUNA 1ZRCA 1ZQLA 1U3EM 1BOAA 8ICLA 4JK1X 4BHPA 3RYPA 4LZGA 9ICVA 3WFQE 4CDGA 8ICKA 3TULA 4P9FA 3GYHX 4A0XA 2NNNA 4UUVA 3TO7A 5FLXK 4OIRF 4Y13A 1PDNC 1SD6A 3WTUC 4BHBA 1O7FA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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