The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
157
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sequence length |
540
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structure length |
540
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Chain Sequence |
SQLVECVPNFSEGNNQEVIDAISQAISQTPGCVLLDVDAGPSTNRTVYTFVGQPECVVEGALSAARTASQLIDMRKHKGEHPRMGALDVCPFIPVRGVSMDECVLCAKAFGQRLAEELNVPVYLYGEAAQMPSRQTLPAIRAGEYEALPEKLKQAEWVPDFGPSSFVPSWGATVTGARKFLIAFNINLLSTKEQAHRIALNLREQGRGKDQPGRLKKVQGIGWYLEEKNLAQVSTNLLDFEVTALHTVYEEARREAQELNLPVVGSQLVGLVPLKALLDAAAFYCDKEKLFVLEEEHRIRLVVNRLGLDSLAPFDPKERIIEYLVPDSGPEQSLLDASLRAFVREVGARSAAPGGGSVAAAVAALGAALASMVGQMTYGRRQFDHLDSTMRRLIPPFHAASAQLTSLVDADARAFAACLGAIKLPKNTPEERDRRTCALQEGLRQAVAVPLKLAETVSQLWPALQELAQCGNLSCLSDLQVAAKALETGVFGAYFNVLINLKDMTDDVFKEKTRHRISSLLQEAKTQAALVLGSLEARKE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Anisotropically refined structure of FTCD
rcsb |
| molecule tags |
Transferase, lyase
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| source organism |
Rattus norvegicus
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| molecule keywords |
Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
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| total genus |
157
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| structure length |
540
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| sequence length |
540
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
2.1.2.5: Glutamate formimidoyltransferase. |
| pdb deposition date | 2007-04-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02971 | FTCD | Formiminotransferase domain |
| A | PF04961 | FTCD_C | Formiminotransferase-cyclodeaminase |
| A | PF07837 | FTCD_N | Formiminotransferase domain, N-terminal subdomain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Formiminotransferase, C-terminal subdomain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Formiminotransferase-cyclodeaminase; Chain B, domain 1 | Formiminotransferase, N-terminal subdomain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QD1 A; 1O5H A; 2PFD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1M1H A; 1PC5 A; 1B7Y B; 2W9Y A; 1CEZ A; 3QWP A; 3M8W A; 1MU2 A; 4BBY A; 3UDL A; 2HVI A; 3LNM B; 2WB7 A; 3G71 S; 1UFW A; 3C15 A; 3TX8 A; 2BEF A; 2UXD J; 3R6L B; 4DSJ A; 1YJN S; 3T3F A; 1LE4 A; 3HVT B; 3KK1 B; 4NCG A; 1D1A A; 5I42 B; 5KFY A; 1KNZ A; 2HUJ A; 1WG5 A; 4UDV A; 5KT6 A; 3IM9 A; 2W7P A; 1HWU A; 3L0I A; 1TK0 A; 1Z2Z A; 2R05 A; 1H38 A; 4IUF A; 1UAW A; 2GCF A; 1KQF B; 2RDJ A; 2XC9 A; 2DO4 A; 1IUJ A; 2GWW A; 2XWX A; 4ZN3 A; 3CUN A; 2VPZ B; 5DLJ A; 3C66 A; 9RUB A; 2AT1 B; 4YN0 B; 3H2L A; 4IFV B; 1ZAW A; 4DR4 F; 1VOM A; 2XMM A; 5IOL A; 3BH6 B; 2RML A; 2VPY B; 1Y00 A; 2KXN B; 3CC7 S; 5KT5 A; 4OZJ A; 2E87 A; 4NLD A; 3MCS A; 3HHD A; 4ZPT R; 2XGP A; 2BM1 A; 4NYO A; 3GYN A; 4F3Q A; 3BR9 A; 2GA0 A; 4IDK A; 3TUP A; 2VQF J; 1FD2 A; 4AYB D; 2BOP A; 4O3N A; 4USW A; 1HD0 A; 3GIM A; 2CYD A; 3EPI A; 2DIT A; 2F65 A; 5D4P A; 3GR0 A; 2RS2 A; 5I3Q A; 2AJ4 A; 3CIZ A; 2WON B; 2WVF A; 4KPY A; 4ZKA A; 2G13 A; 2D5R B; 4NX9 A; 3EZ5 A; 2YX7 A; 3L8J A; 5B0G A; 3RRH A; 2BJ9 A; 3QT6 A; 1SXL A; 4MTG A; 4LSL B; 2WOM A; 4FNH A; 2YL1 A; 4OZ2 A; 3VGS A; 4G1Q B; 3K5L A; 2GC8 A; 1S9G A; 4RJV A; 2HV7 A; 3MMA B; 3OV7 A; 2ZE2 B; 1MLA A; 4RLE A; 2AGP A; 2H4Y B; 3SP1 A; 1U2F A; 4B9S A; 3VM6 A; 1CGN A; 2IHR 1; 2FC8 A; 1K9M T; 5D6G A; 3PX4 A; 2B8Q A; 1RAO A; 2J9V A; 3SQG B; 4YK5 A; 4OZ3 A; 4K1O A; 4M5M A; 1X4C A; 4Y0F A; 3RAM A; 2QV6 A; 2R9L A; 1MMG A; 1VBX A; 4EWT A; 3GZ7 A; 3CO0 P; 4FXD A; 4RBN A; 2FQQ B; 2ILZ A; 1BQN B; 2B0J A; 1VBK A; 3WDO A; 5D77 A; 2L6H A; 3Q8R B; 4YT5 A; 3IAM 9; 4YT8 A; 3U3B A; 1M5O C; 4NXM F; 3RBZ A; 3N0T A; 3BQ2 A; 4ZCM A; 1JLA A; 2YWK A; 5DZ6 A; 4QW8 A; 1RTH A; 1GX6 A; 3GEI A; 2XNQ A; 3KHR A; 4ECW A; 4ID5 B; 2HYI B; 1Y0H A; 2H4W B; 5BR8 F; 3T9Z A; 3CSK A; 3TAQ A; 4PG6 A; 1EX8 A; 1X4E A; 4I64 A; 3DM2 A; 1D9F A; 1QAY A; 3CDW A; 3BGR B; 4OZL A; 1S05 A; 2OFG X; 4CRJ A; 2GHW A; 5LSR A; 3TAN A; 4WP8 A; 1C02 A; 4V19 X; 4R8U B; 1NK4 A; 4DVY P; 1Q16 B; 3M30 A; 4OYZ A; 4A8W A; 1ZW3 A; 2ZD9 A; 3DYA A; 3I5B A; 1VHF A; 5L0C A; 4KB7 A; 4B6I A; 2OCC C; 1QLN A; 4OYM A; 5EDW A; 5GAG U; 4I1T A; 1N56 A; 4YB1 P; 3NWG A; 1NU7 D; 4G7O F; 5DDQ C; 2BJE A; 3DKA A; 3S84 A; 3GIJ A; 4FPI A; 3J7Y U; 1PYS B; 2AYG A; 1F60 B; 1SH0 A; 1YJ7 A; 2M9K A; 2AW0 A; 2YWH A; 1MWQ A; 1BLU A; 3MGJ A; 3FJ2 A; 4OX9 J; 5KFU A; 1S0M A; 3GCW P; 3I82 A; 3PCO B; 2R4F A; 4ZP6 A; 2KSF A; 8ATC B; 4QWB A; 3GV8 B; 2KYH A; 1NAQ A; 5IQQ A; 4RW6 B; 3V6H A; 1GK8 A; 3KNG A; 2C3O A; 3D54 A; 4ZN1 A; 1RA7 A; 2ASL A; 5CCL A; 5J2N B; 2B9Y A; 1M1G A; 3UNG C; 5HSP A; 2M70 A; 5GAE U; 4DX5 A; 2IA0 A; 5T41 A; 2EFV A; 1LS4 A; 1IBM J; 2GIR A; 4ZJL A; 1L5U A; 4EFA C; 2H48 B; 1RXO B; 5B3I A; 1B70 B; 3W66 A; 3GG1 A; 2ILY A; 2C2E A; 1RWU A; 1N33 J; 2R9R B; 1YAU O; 2EEY A; 5F3Z A; 5BYQ A; 4O4R A; 2IM1 A; 5CA5 A; 3PX6 A; 2RHQ B; 2CPX A; 1KSP A; 4G6V B; 4MTP A; 2B8P A; 3M8Q B; 3JSE O; 2YH1 A; 2Y9H A; 4DR2 F; 3RQF A; 1UZH A; 3O1L A; 1BQX A; 4LR7 A; 1XNQ F; 3V81 B; 4KH0 B; 3WX4 A; 2YX4 A; 3G4Z A; 1FJG F; 3J81 U; 2QLJ B; 4G1I A; 4F50 A; 3R3T A; 3BV8 A; 2JH3 A; 4U8V A; 2J76 E; 5JSL A; 1JB0 C; 3PRB A; 3ENA A; 2QA4 S; 2GQC A; 3QRP A; 2HS5 A; 1YLM A; 3LNR A; 4KC5 A; 5A69 A; 4OYX A; 2BL2 A; 2E66 A; 4N8O A; 1ORS C; 2IVY A; 3H4D A; 2A2C A; 1TR0 A; 4KHM A; 1UZD A; 5A0Y B; 2L48 A; 5C25 A; 4MVM A; 2IPO B; 2BA9 A; 4ZVP B; 1S1T A; 5HRO B; 4JI1 J; 1KHV A; 1DTQ A; 3PG9 A; 5HL7 Q; 5LMN F; 2WZL A; 5C7P A; 1TFO B; 4NOH A; 1VQS A; 3F41 A; 5KFC A; 4JV5 J; 4DFP A; 3QT5 A; 2OAU A; 2B7C B; 1SJ3 P; 3W7B A; 4R5P B; 3P49 B; 5E3A A; 2QNL A; 3TR5 A; 3G6Y A; 2J7P A; 3JSM B; 4W92 B; 2XXA A; 4B3S F; 2C04 A; 2IAJ B; 3G6X A; 1VMA A; 2J8A A; 3VV2 B; 1D8Z A; 4CWB A; 2UXB F; 1N5S A; 3FEY B; 4DV5 F; 4CSA A; 2W2O P; 3CZ6 A; 2ZZM A; 4BJT A; 1SKR A; 3OFH A; 1ACM B; 3OUY A; 3KHG A; 3IQ5 A; 4WK1 A; 1RU2 A; 1K1Q A; 1IN0 A; 4UOF A; 2CQ2 A; 3CJS A; 2RRN A; 1PJ6 A; 2BJ3 A; 4F0H A; 1JIH A; 3IWX A; 2P1A A; 2LKZ A; 2HWH A; 2XLE A; 2H9Z A; 4DR4 J; 3BKF A; 1TL4 A; 3EZU A; 2XYG B; 1P9Q C; 5L1L A; 3HLZ A; 2OPR A; 4JUZ A; 2MKH A; 2MQP A; 1WDD A; 1RAA B; 3PV8 A; 4HVZ A; 3IQC A; 1U1R A; 3KDN A; 1S6Q A; 5SUH A; 1FXD A; 3V4M A; 3TAM B; 5EGY A; 3PR5 B; 1QDU B; 3KWM A; 3ZQY A; 3MED A; 2QRR A; 1JLE A; 3BSO A; 1TU0 B; 2QTV A; 4DPY A; 4OYB A; 1T03 B; 3PYF A; 5GVQ A; 4O44 B; 2MEW A; 4HI1 A; 1GGQ A; 4KV8 B; 4DPO A; 3LOU A; 4C6A A; 2ZH9 A; 2QLW A; 4XPW A; 2D3Z A; 4KY3 A; 4CLT A; 3Q24 A; 3NKD A; 2ZVS A; 5CAB A; 3IM8 A; 1WEY A; 4C11 A; 4DCJ B; 4NI2 B; 5B09 A; 3IP0 A; 2JD3 A; 4K4S A; 1ZS6 A; 1QSS A; 2ALZ A; 3AJD A; 1NKC A; 3QZ8 A; 2F8M A; 3BEG B; 3OFE A; 3T5L A; 1RWX B; 3LAK A; 1BQM B; 3ZZU A; 5SZT A; 2XL8 A; 4X62 F; 4OX7 A; 4RW4 A; 4FES A; 2C2O B; 2Q00 A; 4MTF A; 2W7A A; 5A6B D; 5AXK A; 1SUQ A; 2ZJQ Q; 3E70 C; 4UY8 T; 1HFE L; 2DGO A; 4YDD B; 5IWA F; 2FY8 A; 2M3D A; 5AXN A; 1FA0 A; 3LP1 B; 2EIN C; 1U7L A; 4HFF B; 3U5S A; 3IR6 B; 1ZYQ A; 4FKY A; 3DM5 A; 3AXK A; 1VQY A; 4ANJ A; 5CI8 A; 3DRX A; 2MQM A; 5C2C A; 3CJK A; 2WVB A; 5KFR A; 3G87 A; 3V6D B; 2AJ0 A; 3NS7 B; 2XEX A; 4M1K A; 1YJV A; 1CPZ A; 5KT3 A; 3BR8 A; 2VC0 A; 4M95 A; 4AL1 A; 1RT5 B; 4PUO B; 5THW A; 3S01 A; 5BR8 J; 2DB4 A; 5LJ5 Y; 4MVU A; 4DOZ A; 1Q79 A; 1YZA A; 4TKT A; 3GCX P; 4NTA A; 2FHO B; 3IEE A; 3G4X A; 1SH2 A; 1S0O A; 3JQJ A; 4NZ6 A; 2ZHB A; 2Q6C A; 4RNH A; 4CI0 B; 3OA1 A; 3MR5 A; 3AGU A; 3DLE A; 1A41 A; 2G2Y A; 4OHW A; 3D9B A; 3LPY A; 3KJV B; 3CJ4 A; 1NSA A; 5EX3 A; 4DL3 A; 1RCX B; 1O51 A; 3L9Z A; 3IXQ A; 4LIW A; 2YH0 A; 1VK8 A; 4GRS A; 2CCY A; 4EU0 A; 3HSD A; 2BUN A; 3PR4 A; 1IKV A; 3VR1 A; 1RKJ A; 3CDE A; 1C0U B; 1AVO B; 2ZZN A; 1VLY A; 1D3W A; 3U7J A; 3DOK B; 4KT0 C; 3IBF B; 2KZM A; 4C8Y A; 3JS9 A; 2MQO A; 2R7T A; 2MZS A; 3MMB A; 4OX8 A; 1JOG A; 2NR0 A; 1FMV A; 1S10 A; 2BE9 B; 3FZ2 A; 2OPP A; 4FKX A; 2HK2 A; 4GO7 X; 3SV4 A; 2BV3 A; 1YJR A; 4CNZ A; 4I68 A; 2XY6 A; 4K4V A; 4YDX A; 2VH3 A; 1RWW B; 4JI4 F; 3UO0 A; 1CPR A; 1WEL A; 2I9S A; 5EWE A; 5J2Q B; 1FNX H; 4ZVO B; 3JYT B; 3TOQ A; 3EXC X; 1LOU A; 3UN3 A; 4NLP A; 3W9J A; 4LT6 A; 1ZH5 A; 2ABY A; 2HHS A; 2HHQ A; 3HKZ D; 5L46 A; 4DUZ F; 1XER A; 3MF5 A; 4IRU A; 2GAH C; 1NU4 A; 2EIJ C; 1M2V A; 5DRK A; 3CW2 C; 5LL6 d; 4YY3 F; 3VZI A; 3UWT A; 4CDV A; 3RQG A; 3JYY A; 2ZBQ A; 4U5H A; 2AJ2 A; 2X7I A; 3FQK A; 2EI5 A; 3VAJ A; 3I5C A; 3JTL O; 3MM5 B; 3RB4 A; 3LLI A; 1X5S A; 3GLJ A; 5KYU B; 3FQL A; 2FY1 A; 4RW9 A; 3WAQ A; 3AGT A; 5FZT A; 1H7W A; 2DH7 A; 4CDI A; 4C7O B; 3H90 A; 4OMF G; 1KOH A; 3E2E A; 2Q3T A; 1JJH A; 2L3M A; 1GTH A; 3A8K A; 4OYI A; 3EDQ B; 1Q1K A; 2H7B A; 1FRI A; 1B7F A; 2CNK B; 3J7A N; 2A68 F; 1TAU A; 4DR2 J; 3G86 A; 1AB8 A; 4WTY A; 3T5J A; 2DGU A; 3M2V A; 1XNQ J; 3TJ6 A; 3V5X A; 1FJG J; 2CNW D; 3K1H A; 1HW2 A; 4LRA A; 2G4B A; 2ICW G; 2V9W A; 4Y65 A; 2C3U A; 3AB4 B; 2XO6 A; 2RQC A; 5JS5 A; 3CXC R; 3G96 A; 1C0T B; 1X5P A; 4E0H A; 1OSD A; 2UV8 G; 2RT3 A; 4M94 A; 5KG0 A; 2KFY A; 3MDF A; 5GME A; 2KU7 A; 1D0Y A; 2G0J A; 2OU6 A; 5AJ3 J; 1JXV A; 3M2R B; 2EVZ A; 3KLE B; 1HBO A; 5L1J A; 2WAQ D; 2ZOG A; 4XEF A; 4IJJ A; 2YKN B; 3VAI A; 2EPN A; 2A0B A; 1RCP A; 1H73 A; 4HL9 A; 4FVM A; 2XMU A; 2KT2 A; 4PYA A; 3JRT A; 1HBM A; 2WVD A; 5LMN J; 3KDO A; 4CNY A; 4EBD A; 3EIC A; 3C6U A; 3J80 U; 3LEO A; 4P2S A; 4KGZ B; 3POV A; 5LJ3 Y; 4ED2 A; 1TFY A; 1NJI T; 1SJQ A; 3SMZ A; 1YQH A; 3UCZ P; 2WHO A; 4ELV A; 2RQ4 A; 2ZHO A; 5F5F A; 3CB4 A; 3LUT B; 1S7H A; 3P6Y C; 1KTQ A; 2UV8 A; 2UXB J; 2XQC A; 3Q8U A; 4BS2 A; 4I7F B; 4DSF A; 1UEU A; 2HBY B; 3MZI A; 1TKT B; 4CLZ A; 1QM9 A; 1TFK B; 1P8G A; 3NGS A; 4MIW A; 5JLI A; 4DR6 F; 4H4O B; 4DV0 F; 1XIQ A; 2IXO A; 3I5P A; 5JUM A; 4LFC F; 1N54 B; 3DRR B; 4FYD A; 3Q23 A; 4ZVH A; 3SDE B; 3ZNU A; 2R7S A; 2AU0 A; 2IMW P; 4FS1 A; 4JI0 J; 2BAN B; 1OYD A; 1YX2 A; 1SJR A; 4L73 A; 1Y3K A; 1FRL A; 1M90 T; 2V2K A; 2KI2 A; 5KG3 A; 3KKB A; 2QG9 B; 1SI9 A; 2KFN A; 2HUR A; 3KOA A; 2CPD A; 3N2Z B; 2CDQ A; 2Y1I A; 1NHU A; 3KXD A; 4DQP A; 2QZ8 A; 4DQI A; 4N6H A; 2CQB A; 1VIO A; 1WG1 A; 3U0C A; 3OHA A; 2J8S A; 1JXE A; 5CYM B; 4U6P A; 4HEA J; 3BS9 A; 4J7Y A; 2KYX A; 3NBP B; 4CLK A; 2AEF A; 1QLE C; 2RQK A; 1T94 A; 2ZH5 A; 5HAN A; 2MTL A; 3F44 A; 4JI8 F; 4YFU A; 3U2L A; 1R3N A; 1NK8 A; 1T02 A; 3OHB A; 4G78 A; 4M63 A; 4CS8 A; 2XM4 A; 3R27 A; 2UZA A; 2J0Q D; 2CQ1 A; 3NLC A; 2FLL A; 1OKK A; 2V9K A; 1WAT A; 3I4H X; 2XG8 A; 3F73 A; 2ZVI A; 1V9O A; 3Q86 A; 5K5M A; 1N5Q A; 3NAI A; 2PA3 A; 1CGO A; 1H72 C; 5F9N A; 2UVV A; 1PGZ A; 1S1V B; 3KG0 A; 3K1I C; 1N36 J; 3AA8 A; 1U0H B; 4RUA A; 1KDN A; 2LIG A; 2CYY A; 4X62 J; 1NBE B; 3U8P A; 3NNC A; 4OIN F; 1S6P A; 2V2Q A; 2A0U A; 3I5Q A; 4O6N A; 1DUR A; 3R7C A; 1WHV A; 3N79 A; 1VDH A; 5IT9 U; 1YRX A; 1IJF B; 1ZAV A; 4UY8 5; 4TYB A; 2NUH A; 4I69 A; 1WKK A; 1R0B G; 3SSR A; 4NYZ A; 4IOA Q; 5IWA J; 2F7V A; 5T7L A; 1IR1 A; 1M5K C; 4B3R J; 4DCO B; 2YNI B; 2HQG A; 3BDE A; 3FFI A; 3HNI A; 4N4W A; 2KNH A; 4DFJ A; 4TLQ A; 1HBN B; 1EP4 B; 4IYQ A; 5A6K A; 1YZ7 A; 2LVW A; 1MND A; 3LS0 A; 2L9N A; 2HNZ B; 2VD3 A; 2DGT A; 4PAA A; 2LEC A; 1B0T A; 3MEE B; 3QTH A; 4M8L A; 1ZM9 A; 1X8D A; 3IQT A; 2AJF E; 2EPM X; 3ENV A; 2JLF A; 2V34 A; 2A1D D; 4ER8 A; 4P10 A; 5KYN A; 4JBC A; 5ITH A; 5KYY B; 8RUC A; 2ASR A; 1IQZ A; 3NYJ A; 5AT1 B; 1C4C A; 3TJ5 A; 3T1H J; 3RBX A; 3R5J B; 3EX7 B; 1LW2 A; 2DGQ A; 3WZ0 A; 1R7I A; 3GM3 A; 3B0V C; 4BG0 A; 2SXL A; 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