The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
213
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sequence length |
617
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structure length |
602
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Chain Sequence |
SHMAWVVDEFDVVVIGGGHAGIEAALAAARMGAKTAMFVLNADTIGQMSCNPAIGGIAKGIVVREIDALGGEMGKAIDQTGIQFKMLNTRKGKAVQSPRAQADKKRYREYMKKVCENQENLYIKQEEVVDIIVKNNQVVGVRTNLGVEYKTKAVVVTTGTFLNGVIYIGDKMIPGGRLGEPRSEGLSDFYRRFDFPLIRFKTGTPARLDKRTIDFSALEVAPGDDPPPKFSFWTEPVGSYWFPKGKEQVNCWITYTTPKTHEIIRKNLRYCPSIEDKIVKFPDKERHQIFLEPEGLDTIEIYPNGLSTSLPEEVQWEMYRSIPGLENVVLIRPAYAIEYDVVPPTELYPTLETKKIRGLFHAGNFNGTTGYEEAAGQGIVAGINAALRAFGKEPIYLRRDESYIGVMIDDLTTKGVTEPYRLFTSRSEYRLYIRQDNAILRLAKLGRELGLLSEEQYKLVKELEREIEKWKEFYKSERVSVAVGGDTRSYSVATLMTMNYTLDDVKEKFGYEVPQHPYVKEEVEIQLKYEPYIERERKLNEKLKKLEDTKIPPDIDYDKIPGLTKEAREKLKKFKPITVGQASRIDGITPAAITALLVYLGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Conserved cysteine residues of GidA are essential for biogenesis of 5-carboxymethylaminomethyluridine at tRNA anticodon
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Fad-binding protein
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source organism |
Aquifex aeolicus
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molecule keywords |
tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme
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total genus |
213
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structure length |
602
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sequence length |
617
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chains with identical sequence |
B, C, D
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2008-12-24 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
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A | PF01134 | GIDA | Glucose inhibited division protein A |
A | PF13932 | GIDA_assoc | GidA associated domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Arc Repressor Mutant, subunit A | ||
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CP8 A; 3G05 A; 2ZXI A; 3CP2 A; 2ZXH A; 3CES A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1T8I A; 4P0Q A; 5AM3 A; 3QZ8 A; 1N62 A; 2STT A; 2GJK A; 3BR2 A; 5CHG A; 4NXZ A; 3KHH A; 1EFC A; 2UXX A; 3OKX A; 1K9M D; 2NO4 A; 4BPR A; 4TUQ A; 5F04 A; 1S8O A; 1JJ8 C; 3K4C A; 2VKQ A; 8ICC A; 2QQ8 A; 3HIL A; 2IOF A; 3DKX A; 1ZEL A; 4F8R A; 1RIO H; 3JRH A; 5J2C A; 2P6R A; 3LSH A; 4ZYD A; 4B4C A; 3OSN A; 3T0Y A; 4KMU A; 4B3X A; 4KIT B; 2K4E A; 4RQ5 A; 1I8D A; 5CVU A; 3OGU A; 1U45 A; 3ABU A; 4A5M A; 5J2I A; 3WTZ A; 2M5S A; 1MRZ A; 4O3S A; 5B1A H; 3H7I A; 1ETV A; 2FQ4 A; 1RRJ A; 5L3D A; 3HL2 A; 3K75 D; 3HGY A; 2KJB A; 3AAF A; 2RRD A; 2XC9 A; 4RT3 A; 1PK1 B; 4CCO A; 3WTY C; 5J0O A; 2H5X A; 1NDH A; 4P26 A; 4AC9 A; 3KZI U; 5LHI A; 4QSH A; 3HC7 A; 3HOT A; 2P0W A; 2FMQ A; 5IT3 A; 2PBI A; 2DA2 A; 4FFD A; 2PMZ C; 1S8N A; 1GUU A; 3CCJ B; 3HRS A; 1TQP A; 5LRS A; 4X5V A; 3WNC A; 1IUY A; 2LRD A; 2E34 A; 1KU3 A; 4C8M A; 3JPO A; 5ALI A; 5KFA A; 1D3Y A; 4JWM A; 5LGN A; 2X85 A; 3PSP A; 2JMW A; 2W9B B; 2ZZG A; 2JRZ A; 4I01 A; 5DUK A; 4YRV A; 1DPR A; 2VQH A; 2DFI A; 1QLN A; 5A0L A; 1MJA A; 4A3I J; 4L18 B; 1A6S A; 5EGO B; 3MMY B; 3GBG A; 1XSD A; 2EIN H; 3Q8L A; 4RUA A; 5KT4 A; 3ZI4 A; 3WXM A; 5AIC A; 2E1O A; 1ZQF A; 3NWT A; 2IGM A; 4KLF A; 1GDT A; 3QU4 A; 2GIV A; 5EYR A; 5KCM A; 4YXM A; 1M1K D; 1A31 A; 1NG7 A; 1Q3U A; 2JGA A; 3GME A; 4DL5 A; 4DQL A; 5F08 A; 3E5X A; 2HCF A; 4IXA A; 1ZG1 A; 3Q8Q B; 5HNF A; 9ICI A; 2QQA A; 8ICR A; 1YHQ I; 2KIV A; 4P9S A; 4CDG A; 4EX6 A; 5KFC A; 3FXR A; 3M9A A; 1GAW A; 2B5O A; 2DTR A; 4ZTF A; 2X3U A; 3NS1 A; 1E3X A; 2Z7J A; 3CDH A; 1WWX A; 5EF6 A; 3NEU A; 1P7J A; 1JHH A; 3WE2 A; 3DFG A; 2DDA A; 1HQC A; 1UG2 A; 3K4G A; 4I28 A; 2J6S A; 3HKZ C; 5IIK A; 2FMY A; 4DOC A; 3T5X A; 4I6Z A; 4FX4 A; 2Q0O A; 2V9V A; 5ALF A; 2AGQ A; 4DSI A; 2LF7 A; 4I98 B; 3PUM A; 3AEV A; 4PHD A; 5KFX A; 3J80 Z; 3OYA A; 2BPC A; 3ED5 A; 5JBQ A; 1Z19 A; 4HNV A; 4DK1 A; 3A0B C; 1NNL A; 1EFU A; 3F6V A; 3MKL A; 2E8N A; 3FMQ A; 4L9V A; 5BOX A; 2BBY A; 4OIR F; 9ICN A; 3JRA A; 4HLX A; 3SLN A; 1V0F A; 3OW2 B; 4BQO A; 5AKL A; 3BQ7 A; 2KMD A; 4WXD A; 2VT3 A; 3LVV A; 3OYD A; 2M4G A; 4D0P A; 1KQ8 A; 4GXO A; 4QW8 A; 3Q38 A; 4USA A; 1A0P A; 2HMX A; 3BTJ A; 2IGN A; 1D1C A; 2AU0 A; 1RET A; 2CS3 A; 3K69 A; 3S93 A; 4QPO A; 2MW8 A; 4ZCL A; 1O08 A; 2BGC A; 4M1K A; 4Q47 A; 1IRG A; 3U26 A; 5ALJ A; 4ZCM A; 4CCM A; 3BY6 A; 4Y2Y A; 4X06 A; 2IVM A; 2VAN A; 1Y6I A; 1Z77 A; 1JA1 A; 2LR8 A; 1U5T A; 3RSN A; 1XG1 A; 2LM4 A; 1UHU A; 2V7F A; 2VBU A; 3BTL A; 3S3M A; 5KHD A; 2C78 A; 5BSY A; 3H40 A; 3OOU A; 4HX7 A; 2L2O A; 1YI2 B; 2AGO A; 2JUC A; 4IPA A; 1NK8 A; 3N4M A; 3V7K A; 5JU5 A; 5KG3 A; 2O7O A; 2VQC A; 2KT0 A; 1XU4 A; 2JQ7 A; 2JR5 A; 1XPX A; 1CUK A; 4UAV A; 4LBZ A; 3PUF A; 3KHL A; 1FDR A; 4QHY A; 4BXO B; 4XRS G; 3EET A; 4D1Q A; 3UMG A; 1ZQV A; 2LI6 A; 2K60 A; 3QU6 A; 1R5I D; 1WKM A; 5J4V A; 2Q6I A; 1YI2 I; 4WZL A; 1QPM A; 3R0A A; 4JMU A; 1WJA A; 1ZQT A; 3WND A; 2YX8 A; 2EV6 A; 3HPH A; 3QEA Z; 5JTI A; 1UAA A; 2H94 A; 3OJS A; 5BNG A; 3ZMD A; 3LSI A; 1QSS A; 2GZW A; 5GPA A; 2IAI A; 1X1C A; 3ZQG A; 1T2K A; 1ZYQ A; 1S77 D; 4ZYA A; 5FO1 A; 3JTG A; 4YR2 A; 1HKT A; 3OYG A; 3KCC A; 2W3S A; 5CVI A; 2QUF A; 3P26 A; 4LLN A; 3CCV I; 4OAY A; 3Q8P B; 4P6Y A; 1WGX A; 2ZIV B; 1G2H A; 2JSC A; 4A3F J; 4I76 A; 3UNG C; 2IA0 A; 2FDR A; 4RUC A; 3SJZ A; 2JPC A; 1PDN C; 1MSE C; 2I9G A; 3CC7 B; 4AIK A; 3CCU B; 2XKO A; 5EJC A; 1SZH A; 3CC2 B; 1HZE A; 2BSA A; 4RQ7 A; 4FS2 A; 5J35 A; 4YG2 F; 4AIJ A; 4YVZ A; 2ZL6 A; 3KYC B; 3HT3 A; 1E2X A; 2VBV A; 5D49 A; 5AIA A; 3HB9 A; 2HLD A; 2ZZQ A; 3C21 A; 1VDV A; 3M3Y J; 3ESW B; 3PR4 A; 3HHH A; 2W57 A; 1Z1D A; 3DKW A; 4IHV A; 3GII A; 3A01 A; 5LHG A; 4NCN A; 1T6Y A; 2QKM B; 2R7D A; 1QRY A; 2B7B A; 3ASR A; 4QWC A; 4EGZ A; 3AUO A; 2AQF A; 2ZIU A; 4GRI A; 2OU2 A; 5F4O A; 1B59 A; 4EEF G; 1ZH5 A; 3LSM A; 1CQX A; 1QVG B; 2AS5 F; 3OS1 A; 1UFM A; 3GTQ J; 4RAY A; 4DCC A; 1UST A; 4FQG A; 2KP7 A; 2XZL A; 4ZV4 A; 3RPQ A; 3RJE A; 3BNW A; 5KL8 B; 3FXK A; 2CUF A; 3CF2 A; 1BR4 A; 1RKT A; 1TK8 A; 4DEZ A; 2DA4 A; 2HOS A; 4ZOH C; 3AVW A; 5EE9 A; 1D1A A; 2EZZ A; 1T95 A; 4NLG A; 5J8Y C; 3CJQ B; 4XKC A; 5IP7 J; 5KFJ A; 4AF7 A; 2LBF A; 3BRO A; 1X9S A; 4J01 A; 2L5Y A; 1ZM2 A; 1SVO A; 1Z4O A; 1JUP A; 1GV2 A; 5J2J A; 2COM A; 5JLX A; 5AHX A; 2P81 A; 1SKW A; 3TQN A; 1Z1B A; 1ZM4 A; 2MC3 A; 1Z3Y A; 5CRX A; 2IGO A; 4GYG A; 2ZME C; 1GR1 A; 2VC0 A; 2XVC A; 1FZP B; 4DYR A; 2DI3 A; 2FJ6 A; 1B8I A; 2KRH A; 2ALZ A; 3W5V A; 1TL8 A; 4YAO A; 5J3O A; 4IQT A; 2HQN A; 2QAR A; 4PFP A; 2E1C A; 2JT1 A; 1FNB A; 2A05 A; 4CRX A; 5DB7 A; 3FBI B; 5ALE A; 3EUH A; 3E5Q A; 3ROU A; 2ODG A; 2YTU A; 2OV7 A; 3F22 A; 3PW7 A; 1H42 A; 4D7M A; 4ON0 A; 2WF6 A; 5J29 A; 1G7C A; 2RDP A; 2W6I A; 2LMD A; 4I2O A; 4DOB A; 2VJ4 A; 3ZBT A; 3L00 A; 4CYC B; 4CF4 A; 1ITY A; 2F5C A; 2CH0 A; 3S32 A; 4N4O B; 2X9D A; 1ZQW A; 3VMF A; 2KKV A; 4BH9 A; 3L3F X; 4A3K J; 4U87 A; 2JEI A; 1Z6T A; 2F77 X; 4I2J A; 3A2K A; 2OZ6 A; 4JUZ A; 1VHE A; 1XMX A; 2JEF A; 2A68 F; 3C2M A; 4J9N A; 8ICX A; 2BCU A; 3PW2 A; 1EH7 A; 1L3S A; 1SM4 A; 3BG6 A; 5A89 A; 2XND A; 5KFB A; 4DK0 A; 3H8S A; 1F36 A; 2L9R A; 3QRF F; 4QZI A; 3SAG A; 2I5H A; 2PJR B; 4OIO F; 1EA3 A; 1HOM A; 3MZ8 A; 1IN6 A; 2XIG A; 3A1P A; 1BX0 A; 3NRV A; 4M6V A; 5BSX A; 1DP7 P; 1K8A D; 1YJW B; 1XFO A; 1EP2 B; 5HLG A; 2UVW A; 5J8F A; 2LPE A; 1G3T A; 5DDM A; 4NHJ A; 1JGG A; 1HF0 A; 1PUE E; 3VCB A; 5KFM A; 4QLC U; 3FJO A; 1UT8 A; 2E1M B; 3I4M J; 2KV2 A; 2FMS A; 2XV4 S; 1G7T A; 1OR7 A; 2HWV A; 1CF7 B; 9ICV A; 3EUA A; 1KKX A; 1EXM A; 3RQ4 A; 1KK3 A; 4DWI A; 4HIZ A; 3H0R B; 3FIS A; 1ZLK A; 3ZDD A; 4F52 A; 4PL1 A; 4P12 A; 1AWC A; 4LK0 F; 1CI4 A; 3LSR A; 2FNA A; 2ZIX A; 2XGQ A; 2Y0S N; 1UB9 A; 1QGY A; 3PSI A; 3CES A; 3FF5 A; 2H3F A; 2V1N A; 4B47 A; 3HX0 A; 2RQQ A; 4CCK A; 3IV6 A; 2QB0 B; 3ISB A; 1U3E M; 5GV8 A; 1N5X A; 2KDO A; 4FCY A; 2HBL A; 3AQE A; 2DT5 A; 4CCN A; 1C20 A; 2E2J J; 3GSI A; 1ODD A; 3IV5 A; 4J9O A; 1FYM A; 4PC1 A; 4BHC A; 4D9J A; 2DQL A; 9ICX A; 2ZZE A; 5F64 A; 4BHP A; 3MR2 A; 4UUS A; 2VA8 A; 4XOP A; 5IP6 A; 3RKQ A; 1DOQ A; 4KN7 X; 5HML A; 4OO1 J; 2VNI A; 3V8K A; 2ZTN A; 4UZE A; 2BZF A; 1YW7 A; 3FMR A; 2YUS A; 2CSO A; 3C23 A; 2BV3 A; 1J75 A; 3GIR A; 2RQ5 A; 4KLD A; 4F50 A; 3TOA A; 3U2Q A; 5F9L A; 3BG5 A; 4PGO A; 2W84 A; 1X1D A; 5JHU A; 3WU1 B; 3QP5 A; 5FJ8 J; 3AVT A; 2KTQ A; 2V9W A; 4QZA A; 4ESJ A; 2F4M B; 5L1I A; 3TDZ C; 4EX7 A; 2W9C B; 5HZA A; 1BLI A; 3VO2 A; 3OIP A; 9ICP A; 1B0X A; 2G5I B; 3HRM A; 3T8T A; 2F5V A; 4EEY A; 1LJ9 A; 1SFO J; 3E58 A; 2JIZ A; 1DUX C; 4MEY F; 4RB1 A; 2ZKZ A; 1T3N A; 2GAU A; 2NS7 A; 3OYI A; 4AYB A; 3BQY A; 2MUT A; 2C77 A; 2AH5 A; 5ALR A; 5GV7 A; 2QGG A; 1X66 A; 3GZF A; 3ASP A; 4GYI A; 4G7W A; 2EFW A; 5DCM A; 3GVL A; 2KIU A; 5KFV A; 3DP7 A; 1ZRN A; 2L9V A; 4RQ1 A; 2Z16 A; 3ZQF A; 1D1N A; 2GIZ A; 3VOD A; 5D5V B; 1Z00 B; 5AIB A; 1FT9 A; 3QYE A; 2OK7 A; 2WF5 A; 3FM9 A; 1HXD A; 1I6X A; 4QV2 A; 1WSU A; 1XMK A; 1KLN A; 1XSL A; 1RDF A; 8ICA A; 3NVY A; 3K2A A; 5L9X A; 3S17 J; 2MAB A; 5H20 A; 5ILS A; 2PQ8 A; 4JK1 A; 3NVZ A; 3BR1 A; 3OTQ A; 3GIL A; 5ALW A; 7ICI A; 5LMZ A; 2R6H A; 3IHQ B; 3M4O J; 3W2I A; 2RDJ A; 3H1C A; 4ZGN B; 3H8M A; 2H6C A; 1RQL A; 4UNO A; 5FRM A; 3RPU D; 1SV0 C; 2BY0 A; 3H4B A; 4LD5 A; 2R7S A; 2R0Q C; 3ZQH A; 1Z1V A; 1ZK8 A; 7ICV A; 2W54 A; 2ECB A; 4BXF A; 2CMP A; 3TO6 A; 2DFH A; 1B1B A; 1MC8 A; 5KFU A; 2CV0 A; 2BOL A; 4NC6 A; 5C4J J; 2BCR A; 1YW8 A; 1HDD C; 2ZCW A; 2FUG 2; 1X19 A; 4W97 A; 4DL7 A; 4BNC A; 1ZQA A; 1PK3 A; 2K9N A; 2V1X A; 4FTH A; 4C2T A; 1A77 A; 3PW5 A; 3Q3A A; 5ERI A; 2CUJ A; 3T8R A; 1NKC A; 1MQ3 A; 5EE0 A; 3W2H A; 2R5Y B; 1KL9 A; 2JZB A; 1GV5 A; 4PSX A; 3BP8 A; 3OHB A; 3THV A; 2P35 A; 1NK2 P; 1CQT A; 2HSZ A; 2P3M A; 2BZT A; 3E0F A; 2BHN A; 3Q3S A; 3PVD A; 3PA1 A; 1IG6 A; 2V26 A; 1MMD A; 2RC4 A; 2F1J A; 1KMH A; 1D5Y A; 4GCV A; 2D74 A; 1MJB A; 2KRF A; 1SAN A; 1WWU A; 3ASO H; 2BDU A; 4AVZ A; 1B4A A; 2XI9 A; 3V72 A; 1S6L A; 4ELT A; 1J9Z A; 3QPL A; 3WE3 A; 3MC1 A; 3IRQ A; 2XRO A; 2HZD A; 2ZIT A; 2KIM A; 4GDF A; 2YB4 A; 1QZE A; 4HE6 A; 2ZME B; 9ICG A; 3CRX A; 3P5J A; 2I5U A; 2O61 A; 5AON A; 4J9M A; 3S1M J; 2VNK A; 2O03 A; 5L3C A; 3WTV C; 2CO5 A; 3CCL I; 3CPX A; 4P4P A; 2JA7 J; 2DJI A; 2EZL A; 3ECH A; 3FDS A; 3HZJ A; 5AM1 A; 1JJ2 B; 2E5S A; 1KQS B; 3QOE A; 4XMY A; 4NQW A; 1IRF A; 1X6J A; 3F72 A; 3SYZ A; 4G6D A; 2DW4 A; 4KLU A; 1WCL A; 3OZW A; 3KZI C; 1Z4N A; 2XY6 A; 4YAL A; 3I76 A; 1XS9 D; 1P7D A; 4DBQ A; 4ZDP A; 4ZZD A; 2V6C A; 4DNT B; 3OSF A; 1VQ4 I; 4KT6 A; 2HVI A; 1W9X A; 1NK0 A; 4HF0 A; 4XSZ F; 4DF8 A; 2BHY A; 2MSY A; 1VF7 A; 3T5J A; 1OHH A; 2HHS A; 1UG0 A; 2XO7 A; 3UPQ A; 2FE3 A; 2MA3 A; 4Z6D A; 1ON2 A; 4I09 A; 2EFN A; 1LE8 A; 4LB6 B; 1J2M A; 2BE5 F; 1PKV A; 4OMY A; 4Q5S F; 3E6B A; 2ZUC A; 1JKR C; 3SEZ A; 2E8M A; 3V8L A; 2D8C A; 3MQ0 A; 4D5F A; 3E1S A; 4HYE A; 2QSF X; 4RQ3 A; 3CCR B; 4YP3 A; 9ICQ A; 2Z3Y A; 2K86 A; 4RQ8 A; 1IRZ A; 4PUS A; 3ABT A; 3FM5 A; 2W25 A; 2XUB A; 1SD7 A; 1XCV A; 3U2R A; 3W2W A; 1NI3 A; 1N78 A; 1TAM A; 4RPY A; 2GQF A; 3QU2 A; 5ALP A; 4Q43 A; 5DD4 A; 2V7T A; 2HDO A; 4E7L A; 2FLN A; 1ZG3 A; 4EJU A; 4BJ6 C; 4GGG A; 1EF4 A; 4GXK A; 1BPZ A; 4ZYG A; 3U6B A; 1K83 J; 4P55 A; 5CYV A; 4A69 C; 3Q9S A; 3BPV A; 3KP5 A; 4BGD A; 3LO8 A; 1P7I A; 4J9S A; 1PJ5 A; 3M1E A; 3MKZ A; 2O3F A; 2QQB A; 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