3MP8A

Crystal structure of sgf29 tudor domain
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALAAAQTNAAAEFGSSYWTSEYNPNAPILVGSEVAYKPRRGSADGEWIQCEVLKVVADGTRFEVRDPEPDELGNSGKVYKCNRKELLLIPPGFPTKNYPPGTKVLARYPETTTFYPAIVIGTKRDGTCRLRFDGEEEVDKETEVTRRLVLPSP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Sgf29 binds histone H3K4me2/3 and is required for SAGA complex recruitment and histone H3 acetylation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,LINKER,SAGA-associated f
molecule tags Histone binding protein
source organism Escherichia coli k-12
total genus 148
structure length 513
sequence length 513
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-04-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF07039 DUF1325 SGF29 tudor-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3mp8A05
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mp8A01
1XS5A 4KYDA 3ZEHA 3EPEA 1OMPA 4DXCA 1Q35A 4HCWA 2FNCA 3UT1A 3PU5A 4OFOA 3MP8A 2WKYA 3FZVA 5I59A 2XD2A 4THIA 1IITA 4MBPA 1NH7A 4Z02A 4YMBA 1LFIA 4GIZA 1CE2A 4PLIA 4YKPA 3WAFA 2GFUA 4JSOA 5CMBA 2DIQA 2QS1A 1OVTA 3O66A 5BWJA 5EYFA 2HAUA 2V3QA 3K4UA 1GR2A 1OZ2A 4YMAA 3S9NC 1WJSA 4IO3A 4PFYA 4N4GA 1IXGA 2EQUA 2O68A 4HS7A 2HQXA 4MH5A 3S3NA 1FTOA 4FECA 4BDLA 1PEBA 1MXVA 3TEPA 3RTWB 2O4XB 1USYH 4DE8A 1B5HA 1IZ1A 1Y1ZA 4IUPA 2QPQA 2RINA 1H3ZA 1QVSA 2LAOA 3NTKA 2BJJX 3KJ7A 3IOUA 2Q88A 2DQVA 4EDPA 1FTJA 2PX1A 2ABHA 2HFBA 3RTFB 4NS5A 4Q30B 1M5EA 1J1NA 4WKMA 5FTHA 4O3BA 3TELA 1YPNA 4OFJA 5FHOA 2OJTA 4KYEA 1FQFA 3OQ5A 3UWNA 1Y9UA 3JYRA 3OYIA 4OEUA 2I49A 2REJA 1OIBA 3FVGA 5F7VA 3MEWA 4E7HA 1A40A 3C4MA 5JK4A 4JBZA 1B46A 2XXUA 4JWOA 1QW0A 1AOVA 3W9WA 4Q5WA 3VLUA 1B3EA 1PB8A 4LATA 4R9FA 2H5YA 3RGYA 3MVZA 1PBPA 2X26A 3PD8A 4LZ8A 3TUSA 4TOZA 4KCCA 2RHUA 3L2WA 3FD3A 2QQSA 4GLIA 4DXUA 5D6XA 5KZTA 4QSDA 2Q2AA 5I58A 2NWJA 1B3HA 1BLFA 4O3AA 3TZAA 1N0TA 2QSXA 4A4GA 4PETA 2NOOA 2OZZA 1VE4A 4Z7EA 3E9GA 4GD5A 1LLSA 4IUVA 3K1PA 5C0MA 3D4CA 4DCXA 2A5SA 3N94A 3H03A 3OOAA 1B3FA 3O6GA 4R2BA 5M2VA 3SDFA 4PL6A 3OO7A 1LCFA 1P1UA 1US4A 3R7XA 4U1ZA 1ZLQA 3KN3A 4TQUQ 2I6EA 3VXBA 1XNIA 4XKRA 2Q8JA 2RJEA 3DB4A 1MY2A 4DZ1A 1ELJA 4NTLA 4YKIA 4C5HA 4DDDA 4QF9A 1RYXA 3OS0A 4FATA 4PE5B 4UACA 3RT8A 2YRVA 2DIGA 4F1YA 3S4UA 5AA1A 2Y7IA 5I84A 1R6ZA 2ESNA 3T9UA 3TYHA 2F78A 3ZKKA 4GFRA 5H8QB 1XHYA 2P0KA 3L42A 1YCJA 3JZJA 3MPKA 1A8FA 3UA8A 3OS1A 4ZTFA 1GVCA 5CRYA 3DLMA 4O3CA 2DWJA 3DP6A 4KPTA 3OYBA 2MWPA 2LVMA 2DXYA 1QUIA 4NMYA 2XXIA 3Q28A 4U23A 3GXAA 1LGBC 2K3YA 1FQDA 1Y4TA 3PGFA 2UVJA 1SW1A 2O4XA 4IKFA 4ELRA 5JTYB 5LOMA 3ZKLA 3FEOA 1LB8A 3K00A 3VLWA 3K6WA 3MP1A 2R58A 3OSRA 1B52A 3MUQA 3GBAA 3S6WA 3FJMA 3VDFA 3C4SA 1MXWA 3MEVA 3RLFE 4C1TA 1Z7NE 3SETA 3CSGA 4OZ9A 2RC7A 1TWYA 1PC3A 4R74A 5D6WA 1NKXA 1P1WA 2PYYA 2Q9TA 1MQHA 4LUBA 4IO4A 3LSFB 1FQAA 3S2VA 1G5VA 2QS4A 1DMBA 4BE2A 5I59B 1OLAA 4F31B 3OMCA 2O1MA 3Q29A 3UGWA 2ZYMA 4E7IA 4A4FA 4B9XA 3BBRA 4QFLA 1T0KA 1B0LA 1XC1A 1Y3PA 3QIMA 3TTNA 4FL6A 3OO6A 1MH3A 3OO8A 3TTKA 1A54A 5KDTA 2NXOA 1VFDA 4IO5A 4A4EA 4RYAA 3OB9A 4AB5A 5ITOA 3TQWA 2XXHA 3HHFA 5TU0A 4F3PA 1MRPA 2R9JA 4C5GA 3SEYA 5IN1A 4EXLA 2V84A 3PUYE 2DS9A 4OHNA 1YTVA 1SDXA 1XVXA 3SKPA 3FC3A 3U92A 3TMGA 4DLDA 2BKDN 2XD3A 3SD4A 1LAXA 4F22A 3NTHA 2OK2A 5ITPA 1VR5A 5M9OA 3ODBA 3PMWA 2Y84A 2X35A 4ESXA 1JNFA 4AB6A 2IA4A 4OMBA 2H98A 1Y3QA 1IXCA 3KUFA 3G3FA 3OYJA 1WGSA 1SI0A 1A8EA 3OYFA 4YZZA 2Z22A 4ZZAA 3K6UA 1QUJA 2VD3A 2D21A 5L9MA 3H6ZA 5AE4A 4FU6A 3GOXA 1YAEA 2OBGA 4ZTJA 1B1HA 1D4NA 3FGSA 3H4ZA 3SESA 3KJTA 2O7UA 5I57A 4P11A 3KEIA 3C34A 5DEXB 1A55A 3LBSA 3LGLA 3P8DA 4C5EA 1MM7A 3MW0A 4RA1A 5B70A 1D9VA 4LVQA 5DVJA 4KR5A 3GLBA 1R9LA 1UIUA 3IB1A 1FQBA 3ME9A 3LC8A 5J39A 2HXWA 4IO7A 3PPPA 4EQBA 1QKAA 5I56A 2RI5A 5ICQA 1NL5A 5KH6A 4LQ5A 3DM0A 3O9PA 1FQCA 4EQ7A 5J1DA 2VGQA 4E7JA 1PDAA 1SW5A 4GXAA 2DVZA 1JW5A 2F7CA 4DCYA 5I58B 4N4IA 4OERA 3PUZE 5CIUA 3OY9A 3S9EA 4OENA 4EF2A 1URGA 1R1NA 1B58A 3MAMA 3GZGA 3OS2A 5L9OA 3T9VA 2DSFA 2YJPA 1SBPA 2DVCA 4I62A 2ZYOA 2GFAA 2BIVA 3CR9A 4ZEFA 5FHMA 1N3XA 4POWA 2PQWA 1MS7A 1JEUA 4U21A 3FUZA 1KHCA 1MPBA 5TP9A 2IG0A 3MC2A 4GL0A 3HCQA 3NTIA 3H6VA 5DVFA 1JVYA 2CMOA 5FRNA 3F11A 4HCZA 4MLVA 2X4XA 4F19A 2L89A 2A5TA 3IB2A 3O97A 1POTA 1SSFA 2FA7A 2HZKA 1DPEA 3KOSA 4ELQA 3M9QA 4IUUA 2O69A 3H3GA 3FV1A 3ONMA 3DP4A 4A4HA 2F5KA 3U93A 4WXJA 2I4CA 3O29A 2I3VA 4LP2B 2D5WA 3M3LA 4F3GA 3ZSFA 1Y3NA 3TTMA 3U8QA 4BE1A 4ECFA 3IORA 3O28A 1EZPA 3L2QA 1MH4A 3P8HA 4QW2A 3DELB 2D3IA 1KWHA 2X4YA 2RI3A 5A5XA 2DP8A 3N6TA 2M16A 4IGRA 1M5CA 1MY3A 5CM6A 1NNTA 2O51A 1NH8A 1UTHA 1JEVA 1VFEA 3FJGA 2M1HA 3VVFA 2QS3A 3FDRA 4BDNA 2Q89A 4RNSA 4X1DA 3EHUA 2DAQA 3RY3A 1ATGA 2R5MA 4OYVA 4IUQA 1HSEA 3KN8A 3L2VA 4ZEBA 5CBSA 2I3WA 2ONKE 4R75A 4HCYA 3CFXA 5H8NA 1JVXA 4KD5A 2DXRA 3OYMA 3FXRA 1CB6A 2I58A 4I9DA 1MY4A 3HPIA 2ZNSA 1DTZA 3IJOB 3LYIA 5ISUA 4OETA 1B0HA 3DB3A 4BDMA 1S50A 3OYLA 2DE4A 4YB7A 2RO0A 3P7IA 4QFKA 2O1LA 3BDLA 4QRZA 5DEXA 4K3FA 4YKJA 2EKOA 2HCAA 3QUFA 3PUXE 2XXVA 2GH9A 3PPQA 5IKBA 1S7YA 2B65A 5KDTB 3CFLA 3K0VA 2XX9A 2XXTA 4GY5A 1B6HA 1MXXA 3QJ6A 4NE4A 4RY1A 1B05A 3UP9A 4BLAA 1LAHE 4F39A 4F1UA 3FIRA 2F34A 2HQEA 4OQOA 5HM4B 4ISUA 2D9TA 3C31A 3JV9A 1A7LA 4R6KA 1MXYA 4IO6A 5JEIA 2E0SA 4M4GA 2E1SA 3VXCA 1ZIUA 2RC9A 2QMWA 4XKQA 1PB7A 4ZEDA 3OELA 2DE3A 1B1XA 4F3BA 3LSLA 2VD2A 2O6AA 2QS2A 4X9TA 1GV8A 1N04A 2VP1A 2PBWA 3IL1B 3TCHA 3GBBA 3HN0A 4ZEIA 2THIA 4KHZE 2XXWA 4LA9A 5I57B 2JTFA 1O7TA 4OVJA 3OYHA 5AA2A 2DWAA 3PPNA 3SEUA 2QJEA 1NNKA 2EQJA 2GHAA 1N3WA 5DT6A 2LDMA 5H8SA 4E7KA 2V93A 5BUUA 2XXPA 2QMXA 3T9XB 5I56B 3L6GA 5L9SA 3HV1A 2CZLA 1WODA 1AMFA 3S3MA 3DP8A 3S3OA 4LD6A 1MM6A 4JB7A 3VE1B 4H1XA 4ZE8A 1D3KA 3CIJA 1XOCA 3AXFA 2P2AA 4GF8A 1I6BA 3USDA 4YAHX 3M3FA 3KOTA 2OCUA 4BDYA 4RK9A 2AYSA 3ASKA 3LSXA 1H3DA 4RG2A 3CI8A 4QHQA 3C33A 3PMTA 5H8FA 1MPDA 2UXAA 1MQIA 3D4GA 1B32A 5TP9B 1OYXA 1IEJA 3MQ9A 1R9QA 4G4PA 3IK6B 1URDA 3A09A 4GL8A 1TXFA 2V3TA 4FIMA 4KI0E 4QFOA 3U1OA 3TCGA 1D9YA 5TPAA 1ZMGA 2A5TB 4H5FA 1OVBA 2LCCA 4EUOA 2QRYA 3C9HA 1NFTA 3H7MA 4IGTA 1WVJA 1FW0A 3LH0A 4BACA 3N26A 5KCJA 4KCDA 4KFQA 4OWDA 1B5JA 3TTRA 1HSJA 3H6WA 3PMXA 3KN7A 5IAYA 4PLLA 3EQ1A 3VLVA 3FATA 4WEPA 3FLGA 3MPLA 5DYHA 3PNWC 3FVKA 3T96B 5C6SA 4QFPA 5KCOA 4IUTA 4QQGA 4QSEA 4DIGA 4ZDMA 5A5XB 1SYIA 3OYEA 2ONSA 3IOWA 2DYXA 3IOTA 1UTHB 4I8CA 2Z23A 4R9GA 3META 2M0OA 1B7ZA 2XXXA 4G8MA 1FTMA 3OEMA 3QXMA 1N84A 4FAJA 3TQLA 1ZJLA 4U2RA 1SQYA 2RI2A 4MF3A 5HBCA 2Z8FA 3FVNA 1B7UA 5IAIA 5AA4A 4JWXA 4YB6A 3OYGA 5EHSA 5I2KA 5H8NB 3FASA 3IR1A 2HZLA 5ELVA 4EDUA 3E13X 1LAFE 4M1VA 2OWTA 1MQGA 4L59A 4NF5A 1IQ7A 3OXNA 2W7YA 2HQ0A 3CG1A 1EZ9A 2HEUA 1LFGA 3MZ1A 4R2FA 4QQ6A 1Y1MA 4R6YA 2JZ2A 4BDOA 4HTGA 1I6AA 2DE2A 4G8NA 1USYE 3K1NA 3MVWA 2ZNTA 1F9BA 4NF6A 2XDPA 3BFUA 1Q1KA 3C36A 4U4XA 4F18A 3FJ7A 1DOTA 2NLUA 2GHBA 4ELOA 4JDFA 4F1VA 3KZGA 3MO8A 5K2XA 1Y20A 4G77A 4EQ9A 2NVUB 1ZKBA 1RKMA 2P0SA 3IOVA 4OXVA 1POY1 3IO4A 2UVGA 1MHNA 3UN6A 2PT2A 1JW4A 1H44A 4N07A 4CRIA 3FXQA 4GQOA 3KG2A 2RCAA 1WDNA 2GRVA 1LSTA 1AIVA 4ESWA 1M5FA 1TT1A 1MXZA 3VFJA 4H0WA 2ZXTA 4FE8A 3LR1A 2H99A 3UIFA 1BTJA 2ZYNA 4GWOA 3V89B 4NF8A 4XTCQ 2VHAA 2HAVA 4XKNA 4GRKA 2F6PA 2ALUA 2YPNA 3G3GA 2CKKA 1NMUA 3OD7A 4YB5A 4N4HA 2FHDA 4GXSB 2F8DA 2B3FA 4ZEKA 4ELPA 5AA2B 3FV2A 4H6DA 2E5QA 2REGA 4X1BA 1EH3A 5EHMA 3K6XA 2B8AA 4G68A 3C35A 2Q2CA 3SEXA 4AQ4A 3I5OA 1NNPA 4H8JA 2XX8A 1B2HA 3O6HA 3OEKA 3B6QA 4YICA 2AIXA 1LBBA 2RHYA 3EF7A 1B3LA 3OO9A 4R6HA 3T93B 1WJRA 2F36A 1SW4A 3ECRA 4NWCA 5ICTA 2RHIA 4F2OA 5B7DA 5J26A 2XXYA 1SYHA 1QJMA 3QK6A 2H25A 5CMCA 1JETA 3TTLA 3RUMA 1P1OA 1MPCA 4BDQA 5H8FB 3MVXA 3MBPA 2F6GA 4II1A 3CVGA 1OQHA 3RQTA 3M8UA 4G2ZA 2Y7KA 4IURA 2UVHA 3Q26A 3UK4A 4MLQA 4LQ2A 2ZMBA 1O63A 3EAEA 5CBRA 4ZZEA 5TPAB 1SI1A 3G3IA 1B4HA 1EU8A 4F3SA 2F5XA 1UTBA 4IO2A 1MDQA 3MJNA 1B51A 2GFEA 5FTIA 4PQJA 3T22A 3A3UA 3LX7A 4QFNA 4XIGQ 1B3GA 1GGGA 3S9MC 5KCJB 1H76A 1B4ZA 1FCKA 4X48A 3B6TA 3PPOA 4QSCA 3U94A 2V25A 4BDZA 2AL5A 3V8XB 1A99A 2XX7A 5CMKA 3K01A 1VSOA 4U4SA 4RPNA 4NF4A 3SEVA 4OVAA 5I2NA 4C5IA 1HSLA 3MP6A 1ANFA 4U22A 3N5LA 1N7WA 3MZBA 2RJDA 4XXUA 2G29A 3RN8A 4JWYA 2X4WA 1IIWA 4BD3A 5L8DA 4LZ7A 3QIIA 4UA8A 1MY1A 1ZTYA 3E9FA 1S9TA 5DTBA 3E9XA 1MXUA 1M5BA 3WAEA 1XT8A 3R26A 2ONRA 3EHTA 4OEVA 3C32A 5KE2A 5AA4B 4QVZA 5I2KB 1M5DA 1SVXB 3TPAA 5HPQA 2F35A 4BDRA 2X7PA 4NF5B 3KSJA 5H8HA 3K2DA 4JSDA 2F7AA 1H43A 3G3HA 1JW1A 2DWIA 3SEWA 5FRMA 1B7HA 3IJXB 3HSTA 3G3JA 2F97A 2I0CA 1LAGE 2PT1A 3ILUB 2K3XA 2I48A 4KYSA 3HHGA 1B40A 2Y7PA 3TKDA 2X7QA 2FYIA 3K6VA 3PD9A 3OMBA 4Q0CA 2P1SA 4PP0A 2RHXA 3T9HB 4B9WA 3CSBA 1RI0A 2RJFA 4H65A 1EZOA 3FXUA 2ZYKA 4NF6B 1ZBMA 4G68C 3K1MA 3CRBA 3TAJA 3BFTA 3PV0E 4C1UA 2EQKA 3M3KA 5KE3A 4R72A 1P1NA 1TFDA 1SD3A 5F1QA 3RT6B 1LBCA 3QBYA 1Y4CA 3UORA 3TFLA 4ND9A 3PMIA 1LFHA 2PVUA 3LLRA 4FEBA 1MQDA 1H45A 1OZ3A 3O6IA 2Z8DA 1N76A 3EHSA 2LTOA 4OESA 1SW2A 1TFAA 1MQJA 3S9LC 1FTLA 4H8IA 2MWOA 1BP5A 4R73A 2L3RA 4E0WA 2OLBA 2VYTA 3G7WA 4C0RA 2PMSA 2F7BA 3QAXA 1AL3A 4HW8A 1NNFA 3RNNA 3QYTA 2M8CA 3T66A 4P0IA 3QKJA 3MVYA 2IEEA 2B3BA 1II5A 3FVOA 2Y7RA 4PFWA 4IB2A 4NF8B 1QUKA 4OTEA 2R5AA 4I1DA 1QKBA 2XXQA 4WEDA 1IXHA 2QL3A 2L8DA 2NUVA 4ZE9A 4RXLA 1I69A 4P0GA 4RPOA 4RK2A 3KBRA 1WJQA 3OYCA 1MG1A 2RKMA 3L2RA 4BE0A 1RYOA 2ANJA 4UC4A 2ZNUA 5CMMA 3OMGA 1IUDA 1LB9A 4G68B 4Z0IA 2EQMA 3MEAA 4XKPA 1FTKA 3OSQA 4EXKA 4YKKA 2I4BA 3EN3A 4TLLB 1O64A 4OFLA 3RPWA 2H9BA 4Q5TA 4N6PA 4NWDA 4DXBA 1AH5A 2AL4A 3IO6A 2RHZA 1MDP1 2OWSA 4F29A 4FJPA 4H67A 3PPRA 1P1QA 3Q27A 4LONB 4EF1A 1DSNA 2O7IA 3PUVE 3MEUA 3W15C 3N6UA 4YU0A 3H6TA 1PBQA 2RJCA 3VVEA 2LRQA 2RC8A 1Z7ME 1QULA 1XVYA 3MZ9A 1OLCA 1FQEA 2UYEA 4F2QA 4JXIA 3L6HA 1L5TA 1MY0A 4QQDA 4FORA 3OENA 2UYFA 5DVIA 5KCHA 5AA3A 1UIVA 1OQGA 1LCTA 1B9JA 1PB9A 2VOZA 2E6NA 3OYNA 5K2YA 3ZS6A 3R6UA 2O84X 1N27A 3F70A 1UTBB 3TODA 1BIYA 4NEDA 3H6UA 2QQRA 3LGFA 3OYAA 5FHNA 5FROA 3OYDA 3QUJA 3OA6A 4Q8RA 4H5GA 3V83A 2GF7A 4ZECA 5CI5A 2UVIA 1BKAA 3HO7A 2DWHA 3A3CA 2RCBA 2XK0A 3V5AA 3VV5A 5AA2D 4X34A 3E4RA 1N7XA 1B5IA 3MWBA 4KQPA 2R71A 3QSLA 3KSXA 1IXIA 3Q25A 2EFIA 2G3RA 3CFZA 4E7LA 3IX1A 3E3KA 4GVOA 3OYKA 1DTGA 2XHDA 3THIA 5D6YA 3G3KA 2R6GE 2Z8EA 4NF4B 3CEYA 5I2NB 3CG3A 3B7DA 3TCFA 3PFSA 2G93A 3KFMA 4IY6A 3O2AA 4G8HA 5H8QA 3H06B 1I6QA 4N13A 4FEDA 3DLNA 4PFUA 3LSWA 3KGCA 2RF1A 1UQWA 2H4IA 4IY5A 2V3UA 3IAZA 1URSA 2WACA 3I6VA 5CC2A 3H8ZA 1OI1A 3PUWE 3U72A 3VVDA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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