The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
155
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sequence length |
514
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structure length |
503
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Chain Sequence |
KESDRCGGCGKFTHEDDLIKPLMSKKKSHHHKKNDFQWIGCDSCQTWYHFLCSGLEQFEYYLYEKFFCPKCVPHTGHSIRYKVVAPHRYRWYSPNEKHLGIEVGSKTWIEDFITRENTVPSPTDDEVCIVEDGYEFRREFEKLGGADNWGKVFMVKDMDGLNMTMPKPGFDLEDVVKIMGSDYEVDTIDVYNQSTYSMKLDTFRKLFRDTKNRPLLYNFLSLEFSDNNEMKEIAKPPRFVQEISMVNRLWPDVSGAEYIKLLQREEYLPEDQRPKVEQFCLAGMAGSYTDFHVDFGGSSVYYHILKGEKIFYIAAPTEQNFAAYQAHETSPDTTTWFGDIANGAVKRVVIKEGQTLLIPAGWIHAVLTPVDSLVFGGNFLHLGNLEMQMRVYHLENAIRKEIRSEEKFYFPNFELLHWMYMRNVLLEKITEANQEGSDMREQEKNIWTASQIMKAEMERWMDRELRLGPEKNAILPTDDKNKIMISVRKQIEIQTKIQNAKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural insights into a dual-specificity histone demethylase ceKDM7A from Caenorhabditis elegans
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Oxidoreductase
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source organism |
Caenorhabditis elegans
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molecule keywords |
Putative uncharacterized protein
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total genus |
155
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structure length |
503
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sequence length |
514
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chains with identical sequence |
C
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ec nomenclature |
ec
1.14.11.27: [Histone H3]-dimetyl-L-lysine-36 demethylase. |
pdb deposition date | 2010-05-31 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF02373 | JmjC | JmjC domain, hydroxylase |
A | PF17811 | JHD | Jumonji helical domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Cupin | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K1J A; 4ZDT A; 4XI1 A; 3K3O A; 1WEQ A; 2XUE A; 5LWB A; 2ECV A; 5J3X A; 4CCL A; 2XB1 A; 4C9Z A; 3PTR B; 2CKL A; 2HYE D; 4HOO A; 4Y3O A; 2L75 A; 2OQ7 A; 1RMD A; 3AL6 A; 2F6J A; 2LRI C; 5A80 A; 5A7W A; 3HTK C; 2ECJ A; 3AVS A; 2LGG A; 4UF0 B; 2YQM A; 5IVF A; 5FYM A; 5K4L A; 2YYR A; 5FP4 A; 5FZL A; 3OPW A; 2JMI A; 4AP4 A; 1G25 A; 3UYJ A; 3PUR A; 4AYC B; 5B79 A; 2VJE A; 2LXH C; 2KU3 A; 3L11 A; 3SOU A; 2E6R A; 5F5I A; 4YBS A; 5FZ3 A; 2KE1 A; 2DX8 A; 4LAD B; 5FYH A; 4BBQ A; 2OS2 A; 3ZYQ A; 4LK9 A; 4R2Y A; 5FZ4 A; 4A49 A; 2JMJ A; 1WE9 A; 2FSA A; 4YAT A; 5F3C A; 4Y33 A; 5FYZ A; 4FO9 A; 5A7N A; 4QXB A; 5IVJ A; 2KRE A; 4V2W A; 2YRE A; 4QX8 A; 2YBP A; 5F5A A; 5LKZ A; 5F5C A; 1Z2Q A; 5H1U A; 1LDK C; 2ECT A; 1WFK A; 2JMD A; 2YUR A; 5KR7 A; 2Q8D A; 4Y4R A; 5LY2 A; 2MT5 A; 5A1F A; 5FB1 A; 3SHB A; 5IVB A; 4BIS A; 1X4I A; 2MD7 B; 2I50 A; 1WGM A; 3U5N A; 4L7X A; 2YSM A; 3AVR A; 5FZM A; 2KR4 A; 5FPL A; 4IGO A; 5FZ6 A; 5D1K B; 2YBK A; 3PU3 A; 4IGP A; 2PXJ A; 3LQI A; 5FY8 A; 4N4F A; 4O64 A; 2D8S A; 1WEN A; 3ZTG A; 4E4H A; 4EZ4 A; 3I2D A; 4YAD A; 2C2V S; 2Y1N A; 5A7Q A; 1E4U A; 5FZK A; 1N87 A; 3DXU A; 2L80 A; 4XDP A; 1HYJ A; 1Z6U A; 2GP3 A; 2Q8E A; 1WEV A; 4QXC A; 5B78 A; 5G0F A; 5JG6 A; 5TDW A; 3O33 A; 3HCT A; 5LKU A; 4CUG A; 2KWK A; 2FUI A; 2WWU A; 3KVB A; 4BU2 A; 5B76 A; 3PU8 A; 4P5O B; 4Q6F A; 5FUP A; 3N9L A; 5LW9 A; 4GND A; 2L5U A; 3EB6 A; 5TBN A; 4IGQ A; 3VK6 A; 5I3L A; 4EYU A; 1T1H A; 4IC3 A; 2BAY A; 1WEO A; 5FPV A; 4A4C A; 3RPG C; 2P5B A; 4NN2 A; 2F42 A; 3N9Q A; 2NAA A; 4W4U A; 2ECW A; 2QJ0 A; 3ZNI A; 3NJY A; 5FPU A; 2ECN A; 3LD8 A; 4GD4 A; 2EGP A; 3N9O A; 1U6G B; 4GAZ A; 3O34 A; 2W2I A; 5FZ0 A; 2MIQ A; 4LXL A; 4ASK A; 5FY4 A; 3PUS A; 4CCM A; 4GJY A; 4D6Q A; 4QWN A; 5CEH A; 1X4J A; 2RSD A; 5DKA A; 3KV4 A; 5KH9 A; 1X4U A; 5EYA F; 2YUC A; 2FUU A; 5F2W A; 1WEU A; 1FBV A; 3LRQ A; 2G43 A; 5A3T A; 1V87 A; 4URA A; 3ZPV E; 4A0C D; 4CCN A; 1CHC A; 3V43 A; 2VPB A; 5LKT A; 4LIT A; 2ECI A; 4YC9 A; 3M99 A; 5C13 A; 2M1R A; 5A7P A; 2H0D A; 3HCU A; 3DXT A; 5A3P A; 1WIL A; 2LQ6 A; 1WEM A; 4TN7 A; 2Y43 A; 4CCK A; 3KNV A; 2MA5 A; 2CKL B; 5FZA A; 3DQV R; 1WIM A; 4LIV A; 3O7A A; 5A7W B; 5H9M A; 2ECG A; 4ZUX U; 4GNE A; 4I7B A; 4F52 B; 4CCO A; 4GNG A; 3O70 A; 2YHN A; 5B8D A; 5DIN A; 4CCJ A; 2G6Q A; 4AVX A; 5F3I A; 2YU1 A; 3KV5 A; 2XDV A; 4XDO A; 5ISL A; 2KWN A; 1WES A; 2MA6 A; 4L58 A; 5FB0 A; 5H1V A; 1XWH A; 5FP9 A; 2PNX A; 2KYU A; 2VJE B; 3HCS A; 5FP8 A; 4FJC A; 3FL2 A; 5FYC A; 4LJN A; 2YW8 A; 1IYM A; 3QZV A; 5D1M B; 3U5P A; 5FXX A; 4N3W A; 2MD8 C; 4AAP A; 3LDB A; 1WEP A; 2OQ6 A; 3SOX A; 1Z60 A; 4C8D A; 4I7C A; 3U4S A; 4YBT A; 4B7Y C; 5FV3 A; 3N9M A; 3ZPV 1; 3M62 A; 4QF2 A; 5G05 B; 5F3E A; 5KH3 A; 3DPL R; 5E6H A; 4BXF A; 5FWJ A; 5H1T A; 5LKX A; 3O36 A; 3U5O A; 4ZQL A; 5FBJ A; 5FZH A; 4V3L C; 3PUQ A; 1JM7 A; 3PDQ A; 3K2O A; 4QU1 A; 1MM3 A; 3AL5 A; 4I7D A; 5B77 A; 2L0B A; 2YHO A; 2AN6 A; 5D1L B; 2YSJ A; 3NG2 A; 4D6R A; 5LCW B; 2OT7 A; 5FJK A; 3U5M A; 2XEU A; 3OPT A; 2YU4 A; 3O35 A; 2CT2 A; 5IVV A; 1DVP A; 4GNF A; 5FZE A; 2KGI A; 3O37 A; 4X3G A; 1WEW A; 2G45 A; 2LGV A; 3GV4 A; 3PHD A; 1LDJ B; 1JM7 B; 3RVH A; 2LDR A; 2UZG A; 5FEY A; 5F37 A; 5FJH A; 2LN0 A; 5FZ7 A; 5A1L A; 5FY7 A; 5FP7 A; 2VPE A; 4YBM A; 2YPD A; 3N9N A; 2IDA A; 2EOD A; 4BHW A; 2VJF A; 5FZI A; 3ZLI A; 5IVE A; 4MVT A; 2YQL A; 2XXZ A; 4A4B A; 5F32 A; 2LGK A; 2C2L A; 4QX7 A; 5IVC A; 1MM2 A; 5LY1 A; 3KV6 A; 2CSZ A; 3EB5 A; 2LXP C; 4GJZ A; 5IWF A; 5IVY A; 5KH7 A; 4AYC A; 3T7L A; 2M3H A; 1HYI A; 5FY5 A; 4CCG X; 5B75 A; 3ASL A; 5FZ8 A; 1VYX A; 3KVA A; 2L43 A; 4LLB A; 2KWO A; 2K17 A; 2VP7 A; 2VJF B; 2YBS A; 3M63 A; 2WWJ A; 2Q8C A; 1K2F A; 3KQI A; 5FZ9 A; 5FYU A; 5A7S A; 3RPG B; 5A7O A; 2RI7 A; 5TAB A; 4FK5 A; 4V3K C; 4FIP A; 1F62 A; 3IHP A; 2K4D A; 5FYB A; 4NUB A; 3N9P A; 1VD4 A; 5FYI A; 3K3N A; 4V2V A; 5FXZ A; 3LQJ A; 5FZF A; 2YT5 A; 4AI9 A; 5FUN A; 5FY9 A; 5FZB A; 5FXW A; 1JOC A; 2XML A; 2HDP A; 5FZC A; 2JRJ A; 1BOR A; 1FP0 A; 3L1X A; 4WZ0 A; 5AIU A; 2M6M A; 2OX0 A; 2H0D B; 4TKP B; 5F2S A; 2VPD A; 4YAX A; 2YU2 A; 3T6R A; 5A3N A; 2LGL A; 3MHH A; 2MNZ A; 4D6S A; 5FYV A; 5TRB A; 1ZBD B; 5FP3 A; 4R7E A; 4YAB A; 4LKA A; 5FER A; 4EZH A; 2QIZ A; 4GB0 A; 4CSW A; 4UP5 A; 5FYT A; 2VNF A; 1VRB A; 2KIZ A; 1VFY A; 5FPB A; 2LV9 A; 2GP5 A; 5F39 A; 3ZVZ B; 2ZET C; 3KV9 A; 4HON A; 3C5K A; 2KWJ A; 2VPG A; 5IW0 A; 5FZD A; 3GL6 A; 3U78 A; 2PUY A; 5FZO A; 2VD7 A; 3LQH A; 4DO0 A; 4UI9 B; 2Y1M A; 2EA6 A; 2MUM A; 3PUA A; 4QXH A; 5FY0 A; 2QIC A; 4QF3 A; 4DIQ A; 4S3O C; 5A3W A; 5FZG A; 2KFT A; 5F3G A; 5FWE A; 5FY1 A; 2K16 A; 2M85 A; 2OXQ C; 4LIU A; 1WEE A; 3MHS A; 3C6W A; 5FPA A; 5FYS A; 5FYY A; 4UP0 A; 5FZ1 A; 2CSY A; 4WZ2 A; 4PTB A; 2F6N A; 3L1Z B; 4AUQ B; 5FZO B; 4WZ3 B; 3SOW A; 3RTR B; 5C11 A; 5G04 B; 5TDR A; 3ZVY A; 4UF0 A; 5FXV A; 3ZPO A; 4B86 C; 4CA1 A; 4MSX A; 5ANQ A; 4IC2 A; 4PPE A; 4S3O B; 5AIT A; 4R8P K; 2KGG A; 4WA6 A; 2MNY A; 2E6S A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1X79 A; 5KDM C; 4RS5 C; 2ECV A; 5DN2 A; 4HOO A; 5B4N A; 2F6J A; 3UU4 A; 4B4Q A; 1JYX A; 2ECJ A; 2BG9 C; 2DL1 A; 4E2S A; 2QQK A; 3TOJ A; 3VBH C; 5E89 A; 1D4M 3; 1V6O A; 2YYR A; 4U33 A; 2ZX3 A; 5FP4 A; 4XTM A; 3W20 A; 2RR1 2; 4ZU5 A; 3I3Q A; 2FDF A; 3UYJ A; 2CPT A; 2NW9 A; 2E6R A; 1H1I A; 4YXD A; 3ZXJ A; 1S2E A; 4OYU A; 4NRO A; 1OLM E; 1VBC 3; 1SE7 A; 4DXR A; 4Q4Y 3; 5J2T E; 1AYM 1; 3RWK X; 1R1Z A; 3UK9 A; 2BUK A; 1D2Q A; 4BJN A; 4B3M T; 4S2H A; 5HV4 A; 1OFS A; 4XJA A; 3ES1 A; 2HWD 2; 4EXT A; 3SHB A; 3S0M A; 3MIH A; 3PUG A; 3U5N A; 2B1E A; 2OW4 A; 3ZJ2 A; 4QQH A; 3M7A A; 3C64 A; 5FZ6 A; 2DTW A; 3KT4 A; 4DUW A; 2WLQ A; 4AFC A; 3D0T A; 1O8P A; 4C0H A; 4TUY E; 3PVO A; 3IN9 A; 2GNT A; 4TXW A; 3T1Y T; 5F5W A; 1BQP A; 3C7F A; 1HYJ A; 2WDQ A; 3RC8 A; 4QQ2 A; 4DXZ A; 4FXK B; 2IML A; 2JEC A; 2YGL A; 3PUI A; 4DRR A; 3ZSE A; 1HG2 A; 4HL0 A; 5LW9 A; 2L5U A; 5IK4 A; 4IGQ A; 2XM2 A; 3G06 A; 5FPV A; 1WA6 X; 4ES8 A; 2V8S V; 1AUY A; 2DF7 A; 3H0O A; 2ZX0 A; 3E6D A; 2EGP A; 5J2U E; 2J42 A; 1VCT A; 4P9I A; 3I4I A; 3V64 A; 1IBK T; 2G0U A; 4JQT A; 5HYA A; 4FOQ A; 1PMH X; 3HA4 A; 3R05 A; 4Q25 A; 1WCS A; 3Q1D A; 1WEU A; 2IFW A; 4CA9 A; 4X66 T; 5LZ6 A; 3KLS A; 5GLZ A; 3LDR A; 3GZA A; 3JB4 C; 3KF3 A; 2MA5 A; 3WCR A; 2CKL B; 1IG3 A; 5L47 A; 3WF3 A; 1XQN A; 1UIK A; 4NE9 A; 4DR2 T; 4E4Z A; 1H6X A; 2VL0 A; 2M67 A; 2HWC 3; 1DGL A; 1WME A; 3HCS A; 4IV1 A; 1YW0 A; 5J7M A; 2HWB 1; 1WR6 A; 2OPW A; 5BNN C; 3VDD A; 2IXJ A; 4X6R B; 2JXA A; 4BME A; 4FOW A; 4I3G A; 2E9X A; 3H50 A; 3N9M A; 4JQR A; 4IL4 A; 5CU1 A; 1URX A; 2JDK A; 5KHG A; 4PK4 A; 1W2N A; 1W2O A; 3Q2M A; 5EK2 A; 3C2U A; 4V3L C; 4IV1 B; 1C8N A; 5K8S A; 4LK6 A; 3ZN5 A; 4UXA A; 5JDF A; 3BCW A; 3TEW A; 2FJD A; 4OFG A; 2E9X B; 1YFW A; 1XE8 A; 1OPO A; 5L19 A; 3WW1 A; 3HWJ A; 5IVV A; 3FM8 C; 3TAY A; 2HKX A; 1MQT A; 3RLF F; 1W3V A; 1QEX A; 4G2A A; 4JI3 T; 1ZEE A; 1EP0 A; 1QQP 1; 2H7O A; 2V5Y A; 5FJH A; 4GB3 1; 4JDN A; 4AED B; 4EN7 B; 3U1X A; 2RG4 A; 2LXP C; 2XG3 A; 5IJR A; 3KM5 A; 5IVY A; 5KH7 A; 2FDK A; 3LKJ A; 2BVB A; 2X29 A; 2CAU A; 2IQJ A; 2A3X A; 2WS3 A; 2FJE A; 2BZD A; 5C5T A; 1OKQ A; 2WBL A; 3KQI A; 5FZ9 A; 1WLW A; 4AI8 A; 1LOB A; 1AR7 3; 4UFH A; 1Z7S 1; 3ECQ A; 1S0J A; 3MW2 A; 1EAH 2; 2BG9 E; 1GMM A; 3ABZ A; 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4UFL A; 4Q4V 2; 2WZH A; 1O91 A; 2HEW F; 5A33 B; 4FFH A; 3E97 A; 5LY2 A; 5A1F A; 4CTE A; 5M4Y A; 1VMJ A; 1C57 A; 1YQ6 A; 2LKG A; 2ZGT A; 5JXH A; 2LAU A; 3AVR A; 1CON A; 1N3O A; 1UZY A; 3WUC A; 4NIG A; 1ZZB A; 5FLH A; 1UX5 A; 4KWJ A; 3TNQ A; 4YLZ A; 4Q1P A; 3SIT A; 3MW4 A; 5A7Q A; 4EED A; 4WZX A; 4GB3 3; 2R04 3; 1RMU 2; 1IS4 A; 1LEC A; 1RL3 A; 5JWP A; 1SEF A; 3HCT A; 5LGT B; 4PNI A; 3ST7 A; 2R0H A; 3OGG A; 3IDA A; 4HWD A; 1RUE 3; 3FBY A; 3ZFE C; 3ETV A; 3HNM A; 5K7P A; 5ADX L; 4A42 A; 4RS5 A; 2MIQ A; 2DBN A; 1RGS A; 1Z7S 3; 3ZX7 A; 5LAT A; 4DR4 T; 3KV4 A; 2JG8 C; 2VQT A; 4N9I A; 2PFW A; 4HVO A; 4L9B A; 2CDO A; 2DUO A; 4CCN A; 1ULC A; 3P6B A; 3VKN A; 4OZO A; 3HCU A; 4Z07 A; 3KS7 A; 4A97 A; 1ENQ A; 1JS9 A; 2XTL A; 2RJK A; 2LSG A; 1XWM A; 4RS5 B; 3B93 A; 3TKL B; 1WIM A; 3W15 B; 3E1F 1; 1AYN 3; 4I7B A; 5FOJ B; 3IDB B; 3MHZ A; 4DUZ T; 3FBL A; 2WT2 A; 3SS1 A; 1OC1 A; 2DNX A; 2QKD A; 2XDV A; 1B7T A; 1WES A; 2LM2 A; 2W63 A; 2ZKL A; 5FP8 A; 5C70 A; 3VDA A; 1NEK A; 5FXX A; 3BVC A; 3NWI A; 5JQG E; 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