The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
121
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structure length |
121
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Chain Sequence |
GSLAEWYQRIPTPDDLTRVESLFANMQAQFPQLKLEFKWNQPMFTDHGTFIMGFNPSKKHLAVAIEPQTMTRFIPQIDKAGYDHSQIIRFPWHKPLDEQLIHDLIAYTIDQKKDATTFWQR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of an uncharacterized conserved protein of COG5646 (ZP_00384875.1) from Lactobacillus casei ATCC 334 at 1.69 A resolution
rcsb |
molecule tags |
Structural genomics/unknown function
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source organism |
Lactobacillus casei
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molecule keywords |
Uncharacterized conserved protein of COG5646
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total genus |
22
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structure length |
121
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sequence length |
121
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2006-09-01 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
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A | PF08818 | DUF1801 | Domain of unknown function (DU1801) |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Arc Repressor Mutant, subunit A | ||
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Immunoglobulin FC, subunit C |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KI7 B; 3PH0 A; 1EDL A; 5C39 A; 5CBO A; 4EYY Q; 5DJU B; 1EDK A; 2RKL A; 4K3A A; 3QWO C; 5CBN A; 2P58 A; 2JWD A; 2QRX A; 4GOD A; 4IOI H; 5DJT B; 2M0B A; 2KIK A; 2OC6 A; 2KZI A; 1BDC A; 1JMB A; 1Y47 A; 3ZDM A; 1EDI A; 2Q1K A; 1BDD A; 2SPZ A; 4NPE A; 1OVU A; 1OVV A; 4BXL A; 3FXD A; 4ASV A; 1FC2 C; 3S1K A; 4ASW A; 5K5G B; 4JBZ A; 1LT1 A; 4HJG H; 2OTK E; 2ZAE B; 2LXC B; 2QVA A; 4K35 A; 1NVO A; 4HB1 A; 1ZXG A; 2LXB A; 4GOE A; 1LP1 A; 4WWI A; 1LP1 B; 4KJM A; 3FXE A; 2B87 A; 1EDJ A; 2B87 B; 2KL4 A; 5EFW B; 1SS1 A; 4CPG A; 4GOF A; 1JM0 A; 1DEE G; 2I8D A; 1MFT A; 2B88 A; 3MZW B; 4HKZ H; 2M5A A; 2WMM A; 2B89 A; 1ZW0 A; 3MHV A; 4ZMD A; 2M5A B; 4ZNC A; 2LR2 A; 4NPD A; 1U7J A; 1Q2N A; 2KS1 B; 3RGU A; 2UWJ E; 2KUB A; 4NPF X; 2K3R A; 2R44 A; 1H0T A; 1S3J A; 4MN4 C; 1H0T B; 1OVR A; 2HR3 A; 1X0T A; 1U7M A; 2KZJ A; 1EC5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XMA A; 4DBR A; 4PJL A; 3MZ8 A; 1ZHF A; 3EPZ A; 3HHH A; 2QBY B; 3L75 G; 4IL6 X; 5C39 A; 1OYI A; 5BNG A; 3P8C E; 5CBO A; 1ZN5 A; 1BCC J; 1USE A; 3OOU A; 4JYC A; 5BOX A; 1DGW Y; 3FIW A; 3MQ0 A; 3BCC D; 1I50 J; 2Z2S B; 2XPV A; 2VQL A; 2OA4 A; 2WVR A; 3AE2 C; 3JRE A; 1G1J A; 3U1K A; 2QA4 I; 1SAX A; 2V79 A; 3AEF C; 1L0L D; 3UNG C; 4HW0 A; 2OCE A; 3AG1 H; 4O6J A; 2KIK A; 2EFP A; 4A3G J; 1FBM A; 1W5T A; 2YKP A; 1M57 D; 1W36 D; 2L7Z A; 2BY0 A; 3JAM Z; 3V5B A; 3BZC A; 4ZDO A; 5H2F H; 3S93 A; 5E3L A; 2IBD A; 2ZKZ A; 3S2H J; 2ZFC A; 1IO4 A; 3SDB A; 1UG0 A; 4I02 A; 4AID A; 4LGW A; 4Z2Y A; 3S2W A; 4DZJ A; 1N75 A; 3HSF A; 3NWS A; 4WXH A; 1LFU P; 4C3H J; 1R1T A; 5DUI A; 1RIO H; 1U8B A; 1ZRF A; 1TTY A; 3I54 A; 3KEQ A; 4ASV A; 1NH4 A; 3HUG B; 3CES A; 2HTS A; 3M8J A; 4XKW A; 1VQM I; 4YEL A; 5EZH A; 1S5L H; 2HZT A; 4AC0 A; 4CZZ A; 1LJ2 A; 3KZI C; 2BE5 F; 4EOT A; 1P84 D; 1IK7 A; 2Q2E A; 3CDI A; 1QU3 A; 2KSJ A; 4C2M J; 5AW2 B; 2EZH A; 2H94 A; 2WTE A; 3H1L G; 5H2F E; 4M73 A; 4NQW A; 1VQK I; 3AE9 C; 3N4M A; 3L00 A; 2VBY A; 2WV0 A; 4O3M A; 4LLL A; 4U0Y A; 1XTG B; 3CP2 A; 3JRG A; 1P84 I; 1WI9 A; 1XDU A; 3LSR A; 3BDD A; 3BCB A; 2KKO A; 1W7P D; 4A2U A; 2MA3 A; 5H6R A; 5LRR A; 1HKT A; 4CGZ A; 4JYB A; 2E43 A; 1FDO A; 1ONV A; 1HBX G; 2MG4 A; 3BR3 A; 2RRE A; 4KJM A; 3OYL A; 3LSJ A; 1YIT I; 1TWF J; 2DK5 A; 3GWZ A; 5LHH A; 2JA6 J; 1S5L E; 2DW3 A; 2ZYA A; 1R1U A; 3RK3 D; 2WSF H; 1KB9 H; 2N1T D; 2W00 A; 2Y0E A; 3MP7 B; 2EA4 A; 1OZH A; 3L75 D; 1JGS A; 2IPQ X; 2IZ0 A; 2R7F A; 2KRF A; 2ELK A; 1VQ7 I; 1UMQ A; 1GVJ A; 2QQ9 A; 3CCY A; 4PSX A; 1KTM A; 3ZMU A; 2FFD C; 4EJT A; 3L1P A; 1G59 A; 2FRH A; 1IXC A; 4NNJ A; 4I99 C; 5E79 C; 2PP6 A; 2IS4 A; 1E3P A; 4OGQ D; 3TOA A; 1IDY A; 3TKY A; 4EJO A; 1PUE E; 3FM3 A; 1LTA C; 1CI6 A; 1ULY A; 5LGU A; 1ZOY C; 2A45 G; 2KS1 A; 1KB9 E; 2PMH A; 2RGV A; 3RIR A; 2Z3Y A; 1U0J A; 1BCC D; 2VJI A; 4D1Q A; 3C2G A; 3A0B C; 1STZ A; 5JI6 A; 4OIO F; 4OAZ A; 4GO1 A; 3FXM A; 4GGG A; 1UAA A; 1TWG J; 1NHL A; 1BBY A; 1Q1V A; 3HDD A; 1OIS A; 3LST A; 2EFO A; 1R71 A; 3QP6 A; 2NPS D; 4GKG A; 5BU8 B; 2K37 A; 2PEX A; 2R7X A; 2A06 G; 2Y31 A; 1KIL E; 1FT9 A; 1NTZ E; 1FY7 A; 2XC7 A; 3U1D A; 2IA0 A; 4H0L D; 2KLO A; 4BQN A; 1YQ4 C; 2V7Q H; 3H1K J; 1L0L K; 1XGS A; 2KI7 B; 3F8N A; 3H1L D; 3ELK A; 3P9C A; 2DMN A; 4YFX F; 1U5T A; 1B9M A; 1BI3 A; 3KP3 A; 1HUC A; 3KP6 A; 4CXF A; 1N7L A; 2E5T A; 2FBW C; 3HE4 A; 4ZDP A; 3AE4 C; 1PP9 J; 2Z1D A; 4B8X A; 3KP4 A; 2JZY A; 1JTH A; 3L73 J; 1QA6 A; 2DA4 A; 1XSV A; 4I0B A; 4DYQ A; 1ZR2 A; 2DPD A; 3AEA C; 1TWC J; 2XAJ A; 4RLQ A; 2DA5 A; 2FYZ A; 4LGD E; 1E3O C; 1N7S C; 3F22 A; 1REP C; 3H1K G; 2L9R A; 5DJT B; 3I4M J; 3WTW C; 4G94 A; 3A01 B; 3FXR A; 4H4K C; 5KKZ C; 4L0Z B; 4ABZ A; 3TW6 A; 2XSJ C; 1P9Q C; 3ZGK A; 2Q3I A; 1SD7 A; 4L5E A; 4A3J J; 3LA2 A; 4EJU A; 4BE1 A; 2BW3 A; 1LPQ A; 3IH3 A; 2WSC H; 3Q5P A; 3HJE A; 2DLL A; 3R4K A; 3L73 G; 3VYI A; 3BG6 A; 3O8H A; 3HXL A; 4AU7 A; 1TT5 B; 4HRI A; 2W1O A; 2QSI A; 4AUX A; 3OS2 A; 2Z4E A; 2G9W A; 1G3W A; 2LK2 A; 4GYG A; 3M0A A; 2YU3 A; 2Y0D A; 4CZC A; 4JBZ A; 2HYG D; 1FOS F; 4IHT A; 3DTI A; 2DT5 A; 4MHG A; 5KLV J; 4E7I A; 5E20 A; 4CO8 A; 3D5L A; 4A3K J; 1IDZ A; 3CCR I; 4EVI A; 2ZXW H; 2A3S A; 4M6X A; 3V8K A; 3OSG A; 5HDG A; 1IFP A; 3BTC A; 3RDI A; 2IGN A; 3LSH A; 1NTZ G; 2A45 I; 3CQZ J; 3CD6 P; 1J75 A; 2AQE A; 1BJA A; 2KRC A; 1S1C X; 2YIU C; 4WWI A; 1HJ0 A; 2QVO A; 3FMQ A; 2VE9 A; 1I39 A; 1IN4 A; 3H36 A; 5KLV G; 2BHZ A; 2UXN A; 1D5V A; 2A06 D; 1QX8 A; 2FYU J; 1SAN A; 4RAF A; 1VDF A; 4JQF A; 4QLC U; 2EIM H; 4ZYH A; 3LID A; 1K6O A; 1FZC C; 5J8C A; 2MGQ A; 5EF6 A; 4IO9 F; 1R5G A; 2E71 A; 5EG0 B; 1T0F C; 5L8R J; 1WJA A; 1U9O A; 4B44 A; 1J59 A; 2J58 A; 3RK3 B; 3W6J B; 3O8Z A; 5KJ7 D; 1RRJ A; 2WB1 N; 1GU5 A; 1LTT C; 3IAO A; 1RKT A; 4M74 A; 1PL5 A; 3JRC A; 4BXF A; 1FBQ A; 2EZL A; 1ENH A; 1ZGJ A; 2MBF A; 5E1X A; 2FYU G; 3VMZ A; 1JHH A; 3MHV A; 4IQ4 A; 4KMF A; 4DCK A; 3K4M A; 3KZI H; 3H1K D; 4ZNC A; 1ZK8 A; 2JUC A; 2WAQ A; 2KIS A; 3CUO A; 1D0Y A; 2XDV A; 6PAX A; 3PNV A; 1R5H A; 2NVU B; 5AVQ B; 2BGC A; 5AVS B; 5FD5 A; 2VB6 A; 4OGQ B; 3TP0 A; 4KT5 C; 2H09 A; 2DMQ A; 2F5V A; 3B73 A; 3BY6 A; 4RM3 A; 1FZC A; 3L73 D; 2KP8 A; 2XV5 A; 5E3O A; 1QLE D; 1T0F A; 2XB0 X; 4RGR A; 4YIR X; 3SJM A; 1VQP I; 2KNC B; 1R6R A; 3KYL A; 1YO5 C; 3GTQ J; 4BWN A; 1KQS O; 4P9U A; 3GTM J; 1BN5 A; 2YPR A; 3K69 A; 3KE2 A; 4MN4 C; 4V19 K; 3S15 J; 1M7L A; 3KZI E; 4KIG A; 1ZLL A; 3MD2 A; 5FKL A; 2NPS B; 3CDL A; 2EPF A; 3MCZ A; 1Q90 D; 2GZW A; 1OCR H; 4G8X A; 5J4Y A; 3A2A A; 4Q5S F; 1KB9 I; 5CCH C; 3D6Z A; 2Y0S N; 2QBY A; 1QRY A; 1KU9 A; 2VBX A; 4Z6Y A; 5CKT A; 1W2E A; 3IL2 A; 3F0C A; 1NTZ D; 5IP6 A; 3FDY A; 3BAS A; 5B5E H; 2JO1 A; 3VB2 A; 2L01 A; 3WGI A; 3VP9 A; 4R1H A; 5KLV D; 3T0Y A; 3CC7 P; 1VQ5 I; 3CX5 H; 4XLC A; 5FKN A; 4CCO A; 3MFK A; 4KIT B; 2QSF X; 1BDC A; 2FUG 2; 1RF1 B; 1Y47 A; 4HX8 A; 1K04 A; 1SD5 A; 1BIB A; 2DJN A; 3JCU C; 1JY3 O; 5F04 A; 3QYF A; 3FHZ A; 4A93 J; 1VF5 D; 3KIO A; 4Y99 B; 2WC2 A; 3ERE D; 5IOZ A; 2STT A; 2FYU D; 3H5N A; 3I53 A; 5E79 E; 3HUG A; 4BE2 A; 2ECB A; 2IS2 A; 2HYJ A; 1M1J C; 3WHB A; 2XKP A; 2V1N A; 3PO2 J; 5AIQ A; 3OYH A; 2EBI A; 5DEQ A; 2CYY A; 4OOI A; 2VI6 A; 3CX5 E; 1PP8 F; 3HE5 B; 4ZC3 A; 3PIO F; 2Z9O A; 3HPG A; 4KIB A; 4IFM A; 4JF7 A; 3RK2 D; 3A0B E; 4KHX A; 3R0A A; 3QQA A; 3FMR A; 4IRH A; 4XMY A; 2PX9 A; 4ZYG A; 5M3M J; 4HF0 A; 2HKX A; 4YEJ A; 3HL2 A; 2R3S A; 2JMW A; 2XSD C; 3CCS I; 1GDT A; 1ZQ3 P; 1S8N A; 1SFC C; 3H1H J; 3AEC C; 3ZMV A; 1W5C C; 1CGP A; 4EAT A; 3C1L A; 4HH2 A; 5CQE A; 4A6E A; 3HOT A; 2ZT9 D; 1AQT A; 2IW5 A; 1MNE A; 2QM8 A; 5C3E J; 3OOP A; 5KAF C; 3TO6 A; 4OIQ F; 3H5R A; 2E36 A; 3HKZ N; 2ISZ A; 3RQI A; 5J4V A; 3FXE A; 2R5Y B; 1DP3 A; 5EZG A; 1Y39 A; 3UR3 C; 1IK9 A; 3EDP A; 3H1H G; 2B9B A; 2OYO A; 1JNM A; 2A05 A; 3VYR B; 1NTM E; 4HYE A; 4E70 A; 1JY2 P; 2O1J A; 3FX0 A; 4RGS A; 3CCJ I; 3IF4 A; 1FTT A; 1MMG A; 1F43 A; 1DEE G; 1I6H J; 1Z21 A; 1UG2 A; 1SQP E; 2M3E A; 1SFC A; 2H27 A; 3CWB J; 3BG7 A; 3OYG A; 1S7O A; 3C7J A; 3M3Y J; 2X6O A; 5ICC A; 2FYN C; 1X8Y A; 3CXH H; 2QCO A; 1BSH A; 5LFA A; 1PGQ A; 2B89 A; 2M8R A; 1GL2 C; 3ZMD A; 4IX7 A; 4N78 D; 2W57 A; 2EFQ A; 1YJ9 I; 3ASN H; 4W7Y A; 4HDV A; 4PDK A; 4WB4 A; 2BBY A; 2F6C A; 3C1D A; 3CCM I; 3CWB G; 2XAU A; 4JX5 A; 4F52 A; 3WTY C; 1ZRD A; 2R32 A; 1R9T J; 1TW2 A; 3S1N J; 2KJB A; 3U9G A; 1WI3 A; 3JTG A; 1B9N A; 4OVN F; 1IC2 A; 3Q5R A; 3E6C C; 2P1J A; 1TLH B; 1VQ8 P; 3IWZ A; 3SZP A; 1K4T A; 2O3F A; 3VOP A; 4ITV A; 1RZ4 A; 3IKV A; 3PIP F; 2NNY A; 4BQO A; 3CXH E; 2VKD A; 1DD4 A; 2E35 A; 2FBI A; 4U3F E; 4PD4 H; 2XF7 A; 4YTP C; 2QWW A; 2HVS A; 5F27 A; 2YNY A; 5HNF A; 2K4J A; 2UUZ A; 4UV9 A; 4XFJ A; 4C7N B; 1H89 C; 5KLV K; 1VQN I; 4JOM A; 1G3T A; 4XRS A; 4H44 D; 1LUJ B; 1J1D B; 5JHU A; 1ORK A; 3RI4 A; 2RNG A; 4F93 B; 2HZD A; 1V3F A; 5K7F A; 1FX7 A; 3DF8 A; 4A69 C; 2K9N A; 4DYR A; 2ESH A; 2NRG A; 4V2F A; 3SDG A; 2P6S A; 3Q5S A; 1P6R A; 1IXS B; 2E19 A; 4A12 A; 1YLF A; 3Q0V A; 3P8M C; 1SFE A; 5CJ9 A; 3GX4 X; 4PD4 E; 2QRX A; 3J80 K; 2FYU K; 2W6A A; 3A01 A; 4RM2 A; 3R2P A; 1UHW A; 2K27 A; 5F0C A; 1SQP G; 2K88 A; 2Q5U A; 2NVY J; 4LC1 A; 3BOQ A; 1YS6 A; 4F92 B; 2O0Y A; 3NEU A; 5HS8 A; 3OYJ A; 3H1H D; 2KZI A; 3BPV A; 4XLE A; 1JKQ C; 2HYN A; 3K7A J; 4II3 A; 1U3E M; 3ZQH A; 5AW7 B; 2BVL A; 3S1M J; 4PV1 C; 2Y0M A; 2GA2 A; 2I10 A; 1K78 B; 4F55 A; 4JX6 A; 5E3M A; 4M72 A; 1GU4 A; 2W6J H; 5LHG A; 2KP6 A; 2A68 F; 1SVL A; 2FF4 A; 1NU1 E; 1ZAR A; 3OWT A; 1GVD A; 2MLG A; 5AON A; 1SQQ E; 4DOZ A; 1WKM A; 5BPI A; 3HTS B; 3OW2 O; 1MMS A; 2WV1 A; 1L4A D; 2Z5I A; 4EDF A; 2Y48 A; 3IFM A; 1FMW A; 4RB0 A; 1LT1 A; 3CWB D; 2KFD A; 4HOB A; 2ADU A; 4X1E A; 3OJA B; 1N73 B; 1WPK A; 1TWH J; 2WPV B; 2E5Z A; 1YFH A; 3L72 J; 1D3Y A; 1R5I D; 2VXD A; 4XLH A; 4M3B A; 3ZCO A; 4ZYD A; 3S3N A; 5BQT A; 4RS8 A; 2H43 A; 4IPA A; 3J81 Z; 3LW5 H; 2P5V A; 2LF7 A; 2D5V A; 4XKV A; 4D6T E; 1E0E A; 2HNH A; 2ELH A; 2LRE A; 2XRO A; 4HDU A; 2H89 C; 5GAD J; 5HOD A; 2V9V A; 2N8G A; 2DTR A; 1EH8 A; 3TW7 A; 3CX5 I; 2NXN B; 3K4K A; 1D0Z A; 3C2B A; 1KZU B; 3USS A; 2NVQ J; 1MSE C; 4AM3 A; 3L4F A; 3L36 A; 3IRQ A; 4UUT A; 2FXO A; 3JCU H; 3M1C A; 2B87 B; 1VQ9 I; 5J40 A; 4M6V A; 5EG0 A; 3L2C A; 1JKR C; 4LIV A; 3CJT B; 1MFZ A; 4ZH4 F; 4DT0 A; 3J7Z I; 3QWL A; 2XVC A; 2E42 A; 1P4X A; 4HLX A; 1V5G A; 4OMZ A; 1EF4 A; 2Q0O A; 2P4W A; 3D1N I; 4I76 A; 1VQ4 I; 1V54 H; 3KQG A; 4L5J A; 2E2I J; 1IFN A; 4HNU A; 5FLX Z; 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