1NVMA

Crystal structure of a bifunctional aldolase-dehydrogenase : sequestering a reactive and volatile intermediate
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
340
structure length
340
Chain Sequence
TFNPSKKLYISDVTLRDGSHAIRHQYTLDDVRAIARALDKAKVDSIEVAHGDGLQGSSFNYGFGRHTDLEYIEAVAGEISHAQIATLLLPGIGSVHDLKNAYQAGARVVRVATHCTEADVSKQHIEYARNLGMDTVGFLMMSHMIPAEKLAEQGKLMESYGATCIYMADSGGAMSMNDIRDRMRAFKAVLKPETQVGMHAHHNLSLGVANSIVAVEEGCDRVDASLAGMGAGAGNAPLEVFIAVAERLGWNHGTDLYTLMDAADDIVRPLQDRPVRVDRETLGLGYAGVYSSFLRHAEIAAAKYNLKTLDILVELGHRRMVGGQEDMIVDVALDLLAAHK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a bifunctional aldolase-dehydrogenase: Sequestering a reactive and volatile intermediate
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase/oxidoreductase
source organism Pseudomonas sp.
molecule keywords 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
total genus 130
structure length 340
sequence length 340
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature ec 4.1.3.39: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase.
pdb deposition date 2003-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
A PF07836 DmpG_comm DmpG-like communication domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.60 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Helicase, Ruva Protein; domain 3 1nvmA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1nvmA01
1YPIA 1H62A 1YDVA 1AG1O 2RKOA 1W5OA 3C3NA 3EXRA 3O05A 1K02A 1K7EA 2HS8A 1QPQA 5AHEA 1SUXA 3DFNA 2WOQA 4AEOA 3G0XA 1VZWA 3ANYA 2RDTA 4MIMA 4LVFA 3ZWTA 1A5CA 1WAUA 3LOTA 5AOUA 1NAL1 3TROA 2BTMA 2YW3A 4I9AA 4JDBA 4DO4A 1SO4A 1JR3A 1H5YA 3LXCA 3NL2A 2ZDRA 3UWWA 4CCCA 5AFDA 3W72A 4FXSA 5CKSA 1KSFX 3N9SA 3T4CA 4AHPA 5LGXA 2CLEA 2QBYA 4R34A 5J5DA 4QNRA 2A7PA 3IIXA 2PE4A 5K9CA 3PFIA 1HG3A 2C14A 3SW6A 5SWUA 4UTJA 4K38A 3RF9A 4RLIA 1GEQA 5CZ0A 5K4ZA 3W87A 3W86A 3O63A 3DZ1A 3PXGA 4MVAA 5C55A 5LZLA 1DHPA 3CWOX 2EPHA 4O0ZA 3C61A 5I3HA 4CCDA 3DKJA 4TX9A 1TPFA 3RK8A 4BI7A 2RFGA 2BJWA 4X2RA 4N02A 4JTHA 4JYFA 4WY0F 2FDSA 1N8FA 1UASA 3OVRA 4Z8XA 2CHGA 4N6FA 2VENA 4O8RA 3QEZA 1MEWA 1U5JA 4IX0A 2VFHA 5FEPA 3FYOA 1KFLA 1ML1A 3NQAA 3NPXA 2ZZ1A 4AF0B 3NDOA 1DKWA 3CIXA 4QHSA 2DZOB 5D2XA 2E1DA 2QJIA 1NEYA 5LHFA 2V1UA 1NJFA 2C15A 1TYGA 5AN7A 3S5OA 4CNOA 2YFOA 3M5ZA 4JNMA 4EIVA 1S5WA 2C98A 1TQJA 1A5SA 1A5AA 3FKKA 3NZRA 3UY8A 2WO5A 5FF0A 3T55A 2D73A 1KFCA 1TTQA 3MMTA 4Z1BA 3UPBA 1BEUA 1ZFJA 2EKCA 3PUEA 5CGQA 3KRZA 2BWGA 3NQDA 3INPA 4QIUA 4O12A 4GE8A 3TQVA 3LCIA 4PFMA 3W84A 3TE9A 1X1OA 2VOMA 1S3SA 1MXSA 2YGYA 2A21A 1FY6A 3MI6A 3BOSA 3EX1A 4IOTA 3GKAA 4JTUA 2O7SA 4PEKA 1NJGA 3GLGB 1UM8A 5I3GA 2FB2A 3K1JA 3HQ1A 4LY6A 4HPXA 4NNCA 4J9JA 4M19A 2H8XA 4FNSA 5CPLA 5IM51 2C1HA 2J9YA 5DYIA 1FBAA 3B4UA 3UWVA 3TU9A 1IXSB 5CSRA 1IXZA 3GXTA 3EWXA 4OWGA 1O94A 4RX0A 4K39A 3NNTA 2NXIA 4UC5A 5HWMA 1OF6A 2X2GA 3W73A 1W3TA 2X8AA 3VNDA 4O28A 1OFHA 1FWRA 3STEA 2ZQ0A 1FNNA 4O53A 5E93A 3UWZA 4YMZA 4AMAA 3HOJA 4JGDA 1H7XA 3BV4A 1DQWA 1FCBA 4N9BA 3GB6A 4JICA 2C6QA 3TXZA 2GVGA 4PL1A 2H90A 3TW7A 5CPOA 1GG1A 4O57A 1KTNA 4LJ8A 3V75A 1MZHA 4UUIA 2P10A 5I3KA 4NNBA 1WBJA 4O14A 4L16A 1G4SA 1WDWA 4O52A 1LORA 3W07A 3W7KA 4HNTA 5EL1A 1IN7A 3LCFA 3B0UX 4K7VA 2P1FA 3TNOA 3GKFA 1F05A 5JI2E 4IMCA 1GWJA 4LJ5A 5DBUA 4ZQRA 5EXTA 4UR7A 4HPJA 2V81A 1O60A 4FIRA 1R7RA 1PIIA 4HT3A 4MKNA 3CQ0A 4QNWA 3W7GA 1EP3A 2X1RA 2FTPA 4O11A 3NO5A 4NUWA 3LTYA 3SYKA 2ZAOA 3WJSA 4XBKA 5EPDA 1GVFA 4FNQA 1SZGA 4RZ4A 2A6NA 4FXRA 4UTMA 3N2XA 1Q45A 2QR6A 4OT7A 1TRIA 5JI3E 1TPC1 3LBMA 3Q94A 3QF0A 4OQVA 2QZ4A 3W7RA 1WYIA 3PB2A 1T99A 3DI0A 1FCUA 5LNUA 1QOQA 3O15A 4R33A 4WUIA 2NXHA 1WQ5A 2PRMA 1SXJC 1OF8A 1OFRA 5AHFA 3W75A 2NZLA 4WZHA 1H1ZA 1H7OA 3FIGA 2ZBTA 1C1KA 2CLFA 3TH6A 3OEXA 4LVBA 3AO0A 1T8XA 3NGJA 2VEKA 1JQJC 5EKYA 5EXSA 4ALDA 1TCDA 4N4QA 1MEIA 4JX5A 4HSOA 5HR7A 4QQ3A 5F1VA 2HTMA 1FXQA 4JTIA 2AQWA 2J24A 1K8YA 2NX9A 2WNZA 3QJAA 3BPWA 4EWND 3S1XA 3CEUA 1LCOA 3EWWA 5HWNA 3PUOA 4XQ6A 1L8QA 1I2QA 2FJKA 4OU1A 3CHVA 4MFEA 3EIHA 3G1VA 3SY5A 1N7KA 3TMQA 1VCGA 3DGRA 1WV2A 2V2HA 1KA9F 1E94E 4Z1DA 3VFDA 1DORA 3LLFA 1I4NA 4AVFA 1QPNA 3L5MA 1D3HA 1G6CA 1KFBA 3KRUA 1OK4A 2ZANA 2A2IA 1OFAA 1OX4A 3PB0A 3L68A 2ZZ7A 3E9AA 3S1UA 3KVKA 2C96A 1YADA 5AC8A 3STGA 3WJXA 2CLMA 2Y70A 4K8HA 3U6WA 3G1YA 2R62A 3Q58A 4MY8A 3ZWSA 3MYOA 4A2RA 3GK0A 1R47A 3BW3A 5D04C 2QPAA 5CZSA 3P84A 4TMCA 1F7BA 4LGMA 4OHQA 3H54A 1W56A 1SXJB 2BLEA 4U4MA 3TW6A 1JVNA 4ZQCA 2WSQA 1SPQA 1QMLA 4JTKA 4IMFA 1FCVA 3C2FA 2ZA1A 2ZRYA 2XSZD 3TAKA 3I7SA 3CWNA 2CLIA 3W71A 2QCFA 1QDSA 4CNPA 3UWUA 3YPIA 3GDMA 3TQ0A 1X6UA 1TRDA 4UTIA 2WPBA 4GXMA 3U2OA 4B5NA 1OHLA 5LNRA 3BG9A 4MJZA 2B7NA 1P5BA 2B0MA 1O95A 4JR5A 4Z08A 3W2KA 3LERA 4JTJA 3W7OA 1VH7A 4A21A 4X9SA 3MBFA 3MP4A 1B4EA 1W31A 3JS3A 1DJNA 1K8ZA 4BF9A 3ZS4A 1B9BA 4BFAA 5K9XA 4LV9A 3GDTA 1SZEA 4HNVA 3BGJA 1AW2A 4UIOA 4A3VB 4X3ZA 3HG3A 4AWTA 2YFNA 2YYUA 3LCXA 2FPVA 3A5FA 3G3MA 1BTMA 3GDKA 1R30A 1KM3A 3TMLA 4JS3A 5BOOA 3NYZA 3SGUA 3GLFA 2DZPA 5E1QA 2ZRXA 1SW0A 4Y96A 2G97A 4LUIA 5HNRA 1EPXA 1XBXA 1SFJA 3NM1A 4AXKA 1FDYA 3M0ZA 5CPMA 3A5VA 3QMTA 3T78A 4LY8A 3BG5A 3VI2A 4KO8A 1IXOA 2Y89A 4QNMA 3C6CA 3GDLA 1KTCA 1VLIA 3KXQA 2DJXA 4FB7A 4O54A 2ALDA 2CFFA 1G4PA 2CW6A 2NUXA 3A23A 4TIMA 5K3VA 3LB0A 3MI3A 3EXSA 3G1FA 2IQTA 1DJQA 4YCOA 1Q6QA 1GJPA 1VYPX 2QAPA 1TB3A 3S9YA 1XDMA 1ALDA 5DCBA 1J4EA 2NWSA 1IIHA 5AYZA 2JKPA 2W0UA 1Z44A 4MJMA 1OABA 4NJGA 3CTLA 4RXFA 4PTNA 5D03A 4A3UA 4DO6A 4PC8A 1Q6LA 1TPH1 4P2VA 3TC6A 2RDUA 5U7SA 4JY9A 1G7VA 5G4EA 3NXFA 3PM6A 3TV8A 3BARA 3LRLA 4MY1A 3A24A 3SFKA 3M5VA 4FIQA 2WNQA 4MUZA 4DO5A 4KKXA 1P0NA 2NWRA 3NQ7A 4O17A 1H7PA 3CT7A 1ZY9A 2OCZA 4O1BA 3CF2A 4E0CA 1P4CA 3EX4A 3W2MA 1ADOA 2GVLA 3TSMA 3PSVA 4Z1CA 3DH7A 3P8IA 3P60A 3P81A 4JD4A 3O6DA 4UFKA 4QHTA 4UTWA 1OYCA 1EP1A 1K03A 2ZRVA 3NL3A 1XBVA 3OVQA 4HIBA 3NG3A 3AJXA 3M5XA 1A50A 3F03K 5DXXA 3UWYA 3BW2A 5G2HA 1NSFA 1VHCA 4GFSA 2C9CA 2QCNA 1JCLA 2E77A 2QJHA 4ZMGA 1H1YA 1TREA 1PL9A 3G1AA 1L6WA 3M6YA 1T0OA 1G4TA 3KX6A 4Y6GA 3GX9A 4K8EA 4MOZA 1TSIA 3P80A 3W7MA 3CLMA 4I81A 1SSDA 4N6EA 1OX5A 1B57A 1I2RA 3U8GA 1BKSA 1SW3A 1W5TA 2QUUA 3GLIB 4U28A 4P61A 3GVGA 3GXNA 1VR6A 1SU5A 3OHIA 3M47A 4LS0A 4RR4A 3LCGA 3W7HA 4AHOA 4AH7A 4D82A 4UTTA 2E09A 1HO1A 4AWSA 1O5KA 3QC3A 5H2ZA 3L21A 2XFWA 1F73A 4X22A 2FIQA 4IX2A 4Y9AA 1YTDA 4FNTA 5F4SA 2Q3RA 2VELA 3ZFHA 2WNNA 1MSSA 1A5BA 2R91A 3LTPA 1QAPA 3EKZA 5EP3A 1M7PA 1NFBA 3DFTA 1RPXA 2C9OA 3UXDA 2B7OA 1V7YA 4Q32A 1KM0A 3GIYA 2NUYA 2NV1A 2ZYFA 4Q33A 5D2WA 2V30A 3UYCA 4M6VA 5D33A 1L6YA 3L66A 1TJRA 1HL2A 3W83A 4AHQA 2QCGA 5DCDA 3TKFA 3HU2A 3LHUA 4JEQA 4GBUA 3JRKA 1ME9A 1ZAIA 1OFEA 5BMXA 4O1AA 1RD5A 1VJIA 3S5NA 3BW4A 4ADSA 4L15A 3P61A 1R2TA 2DZSA 4QISA 2X1UA 4D81A 3VFLA 4O19A 3SSJA 5DXYA 1I2PA 1ME8A 4QOSA 4GWEA 2CHQA 1IN6A 3WHKA 3BLEA 4GUJA 2BSLA 1TPB1 1PCWA 1HT2E 3LXBA 5EA9A 4KFOA 1FWTA 4LC8A 5CPNA 1WBHA 3IGUA 2DZXA 3EWYA 3G8RA 1ZENA 1EUAA 4IGHA 3S1WA 1IN5A 2HSAA 2E5CA 3NAVA 4JTFA 3C52A 3IGXA 1LOQA 2ZRZA 5E0KA 4LNYA 5FTLA 3QFEA 3UWQA 4JIQA 3DXIA 3RU6A 3K30A 1K7FA 1S5TA 3HPSA 2HMCA 2V82A 3SJ3A 2ZA3A 3NQFA 3TUUA 3CEPA 2JKEA 1IXNA 3M44A 4BK9A 3S5ZA 4DXVA 4N9EA 3IIPA 3F4WA 1C8VA 4GUHA 3FJLA 1HT1E 1YTKA 1I2OA 1I2NA 3M0EA 2DVWB 2Y6ZA 1NY5A 2W79A 3B03A 4RKAA 5HMSA 5FF4A 1QOPA 2A85A 2Z4SA 3O6YX 4JTGA 1W3NA 4ZL1A 1JULA 2E5BA 3W23A 3W7JA 1YYAA 3W2JA 1GYLA 3GLFB 1IXPA 3EX2A 4DPQA 3B04A 1L2UA 3W7EA 4DPPA 3CC1A 1ZHAA 1KV8A 5F1UA 1YPFA 3PWAA 2CWNA 3LM7A 2DZWA 1QWGA 3W7IA 3W7PA 5I3FA 1KBJA 1Q3NA 4WY0B 6ALDA 4YL2A 3O8AA 1JQXA 3PULA 4XUGA 4LVAA 1RZMA 2ZA2A 1VCFA 2WV8A 3E96A 4O0KA 4NT0A 2YW4A 2B7QA 1MO0A 1DQXA 3L0KA 3D0CA 4K6AA 4DBEA 1H7NA 1ZNNA 2ATSA 4JTSA 3ATYA 2VEMA 3OG3A 2CLHA 2J9ZA 2VEPA 3PVFA 1QNVA 1JCJA 2CE7A 2PCQA 5J5RA 2QJGA 3BLFA 3TAOA 3M43A 1YXDA 3P8JA 4JYEA 3QRHA 1UUOA 3ABSA 2LLEA 5F4WA 1SXJD 1T96A 4LJ7A 2F7FA 1VCVA 1W5SA 2YDAA 4IPJA 3RFAA 2ZZ3A 1NF7A 2C16A 2QCMA 5LKYA 2DU2A 3W22A 2J27A 4UMBA 1VS1A 3LHVA 4IXXA 4BI5A 3TFXA 1IIGA 1TTJA 3G1SA 3OVPA 5LNVA 4NXKA 3TA6A 3E49A 4LT9A 3A21A 1OJLA 2GVJA 2H8ZA 4WOZA 1DVJA 3NQGA 1A53A 3JR2A 4NVTA 1EWEA 2GQ8A 4XKYA 3GDRA 2ZRUA 1LM1A 2ZZ6A 3OA3A 1QVRA 1JUEA 3L5LA 3W1PA 4UTLA 4JTLA 1G69A 4MFDA 7TIMA 1SO6A 4FEZA 1TMHA 1NVMA 2BX7A 4L4UA 1G4EA 5KINA 4WXZA 3GZ3A 3LHTA 3SIZA 2Y7DA 2V6ZM 1QCWA 2ZZ5A 4RCXA 3MWAA 5HULA 1QPOA 1SZNA 3IEBA 1SO3A 1K3UA 3DFQA 1AW1A 3MUXA 5C5YA 5FF7A 2JK2A 3PSWA 1VYSX 3UNDA 3KAOA 3MP3A 2QEZA 3GLHA 4MLRA 1KM2A 2QCDA 3MW7A 3P5ZA 3W2LA 4GNJA 2NLIA 3NEVA 4S2CA 1LBLA 1E51A 3L5AA 1H51A 1PV8A 4Q4KA 5TIMA 5HJLA 3G0SA 6TIMA 2ATMA 1ZALA 3IV3A 2XSZA 2ABBA 3G22A 2QDHA 1U83A 5HUOA 4ZQMA 2DORA 2QBYB 1W5PA 3NPUA 3DHDA 1EA0A 2J88A 3M9YA 1QPRA 1W37A 3FOKA 4GJ1A 1HFBA 4JYDA 4JIPA 1W8SA 3QW3A 1TPWA 2I1OA 3C2EA 5D38A 4JX6A 1XXHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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