1NVMA

Crystal structure of a bifunctional aldolase-dehydrogenase : sequestering a reactive and volatile intermediate
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
340
structure length
340
Chain Sequence
TFNPSKKLYISDVTLRDGSHAIRHQYTLDDVRAIARALDKAKVDSIEVAHGDGLQGSSFNYGFGRHTDLEYIEAVAGEISHAQIATLLLPGIGSVHDLKNAYQAGARVVRVATHCTEADVSKQHIEYARNLGMDTVGFLMMSHMIPAEKLAEQGKLMESYGATCIYMADSGGAMSMNDIRDRMRAFKAVLKPETQVGMHAHHNLSLGVANSIVAVEEGCDRVDASLAGMGAGAGNAPLEVFIAVAERLGWNHGTDLYTLMDAADDIVRPLQDRPVRVDRETLGLGYAGVYSSFLRHAEIAAAKYNLKTLDILVELGHRRMVGGQEDMIVDVALDLLAAHK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase/oxidoreductase
source organism Pseudomonas sp.
publication title Crystal structure of a bifunctional aldolase-dehydrogenase: Sequestering a reactive and volatile intermediate
pubmed doi rcsb
molecule keywords 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
total genus 130
structure length 340
sequence length 340
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature ec 4.1.3.39: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase.
pdb deposition date 2003-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
A PF07836 DmpG_comm DmpG-like communication domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.60 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Helicase, Ruva Protein; domain 3 1nvmA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1nvmA01
2FDSA 4N6EA 1JR3D 1G67A 2D73A 3S1UA 2GQ8A 4KO8A 3TXZA 1NJFA 2NWSA 3KVLA 2KRKA 4ORIA 3UXDA 1W0MA 3Q94A 3MJYA 3CM4A 1JCMP 4BI5A 1ML1A 2GQAA 4LCBA 1TPVA 3GAYA 1VYRA 3I6RA 1H5YA 2CZ5A 4BFAA 3VNDA 1J7KA 2J9YA 3SIZA 1T8XA 1H7NA 2JK2A 3GLHA 3K1JA 1KBIA 3SYKA 1SZNA 2Z4RA 4A29A 3W70A 1KA9F 5JI2E 1DO2A 4FNQA 1QPRA 1QPNA 3EX2A 3DENA 1LP6A 3TU9A 2J88A 3OG3A 3L0KA 4JTLA 2C9CA 2V8ZA 1FDYA 5U7SA 2Z4SA 3PR2A 1OFBA 3R13A 1ME7A 5AHLA 8TIMA 3VKJA 5FF4A 4DQWA 1KM6A 1LZOA 5L6UA 4OHQA 1ZHAA 3FA5A 1T96A 2ZA1A 3G1VA 2BX7A 1NSJA 2OT0A 1RQBA 5D2XA 2A6NA 1IY0A 1KM5A 2JBMA 2R94A 5HNRA 3EIHA 2BSLA 3GDTA 2H3BA 4CQAA 4L16A 3LM7A 4GXMA 3G8RA 4O52A 2Z0IA 1G6CA 3M1ZA 1W5MA 3W76A 4FNRA 3LOTA 4PL2A 4O57A 4DPQA 2QDHA 1SZEA 2NZLA 4HSNA 2A21A 1IGSA 3MW7A 1SO5A 3BLEA 4JTSA 2DZWA 4UTJA 1UBSA 3N9SA 3EWYA 1X8FA 2JGYA 2AGKA 3L0GA 1I2NA 1P1XA 3MP3A 2C1HA 2Q3RA 3G1XA 3EKLA 1H60A 4MY8A 2DP3A 4LS0A 3SC3A 5CG7A 5C55A 4FX7A 3QSRA 4FWDA 1SU5A 1WOBA 1OFAA 3AJXA 3SZ8A 4HSOA 4Y6GA 3UY7A 2WKJA 4UFMA 3IIXA 3O6YX 4ADUA 5BRBA 1FXQA 4ALDA 1LBFA 1RVGA 5DXXA 1PCWA 5FTNA 2A7NA 4N4QA 2X1SA 1LLZA 4GBUA 4LJ7A 2FTPA 3VI2A 3D0CA 3IVUA 4X9SA 3NZ1A 3KVKA 1QO5A 1I2OA 3O16A 1ZFJA 3GLIB 1I4NA 3W2JA 2E1DA 1ZAJA 4XBKA 3W1QA 2C13A 4ZQNA 4TMCA 4O50A 1FX6A 1VS1A 3CQ0A 4FIQA 5CZSA 1UUOA 3ZR4A 1I2RA 3BW3A 2WNZA 3N14A 4O54A 2DZNB 3O6DA 3LXCA 3TSBA 1LOSA 1TPDA 1C9DA 3PS7A 4O0ZA 5A5WA 1FDJA 1PHWA 1WQ5A 1A5CA 3R12A 3U2OA 4ZMGA 3TAKA 1RZMA 2WPBA 4HPXA 2GVJA 1W5PA 5D02A 3CIXA 3AO0A 3GVGA 1OG0A 1Q6QA 3DFNA 4M6PA 4GFSA 1JQVA 3W7HA 1A5BA 4R7JA 3D8BA 4U28A 3C0JA 4ZVJA 3IIZA 5L9FA 1LDCA 4K7YA 3TJLA 3NQCA 4JTEA 1PVNA 5DELA 5FF0A 3N2XA 1LYXA 3DBPA 1HO4A 1WDWA 3NL5A 1OJLA 4MKNA 3S1WA 1HO1A 5LNSA 4RZ6A 1TJPA 1H7XA 1SSGA 3MO7A 3MHGA 4A2RA 3FOKA 1GQNA 1G7UA 4ZQMA 2YFNA 3STCA 4N4PA 1HFBA 3CIWA 4UTHA 2J27A 1A53A 1OFOA 2FPYA 1ZAIA 1HUVA 1JCXA 1ICSA 4LRSA 3CLMA 4LS1A 5D09A 3EX4A 1JUBA 3W73A 3RFAA 4GUJA 3A22A 2NUYA 3UD6A 1PHQA 3TV8A 1NVMA 4M7SA 4XKYA 1GTHA 2G5WA 4FEZA 1IM2A 3HWSA 4LC6A 3LCIA 2C6QA 2J9ZA 5G2IA 1GZGA 2DJXA 4LUJA 3PG8A 4JEQA 2QBYB 2B4GA 1OFPA 3LBCA 1VJIA 2PRLA 1B57A 3K30A 4YCPA 1GTEA 3QSTA 1EUNA 4N2YA 3HGSA 3IGSA 4MUZA 4QITA 3ABOA 1TPH1 2CE7A 1RD5A 3M43A 1XCFA 4WXYA 4GUIA 4XQ6A 3B9PA 1O94A 2FB2A 3CF0A 5AHFA 1H61A 4FO4A 4PC8A 2E5DA 3N9RA 4R53A 3CC1A 1D3HA 7TIMA 1W5SA 3T44A 1KLZA 5CSRA 3SW6A 2DZUA 4TO8A 3JRKA 3FFSA 5DXYA 5FI8A 4Z08A 5JI3E 1QZMA 1OFEA 2ATSA 1TTPA 2ZAOA 2VC6A 2C3ZA 2VENA 4MOZA 1FBAA 3FKKA 3KRZA 1W3NA 3MYPA 5FF3A 4IUOA 5CPMA 1GVOA 4L4LA 2CLHA 4DO5A 3FJ6A 4IMFA 1H63A 4G1KA 3B03A 3M5VA 2A7PA 3R2GA 3Q2DA 3G1SA 2RHGA 4L4MA 3LERA 3BG5A 3C2OA 3QZEA 4PL1A 3P67A 1KFKA 2QPAA 1VQTA 4LJAA 2RDUA 1TQJA 1N55A 3H53A 1QVRA 3A24A 3VCRA 1VCVA 1W54A 1F2JA 1FY6A 4UMBA 3TMQA 3W7LA 2GVGA 4IX2A 5ABTA 4UMAA 3MI6A 1GVSA 2Q8ZA 3LHTA 4R33A 4ONVA 1DHPA 1F6KA 2QCHA 1W5TA 3W7PA 5AB3A 4NUWA 2Z2UA 3E12A 4MZ8A 3QJAA 4LVFA 4XZ9A 2NLIA 1VC4A 3NDOA 1M5WA 2NV2A 2TSYA 5I3GA 6TIMA 1CI1A 4S1FA 3I7RA 4UR8A 1KM1A 1Q6OA 3P62A 4OQVA 4UFLA 5FESA 2CU0A 3TW6A 2VEKA 3GX9A 1K3UA 2Y61A 3G24A 1TPEA 3KOFA 1H50A 4FX8A 4L4UA 1OABA 4GUFA 4HNUA 3W7KA 2YX0A 5EQTA 4QHTA 3LRKA 4I7VA 3LCHA 2FPTA 4IPIA 4LU0A 4FWHA 4DF2A 4Z1AA 2VEIA 3GLFB 4N9CA 3LGEA 4I7UA 3DFSA 4UNKA 3HU1A 5G1YA 5CGQA 5F4XA 3TA6A 1G7VA 3EX1A 1GYLA 3HG4A 1F7BA 3PWAA 3MP4A 2X1UA 3HG5A 4FNUA 1H7WA 2EKCA 3W2MA 3LXAA 1LTDA 5D2WA 2EF9A 4H3DA 1J4EA 4TR9A 1TV7A 5SWUA 2J24A 2C14A 2Z6JA 2QENA 3SI9A 1H62A 1AG1O 3NM1A 1DJNA 3MMTA 4Z8XA 2YZRA 3HOJA 1SXJA 5A8GA 2CFFA 5D32A 1XFBA 4O19A 1A5SA 4IXHA 4LJ9A 2ABAA 3LXBA 3KXQA 4Y90A 4CCEA 3PVSA 4CLMA 1W37A 4FW9A 3ATYA 3PBWA 3W74A 2ZRYA 3GNDA 5C2XA 3G0UA 1TREA 3QPZA 3LLDA 3RMJA 4UTMA 1E94E 1NY6A 4LGMA 1QR7A 3M5YA 1ALDA 1JCYA 3P61A 1TPFA 4ICNA 1GPWA 5CPLA 2CHQA 3KX6A 4NJJA 3VLFB 5C1BA 1FWNA 4NXSA 3P84A 1FNNA 2NX1A 2PE4A 1YTEA 1K8YA 1IIGA 1AK5A 1JR1A 1GT8A 3NR0A 1F5ZA 4JYFA 1V5XA 4IMCA 4JICA 4K37A 5G1TA 3W7IA 1G3IA 2BTMA 1TB3A 3S9YA 1KBJA 4HN4A 3W07A 2V1UA 4CNNA 3B0PA 1CW2A 4O28A 3BW2A 3RLVA 5HR6A 1DV7A 4IJBA 3SY5A 3S6DA 4XTDA 1R2TA 2R91A 5HWMA 3C6CA 5CZJA 1OYAA 3NQVA 1F6PA 2DORA 3EWXA 3F1QA 3M44A 4PH6A 4N02A 3IVTA 3GR8A 3KHJA 5EMUA 2QJIA 1Z41A 2DU2A 2X8AA 5FEXA 2JKAA 3W7OA 3C52A 4AAJA 2I9EA 4TIMA 3L2IA 2QF7A 2TRSA 5DY3A 3CEUA 4Z1CA 5EP3A 1SQ7A 1ZENA 3S5ZA 2GUUA 1D3GA 5J5RA 2NV1A 3FKRA 4LTSA 2ZRUA 4R34A 3EWZA 5F1VA 5BW6A 3NVTA 1KYIA 3P8IA 2B7PA 5I3IA 1OFRA 3TCEA 2VFIA 2DZSA 2NXGA 3UWZA 1O4UA 1W3TA 5LNWA 1TJRA 3CPRA 1IN4A 5G4WA 2QEZA 5BMXA 3GLHB 5D2YA 1GYNA 4NNBA 4RZ4A 3W75A 4BI7A 2A6LA 2ZRZA 4MLJA 3HU3A 5LHEA 3W7EA 2ZZ1A 5FF2A 1QFEA 3W7JA 1IQPA 5LNRA 1QPOA 3TQVA 4L15A 1M7PA 2C98A 2Y63A 3G22A 1LRNA 1G4AE 2CLEA 2VFGA 2NX9A 4OT7A 3M0ZA 3CEPA 1I2PA 2E6AA 3EB2A 3NQMA 3QEZA 3OHIA 5K9CA 1SW7A 4HNNA 3HMJG 2HCBA 1NAL1 4LVDA 3VE9A 1FCVA 5AHEA 1KM0A 2QUVA 4E2DA 1GVFA 5EKYA 1WBHA 4FXRA 1JULA 2C19A 1OK4A 5AC7A 5EP2A 4GNJA 4UTWA 4AWUA 1OFDA 3IIPA 4JXCA 1O95A 1C29A 4ADTA 4JR5A 2QAPA 2BJWA 4X3ZA 3CWNA 1TMHA 2CLMA 4X2RA 1QOQA 1U5JA 1KM3A 3I65A 3M16A 1FXPA 2BLEA 1KFCA 1W31A 2RH9A 3C2FA 3QC3A 4WOQA 1JRCA 1W8SA 2HTMA 3SSJA 5I3HA 4O53A 1EEPA 1EIXA 4JN6A 2QCMA 3PC0A 4LNYA 1SZFA 5FTJA 2ZZ7A 4QSHA 5LKYA 3DFTA 4RCXA 3TMLA 4QQ3A 1FQ0A 4ZL1A 1B9BA 1DO0A 2KZHA 4K8HA 1D2NA 1SW0A 1IIHA 1GVQA 4EWND 1YLVA 5EA9A 4FB7A 3EX6A 3LCXA 3TXVA 2RFGA 4CQ9A 3U60B 3T55A 5KTLA 3HJZA 3VFDA 4HKPA 2ZZ5A 4AHOA 5HWJA 3LRLA 1SFJA 3QW4B 4JIPA 1MEWA 4O4VA 3MBDA 4MY1A 4NX5A 2ZTKA 3N73A 4O13A 2A5HA 2YXGA 4JTKA 4KFNA 4OE7A 3FLUA 2A1YA 1F76A 1QWGA 1VLWA 4GUHA 2V81A 2VELA 4O17A 3RNDA 2NXIA 3W9ZA 2G97A 4UCGA 1TRIA 3R5EA 4JYEA 4J9JA 4JDYA 1R47A 4M6VA 4I9AA 5K9XA 4QNRA 2Y62A 3LHWA 1G4TA 3TFXA 1TIMA 5HJLA 5LNVA 1X7FA 2DZOB 4NJHA 1DVJA 1PIIA 3SECA 3W22A 2FB3A 3W1TA 5FTMA 3WFAA 5LZLA 2Y7DA 3QQ1A 2ZAMA 2ZZ2A 3QMSA 4JTHA 3BLIA 1WX0A 1TV5A 3W1XA 4HNVA 3LRMA 1PE1A 3O05A 4Z0JA 4LY6A 3W1RA 3Q58A 3GAKA 5EP1A 3LV6A 3LTYA 5C5YA 4A21A 2WQPA 5D05A 1X1OA 3EWBX 4Q32A 2QCDA 4PA8A 1SO4A 3ZWTA 2B7OA 1G69A 3G18A 3LCGA 3MI2A 4YWIA 2ZANA 2Y6ZA 1L6SA 5DBUA 3GKFA 4UTKA 2VIIA 1ZJIA 3LI0A 1HTIA 5LGZA 1AL8A 5EY5A 4UFJA 4IPJA 5D2TA 1GJPA 3MHVC 3E96A 3NPXA 3NOEA 5F2MA 1ZY9A 3KRSA 1YDVA 1GG1A 1YADA 4K6AA 2QJGA 1HT1E 4AHPA 3HGJA 3QM3A 1UJPA 2Y85A 3UZJA 3BW4A 3G3DA 1WAUA 4HIBA 5FEPA 3F4NA 2OT1A 5F4WA 2YYTA 4QHSA 3DI0A 2QR6A 2XN1A 4HT3A 4LV9A 3TDFA 3IGUA 4JD4A 4RR4A 3W84A 4XKYB 2ISWA 3DFPA 3DXIA 2C9OA 4QIUA 3PB2A 1QAPA 1XL9A 3DHDA 4O10A 4DEFA 5AC6A 4O18A 1PS9A 1XC4A 4CCDA 3SFKA 1SXJC 1X1ZA 2V82A 2DZTA 4AH7A 5I3FA 3PG9A 3S5YA 3TFCA 3L67A 3KFTA 2OJPA 3LHVA 2CLKA 1NY5A 3NNTA 1SR9A 4KFPA 5H2ZA 1IY1A 4AF0A 2CLLA 3RF9A 2VFHA 1OX5A 4ZQRA 2R8WA 3BV4A 4JYDA 4H4IA 4UFIA 3DH7A 3UWWA 1EB3A 3KW6A 1THFD 2DZVA 4LRTA 3TSMA 4NJIA 1IXSB 3DHFA 1OFIA 1TQXA 2Y70A 1VCGA 4D81A 3G1FA 3L65A 2DZPA 4RXFA 4OWGA 3HBLA 4X22A 2R62A 4KKXA 3BARA 5EL1A 4QM1A 1TO3A 3NQ8A 4ZQOA 4PEKA 3NPVA 4MZYA 3WK3A 2E77A 2VOMA 3OVRA 2E68A 1DKWA 1KFJA 2GOUA 4AEOA 4Y8FA 3H4MA 4FXSA 4UMCA 4P2VA 3O06A 1TRDA 1GWJA 3PY2A 4LT9A 3MI3A 2PC4A 4MIMA 3THAA 3QRHA 1FWWA 3DGRA 2ZZ3A 3FYOA 3P5YA 3N19B 4DBEA 3N2MA 4UIOA 2FPVA 5DCBA 4AHQA 2CZEA 2PRMA 4BWLC 4YCOA 1F74A 4ZQPA 4UUIA 2ALDA 3PBYA 3I68A 4TMBA 5LHFA 1GG0A 3PBVA 3G3MA 1K7XA 3EX3A 3B06A 3UNDA 3P8JA 3GLGA 3A5VA 4K38A 3P82A 4D80A 1K7EA 3NZRA 5I3JA 3FEMA 5AYYA 3W23A 4FNTA 1K8XA 1KW1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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