1NVMA

Crystal structure of a bifunctional aldolase-dehydrogenase : sequestering a reactive and volatile intermediate
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
340
structure length
340
Chain Sequence
TFNPSKKLYISDVTLRDGSHAIRHQYTLDDVRAIARALDKAKVDSIEVAHGDGLQGSSFNYGFGRHTDLEYIEAVAGEISHAQIATLLLPGIGSVHDLKNAYQAGARVVRVATHCTEADVSKQHIEYARNLGMDTVGFLMMSHMIPAEKLAEQGKLMESYGATCIYMADSGGAMSMNDIRDRMRAFKAVLKPETQVGMHAHHNLSLGVANSIVAVEEGCDRVDASLAGMGAGAGNAPLEVFIAVAERLGWNHGTDLYTLMDAADDIVRPLQDRPVRVDRETLGLGYAGVYSSFLRHAEIAAAKYNLKTLDILVELGHRRMVGGQEDMIVDVALDLLAAHK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase/oxidoreductase
source organism Pseudomonas sp.
publication title Crystal structure of a bifunctional aldolase-dehydrogenase: Sequestering a reactive and volatile intermediate
pubmed doi rcsb
molecule keywords 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
total genus 130
structure length 340
sequence length 340
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature ec 4.1.3.39: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase.
pdb deposition date 2003-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
A PF07836 DmpG_comm DmpG-like communication domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.60 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Helicase, Ruva Protein; domain 3 1nvmA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1nvmA01
4Z8XA 4MOZA 1ZCOA 3EX4A 1N55A 2DZPA 3W83A 4DO4A 2EF9A 3C56A 3RU6A 5BNKA 3W7HA 3LV6A 3ZFHA 3GLGA 4FF7A 2VFEA 4ZL1A 3PBUA 4TIMA 1N8FA 2ZRXA 3F4WA 1TRIA 4ZQMA 1QWGA 2B7QA 1EIXA 1ZFJA 1EPXA 1HQCA 2A7PA 4ZQOA 3PB2A 3G22A 3GXNA 2CLEA 3EWYA 2QKFA 4IUOA 1R46A 5AYXA 3LM7A 1KFKA 3A23A 3LCIA 3BGGA 4WY0B 3WK0A 3S9YA 3TC7A 5FTKA 3CM4A 5G4EA 4LGMA 2ZBTA 5T26A 3F4NA 4MLJA 1DJQA 1TQJA 1U5JA 2TRSA 3NQDA 3KRUA 2Y63A 3L5LA 3MP3A 4PEKA 1TTJA 4UFKA 1OJLA 3I65A 3BG3A 5G5IA 3DFTA 4KO8A 1H5YA 2QUUA 2A0NA 2UV8G 2XFWA 4IJBA 3CHVA 2E5DA 4UFJA 5C55A 1QFEA 2XN1A 4M6PA 5HNRA 4DXVA 1R2RA 2DZXA 4L15A 2H8XA 1LBLA 1JCJA 4N9DA 2Z6JA 3FKRA 5H91A 5AOUA 3KVMA 4AEOA 1MEHA 5FEWA 3TQVA 3W23A 4HNVA 4N9BA 5K9DA 1W5TA 3M6AA 3I7SA 4Y96A 4HN4A 1VZWA 3HGOA 3QPYA 2NUXA 1YLVA 3SGZA 2ABBA 3NPWA 3NQMA 2RKXA 2E5BA 3ABSA 2E1DA 3PXGA 2WPBA 3NYZA 2QCMA 3W71A 3HU3A 1LZOA 5AN7A 1FXPA 5CSRA 5EL1A 3I6RA 3W1NA 3MBDA 1K8YA 2JK2A 4K37A 4QOSA 2EPHA 3W88A 3NQ8A 1XXXA 3W73A 4DF0A 1KM0A 2VELA 1LBFA 3IGSA 1R30A 4DO5A 3DAQA 4O50A 1NFBA 4WW0A 3GDRA 3SIZA 3G1DA 4HNNA 4AF0A 1VS1A 4A21A 2QR6A 5K4XA 3NQAA 3EIHA 2CLOA 4FWGA 2JKPA 3NPXA 4NJHA 2NV1A 2VFIA 3B0UX 5JI3E 3OG3A 2Y85A 4JGDA 3W2JA 1TPB1 2J24A 1OFHA 2EKCA 1IGSA 1ZALA 3E0IA 3NGJA 2NWRA 3MUXA 1VHCA 1C1KA 4OBTA 4D2JA 2VFGA 4WOZA 3TSBA 1XBVA 3EXSA 3E96A 4XKYB 3G0UA 3PSWA 2H90A 4EIVA 1XCFA 3R8RA 4ZQCA 1NEYA 1OYBA 1QZMA 1VCGA 1H61A 5LGXA 5DCEA 4WXYA 4BI6A 3L0NA 3KVLA 4LWWA 4Y9AA 3UWUA 1W5MA 1OFAA 1E32A 5A5WA 3C8FA 2RFGA 3R2GA 1AW5A 4OV9A 2XSZD 3LRKA 3ATZA 6ALDA 1WYIA 2QCDB 5CG7A 1VHNA 2ZZ2A 4LS2A 1TYGA 2W6RA 4O1DA 1D9EA 4WY0A 4A3VB 5CPNA 5F2IA 3KAOA 4NJJA 4N9EA 1QNVA 5BMXA 3TFCA 1JUEA 3PVSA 2ZAOA 2ZQ0A 3LTYA 1TQXA 2Y7EA 2FTPA 3O16A 1ZAIA 5D09A 1TPEA 5HR7A 4MZYA 1ONRA 4M6VA 4QISA 1OX6A 4OHQA 2VEIA 2CFFA 2ZDRA 4KFOA 4FNUA 3NL5A 3WJXA 3UPBA 1IM2A 2PRHA 4PCFA 5HWMA 4UMBA 4O4VA 2R65A 3C2OA 2BXVA 4W9TA 1MEWA 1FWWA 2DHRA 3O63A 2V6ZM 3R5EA 4O12A 2CHVA 4Y6GA 4GUGA 1PS9A 2R94A 2JGQA 3C2EA 2HS8A 2X8AA 2DU2A 5CPLA 3HPSA 3TQ0A 3DFNA 4NXSA 1HQYE 3LGEA 3QSRA 1VLIA 3TW7A 3NNTA 3WK3A 4AWUA 3QM3A 1SU5A 4UXDA 1OG0A 2C0AA 1K7FA 1IXSB 4FXSA 1S5WA 3P61A 3UXAA 4AH7A 1SZNA 2ZRWA 1OFEA 4XTDA 4JX6A 5TBOA 5FTJA 4IMDA 1Q6RA 1TPC1 5FF7A 1XWIA 1F5ZA 1F05A 2OT1A 3CEPA 4O13A 3LB0A 2B7NA 2G97A 3FEMA 1IXOA 1K7XA 2QP9X 1SUXA 2TSYA 1KM5A 3UPWA 3PWAA 1NF0A 3EEGA 3P7YA 3W76A 3ABOA 3FYPA 3KHJA 3LCLA 1KFEA 3W1UA 5BW6A 5EP3A 3LRMA 1K7EA 3ZWTA 2BX7A 3LHTA 3I7RA 3OVQA 1SO5A 3PG9A 4R53A 3V1PA 3N34A 3THQA 3AO0A 5EXTA 1UB3A 3H4MA 4FX8A 5K9XA 3EWWA 3MBFA 3T7VA 3P62A 3C2VA 1SW0A 2ZRUA 3FJLA 1SW7A 1X1OA 3TE9A 2QENA 4JYEA 2ZRZA 3DHFA 3MP5A 4XKYA 4AHQA 1THFD 4KLNA 4O52A 4AB4A 2CZDA 3UD6A 4QHTA 4XBKA 5F2MA 3TV8A 4MY8A 1H1ZA 2DZTA 3W9ZA 1G3IA 4Z0JA 1GVRA 4LS1A 4QNRA 3W72A 2H6RA 1XBXA 5F4WA 1SZEA 4AXKA 5FF3A 3CIWA 3Q94A 4LJ7A 2QCDA 2H3DA 4CLMA 1LORA 3GXPA 3W7GA 3FOKA 4JDYA 1WAUA 1RR2A 3UYCA 2HCBA 4ZZ9A 4DO6A 1ME7A 1J7KA 2PRMA 5HUOA 3S42A 1ZENA 1D3GA 1ZAJA 4D82A 1VRDA 4K7VA 2YW3A 2DJLA 3DENA 2DZUA 3SW6A 1RQEA 5F2GA 5I3GA 3P5YA 4N6FA 3W1RA 4N02A 3S6DA 3C6CA 1LYXA 5KZDA 1VH7A 4LNYA 5FI8A 1FWSA 3KDSE 1TSIA 5AHLA 5C54A 5EQTA 1LRNA 3GB6A 2V2DA 2C15A 4Z1DA 2OZ0A 2F7FA 1IQPA 4ADSA 5EP2A 5HWNA 4JR5A 3NL2A 1C8VA 4K8EA 3W22A 3B8DA 3NXFA 3P67A 4GRSA 3G3DA 4LVGA 6TIMA 2GOUA 3D8BA 1M6JA 3LLDA 3P8IA 1YDNA 4JTLA 2YX0A 3PG8A 5LNSA 1OJXA 2WSYA 4Z08A 3V75A 3NZ1A 2OJPA 4H6KA 1FWTA 2CZ5A 3A5VA 1AK5A 2CLIA 1H7WA 4UMAA 3TUUA 3IIXA 3LTPA 5AYYA 5U7SA 1JCMP 1M5WA 1IXRC 5ABTA 1SFJA 1HO1A 1JR3A 5AFDA 3NL6A 3SGUA 1AMKA 3QMRA 3W2UA 2ZAMA 5EP1A 2CLHA 1L8QA 3GVGA 1O60A 3JRKA 4XWUA 1TTPA 2BZNA 5CPMA 5LKYA 2ZZ4A 2NUWA 3HF3A 2DWZB 2B0MA 3GKFA 5I3FA 3HQ1A 4KFNA 5BRBA 1OF8A 3W1PA 1YPIA 1O5XA 4Q4KA 3KOFA 3EKLA 3HGRA 3P60A 3PVFA 1RVGA 3HG5A 4CNOA 2NZLA 5F2LA 1GTEA 4ICNA 1X1ZA 1T99A 2Y62A 3LX9A 4QIUA 5DN1A 3UK6A 1HT1E 2GUUA 4ORIA 1JJKA 4I7WA 4I4LA 3LHUA 1M7OA 3HG2A 1OX4B 4JTJA 2V2HA 3M1ZA 4JS3A 1GYLA 3LHYA 4IMFA 1Q3NA 1TO3A 4C1LA 4QNMA 2DZSA 1JR1A 5D04C 3AJIB 2EGZA 2C13A 5EY5A 3TMQA 3EWBX 3INPA 5HJLA 1W5NA 4ZQRA 3E49A 4O17A 3B05A 3LXAA 2Z4SA 3T55A 5LNWA 1NJGA 4LJ5A 5D05A 4FB7A 2C6QA 2Y7GA 5AC7A 4UC5A 2X30A 3QQ0A 2BJWA 1LOQA 3C2RA 1JUBA 4PL1A 1H7RA 4Z1AA 1OFOA 2C9CA 2FDSA 4TMBA 1LLWA 3EB2A 1G41A 4ADTA 3B0VC 4TU1A 1L6SA 4ALDA 2VENA 4ZQPA 4RR4A 1F74A 1J2WA 4IQLA 3MHUA 2RKOA 5FTNA 3MWAA 5AC8A 3W7EA 1S3HA 3ZWSA 3A24A 1P1XA 1FUYA 3PFIA 3UZ5A 3U61B 4K6AA 4ORMA 2C16A 1PV8A 3M0ZA 4X3ZA 2Y7DA 1JUKA 4MZ1A 3W7QA 1QPOA 4OWGA 4K39A 5FEPA 1OVDA 4UTHA 4JICA 3VKJA 4AF0B 5D02A 2WSQA 2NUYA 3USBA 2ZYFA 3CF0A 2LLEA 1RV8A 4RKAA 4O10A 3BGJA 3W7IA 3W75A 3B06A 1CW2A 1JRCA 4UNKA 3BARA 4RZ6A 1EA0A 1ML1A 1A5BA 3TW6A 2WKJA 3EX2A 1WQ5A 1WXJA 2Z6IA 2Z0IA 5AHNA 2VEKA 3UXDA 3F1QA 4B5NA 2J27A 1NF7A 1OX5A 2QPAA 4IXXA 4RJEA 3ZR4A 1ZAHA 1XBZA 2AAMA 3GDTA 2G95A 4QHSA 1UBSA 1TV8A 4OT7A 4UTKA 2Y61A 4PODA 1KYIA 4FNTA 1RZMA 4LVAA 4R33A 2V82A 3TXVA 5G1TA 3U6WA 4CCCA 1EP2A 3KRZA 3S5YA 4FX7A 4ML9A 3FA5A 2YXGA 3VI2A 1SXJE 1I2QA 3UWQA 5DELA 3M5VA 4LS0A 4UTTA 3PUOA 1OX4A 3M6YA 5LNUA 2A1YA 2GPTA 4RX0A 1WBHA 4EVZA 1QPRA 1F6PA 4NJGA 2PE4A 1AL8A 2I14A 4UR8A 1ZJIA 4MY9A 3W2NA 1TTIA 3U8GA 4O15A 4UCGA 1KW1A 2BJVA 2KRKA 1O95A 1K8ZA 5SWUA 5E1QA 2C9OA 4HSNA 4AVFA 4X22A 5KTLA 1IIHA 1WV2A 1SO3A 3K30A 3QSTA 2CZEA 3E12A 4QNWA 1IN5A 2QZ4A 1DQXA 4U4MA 4BI7A 1LRTA 4XTIA 2ISWA 4I7UA 4JY8A 1QAPA 3MHVC 4UMCA 3T4CA 3DXIA 2JKEA 2P10A 3TC6A 1N7KA 4IMEA 5F1UA 3CB8A 4PA8A 5DCDA 1W3TA 1KM4A 2A7RA 3STGA 1PIIA 4RV8A 2ZA1A 1VCFA 1VYSX 5D38A 5C5YA 4GUHA 2PC4A 1VJIA 1QPQA 3MO7A 5AYZA 1OFBA 4O1BA 4I9AA 1TTQA 5J5RA 2YZRA 2V81A 4UTIA 3S5ZA 4LC8A 4RK8A 1G67A 1VPXA 1KFLA 2PURA 4EOUA 2VFHA 1TV5A 1YXDA 4JNMA 3CF2A 2GJNA 2X1RA 4NXKA 4IOTA 4EF8A 2KZHA 3IV3A 4ZQNA 1EEPA 4M7SA 5EBUA 3QRHA 4LJAA 3UNDA 5CKSA 1FCVA 2FNAA 3BPWA 3SSJA 3LHZA 4JTKA 4U28A 3P81A 2FJKA 1LOSA 3H53A 2V30A 5CZSA 3GLHB 3TJLA 3BOSA 1OFQA 1L6YA 3G1AA 4JIPA 3TH6A 4RXFA 1C29A 2CLFA 1DKWA 3W7DA 2DP3A 2J9XA 1J5TA 3NZRA 3CQ0A 2O7QA 1LCOA 3BW2A 1B4EA 1KM2A 4H4IA 4KWWA 4R7JA 1DJNA 3M41A 5I3HA 2GVGA 2ZANA 3GDLA 3G1VA 5LHEA 4FW9A 3B0PA 1KV8A 3OIXA 3TFXA 4O11A 1BWKA 2O7SA 1DBTA 2C1HA 2I1OA 4K38A 2F84A 1VCVA 1JULA 3PC0A 3RK8A 5HR6A 2ISVA 3CTLA 2FQIA 1LLZA 2NXGA 4RZ4A 3TCEA 3P74A 2AQWA 5D2TA 3DKLA 2Z4RA 4JN6A 2PCQA 1OK6A 3O05A 4N4QA 4IPIA 3EX1A 3S1UA 4MUZA 3G24A 2ISSA 3FJ6A 3G1XA 1UJPA 1JRBA 3BLEA 3HJZA 1F73A 5K9CA 2PRLA 1TRDA 3GR7A 2YFOA 3C3NA 1GG1A 3LCHA 2FPVA 5HMSA 3DI1A 4BI5A 4O54A 3L65A 3NQ6A 3M5XA 4AWTA 3B03A 4UTTC 3W7KA 3EX6A 3QF0A 5F4XA 1T8XA 1OABA 1TPFA 4FHAA 5D32A 3IIPA 1GJPA 4LJ8A 4YWIA 3HB9A 1T0OA 3LHVA 3LRLA 3TX9A 3U60B 1SSGA 4E2DA 3K1JA 4NZJA 3O6YX 1IIGA 3QYQA 3KX6A 2WNZA 4LV4A 4TO8A 5EMUA 3WJYA 1W1ZA 1G6CA 1FX6A 4YLWA 1I2OA 2CE7A 3IEBA 2NX9A 3U5ZB 3PB0A 1R2TA 1TPDA 2NV2A 5F4SA 4G1KA 4MIMA 4LV9A 2J9YA 4JYDA 4HPJA 3OVPA 1W3IA 1UUOA 3LTSA 3IGXA 3THAA 2CZFA 4EF9A 2C3ZA 1KFBA 2AGKA 4MYXA 4BFAA 4QJ1A 3QJAA 1MZHA 3T78A 4RCXA 3RLVA 3EXTA 3KRSA 4OGZA 2NXHA 1SPQA 1KM3A 3IVUA 4N6EA 4BK9A 1K03A 3EWZA 1L9WA 4JTTA 2V9DA 1B9BA 1XKYA 3FS2A 4IGHA 1ME8A 2CU0A 3PAJA 4NNCA 1W37A 1YDOA 3G18A 1S5TA 1XBYA 1IF2A 4FNRA 3DFSA 1GWJA 3NA8A 3GLHA 1Z44A 5E93A 3L2IA 2QCEA 4HNTA 2ZRVA 4CCDA 3LCFA 1O5KA 1QDSA 4CQ9A 1UCWA 2RDUA 1EUNA 3CWNA 2RDTA 4WD0A 3W7RA 4D81A 1BTMA 1IXPA 2QDGA 1FWNA 3PS7A 2NX1A 3UZJA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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