1NVMA

Crystal structure of a bifunctional aldolase-dehydrogenase : sequestering a reactive and volatile intermediate
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
340
structure length
340
Chain Sequence
TFNPSKKLYISDVTLRDGSHAIRHQYTLDDVRAIARALDKAKVDSIEVAHGDGLQGSSFNYGFGRHTDLEYIEAVAGEISHAQIATLLLPGIGSVHDLKNAYQAGARVVRVATHCTEADVSKQHIEYARNLGMDTVGFLMMSHMIPAEKLAEQGKLMESYGATCIYMADSGGAMSMNDIRDRMRAFKAVLKPETQVGMHAHHNLSLGVANSIVAVEEGCDRVDASLAGMGAGAGNAPLEVFIAVAERLGWNHGTDLYTLMDAADDIVRPLQDRPVRVDRETLGLGYAGVYSSFLRHAEIAAAKYNLKTLDILVELGHRRMVGGQEDMIVDVALDLLAAHK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a bifunctional aldolase-dehydrogenase: Sequestering a reactive and volatile intermediate
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase/oxidoreductase
source organism Pseudomonas sp.
molecule keywords 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
total genus 130
structure length 340
sequence length 340
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature ec 4.1.3.39: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase.
pdb deposition date 2003-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
A PF07836 DmpG_comm DmpG-like communication domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.60 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Helicase, Ruva Protein; domain 3 1nvmA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1nvmA01
4UR7A 3NZRA 2NUWA 3L2IA 1VGAA 1KTBA 4HNTA 3ATZA 1VYPX 1TV5A 2NX1A 3UXDA 4MJZA 4UFLA 1LBFA 1G7VA 1W0MA 4POCA 2H3BA 3NQDA 2DORA 3G18A 3M6AA 3UZJA 2AGKA 2B7QA 4D82A 1VYRA 4C1KA 4KFOA 3LRMA 2X16A 1A5CA 3PVFA 3W1TA 1AG1O 4GUJA 3OVPA 1DKWA 3HWSA 1X1ZA 3G3DA 5IBXA 3L67A 5AHMA 4O28A 4R33A 2NUYA 1O4UA 1R7RA 4O14A 5KZEA 4FNQA 2VEMA 2I1OA 2CU0A 1R30A 4N9CA 4ADTA 2VFDA 3L5LA 4JTJA 5A8GA 2QR6A 3KVJA 1SXJE 2GJLA 5C2XA 3R5EA 2JKEA 4GFSA 5F4SA 3W1UA 5BNKA 1IGSA 3KFTA 4O53A 1HT1E 1OK4A 1L6WA 2F7FA 3SYLA 3M5ZA 2I14A 2QEZA 4WXYA 1SO3A 2E5BA 3LHZA 5AOUA 2CLFA 2W79A 1JUBA 3TJXA 3NQ2A 1VHCA 2RFGA 1M6JA 3E12A 2V2CA 1SZGA 5K7JA 5KTLA 2ZZ4A 3LV6A 1G3IA 5FF2A 5D2XA 5K4XA 5K9CA 3FJ6A 4M7SA 3IVTA 3WHLA 3HMJG 5DY3A 1OX4A 4MZYA 2RKXA 4EVZA 2DZXA 5CPOA 4GUGA 5AHEA 2ZAOA 2Y7GA 4NXKA 1SXJA 4A29A 1S5VA 2R65A 1Q6OA 3P5ZA 4L4UA 1I4NA 3NGJA 4K36A 3H53A 4X2RA 5EBUA 4I4LA 3BGJA 3KAOA 1LM1A 5DCBA 3WHKA 4FD2A 1RVGA 4DBEA 1M5WA 4M6VA 4AMAA 3G1FA 3LCWA 2Z6JA 5C5YA 4AWSA 3W83A 4O8RA 2JBMA 4RZ4A 4B5NA 4FHAA 1LP6A 3SR7A 5J5DA 2CFFA 4UFIA 5DXYA 5D2VA 1AMKA 3QW3A 1V5XA 3UD6A 3VNDA 3IGSA 4EIVA 4CCDA 2YSWA 1R2RA 2QAFA 3L5MA 4KODA 3CU2A 3UXAA 1DO0A 5GVJA 2I9EA 3DKLA 3GDRA 3Q37A 1W54A 3M0EA 4XBKA 3SGUA 4O0ZA 3LX9A 4CQ8A 5AYZA 3HO8A 5E93A 5FI8A 5LNVA 4Y9AA 3TMLA 4DPQA 1IN7A 4E2BA 3GVGA 4AAJA 3W7MA 1Q6QA 2O7SA 3STCA 1LROA 3R89A 2W0UA 4O19A 3UYCA 1E94E 4MUZA 2ISWA 5BRBA 2VFGA 5DLCA 3NQ6A 2RKOA 1SW3A 3EX2A 3IVSA 4Z1AA 3IGUA 1N55A 5AN7A 4QNWA 4YCOA 4XBSA 3SSJA 1WX0A 1PHQA 1SUXA 3EWBX 2FNAA 3LB0A 1SZEA 4JYEA 4JY8A 2DZUA 4LY6A 1LZOA 2DHRA 4NVTA 1W56A 4RZ6A 3W2NA 5AB3A 5CSRA 3MYPA 2JGYA 3IVUA 1MEHA 5KMYA 1QO5A 1JQVA 1W3IA 4JTFA 4KFNA 4M7TA 2IQTA 1EWDA 3HIJA 1V7YA 2WNNA 2QCNA 3NPXA 5LNSA 4K7VA 1QWGA 3GDLA 1JCMP 2R8WA 3IIXA 1W3TA 5G4EA 3W7EA 1EP3A 5AC8A 2QJGA 5FTLA 1JR3A 4ORMA 1TPB1 3AJIB 3CIWA 3W7HA 1Z48A 5BOOA 1TO3A 5KZDA 1TTJA 2ZQ0A 1TPWA 3C4UA 3PBYA 3GB6A 1NSJA 1KFKA 3C0JA 5HQEA 3L5AA 1L9WA 1JVNA 1I2OA 4O50A 4ONVA 1YDNA 4XUGA 1AL7A 3A22A 1EA0A 2ZCGA 5EP3A 5JI2E 3SC3A 5JI3E 3CIXA 4LV9A 5CPLA 1AW2A 3W7JA 4ZQPA 4BF9A 1OHLA 3BK0A 4OU1A 4AB4A 5I3GA 4XQ6A 4AH7A 2QBYA 3TQ0A 1YXDA 1FDJA 4LC6A 2GVJA 2NUXA 3PSVA 3ABSA 3QJAA 4IMFA 3NDOA 1RQBA 4BR1A 4PC8A 3BOSA 2DZPA 2DP3A 2DU2A 2J9XA 3GDMA 3GAKA 1NJFA 2WO5A 4Z08A 3W7KA 2CLKA 3FS2A 4GUFA 2FPTA 1H50A 2PE4A 3LHTA 3W84A 3C2OA 4E2DA 1GYLA 3QEZA 4TMBA 2NV2A 3FIGA 4O10A 1KM4A 1F6PA 5CZTA 3DFOA 4A2RA 3B0PA 3VE9A 5F2GA 1QPRA 1A5BA 4JTHA 4Z1DA 3O6DA 3HU2A 3I65A 2QUTA 2H6RA 1VS1A 3TA6A 1NF0A 4JTLA 2GQ9A 2ZA1A 3I68A 3QRHA 1FWTA 3RMJA 4LY8A 3WK2A 1G67A 3ZFHA 2NXGA 2FDSA 1KM2A 4RXGA 2OT1A 4ZMGA 1W3NA 1GPWA 4RJEA 2D73A 3NG3A 3GLIB 2X8AA 3FKKA 1YPIA 4NXSA 3W7QA 4KWVA 1X7FA 1GVFA 1N8FA 5K3VA 3LCGA 1AW1A 2CZEA 2QCFA 1MEWA 4UTTC 3TQKA 3GNDA 3GAYA 5HULA 1OFBA 3I6RA 1ME7A 1B57A 1LOQA 4G1KA 1YYAA 4WOZA 5KITA 2H8ZA 5FTJA 1F05A 4DQWA 4JTEA 4MIMA 1XCFA 5C6MA 5K9DA 2QUVA 4P61A 1IXRC 1W37A 1QZMA 4TMCA 4OQVA 3TXZA 3G24A 5DCEA 1KM3A 2Y70A 5H91A 4Z0JA 2Q3RA 5FTKA 2V5BA 4QISA 3S1XA 4FXRA 4Q4KA 3H54A 3GLGA 1GVQA 1F2JA 5DELA 4HKPA 3LGEA 2OZ0A 1FDZA 4HN4A 4IUOA 4O1DA 2HSAA 3B4UA 4GITA 3TW6A 2E1DA 3OG3A 1KLYA 3NYZA 4UR8A 1DQWA 4UTUA 3LM7A 3LERA 5LSMA 5EP4A 3B06A 4JNMA 1QO2A 1VJIA 3OHIA 3DI1A 3WJZA 3PBUA 1VHNA 3N19B 1G69A 2QENA 3DHFA 2RDUA 4QOSA 1L8QA 3EKLA 3U5ZB 1SO5A 1K7XA 4UIOA 1YXYA 3DXIA 1B9BA 5A5WA 2GQAA 1TCDA 4RLIA 2WV8A 4QJ1A 3L0NA 4H4IA 3STEA 3BPWA 1UB3A 1X1OA 4PA8A 3WJXA 4JX5A 3TAKA 5LKYA 3S5OA 3MI6A 5HWNA 3E96A 3PULA 4UMBA 5IBXC 4NZFA 4JGDA 1K7FA 1DQXA 3LI0A 3C2VA 4HIBA 3AO0A 1SW7A 2BX7A 4AF0A 1OFRA 4R34A 3FLUA 3ZS4A 4UTJA 4ZPXA 3TNOA 3GYEA 2G97A 2GOUA 4BWLC 3U2OA 4Y8FA 4L4MA 3GKFA 2QCMA 1OK6A 3I7RA 2A7NA 4MVAA 3TE9A 3N3MA 4O15A 1TIMA 2V82A 3HOJA 4XKYB 4ZZ9A 4HSOA 3I7SA 5D32A 4LRSA 3SW6A 5EXSA 4UTWA 1C29A 2A6NA 2GUUA 4MOZA 1OFHA 3F03K 3W1RA 3EWWA 4ZQRA 3CPRA 2BZNA 3T55A 1KYIA 1JRBA 4TR9A 3HQ1A 3Q2DA 1IXPA 2EKCA 5C18A 5LNUA 3UK6A 3T78A 5DXXA 1XI3A 1UUMA 2NZLA 1L6SA 2PRLA 2Q8LA 4IMDA 1W5QA 1OFDA 3LCHA 1H5YA 1JCJA 2XN0A 3B0UX 3BW2A 4FB7A 2GPTA 3Q58A 1O95A 2CE7A 1SXJC 1XUUA 3FOKA 3W1MA 3S9YA 1LOLA 2BJVA 3KVMA 1QR7A 2TSYA 2DZSA 4IJBA 4AXKA 4R53A 4L15A 3VCRA 2OT0A 3EX6A 3NOEA 2V81A 3NR0A 4FO4A 4FCVA 4OV4A 1IXQA 4QNMA 3C8FA 5I3IA 4LJ8A 2A1YA 3N9RA 4OT7A 1YXCA 1X8FA 1Z42A 5D38A 1OYAA 4GBUA 2A2IA 2QCCA 3T44A 1P1XA 1IXSB 3BW3A 5EA9A 3FYPA 1TPUA 1D9EA 1KFLA 1OFEA 2VFHA 5LGXA 1TTQA 1X6UA 1XXHB 3PB0A 5DBTA 3P80A 2V2DA 5DYGA 2BLEA 1LLWA 3NNTA 4MFEA 8TIMA 5BMWA 3W85A 1MSSA 4OBTA 1IY2A 2E5DA 4HNUA 1EIXA 4FEZA 4QHTA 4O1CA 1JCYA 1OFPA 3W7IA 4LVAA 1ZHAA 3QZEA 4Z1CA 1ZAIA 3DKJA 3M9YA 2QP9X 3QPZA 3HB9A 2RHGA 4JIQA 3TSBA 3U6WA 2Y88A 4XTDA 1K8XA 4N9BA 3YPIA 3LBCA 1OX6A 3NQEA 3TROA 2C19A 1JCLA 2E6DA 1KW1A 3W7PA 3MHFA 3H4MA 1T8XA 2FIQA 5DCDA 4O13A 3HPXA 2WKJA 4MY8A 4EWND 3DBPA 1FWSA 1I45A 2CZFA 3QH2A 3M0ZA 4NNBA 4NU7A 1J5TA 3NO5A 4BFAA 3P8JA 4S2BA 4KO8A 2A5HA 3UWVA 4N9DA 2ZTJA 1VCVA 2ZRXA 1G6CA 3TV8A 4WUIA 5HR6A 1TTIA 4LS1A 3CF2A 1YPFA 3E49A 1F73A 1IF2A 4MZ8A 1QFEA 4TU1A 4LGMA 4S1FA 1D3HA 1HTIA 4GJ1A 1W5PA 2O7QA 2WNZA 2TPSA 1XKYA 1KLZA 2F84A 1PS9A 3QFEA 2Q8ZA 3C56A 1MEIA 2C6QA 1FWNA 2E5CA 1GG1A 1SPQA 4WY0A 1FXQA 4DELA 3N14A 5G4WA 1MZHA 4UMAA 3NL3A 3LCXA 2ZZ6A 2X1UA 1T96A 3ZR4A 3W2LA 3S1WA 2XSZD 3R2GA 4Q32A 4KFPA 3DGRA 5F4WA 3BV4A 1GEQA 4NUWA 3VFLA 3QW4B 2G96A 1E32A 1ZENA 2E68A 2CLMA 1FXPA 3QM3A 4M6QA 3UQNA 3S0CA 3MP5A 3TCEA 3VLFB 4Z0SA 1O5XA 1UBSA 5HMSA 1EP2A 2YYTA 5K4ZA 4O12A 2C9CA 3FFSA 4LW7A 2ISVA 3WJSA 2CHQA 1G4SA 1IXOA 3OVQA 3UWUA 3O6YX 2W6RA 3SI9A 3GLHB 3PF3A 5FEXA 4RKAA 4FNUA 1GG0A 4PH6A 2QCGA 4FX6M 1WAUA 1WA3A 1B4EA 3SJ3A 3RLUA 4GRSA 3GX9A 3V75A 3DZDA 2XN2A 1KTCA 1TPEA 4D81A 3BG5A 2VKZG 1YDVA 2OCZA 3G0UA 3M47A 4EF8A 1VYSX 5D33A 5BW6A 1DJQA 3G1VA 3W2KA 4JTKA 3FEMA 4N4QA 3B04A 4LUJA 1KV8A 1ML1A 2XN1A 4O54A 1H7RA 3P62A 1XC4A 3F4WA 3WJYA 2V1UA 3W1AA 3O16A 3ABRA 1EP1A 1ZAJA 3HU3A 1KFEA 1WYIA 1EX5A 5EXTA 3LBMA 3LCFA 1L2UA 3PUEA 1TREA 3DENA 1O94A 2ABBA 1TPFA 1SR9A 1KSFX 1KM0A 1PHWA 4A2SA 4YWIA 3CEPA 2C16A 3NL6A 4MJMA 4IMEA 2ZZ5A 4K38A 4RV8A 2NX9A 1PE1A 4UTKA 1IQPA 1SSGA 1VQTA 2CHVA 2NWRA 3PR2A 3TR2A 4IOTA 4JTSA 4NJIA 4MPQA 4NJJA 1ZNNA 2ATMA 1A5AA 4PL2A 2A6LA 4IX2A 2X1TA 1FCVA 3M16A 3P67A 4GWEA 4RZ5A 5F1UA 1H7WA 3GLFA 1HG3A 2Y85A 3DFNA 2Z6IA 3C6CA 1HL2A 1VCFA 3E02A 1TPDA 3GNNA 2WQPA 4XTIA 2ZZ3A 1VRDA 4LS2A 5EKYA 2DZVA 3W7OA 1DHPA 2FTPA 1HO4A 3TW7A 3QSRA 4JD4A 4RX0A 2H3DA 4KWWA 1UCWA 2GQ8A 2QKFA 3DH7A 3IIZA 2YYUA 3W1QA 4UC5A 3W23A 1KM1A 3LTYA 1WDWA 2QCEA 2YCEA 1SSDA 3CB8A 2VEKA 3A9IA 4GC4A 1I2RA 4JTGA 2TYSA 1C9DA 4IGHA 1W5OA 3CLMA 2PC4A 5IM51 3T7VA 1QMLA 2CLIA 2C3ZA 2ZFAA 3E0IA 4D80A 3THQA 2VENA 2E6YA 1QNVA 4FNPA 4IMCA 3S1UA 2C13A 3NA8A 2YFOA 4FWHA 3TC7A 2Y7FA 4MKNA 4FX7A 3THAA 3L21A 4FX8A 2X30A 3LXBA 1R6BX 4A22A 1P0NA 2GJNA 2V2HA 4P2VA 3VKJA 2QDHA 2QAPA 5L6UA 5D30A 5F1VA 5K2ZA 1TB3A 1ONRA 3NEVA 3B0VC 3O06A 5CKSA 1SU5A 1IXZA 1UASA 2ZA3A 4IQLA 1WBJA 1PIIA 2C15A 6ALDA 1RPXA 3PG8A 4HNNA 3N34A 1FCQA 1IY0A 3ZH9B 1TJPA 5DY2A 3SFKA 4UXDA 4CNPA 1OF6A 3NL5A 4H3DA 4AWTA 3L9CA 4UTWC 3PS7A 4JDYA 2Y62A 1NJGA 1IN8A 3HG2A 3SECA 1JULA 1Q45A 3TSMA 1ZFJA 5CZ0A 4LJ9A 1LORA 4E38A 3P81A 2CZDA 3DFTA 4O57A 4X9SA 4LU0A 2GVLA 3BGGA 3ABOA 5EY5A 5HWJA 1OX5A 4ZQOA 4LJ4A 4RK8A 1L6YA 3ABQA 5FF0A 1EUNA 3EWXA 2V6ZM 1IM2A 4GXMA 4LJAA 3P8IA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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