3FIG | Genus

Total Genus 183

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	183
sequence length	626
structure length	574
Chain Sequence	TIVKPAGPPRVGQPSWNPQRASSMPVNRYRPFAEEVEPIRLRNRTWPDRVIDRAPLWCAVDLRDGNQALIDPMSPARKRRMFDLLVRMGYKEIEVGFPSASQTDFDFVREIIEQGAIPDDVTIQVLTQCRPELIERTFQACSGAPRAIVHFYNSTSILQRRVVFRANRAEVQAIATDGARKCVEQAAKYPGTQWRFEYSPESYTGTELEYAKQVCDAVGEVIAPTPERPIIFNLPATVEMTTPNVYADSIEWMSRNLANRESVILSLHPHNDRGTAVAAAELGFAAGADRIEGCLFGNGERTGNVCLVTLGLNLFSRGVDPQIDFSNIDEIRRTVEYCNQLPVHERHPYGGDLVYTAFSGSHQDAINKGLDAMKLDADAADCDVDDMLWQVPYLPIDPRDVGRTYEAVIKGGVAYIMKTDHGLSLPRRLQIEFSQVIQKIEVSPKEMWDAFAEEYLAPVRPLERIRQHVDAADDDGGTTSITATVKINGVETEISGSGNGPLAAFVHALADVGFDVAVLDYYEHAMSAGDDAQAAAYVEASVTIASKTVWGVGIAPSITTASLRAVVSAVNRAA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__302441850303608__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__302441850303608__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3FIG/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__302441850303608__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"302441850303608","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3FIG/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__302441850303608__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Transferase
source organism	Mycobacterium tuberculosis
publication title	Crystal structure of LeuA from Mycobacterium tuberculosis, a key enzyme in leucine biosynthesis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-isopropylmalate synthase
total genus	183
structure length	574
sequence length	626
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.3.3.13: 2-isopropylmalate synthase.
pdb deposition date	2008-12-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00682	HMGL-like	HMGL-like
A	PF08502	LeuA_dimer	LeuA allosteric (dimerisation) domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3figA01
3.30.160.270	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Double Stranded RNA Binding Domain	Double Stranded RNA Binding Domain	3figA02

4FNQA 2Y61A 4GWEA 4J9JA 3HGJA 3S1UA 1SZEA 2DZWA 1YADA 2C0AA 3LHTA 2RDTA 4WY0A 2AQWA 1WQ5A 3TAOA 3VNDA 3STGA 3OG3A 4JTHA 4QM1A 1CX9A 2XN1A 1ICQA 3QMTA 3LLDA 1GPWA 1JQXA 3NPVA 3RK8A 4PC8A 3NVTA 5LHFA 4A29A 1NF7A 1FQ0A 4AF0B 2A4AA 1JRBA 2NXGA 2G96A 4IPIA 4IX2A 4MZ1A 2ZBTA 5D03A 3CHVA 3LTSA 3HB9A 3QF0A 4N9EA 5KSWA 4HSOA 4NX0A 2J9ZA 3I68A 1EA0A 3G1HA 5FEXA 3LCWA 1KFEA 3SW6A 1QOPA 3GKFA 4JTJA 4WY0F 3M0ZA 5BMWA 3NNTA 1KM6A 4UMAA 1ML1A 3P62A 1UJPA 1ME9A 4QAIA 2GVLA 2NX9A 2QEZA 1XBXA 3BLFA 2V0TA 4GUFA 3N2XA 2OZ0A 1QAPA 1GVRA 1H7NA 2VEPA 3E12A 4A3UA 3ABOA 3T78A 5KZEA 4Z08A 1KLYA 3DFQA 3B8DA 2FFCA 1NSJA 2Q8ZA 4UNLA 2QCNA 3OVRA 4JR5A 1G7UA 2Y7GA 1O5KA 3DFSA 4BI5A 4DF0A 2Y70A 3D0CA 1ALDA 4NZFA 1RQHA 3CPRA 2O7SA 1K8XA 3BG9A 1IXNA 1QR7A 1QPQA 3KOFA 4H4IA 3U8GA 2HMCA 4CLMA 5EY5A 1F5ZA 2H6RA 4IMGA 4DPPA 4E2DA 5LHEA 1I8JA 4FX7A 1GQNA 4MIMA 4UC5A 2WQPA 3UWUA 3QYQA 1FWWA 3EWUA 2FQIA 3VI2A 3I6RA 3M16A 3IIPA 1WOBA 3EX6A 2ZRXA 3G22A 1TTQA 2V2DA 1SFJA 3G1AA 1ZHAA 3TQKA 2ZRWA 4IQLA 4JYEA 1H62A 3N19B 1EX5A 1OG0A 1Q3NA 5L6UA 3TH6A 5G2IA 4A21A 1HUVA 2BX7A 1TV5A 1OVDA 1FXPA 5EA9A 2P1FA 5BRBA 4HIBA 1F76A 5AYYA 2JKPA 2GQ9A 3KRSA 3DAQA 5TBOA 3VCRA 4HHPA 4MFDA 4X2RA 5D33A 3C6CA 3I7RA 1HL2A 4Q4KA 2QUUA 2H3DA 1GVQA 4RXFA 1OF6A 4UTHA 3DI1A 4FHAA 3NPXA 3E02A 2VEKA 2YPIA 3QSRA 4Y6GA 4FX6M 4LV4A 4ZQOA 2ZA1A 2CZFA 3DXIA 3L5AA 2ZA3A 1C9DA 4OV9A 2NLIA 4K38A 2B4GA 4ZQPA 4PTNA 3KFTA 3DFTA 1RV8A 4P2VA 3I7QA 4UR8A 5FEPA 4FIRA 4OGZA 5K3VA 2VFDA 1XDMA 3N34A 3HG4A 3FYPA 3W1RA 4R7JA 1JUKA 3B0VC 2E68A 4RX0A 4UFJA 1FWNA 1TJPA 3C2VA 2YFOA 2YDAA 1DVJA 3SZ8A 1YDNA 5HINA 4CQ9A 3NG3A 3W83A 2PRLA 2YGYA 1LP6A 1S5VA 3NL6A 2KZHA 4UFIA 1OFPA 1KFJA 1THFD 3T4CA 3NR0A 2Z6IA 1BWKA 4O54A 1HG3A 1KFCA 3ABRA 2VEMA 3W7NA 3HOJA 4XKYB 4RCXA 4Y96A 1A50A 3Q58A 3FS2A 1K8YA 3W22A 1F7BA 2CLIA 2VFGA 2J27A 3PM6A 4IOTA 1K3UA 1JVNA 3DU0A 3DFOA 4H3DA 1XM3A 2WNNA 3W7OA 4LRSA 2QCDB 2GUUA 4RJEA 4WUIA 2W0UA 4XQ6A 2C19A 3B05A 5DXXA 3GNDA 4NUWA 3PUDA 4UFMA 2PRHA 5EKYA 4JY9A 2CLKA 1PVNA 3HIJA 4NNCA 4UFLA 2J9YA 2NUXA 2X1TA 4XUGA 1O4UA 3B0UX 1L9WA 3RF9A 4ADUA 5BW6A 2WO5A 3L0GA 2Y62A 1CI1A 2VXNA 4JTTA 2G5WA 4RXGA 4XBSA 3WJXA 3W9ZA 3W84A 3DBPA 3QQ1A 4R33A 1G7VA 2C13A 4RZ6A 1K7EA 5CPLA 1SO5A 2C6QA 5KINA 3NQMA 2RKXA 2CZ5A 3W3OA 1EP2A 1LRQA 3MI2A 1GJPA 5LKYA 1W5NA 1W31A 3BVJA 4GRSA 5C2XA 3EXRA 5C6MA 3NDOA 4A2RA 5G1TA 3W7LA 3PC0A 1DOSA 3UZ5A 1EP1A 1XFBA 5U7SA 5DCDA 2BZNA 4MJMA 1T99A 3W1QA 1G67A 4I7WA 3QFEA 1OX4B 4OU1A 3W2MA 3THAA 5D2WA 3RLVA 3PBUA 4WJEA 4MUZA 5ABTA 1I4NA 5I3HA 1UBSA 5FF7A 3PB2A 3NL5A 4OHQA 3NQ7A 4UXDA 4PCFA 2RDUA 3OIXA 2WSRA 2YW3A 2X1RA 3LBCA 4ZQCA 3W23A 4RZ4A 3SR7A 1A5AA 4YL2A 3BW4A 3WFAA 5FI8A 3MP4A 4UCGA 1TSIA 3I65A 5KZMA 4KWWA 3UYCA 4M7SA 3B0PA 2JBMA 1KTCA 1P1XA 1GYLA 2CWNA 5J5DA 1VRDA 1DJNA 1KW1A 3W71A 5KITA 3KHJA 3FKRA 2ABAA 2FIQA 1UUMA 2Q3OA 3O06A 4ZMGA 2OCZA 4OBTA 4LRTA 3PSVA 3MWAA 2QCLA 3LI0A 3VE7A 3LCHA 1F05A 2Z1BA 1H51A 2E6DA 1B9BA 2EHHA 2JKAA 4U28A 2C3ZA 4MY8A 1HO4A 4K37A 5E93A 3DHFA 1SO6A 1EB3A 4MY9A 3NQAA 3W1XA 2GVGA 3GR7A 3LLFA 4JX6A 3W2NA 3TUUA 4ALDA 5GVJA 4RK8A 4NNAA 2ISVA 3MUXA 3U2OA 1OK6A 2TRSA 4POCA 1J5TA 5HWJA 1LLZA 5K4XA 1P4CA 2Z0IA 3T44A 3TE9A 4P61A 3NAVA 1LOQA 1PCWA 3SY5A 1I2PA 2BTMA 3ZWTA 2CZEA 1W3TA 1ICSA 3IGUA 1GG0A 3M9YA 3PWAA 3F4NA 2ZZ5A 5D2TA 4HNUA 4D2JA 3GYEA 4KFOA 3G24A 1TQXA 2Y7FA 3TNOA 5FF4A 5K4ZA 1WA3A 3NL2A 3HPSA 4OWGA 4LS0A 1R47A 2ZTJA 3H53A 3MJYA 3UXDA 3STFA 4M7TA 3S9YA 3OEXA 3TROA 3K30A 4PH6A 2ZYFA 3GLCA 3LRMA 1NEYA 3L0KA 4K7YA 4FIQA 2ZQ0A 1W37A 2ATSA 2GPTA 1OFBA 3C0JA 4LVAA 2QAPA 1ZY9A 3TW7A 3KXQA 4JICA 1W5QA 4O19A 2LLEA 5F1UA 3WJWA 3HGRA 3GKAA 2ISWA 2CFFA 3G1YA 5HR6A 3UQNA 1HO1A 4JTFA 5I3KA 1W3IA 3G18A 3N2MA 1H61A 1W56A 3R13A 2VFHA 1MSSA 2QCGA 3EEGA 3T55A 4I7VA 2V82A 3EWZA 2V9DA 3WK3A 3L5LA 3LXAA 2NWRA 1PCKA 1TQJA 3A9IA 4UMBA 1EPXA 2ATMA 5KZDA 2EAWA 5D2YA 1JCYA 1A5SA 3S5NA 1P0KA 1OFAA 2B7OA 4N9DA 2Q8LA 3N73A 3OVPA 3MYPA 5EYWA 2NV1A 5K9CA 1AW2A 4GUHA 3A24A 3L65A 3VE9A 3IIZA 1MZHA 5HUOA 3O6YX 4A22A 4NJJA 3W7MA 1QPRA 1IF2A 1TB3A 1FCBA 2DJLA 3ZS4A 3QC3A 2ZZ6A 1KTBA 3BG3A 1LZOA 3M7WA 3M5ZA 5FF0A 4N6FA 3P7YA 3ABQA 1D3GA 3BG5A 5H91A 4N02A 3SFKA 1AL8A 1SR9A 4MVAA 2B7PA 3B03A 4O15A 1W5OA 5F4WA 3RNDA 4K36A 4N4PA 3WJZA 4LS1A 1GVSA 1ZAJA 3TJLA 1XL9A 1OF8A 3SECA 2F7FA 2NX1A 3GXTA 3H55A 1TPC1 3UY7A 3EXSA 2BLEA 4JYDA 4FF7A 1K7XA 4EWND 3QH2A 1B57A 3LX9A 2PE4A 1QPOA 1X7FA 1OFRA 2A5HA 2YXGA 4NNBA 3R8RA 3H54A 3W85A 4UTMA 1RPXA 5HMSA 3UD6A 3IIOA 1B4EA 3HPZA 3M44A 1D9EA 4HNVA 5K2ZA 1H7XA 3DI0A 4GUIA 5HWNA 1IGSA 1MO0A 1N7KA 2A6NA 4AEOA 4CNOA 3C2EA 1KM3A 5FEWA 4LTSA 3C2FA 1QDSA 5AN7A 1VC4A 4QSHA 5LNUA 1FWRA 4ZVJA 4LV9A 3HO8A 1M7PA 4FNUA 4FNSA 2J6XA 1TO3A 3NL3A 1QWGA 1EIXA 3M6YA 1FWSA 2VFFA 3WK2A 2GVJA 3W2JA 1W54A 2DZSA 3KVJA 4MZ8A 3NQEA 5T26A 5C5YA 5LNWA 4MKNA 3W1LA 3UWYA 1LLWA 2GJLA 4RZ5A 4RV8A 1QO5A 2XFWA 5HNRA 5CZJA 1KM0A 5EPDA 3L9CA 2E5BA 1WDWA 5AYZA 4I7UA 5D09A 4MYAA 3W1PA 2ZZ2A 4LVFA 2OX1A 2ABBA 3QRHA 1LYXA 4UTUA 1VJIA 1OFDA 1G4PA 4QISA 5A5WA 2GOUA 1MEIA 3WJYA 4O1AA 1EUNA 4JIPA 2CLOA 4MJZA 4UNKA 5E0KA 5F1VA 3G1VA 4MYXA 4ZQMA 3U6WA 2ZZ7A 1VHNA 4O57A 3W6YA 3DFNA 2W79A 5I3IA 3B4UA 3KVLA 3TKFA 2YYUA 2QDGA 3W87A 1BEUA 5F2IA 5D32A 5F2LA 4LY8A 2AAMA 2RHGA 3W1TA 3EWXA 3LB0A 1OFOA 1H7OA 4DO5A 3P5ZA 1TV7A 3W7QA 4HPXA 1KM1A 5CPOA 1BTMA 4TO8A 3DGRA 4ZZ9A 2A2IA 4O4VA 1YPFA 3N9RA 1X8FA 3AO0A 4O1DA 2F84A 4ZQNA 4JS3A 4E38A 2R91A 5DLCA 4MLJA 1XUZA 3EX4A 4BK9A 1VPXA 2J9XA 4NJIA 2X16A 5K9XA 3UXAA 2VEIA 4WOQA 2NWSA 1RZMA 1GEQA 4YCPA 1S3HA 3DZ1A 3M1ZA 5DCEA 2FPVA 3VFLA 1JCXA 4O18A 4WOZA 2E5DA 1EP3A 3GAKA 4LVBA 3NZRA 1DORA 4CNNA 1GG1A 2V5LA 3FA5A 3TFCA 2UV8G 4AH7A 1KFBA 1TYGA 3O15A 5E1QA 5CPNA 1L6WA 3UPBA 1YXDA 1J4EA 2V5BA 3PBYA 1IXPA 3TAKA 4OE7A 4EVZA 5LNRA 3GNNA 4YWIA 1UCWA 3GX9A 3GZ3A 3L21A 4YCOA 2NZLA 2V2CA 1UB3A 3M41A 1AW5A 1DJQA 3EWYA 4LW7A 4TMBA 4CCEA 4UTKA 1KA9F 3HQ1A 1M6JA 2OMAA 2RH9A 1TPVA 4JD4A 2NXIA 1F6PA 3GXPA 3LCIA 1J2WA 3USBA 3LV5A 4IPJA 5AB3A 5CZ0A 5DY3A 6TIMA 1IXOA 4O0ZA 2NUYA 1OFQA 1JQVA 1VCGA 2X1SA 2G95A 3P74A 1YDOA 3TX9A 4JTUA 1KFKA 2NX3A 3IRDA 1SW7A 4JX5A 2QJGA 2VENA 3LV6A 3TC7A 1QMLA 4YXGA 2QUTA 2QJIA 2NV2A 2H90A 4QITA 2J88A 1TV8A 1TTPA 2QCMA 3P8JA 2GQAA 4Z1DA 2OJPA 2ZRUA 3MI3A 4FXSA 5D37A 2CLFA 3A5FA 3CLMA 3TXZA 5AC8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3FIGA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

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