3HQ1 | Genus

Total Genus 195

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	195
sequence length	626
structure length	573
Chain Sequence	TIVKPAGPPRVGQPSWNPQRASSMPVNRYRPFAEEVEPIRLRNRTWPDRVIDRAPLWCAVDLRDGNQALIDPMSPARKRRMFDLLVRMGYKEIEVGFPSASQTDFDFVREIIEQGAIPDDVTIQVLTQCRPELIERTFQACSGAPRAIVHFYNSTSILQRRVVFRANRAEVQAIATDGARKCVEQAAKYPGTQWRFEYSPESYTGTELEYAKQVCDAVGEVIAPTPERPIIFNLPATVEMTTPNVYADSIEWMSRNLANRESVILSLHPHNDRGTAVAAAELGFAAGADRIEGCLFGNGERTGNVCLVTLGLNLFSRGVDPQIDFSNIDEIRRTVEYCNQLPVHERHPYGGDLVYTAFSGSHQDAINKGLDAMKLDADAADCDVDDMLWQVPYLPIDPRDVGRTYEAVIKGGVAYIMKTDHGLSLPRRLQIEFSQVIQKIEVSPKEMWDAFAEEYLAPVRPLERIRQHVDAADDDGGTTSITATVKINGVETEISGSGNGPLAAFVHALADVGFDVAVLDYYEHAMSAGDDAQAAAYVEASVTISKTVWGVGIAPSITTASLRAVVSAVNRAA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__735665147863524__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__735665147863524__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3HQ1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__735665147863524__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"735665147863524","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3HQ1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__735665147863524__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Transferase
source organism	Mycobacterium tuberculosis
publication title	Probing the active site of M. tuberculosis LeuA rcsb
molecule keywords	2-isopropylmalate synthase
total genus	195
structure length	573
sequence length	626
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.3.3.13: 2-isopropylmalate synthase.
pdb deposition date	2009-06-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00682	HMGL-like	HMGL-like
A	PF08502	LeuA_dimer	LeuA allosteric (dimerisation) domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3hq1A01
3.30.160.270	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Double Stranded RNA Binding Domain	Double Stranded RNA Binding Domain	3hq1A02

5C5YA 1R2RA 3CQ0A 1I45A 1RQEA 2P0OA 4JTTA 3OBKA 4LRSA 2XFWA 2C1HA 3LBMA 2E6DA 3TW7A 2DP3A 2E5CA 3UZJA 3A9IA 1F05A 3KFTA 2C15A 4IPIA 3P82A 1SR9A 3T78A 1W5QA 4J9JA 3MHUA 1F6KA 1SO4A 3P62A 1TCDA 2YSWA 4Y90A 5U7SA 2ZCGA 1TPWA 4WXZA 5BMXA 2QCLA 2RH9A 3W07A 4TR9A 3V1PA 1DVJA 4XTDA 1TRIA 1XUZA 1TV7A 4Y8FA 3DXIA 3NL5A 3QJAA 3NYZA 3M9YA 1KFJA 3M47A 1F73A 3BGGA 3TUUA 4LVDA 3L21A 3HPZA 1MEIA 2JKPA 1Q3NA 1AW1A 4BWLC 4E0CA 5AHIA 3IGXA 4N4QA 1FQ0A 3NQ6A 4Z0JA 1PHQA 1ZNNA 3FYPA 4YCOA 4BI7A 3LHTA 3LCXA 1YTEA 3I7RA 1W0MA 3KHJA 1H5YA 1LOSA 1JR1A 1LCOA 6ALDA 5LHEA 1OX6A 1VYSX 2H6RA 1W37A 3DKJA 2JGQA 5IBXA 5LNSA 2WNNA 4CCCA 1I4NA 1VQTA 3KRZA 4XBSA 1N55A 2QKFA 3H54A 4JN6A 5KITA 4RKAA 1GPWA 2W6RA 5DBUA 4JXCA 3I7SA 1KTBA 3HGOA 4LRTA 1W3TA 3W1PA 3HBLA 4PEKA 2H8XA 1SO6A 5IM51 3BG9A 2J88A 4UMAA 2DZXA 1YDNA 4NZJA 1DHPA 4Q33A 1LZOA 2LLEA 3UWWA 1H1YA 1OYAA 1QNVA 2C19A 3LGEA 2J24A 4IMDA 1J4EA 2TYSA 4MYAA 2NV1A 5LGZA 4HIBA 2EGZA 4IXHA 4WD0A 5LNVA 2GVGA 3N19B 3FA5A 4GBUA 1FWTA 4EVZA 1W5NA 3NZRA 1DOSA 3CWOX 3W87A 4NXKA 2CLKA 1OF8A 2RDUA 3TU9A 3IVSA 4OWGA 4AH7A 3O8AA 4GXMA 2HMCA 4QQ3A 4UNKA 3HOJA 4JX5A 3W7OA 1VJIA 3RK8A 4Y6GA 5F2IA 2BX7A 3A5FA 3P80A 3TNOA 3P8IA 5AC7A 3NZ1A 1GVFA 3I68A 3W7DA 1QAPA 1Z48A 2ZFAA 4OU1A 3Q94A 1VCVA 4NJGA 5DXYA 4NJHA 2FJKA 3TSBA 1BEUA 3HJZA 5K9DA 4ORMA 3U6WA 3GYEA 4YXGA 1ICSA 3LX9A 2VFDA 3NL6A 5TIMA 1WOAA 3AO0A 2A85A 4MJZA 1FXPA 4NX0A 3W86A 1OFOA 5D04C 4K8EA 3SECA 3BG3A 5IBXC 1OYCA 3CC1A 2NUWA 5KSWA 1G7UA 1FUYA 1KM1A 2ZZ3A 1SPQA 2FFCA 3LRKA 1WYIA 5AHLA 8TIMA 1YXCA 1H63A 5AB3A 4MLRA 3BLFA 3HG2A 2P10A 3OA3A 1YDVA 5CSSA 1TMHA 2W0UA 5C55A 3OEXA 2DZWA 2WNQA 3G0SA 5AFDA 3ABSA 1ZAHA 4DELA 3IIOA 3BW3A 5CPNA 5CG7A 1RD5A 5KTLA 1W5MA 4O17A 3R89A 4WY0F 1Y0EA 5F4SA 4ZQNA 3W7CA 2GQAA 1UCWA 2R8WA 3NL2A 2Y61A 1G6CA 1A53A 1LBMA 3UY7A 3W1AA 4ADUA 1G4PA 1H7PA 1X8FA 2AGKA 1TPB1 2QAPA 1F5ZA 1OABA 3W1LA 4GUHA 1HUVA 1K7EA 3A5VA 3P5YA 1MZHA 1NVMA 4UC5A 3BW2A 1TREA 3BO9A 3KRSA 4K37A 4IMFA 2C14A 1R30A 1SSDA 3B03A 1IIGA 1DJQA 2QCMA 4UTLA 3C2VA 4ZMGA 3QQ0A 3CB8A 1QPQA 1XDMA 3KOFA 3KXQA 1ME7A 5HWMA 3NPXA 4ICNA 3IVTA 2X1UA 1D3HA 1XDLA 1XFBA 5DCDA 3LV5A 2WQPA 5HMSA 1KA9F 1OX4A 5D33A 4WOQA 4LTSA 5TBOA 2B7PA 3L67A 4KKXA 5U4NA 3LM7A 2Y7FA 4RX0A 2WV8A 4O50A 4RLIA 2PRLA 1VGAA 4O52A 4BF9A 4EF9A 2ZBTA 1TV8A 2NWRA 3OVPA 4JDBA 1DQXA 3MHFA 3TR2A 3M5XA 3L5MA 3GKAA 4JTLA 5D2WA 1O5XA 2DZPA 3TFXA 2YYUA 4JD4A 1GVQA 2WNZA 3GVGA 5G4WA 2C13A 2NX9A 3W84A 1GYNA 5E0KA 2A0NA 5FI8A 3NG3A 1W3NA 3DI0A 1KM2A 3F4WA 5CSRA 4AHPA 5G1YA 5I3FA 2WJZA 4DO5A 1O4UA 3L2IA 5SWUA 2Y62A 3ABQA 2C6QA 1EP2A 3LOTA 4R53A 1OVDA 1ZCOA 4BFAA 3W75A 2I14A 3SSJA 3FFSA 1SQ7A 3MP3A 4JTEA 1B4EA 5HWJA 3GK0A 1R47A 1XCFA 3MWAA 1L9WA 2FIQA 3DHDA 3BARA 4ZL1A 1RQBA 3LHVA 1L6YA 1ZY9A 2V81A 3M43A 4OV9A 2C3ZA 5J5RA 4JTSA 3H53A 3NQMA 4QNWA 4LW7A 2PCQA 3TQ0A 3LCLA 4XWUA 1FY6A 3UXAA 3NQ2A 1GJPA 1VYRA 4M5PA 2NXIA 1PCKA 4KWVA 3NPVA 4AVFA 3KVJA 4RR4A 4WUIA 2ZTJA 2YZRA 1ZJIA 5EPDA 1ZALA 1A5CA 3EX2A 2A1YA 1WV2A 3TCEA 3STEA 1H7WA 1JUBA 1LDCA 2B7NA 4FO4A 3PR2A 1V7YA 2CWNA 1JQVA 3LHUA 1GVSA 3W7RA 3B0UX 4XBKA 2YGYA 1P5BA 5G2WA 4AAJA 4RK8A 1Q45A 2ZZ5A 2ABAA 2YW4A 4LWWA 1QO2A 4NVTA 5K4XA 3LRMA 3M5YA 3S5NA 5KZDA 5DCBA 1S3HA 4ADTA 1KFCA 3W2UA 1EP3A 3NAVA 3P60A 4IOTA 1XBVA 2Q3OA 5D09A 3HPSA 2E1DA 4FNSA 4JTIA 2ZRWA 3MHGA 3R13A 4FNTA 1A5SA 4IMCA 2YYTA 3PUEA 3E0IA 3U2OA 1ICQA 2WO5A 5EKYA 3TQKA 3O16A 3R12A 1AMKA 1KV5A 4JYFA 4O53A 4O15A 5FEWA 5CGQA 3LTPA 3SR7A 3W7LA 3I6RA 3BG5A 2RDWA 1K8XA 3NM3A 2PRMA 4UR7A 4LUJA 1V5XA 5AN7A 5D37A 3STGA 3HIJA 1B4KA 2I1OA 1NFBA 1EEPA 2UV8G 1K7FA 4ZZ9A 5D2YA 4M6PA 1F76A 2HS6A 4M7SA 2GVJA 3C8FA 4HNVA 3IEBA 3TJLA 3QW4B 3G22A 3LHZA 1XBXA 2WOQA 1IGSA 3WJZA 4P61A 2PC4A 3O07A 4WJEA 4QM1A 4O16A 3W7IA 4S2CA 3NGJA 4N2YA 4ZQOA 4POCA 3OVQA 4K7VA 4FXSA 3PBUA 1G7VA 3YPIA 3W74A 3HG4A 3WJYA 2H3DA 4O11A 4DO6A 1Z41A 1TB3A 2FLIA 1KTNA 3P7YA 2HTMA 3FKRA 3QSTA 3CEPA 3NR0A 3NOEA 3Q37A 2H8ZA 3PS7A 2Q8LA 1VRDA 4IUOA 5HNRA 4A2RA 1HTIA 3W7NA 5AYXA 3W7HA 2VEPA 3TJXA 5D30A 3N34A 2XN2A 4BWLA 2ISVA 1WXJA 2ZZ4A 3EWZA 2VFIA 1PV8A 3MI2A 1CW2A 3P8JA 5HULA 3G3DA 1EUAA 1ZAIA 4O1AA 1R2TA 4LNYA 4ZQPA 2ALDA 4JNMA 1KM4A 1KM6A 1W1ZA 1LOQA 1OX5A 3BPWA 3SZ8A 4UFIA 3QFEA 1VHNA 3S5OA 3S8HA 3Q58A 3W1QA 3PB2A 4JEQA 1GT8A 2ZRVA 2RKXA 3GDTA 5DY3A 1WBJA 3PBVA 1YXYA 3GDKA 2FPYA 1VHCA 3NQ7A 2ABBA 4OV4A 2YPIA 4S2BA 1JCXA 3DZ1A 4OHQA 2CLMA 2BSLA 2FB2A 3W2NA 1IXPA 2V5LA 2A6NA 1TIMA 2NWSA 3LDVA 4QISA 4GRSA 3FS2A 3NPUA 2J9YA 1XL9A 3EXTA 1G4EA 4FB7A 1NSJA 1ICPA 2OX1A 2TPSA 3Q2DA 1AW5A 3QC3A 5H2ZA 3TA6A 1SO5A 1JQXA 2QAFA 2Z1BA 1GEQA 4JIPA 1C8VA 4TMBA 1EPXA 2VC6A 3W23A 4UTIA 4FNQA 3BLEA 3P5ZA 2FPVA 4ML9A 2VEMA 1X6UA 2YR1A 1KBIA 4MY8A 1GG0A 3V75A 5LGXA 3MW7A 3HF3A 2NLIA 2R91A 4CNNA 1RZMA 3L5AA 3P81A 4O4WA 1PL9A 4XUGA 3VI2A 4HPXA 2EAWA 1OG0A 2FPTA 3P67A 1ONRA 3C2RA 1R46A 4K8HA 3G1AA 3SJ3A 3M6YA 5CZJA 3C6CA 3NQVA 4O8RA 4PL2A 3SI9A 1A50A 3DENA 4XQ6A 4D2JA 3MP5A 2PURA 3TV8A 1ALDA 2Z6JA 3S1XA 3G1HA 2R94A 2Z2UA 1M6JA 1Z42A 3N2MA 1WX0A 2FDSA 1PE1A 4NX5A 3LCHA 3LTSA 1TRDA 4GUFA 4N9BA 3NVTA 4MUZA 5EY5A 5HJLA 3HGJA 4ONVA 3G1YA 3ANYA 2V5BA 3AJXA 3W7EA 3B06A 1AL8A 4LS0A 1LOLA 4NNCA 3TROA 1AL7A 3EX6A 4WZHA 4Q4KA 3W1XA 5D02A 3W7GA 1EUNA 3UPBA 3STFA 3WK3A 2OJPA 1G67A 1ZAJA 3G0UA 1GZGA 4I7VA 3S1UA 4DPPA 4GFSA 1PCWA 1BWLA 5EL1A 3SFKA 2EHHA 4TX9A 1N7KA 4X22A 3G8EA 3IIVA 2H3BA 2YXGA 3QM3A 3MYOA 5CZSA 3CHVA 1S5VA 3N3MA 1K8ZA 3S0CA 3L0KA 1KV8A 3THQA 3A21A 3IIZA 3MI6A 1OF6A 5F2LA 3UD6A 4HSOA 3W72A 2DZSA 4PC8A 3UWZA 1QOPA 3QPZA 1C9DA 5A8GA 2ZZ7A 1LBFA 2ATMA 4FF7A 3GNDA 1GYLA 4N9CA 3SGZA 5E1QA 3VE7A 1KW1A 3G18A 4GWEA 1VS1A 3RLUA 3G24A 3VNDA 3QW3A 4JY8A 1GTHA 3LCGA 3C2EA 2CLOA 4FEZA 1TJPA 3NM1A 1WAUA 1O94A 2V2DA 4BI6A 3TFCA 4FNPA 3W1NA 4AWUA 2QDHA 3PG8A 5G5IA 2DJLA 1FWSA 1XI3A 3E02A 5LNWA 2GQ8A 3M44A 1L6WA 3N9SA 2B0MA 3EXRA 4O1DA 3DU0A 4XTIA 4TIMA 4LY8A 1FCBA 5L9FA 3TMLA 5AC6A 2QCHA 5FF4A 5C54A 2ZYFA 1LLWA 2B7QA 4K7YA 3L0GA 4MZ1A 1MEWA 2A6LA 2ZZ2A 2QUTA 1VCFA 4RZ5A 1LYXA 4WX2A 1QDSA 3QH2A 5D2XA 1IXQA 1THFD 3UYCA 4FNRA 1EA0A 4XKYB 5I3KA 4AWSA 3PAJA 3QQ1A 3NQGA 4DBDA 3N9RA 4UTWA 3EWWA 2F84A 4PFMA 5A5WA 2GJLA 3QMTA 1XC4A 3LTYA 4I7UA 5LZLA 4HT3A 4RZ6A 4C1LA 1TQJA 3W2KA 3DFOA 4FX6M 1K8YA 2VFFA 3C0JA 3QPYA 3HMJG 4WY0B 3DKLA 1K7XA 2NUXA 1JRBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3HQ1A

Total Genus

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Chain Sequence

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