4LRS | Genus

Total Genus 138

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	138
sequence length	337
structure length	337
Chain Sequence	APRVRITDSTLRDGSHAMAHQFTEEQVRATVHALDAAGVEVIEVSHGDGLGGSSFNYGFSAVDEIDLVAAAVDEAVNAKIAVLLLPGVGTVRDLKRAHDAGASVARIATHCTEADVSCQHFAAARELGMETVGFLMLAHRIGPEELARQARIMVDAGAQCVYVVDSAGALVLSDVQARVQALVREIGHEAQVGFHGHQNLSLGVANSVLAYQNGARQIDGALCALGAGAGNSPTEILAATFERLNIETGVNVQAALAAAEEVVRPYLPRLPWADRAAIVQGYAGVYSSFLLHAERAAERYGVPAHEILQRVGEAGYVGGQEDMIIDIAVQLAEERHG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9130044207193655__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9130044207193655__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4LRS/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9130044207193655__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9130044207193655","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4LRS/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9130044207193655__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Thermomonospora curvata
publication title	Crystal and solution structures of the bifunctional enzyme (Aldolase/Aldehyde dehydrogenase) from Thermomonospora curvata, reveal a cofactor-binding domain motion during NAD+ and CoA accommodation whithin the shared cofactor-binding site rcsb
molecule keywords	4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
total genus	138
structure length	337
sequence length	337
ec nomenclature	ec 4.1.3.39: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase.
pdb deposition date	2013-07-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00682	HMGL-like	HMGL-like
A	PF07836	DmpG_comm	DmpG-like communication domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.8.60	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Helicase, Ruva Protein; domain 3	Helicase, Ruva Protein; domain 3	4lrsA02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4lrsA01

3NQCA 1S3SA 4DO5A 4LZZA 3B04A 5C6MA 4LRTA 1DVJA 3I7RA 1JQXA 1JCYA 3MWAA 1VCGA 2DZNB 1UCWA 4LS2A 4JTGA 1JR3D 2A7PA 5K9CA 1TRIA 5AHIA 4A29A 5K9DA 5AHEA 5LSMA 4FWHA 5KZDA 5C18A 1SFLA 2DZOB 4U4MA 1UM8A 1JR3A 2ZTKA 5D2VA 3S1VA 1KTBA 2V2CA 3WJWA 4O10A 3NL3A 3HBLA 2CLIA 2VEMA 4RJEA 2LLEA 3PBUA 4GXMA 1B4EA 3TAOA 4DO6A 4QNRA 2XFWA 1ICPA 3NQ6A 3NZ1A 4JTTA 3IIOA 2A21A 1ML1A 3FOKA 2ZA3A 1J2WA 3PC0A 3LXBA 1SFJA 2E5DA 1HG3A 5D33A 2VOMA 4WJEA 4LT9A 3OVPA 3ZR4A 5LKYA 3UQNA 2H3BA 4LVBA 2CLOA 2YFOA 4CCEA 5HNRA 1O94A 4OV9A 2BZNA 4IGHA 2QCMA 4EF8A 4FWDA 1VH7A 1FWSA 3I7QA 4WXZA 4UTHA 1I2OA 4JGDA 3STFA 4Q4KA 3RLVA 1LLZA 1WV2A 3QSTA 5C5YA 2TYSA 4UNKA 3OG3A 4RX0A 3GLGB 4K8HA 5G2WA 1LBLA 3VLFB 3O05A 1AMKA 3WK1A 2ZYFA 3MHUA 3GLGA 4Z08A 4QAIA 3BGGA 4JS3A 2I14A 5EP2A 4LJ5A 1KA9F 3NNTA 5HWJA 1X8FA 2ZZ5A 3B0VC 2ATMA 1DV7A 1TPUA 4PODA 5BRBA 1NAL1 2QJIA 2D73A 4N9DA 4MFDA 2C99A 4N4PA 3TJXA 4K36A 3Q37A 1TB3A 2OCZA 3RF9A 5C54A 4MKNA 3TUUA 4ADSA 4QNWA 3DH7A 4TX9A 2X1TA 1HT1E 2OT1A 4FNPA 3MBFA 1JRBA 1K8YA 3BGJA 3C61A 4O1AA 4GUIA 3UWWA 2VXNA 1EP2A 1MEWA 1U5JA 3PSVA 1ZAHA 3NEVA 1OK6A 1GTEA 1CI1A 4LVAA 2NXIA 4IPIA 3W85A 1XWIA 3SGZA 2ZANA 4RR4A 3O16A 1Z41A 3F1QA 3STGA 2A0NA 3NL6A 2CZ5A 1KM1A 4NXKA 3W2MA 4UMBA 1NJFA 1OFEA 3W7PA 2AAMA 5DCEA 3DAQA 3IVTA 4CQ9A 5G1YA 1OX5A 2DZUA 1XDLA 2H8XA 1OFAA 3PUDA 1NSFA 1R30A 3W7RA 2ZA1A 1G4SA 2DZVA 3HU3A 1OFIA 2NWRA 1W3TA 4O1DA 3GLHA 3CPRA 4Z1CA 4N4QA 5BOOA 3VI2A 3P8IA 2GVJA 4L15A 2YFNA 1YDNA 5AN7A 1QOPA 3GIYA 1XDMA 2A85A 4X9SA 4UUIA 3LLFA 2R94A 3W86A 1OHLA 3MBDA 4G1KA 2QCFA 4Z1DA 2GJLA 1SW7A 3EKLA 4LVDA 1DO2A 3LBMA 4JIPA 1N8FA 1VC4A 2PRLA 4L4UA 2C14A 3K1JA 3W2LA 4UR7A 4AEOA 1JULA 5IBXA 1OFDA 1EWDA 1LOSA 3MYOA 2R65A 3JR2A 1JCNA 6ALDA 3W88A 2KRKA 3KDSE 2E77A 3C4UA 1A5AA 2YGYA 4UMCA 4IMGA 2X8AA 4YCOA 4FCWA 3NPXA 1JCMP 1AW1A 3TW6A 1OF8A 1TPH1 1GZGA 5G2HA 5LNWA 3EB2A 4S2CA 5FF2A 3HG2A 1LROA 5LHEA 4O52A 1HFBA 4LJAA 2DZSA 5F4SA 4NT0A 3G24A 4PTNA 4DO4A 1EX5A 3SR7A 1KLZA 1B3OA 1KBIA 1XI3A 3PBWA 1VRDA 4N9EA 4KO8A 2B4GA 3OVRA 2DZWA 3A5VA 1PHQA 3LXAA 1IY0A 1G4PA 5MHBA 1WBHA 1L9WA 1H1YA 3LHUA 2ZAOA 1TTPA 3SC3A 4HN4A 3O15A 3S5NA 4A21A 1MZHA 5BMWA 3SYLA 2OX1A 4LJ9A 4A2RA 3HO8A 4CNOA 5DBTA 4XBKA 4PCFA 4JYFA 1TYGA 1CX9A 3SIZA 3UY7A 2CW6A 4XZ9A 1GOXA 4O28A 3WJZA 3W1LA 3OVQA 3LERA 1K7XA 2CLKA 3L5MA 4ZZ9A 3O6CA 3Q58A 5EXXA 4UIOA 4DBEA 1KM4A 1I4NA 3CHVA 4ZPXA 3E96A 5HR6A 2C1HA 2WSYA 1ME8A 1IN6A 2IQTA 1YXCA 5F2MA 2Q3OA 1OX4A 1HQYE 3L0KA 3B4UA 1HO1A 4WOQA 4M6PA 4AHOA 1TV5A 1NSJA 5L6UA 4R33A 4BF9A 1MEHA 1OFOA 3Q94A 2FTPA 4O53A 3W7LA 1QVRA 4ADTA 3GYEA 4UTTA 4JXCA 3TQ0A 1JUEA 3NYZA 2V6ZM 1O4UA 2E5CA 1AL8A 1C29A 4EIVA 5C2XA 3G1DA 4FX6M 1TPEA 2H90A 5G4EA 3M43A 1UBSA 3KVJA 4JD4A 3TC7A 2X1RA 2YYTA 3PB2A 1KSFX 2OJPA 1KFEA 4OGZA 1C8VA 3B8DA 4NUWA 1H7XA 3U61B 3CIXA 1GVOA 5CZSA 2I9EA 3N2MA 3M0ZA 1VR6A 1D3HA 1ZJIA 2E6AA 4O14A 1DORA 3W7IA 4QITA 1VLWA 1TPFA 1I2NA 2ZDRA 3R2GA 4RKAA 3R89A 1NJGA 3DGRA 4AXKA 3W70A 3QEZA 4KWVA 3B03A 5FF7A 5KZMA 3ZS4A 4WX2A 3M5ZA 4R34A 5DCBA 1H7WA 1I2QA 2JKPA 4IMFA 3BARA 5AYXA 1QZMA 1XXXA 4Y90A 4LVGA 3U60B 3TK7A 4IUOA 2ZAMA 5TBOA 3CC1A 3G8RA 2E68A 4DPQA 2QENA 1WDWA 3A22A 2J24A 4DELA 1VHNA 3LB0A 2WO5A 3K30A 1G4TA 2YDAA 5D32A 3NL2A 4Y96A 1ZENA 1D9EA 1W5NA 4AWUA 1H5YA 5J5RA 4JX6A 1O60A 1X6UA 3PSWA 2C18A 2E1DA 4QISA 5HUOA 2RH9A 3UWYA 4RZ6A 3P82A 2QF7A 4N9CA 3NQ7A 3N14A 5D03A 1EP1A 1K03A 1QO5A 3R12A 2WPBA 4TR9A 3FEMA 5AHNA 3CWNA 5CKSA 2JGYA 2A7RA 2C96A 3THQA 2J9ZA 1L6YA 3MP4A 4UTUA 2Y7DA 1XUUA 3ATYA 2EPHA 1OFQA 3WFAA 4MYAA 4S1FA 3W87A 7TIMA 3DFQA 1NVMA 2NLIA 3TDFA 2NV1A 1F05A 1DQWA 1V5XA 3G3MA 3P81A 3MUXA 2BJVA 5F2IA 3IGSA 4Z1BA 2ZZ7A 3O06A 1K02A 4QHSA 1W8SA 2QUUA 3GAKA 1AW2A 4JY9A 3G0SA 4M6VA 3T7VA 1GVSA 5F1VA 1FXPA 5DXYA 3NQ2A 1SZGA 4LJ6A 1KFKA 1XBYA 1PVNA 5I3HA 3DZDA 3DXIA 3UWVA 3KRSA 1MEIA 1QPRA 3LHZA 3M5VA 5SWUA 3H4MA 3TROA 3F4NA 1LBMA 1OVDA 1H62A 4ZL1A 5HWNA 3B0PA 1UASA 4UC5A 4N6FA 4D2JA 1LYXA 3NVTA 4RV8A 3ABQA 1F7BA 5EXTA 1WAUA 3C0JA 1KYIA 1EA0A 4MZ1A 5D02A 3LM7A 3N34A 4TIMA 5D2WA 3EIEA 2JKEA 1VS1A 2V2DA 4KWWA 5CGQA 1YTKA 1FNNA 2Y62A 3MMTA 4O8RA 4JN6A 1TQXA 4IPJA 5DY3A 3HQ1A 3SZ8A 2Z2UA 4TU1A 3C2OA 2O7QA 2CLHA 1PIIA 4JIQA 3M6AA 5HJLA 4NNCA 2Y61A 4AMAA 3TQVA 3TXZA 1EIXA 1UUOA 4ZQOA 2X1UA 3LHYA 3G1FA 1OFRA 5CSSA 5F2LA 2W79A 3L21A 1RZMA 3C52A 1QO2A 1KFCA 4Z1AA 1GVRA 2JGQA 3ATZA 1YTDA 5AYYA 3ABSA 1W56A 4DF0A 5K9XA 3P61A 1OABA 3GDKA 1NY6A 4DF1A 2DJLA 2JBMA 3QM3A 3TU9A 5FESA 3EIHA 4EWND 2B7OA 1IXZA 2XN2A 4MZYA 3W2KA 5BMXA 1A5SA 3PWAA 3TW7A 3FJ6A 4PEKA 4MY1A 4TMBA 4XWUA 4PFMA 4GITA 3O63A 1IGSA 1IIHA 1N55A 1L6WA 4GC4A 1ME7A 4GE8A 4QOSA 1CW2A 4JTHA 4UTWC 3N19B 3EWWA 2QCGA 4TO8A 3I7SA 4O4WA 3A21A 3AO0A 1QCWA 5AYZA 3NPWA 1SXJC 3B06A 4FNSA 1X1OA 1YLVA 3U8GA 3HG3A 4MLRA 1OFPA 1XBZA 1HUVA 2WNQA 3G1VA 3WJSA 2WNNA 1LV7A 2Y7FA 3UWUA 1JVNA 3NZRA 5H2ZA 5IM51 5F4WA 3LX9A 2GOUA 4K38A 2NX3A 3O6DA 4PL1A 3LV5A 3FJLA 1C1KA 4GWEA 4M7TA 3TAKA 3DFPA 3A23A 1RVGA 3ABOA 5J5DA 5EXPA 4GJ1A 1O5XA 1SZEA 3M0EA 4LY8A 4W9TA 1Z44A 4LUIA 1GYLA 5AHLA 3QJAA 3P8JA 1OK4A 3S42A 3P74A 2Y70A 5HINA 3S5ZA 3NQMA 3QH2A 4ZQRA 3GNNA 2NXGA 5CZTA 1VCFA 3IGXA 5FF0A 3N73A 3ABRA 3SYKA 5CPMA 1KM5A 2DZXA 3CF2A 3V75A 2C9OA 4N9BA 1IXPA 1LP6A 3CM4A 2YW3A 3H54A 3UZ5A 4JTSA 3HPSA 1L6SA 4FW9A 3W3OA 3HJZA 3VFLA 1R2TA 5A5WA 3RNDA 3LTPA 5T26A 4FNUA 1TV8A 2QCLA 1Z42A 2ZRYA 4YL2A 5EKYA 1LTDA 3NOEA 1VJIA 1IXQA 4OU1A 3KOFA 1SO3A 1A50A 1W3NA 3EWUA 2JKAA 3VCRA 1XUZA 3LGEA 2OMAA 1PL9A 5CG7A 3W7MA 1JCJA 4M19A 1YTEA 1FWTA 2ZZ3A 3FFSA 5HMSA 1H63A 3HGJA 2Q3RA 1IXNA 1VGAA 3OIXA 4Y8FA 2HTMA 1GG1A 5K2ZA 1FUYA 2V2HA 3GAYA 2P0OA 3NQ8A 2VEKA 4JDBA 1TTJA 3HG5A 4LJ7A 4JEQA 2ZZ2A 1VLIA 2ZTJA 4MUZA 3T4CA 1RPXA 3SGUA 3C2EA 3B9PA 2ZRXA 1H7PA 1JRCA 1NF7A 1EP3A 4QNEA 3INPA 3PF3A 1LM1A 4L16A 4IX2A 3RMJA 1F2JA 2G97A 3C3NA 3TNOA 2Q8ZA 3W73A 1OYCA 3A5FA 3BPWA 4D82A 2FJKA 1IN8A 5LNSA 2PRMA 1F5ZA 4M6QA 2GVGA 4ZVJA 3QW3A 3L66A 4IX0A 4K39A 5FTJA 3HGOA 2CHQA 2VFIA 1ZAIA 4OQVA 3GLHB 3OBKA 3LRLA 3TV8A 2CLLA 2DORA 3LHWA 4NJJA 2ZQ0A 3TSMA 2AQWA 2E6DA 3PR2A 2VFEA 1FDYA 3E9AA 1DL3A 4MFEA 3TSBA 1XXHB 1OJXA 2ZFAA 5EY5A 3G3DA 3PBYA 4JX4A 1XXHA 3MO7A 1WOBA 4OV4A 1P0KA 3ANYA 3DI0A 1ICQA 1XC4A 1H7RA 4N02A 4BI6A 3MP5A 4HSNA 1V7YA 1JUKA 2C3ZA 3ZH9B 2V8ZA 1DHPA 5I3GA 3QQ0A 4FEZA 4WUIA 5CSRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4PSR A;  1F8M A;  2J13 A;  1DE5 A;  2XVP A;  1ZBC A;  1AZ2 A;  3EZ4 A;  3UG8 A;  2DZN B;  3ITT A;  1OD0 A;  4JTG A;  3NVD A;  5DFL A;  2A7P A;  1HL8 A;  5AHI A;  5LSM A;  5FCZ A;  4FWH A;  1S2C A;  3KWS A;  4D6C A;  5C18 A;  5A6B D;  2DZO B;  1UM8 A;  2ZTK A;  3S1V A;  2ZAD A;  2V2C A;  4XK8 F;  3B9O A;  3EAU A;  3R4I A;  3SQS A;  1WJ7 A;  3B7Q A;  3ITC A;  1VEN A;  1M04 A;  4NSR A;  1IT7 A;  5IDZ A;  3TAO A;  4A3H A;  3ABZ A;  2FVL A;  3NZ1 A;  3IK4 A;  4JTT A;  2X7V A;  1ML1 A;  3FOK A;  5I7G A;  4KF1 A;  1J2W A;  3V35 A;  2X09 A;  1S2V A;  5FJR A;  1J6P A;  3T2Q A;  3CUX A;  1U5V A;  3N04 A;  1A47 A;  3OVP A;  2WM0 A;  3RR1 A;  3ONC A;  1XHG A;  2CLO A;  2F61 A;  3AYR A;  1O94 A;  4IGH A;  4J4K A;  4M9Z A;  1GK8 A;  5HNT A;  2KA6 B;  3BBZ A;  1WV2 A;  5FJI A;  5C5Y A;  2PDN A;  2TYS A;  4UNK A;  1AQH A;  1EEX A;  1VFT A;  5G2W A;  1KR0 A;  1H2J A;  1AMK A;  1U22 A;  3WF3 A;  3E2R A;  3WK1 A;  1JPK A;  4LBR A;  3K8Z A;  3COT A;  1X8F A;  5CC7 A;  2ATM A;  1AVA A;  2CFO A;  4DRS A;  5C9U A; 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 1MWO A;  4X60 A;  1SJA A;  3QV8 A;  2DI0 A;  3K2G A;  3ZC7 B;  2DU2 A;  5F1U A;  1TMQ A;  1F74 A;  3M0H A;  3AXI A;  3GKA A;  3M16 A;  1VIZ A;  3U9I A;  4UMA A;  1J0K A;  2CZF A;  3FYO A;  2PDB A;  3A6O A;  3GDM A;  3GLG E;  2DHR A;  1K7E A;  3RHG A;  1KWG A;  4L4P A;  3TLQ A;  1XYC A;  3KLK A;  2PWF A;  3TYA A;  4ZTY A;  3K8K A;  1GKP A;  3ZLF A;  1ME9 A;  1Z7A A;  3DOP A;  4JI7 M;  2GQ3 A;  1UC5 A;  4ECL A;  2GQ9 A;  3PAJ A;  5LGX A;  4KWU A;  2XVN A;  1FX6 A;  2H8Z A;  4CNS A;  1GEH A;  4O1B A;  3AHX A;  1OJL A;  2DSZ A;  4IOT A;  2IKG A;  3IAP A;  5A6J A;  4QEH A;  5CCZ A;  2HSA A;  1JXJ A;  3VND A;  1GG0 A;  4LC6 A;  3GPX A;  1E5J A;  1J01 A;  3TCE A;  3MDU A;  2J8G A;  4XZI A;  4ML9 A;  4I9T A;  4O54 A;  1DGF A;  3G77 A;  3UXA A;  3THD A;  3VOI A;  2OZ3 A;  2Y8K A;  4UQC A;  3I4E A;  1WCG A;  2J7N A;  4I5S A;  1ESW A;  2A6N A;  2V9D A;  4UFJ A;  4H9U A;  1UWA A;  4O0Z A;  2V3E A;  3E0I A;  1MNZ A;  3IIV A;  4A22 A;  2PC4 A;  1A3W A;  2C13 A;  4GIS A;  3RGT A;  1B2Y A;  4RXG A;  3AU6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4LRSA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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