The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
137
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sequence length |
447
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structure length |
447
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Chain Sequence |
EIVVSKFGGTSVADFDAMNRSADIVLSDANVRLVVLSASAGITNLLVALAEGLEPGERFEKLDAIRNIQFAILERLRYPNVIREEIERLLENITVLAEAAALATSPALTDELVSHGELMSTLLFVEILRERDVQAQWFDVRKVMRTNDRFGRAEPDIAALAELAALQLLPRLNEGLVITQGFIGSENKGRTTTLGRGGSDYTAALLAEALHASRVDIWTDVPGIYTTDPRVVSAAKRIDEIAFAEAAEMATFGAKVLHPATLLPAVRSDIPVFVGSSKDPRAGGTLVCNKTENPPLFRALALRRNQTLLTLHSLNMLHSRGFLAEVFGILARHNISVDLITTSEVSVALTLDTTGSTSTGDTLLTQSLLMELSALCRVEVEEGLALVALIGNDLSKACGVGKEVFGVLEPFNIRMICYGASSHNLCFLVPGEDAEQVVQKLHSNLFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structures of R- and T-State Escherichia Coli Aspartokinase III: Mechanisms of the Allosteric Transition and Inhibition by Lysine.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transferase
|
source organism |
Escherichia coli
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molecule keywords |
LYSINE-SENSITIVE ASPARTOKINASE 3
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total genus |
137
|
structure length |
447
|
sequence length |
447
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ec nomenclature |
ec
2.7.2.4: Aspartate kinase. |
pdb deposition date | 2006-08-07 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00696 | AA_kinase | Amino acid kinase family |
A | PF01842 | ACT | ACT domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Carbamate kinase | Acetylglutamate kinase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1M0S A; 3DC2 A; 1E19 A; 2J5T A; 1U8S A; 5IT0 A; 1YGY A; 3KWM A; 3NRB A; 3AB2 B; 3C1M A; 2JOQ A; 2BMU A; 4JZ9 A; 5IT4 A; 2BUF A; 1Z9D A; 2AP9 A; 3LOU A; 4I49 A; 1RWU A; 3OFH A; 2WE4 A; 2LQJ A; 2JJ4 A; 3DHX A; 2QSW A; 3ZZH A; 3ENV A; 3OBI A; 2JI5 A; 1ZPV A; 2QMX A; 3MTJ A; 3QVF A; 3C20 A; 3S6H A; 3QUN A; 4A7X A; 4AXS A; 1YBD A; 3QUO A; 2I9S A; 2PC6 A; 1Y7P A; 4JZ8 A; 1KS2 A; 1LK5 A; 3UW1 A; 1B7B A; 2VA1 A; 3L86 A; 4F6T A; 4NDO A; 3QUR A; 2JJX A; 1O8B A; 3TUI C; 3AB4 A; 4NDP B; 3AAW B; 4NDQ B; 3L76 A; 4NDR B; 1OHB A; 4AB7 A; 2QMW A; 3K4Y A; 3W7B A; 3K52 A; 3TUZ C; 2BRI A; 2J4L A; 3O1L A; 2P9E A; 2WXB A; 3IBW A; 3NWY A; 3HHE A; 5FII A; 3LUY A; 3LL5 A; 4OLC A; 3C1N A; 2BNF A; 2W21 A; 3S1T A; 2RE1 A; 2P9C A; 3OFG A; 2AKO A; 3ENQ A; 3D2P A; 4A7W A; 2BTY A; 4USJ A; 4Q1T A; 2CDQ A; 3P96 A; 3TUJ C; 2R98 A; 2ZHO A; 4IO1 A; 4GO7 X; 3MWB A; 3WWM A; 2J4J A; 4KZT A; 3T7B A; 2J4K A; 1YBA A; 3IXQ A; 3MAH A; 1GS5 A; 2JHE A; 2HMF A; 2WE5 A; 2OGX A; 2IJ9 A; 2MDA A; 3CED A; 1LK7 A; 5IS2 A; 2BND A; 3S6G A; 3ZZI A; 2RD5 A; 2DTJ A; 3AB2 A; 3LKK A; 3OFE A; 1OHA A; 1GSJ A; 4F6T B; 4PWU A; 2RQM A; 2PA3 A; 3K56 A; 1OH9 A; 3AB4 B; 2V4Y A; 1LKZ A; 1PSD A; 3QVH A; 2BNE A; 2J0X A; 4NML A; 4X84 A; 5JJB A; 2R8V A; 2P9G A; 3WWN A; 3N0V A; 3DDN A; 3ENW A; 1UJ5 A; 2KO1 A; 4M8L A; 2LVW A; 2A1F A; 2RQK A; 2QRR A; 3S6K A; 1SC6 A; 2NYI A; 3DHW C; 3D40 A; 2H9Z A; 3EK6 A; 4NDP A; 3OFF A; 2X2W A; 3K4O A; 4LUB A; 3AAW A; 4NDQ A; 2E9Y A; 4NDR A; 3U6U A; 3KZF A; 3B8G A; 3D41 A; 1UJ4 A; 2DT9 A; 2V5H A; 1XTZ A; 2F1F A; 3L7O A; 5T41 A; 3K5P A; 3U7J A; 3ZZG A; 4GMK A; 3TVI A; 4NDO B; 4JZ7 A; 3LL9 A; 2J5V A; 2BRX A; 3EK5 A; 3D2M A; 1UJ6 A; 2J0W A; 2FGC A; 3ZZF A; 2OGX B; 2F8M A; 4GO5 X; #chains in the Genus database with same CATH topology 2J8W A; 2IBF A; 3KHG A; 2M3D A; 3C8Y A; 4ULW A; 3UCG A; 2D3O R; 2C3Y A; 3DLK B; 3GFZ A; 2Z57 B; 3TJ9 A; 2ILY A; 4RW8 B; 5A6W A; 1MMA A; 4WZQ A; 1U47 A; 3H5Y A; 3KLF A; 3DGV A; 2QGF B; 4NCG B; 2Y1R I; 3TEG A; 4IG3 B; 5FJ4 A; 4DLE A; 3M2V B; 2BNF A; 2Q4F A; 2W21 A; 5LMU J; 2DY9 A; 3D54 A; 4BC7 A; 2OIH A; 4GO7 X; 4P74 A; 3R7S B; 2JD3 A; 3AFG A; 2ASY A; 3BO4 A; 5AC5 A; 3CED A; 2W1B A; 1OYE A; 3DLG A; 1AVO B; 2XZT B; 4MIW A; 5L38 A; 2GA7 A; 2CUY A; 5CXT A; 2ZBC A; 1FTC A; 3J81 U; 3TI0 A; 4I2P A; 4I6Y A; 4DFP A; 4CTA B; 4G78 A; 1G2E A; 1F5B A; 4X4S A; 5EWE A; 1FKO A; 4NZ0 A; 2XNR A; 2DCL A; 2MJN A; 2ASL A; 2MQL A; 2PDA A; 4YEA A; 1HMD A; 3NRB A; 2QY9 A; 1FO1 A; 2WVQ A; 4P6Q A; 2GIF A; 3OPK A; 2HBQ B; 3MLG A; 2RUG A; 4JI1 J; 2V4R A; 4N77 A; 4YWQ A; 2DGV A; 5AXK A; 2LQ5 A; 4A7X A; 4WKR A; 3NS6 A; 2D69 A; 3NGS A; 1KRP A; 2G0J A; 2W9C B; 2I15 A; 1EET B; 4W4M A; 1Y9O A; 4N76 A; 4RW9 B; 2X1A A; 4URQ U; 1JPN A; 1ZW3 A; 3ZTM A; 2P6V A; 3GCX P; 3CJ8 A; 2QEX S; 1T9X A; 2XI2 A; 4R5P B; 2Y8W A; 1OW6 A; 4I2Q A; 3M6V A; 5GAG I; 4OIP F; 1IVZ A; 2WOM A; 4ZP8 A; 2MLY A; 1GS5 A; 5COM A; 4P2S A; 3L4B C; 3KDN A; 5ETM A; 4OZN A; 2PI5 A; 2IA6 A; 3CC7 S; 3W5X A; 3SV4 A; 3UQS A; 3P49 B; 3B0U X; 5H1S V; 3L7P A; 1ZVZ A; 5HMX A; 2YNG B; 2E1P A; 2KHD A; 1HYS A; 3AT1 B; 1V5V A; 1RT3 B; 3GIJ A; 3H40 A; 2W7O A; 2CG8 A; 3S7R A; 5KYU A; 2R02 A; 2MLZ A; 1NRK A; 4ED4 A; 3MR3 A; 3O10 A; 2GX8 A; 3DU5 A; 3THP A; 1ZZF A; 4F0H A; 4X4O A; 1UPP A; 5KFL A; 4ICL A; 3WZ0 A; 5IWA F; 4CO4 A; 1PYO B; 1V6H A; 2XEX A; 2XLD A; 1T03 B; 1UA0 A; 1P9Y A; 4ED0 A; 2BJ3 A; 3GB0 A; 4LJM A; 1PJ7 A; 1KLM B; 1HNI B; 3BBC A; 2MQO A; 2HBZ B; 4U5F E; 4EUV A; 1FVQ A; 3IQ5 A; 1YDL A; 2GML A; 2H5J B; 4RZR A; 2BDP A; 4ZVE A; 3W8P A; 2VD3 A; 3T41 A; 1KC8 T; 1UET A; 4LRF A; 2ZM6 F; 4KKO A; 4J9R A; 1I4Z A; 4B9V A; 4QOT A; 5D3G A; 3SFU A; 4DSJ A; 2FJX A; 4LBI A; 3MBG A; 5J1E A; 1NZ8 A; 3W4Y A; 1XMQ J; 4GQH A; 1K8A T; 4Q0B A; 1RAO A; 3RFY A; 3OFE A; 3KLE B; 4FX5 A; 1AA1 B; 2OPP B; 1WEX A; 1XR5 A; 2HFO A; 5A0Y B; 1RT4 B; 1C02 A; 2DI3 A; 4JEB A; 3AG4 C; 4M5L A; 4DPW A; 3JSM A; 4WCE Q; 3H90 A; 2ZDO A; 3G4Z A; 4JCH A; 1PC5 A; 4GVB A; 2VA2 A; 3A1Y G; 3I56 S; 1RAI B; 1CBK A; 3RBZ A; 3WC2 A; 1RTH A; 3W65 A; 1IQT A; 1WTB A; 2VV5 A; 5L1K A; 2YNF A; 3UE2 A; 3KNG A; 2Z2L A; 4OZ2 A; 3AQO A; 3AA8 A; 3PO5 A; 4ECT A; 3NMJ A; 3RU0 A; 3L34 A; 8RUC A; 2AEM A; 2LEB A; 2FVR A; 4NWB A; 1ZM2 A; 2IDL A; 1C03 A; 2FAP B; 3OR1 A; 5I4M A; 4PUO A; 2VKR A; 3LPY A; 2Q7R A; 1SMY F; 3MUM P; 4JI8 J; 4TXS A; 4J9P A; 3MMA A; 4W98 A; 2W9Y A; 1F3V A; 2FZK B; 2PBE A; 2AMC B; 2X51 A; 4O3Q A; 2IXP A; 2GAQ A; 1RKI A; 3DDI A; 4I2P B; 3VHQ A; 3NBP B; 4DL4 A; 3M2R A; 4ZCI A; 4N6H A; 1FKA F; 4ZN3 A; 2IBK A; 8AT1 B; 4EUK B; 1N88 A; 4I64 A; 4OZ5 A; 3SSQ A; 2HJ3 A; 4RU9 A; 4X0R A; 4HE8 D; 1K47 A; 2DNG A; 2LKZ A; 1RB0 A; 4JUR I; 3BGR B; 3R7B B; 2ASD A; 4OI4 A; 5HMY A; 3DGP B; 3ZXW A; 5LM7 E; 3LES A; 2UU9 J; 2HNY A; 3R5A A; 2B9E A; 4UY8 5; 2H8A A; 1S6U A; 2I1R A; 1OXK A; 1OY6 A; 5BUO A; 1TAU A; 3B4D A; 4K7Q A; 1VHF A; 2DHS A; 2GVD A; 2Q66 A; 1BZ4 A; 4I49 A; 3DDK A; 2Z30 B; 3S6E A; 1FKP A; 1FX4 A; 2WE4 A; 5B1A C; 3LWM A; 1Y3J A; 1AZS A; 4ZVH A; 4I2Q B; 4AXS A; 5HVG A; 3DYA A; 1UVI A; 4AFF A; 1FDA A; 1KFD A; 3UW1 A; 2WOM B; 4Z7Y A; 2C04 A; 1XMO F; 2VDH A; 4DLG A; 2EFQ A; 4MH8 A; 2FB0 A; 4K4Z A; 2BJD A; 1RCP A; 1VLT A; 2VH7 A; 3A3O B; 5HVH A; 1W2I A; 2H5I B; 2UUI A; 1TVR A; 1RAA B; 4I1O B; 5L9X A; 3G71 S; 4LF9 J; 2BBE A; 1DLO A; 4CNZ A; 4EMD A; 1S99 A; 4LDR A; 2JRS A; 1U1L A; 3NLC A; 4LF6 J; 2ZVS A; 4Q8F A; 1HPZ A; 5ETO A; 1D9F A; 2FHJ A; 1WOS A; 2AYE A; 3J7Y U; 3KHH A; 4J9L A; 4B02 A; 3R7C A; 4BEJ A; 2AKW B; 4FPR A; 1NJW A; 3SZR A; 2D41 A; 4YT8 A; 3GR0 A; 2DH8 A; 5F8G A; 2NRE A; 4DV6 J; 4HR2 A; 2R7V A; 4DL7 A; 5KFJ A; 4F3O A; 1YZ7 A; 1OW8 A; 2P6S A; 2BZ2 A; 4D3H A; 1UW4 A; 4IUF A; 3D41 A; 2VF3 A; 1BD6 A; 5A8K B; 3C46 A; 1H2U X; 3CC4 S; 1GGQ A; 3LLI A; 2DXD A; 2GGP A; 4ED8 A; 2BAB A; 3H2L A; 1NHK L; 1G8X A; 1A7E A; 3PYF A; 4DDF A; 2ZXR A; 3OL9 A; 4PWD A; 1FE4 A; 1RCX B; 2OEJ A; 2KG1 A; 2OPQ B; 1AB8 A; 3ET6 A; 1V3S A; 2LA6 A; 4ZVF A; 5KG7 A; 1U1M A; 4IAR A; 3HPO A; 3G8Q A; 3PX4 A; 4MYT A; 1E6Y A; 4F6T A; 3NP5 A; 3IWL A; 4JZA A; 1P1L A; 1ZET A; 2BV3 A; 2H51 B; 2Y9H A; 3KTQ A; 4FXV A; 1GXL A; 1X0F A; 4YHH F; 1H2V Z; 3TR5 A; 4ED6 A; 1Q7Y T; 2F22 A; 4CS8 A; 2LXF A; 2OSR A; 1XIQ A; 3JSM B; 4AL7 A; 4G6V B; 4MKY A; 3QT7 A; 2QE5 A; 3H4D A; 3B0V C; 1FDD A; 4FNI A; 2HLT A; 4RW7 B; 5JRA A; 1ZTT A; 3PXG a; 4K4V A; 4J32 B; 1RU2 A; 5JVG Q; 2FUG 9; 2O67 A; 2ZJQ Q; 4JKV A; 1QSY A; 3IC1 A; 1NSK L; 2FYX A; 2ZH4 A; 2CNW A; 1XZQ A; 4DQR A; 1HBU A; 2J9U A; 3G82 B; 4RW4 A; 4LRA A; 2LFD A; 2MQM A; 3RB6 A; 3OR1 B; 5D0H A; 1N52 B; 3E2E A; 3C16 A; 4YN3 B; 3PRB A; 4JZ9 A; 1RJJ A; 2ZXW C; 4LDQ A; 5HRO A; 3ISZ A; 1X4D A; 3OBI A; 1RWW B; 4CP5 A; 3MM6 B; 4DR6 F; 5DDR C; 2RKI B; 3CMA S; 4MK7 A; 4LQ9 A; 2I38 A; 3M1V A; 2FJD B; 3U0C A; 3UR3 C; 2CJA A; 4TY9 A; 5KYW A; 1B0V A; 3IBW A; 3P5T L; 4EZ9 A; 4EBJ A; 3RAM A; 2M8H A; 3KK2 A; 3C8G A; 3D2P A; 2W01 A; 4WJ0 A; 2L48 A; 3QRQ A; 3WQP A; 2R3V A; 3VF0 A; 3IS9 B; 1VIS A; 2O3D A; 1XMB A; 5IT9 Y; 1IBK F; 4PAA A; 4DFM A; 1M57 C; 1GEH A; 3I32 A; 4P7T A; 2JHE A; 1SH2 A; 4URG A; 2Y69 C; 4KR0 B; 2C2D A; 1OPI A; 2V6A A; 4WFY A; 5KT3 A; 1FE0 A; 3W66 A; 2G3V A; 4C7O A; 1GX5 A; 4QYR A; 3L09 A; 1IBM F; 2V4Y A; 2HS4 A; 1LWE B; 3WWN A; 3GU0 A; 4LIR A; 1FKP B; 4ZLJ A; 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3ENV A; 1UEU A; 3OHB A; 4Z7C A; 2BKO A; 4JB8 B; 5SZT A; 1GMW A; 2YY3 A; 4IRC A; 2G4B A; 1S1U A; 2VFV A; 2YNI A; 4QWE A; 5LXY A; 4D3G A; 4DCJ B; 1M2V A; 4MW3 A; 1TWG A; 3RUB L; 3HJF A; 3QVZ A; 3B4M A; 4NA3 A; 2FJE B; 4G1Q B; 1VQ5 S; 5KFZ A; 3RR7 A; 3MPY A; 1HBU B; 5DG8 A; 5EX3 A; 2Q3P A; 2Z2M A; 1D9A A; 1P9Q C; 3QQC D; 2LQG A; 2F40 A; 3BS9 A; 1OCO C; 3QGP A; 1HY5 A; 2ZEJ A; 2RS2 A; 2ZE2 A; 3NOG A; 3ZQV A; 2H9Z A; 2JEF A; 4J9U E; 1HW2 A; 1FRH A; 2ACM A; 2ZH1 A; 5D4P A; 2HSE B; 2HRY A; 1G3O A; 4KHR A; 5JVH Q; 5E41 A; 2K7J A; 2R7Q A; 2A68 F; 2DGX A; 4PQA A; 2VFT A; 2IM1 A; 5B3I A; 3ETO A; 5IT0 A; 3K66 A; 2NQP A; 1UTA A; 3M2U B; 4K0D A; 1N5T A; 2IC3 B; 1RWU A; 4BHQ A; 3DD7 A; 2XMK A; 4C48 A; 4HH0 A; 5HMZ A; 4I44 A; 1GTH A; 1FES A; 5F5F A; 2B6A B; 2O66 A; 1XMO J; 3LGN A; 2ZH5 A; 4M5M A; 1FI4 A; 1S77 D; 2CPZ A; 1NSP A; 2ZUA A; 3S1T A; 4K4T A; 4RL1 A; 1S48 A; 3IG1 A; 3PYE A; 5D8H B; 4IO1 A; 2GO9 A; 3RKO F; 5CCM A; 1WSV A; 2V0N A; 4BWM A; 2SXL A; 4FXW A; 3M8Y A; 3E9V A; 5BQI A; 2XC9 A; 3PV8 A; 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