2P1JA

Crystal structure of a polc-type dna polymerase iii exonuclease domain from thermotoga maritima
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
TFVVLDFETTGLDPQVDEIIEIGAVKIQGGQIVDEYHTLIKPSREISRKSSEITGITQEMLENKRSIEEVLPEFLGFLEDSIIVAHNANFDYRFLRLWIKKVMGLDWERPYIDTLALAKSLLKLRSYSLDSVVEKLGLGPFRHHRALDDARVTAQVFLRFVEMM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of a polC-type DNA polymerase III exonuclease domain from Thermotoga maritima
rcsb
molecule keywords DNA polymerase III polC-type
molecule tags Transferase
source organism Thermotoga maritima msb8
total genus 48
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.5.140 Mainly Alpha Up-down Bundle Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces 2p1jA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2p1jA01
4CEOA 1WLJA 3S3MA 4J2DA 2GBZA 3LALA 3VQCA 2KFNA 1BQNA 4F3TA 1SL0A 4FK4A 1CZ9A 4O4GA 1C1BA 4DSEA 1VSJA 4MFBA 3JSMA 3RMDA 4CF8A 1LWEA 1HQEA 2XY6A 1TK5A 4FLYA 2Z1HA 1C1CA 1TKXA 3NFAA 4E3SA 2HVIA 4BE1A 1S6PA 3CFOA 3RRGA 2BGGA 3VQAA 3C94A 3HP6A 1NK0A 1L5UA 4KHWA 2PYLA 3QINA 1VSDA 4CJVA 4FJGA 4HUGA 2OYQA 1X9SA 5D3GA 3ZSXA 3NGZA 4FZYA 4M3UA 2G8FA 3V1QA 4HUEA 1JKHA 3IS9A 3TABA 2B5JA 3KLFA 2HHXA 4FK0A 1A5VA 3L2WA 2W42A 4PA1A 1NKEA 4CHZA 3PX4A 1SV5A 1SKSA 3MXMA 3QEIA 2Y1JA 5FRNA 4CERA 1F21A 1W0HA 4CJSA 4FLXA 3TAGA 3ZSYA 4C8LA 2OPPA 4KO0A 3THVA 3OYLA 5KI6A 1D5AA 2YNIA 3AO3A 3M8PA 4ID5A 4B9TA 4Z4HA 4M3WA 3M8QA 3SQ0A 1J54A 3QEWA 4CESA 3HL8A 4QOZB 5C24A 3AA5X 5I42A 4IFVA 4JS5A 4KV8A 4OPJA 3QETA 4B9VA 3KLHA 4KHYA 3NF6A 2ITGA 1SL1A 4M3ZA 3ZCMA 3AA4A 5T7BA 2HHUA 3F9KA 3HPHA 1U47A 1G15A 4CHNA 4KPYA 3OS0A 3C6TA 1EKEA 5FDLA 2QKBA 3NF8A 1EP4A 1IKXA 3KKRA 4FJXA 1RDDA 4DS5A 1UA1A 2FC0A 2RKIA 4I2QA 1LW0A 4LSLA 4Y1DA 4H8KA 1JLQA 1RDBA 3V9ZA 3MEEA 1TK8A 3L2VA 1RTDA 1XHXA 3DRPA 1X9MA 1R0AA 4CCHA 1RT4A 4M3TA 2BANA 4C8OA 4KI4A 5SWMA 3LP0A 1LV5A 2BE2A 3RRHA 4KI6A 3V6DA 3PY8A 3S3NA 3SUOA 2FBTA 3TAFA 2HHSA 1WN7A 1BI4B 4WE1A 4LSNA 3VQBA 3FFIA 3TR8A 3NGIA 4CHQA 2D5RA 3D45A 4CJKA 4DQRA 1TVRA 1KCFA 1S9EA 1WSJA 1JLEA 2YHAA 1HJRA 2WONA 3DLGA 3ZSZA 4DLGA 3DLHA 3DLEA 3ZSVA 4KB1A 4CJ3A 4E7HA 3PO5A 1HNVA 4H4OA 4FM2A 4CJPA 2XY8A 3TANA 2AJQA 1JLAA 4LD0A 3KD5E 3RTVA 1ZBIA 4LH5A 1RT3A 1RBRA 3WNGA 1CXQA 3P83D 3OJUA 4W5NA 4NYFA 3DMJA 3HYFA 4RG8A 3WNFA 2JGUA 3EYZA 3DLBA 2QK9A 4M3RA 4PQUA 3AVMA 3ZT3A 3TAQA 2KTQA 2FBVA 3L3UA 4F2RA 1HMVA 4ZTJA 2Z1JA 2O4IA 1NOYA 1XHZA 1U49A 4FJNA 4W5TA 4E1NA 1IKYA 5HBMA 3PUFA 3VA3A 5HLFA 3OYEA 4NYNA 3OYGA 3B6OA 1KFSA 1BHLA 3V1OA 4DG1A 4DTUA 3G0ZA 3KD1E 2FBXA 1NKCA 4AILC 5FRMA 1HYSA 3A2FA 1GOCA 3HPGA 1KSPA 3ULDA 1XC9A 2HNYA 1ASWA 3ZT2A 1EXQA 2PZSA 1WSGA 3B6PA 5KRTA 2FBYA 3PO4A 4BDZA 4CJEA 2YNFA 2X6NA 4Q5VA 3MXIA 3NBPA 4DS4A 4ZTFA 1T03A 4F3OA 1FK9A 4AHRA 1TV6A 2OPRA 4N56A 2WOMA 4RW8A 3OS2A 3OYBA 3V9XA 3DOLA 3NCIA 2PYJA 1L3VA 2DFHA 1NJZA 3PX6A 4FM1A 1K6YA 3T19A 1S9GA 3CG7A 4E89A 2PY5A 2KZMA 4CF1A 4DQIA 4EZ9A 4B9UA 1TL1A 4BACA 3LZIA 1W9HA 2Q3SA 4OGEA 1Z26A 2O4GA 3V1RA 2HMIA 4ID1A 4CIFA 4DU3A 5C25A 3LPUA 2XY7A 4BE0A 1Z25A 1VSLA 4CK3A 5SZTA 4DFPA 3AO4A 4JRQA 4FJJA 1KTQA 2VG6A 1WAFA 3TARA 1TL3A 3HM9A 3O3GA 2EHGA 1VSMA 4CHPA 4DTPA 1BIZA 3KLGA 1U4BA 1NK8A 4Z0UA 1L3SA 4B9NA 1HNIA 1WSIA 2YNHA 3AO1A 4W5OA 4DSIA 4N47A 3LP3A 4IBNA 3CM6A 3KK2A 3HVRA 5DK5A 4CJQA 1S1XA 3SPZA 4M3XA 1QE1A 3IG1A 4PWDA 3AVJA 4CF0A 3MEGA 1XI1A 2P5OA 3WNEA 3VN5A 2OZMA 1SKWA 4CK2A 3AVGA 3VQ6A 1UWBA 4HVJA 3LDSA 3BDPA 3AA2A 4IG0A 1J5OA 4ZHRA 2QKKA 1VSIA 2VG7A 4Q0BA 3LPTA 1I3AA 3M8RA 4B8CA 3K5NA 4HHTA 1FXXA 1NJWA 3K2PA 4HUFA 4B9LA 3KK1A 1EX4A 1WNSA 3ZSRA 4DSJA 2HHVA 1L3TA 4TSXA 1C0TA 3LANA 1VSEA 3TWHA 3KTQA 1L3UA 1TKZA 2VWKA 4BE2A 3NGYA 3LAMA 1KFDA 3ISNC 3VQ7A 3L2RA 3KK3A 1JL1A 4O0IA 3AVKA 3NF7A 1CZBA 1NOZA 2NUBA 4CJLA 4OPKA 3SJJA 3HO1A 1YVUA 2YNGA 1SL2A 4YFUA 4GMJB 3SYZA 4IDKA 3AVBA 1LWCA 3M8SA 5I3UA 1QSSA 3L8BA 4Z4FA 1S6QA 1UAXA 4CGJA 1BQMA 4UQGA 1U04A 3JYTA 4EP4A 4J2BA 3LP2A 3V9SA 1TGOA 3OYNA 1JLBA 2G8UA 3AVLA 4HCBA 2YKNA 5C42A 5KRSA 4CEDA 4FW2A 3DRSA 3VQ8A 4W5RA 4M45A 4KTZA 3ZT1A 1KRPA 4CE9A 4E19A 1C0MA 4E7LA 3I0RA 2X78A 1JXEA 1RT6A 1BL3A 4B9SA 1LW2A 2D0CA 1B9DA 2JLEA 1YT3A 3ASMA 2E6MA 2F96A 4FLZA 4FLVA 4DQPA 4DFMA 1FKPA 3HSTB 3D0PA 4DTNA 1NK7A 1TKTA 3NAEA 2HHTA 4DWIA 1TKDA 4CIGA 3L3VA 2RF2A 4CJFA 4CEZA 4BDPA 4HTUA 2G8VA 3QESA 3SUQA 1DTTA 3QEXA 1KVBA 3LZJA 2BDPA 4Z4GA 3AO2A 2E4LA 3OS1A 4CF9A 4F2SA 4DSLA 5HRSA 3AVIA 3AVFA 3I0SA 3MXJA 1RTHA 2GUIA 1N6QA 4EZ6A 4N76A 1S1WA 4OLAA 2DTUA 2DFEA 3RMCA 1FKOA 3QERA 4FYDA 3EY1A 1RDAA 1NKBA 4K8XA 1RBVA 2IS3A 1VSHA 1YTUA 2DY4A 1QS4A 4KB0A 4CJ4A 3OYAA 4O55A 3U6FA 4LH4A 4FK2A 3VQ9A 4DTRA 3EZ5A 4FVMA 4CFDA 3RMBA 3O4NA 5KTQA 1ZBLA 3C6UA 4DF4A 2IOCA 1X9WA 1D9DA 2P5GA 3U3GA 3NDKA 3QIOA 3VQPA 3WNHA 3SPYA 4FZZA 3OYIA 5J2PA 4C8KA 4CK1A 5CY4A 5E41A 4OVLA 1IKWA 2X74A 1T7PA 4PUOA 1WSFA 4BWMA 4DLEA 1IH7A 3HPOA 1S5JA 4DTXA 1QSYA 3IAYA 4KRFA 2Z1IA 2EX3A 4KREA 5JS2A 1TAQA 4E1MA 4W5QA 1ASUA 4C8MA 2ATQA 4FM0A 2G8KA 5HP1A 4CJUA 4B9MA 3SUPA 4CFAA 2GV9A 3DYAA 5DMRA 4DTSA 3K58A 3DLRA 3DOKA 4AH9A 4CHOA 1LWFA 1SUQA 3AA3A 3ZSWA 4N5SA 4OJRA 1RNHA 4KTWA 3KLIA 5K14A 3OYDA 3HT3A 1UA0A 3K57A 1DLOA 3DRRA 4MQ3A 4CIEA 3OYMA 2A1RA 3G10A 1B92A 1RT5A 4C8NA 4CEAA 2RN2A 3VQ5A 3T3FA 2HB5A 3AV9A 4FLWA 3RR7A 2VWJA 1REVA 4BDYA 3CFPA 4DTJA 3QEVA 4IG3A 4DFKA 2XO7A 3PX0A 3IRXA 2IAJA 1Q9YA 3HP9A 1UOCA 1HYVA 5CYQA 3O3FA 1T8EA 2B6AA 3NH1A 4FJMA 4M42A 1LAVA 1O1WA 1NK4A 4I9LA 5J2NA 4CEQA 4AHCA 1CXUA 2X6SA 3KJVA 4DQSA 4AHSA 1WSEA 4KHNA 2IDOA 1TAUA 2D0BA 1WAJA 3SQ1A 1KLNA 4FJLA 1S1TA 3AVCA 4JRPA 3CYMA 3RR8A 3LP1A 4I2PA 1RBTA 4N41A 4FJ8A 4DF8A 3HJFA 3OJSA 2OA8A 4BWJA 1VSKA 4CGDA 4E7IA 2YKMA 4G1QA 4EP5A 3V9WA 2KZZA 2PAJA 4FLUA 1CLQA 4CJWA 1HRHA 3CM5A 4O44A 1EETA 3S3OA 2HNZA 3DM2A 4JLHA 3QIPA 5HRPA 3LWLA 1NK6A 2G8HA 2OZSA 1BIUA 4CJTA 3DI6A 3ZSOA 1IKVA 3HXMA 4FLTA 3SUNA 1KVAA 3OYKA 3O3HA 3HVTA 5HRRA 2XRIA 4OGCA 2OPQA 4KKOA 4Z4CA 1U45A 5J1EA 2RPIA 3V4IA 2F8TA 4FXDA 3V81A 3O4QA 4CGFA 4M3YA 1RBUA 4YNQA 4NCGA 4ELTA 2P1JA 1C1AA 2Y1IA 3ZSQA 3P1GA 1LAWA 1BCMA 3VQ4A 2OPSA 2A1SA 1QTMA 4OLBA 3VQEA 3NH2A 1HPZA 1I39A 3NF9A 4J2AA 4E0DA 4OKKA 4KHUA 4CEFA 4NCAA 1RTJA 4B3OA 1KLMA 1MU2A 4DU1A 3AVNA 4F4KA 2G8IA 4CF2A 2I5JA 4O5BA 1ZBFA 4CGGA 4CHYA 1Q8IA 1A5XA 3VA0A 2HVHA 1JL2A 2ZQBA 2ETJA 1QHTA 2DFFA 2IGIA 3ITHA 3QO9A 5CZ2A 4DMNA 3SV4A 3SZ2A 4DSKA 4FZXC 3OY9A 1ASVA 4ICLA 1VRTA 3OYFA 5FROA 5CYMA 3QNOA 1NK5A 3LAKA 1C6VA 3MAQA 1RILA 3TI0A 3MEDA 4O0JA 4FJIA 3K5MA 3LWMA 1A5WA 3C95A 5KGXA 3VQDA 4KHQA 3MECA 1QSLA 4QCLA 4DSFA 4L8RB 2VG5A 4K8ZA 2KW4A 4E7KA 2R7YA 1J53A 4CEBA 1QQCA 2E6LA 4AHUA 2HW3A 3T1AA 3P5JA 3H08A 3TAPA 3OYHA 1KVCA 1RT7A 5JS1A 1IO2A 3VQQA 3V9UA 4XIUA 4DFJA 1TK0A 3AVHA 4Y1CA 4CJ5A 1NK9A 4KHSA 3BGRA 4NCBA 1ZBUA 4DTMA 1VK0A 4IFYA 5J2QA 4ELUA 2KFZA 3NE6A 3HK2A 2P51A 4CECA 3UIQA 4CFCA 1S1UA 3TAEA 3QNNA 1BCOA 4RW4A 3SNNA 2HHQA 1RTIA 4CGIA 3QLHA 4DQQA 3U3YA 4J2EA 3NHGA 1BISA 1S1VA 3SI6A 3SQ2A 1U48A 3ZT0A 1C0UA 3RMAA 2F8SA 1GOAA 1JLCA 4FJ7A 3K5LA 1N5YA 3DLKA 2QXFA 3K59A 4CFBA 4DU4A 1NJXA 1RDCA 1T05A 4I9QA 3K5OA 1SKRA 2HHWA 2YV0X 3KKSA 2XHBA 5KGWA 4M41A 3I8DA 3SV3A 1D8YA 1BI4A 4H4MA 4OKEA 4QAGA 4JS4A 3OVNA 4FCYA 4E7JA 2IC3A 1VRUA 5EU7A 4RW9A 4OKJA 2ZD1A 5CZ1A 2XY5A 1RT2A 4KTQA 4FJKA 5J2MA 2B4JA 4RW7A 1J9AA 4F8RA 3KLEA 1HYZA 4CGHA 1NJYA 5HROA 1JLGA 4I7FA 2LSNA 1RT1A 4FW1A 2ZE2A 3OYJA 4R5PA 2HNDA 3KIOA 1GOBA 4B08A 1DTQA 3L2QA 4HCCA 5HRNA 4FJHA 1Y97A 1JXBA 3F73A 4LY7A 1ZBHA 1YTAA 1RCHA 3CQ8A 4Z4IA 4IKFA 3PV8A 2Z1GA 3L2UA 3CFRA 3NH0A 1Q9XA 2G8WA 4KAZA 3S9HA 1ZYQA 3QEPA 3AO5A 3ALYA 4AHTA 3SCXA 1HQUA 4ELVA 1B9FA 4CJRA 1BGXT 2KQ2A 2D0AA 4KFBA 4GW6A 4AHVA 3OYCA 4DTOA 3SQ4A 1IG9A 3RWUA 4FJ9A 4Z4EA 3AVAA 2YHBA 1D9FA 1WSHA 4GVMA 4FJ5A 4B8AB 4RW6A 4PY5A 1XWLA 1VSFA 1RBSA 1X1PA 1JLFA 1ITGA 4CEEA 3ZT4A 3TAMA 3E01A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HFED 3S3MA 2GBZA 3LALA 2A06G 4YXWH 4DKWA 3DLLL 4F3TA 4FK4A 3P7KA 4O4GA 4DSEA 2FKWB 3JSMA 4CF8A 1SQXD 3OJAB 4WB4A 1KILA 3DXMB 1SQVK 3SMSA 4FLYA 1C1CA 3RSEA 3W3DA 3AY9A 4BE1A 4WWIA 4JD2A 3RRGA 1VQ6N 1NK0A 1L5UA 2XV5A 2ZJPL 2PYLA 4GIFA 3U9ZA 1SQXJ 1X9SA 5D3GA 1FOSF 2B9BA 3L36A 3RL0C 3D2EA 4OVNF 3TGUD 4FZYA 2G8FA 2KZJA 3V1QA 5TISE 1JKHA 4XE5B 3TSIA 2HHXA 3DXMA 1L0LD 3A3YB 5EFWB 4DJGA 3P8MC 1H0TB 4PA1A 1ZMEC 1SV5A 2W42A 1Z56A 3QICA 3QEIA 1A02J 2VCPA 1UIIA 3GOIA 3BRTB 3LW5J 1YHQP 3THVA 3OAKA 5KI6A 1T8ZA 3AO3A 3M8PA 4WYBA 2LXBA 2FYNC 4GNIA 4BRQA 1DEJA 3SQ0A 1IFPA 3TSPA 4OX9K 3T69A 1OH7A 3A5MC 5C24A 4PL8A 4IFVA 2ITGA 4HCCA 3CCUN 1LWUC 3HPHA 1U47A 3AEFC 5KLIC 4BVPA 4M7YA 3TU5A 2QKBA 3NF8A 3BCCD 1IKXA 3CQYA 3KKRA 1HKCA 2O8DB 1RDDA 2RE2A 1UA1A 1LTIC 5LMNK 2XNDH 1FZGA 2IDBA 1YTZT 2N9BA 4Y1DA 4H8KA 1OMIA 4PKIA 2WT7B 2ZXXA 1NM1A 1XHXA 3BZKA 3H3NO 3DRPA 5E26A 3BCCJ 3UB5A 5IWAK 5LY3A 3TDKA 4KI4A 3WU2E 1DD3A 3HSCA 1UIXA 1BCCD 2FBTA 1S72P 4LSNA 1L4AB 4JYBA 4B1UB 1QQMA 1XNRK 4DQRA 3EKUA 1S9EA 3CCMN 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2FFD C;  2VWJ A;  4IG3 A;  4DFK A;  1LT1 A;  3O6Q A;  3IRX A;  2QEX P;  3JC2 2;  1T8E A;  1BA1 A;  3G71 P;  3TK1 A;  2YHW A;  3GBT A;  4ISE A;  5GAG P;  2ZT9 D;  1N32 K;  3VYI A;  1KQG B;  4CZF A;  4A2B A;  3KJV A;  1K9M O;  1BE3 D;  1MZ9 A;  4AHS A;  1L0L K;  3AEG C;  1RE4 A;  3O8Z A;  3VN0 A;  5LJV A;  2P2U A;  1WAJ A;  2YJE A;  1YI2 N;  4B3S K;  1IFD A;  3VEN A;  1U7M A;  1BSH A;  4FJ8 A;  2XKM A;  2OA8 A;  1EXJ A;  3CC2 P;  4CGD A;  4PL7 A;  4JKE A;  4BRE A;  3RBX A;  1VPC A;  4XFJ A;  3K9J A;  3CM5 A;  5AQK A;  1YIJ P;  3AED C;  3D7E O;  3S3O A;  3QIP A;  3LWL A;  3WXL A;  4EI2 A;  3D2F A;  3ZSO A;  3B5N D;  4BRN A;  3OYK A;  3HVT A;  3CCS N;  2XRI A;  5AW1 B;  1VQM P;  3HZ6 A;  4OGC A;  3U8X A;  3D6R A;  4OPA A;  3G6E N;  3HE4 A;  2RPI A;  3V4I A;  3CJ9 A;  3M0D C;  4JQ0 D;  4O9B A;  2P1J A;  3TTC A;  2OYH A;  3HUS A;  4EIA A;  2Y1I A;  3ZSQ A;  1RQU A;  3CC7 P;  3WUH A;  3VQ4 A;  1QTM A;  4KH6 A;  3E1Y A;  5APX A;  3NF9 A;  1VF5 C;  1KD1 Q;  4KHU A;  4NCA A;  1S4X A;  2OAR A;  5KTB A; 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 4FJK A;  4W7Z A;  5J2M A;  1IBM K;  2BAS A;  4I7F A;  1USD A;  2AEJ A;  2CH6 A;  5KPZ A;  2GTD A;  1T3U A;  2KLV A;  1JO5 A;  1Y97 A;  2NRH A;  3GE1 A;  4O5F A;  1PP9 E;  1YTA A;  1VF5 B;  1FZE A;  1M8O B;  1W2E A;  2BEQ D;  3L2U A;  3CXC M;  3PV8 A;  3CXH I;  1JB0 J;  1IBL K;  2FYZ A;  4CD3 A;  3QEP A;  1RE3 A;  3IDH A;  1DEE G;  4ELV A;  1X3N A;  1B9F A;  4Y28 J;  2KQ2 A;  4CJR A;  2D0A A;  4YOR A;  4QOZ B;  3EWK A;  3H45 C;  3SQ4 A;  3BEX A;  4PY5 A;  4GVM A;  4FJ5 A;  2QJY B;  3Q5R A;  2YXR B;  2HMP A;  3R4Y A;  3CLQ A;  5AVY B;  4DR6 K;  1ITG A;  4WF9 L;  3ZT4 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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