2P1JA

Crystal structure of a polc-type dna polymerase iii exonuclease domain from thermotoga maritima
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
TFVVLDFETTGLDPQVDEIIEIGAVKIQGGQIVDEYHTLIKPSREISRKSSEITGITQEMLENKRSIEEVLPEFLGFLEDSIIVAHNANFDYRFLRLWIKKVMGLDWERPYIDTLALAKSLLKLRSYSLDSVVEKLGLGPFRHHRALDDARVTAQVFLRFVEMM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of a polC-type DNA polymerase III exonuclease domain from Thermotoga maritima
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Thermotoga maritima msb8
molecule keywords DNA polymerase III polC-type
total genus 48
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.5.140 Mainly Alpha Up-down Bundle Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces 2p1jA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2p1jA01
2D5RA 4RW8A 2BGGA 3AVMA 3AVHA 3L2RA 1T03A 1C0MA 4Y1DA 3T19A 3SZ2A 3K59A 3HT3A 2D0CA 4M3UA 3VQEA 4B9NA 3G10A 3AA2A 3C6UA 1C0TA 4DQQA 1L3SA 4FLVA 1NJZA 3RRGA 4PWDA 2OA8A 3OYAA 3NAEA 4J2AA 1EX4A 1VSEA 2P5GA 1RDBA 3NBPA 1S5JA 3A2FA 1RT4A 4RW6A 3ZSXA 3LWMA 3NH0A 2HVHA 4M3YA 4M3ZA 1W0HA 3VQBA 1TL1A 2VWKA 3AA3A 3RMBA 4E7LA 3SUNA 3SV4A 3ZT0A 4CE9A 2A1SA 4I2QA 1RT5A 1ZYQA 4F2SA 3WNEA 4E7KA 4AH9A 2KQ2A 1ASUA 1RTJA 4IKFA 4CK2A 2IDOA 3DLRA 4HTUA 1Q9YA 2OZSA 2E6MA 1KVCA 3PUFA 1TVRA 4MFBA 4WE1A 3NGYA 3NFAA 4FJLA 4FZYA 3V9WA 1SL0A 4KV8A 3ASMA 4O0IA 4BACA 3DLGA 4OLBA 3L3VA 4NYFA 4KFBA 2B5JA 4CJQA 4CIGA 4FK0A 3OYGA 1QSSA 1YTUA 3VQ9A 2ATQA 3SI6A 1NJXA 1RNHA 4B9SA 4OJRA 1HMVA 4AILC 3L3UA 4FJGA 2KFZA 1LWCA 1SUQA 2AJQA 1G15A 4LY7A 4Z4HA 4ELVA 3OYHA 1RTIA 4Y1CA 4CGJA 4CHPA 4W5OA 4DTUA 2WONA 1VSMA 1KCFA 3V9SA 3OYJA 3PV8A 2HHTA 1JKHA 3ISNC 1XWLA 4FJ9A 1LWFA 2HMIA 2HHXA 3NH2A 1RT1A 4CFDA 4DS5A 1J5OA 1JLGA 1D5AA 4LH4A 4FLUA 1TK5A 3THVA 2GV9A 4DFJA 3PX4A 3PO4A 3ZSWA 3KK3A 4OVLA 4FJHA 3HJFA 2PAJA 1C1CA 1S1VA 1JLBA 3K5OA 4BWJA 3OYFA 2QKKA 3DLBA 2KTQA 4OKJA 1WSEA 2X78A 3CYMA 3K5NA 1TAQA 4CJ4A 4GVMA 3C94A 5JS2A 3FFIA 1N6QA 1B9DA 4OGCA 5E41A 1X9WA 3AVAA 1HNVA 2BANA 1JXEA 2DFEA 3MEGA 4FK4A 2HVIA 1LAWA 3O3GA 3OS2A 4KHNA 3VQDA 1RTHA 5FROA 4FLXA 1JLEA 2HB5A 4G1QA 4AHTA 2LSNA 4KO0A 4BWMA 1JLCA 3VQ4A 1J53A 1S6PA 1S6QA 3LP0A 3TR8A 3ZSZA 3TI0A 4BE2A 1NK9A 4JLHA 2YNHA 1QSLA 4CHOA 5CZ1A 4LD0A 1C6VA 4CJKA 4ELTA 1WSJA 3G0ZA 1FXXA 5FDLA 3OYCA 1HQEA 4DLGA 3I8DA 1SKWA 5D3GA 3HM9A 4K8XA 3OYKA 4DQIA 3DLKA 3V1RA 3NGIA 1UOCA 3M8QA 4EP5A 3LZJA 4F3TA 2QKBA 4C8NA 3SUQA 4OPKA 2XHBA 4CF8A 4DSKA 4EZ6A 4DSEA 4DWIA 1SV5A 4K8ZA 2O4IA 3V9XA 4GW6A 4JRPA 4CJWA 3OS0A 2Z1HA 3HPGA 3QESA 4NCBA 4C8KA 5FRMA 3PX0A 1WSHA 4DU4A 4HCCA 3QNNA 1W9HA 3LAMA 1L3TA 1GOAA 3TAQA 4H8KA 3DMJA 3MEDA 1WLJA 3IG1A 4N47A 3ZSQA 4AHVA 3CQ8A 4CJFA 4HUGA 2VG5A 3HPHA 3LWLA 3V9ZA 2XY5A 1NK5A 1N5YA 4B8CA 4CF0A 2G8WA 1JLQA 5FRNA 3LANA 1U47A 3V9UA 4DTPA 4FLYA 1ZBUA 3L2QA 1BHLA 1Q8IA 3T1AA 3U6FA 4B08A 4B9LA 4F2RA 4CEFA 1VSLA 1RTDA 4EP4A 2P5OA 3AA4A 1J54A 4E0DA 3ZSRA 4BDYA 3QLHA 2HNZA 2RN2A 3ZT1A 3KLGA 3HVRA 3SJJA 1TGOA 1U48A 4M3XA 4CHZA 3B6OA 5J1EA 1RBTA 4W5QA 4KKOA 1WSIA 4KREA 1LW2A 4B8AB 4CJRA 4DFKA 4PUOA 1A5WA 2R7YA 2ZE2A 5CZ2A 5CYQA 2IOCA 1S1XA 2OPSA 3QINA 3SPYA 4DTSA 3LPTA 1TL3A 2VG7A 1WSFA 4FJKA 3ALYA 2F96A 2D0BA 4CJ3A 4DTXA 3TAMA 3SYZA 4E7IA 4Z4EA 3P83D 5HRPA 3V81A 2KZZA 3MECA 3HPOA 4OPJA 4OLAA 3AO1A 5KI6A 3L2WA 2B4JA 2YKMA 2G8UA 4FJNA 3NH1A 2JGUA 4CEDA 4DQRA 4F4KA 3EYZA 3OYEA 3HVTA 3D45A 1TKTA 1X9MA 4BDZA 1RILA 1VRUA 3OYLA 4DTNA 1NKBA 3IS9A 1RBRA 4DSLA 3ZT3A 3I0SA 4I2PA 4E1NA 1BL3A 4M41A 5KTQA 3NF7A 1NK4A 1NOZA 4FW2A 1WNSA 2OZMA 2FBXA 4FJ5A 5SWMA 1YVUA 3C95A 4YFUA 3KIOA 3SQ1A 1KLNA 3OYDA 3TAEA 4B9VA 2HHQA 3K5LA 3VQPA 1NKCA 1UA0A 4CK3A 4FZZA 4N5SA 1D9FA 1FKOA 3CFPA 3BDPA 4KPYA 2XO7A 3AO5A 4ELUA 2RPIA 4RG8A 4RW9A 2OYQA 4DTMA 4DLEA 2HHUA 3HSTB 3RRHA 3AO3A 4GMJB 3MAQA 3VQ7A 3DRPA 3RMDA 3M8RA 2BE2A 5J2PA 5DK5A 3HXMA 3PO5A 4FLTA 3H08A 3OYNA 4H4MA 4FK2A 4CJPA 1NK0A 4KHYA 4FM0A 1I3AA 1VSDA 3HO1A 4KRFA 4IDKA 3V1QA 3VN5A 2IC3A 4E3SA 1NOYA 4MQ3A 2HHSA 2KW4A 3RMCA 1C1AA 4JS4A 3S3NA 2GBZA 4DQPA 3LZIA 3NDKA 5J2MA 4NCGA 3CFRA 4BE1A 1ITGA 1NK6A 3QETA 2WOMA 1TKZA 2G8FA 4J2DA 3AVIA 2PYJA 1T7PA 3PY8A 1UAXA 3SQ0A 1TK8A 2P51A 4L8RB 4KHWA 4C8OA 3LP2A 4E1MA 2X74A 1LW0A 3NGZA 1U49A 3VQ6A 3K58A 4CJSA 4ID1A 1KVBA 3QIPA 4BE0A 4M42A 3WNHA 1BCOA 4O55A 2EX3A 1YT3A 2RF2A 1T05A 1LV5A 4CJ5A 3HP9A 1KSPA 4RW4A 4FW1A 3CG7A 4AHSA 1XHZA 1CXUA 3DOKA 2FC0A 5KGXA 5T7BA 3JYTA 1Q9XA 1BQMA 4JRQA 2Q3SA 3I0RA 4FM2A 3NHGA 4M45A 3QEIA 3ZT2A 2HNYA 3U3YA 3TABA 1SKRA 4EZ9A 2KFNA 1DTQA 1HPZA 4ID5A 4M3TA 2PZSA 4CGGA 2FBYA 3DOLA 1GOBA 1XC9A 1K6YA 4C8LA 1T8EA 5C42A 5C25A 4QCLA 1I39A 4CF1A 3V6DA 4N76A 4DS4A 4CJVA 3LDSA 3OY9A 1RCHA 3AV9A 3HYFA 4FCYA 1DTTA 3QEPA 3OYBA 5JS1A 3L2VA 2E4LA 4DSIA 5HP1A 1QE1A 4CERA 4CHNA 1DLOA 2O4GA 2QXFA 4RW7A 5SZTA 3LPUA 3D0PA 3TAGA 3S9HA 4B3OA 2DTUA 1RDCA 3AVBA 1QS4A 1CZBA 1EKEA 4DTOA 4KB1A 4FJMA 3KLFA 3LAKA 4B9UA 1HJRA 4HUFA 1JL2A 4CK1A 4FLZA 4KI4A 3C6TA 1KLMA 1REVA 2ETJA 3V1OA 1S1TA 2XY6A 1XI1A 4O4GA 4YNQA 3O4NA 4R5PA 2ZD1A 1MU2A 3AVFA 4DSFA 3CM5A 2OPPA 2XRIA 4M3RA 4CJLA 4N56A 3KLHA 3NE6A 1KVAA 1F21A 3NF9A 1HYVA 4CEBA 3DLHA 3RMAA 3KLEA 3NF6A 3L2UA 1RT7A 3M8SA 1HNIA 1CZ9A 3DYAA 5KGWA 4KB0A 4N41A 3F9KA 3KJVA 3PX6A 4I7FA 3UIQA 1BI4A 1BI4B 3VQQA 1KFDA 4PA1A 3ZSOA 1KRPA 3SV3A 1JLAA 1FKPA 2VG6A 4F3OA 4ZTFA 2YV0X 1Y97A 4DMNA 4CGHA 1BIZA 3TANA 2DY4A 4W5NA 4O0JA 1BQNA 2FBVA 1D8YA 1S1WA 4HHTA 3KD1E 1WAFA 5I42A 3QIOA 2NUBA 4ICLA 4O44A 3VQCA 4DQSA 3RR7A 1RBSA 3VQAA 1IKYA 4CJEA 3O4QA 1ZBHA 4KHUA 1KTQA 3EZ5A 2E6LA 2G8IA 4CESA 3KLIA 1RDAA 4Z0UA 1VK0A 4DSJA 1X9SA 2W42A 1BCMA 1C1BA 4ZTJA 1VSIA 1FK9A 1GOCA 1BIUA 3DI6A 3E01A 1LAVA 3B6PA 4FJXA 2YKNA 2YNIA 1RT3A 3KKRA 3SUPA 4KTQA 4IG3A 4JS5A 4LH5A 3VQ8A 4B9TA 4H4OA 4OKKA 3SPZA 4E19A 1IG9A 4CF9A 3QEXA 1ZBFA 3T3FA 1HQUA 3CFOA 1BISA 4DU1A 3AO4A 1WN7A 1U45A 4J2EA 3LP3A 4O5BA 3AVNA 1YTAA 4OGEA 4LSLA 3K57A 1VSHA 4CJTA 4DF4A 3P1GA 3OJSA 1IKXA 5EU7A 3WNFA 3TARA 2X6NA 1NK7A 3M8PA 1VRTA 4BDPA 2KZMA 4CGFA 3ZT4A 3ZSYA 1ZBLA 4QOZB 4CCHA 3KD5E 4NYNA 3V4IA 3U3GA 1U4BA 4CEAA 2GUIA 3CM6A 1QTMA 5KRSA 2YHBA 3OYIA 4FZXC 1L3VA 4NCAA 3O3HA 3MXMA 4AHUA 4AHCA 3SUOA 4CHQA 4IBNA 3OJUA 3KTQA 3SQ4A 1TKDA 3VA0A 4DTJA 2A1RA 3IRXA 4DTRA 3JSMA 4Z4IA 3KKSA 5HRSA 4XIUA 4KTZA 3HP6A 3AO2A 5CY4A 3RTVA 1O1WA 1R0AA 1QSYA 2HHWA 1ASVA 1RT2A 4CFAA 1A5XA 1HRHA 1JL1A 1RBUA 1NK8A 1KFSA 4FJIA 1VSFA 4CHYA 1UWBA 2HNDA 5KRTA 2XY7A 2F8SA 3P5JA 4C8MA 3VA3A 1NKEA 2XY8A 1Z25A 4TSXA 4FJ8A 2B6AA 4J2BA 3OYMA 1SL1A 2G8VA 4OKEA 4UQGA 2YHAA 4DFPA 4Z4GA 1SKSA 4E89A 3SQ2A 2Y1JA 2HW3A 4FXDA 3ZSVA 4CIEA 1TV6A 1VSKA 2VWJA 4HCBA 2PYLA 3QNOA 4F8RA 3NCIA 4CGIA 1RBVA 3AVGA 4CEZA 4DG1A 3QEVA 4E7HA 4KHQA 2DFHA 1NJYA 4B9MA 2RKIA 2Z1GA 3ULDA 5CYMA 4CIFA 4FJ7A 3TWHA 5J2NA 3HK2A 5HLFA 2IGIA 2JLEA 5J2QA 4Q5VA 2G8KA 4IG0A 3QEWA 4FM1A 2DFFA 4CEOA 4I9QA 4CF2A 4LSNA 2G8HA 1IKVA 4CEEA 5HROA 3SNNA 2PY5A 2OPQA 4QAGA 1J9AA 4FVMA 2EHGA 4Z4CA 1D9DA 2BDPA 1CLQA 2IAJA 3ZCMA 3OS1A 1TK0A 3K2PA 4Q0BA 3QO9A 5K14A 2Z1IA 5C24A 4FJJA 1HYZA 3EY1A 1TKXA 3NF8A 4CFCA 1ZBIA 3OVNA 4DU3A 1B92A 3WNGA 4ZHRA 3S3MA 1S9GA 3K5MA 4KAZA 3AVJA 2F8TA 3AVKA 1L5UA 3L8BA 3DRRA 3HL8A 4M3WA 1XHXA 3QERA 4KHSA 1TAUA 3IAYA 1VSJA 4DFMA 1QHTA 1UA1A 1L3UA 4KI6A 4E7JA 3RR8A 3SCXA 1C0UA 1WSGA 2YNFA 4IFVA 2I5JA 2YNGA 3BGRA 3AVLA 1RDDA 1U04A 3MXJA 3VQ5A 1NJWA 3RWUA 1ASWA 3AVCA 1IH7A 2ZQBA 1EETA 4KTWA 1EP4A 4CGDA 3KK2A 3S3OA 2OPRA 2QK9A 2P1JA 5DMRA 3DM2A 4CEQA 1S9EA 3ITHA 1HYSA 1WAJA 4FLWA 1CXQA 1Z26A 3DLEA 2IS3A 4IFYA 3MEEA 4CFBA 1JLFA 4W5TA 1A5VA 1IKWA 1JXBA 4PY5A 4FYDA 1S1UA 5HBMA 5I3UA 4HUEA 4I9LA 1EXQA 4HVJA 3AA5X 1LWEA 2ITGA 2Y1IA 2FBTA 3MXIA 3TAFA 5HRRA 3O3FA 1BGXT 4AHRA 4Z4FA 3LALA 4DF8A 1B9FA 4CJUA 2HHVA 1RT6A 3DRSA 3LP1A 4PQUA 2X6SA 1IO2A 1QQCA 1SL2A 3TAPA 4W5RA 2Z1JA 3KK1A 1X1PA 4CECA 3F73A 5HRNA 2D0AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NZ2A 4GKKK 4JKAA 3I55P 1NYHA 3WU2E 2WSFJ 1GMJA 1T03A 1C0MA 4Y1DA 3T19A 3SZ2A 3HT3A 1KFMA 2V7QJ 3AA2A 4DQQA 2UUCK 3IF4A 3EKUA 3RRGA 3OYAA 1LWUB 3C6HA 3MHVA 2GA1A 1MKMA 4JYCA 4H03B 3A2FA 1NGCA 4X62K 3MCPA 3C0BA 2P9IB 4JNEA 2JWDA 1JMMA 1SLQA 3HRNA 3I5CA 3CCLP 1KQSO 4WB4A 3GL1A 3ZT0A 4KT0J 3FXDA 3G3ZA 3AE6C 3JC22 3E66A 4I2QA 3LDNA 4AH9A 5ADXA 3ZEUB 1U6ZA 1SQXJ 1N7SC 5AW2B 1YITN 4CK2A 4NB4A 1PFIA 1XNRK 2W6LA 2KNCA 1ESVA 4YOYA 2ZM6K 2E6MA 3H1LG 3AAPA 2OZSA 1Q86Q 4OX9K 3CF5L 2ZT9D 4QS9A 1N8RQ 2PGDA 3L75J 4OLBA 4CIGA 1USDA 4FK0A 2FYUK 1HX1A 3BRVB 2ZXEB 5TKWA 1OIPA 2JWKA 4B3MK 3L3UA 4JYBA 1LWCA 2AJQA 1G15A 3A7OA 4WQ4A 4Z4HA 3O9QA 4ELVA 4W5OA 4CHPA 4PL8A 3G71P 1VSMA 2WONA 3AE8C 1N34K 1YJNN 2I8DA 3FWLA 2FYZA 2OARA 4GOFA 5CBOA 1XWLA 1Q82Q 1WMKA 1LWFA 4H5NA 4FJ9A 2HHXA 2WPQA 2V51B 4CFDA 2WPVB 2W40A 1J5OA 4JKEA 2JO1A 3H1JG 1D5AA 4LH4A 4BQZA 1TK5A 2GV9A 1NU0A 3KK3A 5AQYA 2QKKA 1JLBA 3DLBA 3CXHE 2KTQA 1XTCC 4OKJA 3H1HG 3CYMA 2ZAEB 1TAQA 1N7SD 3FFIA 3P8CE 5AZJA 3O8ZA 1X9WA 2OTKE 1ZR4A 1JXEA 3A5MC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2G8V A;  4OKE A;  4UQG A;  2YHA A;  4DFP A;  4Z4G A;  1SKS A;  4E89 A;  3SQ2 A;  2Y1J A;  2HW3 A;  4FXD A;  3ZSV A;  4CIE A;  1TV6 A;  1VSK A;  2VWJ A;  4HCB A;  2PYL A;  3QNO A;  4F8R A;  3NCI A;  4CGI A;  1RBV A;  3AVG A;  4CEZ A;  4DG1 A;  3QEV A;  4E7H A;  4KHQ A;  2DFH A;  1NJY A;  4B9M A;  2RKI A;  2Z1G A;  3ULD A;  5CYM A;  4CIF A;  4FJ7 A;  3TWH A;  5J2N A;  3HK2 A;  5HLF A;  2IGI A;  2JLE A;  5J2Q A;  4Q5V A;  2G8K A;  4IG0 A;  3QEW A;  4FM1 A;  2DFF A;  4CEO A;  4I9Q A;  4CF2 A;  4LSN A;  2G8H A;  1IKV A;  4CEE A;  5HRO A;  3SNN A;  2PY5 A;  2OPQ A;  4QAG A;  1J9A A;  4FVM A;  2EHG A;  4Z4C A;  1D9D A;  2BDP A;  1CLQ A;  2IAJ A;  3ZCM A;  3OS1 A;  1TK0 A;  3K2P A;  4Q0B A;  3QO9 A;  5K14 A;  2Z1I A;  5C24 A;  4FJJ A;  1HYZ A;  3EY1 A;  1TKX A;  3NF8 A;  4CFC A;  1ZBI A;  3OVN A;  4DU3 A;  1B92 A;  3WNG A;  4ZHR A;  3S3M A;  1S9G A;  3K5M A;  4KAZ A;  3AVJ A;  2F8T A;  3AVK A;  1L5U A;  3L8B A;  3DRR A;  3HL8 A;  4M3W A;  1XHX A;  3QER A;  4KHS A;  1TAU A;  3IAY A;  1VSJ A;  4DFM A;  1QHT A;  1UA1 A;  1L3U A;  4KI6 A;  4E7J A;  3RR8 A;  3SCX A;  1C0U A;  1WSG A;  2YNF A;  4IFV A;  2I5J A;  2YNG A;  3BGR A;  3AVL A;  1RDD A;  1U04 A;  3MXJ A;  3VQ5 A;  1NJW A;  3RWU A;  1ASW A;  3AVC A;  1IH7 A;  2ZQB A;  1EET A;  4KTW A;  1EP4 A;  4CGD A;  3KK2 A;  3S3O A;  2OPR A;  2QK9 A;  2P1J A;  5DMR A;  3DM2 A;  4CEQ A;  1S9E A;  3ITH A;  1HYS A;  1WAJ A;  4FLW A;  1CXQ A;  1Z26 A;  3DLE A;  2IS3 A;  4IFY A;  3MEE A;  4CFB A;  1JLF A;  4W5T A;  1A5V A;  1IKW A;  1JXB A;  4PY5 A;  4FYD A;  1S1U A;  5HBM A;  5I3U A;  4HUE A;  4I9L A;  1EXQ A;  4HVJ A;  3AA5 X;  1LWE A;  2ITG A;  2Y1I A;  2FBT A;  3MXI A;  3TAF A;  5HRR A;  3O3F A;  1BGX T;  4AHR A;  4Z4F A;  3LAL A;  4DF8 A;  1B9F A;  4CJU A;  2HHV A;  1RT6 A;  3DRS A;  3LP1 A;  4PQU A;  2X6S A;  1IO2 A;  1QQC A;  1SL2 A;  3TAP A;  4W5R A;  2Z1J A;  3KK1 A;  1X1P A;  4CEC A;  3F73 A;  5HRN A;  2D0A A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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