2P1JA

Crystal structure of a polc-type dna polymerase iii exonuclease domain from thermotoga maritima
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
TFVVLDFETTGLDPQVDEIIEIGAVKIQGGQIVDEYHTLIKPSREISRKSSEITGITQEMLENKRSIEEVLPEFLGFLEDSIIVAHNANFDYRFLRLWIKKVMGLDWERPYIDTLALAKSLLKLRSYSLDSVVEKLGLGPFRHHRALDDARVTAQVFLRFVEMM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Thermotoga maritima msb8
publication title Crystal structure of a polC-type DNA polymerase III exonuclease domain from Thermotoga maritima
rcsb
molecule keywords DNA polymerase III polC-type
total genus 48
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.5.140 Mainly Alpha Up-down Bundle Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces 2p1jA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2p1jA01
4FJ5A 3AO5A 3OS1A 3QEXA 1DTTA 1Z25A 3VQ7A 3VQ6A 4M3YA 3VQDA 3B6OA 3OYJA 2E6MA 3RR8A 3O4NA 4NCAA 4NCBA 1BI4B 5KTQA 1NKEA 4RG8A 2YNGA 4N76A 1YTUA 2HHWA 3VQ9A 1BCOA 1ZBUA 4J2BA 1SKSA 1L3TA 3NE6A 1TL3A 1W0HA 1C6VA 1WNSA 3NH2A 1HNVA 1X9MA 4EZ9A 2OPRA 3ZSQA 4E19A 3L2RA 5I42A 1VSJA 3ZSXA 1NK8A 3KTQA 4B9SA 3G0ZA 1QHTA 1RDBA 4FJ8A 2RN2A 4MFBA 4CGIA 3SZ2A 1UA0A 3NF8A 3SQ0A 4FZXC 4GW6A 4RW9A 3SYZA 3MEGA 3CM6A 3NHGA 4CJWA 1J54A 4DTNA 1WSJA 1JXBA 3EZ5A 2NUBA 3AVIA 3SQ4A 4FJJA 4CJVA 3HO1A 3OYFA 1KFSA 3OYKA 1EKEA 4CERA 4CGFA 2RPIA 2VG7A 3DRPA 4CK2A 4CF2A 1LV5A 3NH0A 1FK9A 3TARA 3TI0A 4PA1A 3TAMA 1B9DA 3KJVA 3L2QA 3L2UA 2IGIA 4J2EA 4B3OA 1K6YA 4DQIA 3DLRA 1KVCA 4CGHA 4LY7A 3VA3A 4AHTA 4DFMA 3KD1E 1SL2A 2PYLA 2IOCA 4AILC 2HHVA 1IG9A 4DTUA 1XI1A 2F8SA 1D9FA 2GBZA 1QQCA 4IFVA 1SV5A 4PY5A 4M3WA 4NYFA 4KHYA 5FRMA 4DFKA 4C8LA 1ZYQA 3OYHA 4E7HA 3V81A 4I9LA 4O4GA 3NFAA 2BGGA 4CEOA 4EP5A 1JKHA 4CEFA 4KI4A 4BWMA 3KK1A 1RBSA 3VQ8A 4CJEA 3ZT3A 3ALYA 1IKYA 3MEEA 3CFRA 4FK0A 5KGWA 1BQNA 2DFFA 2P5GA 1LWCA 3M8SA 4FLXA 3MEDA 3V4IA 1L3VA 4DFPA 2QKBA 4AHCA 5EU7A 3HPHA 4CJQA 3LP1A 4CHNA 2G8HA 4FZYA 2OZMA 1TVRA 1U04A 3HP9A 3LAMA 4CJLA 1SKWA 3OJSA 1C1BA 1X1PA 1QSSA 4CECA 4KRFA 4EP4A 4HCCA 2KTQA 3V9ZA 2HNYA 1Z26A 3AA2A 2ITGA 4MQ3A 4M3TA 3P1GA 1RTJA 5KI6A 3LWMA 4Z4HA 3JSMA 3PO4A 3VQ4A 3OS2A 4Z0UA 5FRNA 3DRRA 3CG7A 1GOCA 2XY6A 1NJZA 4K8XA 1CXQA 1ZBIA 2HHUA 1RBRA 3HXMA 5HROA 1J5OA 1A5WA 1CZ9A 4BDYA 2Y1IA 4CHOA 3OYLA 3HP6A 3MAQA 1LWEA 1WSFA 4DTRA 1L5UA 3LPUA 3S3NA 3L3UA 4BE1A 1NK9A 3OS0A 4FW1A 1B92A 3DYAA 4QCLA 5HP1A 2XRIA 2PZSA 2DTUA 5J2PA 2G8IA 1NK0A 4KPYA 2VG6A 1S6QA 2KFNA 2KW4A 1JLFA 4FJNA 1RTHA 4DSIA 3CFPA 4HUEA 4H4MA 2RF2A 4EZ6A 3ASMA 1WAFA 4BDPA 3O3FA 1VSMA 3ZT1A 1HQEA 3LAKA 4FLUA 2QKKA 4CEAA 2A1RA 4B9TA 4DSJA 1RBUA 1SL1A 1DLOA 4F4KA 2HNDA 2ATQA 2YNIA 3VQAA 4CGJA 2FBYA 3HVTA 1BCMA 3QO9A 1RDDA 1VSEA 2HB5A 3NBPA 3QLHA 2YNFA 1TK5A 1LAWA 2HNZA 3B6PA 4Z4EA 1KTQA 2D0BA 1JLEA 3K5OA 4DSEA 1C1AA 4QAGA 3M8RA 4FM0A 3SI6A 3DRSA 1NKBA 3DLBA 2BANA 2Z1JA 4CEQA 1VRUA 2O4GA 1RBTA 1J9AA 4I2QA 2LSNA 5HBMA 4I2PA 2R7YA 3TAEA 4KHWA 4IKFA 4E7LA 4FLVA 3V9UA 3KLGA 3TR8A 4KTQA 1ASUA 1RT6A 3U3GA 4CEBA 4GVMA 4OLAA 1EX4A 4KHQA 4DMNA 1QS4A 2WONA 3G10A 4Y1DA 2VWJA 1TKTA 3UIQA 1S9GA 1JLAA 1ZBHA 3VQEA 4JRPA 3T19A 1FXXA 4M42A 4PWDA 4KKOA 3MXMA 4KB0A 3LPTA 5CZ2A 3L2VA 4FW2A 2HW3A 3EYZA 3AVHA 4M41A 3TAGA 2P5OA 4N41A 4DSFA 2KZZA 4OJRA 3ISNC 3F9KA 4DU1A 1WSIA 2EHGA 3NF9A 1IKXA 4FJLA 4DQQA 1TKXA 3AVMA 4Q0BA 1JLCA 3QEIA 4CJPA 3ZSRA 2JLEA 2P1JA 4IBNA 2B6AA 4W5OA 3IRXA 4JLHA 3IS9A 3RWUA 1BISA 2GV9A 2G8UA 1HMVA 4FLYA 1DTQA 2IDOA 2OZSA 3OY9A 4CJ5A 1TK8A 4R5PA 4B8AB 4DTSA 4OGEA 1QSLA 4B9UA 4F3TA 3WNHA 3AA4A 4M3ZA 4FXDA 1TAUA 3QIPA 1HYZA 4HCBA 4KV8A 1U49A 4CIGA 4G1QA 4E3SA 1BGXT 1S1WA 2QXFA 3AVLA 1YT3A 3V1RA 3NAEA 4DFJA 4ELTA 4F8RA 4ZTJA 1NKCA 1S1XA 1JLGA 3RTVA 4M3XA 4JS5A 1KSPA 5DK5A 3EY1A 4F3OA 4OPJA 1ZBLA 4O55A 1JLBA 3M8QA 3LANA 2D0CA 5JS2A 4DF4A 1TKZA 1EXQA 4W5QA 3HPOA 1ZBFA 4DTJA 3V1OA 2ZQBA 1CXUA 1UOCA 2XO7A 1U47A 1NJYA 1TL1A 1R0AA 1KFDA 3U6FA 5C42A 3SPZA 2BE2A 4KREA 4W5RA 4KI6A 1NOYA 3CYMA 4E89A 4N47A 3KKSA 5T7BA 4E7JA 4CF0A 3SUPA 2XY5A 4CEZA 1N6QA 1RT1A 3CFOA 3ZT4A 1S6PA 2IAJA 1XHXA 3DI6A 1BIUA 2W42A 3RRGA 3ITHA 4C8NA 4DSKA 5D3GA 4DQPA 3ZT2A 3KLEA 3HYFA 1NOZA 1RBVA 4H8KA 3S3OA 4FZZA 1CLQA 1IKVA 4Y1CA 1RTDA 1BI4A 5CY4A 3V9WA 4N5SA 4KHNA 1A5XA 1YVUA 1YTAA 3F73A 4Z4IA 1CZBA 4CK1A 2YNHA 2A1SA 3LALA 4Q5VA 2Y1JA 1U48A 4LH4A 3MXIA 4CJTA 4CF9A 3LZIA 3SCXA 1I39A 1VK0A 3DOKA 4DSLA 1RILA 3SJJA 4FJKA 1L3SA 3RMBA 3VA0A 3HVRA 4LH5A 4WE1A 4B9NA 4ZTFA 4B9MA 4OPKA 3TWHA 4AHVA 3DLKA 3RRHA 2OPSA 4FJ9A 4ID5A 3LWLA 3PO5A 1FKPA 4FM2A 3ZCMA 3D0PA 5C25A 3PX4A 3O3GA 4DQSA 5DMRA 4CJSA 4DLGA 3HM9A 1NK4A 4C8KA 4AHRA 4E7IA 3FFIA 4IDKA 4CIFA 3VQBA 2HHXA 2OPQA 1VSLA 5HLFA 3IAYA 1TV6A 2ETJA 3AO3A 3LP0A 4BWJA 1O1WA 3AVCA 4M3UA 4Z4FA 3A2FA 3HSTB 4KTWA 4CFBA 2F8TA 2HHQA 2DY4A 2YV0X 3LZJA 5CZ1A 5SZTA 4CJ3A 3KK2A 4KTZA 3BGRA 3DOLA 4FK4A 1S1UA 3VQQA 3QERA 1RNHA 1RT5A 4FK2A 1HRHA 3KIOA 4LSLA 5FROA 2G8KA 1JL2A 2FBVA 1G15A 3QIOA 4CJUA 5J2QA 3TABA 4F2SA 2D5RA 3NH1A 3T3FA 1T05A 1TAQA 1MU2A 5HRSA 4BE2A 3NF6A 4ZHRA 3IG1A 2DFEA 3LP2A 3VQ5A 3LDSA 3TAPA 4IG0A 1LW0A 3K5LA 1L3UA 4RW4A 4O0IA 4CE9A 3KK3A 1I3AA 1WN7A 4RW7A 1U4BA 1KRPA 4ELUA 4PQUA 1RDCA 1GOAA 2D0AA 1KLMA 3KLFA 1RDAA 5KRSA 2G8WA 1FKOA 3AVBA 3OYEA 3QEWA 2RKIA 4HHTA 5E41A 5SWMA 3S9HA 2Q3SA 2XY8A 3ZSZA 4BACA 3BDPA 3QNNA 4DQRA 3H08A 4FJMA 4KHSA 4E7KA 4FJXA 1QSYA 4CESA 3K57A 2OPPA 3O4QA 4TSXA 4CHQA 4M45A 3QINA 4AHSA 1RT2A 3AVAA 5I3UA 3ULDA 1HYVA 3AA3A 1Q9YA 1T03A 4JRQA 3OYAA 2HVIA 2JGUA 4OKKA 1WSEA 3PUFA 3V1QA 4DS5A 4J2DA 3SNNA 2ZE2A 1BQMA 3ZSYA 4BE0A 4RW8A 3WNEA 1IKWA 4NYNA 1GOBA 1ASWA 2DFHA 2FBTA 4W5TA 4DU3A 4PUOA 2Z1HA 4OLBA 1QE1A 3WNGA 3AVNA 4CHYA 1HPZA 3OJUA 4FLTA 3TAQA 1W9HA 4B9VA 3QNOA 1X9WA 1RCHA 4CHZA 1D5AA 3V9XA 2I5JA 4YNQA 3OYMA 4CF1A 4DTMA 2QK9A 3OYCA 3I0SA 2KQ2A 1C1CA 3AV9A 3QEVA 4DWIA 4M3RA 2PAJA 3TAFA 2HHTA 3NCIA 4CFAA 2Z1GA 3AVJA 3LP3A 3AA5X 1T8EA 4I7FA 2PYJA 3AO4A 3NGIA 5J2MA 2EX3A 1X9SA 3ZSOA 4K8ZA 4ICLA 3S3MA 3K59A 3PX0A 1Q9XA 4GMJB 1HJRA 4DS4A 4HUFA 3WNFA 1BHLA 4CEEA 1WLJA 3C95A 5K14A 4AH9A 1VSHA 1RT7A 4CF8A 2ZD1A 3DLHA 3OVNA 1JXEA 1C0MA 3O3HA 3MECA 3HT3A 4IG3A 4DU4A 3SUOA 1WSGA 2XHBA 5HRNA 1S5JA 5FDLA 3QEPA 4CFDA 1BL3A 2OYQA 3ZSWA 3SV3A 1SKRA 1KLNA 2O4IA 3NF7A 2KFZA 3SV4A 4CGDA 4OKJA 3K5NA 1NK7A 4Z4GA 5JS1A 5C24A 4O0JA 4CGGA 1VRTA 4FYDA 3KLHA 1Y97A 3OYDA 1WAJA 4CEDA 1HNIA 2AJQA 4CJKA 1HQUA 4FCYA 4KB1A 2YKNA 2YKMA 3JYTA 3K5MA 4ELVA 1Q8IA 3ZT0A 3PY8A 1BIZA 4LSNA 4UQGA 4QOZB 3L2WA 4KFBA 1TK0A 3MXJA 3SUQA 4FVMA 1KVBA 4NCGA 1XWLA 3QETA 3V9SA 3U3YA 3C6UA 3CM5A 3L8BA 1U45A 3RR7A 4DTXA 1XC9A 2HHSA 1S1VA 1N5YA 2F96A 4N56A 1UWBA 4OVLA 1NK5A 3DMJA 1QTMA 4F2RA 4CIEA 3AVFA 3M8PA 4BDZA 1RT3A 1TKDA 4ID1A 5HRPA 3NDKA 1REVA 3I8DA 4CJRA 4DF8A 3NGYA 2E4LA 1VSFA 1LAVA 1UAXA 2XY7A 4KAZA 3SQ1A 3KKRA 2OA8A 4CHPA 3DLEA 1KCFA 3TANA 3AO2A 4I9QA 2VWKA 4FLWA 2YHAA 3QESA 5KRTA 4O44A 4DTPA 1NK6A 1D9DA 4FJHA 2YHBA 2X78A 3AVGA 3V6DA 3L3VA 3DLGA 3KD5E 3VQCA 4HVJA 3SQ2A 3RMCA 3OYIA 1S9EA 2IC3A 1HYSA 3PV8A 5J1EA 2FC0A 1XHZA 1VSDA 4B8CA 4RW6A 1J53A 1RTIA 4JS4A 4C8OA 4FLZA 4KHUA 3D45A 4XIUA 4HTUA 1LW2A 2G8VA 3HJFA 4DG1A 2KZMA 2X74A 4E1MA 1C0UA 4YFUA 3K2PA 4IFYA 1RT4A 3VQPA 3OYGA 3PX6A 1UA1A 4CCHA 5CYMA 4B9LA 4FJIA 2HVHA 2WOMA 3AO1A 1JL1A 1D8YA 1ASVA 2IS3A 4H4OA 1WSHA 4B08A 3NGZA 2X6SA 3OYNA 4Z4CA 4FJ7A 4LD0A 4HUGA 2B4JA 1B9FA 1IH7A 4DTOA 3RMDA 3C94A 1S1TA 2GUIA 2E6LA 3HPGA 1NJWA 1LWFA 4FJGA 4E0DA 2X6NA 3AVKA 5CYQA 4OGCA 4O5BA 3THVA 2HMIA 1NJXA 3T1AA 4W5NA 2B5JA 3RMAA 3ZSVA 1VSKA 2G8FA 4C8MA 3CQ8A 4J2AA 4KO0A 1VSIA 5J2NA 2Z1IA 3E01A 4FM1A 1F21A 5KGXA 3HK2A 3P5JA 2BDPA 3HL8A 2P51A 4CJFA 4AHUA 3OYBA 1SL0A 1JLQA 3I0RA 3SPYA 4OKEA 1ITGA 2VG5A 5HRRA 3DM2A 1SUQA 1C0TA 3VN5A 4CFCA 4CJ4A 3P83D 3K58A 3KLIA 2FBXA 4E1NA 4L8RB 3C6TA 1EETA 1TGOA 1A5VA 3SUNA 1T7PA 1EP4A 1IO2A 4DLEA 1KVAA 2PY5A 4CK3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HSTA 2R44A 3V2PA 1IK9A 4BWNA 1Z25A 3VQ7A 4M3YA 4GOEA 1FZAA 4NCAA 5KTQA 1FOSE 4RG8A 2B9BA 4YOXA 3VQ9A 1BA0A 4IJAA 2H43A 1SKSA 1W0HA 2Q5UA 4JBZA 3BATA 1WNSA 1HNVA 4EZ9A 2OPRA 3SJHA 3ZSXA 4ILHA 3Q7CA 1KQLA 3FGUA 1M57D 5KQ8A 3SQ0A 4FZXC 4DV3K 3SYZA 2Y0DA 2XU6A 3VTPC 3Q5PA 1JXBA 3AVIA 1HJOA 1QVGO 2RPIA 2NPSA 1JCEA 1LV5A 3L71J 3G25A 3NH0A 3L75D 1DEBA 2OYIB 1BE3D 3L4FA 2NRTA 3KYQA 4FWKA 3B8AX 2W41A 1DX7A 1FBMA 1OW7A 1URQB 3MN6A 2P2UA 3DLRA 3H46O 2FXUA 4LY7A 4DFMA 1SL2A 2I8DA 4AILC 2HHVA 2ZYDA 4N6JA 2Y0EA 4PY5A 5M1BA 3E9OA 4HYTB 2O8CB 4I9LA 1GW4A 1PPJD 4ILJA 3CQXA 3JXUA 1H1VA 2O8DB 4PJ0E 4KI4A 4CEFA 2ITMA 4BWMA 5KAIE 2A6AA 1YF5L 1HJBA 2FSNA 3CFRA 2P9KA 1TU3F 1BQNA 5AVQB 5AW8B 4GT1A 2P7JA 1LWCA 4DCHA 1ZV8A 5H1SQ 1YHQN 5EU7A 4CJQA 4X64K 4CHNA 5F1XA 3CD6P 1U04A 1SKWA 2Q1KA 3F9MA 2ZXXA 5E79E 4KH5A 1HPMA 3NTNA 4BRQA 5CJ4A 4EHUA 4EP4A 1XMOK 2KTQA 5C12A 1Z26A 4MQ3A 4EIJA 1AJYA 3QMLA 2NZTA 1DD3A 1NGDA 1RFQA 2YCHA 3IR9A 4Z4HA 3JSMA 2K9JA 4NO7A 1S9KE 3OS2A 4Z0UA 3FR0A 4K8XA 1MV8A 1H0TB 1CXQA 3K9JA 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 2HVH A;  2WOM A;  3AO1 A;  1JL1 A;  1D8Y A;  1ASV A;  2IS3 A;  4H4O A;  1WSH A;  4B08 A;  3NGZ A;  2X6S A;  3OYN A;  4Z4C A;  4FJ7 A;  4LD0 A;  4HUG A;  2B4J A;  1B9F A;  1IH7 A;  4DTO A;  3RMD A;  3C94 A;  1S1T A;  2GUI A;  2E6L A;  3HPG A;  1NJW A;  1LWF A;  4FJG A;  4E0D A;  2X6N A;  3AVK A;  5CYQ A;  4OGC A;  4O5B A;  3THV A;  2HMI A;  1NJX A;  3T1A A;  4W5N A;  2B5J A;  3RMA A;  3ZSV A;  1VSK A;  2G8F A;  4C8M A;  3CQ8 A;  4J2A A;  4KO0 A;  1VSI A;  5J2N A;  2Z1I A;  3E01 A;  4FM1 A;  1F21 A;  5KGX A;  3HK2 A;  3P5J A;  2BDP A;  3HL8 A;  2P51 A;  4CJF A;  4AHU A;  3OYB A;  1SL0 A;  1JLQ A;  3I0R A;  3SPY A;  4OKE A;  1ITG A;  2VG5 A;  5HRR A;  3DM2 A;  1SUQ A;  1C0T A;  3VN5 A;  4CFC A;  4CJ4 A;  3P83 D;  3K58 A;  3KLI A;  2FBX A;  4E1N A;  4L8R B;  3C6T A;  1EET A;  1TGO A;  1A5V A;  3SUN A;  1T7P A;  1EP4 A;  1IO2 A;  4DLE A;  1KVA A;  2PY5 A;  4CK3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5AW8 B;  4GT1 A;  2P7J A;  1LWC A;  4DCH A;  1ZV8 A;  5H1S Q;  1YHQ N;  5EU7 A;  4CJQ A;  4X64 K;  4CHN A;  5F1X A;  3CD6 P;  1U04 A;  1SKW A;  2Q1K A;  3F9M A;  2ZXX A;  5E79 E;  4KH5 A;  1HPM A;  3NTN A;  4BRQ A;  5CJ4 A;  4EHU A;  4EP4 A;  1XMO K;  2KTQ A;  5C12 A;  1Z26 A;  4MQ3 A;  4EIJ A;  1AJY A;  3QML A;  2NZT A;  1DD3 A;  1NGD A;  1RFQ A;  2YCH A;  3IR9 A;  4Z4H A;  3JSM A;  2K9J A;  4NO7 A;  1S9K E;  3OS2 A;  4Z0U A;  3FR0 A;  4K8X A;  1MV8 A;  1H0T B;  1CXQ A;  3K9J A;  5ELZ A;  5AQO A;  5HRO A;  1A5W A;  1JCD A;  1SQX E;  3I33 A;  5DM7 L;  2Y1I A;  1LWE A;  1RF1 A;  1L5U A;  3S3N A;  4CBU A;  3HBT A;  1NK9 A;  4FW1 A;  2QE7 H;  3DYA A;  2QM7 A;  3Q1M A;  2XRI A;  3CCM N;  2PZS A;  3H1L E;  4K25 A;  4CZF A;  2G8I A;  1JY3 P;  4BRM A;  2KFN A;  1N86 A;  1Q82 Q;  1JLF A;  4FJN A;  4O9B A;  3J7Y P;  4DSI A;  1G2C B;  4HUE A;  4H4M A;  2FSK A;  4GDO A;  1OVU A;  3LAK A;  1EDJ A;  3LM9 A;  1V4T A;  3FZH A;  3DAW A;  1RBU A;  3T1Y K;  1DLO A;  4UY8 O;  1L0N J;  2HND A;  1GMJ A;  1L0L E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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