The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
320
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sequence length |
874
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structure length |
874
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Chain Sequence |
KKRVFTFGKGRSEGNRDMKSLLGGKGANLAEMSSIGLSVPPGLTISTEACEEYQQNGKSLPPGLWDEISEGLDYVQKEMSASLGDPSKPLLLSVRSGAAISMPGMMDTVLNLGLNDEVVAGLAGKSGARFAYDSYRRFLDMFGNVVMGIPHSLFDEKLEQMKAEKGIHLDTDLTAADLKDLVEKYKNVYVEAKGEKFPTDPKKQLELAVNAVFDSWDSPRANKYRSINQITGLKGTAVNIQSMVFGNMGNTSGTGVLFTRNPSTGEKKLYGEFLINAQGEDVVAGIRTPEDLGTMETCMPEAYKELVENCEILERHYKDMMDIEFTVQENRLWMLQCRTGKRTGKGAVRIAVDMVNEGLIDTRTAIKRVETQHLDQLLHPQFEDPSAYKSHVVATGLPASPGAAVGQVCFSAEDAETWHAQGKSAILVRTETSPEDVGGMHAAAGILTARGGMTSHAAVVARGWGKCCVSGCADIRVNDDMKIFTIGDRVIKEGDWLSLNGTTGEVILGKQLLAPPAMSNDLEIFMSWADQARRLKVMANADTPNDALTARNNGAQGIGLCRTEHMFFASDERIKAVRKMIMAVTPEQRKVALDLLLPYQRSDFEGIFRAMDGLPVTIRLLDPPLHEFLPEGDLEHIVNELAVDTGMSADEIYSKIENLSEVNPMLGFRGCRLGISYPELTEMQVRAIFQAAVSMTNQGVTVIPEIMVPLVGTPQELRHQISVIRGVAANVFAEMGVTLEYKVGTMIEIPRAALIAEEIGKEADFFSFGTNDLTQMTFGYSRDDVGKFLQIYLAQGILQHDPFEVIDQKGVGQLIKMATEKGRAANPSLKVGICGEHGGEPSSVAFFDGVGLDYVSCSPFRVPIARLAAAQVIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural intermediates and directionality of the swiveling motion of Pyruvate Phosphate Dikinase.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transferase
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source organism |
Flaveria trinervia
|
molecule keywords |
Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
|
total genus |
320
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structure length |
874
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sequence length |
874
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chains with identical sequence |
B, C, D
|
ec nomenclature |
ec
2.7.9.1: Pyruvate, phosphate dikinase. |
pdb deposition date | 2016-05-11 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00391 | PEP-utilizers | PEP-utilising enzyme, mobile domain |
A | PF01326 | PPDK_N | Pyruvate phosphate dikinase, PEP/pyruvate binding domain |
A | PF02896 | PEP-utilizers_C | PEP-utilising enzyme, TIM barrel domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Pyruvate Phosphate di-kinase; domain 2 | Pyruvate Phosphate Dikinase, domain 2 | ||
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Acyl-CoA Binding Protein | Acyl-CoA Binding Protein | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Barrel | TIM Barrel | Phosphoenolpyruvate-binding domains | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 | ATP-grasp fold, B domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dna Ligase; domain 1 | ATP-grasp fold, A domain | ||
Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | Glucose Oxidase; domain 1 | Phosphohistidine domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3I4E A; 5JQG F; 1E0T A; 4KRZ A; 1JKJ B; 2V5A A; 1S2V A; 2ZDQ A; 3QZ6 A; 3TIG A; 3EZB A; 1CQI B; 3OYX A; 4XX0 B; 4O82 A; 5LA6 F; 1S2U A; 3QV8 A; 4FGR A; 2VR1 A; 2VGF A; 3LG3 A; 4O83 A; 2NU8 B; 1UC8 A; 5C8Y F; 1SCU B; 3ORQ A; 4E4T A; 4FXF A; 4YJ5 A; 5CB4 F; 3RV4 A; 2VWS A; 3OYZ A; 2CZG A; 2YZL A; 4IP7 A; 1C30 A; 2CNQ A; 4YBZ B; 3R5F A; 2CQY A; 4B5S A; 2HGS A; 1A48 A; 2FPG B; 1GGO A; 2QF7 A; 2FP4 B; 1F3X A; 3E0W A; 3SRH A; 4FE2 A; 3SRF A; 1KJJ A; 4ZI7 F; 3R4I A; 3KTX A; 4O7Z A; 4FFL A; 2QK4 A; 3KAK A; 3KHD A; 3QFF A; 1M3U A; 2I8C A; 4O4J F; 3LYE A; 4LSB A; 2R85 A; 2I80 A; 4ZQI A; 1ZYM A; 4NYE A; 1C3O A; 5KKN B; 1MUM A; 3PP7 A; 4EGQ A; 4G1N A; 3VA7 A; 3MWE A; 3T05 A; 3T0T A; 5K2M A; 1F3W A; 2PBZ A; 3IS4 A; 4HNV A; 3OUU A; 4M9U A; 4DIM A; 4O4L F; 2VGG A; 3PUG A; 4B2D D; 4MF4 A; 1IZC A; 2NU7 B; 3M0K A; 1A3W A; 1O66 A; 5JQW A; 4O2A F; 3MJF A; 4IQE A; 5BPF A; 5I47 A; 4FFM A; 3RUP A; 3V4Z A; 3WO0 A; 3G2G A; 1U5H A; 3FA3 A; 1JDE A; 4TV9 F; 4MA0 A; 5LOV F; 1A9X A; 2HJP A; 3GID A; 1U5V A; 2GPS A; 3R5H A; 2VGI A; 2GPW A; 3U9S A; 3HQN A; 3SRK A; 4C5C A; 1EUC B; 4MV3 A; 2VQD A; 3EZ4 A; 2W70 A; 1PKY A; 3BJT A; 3KRE A; 4HNU A; 1ZLP A; 1E4E A; 3I12 A; 2W6Z A; 2ZDG A; 2WQD A; 5CAE B; 4FFN A; 4O7N A; 3K5I A; 2W6P A; 4B5V A; 3TIN A; 2L5H A; 4O7V A; 1M0W A; 2FPI B; 2V58 A; 3DF7 A; 1E0U A; 2YZG A; 4I4T F; 3QTG A; 2FPP B; 3H6O A; 5FNV F; 1KJI A; 4HYV A; 3HB9 A; 4O2B F; 5EZY F; 4O7S A; 4RPP A; 3EZA A; 4IZO A; 4HR7 A; 3WO1 A; 4EGJ A; 1VBH A; 4ME6 A; 1PKM A; 3JZF A; 3EOO A; 4FFR A; 1IGW A; 1XG3 A; 3LP8 A; 2V59 A; 5LYJ F; 1ULZ A; 4KCW A; 4O7R A; 2R84 A; 3M0J A; 3R5X A; 2MP0 A; 1KJ9 A; 5BPH A; 2DIK A; 1A3X A; 3QQW A; 4O7W A; 2E28 A; 1AUX A; 1DIK A; 1KJ8 A; 4O7T A; 4MV8 A; 2GLT A; 1EZA A; 1KUT A; 2Z02 A; 4MA5 A; 4QSH A; 1DV1 A; 4YNG A; 2YZN A; 3EZE A; 3U54 A; 4B5W A; 4KCV A; 4C5A A; 3Q2O A; 3AW8 A; 1PX2 A; 1F61 A; 1BNC A; 2YW2 A; 4FXJ A; 3RFC A; 2R7N A; 4B5X A; 2FB9 A; 2XDF A; 4XYL B; 3AX6 A; 1BXR A; 3GG8 A; 1F8I A; 1OY0 A; 2GQS A; 1PKL A; 3TII A; 3U9T A; 5IYZ F; 5DMX A; 2HRO A; 4L1K A; 1Z6K A; 1GSO A; 2XZ9 A; 1B6S A; 3K5H A; 4TUY F; 1E4E B; 3U2Z A; 4MG4 A; 4TV5 A; 2DLN A; 1A49 A; 2ZE3 A; 4L9Z A; 3HO8 A; 3GR4 A; 3NUA A; 2DZD A; 3KAJ A; 1CE8 A; 1GLV A; 3VPB A; 2EZB A; 3WNZ A; 5LP6 F; 5J2U F; 3JRX A; 1XG4 A; 4KCU A; 4O7Y A; 1PKN A; 3E5B A; 5KX5 F; 2YWV A; 2PVP A; 1EUD B; 1M6V A; 2YL2 A; 4YAK B; 4TV8 F; 4YJ3 F; 4HNT A; 1I7L A; 2YYA A; 2EZA A; 1OQF A; 5HBR B; 1AQF A; 4WJ8 A; 4ZHQ F; 1EZB A; 4B5U A; 2ZDH A; 1I7N A; 3HQP A; 2SCU B; 3EOL A; 4QG9 A; 4YJ2 F; 3T07 A; 2XD4 A; 1UJQ A; 4FFP A; 1VKZ A; 4XZ3 B; 4B2D A; 3ORR A; 2R87 A; 1JDB B; 4MAM A; 3TW6 A; 4EG0 A; 2KX9 A; 1IOW A; 1Z2P X; 2VWT A; 2R6F A; 2VGB A; 3OUZ A; 4O84 A; 1PYM A; 1GSH A; 5CA0 F; 4O81 A; 3SE7 A; 4MV9 A; 1AUV A; 2NU6 B; 2W6M A; 3JRW A; 4IHJ F; 4YB8 B; 1SGJ A; 3GQY A; 2XCL A; 3QV7 A; 2W6N A; 1KJQ A; 4I55 F; 4Y8V B; 3Q1K A; 4O86 A; 1S2W A; 2DUA A; 1KEE A; 3VPC A; 5JVL A; 4QGC A; 2YS7 A; 1Z2O X; 3U55 A; 2W71 A; 1KC7 A; 4QG6 A; 1JLL B; 4IIJ F; 4L7Z A; 3VPD A; 3B8I A; 2HRW A; 3GLK A; 4O7L A; 1T36 A; 4I50 F; 2P0A A; 2PN1 A; 2FM4 A; 3RV3 A; 2CNV A; 3VAV A; 3BG5 A; 4JPG A; 1GSA A; 3TQT A; 2W6Q A; 3QV9 A; 3ETJ A; 2HWG A; 5D8D A; 2QIW A; 3SRD A; 4KCT A; 4RZQ A; 5JH7 F; 5J2T F; 2R82 A; 1EHI A; 3ETH A; 5LXT F; 3OQ8 A; 1UC9 A; 1M1B A; 4L80 A; 1OBD A; 5GON F; 3G8D A; 3ME3 A; 2HI6 A; 4O4H F; 1EZ1 A; 2NU9 B; 2W6O A; 4IMA A; 1M0T A; 4DRS A; 2HJW A; 4HYW A; 3N8D A; 2R7K A; 1W96 A; 5JVD F; 2NUA B; 4QG8 A; 2DWC A; 1T5A A; 2R86 A; 3MWD A; 3G8C A; 3QV6 A; 2YS6 A; 3QLL A; 3V4S A; 3E5N A; 3HQO A; 2R7M A; 1O5Q A; 2VPQ A; 2YZM A; 2V5J A; 3P0X A; 2J9G A; 1ZJH A; 2C00 A; 1CQJ B; 3BJF A; 4L9Y A; 3UFX B; 4IWY A; 1B6R A; 4YAJ B; 2Z04 A; 1DV2 A; 4B5T A; 5H80 A; 1A5U A; 2I87 A; 3FA4 A; 2X0S A; 4DLK A; 4IQD A; 4TV6 A; 2GQR A; 4KS0 A; 1Z2N X; 2R7L A; 4MV1 A; 2XZ7 A; 2CNU A; 4FFO A; 1DXE A; 4XYM B; 3LWB A; 3HBL A; 2WYO A; 4WD3 A; 4IWX A; 2G50 A; 4WBN F; 5HV6 A; 2BG5 A; 4MV7 A; 3E0V A; 4MV6 A; 3R9R A; 5C1P A; 4ROQ A; 3EOE A; 4ZOL F; 1OBG A; 4O4I F; 3JZI A; 3N25 A; 1S2T A; 1O68 A; 2YRW A; 3KAL A; 5TAO A; 3MA8 A; 3K3P A; 3VOT A; 5C1O A; 1PK8 A; 3VMM A; 2V5K A; 1EYZ A; 5BMV F; 1F8M A; 1KBL A; 2OLS A; 2YRX A; 1WR2 A; 1DXF A; 1IOV A; 1DQU A; 4C5B A; 1VBG A; 5CA1 F; 1W93 A; 4FU0 A; 2EZC A; 4MV4 A; 3N6R A; 3R23 A; 2IP4 A; 4HQ6 A; 1CS0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3V6J A; 3A3H A; 2Q2U A; 3PW7 A; 1MW1 A; 1Z8L A; 2VOM A; 1F76 A; 4KES A; 4UFK A; 1KFL A; 4UCR A; 1S5M A; 4GI4 A; 4FLR A; 1JR1 A; 2C19 A; 4AH7 A; 2ODT X; 2CU0 A; 3GII A; 4JTG A; 2E3Z A; 4FS2 A; 4IPJ A; 3UEQ A; 4XIA A; 4R7O A; 3T9E A; 5A6B A; 1W17 A; 3LI0 A; 4JI7 H; 1DJW A; 3BGJ A; 4LVF A; 1LQ0 A; 4F0L A; 2OWO A; 1ISZ A; 2VEK A; 4C99 A; 4HTY A; 1W2P A; 4PEK A; 3SRH A; 3EWD A; 3RG6 A; 3MI2 A; 4J9N A; 4CU8 A; 5KFZ A; 2OT0 A; 2CIP A; 1TUX A; 4G8T A; 1DHP A; 3PJU A; 2NSX A; 1NF7 A; 4RE4 A; 3M0L A; 1ZYM A; 3WSU A; 1YTD A; 3LCI A; 3WLH A; 1R3R A; 3MWE A; 2AAA A; 3E38 A; 3PO3 G; 3L68 A; 3T0A A; 3WK3 A; 4M9U A; 4JV5 H; 3LGG A; 1C8Q A; 3L0K A; 3WKZ A; 2ISW A; 5D9N A; 3GW0 A; 4GPN A; 3AHT A; 1J6P A; 1KKO A; 2HPI A; 4IXX A; 1ZJA A; 1MUC A; 1PWM A; 2Y0F A; 3IJL A; 4LXF A; 2PDL A; 3WH9 A; 3SNO A; 2CXG A; 1JPD X; 5DY2 A; 3PPC A; 3STP A; 1SFJ A; 2IMW P; 2Y4S A; 5I09 A; 2TPS A; 4GUF A; 1ONX A; 5LOV F; 1P8L A; 4LFB H; 3MUI A; 1OFQ A; 5A6A A; 3KBJ A; 2ALZ A; 1LL6 A; 2W70 A; 3PSW A; 4K7V A; 1R46 A; 2NV1 A; 1JUB A; 3I12 A; 2W5F A; 2W6Z A; 4IJB A; 2FHB A; 4UR8 A; 1FWR A; 3CIW A; 4GAC A; 3GTP A; 1GQI A; 3RJX A; 1Y65 A; 3N6Q A; 5LHE A; 4H9V A; 3NQF A; 4ZFC A; 2VR2 A; 4EFB A; 2VFD A; 4LS0 A; 2FPP B; 3RLH A; 1RD6 A; 1FFR A; 3I4N G; 3LHW A; 5IHS A; 4PBC A; 5AKQ A; 1J96 A; 1I6U A; 3R89 A; 4DL6 A; 2EJ1 A; 3W2K A; 1RHC A; 4PZV A; 9RUB A; 3GUW A; 3S9L A; 5HWN A; 3GJX B; 1I45 A; 3ELF A; 2NX9 A; 4IHC A; 2WWD A; 1GVY A; 4S3K A; 4GVI A; 1XG3 A; 3PZM A; 2V59 A; 3BJS A; 4DQW A; 3SJG A; 4O7R A; 2TOD A; 2IXV A; 3S83 A; 4XZB A; 1KJ9 A; 2Y6Z A; 2VDH A; 3T7V A; 4DXX A; 2CKZ B; 4Y9P A; 3L4K A; 1E0X A; 3LMY A; 1PX4 A; 1XUU A; 3LCH A; 3G3D A; 4R3U A; 4IP5 A; 3U7B A; 4IGN A; 2YZN A; 4A3M G; 1VS0 A; 4ALD A; 1RH9 A; 2ZDR A; 1JYN A; 4DZI A; 4MM1 A; 1B5T A; 4UB9 A; 1EL3 A; 4EPB C; 3QFW A; 1WSC A; 3JU2 A; 3AIW A; 1MXD A; 3SCU A; 3AX6 A; 2A3A A; 1XNR H; 3SJE A; 2O4Q A; 3MO4 A; 3NOE A; 4NP7 A; 2D0H A; 3S9Y A; 5HJY A; 1PKL A; 3MSY A; 4LQG A; 2C35 B; 4C9V A; 5IR2 A; 5IXE A; 1WDS A; 2V38 A; 1Z6K A; 3L65 A; 3LBM A; 5HQL A; 4F4W A; 4XK2 A; 4Y6G A; 1FWE C; 3VND A; 3ARO A; 3U2Z A; 1E4E B; 2UY3 A; 3A3W A; 3KAJ A; 1GOM A; 2ZE0 A; 4KH2 A; 5G4E A; 5DXX A; 5D4Y A; 3WNZ A; 3JRX A; 3KL0 A; 4CYE A; 5K4Z A; 3I3D A; 1MW2 A; 2B7N A; 1OX4 A; 3ZLF A; 3WUB A; 4JYW A; 4IQL A; 5DG8 A; 4U2Y A; 1BLI A; 4GAB A; 1K4H A; 3APG A; 1J0Z A; 4DVO A; 1K7E A; 4WY0 F; 1ZJI A; 2PDU A; 1UOZ A; 1O4U A; 1Q6C A; 4ECW A; 1SSG A; 2VUG A; 4HK7 A; 1Q5X A; 2DPE A; 1JF5 A; 2Z25 A; 3S5N A; 2ABA A; 2V81 A; 4H7Z A; 4J3S A; 3VGD A; 1ZCC A; 4YJ2 F; 3STC A; 3U5U A; 4EAY A; 1GQK A; 1FDY A; 2W92 A; 1VKZ A; 1IEQ A; 3ORR A; 3MDW A; 1XC6 A; 1ISV A; 4E2D A; 4JFW A; 1E9Z B; 1PYM A; 5EMM A; 4U33 A; 3WLM A; 2PFH A; 3BO9 A; 3RB4 A; 4YLW A; 3GV8 B; 4UWM A; 3T44 A; 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1A0E A; 3QTP A; 3A5F A; 2QUM A; 3R9R A; 5C1P A; 3EOE A; 3S46 A; 5JIW A; 2C6Q A; 4AW7 A; 4YP3 A; 1XRS A; 3L2I A; 1ZHQ A; 3KE0 A; 2YCH A; 2Z1V A; 3MYO A; 4Z0S A; 2V5D A; 3UCD A; 3VM7 A; 3MZN A; 6CGT A; 1GVR A; 5A8N A; 1WCM A; 5KG5 A; 4JIR A; 2B0A A; 3C6C A; 3N2X A; 4MDP A; 2JEJ A; 5FF7 A; 1T36 B; 1YE6 A; 4E2B A; 2V69 A; 3UZX A; 4ADU A; 1N82 A; 5LA0 A; 4GG9 A; 5D2T A; 4ED1 A; 2B0M A; 2G3I A; 2EK8 A; 4JHM A; 5JQG F; 4MTV A; 1KGU A; 4KRZ A; 3E74 A; 1CQI B; 3FYP A; 3OYX A; 3VZX A; 4AIS A; 1DIO A; 4MHB A; 2HE5 A; 2XN2 A; 1UC8 A; 5KFT A; 2CBU A; 2D3N A; 2A3E A; 3VKB A; 3CT7 A; 5JH2 A; 4QWA A; 4IGM A; 5CB4 F; 2HNE A; 2HVO A; 5CZ0 A; 3FLU A; 2A3H A; 3OYZ A; 3LS9 A; 3MY9 A; 4IMD A; 4IME A; 1CCW B; 4YBZ B; 4C84 A; 2JGQ A; 2CQY A; 5KT5 A; 2AGP A; 4UTU A; 2DSK A; 3ZYZ A; 3RAQ A; 5HMF A; 4PUM A; 4Q43 A; 1OFA A; 3CIV A; 3FVM A; 2AGO A; 4UCU A; 4DJF A; 3S6O A; 1RLC L; 1N34 H; 4JQA A; 5A6K A; 5F1U A; 4O4J F; 2BMB A; 1HO1 A; 1UD8 A; 1JCM P; 5DEZ A; 1LRO A; 4NYE A; 1Q13 A; 4WKF A; 2P5N A; 1JIH A; 3IAC A; 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