The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
164
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sequence length |
899
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structure length |
783
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Chain Sequence |
AGIAMKLAKDREAAEGLGSHERAIKYLNQDYETLRNECLEAGALFQDPAFPPVSHSLGFKELGPNSSKTYGIKWKRPTELLSNPQFIVDGATRTDICQGALGDSWLLAAIASLTLNETILHRVVPYGQSFQEGYAGIFHFQLWQFGEWVDVVVDDLLPTKDGKLVFVHSAQGNEFWSALLEKAYAKVNGSYEALSGGCTSEAFEDFTGGVTEWYDLQKAPSDLYQIILKALERGSLLGCSINITFKNLHAYSVTDAKQVTYQGQRVNLIRMRNPWGEVEWKGPWSNSYEWNKVDPYEREQLRVKMEDGEFWMSFRDFIREFTKLEICNLTPLKSRTLRNWNTTFYEGTWRRGSTAGGCRNYPATFWVNPQFKIRLEEVDDSRESGCSFLLALMQKDMETIGFAVYQVPRELVHLKRDFFLANASRAQSEHFINLREVSNRIRLPPGEYIVVPSTFEPNKEGDFLLRFFSEKKAGTQELDDQIQANLPSKLAGDDMEISVKELQTILNRTNGFSLESCRSMVNLMDRNGKLGLVEFNILWNRIRNYLTIFRKFDLDKSGSMSAYEMRMAIEAAGFKLPCQLHQVIVARFADDELIIDFDNFVRCLVRLEILFKIFKQLDPENTGTIQLDLISWLSFSVLMHYSNIFVQLAGDDMEVSATELMNILNKHPDLKGFGIDTCRSMVAVMDSDTTGKLGFEEFKYLWNNIKKWQGIYTDRSGPGAFEAAGFHLNQHIYSETGNMDFDNFISCLVRLDAMFRAFRSLDKNGTGQIQVNIQEWLQLTMYS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal Structure of a mu-like calpain reveals a partially activated conformation with low Ca(2+) requirement
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Hydrolase chimera
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source organism |
Rattus norvegicus
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molecule keywords |
mu-like calpain
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total genus |
164
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structure length |
783
|
sequence length |
899
|
chains with identical sequence |
B
|
ec nomenclature |
ec
3.4.22.52: Calpain-1. |
pdb deposition date | 2003-09-08 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF01067 | Calpain_III | Calpain large subunit, domain III |
A | PF13833 | EF-hand_8 | EF-hand domain pair |
A | PF01067 | Calpain_III | Calpain large subunit, domain III |
A | PF13833 | EF-hand_8 | EF-hand domain pair |
A | PF13833 | EF-hand_8 | EF-hand domain pair |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand | ||
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand | ||
Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Jelly Rolls | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YJC A; 1ZOT B; 3PAT A; 3TDZ A; 2NZ0 A; 1CFF A; 1MXL C; 1S5G Y; 2MLF C; 1XFZ O; 3I3T A; 1BMO A; 2BBN A; 1S3P A; 1LIN A; 3BUW B; 1KQM C; 4XJK B; 3BOW B; 4HRG A; 4JQ0 D; 4YYR A; 3OB1 B; 3HWN A; 3I5I B; 4USL A; 4BY4 A; 3CR5 X; 1JF0 A; 4C0L A; 1RK9 A; 3OVX A; 2JUL A; 4WQ2 A; 4CFQ A; 1TN4 A; 2Y6E A; 3SJS A; 3BXK A; 5PAD A; 1CMF A; 2WCE A; 1IG5 A; 1KK7 Y; 2BE6 A; 5CHT A; 1YUU A; 3HHI A; 1K9U A; 1IRJ A; 2H7J A; 4W4U A; 1GMY A; 2LLT A; 4W5C A; 4BPV A; 1KK7 Z; 2DCC A; 2FTD A; 4PE4 A; 3ICB A; 3PNR A; 2LE9 B; 2KDH A; 1U9W A; 1PVB A; 1V1F A; 4HPK B; 3PSR A; 3V6E A; 1Y1X A; 2PAD A; 2ZND A; 4MZL A; 1U5I A; 1PIP A; 3PBH A; 1SCM B; 5B8I B; 3DD4 A; 1WY9 A; 2KNE A; 4CID A; 2ZNE A; 2MLE C; 2GGZ A; 1OZO A; 1STF E; 1PAD A; 2PRE A; 3QRX A; 1DJG A; 4M2Q A; 2L5X B; 3FS7 A; 1QV1 A; 1OMD A; 1KFX L; 1CB5 A; 1YUS A; 4P6G A; 3NHE A; 3KO0 A; 2HET A; 2LLU A; 1SMG A; 4N79 A; 2FJU B; 3K9M A; 2Q4U A; 4X6J A; 2NQA A; 4HRE E; 2JXC A; 3NXA A; 5FBZ A; 1GJY A; 4OCI A; 1SYM A; 2LLS A; 5CVN B; 2JNF A; 2GV5 A; 4BS6 A; 1A29 A; 3MHS A; 2PAL A; 4MEW A; 1F70 A; 1GGW A; 1NWD A; 2HPS A; 3M99 A; 3HCM A; 3LLE A; 1L2O C; 3MOR A; 3JVT B; 1YX7 A; 3EK4 A; 4XYN A; 1J7R A; 2JT3 A; 2LV7 A; 1OMV A; 4I5L B; 1KFX S; 4AQI A; 4DUQ A; 3P5U A; 1JUO A; 4FQO A; 1WDC B; 2MAZ A; 5AFP A; 2P86 A; 4AQJ A; 4YGA A; 2L4I A; 4PI3 A; 2HHN A; 1QV0 A; 2O8O A; 1YK8 A; 1AEC A; 1SR6 C; 5HLO A; 4FJC A; 1PAL A; 2QFE A; 2FYE A; 1YVL A; 1BOC A; 2JOJ A; 3HX4 A; 2PAS A; 3QJ3 A; 4CDD B; 2G7Y A; 3LK1 A; 3AKA A; 3BYA A; 5CHV A; 3C1V A; 2KAV A; 1ALV A; 3E1Z B; 1EWL A; 2ZN9 A; 3SG5 A; 1IQ5 A; 3PFV A; 1RTP 1; 2PVB A; 5AEQ A; 5AER A; 1K9K A; 3WXA A; 2NQI A; 4PCW A; 2JTT A; 1RJV A; 1IH0 A; 4PAL A; 1F71 A; 1AJ5 A; 5G08 A; 4ETO A; 2KGB C; 1XVJ A; 1SNL A; 1CLB A; 1LVC D; 3ZNI A; 2OP3 A; 1HT9 A; 4DXZ A; 3BUX B; 1TCO B; 3LK0 A; 1F8H A; 1QLK A; 1CMG A; 1SK6 D; 2L2E A; 2F1G A; 3I5G B; 5JOL A; 1H4B A; 5HYD A; 1BT6 A; 4YGD B; 1SW8 A; 1B8R A; 1THE A; 1Y1A A; 4NDC A; 3KWB X; 1NYA A; 2FOT A; 3IOQ A; 4C0K A; 2E30 A; 2FRQ A; 5F02 A; 1PVA A; 2PBH A; 2EC6 B; 2KAX A; 2XVG A; 1B8L A; 2AUZ A; 1EF7 A; 2BCB A; 3D0Y A; 4Q04 A; 4YGC B; 1GQM A; 2OUL A; 3LL8 B; 2B1U A; 1MHO A; 1XKG A; 2XU3 A; 4DY3 A; 2KBM A; 1IGV A; 1EWP A; 2AVW A; 1SY9 A; 2C0Y A; 1F54 A; 3NSO A; 1M63 B; 2L4H A; 4X6H A; 2LNK A; 1PCI A; 3GK4 X; 4X6I A; 1YRU B; 2F2O A; 2M3W A; 2BCX A; 1IJ5 A; 1DJH A; 1NIW A; 2F3Z A; 3I5H C; 1EWM A; 2OS8 C; 3BPM A; 3JQW A; 1MWN A; 2FRA A; 4Q8H A; 2LUW A; 1CM1 A; 1CPJ A; 2E01 A; 1NL6 A; 1CTE A; 4NQG A; 1AK8 A; 2CB5 A; 1MXE A; 5A24 A; 3RM1 A; 1KSO A; 4IL1 A; 3A8R A; 2L51 A; 2DC7 A; 2KQY A; 4N8W A; 2M1K B; 1LKJ A; 4P6E A; 5I2Q A; 3BWK A; 1PPD A; 1NPQ A; 3PN7 C; 1DTL A; 2AUC A; 4YRU A; 1IJ6 A; 2KFF A; 3MTN A; 3H4S E; 3TZ1 A; 1NX2 A; 2KSP A; 4WQ3 A; 3EKH A; 3HHA A; 2ATO A; 2H61 A; 2JQG R; 3IF7 A; 4P5O E; 4XR7 A; 1G4Y R; 5HKY A; 3P5X A; 3DF0 B; 4BSQ A; 4KLB A; 2ACT A; 1YRT B; 4M2P A; 3JTD B; 1UUR A; 2JXL A; 3FIA A; 1CDP A; 1RRO A; 3CR4 X; 3EVR A; 3P5V A; 2PMY A; 1K90 D; 3NSL A; 2MHH A; 4CLN A; 2LUC A; 1A6R A; 4A4C A; 1JFJ A; 1AYW A; 1RFJ A; 1CV8 A; 1QVI Y; 3HD3 A; 4QRG A; 3SG4 A; 1XFU O; 1WME A; 2K2F A; 3A4U B; 3IV2 A; 1OE9 B; 1SP4 B; 2HD5 A; 1QVI Z; 3WNX B; 1UWO A; 3WXF A; 1A75 A; 1NCX A; 5ER4 X; 1U9V A; 1KQV A; 4MN0 A; 2OZ2 A; 3KWZ A; 1X02 A; 1GCB A; 1MIR A; 3EVV A; 4D1E A; 4MZJ A; 2HH5 A; 2D8N A; 3H8C A; 3WHT B; 2WCB A; 4WA6 A; 2WCF A; 1TU6 A; 2R6N A; 3KPX A; 2M1U A; 5I2O A; 1KXR A; 4PE0 A; 4QBB A; 2KI6 D; 4PE1 A; 4OEM A; 2BE4 A; 3I5F C; 2AIM A; 4DMX A; 3JQX A; 1BJF A; 1ME4 A; 1B9A A; 3BC3 A; 4PP1 A; 2XVL A; 1C07 A; 3F75 A; 2ZRT A; 2CCM A; 2KFH A; 1MEM A; 4YGB B; 1N65 A; 1CTR A; 1PPP A; 4C0J A; 2JPT A; 2AYO A; 4CDF B; 1UUS A; 4ZUX U; 2NLN A; 2KGR A; 3CH3 X; 2DC8 A; 3TS5 B; 1XA5 A; 1DJI A; 1PSB A; 1POP A; 1EG4 A; 3KFQ A; 1YTZ C; 2E6W A; 1Q80 A; 1JWD A; 1FH0 A; 1BR1 B; 4DY5 A; 1AIM A; 2B1N A; 3AI8 A; 3FWB A; 1QX5 B; 1XFV O; 1Y4H A; 1TNP A; 2M97 A; 2LP3 A; 2E02 A; 2G6D A; 1SL8 A; 3PW3 A; 2FCD A; 1JBA A; 4AXM A; 3O2P A; 1KK8 B; 3K21 A; 2WBF X; 1N0Y A; 1WLM A; 5IBW A; 2DZZ A; 1S26 D; 3RVW A; 1KWO B; 4QJ5 B; 1QIV A; 1SL9 A; 1JF2 A; 3O4Y A; 1F4Q A; 2H2K A; 1BY8 A; 1U9X A; 2DC6 A; 1XO5 A; 2DC9 A; 4HSZ A; 3FWC A; 3OX6 A; 3OVZ A; 3B79 A; 1TRF A; 3I5I C; 3IQO A; 1S4V A; 2I7A A; 1F2B A; 3SG2 A; 1S1E A; 4GUK A; 5AXI A; 3D0Y B; 1E8A A; 1ICF A; 5CVM A; 4CZW A; 4AXL A; 1WMF A; 2K2A A; 3RVX A; 1AUI B; 1K2H A; 1LXF C; 4UPG A; 3KKU A; 3VRQ A; 2AU1 A; 2BCA A; 1H8B A; 1PUL A; 1NX0 A; 4YYV A; 4JPZ B; 3LCP C; 3V6C A; 1OZS A; 1OMR A; 3KW9 A; 4QH6 A; 1LA0 A; 3CBJ A; 1CDL A; 3ZWH A; 4GBA A; 3OP0 A; 4MSP A; 4YYU A; 1SCM C; 1FI5 A; 1KSM A; 1BLQ A; 1NSH A; 2PNS A; 2KHN A; 1GLO A; 1LA3 A; 3CWG A; 1AYV A; 2ZN8 A; 4G9S B; 3TDU A; 2DJG B; 1OSA A; 2JC2 A; 2R9F A; 2M9G A; 2CNP A; 2OS8 B; 1TNX A; 5FPW A; 2LAP A; 4PHK A; 8PCH A; 2K0J A; 4TNC A; 5SV5 A; 2WOR A; 1TNQ A; 2COL B; 2WOS A; 5EF4 A; 4I5J A; 2HQ8 A; 5EGW A; 5CSJ A; 1TL9 A; 3JVT C; 4GGN A; 2KYC A; 1QIW A; 2LP2 A; 1OOJ A; 2MA2 A; 1WRL A; 2YJB A; 4I3G A; 1WMD A; 4FIP A; 4G54 A; 2JT0 A; 2ZFD A; 3NSK A; 1NX1 A; 1B47 A; 1GEC E; 1AU0 A; 1WDC C; 1YUT A; 1AHR A; 1J1D A; 3E3R A; 1UP5 A; 1QMY A; 1FF1 A; 5I8N A; 2NQG A; 1DF0 A; 2GGM A; 2JQF R; 2LVV A; 1YK7 A; 2K7B A; 2CXJ A; 1DT7 B; 1L7Z A; 5DKR A; 1WLZ A; 3D6S A; 2FO5 A; 1F2A A; 2LM5 A; 2IPP B; 1YT7 A; 1MDW A; 1YVB A; 1NUB A; 4ORC B; 3VGO A; 2EGD A; 3TUY B; 2P6B B; 3CS1 A; 3EK7 A; 2XU4 A; 2LHL A; 3CR2 A; 4HWY A; 2G8J A; 1J55 A; 3VRR A; 3S3R A; 2CIO A; 1A75 B; 2FQ9 A; 2KFG A; 2JRF A; 1CFC A; 2DZY A; 1CJL A; 4OVN F; 5KU1 A; 5JJG A; 5J94 A; 1VSN A; 4MZK A; 1PPO A; 1NP8 A; 2CBL A; 2Q91 A; 2L98 A; 1C7V A; 1F4O A; 1AVS A; 1QOL A; 4PE7 A; 2BL0 B; 1QX2 A; 1SKT A; 1GGZ A; 3OF9 A; 2YJ2 A; 2OTG B; 4DMY A; 4CDC B; 6PAD A; 1REC A; 3SG3 A; 2KI4 B; 4I05 A; 2BBM A; 3I5G C; 2VHS A; 5GQQ C; 3N3K A; 1ITO A; 3WXG A; 2WC8 A; 2QAC A; 2AS8 A; 2GHU A; 3I06 A; 2K7O A; 1JFK A; 5I2L A; 4GAO A; 3K24 A; 4QRV A; 4N4Z A; 1FPW A; 4QRX A; 1Q6K A; 3D10 A; 2LMT A; 2OPO A; 2M7L A; 1NQD A; 1NX3 A; 2A4J A; 2EC6 C; 3C9E A; 2NXQ A; 1CNP A; 2I94 A; 3RLZ A; 4YYQ A; 1KQM B; 1M6D A; 3IQQ A; 3AFG A; 3PM8 A; 1QLS A; 4GPL B; 1DJW A; 3P5W A; 3O6B A; 4JWQ A; 4A4B A; 1DEU A; 2R9O A; 4PHJ A; 2M7N A; 1BQI A; 2BDL A; 1Y08 A; 5ER5 A; 3H89 A; 4DRW A; 1BGO A; 3IHP A; 1JQP A; 1MHW A; 4ORA B; 1G33 A; 4FK5 A; 1CS8 A; 1B8C A; 4MSX A; 3AAK A; 2P0R A; 1U5I B; 2AMI A; 1M39 A; 3U8E A; 2JU0 A; 1BG1 A; 3AKB A; 1ATK A; 1SRA A; 3BPF A; 3PDF A; 4PAD A; 5CVO B; 4PHM A; 5D7F A; 2DCB A; 1B7T Y; 3GK1 A; 1DGU A; 2FT2 A; 1UHI A; 2MBX A; 1IQ3 A; 2R2I A; 2HQW A; 4ZCV A; 3VRN A; 2NCP A; 4I07 A; 1B7T Z; 2AUX A; 1DMO A; 1Y1U A; 2M29 A; 1TTX A; 2ZKM X; 4YI8 A; 1CFD A; 5D69 A; 2DCD A; 1UHN A; 2KBI A; 2JQ6 A; 2CT9 A; 4MVF A; 5KSZ A; 2EHB A; 1EH2 A; 4YYS A; 4OEL A; 3QSD A; 4HRH A; 2BDZ A; 3GK2 A; 3AAJ A; 1ZFS A; 2IBI A; 3GOF A; 2KAY A; 4DIR A; 3M0W A; 3JTD C; 2F8P A; 1DVI A; 1QS7 A; 3VRP A; 4N5X A; 1R6P A; 1S5G Z; 2NQD B; 1X9Y A; 3CBK A; 5JH3 A; 3SG6 A; 2LVJ A; 1SNK A; 3IUT A; 2DJF B; 1L2O B; 2F2P A; 5CPV A; 1EJ3 A; 2DCA A; 2HF5 A; 1F55 A; 3LXS A; 1ZCM A; 5HKZ A; 1PXV A; 1ZUZ A; 3CLN A; 1JSA A; 3ZUA A; 3O1G A; 1PE6 A; 4N1G A; 3DF0 A; 1MR8 A; 1TOP A; 1XYD A; 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