3RF9A

X-ray structure of rlmn from escherichia coli
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
365
structure length
355
Chain Sequence
NVTTKDGKINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLCVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDDVIDRTKRTLRKRM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for methyl transfer by a radical SAM enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N
total genus 121
structure length 355
sequence length 365
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2011-04-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3rf9A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3rf9A02
4RXGA 3EXSA 1Q6QA 4K39A 3CEPA 1ICQA 1KTBA 3V75A 1AL8A 5E1QA 1W0MA 4XUGA 5A5WA 4I7VA 5LHFA 1K3UA 1OX6A 1QO5A 2GVGA 2HTMA 4MVAA 1UUOA 3DFPA 4AXKA 2VFGA 5FF7A 3L5MA 5CG7A 3W84A 2YGYA 4JICA 4N9EA 1TB3A 4UNKA 2YW3A 4UMAA 3HGRA 3HPZA 1YTKA 5HWMA 1U83A 2OMAA 4E38A 5CZJA 3WJWA 2X1TA 2OJPA 2A5HA 4JTJA 2RDUA 1OYAA 3BW4A 2RDWA 2RH9A 5D03A 4Z0SA 4E2BA 3TXZA 4LTSA 1V5XA 1ICSA 2BXVA 3MHUA 3THQA 5KSWA 1VLWA 2ISSA 5HUPA 3W7JA 3DGRA 1I2RA 3G1SA 2XFWA 3VNDA 1Q45A 3BLEA 2DZSA 4HPJA 1FX6A 2WNNA 4KKXA 3TV8A 4JYDA 5J5RA 2QDGA 3N73A 4FNSA 4CCCA 4GXMA 4GNJA 5IM51 3B06A 1UASA 5HWNA 5D05A 1PCWA 1QOQA 3NPUA 4IWWA 1VPXA 1GZGA 3CWOX 3H55A 2Y88A 3NQDA 5K3VA 4D2JA 1J2WA 1FCUA 3L67A 4TO8A 4IX0A 1FCQA 4O52A 1W8SA 2E6DA 2DZTA 3W73A 4H4IA 4PL2A 1IXQA 1DV7A 4HHPA 4GUIA 1JUBA 3IEBA 3HIJA 1S5VA 4O1BA 5LNWA 2ZA3A 5DCBA 3KOFA 2NWSA 2DZXA 2I14A 3B0UX 1AK5A 1ZALA 4N9DA 4FNPA 1P0KA 2H6RA 4O1AA 1XL9A 4S1FA 3KVJA 3E0IA 3RF9A 4BI5A 3NQGA 4LWWA 1GYLA 2QCGA 3TE9A 3C56A 4RLIA 1DQWA 3KRZA 1KM0A 5HMSA 3ANYA 1QOPA 4LV4A 5EY5A 3UXDA 4N4PA 1QCWA 1K8YA 3TW7A 2Y7EA 1FDJA 4BF9A 3HQ1A 4NXSA 2A21A 3E96A 4WQ6A 2CZFA 5AYYA 2CFFA 2YYTA 5DY2A 4Y6GA 3W7RA 3BW3A 1MXSA 4DF0A 4BK9A 3BO9A 3B05A 3L0NA 3T78A 2QUVA 1KTNA 3W07A 3I7RA 4S2CA 2B7NA 4DBDA 3ATZA 1MEWA 3M1ZA 2ZFAA 4PA8A 3UWZA 1TIMA 3TSBA 2YPIA 2GUUA 3NR0A 3W1QA 1VS1A 4JR5A 5AHEA 3YPIA 2YXGA 1R2TA 3FIGA 3H54A 3LXBA 3U6WA 4KWVA 4YMZA 4LT9A 4UNLA 4MY9A 2CWNA 2PRLA 1N55A 3NL5A 4HIBA 4O17A 3S1UA 1XBXA 3IIXA 1H60A 4AAJA 5C55A 3NXFA 5FEPA 1HL2A 3P60A 5G4WA 2AAMA 1DJQA 3LLDA 3IGUA 2A6NA 1XM3A 4HNUA 3ATYA 3LGEA 1HUVA 3BVJA 1TSIA 3QRHA 1AG1O 4Y90A 1O5KA 3QJAA 3FKKA 5BOOA 3GNNA 4GUJA 4A29A 3TSMA 3G1VA 3L2IA 1JULA 3TA6A 2CLKA 2V0TA 4LUIA 1L6SA 1VLIA 4JTLA 3W2KA 1TCDA 5D37A 1CX9A 5EL1A 4O14A 5BMWA 1H7RA 5AFDA 1R47A 4Y8FA 2YFOA 3ABSA 4FNQA 3W70A 3B04A 5T26A 4NZFA 3QF0A 3CHVA 3W2LA 2PC4A 4BFAA 3QQ0A 5TBOA 3TCEA 2WSYA 4JS3A 4LVDA 2WSRA 3KRSA 1TTJA 4N6FA 3HOJA 3LXAA 2YYUA 5CPNA 3ELFA 3VFLA 5LNVA 4O0KA 4JX6A 1GG1A 3HG4A 1WOBA 3PSWA 2GJLA 4YWIA 2CLIA 4NUWA 3CWNA 1W3NA 4UFIA 2PRMA 2XN2A 4DO6A 4IMFA 1JVNA 4IMDA 2FIQA 1VC4A 1FCVA 3STGA 1XI3A 3T40A 2QUTA 4WXYA 2A6LA 4LOCA 5D2XA 4ZL1A 4JEQA 3TX9A 3RFAA 1KM3A 3C0JA 3M5ZA 2V82A 4XTIA 3C2VA 3MUXA 4ZQMA 4XZ9A 3P7YA 1I2PA 1YDNA 1Z41A 3L0KA 2QKFA 2OT1A 1QMLA 4IPIA 4UTTC 2ZZ6A 1L2UA 2H3BA 5DCEA 3W23A 3W2JA 3O16A 3HGOA 1W56A 3EWXA 4X2RA 3S42A 1OK4A 2RDTA 3HMJG 4TX9A 2YR1A 1LBMA 7TIMA 4KFNA 3VCRA 3IGXA 3LERA 3W3OA 4R53A 4O13A 4K8EA 4DF1A 3GK0A 1VQTA 3T55A 4PODA 4M6VA 1JCNA 2C14A 5D09A 3SJ3A 1MEIA 2A1YA 2JBMA 3MWAA 1W5PA 1Y0EA 1ZHAA 3TR2A 5G2IA 3UWYA 1ME8A 3DI1A 1OHLA 3Q58A 5G5IA 2CLHA 2QCLA 4FX7A 3LTPA 2C3ZA 3LRKA 4K37A 4JDYA 5HJLA 2C15A 2X1UA 2YW4A 4GUHA 1O60A 1KM1A 1BEUA 1LRQA 4AEOA 3PULA 3G1DA 5AC8A 1TRIA 4M6QA 3WK1A 4O12A 3ABQA 3A23A 3PVFA 4WUIA 1UBSA 3L68A 3O6DA 3SGUA 3W1NA 2PRHA 1SQ7A 1EP2A 1GTEA 1I45A 3L5LA 1TJRA 2V5LA 3NQFA 1XKYA 1YADA 2E5DA 1D3GA 2C19A 3HG5A 1AL7A 3IIZA 1OYBA 5I3JA 1QPNA 3KHJA 3EWYA 3UWVA 4MJMA 1SR9A 1IIHA 1YDOA 1KFCA 1OG0A 3TQ0A 4E2DA 3PWAA 3GDMA 1WDWA 4L4MA 1ML1A 3EX1A 3TK7A 5ABTA 2FB3A 3JR2A 2WO5A 5EBUA 4QJ1A 4ZQOA 4GE8A 4GUGA 4A2SA 3WK3A 3P74A 4AVFA 1T0OA 1VRDA 4XQ6A 3NQ2A 3LBCA 1EP1A 3QPYA 3WJYA 3S0CA 1FWTA 5C54A 2WSQA 3D0CA 3N2MA 1YPIA 2NUYA 3W7HA 5F2IA 3PB0A 4MZYA 1BKSA 2J9YA 3BK0A 3MBFA 1YTEA 1IIGA 3MP4A 3FJ6A 1MEHA 1KFLA 1AW1A 3ZWTA 2DZVA 5AC6A 4KWWA 1SW3A 3TC6A 4NZJA 3P62A 4QAIA 4ADSA 5D2VA 2G5WA 1BTMA 4NNAA 4RR4A 3W1MA 3S8HA 3LDVA 3W2MA 3HF3A 1JCJA 3KAOA 5K9CA 1SFJA 4OV9A 1G4PA 4NJGA 4UFJA 2WJZA 1KLYA 4Z1CA 4N9CA 1W31A 3PG8A 3W72A 2E09A 2NXIA 1RQEA 4HPXA 3O1NA 5HR6A 2C0AA 2ZZ2A 1FQ0A 2TMDA 5K9XA 2Y62A 1W5OA 1JRCA 1MSSA 2E6AA 4QM1A 1H7WA 3IRDA 2JKAA 3W7KA 3LCWA 1TREA 3LCGA 3GKFA 3GR8A 1DKWA 4O18A 1OFRA 3BARA 2NUWA 3N34A 3GR7A 4MUZA 3NG3A 3NGJA 2RHGA 3LCLA 4X22A 3B4UA 1HTIA 3MP5A 5C2XA 2CW6A 2TSYA 5EA9A 3SW6A 3O6CA 2X2GA 3PBUA 1KLZA 4OU1A 1LBLA 3SIZA 1TPFA 3PS7A 3QMTA 3STFA 5LNRA 3NQAA 1AW5A 1LLZA 1HG3A 3ZWSA 2R8WA 4N2YA 2V30A 3CM4A 1UUMA 2PE4A 2Q3OA 1TV8A 1T96A 3DXIA 5EYWA 5C5YA 5L9FA 1MO0A 2E68A 4EVZA 3KXQA 4N9BA 3TQVA 1WYIA 5CSSA 2PCQA 2VEMA 3DFTA 1L9WA 1WOAA 1TPC1 1W3IA 2WPBA 2H8ZA 2QCMA 4LS2A 1OF6A 3NEVA 3R13A 1YYAA 5DN1A 1VCFA 3FOKA 1VJIA 4UFLA 3O06A 2TRSA 5CPOA 4AWTA 4HNVA 1P0NA 4OGZA 1QR7A 4JN6A 2ZZ1A 1FBAA 4MFDA 1GVSA 4FIQA 5AN7A 4A3UA 1W37A 3FLUA 4FNRA 1EUNA 3OG3A 1H5YA 2CZ5A 4JTKA 4O11A 3B0PA 5F4WA 4O10A 5F1UA 3W1PA 3OVPA 2A7NA 1SZNA 3M44A 4LRTA 3M41A 3P5YA 2B7PA 1H62A 2NXHA 4NX5A 4Z1DA 1KM6A 3PR2A 1D9EA 1OFEA 5BW6A 1NFBA 3PB2A 3QPZA 3G1YA 1F6KA 4JD4A 3UY8A 1LP6A 3F4NA 5HR7A 4OBTA 2X30A 4OWGA 5CZSA 3B0VC 4IOTA 1EUAA 4POCA 2LLEA 4GBUA 4IXXA 1XBYA 4UTJA 5E0KA 2E5BA 1XC4A 2ZZ4A 2ZTJA 4KFOA 3N9SA 1TPWA 2TYSA 4BR1A 1LBFA 2A7PA 2GVJA 4OQVA 5FF3A 3TDFA 4K7YA 4RZ4A 4A2RA 4FB7A 3MI3A 3STEA 1KTCA 4XTDA 3TFCA 4FEZA 3PBYA 5KITA 1WV2A 3P61A 5HULA 1LROA 3W1LA 3W2NA 4CQ8A 4DO5A 3IGSA 3TH6A 3I6RA 5G2HA 1SO3A 2EHHA 1SW7A 4O1CA 5J5DA 4WOQA 2NX3A 3QSTA 3OA3A 4OT7A 1KM2A 1W1ZA 4FNTA 3RNDA 4HN4A 4WY0A 1I2OA 4ZQNA 3L9CA 2FQIA 3LOTA 4QNEA 2C16A 2GVLA 4LU0A 3GNDA 3E12A 3PUEA 5H91A 1OFAA 1QPOA 4FNUA 2ZRXA 3HBLA 3FJLA 3SI9A 1EWEA 1GEQA 4N02A 3I65A 4AHPA 4WD0A 3NVTA 3FS2A 1G7VA 3E9AA 3W88A 3TQKA 1LORA 1GG0A 4JTFA 4EF9A 2E5CA 1F76A 4S2BA 5DCDA 3W7IA 3MYPA 2QCFA 1DORA 1YLVA 1DBTA 4LUJA 3OVQA 3GIYA 5CPLA 3EKLA 2ZZ5A 4Z1BA 1F7BA 4M6PA 2BLEA 3DHFA 3NL6A 4UR7A 2B7OA 2HS8A 1T99A 4O1DA 1JUKA 3KVKA 1ZCOA 3LCXA 3W7CA 4J9JA 1P4CA 5EPDA 2J88A 3FEMA 1VH7A 1H1YA 4NVTA 3A22A 2C13A 4DEFA 2A0NA 3IIPA 3OVRA 1YXDA 4LVAA 2FTPA 4WY0B 5LZLA 4K38A 4O54A 2V8ZA 5DBTA 5F2MA 3JRKA 1WBHA 1IGSA 3LM7A 4BI7A 3HB9A 1VHCA 4P61A 4MZ8A 2F84A 3DKJA 3SSJA 2YFNA 5G2WA 4FIRA 1UJPA 4X9SA 4GC4A 2W79A 3MHFA 4UR8A 5I3IA 5U7SA 3W74A 2A4AA 3E49A 2NWRA 1G6CA 1TPH1 3IV3A 5BMXA 4UXDA 3C4UA 2ZZ7A 1JUEA 3PBVA 4Z08A 1QNVA 1ZY9A 1EB3A 4H3DA 5D04C 1LZOA 3STCA 2BSLA 3MMTA 1F6PA 1LOLA 3N2XA 1TPUA 2ATSA 3F4WA 3T44A 2VEIA 1GOXA 3GVGA 1VYPX 4NX0A 5F2GA 1N7KA 4ZQCA 1H63A 3UD6A 1OX4A 2V5BA 1XUZA 3W22A 1T8XA 2J9ZA 3MW7A 1FY6A 1TQXA 1KV8A 4TR9A 5IBXA 1FWSA 2PURA 5G4EA 2EGZA 3FKRA 4IX2A 1L6YA 2FPYA 3S6DA 4DELA 3IIVA 5FESA 3TMQA 2VFHA 4DPPA 2FLIA 3DAQA 4HT3A 4UCGA 3P84A 3BG3A 4GRSA 3I7SA 1WXJA 3SY5A 2VFIA 3SGZA 1EX5A 4X3ZA 2NX1A 4B5NA 1LOQA 4U28A 4JTIA 1OFQA 4EWND 3W71A 4JIPA 1G67A 1YXCA 3LBMA 2J6XA 1KBJA 4BWLA 3CIXA 4PTNA 2NUXA 4MY1A 2X1SA 2ABAA 4ICNA 3GXNA 3I7QA 2ZA1A 4YCOA 3BLFA 3R5EA 5I3FA 4PEKA 2DU2A 3KX6A 3NL3A 1K7EA 1V7YA 2A85A 5HINA 2QCCA 2A2IA 3AO0A 5D32A 4Y96A 3W85A 3UZ5A 1OX4B 4IGHA 1O94A 1UCWA 3W76A 1RR2A 4MIMA 5I3KA 5DLCA 5AHNA 1GPWA 5KINA 2GPTA 1C8VA 3G3MA 3NQEA 5AB3A 1EPXA 1RPXA 2W0UA 2I9EA 1LCOA 3WK2A 3IVTA 4OHQA 1E51A 2ISWA 5AHIA 1X8FA 2WQPA 2Z6JA 4BI6A 2G95A 4MJZA 3C61A 2W6RA 4JY9A 1ALDA 2ZTKA 4NNBA 2P0OA 5FF4A 4FF7A 4G1KA 1I2NA 3UZJA 3PUDA 1VCGA 4TMCA 3M7WA 5KMYA 4PFMA 2ZYFA 5K2ZA 2B4GA 3PM6A 4ZQPA 4K36A 1D3HA 1W5NA 3DFNA 2JGYA 1EA0A 3P82A 1TPDA 2QAPA 1Q6RA 3DBPA 5LHEA 4FX8A 3TW6A 2OCZA 3M0ZA 3O15A 3EEGA 2J27A 3NA8A 3BG5A 2CLOA 1ZAJA 3TMLA 4RJEA 3LV5A 5DELA 3QW3A 1M5WA 2ZRZA 4K6AA 3S9YA 3C52A 1PIIA 3G22A 1IXPA 1HFBA 2KZHA 4A21A 3I68A 1SW0A 1GQNA 1OVDA 2V2DA 3W75A 3DHDA 1K02A 5LSMA 1XUUA 4I9AA 4Z1AA 5D38A 1H50A 1YPFA 4UTWA 1SZGA 3O8AA 2ATMA 4C1KA 1O95A 4P2VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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