3RFAA

X-ray structure of rlmn from escherichia coli in complex with s-adenosylmethionine
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
333
structure length
333
Chain Sequence
KINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLCVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for methyl transfer by a radical SAM enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli
total genus 125
structure length 333
sequence length 333
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2011-04-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3rfaA01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3rfaA02
3CTLA 3S1XA 1VPXA 2DZVA 4RZ4A 2E6AA 5BOOA 5K9CA 4M5PA 1TRDA 4HPXA 2B7PA 4Y96A 1VYPX 4MVAA 3LHZA 1I2QA 1YYAA 4OV9A 5EYWA 2E09A 2W79A 5K4ZA 3FEMA 4JDBA 1KM1A 4EOUA 1NEYA 1RQHA 3W2MA 3KVKA 3NO5A 1RPXA 1PE1A 5F1UA 3PF3A 4OGZA 4UFHA 5G2IA 1KTBA 4JIQA 4Q33A 3V1PA 4ORMA 1TYGA 1UUMA 1UASA 2EF9A 1H1ZA 1ZCOA 2PCQA 4O8RA 4TX9A 2G97A 1A50A 1W3TA 1A5SA 3NPUA 4MPQA 2ZZ2A 4AH7A 4PFMA 4CCDA 2ISVA 3KRZA 3TIMA 5BRBA 5C5YA 2FIQA 4FIQA 1FX6A 3C2VA 2J88A 1K03A 1W5MA 3L5MA 4BF9A 2WNQA 4NJKA 1G7UA 3EEGA 4JTKA 1MSSA 4PC8A 1DJQA 3W7RA 4MLJA 4FO4A 3W7PA 3VE7A 1VLIA 2Z0IA 5I3KA 3WJXA 1FCBA 5LGXA 3UZJA 1SW3A 3QZEA 1VCGA 2BWGA 4OV4A 1ICPA 3QPZA 4LVDA 5F2IA 1SZGA 3GXNA 4JEQA 4XTIA 2Z6IA 4CQAA 3AO0A 3B0UX 1QPQA 1KTCA 1P0KA 3A5VA 1YADA 2GQAA 3L5AA 4GFSA 3QQ0A 5L6UA 3UWQA 2CLOA 1S5TA 2E1DA 5F4WA 4HNTA 1A5AA 2A7RA 3IVUA 3W7IA 2JKEA 3W1TA 3W71A 3STCA 3NVTA 1JCYA 1FXPA 5A5WA 3MUXA 3W7OA 4CQ8A 5K3VA 3MW7A 4PL2A 4MFDA 2QJGA 1ML1A 1VHNA 3TFXA 1JRCA 2VEKA 3IGXA 4M6PA 4HT3A 3JS3A 4UFLA 4FB7A 1OG0A 3QW3A 3TW6A 3LHYA 1F2JA 3HQ1A 3P8JA 3W74A 3U2OA 3LV5A 1MO0A 4MJZA 3VE9A 3R8RA 1OK6A 1YDVA 4JY8A 3C3NA 2OT0A 1XBVA 3ZS4A 3GDKA 3RMJA 3RF9A 3RLUA 1S3HA 1EEPA 1SR9A 2IQTA 1WOBA 4ZQCA 4PL1A 4IPIA 4XKYA 3THAA 2B7NA 4UFJA 2P0OA 4NQ1A 2DZUA 4GC4A 4IXXA 3I6RA 1O5XA 3EWYA 4ML9A 5AFDA 3DGRA 1K7FA 3OVQA 4CNNA 1XI3A 4BI5A 4GUJA 1FXQA 1JCJA 1R2SA 1KFKA 2WNZA 3HG4A 1SQ7A 2VC6A 1QPOA 2WO5A 3LCLA 3BW3A 3BG5A 1OX6A 1D9EA 4GUHA 3DFQA 4QITA 5LSMA 1I2NA 1WAUA 2C1HA 2V0TA 1OF6A 2FPTA 2FFCA 3LCXA 3LV6A 1I8JA 3NPXA 4XQ6A 3LX9A 3LB0A 3IGSA 1JUBA 3TU9A 5AHEA 3PWAA 4IMEA 1XM3A 2A7NA 4RXFA 1H62A 4WY0F 3NQMA 3LCGA 1BKSA 4OE7A 4IQLA 1AL7A 5DY3A 4JTFA 5AYYA 1AW5A 3TK7A 1YLVA 2EPHA 4E2DA 1TMHA 3UY7A 3LRLA 3FFSA 2J27A 3W2KA 1GTHA 1EB3A 4NNAA 5HULA 3NA8A 1HFBA 1VC4A 3STEA 2Y61A 3IV3A 1RQEA 2AAMA 1NVMA 2C14A 2CLFA 1ZHAA 2Y62A 1QWGA 1YDNA 2WOQA 1M7PA 3P81A 2R94A 2VENA 4N02A 3UD6A 4FNUA 2P10A 1SFJA 5U4NA 1GEQA 4IOTA 1LM1A 3N9SA 2J9YA 4DEFA 4YL2A 4JTTA 1LBFA 5FEZA 4UTJA 1IXPA 4ZVJA 1H7RA 4AWTA 3LERA 2BSLA 2YZRA 4WD0A 3STGA 4UFIA 4FXSA 2A6LA 1TTPA 3LOTA 4O14A 5I3FA 3G22A 2UV8G 4O1DA 4JYFA 4JYDA 3W85A 3HG2A 2ZBTA 3P82A 1GOXA 1H63A 4NX0A 3HG5A 1Q6OA 4AAJA 5D33A 3DAQA 5SWUA 3CB8A 1EIXA 2PC4A 1S5VA 3B0VC 1LLWA 4FEZA 1KBJA 1OK4A 1D3GA 1M5WA 1W5PA 2E77A 3WJSA 5D03A 2CZ5A 3NPWA 1KLYA 1G67A 2C19A 4MYXA 3MHUA 3HPZA 3W7NA 1K7EA 1F74A 1O60A 4Y6GA 3GDLA 4UTWC 4N9DA 2X1RA 2ISWA 3TR2A 3FIGA 3SECA 4P2VA 1N7KA 1BWKA 4LVAA 1FCQA 2DZXA 3OVPA 3PB0A 3GVGA 2P1FA 2DZSA 1ZFJA 4O52A 1U83A 4O53A 3W1AA 5CZSA 4UTIA 3G1SA 2NWSA 5FF0A 2QUVA 5DN1A 3M5YA 1THFD 2R8WA 1X1OA 1TREA 2FDSA 4L4MA 4HNVA 4K36A 1Z48A 1KFCA 4IX0A 4UTTC 3HIJA 1JCLA 4TR9A 2H3DA 2ZRVA 3CWOX 4NNBA 1FWSA 1SO5A 2QDGA 3UWZA 4EWND 2VOMA 1LP6A 1ME8A 3IVTA 5BMXA 1F73A 1R2TA 3B03A 3QC3A 3BG3A 2NV1A 4DBDA 1ME9A 4LWWA 3BV4A 5F4SA 4Z1BA 1QAPA 1ICQA 2I14A 2X2GA 3G1DA 4XUGA 3NM3A 5AHLA 4GUGA 3SJ3A 1C9DA 4WY0B 1QR7A 1A53A 1SZEA 2DZTA 3GYEA 2B7OA 3NL2A 1FWWA 4MY8A 4FXRA 3TH6A 3F03K 4IMGA 2Z1BA 5CSSA 3NNTA 3M9YA 4RK8A 1VQTA 2V5LA 4QNEA 4LW7A 5AYZA 5DLCA 2NV2A 3FLUA 3BARA 1Z41A 4I7UA 3UWUA 2A0NA 4UMAA 4H3DA 3LCIA 5DBUA 2I1OA 3DFOA 3PSWA 3DFTA 3KOFA 3PY2A 4HIBA 3GB6A 4MOZA 3CHVA 4WX2A 4BFAA 1XUZA 1TO3A 1Y0EA 2X1TA 5D32A 2QUTA 4JTUA 4RZ5A 4FF7A 4ADSA 1TRIA 1DBTA 3BO9A 4RR4A 4JX5A 4JTLA 2CLLA 2PRMA 4O12A 4RZ6A 3WK0A 1K3UA 3DI0A 4UTLA 3OEXA 1KFLA 3PUOA 1XBYA 4A22A 2TMDA 1FBAA 3DHFA 3QFEA 3E12A 5EA9A 1XXXA 3QPYA 5K4XA 3WJZA 1M6JA 4M7SA 2C0AA 3Q58A 1OYAA 1X6UA 3L9CA 4PA8A 2DJLA 4LRTA 1ZY9A 4WZHA 3DKJA 4Y90A 4IUOA 3BVJA 4UC5A 2WSYA 4M19A 1DL3A 3P80A 4EF9A 5KMYA 3THQA 4A29A 5KTLA 1AMKA 4LUIA 3PULA 1SO3A 5HWNA 4ALDA 1LLZA 3W86A 1R47A 5AB3A 3MI2A 5I3GA 3HMJG 5DXYA 3I65A 4NZFA 1FY6A 5HUOA 4RX0A 4YMZA 3P5YA 2EGZA 4AF0A 5AC8A 2FJKA 3LLFA 3TMQA 3FOKA 4PCFA 3TKFA 3DXIA 4QAIA 3HG3A 3VKJA 3TC7A 3KXQA 2OT1A 5CPMA 4LVBA 4LVFA 3JR2A 4POCA 4O11A 1R2RA 3PBVA 2V9DA 3N3MA 3NQ7A 3QJAA 1TPH1 4IMCA 5D2WA 3MP5A 2A1YA 1OHLA 1S5WA 4P61A 3W73A 4U28A 2QCNA 4LS1A 4I7WA 1VR6A 3W72A 4ADUA 1GVOA 2C16A 4KFPA 2NX3A 2YDAA 3W2UA 2VEPA 1AW1A 4D2JA 2VEIA 2G96A 4WOZA 5CG7A 1TPUA 5FEXA 5BW6A 1G7VA 1W3NA 2ZZ7A 2ZA3A 4N6FA 4DBEA 3N19B 4DF0A 3LBCA 1TPFA 4NUWA 3CIWA 3L5LA 3M44A 4JTGA 3TC6A 5FEWA 4GE8A 2NUWA 3QM3A 2PRHA 3L0GA 3NZRA 5A8GA 4WXZA 3SZ8A 5IBXA 3TAOA 1K8YA 1W5OA 2DP3A 4ZQRA 6ALDA 2OJPA 2NXGA 5EBUA 3OIXA 1XC4A 2YFNA 4U4MA 1G6CA 2V30A 3C8FA 2DU2A 4KFNA 5DY2A 3UPWA 2ZRZA 4O0ZA 2CFFA 3UQNA 2YXGA 1B4EA 4AWSA 3G1VA 3L2IA 1O4UA 4KWVA 1X7FA 4JN6A 4DF1A 2ATSA 1XDMA 1LCOA 3C56A 3F4WA 3GDTA 1SU5A 2HTMA 5TIMA 1VRDA 2ALDA 4DPQA 1EP1A 3NXFA 3BGGA 1VS1A 2V2CA 1W1ZA 2E5BA 3MI6A 5DBTA 1YTKA 3W2JA 3F1QA 1YPIA 3TW7A 3I7SA 1LYXA 4AXKA 5F2GA 1QOPA 2JKAA 3ABQA 3SGZA 6TIMA 2A2IA 5L9FA 5LNVA 3S1UA 1F7BA 2BXVA 4WQ6A 4K38A 2NXIA 3LTSA 4X22A 2YW4A 5FI8A 3ATYA 1KFBA 3SGUA 3UNDA 3UWVA 3USBA 4JX6A 3TQKA 1HL2A 1XUUA 2X16A 2A4AA 1DORA 1WYIA 1CW2A 5HWMA 2RDTA 3G1HA 3W7KA 4E0CA 2TPSA 5IM51 1P1XA 1VZWA 1YXCA 4CNOA 4MKNA 1SFLA 2CW6A 8TIMA 3V75A 4UMCA 3IIZA 3UPBA 4QQ3A 1VYRA 3O15A 3NQVA 1XCFA 1W31A 2ZFAA 2WNNA 1ZALA 3KX6A 2Y88A 3FYOA 4BR1A 2CLHA 3L0KA 5AN7A 2FPYA 1EWDA 3TXZA 1XBZA 2EKCA 4N9CA 1V5XA 4C1LA 3G1XA 1TJRA 2CLIA 3TE9A 2E6YA 2X1SA 5CKSA 3G0SA 2RDUA 5AC6A 2ZZ6A 1LOLA 4GRSA 1WV2A 1SUXA 2Y7FA 4LVGA 1SSDA 1Q6LA 4N2YA 3OG3A 5EY5A 1TPDA 1P5BA 3R2GA 3T44A 4E38A 3N2MA 4M6VA 1ICSA 5C55A 1TTIA 2YFOA 5T26A 3O1NA 4DO6A 1KM6A 3W1PA 4ONVA 1TPEA 5CPLA 2YX0A 3NYZA 1SPQA 5FF2A 4EIVA 1FWTA 2ATMA 4HSNA 3LHWA 1IXOA 1EWEA 3EX4A 4IPJA 3E96A 3M47A 4S2BA 3G8EA 3TJLA 3EWWA 3L68A 2H3BA 4CQ9A 2E6FA 3NQFA 2YSWA 3PVFA 1F76A 5TQLA 4LTSA 2QCLA 4ZQMA 1XBXA 3HJZA 5BMWA 2GQ9A 1MEIA 3H54A 4LU0A 1DKWA 3LHTA 3QEZA 3TAKA 3P5ZA 4M7TA 1UUOA 4K8EA 1YDOA 4G1KA 4XKYB 1IGSA 3O05A 3H53A 5J5DA 1P0NA 3IIXA 2Q3RA 2ZZ1A 1ALDA 1GVRA 4RXGA 3TSBA 1RD5A 1SZNA 4MZ8A 4H6KA 4BWLC 4GWEA 2A7PA 2ZYFA 1DVJA 2E5DA 1B9BA 5F2LA 1ZENA 3PSVA 3O6DA 3A22A 1DOSA 2ZCGA 1ZNNA 2YPIA 1K7XA 3MP4A 3TSMA 3GLCA 1YTDA 3NDOA 3O63A 2V82A 5DELA 1PHWA 2XN1A 2ISSA 5I3HA 3OBKA 4K6AA 1NSJA 2OZ0A 4AVFA 1JJKA 5E93A 3PUEA 1A5CA 5AHMA 5D2XA 2JGQA 3OA3A 5TBOA 3T4CA 3SIZA 3CM4A 2VKZG 3T7VA 3C2FA 2GVGA 1RVGA 4AHQA 5FEPA 4ICNA 1A5BA 1LOQA 3HGOA 3HPSA 5H2ZA 1C29A 4O17A 4HKPA 1OFDA 4O54A 5G5IA 3Q2DA 1T96A 3QF0A 1SW0A 2XN0A 5AOUA 1Q45A 4XBSA 3P7YA 4IGHA 1KM0A 3CPRA 4ORIA 1EP3A 2FB2A 2VELA 1GG1A 1LBLA 4UR8A 1IIHA 1TPB1 3E49A 3LXBA 3UZ5A 1WQ5A 3WK3A 1W0MA 2VEMA 2KZHA 3IEBA 2EAWA 2C6QA 3IIPA 4ZL1A 3ZR4A 1F6KA 1QPRA 1W8SA 3G8RA 3NQCA 1OJXA 4JICA 4ZQNA 3GAKA 3LXAA 1QMLA 3M5XA 2NWRA 3PBWA 2VXNA 3W84A 2ZRWA 4A2SA 3KRSA 4Y9AA 2CZFA 1VCVA 4L4LA 1G69A 4OHQA 1GTEA 3W1XA 3HB9A 3ELFA 1EPXA 3FKRA 3BLFA 3EWXA 3OVRA 2QCCA 5D04C 3S1VA 3PC0A 3L66A 1GQNA 2W6RA 4N4PA 3CQ0A 3NQAA 1OABA 3L21A 1X1ZA 4UCGA 4NVTA 3MHFA 1GYNA 1EA0A 1G4PA 3GDRA 3TDFA 3E0IA 3EWUA 2QEZA 3PAJA 3WK1A 4HNNA 4MY9A 1V7YA 4UFKA 3BGJA 3FKKA 1QPNA 4GXMA 4OWGA 3CEPA 5G4WA 1N8FA 4O18A 4FHAA 3BPWA 2QAFA 2TRSA 2E5CA 2YW3A 3LDVA 4QIUA 3ABSA 4MZ1A 4JIPA 3O6YX 1HG3A 2FB3A 4UTKA 5LNUA 3TUUA 3HBLA 1JUKA 2AGKA 3FYPA 4GUFA 3RK8A 3ZWTA 2ZRUA 3HPXA 4QISA 2XN2A 5KINA 1KFJA 2Y7GA 3NG3A 2F84A 1ZAHA 4JD4A 3WJWA 3LBMA 3TFCA 2VFGA 1FCUA 2NZLA 2QCMA 3CC1A 4XWUA 5LHEA 3PBYA 3W1NA 2OMAA 4DXVA 2B7QA 3P60A 3EX1A 3TXVA 2YYTA 1OFOA 4AB4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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