4PL1A

X-ray crystal structure of c118a rlmn from escherichia coli with s-adenosylmethionine
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
332
structure length
332
Chain Sequence
KINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization of a cross-linked protein-nucleic acid substrate radical in the reaction catalyzed by RlmN.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 332
sequence length 332
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2014-05-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4pl1A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pl1A02
3FEMA 2E6DA 1IIGA 5CZJA 5F1UA 1X1OA 2XN1A 2A1YA 1LTDA 3PM6A 5D02A 1O60A 1EEPA 3KX6A 3OIXA 2YGYA 4FIRA 1HTIA 1IIHA 1OFRA 1VHCA 3PY2A 3W84A 3KFTA 4FX8A 2WJZA 5MHBA 3CQ0A 3GKAA 1IXQA 3G8EA 3FS2A 1L2UA 2X30A 3KRSA 1H61A 3FKKA 1KFJA 4CNPA 4JY8A 5A5WA 3SJ3A 1MEHA 3G1HA 2C1HA 3W7HA 3NL3A 4Z0JA 4H3DA 3MYOA 5D2YA 3DKLA 1PHQA 1OFOA 1XL9A 4NXSA 3WFAA 2VFEA 4TMCA 1K03A 1XC4A 2LLEA 3NA8A 4FHAA 3GB6A 4IWWA 1FCBA 3W76A 3I65A 3C56A 5U7SA 5IM51 4AB4A 2RFGA 1FXQA 4OT7A 1OFPA 4JIPA 2BLEA 3BPWA 3QJAA 5EKYA 4IQLA 4YWIA 1XKYA 5KZEA 1MO0A 1MEIA 2TRSA 4WD0A 1SQ7A 3UYCA 5G2WA 5FEZA 3TROA 2A6LA 1EP3A 4AMAA 1TTJA 3G8RA 3HO8A 5L6UA 5AHLA 1OYCA 1JCLA 4RLIA 4UTUA 5HWJA 4FNPA 3NQMA 5D33A 5E0KA 3SR7A 3LTSA 4GUGA 4XTIA 3O63A 5G2HA 3W2LA 5LNVA 3Q37A 4RK8A 2QJGA 3NQGA 3M47A 4LVGA 4NNCA 3G0XA 1F05A 3M9YA 5AHEA 4YL2A 4JY9A 1TTQA 4KKXA 1JQVA 4MUZA 3W1LA 3MP5A 1TQXA 4AAJA 5TIMA 1I45A 3O8AA 4IMGA 4N6FA 5AOUA 3L9CA 2V2CA 1WOAA 4UTJA 3RFAA 1ZJIA 4LU0A 1WXJA 2ABBA 3IRDA 2Z6JA 4IX0A 2DZTA 3KAOA 5AHMA 4Z1BA 3M1ZA 5SWUA 4TX9A 1F6KA 3QW3A 3QRHA 3TIMA 3M41A 3N14A 1W5MA 4CQAA 3W7KA 3PSWA 3GX9A 1D9EA 1DHPA 3G0SA 4UFKA 3LXCA 3NQAA 4MFDA 4MY1A 3L0NA 4Z1CA 4BI6A 1LOSA 3TR2A 2Y61A 1OF6A 3G22A 1GVRA 3LCXA 2E68A 5EL1A 1F74A 1SUXA 3F4WA 1SW0A 1TV7A 4I9AA 1CW2A 4C1KA 4O13A 5LNSA 4MZYA 3EWYA 5FF4A 4O16A 4E0CA 3L67A 4MZ1A 1EUAA 2YPIA 5I3KA 4UFLA 1DJNA 2VOMA 4NNBA 1SFLA 1T8XA 2P10A 2YYTA 3NM1A 3PUDA 4JYFA 3WJXA 3TMLA 1OFAA 4O10A 3STGA 3HMJG 1JR1A 3DFQA 3S6DA 1TPH1 3M5ZA 3W7RA 5EA9A 2E09A 3NQDA 2BX7A 1KLYA 3BV4A 2YCEA 4OV9A 1TJRA 4MYAA 2VFHA 3BO9A 5IBXC 3P5YA 3W87A 1LDCA 2EGZA 5F2LA 4WUIA 1R30A 4LS1A 1RZMA 5HUPA 3LCWA 5LHFA 4MY9A 4O52A 1OABA 2VKZG 3TQ0A 4CQ8A 3G1DA 2Z1BA 3CEUA 1XDLA 4O4VA 1EWDA 1PE1A 1GYLA 3QH2A 3BG9A 2QCDA 3TC7A 1ZHAA 2QDHA 1FDYA 4HNTA 1UBSA 2WQPA 4PH6A 4FX6M 1H7RA 5D37A 5IBXA 3GDKA 3EKZA 1YTDA 3CHVA 3QSTA 4M19A 4PEKA 1PCWA 1IXPA 1PV8A 3O06A 5HWMA 2CLHA 1TQJA 2QAFA 5F2GA 1ZAIA 5LNWA 3HF3A 1KFLA 1AG1O 1ME9A 4WQ6A 1A5BA 2X1TA 1ZNNA 3PG8A 2W6RA 1AMKA 1RVGA 3WJWA 5FEXA 2CLKA 3BVJA 3QMSA 1VCGA 1P0KA 3M7WA 1MXSA 5TBOA 1AW5A 3S5OA 3HG5A 5K9CA 3WK3A 3FIGA 3IIOA 4NXKA 5CPOA 1DORA 4RR4A 3O05A 3TSBA 1SZNA 3E96A 4ML9A 3GNDA 4NVTA 1H63A 4FNTA 2QUTA 2H8ZA 1ME8A 4K39A 3RU6A 1M7PA 3P62A 1YTKA 3E0IA 4UTIA 2YSWA 1P0NA 1OX4B 1EA0A 4O17A 4A2SA 1JCMP 1OJXA 2ZTJA 5K4ZA 3DHFA 2WNQA 5F2MA 4UR7A 3KVLA 4Q33A 1EB3A 2O7QA 3CIXA 1TCDA 3DH7A 5D03A 4MKNA 3LBCA 4PTNA 5BW6A 3W1PA 1RR2A 2OCZA 5EBUA 4NNAA 4NUWA 4AH7A 2DZXA 4IMCA 4QNEA 5D05A 1KM3A 5LHEA 2YYUA 4LWWA 3VNDA 1W5PA 2QCHA 2FFCA 1TPB1 1G4TA 3IVUA 4FX7A 3W75A 3DFPA 4LVDA 3SECA 2G95A 3W7OA 2J6XA 5DXXA 4PCFA 3HGJA 1RQBA 5DELA 3W2NA 1TMHA 2NXIA 2V81A 1K3UA 3IIPA 5LNRA 4XBSA 4E2BA 1W31A 2J27A 1K8XA 3P8IA 3NQ7A 3PULA 4GUJA 2E77A 5LGXA 4R7JA 2CU0A 3W70A 4NX0A 1P1XA 4RV8A 3QSRA 4DF0A 2I1OA 1K8YA 3QMTA 2GOUA 2JKPA 2Y85A 3F4NA 2WO5A 3UWVA 3M6YA 2QUUA 4YXGA 2ZBTA 4IGHA 1EPXA 3LHYA 4RZ4A 5CPLA 2OMAA 1XDMA 3W86A 4WOZA 5FI8A 3IGSA 5E1QA 2QAPA 1DL3A 4N2YA 4UIOA 4JTTA 2Q8ZA 3S0CA 1Q6LA 4I7VA 2Q3OA 2QEZA 1EP1A 1LRQA 2Y7EA 3N9SA 4HIBA 4HHPA 1B9BA 4ZQRA 2ZQ0A 3C4UA 3QC3A 4OBTA 2YW4A 4NX5A 4DF2A 3EWWA 2ZTKA 2TMDA 2ZZ4A 1WYIA 3GKFA 1KFEA 1HFBA 5HR7A 2J9XA 3LXBA 1J2WA 3PR2A 3G3DA 2GVLA 5CSSA 4YMZA 2W0UA 2F84A 3W7MA 4CNNA 1NF0A 3MO7A 4K37A 2ISWA 3QZEA 3CT7A 2VENA 3FJ6A 4XBKA 3PAJA 3QW4B 3E02A 2FJKA 2CLMA 2Z6IA 4DEFA 2BXVA 2RH9A 2QKFA 3BW4A 3MW7A 4NQ1A 1QOQA 3LCGA 1KM2A 1SZFA 4UR8A 2AGKA 3VI2A 3WK2A 3QM3A 4A21A 3F1QA 3KOFA 3NQFA 1GTHA 3JRKA 2YX0A 1JULA 1TSIA 1G4PA 1NEYA 3B04A 3TJXA 3C6CA 3ZS4A 3WK0A 1GPWA 2ZZ1A 1FQ0A 4H6KA 3P67A 2VFFA 1H7XA 1ALDA 5D30A 4RKAA 2Y7DA 1OFEA 2ZZ2A 4JX4A 1G4SA 1H7WA 1NSJA 3MBDA 4S1FA 1D3HA 1GJPA 1W5QA 1F6PA 4MLJA 4JYDA 5F4XA 3W2JA 3M44A 4IX2A 4GXMA 1EUNA 5KITA 3UWYA 2Y63A 2Z2UA 3CLMA 3TXVA 5DY3A 3DXIA 1AW1A 5BOOA 1DOSA 1AW2A 2JGYA 4Z08A 2OZ0A 1B4KA 1XXXA 3T4CA 1RQHA 3KXQA 3A21A 4LVFA 2W79A 1HO4A 3LX9A 1L6SA 3O07A 5LKYA 3H53A 3I7RA 4O28A 5G1YA 3UWQA 3LI1A 4RXFA 5K7JA 3W88A 1OX5A 2ZRWA 1XUUA 2VEMA 2V5BA 1GOXA 1GVQA 5L9FA 3G1FA 3P7YA 4GRSA 4PC8A 2H6RA 3TDFA 3HGOA 5J5RA 3W85A 3NEVA 3I6RA 2PC4A 2CLOA 1H1YA 4M7SA 2Y7GA 1GTEA 2C6QA 4NJGA 2QF7A 4QQ3A 3TAKA 1OYBA 1Q45A 4XKYA 1M5WA 4GUFA 3NL2A 3NDOA 1I8JA 1TTPA 3NQ6A 3MP4A 1KTNA 4LY8A 1GYNA 4DELA 2JKAA 2J9ZA 1Q6OA 4Z1AA 3UZ5A 3DFSA 4WX2A 3QPYA 2B7NA 1TJPA 1JCNA 2V8ZA 3W72A 3ZFHA 2VFDA 3SI9A 5AC7A 1UUMA 4QIUA 3OBKA 3UD6A 3UZJA 4YCOA 1DVJA 1TPUA 3G3MA 1RD5A 4FEZA 1QDSA 2FPVA 3GIYA 3CWNA 4BK9A 2GVGA 5LSMA 1L9WA 4LRSA 1I2RA 1A5AA 4POCA 4UUIA 2C18A 3ZR4A 4LOCA 3W83A 5DLCA 4JTEA 1ONRA 1VS1A 4MVAA 2GPTA 1K8ZA 3ABSA 1ADOA 3TQKA 4IOTA 5D32A 5EPDA 4N4QA 2WSRA 1QMLA 4NZJA 2H8XA 4JTFA 4TO8A 3RNDA 4GNJA 1VCVA 2AAMA 3LRLA 3LI0A 5CG7A 3NVTA 3BLIA 3GR8A 1SO5A 1UJPA 1PL9A 3DENA 2F7FA 2A6NA 1S5WA 4UTLA 5FESA 1LORA 1VRDA 2WNNA 4UTTC 4Q32A 2C19A 2GQ9A 2PRMA 1FWNA 3UWZA 3FFSA 2QJIA 4N9EA 3ABQA 4QITA 2ZRUA 2GQAA 4MYXA 4NT0A 3T78A 1KM6A 3PBUA 1SPQA 2QDGA 1R2RA 2V2HA 2ZRXA 4BWLC 3O1NA 2B4GA 3VFLA 1QO2A 2ZZ7A 6TIMA 2FPYA 1RV8A 4PL1A 2VEKA 2X1UA 4DO4A 2CLIA 4JTUA 1TPDA 4JTIA 3S9YA 2NUYA 4O18A 5A8GA 4UTTA 4LVAA 4DO5A 2VFIA 4XUGA 3PBYA 3MMTA 5HUOA 3LGEA 1A5CA 4GFSA 3S5NA 3GAYA 4FXRA 3BW2A 2JBMA 1G69A 2QCFA 4BWLA 2TYSA 5C5YA 2BZNA 4R33A 2UV8G 4ZMGA 2CLEA 3LLDA 2E1DA 2WSQA 3PS7A 2ISSA 4M7TA 3HG3A 1EP2A 3EWBX 1LRNA 4A29A 6ALDA 4UMCA 2WPBA 4JGDA 3WJZA 3B0PA 4KFOA 1XCFA 3CEPA 3FA5A 3RMJA 5DBUA 1WQ5A 1O95A 1NF7A 3EEGA 1FBAA 3QYQA 3EXTA 5D2XA 1SO4A 1VLWA 1D3GA 4GWEA 1ICQA 3B8DA 1YXDA 4NZFA 4N4PA 3G1YA 3SSJA 1O94A 4HSNA 4O11A 3W7IA 1GVOA 3N2MA 2R91A 3LCHA 2RDWA 2EAWA 1TO3A 5HULA 4D2JA 3R8RA 4WOQA 2VXNA 4FNRA 4TMBA 2OJPA 3MHUA 1G7UA 4HPXA 3BGJA 1G4EA 3USBA 3TQVA 3M43A 2E5CA 4JTJA 3CM4A 2IQTA 4HPJA 4OU1A 2E6YA 2ZA1A 2DU2A 3EX1A 1W56A 3IVTA 4IMDA 1U83A 3QMRA 1JJKA 1VH7A 4QSHA 3PBWA 1I4NA 1KTCA 4NJIA 2A7NA 3OG3A 4TU1A 3DHDA 1SZEA 2VEPA 1SSGA 1WX0A 3A5FA 1LCOA 4K7VA 1H7PA 2FB3A 4DBEA 5TQLA 4PFMA 1WOBA 1Y0EA 4AHOA 1T99A 3CWOX 5HMSA 4IXXA 4O19A 3R89A 4KFNA 1H60A 2V5LA 2ZZ3A 5AC6A 3W1NA 3SY5A 2E5DA 1VHNA 4O0KA 2C15A 4LUIA 2GJLA 5U4NA 2D73A 2KZHA 4JXCA 2YDAA 4ZQMA 1G6CA 2Y7FA 3S1XA 3LHUA 2QR6A 3QF0A 2HSAA 2WSYA 3T40A 5C55A 1QPNA 3TKFA 4UTWC 3W22A 5D2WA 4O1CA 2YR1A 1XM3A 4AF0A 4ADTA 4P61A 3ABRA 3LDVA 5CKSA 2ZYFA 3A5VA 3R13A 1BWLA 2NUWA 3L66A 3C61A 3F03K 2A21A 3L21A 4JD4A 4U4MA 3HPSA 3DI0A 1VJIA 3TE9A 2X1SA 1H51A 4X3ZA 4ADSA 3W7QA 4BF9A 1WA3A 3L0KA 5LNUA 1H62A 1LROA 5KZMA 1K7XA 4JS3A 2QCLA 3LTPA 4UTWA 1FCVA 5I3GA 3S5ZA 3W2KA 3W23A 1TPVA 3IVSA 5BMXA 3N9RA 1SR9A 3EXRA 3TW7A 3ZWSA 4B5NA 1OFBA 2WV8A 1IXNA 4IMFA 5D38A 4RCXA 1Q3NA 2RDTA 1OG0A 4UC5A 4WXYA 1GZGA 5HR6A 1OVDA 1JUKA 5BNKA 1KA9F 1T0OA 1LRTA 1LBLA 2QCDB 1VYPX 2Y88A 2JKEA 3PUEA 3LXAA 2I9EA 4EF9A 1YADA 5T26A 3W1AA 3FJLA 4UXDA 1YDOA 3W7CA 3GXTA 3MJYA 5D09A 1OF8A 5C6MA 3EX4A 3PWAA 5E93A 1FY6A 2GUUA 4HNVA 3H54A 2G97A 4UFHA 2NXHA 4EWND 3B0VC 1KV5A 4Y9AA 5HQEA 3NQEA 4CCCA 4FNUA 4JR5A 4JN6A 3TK7A 2CZFA 3KHJA 4DQWA 2DORA 2Y62A 3MP3A 3ABOA 1Z41A 4QISA 1DQXA 4JTHA 2X1RA 4NJHA 2FTPA 1IXOA 1KM0A 1QCWA 4L4MA 1GG1A 3NZ1A 4AHQA 4ONVA 3UQNA 2XN2A 1JUBA 3STCA 3W1UA 5FF0A 5CZ0A 4HT3A 1YPIA 1P4CA 3HPZA 4X2RA 3DFTA 1S5VA 1ICPA 4NJJA 3BLEA 5F4WA 4ADUA 4OV4A 2GQ8A 5KINA 1CX9A 3EWUA 3W1TA 3M5YA 4IJBA 5LZLA 7TIMA 3U6WA 3QQ0A 4TIMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4MJ2 A;  3TQ1 A;  1DQU A;  1S0N A;  5DMM A;  5CZJ A;  1X1O A;  4DXK A;  3HWT A;  2J77 A;  2A1Y A;  1LTD A;  4PRT A;  5D02 A;  1O60 A;  1EEP A;  4KET A;  2XWD A;  1NKE A;  1AOD A;  2V38 A;  2CRX A;  3KHL A;  3W84 A;  3H4X A;  3L4Y A;  3V0T A;  5K4L A;  3VIM A;  1BGA A;  1ZJA A;  3QEA Z;  1IXQ A;  1Q7Z A;  3KRS A;  4WSJ A;  2KE7 A;  2NVC A;  1KFJ A;  3SN0 A;  1ZQY A;  4MNJ A;  3SJN A;  1V38 A;  3SJ3 A;  1XGZ A;  4N42 A;  1MEH A;  3PWG A;  4AX7 A;  3PML A;  1VP5 A;  4H3D A;  4Z0J A;  1UD4 A;  1JDC A;  3DKL A;  7ICR A;  1PHQ A;  4LEQ A;  5DX7 A;  2PWG A;  4TMC A;  1VBU A;  3CUJ A;  4O8A A;  4B9V A;  1ZQG A;  4FHA A;  3GB6 A;  3GFX A;  4IWW A;  5FAJ A;  3I3E A;  3THV A;  3NYD A;  4WSH A;  3IRU A;  3C56 A;  4AB4 A;  1FXQ A;  4YWI A;  5AKY A;  1ZCC A;  3M0K A;  1ZUA X;  2JEJ A;  1RP8 A;  4D9P A;  3TOP A;  2MUC A;  1D8Y A;  4GH1 A;  4PN2 A;  4F5Q A;  2XVN A;  3TRO A;  5ALK A;  1EP3 A;  4JWN A;  7REQ A;  5L6U A;  3EDJ A;  1DED A;  2R8I A;  1P6B A;  5HWJ A;  1A3W A;  5D33 A;  2Q02 A;  4DZH A;  5G2H A; 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