4PL1A

X-ray crystal structure of c118a rlmn from escherichia coli with s-adenosylmethionine
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
332
structure length
332
Chain Sequence
KINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization of a cross-linked protein-nucleic acid substrate radical in the reaction catalyzed by RlmN.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 332
sequence length 332
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2014-05-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4pl1A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pl1A02
3N19B 1OFOA 2QR6A 1VS1A 1Z42A 1KFEA 4JIQA 2ZZ2A 3IGXA 1TCDA 3DXIA 5AC8A 3ABRA 4IMGA 2NXIA 4JYDA 1ML1A 4JR5A 5I3JA 3LHTA 1G67A 2V30A 4PODA 1KFCA 4AB4A 3UQNA 5FEZA 3TU9A 3M43A 3LCHA 4K39A 3SZ8A 1P0NA 4FNPA 3N34A 3QQ1A 1Q3NA 5DCEA 3U8GA 2Y61A 4TX9A 2E6AA 2B0MA 3DENA 4O19A 4WY0A 1D9EA 1ZAJA 4UTKA 2OT0A 5F2LA 4LV4A 4IPJA 5EPDA 4O4WA 1SW7A 3IIXA 2WNQA 1K7EA 2DZUA 2WNNA 3W76A 3S5NA 1BEUA 3CTLA 4ZMGA 1TPWA 5AB3A 3LTYA 4UTJA 3LCLA 3IGUA 5DXXA 3VFLA 3RMJA 1ADOA 1OVDA 3ANYA 3CEUA 1VH7A 2G95A 4I7WA 3BLFA 4NJGA 1EA0A 4LV9A 4PL2A 4JY9A 3GIYA 1KV5A 1RR2A 3E49A 1FWNA 3PUEA 1D3GA 1XI3A 2QJIA 3FYOA 1QPQA 3G1YA 4YLWA 2X1RA 2E09A 3W1XA 3H55A 5D02A 4QITA 4UTWA 3C0JA 5AYZA 3FIGA 3VE7A 3BG3A 1WYIA 3LI0A 4FO4A 2QEZA 1OYCA 5I3GA 1K8XA 1G4TA 3UWZA 2ZZ6A 1ICQA 3FOKA 2GJLA 5FEXA 5AHMA 1U83A 3R12A 4UFMA 3CT7A 1HL2A 3LGEA 4IOTA 4NVTA 3O8AA 4X22A 1G7UA 1F05A 2PRMA 4CNNA 3QSTA 4UMBA 4BWLA 1HFBA 1F2JA 1RQBA 2B7OA 4LVGA 3W1RA 4BF9A 4MOZA 1I4NA 1JCMP 3KFTA 1YTDA 3P7YA 3GXTA 1SQ7A 5H91A 3W1NA 3W7NA 2YXGA 3T44A 3ELFA 2HTMA 5FF0A 2J27A 4JX5A 5D2TA 1SW3A 5FEPA 3QMTA 1XM3A 3TROA 1OX4B 2GVLA 1E51A 5CPNA 4CCEA 2QCCA 4NZJA 3MI3A 2A1YA 1QR7A 3CHVA 3GZ3A 3TC6A 3THQA 4GUFA 3O15A 3W7PA 4OV4A 4H6KA 4O8RA 2ALDA 4XBKA 4OWGA 3DFTA 3MHUA 3A9IA 3G22A 3IVSA 4K37A 2C13A 2NUWA 3MYOA 2VELA 5EA9A 2J9XA 5FF4A 3FJ6A 8TIMA 1OFEA 4Q32A 2G96A 3QPZA 3DU0A 2C14A 2J88A 4UUIA 1XUZA 3NM3A 2B7PA 4MVAA 3I7QA 1RZMA 4AHPA 1EP3A 5CG7A 5J5RA 4UTTC 1I45A 4N9EA 5AYYA 4AXKA 3WK1A 4AH7A 1LROA 5D38A 1T8XA 1VYPX 2ZQ0A 2WSYA 2A7RA 3UYCA 2FIQA 2QCFA 4O1DA 1RQEA 1G6CA 1HG3A 1HUVA 2GQAA 1DJNA 4FNSA 3EX4A 1KV8A 3R13A 3PC0A 4ADSA 3W1TA 5K9DA 1H7RA 3O07A 3T40A 1OFPA 2VEIA 4LC8A 1NF7A 5F4XA 1B57A 2BXVA 4AWSA 5C54A 1I8JA 2CLFA 1TB3A 5CZSA 4K7VA 3TC7A 2QCHA 3B04A 4WXZA 4PCFA 3BGGA 5BMXA 1MEIA 3U6WA 4ORIA 2H8XA 3ABSA 4N2YA 2Q8ZA 1T0OA 2X30A 1ICPA 3CU2A 4AMAA 3B06A 1HO4A 3MYPA 4RXFA 2QAFA 2XN2A 1I2QA 1GT8A 3N14A 3W88A 1IXQA 2V8ZA 2AQWA 4ZQPA 5KZMA 3MO7A 1Q6RA 2FFCA 2A7NA 4Y90A 3PVFA 1CW2A 3UWVA 3I65A 3DI1A 3KRUA 2CLLA 3LXCA 3E9AA 1SZEA 1OF8A 1TPDA 1SZNA 5CKSA 4UTMA 4LU0A 2CU0A 3BG5A 1BWLA 2A2IA 2WJZA 1LP6A 3KXQA 3PG9A 1LDCA 2Z1BA 4CCDA 3QC3A 3TFCA 1DQWA 3PAJA 1TREA 5FEWA 4IMEA 4ZQMA 4P61A 3EX1A 4M6VA 1JVNA 5CZTA 2NXHA 4IUOA 3O63A 2YGYA 5AN7A 4E2BA 3WFAA 1EUNA 2TPSA 5DELA 3WK3A 4WD0A 1HO1A 2E77A 1TJPA 4UFJA 4YCOA 2Y85A 5F4WA 4YXGA 5HUOA 5D2YA 2A0NA 3S5OA 2AAMA 5I3FA 2ZA2A 3TXZA 3LHWA 4WQ6A 3V75A 3A22A 3NZ1A 3TSMA 2VFGA 2ZCGA 4EF9A 3O6CA 1GG0A 4K6AA 3W73A 1LOSA 3TW7A 1A5SA 3MI2A 3EB2A 1XBXA 3IGSA 3B8DA 2WOQA 3GDMA 3W1AA 1UUOA 4UFLA 3W1QA 1EPXA 2V2CA 2RDUA 3AJXA 1TTJA 2ABAA 3BARA 3QJAA 4O11A 3W7KA 3E96A 1A5AA 1K8ZA 4FEZA 3S1VA 4GUHA 3C6CA 1LORA 5CGQA 2DJXA 1J2WA 3P5YA 2JBMA 2JK2A 4JX6A 2WNZA 4WOQA 2QCDA 1Y0EA 2OMAA 2UV8G 5AC6A 3PUOA 4M6PA 2JKEA 4UMAA 1B3OA 3NQFA 1WDWA 4DELA 2V2DA 3HG2A 1IXNA 3DFQA 4GUIA 4DBDA 1A5BA 4PA8A 1UJPA 1GOXA 2JKAA 1B4KA 1C29A 3QQ0A 3BG9A 1YXDA 3ATZA 3WK0A 2BWGA 5K7JA 4LC6A 1OX6A 2J9ZA 3GKFA 3LXAA 4DO5A 2V5BA 1TRDA 3SY5A 2B7NA 1LBLA 1W5QA 4O54A 3RLUA 4NZFA 2PRHA 4UNKA 2YPIA 3UPWA 1VCVA 1M6JA 3LV5A 4UR8A 1R2SA 2BSLA 4UFIA 3QEZA 1G4EA 3LERA 4FB7A 4TO8A 3F1QA 1JRBA 3BO9A 4JX4A 1GYLA 3TQKA 1I2NA 1TPEA 2F7FA 2J24A 3TQVA 4UTTA 2Z6JA 3L66A 2PC4A 4WY0F 3STCA 2QCMA 4JS3A 3I6RA 4FF7A 1BTMA 5D05A 3TR2A 3B4UA 3UPBA 1X8FA 2X1SA 1GTEA 2R91A 1N7KA 2YFNA 5LNWA 3LTPA 5FI8A 3L0NA 4YMZA 5L6UA 4UTHA 4NNAA 3O05A 4GUJA 1JCXA 1VR6A 4MIMA 3L65A 4JYFA 2QAPA 2FPVA 4LS1A 1D3HA 4AAJA 3DHDA 2E6FA 4TIMA 2C15A 4JY8A 3NPVA 2H6RA 4NNBA 5FESA 4OGZA 5HMSA 1O4UA 2VFHA 3SGUA 4A3UA 1EB3A 4DF0A 3I7RA 4ADUA 3SECA 2NX3A 4BWLC 2GJNA 3OVQA 4O0KA 5A8GA 3P8IA 1TTQA 3W7OA 3F4NA 5K9XA 3NQCA 3W1UA 5DBTA 4K8EA 4MFDA 3BW2A 2DZWA 5LZLA 3I68A 1RPXA 3OHIA 2ATSA 2FJKA 2YX0A 3NQVA 4LRSA 3UWYA 2Y6ZA 3SGZA 1TO3A 3EX6A 3N3MA 2EKCA 2R14A 3TH6A 2I9EA 2GUUA 3ZWSA 3FLUA 1OK6A 3GXNA 2WKJA 3TA6A 4BI5A 3BK0A 3DKLA 3MHFA 5BMWA 3B0VC 2QKFA 2A4AA 3LRKA 2X1UA 1LOQA 3DFOA 5G2HA 3TX9A 3S42A 2Q8LA 5LNUA 1N55A 1F5ZA 1GZGA 3GNNA 5A5WA 3GX9A 2RKXA 1TPUA 1OFDA 3HGSA 3CWNA 2Y7EA 1K7XA 1TV5A 2NZLA 1DV7A 1IIHA 3IVTA 3M16A 2CLOA 4N9DA 3TQ0A 3PBUA 2QCGA 4WOZA 2FPYA 4IXXA 5AYXA 2ZRWA 4FNQA 3QM3A 1P5BA 4EIVA 4XTDA 4HT3A 4JTUA 3NL5A 1KM4A 2EGZA 4JTKA 1ZY9A 4M19A 1GWJA 2PE4A 3LHVA 1TJRA 1SO3A 3C61A 3H53A 4HIBA 1XBVA 4JEQA 3FKKA 3GAYA 4XKYA 4P2VA 4GFSA 4IJBA 4Q4KA 5E1QA 4PC8A 3KOFA 3SSJA 1YDOA 4LW7A 1PCWA 3CQ0A 2DU2A 3W7IA 3P84A 4O1BA 1NSJA 1FCQA 4M5PA 4JTGA 1PHWA 4LNYA 4Z0JA 4A2SA 3SFKA 5D2XA 4ONVA 1VC4A 3W07A 1F76A 5HR7A 3BW4A 1VYSX 1VCGA 4KWVA 1Z48A 5EBUA 5HQEA 3RK8A 2HSAA 2GPTA 1ZCOA 3KAOA 4I7UA 2G97A 3G1HA 3HGRA 1M7OA 5U4NA 4HNNA 2R94A 3W86A 3CWOX 2Y63A 3TAKA 4LVBA 3JR2A 4AHQA 4K8HA 2ZA1A 3EEGA 5LGXA 3A5FA 3GK0A 1JQVA 1Q6LA 3FFSA 1FBAA 4UTLA 3NXFA 3EXTA 3G0UA 3N73A 3PSWA 2C3ZA 3ABOA 4HNUA 2NUXA 2JGQA 3C8FA 1RQHA 4PTNA 4M7SA 3W2LA 3UWQA 4DQWA 4Y9AA 1DOSA 1KM0A 5E0KA 3W2NA 3QPYA 2EHHA 3RU6A 3A5VA 3W2JA 4DF1A 2GVJA 2RDWA 1SO4A 1EP1A 3O06A 1KW1A 4G1KA 4JTLA 3LCFA 4O17A 5IBXA 3QYQA 4UCGA 4DXVA 4JXCA 2QUTA 3ZWTA 4BR1A 5C5YA 5U7SA 4H3DA 4FIQA 1KLZA 3W7MA 3UXDA 3GNDA 3CPRA 2XN0A 2YYTA 4EF8A 1S3HA 1X1OA 3BLIA 3M5XA 3O6YX 2P10A 3KRSA 1NVMA 4UTIA 2TYSA 1R47A 3QRHA 3UWWA 3EWWA 2G5WA 1H51A 1VRDA 2Z0IA 2DORA 3PBYA 3GDLA 3W7GA 4HN4A 5F4SA 3G3MA 4DF2A 1W3IA 4JICA 1J4EA 4O13A 1GYNA 3E02A 4LOCA 3GDTA 1HTIA 2H3DA 4FHAA 2VFEA 2ZTJA 4MZYA 3ZFHA 4RZ6A 4O1CA 3NR0A 1W3NA 4NXSA 1S5VA 4XUGA 4QM1A 3ZR4A 3C2EA 1KBJA 1R2TA 3M47A 1IGSA 1FWWA 4NJIA 1JQXA 2A6NA 5EKYA 3W7LA 2FQIA 4MPQA 3W9ZA 3UY8A 3B0PA 5DY2A 5KTLA 1SUXA 2VXNA 1YPFA 3MP4A 5EY5A 4RV8A 3LHUA 3GDKA 5I3KA 1NF0A 2E5DA 4ICNA 1ZFJA 4Z1DA 3VE9A 4Z1AA 4IMFA 3CIWA 2J9YA 1H1ZA 4CQAA 4DPPA 3W7JA 4OU1A 3Q37A 3BLEA 3HIJA 1AW2A 3M5YA 5K4XA 1GVSA 3BGJA 3LBMA 2Y7FA 4DBEA 3HGOA 5F1UA 2NV2A 3G1DA 2X16A 3S5YA 4E38A 3C2VA 3OA3A 1S5TA 2VENA 1KTNA 2VFFA 4NJHA 4RR4A 1XDMA 4X3ZA 3CB8A 1OG0A 3NOEA 3YPIA 1OX5A 3OBKA 3P67A 2J6XA 1GG1A 4DO6A 4O10A 1GTHA 1R46A 4BK9A 3W70A 3TE9A 1SW0A 3EX2A 4U4MA 4XTIA 1A5CA 4MKNA 3MBFA 4LS2A 3WJWA 1IXPA 5AHIA 1UBSA 1XC4A 3QFEA 2QUVA 3NQEA 5J5DA 3T4CA 4XWUA 1XUUA 3MHGA 1DBTA 1OABA 4D2JA 4XQ6A 3A23A 1SR9A 1R2RA 1KFLA 3PR2A 1K7FA 3DGRA 2WSRA 1JCJA 1TPB1 3NPXA 1J5TA 1KFKA 1FDYA 4GRSA 3DH7A 2E6DA 1PHQA 1C8VA 3P61A 4AHOA 1THFD 3T78A 3IRDA 2YFOA 5G4WA 1FDJA 1TPC1 2V81A 4I9AA 4PL1A 4NT0A 3RF9A 1JJKA 1RD5A 4Z0SA 5FF3A 5DN1A 4J9JA 4IMDA 4WY0B 3LCIA 1ICSA 3HGJA 3R8RA 3MW7A 1PV8A 3S1UA 1YLVA 3Q94A 2C6QA 2CZEA 3GXPA 1FWTA 3TJXA 5TIMA 3C3NA 1I2OA 4MZ8A 3IIVA 4AVFA 3CEPA 1O95A 2CLMA 5D09A 1BKSA 3BW3A 4TR9A 4GBUA 3LCWA 4RLIA 3TK7A 2A5HA 2FLIA 2X2GA 3HJZA 3OG3A 4RX0A 4JTTA 5E93A 3NPWA 1EWDA 1JRCA 1LM1A 3L0KA 5EYWA 1P1XA 5D2WA 1AK5A 1GQNA 1W8SA 4AEOA 3TV8A 1ME9A 4OE7A 3Q58A 3LCGA 4KFPA 1ZNNA 3M9YA 4IXHA 1JUBA 3KVMA 2C18A 3HF3A 5AC7A 5G1TA 3MBDA 3TSBA 4R34A 2VEMA 3SI9A 1W5PA 3NQAA 3LHYA 3UY7A 5LKYA 3F4WA 2X1TA 3W87A 4FX6M 3M44A 4R7JA 3G18A 2CZFA 2OJPA 1RV8A 4FX8A 4NQ1A 3LM7A 3HG4A 3SJ3A 3ABQA 3G8EA 1H61A 4RJEA 3EWXA 4LVFA 1ZAIA 4LUJA 4NJJA 4RXGA 1VHNA 2ZRUA 1A50A 2B4GA 4GNJA 1KLYA 1W5MA 3EWYA 5KITA 1KM3A 4JDYA 3O16A 4R33A 3VCRA 3B05A 1H7XA 2VKZG 3W2KA 1YYAA 2RHGA 4JTJA 4QSHA 5T26A 2W0UA 5DCDA 4RK8A 5LHEA 1ALDA 2D73A 3DFPA 4POCA 1SPQA 1F73A 3W74A 4UR7A 2V5LA 3HB9A 4MYAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4GUG A;  3QH2 A;  2ZZ7 A;  3LBC A;  4ZVJ A;  2TMD A;  4QNE A;  3T55 A;  5AFD A;  3TIM A;  3IVU A;  3W7H A;  4DO4 A;  1UB3 A;  3EKZ A;  3L9C A;  4MJM A;  1FDZ A;  3IEB A;  4AF0 A;  5I3H A;  4JDB A;  5CPM A;  1SZF A;  4FXS A;  3QF0 A;  1QPN A;  3G8R A;  2CZD A;  4LT9 A;  1YXY A;  5BOO A;  3EX3 A;  3P74 A;  2NX1 A;  1X6U A;  2OCZ A;  2Y62 A;  2E6Y A;  1H1Y A;  1DQX A;  3W85 A;  3DBP A;  3KVK A;  1EIX A;  3LB0 A;  2NV1 A;  3PB0 A;  1QPO A;  1EX5 A;  3LXB A;  3NVT A;  3E12 A;  3HOJ A;  3R5E A;  4HPX A;  1FXP A;  2XN1 A;  1L6Y A;  4JNM A;  3UND A;  3W2M A;  4N02 A;  2KZH A;  2VFD A;  3TML A;  2YSW A;  4UTU A;  1DVJ A;  1KTB A;  3EXR A;  1WQ5 A;  2BTM A;  1AL7 A;  3NZR A;  3TMQ A;  4LS0 A;  1GVR A;  1OYB A;  2VEK A;  1W0M A;  3C52 A;  2QCD B;  1GVQ A;  2BZN A;  4FX7 A;  1XBZ A;  5D04 C;  2NUY A;  1EP2 A;  3M5V A;  5EMU A;  3UD6 A;  2QJH A;  5KZD A;  4KKX A;  3HPZ A;  1FXQ A;  1H60 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3N19 B;  1KFE A;  4JIQ A;  4RPP A;  2PP3 A;  2VDI A;  2EH9 A;  3RME A;  1Q6G A;  1UR8 A;  4KPL A;  1NOW A;  2NXI A;  1C8X A;  2AQO A;  8ICJ A;  4JR5 A;  3LHT A;  4POD A;  2ICS A;  4AIE A;  5LIW X;  5IIM A;  3GHU A;  2P53 A;  4FNP A;  2V3G A;  1DYS A;  2KKV A;  3MR6 A;  2E6A A;  2BHZ A;  1BYB A;  2B0M A;  3MUA A;  1D9E A;  1ZAJ A;  1KR1 A;  1BLI A;  3GTN A;  3OVG A;  4EE9 A;  3UPM A;  5EPD A;  1SW7 A;  2XZ7 A;  1K7E A;  3RR8 A;  2Y9T A;  3EZ4 A;  4UTJ A;  5DXX A;  4C6O A;  3GFX A;  1HW6 A;  2BY3 A;  8ICR A;  1VH7 A;  3C0L A;  4H6R A;  4KEM A;  5EMK A;  1BVS A;  3KOY A;  5DX7 A;  2GFT A;  4NJG A;  4BS0 A;  1ZBC A;  5KFV A;  1EJX C;  4XD6 A;  1KV5 A;  4LYQ A;  4OO1 J;  1ZQP A;  1XI3 A;  3CK5 A;  2VR5 A;  3XIS A;  4YLW A;  3MSG A;  5D02 A;  4UTW A;  3C2K A;  2GDQ A;  2XCA A;  3VOF A;  4LAN A;  4BJQ A;  3BG3 A;  2BB0 A;  5KET A;  1S9F A;  5I3G A;  2WW5 A;  1UWR A;  1G4T A;  1ICQ A;  3N13 A;  3WLH A;  3ARR A;  9ICU A;  4ZO9 A;  1QHO A;  1U83 A;  4O3S A;  3R12 A;  8ICB A;  1MQ2 A;  4DWS A;  1VRX A; 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