4PL1A

X-ray crystal structure of c118a rlmn from escherichia coli with s-adenosylmethionine
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
332
structure length
332
Chain Sequence
KINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization of a cross-linked protein-nucleic acid substrate radical in the reaction catalyzed by RlmN.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 332
sequence length 332
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2014-05-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4pl1A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pl1A02
3PBWA 5FESA 2FQIA 3NQ7A 4GJ1A 3MBDA 3UZJA 4JDYA 2DZTA 4O4WA 2GJNA 1KFBA 4GUFA 1GEQA 3A24A 3G22A 3N2XA 3NM1A 3GDLA 3TNOA 4NVTA 4P2VA 5HULA 3KFTA 4NX0A 1OX4B 1HTIA 1ZNNA 1AW2A 2R14A 3W73A 1VJIA 3BLIA 4GWEA 4YCOA 1A5SA 1GVQA 1OFPA 3L0KA 2WQPA 1IXPA 5CSSA 1PCKA 1OX4A 3LCGA 4ADSA 1A50A 3G8EA 1PL9A 3QQ1A 4IQLA 3W74A 3EWWA 3EX6A 3LHTA 4GRSA 1OABA 1OK6A 1C9DA 5LZLA 3FS2A 4FNRA 3E12A 1YYAA 2GUUA 4ML9A 3LXAA 3KXQA 1UB3A 3PG8A 1SW0A 3KRSA 3W2MA 1RQEA 3U6WA 2RKXA 1J5TA 4O8RA 3NPWA 1TO3A 1IIHA 5LKYA 1G7UA 1P1XA 4FNQA 3ANYA 1Z41A 4NNCA 3G1YA 3B0VC 5DCEA 2X16A 1GTEA 4N9BA 1GYNA 1OFOA 3IGXA 3STEA 4DO4A 1BTMA 3CPRA 4WY0B 2J9ZA 4JS3A 1KM3A 5I3JA 1AMKA 2H8XA 2XN1A 4X9SA 2WNZA 3GAYA 3LGEA 3NZ1A 4PCFA 5DBTA 3PWAA 2R91A 2TRSA 4LTSA 1LOLA 4PH6A 1H7PA 2EAWA 3FJ6A 3GR7A 4NZJA 4JTHA 4UC5A 5G2IA 2OMAA 1KW1A 2VFEA 3O6CA 1D9EA 2E6YA 2JK2A 2OZ0A 4FX6M 1F7BA 3U2OA 1YTKA 5L6UA 3EXTA 2ZZ3A 4FIQA 1W3IA 3OEXA 2CLIA 1F73A 1JQVA 4H4IA 2E77A 2V81A 3DI0A 4OT7A 1TQJA 2QUVA 5G1YA 4S2BA 3CT7A 3IIXA 3QW4B 4WUIA 1ME8A 5J5RA 3QF0A 3NNTA 1EPXA 4MYXA 2ZBTA 1UCWA 4BF9A 1XUUA 2V5BA 4LVFA 1YPIA 3CEPA 1W8SA 1HFBA 3MO7A 1JCJA 1W5OA 4UCGA 2DP3A 1A5BA 3MHFA 4ONVA 4UTJA 3Q37A 5KTLA 4DXVA 5G5IA 3W7NA 4KWWA 3NPXA 4YL2A 4IXHA 4XQ6A 2BSLA 1W3TA 3W83A 1UUOA 1JRBA 3CWNA 3PS7A 1FCQA 1XBZA 5AC8A 3HG5A 4LNYA 4Z08A 2A85A 2FPTA 4JTGA 1GVOA 4BWLC 2YXGA 4NNBA 1H50A 5C6MA 5LNSA 5L9FA 5IM51 4M7SA 3PB0A 4DO6A 5K2ZA 5F2LA 3UZ5A 1Y0EA 5AHEA 3PBUA 5EPDA 3Q2DA 3C2RA 2P1FA 3WK0A 2OJPA 4LRTA 1KM0A 4PC8A 4UTKA 2C6QA 4O28A 4MZ8A 5CPLA 1VGAA 5K4XA 4ZZ9A 5I3GA 4AHQA 4AXKA 3N19B 3TQVA 3NA8A 5F1UA 1O95A 4LVBA 3LDVA 4NU7A 1JCLA 3EB2A 1QDSA 4UXDA 3W23A 1H62A 3PUDA 5G2WA 1VYPX 1GTHA 4IGHA 4O57A 1P0KA 3ABQA 3QRHA 1XBXA 2X1RA 5GVJA 4X3ZA 5H2ZA 3BARA 1R30A 3S5OA 1AG1O 2NXGA 2CZ5A 3QSRA 2QCMA 6TIMA 2JKAA 3W2UA 2FPYA 2RDWA 3BVJA 5DN1A 1EP1A 3B05A 3PM6A 4QJ1A 3IVUA 1AW1A 4IMEA 1W1ZA 5G4EA 2X1SA 3TJXA 1Q6RA 1NF7A 2YR1A 1L2UA 3P62A 5F2GA 1OFEA 3G1FA 3FIGA 5BRBA 4E0CA 3M5ZA 2W0UA 3BW2A 3CB8A 2A7PA 4O13A 3M43A 2V2DA 3G3DA 1W31A 4YMZA 1B9BA 1H1YA 3INPA 5KZMA 1G7VA 1EWEA 1VLWA 1M6JA 3TA6A 3PF3A 3PUOA 1DQWA 2Y7DA 2ZZ6A 1GT8A 2AGKA 3TR2A 2OT0A 4LC8A 3FJLA 2E5DA 4NZFA 3K30A 1QAPA 1ZAJA 2ZDRA 1DORA 2GQAA 1I2OA 3TDFA 3H53A 1B3OA 4DEFA 5LGZA 3MP3A 5LGXA 4ORIA 4UMAA 1YPFA 4WOQA 3UNDA 4AAJA 3QMRA 1TB3A 4TMBA 4I7VA 5EY5A 3G1DA 1MEWA 4JEQA 5BMWA 1RR2A 4DPQA 1GVSA 1OFQA 4NJGA 1KA9F 1WBHA 4C1KA 4EOUA 3ATZA 3QPYA 5AB3A 3HQ1A 3TROA 1LORA 1EB3A 5FF7A 1X8FA 4HPXA 3A23A 3TW6A 1SO4A 3BGGA 3M1ZA 3KRZA 3W1LA 4CQ8A 3IGSA 4MY9A 2VEKA 3H55A 3BW4A 3ABRA 4N6FA 1Q6OA 2ZRXA 4A2RA 1F2JA 3NQFA 1CI1A 3L0GA 1WA3A 5LNVA 4LVDA 4ICNA 3M7WA 4Q4KA 2TYSA 3PSWA 1OX5A 4U4MA 5TQLA 3S1UA 4IPJA 3SECA 1OYCA 3DHDA 3IIZA 4HIBA 3WJZA 4RR4A 4K8HA 3CWOX 1N8FA 3C8FA 4ZQRA 4A3UA 1H61A 4DQWA 3GKAA 4A22A 3N73A 3NQEA 3H54A 4CCDA 3LI0A 1PHWA 1YTEA 2WKJA 3HB9A 5G1TA 1LLWA 1WV2A 2B4GA 1KV5A 4LY8A 3RLUA 3SJ3A 2Y7GA 1SPQA 3O07A 4OWGA 5CPMA 4ZQOA 1YXYA 4ZVJA 2Y70A 3NQDA 5H91A 1GOXA 3LRLA 3QSTA 1EX5A 3NQMA 2WSQA 5I3HA 2DZPA 2FIQA 3E49A 3HMJG 4CCEA 1R2TA 1I4NA 2C18A 1EUAA 4UIOA 3B4UA 5I3FA 4AEOA 3G1VA 3CIXA 1VLIA 3LCXA 4UFJA 4UTMA 3T4CA 4AF0B 1EP3A 2DZXA 5FF4A 2DJLA 4PL1A 3TXZA 2Q3OA 1I2RA 2B7QA 2J9XA 3UXDA 5G4WA 4AF0A 1J4EA 1HL2A 1EIXA 3S5YA 4JTLA 5HR7A 3F03K 5C2XA 3W7CA 1O5XA 1XBYA 2VFFA 1ICSA 1S5VA 2E5BA 4HNTA 4GC4A 2O7SA 1L9WA 4GNJA 3PVFA 3TIMA 4K6AA 2CW6A 4ADUA 2PRMA 4WY0F 1H7XA 2ZZ5A 3GDKA 1ICQA 4LOCA 4FB7A 4IWWA 2EPHA 2FDSA 2UV8G 4XTIA 1KFLA 1D3HA 1KM2A 3WJXA 2I1OA 5D09A 1V7YA 3P61A 4AHOA 3N2MA 2ISSA 2ZA3A 5HUPA 3WK3A 3M0ZA 4O1DA 3W2LA 3ZR4A 1MXSA 3DH7A 2ZTKA 1OFDA 3A9IA 2DU2A 3MHGA 4W9TA 4Y6GA 4WOZA 3QM3A 4PODA 1OFRA 4GXMA 3LLFA 3WK2A 2QJIA 1M7PA 3UWUA 2VFDA 4ORMA 1A5AA 1WQ5A 4BI5A 1EP2A 2GJLA 2NXHA 3ZWTA 2R94A 4QM1A 2A6LA 3DFTA 4K36A 5FEPA 3FYPA 2Y85A 2Q8LA 1RQBA 3W1NA 2E6FA 1YDNA 1ZAIA 1CX9A 4K38A 3NXFA 3HPZA 4K39A 3TX9A 2CLKA 2WNNA 4A29A 1KFKA 2NX1A 3ABOA 3NL5A 1KTBA 2J88A 1XFBA 4UR8A 3CIWA 3UXAA 3PR2A 3FYOA 1BWKA 1TYGA 3C52A 3TSBA 2B7PA 2EHHA 1ALDA 5DCDA 1VCGA 1FX6A 2PCQA 3AJXA 3W7PA 5AHNA 3C2OA 3G18A 1TTJA 1VYSX 4BR1A 3CEUA 3GZ3A 2VENA 2YSWA 1NF0A 4OV4A 4QAIA 1OF6A 4AWSA 1TPVA 2V2HA 4FX8A 3HGRA 3QMTA 2BZNA 3ATYA 3BG5A 3NGJA 4RX0A 4JICA 3BO9A 3ZS4A 7TIMA 1XUZA 3TUUA 3HBLA 4JD4A 2A0NA 1KBIA 1C8VA 3FKRA 3P60A 1RQHA 5D2XA 3FLUA 3B04A 3S1WA 3OVPA 1JQXA 4LVGA 1DJQA 3W1QA 3HO8A 4IOTA 3MYOA 1DBTA 3MP5A 4RJEA 4Z1DA 2YPIA 2NX3A 2ISVA 1T99A 3T44A 2V2CA 4MFDA 1ZFJA 3USBA 1FWRA 2E1DA 2YX0A 5HUOA 1OJXA 3KOFA 4LT9A 3W84A 3TJLA 1XM3A 1K7EA 4JGDA 4RLIA 3W86A 4XKYB 3NYZA 4FO4A 1UASA 3EX1A 1F5ZA 2JGQA 3W7EA 1SFJA 2HTMA 2TMDA 4ZQPA 4XKYA 1A5CA 1OG0A 1G4TA 1TCDA 3NQ6A 2VFGA 4KFOA 2Y88A 5K9XA 4MLJA 2JKPA 1SSGA 2VKZG 1NAL1 2H8ZA 4G1KA 2WO5A 1LP6A 4JTFA 4OE7A 4WXZA 4LS1A 4DBEA 2QJHA 4O19A 1HG3A 2C1HA 1GQNA 3N14A 1EWDA 3M5VA 2YFNA 3P67A 4JDBA 5C5YA 3TSMA 1TSIA 2KZHA 2FJKA 5ABTA 3QMSA 1G4EA 5K7JA 1H7RA 3L2IA 3UD6A 1KM4A 3L5LA 1LM1A 3NPUA 1JCYA 1T96A 2YW3A 3S1VA 1YDVA 3DFNA 5AYZA 2WSRA 1XL9A 3P7YA 1DOSA 4R7JA 3MW7A 1Z42A 4JTJA 1SZEA 4S1FA 4O12A 2NWSA 2QUUA 3QQ0A 2JKEA 4PTNA 4EWND 3LHUA 2PE4A 2OCZA 3LERA 2TPSA 2JGYA 1OYAA 3OIXA 5D38A 3KX6A 4DELA 3GX9A 1ZCOA 3LI1A 1FXQA 3HPSA 3HPXA 1PS9A 3L68A 2DZUA 1MZHA 5BW6A 1XCFA 3C4UA 4JY8A 4O10A 3SY5A 3G8RA 3PBYA 3VCRA 1PIIA 4ZQCA 4JN6A 1KLYA 4Y90A 3W87A 3P5YA 2RDUA 4N2YA 1FBAA 2O7QA 5KINA 4Z0SA 1YXDA 3DENA 2G95A 1VHCA 2G5WA 1WYIA 3M5XA 3OHIA 1NEYA 3QZEA 3C2EA 4LU0A 3EXRA 3NVTA 4GUJA 1SW3A 4EF9A 5CZTA 4O4VA 4LW7A 4JIPA 4AWUA 4LUJA 3ZFHA 2A6NA 3LV6A 3UYCA 3G0XA 4DF0A 2BTMA 1DJNA 1KM5A 4HT3A 2CLFA 1BKSA 3MI6A 4H3DA 1UJPA 3W2KA 2ZRVA 4MZYA 1WX0A 1R2RA 3P5ZA 2VFIA 3W1RA 4FXRA 3GKFA 1H1ZA 1KBJA 3IEBA 4MPQA 3TFXA 3CC1A 1WOBA 1H51A 5KSWA 3FOKA 1LBLA 4M6QA 4KKXA 1OFAA 5LHEA 4ALDA 2VEMA 1D3GA 4QSHA 3DFOA 4DBDA 2VELA 3F1QA 4H6KA 3L67A 3W85A 4MIMA 2B0MA 2RH9A 1IGSA 3IGUA 4DPPA 4HNUA 4FIRA 4JTEA 5D02A 1SU5A 3FEMA 5HINA 3STFA 4OU1A 2EKCA 1FDJA 1OYBA 3LBCA 1OVDA 2Y6ZA 3P82A 3W22A 1H5YA 5F4WA 2X30A 1M5WA 3EKLA 3IIVA 1R46A 1NVMA 2YYTA 1I2PA 1FWSA 3CTLA 3W07A 4RZ4A 3W6YA 3QEZA 2CLHA 3N34A 3L9CA 5I3IA 3Q94A 5E1QA 2FB3A 4FNTA 5G2HA 1WDWA 5E0KA 3PAJA 1PVNA 3SIZA 3GLCA 3W1PA 1QO2A 4AH7A 3EXSA 3OG3A 1FDYA 5FF2A 3MI3A 1LCOA 4NT0A 1MSSA 2IQTA 5FF3A 3W9ZA 3HG2A 1KM1A 3C0JA 1FXPA 3DGRA 1W54A 5AC7A 4JXCA 3IV3A 1ICPA 1SZGA 2FLIA 3F4WA 1JCNA 4B5NA 5HJLA 2ABAA 2H3DA 5D2TA 3MYPA 2QDGA 2W79A 1RZMA 3Q58A 3W7JA 2PRLA 2QAPA 2YDAA 1K02A 4IMFA 2E6AA 1SR9A 3OBKA 4O16A 3E9AA 4Y9AA 4IX2A 4RZ6A 4MOZA 4NXSA 4LV4A 1TV5A 3TV8A 3FKKA 3PC0A 2Z0IA 3OA3A 2ZZ2A 3P8JA 5EKYA 1GVRA 2C13A 3NPVA 4OHQA 3G24A 3W1UA 5F4SA 5AC6A 3R89A 1TPDA 2J27A 5EA9A 3NL3A 2ZCGA 1TREA 3DAQA 4N6EA 2PRHA 3DZ1A 3NOEA 3VFLA 4AWTA 4UR7A 1QPOA 3UY8A 3NEVA 3GNNA 4E2BA 5U7SA 5KITA 4WJEA 4UTLA 1OX6A 1FCUA 1FCBA 1Q6LA 4HN4A 4AMAA 2R8WA 3UPWA 1VRDA 2GVJA 1TJPA 2ISWA 1H7OA 5EYWA 2BX7A 4WZHA 4GBUA 4BK9A 4HSNA 4CCCA 3L65A 4CNNA 3ZWSA 3DKJA 4JTTA 3I7RA 1R47A 3C61A 3IIOA 3R8RA 2WNQA 3W7OA 4CNOA 3LOTA 4N02A 4JTIA 3THQA 2NWRA 4OQVA 4MY8A 1UUMA 5D37A 2A2IA 2QCNA 2VC6A 2Y7EA 3KVKA 2QCCA 2C16A 1KFCA 1YLVA 2TSYA 5F2IA 2CFFA 1JUEA 2NLIA 4WD0A 3I65A 3LCFA 3O05A 3DFPA 4QNEA 3JRKA 5AHLA 3SR7A 3DHFA 5D05A 2ZRUA 2GPTA 2VEIA 5D2YA 3OVQA 2Q3RA 2QCFA 2HMCA 2I9EA 1EEPA 3P84A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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