4PL2A

X-ray crystal structure of c118a rlmn from escherichia coli
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
358
structure length
350
Chain Sequence
KINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDIDDVIDRTKRTLRKRM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization of a cross-linked protein-nucleic acid substrate radical in the reaction catalyzed by RlmN.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 131
structure length 350
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2014-05-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4pl2A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pl2A02
1XBVA 1BTMA 2TSYA 2W79A 3EKZA 3STFA 4MIMA 4ZQMA 1TQJA 4LVGA 3O8AA 3W1NA 3NYZA 7TIMA 4MZ1A 5KZDA 3MP4A 4IGHA 5D30A 2YR1A 3UWQA 3WK0A 4MVAA 5D38A 1JCMP 5HULA 3NM3A 1LYXA 4O28A 2BTMA 4HNUA 1SZNA 3CT7A 2A4AA 1YADA 3P62A 3ELFA 4YLWA 4GUJA 3HPXA 1TTIA 1H61A 2ISVA 3W2NA 5F2IA 2YX0A 3EXSA 1Q45A 5HNRA 1C29A 3W76A 1KW1A 1CX9A 3W1QA 1KV5A 1IF2A 1AL7A 2FIQA 4IXXA 4NJKA 5TQLA 1TPEA 3W2LA 3W70A 3Q58A 2H90A 4I9AA 3SFKA 2C13A 5K7JA 2NV2A 4UTIA 3B8DA 5HR7A 3IIVA 3W7LA 3PS7A 2I9EA 1TPDA 2ZZ1A 3AJXA 3W1LA 2A7NA 2OJPA 1WDWA 3M44A 2TPSA 5HINA 3NQGA 3LXAA 3T44A 4DEFA 1SZEA 1XXXA 3V1PA 4Z1AA 2B7PA 5K2ZA 4FX7A 5K9XA 5DY2A 2FB2A 4Y96A 5CPMA 1YTEA 1VR6A 5LKYA 1KFJA 5DCEA 1XBXA 4C1LA 3IIOA 1HUVA 2CLHA 4Y90A 2OT1A 3NL5A 4FNTA 2PCQA 1B4EA 5F2LA 4MY1A 4GFSA 2NXGA 3NXFA 5D2TA 3BLIA 4BI6A 1FCUA 4JR5A 2H3BA 2EGZA 1PHQA 1OFAA 4WQ6A 1MEIA 2YFOA 2A2IA 3LGEA 4O8RA 3NQ7A 3TK7A 3N9RA 4CNNA 1UUMA 2QCNA 1QCWA 1G4PA 3GYEA 1TPWA 3E49A 1TPUA 5EYWA 2AAMA 1M6JA 3QF0A 3UNDA 3WJXA 3S5OA 4FNPA 3IGUA 3VNDA 4AH7A 1XUZA 2WV8A 1M5WA 1W0MA 1LLWA 1I45A 1F73A 1UCWA 1EPXA 1AW5A 3KVJA 3UQNA 3SSJA 1LORA 3T55A 1OX5A 3R8RA 4Q33A 2DORA 2NX9A 2VEIA 1SUXA 4IUOA 4ZQNA 3TMQA 4TIMA 5DN1A 3IVTA 1VQTA 3M16A 4N4QA 3TIMA 2DZSA 3CTLA 3GDMA 3I65A 3SI9A 3CPRA 1RQEA 1LLZA 3O07A 3CB8A 3PBWA 1WOAA 3LV5A 1SSDA 4LOCA 1AK5A 3DXIA 1GOXA 1SW7A 4IMGA 3H55A 1PIIA 3JR2A 3O6CA 1TO3A 2X30A 3DGRA 5D37A 3L65A 3FYPA 1HL2A 2JKEA 5CGQA 3MMTA 2ZRWA 3BW2A 4LS2A 1X7FA 3TFCA 1KFCA 4HIBA 2ATSA 3HF3A 1QPQA 2G95A 3E0IA 2Y62A 1VYRA 4Y9AA 1VZWA 1LOLA 1K7FA 2NX1A 1TV8A 4PL2A 3M0ZA 1XBYA 2AQWA 4K8EA 2J24A 2JKPA 3B0UX 2JKAA 1S5VA 2YGYA 3P80A 1FQ0A 4NT0A 3S0CA 1TQXA 1B9BA 1TREA 1TJRA 4H6KA 5G2WA 4ZVJA 3NPWA 1H1ZA 3LCWA 3LRLA 3P84A 3TUUA 1IXNA 4XBSA 2NV1A 1G4EA 1W5PA 4K7VA 2B4GA 1NFBA 3TX9A 2GVJA 3N3MA 2NXHA 1SO6A 4W9TA 2OZ0A 2QCMA 4QNWA 1D3GA 3LHYA 4AB4A 2Y7EA 1GYLA 4RJEA 4DBEA 5HWMA 4GUGA 5AYYA 1OFBA 3L2IA 3MBFA 3C52A 3FJ6A 3BGJA 3P82A 2Z0IA 3MWAA 4K7YA 2ZZ3A 1V7YA 1D3HA 4ML9A 3WK1A 4LC6A 3HPSA 3PSWA 4O19A 3LHTA 1FDZA 2I1OA 3SZ8A 1S3HA 4O13A 3DBPA 3QSRA 1F05A 2NWRA 5U4NA 1EB3A 4O16A 3H54A 1ZHAA 4X9SA 3R12A 1JQXA 3TAKA 5D02A 1B3OA 2RDUA 4FNSA 1P0KA 4JTGA 3C2OA 3VI2A 2CLEA 4GRSA 4AF0B 3TROA 3BK0A 4NNAA 3W7RA 3HGSA 2HSAA 3JRKA 4FNRA 4K39A 5AHMA 4GJ1A 4A21A 2R94A 4K6AA 2H8ZA 3C4UA 2P0OA 3O6YX 3W07A 3EWXA 3OVRA 4XTDA 4M5PA 3I7RA 1XCFA 5H91A 3ATZA 2WSQA 2H6RA 3FKKA 1CW2A 2BSLA 3FYOA 4FX6M 2ZRUA 1LP6A 1WA3A 5FESA 1SW0A 5HR6A 2ZZ4A 1HG3A 1OFPA 4M7SA 3UPBA 4IJBA 1I2QA 4QISA 4PH6A 1Q6RA 4WOQA 1OF6A 3LLFA 2QAPA 3DFPA 4LW7A 1OF8A 2VKZG 2RHGA 3P81A 5KZMA 1K3UA 2A7PA 4IMCA 4MKNA 3BG5A 3LV6A 4TR9A 5I3FA 2V2DA 1LBMA 5BOOA 3USBA 1TTQA 2GJLA 3PBYA 2C6QA 2YXGA 2QEZA 3B05A 3N9SA 2JK2A 1YXDA 3P74A 3HO8A 3MHFA 1WX0A 1K7EA 1W3IA 1ZAHA 2HMCA 4O57A 1LZOA 4HNNA 2H3DA 4JIQA 1BWKA 4X3ZA 1BEUA 3QSTA 1UB3A 3NOEA 2V30A 3DKJA 1XC4A 4O18A 2R14A 2A85A 3HG3A 4M6VA 1ZENA 4OBTA 4MLJA 3EX4A 3M5ZA 3W9ZA 1MO0A 2B7QA 4ORMA 4GUIA 1OK6A 4OWGA 1H7NA 3TC7A 3FKRA 2DZXA 1FCQA 4IMEA 3GVGA 1DJNA 3P67A 4RZ6A 1WYIA 2E6AA 2JGYA 4BWLA 3DFQA 4HKPA 2C0AA 3R13A 3N19B 3L68A 3PB2A 4LY8A 5U7SA 3A24A 3FS2A 4MJMA 1NF0A 1YTDA 3SECA 3RFAA 4QSHA 3ATYA 3N73A 3G1SA 3QQ1A 2I14A 4WXYA 2NZLA 1QWGA 1LDCA 1R2TA 3OA3A 3TDFA 1PCKA 2RKXA 3E9AA 3KXQA 3M5XA 4AXKA 4K8HA 3VFLA 4IWWA 3SGZA 3W73A 5J5DA 3W75A 1LROA 4UMBA 3NM1A 4FIQA 3P61A 3TXVA 5K9DA 2X2GA 3DI1A 3CEPA 4LNYA 4FNQA 2WJZA 1KTNA 4DF2A 2V81A 4JTEA 2ALDA 1DL3A 3TQ0A 3RLUA 5BW6A 4AHPA 4KFNA 2ZYFA 3DENA 4ONVA 5G1YA 2YYTA 3LX9A 4NJIA 3YPIA 2GJNA 1TPFA 1J4EA 3NDOA 1S5WA 3IIXA 4YMZA 4FEZA 1VHNA 3BW3A 1OX4A 1U5JA 3UXAA 1GVFA 4H3DA 4RLIA 5G1TA 5A8GA 1FXPA 1WXJA 4IQLA 3NL3A 1LRQA 2JBMA 4IX0A 4WD0A 3H53A 3PR2A 5CSSA 5LSMA 5DELA 1ME9A 1WAUA 3CU2A 3MUXA 4LV9A 2TMDA 3A5VA 3NPVA 3PBVA 1BWLA 1K8XA 2A7RA 3GB6A 3C2FA 1LOSA 1PS9A 1VLWA 2CZEA 1XL9A 4IMDA 3IVUA 3O16A 2J9ZA 5AHIA 3DFSA 1OHLA 2WOQA 1LM1A 1TSIA 5D2WA 4LVDA 3QYQA 4P61A 1DQXA 1S5TA 1GVSA 1FUYA 3NQ6A 2PRMA 3A9IA 3N14A 1M7PA 5BRBA 3W87A 4UTJA 2VEMA 4A2RA 5C6MA 2CLLA 5FEPA 2BXVA 2CWNA 4UTHA 3FOKA 5AOUA 2B0MA 3OVQA 1W5NA 4FNUA 1VLIA 3T4CA 5FEWA 4JX5A 4ADSA 2FJKA 2QCGA 1KTBA 2YCEA 5EKYA 4IXHA 3OG3A 1UBSA 1G4TA 3BW4A 1NSJA 2OMAA 4AMAA 1X8FA 3KX6A 5LNWA 3ABQA 2C3ZA 4O1AA 1VPXA 3M6YA 3C6CA 1SQ7A 3F4WA 1XFBA 3OHIA 4NVTA 4LS1A 1OFEA 1OVDA 3HBLA 3FLUA 3L66A 2FPYA 4A29A 5LGZA 3C2VA 3Q2DA 1TMHA 2V0TA 1T96A 3M1ZA 3GIYA 1F76A 2GQ9A 2PC4A 4BFAA 2J88A 5F2GA 3UYCA 1TTJA 1ONRA 4N9BA 1KM1A 1R2RA 3UWVA 3S6DA 4EIVA 3IRDA 1H7XA 4Z1CA 2QF7A 4QQ3A 3NQAA 1SU5A 4LT9A 4N2YA 4RK8A 2B7OA 3PG8A 4OQVA 4S2BA 4Z08A 1UJPA 2ZZ2A 4GNJA 1O5KA 3CWNA 4UTUA 1H1YA 3TR2A 1ZJIA 5AN7A 5I3HA 3NAVA 3K30A 5EY5A 3BG9A 3GLCA 3NQDA 4FHAA 1VCFA 3RLVA 1H7RA 1GWJA 2XN0A 3EWYA 3LHUA 3L0NA 3E96A 3SIZA 1FDJA 4O52A 3ABSA 1GPWA 4UFMA 3NPXA 4RZ4A 2C19A 3QZEA 1FWSA 3VKJA 1MEHA 4K37A 5LHFA 4HPXA 4MFEA 3L0KA 3W7GA 3O15A 4P2VA 4Y8FA 1EX5A 3RU6A 3P7YA 3FIGA 1ICSA 4MFDA 4XZ9A 4JTJA 4DO5A 2E5CA 3GDRA 4QIUA 2QUVA 1KBIA 1NF7A 1H5YA 1A53A 2ATMA 4OHQA 5AHLA 4DO4A 1XUUA 3G8EA 5AC7A 2R8WA 2GQ8A 3GNDA 2QCDB 1FXQA 5G5IA 3G1XA 4NX5A 1FCVA 3M9YA 4FX8A 3W23A 5IM51 1B4KA 4NJGA 1OFRA 5HJLA 2Y85A 3PULA 3GXPA 1QPRA 2ZRXA 4O54A 4UTMA 2ZTJA 3KVMA 3S8HA 3EXRA 1LTDA 5K4XA 3HG5A 3T78A 4HSOA 2ZA2A 1L6WA 3QH2A 1G7UA 4K38A 3TSBA 4GBUA 4UFLA 3W7NA 1QR7A 4K36A 4CNOA 5FEXA 1VH7A 4JY8A 3O06A 1O94A 3KVKA 2F84A 3M5YA 1NEYA 3FA5A 3P5ZA 4CQ8A 2WO5A 4BR1A 4LTSA 2FQIA 3UZ5A 3T40A 4GUFA 2W0UA 1EWDA 4PL1A 3MYOA 1V5XA 4LV4A 1A5CA 4TMCA 4DXVA 1I2OA 1R47A 1I2RA 4CCDA 3WK3A 3TQKA 1PVNA 2DJLA 4WUIA 2ISWA 2HTMA 1KLZA 2YPIA 3LHWA 4A22A 3FJLA 1T8XA 3MI6A 5AC6A 3TXZA 3D0CA 2OX1A 4OE7A 3G0UA 3UY7A 5E93A 2ZTKA 1I2PA 4TU1A 1OFQA 1KBJA 3DHFA 4L4MA 1SSGA 3TJLA 4PC8A 3AO0A 5E1QA 4J9JA 1YXCA 3NG3A 3B03A 1C8VA 1XDMA 4XBKA 4MY8A 3BO9A 2ZRZA 3S5YA 5HMSA 3WJYA 4JYDA 3MJYA 1ADOA 3UWUA 4LUJA 3UXDA 4FO4A 1MXSA 3W1XA 5J5RA 1VYSX 4JDBA 3QJAA 2Y7DA 1EEPA 3KRZA 3GAYA 5AHEA 4WOZA 1TV7A 2TYSA 2CLMA 3INPA 1QPOA 4M19A 1OYBA 5BMWA 1KM2A 1W3NA 1KFBA 4FB7A 3DKLA 1Q3NA 4I7UA 3CLMA 3HJZA 4YL2A 1DJQA 1NVMA 3A23A 3HGOA 2UV8G 5HWNA 2Y63A 3CIXA 5I3JA 3W7EA 3V75A 3W1MA 5DBTA 3G1HA 1YXYA 3STEA 3DFOA 1C9DA 1H7WA 3W71A 3W7OA 4WY0B 3EWUA 3GKFA 1G69A 3LI0A 3DZ1A 3PC0A 4JGDA 1RR2A 4UR7A 4WJEA 3W7HA 3O05A 3PY2A 2ISSA 1RD5A 1RZMA 1VYPX 4JTKA 4C1KA 1W5MA 5D09A 1TV5A 3G3MA 3G8RA 1UUOA 3N2MA 3G18A 1PV8A 3ZWSA 3W2UA 4B5NA 4EWND 1OFOA 3U6WA 5TBOA 1H51A 1QPNA 4OT7A 2E5BA 4EF8A 4NJJA 4AF0A 3TC6A 3RMJA 3UZJA 3T7VA 3SW6A 4DO6A 1KLYA 4N4PA 1I2NA 1LRTA 1W3TA 4G1KA 3O1NA 1DHPA 3Q94A 1W5OA 4O4WA 3BG3A 1YTKA 4O15A 4MPQA 1X1ZA 2C1HA 1GYNA 3S1VA 2GQAA 4O1BA 1JVNA 2Q3RA 3SJ3A 4QNEA 3W1UA 3MP5A 5LNVA 4HHPA 2VFGA 1TPVA 1M7OA 3W7PA 1F5ZA 2CZFA 1KV8A 4XWUA 3L5LA 5F2MA 4O1CA 3EX1A 2V9DA 1UASA 1Y0EA 3PF3A 3C56A 3LTPA 3NL6A 1G7VA 1H63A 3NQVA 2GOUA 3GR8A 3WJSA 3KRSA 3QC3A 1SR9A 2W6RA 3NVTA 4JDYA 3PVFA 4WX2A 2F7FA 3N34A 4PCFA 3W88A 3LCIA 3LXCA 3UD6A 4ZQOA 1OABA 3DHDA 3C2EA 1ME7A 3M43A 4O12A 2J9YA 4M7TA 5A5WA 1EP2A 3NZRA 2ZZ6A 2YW4A 4O4VA 3GDTA 4JTFA 4LU0A 4UFJA 3ZFHA 4NNCA 3LM7A 3CIWA 4M6PA 1Q6LA 1PL9A 3TMLA 4QM1A 2E5DA 3EX3A 3MHUA 2Y88A 4OV9A 2O7QA 5D33A 5EPDA 2Y70A 4I7WA 3CM4A 1KM6A 2QCHA 3QPZA 3W1PA 2J27A 3NQCA 1EIXA 2VEPA 4O14A 4UTTC 3TW6A 3MHGA 4X22A 1AG1O 4R34A 4O50A 4UMAA 2DP3A 3G1VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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