4PL2A

X-ray crystal structure of c118a rlmn from escherichia coli
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
358
structure length
350
Chain Sequence
KINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDIDDVIDRTKRTLRKRM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization of a cross-linked protein-nucleic acid substrate radical in the reaction catalyzed by RlmN.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 131
structure length 350
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2014-05-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4pl2A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pl2A02
4DF1A 3EX6A 5K9XA 2FFCA 5G2IA 2AGKA 3STGA 3NQGA 4ZQOA 1LRNA 3R2GA 4XQ6A 5A5WA 2OT1A 3E9AA 3GNDA 3NNTA 3CQ0A 1JR1A 3G1HA 5HWMA 4NNBA 3LCLA 1YLVA 4AEOA 3WJYA 1MEIA 2GQ9A 3IIZA 3CEUA 3HPZA 3DFOA 1JJKA 4UTJA 3IIPA 3LI0A 3P80A 3BGJA 1WV2A 5D2VA 1AW2A 2BZNA 3ZFHA 4ADTA 3B0VC 3N14A 5D2WA 1IF2A 3BVJA 1FX6A 3OIXA 4E2BA 1Z44A 2Z6IA 4LW7A 4N9CA 4CCDA 4J9JA 5DBUA 3NVTA 3HJZA 1KTCA 3LHUA 3NL6A 2PRLA 1SQ7A 3W1AA 3S1UA 4K36A 1D9EA 3TH6A 3M47A 4OV9A 4AWUA 2BLEA 3NQAA 1QPNA 5C6MA 4O53A 4JR5A 1TQJA 3VI2A 1ONRA 2NWRA 1GYLA 3HGJA 4KFNA 1W37A 2NV2A 4PODA 4GXMA 3TW6A 2YW4A 5EYWA 1FDZA 2ZQ0A 4DPQA 2ALDA 4IUOA 5EMUA 1A5SA 1SSDA 4WY0F 4DQWA 3CIXA 3IVUA 4NJHA 4OBTA 3GZ3A 4NT0A 1W56A 1I2RA 4XKYA 1W3TA 5LNUA 1UBSA 1TPC1 3W7PA 2GVLA 4LT9A 3KVJA 3MBFA 3HMJG 3L65A 4P2VA 1VPXA 1KV5A 3NQFA 1P5BA 4O13A 5BMWA 2QUVA 2GVGA 1TMHA 1TPFA 3E12A 4M19A 1SZFA 1QO5A 5DY3A 4HNVA 2FTPA 1W5QA 2CZDA 4RZ6A 3T40A 1TTIA 3N2MA 3BGGA 4LVDA 2X16A 2ZRXA 3W7QA 2FPYA 2BWGA 3LOTA 2ZDRA 3SGZA 1H50A 3WK1A 4TMBA 4N9BA 1Z42A 4R7JA 3GAKA 3ZS4A 1QOQA 3LTSA 4RJEA 5FF4A 3BG5A 2Y62A 3C0JA 3IVTA 3SY5A 3C6CA 4NZFA 3LCXA 3PBYA 1QR7A 3TCEA 2F7FA 3I68A 2B7QA 5DCDA 3LHWA 2A5HA 3W7DA 3C2EA 4WY0B 1ML1A 4RX0A 3S1VA 3LLDA 1LOLA 1KTBA 1WOAA 2OT0A 2CZFA 3KRUA 3GXNA 4XZ9A 5HWJA 4DELA 1KLYA 3W1TA 4LV9A 1KM4A 4I9AA 4JX6A 2C19A 1T99A 3DFPA 4YWIA 2CLKA 1LM1A 2FPTA 1X8FA 3FA5A 5I3IA 4M5PA 1ZHAA 3LXCA 1JULA 4A3UA 2QF7A 4JICA 3W71A 1ZCOA 4IMDA 1JCYA 1DBTA 3TX9A 1OK4A 5AOUA 4FO4A 4O1AA 1SW3A 1XM3A 3QMRA 3W6YA 1OVDA 1UUOA 3UPWA 3BG3A 3DFQA 3PBUA 4ZZ9A 3M16A 2G97A 1L9WA 1OFAA 3OVQA 1JRCA 3N19B 4XBKA 3RLUA 1CW2A 2Q3OA 5F2GA 1O4UA 5LNSA 1S5TA 1O5KA 1K7EA 3OEXA 4HSNA 4IQLA 5DXXA 3QZEA 1OX5A 1THFD 3M9YA 1JQXA 4X9SA 4JTKA 3CEPA 4TX9A 2X1UA 1G4TA 2Y89A 3L66A 3WJWA 3TMLA 4JX4A 2I14A 4IMFA 3L67A 3UXDA 1OYAA 4JDBA 3T4CA 1X7FA 2R91A 2Y6ZA 2VFFA 1LRQA 2VFGA 3M1ZA 5MHBA 4PCFA 2ZBTA 5LKYA 1H7WA 3PG8A 4IMGA 4I7VA 3V75A 5I3JA 3U6WA 3ZWSA 1VRDA 5H2ZA 3S5OA 3L68A 1J5TA 3HPSA 4S1FA 2AAMA 3OVRA 4O4VA 2F84A 1H7PA 1XUUA 3TC6A 3M5XA 2IQTA 2YX0A 1H1ZA 3FYPA 3VNDA 4UNLA 2ISWA 3W74A 2VC6A 1JVNA 1EWDA 3GDMA 1TPH1 4W9TA 3LHTA 3SFKA 1YTDA 3P62A 3PR2A 3W07A 1QNVA 3LCIA 3UQNA 3Q94A 5AC6A 2W0UA 4GC4A 3W2NA 1OYCA 3BPWA 4DBDA 4S2CA 2WNNA 3TKFA 1QO2A 4X22A 2NX3A 3W7CA 4H4IA 3N2XA 4EIVA 3PG9A 3P5ZA 2ZZ6A 1K7XA 3C4UA 3HG4A 4O52A 4O14A 5HULA 2DORA 5AYYA 1OFEA 2DP3A 1TJRA 4WZHA 2X1RA 5AN7A 3ABOA 2J9YA 1O60A 5I3KA 4TU1A 3LDVA 4O11A 4ALDA 1Q3NA 2FDSA 1I8JA 3Q2DA 3EX3A 3N3MA 4GUHA 2B4GA 3WFAA 4LC6A 2EHHA 1EP3A 4P61A 5D37A 1WYIA 1SO4A 2JKPA 1YXDA 2OX1A 2H90A 3MP3A 3TIMA 5HWNA 2P10A 2YFNA 2EPHA 4WY0A 1IXPA 2JGQA 1DJQA 1CI1A 2QCMA 5K4XA 2QCLA 3BK0A 1FWRA 3KAOA 2HTMA 4PTNA 3QM3A 2CZEA 2GUUA 5LSMA 1MEWA 3DKJA 4AHOA 2CZ5A 3SR7A 1U83A 5CKSA 1QCWA 4U4MA 3GDLA 1LTDA 2TPSA 3UY8A 2QCHA 3TMQA 3DBPA 3CM4A 4BI5A 1L2UA 3W1LA 4JNMA 4UXDA 1B4KA 1Z48A 1OHLA 1YXYA 4CNPA 1F74A 4JY9A 4Y8FA 1ALDA 1AW1A 4NU7A 2NV1A 3CHVA 1WBJA 1VGAA 4ADSA 3W1NA 3W7RA 1SZGA 3NQ7A 4PL1A 4O1CA 1GEQA 3PSWA 4D2JA 3W7GA 1TIMA 3B4UA 4R53A 1YTKA 5F2IA 2FIQA 3TXVA 4FIQA 4A2SA 3JR2A 1QPQA 1XBXA 1O5XA 3NPVA 4Q33A 3C8FA 1FCVA 4LVBA 4UR8A 5EKYA 4GBUA 2E6YA 4EOUA 2Y7GA 4LUIA 5LGZA 2Q3RA 3EEGA 3BW4A 2G95A 1UJPA 4XWUA 3WJZA 3MYPA 4ZQRA 5BOOA 3CTLA 1IXNA 3QMSA 4MY1A 4UUIA 1SUXA 1DORA 3QC3A 4PA8A 4N02A 3MI6A 3KVMA 1SW0A 2ABAA 2V9DA 5H91A 2BX7A 3W2UA 3MUXA 4O0ZA 4XTIA 4CCCA 4E2DA 3GYEA 5KSWA 4MJZA 4OE7A 1T0OA 1RVGA 3G1XA 4LRSA 1TPEA 4LS0A 4M7TA 2ZZ2A 3S5NA 4DO6A 2QDGA 3I6RA 3DI1A 4MKNA 2C6QA 3KVKA 5E93A 2NWSA 4NJKA 1TYGA 1UB3A 5FF2A 3L5LA 4ZQCA 1KBJA 1YXCA 2DZTA 2EKCA 3P61A 4HKPA 1Q6QA 3MO7A 5BNKA 1SZNA 3DENA 3STCA 3S9YA 4H6KA 3R5EA 1HG3A 4O8RA 5AHLA 5LHEA 2HMCA 4MFDA 2HS6A 2TRSA 2YFOA 2DZWA 3D0CA 1OX4B 1EPXA 1V7YA 3HIJA 5CSRA 3KRSA 3O63A 3QQ0A 1N55A 4JTSA 3SI9A 3F4WA 4FNUA 4HNNA 2GVJA 1NF0A 1NAL1 4JTHA 4MZYA 1OFPA 2A7NA 1AMKA 4OQVA 4OHQA 3G1AA 2XFWA 2HSAA 2ZRUA 2ZYFA 4QNWA 1KFKA 4TR9A 4IPJA 3TNOA 2QCFA 4JTTA 2RH9A 1EB3A 1Q6OA 1VYSX 2YCEA 1K8YA 4R33A 3W7OA 3TE9A 5K9DA 1TREA 3GDTA 1PIIA 5BMXA 3MP4A 4UFJA 1PHQA 1QAPA 1I2PA 1W8SA 1H7RA 3NQMA 5D2YA 4OV4A 1VLIA 3NM3A 3IGUA 1SU5A 1RQHA 1R46A 4JYFA 3IRDA 4N6FA 3NXFA 5KTLA 4UC5A 2Y88A 3GAYA 3ELFA 2JBMA 2YYTA 4ONVA 1XBZA 3GDKA 1LROA 4KFOA 1OFBA 1MXSA 2JGYA 2BSLA 4JYEA 2QJGA 1BKSA 3QH2A 1KFJA 1I2QA 4NJJA 1KM3A 4YLWA 2PE4A 1M7PA 4HSOA 3M0ZA 1Q6LA 2B0MA 4FX8A 5K3VA 3FEMA 2GOUA 3GIYA 4A29A 1B57A 4UIOA 3S1XA 2ATMA 4JTLA 3DGRA 3G22A 1L6YA 1LLZA 1PL9A 5LNVA 4UFLA 1IXQA 3TFXA 3CIWA 2C15A 3NPXA 2GJNA 3O8AA 5HQEA 2YYUA 2WV8A 3I65A 2CWNA 4CQAA 3UWZA 3BLFA 1J2WA 1C8VA 4S2BA 2NUWA 1OYBA 5CPMA 1W0MA 2VEMA 3LHZA 5FF7A 2ISSA 4JD4A 1RZMA 2WKJA 1SO5A 3L0NA 5AHEA 3P74A 1FY6A 1K8XA 3EWBX 5U7SA 4LU0A 3S1WA 4AHPA 2CLEA 1TTJA 4LS2A 3NOEA 3W2JA 2ATSA 4GNJA 3S8HA 1ME9A 1ADOA 1JCXA 1H62A 2YXGA 2VFIA 3HF3A 5G2HA 3M41A 5CZSA 4H3DA 5AC7A 2NX1A 3TA6A 3P84A 1FCUA 4JGDA 2OCZA 3LCFA 1W5OA 3MYOA 5HR7A 1JRBA 3PUEA 3L2IA 5K4ZA 3M43A 3S5YA 5TIMA 2Y7FA 4CNOA 5G1TA 3KRZA 2A6LA 1TB3A 2WQPA 2VENA 4M6PA 1I2NA 1TTPA 1KFBA 1TCDA 5D32A 2FPVA 3L21A 3NL3A 4N2YA 5FEWA 3MP5A 4O19A 4YMZA 3LB0A 1A50A 4YCOA 1OF8A 1OX4A 1GVRA 1M7OA 1WAUA 3I7SA 4ZVJA 1DHPA 3NPWA 3CC1A 5AC8A 1VHCA 3FYOA 3ATZA 2A2IA 3W75A 2E5DA 1B4EA 2GQ8A 3EX2A 1R30A 3FJLA 5K9CA 4LOCA 3BARA 2ZZ3A 4JY8A 2C1HA 4K8HA 4CQ8A 4FNRA 3A5VA 2FLIA 1W3NA 3NL5A 1I2OA 1XI3A 3W72A 5HR6A 3CT7A 5FEPA 3RK8A 1F5ZA 4WXYA 3RU6A 1KM2A 4GFSA 4K6AA 3VKJA 3B04A 5TBOA 1JQVA 2ZZ7A 4LNYA 2VXNA 2H8XA 3M44A 4NXSA 1MZHA 2RHGA 2J88A 3W70A 5C2XA 5FESA 3RLVA 3TDFA 1N7KA 4PFMA 5LZLA 1G7VA 4PC8A 2CLMA 1OABA 5G2WA 2YGYA 1NVMA 1N8FA 1G6CA 3PS7A 3L5AA 2YZRA 4XBSA 4A22A 1TO3A 3O05A 3BV4A 4QITA 1OFRA 3CU2A 3PULA 3PWAA 1FDJA 2VEIA 4DBEA 5G4EA 3S5ZA 1DQXA 5KITA 4TO8A 4Q32A 4IMCA 2YPIA 3MI3A 1W31A 1SSGA 4FXRA 1DVJA 2C3ZA 4FNPA 2ZTKA 1FCQA 1WDWA 3FFSA 3QEZA 3UZJA 2AQWA 4WX2A 4O50A 4M7SA 1F6KA 3PBWA 2JKEA 3G3DA 1LP6A 3TAOA 3NQ8A 4K8EA 4O17A 1VC4A 3EB2A 4DEFA 3BLIA 3TQ0A 1YDOA 4Z08A 3NZRA 3WJSA 1T96A 3AO0A 3GR7A 4RXFA 1EP1A 1SO6A 3EWYA 4UTIA 2WPBA 3GKAA 4LTSA 3G3MA 5HUOA 5CSSA 3FKRA 1A53A 3O1NA 4HPJA 3W9ZA 2QJIA 1F73A 4FB7A 4TIMA 1VYPX 3W1PA 1DKWA 2WO5A 3NQEA 3LHYA 4GE8A 4I7UA 1KM6A 3EXTA 4GUFA 1RD5A 2XN1A 4QSHA 2JK2A 3GKFA 2WJZA 1EX5A 2Y85A 3C2VA 5L6UA 4RCXA 3MI2A 2BTMA 4FX7A 2Y63A 4NXKA 2PC4A 3TK7A 3LX9A 3B0UX 2RDTA 3PSVA 4BF9A 3N73A 2TMDA 2NUXA 4AH7A 1GZGA 1NF7A 4MYAA 3W2MA 1ME8A 1FCBA 2ZCGA 5LNWA 1PCWA 3UWWA 4U28A 4BFAA 1KM5A 1SPQA 2NXGA 5IBXC 3O07A 5EL1A 4LWWA 5DN1A 4AAJA 1R2TA 3TXZA 4NQ1A 2H8ZA 2OJPA 5KZEA 4UTTC 2ISVA 3GX9A 4LV4A 1G69A 2PCQA 3ABSA 1G7UA 1K7FA 1XFBA 4I7WA 2P0OA 2WSYA 4JTEA 2NXHA 1ZJIA 4RKAA 3OBKA 2YDAA 1TPVA 4Y6GA 1W1ZA 1HFBA 2ZRWA 1R2RA 4O28A 1GYNA 4O1BA 4LUJA 1LOSA 2TYSA 3W88A 5AYZA 5AHMA 4RLIA 5I3GA 2Y61A 3WK2A 1PVNA 1HUVA 4Y9AA 4Z1BA 4IOTA 3WK3A 2ZZ4A 3G8RA 5LNRA 3G1YA 4Z0SA 2WNZA 5SWUA 3SZ8A 1SFLA 2YR1A 3IVSA 3C61A 2DZSA 3M5VA 1HO4A 3IV3A 3BO9A 3DH7A 5LHFA 2TSYA 1XKYA 2C0AA 3E49A 4O57A 1LCOA 3H54A 4JTIA 5DXYA 1EUAA 2ZRYA 5HJLA 3LERA 2E6FA 2JKAA 4O0KA 3OG3A 1VLWA 5F1UA 1BTMA 2CU0A 5D04C 4AF0B 4AXKA 2I1OA 4NX0A 3TV8A 5IM51 2QCGA 3FS2A 3S0CA 3KX6A 3HBLA 6TIMA 3SGUA 3C2FA 3PM6A 3UZ5A 3LCGA 5F2LA 5G4WA 1OX6A 4XUGA 5IBXA 3HOJA 3KHJA 4MZ8A 3ATYA 4FIRA 3P5YA 2CLHA 4MYXA 3FKKA 3YPIA 1YDVA 1NEYA 1TJPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DF1 A;  3K1R B;  2WB1 C;  2V38 A;  5K9X A;  9ICM A;  2D0H A;  6CGT A;  4GVH A;  4AYB F;  2PBG A;  2ZC8 A;  2I6X A;  4EP8 C;  4AEO A;  4C7G A;  2YL5 A;  4A05 A;  5DX7 A;  5KET A;  4IG2 A;  3BGJ A;  1R8L A;  1C3F A;  1OAD A;  5F9N A;  5ALK A;  3SSZ A;  3BAN A;  3S9I A;  1IF2 A;  2PWE A;  2VWT A;  4UBC A;  3GVV A;  1L0P A;  3OZM A;  4GOA A;  3VZY A;  3N9K A;  4N9C A;  1SYT A;  2QXW A;  5J0O A;  1PTD A;  1KTC A;  2CCR A;  4ILS A;  3LHU A;  2WSK A;  2KIW A;  2F1J A;  1K6W A;  4F2U A;  5GJN A;  1D9E A;  5J8Y C;  3WNP A;  1QPN A;  1VLB A;  5C6M A;  1HQT A;  2HPI A;  3ITV A;  2NO5 A;  3S2N A;  1A5K C;  1ONR A;  4KFN A;  1PEZ A;  2RGL A;  2ASH A;  2FHB A;  3AI0 A;  1FDZ A;  1DJG A;  4IF2 A;  2ALD A;  1W2V A;  2IOH A;  4FLR A;  5GPR A;  3URQ A;  1SSD A;  8ICI A;  3H2O A;  1E55 A;  4NJH A;  3GZ3 A;  4B90 A;  1UZ1 A;  1JF5 A;  1W56 A;  3KFU F;  3LYS A;  2VX6 A;  5A6A A;  5CJ5 A;  4MB4 A;  5KTQ A;  1TPC 1;  1CB7 B;  4LT9 A;  1I60 A;  1LL6 A;  3MBF A;  3B8U A;  3TTQ A;  2HV5 A;  1EJT C;  1KV5 A;  1X6L A; 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 3R25 A;  5EWG A;  2R6O A;  3GU2 A;  3UZW A;  1E6P A;  1J93 A;  2XY5 A;  2H3Z A;  1A4M A;  2PDF A;  4BKN A;  3QW4 B;  4UOZ A;  3W2K A;  4O5K A;  5AIC A;  1O94 A;  5HMS A;  4IGS A;  3PJU A;  3R0K A;  1WA3 A;  4QIS A;  5EMM A;  5T9C E;  1MDR A;  4BQ2 A;  4ROP A;  4WOZ A;  4FA3 A;  2VL4 A;  1HP5 A;  2OLS A;  1R9Z A;  3V0U A;  5AKE A;  2W7O A;  4I29 A;  1TRI A;  3G1S A;  1EGV A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 4DF1 A;  3EX6 A;  2WB1 C;  5K9X A;  2FFC A;  5G2I A;  2AGK A;  3STG A;  3NQG A;  4ZQO A;  1LRN A;  3R2G A;  4XQ6 A;  4IC9 A;  5A5W A;  2OT1 A;  3E9A A;  3GND A;  3NNT A;  4AYB F;  3CQ0 A;  1JR1 A;  3G1H A;  5HWM A;  4NNB A;  3LCL A;  1YLV A;  4AEO A;  3WJY A;  1MEI A;  2GQ9 A;  3IIZ A;  3CEU A;  3HPZ A;  3DFO A;  1JJK A;  4UTJ A;  3IIP A;  3LI0 A;  3P80 A;  3BGJ A;  1WV2 A;  5D2V A;  1AW2 A;  2BZN A;  3ZFH A;  4ADT A;  3B0V C;  3N14 A;  5D2W A;  1IF2 A;  3BVJ A;  1FX6 A;  3OIX A;  4E2B A;  1Z44 A;  2Z6I A;  4LW7 A;  4N9C A;  4CCD A;  4J9J A;  5DBU A;  3NVT A;  3HJZ A;  1KTC A;  3LHU A;  3NL6 A;  2PRL A;  2KIW A;  1SQ7 A;  3W1A A;  3S1U A;  4K36 A;  3M7D A;  1D9E A;  4U7C A;  3M47 A;  4OV9 A;  3TH6 A;  4AWU A;  2BLE A;  3NQA A;  1QPN A;  2W7P A;  5C6M A;  4O53 A;  1PVR A;  4JR5 A;  1TQJ A;  3VI2 A;  1ONR A;  2NWR A;  3SMV A;  1GYL A;  3HGJ A;  1W37 A;  4KFN A;  2NV2 A;  4POD A;  4GXM A;  3TW6 A;  2YW4 A;  5EYW A;  1FDZ A;  2ZQ0 A;  4DPQ A;  2ALD A;  4IUO A;  5EMU A;  1A5S A;  1SSD A;  4WY0 F; 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