5HR6A

X-ray crystal structure of c118a rlmn with cross-linked trna purified from escherichia coli
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
354
structure length
353
Chain Sequence
INLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDIDAAGQLAGDVIDRTKRTLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic capture of a radical S-adenosylmethionine enzyme in the act of modifying tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RlmN methylase
molecule tags Transferase/rna
source organism Escherichia coli
total genus 131
structure length 353
sequence length 354
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2016-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5hr6A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5hr6A02
3Q58A 3W1RA 3G22A 4PH6A 1QDSA 2TSYA 2Z2UA 3P8IA 3C8FA 3DHDA 3QEZA 2HTMA 5SWUA 2H6RA 5H2ZA 1VGAA 4WXZA 2V5LA 3SR7A 4BK9A 3RF9A 3BGJA 3NQVA 5D2WA 1YYAA 1FCBA 2RDWA 3LLFA 4FX7A 3TSBA 2GUUA 1LZOA 3NG3A 5DLCA 1HL2A 4GNJA 5A5WA 4JTSA 4CCCA 1FWSA 3P74A 1K8XA 3IVUA 4IMGA 4N9BA 1IXQA 3FFSA 4ICNA 4UFJA 2GVGA 2DP3A 1R30A 4CQ9A 2VC6A 3M44A 2BTMA 4RCXA 5LNVA 4IQLA 2OZ0A 3LOTA 4NU7A 1R47A 1FXQA 3W7PA 3TC7A 4NX5A 2A2IA 5BW6A 2GQ8A 2QCEA 1KFLA 1LBLA 4JS3A 4LS1A 5K4ZA 5G1YA 2JKAA 1UUMA 4DO4A 2KZHA 4RZ4A 3T7VA 4IXXA 1A5BA 3O05A 4O18A 4TO8A 4JXCA 1X7FA 2TPSA 4MIMA 1IXPA 3MP4A 2JK2A 2C18A 2I9EA 4MY9A 3EKZA 3HQ1A 3G1SA 3KRUA 2X30A 2Q8ZA 4LU0A 4NJJA 5D37A 3A22A 3S6DA 4TR9A 2ZFAA 3SIZA 5BRBA 1HUVA 3BARA 1YADA 2I14A 1W5MA 3W2JA 2HSAA 5AOUA 2VELA 2ZZ3A 4I7WA 5CZSA 1VHNA 5KITA 1EWEA 1RD5A 4QITA 4H6KA 2NUWA 1H7PA 4QIUA 4LRSA 4Z1AA 1PE1A 2E6YA 3FIGA 2ISSA 4O1BA 5HINA 3VE7A 1Q45A 4Z08A 3M5YA 4NXSA 1EB3A 3Q94A 3HF3A 3TROA 2JKPA 1VLWA 4ADTA 4RK8A 2QF7A 1VS1A 3NOEA 5AC7A 2QUUA 1GVSA 4LV4A 1Z48A 4CCDA 2WO5A 2GJNA 3L21A 1SO6A 1NFBA 3AJXA 3T40A 4ZMGA 5D2XA 3BGGA 1EIXA 4A29A 4JX4A 2E68A 1OX6A 4JTIA 1XDLA 4AHOA 2VFIA 2Y62A 3MO7A 3QFEA 1DOSA 1XKYA 3VE9A 5I3KA 4LV9A 5AHMA 4CQ8A 1OYAA 5DY3A 4HHPA 3NQ7A 3B0VC 4WD0A 1QWGA 3TIMA 3W7QA 4M19A 4YL2A 4O13A 3S5YA 3MWAA 4FNSA 2WSQA 4RZ5A 4O12A 5G2HA 1ZNNA 3C2VA 3FEMA 1DJNA 1JUBA 1Z44A 1UUOA 3EEGA 1AK5A 1GTHA 3CHVA 4HPJA 2C0AA 3BW3A 2C16A 4Y6GA 3TR2A 3LHWA 3MBFA 3NDOA 5EMUA 3FA5A 3W73A 3CPRA 4MJZA 3PULA 2BWGA 3EX1A 1G69A 1MXSA 5EPDA 3KOFA 3W2UA 3R13A 4LS0A 2ZZ4A 2NWRA 1PV8A 2FB2A 3TDFA 1KM2A 4IMCA 1IGSA 3S5OA 1JRCA 3F4WA 5DY2A 4ZL1A 2BLEA 1KBIA 5EY5A 3HPZA 2ATSA 3DKJA 2J9YA 1LRQA 3GXNA 3LCFA 3WJYA 3CT7A 3W7KA 3MHUA 4A3UA 1LP6A 3MI2A 3L67A 3G24A 5CSRA 2Z6IA 2R91A 1SSDA 4NX0A 4O4VA 3E0IA 4LVGA 4KKXA 5H91A 2J27A 2H3DA 2V2CA 4C1LA 2ZBTA 1N7KA 3NQCA 4YWIA 4TMBA 5C6MA 1EX5A 1DL3A 1GYNA 1QPRA 1KA9F 5EA9A 4RR4A 3NM1A 3LRKA 3A21A 1OFEA 4LY8A 5CPOA 3THQA 4BI6A 4UMCA 4IUOA 2EHHA 1VR6A 2O7SA 1A50A 1TTJA 3PBYA 4WOQA 3STFA 4UNLA 3STCA 3S8HA 3EXTA 4YLWA 5G2IA 4PFMA 3I7QA 3N2XA 4MUZA 5IM51 3NQAA 4N9DA 4QNEA 3W87A 1WOBA 1E51A 1NSJA 1PCKA 2GPTA 1OFOA 1GJPA 4GC4A 1OK6A 3G1VA 2FLIA 1LLZA 2EAWA 4IPIA 4MY1A 2CZ5A 3GYEA 3GVGA 3RK8A 2ZZ5A 3O06A 3BK0A 2NLIA 1S3HA 5L9FA 1H62A 4H3DA 3BLFA 4WY0F 3HGSA 2YZRA 3PWAA 4UMAA 1XBVA 4AWTA 4GRSA 2YXGA 3P61A 1EUNA 1KM0A 5K9DA 1NF0A 1RQEA 1FX6A 2Q3RA 2XN1A 1B4KA 3PBUA 3HGRA 4N9CA 3TJXA 2NUXA 1SFJA 1VYPX 1W5QA 3EWUA 1I45A 4FEZA 4FIRA 3EX6A 1FDJA 3S1UA 4O17A 4RLIA 1K7FA 1ICSA 2QCGA 4JR5A 3WJWA 2Y7FA 1H7WA 1XBXA 3HPSA 1OX4B 4E2BA 5K9CA 1AL7A 3UZ5A 2OJPA 1JCLA 3L9CA 1G4SA 3QZEA 5KZMA 3UPBA 1YDNA 4Y8FA 1P4CA 3NQEA 4KFOA 3TE9A 5LNRA 4PEKA 3PUEA 4IPJA 4Y96A 1XL9A 3I68A 4AXKA 1JUEA 4O28A 1PHWA 3GAKA 3B03A 2ZZ7A 3H53A 1EP2A 1KM3A 5LKYA 4JIPA 1ZJIA 1SSGA 2OMAA 1ADOA 3WK3A 2QJHA 1ONRA 2G5WA 4M5PA 4UTIA 3M5XA 3V1PA 4WUIA 5K3VA 2XN2A 2QR6A 5G1TA 3A24A 1O5KA 1RR2A 3HOJA 2BXVA 4N9EA 3C2RA 3HG4A 3B0UX 3M47A 4JN6A 3RNDA 4GUJA 2A6LA 3PM6A 3HIJA 4IMDA 3QJAA 2A4AA 3U8GA 4XBSA 3LI0A 3B04A 3FYPA 4JTGA 1G67A 3S9YA 4JNMA 3O63A 2E77A 1TMHA 2ISVA 3W1MA 1PS9A 3OVPA 1GG0A 1O60A 4UTHA 1R2SA 3PB2A 5F4XA 5FEPA 4AHQA 4ZQMA 3W88A 1Y0EA 4A2SA 1JCNA 2YYTA 4JTTA 3N19B 1EP3A 1THFD 3E49A 3DFPA 1TPH1 3BVJA 4UTWC 2DJLA 1M5WA 4UFIA 3P67A 4LNYA 1FWWA 1JVNA 3CC1A 3G8EA 3G3DA 1FDYA 2PE4A 4AWSA 3B8DA 3BO9A 2HS6A 2DJXA 4QSHA 3PR2A 3NZRA 3LHVA 4NZJA 1V7YA 1G4TA 3NQGA 1CI1A 2WNQA 4EIVA 1AMKA 4RX0A 3O8AA 4R33A 4HSOA 4AAJA 5FF4A 2NV1A 5AC8A 2R8WA 3UNDA 3LXAA 3WJXA 2A5HA 1H51A 1TPB1 3W1QA 1AG1O 4BF9A 4OV9A 3KVJA 4GJ1A 4O57A 3GDLA 1HG3A 1H63A 3KFTA 4HIBA 1KFCA 1I2PA 4LVBA 4X2RA 5BOOA 2EF9A 3EKLA 4DXVA 3C52A 1FUYA 2QCDB 3CTLA 3HGOA 2DU2A 2TMDA 1YTKA 3BLEA 5TIMA 2PRHA 5BMWA 1TJPA 1M7OA 3TKFA 3W9ZA 2YCEA 2V0TA 3IVTA 4LC8A 1LROA 4QNWA 2FPYA 2E5CA 1ICPA 1OX5A 1SQ7A 3C3NA 5K4XA 3CEUA 2V5BA 4MY8A 1F6KA 3QRHA 1K8YA 4QISA 1RQHA 1MEWA 1YTDA 3NQMA 2BX7A 3OG3A 1H7XA 4JTUA 4Y9AA 5U4NA 1LDCA 4JTKA 1P5BA 3RFAA 4E38A 4HNUA 4POCA 3WK0A 5F4WA 3TW7A 1GEQA 1EEPA 2J88A 4JYEA 3DI0A 3W6YA 4ONVA 1Q3NA 1T99A 1EWDA 1SW7A 4ZQOA 1ME9A 4W9TA 5AHNA 2B7OA 1TREA 3A23A 4OU1A 3F03K 1LYXA 3MP3A 3L65A 4WZHA 4AB4A 1OK4A 1T8XA 5I3GA 3CU2A 1K7EA 1TB3A 3PSWA 1ML1A 4WY0A 2RFGA 3F1QA 3BG5A 3LCIA 3VFLA 1TYGA 4O11A 2GQAA 4WXYA 3W7HA 2NXHA 1TPFA 1TQJA 4UCGA 3LGEA 3VKJA 1JULA 1H7NA 1ZAHA 2OT1A 1GVRA 2VEMA 1DV7A 3DBPA 3N9SA 1GPWA 3BG9A 1OYCA 1ZFJA 3C4UA 4ORIA 4FO4A 3CEPA 3O15A 1G4PA 1W0MA 1FCVA 1DJQA 5FF3A 3LLDA 3PG9A 2EPHA 5HWMA 1H7OA 3WK1A 3THAA 3TV8A 1MZHA 3EX3A 3DFSA 3LXCA 3M0ZA 3P80A 1TRDA 4M7TA 3QMTA 4GUIA 3E02A 1LORA 2YX0A 1W3TA 2VENA 3LCWA 7TIMA 5D09A 1GVOA 4JX6A 4S1FA 3FOKA 5FF0A 3MBDA 1VC4A 1JRBA 1KM6A 1QO2A 5C5YA 3TQKA 1JJKA 4XZ9A 5G4EA 2DZTA 2QUTA 3MW7A 3DAQA 4MZ1A 2P0OA 2WOQA 2A6NA 1SPQA 2YW4A 4OGZA 3UQNA 1ALDA 1LOQA 3HBLA 1JR1A 5CGQA 3QPZA 2V2HA 4O4WA 4DF0A 3KVMA 2V2DA 3ANYA 3OEXA 1TTIA 3W7OA 3MI3A 1FDZA 2YR1A 3HB9A 4NJKA 1U5JA 2CWNA 2TRSA 1O95A 3IGSA 5HR7A 1DQWA 1IF2A 3PAJA 3R12A 2PC4A 5HWNA 4O14A 4UFHA 1UASA 3EWBX 5DBUA 4JDBA 4CQAA 4KFPA 3GDKA 3I7SA 1A53A 4FX6M 3MUXA 1X1OA 1I4NA 1SO4A 3SECA 1OFQA 1I8JA 3B0PA 1XUUA 2JKEA 2ZRUA 3W86A 5LZLA 5EBUA 1OFPA 2QCLA 3DFOA 1FWRA 5HUPA 3GB6A 2DZXA 1YTEA 1SZFA 2Y70A 4UTTC 3AO0A 4GUHA 2NXIA 3M9YA 3T44A 4UTWA 1C9DA 3QPYA 4OE7A 3MYOA 4JTEA 1PIIA 2YGYA 3RLVA 2X1TA 1QCWA 1TJRA 1I2QA 3PBWA 2J6XA 1W3IA 1BEUA 2Y89A 4MOZA 1I2OA 1TPWA 4EOUA 4M6QA 2CLLA 3ZS4A 4QQ3A 2ZTJA 2YDAA 1O4UA 1XC4A 2V82A 3UYCA 4FXRA 3GKAA 3ZR4A 5KTLA 2W6RA 3LHTA 1DKWA 1FY6A 1ZY9A 3SJ3A 1W37A 2G95A 4ORMA 3EWXA 1K3UA 1W5PA 3O6CA 3GX9A 1AW1A 2QCDA 3ATYA 3DU0A 4B5NA 5FI8A 3M5ZA 4EWND 2E5BA 1XXXA 1SU5A 2GQ9A 1GTEA 4NJIA 5CKSA 4FNTA 1HTIA 4K7VA 1JQXA 4UUIA 4R7JA 3FLUA 4JTJA 3PUDA 4L4LA 1WBJA 3UWYA 2FJKA 3K30A 1GOXA 3P82A 1TPDA 3T4CA 3TSDA 3FS2A 1LLWA 3M43A 2J24A 1NVMA 4CLMA 3TAKA 2AGKA 3L68A 4YCOA 1S5TA 1TSIA 4GUGA 5D2TA 4LVDA 4P2VA 4JTFA 4XQ6A 1QPOA 1VPXA 4JD4A 2VOMA 3W83A 2C15A 4ZQPA 1B57A 1P0NA 3LCHA 3L0KA 1QPQA 1SR9A 3G3MA 3SSJA 4R34A 3M1ZA 3W1XA 1YXYA 1FXPA 2CLHA 1LCOA 1WOAA 3NQ6A 3TFXA 3VNDA 3A9IA 4AHPA 4AF0B 1WA3A 2B7QA 1PL9A 3P8JA 2ZTKA 4JYFA 3A5VA 4NNCA 2H3BA 1DHPA 3L0GA 1JCJA 4O19A 3ZWSA 4KWVA 3W74A 1HO1A 2GVJA 2VFGA 4U4MA 1G4EA 1K03A 4MZ8A 2V9DA 4O0KA 2HS8A 3G0SA 4RJEA 2Y61A 2A7RA 3W2KA 3CIXA 4ALDA 4RKAA 1FCUA 1T96A 4EF9A 1F6PA 4CNNA 4X22A 3TQ0A 1KFBA 3GDMA 3MMTA 4OV4A 3O16A 4O1DA 3N73A 1LOLA 4UTJA 2G96A 4TMCA 4HT3A 2WKJA 2ZZ1A 3QMRA 5CPMA 4PA8A 3NL5A 3NQDA 2ZZ2A 3C0JA 5CG7A 1VZWA 2BSLA 4TIMA 4ADSA 3G18A 3LHUA 1H61A 1YDOA 3HJZA 5E1QA 6TIMA 1B9BA 1YXCA 1J5TA 3LCXA 5AHIA 3SGZA 1L6SA 1BWKA 3YPIA 3WFAA 4U28A 4WQ6A 4N6FA 1K7XA 2NX1A 4A22A 1TTPA 3KAOA 5HULA 5HWJA 4K37A 2WSYA 4HNNA 3NAVA 5F1VA 3L0NA 1JQVA 2JGYA 2ZRVA 3UWUA 3P7YA 3GK0A 2ZDRA 3TQVA 4IGHA 3PB0A 3OVQA 3GAYA 2CLKA 3RU6A 1Z42A 5EYWA 5K9XA 2ZRWA 1KTCA 1ME7A 1NEYA 3P62A 5G4WA 3W7DA 4A21A 2A7NA 5CSSA 1XDMA 2V30A 3L5LA 2QDGA 3W75A 1L2UA 2VEPA 3HPXA 4FHAA 4O16A 1LRNA 4Y90A 4LRTA 2ZCGA 3W72A 2DORA 3KRSA 4LT9A 3M16A 5I3HA 2CLMA 3JR2A 1YDVA 1SFLA 3R5EA 2PRMA 3HG5A 4BI5A 2E5DA 2YYUA 3W7IA 2ZA1A 3QM3A 3G1FA 1OF8A 1W54A 3FKKA 1FWNA 2DZSA 2EKCA 2XFWA 1B3OA 1QNVA 3BW2A 1KFEA 2LLEA 4UTTA 3MJYA 4K38A 3S0CA 3EXSA 1I2RA 1TPVA 2AQWA 2QDHA 3NL3A 4DO6A 1AW2A 3OVRA 5AN7A 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 3LV5 A;  4LWW A;  3IGX A;  5I3I A;  3C6C A;  4L4M A;  2C19 A;  4NNA A;  3INP A;  1Q6R A;  4N4P A;  1XUZ A;  3W7E A;  4O53 A;  3B4U A;  2QCN A;  4ZQC A;  4LUJ A;  1F2J A;  3W2N A;  2NZL A;  4JTH A;  4NZF A;  3W3O A;  2C3Z A;  3QQ0 A;  2FFC A;  3C61 A;  3S5Z A;  3V75 A;  3USB A;  2Z1B A;  3P84 A;  1J2W A;  3TU9 A;  1YPF A;  1TPE A;  4UMB A;  3IIO A;  3UD6 A;  3TW6 A;  3NPW A;  4AMA A;  2CFF A;  3GIY A;  4LS2 A;  4RXG A;  3RMJ A;  1G7V A;  3CQ0 A;  3PUO A;  2X1R A;  2NV2 A;  2C1H A;  1UB3 A;  4LW7 A;  3PG8 A;  5D33 A;  3M41 A;  4O54 A;  3GDR A;  5DN1 A;  1A5C A;  3N3M A;  2GJL A;  5T26 A;  3EWY A;  4DQW A;  1ZAJ A;  3TMQ A;  3GKF A;  2X1S A;  2FTP A;  4NUW A;  4MPQ A;  2CZD A;  4Z0J A;  4BWL A;  4JGD A;  5GVJ A;  4IMF A;  2E09 A;  3TUU A;  1RV8 A;  1GWJ A;  1TQX A;  3PVF A;  1QML A;  1C29 A;  4IME A;  3GLC A;  4HNV A;  3NVT A;  1C8V A;  4FNQ A;  1F5Z A;  2A7P A;  2QCF A;  1X8F A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BHY A;  1XIH A;  2WSK A;  3RRA A;  3UR2 A;  2DF4 B;  5III A;  3RIK A;  1YIX A;  2DT3 A;  2DT2 A;  3N17 A;  2H6R A;  3QYS A;  3E5P A;  3SI8 A;  4G7E A;  1I1X A;  1DIK A;  3KKA C;  2RDW A;  5AIC A;  5KG7 A;  3VIL A;  3LUT A;  1EJW C;  4FX7 A;  4QJF B;  3NG3 A;  4HPG A;  4GNJ A;  1ZUA X;  3KWX A;  5CCZ A;  3P74 A;  3T6C A;  5I0D A;  3WMS A;  1IXQ A;  3KBV A;  3TQP A;  1CGV A;  2IMW P;  1Y65 A;  1AZ2 A;  2RDI A;  4J9Q A;  1F3X A;  4Y2P A;  1XLI A;  4RCX A;  3VM5 A;  2AGQ A;  1JPH A;  1HJS A;  3TC7 A;  4G7F A;  3ABX A;  8ICF A;  5FKY A;  4Z2K A;  1FFU A;  3BCD A;  5AI4 A;  4LS1 A;  1CRX A;  1UUM A;  4UAV A;  2KZH A;  5HPO A;  4UTF A;  4UAS A;  1JUD A;  4IXX A;  4QWA A;  4DLM A;  2FHF A;  4TO8 A;  4JXC A;  1X7F A;  4V27 A;  5KFB A;  2QYG A;  2FLL A;  1HJW A;  1IXP A;  2XFR A;  3DYM A;  5JH1 A;  4QR6 A;  4IR1 A;  2X30 A;  2Q8Z A;  4GCA A;  3S6D A;  4TR9 A;  2ZFA A;  1LT8 A;  3SIZ A;  1EIB A;  3WML A;  4J3X A;  3CYJ A;  3BDK A;  1TZ7 A;  4RDY A;  3M0L A;  1MC8 A;  2HSA A;  4IM4 A;  1JL8 A;  3GHT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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