5HR7A

X-ray crystal structure of c118a rlmn from escherichia coli with cross-linked in vitro transcribed trna
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
360
structure length
358
Chain Sequence
GKINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDIDAAGQLAGDVIDRTKRTLRKRMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic capture of a radical S-adenosylmethionine enzyme in the act of modifying tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA Glu
molecule tags Oxidoreductase/rna
source organism Escherichia coli
total genus 132
structure length 358
sequence length 360
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2016-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5hr7A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5hr7A02
5FEXA 3R13A 4UFHA 3UD6A 3GR7A 4AXKA 1J2WA 2WJZA 3W87A 1JUEA 1ONRA 5D32A 4DPPA 2WSRA 4M6QA 1H1ZA 1JRCA 3W84A 1M7PA 3LLDA 3LCIA 1FWTA 2Y70A 5LSMA 4UR7A 3M0ZA 4ICNA 4JX4A 3M9YA 1GVOA 4FX8A 3VI2A 3W86A 1RD5A 1I2RA 4OHQA 3ZR4A 2OCZA 1EX5A 5HULA 3F4WA 2BWGA 5LKYA 2Y85A 3DGRA 3BLFA 3NYZA 1YDNA 3WK3A 5F4XA 5DY2A 1EP3A 5T26A 2C13A 4EIVA 4JYEA 4IGHA 4IWWA 3IEBA 3IIXA 4Q32A 4JTHA 4Y9AA 2B4GA 1AW1A 1DHPA 1PE1A 2GUUA 5DCBA 5L6UA 3T4CA 4AF0B 3LCWA 3R12A 4R33A 3SY5A 1GYNA 2V2CA 1GVFA 1QMLA 5AN7A 3AO0A 2VC6A 2PRHA 2E09A 4IQLA 3W74A 5I3JA 3G8RA 1GVQA 1ML1A 1KM6A 1EP1A 2Y88A 2NV1A 4HNTA 2CZEA 5FF3A 3LV6A 4DO6A 3CM4A 4BI6A 1L6SA 2B7PA 5IBXC 1GG1A 3N2XA 1TSIA 2V9DA 2Z6JA 1BWKA 1VQTA 3C2OA 1R2TA 2X30A 4WY0F 4OE7A 2Y7GA 3NL3A 3DZ1A 1TV8A 2EPHA 1JUBA 3BARA 4MLJA 2Z2UA 4K8EA 1G69A 1XBZA 2QAPA 5H2ZA 4ZZ9A 3KFTA 1ZALA 1I8JA 1P1XA 1HUVA 1OX5A 2QKFA 3W7QA 3EX2A 2OMAA 1VHCA 4JTGA 4CCDA 1MO0A 3C61A 5DXXA 3SI9A 5AC7A 1AW2A 1XUZA 3G1FA 1NAL1 1Q6LA 2YR1A 4KKXA 4KWWA 3SGZA 4LS2A 4N9CA 3N9SA 3IVSA 3IIPA 3LCLA 1G4SA 1SR9A 4QM1A 1X7FA 1AG1O 4O15A 3M7WA 5CZ0A 3P80A 1SW7A 4OGZA 2ZZ1A 2Q3RA 3WK2A 4RZ4A 3GDMA 2C15A 3W7JA 3LV5A 4ADTA 1R30A 3E9AA 3HMJG 1IXOA 1JVNA 1FCBA 3VCRA 1XXXA 1A5CA 5D2XA 3NQEA 3W6YA 3NEVA 4LW7A 4X22A 4BFAA 1LORA 3UYCA 1W8SA 1X8FA 3M5ZA 4LC8A 4M19A 4D2JA 3DFNA 3W7CA 1MEIA 4LS0A 2NUWA 2RHGA 3GAYA 5FEPA 3LRLA 3LBMA 3DKJA 4I7UA 3I65A 2NV2A 3T78A 5HUPA 2QCNA 1JULA 4JDYA 3EWWA 3TXZA 3LCGA 4GJ1A 5KITA 3CIWA 3GYEA 3BV4A 4BF9A 2VXNA 1PL9A 3C2FA 1UCWA 4RCXA 3L0NA 3EWZA 1K03A 3L9CA 2W79A 4LT9A 5FF7A 2J9YA 3EXRA 3V1PA 1VHNA 2RH9A 4O11A 1I2QA 3S5ZA 4OWGA 5KINA 1XC4A 4O50A 1TPEA 4E38A 2HS8A 3O8AA 2DZPA 3T55A 3SJ3A 4UTHA 3RU6A 2FDSA 3W7HA 1H7WA 3LOTA 1AMKA 4QQ3A 5AHEA 3LHZA 1Q6QA 3OIXA 4UXDA 3CU2A 2NUYA 4I7WA 3B0PA 2GPTA 2YGYA 4HPJA 1M6JA 2ZRXA 3W07A 2TYSA 1P4CA 2ABBA 1OFAA 1XFBA 1PVNA 3DENA 4BWLC 4OU1A 2ZQ0A 3IVTA 4JEQA 3CB8A 2OX1A 3LXCA 3NG3A 3OVPA 3P8IA 3UWQA 5LNVA 1I2PA 4ZQMA 5DBTA 1BKSA 3LRMA 5DCDA 5TBOA 3WJYA 3O16A 4UNKA 3DHDA 1TPUA 4FX6M 5FF0A 4LRSA 3M6YA 4PL2A 4PCFA 4RXGA 2C0AA 5EBUA 2QCHA 1DJQA 1OFOA 2J88A 3LHWA 1MZHA 1JQXA 3CIXA 2H3BA 4MYXA 5AHIA 2A5HA 3KHJA 1TPB1 2GJNA 4ZQOA 2Y63A 3UWUA 3BPWA 1F74A 1H7OA 1F6KA 1JUKA 3THAA 4UTLA 4JR5A 1RQHA 3TU9A 1Z44A 4LUJA 4UTIA 2VEMA 5BOOA 4Z0JA 1D3HA 1XDLA 1S3HA 2A0NA 2E6YA 1W54A 1K3UA 2Y7DA 5HNRA 2JK2A 3TIMA 1VJIA 5EYWA 1U5JA 1C29A 1KTNA 3EXTA 1O5XA 3G1VA 4N9EA 4JXCA 2HS6A 1XBXA 5BMWA 4E0CA 3W7MA 1KW1A 1KA9F 2QR6A 3G24A 1OVDA 3EX6A 4BK9A 4WOQA 4YCPA 2Y7EA 3HPSA 3Q37A 3O6YX 3PG8A 1FDYA 2O7SA 1H7RA 5A8GA 3ZWTA 3O15A 3NNTA 3DXIA 3O1NA 3PBYA 3ABQA 3NOEA 4JTJA 4HNVA 4O28A 3PY2A 4JTKA 4JNMA 5HMSA 4LU0A 2YW3A 1A5AA 2NX9A 4QIUA 3GLCA 3IGSA 1K02A 3G22A 3U2OA 1VR6A 1WBJA 1ZENA 3I7RA 3C2EA 1QPQA 2QCCA 3W88A 2I1OA 1PIIA 1HFBA 3G1AA 4K7YA 5DELA 1LOLA 3DFOA 2P0OA 1KTCA 3KRSA 1NSJA 5HWJA 1XL9A 3L0GA 1TQXA 4N2YA 4LV4A 3W7IA 3PAJA 1C9DA 3Q2DA 3O05A 5KZMA 3IRDA 3C4UA 3G1DA 5BW6A 3W1AA 1R2RA 2AAMA 2G97A 3LX9A 4JTIA 4LOCA 4P2VA 3NXFA 2RFGA 2YSWA 3HGOA 4XBSA 3LHYA 4DF0A 3SIZA 3TDFA 4XWUA 1W37A 1DL3A 4Y96A 5DBUA 1GT8A 5K7JA 3HGRA 4ADUA 4GNJA 2ZA3A 2BZNA 1VH7A 1LYXA 5D2YA 2ZZ5A 2VEPA 3A22A 4BI7A 1VLIA 3UPWA 4CCEA 3EWYA 2RKXA 5LHEA 3B05A 4LWWA 3C52A 3MI6A 4HKPA 1PCKA 4K38A 1G4TA 2WKJA 1QWGA 3NPVA 3HG3A 1N55A 4AHQA 3S0CA 5D03A 5ABTA 1SU5A 3HPXA 3W71A 2V5LA 3ABSA 5D02A 3UZJA 2V2HA 2YZRA 1QDSA 4Y90A 4IX2A 1GVSA 3I7SA 3IGUA 1SSDA 2E5DA 2ZBTA 5C5YA 3QQ0A 3WJWA 2RDWA 3NQCA 4HSOA 2E5BA 3STGA 1F05A 2QCDA 4LVAA 1G6CA 2Y89A 2ZRWA 3ATYA 3N14A 1HO1A 2NXIA 2E6DA 1E51A 1NFBA 1FCQA 4JYDA 4R7JA 1SO5A 3TKFA 3W2NA 3NQVA 3L67A 4Z1AA 1XI3A 1PCWA 3NQDA 3UNDA 3NM3A 1TTJA 1F6PA 4JS3A 3GKAA 1F73A 3PUOA 1OFRA 3T44A 1A53A 4DO4A 3TC6A 3RLUA 1K8ZA 2BLEA 4JX6A 5HR6A 4KWVA 3NQ6A 4NJGA 1SPQA 1G67A 1H1YA 2V2DA 3NQ8A 2DJLA 4AAJA 2VFFA 3LLFA 1A5BA 2PC4A 4K37A 2Y61A 1LCOA 1LP6A 5A5WA 3KVJA 4MFEA 5LGZA 3QQ1A 5EL1A 1H60A 5LNRA 3ABRA 3A9IA 3VFLA 4HIBA 2J24A 1QPNA 4PA8A 2ZZ3A 4MKNA 1Z42A 3A23A 4LVFA 4WXYA 1R2SA 4ML9A 1AK5A 2QDHA 4HHPA 3DFPA 4E2DA 1X1OA 4M6VA 4TR9A 4HPXA 4YLWA 3BG3A 5U7SA 4LNYA 5LGXA 1KM4A 3W1NA 3PSVA 1OFBA 5EA9A 2W0UA 2FQIA 2GJLA 2YPIA 1C8VA 1L6WA 3DKLA 4IMDA 3TAOA 4GBUA 1G4PA 2YW4A 1FXQA 4ORMA 5C2XA 3E49A 2C16A 1SZNA 1LLZA 3TUUA 3TXVA 3LCFA 3RK8A 3UWYA 1JQVA 2NWSA 5SWUA 4ALDA 4FNPA 4NNCA 4A3UA 1B9BA 2GQ9A 4UCGA 4GRSA 3DFSA 3LTYA 3O07A 4PFMA 2C1HA 2CZFA 4WZHA 2FLIA 4J9JA 4YCOA 2NLIA 1GYLA 4JTSA 3W72A 5EKYA 2CLKA 4FNTA 2ZZ7A 1KFLA 1QOQA 2YCEA 4AMAA 2GVGA 5AYYA 2NWRA 1FDZA 1FDJA 1RV8A 2WNZA 1AW5A 1IIGA 1PS9A 4NJKA 2QCEA 5TIMA 1WOBA 1FWSA 2Y62A 3G0SA 3M5YA 1QO5A 2JKAA 3FLUA 3FEMA 3GDKA 1L9WA 5CSSA 2WQPA 4IMCA 1GG0A 3NQ2A 2ISVA 1DJNA 2QUUA 3FIGA 4PEKA 1KM3A 2DU2A 3G1YA 4PL1A 3UPBA 3G18A 2JKPA 1SQ7A 2OJPA 4RJEA 4N6FA 3MMTA 4WX2A 4MZ1A 5KZEA 1V5XA 4G1KA 4NJJA 4H6KA 4HNUA 1TTPA 2VENA 1F2JA 1DORA 1JCLA 3ABOA 3PBWA 1F7BA 4UFLA 4AWSA 5G2HA 2GQ8A 3W7GA 3Q94A 3GR8A 4LVBA 4DEFA 3P82A 3DAQA 3STFA 1NF0A 1TRDA 3TAKA 4UUIA 1V7YA 4XKYB 3NDOA 4IPIA 5FEWA 3C2RA 4CLMA 3TC7A 4I9AA 3OVQA 4S1FA 3PWAA 2ZRVA 4IXXA 3CWOX 4ORIA 4UTTA 1I4NA 1OF6A 4Z1DA 4P61A 1QFEA 3LXBA 4UTJA 1GQNA 1FWNA 1I2OA 3TSBA 3O6CA 3NZRA 2ZCGA 4NXSA 1TJPA 2CLOA 1S5VA 3E0IA 4LUIA 1H7NA 4UTUA 4O12A 4IJBA 2NX1A 1LROA 5G1YA 3RMJA 2J6XA 4O53A 2HTMA 1W5PA 3BLEA 1WA3A 1GJPA 1W5NA 4O17A 5AHNA 1OFDA 1OX4A 2C18A 2OZ0A 5LNWA 1RPXA 1TQJA 5AHFA 1OX6A 3KX6A 1FXPA 4MY8A 1TPFA 1YXYA 3BK0A 4JY8A 5HINA 4UTKA 1LRNA 2W6RA 3S6DA 4MY1A 3L5MA 5E0KA 3W7RA 3P81A 3HO8A 1YYAA 2DZVA 3HGSA 4GFSA 4HSNA 1SZFA 2QUVA 2DP3A 3L21A 3LTPA 3TV8A 1VCFA 5U4NA 6ALDA 1THFD 1X1ZA 4O4WA 2Q8ZA 3SR7A 1IXNA 1K7XA 3QH2A 2QDGA 2JGYA 2NXHA 3N3MA 3W1QA 3BLIA 2RDTA 4LVGA 4JTTA 4QJ1A 4FNQA 2X1RA 2ZYFA 1FCVA 4N6EA 3CPRA 3PB2A 3FOKA 1JJKA 3W2LA 1EP2A 1EWDA 5D30A 3SECA 1W3IA 1UUOA 4JIPA 3P5YA 4U28A 1Q6OA 5I3FA 3R89A 1P0KA 4WD0A 1TPWA 4JN6A 5EMUA 5KTLA 3C56A 2A4AA 1MXSA 1L6YA 5AHMA 2Y6ZA 1O60A 1U83A 1X6UA 4B5NA 5D09A 2CLHA 3MI2A 1LM1A 4JD4A 3M1ZA 3MBFA 3IIZA 1ME9A 2XFWA 2H8ZA 3L2IA 2NUXA 3G1HA 3TJLA 2PE4A 2QCMA 5F2MA 1OYBA 3BGJA 3C8FA 3TW6A 4DPQA 4FX7A 5G2WA 4LRTA 1OFPA 4K36A 3S5YA 1TTQA 1B57A 5K9XA 2CLMA 2DZSA 3QJAA 5FESA 4KFNA 4UTTC 4IMFA 3QFEA 3EB2A 1Z48A 3NVTA 2WO5A 4WOZA 4A2SA 3OVRA 5BRBA 4A22A 1HO4A 3VNDA 2YXGA 4XQ6A 3GNDA 5CPNA 3HBLA 3M47A 4MUZA 3MYPA 3OG3A 1SUXA 4QSHA 3TR2A 1CW2A 2VFEA 2DORA 2A85A 1NF7A 4UFMA 1DQWA 2R91A 1FCUA 3CTLA 2F84A 4O18A 3NPUA 3ELFA 4K39A 5F1VA 5CG7A 3TQ0A 3EKZA 5AC6A 4A21A 3MP3A 4UTMA 3G0UA 1K7FA 2D73A 3SW6A 5LHFA 4HT3A 1JR1A 1PHWA 3DHFA 1W31A 1O5KA 4ZMGA 1UASA 4Q33A 2G5WA 3S42A 1T8XA 4C1KA 3H54A 4DELA 1MEHA 1I2NA 2E6FA 4R53A 4RXFA 3W70A 2A7PA 2RDUA 3GZ3A 1YTKA 2C14A 2VEIA 4DXVA 3QMRA 3TW7A 1H61A 1W5QA 3LRKA 5AC8A 4O13A 3TFCA 4LTSA 3W7NA 3NR0A 4K8HA 3I68A 3W1MA 7TIMA 3OHIA 3V75A 2H3DA 3QZEA 1O94A 5L9FA 3M43A 3MO7A 4WXZA 2B0MA 2YFOA 8TIMA 1ZFJA 3VKJA 4O1CA 2NZLA 2CLIA 1F76A 3OBKA 4N9BA 1ICSA 3W1UA 1SZGA 2J27A 1J4EA 1GZGA 3N9RA 3LGEA 2A1YA 3NQFA 4ONVA 3PS7A 3R5EA 4OQVA 4OV9A 1JRBA 4ZQRA 3C3NA 3WFAA 3PBVA 3VE7A 3MWAA 4CNPA 2FIQA 2DZWA 3G1XA 3W3OA 3DI0A 1TTIA 3WK0A 2XN1A 4WY0A 2FPTA 1H63A 4RV8A 2ZFAA 1RVGA 2DJXA 3IGXA 3RNDA 1Q6RA 1ICQA 1OF8A 5I3IA 4O10A 5C6MA 3CC1A 4FHAA 3G0XA 3LCXA 3W2JA 1WBHA 3A24A 1GPWA 3NL6A 4AVFA 1TCDA 1M7OA 3QMSA 1R46A 5CKSA 3LERA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PBG A;  1P0D A;  2JEQ A;  1JIH A;  3FDK A;  4R7W A;  3R13 A;  3C2L A;  3P6L A;  5KFP A;  3GR7 A;  5I02 A;  5HHI A;  1ODZ A;  4PTX A;  5B80 A;  4LUS B;  4DPP A;  2V3D A;  4O3M A;  4BDP A;  3CQI A;  3IS4 A;  1GZJ A;  3W84 A;  4I29 A;  3LCI A;  5CB1 A;  2I57 A;  1QAT A;  2Y70 A;  4HMD A;  1NOW A;  5LSM A;  3VNK A;  1UQZ A;  1GVO A;  3UXO A;  3IAQ A;  1P7T B;  5CH9 A;  3ZR4 A;  4BY3 A;  2VR5 A;  1E6Q M;  5HUL A;  1EX5 A;  3QE9 Y;  3KLK A;  2YCK X;  5LKY A;  3DGR A;  4H8N A;  4HGX A;  2ALZ A;  1SXD A;  3WK3 A;  4N0R A;  4QBX A;  1BTC A;  5TIS U;  2D2J A;  4A8R A;  7ICU A;  3T4W A;  1Z9A A;  1VEP A;  2XSA A;  2QV4 A;  3ITV A;  3UFY A;  4YJ5 A;  5J2K A;  3POH A;  2VGF A;  4Y9A A;  1DHK A;  1PE1 A;  1DHP A;  3FHA A;  5DCB A;  3T4C A;  6XIM A;  2OWC A;  2WC4 A;  4R33 A;  3SY5 A;  4H04 A;  2V2C A;  2WZE A;  2OZ8 A;  1ADD A;  4PTV A;  2PRH A;  4IQL A;  2CPU A;  3SQI A;  1GVQ A;  3TLQ A;  1KM6 A;  1MQR A;  2NV1 A;  2Y88 A;  4X63 A;  1U1U A;  1O1Z A;  3LV6 A;  3EDE A;  3AMZ A;  3QVQ A;  1KGX A;  4KMU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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