5HR6A

X-ray crystal structure of c118a rlmn with cross-linked trna purified from escherichia coli
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
354
structure length
353
Chain Sequence
INLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDIDAAGQLAGDVIDRTKRTLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic capture of a radical S-adenosylmethionine enzyme in the act of modifying tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RlmN methylase
molecule tags Transferase/rna
source organism Escherichia coli
total genus 131
structure length 353
sequence length 354
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2016-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5hr6A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5hr6A02
4B5NA 3SR7A 2G5WA 4IPJA 4QNEA 3W2UA 2ZRUA 3PF3A 5D2WA 2AQWA 2R8WA 2Z6JA 3P61A 3R13A 1QPNA 1W56A 1TV5A 3SZ8A 3P8IA 2NUWA 1GG0A 2ISVA 4NVTA 3LV6A 3LCIA 4XKYA 3NQCA 4WY0F 4XKYB 3DBPA 4O1AA 4UUIA 4LTSA 2YGYA 2W6RA 3N73A 5I3HA 3L0NA 3EXRA 3HG3A 5I3KA 3H54A 4XBSA 5LSMA 1RR2A 2DORA 4MVAA 4O0KA 4FNPA 4LW7A 2LLEA 5LHFA 4AHPA 3OG3A 3SY5A 3W86A 1TMHA 4HPXA 2Y7DA 4IGHA 1J5TA 1QPQA 2NZLA 1VS1A 4RKAA 2YFNA 3ZR4A 4M6QA 5D37A 4Q4KA 1TIMA 2QCGA 3VNDA 3L21A 4UFKA 4GUHA 1LDCA 2B0MA 3STCA 3OIXA 4TIMA 5HR7A 2WJZA 3PUDA 3TXZA 1XUZA 2YYUA 3T40A 1K7EA 3W7LA 2AGKA 2VFEA 3W2JA 1KM2A 3L0GA 4OHQA 4JD4A 3F4WA 4RZ4A 3G1AA 1XM3A 5KITA 2FB3A 4RJEA 3HGRA 3FJ6A 3UPWA 4UNKA 2DZPA 2IQTA 1GTHA 1ZAJA 3USBA 5D04C 3NPXA 4AB4A 2EF9A 3TSBA 5J5DA 4RK8A 2I14A 4AWTA 1BKSA 4KKXA 3W7RA 2G95A 3MP5A 3TXVA 2E1DA 3S1WA 4IX2A 2C13A 1H51A 1XDMA 1O95A 3WK3A 4WZHA 3ANYA 4MY1A 3PWAA 4U4MA 1PS9A 1O94A 1VZWA 5FEPA 5AHLA 1DORA 1VCGA 1H7PA 5SWUA 5BRBA 1PHWA 3C0JA 3HGSA 4X3ZA 3TUUA 5BMXA 3RK8A 4YXGA 2ZZ1A 2NXGA 3NQ7A 3L67A 4MZ1A 1O60A 3LCGA 1YDOA 4JTEA 4NU7A 1RVGA 3ZS4A 1AW2A 3GIYA 5AB3A 5HWNA 2HS8A 4LRSA 4PEKA 3SFKA 1ICQA 1FBAA 4N6FA 4O19A 3OVPA 3DI1A 2YSWA 1IXNA 1PV8A 4FNTA 2WNNA 3QPZA 4AHOA 1PCWA 3N2MA 3P84A 3BW2A 4KFNA 1ICSA 2ZCGA 4C1KA 4M7SA 1MEHA 2JK2A 4ZQNA 2GVGA 4FIQA 1NAL1 3M44A 4FNUA 4HNUA 1RQBA 2O7SA 4R7JA 3P60A 4R33A 1YXDA 1DQWA 5CG7A 1SZGA 2TMDA 4H6KA 1MEWA 2CLLA 1BWLA 1KLZA 1TPEA 1KTNA 2YZRA 2E5BA 5AOUA 3UWZA 1ADOA 2Y70A 4DEFA 3IGXA 1NFBA 3C2EA 3W1TA 1SW3A 5GVJA 3HPXA 5EY5A 3W75A 3G1XA 2ZRZA 1KTBA 4O16A 3TV8A 3M43A 4NJHA 3C8FA 4O28A 5DXXA 4IMGA 2ATSA 4PA8A 4ZQRA 3EX2A 1T0OA 3DHFA 2H3BA 3P82A 3L68A 4LS2A 4JY9A 4WQ6A 3TC6A 3TJLA 3WK0A 1SSDA 4O17A 3NPUA 4N9CA 3NZRA 1CI1A 3C56A 1F7BA 4L4MA 2Q3RA 6TIMA 4LT9A 4UTTA 4JX6A 1HUVA 2VC6A 1L6YA 4W9TA 1VR6A 3THAA 1YDVA 3BGGA 4QAIA 1DHPA 3MBFA 1LP6A 2E77A 1H7WA 1T96A 2EAWA 5AHMA 3KFTA 3O15A 5CGQA 1M7OA 4QSHA 4UMCA 1AG1O 4NNAA 2AAMA 2Z1BA 4TMBA 3O1NA 1SZEA 1LROA 1JUEA 1VYRA 2B7NA 5IBXA 3IVUA 1RZMA 4NQ1A 1O5KA 3CC1A 5HWJA 1GG1A 3TMLA 1IIHA 3JR2A 4PODA 2C0AA 4Z1CA 4BK9A 2RKXA 2QUTA 4PFMA 3EB2A 2OT1A 3LTPA 1V5XA 1JCJA 1TPH1 4R34A 2DZXA 3QQ1A 5FF2A 1OVDA 1W3NA 1M6JA 3GDKA 1ZHAA 3GNNA 4O1BA 4WXYA 1FWTA 3PVFA 2ZA2A 3C4UA 3TW7A 4YMZA 4P61A 3GKAA 3TSDA 4HSNA 1EA0A 1G4SA 2WO5A 4DBDA 5D2YA 2EKCA 3UZ5A 3OBKA 1B3OA 3L5MA 4CNOA 3W1UA 4RR4A 2JGYA 1KBJA 3NZ1A 2RH9A 5CPLA 2FIQA 4NJJA 4NT0A 1GVSA 2FTPA 3OA3A 1DVJA 3O06A 3GVGA 3HGOA 1PL9A 1GWJA 5EA9A 3B8DA 3DFSA 1XL9A 3GZ3A 3KRUA 3LCFA 4A2RA 1KW1A 5DY3A 1YDNA 5FESA 3JRKA 1FXQA 3KVLA 1O5XA 1ZENA 3E49A 3W7PA 5F1UA 2Z2UA 1OFPA 5DLCA 1TV7A 3GNDA 5LGXA 5D32A 2VEPA 3A24A 3LLFA 3CIXA 5DELA 1A50A 4FX7A 3W7OA 4FEZA 3G0XA 3P81A 1P1XA 2V5LA 3LXCA 2C15A 2QCCA 4Q33A 1Q45A 2V5BA 3A23A 1KLYA 1SO4A 1EWEA 4PCFA 1W5MA 2V30A 1GVRA 3BPWA 3NPVA 5D05A 2V2HA 4O52A 1TRDA 2A6NA 4CQ8A 2FPYA 5DBUA 1TB3A 1B9BA 5K4ZA 1GOXA 4FO4A 1UCWA 3LI1A 3HG2A 3E02A 5HUPA 4AWUA 2JGQA 3BARA 3LTYA 4MYXA 4WY0B 1M5WA 1N55A 4XZ9A 3PSWA 5AYYA 1ZJIA 2E68A 4GE8A 4P2VA 3AJXA 3KRSA 4LVFA 3RLUA 4UR8A 4JTKA 3W87A 4UMAA 3TC7A 3IVTA 2VFDA 3IIXA 1A5AA 1BTMA 4XWUA 4A2SA 3QSTA 3OVQA 4Z1DA 3BO9A 1LRQA 3ELFA 4GUFA 2FQIA 3QFEA 1SW0A 3HPZA 4O4WA 1K02A 4WD0A 2Q3OA 3O16A 5K9XA 3SW6A 3W7MA 4LUIA 2BTMA 3LOTA 3H53A 1T8XA 2E09A 4XUGA 5LNUA 1SO5A 3OVRA 2VFHA 3C3NA 2EPHA 3GK0A 1H7RA 1LORA 2QR6A 1E51A 2CLIA 1TPFA 3HO8A 3B0UX 3W85A 3QMTA 2C16A 2BX7A 3M9YA 1MXSA 3MO7A 1OK4A 1LYXA 1EP3A 3SGUA 1GEQA 5G4EA 3FS2A 3WJWA 3M0ZA 3CEPA 1G4TA 1NSJA 4FIRA 1QNVA 3CTLA 2NUXA 7TIMA 3W22A 4N2YA 2WSQA 4U28A 1C29A 2KZHA 5C55A 1TO3A 4K6AA 4HKPA 3W9ZA 2GJLA 2ZA3A 2G97A 4OV4A 4LVDA 1H1ZA 3FLUA 2A0NA 4ML9A 3DZ1A 4Y6GA 4JTUA 1FDYA 1RD5A 1RQHA 4WOQA 2BZNA 5FF3A 3TKFA 3RNDA 1P5BA 3CPRA 5AYZA 1VC4A 1H63A 3TJXA 3NQMA 3NL3A 6ALDA 1SFJA 3W23A 2VEMA 3BW4A 4HIBA 4QQ3A 5G2IA 1TPC1 1YPIA 4CQ9A 1KFBA 3W1LA 4IXHA 2CLFA 1I8JA 8TIMA 1QOQA 2FPTA 1W5QA 3S5YA 4LOCA 1Z41A 5IM51 2QUUA 2OZ0A 3RMJA 1VHNA 4IMDA 2QCHA 4ZMGA 4NJKA 2Q8LA 4HHPA 3EWWA 3GXTA 3CB8A 2XFWA 4IUOA 3CM4A 3SECA 3STFA 3EKLA 3B0PA 4IXXA 1W5OA 1UUOA 2CFFA 3PBWA 4CQAA 1I4NA 3FKRA 3TNOA 1LTDA 2H90A 3ATYA 2NX3A 1BEUA 1AMKA 2FPVA 3PBUA 1WXJA 3DAQA 4OWGA 4GUGA 1JQXA 2PURA 3UY8A 4JTHA 5L9FA 3TQVA 1KM6A 2OCZA 3VCRA 1JJKA 1DKWA 1ONRA 3N2XA 2V2DA 1IIGA 4NXKA 4BI7A 1TTJA 3UPBA 1LBMA 5H2ZA 5D02A 1VLIA 2CU0A 2GVLA 3W70A 1AW5A 4LUJA 4QM1A 1TYGA 3S5OA 5LGZA 1OABA 2QCNA 4D2JA 3W2MA 1EUAA 2ZZ3A 3NQ6A 4O13A 1SU5A 3PULA 3GAKA 4IPIA 4FNQA 3G1FA 3IGUA 4O8RA 3W3OA 3TMQA 2QCMA 1GVOA 3I68A 3A5FA 2H8ZA 3M47A 4Z1BA 3KHJA 4WOZA 1KFCA 1R2RA 2WNZA 3W71A 1AL8A 3QMSA 2DZVA 1AL7A 3I6RA 4UMBA 5AN7A 4JNMA 3GAYA 4WUIA 4ALDA 3W1AA 1SZFA 2X16A 3E9AA 4K37A 3NQDA 4UC5A 2ISSA 2ISWA 3INPA 1JQVA 3DH7A 1F74A 3ABSA 3LV5A 4POCA 4TO8A 1YYAA 2PRLA 1XKYA 1QCWA 2Y63A 1UBSA 4NX0A 5G5IA 3W7HA 5CPOA 1G67A 4DELA 2XN2A 3T78A 3C2VA 3V1PA 2VFGA 3C2OA 1TRIA 1Z48A 1TPDA 2ZRYA 3PAJA 4O0ZA 4EF8A 3T7VA 1B4KA 4NZFA 3C2RA 1WOAA 5TQLA 3EWBX 3MUXA 4A22A 2A7PA 3O05A 1C8VA 3N19B 4K39A 2W79A 2A1YA 3T44A 3EX4A 3B04A 1FUYA 1WBHA 4CCDA 3THQA 5E0KA 1LCOA 5C2XA 3A22A 5FF7A 4TU1A 3JS3A 3G0UA 3BG5A 4UXDA 1FWWA 2H6RA 1KBIA 1NEYA 4K8HA 4S2BA 4OV9A 3LXAA 3R12A 4K7VA 2C14A 1ME9A 4UTHA 3C52A 5I3GA 1OFEA 1X6UA 3RF9A 4K38A 1H61A 4LS0A 1DBTA 1FY6A 1P0NA 4MY8A 4UTUA 3G24A 1GPWA 1LLWA 1G7UA 3LLDA 5CZJA 2EGZA 4HSOA 5CSSA 1G6CA 2CLKA 4NJGA 3LI0A 1V7YA 3VKJA 1FDJA 2ZBTA 3QQ0A 1W0MA 3M5ZA 1TPVA 4N9EA 3TE9A 2Y85A 4GC4A 2GUUA 3LHWA 1FCQA 3EEGA 1D9EA 2X30A 1QWGA 1PCKA 3NOEA 3WJZA 4IMCA 4O54A 2ZRXA 4DBEA 1F2JA 3LERA 4UTLA 2GJNA 2J9YA 3GB6A 1I2NA 1TCDA 3W1MA 3HOJA 4JX4A 3VE7A 3CLMA 4I7VA 2BSLA 3NM3A 4HN4A 1P4CA 5TIMA 1J2WA 5G1TA 4JYEA 1EIXA 3Q37A 2F7FA 5T26A 2QAPA 1I2OA 1KFEA 3PBYA 1B4EA 4JXCA 2O7QA 4UR7A 1VJIA 1F76A 3DU0A 3UNDA 1SSGA 3G1HA 1SPQA 3I7QA 3EX6A 5HWMA 4XTDA 1JCYA 1M7PA 1KM3A 1X1ZA 3TSMA 4ZVJA 2OT0A 3L2IA 1OFBA 1WOBA 5BOOA 5KSWA 1VCVA 4Z0SA 1TPWA 4DPQA 4UNLA 1GYNA 2EHHA 3P80A 5HR6A 4AHQA 3W7DA 1Q6LA 4GBUA 4LY8A 2YPIA 3W76A 1EWDA 3UWWA 4IWWA 5D38A 5I3FA 4NNCA 3S42A 3UXDA 5F4XA 1LZOA 3DKLA 2NV1A 5G1YA 1PE1A 4QJ1A 2NWSA 2QAFA 4O15A 1W8SA 4KWWA 1FX6A 1TTIA 3N34A 5G2HA 1TTPA 4JY8A 3DGRA 4RV8A 1UB3A 3W7NA 3G1VA 4DXVA 4K7YA 4LVBA 3E0IA 4ZL1A 1FWRA 1RQEA 1OFAA 4ADUA 4UTWC 1AW1A 5K3VA 5LNSA 2ZDRA 3W2KA 5F2GA 4AH7A 4G1KA 1L9WA 2TYSA 4UTJA 1HTIA 5U4NA 4O50A 2Z0IA 3FOKA 3VI2A 2Z6IA 1WDWA 2P10A 4JDBA 1QPOA 2D73A 2NUYA 4N02A 1KFLA 3GXNA 4Y96A 3GDLA 5KZEA 4OE7A 4WJEA 1P0KA 3S9YA 3R5EA 3TIMA 5AC8A 2P0OA 1LOLA 1DL3A 1K8ZA 3UY7A 1XCFA 1XBZA 1XXXA 4GRSA 2VFIA 3LCLA 2I1OA 3N9RA 4CCCA 1HO1A 2HMCA 3ABRA 1F05A 1Z42A 5FI8A 3EWXA 3KAOA 2DZWA 1QAPA 2DJXA 1XBVA 1J4EA 1CX9A 3VE9A 4A21A 4UFLA 1TPB1 3F4NA 3QW3A 3UWQA 2V9DA 2R91A 1TJRA 4AVFA 2WV8A 3U2OA 1C9DA 2QCDA 1X1OA 2QCDB 1WA3A 4LC6A 4E38A 2RHGA 3NL6A 2Y89A 1H7OA 1FQ0A 3NQAA 4GXMA 3B06A 3N9SA 4NZJA 3MI2A 5CSRA 3S0CA 3KVKA 3TFXA 1OYCA 1I2PA 1PHQA 3NM1A 5F2LA 3PM6A 3MP3A 3N14A 4N9BA 3NGJA 3G1SA 3S5NA 3PB2A 3M6YA 3GXPA 3WK2A 1VYPX 1YTEA 1K3UA 3UZJA 4JTLA 2V8ZA 3W7IA 3NG3A 1ZNNA 2A4AA 4ICNA 5C5YA 5H91A 3W72A 1JCNA 4QISA 3UWUA 2NV2A 1OYBA 2CZ5A 3ZWSA 3P5ZA 3ZFHA 5AC7A 4HT3A 4YCOA 4ADTA 4E2DA 3QZEA 2WPBA 4LS1A 2V0TA 3NA8A 4UFHA 1KM1A 3BVJA 3P5YA 5DN1A 5FF4A 2WSRA 3PY2A 3FYOA 2C18A 3HF3A 3M41A 1H62A 3MHUA 5AHIA 1LBLA 4Z0JA 3KXQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1EBG A;  3QKZ A;  4B5N A;  4IPJ A;  2OWC A;  2Z6J A;  3P61 A;  3UFY A;  3AIV A;  1W56 A;  4US6 A;  2YML A;  3LV6 A;  3LCI A;  3RHG A;  5I00 A;  2I17 A;  1V6U A;  3BZJ A;  4WY0 F;  3THU A;  3ICX A;  1V0M A;  3BSG A;  1SVD A;  4PHD A;  2CPR A;  1XSP A;  2ZC1 A;  1XX1 A;  1L7P A;  3FYH A;  3KLL A;  4MHB A;  4O9M A;  4EXB A;  3HG3 A;  4EEY A;  3WF1 A;  2DOR A;  2GSJ A;  4MVA A;  4JUZ A;  4CU8 A;  2V4R A;  5AM4 A;  2O4M A;  1UH4 A;  1XIF A;  4K68 A;  4F8X A;  4AHP A;  1JGM A;  3SY5 A;  2Z1V A;  2QPS A;  4HPX A;  3M7D A;  2XTK A;  1XG3 A;  4DN1 A;  2NZL A;  4DY1 A;  2VC9 A;  2WZM A;  3C1Z A;  4M6Q A;  2MA1 A;  4Q4K A;  3PZT A;  3TN5 A;  2E8P A;  1LVH A;  2QCG A;  3L21 A;  3MFI A;  4UFK A;  4ZO7 A;  1S8O A;  3OIX A;  5LIY X;  1B3W A;  5HR7 A;  2WJZ A;  3PUD A;  4K2S A;  3C3U A;  3ARQ A;  3ISB A;  2YYU A;  3PW2 A;  4NHV A;  2HHU A;  2AGK A;  2KKP A;  3W2J A;  3SEP A;  4OHQ A;  4G8T A;  4ICA A;  4JD4 A;  5CC7 A;  2BDU A;  3AXH A;  4DL7 A;  3MDW A;  3SUR A;  3FJ4 A;  5KIT A;  8ICZ A;  3HGR A;  3FJ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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