5HR7A

X-ray crystal structure of c118a rlmn from escherichia coli with cross-linked in vitro transcribed trna
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
360
structure length
358
Chain Sequence
GKINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDIDAAGQLAGDVIDRTKRTLRKRMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic capture of a radical S-adenosylmethionine enzyme in the act of modifying tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA Glu
molecule tags Oxidoreductase/rna
source organism Escherichia coli
total genus 132
structure length 358
sequence length 360
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2016-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5hr7A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5hr7A02
4JN6A 4PL2A 2X1RA 1KV8A 1W5NA 5LNWA 1MEWA 1UCWA 1SZNA 1GEQA 3AO0A 1LRNA 2VFFA 3G8EA 3W1LA 4MZYA 2J9XA 2YR1A 4L4LA 2OT1A 3NQMA 3SIZA 2DZVA 3TMQA 3PB2A 5LHFA 5FEWA 3CEPA 3WFAA 5AFDA 2X30A 3UWYA 2DP3A 5F2GA 2VFEA 4QIUA 1TYGA 1LORA 1KTBA 1SO5A 3W2MA 3UZ5A 1VC4A 3P84A 4WUIA 3MI3A 1KBIA 1H5YA 2H8ZA 2KZHA 1SW3A 4MY9A 1TTPA 3NL3A 3NZRA 1SSDA 1FX6A 3BPWA 3TC7A 1GVQA 1GYLA 4BR1A 1TSIA 1VPXA 1EA0A 4FIRA 2A5HA 1JCNA 3W1AA 4ORIA 3MHFA 3TW7A 3CEUA 3W7LA 5HJLA 3UWQA 3W7RA 4N6EA 2ZZ6A 1K02A 2QAFA 1L9WA 3G0UA 4AF0A 5TBOA 4KFNA 4N9EA 1J4EA 1UBSA 3FIGA 4CCEA 2FPVA 1KW1A 1LROA 3UY8A 4N02A 4BI7A 3QMSA 2YPIA 1TRDA 1YADA 3EWBX 4TR9A 2YFNA 1TCDA 1OFDA 1OX4A 3VE9A 1H50A 4U28A 2X1UA 1WYIA 2ATSA 2DZUA 3TAOA 2NXGA 4AWUA 1KFEA 4M6QA 1JCLA 2GPTA 4OGZA 1YXYA 4WXZA 2CLOA 3IGXA 1KLYA 3HMJG 1QPQA 3LGEA 3SSJA 1EUAA 1F5ZA 4NQ1A 4UTTA 2BSLA 2ZRUA 1L6WA 2QCGA 2V0TA 1JRCA 3NQGA 1VYPX 5I3HA 2F84A 4IOTA 2TRSA 3EKZA 3LHVA 1H63A 4X9SA 3TAKA 3LI0A 3TJXA 1IXOA 1OJXA 1EP1A 4ADTA 4UUIA 3M43A 4GUHA 1KFKA 1LOLA 3TQVA 3B0PA 3EWUA 4N4PA 3LBMA 4AHPA 3TROA 2VFIA 4E2DA 3W7KA 1Q6OA 1WDWA 3F4WA 4KKXA 3S6DA 4Z1CA 4X3ZA 2CLFA 3IVUA 1XCFA 3DGRA 3R13A 5DCDA 4R34A 1VHCA 1P1XA 2Y7EA 2V5BA 1WV2A 1O60A 1TTQA 2VEPA 4ZZ9A 2PRLA 1RVGA 5CSSA 4IPJA 2CLLA 1LOSA 1W5QA 4ZQMA 2X16A 1OG0A 2FQIA 3CWOX 1VYSX 3A5FA 3MI6A 4Q33A 3TQ0A 2QR6A 1T96A 2A7PA 5FF3A 2E6YA 1VCVA 1D9EA 5DN1A 3SECA 4FXRA 3PUDA 1EP2A 2DU2A 2NZLA 1E51A 2A0NA 2WNQA 4DF0A 4UFMA 1NVMA 3RFAA 2VEKA 4PTNA 4I7VA 3MYOA 1Y0EA 3LV6A 3W1TA 2TPSA 1ICPA 4MJMA 5AB3A 1F73A 2E77A 2X2GA 3CIXA 3S5NA 3HB9A 4O18A 2Z6IA 3IIXA 3N2MA 4UTKA 3W87A 1D3GA 4NJJA 4MLRA 1RPXA 3FKRA 5AYXA 1P0KA 2Q8ZA 1L6YA 4HNVA 2CW6A 3C2FA 5DCBA 2QCDA 3GDLA 4PODA 1HFBA 1GVOA 2HS6A 1KFLA 4YLWA 3C61A 2D73A 3KVKA 5F2IA 1N7KA 3GIYA 3DAQA 5KTLA 1WXJA 3TCEA 1I2PA 1QNVA 3VFLA 3EX4A 3UNDA 5F1UA 4AF0B 4UTTC 2BWGA 3EWWA 3I7RA 4JIPA 4O10A 4BI6A 2Y61A 4UNKA 1OFPA 4S2BA 3OIXA 4PL1A 2CLEA 3GVGA 1I2QA 4DEFA 3BG9A 3TIMA 1DJNA 3I7QA 3LTYA 3PWAA 1KTNA 3PF3A 8TIMA 2J9ZA 3W7HA 5K3VA 3N9SA 1OF8A 1G69A 3ZR4A 4ZL1A 1G7VA 4LV4A 3L0KA 1PCKA 2V8ZA 1AW5A 3P5YA 3WK3A 3BLFA 1VGAA 1X8FA 3W1PA 4IMEA 1G7UA 3QC3A 5KSWA 3ZWSA 1OK4A 1K7FA 4PCFA 2NV2A 3OEXA 1AW1A 1UB3A 1J2WA 2AGKA 3HG2A 4AMAA 3UPWA 4PC8A 4GFSA 2QDHA 2ZRVA 2ZRYA 1KTCA 4M7SA 1CW2A 4UTUA 3GAYA 1ZJIA 3BARA 1TTIA 3I68A 2B7OA 3G22A 1OK6A 4HN4A 3TXVA 2C13A 2OT0A 3UYCA 4QSHA 1GQNA 3IV3A 3LCFA 3G3DA 1W56A 4HPXA 1K7EA 1AW2A 1HUVA 4O28A 3EX6A 3TSBA 1DVJA 1T99A 2RHGA 1MEHA 3SGUA 4MY8A 1PE1A 4XQ6A 4IX2A 1LCOA 4JTGA 2FB2A 3MBDA 4JXCA 4K6AA 4FF7A 4IUOA 2QEZA 2X1SA 1VLIA 4JICA 5KZDA 3HG5A 2H8XA 1KV5A 2VKZG 3KX6A 1TPUA 2YDAA 2H3DA 4MOZA 4P2VA 1JCMP 4RZ5A 1SO3A 4BWLA 1AMKA 3R89A 4TIMA 4FB7A 2CWNA 3NPWA 2E5DA 5FF2A 4RXGA 4EVZA 3NDOA 1A5BA 5CPNA 5EL1A 1GPWA 1Q6LA 1K8XA 4AH7A 4JYFA 4XTIA 1KFCA 2CLHA 1ZENA 5D2YA 4GJ1A 2R91A 1PIIA 3LI1A 3O6CA 1A50A 2V2HA 3O07A 2Z1BA 3R12A 2E09A 5KZEA 1BWKA 1PCWA 2OMAA 3W6YA 1O4UA 4RX0A 4WOZA 4YCPA 4GWEA 3W7NA 1N8FA 1QOQA 4CCCA 3KXQA 1QOPA 3FJLA 1BTMA 5FF7A 3ANYA 4JYEA 2QCLA 1F74A 3M5YA 3ZFHA 4JTSA 3VI2A 1B3OA 1KM1A 4I9AA 4UTLA 4UTWA 3STFA 3TFCA 1VRDA 4LVAA 2G97A 3BV4A 4DO6A 3TFXA 2Q3RA 1W37A 1JRBA 3R5EA 4PH6A 1LRQA 2ZTJA 2C6QA 3MP4A 3DFSA 3GLCA 3TXZA 1SZGA 5DELA 2Q8LA 4UNLA 4O15A 1TMHA 2P10A 4N9DA 2VFHA 1WOAA 2NUXA 4FX8A 5HQEA 1X6UA 3RNDA 3M5ZA 1TPWA 1T0OA 2Y70A 3LHZA 1NF7A 4OQVA 4O1DA 4UR8A 3QJAA 1C9DA 1FCQA 2OZ0A 5D37A 3TUUA 1ZHAA 3FYPA 2RDUA 3SI9A 3MBFA 1TJPA 1SSGA 3KRZA 3IGUA 2PURA 1EIXA 3P74A 1S5TA 1FDZA 4Y6GA 1UUOA 4YCOA 2QDGA 2OCZA 1K8ZA 1X7FA 1XKYA 4NX0A 1Z48A 3B8DA 1FCBA 3GDKA 4ADSA 2JKAA 3GB6A 4UIOA 3MHUA 3DHFA 4HPJA 3G1YA 3GZ3A 5HMSA 1SW0A 5IM51 2A85A 3NG3A 2G95A 3MMTA 3HG4A 3O6DA 1TV5A 4GUGA 5EY5A 3S5ZA 1XDMA 1EWDA 3RU6A 3SFKA 1WBHA 3NZ1A 3JR2A 3W07A 4K38A 4NZFA 5HNRA 2DZTA 3E9AA 4IJBA 1GJPA 1DORA 3OVRA 4AEOA 2C15A 5K7JA 4BWLC 1ICQA 4XBKA 1FY6A 3CLMA 1N55A 3LXBA 3CB8A 2QKFA 3B06A 3M6YA 1QPNA 3LTPA 3B04A 3GDTA 2GVLA 3BLIA 4TMCA 1JQVA 1NFBA 2B7NA 1TPC1 4UFKA 3TR2A 4HT3A 4OT7A 1VZWA 1XC4A 1YTDA 4Y8FA 1OHLA 2WJZA 4JR5A 4DO4A 3HG3A 4ZQOA 4MUZA 5H91A 2Z6JA 4UR7A 2DJXA 1W8SA 1HTIA 2FJKA 1SZFA 2O7SA 1K03A 3E96A 1FWNA 5FI8A 4X2RA 2QF7A 1MO0A 3NO5A 5KITA 1OVDA 1M7PA 3KVMA 1HG3A 1H61A 5HR6A 2H6RA 1W3NA 2QCNA 3DZ1A 3SR7A 4UTWC 5F4XA 4TO8A 2RDWA 4RZ4A 3RLUA 4JTEA 3QSTA 1JCYA 3S42A 3HPZA 4IQLA 2RKXA 3K30A 1XM3A 3O05A 3M44A 3W2NA 1R2SA 3U6WA 3L2IA 1P5BA 3JS3A 4HIBA 5LHEA 2E6AA 3DH7A 5HUPA 3HPXA 5LGXA 1JUEA 1GG1A 4IMDA 4S1FA 2B7PA 5I3GA 4JX6A 5AHLA 3QW4B 3KOFA 3L5LA 3TKFA 1YTEA 3DI0A 1VHNA 4WJEA 4NUWA 4O14A 1EEPA 4NJGA 3IVTA 2YZRA 2ZZ2A 3G0XA 3M9YA 5G4EA 3QW3A 1OYCA 2NV1A 4HSNA 1ZAJA 3G1FA 3M16A 4UXDA 1A53A 3LLDA 3CM4A 4IPIA 4DPQA 4WZHA 3PUOA 4E2BA 2H3BA 2E1DA 4RV8A 3QZEA 1IGSA 1YDNA 3NVTA 5EPDA 1JUKA 2ZFAA 3CWNA 1GG0A 1XI3A 4R33A 3P8JA 1OFRA 1IIGA 3S1VA 5LZLA 3G1VA 3M5XA 1PV8A 3O06A 3MHGA 1LP6A 5I3IA 2W79A 3QYQA 5G2WA 3C3NA 2YGYA 1FBAA 5LNRA 3EWYA 3EX2A 4UFIA 4UFLA 3VKJA 3HGJA 4O4VA 3CT7A 3N2XA 4EIVA 4FO4A 4O52A 4LRTA 3L67A 4NNAA 1EX5A 4ORMA 3DFQA 2DZSA 3NQVA 3TX9A 1EB3A 1OX5A 3VCRA 5FF4A 4Q4KA 4K36A 3BW4A 4AAJA 2JK2A 3GKFA 3NXFA 5HWNA 5E0KA 4LRSA 3M1ZA 3W7OA 3D0CA 5D2WA 2J24A 3GXTA 5GVJA 1P4CA 4GBUA 1M5WA 3BK0A 3DXIA 4QISA 4TU1A 1IIHA 4L4MA 3OVQA 4GC4A 4LC6A 3LRKA 1SUXA 1VH7A 1AG1O 1FWWA 1Q6QA 1WX0A 1DQXA 2XFWA 3DBPA 4LV9A 5BRBA 1VS1A 2VFDA 3WK2A 2G5WA 1ONRA 5SWUA 2FPYA 1GVFA 2ABBA 2G96A 3NM1A 5DCEA 1M6JA 3OHIA 1LRTA 3W2UA 1G4EA 2BXVA 2IQTA 2QJHA 2QCMA 4AB4A 1R47A 1MEIA 3HGOA 4UMAA 1XUUA 2VXNA 3L65A 3NQ6A 1JQXA 2OJPA 4LVFA 2HTMA 2CZFA 3A21A 3CPRA 2E5BA 3I7SA 4C1LA 4NNCA 2W0UA 3LX9A 3I6RA 3W71A 2RDTA 2CLKA 5I3KA 3TDFA 4OE7A 2EHHA 4K8EA 1I45A 3QMRA 1LZOA 2WNNA 1SPQA 4GUFA 4TMBA 3TQKA 3H53A 4UC5A 5FEPA 1J5TA 4WX2A 4JTJA 4ZQNA 4NXSA 5F2LA 5CG7A 1QFEA 3E49A 1VCGA 4FHAA 5AC7A 4A21A 4JGDA 3CQ0A 5KMYA 1IXPA 1QCWA 4DBEA 1XFBA 3A5VA 3HOJA 4CNPA 4NU7A 3T40A 2VEMA 5DBUA 3USBA 2NWRA 3MWAA 5C5YA 4C1KA 4CLMA 3B05A 1ALDA 1H7PA 3C4UA 5G5IA 3L0GA 2E6FA 5DXYA 3EX3A 4Z1AA 2C0AA 3UD6A 1KM6A 1KBJA 2WNZA 2E68A 3BGGA 4K39A 4N4QA 4RKAA 4BF9A 5I3JA 4JTIA 4LW7A 4Y90A 5U4NA 4WXYA 1AL8A 1KLZA 1LDCA 1QWGA 1EWEA 5L6UA 3NR0A 3PS7A 1NEYA 1TIMA 4NNBA 2QCCA 4M5PA 1I2OA 2Y85A 3T4CA 3MYPA 3AJXA 3FKKA 3GYEA 5G1TA 1H62A 3GKAA 1LLWA 4H3DA 3T55A 5D05A 4JD4A 1G4PA 4UTHA 4Z1BA 3LRMA 1W1ZA 4QNWA 4JTTA 5TIMA 2I14A 3EXSA 4LU0A 1V5XA 2YW3A 1EUNA 4Z0SA 1OX4B 1KM2A 2FB3A 3EKLA 1ME7A 3OA3A 4KFPA 3PG9A 4O17A 1QR7A 3S5YA 2DZXA 3IGSA 2GVGA 2ZZ5A 2NXIA 2V30A 3G1DA 5TQLA 3HGSA 1OF6A 2ZRZA 1YTKA 4LUIA 1ZFJA 4RJEA 2I1OA 5D2TA 1WOBA 5CZ0A 3PVFA 1K8YA 5G2HA 4JX5A 4MFDA 4LS0A 3LHYA 2EPHA 4AWTA 4Z08A 3HF3A 1OABA 2O7QA 3QF0A 5DY3A 5BW6A 2FIQA 4RR4A 1NSJA 3NQCA 4HSOA 2E5CA 4JY8A 3S1XA 4A29A 1BWLA 4XKYA 1UUMA 3NPXA 2CU0A 3W73A 3S8HA 3NL5A 4AHQA 1W0MA 5EYWA 1JCJA 5F2MA 1L2UA 1ICSA 1OFQA 1WBJA 3IEBA 3LXAA 2YX0A 4EF9A 2XN1A 5CZTA 2QCEA 3DKJA 2BLEA 1V7YA 3CTLA 1QO5A 3LCXA 4O1BA 5A5WA 2LLEA 3C6CA 4JYDA 1BEUA 4QQ3A 3PAJA 1SQ7A 3EXTA 3M5VA 4P61A 1YDVA 4DO5A 1DBTA 2QJIA 3EWXA 4O50A 1H7NA 3DU0A 4MJZA 3W85A 3FYOA 1OFOA 1WA3A 3IIOA 4FNUA 3N19B 3W1NA 1TQJA 1TB3A 2GJLA 3P67A 2GJNA 1F76A 1OX6A 3C0JA 3Q2DA 3JRKA 2AAMA 1LBMA 3EXRA 2FTPA 4JDYA 2ISWA 4JNMA 3SY5A 1FDYA 4N2YA 2VEIA 3WK1A 1O5KA 5CSRA 2CFFA 4OHQA 2ISSA 3FLUA 1M7OA 3CHVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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