5HR7A

X-ray crystal structure of c118a rlmn from escherichia coli with cross-linked in vitro transcribed trna
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
360
structure length
358
Chain Sequence
GKINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDIDAAGQLAGDVIDRTKRTLRKRMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase/rna
molecule keywords tRNA Glu
publication title Crystallographic capture of a radical S-adenosylmethionine enzyme in the act of modifying tRNA.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 132
structure length 358
sequence length 360
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2016-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5hr7A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5hr7A02
5I3FA 4FO4A 1SO5A 1OFEA 1N7KA 4JTIA 3GR8A 3LLFA 4O4WA 3GDLA 3FOKA 4N6EA 4Y96A 4XKYA 3W7JA 1ZALA 1TPH1 3NZRA 2E6AA 1TPVA 2WSQA 2VFIA 2CLKA 1Q6QA 4KWVA 1W5PA 3NL2A 1QNVA 2EAWA 3BW3A 5G1YA 1R2SA 5HUPA 5HUOA 1TCDA 1E51A 1YPFA 1AG1O 4JYEA 4OU1A 3QF0A 4CQ9A 4HNUA 3NNTA 1YDOA 5F2GA 1SU5A 1TV5A 3NQ7A 1ZFJA 4RLIA 1FWWA 4BK9A 3NM3A 3S1WA 3A5VA 3O63A 4POCA 3PBWA 2GJLA 5HINA 1Q3NA 3STGA 4BI6A 4UTJA 2O7QA 1KTCA 3M41A 4GUIA 2QR6A 4YL2A 3LLDA 1A5BA 2KZHA 3W7PA 2Z6JA 3P5YA 4CCEA 5IM51 1G4EA 1K8ZA 5G2HA 5L9FA 1QR7A 3CLMA 4NU7A 3DFSA 3UZJA 1UUOA 4P61A 1DBTA 4HNTA 1PCKA 4UTLA 3M6YA 3S42A 1RQHA 1OFBA 3SGUA 1X1OA 5G4WA 2J27A 1LRTA 2V30A 4JY8A 1SPQA 3LBCA 4FIQA 4WD0A 4MZ8A 3C8FA 3I68A 4KFNA 2C14A 2RFGA 2C3ZA 2GPTA 3WK0A 1GPWA 3NDOA 2WSRA 4ICNA 1QPQA 3M5XA 4UNLA 3TSBA 4AHOA 1FBAA 3P7YA 3JR2A 3M5YA 5K9XA 3RFAA 4HHPA 1PV8A 4M5PA 2ZCGA 4PODA 4KFOA 3HG4A 4JTLA 2GVGA 4ZQMA 4JTGA 5DELA 1JRCA 4ORMA 5FEPA 2ALDA 3MP3A 3KFTA 5AHMA 1J4EA 2R8WA 2ZZ7A 4JEQA 5KZDA 3EXTA 3TXVA 1KBJA 4GUFA 3UWVA 1OF8A 3GK0A 3QMRA 4LUIA 4JTJA 3MJYA 1L6WA 5D05A 4O19A 3N73A 3QMTA 3LHYA 2ZA3A 3TAKA 1EA0A 2E09A 4WY0B 1G6CA 2DU2A 3NQ6A 3QW3A 1WDWA 1X7FA 4NVTA 3H53A 2OT1A 1LYXA 4NT0A 4DELA 3W2NA 2NUXA 3W83A 3TX9A 3C3NA 3GB6A 5HQEA 4AHPA 1BKSA 3EX1A 3WK3A 1O94A 1H60A 3OEXA 2Y88A 4JTSA 5CSRA 4EOUA 5DN1A 1SW7A 1B57A 1OVDA 3A23A 1I2PA 1DJQA 3F4NA 3W7HA 3CIWA 1OX4A 1GEQA 4NNAA 4O53A 3TIMA 3W7LA 4U4MA 5F1UA 1W3IA 4I7UA 3BG9A 1GVRA 1H7RA 3NXFA 1VLWA 3ATYA 4FX7A 5D30A 5L6UA 3NGJA 3DU0A 4N02A 5GVJA 2VXNA 4R33A 2V9DA 2YPIA 2F84A 2I9EA 1MO0A 3P80A 3UPWA 1KFKA 1TQXA 4LVBA 1AK5A 1TPWA 3EB2A 1YTDA 3UWYA 4LTSA 3M7WA 4LVDA 1OABA 3HIJA 3WJSA 3I7QA 3C2VA 4E0CA 3W1LA 3TC7A 1YDNA 1WBHA 2CLMA 3ATZA 4XKYB 5CZJA 3TJLA 3RLVA 4FF7A 2X1SA 2DZUA 1RQBA 4LV9A 2LLEA 4XWUA 3W3OA 3QYQA 4R7JA 1H7WA 2BZNA 2IQTA 4O50A 5D2WA 3LRMA 2P1FA 4HN4A 4JTFA 3OVRA 1MXSA 3FJ6A 2E68A 1EWDA 3U6WA 3V75A 3E02A 3MI3A 2QUUA 1VQTA 4QJ1A 2BSLA 1M5WA 3PBUA 3CU2A 2VELA 1D9EA 3E9AA 5U7SA 5HWMA 4E2DA 5KTLA 2E5BA 1ZENA 1W56A 5LNSA 1Z42A 3VE9A 3W88A 4O11A 3MI2A 3TDFA 4UFKA 1JCMP 3VNDA 3HMJG 3O6DA 2C18A 3CHVA 1R46A 2XFWA 3B03A 3E0IA 4K39A 5KSWA 2YFNA 4RZ4A 4AMAA 3NPUA 5AN7A 4PFMA 5I3IA 1MSSA 5BNKA 5FEZA 2YR1A 5G1TA 5LNVA 1G69A 2XN1A 2I1OA 3UQNA 1F5ZA 5ABTA 2J88A 3QPZA 3GAKA 4X3ZA 7TIMA 2VEPA 4O10A 3GNNA 2OX1A 5E0KA 2H3BA 1W5NA 3UYCA 2P0OA 1Q6RA 2ZDRA 2FLIA 4MFDA 1YPIA 2CLIA 4UMCA 3W23A 2YW3A 1HTIA 1MEHA 2H3DA 1IXOA 1W3NA 2Y63A 2C19A 3R8RA 1FX6A 5BMWA 2NX1A 2EF9A 4S2CA 1PE1A 4JX6A 3M5ZA 4LS0A 4WOZA 1BWLA 5AHIA 1ADOA 1EUAA 4LVAA 4Y8FA 2A7NA 2HS6A 5D09A 3RNDA 2C6QA 3BO9A 3LTSA 4WXYA 2CW6A 5HWJA 2A0NA 3IEBA 1OG0A 2HTMA 1SUXA 4DBEA 6ALDA 3UWUA 3PULA 1TPDA 3GXTA 1XI3A 5T26A 4TX9A 5BMXA 3B0PA 2ZQ0A 1SW3A 3B06A 3R2GA 3R12A 4ONVA 3TSMA 2QJGA 1YXDA 5FF7A 4BR1A 4HPXA 1HO1A 3GDRA 3Q94A 4RX0A 4LUJA 3VKJA 1O5KA 3M9YA 2J24A 5G2WA 1H61A 4NJIA 2E6DA 4NX5A 3W86A 2NV1A 1XXXA 1WV2A 3NAVA 1EP1A 4S2BA 3LTPA 2HSAA 1GQNA 3DENA 3KXQA 3N9RA 3DHDA 4RXGA 4Y6GA 1ZJIA 3KX6A 2FIQA 1T99A 3P74A 3FKKA 1OX4B 3OVPA 4MIMA 5D2XA 2QCLA 1GYLA 3DKLA 2Z1BA 2V8ZA 4ORIA 2HMCA 1GTEA 3O1NA 1UB3A 1WOAA 3CEPA 3C6CA 4DQWA 4FXSA 3JS3A 1AL7A 3G1YA 3BV4A 1C8VA 1TJPA 5LSMA 3DXIA 3L21A 3EWUA 3BLFA 3G1FA 1ZY9A 2EHHA 4TMBA 4NNCA 3NA8A 3TMQA 3HPZA 1G4PA 5AOUA 2QUTA 2VEIA 4WJEA 3MP4A 1EPXA 1QOPA 5AYZA 4FX6M 2QJIA 4E38A 3NPWA 3HPXA 1H50A 4LW7A 3S8HA 3I7SA 1F74A 1VS1A 4PL1A 3LHUA 1DVJA 4HIBA 3TMLA 2ZA1A 1MZHA 3DAQA 3AJXA 1JQVA 5K3VA 2FFCA 2ZRYA 1GT8A 5AYXA 3G1XA 3PSWA 2VC6A 1F6PA 3TSDA 2YZRA 3QM3A 1U5JA 2ABAA 1SO6A 1KTNA 2ZFAA 1ICPA 2ZZ6A 3KOFA 1W5MA 1LZOA 5KZMA 5EYWA 3TA6A 3G3DA 2I14A 3W7KA 1S5WA 3DFTA 4O12A 2E77A 2GQAA 3L5MA 4A2RA 3PC0A 2YYUA 1HO4A 4N9BA 1SO3A 4Z1DA 1GG1A 1OHLA 3ZFHA 2V2CA 3LBMA 1VCFA 2J6XA 3IGXA 2FPTA 3VFLA 5LNUA 1O5XA 5D38A 1WAUA 4W9TA 2ATMA 2V0TA 2DJLA 4JXCA 4CNNA 5AB3A 5FF0A 3N14A 1QFEA 1M7OA 3NM1A 3STEA 4MVAA 4AF0A 1OFOA 3TR2A 2TMDA 5I3GA 4M7TA 4RCXA 4O54A 2A2IA 3FYPA 2CZEA 2ZRXA 4JYDA 3BLEA 1IF2A 1Q6OA 1TMHA 4N4PA 1O60A 2ZYFA 3WJZA 3R5EA 1SZGA 3EWXA 5DCEA 1S5VA 3TV8A 5FEWA 3EX6A 4Y90A 4HPJA 3EXSA 3DHFA 3UY8A 4LC8A 1TV7A 5EMUA 4UTKA 5HWNA 5K4ZA 1H62A 1Q45A 4UTHA 2CU0A 3T4CA 1G4TA 5CGQA 5FF3A 3NR0A 4WUIA 1TTJA 2CWNA 4JGDA 3PUDA 1NF7A 2QUVA 5CG7A 2H6RA 4MY9A 4CCCA 1F73A 1YADA 3QSTA 1OK4A 3NL3A 4BF9A 2TPSA 3GDMA 3QFEA 1C29A 2JGYA 1GJPA 1TIMA 2QF7A 1VYSX 1OK6A 3GDKA 2VFHA 2BTMA 3F03K 1A50A 3G8EA 3TXZA 1JCNA 5K9CA 4NJJA 3A22A 1VLIA 4MOZA 3W9ZA 4K36A 1ML1A 1MEWA 3MHUA 1ZHAA 1K8XA 3W2LA 4UCGA 4IX2A 2Y85A 4XTDA 4FNPA 4NQ1A 3O05A 3W71A 4N6FA 3A24A 4BWLC 4K7YA 1KV5A 3HGJA 2B7QA 2TRSA 2FDSA 1H7OA 3EX4A 1WOBA 2Y62A 1JRBA 1VZWA 2Y6ZA 5F4SA 3FJLA 4X22A 4X2RA 5K7JA 2QCCA 3EWYA 4AAJA 3EWZA 4UTWA 2YSWA 5G5IA 4LC6A 5K4XA 2E5CA 3P62A 5BOOA 4R53A 2FTPA 1ALDA 1VGAA 1KM3A 3S5YA 1KFCA 3W2UA 5D33A 3DFOA 4JIQA 3IVTA 2YXGA 3RF9A 4ZQCA 3FKRA 3PVFA 4O14A 3W1MA 2QCMA 4ZQNA 2BXVA 1BEUA 1NSJA 3L67A 1SFJA 2QCNA 1LRNA 1PVNA 3LV6A 4FXRA 1L6YA 3GYEA 4YWIA 3EXRA 4XZ9A 3NQ2A 1K7FA 6TIMA 4O1BA 3PB2A 3GZ3A 5FF2A 4UTTA 4KKXA 3M5VA 1SZNA 3HGOA 3G1SA 1AW2A 3BG3A 1W1ZA 1C9DA 4WX2A 1YXYA 4OT7A 3LOTA 4A3UA 3W1UA 3BW2A 5IBXA 3TH6A 4O16A 3LX9A 1LORA 1ME8A 5LKYA 2WOQA 5C2XA 1J2WA 2W6RA 3QSRA 4PA8A 2ZZ1A 3C2RA 4AVFA 4DXVA 4EF8A 3O06A 3W7GA 4IWWA 1FQ0A 1HUVA 4LOCA 4GUHA 3UPBA 4Z08A 4HSNA 2NXGA 5SWUA 1KFLA 4B5NA 2WNNA 2JKEA 2NUYA 4IMCA 1LOLA 1T96A 4UTMA 3DFNA 4GRSA 5F2MA 1RVGA 1WQ5A 2RDUA 1IXQA 4P2VA 1W5QA 5J5DA 1W5OA 3W73A 4GC4A 4AF0B 1S5TA 3U8GA 2CLEA 1FDYA 2BX7A 1FCUA 3PG8A 3GLCA 2EKCA 1RPXA 3W7IA 1EIXA 1RZMA 3M16A 4MYAA 1EX5A 1TO3A 4CNOA 3SFKA 4ZQRA 3NZ1A 3U2OA 1ONRA 5I3JA 4UFJA 5CZ0A 1K7XA 3CT7A 1TV8A 3CWOX 1EB3A 1I2RA 3L0NA 3VI2A 1GG0A 1OYAA 1XFBA 2QCEA 4UNKA 1SSGA 5EY5A 3WJWA 4UFLA 1JULA 1P0KA 1PHWA 4LT9A 4FNTA 1ZAJA 2A6LA 3THAA 1M7PA 3B05A 3HG3A 2ZRZA 1SR9A 2PCQA 4U28A 1SFLA 1TTPA 2VEKA 4IQLA 3RLUA 1MEIA 5DY2A 2B0MA 3PF3A 4IMDA 3LI1A 4N4QA 3P67A 1GVQA 4GUGA 3W74A 4O18A 3G1VA 2ZZ3A 3P8IA 4PEKA 4K8HA 3W70A 3NL5A 2A85A 3L5LA 1NAL1 2BLEA 2WNZA 4NNBA 4MFEA 1KLZA 1GTHA 2B4GA 1TPB1 3C52A 5D2TA 1F2JA 2YDAA 4TO8A 8TIMA 3BW4A 4JX4A 3W22A 5K2ZA 2E6FA 4H6KA 1HL2A 4HNVA 5AYYA 2ISVA 4JIPA 5TBOA 3W7QA 1X1ZA 2H90A 4MLRA 1GYNA 3EKLA 3P8JA 4FNSA 4I7VA 3A21A 4O15A 3W1XA 5KMYA 3IIPA 1J5TA 1LOQA 2ZA2A 2PURA 3LV5A 4JY9A 2WNQA 4YLWA 3HF3A 3DGRA 1CI1A 4ADSA 2ISSA 3HGSA 4FIRA 1K02A 3O16A 2PRHA 4NX0A 4IMFA 4M7SA 1RR2A 4FX8A 2NXHA 4GE8A 1KV8A 2Z0IA 3FLUA 3G1AA 5I3KA 1YLVA 1TB3A 2V2DA 4O52A 4WQ6A 5D2VA 1OFAA 2CFFA 5K9DA 2PC4A 1H51A 1TPUA 3DKJA 1P5BA 2VENA 3W1NA 1F6KA 2VFEA 2FJKA 4AB4A 4RV8A 1VRDA 3EKZA 4Z1BA 1M6JA 4N9CA 3SR7A 3W7CA 1DQWA 3W1RA 1H63A 4Z1AA 3DFPA 4S1FA 3TFCA 3I7RA 5A5WA 3KVLA 2NXIA 4H4IA 3IV3A 3FIGA 4TR9A 5CSSA 1D3HA 4O28A 3IIXA 1ZNNA 3MP5A 3MYOA 4IXXA 1X6UA 1G7UA 1K03A 5LNRA 3NO5A 4RZ5A 3LB0A 4LVFA 2OJPA 3W1PA 3T40A 3WK1A 2PRLA 1QDSA 3F1QA 3AO0A 1XDLA 3BGJA 3EX2A 2C15A 2DP3A 1B4EA 2G5WA 1VJIA 4IGHA 2DZXA 4O1DA 4UXDA 3LHVA 1T0OA 4LS1A 1OX5A 3I6RA 3DBPA 1NVMA 4JX5A 4IPJA 1YTEA 1K7EA 1I2NA 1R2TA 2OT0A 3NQCA 2ZTJA 1FXQA 5AHLA 3W85A 1A5SA 3RMJA 5DBTA 2QKFA 4QNEA 1P4CA 3L0KA 1I2QA 1I2OA 3BLIA 1XBZA 3O15A 3W76A 5LHEA 4JYFA 4MUZA 3P5ZA 1LLWA 3LCLA 3CIXA 3M44A 4ZZ9A 2Q8ZA 2QCDA 2Q3OA 2NV2A 2V82A 4JTTA 3BVJA 3SW6A 4AWTA 1K3UA 1V5XA 2Y7GA 3P82A 3WK2A 1LLZA 1KFEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4IQE A;  1EJW C;  3SRH A;  3LEP A;  4F0S A;  2W4X A;  3GR8 A;  3LLF A;  1IR1 A;  2PDL A;  4Y96 A;  4XD6 A;  4UBP C;  1TPV A;  1UD5 A;  2V69 A;  2ZTE A;  2CLK A;  3ICX A;  3UCC A;  2D22 A;  1W5P A;  5KFE A;  2EAW A;  1R2S A;  1TCD A;  3I3D A;  4DQR A;  1YPF A;  1EIB A;  3FY1 A;  3GXI A;  2OSY A;  4AIO A;  4NLB A;  4QG8 A;  1ZQQ A;  3QF0 A;  4CQ9 A;  4IFK B;  5F2G A;  1SU5 A;  1T7L A;  4RLI A;  5T9C E;  3BJS A;  4FI4 A;  3S1W A;  2R8I A;  4MF4 A;  1IHI A;  4LH8 A;  1R3W A;  2YXO A;  4Q4R A;  2WM0 A;  5TF0 A;  1A0E A;  1FWB C;  4UTJ A;  1L8O A;  4KLI A;  5PTD A;  4HA3 A;  1OY0 A;  1KTC A;  2O7Q A;  2QR6 A;  3C0L A;  3ZDB A;  1QNR A;  4Y2R A;  1K8Z A;  4RQM A;  4IJR A;  3ISC A;  4NU7 A;  3DFS A;  1ZQH A;  3AXI A;  3O7U A;  1GON A;  3QV7 A;  5HXM A;  4HNT A;  1PCK A;  5JIW A;  3LSB A;  3M6Y A;  4NKC A;  1RQH A;  1OFB A;  4A3Q A;  3SGU A;  2R1L A;  2ZIU A;  5EBA A;  1LRT A;  3H4B A;  4JOM A;  1URJ A;  1UWQ A;  2V30 A;  2FJ6 A;  3LBC A;  1S0N A;  3WNP A;  4QCE A;  2ZVI A;  2OZT A;  1TUX A;  3I68 A; 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