3B0PA

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
317
structure length
307
Chain Sequence
LDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLMEEEVGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA-dihydrouridine synthase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Thermus thermophilus
total genus 116
structure length 307
sequence length 317
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0pA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0pA01
3AJXA 4YLWA 5C55A 3K30A 1H63A 3WK1A 4JX6A 2GJLA 3EWUA 3G1SA 3OIXA 4LRTA 3G1VA 2AQWA 1DQXA 1U5JA 3PB2A 3FYOA 3PM6A 4LS2A 5FI8A 3T40A 3BG3A 1F05A 4WOQA 5I3FA 5EYWA 5C6MA 4IXXA 4MY8A 3W2JA 2EKCA 1PIIA 3SSJA 1MEWA 3PY2A 4WQ6A 1GYNA 2PRMA 3W84A 3EX3A 2QF7A 5SWUA 2YX0A 1TRIA 1H1YA 4JYDA 1ME9A 1ZCOA 3NL2A 4Q32A 1VR6A 4TR9A 3N2MA 5U4NA 1TV8A 1KFLA 3LCLA 2CU0A 2B7OA 3G1XA 1WV2A 1OFEA 5L9FA 3G8EA 3ZFHA 2A1YA 4GUFA 1XDLA 4O0ZA 3B06A 5K9CA 4O13A 2VFHA 4A3UA 2EF9A 5D2TA 4GUGA 3LHTA 5FF3A 4UXDA 3V75A 1AK5A 2DP3A 3TFCA 4DO6A 2G5WA 1XC4A 5KTLA 3TQVA 1IIHA 2ZZ6A 3L5AA 2YYTA 5F1UA 3NQ7A 1NVMA 3NQGA 1R47A 4Y9AA 5LKYA 4HNNA 1LP6A 3C3NA 2DJXA 3G24A 2R8WA 6TIMA 1P1XA 4GE8A 3DFPA 4WOZA 1KM6A 3THAA 3VE7A 2XN1A 5F2MA 3DI0A 1EX5A 1KFJA 4X3ZA 1VRDA 3MI2A 3W73A 4TIMA 1TREA 3DFQA 3GLCA 4M5PA 4M6VA 1L6WA 1WOBA 4N2YA 3STEA 2CLFA 2NXHA 2QJIA 1WX0A 3FJ6A 1K02A 4DO5A 1QO2A 1TV7A 3M43A 2GUUA 1O5XA 3WJWA 1IXOA 5EKYA 4Z08A 4WD0A 4RLIA 3N2XA 4UTTC 4WJEA 4UTKA 1C8VA 4MYAA 2H8ZA 1UBSA 2BZNA 1W5NA 2Y63A 3TSDA 5K9DA 4MPQA 1CW2A 1W54A 1TQJA 1G4TA 3DHDA 3HPZA 4DXVA 1OYAA 1TPFA 2GVGA 4M19A 5HNRA 4O15A 2DZVA 5DBTA 3FLUA 1RQEA 3KRSA 1XUUA 4JD4A 3W1NA 3W76A 3HMJG 2QCLA 5HWMA 1EUAA 1EWDA 3W2NA 4EIVA 1DORA 3E02A 3SW6A 1TPDA 4JXCA 5FESA 1M7OA 3G3DA 4O54A 3IIOA 4O1AA 3IEBA 1ZJIA 3NL6A 1HL2A 1X1OA 1L6YA 5AN7A 3C61A 2ABAA 2HSAA 3HGSA 4LS1A 4A29A 4UNLA 1LORA 1N7KA 1LROA 1H1ZA 1IGSA 3KXQA 3L67A 4X9SA 1JCYA 4YCPA 1X1ZA 3ABRA 1MSSA 3C56A 3QPZA 3NGJA 4LVDA 3S1UA 2CLIA 1ZAIA 3R12A 3W75A 3NQAA 2YFOA 2VC6A 2NV2A 4LVFA 1K8YA 1KFCA 4E2BA 4H6KA 4O52A 3QPYA 1LYXA 1TPEA 3OHIA 1SFJA 4UCGA 3QMTA 4NJKA 1OF6A 5AYYA 3N9SA 1R2TA 4R34A 1TPWA 4ZQMA 1RV8A 1Z41A 4GFSA 1TRDA 4QQ3A 3W9ZA 3NNTA 4NZFA 1H7RA 4LWWA 3GDLA 3SJ3A 1GVRA 2V2CA 4NJHA 1YDVA 3CU2A 3GAYA 5FF0A 3ANYA 4HSNA 1EP2A 3NR0A 3TW6A 3F1QA 1B4KA 3I68A 1Y0EA 1U83A 2ZRUA 3M41A 4MFDA 4DBEA 1LOQA 3IGXA 3PVFA 4ICNA 3GXNA 4UTUA 1LRQA 1W31A 4NT0A 3W2MA 4I7VA 3LV6A 1HTIA 1QFEA 2E6YA 3UNDA 4CNOA 3MWAA 1DL3A 4ZQRA 1FXPA 3NZ1A 3W6YA 2VFIA 1ME8A 1JR1A 3O1NA 4MY1A 1A50A 3GXPA 3Q2DA 2NUWA 2PE4A 3USBA 4XTIA 2P10A 4HNTA 4LUIA 4PC8A 4GRSA 5K9XA 2G95A 1DJQA 1I2NA 3HG3A 4OV4A 2Z6JA 3LCHA 3W1TA 1CX9A 4IMCA 1H61A 3EWXA 3QC3A 3W1MA 3CEUA 2CZDA 1QPQA 3F4WA 1KA9F 4MKNA 3ZWTA 4WZHA 1X6UA 5EPDA 3BG5A 3TAKA 5J5RA 1FXQA 2QAPA 2WNNA 4NZJA 3I65A 1FDZA 3HJZA 5H2ZA 1EA0A 3S5ZA 3W7GA 5BNKA 4JGDA 2Y7FA 3G1DA 2E09A 2GJNA 2NLIA 1FCQA 2WSYA 4PFMA 1F74A 3W2UA 2YGYA 3BPWA 1YPFA 2H3BA 2BTMA 1C29A 3N14A 1OYBA 2ZA2A 3NQ6A 2IQTA 3M5YA 3PAJA 2QDGA 3UZ5A 4C1LA 1OF8A 4JTLA 5D02A 4Z0SA 4XWUA 2ZTJA 5CSRA 4PODA 3PBVA 1FWNA 3PSWA 3TR2A 2D73A 4UR8A 3MMTA 3ABQA 4GWEA 4O0KA 4WX2A 3W7EA 1SZFA 1NEYA 3KOFA 3VFLA 4IWWA 3NQEA 3MBFA 3MP4A 2ZRXA 1Q45A 2AAMA 3EWWA 4JEQA 3DAQA 2VFDA 1YYAA 4UFMA 1FWWA 1AW5A 5AHEA 1AW1A 3MHFA 2QCEA 1OFQA 8TIMA 1RZMA 2Q3RA 2YZRA 3IVSA 4MJMA 2QEZA 2X1TA 1K3UA 4ONVA 4UFKA 1ML1A 2ZZ1A 3TKFA 1JCNA 3UXAA 5D03A 4R33A 1BEUA 2X1RA 4S2CA 2QCDB 4FIQA 1IXNA 1W5PA 2WNZA 3UZJA 3P8JA 1T99A 1W3IA 1YTEA 3P80A 3GAKA 1H60A 1QDSA 4DO4A 2YYUA 2A2IA 3OEXA 1Z44A 1KBIA 2Y6ZA 2HTMA 5D2XA 4RZ6A 4RX0A 3Q37A 4OBTA 1FDYA 3VKJA 2CLOA 3IRDA 1OX4A 2H3DA 3C52A 4K8EA 1E51A 3UWZA 4UR7A 3W07A 4JICA 2ISVA 4XKYB 4UTJA 3KVLA 4O12A 3G0UA 1FWRA 3NZRA 4FNTA 3W2LA 5TQLA 3W22A 3TQ0A 2GPTA 1A5BA 1XM3A 3LXBA 1FDJA 2DZUA 4LY8A 3MHGA 4UTIA 1RVGA 3CEPA 1THFD 1VCFA 2ZRVA 3NL5A 4JYFA 3LHWA 3ELFA 2Y61A 4UTTA 3EWZA 2A7RA 3IIXA 3WJZA 3MUXA 2Y62A 5HR7A 2ZBTA 1FUYA 4I7WA 3RF9A 2R94A 3BLIA 3LBCA 2WKJA 5HJLA 3O15A 2RH9A 2YDAA 5D37A 2Z1BA 4UIOA 5F4WA 3NQ2A 1SO4A 1PHQA 2H90A 4OU1A 3W1RA 4WY0F 3S8HA 1QOQA 4LW7A 2OJPA 3LV5A 2NWSA 4O16A 1LTDA 1Z48A 3PWAA 2J24A 4LTSA 3NQCA 1P0KA 3L66A 2TYSA 5KITA 3O8AA 3P5YA 1GVOA 1M5WA 1SPQA 2E68A 3DFOA 3ZWSA 1MZHA 2YXGA 2W6RA 3PF3A 2HS6A 5TIMA 4DPPA 2NX1A 3VNDA 1XI3A 1MXSA 1KV8A 2PURA 3DKJA 4TMBA 1LM1A 4EF9A 4C1KA 2V2DA 1G69A 2E6DA 1OX5A 5LNWA 4UMCA 3L0NA 1K7XA 5K4XA 4ZQPA 1A5SA 1NSJA 2WOQA 3W7LA 1KBJA 3M5ZA 4CQ9A 3LCIA 3TNOA 1W3NA 1QR7A 2C18A 5HQEA 3M47A 4FHAA 4MVAA 1O60A 2FLIA 1KM5A 2PCQA 1SFLA 3TW7A 3TH6A 3NPWA 3GKFA 3LDVA 2HMCA 5BMXA 1GPWA 2FQIA 4AF0A 1PE1A 3QFEA 4DF2A 3HIJA 4K7VA 3PUOA 2QKFA 1F76A 3A21A 1FQ0A 3D0CA 1JJKA 3QQ1A 4AB4A 1JCJA 5D04C 3N9RA 3LOTA 4N9CA 4Y90A 1B4EA 4FEZA 1EUNA 1G6CA 3I7QA 1CI1A 3DZ1A 5AHMA 4HPJA 3RFAA 2RDWA 1KFKA 1IXPA 1HUVA 3TC6A 4O19A 1ZENA 4IJBA 4ADSA 2H6RA 4U4MA 2C13A 3P82A 2DJLA 3UWQA 3LLFA 3SGZA 4PL2A 3L5LA 4RR4A 3UD6A 3EX2A 5DCDA 1FWSA 1GVSA 3IVTA 1VHCA 2W79A 2YW3A 4MLJA 4D2JA 1D9EA 4FF7A 3UWUA 1H7OA 3O16A 2DORA 3GZ3A 3ABSA 2ZFAA 2V9DA 3EX1A 3TJLA 3L0GA 1XL9A 1ZY9A 1HO4A 4FIRA 4FNUA 2QJHA 4YWIA 1H51A 2V5BA 5C54A 3PULA 5H91A 5KZDA 3P60A 1OHLA 3O63A 5J5DA 5AOUA 3ATYA 3KFTA 5CZ0A 2E77A 3DBPA 1EWEA 4LUJA 4QITA 4ZZ9A 2VXNA 4AWSA 1KTCA 1IF2A 5KSWA 3STCA 3M9YA 1TPUA 3R89A 2B7NA 4AHPA 2JGQA 3TC7A 3G18A 1TYGA 4IOTA 3THQA 3S6DA 3KRZA 4WY0A 5D2VA 5CPNA 2ISWA 4HPXA 3O07A 3FS2A 1NF7A 3BV4A 4JS3A 4YMZA 4JDYA 4H3DA 3RU6A 5G2IA 2X1SA 1KW1A 4O4VA 4Y96A 1P4CA 3E0IA 3LTYA 4R7JA 4EVZA 1HG3A 2Y70A 2G96A 1K03A 4BK9A 2BX7A 2GQ9A 4J9JA 1SSDA 3C2VA 3BLFA 2FDSA 3JS3A 2BXVA 4M7TA 3C2FA 4W9TA 2JKEA 2ZZ3A 3SR7A 2J27A 2ZZ5A 1QNVA 4O11A 2ZA1A 5T26A 1WDWA 3TXZA 2ZRWA 4I7UA 4H4IA 3NM1A 1JULA 3BW2A 3M0ZA 3CM4A 3S42A 2JKAA 4KFPA 4UTLA 2JBMA 3HOJA 4JDBA 3G0SA 3M44A 3TMQA 4JTIA 2QCMA 1OFBA 3WJXA 5BRBA 2FTPA 1ONRA 3PBWA 1AMKA 4TU1A 3TUUA 2J9YA 1SO5A 3W7OA 1PCWA 2Y7GA 3G1FA 1KM2A 3GKAA 3GNNA 2V82A 5EBUA 1LOSA 3PSVA 1G67A 4ZQNA 1VYRA 2NV1A 3CTLA 3NQVA 3HO8A 5G2HA 5G1YA 3CPRA 1TV5A 2AGKA 3R2GA 2VKZG 5CZTA 3NPUA 1V7YA 1Q6RA 4M6PA 1QCWA 3LERA 3MYPA 4IPJA 4X2RA 2Q8LA 1TMHA 3GX9A 3N34A 3VI2A 4PCFA 2C14A 4UTWC 5FF7A 1I2OA 4JIQA 4AWUA 2BSLA 2TPSA 3W1XA 3B0UX 1GJPA 3B4UA 5KMYA 1WAUA 2CZFA 3QZEA 2EGZA 4UFHA 1TO3A 3NM3A 4UUIA 3NQMA 1R2SA 2FPVA 1W0MA 3M5VA 5I3IA 2UV8G 4K36A 3SFKA 4PA8A 3PS7A 1J4EA 3RMJA 3A9IA 4XUGA 1NF0A 2DZSA 3MJYA 1ZNNA 3LTPA 3STFA 2XN2A 3N19B 2YSWA 3QSTA 1F6PA 3LHYA 4KWWA 3LCWA 1MEHA 3BW3A 4HHPA 3PUDA 1LDCA 5D30A 5DXYA 1NAL1 2V8ZA 3TSBA 4G1KA 3DKLA 3TQKA 3S1WA 2CLLA 3DH7A 4YCOA 3TFXA 2FIQA 1R2RA 4M6QA 2Z0IA 1I2QA 3KHJA 3FKKA 2FPTA 2OMAA 4DQWA 4Y8FA 2VEPA 1LCOA 1J5TA 1T96A 4CLMA 2A6NA 1A5CA 1O95A 2FPYA 1LBLA 1ZHAA 4CCEA 1UUOA 2NXIA 3IGUA 5L6UA 4YL2A 1O4UA 3KVKA 4N02A 3DFSA 4NNCA 4O50A 3E12A 1NFBA 2JK2A 3CB8A 1SW3A 5D2WA 3U2OA 3WK3A 1EEPA 3C2EA 3W7CA 1EB3A 3ZR4A 4QAIA 5LNRA 1I2RA 5EMUA 2QUTA 1DV7A 3W1LA 1GVQA 2B7PA 3LLDA 3GDMA 3HPXA 4CNPA 3RLVA 1G7VA 1KFBA 3QF0A 1DKWA 2V2HA 3FOKA 5I3HA 5AHNA 3INPA 3F03K 4XZ9A 1XXXA 4FO4A 2OCZA 4ZVJA 4WUIA 3C4UA 5DLCA 1WOAA 1JRCA 2RKXA 2Y7EA 4NU7A 3STGA 4IQLA 3C2RA 4X22A 2F84A 1TPH1 1C9DA 4ZL1A 1GEQA 1S5TA 4NJIA 2ZQ0A 5E0KA 3W3OA 3LCFA 2VENA 3KVJA 4JYEA 1BWLA 5E93A 5DY3A 1QOPA 2H8XA 3IIVA 3W1PA 3EXRA 3G1YA 3P84A 1GG1A 3CLMA 1AL7A 3MP3A 4ZQCA 1FWTA 1RPXA 1T8XA 3PBUA 4A2SA 4WXZA 1PL9A 3HGJA 4YXGA 1OX6A 4FNQA 4DBDA 5CGQA 4RK8A 5E1QA 3NXFA 5D33A 3OVRA 4ML9A 3QJAA 3QMRA 1VYPX 1GOXA 1ZAHA 4FX6M 4Y6GA 3S9YA 4NNBA 1TTPA 1TQXA 4IMGA 3LI0A 3O6DA 2PRHA 2ZRYA 3H53A 4S1FA 3B0PA 5MHBA 4XBKA 4JTTA 1WBJA 2JGYA 6ALDA 1KM1A 4N4QA 1SO3A 4IX2A 4QJ1A 3P5ZA 3JRKA 3CWNA 5EA9A 3DENA 3NL3A 3FJLA 3GYEA 3SECA 3LBMA 1M6JA 3GNDA 1VS1A 1ZAJA 1PV8A 2WQPA 3W87A 1LOLA 4JTGA 5DELA 2XN0A 3GDRA 4IMDA 2RDUA 3M1ZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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