3B0UX

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus in complex with trna fragment
Total Genus 126

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
LDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALLALSTKANREIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLME
5010015020025030030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS11 (221-224)S1 (6-8)TI1 (27-30)TII1 (11-14)AH13 (272-277)AH1 (17-26)S2 (31-33)TIV1 (12-15)TIV2 (13-16)AH12 (251-268)AH11 (237-242)TIV3 (57-60)S3 (37-38)S4 (60-65)AH3 (47-51)S5 (86-91)TIV4 (90-93)AH5 (96-101)3H2 (105-109)TI2 (169-172)O1 (164-166)S6 (129-133)3H3 (175-178)S9 (167-168)S7 (136-137)TIV5 (136-139)TI'1 (137-140)TI3 (195-198)S8 (160-164)AH8 (185-194)AH9 (209-217)TIV6 (203-206)AH10 (226-230)TIV7 (277-280)3H4 (232-235)AH15 (302-312)TI4 (279-282)TI5 (281-284)TII2 (283-286)TII3 (286-289)AH2 (39-44)AH6 (111-124)S10 (199-203)AH14 (289-299)3H1 (55-57)AH7 (143-156)AH4 (69-82)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase/rna
source organism Thermus thermophilus
publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords RNA (5'-R(*GP*GP*(H2U)P*A)-3')
total genus 126
structure length 312
sequence length 312
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0uX02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0uX01
2A7RA 1GWJA 3I68A 2OT1A 2TRSA 4R33A 3NQ6A 3LHZA 4J9JA 1W3IA 4H4IA 3C61A 1HFBA 4EVZA 1TJPA 4E2DA 4OWGA 1RZMA 1WX0A 2WNZA 3B4UA 3M7WA 2FLIA 4UNKA 5HUPA 5BMWA 1X1ZA 1ZENA 3DFSA 2J9ZA 2WNQA 4JDBA 1F73A 2C1HA 3TJXA 2G5WA 4O1AA 2Z1BA 3MI6A 1QPNA 1IIGA 2JK2A 2VC6A 4Q33A 3PC0A 1AW5A 3TA6A 1AL8A 5D2YA 1W1ZA 1A5BA 4N9DA 3PG8A 3QYQA 4UFJA 3CPRA 4JTSA 1I4NA 3O15A 2V82A 3CU2A 5DBTA 2V2HA 3CEPA 3M0ZA 2DZPA 1ICPA 1TPFA 1PS9A 5CPNA 3TQ0A 3W2UA 1Q45A 5H91A 3EXRA 4O13A 1RD5A 5AHMA 2WJZA 1K7XA 4DF2A 1JR1A 4M6PA 5KSWA 1H7PA 3E96A 3R8RA 3B05A 3SGUA 4GBUA 1VGAA 4CNNA 3G1FA 4MY9A 4OE7A 4CCCA 2CZDA 3W2KA 4PEKA 3W1QA 4EF9A 3TROA 1W5OA 2B7PA 1VCVA 2QCGA 1NAL1 4EF8A 1WBJA 3S1WA 2RDUA 1KBIA 2YFNA 4JS3A 1BKSA 4I7UA 5KINA 1M7OA 5I3HA 2YYUA 4HNTA 3TSMA 3LTPA 4NJGA 5D2WA 2WOQA 4JTGA 2Z0IA 5AHLA 2ZZ4A 3LLDA 4Q4KA 3OVPA 3W1UA 4JTTA 1VJIA 3WJSA 1R47A 3PBYA 5K9DA 1F76A 2I14A 4WXZA 3UPBA 2P0OA 5A8GA 3T78A 3NA8A 3HIJA 4ZQRA 1T96A 3M9YA 4O52A 4XBSA 3JRKA 3G24A 4HSNA 1KM2A 4OV4A 1JUBA 3GKFA 4GUJA 2NUXA 4PC8A 2JGYA 1OF8A 5AHEA 1GG0A 4IWWA 1SSDA 5G4WA 3U2OA 4JD4A 4N6FA 4JNMA 3GZ3A 1OFRA 3G0XA 3G18A 4DO4A 4UTMA 1H1YA 3S9YA 5D32A 4FF7A 1MEWA 3WK3A 5GVJA 5DLCA 1HL2A 4WUIA 3EWUA 1TPUA 3S42A 2W0UA 1W5MA 2ZA2A 1KFLA 3E12A 1L2UA 5D33A 4ZQCA 2ISVA 5HQEA 1LCOA 1LM1A 2AGKA 2Y62A 1A50A 4KFPA 5FEPA 4HNVA 1OFOA 3TK7A 2Y88A 2H8XA 3LV5A 3A9IA 4RKAA 5BW6A 2Z2UA 3KHJA 2GQAA 3TAOA 1OX4B 4WOZA 4P61A 2NZLA 3TFCA 1D3GA 1G67A 3BW2A 4LC6A 3LRMA 4OT7A 3G1AA 1A53A 1S5VA 3DHFA 1QCWA 4RJEA 1MXSA 2YGYA 3G0UA 3O6DA 3NQGA 1DJQA 1TPDA 1YTKA 3THAA 2JBMA 1UASA 1KM6A 1LBMA 1PHWA 5FESA 4GRSA 4DO6A 4MFEA 5F4XA 4ORIA 2VEKA 1B4KA 1LYXA 1G4SA 2AQWA 1JUKA 3W07A 4XKYA 2DJXA 4M5PA 4U4MA 3WJYA 2CLEA 4WOQA 4AH7A 3KFTA 2CZFA 3BGGA 3YPIA 1KM4A 1OX5A 2J6XA 1AW2A 1L6YA 1ME7A 3A24A 3GXPA 3UZJA 3FIGA 4RR4A 1P0KA 2QCCA 4OBTA 1W3TA 4O18A 4FNTA 1WOBA 5DCBA 7TIMA 1TYGA 3P5ZA 5CG7A 3SGZA 4JX5A 4BWLA 3PUDA 2LLEA 5DY2A 1FUYA 5LHFA 4CLMA 4CNOA 2J88A 2D73A 1XC4A 2VKZG 3LHVA 4UC5A 1FDJA 4BWLC 4L4LA 1OFBA 3GLCA 2C13A 2ZA1A 1QNVA 3GNDA 1F05A 1S3HA 2R8WA 2WKJA 3ABQA 4GWEA 3WFAA 1WAUA 4UTTA 1F7BA 3E9AA 5D05A 3NR0A 3S8HA 4O16A 3M5ZA 1SFLA 1YTEA 5F4WA 3ZR4A 3GVGA 3A23A 3F1QA 3VKJA 2ALDA 2W79A 4UTTC 5K2ZA 3W22A 5FEWA 3N19B 4AWSA 3G1HA 1GTEA 2YPIA 3IIVA 1LRNA 5G1YA 2ZYFA 4X22A 4MJZA 2PRHA 4QITA 4H3DA 4PODA 4UFHA 3FYPA 1R30A 1FBAA 1J4EA 4IQLA 1FWRA 5EKYA 1LRQA 1I2PA 1I2RA 1VCGA 3PUOA 1DL3A 4LV4A 2A0NA 2A85A 2DZVA 1SPQA 4MYAA 5D03A 3BW3A 3HG4A 3W83A 3PS7A 3TQVA 1TQXA 5AN7A 3EWXA 5L6UA 1X8FA 5LNRA 4HPXA 1VH7A 3FJLA 3NQ7A 3MP4A 5G1TA 1ICQA 5D38A 3F03K 1PHQA 1EUAA 2GJNA 3IIXA 1OYBA 1I8JA 3DFPA 1UB3A 3DZ1A 3QF0A 4JTJA 3PBVA 3HG3A 2E68A 5F2LA 2NV2A 2GQ8A 4N4QA 4MLRA 2H8ZA 3SR7A 4PL1A 5LNWA 5J5RA 1JCXA 3SJ3A 4JTFA 1QWGA 2J24A 3UWWA 5CKSA 2XN0A 4UTIA 3LM7A 2WPBA 4PL2A 2FTPA 3LBCA 4LUIA 1LORA 1VYRA 2C0AA 4O14A 1MSSA 4N9EA 5A5WA 3RLVA 3W7RA 1E51A 4HNUA 3G3DA 1ML1A 4C1LA 4LC8A 2ZZ3A 4O1CA 3S1VA 1WOAA 4QSHA 2QAFA 1H62A 3P67A 1EEPA 2PRLA 3CHVA 3EWZA 4JY9A 4JTHA 1MEIA 4JDYA 4IUOA 3LCFA 1OFEA 4K6AA 3L0NA 4RXFA 3RLUA 3W7OA 2ZZ5A 3EXTA 1VHNA 4IPJA 4MUZA 3MP5A 5TIMA 3JR2A 3GDTA 3LX9A 3RK8A 4MKNA 2BWGA 1FWNA 5K3VA 1KFJA 1R2RA 3LCGA 5F1VA 1MZHA 4IMEA 2E77A 4LVFA 1LZOA 1Q6OA 2ATMA 1TPWA 4XBKA 1EA0A 3P81A 1FWSA 1FWWA 2F84A 2QEZA 4IXHA 3C52A 2PRMA 4ZQOA 3ABOA 3NPUA 1T0OA 4ZL1A 1GTHA 3PBWA 2ZRYA 4M7SA 1GVRA 4TMCA 4MVAA 3ATZA 4MY8A 3WK0A 3Q37A 4LY8A 1ZNNA 1JCLA 4NJIA 3IGUA 4KKXA 4Q32A 1H60A 3S5YA 3W3OA 1YXDA 4M7TA 3W7KA 5KITA 5AHIA 3OG3A 2AAMA 4KWVA 3S6DA 2OJPA 2O7SA 4GUFA 1W0MA 1TIMA 2JGQA 1SO5A 1VRDA 5LHEA 5EPDA 1F2JA 5HWMA 1THFD 3STGA 1XBXA 3LRKA 3UQNA 3H53A 4MZ8A 3HJZA 2ABAA 1RVGA 2CLOA 3CT7A 3QM3A 4QIUA 4O54A 3DI1A 3RMJA 4P2VA 5LNUA 5CPLA 4MOZA 3GR8A 4WJEA 1ZCOA 4BI7A 1F74A 4GFSA 1K7FA 3W1MA 3I6RA 3HGJA 2R91A 3C2VA 1S5WA 2PE4A 4DBEA 2ZRWA 1K8ZA 1KFBA 3TR2A 1QO5A 4IPIA 4YCPA 2GJLA 4O28A 1HO1A 4GE8A 3LXAA 3N9SA 3DKJA 5FF2A 1XXXA 3UY7A 3GDKA 3MHFA 3W71A 4N9BA 2QJIA 5C6MA 4Y6GA 1EP2A 1AG1O 3L5LA 4JTKA 2TYSA 3LI1A 3HO8A 1L9WA 3N14A 3TX9A 3T7VA 3B06A 2E6YA 4R7JA 3QZEA 1Z48A 3R13A 1TTJA 2ISSA 3OBKA 2Q8LA 1GQNA 1K02A 4HPJA 3SIZA 5J5DA 3TAKA 5L9FA 1TPVA 4X2RA 3USBA 3O07A 2VFIA 3TU9A 3MO7A 2CLLA 4UUIA 3LHWA 5E1QA 5I3JA 5G2IA 3HG2A 2FIQA 2VENA 5T26A 1KFCA 4CNPA 4LNYA 4E2BA 2ZZ2A 1VQTA 2WNNA 3W7LA 4E0CA 4FNSA 3L5MA 2IQTA 4OQVA 3A5FA 2P1FA 1XUZA 5F2IA 4BI6A 1H63A 4O15A 4O50A 1SZGA 2H3BA 4BFAA 1C8VA 5HR6A 4JYDA 4WY0A 3NPWA 1EWEA 4IOTA 3UD6A 1NVMA 1W31A 4O1BA 4YLWA 5HUOA 1I2NA 1OF6A 1XCFA 4UR8A 2BX7A 5CZJA 2YDAA 3W1AA 1I2OA 2YYTA 3UWUA 3TH6A 3W85A 2PURA 2WQPA 3DU0A 3M47A 1P0NA 3OEXA 3RU6A 2F7FA 4Y90A 3N34A 4LWWA 5AYXA 1TQJA 5AC7A 4LU0A 2RFGA 4NZFA 1C29A 4IMFA 1YTDA 1XDLA 4NXSA 3Q58A 2Y7GA 1KM3A 1QFEA 4TMBA 1QR7A 3GIYA 4JY8A 1M5WA 2HSAA 4RX0A 3DKLA 1VLIA 2Y7DA 2EPHA 1QMLA 3C2FA 1IXNA 3L66A 3LHYA 1W8SA 1AL7A 4CCDA 1AK5A 4MZYA 4ZQPA 3V75A 1HO4A 2WSRA 5AHFA 1KTNA 4MPQA 3UNDA 5HJLA 3PY2A 3STCA 3G1XA 3NZ1A 2NLIA 3BW4A 3UXAA 3PVFA 1KM0A 4MY1A 1KW1A 1OHLA 1CW2A 3PUEA 5U7SA 3DGRA 5KZEA 3O1NA 3EB2A 2Z6IA 1X6UA 2XFWA 5FEZA 5FI8A 1O94A 1QAPA 3KAOA 1LOQA 1CX9A 3HOJA 3W2NA 2QR6A 2JKEA 5F2MA 1JULA 3FYOA 3QW4B 2B0MA 4Z1CA 1OVDA 3Q94A 1SO4A 2QUTA 1PCWA 3LXBA 1W37A 2PC4A 2VEPA 3A5VA 3W7NA 1AW1A 1EP3A 2CLKA 4I7WA 1OYAA 3IRDA 3CEUA 2G97A 4O0KA 4FNUA 2V81A 3I7RA 3NQAA 3NQ2A 3LOTA 3DFOA 1LRTA 2GQ9A 5LKYA 2Z6JA 4FX6M 1G7VA 1V7YA 3IVSA 1OFPA 4YMZA 3L0GA 3SI9A 3LV6A 1Z41A 4ADUA 3O6CA 4JXCA 2V0TA 1FY6A 3G8RA 1XUUA 4UTKA 2E5CA 3CTLA 1MEHA 1QDSA 4S1FA 1TMHA 2YW4A 1BWKA 1OFAA 3BLIA 4Y9AA 5CZTA 2XN2A 3H54A 3IVUA 3W7EA 3L2IA 4LS0A 3W9ZA 3EX3A 3TC7A 3W23A 1YYAA 3HB9A 3W7CA 3G1SA 3TXZA 4IJBA 4IX0A 1YXCA 2ABBA 3MI2A 1IXQA 3C2EA 2RKXA 3NPVA 3W86A 4JGDA 1H7NA 3EX6A 4QNWA 4ZVJA 3PWAA 4DEFA 1F5ZA 1FX6A 5KTLA 4FEZA 3KXQA 4XWUA 4NZJA 5C54A 4NX0A 4R53A 4N02A 5FF0A 4K7VA 5G2WA 5E93A 2NX3A 1ZAIA 2C18A 2GVGA 3DHDA 1OK6A 4LVAA 2VFGA 4JR5A 1HTIA 2QDHA 3E02A 1VR6A 1N7KA 2DZXA 4FHAA 3MMTA 6TIMA 4GNJA 1TTQA 3DI0A 4N2YA 3EEGA 6ALDA 3PBUA 3IIOA 3W1LA 1BTMA 1YXYA 1WDWA 4TR9A 3C0JA 1Q6RA 4AHPA 3W70A 1SSGA 3NO5A 4EWND 3MWAA 1SZFA 4DF0A 5DY3A 4AMAA 2HS6A 3SFKA 1XBYA 3O05A 1WQ5A 4UFIA 2A21A 3TDFA 4FIRA 4HSOA 4LRSA 3MHGA 1F6KA 3BLEA 2QCDA 2J9YA 3EWYA 2G96A 1A5AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4X2P A;  3NZP A;  5LA2 A;  2TRS A;  4PUD A;  5AZ0 A;  4AD3 A;  4B3K A;  4NSB A;  4RE0 A;  4OWG A;  1WX0 A;  2BY3 A;  3VYL A;  3B4U A;  3M7W A;  2FLI A;  5CLW A;  4IFO A;  3AXH A;  2WNQ A;  3TK0 A;  3PP7 A;  1F73 A;  4JDB A;  3TYD A;  2C1H A;  1BTC A;  2G5W A;  2D3L A;  4YTS A;  1QPN A;  4DLF A;  2L6F A;  4Q33 A;  2WSP A;  6XIA A;  3IAQ A;  4GPN A;  3BAK A;  1AL8 A;  4YN5 A;  2J7F A;  4AK9 A;  1A5B A;  2YA2 A;  2HRO A;  1L2Q A;  4FLO A;  1HJW A;  1HKV A;  3S46 A;  2J79 A;  1R3W A;  3IJ6 A;  1ICP A;  3MYF A;  4NIR A;  3FYY A;  7XIM A;  2DT1 A;  1RCP A;  3B05 A;  3SGU A;  4BG0 A;  3IUD A;  1TX0 A;  4CNN A;  1DXF A;  4OE7 A;  1UJQ A;  4LB4 A;  4NAF B;  4AX2 A;  2OWX A;  2RDX A;  2OX4 A;  3W2K A;  1KNW A;  4EF8 A;  4RE2 A;  1JYW A;  3UG3 A;  2AQV A;  3TN4 A;  3N29 A;  4S38 A;  4I90 A;  1B68 A;  3TSM A;  5FZT A;  4XX6 A;  4H9T A;  1VBG A;  5AHL A;  2PDH A;  1NLX A;  2ISD A;  1QNP A;  4Q4K A;  3OVP A;  1VJI A;  1VPY A;  3VOG A;  5DS6 A;  1XG3 A;  2X7W A;  1YX1 A;  4WXZ A;  3UPB A;  1IGW A;  2P0O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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