3B0UX

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus in complex with trna fragment
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
LDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALLALSTKANREIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLME
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase/rna
source organism Thermus thermophilus
publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords RNA (5'-R(*GP*GP*(H2U)P*A)-3')
total genus 126
structure length 312
sequence length 312
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0uX02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0uX01
1PVNA 4DPQA 4FXRA 3P67A 3MJYA 3NQ8A 3NVTA 5C5YA 1QOQA 2RH9A 1XFBA 1KFBA 3HIJA 1T96A 1TPB1 4RZ4A 1L2UA 4IJBA 4QM1A 4O19A 1I8JA 3K30A 3M43A 3BGJA 3G8EA 3W23A 3BK0A 3C61A 1W3NA 3KRZA 4RXGA 4HNNA 1K03A 3ANYA 3S1VA 3N2MA 1Q6LA 1QPNA 1GJPA 2DU2A 3LDVA 4TX9A 2JK2A 4UNLA 3UXDA 1QOPA 2ZCGA 2Q8ZA 2W6RA 1FX6A 3L5AA 5D30A 2CU0A 4IMFA 1M5WA 3DFTA 1IIGA 1XM3A 3FKKA 3G1VA 3LERA 3S6DA 3TJLA 3LTSA 1RR2A 2YPIA 4YL2A 4U28A 5K3VA 2Y62A 4Z08A 1I2PA 1DL3A 2Y85A 3CHVA 1TJRA 4JDBA 3MWAA 4XBSA 3I7RA 5EYWA 4UR7A 4U4MA 1VLIA 1TV5A 5G2WA 1EUNA 3TAKA 4Y6GA 3G22A 2F84A 3MI2A 5HWMA 3W1LA 3LV6A 4LNYA 1TTQA 1KV5A 4GUGA 1XL9A 4UIOA 4O1BA 1MXSA 2FDSA 2ZRXA 2BSLA 4JX4A 4OE7A 5G4WA 4BI7A 1RQBA 2B4GA 3PS7A 4UMBA 4DO6A 2YYUA 5MHBA 5F1UA 5DY3A 3OHIA 1GQNA 1KTBA 4JTJA 4ZQRA 1VYPX 1LLWA 3HOJA 4YCPA 2R14A 2ZFAA 2V2HA 1OF6A 1WQ5A 3OVRA 5DXYA 5KZEA 4BK9A 2BXVA 3MYOA 4MUZA 5CPOA 4LS2A 3PSVA 3LV5A 3L67A 3EX2A 3UYCA 5A5WA 1H1ZA 2PC4A 3LBCA 1H7PA 4ZZ9A 4FNPA 2DZWA 2R8WA 1EP2A 2X2GA 3GAKA 4FIRA 3W70A 3N14A 2DZPA 1SZFA 1KW1A 4N4QA 4LWWA 3S5OA 1H7XA 2AGKA 5I3GA 4KWWA 3T78A 2CZ5A 3G1DA 3O15A 2ZYFA 5CPLA 5ABTA 3PB0A 3OA3A 2B7QA 4K36A 3W2UA 3NG3A 3LXAA 3QW4B 3NL3A 3N34A 1WAUA 1GG1A 1I2NA 3IIZA 4OU1A 1UB3A 3LXCA 1VC4A 3C2FA 1O60A 1F74A 3GXTA 3N9RA 3UD6A 4NNBA 1JCLA 5BMWA 3KVJA 5D04C 3GIYA 1OYAA 3GYEA 3W7NA 2A21A 1YDVA 4GXMA 3PWAA 3EX1A 3N2XA 3LB0A 4O12A 2FIQA 1IF2A 3UWQA 4OV9A 4FXSA 1OFRA 4QNEA 2ZRZA 4WX2A 3NPXA 2ZZ1A 3W7JA 3BW3A 5AN7A 3LBMA 1G4SA 3NQ7A 3TH6A 3L0NA 2YZRA 1FUYA 5C55A 1OX6A 1GTEA 3IVTA 3NQ2A 1GZGA 1UBSA 5FI8A 3W7KA 4P2VA 3L68A 3M5ZA 3KX6A 4YMZA 1JCMP 1P0NA 3IEBA 2LLEA 3HG5A 3I7QA 2FPVA 3O6CA 4NNAA 2NX9A 3PBVA 1TPFA 4DELA 2KZHA 3NGJA 2H8ZA 3B03A 4GNJA 3ABQA 2E1DA 2D73A 3A21A 4MJMA 2WNZA 3OVQA 2Y6ZA 5HR6A 3FYOA 4DPPA 2J88A 4NXSA 1FWSA 4LVGA 4RR4A 2TSYA 4JNMA 4Q4KA 1TTPA 2X1UA 4MLRA 5LNUA 3H54A 3LGEA 3NL5A 3LHYA 5AYZA 2G96A 4RCXA 1ICQA 2J6XA 1JQXA 3ELFA 4PEKA 4S1FA 2ATSA 1W3TA 4PTNA 1TMHA 2QCDA 4LV4A 4BF9A 2J24A 1EP3A 1GVSA 5AC6A 3PG8A 1X8FA 1IXOA 1C9DA 1TPEA 3ABOA 2ZA2A 2C19A 2VC6A 3L21A 3DFNA 4EF9A 3O07A 3VCRA 3P81A 1TQJA 4O53A 3LCHA 3TXZA 1HTIA 4X22A 3WK1A 2R94A 2Y70A 3LXBA 1YPFA 1F73A 5G1YA 4M6PA 3W7HA 3TU9A 1M7OA 1Z48A 4WY0B 2A5HA 3W7DA 5KMYA 2WKJA 3M5YA 4K7YA 4QITA 3B06A 5AFDA 1OX5A 2EAWA 1X1OA 2PRHA 2ZQ0A 3C2RA 3A9IA 3NQGA 4ZQMA 1UCWA 2OJPA 4WZHA 4LW7A 1X1ZA 4L4LA 3IVSA 2FB3A 3STEA 1FCVA 3EWWA 1L6YA 4P61A 1SQ7A 2CLFA 2QCFA 3NAVA 1Q6QA 3EWXA 1GG0A 4GWEA 2OT0A 4CLMA 5SWUA 3W2JA 4JR5A 2WNNA 4E2DA 4K37A 1L9WA 2YW3A 4C1LA 1KM1A 2C18A 3TAOA 1QCWA 4K7VA 1AW5A 3HGSA 2CW6A 3R13A 4NX5A 2V8ZA 3S9YA 2Z0IA 3INPA 5HINA 1H7OA 3W7LA 4FHAA 3PF3A 4M7SA 4RZ5A 5F4SA 4M6VA 4N6FA 4Y96A 1YPIA 2VXNA 3MHFA 3C3NA 1ME9A 4M5PA 4MKNA 1NAL1 4MY9A 2BWGA 5FF7A 3GXNA 1R46A 3PVFA 5FEWA 4MFDA 2WSQA 5K9XA 1F7BA 2C3ZA 3FLUA 3HBLA 4HPJA 2ATMA 3ATYA 5J5RA 4BFAA 3SJ3A 4IPIA 3HGJA 1TPC1 3EWYA 1F2JA 1I2RA 4UTIA 1GEQA 3IGUA 2YYTA 4NU7A 5TBOA 4H4IA 1OFDA 2PCQA 3TC7A 3SSJA 3NNTA 1F76A 1SFJA 1OFPA 4PC8A 4GFSA 5D02A 1DKWA 2FQIA 3C2OA 2O7SA 1O94A 3M9YA 3A5VA 4J9JA 5LSMA 3EWBX 3GKFA 1FCUA 3N3MA 1YTKA 4JTUA 2CFFA 2Y61A 1FWRA 1SW0A 3B0UX 1ZCOA 3CIXA 1L6WA 3GXPA 4O50A 3L9CA 4NX0A 3P62A 1GT8A 4CCCA 5LHFA 4IXHA 5FEPA 1I2OA 3KFTA 4Y9AA 3FKRA 4DF1A 4A2SA 1ZNNA 4LRSA 4LV9A 2NXGA 3MUXA 5EKYA 2FPYA 4MFEA 4DQWA 3C2VA 3E12A 4UTKA 4QNWA 3W7EA 1OABA 4CNNA 2CLHA 3F4NA 1JRBA 3M16A 3HJZA 2Y7FA 5BW6A 4FNUA 4JTTA 1AL8A 5C54A 3TKFA 4PL2A 3P61A 1VS1A 1B9BA 1UUOA 1W5MA 3EWUA 2YR1A 3SW6A 4QISA 4WD0A 5HWJA 3C6CA 4FX8A 4PH6A 1SO5A 3JR2A 2A7PA 1W0MA 2B7PA 3HQ1A 4RLIA 3SI9A 3BLIA 1H50A 1KM3A 4AVFA 5I3IA 5K7JA 1QPQA 4CCEA 3ATZA 1S5WA 4XUGA 5K4XA 4UFIA 4DF0A 4AF0B 4EWND 1GTHA 3R5EA 2C14A 2E6AA 1Z44A 3W1UA 1K8YA 2DORA 4KFOA 3W7MA 4ALDA 2NXHA 1QR7A 2DP3A 2EHHA 3PY2A 3YPIA 2YCEA 3LRKA 2NZLA 2V0TA 2VEMA 1OFOA 1LOQA 1XKYA 1SO3A 2DZVA 3I65A 3FFSA 3QRHA 4UTLA 3RK8A 4FNTA 5CKSA 3LTPA 1DJNA 2V2CA 2J27A 3S8HA 1N55A 2CLEA 1LBLA 1U83A 4LU0A 4N9DA 3BO9A 1SSDA 2FB2A 1FDZA 5KINA 1LP6A 1GYLA 2DZXA 4O57A 4JXCA 3WK2A 1QO2A 3NZRA 4B5NA 4Y90A 2YFOA 4UC5A 3WJXA 3L65A 1ZHAA 4JYFA 2ZZ3A 1S3HA 4D2JA 2ISSA 1JRCA 1NSJA 4IMDA 3E96A 2E77A 3LHUA 4N6EA 3W7QA 2DZTA 1QO5A 2J9XA 3G24A 4N9EA 4O4WA 2A0NA 3LHWA 3QSTA 1WOBA 4MLJA 3BV4A 4Q33A 5DCBA 1LBFA 4WJEA 1ME8A 1N7KA 4LC6A 3AJXA 3DKLA 1YADA 3PULA 3W7GA 3LCIA 2NUYA 5CZTA 1VCFA 5KZDA 5DN1A 5K2ZA 2GJNA 5EBUA 4FB7A 4UFHA 1RV8A 4DEFA 1FXQA 3P7YA 3GVGA 4Z0SA 3LHVA 1X6UA 1JVNA 4O1AA 5DBUA 3VE7A 2F7FA 4IXXA 1WDWA 3M41A 4ZQNA 4LTSA 3JRKA 3W7OA 3I6RA 1XBVA 3WJYA 3M0ZA 3MI3A 4A2RA 2JKEA 3E9AA 4WOQA 5D32A 2FTPA 1G69A 3N19B 1BWKA 1KM0A 2FPTA 4NVTA 1W56A 1KFKA 3FYPA 4WY0F 1H60A 1SW3A 1IXQA 3MBDA 3W83A 3GDTA 4N4PA 4HNUA 4O14A 3G1SA 3IGXA 4TIMA 4X2RA 3S1UA 4HN4A 1JCYA 3TJXA 4BR1A 1RVGA 4Y8FA 4ADTA 2R91A 3KRUA 1W3IA 1AMKA 2QCLA 4H6KA 3TROA 4N2YA 1OFAA 2FLIA 2A85A 3QMSA 4MZ8A 1O4UA 5HR7A 1WXJA 4FO4A 5H2ZA 3C4UA 2QJIA 1W37A 1JUKA 1XC4A 5AHMA 3BG9A 4O52A 1UASA 1BTMA 3VKJA 5LNVA 3EKLA 3PM6A 3UY8A 3W1XA 2E5BA 2VFIA 3C2EA 3W88A 3MP3A 1LCOA 2E5DA 3DXIA 5DY2A 3B0PA 1H51A 3TA6A 4FX7A 2ZTJA 2TRSA 1VCVA 1ZJIA 4PL1A 5FF3A 2GVLA 3P60A 4FIQA 4XQ6A 3C52A 3FIGA 5G2HA 1QWGA 2VELA 2E5CA 3OBKA 1EWEA 1F6KA 3G1HA 2HSAA 2WNQA 1VPXA 1M6JA 1WBHA 3TFXA 4RKAA 3BPWA 3NO5A 4LRTA 1P0KA 1P4CA 2CLLA 4NZJA 3S1XA 4NJHA 2V30A 3AO0A 4O0ZA 5D2WA 4R34A 4AEOA 4DO4A 1QFEA 4ZQPA 4CQAA 4PA8A 3W2MA 2P10A 5CSRA 4ZMGA 1FWNA 1SUXA 4JX6A 3ZR4A 1I4NA 4GBUA 4XKYB 1ME7A 2IQTA 4ORMA 3OEXA 1CX9A 2A6NA 5F1VA 3W2LA 3W73A 1TTJA 1LTDA 3OIXA 3UY7A 4WUIA 3M5XA 4M19A 4IPJA 2QEZA 2A7NA 1HO4A 3CB8A 2V5BA 1EIXA 5AC7A 1HFBA 1JULA 3FA5A 4GJ1A 4RX0A 3QPYA 4OV4A 3B04A 3SGZA 5AHNA 3LI1A 5DELA 5IM51 3EXTA 1PHQA 1XUZA 2XN1A 4CQ9A 2CZDA 3FJ6A 3CT7A 4YWIA 3MI6A 3O6DA 4GRSA 3PBUA 4AMAA 4NNCA 4UTWC 4O11A 1EB3A 2X1RA 3DFQA 3MW7A 3CM4A 3BW2A 4MJZA 1DOSA 3BG5A 4JICA 3I7SA 5AB3A 1F5ZA 3EWZA 4UXDA 2PURA 3UWUA 3EB2A 3L0KA 2VFFA 3E0IA 4JTEA 1KFLA 5LGXA 1RPXA 2GQ9A 4Z1AA 2G97A 4MZYA 3GX9A 3PUOA 3KAOA 2CWNA 3EEGA 5CG7A 3NPUA 3TK7A 2VEIA 1I2QA 5CZSA 1I45A 1LORA 3GK0A 3S5YA 5HNRA 3TMQA 5I3JA 2Z1BA 2EF9A 1PCWA 4BWLC 3HPXA 2I9EA 2OMAA 2YX0A 3N9SA 4Z1CA 2V82A 1OFQA 2ZZ4A 3L2IA 3SZ8A 4UTMA 3CC1A 3LCWA 3T40A 1W5PA 5D03A 4UUIA 1PV8A 4MOZA 4N02A 3S42A 3ABSA 1HG3A 3HGOA 3S1WA 1GVFA 1VYRA 3P84A 3I68A 3GAYA 2QCCA 3TX9A 1K8ZA 1TYGA 1XCFA 4PFMA 4IWWA 1XXXA 2PE4A 3L66A 4AHPA 1DV7A 3HB9A 4TO8A 3DHFA 5GVJA 3H55A 3N73A 4YXGA 1WYIA 5LHEA 3B0VC 4XTDA 4O16A 4OBTA 1NF7A 2H90A 5E93A 1W8SA 1NEYA 3LOTA 3W6YA 4MY8A 4I7UA 3WJZA 1MSSA 1YTDA 1ZENA 3TSMA 2A1YA 3KVLA 3Q2DA 5D2TA 3U2OA 2QKFA 4LC8A 3NEVA 2E68A 1GVOA 3NDOA 3PBYA 3TSBA 2QCGA 4UTHA 4FNRA 4N9BA 3IIVA 4FEZA 3VE9A 5FESA 2CZEA 4XWUA 1ZAHA 4CNPA 3WK3A 3EXSA 3NQFA 1R47A 4E2BA 4UCGA 1OK6A 1KLYA 3M7WA 5HWNA 3NPVA 1TB3A 3V1PA 4JTFA 4NXKA 2ZRYA 1FCQA 3R12A 2GQAA 3P8IA 3W07A 3HG3A 1SPQA 4UFKA 4UMAA 2BTMA 1OFEA 1DBTA 3TUUA 1E51A 3ZWTA 4E0CA 1KA9F 4NJJA 3TIMA 1F6PA 1W5NA 4QIUA 2BLEA 1LYXA 4O17A 3KVMA 1JCJA 4O13A 3TE9A 2QJGA 1ZAJA 1OX4B 3UZ5A 3W85A 3LRMA 1G67A 1X7FA 1Q3NA 1SZEA 3GNNA 1NVMA 2JBMA 5TIMA 1BKSA 3SECA 1SW7A 1TV7A 2JKPA 3DGRA 4IMCA 3W84A 2WOQA 1SO4A 4R7JA 5LNWA 1ALDA 1MEIA 1LBMA 3RF9A 2HTMA 5D2YA 4XTIA 2EPHA 5TQLA 3DKJA 3NQVA 2VFDA 1YXDA 4MIMA 3IV3A 3GDMA 1ZAIA 3G1YA 2P0OA 1TREA 4UTWA 4AAJA 5L6UA 4K6AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XL9 A;  4O1B A;  1MXS A;  1E0T A;  2ZPA A;  2ZRX A;  3MKV A;  2J7F A;  4JX4 A;  3HTK C;  5G4W A;  4XIM A;  4FMV A;  3WNO A;  4B3K A;  4UMB A;  1SM9 A;  4YTU A;  1T9K A;  1GQA A;  4PMV A;  1KTB A;  3Q6N A;  3QGA C;  1LLW A;  1XLL A;  3H70 A;  5HOS A;  4OFC A;  5DXY A;  1ZCC A;  3H6O A;  4I3M A;  3MDW A;  4JFV A;  3N2Z B;  2BL2 A;  1CXE A;  5CCZ A;  3H2V A;  2DYR C;  2BY2 A;  1J12 A;  4AEF A;  1HL8 A;  1LS1 A;  2XIQ A;  3KYI A;  2R8W A;  3SCN A;  2X09 A;  3GAK A;  4EXA A;  2FZM A;  2DZP A;  4ZTY A;  3S5O A;  5I3G A;  3QVZ A;  4W85 A;  5CPL A;  2ZYF A;  4HOX A;  2ZE3 A;  2IPF A;  3NG3 A;  4WGH A;  3AZS A;  3GXM A;  3N34 A;  1HL9 A;  1WAU A;  4EPE C;  1I2N A;  2BVW A;  3VNY A;  1A0D A;  4U5B E;  1VC4 A;  2AQV A;  3VOC A;  3GXT A;  1NDV A;  3DWW A;  2V3D A;  1XLM A;  3WDJ A;  1ITC A;  3GIY A;  4AYG A;  1OYA A;  3PZM A;  4H2H A;  3WH5 A;  3S29 A;  4GXM A;  2YOC A;  1IZM A;  3PWA A;  1S2W A;  5L0C A;  6CGT A;  1G8X A;  3MSG A;  5CAH A;  4QJ3 B;  1KQY A;  4ZE5 A;  1JAE A;  2B81 A;  4OV9 A;  4L61 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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