3B0VC

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus in complex with trna
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
315
structure length
315
Chain Sequence
MLDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALLALSTKANREIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLMEEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase/rna
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords tRNA
total genus 108
structure length 315
sequence length 315
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0vC02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0vC01
4FNRA 4ONVA 2FB3A 4RZ6A 4UFLA 2ZRYA 3NQ2A 2NWRA 4RZ4A 5CKSA 4IMEA 5KTLA 1KLYA 2B4GA 3PBUA 2YFNA 5F1UA 4JYFA 4CQ9A 2TPSA 3WK3A 5LGZA 1I2QA 1Y0EA 3RLVA 1Q6RA 8TIMA 1WOBA 1MZHA 3S42A 1V7YA 5CSSA 3DZ1A 1EPXA 3FJLA 2C3ZA 4MLJA 1UCWA 1NF0A 5J5DA 1RR2A 4YLWA 1G7UA 1XXXA 1QO2A 1LDCA 3ATYA 3MI6A 1JQVA 1SR9A 5CPOA 3W9ZA 1OFAA 1JCYA 1HO4A 3T55A 1VYPX 5HR7A 2OT1A 3N2XA 2ZZ5A 3UZ5A 2X2GA 2Y62A 1TTJA 5DXXA 3B03A 2PC4A 1OFQA 4JX6A 4O17A 4GUJA 1XBYA 5F4WA 1JCXA 5KZDA 4Y6GA 4M6PA 4GC4A 1I2NA 1KBIA 1O5XA 2QEZA 4FXRA 3TMLA 3N73A 4DQWA 3W2KA 4DXVA 1SZEA 2NUXA 3LHTA 4S1FA 3NZRA 3L21A 2TYSA 5LNUA 4NJHA 4FX7A 3T40A 4QAIA 5EKYA 3EWYA 4GJ1A 4CQAA 4H3DA 4RV8A 2PE4A 3P80A 5G4WA 3GDRA 3CTLA 4L4LA 4HNTA 2G95A 1TIMA 5A5WA 3WJWA 1LROA 3QEZA 5C6MA 2WOQA 5G5IA 4MVAA 2V9DA 2HS6A 3THQA 2FDSA 5HWJA 4JTHA 2YGYA 4XTDA 3L9CA 4FX8A 2DU2A 3R89A 3HG3A 4M5PA 3NL5A 3I7QA 3O07A 3TW6A 3TUUA 2GVLA 4O54A 4AVFA 1QNVA 3C6CA 2WV8A 4LC6A 5KSWA 1XL9A 4O19A 3W83A 2DJLA 4N02A 5KITA 3G1HA 4XTIA 4UTMA 1H51A 4QISA 2CLHA 5SWUA 1QPOA 3P84A 5G1TA 1LLZA 4OHQA 2WSYA 3PWAA 3QYQA 1FWNA 3G1DA 3TXZA 4CCDA 1WAUA 3NOEA 1GYNA 4GE8A 3QMSA 2NV1A 2A5HA 3E96A 1JJKA 3G0UA 4N2YA 1MSSA 3KOFA 4MYAA 2Y70A 2B0MA 4JY9A 3IVUA 3TV8A 4NXSA 3MYPA 3W7NA 5L9FA 1ML1A 1T96A 4ICNA 2R14A 2E5BA 2CFFA 4UMBA 2A0NA 3SGZA 4BWLA 2VFHA 4LT9A 5A8GA 3W84A 1E51A 3L68A 1G69A 2Y63A 3CHVA 3PSVA 5F2IA 3S9YA 3TK7A 3USBA 6TIMA 3O05A 4TR9A 3UWVA 1G4SA 3BVJA 1LOLA 3O1NA 4I7VA 1B9BA 4BWLC 1GJPA 3BG5A 1ME8A 3GKAA 5FF3A 3D0CA 1FWTA 4WZHA 1EP1A 3ANYA 5CGQA 1YDVA 4O14A 1H62A 3VKJA 1W54A 2ZRUA 4UFKA 1SFJA 5KZMA 2D73A 1VCGA 1YADA 2EHHA 1X1ZA 4NJJA 1AL7A 2JGQA 3DAQA 1KLZA 1WBJA 3EX2A 4IPJA 3O16A 3CEPA 4MIMA 5IM51 3M41A 3A5VA 2UV8G 3QC3A 4FX6M 3DI0A 3OIXA 3FLUA 4QITA 1DBTA 4M6QA 3E49A 4JX4A 3G1AA 3TW7A 4UTHA 2ZRZA 3CM4A 3IGXA 1A5SA 3KXQA 3LHZA 3MO7A 2X1SA 2PCQA 3FA5A 3L0KA 2E68A 2RDUA 1GG0A 3HPXA 3WJXA 2ZZ6A 4UFJA 3F03K 3M16A 1ZALA 3CU2A 1VLWA 1WV2A 3UNDA 1NVMA 2VEKA 2GQ9A 4WUIA 1IGSA 3WJSA 3LERA 3GAKA 3NQDA 5C2XA 4CCEA 3BLEA 4Y90A 4QIUA 2FPYA 4AEOA 3KRZA 1DHPA 2WNNA 1R2SA 5I3KA 1S5WA 3M5ZA 3TQKA 2JBMA 5EPDA 1W3TA 3P81A 4DO6A 1Z41A 3DENA 4WY0A 3NG3A 2PRHA 3VCRA 4GUIA 5G2HA 2ZA2A 2H8ZA 3GK0A 5DBUA 3IRDA 3UZJA 1VYRA 2Y85A 3W23A 1R2TA 3L5LA 4O18A 3LTYA 3PBWA 2H6RA 2QDGA 3IIZA 1D9EA 5FEZA 4Y96A 2FTPA 2Q8ZA 2F84A 3SR7A 5LSMA 4NX5A 5FEPA 3VI2A 5TIMA 4O0ZA 4N9CA 3KX6A 2BZNA 3NA8A 1WA3A 1G4PA 5BNKA 2G96A 3MWAA 3R13A 3H55A 2DP3A 3NEVA 1B4EA 4I7WA 1GEQA 4A2SA 2CLKA 4DO4A 2F7FA 3A24A 3JR2A 1EA0A 4ZQOA 1GT8A 1IXPA 4FF7A 4ZQNA 4X9SA 2QCHA 3W1UA 1L6YA 3EX6A 3CPRA 4ZMGA 1SZFA 1BEUA 3RNDA 4UTWA 3I65A 3F4NA 5FF2A 1TV7A 3C2VA 2C18A 2ABBA 5AYYA 3Q58A 2A6NA 4ADUA 2WQPA 3O6CA 3RU6A 4LUJA 4MY8A 3LLFA 1M7PA 3PB0A 4UTWC 2GJNA 1G67A 3ZFHA 4I9AA 3IGUA 3LHVA 1AMKA 1XFBA 3KVMA 4O50A 2P10A 1VLIA 4DF2A 1KM1A 3LTSA 4JN6A 4PL1A 3W2UA 3CIWA 1ZHAA 3TKFA 1SW3A 3LI0A 3QM3A 2VFDA 2E5CA 3AJXA 3ABOA 4GWEA 3EWWA 1O60A 2QCDA 3TA6A 4DBDA 1VS1A 1GWJA 4O15A 2FB2A 1TYGA 4DBEA 4DPQA 1JCMP 1FUYA 2NLIA 1W56A 4LS1A 5AHNA 1H5YA 4XUGA 1ZNNA 2OZ0A 3L2IA 4Z1AA 3GXPA 2CLFA 1QWGA 3GNDA 4WD0A 1K8YA 1YPIA 1PIIA 3PUOA 4M7SA 1W8SA 3SJ3A 2HS8A 3LXCA 3CWOX 3TX9A 3NZ1A 1GPWA 1C9DA 1YXYA 1LRTA 1TPH1 3KFTA 2RFGA 3E02A 4NUWA 1A5AA 3W72A 4UTKA 4JYEA 1TO3A 1OYAA 1VRDA 3W1RA 3YPIA 3S0CA 1MO0A 4AWUA 3MUXA 4JYDA 5LHEA 3TAOA 2DZXA 4WY0F 1U5JA 4NZFA 1ZCOA 2GPTA 3SECA 3PS7A 3LV5A 3H53A 1K7XA 3JRKA 1XUUA 3CB8A 4IMDA 3EX3A 1EEPA 3PBVA 1ZY9A 4NX0A 1PVNA 2QCFA 1ICPA 2A7RA 3G8RA 2AGKA 2ATMA 4K6AA 1A53A 1MEIA 2YZRA 4YCOA 1XDMA 2X30A 4MY9A 4LWWA 2BXVA 1KFLA 4J9JA 1GVQA 4H6KA 2I14A 1TTQA 4LW7A 1ME7A 1K02A 2CWNA 5EBUA 4QNEA 2X16A 1AL8A 2QF7A 1KFCA 2A85A 3L5MA 4E2BA 4Z0JA 1ADOA 1LLWA 5ABTA 4CNPA 2WJZA 3NQ6A 1JCJA 5HWMA 1K3UA 3BG3A 2ZZ3A 4LTSA 1QFEA 2ZDRA 4UIOA 3TJLA 2QAFA 4K8HA 4BR1A 1FWWA 3F1QA 4NVTA 4Q32A 3QW3A 2QAPA 4OV4A 2Z6IA 2QJIA 2V0TA 2LLEA 3N9SA 3WJYA 4OV9A 4HNUA 3W76A 2DZPA 3BGJA 3U2OA 1F05A 1EWEA 2NXGA 1HUVA 4OE7A 3W71A 3TC6A 3QPYA 1LBFA 2VEPA 5AFDA 1JULA 2TRSA 2W6RA 4EF8A 5K7JA 1UUOA 4G1KA 4JTJA 3ABQA 3DKJA 5HINA 3F4WA 5DCBA 5BMWA 2V2CA 1IXOA 5G2WA 4HSNA 1W0MA 3VE9A 3R12A 2V2HA 3T44A 1N7KA 2RDWA 5CZSA 5H2ZA 1D3GA 1H61A 4LY8A 1DJQA 3STFA 4NJKA 2YW3A 3QFEA 1AW2A 4E2DA 2CLIA 4O0KA 1H1YA 5I3IA 2GVJA 2CLMA 2J6XA 2E5DA 3TSBA 4FNTA 3V75A 2AAMA 4AHQA 4N9DA 1OFBA 1OFDA 2V2DA 4FNUA 4O8RA 1R2RA 1DJNA 3W7RA 4RJEA 2E6AA 5EMUA 3HO8A 3QRHA 4MZ1A 3EWBX 2Q3RA 1TPFA 1LTDA 3ABRA 5EA9A 3P60A 3O6YX 5C55A 3LBCA 4TIMA 3ZS4A 1TV8A 3PBYA 3BLFA 1G6CA 2QDHA 3LDVA 2G5WA 5CPMA 1MXSA 4S2BA 3C56A 1JCNA 3EWZA 1SQ7A 4GNJA 2W0UA 1O94A 3W1LA 4L4MA 3K30A 3NPVA 1VC4A 1OFRA 3EXTA 2C6QA 3HG4A 2FPTA 1XDLA 3L65A 1SW0A 3OHIA 4Z1CA 2ISWA 3UPBA 4GUHA 3W1QA 3LHUA 3GAYA 3CQ0A 3JS3A 5LKYA 1LRNA 3C2RA 1P0NA 4ALDA 4FB7A 4FNPA 4DF0A 1JQXA 1JUEA 5DN1A 3QMTA 1TPEA 3TDFA 4LUIA 4CQ8A 3IVSA 1F6KA 4FO4A 4PA8A 4PEKA 3UYCA 1P1XA 3W2LA 2EKCA 2G97A 1LM1A 1BTMA 1TMHA 3TH6A 3EKZA 4RK8A 5AYXA 2VEMA 5K2ZA 1F76A 1OX5A 2YX0A 2ZTJA 5IBXC 1W3IA 2J27A 5CZ0A 3N9RA 3G8EA 1OYCA 2QUTA 1H50A 2ZZ1A 5AHLA 4DF1A 1A50A 2CLEA 1OABA 2VOMA 2GVGA 3G0SA 5FF0A 1LOQA 1ALDA 3HOJA 2Q8LA 5DBTA 4AWTA 3LRKA 4LVDA 2JKEA 1I45A 1VR6A 5AHMA 4LRSA 5U7SA 1Q6LA 1TCDA 5D30A 1XUZA 3STEA 4EWND 1FBAA 2J9ZA 2C1HA 1XI3A 3W85A 3M7WA 4N9BA 4EOUA 4IMGA 2B7OA 4WQ6A 4JTUA 1D3HA 1KV5A 3LRLA 3QQ0A 1DVJA 1LORA 2YXGA 3B0UX 4IJBA 1LOSA 3S5YA 1C8VA 1WYIA 2H3DA 3M1ZA 1LZOA 4JTIA 2RH9A 3ZWTA 1KTBA 3FFSA 4JTLA 2J24A 3MI2A 5I3HA 1OF8A 3B06A 5AHFA 5LNRA 1LBMA 2A21A 4FHAA 1TJPA 3SIZA 3W74A 1GOXA 3EXRA 3HB9A 2FLIA 1VGAA 4P2VA 1FY6A 4IMCA 5LNWA 1R47A 3WK2A 1IIGA 3DHFA 4Q4KA 4UTJA 1ZAJA 2C19A 3NQVA 4Y9AA 3W07A 2YYUA 1VYSX 3U8GA 2C15A 5DY2A 5TBOA 2JK2A 3C4UA 3GX9A 1JRBA 7TIMA 4QM1A 4DO5A 1S3HA 4UFHA 3NM3A 2NX9A 2DZVA 3I7RA 3N19B 3PF3A 4MYXA 4O1AA 1KTCA 4I7UA 4M19A 3W2JA 3NPXA 4JEQA 1M7OA 4JD4A 5K4ZA 2FIQA 4UFIA 2JGYA 2ATSA 4HNNA 3A22A 4C1KA 1QCWA 3W1AA 3RFAA 4JTKA 3NQMA 3GDTA 3STCA 3OVRA 5E0KA 1L6WA 1QDSA 5KMYA 3HG2A 2JKAA 3W70A 3NPWA 3G1VA 5FF7A 2IQTA 2GQ8A 1MEWA 5EL1A 3A9IA 1GVRA 3BW4A 1WDWA 3P67A 1C29A 2VFIA 4O12A 2ZFAA 3IIXA 1NSJA 3LLDA 4FNQA 1AK5A 4JICA 4TU1A 3UY8A 4S2CA 2V82A 2XN0A 3HBLA 2JKPA 2CZFA 1SFLA 1KA9F 1PHWA 4JR5A 3N2MA 3TMQA 4U4MA 1QOPA 1YYAA 3PUEA 3W75A 4HNVA 1P4CA 3W7EA 4MPQA 3ZWSA 4K7VA 2OX1A 3NYZA 5LNVA 4XZ9A 4OWGA 2OMAA 2HTMA 1OF6A 1HL2A 1I4NA 1VJIA 1VHCA 1W37A 4HN4A 1SO3A 3QW4B 3DU0A 1FDZA 1T8XA 5HNRA 1AW5A 3W7MA 3UD6A 3MHFA 4WXYA 2CLOA 4JTSA 1CW2A 1S5VA 2X1RA 3SGUA 4O1CA 2XN1A 3HGRA 1H7WA 2EAWA 3W7QA 2I1OA 4LC8A 5C54A 1NAL1 1UJPA 3L0NA 5K3VA 3CLMA 3SZ8A 3HGJA 5F2LA 2ZA3A 2A7NA 1VCFA 4M6VA 4JNMA 3B8DA 2YPIA 3W7OA 2ZZ4A 4UTTA 3EWUA 3NAVA 2GOUA 3NQEA 5K4XA 4Z08A 4GXMA 1JUKA 1FWSA 1DKWA 4YMZA 1WXJA 2V30A 4UUIA 4UTTC 3PR2A 2P0OA 4K39A 1QPNA 2Y7DA 1XBVA 1GVFA 3SW6A 3GLCA 5CPNA 3W7DA 5DCDA 4LVAA 3L0GA 4PCFA 2KZHA 2E6YA 1OYBA 3N14A 2Z6JA 4JIQA 3NM1A 2H8XA 4AB4A 3MMTA 2VENA 4JTFA 4NJIA 4NJGA 3W7KA 4ADSA 1KM6A 4PTNA 1IF2A 2QCGA 3I7SA 3GXNA 1FQ0A 2GJLA 5F4XA 3M44A 3G18A 1YPFA 3DGRA 1OK4A 3NL6A 1TRIA 4ADTA 3C2FA 4POCA 2C14A 1W5PA 2QUVA 2NWSA 3QH2A 1F74A 1QPQA 4NT0A 3BW3A 1TPB1 1VH7A 4JTEA 3NQGA 3ABSA 3TROA 4JIPA 1JR1A 3L5AA 3CC1A 2BWGA 2ZZ2A 4ORMA 4RXGA 2BX7A 5LNSA 1EUNA 2X1UA 3PULA 4KKXA 3NNTA 4CNOA 1ZFJA 2BLEA 3LGEA 3LTPA 4UMCA 4A22A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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