3B0VC

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus in complex with trna
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
315
structure length
315
Chain Sequence
MLDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALLALSTKANREIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLMEEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA
molecule tags Oxidoreductase/rna
source organism Thermus thermophilus
total genus 108
structure length 315
sequence length 315
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0vC02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0vC01
3W7LA 4AWUA 5G4WA 1YLVA 1OABA 1LYXA 4M7TA 1BWKA 3CM4A 4LVAA 3QYQA 4M6VA 2WQPA 4LNYA 1VGAA 2BX7A 2A6LA 3NQCA 1I2QA 4K7VA 2A0NA 4IXXA 3E02A 3I6RA 4UXDA 1M7OA 2QCGA 1WOAA 3FIGA 2H3DA 4NJHA 3JR2A 4Z1CA 3BW4A 3L0KA 4LVDA 4RLIA 3O15A 4BI6A 2QR6A 2H90A 3DKLA 4YCOA 4W9TA 4CQ8A 3PBVA 4YCPA 5BMXA 3PB2A 4JTEA 2FDSA 4A3UA 3W1MA 4AEOA 1IF2A 1GEQA 4FHAA 1KV8A 3CEPA 4JY8A 2ZTJA 4UFLA 1EA0A 2YYUA 1B4EA 4E38A 5LGZA 1AW2A 1H7OA 2ZCGA 4WXZA 5KITA 1HO1A 4M6PA 3LTPA 1OFDA 3M44A 3EX2A 3G1HA 1RV8A 1OFQA 4UFMA 2BWGA 4AHPA 1WX0A 1H63A 3TQ0A 4OT7A 2EPHA 4RZ5A 3UZ5A 2WO5A 3LHVA 1L9WA 1G7UA 3TX9A 3GK0A 3G8EA 1NEYA 3STCA 1O5KA 1FQ0A 3S9YA 3TSDA 5EBUA 3QEZA 4JEQA 3LBMA 4HIBA 4K38A 3W7RA 1JCMP 3HG3A 2BXVA 2Z2UA 4EF8A 1CW2A 5IBXC 1L6WA 2VENA 3NQ8A 2X30A 3BGGA 4AMAA 1UBSA 3NL2A 3L5LA 1JRCA 1NFBA 3IIPA 1VH7A 1TMHA 3EX1A 4MYXA 3GKAA 3KHJA 1ME7A 2ZRZA 3MI2A 4KKXA 3TSBA 2QCDA 1VR6A 1VJIA 2F7FA 4KFNA 3WJXA 5FEPA 3GXNA 2R14A 1KFLA 1I2OA 5HUOA 4TX9A 4N9DA 2ATSA 4L4LA 4EVZA 1RQHA 4CLMA 5DY3A 3EXRA 3S5YA 4MY8A 2EF9A 4TMCA 1OK4A 5U4NA 1G4PA 5FESA 3EWXA 3HGRA 3NZ1A 4FXRA 3C2FA 1TV5A 4K7YA 5K7JA 2GPTA 3L68A 1AL8A 4DEFA 3CU2A 2E1DA 5D33A 3T44A 2CZDA 2YDAA 2QJGA 2RDUA 5SWUA 3NL6A 2WSRA 3GX9A 3O06A 1F76A 5DCBA 4DPPA 1DKWA 3L5MA 3O16A 4MZ1A 1J2WA 4D2JA 1PHWA 1WBHA 2J24A 5HR7A 5LNVA 1Z48A 3NA8A 1NF7A 4NNBA 3HB9A 3CWNA 3ZWSA 1N8FA 2ZZ3A 4UTWA 1YDOA 1QPNA 4M6QA 4RKAA 3UWYA 5DN1A 3L9CA 3A5FA 2EAWA 4O4WA 1SZEA 3EXTA 3W1NA 1K02A 1DV7A 3QPYA 3HPZA 4E0CA 4U28A 1T0OA 1LROA 2CLKA 3C2OA 3UWWA 1XBYA 4ICNA 5DXYA 1FXQA 1GVQA 3KX6A 3M47A 3ATYA 4O53A 3TC6A 1TPB1 2ZA2A 1EX5A 2Y62A 4MLRA 1JVNA 3F4NA 4UR8A 1A5SA 2CLMA 3MP3A 2V8ZA 1ICQA 1TJRA 2ZZ5A 1GVSA 2AAMA 1YTDA 4LRSA 3B0UX 3W1PA 1Z42A 4ADSA 3E96A 4XZ9A 2A1YA 3M7WA 4JTGA 3THAA 5LKYA 2JGYA 1YTKA 1P1XA 4JNMA 1PHQA 2IQTA 5EA9A 1LLZA 2C0AA 3RMJA 3L21A 5AHLA 1TO3A 3G1VA 4K36A 2BSLA 4FX6M 4AWTA 3RFAA 3E12A 4IMDA 4NQ1A 5D04C 1QCWA 2JKEA 4ZMGA 1H1YA 5LSMA 3SY5A 4DF0A 4XTDA 4RK8A 2WSQA 2Y7FA 3FOKA 3IRDA 2GQAA 5AN7A 3B4UA 2X1TA 4UMCA 4HHPA 2QEZA 1W5QA 2Y89A 4ADUA 3QC3A 5D37A 5K9DA 1GQNA 3O05A 1DQWA 3IVTA 5BMWA 4JS3A 2C15A 2ZRWA 3EX6A 3I68A 2D73A 1HG3A 4ZQPA 3QSRA 1OX5A 3EB2A 1I45A 1SO4A 1EP2A 4JTUA 4WX2A 3DFPA 4FB7A 1W56A 1ZFJA 5K9XA 3L66A 1LP6A 2ZZ2A 1Q6QA 1TPUA 4JDBA 2V30A 3NQ6A 2X1SA 5C2XA 3GDLA 1PL9A 2QCNA 1FCUA 1QPRA 1RQBA 5F1UA 3TW6A 4S2CA 3M1ZA 4Y8FA 3TMQA 3UD6A 4A2SA 3JS3A 1BEUA 4RXFA 3OVQA 3SFKA 4LS2A 3TJLA 2PE4A 1H7WA 3UNDA 4O19A 4FNUA 2AQWA 4MFEA 1B4KA 5G2IA 4Q32A 2QCMA 1K03A 3W87A 1SSDA 1KM2A 2GVLA 4MYAA 5AHIA 2H6RA 2O7SA 4KFPA 1SU5A 2NX9A 3LRMA 1SO3A 3VFLA 4NT0A 1BTMA 1FDYA 2ZZ4A 4LV9A 2CU0A 1OX4B 4JTSA 1JQVA 1PS9A 1HTIA 3PWAA 5AHEA 3NL3A 2E5BA 5K4ZA 3Q58A 1V5XA 2FTPA 3HGSA 1RD5A 1G4EA 5FF7A 2RKXA 1LDCA 4UTHA 1U5JA 5I3GA 3PAJA 1GT8A 2FJKA 2NXIA 4IX0A 5FF4A 2C3ZA 1UCWA 1THFD 1EP1A 1H7XA 2J27A 4K8HA 1R2RA 1XI3A 2YW4A 3WJSA 3P61A 4O1CA 2ZRUA 4UMBA 3QRHA 2QCHA 3LLDA 3E9AA 1P5BA 2VFDA 3CIXA 3CLMA 1LTDA 2A7NA 2J9YA 1K3UA 3EXSA 5E1QA 3KVLA 2FQIA 4FIQA 1KFBA 4Z0SA 3TV8A 4UTTC 1I4NA 2Y88A 3W7MA 1EB3A 3M5XA 1FUYA 3LXBA 3R13A 1GVRA 4ORIA 1LOSA 4ZQNA 2NLIA 1M7PA 3DU0A 3SZ8A 1YXDA 3GDRA 5U7SA 3F03K 4QIUA 2PRHA 3O07A 3QW3A 1Q6OA 1VCFA 3C2VA 3C0JA 3O6CA 1LOQA 4FX7A 4HNTA 3LERA 1OHLA 3HO8A 3LHUA 1GWJA 4P2VA 1EP3A 2G95A 1QR7A 2JBMA 2ZZ1A 3T4CA 1XM3A 4A2RA 2RDWA 1A53A 1XC4A 3GDMA 1ZENA 4ZVJA 3P81A 4ORMA 1RQEA 4H6KA 4FNSA 5AHNA 5DCEA 1H50A 2PRLA 3RK8A 4HT3A 5EYWA 3A21A 3NQAA 2GUUA 3CIWA 4C1KA 1OVDA 5CZJA 4S2BA 3USBA 4CCDA 4FNRA 1PE1A 1H1ZA 4NJGA 1XXXA 3NPVA 1EEPA 1IIGA 1JUBA 1M6JA 4JN6A 3DI0A 1FWTA 3GYEA 1EUNA 3EWWA 5LNRA 3BW3A 4LS0A 3WK3A 1OFAA 2B4GA 5I3JA 1DVJA 1FBAA 3PF3A 1MZHA 3W7PA 2ABAA 1I2NA 3AO0A 4I7VA 1EPXA 3UZJA 5HUPA 5G4EA 1F73A 3G1SA 2YFOA 4XWUA 3TQVA 2B0MA 1TQJA 4RXGA 2OJPA 3ELFA 5HJLA 2QF7A 1N55A 4AVFA 2DZTA 5AYXA 5K9CA 3NQVA 3V75A 3LX9A 1DOSA 1QFEA 3SR7A 3W9ZA 1YDNA 3ATZA 2CW6A 2RDTA 3EWYA 3GR7A 4LWWA 3W2JA 1IXQA 4MZ8A 3LV5A 4H4IA 1F5ZA 3G8RA 3PSWA 1ADOA 3W7OA 3IGXA 3NL5A 1FCBA 1Q6LA 2X2GA 3GR8A 4HPXA 1AW1A 1QPQA 2YSWA 2A21A 2J6XA 3T78A 1L6YA 3PUOA 3PUDA 3A23A 1A5AA 1ZALA 1GJPA 5KINA 4GNJA 1YPIA 2VOMA 3W7IA 2XN1A 2Y7DA 1H62A 5AHMA 3R89A 3UY8A 3PVFA 6ALDA 1T96A 3V1PA 1VS1A 5KZMA 5G1TA 2VEMA 3QW4B 1EUAA 1SO6A 3CT7A 3BLEA 4R33A 1QDSA 1W37A 2Z6IA 1OFEA 3MO7A 3O8AA 3LCGA 2VKZG 3C2EA 2YR1A 4LUIA 2ISWA 1JUKA 3QJAA 3ZS4A 5DXXA 4FEZA 5HWMA 5EL1A 1AMKA 3GKFA 2V9DA 4R34A 4DO4A 3DXIA 3W2MA 1HFBA 1W0MA 3PSVA 1F6KA 1QO2A 4UTUA 3C52A 5LZLA 5HR6A 2E6DA 2ZRVA 1SW0A 4O1AA 3GAYA 1A50A 3LCIA 3WK1A 4MJMA 3IV3A 1OFOA 2I1OA 4UFKA 3WJWA 4Q4KA 1SO5A 2ZZ7A 2ATMA 1QPOA 4IMCA 1TV8A 3WJZA 4AH7A 1TPDA 1LRTA 2BLEA 1FWWA 1LBFA 1U83A 4O0KA 3S0CA 4I9AA 1GZGA 1H60A 1KTNA 4EWND 4QM1A 3P62A 3M43A 1W3IA 1KM4A 4NJKA 3M5YA 3G3DA 3ABRA 1TPC1 3NM1A 3W70A 4FIRA 1AG1O 3DAQA 1FX6A 1I8JA 1W5OA 4IQLA 1H5YA 3L67A 3MP5A 1TPFA 4JY9A 1QAPA 1R30A 5D38A 3LHWA 2Y61A 1DHPA 1FY6A 3SGZA 5F2GA 1PV8A 3G0XA 3NPXA 1A5CA 2DZWA 4UCGA 3FEMA 4O52A 4AF0B 3QMTA 2E5CA 1KFKA 3BPWA 2V2CA 3W1RA 3LXAA 5CPNA 3MWAA 5CPLA 3PBYA 2B7QA 2YW3A 3W1LA 4O0ZA 3W86A 3W73A 4O14A 1RVGA 5KMYA 4WXYA 2ZBTA 3F1QA 3QPZA 4O1DA 3P60A 5CPMA 3W76A 1VHCA 2FPYA 3W1XA 5LHFA 2OZ0A 2CLHA 4CNOA 2JKAA 2QCCA 1WBJA 3TA6A 2V81A 4JTTA 3W22A 3VI2A 4TU1A 4O1BA 2Y7EA 4NX5A 3UPBA 4O57A 3W1UA 2ZA3A 2Q3RA 5G5IA 4MUZA 4OQVA 5H91A 2I9EA 2DZVA 1K8ZA 4NVTA 2KZHA 3OVRA 1GTEA 3MJYA 1G69A 4UFJA 1FDJA 3MHFA 5F1VA 4A29A 2TRSA 2ISSA 1D9EA 2QCLA 5HQEA 5D2VA 4CNPA 1MEIA 4AHQA 2GJNA 3OA3A 3W83A 4AXKA 2BTMA 1KFJA 1JCLA 4ADTA 3EEGA 4IPJA 3TROA 1KBIA 4GBUA 1XBXA 4PODA 1YADA 1XCFA 2YXGA 1GG0A 2O7QA 1TREA 3B0VC 3S1XA 3TKFA 3TSMA 3W6YA 4O28A 5J5RA 4ZQMA 1S5TA 3M9YA 1DJNA 5G2HA 4O50A 2B7PA 4X22A 4GUIA 1WOBA 4NJIA 8TIMA 3DH7A 3L5AA 2TMDA 2A6NA 5BNKA 5HWNA 3TC7A 2V0TA 4JDYA 5CGQA 3PG9A 1WV2A 1VQTA 4JGDA 4X3ZA 2NX3A 3S42A 2GVJA 3A5VA 1F7BA 1B57A 3C3NA 3BG3A 4JTKA 4NZJA 1EWDA 1VPXA 3I7RA 2AGKA 3MI3A 3R2GA 5I3HA 3P74A 1ZY9A 5FF2A 5C54A 3GXPA 1IXNA 3KRZA 4UTKA 3LXCA 1TTJA 1JCYA 3TXZA 2CLFA 3HQ1A 5D09A 4O15A 3W7GA 4WY0F 3FKRA 4YWIA 5CPOA 3KAOA 3MYPA 3TXVA 3PR2A 1JUEA 1VRDA 3M6YA 3OVPA 3VNDA 2EGZA 4QJ1A 1OF6A 3PB0A 5EY5A 3OHIA 3HIJA 1QOPA 4O11A 3LCWA 1N7KA 2DZUA 2X1RA 1QOQA 1ZAJA 3B04A 3INPA 3RNDA 3LBCA 1KM6A 2ZRXA 1TB3A 3W2UA 4IMEA 2QUTA 1C9DA 4UTLA 1C8VA 1R46A 4MVAA 3QM3A 5K4XA 5DBUA 4FX8A 5D2WA 4UTWC 5F4WA 4NJJA 2R91A 4O54A 2DORA 2VEKA 4AAJA 3N19B 1W3TA 1W5MA 4HNNA 5AFDA 2TPSA 1IGSA 4LUJA 2A5HA 4Y90A 3U6WA 1H7RA 1HO4A 3GIYA 3N9RA 4K37A 3LCFA 2NUWA 1K8YA 4Y6GA 1ALDA 5CZSA 4DO6A 5CSRA 1OYAA 1MEWA 4UUIA 5AB3A 4Z1AA 3IVUA 3LHZA 4AF0A 2A2IA 4R53A 3TDFA 4GUHA 3WJYA 3WK0A 5BRBA 3YPIA 2DJXA 4NNAA 2VFIA 3GDTA 1SUXA 5BOOA 1S5WA 2UV8G 3OG3A 4MY1A 3FFSA 3LRKA 5G1YA 2H3BA 4X2RA 2HS6A 4LTSA 4JYEA 2V82A 3DGRA 5HULA 2A7PA 1MSSA 4QSHA 3FJLA 2TSYA 2A7RA 2C18A 3Q94A 5K3VA 5KZEA 3G0SA 3O63A 3T40A 3QH2A 1IIHA 2JK2A 5A8GA 2DZXA 3H54A 3N14A 1VYSX 1UJPA 3LOTA 2FIQA 4I7WA 4QITA 3NAVA 2DZSA 2QDHA 1M5WA 2VFHA 2LLEA 4MLJA 2QUUA 2NWSA 1I2PA 1KTBA 3FYPA 4IXHA 1UUOA 4PA8A 4Z08A 3DFOA 3TFCA 4WY0B 1AW5A 3P84A 1SPQA 4N9EA 3P7YA 5E93A 1P0NA 4IWWA 3KFTA 4N02A 4BWLA 1H7NA 1TTIA 3S8HA 1G4TA 3LRLA 3NQEA 2V2HA 5IM51 3W1AA 3W1QA 1AL7A 3LGEA 1XUUA 2QCEA 2VEIA 2J88A 2WKJA 4QNEA 1PVNA 3EWZA 4RX0A 2P1FA 1JULA 1X1ZA 4JXCA 4FNPA 3PBWA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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