3B0VC

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus in complex with trna
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
315
structure length
315
Chain Sequence
MLDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALLALSTKANREIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLMEEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase/rna
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords tRNA
total genus 108
structure length 315
sequence length 315
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0vC02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0vC01
1JQXA 3M6YA 3T44A 3UWVA 5K9CA 1PV8A 4CNNA 1EPXA 1WQ5A 3S5ZA 2GOUA 3UWWA 3L68A 3NYZA 5AHIA 4RCXA 5F4WA 2HS8A 4MPQA 4P2VA 2NWSA 3NL6A 3PG9A 2QAPA 2YFNA 4K36A 5LNWA 4RKAA 4TR9A 4A2RA 3SECA 4PH6A 2VENA 4HHPA 4ZZ9A 4MJMA 3RK8A 1SZNA 5D04C 3W7MA 1XXXA 2C15A 1AK5A 2I9EA 3DFQA 1JCNA 2HSAA 5D02A 3A22A 1TIMA 1QPNA 1P1XA 4G1KA 3UZJA 1Q6QA 3TK7A 2ZRUA 1GTEA 4JIQA 4FO4A 4IMEA 4GUFA 1KFBA 2B0MA 5CZ0A 3LXAA 1LCOA 3RFAA 3HGOA 3UD6A 3EB2A 5D2VA 1G7VA 4NXKA 4TMBA 3GR8A 1YPIA 3ZWTA 3W7OA 4BI5A 4GJ1A 2ZZ1A 3S1VA 4PC8A 1I2PA 1M6JA 4O1CA 2NV1A 5CZJA 4X3ZA 4WXZA 2NX9A 2DP3A 4GUHA 2W79A 4RK8A 3GKAA 3W7PA 4JTKA 3B0PA 2H3DA 3NQ7A 1L6SA 4NZJA 2X1SA 2ALDA 4AMAA 5LNVA 1JUKA 3UWYA 3DFPA 5I3HA 4IX2A 1VYSX 4O8RA 1UUMA 2H6RA 1F05A 3NM3A 1QPOA 4QM1A 1KM2A 1TPWA 1HTIA 2FPTA 2Y85A 3GX9A 2PC4A 5F2GA 5FEXA 3DENA 5F2IA 2AGKA 2ZRYA 3MWAA 1TQXA 5BMWA 3SI9A 2J6XA 3U6WA 1DL3A 4RZ6A 3HBLA 5G1TA 1TPEA 2E6DA 1I2RA 2OMAA 3NAVA 3P67A 2A7PA 1F7BA 4M5PA 1F6PA 1O60A 1UJPA 1KA9F 3HO8A 2X2GA 3QF0A 3HMJG 1K8YA 3DAQA 3O6CA 3P60A 4FEZA 1FX6A 1NFBA 1XC4A 1XDLA 3LCFA 3N19B 1L2UA 2QJHA 3GDKA 2QR6A 4ADTA 1X6UA 4WZHA 4AHQA 4TIMA 3CEPA 3L66A 2PRLA 3SY5A 3B4UA 3W7RA 4ALDA 2PRMA 1FCQA 3N2MA 1H62A 1RQEA 4E2BA 2GVGA 2QCDB 3EEGA 2QDGA 3S42A 3TH6A 1GVOA 4E38A 3O06A 2C19A 3NQVA 5C6MA 5D03A 3FS2A 4NJIA 1SU5A 3WK0A 1ZAJA 3PR2A 3S9YA 3W1PA 1GZGA 1HFBA 1RQHA 4XZ9A 5AB3A 3W70A 2VEKA 3H53A 1EA0A 1X1ZA 1TQJA 2FB2A 4OE7A 3L9CA 4JTEA 3MBFA 5AHLA 1LROA 4IMFA 3CTLA 2C6QA 3LXBA 3ABSA 3ATZA 1OYCA 2JKPA 1H7PA 4MY1A 1L9WA 1LTDA 3CWOX 5MHBA 1SW7A 5DCEA 3W7JA 5HUOA 4UTTA 2YR1A 4ADUA 1CW2A 2OT0A 3QSTA 3P8IA 5G5IA 4O57A 4LUJA 3P8JA 3LCGA 2V0TA 4UFHA 4X22A 3ZR4A 1OX4A 1YXYA 5H91A 3B0VC 1FDJA 1PL9A 2GVJA 3N2XA 2Z1BA 2ISWA 1OYBA 1V5XA 3TSDA 3G0SA 1XFBA 1KTNA 4Y8FA 3HPZA 2V2DA 1QWGA 1EP2A 3EWWA 3W7QA 3E96A 3NEVA 1FCVA 2VKZG 4IPJA 3STFA 4PCFA 4QISA 5K2ZA 1MO0A 1XM3A 4O28A 5EL1A 3IVTA 4Z1AA 1Z42A 3LBCA 1PCWA 5CZSA 4O4WA 3P81A 3W85A 1FWTA 3TUUA 2ZZ5A 1RVGA 3STCA 3MI6A 1JJKA 5DBTA 1EIXA 3SGZA 4FX7A 2OJPA 3NNTA 4WX2A 4LWWA 1MEIA 3M5YA 1KM4A 4QSHA 2WSYA 5D2YA 2JK2A 4D2JA 5AOUA 4A2SA 5BMXA 3O05A 5LNRA 1AG1O 4CNPA 1JVNA 4NT0A 3LRMA 5CPNA 4AAJA 2NUYA 4DO6A 3IIVA 2Q8ZA 3C4UA 5FEZA 3ZS4A 3W7KA 4DPQA 1SUXA 2EGZA 3P61A 3VI2A 3SR7A 3BPWA 3QRHA 4UTLA 1IIHA 4CNOA 2FTPA 3T40A 3TMLA 3TNOA 4FX8A 1GPWA 1GT8A 3S5YA 3LCXA 1Z48A 2VFGA 5G2HA 4IWWA 2O7QA 2FPVA 3MO7A 4JTGA 3ANYA 1X1OA 4XKYB 3W7NA 5CZTA 2UV8G 4E0CA 4NX5A 2V82A 1R2SA 1DOSA 1OF8A 4HNUA 3LI1A 4UFIA 1YTEA 5D2WA 1UBSA 2JKEA 1KLYA 3G1YA 2P1FA 4Z0SA 3CC1A 2ZZ3A 4JDYA 4JEQA 3HQ1A 1XBXA 3QPYA 3WJYA 5D05A 3VNDA 4AWTA 2ZQ0A 2E5DA 5KSWA 1OK4A 5AC8A 4CCCA 1P0NA 3RU6A 3G8RA 2AQWA 2CFFA 1YTKA 2HS6A 1W5OA 2VFIA 4UFLA 3UY8A 1H50A 3G0UA 4LU0A 3O16A 1Q6RA 4M6QA 1TV7A 1GYLA 3F03K 2A6LA 1R47A 3GAKA 4K7YA 1WAUA 3DFTA 3G0XA 4K38A 3VFLA 3UWUA 3RF9A 1OFPA 2VFEA 3GDTA 3NPXA 1AL7A 4DEFA 1KBJA 1ZHAA 3TSBA 3IIPA 1P0KA 4O52A 5KZDA 1FUYA 3P80A 1TO3A 1ZFJA 3BG9A 1HL2A 2QCMA 3KAOA 4TMCA 2BLEA 3IIXA 5C2XA 4L4LA 4NU7A 5HNRA 1SFJA 2FFCA 3FIGA 4CQ9A 2B4GA 3GNNA 4JR5A 2E68A 2VELA 4PL1A 3S6DA 5T26A 3HPSA 4IX0A 5C5YA 2QUTA 1VCVA 4JD4A 1CI1A 4ORIA 3TR2A 3W2LA 1LRQA 3QH2A 1DBTA 3TSMA 5F2LA 2GUUA 4Y96A 2QF7A 1QO5A 4MFEA 3O15A 4O12A 3C2FA 1MEWA 2BXVA 4IGHA 4O0KA 3SZ8A 4MVAA 3C2RA 3G1DA 1SW0A 4DO5A 4FX6M 8TIMA 1YDVA 1EUAA 3EXSA 5D37A 2YYTA 4K8EA 2VEMA 4DBEA 3PUEA 5G4WA 3G1AA 1G6CA 1TYGA 4UTTC 1XKYA 3PB2A 1TPDA 3BW3A 3I7SA 2CLHA 3TW7A 2Y88A 3FYPA 3WJWA 2YX0A 3HGRA 3L21A 4UR7A 3TDFA 3BO9A 4X2RA 2BTMA 3HG4A 2ZA1A 1NEYA 4GUJA 3N34A 2EKCA 4Z08A 2H90A 1LLZA 3KOFA 3TU9A 1TTJA 1I4NA 3BGGA 5K4XA 3FOKA 3LM7A 4RXGA 3G18A 4Z1DA 3NL3A 4QAIA 3KXQA 5CSSA 3S5OA 3QEZA 4Z1BA 2KZHA 2VFHA 4CCEA 4XUGA 2E77A 3FFSA 3MP3A 3BLIA 1XUZA 4LVBA 3G1VA 1OJXA 1X8FA 3B03A 3LTSA 4Y90A 5DCBA 2WJZA 1OX5A 3TC7A 2QCLA 1UB3A 4N9BA 3S8HA 2HTMA 1TPH1 4ZQCA 1X7FA 2XFWA 2ZTJA 3GDLA 2NZLA 1M7OA 3DFOA 1TPUA 2YGYA 3MHFA 4O18A 3M16A 4UMCA 4O11A 2G96A 4IPIA 1A5AA 4KKXA 3JS3A 3KRSA 3VCRA 1MEHA 2A1YA 3BVJA 1YXDA 3LCIA 5F4SA 3IRDA 1TPB1 2IQTA 4RLIA 3CT7A 3P7YA 5EA9A 1GVSA 1B57A 4WQ6A 4H3DA 2YSWA 3N9SA 4EIVA 2ZFAA 5LNUA 2V2HA 1OK6A 5EKYA 3WK1A 3W88A 3W71A 4LRSA 1HO1A 1KM3A 4ZMGA 5H2ZA 3NPWA 3W2UA 3HOJA 2Y6ZA 3G24A 3G1FA 2ZA2A 4GWEA 4YCOA 5CPMA 4O0ZA 4GUIA 4Q4KA 3M5VA 2ABAA 4IOTA 1EWDA 3CIWA 1N55A 5K3VA 1KFLA 1OVDA 1TJPA 1YDOA 3KRZA 3NZ1A 1W0MA 4QNWA 3PBVA 4JTUA 5FF3A 4WY0B 4OV9A 3M7WA 2G95A 2LLEA 2DZSA 3Q94A 1OFOA 4Q33A 4AEOA 4XWUA 4WOZA 3HPXA 2V2CA 2RDTA 3GVGA 1WOAA 1VYPX 3S1UA 3TCEA 2CLFA 3EWZA 3W73A 1LLWA 5D38A 4NJKA 2WNNA 3W23A 3LCHA 3NXFA 5I3FA 2C3ZA 4RZ4A 4QIUA 4HNVA 4GRSA 1Q6LA 1JCMP 2ZZ6A 2QCGA 4NNBA 4ZQNA 1AL8A 3V75A 2QUUA 5HWNA 1W3IA 2X30A 4M6VA 3LCLA 5K9XA 1Q45A 2PURA 2A7NA 3IV3A 3C6CA 4ZQPA 3IGUA 3DXIA 1H7XA 2G97A 1EP3A 3T4CA 4BFAA 3MHUA 3P74A 4NJHA 1VS1A 1OFDA 1YLVA 3TW6A 1VQTA 2J27A 1GVFA 2E6AA 3TMQA 3PS7A 2TYSA 3MYPA 4QNEA 2X1UA 3OIXA 4RR4A 1ZALA 2RDWA 2F7FA 4N6FA 2YW4A 3O6DA 3TIMA 4PTNA 5LSMA 4UTJA 3STGA 1HO4A 1KTCA 3LHUA 5DELA 3HIJA 1LOSA 3KVMA 1PVNA 1I8JA 3U8GA 4FHAA 2TRSA 2WPBA 3LX9A 4OQVA 3UXDA 4FIRA 2NXHA 2YXGA 2YCEA 3C52A 3W7HA 3MYOA 3UWQA 1I2NA 3TAOA 4Z0JA 5HWJA 2G5WA 4AHPA 4JTLA 3NQDA 2NUXA 4S1FA 1YXCA 3S1WA 3DKJA 1P4CA 1H7NA 1YPFA 4K7VA 3SGUA 1LBFA 3NPUA 3B04A 1FDYA 2Q3RA 3BK0A 1ZAIA 1XBVA 2ATMA 2V8ZA 1LRNA 5L6UA 1OG0A 4KFPA 4LW7A 1K7FA 3BV4A 4IQLA 5BNKA 1D3GA 4JTFA 2NLIA 3GR7A 3NM1A 3LXCA 4ICNA 5TBOA 4PFMA 2JBMA 3CQ0A 3EWXA 5F4XA 5EMUA 2FB3A 5DLCA 4QITA 2P0OA 1TRDA 3T7VA 1VHCA 3PBUA 3UPWA 5DN1A 3ABOA 3G8EA 4GUGA 1FXQA 2QEZA 4LTSA 3SJ3A 4FNRA 3I65A 5HQEA 3IVUA 2QDHA 1OFEA 1JR1A 2YPIA 1YDNA 5I3JA 2QCEA 1J2WA 1HG3A 3PBYA 3N14A 3A24A 2ZRZA 1XDMA 1JQVA 4K8HA 3TC6A 2CLMA 1O94A 5HJLA 1GEQA 1T99A 2C18A 2X1RA 2Y61A 4N9CA 5AHMA 3M44A 5I3KA 3BG5A 1PHWA 1LDCA 1SFLA 1OFBA 3O63A 3W1NA 2NX1A 3PSVA 4LY8A 3TQKA 5AHNA 3OA3A 1RD5A 1PCKA 1QPRA 1VLIA 2Y70A 1DJQA 2A21A 4LRTA 5HMSA 5I3IA 1R30A 4DBDA 5D33A 1GJPA 1XBZA 3HB9A 4PL2A 4A21A 4AWSA 3G3DA 1NSJA 3ABRA 2J24A 3R13A 1G69A 3TX9A 3R89A 1MSSA 5U7SA 2H8ZA 3WJZA 3MI3A 4ONVA 1DORA 3LTYA 1QCWA 4FXRA 4BR1A 1GQNA 1IXNA 4PEKA 1WXJA 3WK3A 1QO2A 2CZDA 1FWRA 4EF9A 2NUWA 3RLUA 2DJXA 5BOOA 1FWNA 3MP4A 1KFEA 1FY6A 2DU2A 4FXSA 1V7YA 3GDMA 3LHWA 4PA8A 5KINA 1U83A 3BLFA 3EWUA 4LS1A 2QAFA 1H63A 1ME8A 1K7EA 3GAYA 5AYYA 5IM51 1LM1A 2E09A 1ME7A 3TJLA 3GDRA 3BW2A 5DCDA 1W5PA 4LV9A 4LV4A 1W56A 4GBUA 3B8DA 5D2XA 3NQMA 1TPFA 2GQ8A 4R7JA 4CQAA 2VEIA 3NQGA 4UTWA 4YWIA 3N9RA 3M43A 3MBDA 4R53A 4UTMA 2OX1A 2C0AA 1T96A 1VCGA 2CZ5A 1LRTA 4JTSA 4S2BA 1KFKA 1SZFA 3CIXA 1K3UA 4AHOA 3I68A 5A8GA 1S5WA 3TJXA 4AF0B 3W84A 1PE1A 4TU1A 3LLFA 4A29A 1KM1A 3TKFA 2TSYA 4XBSA 1I2QA 1SZEA 1R46A 1O5XA 2QCHA 5AFDA 1F74A 1EUNA 2A85A 3I7RA 3QMTA 4JICA 1TTPA 2Q8LA 3L65A 5IBXC 2C1HA 4E2DA 2JGQA 2PRHA 4JGDA 5G4EA 4FNTA 3KRUA 3G3MA 4I9AA 3DFNA 4IJBA 2W6RA 3QQ0A 1Z44A 3EWBX 1FQ0A 1WA3A 4EWND 4HPXA 3H54A 3M0ZA 4S2CA 4JIPA 3OVPA 3C2VA 3TAKA 4A3UA 3INPA 4OBTA 3M9YA 1MZHA 1WDWA 4UIOA 3K30A 2V5BA 3MW7A 2FQIA 2WKJA 2ZA3A 2W0UA 2R91A 4RXFA 4POCA 4LT9A 3W1RA 2QCDA 3WJXA 1EEPA 5J5RA 1FWWA 1KM0A 2ZCGA 1W37A 3HGJA 2ISVA 2I1OA 3W1TA 5F2MA 4B5NA 3LHVA 1DJNA 3KVKA 2VC6A 2EPHA 3LOTA 4JS3A 4Y9AA 3ABQA 3NDOA 4ADSA 4DXVA 4ZL1A 1VH7A 1UASA 2RH9A 3NR0A 1A53A 2YDAA 1RV8A 2EHHA 3LB0A 2QCNA 3EXTA 2JGYA 2YZRA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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