3B0VC

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus in complex with trna
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
315
structure length
315
Chain Sequence
MLDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALLALSTKANREIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLMEEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA
molecule tags Oxidoreductase/rna
source organism Thermus thermophilus
total genus 108
structure length 315
sequence length 315
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0vC02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0vC01
4MFEA 3S6DA 4CCEA 5AFDA 4OU1A 4LUIA 4DXVA 1SFJA 4DBEA 5G2WA 1DOSA 4UTLA 5D04C 3I7QA 1PCKA 3SIZA 1JCXA 1J2WA 4UTIA 3RLUA 3SI9A 4DPQA 5F2LA 3TU9A 3TMLA 3BW2A 4UFLA 1ME8A 3PVFA 5D02A 4H4IA 2J24A 1IXNA 4ZMGA 4CNNA 4HIBA 1LCOA 2X16A 4OT7A 2YCEA 3EKZA 3I6RA 1GVSA 1R46A 3GR7A 2X1SA 3TJXA 3TFCA 4O17A 4LRTA 3H54A 3P74A 2FPVA 2G95A 4YL2A 2BTMA 1TMHA 1N55A 1F6PA 4O1BA 2ZDRA 3W1RA 3LXBA 3M5XA 3W7KA 4I7WA 4NNBA 1IXPA 3PWAA 2BXVA 3NL5A 1W31A 4PCFA 3GDRA 4MJZA 3QQ0A 1MEWA 3EXRA 1A5BA 4DF1A 3SECA 1A50A 1JULA 4OV4A 2CLHA 1TB3A 2JBMA 1FCUA 1O4UA 4MPQA 5AN7A 1PL9A 3PBVA 3MI2A 4PC8A 1H1YA 5K9DA 4GFSA 2OX1A 5D37A 4ZZ9A 4DF2A 3FYPA 1HG3A 5G1TA 2CZFA 3QFEA 3T55A 1KBIA 4FXSA 1N8FA 1KFJA 3FKRA 4G1KA 4OWGA 1L6WA 1XBVA 2NX1A 2VEKA 2FPTA 4NXKA 3R5EA 3W7HA 4EF8A 4QAIA 3NPUA 1EP3A 4Y90A 3HPSA 1G67A 3EWWA 3PULA 2FFCA 1H50A 3W74A 4HNUA 2P0OA 3CPRA 3T7VA 4QITA 4KKXA 5TIMA 5DY2A 1KFBA 2CLOA 2DZTA 2TMDA 2QCDA 2GJLA 5F4XA 1WBHA 4EF9A 5LNRA 1EWEA 1KM2A 2J9YA 3W87A 3NQ7A 4IPIA 5G2IA 3IIOA 4LTSA 5G4EA 2ZZ7A 2FTPA 4Z1BA 3A5FA 3BLFA 1ME7A 3O63A 3PG9A 3WJXA 2ZZ4A 4ADTA 3LBMA 1EA0A 3WJWA 2YW3A 3C6CA 1P0NA 5FEXA 1OFBA 3HF3A 2O7SA 3THAA 4AF0A 4JX6A 3ZWTA 4B5NA 3FA5A 2NWRA 3AO0A 3UWUA 3W1TA 2B4GA 3TCEA 4PH6A 3LI0A 2ISVA 2A0NA 1D3HA 1TCDA 3G1AA 3WFAA 3HIJA 2VEMA 3UWQA 3C4UA 3W86A 4E0CA 1K3UA 1XCFA 3S5YA 2LLEA 4QJ1A 3BO9A 4PEKA 5H91A 3RFAA 2YW4A 1AMKA 3DKLA 3M1ZA 3G1HA 3N34A 1GG0A 5CSSA 4DO5A 4IMEA 4ZQCA 4JDBA 2D73A 1P0KA 4IPJA 4JY8A 1TPB1 4O16A 4WY0A 3PSVA 1QMLA 4ZQNA 4R33A 2Y7DA 1PE1A 1DHPA 2Y88A 4GC4A 2ZZ3A 5LGZA 3A22A 3V75A 1QOPA 5EBUA 2W79A 4RV8A 1CW2A 5K4XA 1OVDA 2X30A 4Z1CA 1FXQA 2ZZ1A 2GVGA 3NQ6A 2X2GA 3W1MA 1JQXA 1TV7A 2OZ0A 1B9BA 4MKNA 2V8ZA 1DVJA 4RZ6A 2C1HA 3HG4A 4UNLA 1PIIA 4UTTC 4FNRA 1VYSX 1DQXA 3NYZA 2QKFA 4ML9A 5KZEA 1LYXA 1IGSA 1WV2A 1VZWA 1GVRA 4UFMA 1E51A 1LOSA 2C3ZA 3STFA 3C3NA 5D33A 5I3HA 3CHVA 4Z0JA 3GB6A 2C13A 2ATSA 1W5QA 1W37A 3WK3A 3TROA 3KHJA 3HOJA 3LRKA 4N9BA 4CCCA 2ZYFA 3GYEA 3S5OA 3NOEA 1KFKA 2QEZA 1LOQA 3AJXA 2WQPA 3O15A 4WZHA 4AB4A 5T26A 1LP6A 5LGXA 4Q32A 1D3GA 1QOQA 3EX4A 2UV8G 4Z0SA 5KZDA 2V9DA 1VHNA 2H90A 3HBLA 2DZSA 3W22A 1H7NA 1TYGA 3OIXA 2AGKA 5AHLA 4EWND 3CU2A 4NXSA 4NJJA 3CC1A 4XTDA 1FXPA 1RV8A 4ORMA 1ZAJA 4BWLC 1K8YA 1DJQA 2V0TA 1CX9A 2E68A 2ZTKA 3W1LA 4EVZA 2PRMA 3NM1A 2TSYA 3CLMA 3T40A 3M5ZA 3NPWA 4Y9AA 1KM4A 4O52A 5J5DA 3PM6A 2WPBA 4DF0A 1P1XA 4K7YA 1KFLA 4MZ1A 3G1VA 1DJNA 1BKSA 4O53A 4TX9A 1X1ZA 4ADUA 4PL1A 1QFEA 5ABTA 4JN6A 4O8RA 1XI3A 1GZGA 3IIPA 1ZNNA 1BTMA 1G6CA 3UY7A 1SZFA 2FLIA 3BGGA 3W7LA 1DORA 5BMXA 1I45A 1F73A 3WK0A 1M6JA 4BI6A 2Y70A 3W7EA 1ZJIA 1GPWA 1AG1O 3LM7A 3PBUA 3PF3A 5FESA 2CZEA 5EL1A 4QQ3A 3NQDA 2PC4A 2DZXA 3G8EA 2B7NA 3MHUA 5CPOA 5TQLA 3JR2A 3W75A 5LNWA 4FNQA 1VCGA 3W2NA 2R91A 3W1QA 4DELA 3ELFA 3N14A 3O6CA 2WKJA 3PC0A 3STCA 1W3TA 1DBTA 3YPIA 3GZ3A 2C0AA 3L5LA 4CNPA 3EXSA 1FDJA 3DZ1A 2VXNA 3TC7A 4AVFA 2A21A 3LTSA 3EX3A 1K03A 3CEPA 1EP2A 1O60A 1LBLA 1RPXA 1SUXA 3BW4A 4BF9A 4FXRA 2WSQA 3LLDA 4LU0A 1RQHA 5K3VA 2J27A 2CZDA 4LV4A 3SSJA 4UIOA 3EWZA 3W2UA 2RDUA 2JKEA 1OF6A 1FWSA 4JX4A 3DFTA 3PR2A 3TXZA 3L68A 3LHZA 2RH9A 3ZWSA 3DENA 1TRDA 4ZQOA 1ME9A 4UTTA 4N9DA 5HQEA 1R2RA 1I2NA 3O6YX 4JIPA 3C2VA 1VH7A 4CCDA 3B0VC 8TIMA 1W56A 4IUOA 1L2UA 1QO5A 2FB2A 1TPFA 3SY5A 3NDOA 1TTQA 4FO4A 1KLYA 3ABQA 4GUIA 1WX0A 5C6MA 1TTPA 1I4NA 2FPYA 1JUKA 3LHYA 1XUZA 5CPMA 1TPWA 1LTDA 3IIXA 4O12A 3G1YA 1VLWA 2VFHA 4LVAA 3KVLA 4BI7A 1GQNA 1G69A 4OQVA 1FBAA 3GAKA 3RK8A 5AYXA 2NUWA 3IIVA 5G1YA 1ALDA 2XN0A 3EX1A 1H7OA 3FYOA 3A24A 4QISA 1H60A 2ISWA 3W70A 3QH2A 3TNOA 3I68A 1LBFA 5U4NA 4MZYA 3W73A 2WNNA 3UY8A 3LHTA 4BWLA 2DZVA 3N2MA 1QR7A 6TIMA 3S0CA 1AW1A 4AWUA 3B0UX 1TIMA 1HFBA 3W3OA 4LVGA 4JTLA 3JS3A 3IVUA 3W84A 1O95A 5AOUA 4PODA 3LHVA 4O0KA 2NX3A 5K9CA 4CNOA 4YMZA 3NQ2A 2CWNA 2GQAA 3U2OA 3W7QA 3T44A 3SJ3A 3S42A 2WSRA 2NV1A 1KTBA 1NF7A 1SW3A 1TJPA 2YYTA 3MMTA 4JNMA 5AC7A 2QCHA 4E2BA 3VNDA 3L0KA 1PS9A 1TJRA 1GWJA 2E77A 5DBUA 1FUYA 4GRSA 2J9XA 1AK5A 2B7QA 2A7NA 4ALDA 4UFHA 5BRBA 4MLRA 3UD6A 5KTLA 1TPDA 3E12A 3VE9A 1OFPA 4K38A 5F1UA 4Q4KA 4LC6A 1VHCA 1OX5A 3HQ1A 4LNYA 2VFGA 1EP1A 4FX6M 1LM1A 3P81A 2Y62A 2R14A 4LUJA 3DHDA 4JS3A 1LLWA 3W83A 3LCWA 4K8EA 4RX0A 3QJAA 1KTCA 4MVAA 5A8GA 3ABRA 1JR1A 2I9EA 2X1TA 1OK6A 4JEQA 3R89A 3E9AA 4LS2A 3QYQA 2EPHA 2KZHA 2RDTA 1U5JA 2DZUA 2F7FA 2QDHA 1LOLA 1W54A 1TPVA 2ZRWA 1CI1A 1C9DA 4K7VA 1LRNA 1I2PA 5DCEA 2ISSA 2NUYA 1G4EA 2VFDA 5L9FA 2ZCGA 5HR7A 3CM4A 3M0ZA 3LRMA 1K8ZA 3UWZA 3LXAA 5FEPA 3W88A 3L21A 4HN4A 1T0OA 2DU2A 2VELA 3W1XA 5AC6A 4K6AA 1OFQA 2E5BA 3A9IA 5D2TA 4MJMA 3GKFA 2B7OA 5G5IA 2YDAA 3W7IA 2QJGA 1M7PA 4Y8FA 2PRHA 1MZHA 1KM6A 3LXCA 4NJKA 1F5ZA 1WBJA 2GQ9A 4N02A 3NQAA 1RQEA 1RZMA 1G4SA 3NZRA 3V1PA 3S1VA 2H6RA 2Y7GA 3O16A 4P61A 1UBSA 5C5YA 4XKYA 5AYZA 1YXCA 1NVMA 4XUGA 2A2IA 4XBKA 3W6YA 1OFAA 3LX9A 4JTTA 1B4EA 2E6DA 5AHMA 4HNNA 4HPJA 4ZQMA 1S5TA 5KITA 4ZVJA 2F84A 5AC8A 3M9YA 1YADA 2RFGA 3IIZA 4UTJA 3THQA 1J5TA 3DAQA 4J9JA 3PY2A 1XBXA 3SZ8A 5D03A 3S1XA 3O1NA 1K7EA 1UUMA 1JUEA 2NXHA 4GBUA 2DJLA 1A5CA 2P1FA 2H8XA 1KFCA 1T8XA 5AHNA 5DN1A 1OYAA 1FCQA 1TTJA 1YXDA 3G1DA 2VKZG 2V81A 3H53A 4RXGA 2NZLA 3BVJA 5DELA 1XC4A 4N4QA 1OX4A 1SR9A 1HL2A 1MEHA 2E5CA 3W76A 2TYSA 2CLEA 4QIUA 3W7MA 1G7VA 3Q2DA 2WO5A 3KVJA 4O4VA 5FF0A 4EIVA 1FWRA 4LVDA 1QWGA 4AXKA 4MY1A 1I2QA 3C61A 3TUUA 3QMTA 5AHEA 3LTYA 3P8IA 2ZRXA 3LDVA 5U7SA 2QR6A 1JCNA 3HG5A 5G4WA 3LCFA 1X8FA 3BLEA 1DL3A 1Q45A 3M47A 4JICA 4XKYB 1W3IA 2OT0A 3QW3A 4LW7A 1I2RA 1C8VA 3MP4A 1AW5A 1EEPA 3PBYA 3LRLA 5LSMA 4YCPA 4PA8A 4H3DA 1W5PA 4FNPA 3HPZA 2J88A 3M43A 3T78A 3NNTA 2GOUA 2V2CA 3DFQA 1EIXA 4JDYA 2ZA3A 3LOTA 4O14A 3CT7A 4MFDA 4D2JA 3IEBA 3TFXA 1OFOA 3TDFA 3KAOA 3BGJA 3UZ5A 4LVBA 4K36A 3SGZA 1EUAA 4NX0A 5DLCA 3G0XA 2A7PA 4O1DA 5F2IA 3L0GA 3Q37A 1AW2A 1P5BA 1V7YA 3EWYA 1M5WA 4RZ5A 3G22A 4XWUA 5HWNA 3DU0A 4WOZA 3TX9A 1OX4B 4NX5A 2VC6A 3PUEA 3LCLA 3QF0A 4NU7A 1WAUA 1W5MA 1L6YA 2VFIA 2A6LA 4CLMA 4OBTA 4M19A 2QUUA 5LKYA 1KM0A 2Q8LA 3NZ1A 1QPOA 3L2IA 4JYEA 1KTNA 1JCYA 4GUGA 4NNCA 4BFAA 3BARA 3PB2A 3CWNA 1OG0A 4OV9A 2X1RA 5I3JA 1NFBA 2C15A 4YXGA 1SSDA 3QSTA 2PURA 3TAKA 2V5BA 3UXAA 1SO5A 1PCWA 3LCGA 3NO5A 4PFMA 3OVPA 1UJPA 1VJIA 1JCLA 1TO3A 2C6QA 4JR5A 2YZRA 1K7XA 3B06A 4OHQA 5C54A 1XM3A 3W23A 1OJXA 4POCA 2QCEA 1QPQA 3FKKA 3CB8A 3MJYA 4UXDA 3FFSA 1V5XA 3ZS4A 1I8JA 3W7JA 3W7PA 2BZNA 4FIRA 4FNTA 3NG3A 4JIQA 1MEIA 1YTKA 3I7SA 1WA3A 1OYCA 3NQMA 3ABSA 1XDLA 1G4PA 1SU5A 1SZGA 3LERA 1ICQA 2GVLA 1AL8A 3ATZA 3P60A 4Z1AA 3M5VA 3BG9A 3TW6A 2C16A 3G0SA 2YYUA 3FJLA 3NQ8A 3B05A 1TV5A 1VCVA 3N3MA 4Z08A 4UFJA 3GNDA 2OMAA 3D0CA 5I3IA 1NEYA 4FNSA 4N2YA 4EOUA 1DV7A 4E2DA 2C14A 1XBYA 3FJ6A 3TQ0A 4IMFA 1ZCOA 3LGEA 4KFNA 3IGUA 1X6UA 4LT9A 3QC3A 3CQ0A 3LB0A 3VI2A 4NJGA 1HTIA 3A5VA 2P10A 1EPXA 3KFTA 4QNWA 1KFEA 1QDSA 3W9ZA 1YXYA 4UTUA 1D9EA 1OHLA 5C2XA 3QMSA 3ZR4A 3W72A 1EX5A 3TV8A 5DXXA 1NF0A 4HSOA 1GVQA 3TSDA 3HGOA 5E0KA 4JD4A 1R2TA 4UTWC 3P80A 3A23A 3MI3A 3RNDA 2I1OA 3M6YA 4TO8A 1YDVA 4A2RA 1Q3NA 1ADOA 4WOQA 1QAPA 3C56A 1XDMA 3L67A 2ZRVA 2AAMA 4DQWA 4M6VA 3OHIA 1RQBA 3P5YA 1W5NA 4TMCA 4TMBA 5BNKA 1Q6QA 2JGYA 2E09A 4O4WA 5KSWA 1SO3A 4GJ1A 1GG1A 2JKPA 4NT0A 1OFRA 2JK2A 1ICPA 2EHHA 1PV8A 3VKJA 3B8DA 1EB3A 3E49A 4M6QA 5CSRA 4NQ1A 1J4EA 3MBFA 3Q94A 1F74A 4IGHA 3G8RA 5F2GA 1BWLA 2FJKA 2ZZ2A 4C1LA 1SFLA 3L66A 1VC4A 1R30A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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