2CBIA

Structure of the clostridium perfringens nagj family 84 glycoside hydrolase, a homologue of human o-glcnacase
Total Genus 234

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
234
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
publication title Structural insights into the mechanism and inhibition of eukaryotic O-GlcNAc hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYALURONIDASE
total genus 234
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2cbiA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2cbiA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2cbiA01
1QVBA 3J7HA 1CDGA 1CGVA 5FIPA 1R86A 4JKMA 1UA7A 1E0XA 3GM8A 3CUGA 4W5UA 1B2YA 2IXVA 1E0WA 4PN2A 5LA0A 2VOTA 1EHNA 3W26A 4OKDA 2CNCA 3SCQA 1CEOA 3AJ7A 5LA1A 1ZBVA 1GJWA 3T2QA 1OD0A 2X1IA 3ZT7A 2CBVA 5ABGA 3AQUA 1OGGA 2RGMA 1PJ9A 3BGAA 2ZUVA 1UKOA 1UD2A 3ZQ9A 2UY5A 1JL8A 2X0HA 1E71M 4CD5A 1BVZA 3ARRA 1E4NA 2WHMA 4JL1A 3VD4A 1B90A 3WQVA 5CLWA 4AEEA 4AIUA 3ZJ6A 1EDTA 1HJQA 1G94A 1VJZA 1V6YA 2YDRA 4ZE5A 3ZMRA 2EQDA 4U2YA 2XVGA 4MDPA 5FL1A 2BNJA 5JUVA 1RP8A 3MU7A 3W28A 2MANA 2YDSA 2DDXA 2OSWA 1DTUA 1L0PA 3RILA 1QI4A 1JD9A 2WNWA 1W1YA 5C70A 2XFYA 3N18A 3AMGA 5A6JA 3ARWA 2GVYA 2WHLA 1ZBKA 2XHYA 3VDBA 3CGTA 2X2YA 3EMZA 3A47A 3WDPP 3ZSSA 2BVTA 1HP5A 1E6NA 1XSIA 4BQ4A 2ZUSA 1QNOA 4TOQA 2VX6A 4QCFA 1OIMA 2J77A 2YA1A 1W2VA 1JFXA 3BAJA 4UFJA 2XSBA 3RJXA 4AZCA 3CZEA 3N12A 3PZTA 4WSJA 1QNRA 4CGTA 5AC4A 4MNKA 1J0HA 3WNKA 2ESCA 1J0IA 4D6FA 1C8XA 2XVNA 5LA2A 2Z1SA 2D24A 3TTSA 5E6YA 3AISA 3N17A 1CGUA 1UZ4A 2EPLX 1U30A 9CGTA 5ECUA 4IM4A 3NDYA 2CEQA 3AHVA 3NIYA 5I79A 4DM2A 2XFFA 5AYIA 4CD6A 3O2LA 4JCLA 1ZJAA 3QGVA 4M81A 1GVYA 4GI8A 3MUAA 4TVUA 4AZCB 3DYPA 5ABHA 4KGJA 2ZICA 4N0RA 1KGXA 5TD4A 4GQRA 1XCWA 2WW5A 3RPMA 3HMCA 4AZIA 1ZL1A 2W66A 1IZKA 3FXYA 4HTYA 1V6WA 2DSKA 1WDPA 5A3HA 3KE0A 5A6SA 3ARUA 2XM2A 4MJ2A 1XCXA 1WAWA 4Z2LA 4AXNA 2JF6A 2Y5EA 3L2LA 3PZUA 2OWXA 3FW6A 3WD1A 2BVDA 2A3CA 1NM9A 5A6LA 5FKYA 3OGVA 2ZXQA 4FK9A 1BGAA 1U33A 3N15A 1NWRA 3AIQA 3QHOA 4GI9A 4TVDA 3ARZA 1MYRA 4HA1A 3I3EA 4Z2KA 4LQ1A 1RPKA 1GVIA 2WPGA 3BAWA 2ZX7A 2ZX6A 1SFSA 4UR9A 3WFZA 2WCAA 3AIBA 3RIKA 1OBAA 3WD3A 3WELA 2C8NA 2BY1A 4J3XA 2WWDA 4D6CA 2ZUNA 1WDSA 1H2JA 3L4VA 3FHQA 2ZWZA 1GOQA 3ARPA 4MPKA 1GUVA 1XYZA 3N13A 4DUXA 1H1NA 2PWGA 2WCGA 3GBEA 3AHXA 2FHCA 4UQ9A 1KXTA 3WL1A 5C8BB 1E40A 1KR0A 4MB4A 2CXGA 2E8YA 3DHUA 4PCSA 1Y7VA 4MNLA 2QV4A 1L8NA 1CNVA 2A3EA 5GNYA 4BZYA 5CGMA 2E9LA 3W6LA 3OIHA 4H04A 3IANA 5KZ6A 4LYQA 5E0FA 1XSJA 2WXDM 1BG9A 4RE2A 2FHBA 4C91A 1WNOA 4HOWA 4A3HA 2YKKA 1ISYA 2WSKA 4GZJA 5E9AA 2ZXDA 4HA4A 3CHCA 2VC9A 3VUPA 2O9PA 1W3JA 1UWSA 1HJSA 1OGBA 2HISA 4EANA 1E6PA 4D6HA 2G3IA 4AD3A 2D0HA 1OWQA 2V38A 3B8SA 5F7UA 4Z2JA 3BAYA 1OCQA 1B3WA 3ZJKA 1HVQA 1CIUA 4D1IA 3O9NA 3A4XA 1E6SM 2VURA 3UETA 1AQMA 2BS9A 1J0JA 1JG9A 2VZSA 1UR9A 3CMJA 1NP0A 4NF7A 2EPMX 4MADA 4GZIA 3AS3A 4P7LA 3B9AA 3WSUA 2E3ZA 4K68A 3AMDA 1FH8A 3EBVA 1E6ZA 4P7NA 3AIEA 5D8WA 1NP2A 4PCTA 1HJXA 3NUKA 3NJ3A 1V08A 2VNCA 5A2AA 3K8LA 4PTMA 2YL6A 4UFIA 3BH4A 1GW1A 3GXFA 4UQBA 5BXTA 4P8WA 4AC1X 3W25A 4CD4A 3WF1A 1G9HA 1CGTA 1CGYA 1KCLA 1OT2A 1GQIA 3FHAA 4YN5A 4HU8A 1H09A 1LG2A 3FN9A 3CBWA 2J74A 4CU7A 3GH7A 2CITA 4UFLA 1GOOA 1LWHA 2UWFA 4LXFA 2OSYA 1UD4A 3PZIA 3APGA 2OYMA 4CU6A 2XWEA 1R87A 3FY1A 1CXIA 5A6MA 5A2CA 1OT1A 4L4OA 2ZUTA 2XGIA 4PMOA 1XH2A 3ARXA 1UWRA 2GJRA 2BY2A 4X0VA 3VDCA 1JZ5A 1VRXA 1JYVA 1FA2A 4P8UA 3A4AA 3ZSTA 2QPUA 3T0BA 1NOUA 1V6VA 2GK1A 5CXPA 3GBDA 5E70A 2FH8A 2CHOA 4TVCA 3ZJ7A 7TAAA 2DSVA 3AZSA 4OUEA 3AIUA 3MV01 2WVUA 1VFFA 3WQ4A 4H7VA 2J4GA 3MUZ1 3AZTA 1MQRA 3CHEA 1JIBA 3POHA 1Q6GA 4W93A 1VIWA 1XGZA 4BA0A 3WMBA 3QOKA 2GK1B 1EO5A 1FFQA 3VM5A 1JI1A 1JXKA 1TE1A 1VJSA 2CBJA 1DWIM 4KMQA 2JIEA 3BCFA 1K6AA 3BC9A 4LYPA 3CPUA 3SCVA 4EKJA 4PEEA 4RL3A 4M8UA 3PZOA 4U5KA 2Z1KA 3WMSA 1H49A 3ECQA 3LMYA 1ITXA 1MWOA 3AYRA 1BYCA 4ZXLA 4AZBA 3VIJA 4CUCA 2IXUA 1VBUA 5A6BA 1V0NA 1EA9C 2DEPA 2DT0A 3RO8A 3SURA 4Z2HA 2FH6A 3SUTA 1AQ0A 5BXSA 3VD7A 4DWSA 1B31A 2Y4SA 5A8NA 1NWSA 5GNXA 2WK2A 4PTXA 1ZB5A 2XIBA 1E3XA 4EAMA 1JNEA 3EMQA 1H11A 3RM4A 4FLSA 1WB0A 3ARQA 4UFHA 3LPOA 2DSUA 1HNYA 1ISXA 4ACZB 5A94A 5CQ1A 4DWSB 4PUDA 2ZX5A 3AMCA 4GINA 4KGLA 3U57A 4HMCA 4PMYA 1QHPA 4TXEA 2VCAA 3LPFA 3GNPA 1QBBA 2CBUA 3WMCA 1BGGA 4OBRA 4UQDA 3SUVA 1EOKA 1GOIA 1AMYA 1FOBA 3EMCA 2WYSA 1TFVA 1W9DM 5IXEA 1HT6A 4MB1A 3RDKA 1CLVA 2VX7A 3WD4A 3VX0A 4Q22A 3WDJA 2JIWA 1B3XA 4OBSA 3EDJA 4NSBA 1QPKA 4IPLA 4OJYA 2NT0A 3DECA 1UWQA 2J7HA 1DP0A 1EQCA 4W8LA 2F2HA 1HKKA 3AHZA 1B0IA 4QFUA 2EJ1A 4ACYA 3TOPA 3OGRA 2WM0A 5ABFA 1LLOA 4HZ7A 4JFWA 3WNOA 3GTNA 3VIOA 4JCMA 1LWJA 3SCUA 3EYPA 1VEOA 4D1JA 3ALFA 1GPFA 4A3YA 2D0GA 3VD9A 4GI6A 4AD0A 1W3LA 1J01A 2XYLA 1EH9A 1OD8A 5BXPA 1HL8A 4R5EA 3CMGA 5JIPA 1WPCA 3AMLA 1HJUA 4ZE4A 1C7TA 4ZFMA 4P7RA 3VGEA 1ISVA 1CYGA 4GXPA 2VZTA 4D71A 4E8DA 2DSWA 1GORA 3ZT6A 2G3NA 1US3A 2V3FA 3WQ6A 2WMGA 4CVUA 4CD7A 3FAWA 3T09A 3FAXA 2TAAA 3VGGA 2G4FA 2QMKA 4XZBA 1MW2A 3W0KA 4B9ZA 4MNMA 5EBAA 2Y2WA 2J7GA 2QMJA 5E09A 2J78A 1SMAA 3OG2A 4C7FA 3MANA 2WMIA 2XGBA 1UR8A 1D2KA 1A3HA 2ZX8A 4W8BA 1E3ZA 2XWDA 2VRKA 1G0CA 4UOJA 3RMEA 1K9DA 2EPKX 2PC8A 3ARVA 1OSEA 2WKLA 3A6OA 2PWEA 4J7RA 1FFRA 5ABEA 3VGFA 8CGTA 4PMRA 2X05A 4U3CA 3B9EA 3VDHA 2A3AA 3WDIA 1W1TA 3VD5A 1C8QA 4RE3A 4QCEA 2WMIB 1Q6CA 2W4XA 4J3SA 4BF7A 1GNXA 3WY1A 5BXRA 2BFGA 2V5CA 2J7BA 2WMFA 2ZOXA 3K4DA 2PI6A 4OOUA 4NZCA 1BHGA 4QDMA 4P8VA 3POCA 2D3NA 1F4HA 1GOWA 2ZXAA 2BHUA 4KRUA 3THDA 3MO4A 4WKHA 5IFPA 2XM1A 1UD6A 3VGHA 2W61A 3CHDA 4UZSA 3AS1A 3OLDA 3W4RA 1EDGA 2JE8A 2J7EA 3ZO9A 4PMZA 4N42A 2BHZA 4FF5A 2RGLA 2WLYA 4JKKA 4M1RA 3WBEA 3JUGA 1V0LA 4W85A 3ZIZA 1GONA 2AMGA 1HKIA 3CZJA 3UEQA 1E4LA 4JKLA 4IPNB 1E6QM 1H41A 1HJVA 1A47A 3SCSA 2J8FA 4HZ8A 4AD2A 1UH3A 1E6RA 4EE9A 1DWGM 1KB3A 4H8UA 1WZAA 4U3AA 3HJEA 2PWHA 4BQ2A 3AROA 4JFTA 4WJXA 4ZENA 1X6LA 4W7UA 1GOMA 4AY1A 2ZUUA 1KXHA 5A1AA 4LYRA 1QNQA 2VZUA 1W9UA 4B9YA 3VNZA 3SCNA 4E8CA 3PTQA 2VI0A 3O6AA 4AMCA 4PBGA 5D9NA 3ALGA 3VU2A 2JEQA 2J7DA 3PZQA 3A3HA 3I3DA 2QPSA 1QW9A 4E4PA 1QBAA 4C90A 2V3EA 1UR4A 2A3HA 4JHOA 1CBGA 4QAWA 4NI3A 5CSUA 5GQBA 4M56A 2FGLA 1UYQA 3VMOA 4UZUA 1MW3A 1TR1A 2D23A 1WE5A 3WQ5A 3NSMA 2J8GA 3OA5A 1JDCA 2C0HA 4AZHA 4JAWA 3VO0A 1R7AA 3EDEA 1VFMA 4CKQA 2CKRA 1J12A 1JAKA 3WDQA 5A6KA 1V6UA 1E43A 3OZPA 5FOOA 3D5HA 1DWJM 2FHFA 3IJ8A 5A69A 2W91A 2WMJA 3WF4A 3PN8A 1XYFA 4CVWA 1E4MM 4GO9A 2ZXBA 5LYRA 3PZVA 2CERA 1W9XA 1VAHA 3ZT5A 2O92A 3T0AA 4W89A 2JALA 3WQ8A 1XC6A 1BYAA 2XVPA 1MQPA 4FMVA 1O7AA 2XTKA 2WCSA 3CO4A 5CGTA 1UWUA 3N04A 3BMWA 1V3KA 1CPUA 1H0IA 3ARTA 2WKGA 4HPGA 4W7VA 1XHGA 4D6IA 1EHAA 1U2YA 1PX3A 4W8AA 1QI5A 1MXDA 2GJXA 1MXGA 3CUHA 4WKFA 2VRJA 1W32A 1HKMA 5JBDA 4UOQA 3TTOA 2D1ZA 2G3JA 2BHYA 1W9BM 1K9FA 1GQKA 1UKSA 2PWDA 5HNNA 2CHNA 3QR3A 1JXJA 4AZ7A 2DH3A 1EDQA 5CSYA 2DT3A 2J75A 1TMQA 4H2CA 4J3WA 1UD5A 1K9TA 1CTNA 4XV0A 1NOFA 3KL3A 2C7FA 2GJXB 4W84A 1WDQA 2VR4A 1VFUA 2GJPA 2OLHA 3BSGA 3VINA 1GQLA 1P6WA 1SMDA 2YA0A 5CLTA 1KWGA 4EK7A 3MMUA 3TTYA 4DUWA 1JZ4A 5M03A 5CZKA 1PEZA 4UCFA 2WBGA 2VVSA 1ODUA 1NWUA 3DHPA 3BXWA 3MUIA 4WIWA 1ZS2A 1ISZA 5A6BD 3VMPA 1BPLB 2WSPA 1HVXA 1QNPA 2VT0A 1RD6A 2EPNA 4NRRA 4XX6A 3VX1A 3WD2A 3GH5A 1JYWA 2CIPA 1UR2A 3IJ9A 3TONA 2GUYA 4DWSD 1B9ZA 2YDQA 2WC4A 1MFVA 4HU0A 3NSXA 2GFTA 3WKZA 4CN1A 4HA3A 1UUQA 4P7QA 1KBBA 4WK9A 5CJ5A 1Q6DA 2W67A 3OB8A 1BQCA 1C92A 1AVAA 7CGTA 1J0YA 2CETA 5JBFA 2DT1A 1CLXA 1ZBCA 1JYNA 1TG7A 1PZ2A 1W9VA 3PZGA 3WDRA 3WQWA 4TUFA 2HVMA 4D6JA 1W2PA 2CCRA 1QW8A 3MKKA 3WNLA 1E55A 1UD8A 1TVNA 3L2MA 5DF0A 1PAMA 4UQAA 1G01A 1PBGA 4TX6A 2DPEA 1HP4A 1OINA 1XSKA 2E8ZA 1CXEA 1BF2A 3EDDA 1CXLA 4J28A 2J47A 3AXXA 5BROA 2YIHA 2UY3A 4ATDA 1GHRA 4TTUA 2VO5A 1W91A 4AD1A 1H3GA 4RE4A 4WKAA 3F5KA 1PX4A 3W82A 2PBGA 1QI0A 3F5JA 3SUWA 3MSGA 2YBTA 5FD0A 2VR5A 3WNNA 2WZHA 4MNJA 3ARYA 1YHTA 2PBOA 5FCZA 4PTWA 2YL8A 5EB8A 1E1EA 2DSZA 2DQXA 1JYXA 3UERA 2VCCA 3IJ7A 4BQ5A 4MAZA 1QI3A 1I1XA 1VFOA 1E15A 2YOCA 1NQ6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1QVB A;  3J7H A;  1CDG A;  1CGV A;  5FIP A;  1R86 A;  4JKM A;  1UA7 A;  1E0X A;  3GM8 A;  3CUG A;  4W5U A;  1B2Y A;  2IXV A;  1E0W A;  4PN2 A;  5LA0 A;  2VOT A;  1EHN A;  3W26 A;  4OKD A;  2CNC A;  3SCQ A;  1CEO A;  3AJ7 A;  5LA1 A;  1ZBV A;  1GJW A;  3T2Q A;  1OD0 A;  2X1I A;  3ZT7 A;  2CBV A;  5ABG A;  3AQU A;  1OGG A;  2RGM A;  1PJ9 A;  3BGA A;  2ZUV A;  1UKO A;  1UD2 A;  3ZQ9 A;  2UY5 A;  1JL8 A;  2X0H A;  1E71 M;  4CD5 A;  1BVZ A;  3ARR A;  1E4N A;  2WHM A;  4JL1 A;  3VD4 A;  1B90 A;  3WQV A;  5CLW A;  4AEE A;  4AIU A;  3ZJ6 A;  1EDT A;  1HJQ A;  1G94 A;  1VJZ A;  1V6Y A;  2YDR A;  4ZE5 A;  3ZMR A;  2EQD A;  4U2Y A;  2XVG A;  4MDP A;  5FL1 A;  2BNJ A;  5JUV A;  1RP8 A;  3MU7 A;  3W28 A;  2MAN A;  2YDS A;  2DDX A;  2OSW A;  1DTU A;  1L0P A;  3RIL A;  1QI4 A;  1JD9 A;  2WNW A;  1W1Y A;  5C70 A;  2XFY A;  3N18 A;  3AMG A;  5A6J A;  3ARW A;  2GVY A;  2WHL A;  1ZBK A;  2XHY A;  3VDB A;  3CGT A;  2X2Y A;  3EMZ A;  3A47 A;  3WDP P;  3ZSS A;  2BVT A;  1HP5 A;  1E6N A;  1XSI A;  4BQ4 A;  2ZUS A; 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