2CBJA

Structure of the clostridium perfringens nagj family 84 glycoside hydrolase, a homologue of human o-glcnacase in complex with pugnac
Total Genus 235

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
235
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
publication title Structural insights into the mechanism and inhibition of eukaryotic O-GlcNAc hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYALURONIDASE
total genus 235
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2cbjA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2cbjA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2cbjA01
1JGIA 2O9RA 1V02A 1MXGA 2XYLA 1UKTA 2J62A 3G6MA 4M1RA 3WUEA 5JBFA 2X09A 2VZSA 1XSIA 4LYRA 3T2PA 5AY7A 3KL3A 2NW0A 2PC8A 5E9AA 1CGUA 5LA0A 5HOSA 3CLWA 3BAXA 1W9DM 4DWSC 3GXMA 1QBAA 1W3HA 1ZS2A 3MUIA 4JKLA 1JD7A 4X0NA 3BGAA 4U5IA 5JIPA 1QBBA 4Z2JA 4J28A 1D2KA 1PBGA 2BV9A 4F8XA 3NDYA 4PTMA 1GHSA 4PMQA 4Q22A 3CHDA 1E4NA 1YQ2A 1B3YA 1O7AA 2XUCA 2W92A 5CLTA 5IFTA 3FW6A 1LLOA 1V6YA 4ZFMA 1LG2A 3AS2A 3B8SA 3AS1A 3AIWA 3AIBA 7CGTA 2XVNA 3MSDA 4WJXA 1XRVA 2EPOA 3KE0A 1WZLA 2D24A 2X05A 3NSNA 3CTTA 3CZEA 4GI6A 4WLCA 1PZ3A 2E9LA 6TAAA 4MNLA 2YIHA 2YA0A 3ARWA 2XVKA 1P6WA 3VIHA 1WE5A 4XB3A 3VDAA 4HA4A 1J0KA 1A3HA 3UETA 1CXKA 3OG2A 1CLXA 1W3JA 3OGSA 2CHNA 1B90A 4TVCA 4JCMA 3L4YA 1JDAA 3PTQA 4HTYA 4PMVA 1OIMA 3U57A 3MKKA 3AMGA 5I3DA 2C8NA 2WPGA 3NDZA 3PZIA 3VIPA 1E0WA 4U33A 1VEPA 4CD7A 3FHQA 5ECUA 4AD3A 4H7VA 1QI4A 3VIMA 3WKZA 2OYLA 1E3ZA 2D23A 1FHLA 4C7GA 1KQZA 5DMYA 5A6SA 5BRQA 1GCYA 3SCSA 3FAXA 1CTNA 1OSEA 1X1NA 1EDGA 5A6AA 1GJWA 4TOQA 5A6JA 3VMPA 1V08A 4S3JA 5AYBA 2WYSA 4HPGA 3A3HA 3BLPX 3WH9A 5I23A 2A3CA 2ZXQA 3QHNA 1ZBKA 1I1WA 3WNLA 5E0FA 5I79A 5A8NA 3DHPA 1H09A 2EPKX 1EO5A 4ACYA 1MW2A 5E6YA 2OWCA 1W9UA 4ATDA 3WDIA 3VIOA 5JBEA 3GH4A 1UUQA 5AC5A 2WHKA 2WC4A 1O6IA 3OGRA 3W38A 1NOFA 5HBFA 3SCPA 4NRRA 4GI8A 3APGA 2PI6A 3KWXA 5A6KA 4OIFA 4GO8A 1QPKA 1QNPA 1GQLA 5M3WA 4W8BA 4W93A 4AD5A 1UQYA 2MANA 4D71A 4KWUA 2VI0A 2XVPA 4HZ6A 1E71M 2BHYA 4V27A 4QLLA 5D9PA 7TAAA 1V3KA 1WO2A 4AIEA 3CUJA 2QLYA 4HOXA 1VJZA 3VUPA 3WELA 4PTXA 1KR0A 1W91A 2EXOA 2CIPA 3QHOA 5FD0A 2XGIA 1AQHA 1E5NA 2WLZA 3ZO9A 1N82A 1XC6A 4HU8A 2PWHA 5ABFA 1GZJA 1UD6A 3UR8A 1C7SA 4AZBA 1TVPA 1E6RA 3QGVA 3WDHA 2BHZA 4UTFA 4HU0A 3GTNA 2XFYA 2GFTA 3EMZA 1VRXA 3GXIA 4YPJA 3EMCA 5E0CA 4R5EA 1JXKA 1EHNA 4B3LA 4V2XA 1B9ZA 5D9OA 4JCLA 4AZ5A 1G1YA 3WFLA 3A4XA 4TX8A 4PMRA 4W7VA 3AZRA 1C8YA 1KXTA 1B2YA 2PWGA 3PZNA 2PBOA 3MUY1 2J7GA 1UWRA 2E40A 1W1YA 1ESWA 2JFEX 1GUVA 3CUFA 3VGGA 3K8LA 1HP4A 2J25A 4D6CA 3KEHA 3AZTA 4H04A 1B3VA 4W85A 2O9PA 1Q6EA 2ZUMA 2C7FA 2IUZA 1NWTA 2GK1B 1KR1A 1TMQA 1PX3A 3PZMA 2FHBA 1UZ4A 1WCGA 3U7BA 3VX1A 3BSGA 2DSWA 1H5VA 1BF2A 2UY4A 3HJEA 4B9YA 1V6VA 1NOWA 1E56A 1SR0A 4CKQA 1V0KA 1XV8A 2O9TA 3ZT7A 2GK1A 2JALA 4AD1A 1LL4A 1Z32X 3ARYA 1E70M 3K4AA 2VZOA 4BQ2A 1W2PA 4P7NA 4MAZA 1OGGA 5CZKA 2E9MA 1A47A 5CPTA 3SCNA 4E4PA 3U5UA 5BYWA 3L4XA 1GW1A 5DEZA 2XGBA 4MAVA 4ZEPA 1W9BM 4WSKA 1J10A 1V02E 1BQCA 5D4YA 3IAPA 2BY3A 3SUSA 2CBUA 4EE9A 3ZMRA 4W84A 4HZ8A 4W7WA 4GO9A 1PX4A 1MW1A 3AIRA 1J0YA 4P8UA 5A95A 4UOQA 1TR1A 2YBTA 3NYDA 3OGVA 4H8HA 1H1NA 3PZOA 2W62A 1LQ0A 3WENA 1HX0A 1H11A 4ML4A 4DM2A 5HPOA 3WQ4A 1GPFA 4CCCA 1V3LA 4TTGA 4QAWA 2V3GA 1DWIM 1NP0A 1EOKA 1CGWA 3CMGA 2AMGA 1E1FA 2XTKA 4TX6A 1GOIA 1MQRA 1J18A 2VZTA 1E9LA 1BVNP 2W5FA 3GZAA 1UR2A 1FP8A 5F7UA 1HVXA 2ZUWA 3AHVA 6CGTA 2WVVA 5GNXA 1PJ9A 5CPSA 1R8LA 1ITCA 5A6MA 4PMOA 3N15A 1JZ3A 3WUFA 3AISA 4HP5A 1US3A 1HKKA 1BG4A 1GQKA 3N1AA 4H2CA 4B16A 3BMVA 1E5JA 3I3DA 3NSXA 2XJ7A 3WH5A 3K4DA 3W29A 5CLWA 4J3WA 4PMZA 3VOCA 1U33A 2V38A 1B3XA 1EOMA 3WF4A 2NT0A 4D72A 1JZ8A 2VZVA 3VIJA 2DH2A 1J12A 4HMDA 3W53A 2X0HA 3VU2A 1UD8A 5A8OA 1WP6A 4JFVA 1UWUA 4OUEA 1ODUA 1B30A 2ZX5A 4DM1A 4QCFA 5FL1A 1UH4A 4ZE5A 2EPLX 3VX0A 3SEPA 3AIUA 4W8AA 2ZX9A 4J3SA 4HZ7A 2WANA 2EPMX 4UQCA 5CGTA 4OJYA 1V3IA 2WB5A 3B9DA 4S3KA 2XFFA 4IPLA 2ZUNA 3EDFA 2D22A 4E2OA 1HJVA 4FK9A 3W0KA 5M17A 3ARTA 2V5DA 3VD5A 3WH6A 5FOOA 2J8FA 2TAAA 1RH9A 1KQYA 2EQDA 3IJ8A 3AMCA 3WF0A 1MFVA 1EDTA 1NWRA 3OA5A 3FNDA 2F2HA 1J0IA 2QPUA 3WF2A 1JL8A 2VX7A 1VFUA 2ZE0A 1E0VA 1NARA 3VDCA 3K1DA 1B3ZA 2DT0A 1E6ZA 1GONA 2CBIA 2VRKA 4U5KA 1HJUA 5C71A 1H2JA 1TG7A 4JFSA 1GVIA 3TTSA 1KWKA 1EA9C 2OYKA 1V0NA 2VTFA 4LYQA 2EBNA 5JIWA 2Z1KA 3WEMA 4BCEA 3SCRA 1MW3A 3AMKA 4JHZA 3AMDA 3TOPA 2C0HA 1UD4A 2WZIA 1KCKA 2D20A 2G3NA 3CPUA 1MQPA 3OZOA 1H3GA 2BY2A 5BCAA 2VURA 3VGHA 2CKSA 2G8ZA 1BG9A 1I75A 3MMUA 5FCZA 5E6ZA 2DPEA 4MPKA 2WCAA 1SMAA 2BHUA 1CEOA 1X6LA 2WKLA 2OYMA 4PTVA 4CCEA 1R7OA 2CEQA 4P7RA 2Y5EA 1B0IA 1NOUA 1W2VA 5LA1A 1KGWA 1QVBA 2DSZA 3WN6A 1FA2A 4W7UA 1VBUA 2ZX6A 1FHDA 1JNEA 1EIBA 3BLKA 5A6LA 1JFHA 2WC7A 2XPKA 2VR5A 4AMCA 4HMEA 2J79A 3MV11 1UWSA 2YL9A 1JI2A 5CXPA 4PTWA 1HJWA 3EDJA 1NWSA 4NZCA 4TXEA 3N11A 3TP4A 1H41A 3AS3A 2RGMA 2CESA 2BXYA 5CSYA 4LGXA 1BLIA 4J7RA 4AZ7A 4NI3A 4ACZB 3CZLA 4HA3A 1WZKA 1GOMA 2FH8A 5BXPA 3AICA 7A3HA 1BPLB 1IZKA 1BFNA 1C91A 3MMWA 2QMJA 1FH7A 1E43A 1GJUA 1US2A 4M29A 2YL5A 1CXLA 1QI0A 1RD6A 4UOJA 2WK2A 5A2AA 3WQ5A 3RM9A 4HPHA 4DWSD 5LA2A 3SUWA 1CXHA 1ISWA 1OM0A 3TONA 2PB1A 5CSUA 3WF3A 5IFPA 1W32A 3DECA 3AHTA 1FH9A 5I2UA 1UD2A 1LWHA 2WSPA 5EBAA 4Z2LA 4D1JA 2HVMA 5HPCA 3UESA 1HT6A 1JZ2A 1JYXA 2DGAA 1HKMA 1DWGM 1XD0A 3CHCA 2Y8VA 5AC4A 1HL9A 3JUGA 4D1IA 4AC1X 2VCAA 1ZJBA 4N0RA 1CNVA 2WCSA 3WH7A 5D9NA 3RM4A 2YL6A 1E6QM 3ARPA 1CBGA 4OZOA 5HNNA 1KCLA 3ECQA 3VIGA 1OIFA 4YHEA 4H41A 4MB5A 1UR4A 1OINA 5A2CA 3OZPA 3W6LA 2VZUA 1QW9A 1NQ6A 3W37A 4UCFA 4FLSA 4DUWA 1KGXA 4WF7A 3THCA 5GPRA 2CXGA 2VQUA 1H0IA 1HVQA 2OWXA 2NT1A 1FOBA 5TD4A 1RPKA 1J11A 3PTMA 1UKQA 3SUUA 3GM8A 4MB4A 3GBEA 2W4XA 3ARVA 3KL5A 4P7OA 4UNIA 3K8MA 1TFVA 1W3LA 1D3CA 2W66A 1W3KA 1E4LA 2DIEA 1UWIA 2A3BA 2VR4A 1M03A 4P7QA 3EYPA 1ZBVA 2VRJA 3OLGA 1V6UA 5M5DA 1VIWA 1JFXA 2WNWA 3N04A 4PRWA 4AIOA 3WEZA 3SCUA 1JYNA 4H8UA 3CUIA 4FLOA 4GQQA 4AEEA 2YLAA 3AHXA 4GQRA 4HA1A 1V0MA 3PZ9A 1GHRA 5A69A 5GNZA 2VOTA 1CGTA 4GZJA 1XSJA 4Q7NA 3SCVA 2VJXA 4AD0A 4D6EA 1BYCA 1TA3B 2BNJA 2PWEA 4V28A 2E8ZA 1M01A 2CBVA 4J3TA 4AXNA 4MJ2A 1UHVA 3BAYA 4PMUA 1TUXA 1U2YA 3UG4A 3DHUA 1ZBCA 1DWHM 1JG9A 5A6BD 5DT7A 1TA3A 1BGGA 1DHKA 1V6XA 4OBRA 1BGAA 3QHMA 1CXEA 5E70A 2CKRA 2J75A 4CD4A 2Z1SA 3WDJA 1H49A 3ZSTA 1G0CA 3WBAA 3FY1A 3VGEA 4FMVA 1PAMA 2W67A 1JZ4A 3AZSA 5FL0A 1QNOA 3GNOA 4ZENA 2XG9A 5EB8A 4AZCB 2CCRA 2V5CA 1XH2A 3ZIZA 5A8QA 3U7VA 4MTVA 1J0HA 1E4MM 1LL7A 5M03A 3VKKA 3ZQ9A 1MWOA 2XSBA 3CUGA 3I3EA 3F4VA 3PTKA 1JF6A 4C90A 1QI2A 4QDMA 2E0PA 4W8LA 1QI5A 1HP5A 2YBUA 3ARUA 2G3JA 2J74A 8A3HA 4JFWA 3U5YA 2F61A 3SCWA 1CWYA 1NM9A 2GDVA 3VIKA 5DF0A 2XFRA 1UD5A 5ABEA 4HMCA 4B15A 2ZWZA 1UH2A 4W88A 1XYZA 5I78A 1I1XA 3MS8A 1HJSA 3S2CA 3WD3A 1BAGA 3MANA 3AYRA 1WNOA 3SIMA 1MXDA 2BFGA 3WNPA 2FGLA 1KB3A 3LPGA 4TVDA 4HOZA 2DEPA 3ARSA 3AOFA 5BRPA 3W81A 4BF7A 4D6HA 1CGYA 1IZJA 4GXPA 2XWDA 1GNXA 4EANA 2GDUA 3L4UA 1C3FA 4AZHA 3WIJA 5HXMA 4E8DA 2WXDM 3F5KA 5D8WA 1SYTA 5ABGA 3RILA 1H0GA 4CD5A 5FKYA 3DC0A 4BQ4A 1CDGA 3W82A 3ZT5A 2ZUSA 4MNKA 3WNMA 2FHCA 4HOWA 4PCTA 3HU7A 3OBAA 3VD4A 4MADA 3N18A 1MQQA 2VX6A 1HL8A 1IV8A 3B9EA 2VCCA 2X1IA 2E8YA 1W9XA 2NSXA 2EO7A 4J27A 3VDHA 1M53A 4U31A 1V3JA 3CO4A 3W25A 3IANA 4DWSB 2EEXA 3O9NA 1M04A 1ZB5A 4UQDA 1AVAA 3VVGA 4CU7A 1XD1A 4Z2GA 5BXRA 1JAKA 2QMKA 3RO8A 1CXFA 4GI9A 3W26A 1GVYA 2VVSA 2JE8A 3FHAA 3AHZA 2WSKA 5IHSA 2VVNA 2QHAA 4JKKA 3NCOA 1OWQA 3QOMA 2DSUA 3VIIA 4PN2A 1DWAM 2XVLA 4YN5A 3DYPA 3N9KA 5IHRA 2X2YA 4W5UA 4MB1A 4CD8A 4WSJA 2ZX7A 3ZJ7A 2Y8KA 1ZJAA 3PZQA 4CU8A 1QNQA 4Z2IA 1LG1A 1E6SM 2WBGA 2OSWA 2OWWA 4Y7EA 2E3ZA 2Y4SA 1B1YA 3L2LA 3WNNA 3FN9A 4E8CA 1UR9A 5KZ6A 2D3NA 3ARRA 2BS9A 5BROA 3QOKA 2ZX8A 3PN8A 5JUVA 2YKKA 1V3MA 1ZBWA 1Q6CA 2XSAA 4X0VA 1UH3A 3ZR5A 3OLDA 3ARXA 4J3VA 3TTOA 3WMBA 2BY1A 1R7AA 3BCFA 4U2ZA 1HKIA 2ZXDA 1UA7A 1UA3A 1XCXA 3GXFA 4P8VA 2VNCA 1VFMA 3VDBA 1UYQA 1K6AA 3SCOA 4URIA 1GOQA 3ZT6A 1EGZA 3RIKA 4JL1A 3VNZA 4JAWA 4NRSA 4TVUA 4AEFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1JGI A;  2O9R A;  1V02 A;  1MXG A;  2XYL A;  1UKT A;  2J62 A;  3G6M A;  4M1R A;  3WUE A;  5JBF A;  2X09 A;  2VZS A;  1XSI A;  4LYR A;  3T2P A;  5AY7 A;  3KL3 A;  2NW0 A;  2PC8 A;  5E9A A;  1CGU A;  5LA0 A;  5HOS A;  3CLW A;  3BAX A;  1W9D M;  4DWS C;  3GXM A;  1QBA A;  1W3H A;  1ZS2 A;  3MUI A;  4JKL A;  1JD7 A;  4X0N A;  3BGA A;  4U5I A;  5JIP A;  1QBB A;  4Z2J A;  4J28 A;  1D2K A;  1PBG A;  2BV9 A;  4F8X A;  3NDY A;  4PTM A;  1GHS A;  4PMQ A;  4Q22 A;  3CHD A;  1E4N A;  1YQ2 A;  1B3Y A;  1O7A A;  2XUC A;  2W92 A;  5CLT A;  5IFT A;  3FW6 A;  1LLO A;  1V6Y A;  4ZFM A;  1LG2 A;  3AS2 A;  3B8S A;  3AS1 A;  3AIW A;  3AIB A;  7CGT A;  2XVN A;  3MSD A;  4WJX A;  1XRV A;  2EPO A;  3KE0 A;  1WZL A;  2D24 A;  2X05 A;  3NSN A;  3CTT A;  3CZE A;  4GI6 A;  4WLC A;  1PZ3 A;  2E9L A;  6TAA A;  4MNL A;  2YIH A;  2YA0 A;  3ARW A;  2XVK A;  1P6W A;  3VIH A;  1WE5 A;  4XB3 A;  3VDA A;  4HA4 A;  1J0K A;  1A3H A;  3UET A;  1CXK A;  3OG2 A;  1CLX A;  1W3J A;  3OGS A;  2CHN A;  1B90 A;  4TVC A;  4JCM A;  3L4Y A; 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