2CBJA

Structure of the clostridium perfringens nagj family 84 glycoside hydrolase, a homologue of human o-glcnacase in complex with pugnac
Total Genus 235

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
235
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
publication title Structural insights into the mechanism and inhibition of eukaryotic O-GlcNAc hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYALURONIDASE
total genus 235
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2cbjA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2cbjA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2cbjA01
3FN9A 3GTNA 4UFMA 3CGTA 5D8WA 3FHAA 4AZGA 4IM4A 2DSZA 1W1TA 4Y7EA 1WCGA 1UD5A 3N12A 1ISWA 3AHVA 4IPNB 2X1IA 2YIHA 4C7DA 3WNLA 2WLZA 1AMYA 2QPUA 3WELA 2DPEA 1NOFA 1WKYA 2XPKA 2OSXA 5HNNA 1J11A 3VD4A 5DFAA 1V03A 3WNPA 1UG6A 1XSKA 4QCEA 2IUZA 1US3A 3WUEA 4HZ8A 2J62A 3K8KA 1G1YA 4YPJA 1Q6GA 4CD4A 3KEHA 2A3EA 1E4MM 2G41A 5EFDA 1UWTA 4Z2KA 5I0DA 2PBOA 5ABFA 2WC4A 1BGGA 3RJYA 1GOMA 2X09A 3EDJA 1P6WA 1C3FA 3U7BA 3WDIA 2WNWA 4AWEA 3A6OA 1EHNA 4WIWA 5DEZA 3ARWA 2WMHA 1FP8A 3BMWA 2GDUA 2V3DA 5A69A 3AMGA 4GO8A 5I24A 2V3FA 1QHPA 2O9OA 3AYRA 2VCAA 2J7DA 5EB8A 3OLEA 4W8AA 1E1EA 1E0VA 3VGBA 1E4IA 3WUGA 4HOXA 3WH9A 5IXEA 2QV4A 4NRRA 3SIMA 3WNNA 1QBAA 3TTQA 4PN2A 1Q6FA 3VX1A 2UY3A 3WUBA 3GNRA 3PHAA 1C7SA 4B16A 2YBUA 4X9YA 2XHYA 4AEEA 4P7NA 1Y7VA 1JYXA 1B31A 2VZSA 6A3HA 2JEQA 3MUAA 3L4UA 4E2OA 4UCFA 1TUXA 1UR0A 5I79A 4RE3A 3WH7A 4GZEA 1E40A 2FGLA 3AMDA 1JZ5A 1QI2A 2XVLA 1JD7A 2ZX6A 2B31A 4NSBA 9CGTA 1ZBCA 3K8MA 3CZLA 2WZHA 1WDQA 3OGRA 1GOQA 1UUQA 5CPSA 4B9ZA 1EHAA 2ZIDA 1D2KA 3G6MA 3SCNA 1EXPA 4UOZA 1X6LA 1GZJA 2VVNA 3W26A 3BSHA 4PMZA 4HU0A 2YDSA 2E9BA 4OOUA 1KCLA 1OBAA 1GQIA 4CVUA 1QI0A 4TX8A 3WBEA 4TXEA 1HP5A 1OT1A 2G8ZA 3L4TA 3O2LA 2BY3A 4AYSA 1CEOA 5BWFA 3VKKA 3SURA 4CN6A 3MSGA 1E71M 2ZX5A 3CZKA 1OINA 3MKKA 4PSPA 3CPUA 4CCEA 1CGVA 2WSPA 1CXIA 2J4GA 2ZUMA 3MUZ1 2J7BA 4D6GA 1IZJA 2DSVA 5EMYA 2YL6A 4HTYA 1BPLB 2PWGA 1W1YA 1EOKA 3AZTA 1E0WA 3GNOA 1V6XA 5A94A 1VEOA 3W0KA 4JFSA 4HZ7A 4NZCA 1V0KA 1GVYA 2ZX8A 2HVMA 1HL8A 4KMQA 1CPUA 1GQJA 4X0VA 1J9YA 4TTUA 3WDQA 4JHZA 4CKQA 1KR1A 2WSKA 1VFMA 4J3SA 4P7OA 3PZTA 2DT3A 3EMQA 4MNKA 3MMWA 2PBGA 1UWRA 4WLCA 4GXPA 2EPLX 1UD3A 1PBGA 2FGZA 3GXMA 2JALA 5EFFA 1MQQA 1E3XA 1V3KA 3BH4A 3MUIA 4FLSA 1I75A 2J7CA 3F5LA 1MFUA 5BXRA 3VMPA 5HOSA 5BXPA 1FH7A 1RH9A 4BA0A 4MNLA 1NWTA 1LWJA 4HOZA 4L4OA 2RGMA 4LYRA 2XVNA 1OIFA 1Q6EA 2WHKA 5I23A 5D4YA 3CHFA 3PTMA 4HZ6A 3WF1A 2E8ZA 2WC7A 2WLYA 5LA1A 3OZOA 3LPOA 3F4VA 4A3YA 5I78A 1E73M 5JIWA 1H5VA 3TTOA 1MQRA 1W91A 1J0KA 2VZOA 4DWSD 1RD6A 2GJXB 4DUWA 2VRJA 5AC4A 4QP0A 1DP0A 1V3JA 4U31A 1PEZA 1HKJA 4UTFA 2Y8KA 2IXUA 4UQBA 1W3KA 1HN1A 1H41A 3SUVA 4HOWA 2GFTA 3K4DA 2YLAA 5BRQA 4B15A 3BAWA 2GJRA 2A3CA 4GINA 1W9DM 1CXHA 5I6SA 4D6DA 3PBGA 1SFSA 1E1FA 3VD5A 1PIGA 3PZNA 1H11A 3ZJ6A 2WWDA 2XM2A 4D6JA 5A6JA 3ZO9A 4OOZA 4D72A 4M29A 4GPNA 4HA1A 3QOKA 2D1ZA 1GOKA 1QVBA 1DTUA 3CMGA 3OIHA 3WKZA 1BYDA 3UR8A 3K8LA 1GJWA 2WVTA 3TTYA 3RIKA 1KXHA 3ALGA 3RDKA 2WMJA 3WDPP 1ZJBA 3QOMA 1KB3A 1PZ2A 4AD2A 2X2YA 4TOQA 4UFHA 3WQ6A 2V3EA 4Q22A 3WMSA 3ZT5A 1C90A 3WH6A 4W8LA 3L4VA 2J75A 3AXHA 1XC6A 3DHPA 4OKDA 4XV0A 3D5HA 4ZE4A 1VENA 2OWCA 2GJPA 1VJSA 4JKLA 4PMYA 2XSAA 1GOWA 1F4HA 1B90A 1XGZA 5FD0A 1OCQA 3NDYA 1WNOA 3WEMA 4WF7A 3WL0A 3WIJA 3CO4A 1X6NA 1WAWA 3GH5A 3ALFA 4AD3A 2G3JA 4JFWA 4MB4A 3FXYA 2PI6A 1JIBA 4U3CA 3WQ5A 1HF6A 3E1F1 3N13A 4AZBA 4W7UA 1JG9A 1N82A 4GIAA 1KR0A 1IV8A 3WF2A 4AD1A 2XIBA 3BMVA 4LX4A 5DMYA 1E55A 2WB5A 3RM4A 3K46A 4YHGA 1UR2A 1MVYA 1XHGA 2D3LA 5LA2A 1JF6A 2NT0A 2BS9A 1PZ3A 3VD3A 2WKGA 1QNSA 1R7OA 1CENA 3WF4A 4DM1A 3WD2A 4ML4A 2OWWA 2YBTA 3RPMA 3TOPA 2G3IA 1HJWA 4NF7A 4H7VA 2YA2A 2XWEA 1OGSA 2EO7A 3F5KA 1TA3B 4IUGA 3UETA 4BQ3A 1W9BM 5CJ5A 3VUPA 4M56A 4AZ5A 2CESA 1UKQA 3RO8A 3UERA 3RCNA 1JAEA 2WAGA 4CVWA 4JCLA 3EDEA 3NSMA 1GCYA 1LWHA 3T2OA 3MU7A 3MMUA 4DM2A 4M24A 2V5DA 5A6AA 3OZPA 4AZ6A 3W25A 1B30A 3GZAA 3GBEA 2V3GA 1ISZA 5HDRA 4CU7A 3ARTA 1GNXA 1CYGA 1DWJM 2W61A 3ZQ9A 2D0GA 2WMIB 1OM0A 4BZYA 2YL5A 4AZ7A 4OBSA 5JIPA 1D7FA 4M1RA 5KEZA 2O9PA 1PPIA 2VUYA 1H0IA 1UZ4A 3M46A 3PZQA 1CXEA 4D6HA 1E6XM 3AZRA 4F8XA 5A8PA 4UFJA 4M80A 1XH2A 1XV8A 5A2BA 3SUSA 5CSUA 3AS2A 2ZE0A 2VI0A 1E0XA 5AY7A 1CECA 1TVNA 2WZEA 3VGEA 1CIUA 1F4AA 4GZJA 4MAZA 5ABGA 2YL8A 2BVDA 3VM5A 2BFGA 3VMOA 1V0NA 4TVUA 2ZUWA 2G3MA 2WANA 1ZBKA 4MB3A 2D0FA 3ZJ8A 4UOQA 2ZOXA 1J0YA 4JL2A 1UWIA 4W5ZA 1XSIA 5E0CA 2AAAA 2VX5A 2W62A 1YHTA 3W6LA 2WHLA 2O92A 1V3IA 3AQUA 3IANA 4U2YA 2BY1A 3DECA 2CYGA 5FL0A 2VJXA 4AY1A 5A8QA 4DWSA 4W86A 2VURA 5CG0A 4D6FA 6TAAA 5D9NA 3GNPA 3AS3A 3CZ8A 1E6NA 3VDBA 3EBVA 2XGBA 4H8UA 1OSEA 4EKJA 4C90A 4QLKA 1R87A 2VX7A 2YKKA 4LYQA 5CSYA 2ZXAA 3OA5A 1EH9A 2BV9A 1UA3A 3A4WA 3ARRA 1H4PA 4MB5A 4EE9A 3L2LA 4Z2LA 1WDSA 1XYFA 2Y24A 4R27A 3APGA 1KCKA 1V02E 1JXKA 4CN1A 1ITCA 4D6IA 1V02A 4W84A 4UQ9A 3GXFA 3K1DA 3GH4A 3SCSA 1EO5A 1OWQA 2D23A 4NRSA 1NQ6A 2E9MA 1A47A 3KWXA 4PSRA 5JBFA 2CITA 1NWSA 1ZBVA 2YOCA 2VR5A 4CN4A 1B3YA 3DHUA 3TONA 1CGTA 3AJ7A 4V2XA 1XH1A 2PF0A 3DYOA 1MWOA 3L4WA 1J0ZA 3VTRA 3IJ8A 4U3AA 3ZMRA 1EO7A 3ARPA 2DIEA 2VT0A 3N15A 4AXNA 3PZIA 5GNXA 3VDAA 1QI4A 4D1IA 1UH3A 1LL6A 2J79A 5JBDA 1UD4A 4ACZB 1C91A 3LPPA 4S3JA 1B2YA 1BSIA 1WZLA 2PWEA 1H09A 1KXTA 4GKLA 4CCCA 4U33A 3PZMA 4FLRA 1V6UA 3N1AA 4D71A 2E4TA 3W28A 2J7EA 1UH4A 5HPOA 1W1PA 1W3HA 3BAXA 1CXLA 3WF0A 3VIPA 4K68A 3AI0A 2VZTA 3SEPA 1W2PA 4W85A 3UR7A 2BXZA 1HJQA 1KQZA 2CCRA 1E3ZA 4MDOA 4RL3A 1TVPA 1DHKA 1NWRA 1UYQA 2WVVB 1L0PA 4PMQA 3VGHA 1GPFA 1K9FA 3QHNA 3UESA 2FH6A 3CUGA 7CGTA 1M7XA 3GDBA 4C91A 3T2PA 1J01A 1FH8A 3GXDA 4ACYA 2X0HA 1W9XA 5C71A 3VIFA 1EDTA 3L4ZA 4JFTA 1CZ1A 2EXOA 1GORA 1XCWA 3ZSSA 1ZJAA 4Z2HA 3VIMA 1CGUA 1LF1A 3CIVA 2VX4A 2WM0A 2DT0A 1HJVA 3CUHA 2D2OA 3VIJA 1EGZA 1UD8A 3ZM8A 1V3MA 3JUGA 3UG5A 4U2ZA 1GQLA 5CGMA 4XB3A 3OLGA 1OGGA 2ESCA 2ZUVA 3VIHA 1MXDA 2HISA 4JFUA 3FY1A 4D6EA 1VFUA 1XH0A 3VD9A 2D22A 2XJ7A 3NIYA 3NCOA 1JZ2A 4BQ5A 1GOIA 5C70A 4HA3A 2WW5A 2ZICA 2W91A 3SUWA 2BHYA 4QLJA 1FA2A 2GK1B 3AHYA 2W5FA 4AIUA 2EPMX 1WO2A 4UQAA 1JZ3A 4J3VA 3POCA 1W1VA 2J25A 4P8UA 2V38A 4AZCA 4GO9A 3ZT7A 3D3AA 3A4XA 3OG2A 4AW7A 2E8YA 3WMBA 1HKMA 4D1JA 1B3XA 4N0RA 2UY5A 3UG4A 1KBBA 1MW0A 4EANA 1GONA 2YL9A 4ZFMA 1C7TA 3VIGA 5GNYA 1OGBA 1UR1A 1BVZA 1E5NA 2VO5A 4XZBA 4NI3A 5AYIA 1AVAA 1QI5A 3WDRA 2PB1A 2QMJA 3WD3A 2VOTA 1X1NA 4H8HA 3PZVA 2C0HA 1HJUA 2WYSA 4ZE5A 2QHAA 3SUTA 4J3WA 5BYWA 3FW6A 2DQXA 5A3HA 3VIKA 4J7RA 1QBBA 4WKHA 3VD7A 3ZSTA 1AQMA 1UD2A 1E6ZA 2FH8A 5E70A 3WFLA 2ZUUA 3KL3A 1W3JA 1PX3A 1UQZA 2GSJA 2DSUA 3CHDA 1CLXA 1EQCA 2CPUA 2J8GA 5CGTA 4JAWA 1UR4A 2FHBA 3WH8A 2XFFA 3VO0A 1DWHM 1UHVA 1V08A 1JD9A 2WMIA 3PZ9A 3S2CA 4M82A 3ZT6A 1W9PA 4AZHA 3SCUA 1OT2A 2Y5EA 4J28A 1O7AA 1JDCA 1A3HA 4S3KA 3CH9A 5IFPA 2QMKA 2WMFA 1HVXA 5BCAA 2ZX9A 4E8DA 3MV01 3N04A 4ATLA 2JE8A 4HPHA 1I1XA 2VZVA 1MW3A 2W92A 2WK2A 4JIEA 4YN5A 1E6PA 3T09A 2DH3A 1AQ0A 3WY1A 2DDXA 3FNDA 1DEDA 3SCQA 1J12A 1HKIA 1TE1A 3U5YA 1R86A 4FF5A 1RP8A 6CGTA 2ZXQA 1LL7A 2VNCA 1G01A 2PWFA 4LGXA 3AXIA 1HIZA 4UNIA 3CMJA 3M07A 4MAVA 2O9RA 3CZGA 1DWFM 2DT1A 3WNMA 4R5EA 4WKFA 3LPFA 1LJYA 5A6KA 3CZEA 3L4XA 3VOCA 2GDVA 5A6BD 2FHFA 2AMGA 3BCFA 1E15A 3AOFA 1MW1A 1V6WA 5IFTA 3B8SA 3BAKA 4MTVA 2BXYA 1JYWA 2XFRA 2W66A 2VZUA 4QLLA 1PX4A 2J47A 4A3HA 2OYMA 3FAWA 1BVNP 4EK7A 1E43A 1OD0A 1UKPA 1SR0A 3VGGA 5FCZA 1NP0A 5GPRA 3IAPA 3BLPX 5A2CA 4CGTA 3KL5A 1XD0A 4AISA 1H3GA 1JNEA 5D9PA 3U7VA 3UG3A 5CPQA 4CCDA 4UZUA 3GYCA 1JAKA 3QHMA 1C8XA 1FH9A 4UFKA 4GI9A 3W81A 1KFWA 1SMAA 3AICA 4PMRA 1KGWA 2D20A 3VNZA 5I2UA 4H41A 1E6QM 4PTMA 1BFNA 4XZWA 3WD1A 2J8FA 1EIBA 1VF8A 4W93A 1NOWA 1CGWA 2GVYA 4AC1X 1VBUA 5TD4A 5D9OA 5A6MA 4MJ2A 1RP9A 4PTWA 1VEPA 4GI8A 2JF7A 5LYRA 4H2CA 1YQ2A 5A6SA 4UQEA 5EBAA 2CNCA 1ECEA 2DGAA 1QHZA 3HU7A 3UEQA 2OSWA 3GXIA 5A95A 1US2A 1QNOA 1H0GA 1CBGA 1E4LA 5FKYA 3W82A 1JGIA 4MDPA 5FIPA 4E4PA 1DWGM 1JNDA 1FFRA 4Z2GA 4MNMA 2FHCA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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