2CBJA

Structure of the clostridium perfringens nagj family 84 glycoside hydrolase, a homologue of human o-glcnacase in complex with pugnac
Total Genus 235
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
235
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insights into the mechanism and inhibition of eukaryotic O-GlcNAc hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYALURONIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
total genus 235
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2cbjA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2cbjA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2cbjA01
3DYOA 5GQBA 5JBFA 5HPCA 2E9BA 4AZ6A 3SCUA 4ZE4A 4OUEA 3SUWA 4TX8A 1JF6A 1J12A 3PZOA 1KXHA 1GOIA 1X6NA 4IUGA 1JI1A 4JKKA 2W61A 2WHLA 3WF4A 1CIUA 2DIJA 2IUZA 4C7DA 1XH2A 2VOTA 3VIHA 4GZIA 2PBOA 4EANA 3OLGA 1ESWA 4UFHA 4OIFA 1D3CA 1QPKA 2PWDA 1H41A 4KH2A 4CD6A 2XPKA 3K46A 1FH7A 1ISYA 4Q7NA 1JGIA 3VX1A 8A3HA 5M03A 1QBBA 1PX4A 4PTMA 5C70A 2XVKA 3OGSA 3PTQA 1WNOA 3U5YA 4AW7A 4F9JA 4F66A 1MXDA 5A6BD 1OSEA 1XH0A 4OOUA 1KWKA 3I3EA 2DGAA 2Y4SA 3A4WA 4CN4A 1UKQA 2CBVA 1JZ3A 2UWFA 2WXDM 5E09A 1PX8A 3B9DA 1JDAA 3BAJA 5BCAA 5C71A 4CU6A 1CGVA 4FMVA 3M07A 1MYRA 1C92A 1MQQA 2YKKA 1U2YA 3DYMA 3W6MA 3U7BA 4CCCA 2X09A 4MB5A 1V0KA 3GBEA 4CKQA 2V3FA 3NSNA 1EO5A 1H0IA 4PUDA 1WE5A 1SR0A 1HJVA 4W7UA 2ZUUA 1UD4A 4JZ5A 4J28A 1G94A 3BLPX 1OWQA 1XSIA 3MS8A 3O9NA 2DSZA 2GJRA 2W92A 3FW6A 3VIFA 2AOSA 3EDKA 3OA5A 3DECA 1KXTA 1BYBA 1B3ZA 2CERA 2GJXB 1ZBCA 1DWHM 3OG2A 3VINA 3T2OA 4U31A 2WMKA 3NIYA 1PX3A 5A8NA 2X1IA 1BQCA 4BF7A 4GI9A 3N13A 2GFTA 2WHMA 2YDRA 4HTYA 1M01A 2XGIA 2UY4A 1G0CA 3L4XA 5BXSA 4AYSA 1X1NA 4A3YA 3W82A 3RM9A 3W38A 3ZO9A 1NP0A 2DIEA 2VTFA 1E5NA 1E56A 3AISA 4UOJA 5GNZA 3ZJKA 3ARTA 3FHAA 4HA4A 5CLWA 4L4OA 2OSWA 2WMIB 3L2LA 2GVYA 2F8QA 3FN9A 2BHZA 1SFSA 3VO0A 4S3JA 4P8WA 3WN6A 2ZXDA 2EJ1A 2X0HA 3AS1A 1VENA 3CZGA 4E8CA 2WYSA 2B31A 3UR8A 1XC6A 3WNLA 4ATLA 3SCTA 4Z2GA 1TUXA 3EDDA 1C8XA 3CZJA 3AZSA 4PMQA 4PTXA 1V3LA 2YL9A 3POCA 1IZKA 4TXEA 1GOQA 2GDUA 2A3BA 4LYQA 3E1F1 1UWSA 1ITXA 2WMGA 3ARYA 1GQJA 3OBAA 3WQWA 4UCFA 3HU7A 3N11A 2X2YA 4AZCA 3ZM8A 3N18A 1XCXA 2PC8A 1NM9A 3ZJ7A 4EAMA 1UR8A 3RO8A 4HPGA 2PWGA 1ISZA 3TONA 2V38A 2XJ7A 4WJXA 1BYDA 2A3CA 5JIPA 2WZIA 2TAAA 4UQDA 3T0AA 3QHOA 3SUSA 1HKIA 3ZT7A 1ODZA 4W89A 1K9DA 4MNLA 3AMCA 4YHEA 3W37A 4AISA 3VD7A 3OGVA 3W0KA 4MNJA 3WNKA 4M81A 1XD0A 4JAWA 5A8OA 5A6AA 1GOWA 5I5RA 2ZWZA 4H04A 3SCPA 1GNXA 5EFFA 2W91A 3OZPA 2HISA 4AY1A 2J74A 4UZUA 2VJXA 3N12A 3O2LA 5AC4A 2VZVA 1LF1A 2WW5A 1E70M 1H3GA 3MV11 3MMUA 3VUPA 4UQAA 3AYRA 3AXXA 3SURA 4AD2A 1CXFA 4IPLA 4Z2LA 1C90A 2JEQA 2XGBA 1TZ7A 3W26A 4U5IA 1KB3A 4B9YA 4NSBA 4W8AA 6A3HA 4JHZA 1BG4A 4W85A 4S3KA 3UR7A 3FAWA 1B31A 3EDJA 1NARA 1L8NA 4AD4A 1W9XA 4WSKA 1PZ3A 3WD0A 1WDRA 4M8UA 6CGTA 4PMDA 4IPNB 2VT0A 4DUWA 3D3AA 3NSMA 1HT6A 1WDQA 3AMLA 1AQHA 4M80A 1UKOA 3WNMA 1ISXA 3QHMA 4DUXA 2XM2A 4AZ7A 1EA9C 1JXJA 2WHKA 3VKKA 3VD5A 2DSWA 3LPPA 2E8YA 3GH7A 1GUVA 5HBFA 3EMCA 1B3VA 2WWCA 4CU8A 2FH8A 3GNPA 4QDMA 3NSXA 3WENA 3TTQA 2ESCA 1EHNA 4MAZA 2YDQA 5I23A 1DP0A 1UWTA 4FK9A 2CBUA 1J0HA 4AZBA 2D20A 1EOKA 1E43A 2WC4A 5I2UA 3WD2A 1CTNA 1QVBA 1GCYA 1I1WA 2BY2A 2XVGA 3BLKA 1JDCA 4J7RA 3WH9A 1UUQA 2D3NA 4V28A 2VRKA 2VCCA 3ZJ6A 3VIKA 4QLLA 4XX6A 2WCSA 1E6XM 1WDPA 4AEEA 2J79A 5ABFB 4UFKA 2QMJA 2J8FA 2WCGA 3M7SA 2DH3A 3ECQA 2BV9A 3ARZA 1QNRA 2CBJA 3ARQA 5LA1A 1US2A 1WZAA 2VX7A 4PMOA 5FL1A 4B3LA 1R7OA 3VGEA 4DWSD 3AZRA 3PZMA 2FGZA 1H1NA 4PMNA 1L0PA 3KZSA 2PWHA 1J0IA 2D3LA 3ALGA 3WEOA 3SCQA 4HZ7A 4UFLA 3ZSSA 4UQBA 1UR2A 2BNJA 5I79A 4FF5A 1UKTA 1UR1A 1UD3A 4N0RA 3AXHA 1BYCA 3SUVA 1C3FA 4Z2HA 4AZ5A 2GUYA 3SEPA 2D1ZA 2J7EA 4J3VA 2O92A 4W84A 4PSPA 2YOCA 1WZMA 5AYIA 1M03A 2CKRA 5HNNA 1BPLB 3ARPA 4N42A 1WO2A 2ZUNA 3W25A 1UH3A 1K9FA 4D6DA 4LGXA 1VBUA 3L4ZA 5BYWA 3VIJA 2WCAA 1JZ4A 1A47A 2AAAA 3AHXA 3KL5A 3NCOA 4QFUA 1JYXA 2VX6A 4OKDA 5F7UA 1Y7VA 3AQUA 3FNDA 3ZSTA 1FA2A 2J75A 1KCLA 4W7WA 3VGHA 4W7VA 3VNYA 1V6YA 4TX6A 2VCBA 2MANA 1NOFA 3K8MA 4D1JA 4U33A 2F61A 3IJ7A 1WAWA 1AVAA 1V02A 2XYLA 4Y7EA 1XCWA 1BG9A 3L4VA 1GQIA 4WIWA 2BHUA 5M17A 4HPHA 1SMAA 1KFWA 5BRQA 4QCFA 4OZOA 3B9EA 4XV0A 2J25A 5A6BA 4GIAA 1UWRA 1JFXA 3ALFA 3U57A 5E70A 1CLXA 3AMGA 1CXKA 4AD3A 4E2OA 3L4YA 4ZXOA 3LPFA 1TA3B 1J11A 1R85A 1YHTA 1NP2A 1MWOA 4GO9A 1AQ0A 2E3ZA 5IXEA 1W3LA 3WUGA 4F79A 2Y24A 4PMUA 5D8ZA 1H2JA 5GNXA 5FIPA 1B30A 4MB4A 4BQ2A 3BAXA 4PTWA 4GI8A 1MW2A 2D22A 3VIPA 1OD8A 1BGAA 1UG6A 1J01A 1E4NA 1QNOA 3BMWA 3G6LA 3THCA 4E8DA 4XZWA 3RJYA 1GZJA 2J7GA 3AOFA 1NH6A 2XSAA 3CTTA 4ML4A 1E0XA 3K8KA 4PMVA 3L4TA 1I75A 5A8MA 4OBRA 3WDHA 1QHZA 2AMGA 3RM4A 5EB8A 2E40A 2YBTA 4KMQA 1P6WA 1E3XA 4DWSB 2WHJA 1FFQA 3AICA 3MSGA 3FAXA 1GVIA 3VPLA 4OBSA 2WK2A 1E6ZA 3WH5A 4Z2JA 2VVNA 1JZ7A 2WB5A 1QNSA 4CUCA 3M6DA 3CUIA 3L2MA 4J3UA 3I3BA 3PZGA 3BSHA 2YLAA 1Z32X 2F2HA 5BXPA 2WC3A 4YHGA 4A3HA 1HL9A 2VO5A 1KCKA 1E4LA 1W32A 1QNPA 1GOMA 3BH4A 4M1RA 2VI0A 4V2XA 1WP6A 3VTRA 1Q6GA 1OINA 4A4AA 4PMYA 2FH6A 1XD1A 2D0GA 2VRQA 2VQUA 1GONA 2NW0A 4JCMA 2CITA 1FHDA 4PYSA 3WD4A 3SCRA 3MO4A 2NT0A 1OIMA 3RCNA 4QCEA 3WF0A 4V27A 1KGWA 1W3HA 2CKSA 3ZT6A 1H0GA 1UD8A 3GZAA 1UD5A 1W1VA 4F9DA 3GH4A 1NOUA 2NT1A 1ZJBA 2D23A 2UY3A 1U30A 2XM1A 1NOWA 3D5HA 2WANA 4NRRA 3TTOA 3A47A 3F5JA 2J4GA 2WLZA 1PEZA 1IT0A 1W1TA 3AIRA 1VEOA 2WBGA 3UG3A 3W27A 1F4HA 3RPMA 2FDMA 3BAKA 1Q6CA 1JD7A 1LL6A 1VAHA 4C90A 3F4VA 1BFNA 2WVVB 2VUYA 5AY7A 4J3XA 2OYLA 1CWYA 2PI6A 4ZENA 1E55A 2VZUA 3BSGA 2D0FA 1J0ZA 3KE0A 4YPJA 1Q6FA 1JZ2A 5HPOA 1JNEA 3WKZA 1QW9A 3CHEA 2W63A 4BQ3A 4P8XA 5CGTA 5IHRA 3CZLA 3WFLA 4AIOA 1FP8A 1XH1A 3EDEA 3CZ8A 3WF1A 1XHGA 4NF7A 3WH7A 2D0HA 1W9DM 1FOBA 4GZJA 1A3HA 1UKSA 2A3HA 4PMZA 2WMFA 2EPOA 2FGLA 3AIQA 1KXVA 1TCMA 1OD0A 3KL0A 1TVNA 4IM4A 1GHSA 1UR4A 3AS3A 4GXPA 1HKMA 5DT7A 4BQ4A 1HIZA 4H7VA 5AC5A 2EPKX 2BS9A 4MTVA 1F4AA 2WNWA 5A6MA 2XFFA 3WDQA 3ARXA 1E6NA 2VX5A 1E1FA 3B8SA 3WDJA 4BA0A 2ZUSA 1JZ6A 1O6IA 5CPSA 1K6AA 2J7BA 3VDAA 1J0KA 3KWXA 4UOZA 4GPNA 4RL3A 2VNCA 4AEFA 1VFMA 2QMKA 3II1A 1E6SM 1BGGA 4TVCA 4D6CA 2Y5EA 4K68A 4M56A 1CGXA 2DQXA 2E9MA 2Q8XA 1UH2A 4PBGA 1C8YA 3PN8A 3GBDA 2JIEA 1HJSA 2YL8A 2CYGA 3VMNA 4DM2A 3AROA 1EH9A 5ABEA 4C7FA 1QI5A 1V3KA 1VJSA 1J0JA 2E8ZA 3WDPP 2JFEX 2ZWYA 4H8UA 1K9TA 2YA1A 1HVQA 1K9EA 1KBBA 4P7OA 4XZBA 2QF8A 4M24A 4RE4A 4CN1A 1MXGA 3VIIA 9CGTA 4JHOA 1DWJM 4H41A 4ZEPA 1G1YA 1UZ4A 3MU7A 2CIPA 4TUFA 1VIWA 4AMCA 4J3SA 2YBUA 3W81A 2J8GA 1D2KA 2DH2A 4JCLA 4LYRA 1RP8A 1LWHA 1C91A 4P8UA 2ZX6A 2CETA 4W8BA 5DEZA 3NUKA 1B90A 2BY3A 4J3TA 2WVTA 2XWEA 4AZGA 2RGLA 1LQ0A 5D9MA 2WVUA 3K4AA 2CHNA 4ACZA 4HU8A 3WD3A 4PMRA 1JF5A 3SCNA 3OLEA 3BCDA 5FCZA 5BWFA 3AIWA 1NQ6A 1E71M 7TAAA 5BROA 2Z1KA 1B2YA 1LL4A 2BVYA 1M53A 1FFRA 4CVUA 1JL8A 1B1YA 4BCEA 1JYWA 3ZJ8A 3BXWA 4W87A 5D9OA 1KBKA 1JIBA 2OYMA 2VZOA 2BFGA 2WMHA 1C7SA 4CD5A 3MMWA 4C91A 3WQ4A 4JFTA 1OB0A 3CMJA 3WIJA 5A94A 1B3YA 4W93A 4KWUA 2X0YA 1OIFA 2ZUWA 2V5CA 1V0LA 5EBAA 2XIBA 3VD3A 1UD6A 1I1XA 2JIWA 1QNQA 5JBDA 1QI2A 1E72M 1C8QA 2ZE0A 1JFHA 1ITCA 4LYPA 2V5DA 1EHAA 3GM8A 3VGGA 4CD7A 1KGUA 3W6LA 3PTKA 4JL1A 3W28A 3VX0A 4HZ8A 2W62A 2FHCA 2WZEA 2UY5A 3HN3A 4MNMA 1E5JA 1HXJA 4HA3A 4D6GA 1J0YA 2QPUA 2Y2WA 4LQ1A 5KEZA 1UHVA 1OBAA 2BXZA 2BY1A 4PCSA 5E0CA 3GXFA 5A95A 4CU7A 3N04A 2CHOA 2DEPA 4HOWA 1GOKA 3AFBA 3CUJA 4FLOA 4KRUA 1KQYA 5HXMA 4JFSA 2VR5A 2GJXA 4PEEA 3PZTA 3UETA 1GHRA 4CCDA 4D1IA 1PPIA 4WK9A 1E3ZA 1WKYA 2ZX5A 5C8BB 4UQCA 2DSUA 2D24A 1E6PA 3OZOA 3IAQA 4D72A 5CG0A 3HJEA 1VEPA 1HJWA 1G9HA 4JIEA 2YA2A 5A1AA 4H8HA 1H49A 1V03A 5A2AA 5CPQA 1HP4A 1RH9A 1E6QM 1WZKA 3WSUA 3CHDA 4PUEA 3IK2A 1GJUA 3I3DA 1EDGA 2JALA 4WKAA 2PWFA 2XVLA 1MFUA 4JKMA 4HZ6A 4YN5A 1Q6DA 1HP5A 1EXPA 3UCQA 1W9UA 2J7HA 1KWGA 1AMYA 2VZTA 1TE1A 4MPKA 4URIA 4HMCA 2WPGA 4P7LA 4AD5A 4CN6A 4D6JA 3GTNA 1HNYA 5HOSA 3VDCA 5I78A 1W9VA 3EBVA 3AXIA 3MSDA 4EK7A 5ECUA 1VFUA 1UOKA 1G01A 1NWRA 4D71A 1HJXA 4QP0A 3PZIA 4RE3A 1EDTA 3RILA 5FKYA 4W5UA 5A69A 4BZYA 1CZ1A 4D6FA 4XUYA 1JAKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3DYO A;  5GQB A;  5JBF A;  5HPC A;  2E9B A;  4AZ6 A;  3SCU A;  4ZE4 A;  4OUE A;  3SUW A;  4TX8 A;  1JF6 A;  1J12 A;  3PZO A;  1KXH A;  1GOI A;  1X6N A;  4IUG A;  1JI1 A;  4JKK A;  2W61 A;  2WHL A;  3WF4 A;  1CIU A;  2DIJ A;  2IUZ A;  4C7D A;  1XH2 A;  2VOT A;  3VIH A;  4GZI A;  2PBO A;  4EAN A;  3OLG A;  1ESW A;  4UFH A;  4OIF A;  1D3C A;  1QPK A;  2PWD A;  1H41 A;  4KH2 A;  4CD6 A;  2XPK A;  3K46 A;  1FH7 A;  1ISY A;  4Q7N A;  1JGI A;  3VX1 A;  8A3H A;  5M03 A;  1QBB A;  1PX4 A;  4PTM A;  5C70 A;  2XVK A;  3OGS A;  3PTQ A;  1WNO A;  3U5Y A;  4AW7 A;  4F9J A;  4F66 A;  1MXD A;  5A6B D;  1OSE A;  1XH0 A;  4OOU A;  1KWK A;  3I3E A;  2DGA A;  2Y4S A;  3A4W A;  4CN4 A;  1UKQ A;  2CBV A;  1JZ3 A;  2UWF A;  2WXD M;  5E09 A;  1PX8 A;  3B9D A;  1JDA A;  3BAJ A;  5BCA A;  5C71 A;  4CU6 A;  1CGV A;  4FMV A;  3M07 A;  1MYR A;  1C92 A;  1MQQ A;  2YKK A;  1U2Y A;  3DYM A;  3W6M A;  3U7B A;  4CCC A;  2X09 A;  4MB5 A;  1V0K A;  3GBE A;  4CKQ A;  2V3F A;  3NSN A;  1EO5 A;  1H0I A;  4PUD A;  1WE5 A;  1SR0 A; 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