2CHOA

Bacteroides thetaiotaomicron hexosaminidase with o-glcnacase activity
Total Genus 251
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
251
sequence length
712
structure length
641
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMNLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINFRLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Mechanism of a Bacterial B-Glucosaminidase Having O-Glcnacase Activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 251
structure length 641
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2choA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2choA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2choA01
1GUVA 2VTFA 1VAHA 2WWCA 4TTUA 2D0HA 2EQDA 1BGAA 4MAZA 3SCNA 2WW5A 2PWHA 1ZBKA 2RGMA 2ZX5A 1UUQA 1W9UA 3VNYA 1WE5A 4P8WA 2DSVA 4MB4A 4FLOA 5IXEA 4LPCA 4DM2A 1JDCA 1QI5A 1JF5A 2ZE0A 1SFSA 3SIMA 5FL1A 2PWDA 3I3BA 4P8XA 1MW0A 7TAAA 2DSZA 2X2YA 3WD1A 3SCTA 1BGGA 4CVWA 4AIEA 4QAWA 1W9VA 4J3VA 2WZHA 1FOBA 4PMYA 1B30A 3AXIA 4ZE5A 1E4LA 4UOJA 3TP4A 2A3HA 1X6NA 2YA1A 1XV8A 4GKLA 1WZAA 2YBTA 2PF0A 2BXYA 2CITA 4AEEA 1XCWA 1PX3A 3LPGA 2W4XA 2XIIA 3N18A 4CKQA 1KCKA 2RGLA 1PEZA 1UD8A 2BNJA 5HDRA 1QOXA 1W1YA 4KMQA 1GOMA 1SR0A 3GBEA 4PTMA 5HNNA 1LF1A 1QI2A 4D6JA 3L4VA 3VM7A 1UWQA 2ZX6A 4JAWA 1E43A 3THDA 1W9XA 1O6IA 4HMCA 1E15A 3N12A 2PBOA 4D6CA 1EQCA 1UZ1A 4BS0A 2E40A 3BAKA 3VIOA 4D1IA 3MO4A 1GOKA 3ZJ6A 2J8FA 3AS3A 3WDHA 1W1VA 3FXYA 1ZBVA 2VVNA 1WZMA 3EMZA 3AMDA 4MB1A 5IHRA 2A3CA 3A4AA 2WHLA 2WMKA 4UQEA 2VUYA 1B2YA 3KL0A 1QHOA 4KWUA 3QR3A 1MYRA 4XZWA 4Q22A 2Y4SA 1CTNA 4J27A 1FFRA 3GH4A 1UD6A 4ATWA 1HKMA 2D24A 3BSHA 3BXWA 5BRPA 1TVNA 3WSUA 1OGBA 1XH2A 3WD3A 1MW3A 3NUKA 1W2VA 2OLHA 3ZSTA 2JIWA 3VDHA 4C7DA 1V6VA 4MNLA 5ABEA 3ZJKA 4AZHA 3ZMRA 3ARVA 3WIJA 2F8QA 1CXKA 1WO2A 1B0IA 1OT2A 3GYCA 4UR9A 4WSKA 2J62A 3BSGA 1GOOA 2WANA 3K4DA 1E73M 2GK1A 1QNPA 4U5KA 4WLCA 1JZ5A 4QLLA 2EPNA 3U5UA 4AC1X 2XGBA 1GJUA 1ESWA 1FP9A 1VEOA 1VJSA 1DWFM 1PJ9A 1PX4A 3RILA 2OYKA 4CD8A 4DWSB 3NJ3A 3HN3A 2C0HA 1LG2A 1NOFA 4PMVA 1QNOA 3AMKA 1GZJA 4HTYA 2GJRA 1V0NA 4YN5A 4D72A 4B9ZA 2VC9A 3VX0A 2EPLX 4WKHA 1BAGA 3CHFA 2D1ZA 2VZOA 5A69A 3WD0A 2QV4A 1HL8A 1BPLB 1KCLA 2J7EA 4CCDA 1HX0A 4W85A 2PBGA 2Y8VA 3A47A 4N42A 5AY7A 1Z32X 4X0VA 1MFVA 3SUSA 5A3HA 3ARQA 3IJ7A 3WQVA 2PWFA 4W7WA 1U33A 3T08A 4JKLA 4TTGA 5D8WA 3WF1A 1V6WA 1JYNA 3CZEA 5GNXA 1R8LA 4AIUA 1HJVA 1KGWA 5LA2A 3VIFA 2CEQA 3GBDA 1M7XA 2GJXB 1E0VA 4A3YA 1Q4NX 5AC5A 2J7DA 1E3ZA 1UQYA 3RCNA 5HBFA 4HPHA 4CN6A 2XSAA 4GZIA 2W5FA 4W89A 4HZ7A 5IFTA 2QF8A 4AXNA 1J0KA 1DEDA 1QNRA 2WVTA 4NF7A 1CWYA 3FAWA 4HOWA 2EPKX 2FDMA 5A2CA 3AMGA 4P7NA 3ZO9A 1UYQA 2VRQA 2WVUA 3VKKA 3SCSA 3KWXA 3RDKA 2ZICA 2YOCA 2XFFA 2BVDA 3VIIA 1OWQA 4BA0A 2XSBA 1HJUA 5BWFA 1LWHA 4PMXA 3BCDA 3VIHA 2ZX8A 1H4PA 4F79A 1K9TA 3MS8A 3AZRA 3T0BA 3OB8A 1HNYA 1M01A 2NSXA 2O9PA 5JUVA 3MSDA 1J0YA 4W88A 1CGTA 3OGRA 1B3ZA 3CH9A 4B3KA 1C7TA 4H7VA 2G4FA 3W4RA 4J28A 1H1NA 3ZIZA 2WCSA 2OWXA 4AY1A 2WKLA 1V6XA 1H09A 3FHQA 2YL6A 3AIRA 1V0KA 2VQTA 3GXFA 3WUFA 1NH6A 2EPMX 3DYMA 3OZPA 4UFHA 4RE2A 2Y2WA 4W93A 3N15A 5D4YA 1F4AA 1WZKA 3VVGA 4L4OA 1WB0A 1K9FA 2HVMA 2DGAA 1DWJM 2Y24A 1J0HA 5IHSA 5E09A 3F5KA 2FHBA 2XWEA 1IV8A 1EHAA 1ZB5A 1GCYA 3W0KA 2JEPA 2YL9A 3DYOA 2XVLA 4PSPA 4E2OA 1FH7A 5JBFA 1JYXA 1JYWA 4QCEA 1C8YA 2C7FA 4M81A 3AMCA 1UA3A 5D8ZA 4EANA 2WHMA 1G94A 4ZEPA 5M3WA 1J12A 3A4XA 1JZ6A 3RM4A 1VEMA 2ZUTA 3EDKA 4J3TA 1QVBA 4GQRA 5FOOA 1TFVA 2VX5A 4AMCA 1QI3A 1VB9A 3SEPA 2CHOA 3MUAA 2W67A 5A6MA 1J9YA 5HPCA 3MKKA 1GQIA 1MXDA 3T0AA 1HN1A 3WEOA 1GVYA 3I3EA 1KWGA 4J3WA 1XGZA 2X1IA 1E3XA 3UCQA 1UD2A 1UWIA 3A6OA 5CLWA 5ABFA 5E9AA 1BTCA 3KL5A 3OLIA 1JAEA 2XIBA 1OM0A 1BLIA 2WVVB 4D71A 1BVNP 4XZBA 1H11A 4HPGA 1GW1A 4NSBA 1HIZA 2G3IA 4P7LA 1UKTA 1TMQA 2CKRA 4CVUA 3NSXA 4TVDA 4JCMA 4NI3A 4HU0A 3W6MA 2VNCA 4KGJA 4PMUA 1XH0A 1CGYA 4M56A 2G3NA 2VJXA 1ITCA 4AIOA 1ZBCA 3AIQA 3W27A 4W87A 1H5VA 1E70M 4E8CA 4NRRA 2BHUA 1PPIA 5I78A 3AS1A 3OGSA 3WEMA 1OCQA 4CCEA 4U5IA 3IK2A 3QHNA 3POHA 3NSNA 3VDCA 5I5RA 5FD0A 3WDJA 2W62A 3QHOA 3DYPA 1CEOA 4V28A 4R27A 3CTTA 4AZ7A 3AJ7A 3NDZA 1VBRA 1VFUA 3IANA 3CPUA 4Z2JA 2YLAA 1TCMA 3L4ZA 1QHPA 3CBWA 3M46A 2J7HA 3CMGA 3VDAA 2QMKA 1JGIA 3MMUA 2E9BA 4MADA 2PWEA 2ZUMA 4Z2GA 4OOZA 2XVNA 1UD4A 4FLRA 4NRSA 4MNMA 1JDAA 1BYAA 2A3EA 1S46A 3CZJA 3U7VA 3EDEA 3QGVA 4U33A 1WDPA 3TTQA 1UQZA 1JD9A 2YJQA 3WNMA 2YBUA 4C7GA 3L2MA 2DT0A 1FH9A 2EPOA 4AD4A 4B15A 3VD5A 1FA2A 2VRJA 4AD0A 3GNRA 4PMNA 3UETA 1HKIA 2A3AA 1JIBA 2W92A 5I77A 3ARRA 3LPPA 2G8ZA 3U7BA 4LGXA 1XRVA 5A95A 4EK7A 1E6PA 3VX1A 1E4IA 4FMVA 1B9ZA 5BXTA 3B9EA 1QNSA 3L4YA 1MWOA 2CETA 2WMIA 3BAJA 1L8NA 2CXGA 5A6BA 3M6DA 4QLKA 3AXXA 1WDQA 4OZOA 1SYTA 2VI0A 1FFQA 2PI6A 3OLDA 3K4AA 5A94A 1TA3B 5LA1A 2GJPA 1N82A 3MSGA 5A8QA 4B9YA 4AZ5A 2VO5A 3WNOA 4KGLA 1C90A 1E40A 3WQ6A 4CUCA 2ZUUA 1MFUA 3W53A 1E4MM 4UFMA 1UR9A 4DWSA 3PZ9A 4UOZA 2XWDA 3UR7A 1GNXA 5A8NA 1D7FA 8A3HA 4BCEA 1GHRA 1J0JA 4WJXA 2WPGA 2AOSA 2QLYA 1QPKA 4UFKA 2NT1A 2WBGA 2D2OA 1DP0A 1XCXA 1C8QA 4AZGA 2BV9A 2GVYA 1XSJA 3S2CA 1A47A 1OSEA 3WBEA 2IXUA 1FH8A 4OOUA 3RJXA 3EDFA 3WMSA 1LL6A 1CDGA 2VR5A 1JXKA 5E70A 1E6RA 1Q6GA 3AIEA 5JBDA 2UY2A 2DH2A 1E1EA 2DPEA 2J7FA 3AZSA 3VD7A 1W9BM 4DUVA 4UZSA 1ZU8A 1LL7A 3AYSA 1ISZA 3VGFA 3MUY1 3VD3A 1GOIA 5EFDA 1UH3A 4C7FA 2Y8KA 4PTVA 3KL3A 2UY5A 4MJ2A 3EMQA 1R85A 2JALA 3SUWA 3OLEA 1KXTA 3ARZA 3AICA 3AI0A 1JNEA 1RH9A 3AIVA 4CD7A 3RJYA 1C3FA 4AD5A 5CG0A 2WCGA 1WPCA 5A6LA 1ISVA 1RD6A 2E3ZA 1JZ8A 5BCAA 5A2AA 4JL2A 1HXJA 1JNDA 2F61A 2VRKA 1BF2A 2J77A 1CIUA 5E6ZA 2WYSA 4YHGA 3AROA 4PBGA 1VEPA 2BY2A 3GXDA 3K46A 5A8OA 3FY1A 3WN6A 3VIJA 3ZM8A 1EQPA 3UG4A 1GHSA 3QOMA 1EO7A 1R7OA 2ESCA 5HOSA 1QI0A 1I1WA 2F2HA 2WMFA 3CMJA 3OBAA 4JIEA 4HZ8A 3SCQA 4E4PA 4TX8A 4UFLA 3MANA 3TTYA 4M8UA 5ECUA 5HXMA 2VZSA 1CENA 1V3JA 2DEPA 4CD4A 4IPLA 3O6AA 3WMBA 4H8HA 3NIYA 4MDOA 2CIPA 3UESA 1J11A 3KE0A 5CLTA 2XGIA 4W8BA 1IZKA 2DSWA 2VX7A 3GZAA 3WFLA 2HISA 4JKKA 4M1RA 4OKDA 3AFBA 3BAIA 3ZR5A 2XJ7A 1XD1A 4LYQA 4F66A 1HP4A 4BQ4A 1MQPA 1E56A 2J79A 1E1FA 1W32A 1UR2A 2WHKA 2E9LA 4HZ6A 2Q8XA 2W63A 2Y5EA 4ACZA 2QPSA 2WC7A 1V0LA 4PSRA 3SCPA 5E6YA 3WH9A 1LL4A 4X0NA 3WENA 2YDRA 2V3EA 4NZCA 3FHAA 4MJ4A 2WSKA 5A6AA 1JZ7A 1H49A 3HJEA 1EHNA 3WUEA 3PZIA 2FHFA 2J8GA 5DT5A 3A3HA 1EGZA 4CU7A 5JBEA 3PN8A 3VGEA 4Z2KA 4EAMA 3WNPA 4FLQA 2OSXA 2ZXAA 1WDRA 2FH8A 1JI1A 2VQUA 1HJXA 2VX4A 1HVQA 2CBUA 1LQ0A 5CGTA 2J47A 1JF6A 5CGMA 1G5AA 4FK9A 4DUWA 4GXPA 1HJQA 1V0MA 1PX8A 4B16A 2W66A 3AQUA 4H8VA 5M03A 4H41A 1ITXA 1HKKA 5A8PA 1KBKA 1PAMA 3AOFA 3VNZA 2E4TA 3GTNA 4LX4A 1C91A 3K1DA 3ZT7A 3WD2A 5M5DA 4J3UA 2BY1A 1QHZA 2WVVA 2FGZA 1EDGA 1FHLA 3BCFA 1CLXA 1GVIA 1MQRA 2GFTA 1ODUA 3WQ4A 3PZTA 4PMOA 2GDUA 4RE3A 3ZSSA 1BHGA 2YDSA 3FW6A 1EOMA 3THCA 4W8LA 1WKYA 1NP2A 3PBGA 5HPOA 4S3JA 1UD3A 5EBAA 3WUGA 2BY0A 1UR8A 4ACYA 1G1YA 4CU8A 1KGUA 1HKJA 2UY3A 4W5UA 3WY1A 4D6FA 3WNKA 3VGBA 7CGTA 1PZ3A 3GXIA 4UQCA 1KB3A 3VUPA 5AYBA 2V3DA 1UR4A 4CU6A 1W3HA 2CBVA 1J10A 3M07A 1X1NA 3ARTA 2X0YA 4AD2A 2VZVA 4P8UA 4PCTA 2Z1KA 1HF6A 2NT0A 4GI9A 1QW8A 4S3KA 1GPFA 1AQHA 3D3AA 3BMVA 2DSUA 4D6IA 4J3XA 1QW9A 3AISA 2X05A 2J25A 1GOWA 4HA1A 1ZJAA 4MNKA 2WWDA 2WKGA 1IZJA 1JZ3A 3N11A 2XYLA 4HU8A 4Z2IA 1NARA 1Y7VA 5GNZA 1ECEA 3W82A 5I3DA 3PTMA 3RIKA 2DDXA 1C92A 3VTRA 3T2QA 2DIJA 3GH7A 3VINA 2C8NA 2JF6A 4A3HA 1X6LA 4JZ5A 3K8LA 2OSWA 4D6EA 3TONA 2J75A 4H04A 2XFYA 2E0PA 3CUFA 4B3LA 5EMYA 4ZXOA 2X8RA 4MDPA 5DFAA 1U2YA 3FN9A 3EDJA 3WDQA 1E6XM 3GNPA 1SMDA 2G41A 3PZNA 1NQ6A 3W24A 1OBAA 3CHCA 2BHZA 4LXFA 1V08A 3PHAA 1WAWA 2OYMA 1AQMA 3GDBA 1TA3A 4AD3A 4ML4A 5EFFA 2WHJA 4AZCA 1MW1A 3WMCA 4UCFA 1C8XA 3NYDA 1G0CA 2XUCA 2DH3A 4N0RA 1R86A 3RMEA 4U3AA 3RPMA 1NOWA 3N04A 4JHZA 3MMDA 1KR1A 1MQQA 4TUFA 3CZLA 3JUGA 2CCRA 5DEZA 1E6QM 2V5DA 1B3YA 1V3MA 1EDTA 4FF5A 4R5EA 1G9HA 1BG4A 4PTWA 5GPRA 2VCCA 4H8UA 4TXEA 2PC8A 4P7RA 3EDDA 1EDQA 2ZUNA 1G01A 1NWRA 4ZE4A 2D20A 1E0WA 3SUTA 1ISWA 1KQYA 4OUEA 2WC4A 2VT0A 1ZL1A 2JEQA 2QMJA 4GQQA 5DMYA 1CGUA 4QDMA 2XVPA 2UWFA 3VILA 4FLSA 4UQBA 4JFVA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2NUX A;  1IZN B;  3T07 A;  2V63 A;  2X0H A;  3LHY A;  3GDT A;  2CZ5 A;  4EPE C;  4CCC A;  1XLA A;  3BLP X;  3BMX A;  3QC0 A;  3L67 A;  2R1M A;  2WO5 A;  1LJY A;  2UXB T;  1WUF A;  4LFA T;  4DMW A;  1D2K A;  4UQA A;  4WY0 B;  1IT8 A;  4YPJ A;  3TQ0 A;  1B9B A;  1CB2 A;  2GJN A;  1XIS A;  3QV9 A;  3II1 A;  3VOI A;  3MBD A;  5BXS A;  3SUR A;  3V36 A;  5BYW A;  3N2O A;  3P4Q A;  2YXO A;  1KEY A;  2HWG A;  4DO5 A;  4S3C A;  2ZXD A;  2H3D A;  4QHR A;  1N33 T;  3ANU A;  4YY3 T;  4YHH T;  1UKP A;  2GLK A;  2PFH A;  3XIM A;  3TXV A;  1F8I A;  3MI6 A;  3IGX A;  3CL7 A;  3L39 A;  1J0I A;  2B4G A;  4OBS A;  5LNV A;  2FMO A;  2XIN A;  3PFM A;  5T9B G;  3D3F A;  4H4I A;  4LUJ A;  4PRT A;  3TYA A;  4B3S T;  3PZO A;  3WBA A;  1X98 A;  2ZQ0 A;  2XN0 A;  1BR4 A;  1LOR A;  3WH7 A;  3HPZ A;  2WSP A;  4Y90 A;  1S94 A;  2WY2 A;  1L6W A;  3WEZ A;  1UR3 M;  4IMA A;  3LGD A;  3UZX A;  4Y9P A;  5EMK A;  1HF8 A;  3CUH A;  4ROQ A;  3WF2 A;  4GUH A;  2WNQ A;  5BXR A;  4IJR A;  4WW0 A;  4XAX B;  5IDZ A;  5I3K A;  4LCQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1GUV A;  2VTF A;  1VAH A;  2WWC A;  4TTU A;  2D0H A;  2EQD A;  1BGA A;  4MAZ A;  3SCN A;  2WW5 A;  2PWH A;  1ZBK A;  2RGM A;  2ZX5 A;  1UUQ A;  1W9U A;  3VNY A;  1WE5 A;  4P8W A;  2DSV A;  4MB4 A;  4FLO A;  5IXE A;  4LPC A;  4DM2 A;  1JDC A;  1QI5 A;  1JF5 A;  2ZE0 A;  1SFS A;  3SIM A;  5FL1 A;  2PWD A;  3I3B A;  4P8X A;  1MW0 A;  7TAA A;  2DSZ A;  2X2Y A;  3WD1 A;  3SCT A;  1BGG A;  4CVW A;  4AIE A;  4QAW A;  1W9V A;  4J3V A;  2WZH A;  1FOB A;  4PMY A;  1B30 A;  3AXI A;  4ZE5 A;  1E4L A;  4UOJ A;  3TP4 A;  2A3H A;  1X6N A;  2YA1 A;  1XV8 A;  4GKL A;  1WZA A;  2YBT A;  2PF0 A;  2BXY A;  2CIT A;  4AEE A;  1XCW A;  1PX3 A;  3LPG A;  2W4X A;  2XII A;  3N18 A;  4CKQ A;  1KCK A;  2RGL A;  1PEZ A;  1UD8 A;  2BNJ A;  5HDR A;  1QOX A;  1W1Y A;  4KMQ A;  1GOM A;  1SR0 A;  3GBE A;  4PTM A;  5HNN A;  1LF1 A;  1QI2 A;  4D6J A;  3L4V A;  3VM7 A;  1UWQ A;  2ZX6 A;  4JAW A;  1E43 A;  3THD A;  1W9X A;  1O6I A;  4HMC A;  1E15 A;  3N12 A;  2PBO A;  4D6C A;  1EQC A;  1UZ1 A;  4BS0 A;  2E40 A;  3BAK A;  3VIO A; 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