2J47A

Bacteroides thetaiotaomicron gh84 o-glcnacase in complex with a imidazole-pugnac hybrid inhibitor
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
586
structure length
572
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of O-Glcnacase by a Gluco-Configured Nagstatin and a Pugnac-Imidazole Hybrid Inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Inhibitor
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 233
structure length 572
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j47A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j47A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j47A01
1JYNA 1TMQA 2PBOA 1JYXA 3OG2A 4W84A 1XSJA 1JDCA 1V6YA 2W62A 3HN3A 2BVTA 4CCCA 3ARQA 3DECA 2J62A 2A3BA 4H8VA 3WDHA 3LPPA 1ZU8A 5JIPA 2GSJA 4HPGA 3ZR5A 1WZKA 7A3HA 3F4VA 3OA5A 4UTFA 3U5YA 1K9DA 2YDQA 5FL1A 2EEXA 5JIWA 2WMIB 1DWAM 4BCEA 3DHPA 1UA3A 2CBUA 4KGLA 2YL5A 4TTUA 3N17A 4W7UA 4Z2JA 2XVKA 4NRRA 6TAAA 4PCSA 5I77A 1VFFA 1XYFA 2WKGA 2A3EA 4NI3A 5GQBA 3AMGA 5GPRA 4GO9A 1B3WA 1H3GA 4D71A 5A8OA 2ZUUA 2W63A 3MUZ1 4B15A 1TZ7A 4A3HA 3OGVA 3T2QA 4GZJA 1PX3A 1VEMA 2VZTA 3ZJKA 5D4YA 2GVYA 1KFWA 1OGSA 3WL1A 1V3JA 3VMNA 4DWSC 1K6AA 1L0PA 2E4TA 1GQKA 1EHNA 1ITCA 2J8GA 2CBIA 4U5IA 3POHA 3ZJ8A 1KBBA 1LL4A 4JAWA 5BXTA 3BXWA 3GM8A 4PMVA 3CGTA 1OM0A 3VDCA 4QP0A 4A3YA 3RMEA 4CUCA 3OGRA 5I0DA 2WZEA 2YJQA 3AZTA 2V5CA 3CZGA 5BROA 3WH9A 1B31A 3WMSA 1BFNA 3ALFA 5A6BD 3S2CA 1BG9A 3W81A 4AD5A 3G6MA 3TTQA 3FHQA 4M80A 2BVDA 2WLYA 3CUJA 1FHDA 1UH4A 3AMCA 1CECA 1OINA 3BAJA 1VRXA 2D3LA 4LYPA 3EMCA 3LPOA 2XFRA 4HA3A 2BHZA 1QI3A 1DWGM 4LGXA 5A8NA 1W1YA 1JNEA 1TA3B 1H2JA 4CGTA 1JXKA 1D3CA 5HPCA 4V27A 2VVSA 2YDSA 1K9FA 1M7XA 3IJ7A 3VVGA 4RE2A 1VEPA 2VCAA 4WIWA 2WM0A 4WKHA 3PZQA 6A3HA 1E0VA 3IAPA 4IUGA 2WSPA 4CD6A 2VR4A 1MXDA 1A47A 3FN9A 4PUEA 1PZ3A 2XIIA 1OBAA 3CO4A 4J3VA 4P7LA 1CEOA 4Q22A 4DM2A 4BQ2A 3WEMA 1JZ6A 3AQUA 5DMYA 1W9DM 2AAAA 4AD2A 4P7QA 4AZCA 2J78A 1ZS2A 3EDFA 5CPSA 3OZOA 1R7AA 5JBDA 3SEPA 1J0ZA 4L4OA 2GJRA 3WSUA 1X6LA 3VIMA 2DSZA 1QI5A 2GUYA 1EDGA 4J27A 2W61A 2VVNA 3SIMA 1J0HA 2ZX9A 3IAQA 4H8UA 2WVVB 4YN5A 4UCFA 3QR3A 4GI8A 4ZE4A 2VL4A 1E6XM 4CD5A 2OYKA 1V08A 1MFUA 3TTYA 3WNNA 1GZJA 2DT1A 1J01A 2BXYA 2D24A 1CGUA 4RE3A 4TX8A 3AJ7A 5CG0A 4GZIA 3VO0A 2QPSA 1UA7A 3VIFA 2DT0A 5AY7A 3PBGA 1KCKA 2NT0A 1EO5A 1RP8A 3VDAA 2WC3A 1JFXA 1XV8A 4AC1X 3WF4A 4D6IA 2EQDA 1R85A 4M1RA 2VX6A 3PZNA 1HVQA 3AOFA 5IFPA 1XRVA 3MO4A 1C8YA 1JYWA 2Y2WA 1OWQA 4L4PA 1CXKA 2UY4A 1DTUA 3AXXA 3QOKA 3F5KA 3VX1A 1FHLA 2DQXA 3L4ZA 5M17A 3W24A 1V0KA 4P7NA 3FXYA 1UWTA 1R86A 4W8LA 5CLTA 2J7BA 3CLWA 1XYZA 3W25A 1QNQA 3EDEA 3ZT5A 1B1YA 2VCCA 1QI4A 2W67A 5E9AA 4MB5A 5CXPA 1ZJBA 2Y4SA 1WNOA 3U5UA 3VGFA 1LL6A 4M8UA 3WH5A 1GQIA 1GQJA 2CNCA 1XSIA 3UG5A 1CXEA 1FP8A 2O9RA 1E3XA 3AIRA 1BYAA 3T2OA 4XUYA 1HJSA 3SUSA 4QAWA 1HT6A 4R27A 2J77A 5CLWA 2ZUMA 4PTMA 2FH6A 4H7VA 1MWOA 5LA2A 1W9XA 2VJXA 3MSDA 4U3CA 1EO7A 5DEZA 4FLQA 1N82A 2E3ZA 4JKMA 3PTQA 1NWUA 4PYSA 4D1IA 3NYDA 2WHMA 4W88A 3QOMA 4MPKA 2O9TA 1HNYA 1MQRA 4ZE5A 1EOKA 4MDPA 2FHCA 4RE4A 1QOXA 3GH5A 1HL9A 1HJWA 3EBVA 1TVNA 1NARA 1QPKA 2YLAA 4FMVA 2VNCA 4PUDA 4HP5A 2WHKA 5A69A 3CUIA 2YDRA 1B3YA 1TUXA 2EBNA 2QMJA 4UZSA 1UQYA 2WVUA 4KWUA 4B16A 2YL9A 1VBRA 3GDBA 3W26A 3CZLA 3VUPA 2OSYA 4FLOA 1BYCA 1E6NA 1UQZA 1CGYA 2WWCA 1UR9A 2XIBA 1HJVA 4BQ3A 4JL2A 1IZKA 4UR9A 1VFOA 1SMDA 3VNZA 2J7FA 4WK9A 3ZIZA 4MADA 3O9NA 1CNVA 4M56A 3ZSSA 5HBFA 5ECUA 1L8NA 4PMQA 2CHNA 2JIWA 2EXOA 5JUVA 1EDTA 1F4HA 3OLEA 1UR1A 1HKJA 4D6FA 1FH7A 2V3DA 1OGBA 4CN1A 1HXJA 1W9BM 1QHPA 4UQEA 1NP0A 4UZUA 1E3ZA 1J0IA 3AS3A 3T08A 1ESWA 3WUFA 4W8AA 1H0GA 3ZMRA 4OBRA 3N13A 2CBVA 3LMYA 5FIPA 2BHYA 4CVWA 1JF6A 5HPOA 1E6RA 3DYMA 2ZWZA 4X0VA 3AS1A 3AMDA 5CPQA 4UOJA 2F8QA 1VF8A 4NF7A 1AMYA 4MTVA 1HVXA 3FNDA 3W37A 2W4XA 4AW7A 3UEQA 3VIGA 4DM1A 1BQCA 1NQ6A 5CGTA 2D1ZA 5M03A 1V6WA 1TCMA 4ATWA 3BSHA 5I78A 1UD4A 3S6TA 3WUBA 2D20A 3FY1A 3MKKA 1GONA 1JZ2A 3SCTA 3KL5A 3NCOA 3W82A 4EAMA 3POCA 2GJXA 2ZXAA 4CN4A 1E0XA 2DSWA 3ARXA 1W9VA 2QF8A 4JFWA 2Y8KA 3ARSA 3M6DA 4UQAA 4ATLA 2FGZA 3T0AA 2X8RA 1WZAA 1VFMA 3A3HA 4P8VA 2BY3A 3NUKA 5I3DA 2C8NA 3GNPA 1V02E 3RILA 4JFSA 3VDBA 4LQ1A 3VNYA 3PTKA 4AZGA 2UWFA 4KH2A 5LA1A 3RDKA 5BRPA 4KGJA 2IUZA 3BMWA 5D9NA 1U2YA 4TVDA 1GOOA 3BSGA 3VIIA 5IFTA 5A6BA 3WD4A 3BH4A 4P7RA 2JE8A 3WH7A 1H1NA 1UZ1A 4R5EA 3VGGA 3NSMA 1K9EA 1WAWA 3GBDA 2B31A 2WMIA 1B9ZA 4CU6A 3MS8A 1GOWA 4EANA 2GJPA 3MSGA 5A2AA 2WKLA 2YA0A 1PJ9A 3ZSTA 1MW2A 2J75A 1JXJA 2DH2A 1TVPA 1V3KA 1DHKA 3WBEA 4BS0A 5ABFB 2YA2A 2YL6A 1B2YA 3ZJ6A 3VMOA 1E71M 4ACYA 2XYLA 2YA1A 5DFAA 3AI0A 3GXIA 3N11A 4HZ8A 2XUCA 2DIJA 4EK7A 1UWIA 1EGZA 5CZKA 2DT2A 4RL3A 4W87A 1W3KA 3VD3A 1FH9A 1KQZA 4TUFA 2A3HA 1GOIA 1SR0A 4J3XA 2VX5A 3EMQA 2OWWA 3VIPA 2O9PA 3WKZA 1CGWA 3QHNA 4CU8A 1LLOA 3L2MA 4ML4A 4HA4A 3GBEA 5I2UA 4MDOA 1UOKA 1GNXA 2CETA 2QHAA 1GOKA 3W0KA 9CGTA 1V02A 4AZ5A 5EFFA 3WNLA 4EE9A 3AMKA 2ZX8A 1OT1A 1G01A 3U7BA 1BAGA 3GXFA 3A6OA 4QCFA 2VX7A 3NJ3A 1UG6A 2FHBA 1ZBKA 1OD8A 3FHAA 5D8ZA 4NRSA 4E2OA 3KE0A 2DEPA 4MNJA 3CIVA 4AEFA 2BXZA 2DSKA 2JF7A 2E9BA 4M29A 2OYLA 3CHFA 3T0BA 2WXDM 5A6LA 3L4WA 1ZL1A 3PN8A 3VTRA 2F2HA 2EPMX 2WHJA 5EMYA 8A3HA 3F5JA 1KGWA 4HOXA 5ABEA 1QNSA 2V3FA 4TXEA 5A95A 1XSKA 1XCWA 3B9EA 3NDYA 1E15A 3KEHA 4W8BA 1E0WA 2CKRA 1XGZA 1O7AA 5E0FA 1TA3A 2PWDA 3L4TA 3PZ9A 2ZUWA 3K1DA 1V6VA 4UFIA 3ZJ7A 2ZX7A 4D72A 3VGDA 1ZJAA 3OLIA 2J7GA 3JUGA 4FLRA 2IXVA 1ITXA 4DWSD 1LG1A 1V3IA 4PMYA 1E6ZA 3L4UA 2D0GA 2VUYA 3ZOAA 4HMEA 3WELA 1KBKA 2PF0A 1JDDA 2EPOA 5LA0A 3M46A 1UKOA 4XV0A 2E9LA 2XSAA 3AIWA 1ISXA 5BWFA 2OSWA 4ZENA 3L4XA 4F66A 2EO7A 4LXFA 4FF5A 1OD0A 1GPFA 1V3MA 5HNNA 2QMKA 2G4FA 1BPLB 3BAKA 1KR0A 2WVVA 1US2A 2DSUA 5AC4A 1LG2A 1NOFA 2WMGA 1TR1A 2NT1A 1ISVA 3D3AA 1AQHA 4OJYA 1EDQA 1PPIA 4N0RA 3SCNA 2PWGA 4B3KA 2G8ZA 3THCA 1CENA 1ZB5A 4V28A 4B9ZA 4AD4A 4H8HA 1W91A 2VRKA 2YBUA 3AIQA 3AISA 1NWSA 3SCRA 3ALGA 3NSNA 2CEQA 1QHZA 1GUVA 2CERA 1F4AA 4C90A 1UHVA 4F79A 5CJ5A 1EIBA 3GH4A 1B3ZA 1RP9A 3W6LA 4W7WA 2WC4A 2HISA 4DUXA 3AS0A 1BF2A 4D6CA 1E40A 1UWUA 2ZXBA 4M82A 1QHOA 4UQCA 3K8MA 5TD4A 4WSJA 1BTCA 3UESA 1MXGA 3WUEA 1PEZA 1C8XA 3WDQA 1JD7A 2WLZA 1WPCA 1EA9C 1HP5A 1PAMA 4W93A 2BY1A 4WJXA 2WNWA 1UWQA 4Z2LA 3GZAA 4PTXA 2PWFA 3KWXA 3WF3A 2ZUTA 1M53A 4JZ5A 1UD5A 5I6SA 3PZOA 5EFDA 2PB1A 3D5HA 4P8UA 1NWTA 1E9LA 4MB4A 1C7TA 1Z32X 1WCGA 1OIMA 4QCEA 4PMXA 3RPMA 2PWEA 4JHZA 2MANA 3CPUA 3NDZA 5I24A 4HU8A 3VGEA 4DUVA 1DP0A 2VZSA 4PMNA 3NSXA 3BMVA 1BG4A 4FK9A 4MAVA 4PBGA 1J0JA 1XHGA 3AXIA 3II1A 3QHOA 1WDRA 1XCXA 1QI0A 4JL1A 1E5NA 3WN6A 1JI2A 4J3UA 2J7EA 3AHTA 1ISZA 1A3HA 1HF6A 1LL7A 4E8DA 3ZT6A 1G1YA 2XHYA 4OIFA 5E09A 3SCPA 4W5UA 1X6NA 2PI6A 2XGIA 2VT0A 4JKLA 1E4LA 4DUWA 2OLHA 4J3WA 1E1FA 1JZ8A 1PBGA 2G3IA 2XVLA 4AISA 1OT2A 4UFKA 1HKKA 3GXMA 3PZUA 3AS2A 4WSKA 3WDPP 2XFFA 2FGLA 2J79A 1JL8A 1JFHA 1OGGA 3BAXA 4PMDA 2X2YA 5D9OA 3W53A 2E40A 2QPUA 1V0MA 3VGBA 3HMCA 2FDMA 3EMZA 5ABHA 1FP9A 3KZSA 1V3LA 4W5ZA 1HKIA 1B90A 5FL0A 5A8QA 3WQ8A 3WD3A 1CGTA 2DSVA 4QLJA 1G0CA 1US3A 5M3WA 3BLPX 4D6DA 1QVBA 3WF1A 1SMAA 1QBBA 1HJQA 3MV01 1H49A 1V03A 1JZ7A 2WHLA 3AYRA 2WPGA 4HPHA 4B3LA 4PRWA 3SCOA 4W86A 1CGVA 2JFEX 3WDIA 2DPEA 2JF6A 3BLKA 3ZO9A 5AYBA 3WD1A 1W2VA 1UKPA 3SUWA 5A2BA 3N9KA 1HJXA 1LQ0A 4U3AA 2WAGA 3WENA 4TVCA 3TTSA 2WYSA 3VILA 3MANA 2E8YA 2W92A 2D3NA 2XSBA 1JYVA 3IJ8A 1I1XA 1BGGA 1C8QA 3N15A 2WBGA 3WMBA 1MW0A 2PWHA 1VJSA 3RM4A 1UUQA 1WO2A 4UOQA 4UQBA 3M7SA 1M01A 1UD6A 1DWHM 1QBAA 5FD0A 2J7CA 2VC9A 2WMKA 1E70M 1J0YA 4AZBA 1GJUA 3VIOA 3BGAA 1EHAA 4WLCA 2GK1B 3DC0A 3PZTA 4AD3A 2X09A 1UWRA 3TTOA 3WH8A 4TTGA 2J4GA 4TOQA 1AQMA 2ESCA 1E6QM 3RJXA 1FFQA 2DT3A 1GOMA 1JD9A 2XM2A 4YHEA 3MMDA 2E0PA 3WFLA 2CXGA 1NOWA 1WDQA 3W27A 3TA9A 4AEEA 4OOUA 2JEPA 4URIA 4D6GA 2D0HA 2XJ7A 1E55A 4PCTA 4W7VA 1AVAA 4JCLA 3W28A 5HDRA 3WF2A 1M03A 3CUHA 1IZJA 4JCMA 2XWEA 4OOZA 3VU2A 1C93A 2EJ1A 1VB9A 3ZQ9A 3N1AA 3ARVA 4AZ6A 1HL8A 2W66A 2A3CA 1U33A 1JAKA 2D22A 4HOWA 3PTMA 5D8WA 3ARZA 3L4YA 4IISA 2DIEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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