2J47A

Bacteroides thetaiotaomicron gh84 o-glcnacase in complex with a imidazole-pugnac hybrid inhibitor
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
586
structure length
572
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Inhibitor
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
publication title Inhibition of O-Glcnacase by a Gluco-Configured Nagstatin and a Pugnac-Imidazole Hybrid Inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUCOSAMINIDASE
total genus 233
structure length 572
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j47A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j47A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j47A01
4V28A 1GQKA 1V3MA 1JG9A 1CXFA 1VENA 1QBBA 4JFWA 2ESCA 3MSGA 1F4HA 4AW7A 1CENA 3VIKA 1DWJM 4DUVA 1B30A 1KWKA 2E4TA 3FY1A 1J0ZA 5CG0A 1UD3A 3OZPA 3LPPA 2CBIA 1XD1A 2XVGA 1FP9A 1MQPA 2E0PA 4GO9A 4F9DA 1JF6A 3CHEA 1JDDA 1YQ2A 4XZBA 1HXJA 5D9PA 3RMEA 4M29A 3WUGA 2FGZA 1PIFA 5IFTA 3SCQA 1JDAA 4BQ4A 4AZ7A 3OZOA 5GNYA 1QHOA 1E43A 5HPOA 1UWTA 1WCGA 3K1DA 3ZO9A 2VUYA 3MKKA 5CXPA 1CXLA 3QHNA 3VGEA 2AMGA 2ZUWA 1PJ9A 3EMCA 1WE5A 2VNCA 5GNZA 2ZX5A 1GHSA 3OLEA 3MANA 2EQDA 1GQIA 3WMCA 4AZ5A 5I6SA 2UY4A 2UY2A 5FCZA 4GPNA 4NF7A 5EMYA 2QPSA 3A3HA 3BGAA 2XFFA 5FD0A 1UR0A 3UG4A 4DUWA 3M46A 4AMCA 1UG6A 1V08A 1PAMA 4ZEPA 4GXPA 1TG7A 3WH7A 3UG5A 1Q6CA 1IT0A 4ZXOA 4ATLA 2WLZA 4WKAA 1MWOA 3SCPA 2VURA 2CXGA 4DWSA 3TONA 4B9ZA 1C93A 1MFUA 5A6MA 1JYVA 2WC7A 4S3KA 2YL9A 3VPLA 1W3KA 1XYZA 2DSWA 2WC3A 5CZKA 1HVQA 1JFXA 4JIEA 1E6RA 3W29A 1OGSA 3ZJ7A 3UG3A 4BS0A 2G41A 1V0MA 2A3BA 2RGMA 2OLHA 5DT7A 5BROA 1RD6A 4PMZA 1PZ3A 4H8VA 1VFFA 2VX5A 2D0GA 4H04A 2WCAA 1JI1A 5D4YA 1BYBA 3OLGA 3VD5A 2JEQA 3OG2A 3WEOA 4CD4A 1UR1A 1IZKA 2DIJA 1W3HA 3WQ5A 5CPTA 2WYSA 4J3SA 1LWJA 4W87A 1MXGA 4UZUA 2XVKA 3WDIA 5ABFA 4URIA 1EIBA 2XGBA 2IXVA 3WF1A 1WDSA 1Z32X 2WANA 3JUGA 4KRUA 1MVYA 2BHZA 2WMGA 4V2XA 3ZJ8A 1KXQA 5BXTA 5I78A 2WHKA 3WQWA 1D7FA 2YOCA 1HVXA 5A6SA 4FK9A 5FKYA 2YA1A 1MW2A 2WHJA 1V0NA 1AQ0A 3N15A 2ZWYA 3W81A 4F9JA 9CGTA 2WK2A 4OUEA 2VZUA 3FHAA 1JNEA 1EQCA 2W61A 1WP6A 2ZICA 3GNPA 3VVGA 4GINA 2V5CA 2IXUA 5M5DA 4U33A 4UFIA 1ZS2A 1OINA 1UD8A 4PMYA 5A3HA 1FFRA 3FAXA 4PUDA 4D72A 4UFKA 3VD7A 3VIHA 2XG9A 4AZCB 1UKQA 4WK9A 1LL6A 1JZ4A 4QAWA 3ARTA 3A47A 4RL3A 4TTGA 2J7DA 2E9BA 1GORA 1B3ZA 4UQBA 4DM2A 4GI6A 2XTKA 2PWFA 4PTXA 1MXDA 4D6IA 2X0HA 2YJQA 1E5NA 3NSNA 2XM1A 1HJXA 3GNRA 4MNLA 3WF2A 3S6TA 3PZIA 2PC8A 4TVUA 3KL3A 4ZXLA 3SUTA 1PEZA 1US2A 4WSJA 3ZM8A 2DSVA 2GK1A 4PTMA 1JYWA 3UR8A 2EO7A 1Q6GA 2OYKA 1D3CA 4PCSA 4J7RA 2YIHA 5LA2A 5BWFA 2HISA 3VGFA 3A4WA 2VRJA 4HA3A 4PBGA 1U30A 1ODZA 1UWQA 1W1YA 2Y8KA 4H41A 1K9TA 1NH6A 3RO8A 3B8SA 3IK2A 2VTFA 2WVTA 1BG4A 1PIGA 3CUFA 5AY7A 1JD7A 3WFZA 1KB3A 1C7SA 1UKTA 2WHLA 1LG2A 1O6IA 2J62A 2WMJA 4V27A 4AD1A 1H0IA 1GQJA 1EXPA 3B9DA 4Z2LA 2FGLA 3F5JA 3AIBA 3NIYA 1ESWA 1G5AA 1V6WA 3WQ6A 2DIEA 3PTQA 4MNMA 3MO4A 4ML4A 5HDRA 3VM5A 4H2CA 2YA0A 1OSEA 2CKSA 1XV8A 2EEXA 1V6UA 5A69A 4AIOA 4LX4A 5KEZA 1CYGA 3WBEA 1NWUA 2EXOA 2QPUA 1UKSA 7CGTA 1BF2A 1CXIA 5A6LA 5CGMA 3A4XA 2HVMA 3ZT5A 1JZ6A 4AXNA 2Z1SA 1DEDA 3VINA 1TA3A 2WC4A 1B2YA 4CU6A 4AIEA 2EPNA 4XB3A 1ZB5A 2J25A 3CZEA 3BLKA 1M7XA 2VVSA 1GOKA 4MJ2A 3VMPA 4JFSA 2VI0A 1TUXA 3GXMA 4UFHA 3WF3A 4X9YA 4L4OA 1JF5A 4PSRA 4JKLA 4W85A 2YA2A 2BXYA 1BVZA 5I77A 2WNWA 2ZUUA 3BCFA 2EPKX 3T2OA 3BAXA 3GYCA 1GVYA 3FNDA 5A2CA 2J77A 2W66A 4JHZA 2BY2A 2D24A 1HF6A 1QNPA 5E0FA 1BQCA 4HOZA 3OGSA 4ZENA 3CZLA 1GJUA 2VZVA 1E70M 4H8HA 3WD3A 5A8QA 3EDJA 3W82A 5IFPA 1UR8A 1TR1A 3PZVA 4NRSA 3CBWA 5I3DA 3VNYA 1W91A 1HT6A 3E1F1 3AIRA 4AC1X 1E5JA 2GJPA 1J0KA 1JL8A 3WEMA 3VDAA 5D8ZA 3ARQA 4P7NA 5EFDA 3WFLA 3N17A 1OM0A 1E4LA 3GTNA 1GOOA 1R8LA 2DGAA 1Q6FA 4DWSB 4EKJA 3KEHA 2VX6A 4MJ4A 4UTFA 3OA5A 1GNXA 3WNNA 2G4FA 2D1ZA 2OYMA 4GZEA 2WSPA 2ZOXA 4MADA 4MDPA 1GOMA 3WDJA 3PZMA 4AZHA 2VX7A 2DT0A 5DEZA 5E6ZA 4ZFMA 3VD3A 3BXWA 2VQUA 5E6YA 4BQ3A 2Y8VA 1G1YA 4PMXA 4C7GA 4W84A 1QW9A 2DT2A 2VO5A 3AZSA 3PTMA 3AHXA 3ZOAA 2FH6A 2VL4A 4D71A 2WCGA 1P6WA 3IJ9A 3VIOA 4U5KA 4AWEA 1WNOA 3MV11 2QF8A 3U7VA 1NOWA 3TTYA 5ABFB 1V02E 4TUFA 4W88A 4AY1A 3WUFA 4WKHA 2GUYA 3I3BA 4LXFA 3VDBA 2WLYA 1KBKA 3ECQA 1UH4A 2Z1KA 4B3KA 3CGTA 1GOIA 3VM7A 2E9LA 1BTCA 3CZ8A 1MQQA 2YL8A 2WKGA 3KL0A 4Q22A 3ZIZA 1TVPA 1J11A 2PWEA 1M04A 4HU8A 1BAGA 4JCLA 3DYPA 4Z2JA 4OIFA 2BVTA 3AIQA 1NOUA 4TTUA 3L2LA 2Q8XA 1M01A 3ARRA 1UWUA 1MFVA 2BHUA 5BXSA 3F5KA 2AOSA 4J3UA 3F5LA 5IDIA 1H0GA 3WH8A 5E09A 2D0FA 2E8ZA 1ODUA 4PYSA 3WF0A 1C8YA 1E15A 4HU0A 1BHGA 4HMCA 4J3VA 2BY0A 4W5UA 3PZUA 4IPLA 2NSXA 1CBGA 3BAKA 3WNKA 1UZ1A 1W9DM 3D5HA 3FXYA 1B3YA 3W26A 3QOKA 1LF1A 1H41A 2WVVA 1CLXA 1CLVA 1QOXA 4MNJA 3GBEA 4AD5A 2VCCA 5E70A 4CCCA 4D6EA 3W6LA 2W67A 3WH9A 4CN4A 4NZCA 1NWTA 5DF0A 2ZUNA 1GUVA 2XFRA 1VFMA 4YPJA 2VQTA 1UZ4A 3AICA 4GI8A 2CNCA 1CGVA 3PZGA 1JFHA 1UWIA 3GXDA 1MYRA 2VCAA 2CBVA 2O9TA 4W8BA 2UY3A 3BSGA 5A8NA 1BVNP 3L4WA 3MS8A 1HNYA 2IUZA 1AQMA 3N12A 1V02A 2WMIA 3CZJA 1PX8A 2YL5A 3AHVA 5BRQA 3CZGA 2ZX7A 1H09A 3NDZA 4HMEA 1HKIA 5M03A 1GOQA 1JZ5A 1WZMA 3EMQA 2ZIDA 3EBVA 3VMOA 4AEEA 2D3LA 2VZOA 3LPFA 2XWEA 2JIWA 2G3IA 4CVWA 3THDA 1V3LA 4AEFA 4U2YA 1B3XA 1QNQA 3B9EA 1VFOA 4J3TA 1E72M 4Z2HA 4HZ6A 3W28A 4Z2KA 5FL0A 5A6BA 3WD4A 2OSYA 3WKZA 4JCMA 4FLRA 1JXJA 1OT2A 1EOMA 3NJ3A 2BS9A 2GFTA 5D8WA 4NI3A 1HL9A 4QLKA 4WIWA 4RE3A 2EBNA 1QVBA 6CGTA 2BXZA 4P8VA 4JL1A 3WUBA 4CD6A 3K46A 2ZX8A 1QBAA 4HMDA 1J0HA 1LL7A 1SMAA 2XVNA 1W2VA 4P7LA 2ZXAA 4W5ZA 3LPGA 5I5RA 4KGJA 6A3HA 1BG9A 1I1XA 1KXTA 2CETA 3PTKA 4QLLA 1W9PA 1CDGA 1UHVA 1HJSA 1UD6A 5BXPA 4M82A 1L8NA 1R87A 3DYOA 3RJXA 1FHDA 1UD4A 1J01A 1OD8A 2CERA 5GNXA 4HA1A 4MTVA 3CH9A 1UKPA 3O6AA 1BYDA 1MW0A 3OGRA 1J0YA 4EK7A 2YDRA 4FLSA 1TA3B 2J78A 1SFSA 4U2ZA 1E4IA 4Y7EA 4A3YA 3KE0A 3RM8A 3AIVA 3WQVA 4D6GA 2NT0A 1E4NA 3VKKA 4X0VA 2DT1A 1C8XA 1EGZA 1E1EA 3AMDA 1ISWA 4OZOA 3SUUA 3QOMA 3MUIA 1D2KA 1KXVA 2PBGA 5GQBA 1KR0A 4BF7A 2EPMX 5ABGA 3RDKA 1OBAA 2D20A 2NT1A 1ZL1A 3VD9A 3CUIA 3FAWA 4PMNA 2CITA 3EDEA 1QPKA 3T2PA 4LQ1A 1JIBA 4D6HA 2WZHA 3ARWA 4U31A 1SMDA 2QHAA 3ZJKA 1OGBA 2WB5A 2J8FA 1Q6EA 1MW1A 3DECA 2CHOA 5CSUA 2J7FA 3LMYA 2PWGA 2XSAA 2PWHA 3WH6A 4PMDA 4CD5A 2JF7A 3NSXA 4PN2A 4AYSA 4L4PA 4UOZA 2O92A 2J7EA 1E6PA 2DEPA 3AMCA 4CN1A 5CJ5A 1W3JA 4HOXA 4W7UA 1ITCA 1HL8A 1W1TA 3WIJA 3QR3A 3AS3A 1DWGM 2DDXA 2VT0A 3HU7A 3SUSA 4CD7A 2FDMA 3IJ8A 2BFGA 2ZUTA 1EA9C 1GCYA 3IAPA 3TTQA 1FH7A 2FHCA 1GVIA 2CPUA 3KL5A 1NWRA 1A3HA 1E0WA 3EYPA 1VB9A 4JHOA 1ZBCA 2WXDM 2VZSA 2WHMA 3ARXA 2Y2WA 1EO7A 2WW5A 1WKYA 3WDHA 2WM0A 3DC0A 3BAWA 4UZSA 3VNZA 1WO2A 1NWSA 4OOZA 4MNKA 4MB5A 1LWHA 3VU2A 5A1AA 1FH9A 2X8RA 1CGYA 1XYFA 1J9YA 2F61A 1KGXA 1OIMA 4ZE5A 1OCQA 1UQYA 1C92A 4K68A 1JAKA 2YDQA 3K8LA 4ACZA 4XX6A 5CSYA 4AD2A 1G0CA 2QMJA 1XRVA 4PMRA 4R27A 4ZE4A 5LA0A 1XC6A 3VIMA 2GJXA 4QCEA 3NSMA 2WZEA 4PMUA 4BQ2A 1NM9A 3MMDA 1UA7A 5JUVA 1VAHA 4EE9A 4AZIA 1QHPA 3WQ8A 4KMQA 4GIAA 1R7OA 3VDCA 4F79A 1KBBA 4D1JA 3UETA 1GQLA 3FN9A 2ZXQA 2V5DA 1KQZA 3TP4A 4NSBA 1PBGA 4JZ5A 1KCLA 3IANA 1YHTA 4PTWA 2WAGA 2X05A 3GH5A 1RP8A 1CXEA 1ZJBA 5A6BD 2ZUVA 3CHDA 3BH4A 3UEQA 1E6ZA 5E0CA 4U3AA 3OB8A 2XM2A 1ISZA 1PX3A 4DUXA 1JI2A 4M81A 1AMYA 3AIWA 1QI3A 3SCWA 5IXEA 3CUHA 1OB0A 3UCQA 1TVNA 1LJYA 1FFQA 2GSJA 1J0IA 4HOWA 3NYDA 4UQDA 1EOKA 1E6QM 1LLOA 3U5YA 3WUEA 4LPCA 2A3EA 4AZGA 2O9RA 2PF0A 4JKMA 1KQYA 4PMVA 4CCDA 5A8OA 4MAVA 4W7WA 2TAAA 1V6YA 4PEEA 4BQ5A 5DO8A 3WENA 3PZQA 4C91A 3AZRA 2JIEA 1WPCA 3RPMA 1B9ZA 4WF7A 4W8AA 2VZTA 1U2YA 2XVPA 4D1IA 1CWYA 1V0KA 3GM8A 3T0BA 2W91A 3AHZA 4AD0A 4W86A 3GXFA 5LA1A 4M24A 5ABEA 1N82A 3VGBA 4UFMA 4GZJA 5ABHA 5A6JA 3U57A 4GI9A 2JALA 4UFLA 1E4MM 4P7QA 4AD4A 2J7HA 1H11A 1WAWA 4LYQA 3T09A 3K4DA 2ZXBA 3CLWA 3CUGA 3WF4A 2VR4A 1BGGA 4HZ8A 1QI2A 3EDDA 4QFUA 3OLDA 3SCOA 3UESA 4X0NA 4PSPA 2W63A 2WVSA 4C7FA 3DHUA 3BMWA 5DT5A 1B3WA 2GJRA 4J3XA 2PBOA 1E3XA 4UQCA 2RGLA 3WDQA 1UUQA 1HJUA 3IJ7A 2XFYA 3SCSA 1GZJA 4HPHA 1HX0A 4FLOA 3AXXA 4W93A 1A47A 1QNOA 3ALFA 3WNPA 1G94A 2WWDA 4J3WA 3CO4A 1WDQA 3VIPA 1CEOA 5LYRA 4N0RA 3L4YA 3I3EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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