2J47A

Bacteroides thetaiotaomicron gh84 o-glcnacase in complex with a imidazole-pugnac hybrid inhibitor
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
586
structure length
572
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of O-Glcnacase by a Gluco-Configured Nagstatin and a Pugnac-Imidazole Hybrid Inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Inhibitor
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 233
structure length 572
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j47A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j47A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j47A01
1QOXA 1Y7VA 1I1XA 4TVDA 2VNCA 1OD0A 3VDBA 2X09A 4EAMA 3F5LA 4QAWA 5GNZA 1VAHA 4DWSA 3T08A 1JXJA 1MW2A 1H5VA 2DT1A 4PBGA 1EGZA 2PC8A 2WB5A 2CKRA 2IXUA 2VX7A 1PX4A 2ZUNA 2BHYA 1GOMA 6CGTA 5F7UA 2W92A 2E40A 3NYDA 4UFKA 2WBKA 1QPKA 1E6NA 1OWQA 2VX5A 2WMJA 4AEEA 1JZ6A 4CCDA 2PBGA 2UY5A 2OLHA 2OWCA 4WJXA 3K4DA 1C8QA 3WF1A 3VDAA 2EPLX 4JFWA 4UNIA 3AXXA 3EBVA 3GNPA 2QMKA 4N0RA 4CD6A 1V6XA 5ABEA 5GQBA 3GXIA 1EDQA 1JNDA 3PTMA 1UWUA 3T2OA 1ITXA 4MNKA 1FH8A 4DUWA 1JYNA 1CXIA 5A3HA 3GNOA 3L4VA 5A6MA 4GKLA 3T0AA 2DSUA 1BG9A 4JFVA 1UQYA 2WVVB 1CXFA 3SUWA 4KGLA 3VIIA 3S2CA 1WE5A 3F5JA 3SCWA 2UY4A 4NZCA 3IAQA 1W3KA 3WQ4A 3W27A 3K46A 3W82A 4F79A 1C8YA 4AD0A 1IZJA 2VJXA 5A2BA 3FNDA 1M01A 5CSUA 1E15A 4JHOA 3ZJ8A 3CZKA 5CQ1A 1LL7A 1HJUA 2XVLA 5EMYA 2YDRA 1K6AA 1GQJA 2E4TA 3RM4A 1KGWA 2C8NA 2FGLA 5BRQA 1FP8A 4PMOA 3EDKA 1EO5A 4F9DA 3AMCA 1M03A 4PMDA 2WLZA 3W26A 4MB3A 5GNYA 4Z2LA 2VTFA 2YL8A 4FK9A 1JI2A 4ATWA 1CWYA 1E6ZA 3WD1A 4HA1A 1J10A 1W9XA 4MAVA 2A3HA 2OYKA 1RD6A 3MUY1 2DSZA 1E6QM 4LX4A 3L4TA 2VVNA 4AEFA 1BYBA 1AMYA 3VX0A 4BQ3A 4KGJA 4PMNA 2OSWA 3WDIA 2WYSA 4QLLA 4TOQA 3MV11 2PWFA 1E6SM 5HOSA 4P8WA 5EB8A 2QLYA 4GQRA 1ODUA 1JXKA 3F5KA 1E70M 3RO8A 3T2QA 4AXNA 1F4AA 2V5DA 1MVYA 1NOUA 3WEMA 2DT2A 5FD0A 4HP5A 1CGTA 3CPUA 3ZJ7A 4WSKA 3ALFA 2PF0A 4W87A 3B9EA 4JZ5A 5E0CA 3VGDA 3MUAA 5I79A 1E4IA 1H41A 4H7VA 4MB5A 3EDFA 3VMOA 1FP9A 3PZMA 3VKKA 4E8DA 3W25A 1US2A 3AHXA 1V08A 2WHLA 4UFLA 1V3KA 4GO8A 1LL6A 2O9RA 4XX6A 5EBAA 3VIPA 1HL9A 3BC9A 5A6AA 4IPLA 5D8WA 1GQIA 3TONA 4ZXLA 1UA3A 2JALA 5HPCA 4CU7A 3AHVA 2GSJA 2G3NA 3UETA 5CXPA 1W3HA 3FAWA 2VMFA 4BQ2A 2VL4A 5M17A 1QHPA 2JF6A 1H4PA 5I24A 1CXKA 2YL9A 1GUVA 4TVCA 3BMWA 3MUIA 4W93A 5IFPA 1WZLA 3K1DA 1R87A 1WDRA 3AROA 3AIVA 4IUGA 1ZBVA 4WSJA 1E0XA 4HA3A 3TTQA 1NQ6A 2XIBA 4K68A 2VX4A 2WMIA 4HMDA 1KXQA 4YPJA 1BHGA 3U5YA 4MB4A 1UD3A 4HA4A 1NWTA 5C71A 3WQVA 1J01A 1Q6FA 2ZX6A 4OJYA 1GW1A 1UQZA 3J7HA 1ZB5A 5DF0A 3A3HA 1US3A 4WLCA 1ZBWA 2E9MA 4LQ1A 3MV01 2X05A 2V3DA 3CHDA 3WH8A 5DFAA 4E8CA 2W4XA 1ODZA 2WWCA 4A4AA 1WCGA 4LGXA 2X8RA 2XVGA 3ARPA 2XUCA 1UOKA 2WHJA 3WUEA 1ISYA 4JKMA 4MNMA 5M3WA 1PBGA 4KRUA 3EYPA 4AZGA 1KWGA 1ISXA 1XSIA 1FA2A 1CIUA 2JIWA 3QOKA 1GHSA 5AYIA 4UOQA 4WK9A 4BS0A 1RH9A 1VEMA 2VCCA 2PWHA 3WBAA 3BSHA 3CMJA 2Y8VA 2E9BA 1H2JA 2BV9A 3I3EA 4DM1A 2BHUA 2GUYA 2EPNA 2OYMA 4PMVA 5JBEA 5A6LA 2G41A 2B31A 1MXDA 3CIVA 4KH2A 4PTWA 4W5ZA 1HP4A 4BA0A 1VJSA 1EA9C 2D24A 1Q6EA 1B30A 1MQRA 3NSXA 1TVPA 3BGAA 3AIQA 4NRSA 4BQ5A 2UY3A 2ZXBA 2ZWZA 3TTOA 4V27A 4FLQA 1XD0A 1CDGA 1NWRA 3BLPX 5C8BB 2WSKA 1J0JA 1JZ3A 5BRPA 4MPKA 1L0PA 1XH1A 3AHTA 1W9BM 4P7LA 2GJPA 3PZOA 4AIOA 3D3AA 1BFNA 2V38A 2YOCA 2ZUWA 3L4XA 1SMAA 2OYLA 3AOFA 3ZR6A 2JE8A 2X2YA 7TAAA 2XPKA 2ZXQA 3KL0A 4AZBA 2BS9A 1GHRA 4UQ9A 1OT1A 1B0IA 4F9JA 1W91A 3CUHA 2ZE0A 1B3WA 4J3UA 5E70A 2DSWA 3AS2A 1QI5A 5DMYA 1EH9A 3NIYA 4XV0A 2QF8A 3N17A 3SCUA 4BF7A 4DUXA 1XC6A 4HMCA 1H11A 3OA5A 1BQCA 3B8SA 2J7BA 3AIBA 4Z2IA 1C90A 1QNOA 1E0WA 3PZNA 1AQMA 1R8LA 3D5HA 3WIJA 4TTGA 1J18A 5I78A 4C7FA 3N9KA 4LYRA 1B3XA 4XZWA 3UESA 3LPFA 3W6LA 4M80A 1QHZA 1GVYA 2FH8A 5I6SA 1LG1A 1KR0A 1GCYA 2JIEA 3VTRA 1C91A 2EBNA 4R5EA 1V6UA 3L4WA 4AZ6A 1JZ5A 4U3CA 4WKHA 2ZX8A 1LQ0A 3VIOA 3CH9A 3KEHA 1FFQA 1QVBA 3RJXA 1LLOA 5I77A 2Z1KA 3W37A 1JD7A 2BY0A 1V3JA 5BYWA 2J7CA 4CD5A 1UHVA 2Y24A 2ZX7A 1WPCA 2VCAA 2CBJA 3WEZA 1HJVA 3AQUA 2GK1B 1BLIA 3VVGA 4UOJA 4IISA 2O9TA 1J0ZA 1HKIA 3AXIA 3W6MA 1IV8A 2XWDA 3AZTA 3HMCA 2A3EA 3VOCA 3SCVA 1C7SA 1OBAA 3OGSA 3PTKA 2NT1A 3ZT5A 3QGVA 4W86A 4ML4A 1ZU8A 4DWSB 1XSKA 3OGRA 5I23A 2BY2A 3UR8A 2EPKX 3DC0A 3ZOAA 1GNXA 4MDOA 3WUFA 4UFJA 4CGTA 1GVIA 1CXHA 4PSPA 1JFXA 3VIMA 4U5KA 3EMZA 1NH6A 1R7AA 2MANA 2XVKA 3VGGA 3K4AA 1VBUA 1G5AA 3HJEA 3PZQA 2G3MA 3MUZ1 4EK7A 1S46A 3W4RA 3IK2A 1EIBA 3MANA 2Y8KA 4QFUA 3SCPA 1AQ0A 1GQLA 2XHYA 1WAWA 5HXMA 1J12A 4L4PA 2G8ZA 3U5UA 4D6DA 3CBWA 1B2YA 1UYQA 3A4XA 4DUVA 4TXEA 3VIKA 2W63A 2WMKA 5A8MA 3TP4A 3CZ8A 5BXRA 2YLAA 1CTNA 3WUGA 1UZ4A 2GVYA 1JZ4A 1KFWA 1W32A 6TAAA 3N18A 4GQQA 3ZSTA 4AMCA 1ITCA 1PIFA 4CCCA 3EDEA 2ZIDA 1XV8A 2CITA 2WCGA 2YDSA 1WDQA 1QI4A 4D71A 4B15A 2DGAA 2WKGA 2XTKA 5E9AA 5D9OA 4U2ZA 1UKPA 1A47A 3NDYA 1BGAA 1E71M 3EDJA 3PZUA 4YN5A 2XFFA 3WNMA 3SUSA 1B3ZA 3PZGA 5A8NA 5GPRA 2YLLA 1HT6A 3GH7A 3CUGA 1JDDA 3AMLA 3QHMA 5ABFA 1JF6A 1VF8A 4M24A 5D4YA 2W67A 2DIEA 3VMPA 2XSBA 2XSAA 4U31A 1HP5A 3WD0A 3POHA 1UD4A 5D8ZA 3AZSA 4GI9A 4W85A 3NSMA 2VZUA 3ALGA 1G01A 4D6CA 5BCAA 1L8NA 2DIJA 4HZ8A 2W91A 2X0YA 3ZMRA 1ISZA 2VZSA 5IHRA 1PAMA 3CO4A 1UH3A 3WH6A 3RJYA 1HF6A 5CLWA 3CGTA 1BTCA 4BCEA 3SURA 2V5CA 2IUZA 5CPQA 3VIHA 2NW0A 2ZUUA 4P7NA 1LF1A 1CBGA 3IJ9A 3GH4A 1KR1A 3M07A 4JIEA 3VINA 6A3HA 2ESCA 1MQQA 2WNWA 8CGTA 1W3LA 1ESWA 1VFFA 1UR1A 4P7OA 4UR9A 2GDUA 4GINA 1E9LA 4V28A 2W5FA 4ZENA 1PZ3A 3GTNA 3AI0A 4BQ4A 2XGBA 1OIMA 3BAJA 3UEQA 1E4MM 4ATLA 3CHFA 1KXVA 3O6AA 3K8KA 3POCA 3QR3A 3WF2A 3SCTA 3SUTA 1V0LA 1OD8A 4M29A 2CBVA 1KGUA 3ZSSA 1X6NA 2D0GA 4J3VA 1XHGA 4RE2A 2D0HA 1WZKA 2ZUSA 1LJYA 3WFZA 2DSVA 3A4WA 3PTQA 4JKLA 2Y2WA 5E0FA 2VZOA 3M7SA 2ZUVA 1E1EA 5A95A 1DWHM 3K8LA 3VIJA 4CU8A 4HZ7A 3WD3A 1J11A 2Z1SA 1JG9A 2CCRA 3AIEA 4H8VA 1EHAA 7CGTA 4PMXA 4HOWA 4OBRA 4PCTA 1FH7A 1MQPA 4D6EA 3CHCA 4GI6A 2PI6A 1H1NA 1UR2A 4J3XA 2E3ZA 1CECA 1VJZA 1W1VA 4QCEA 3BAYA 3ECQA 1K9FA 4YHGA 1XSJA 4W5UA 2CIPA 1KQZA 1GJUA 1V6YA 2EO7A 3VX1A 3ZT7A 1W9PA 4KRTA 5LA0A 4PN2A 4CKQA 4ACYA 4HMEA 3WENA 3SUVA 1N82A 1KGXA 2QV4A 5A1AA 1UKTA 4LXFA 4JAWA 3A47A 4AWEA 3ARVA 3T2PA 4ZXOA 1FFRA 1O7AA 1GOKA 1J0HA 5CGMA 4PMYA 3SEPA 4C91A 3RIKA 4GPNA 4X9YA 1Q6DA 4W7UA 4R27A 4TVUA 2E9LA 1EDGA 1KCKA 1UWIA 4B9ZA 4ZFMA 2W66A 1QNQA 4ATDA 4DM2A 3CTTA 2J47A 3II1A 4P8UA 2VVSA 1W1YA 1WP6A 5D9PA 5JIPA 1NP0A 3AISA 3MO4A 3VIGA 2XM1A 1MXGA 2FGZA 1GOIA 4MDPA 2O9OA 3OB8A 1E5NA 3WDRA 3AHYA 4W8AA 3ARRA 1QNSA 3GBEA 3WH9A 3ARWA 4U5IA 2J7GA 5FL0A 2WXDM 1HVXA 3FXYA 1IZKA 3EMQA 2D1ZA 5IFTA 3VPLA 1PEZA 4DWSC 4Y7EA 1UWRA 5A6BD 2FDMA 4Z2GA 2PB1A 1Q6CA 1DEDA 3TOPA 3MMUA 1HXJA 1SMDA 2E8YA 4AZCB 4MB1A 5IHSA 4JFSA 1BG4A 4QP0A 1UD2A 1V0MA 1RP8A 2BY3A 3RPMA 2J78A 2J4GA 2HISA 2G4FA 4W89A 3O9NA 1CENA 1UR9A 4OOZA 2VO5A 3BAIA 1CXEA 3WSUA 2CERA 2TAAA 4EE9A 1EQCA 4P7RA 4HU8A 4QLKA 4UQAA 5AC4A 1E6RA 5I5RA 4CN1A 1WO2A 4MNLA 2QHAA 4PUDA 3WNLA 2CETA 3W53A 1TA3A 1Q4NX 4H8HA 1W9UA 1JNEA 1JZ8A 1GORA 1DP0A 2F8QA 3CMGA 4NSBA 3VM7A 2XGIA 1U30A 4WKFA 1MW3A 1UD5A 4ZE5A 1UD8A 3EMCA 1R86A 2WZIA 5KEZA 1QHOA 4W8BA 3SCNA 2DDXA 1LG2A 1ZL1A 2CYGA 1JF5A 3B9DA 4RL3A 4B9YA 4CU6A 3QHOA 5A2AA 1LL4A 3PHAA 4MADA 4AZ7A 1BSIA 2F61A 4QCFA 4TUFA 2GDVA 2RGMA 4E2OA 1NARA 4HTYA 2WHKA 4J28A 3L4YA 5D9NA 4AD1A 3HN3A 1XH2A 2J79A 2FH6A 3VO0A 2EQDA 4OIFA 4UCFA 1I75A 3I3DA 4B3KA 4D6IA 1JFHA 4GZJA 2D0FA 3MMWA 3AXHA 5E6YA 1FHLA 2VX6A 1E3ZA 2ZX5A 2ZOXA 3DYOA 2WKLA 2HVMA 1PJ9A 3LPGA 3AIRA 4LPCA 3BH4A 2CNCA 4AISA 2D23A 2WANA 4BZYA 1NOWA 4H8UA 1H0IA 3WDHA 3AS3A 2CXGA 1WNOA 1VB9A 4CD8A 1U2YA 4CVWA 3AICA 1XYFA 4OUEA 4GO9A 1VFOA 1BGGA 4Z2KA 5CSYA 3VDHA 3RCNA 2DT0A 2A3BA 2XJ7A 4C7GA 4CD4A 3VGFA 1FH9A 3PN8A 4UQBA 5DO8A 4B16A 4HOXA 1E1FA 3A6OA 1DWAM 2QPUA 1W1PA 4FLRA 2WAGA 2IXVA 4UFIA 3EDDA 2FHBA 1UR8A 1UA7A 1VIWA 1HNYA 2YA2A 1QI0A 3CUFA 1UR4A 1UKOA 3AJ7A 4JKKA 5CZKA 4J3WA 1CPUA 1VRXA 1J9YA 2GJXA 4D1JA 4UQCA 1XH0A 2Y4SA 5JBFA 2CKSA 1D7FA 1UWTA 2AAAA 3FHAA 4S3KA 1A3HA 2YL5A 1KXHA 3WN6A 1KB3A 2UWFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1QOX A;  1Y7V A;  1I1X A;  4TVD A;  2VNC A;  1OD0 A;  3VDB A;  2X09 A;  4EAM A;  3F5L A;  4QAW A;  5GNZ A;  1VAH A;  4DWS A;  3T08 A;  1JXJ A;  1MW2 A;  1H5V A;  2DT1 A;  4PBG A;  1EGZ A;  2PC8 A;  2WB5 A;  2CKR A;  2IXU A;  2VX7 A;  1PX4 A;  2ZUN A;  2BHY A;  1GOM A;  6CGT A;  5F7U A;  2W92 A;  2E40 A;  3NYD A;  4UFK A;  2WBK A;  1QPK A;  1E6N A;  1OWQ A;  2VX5 A;  2WMJ A;  4AEE A;  1JZ6 A;  4CCD A;  2PBG A;  2UY5 A;  2OLH A;  2OWC A;  4WJX A;  3K4D A;  1C8Q A;  3WF1 A;  3VDA A;  2EPL X;  4JFW A;  4UNI A;  3AXX A;  3EBV A;  3GNP A;  2QMK A;  4N0R A;  4CD6 A;  1V6X A;  5ABE A;  5GQB A;  3GXI A;  1EDQ A;  1JND A;  3PTM A;  1UWU A;  3T2O A;  1ITX A;  4MNK A;  1FH8 A;  4DUW A;  1JYN A;  1CXI A;  5A3H A;  3GNO A;  3L4V A;  5A6M A;  4GKL A;  3T0A A;  2DSU A;  1BG9 A;  4JFV A;  1UQY A;  2WVV B;  1CXF A;  3SUW A;  4KGL A;  3VII A;  3S2C A;  1WE5 A;  3F5J A;  3SCW A;  2UY4 A;  4NZC A;  3IAQ A;  1W3K A;  3WQ4 A;  3W27 A;  3K46 A;  3W82 A;  4F79 A;  1C8Y A;  4AD0 A;  1IZJ A;  2VJX A;  5A2B A;  3FND A; 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