2J47A

Bacteroides thetaiotaomicron gh84 o-glcnacase in complex with a imidazole-pugnac hybrid inhibitor
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
586
structure length
572
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of O-Glcnacase by a Gluco-Configured Nagstatin and a Pugnac-Imidazole Hybrid Inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Inhibitor
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 233
structure length 572
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j47A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j47A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j47A01
2VI0A 2XIIA 4C7DA 3VILA 3WMSA 2YLLA 3BLPX 4B15A 3N9KA 4CKQA 2QV4A 4QLKA 1SFSA 4B3KA 5I79A 3WF2A 3VVGA 4X9YA 2FHFA 3VINA 5A6LA 1W9XA 2VVNA 1UH2A 1WO2A 2JEPA 2VL4A 4W8BA 2VTFA 1PIFA 4NF7A 5I78A 1VBRA 4HPHA 4TVDA 1FHLA 2X0HA 4MPKA 1G01A 3L4YA 1RH9A 3QHOA 4OBRA 3WF1A 3WFZA 4BZYA 1E15A 3BAKA 3AMDA 1V6VA 4C7GA 2Y24A 1PZ2A 4NZCA 2DT3A 3S6TA 2ZOXA 4LQ1A 1WDSA 1KR1A 3MUAA 4QFUA 4RE3A 1O6IA 3ZT6A 2XVGA 4U31A 1V03A 4GZIA 4HU8A 3FNDA 1GHRA 3BAJA 1Q6CA 2DQXA 1KGXA 1PJ9A 1VB9A 4IUGA 2XVKA 2AAAA 1HL8A 3OG2A 4FLRA 3I3BA 1D7FA 1M03A 1E70M 4JFSA 4J28A 1JF6A 1KXQA 3L2LA 3AS1A 3EMQA 1M04A 2A3AA 1JDCA 4D72A 5A6JA 2CNCA 1XC6A 5HXMA 4V28A 2YBUA 1UKOA 2VUYA 4JCMA 2IUZA 2ZX9A 4ML4A 3VM5A 1QNOA 2DSKA 1US2A 2DEPA 1RPKA 5A6SA 3UG3A 1WZMA 1C93A 1V6YA 1E43A 1CECA 1B2YA 1JYWA 1HL9A 1U2YA 2WYSA 3CZLA 3K4AA 4WLCA 1B3WA 5A95A 2WHKA 1OBAA 2Y8KA 1LG2A 4XUYA 2YA1A 4EK7A 1DWGM 1XSKA 2JF7A 1V6UA 2OWXA 3RM4A 1B3XA 1W9VA 3GBEA 3KE0A 1KB3A 2WSKA 2DT2A 5CPQA 4Z2LA 3BCFA 1E5JA 5JUVA 3PZNA 3SUWA 3TTSA 3VNYA 2ZX8A 1K9EA 3A4XA 1ZJAA 1GOIA 2BY3A 2GVYA 2VOTA 4OOZA 3WH9A 5FOOA 3ARPA 5HDRA 2XG9A 2VJXA 3HN3A 3KL5A 2D3LA 4AZ6A 3LPGA 3L2MA 2X09A 3BAWA 1WKYA 2D3NA 2D24A 4WKAA 1JAEA 2WMKA 4H2CA 1X1NA 3AISA 1TE1A 1V3KA 1J10A 3OGSA 2QLYA 5A2BA 3AIWA 4PMUA 1RP8A 3WQ6A 2W92A 4AD3A 4AD5A 3VD9A 3WL0A 2NW0A 1UKTA 5IXEA 1IZJA 1R86A 3K8KA 3SCVA 1XSIA 1DWFM 4H8UA 1HXJA 4J3WA 1UR2A 4FMVA 4PMQA 1HT6A 1UH3A 1J01A 2EPKX 3WD3A 4ZFMA 4PN2A 3OGRA 4NSBA 4TX8A 1C3FA 2J47A 3SUSA 1GPFA 1XV8A 1TG7A 1MFVA 2JF6A 4QLJA 3N11A 4JFVA 3BAYA 4PTXA 1ZL1A 2BHUA 4C90A 4D6IA 2VZVA 1NWSA 3WELA 5CG0A 4ZENA 1TVPA 5IFTA 2YBTA 5IDIA 3NIYA 4OOUA 4MJ4A 3VDHA 1W2PA 1ITCA 1E6SM 5FKYA 1I1XA 2O9PA 4ZXOA 2XHYA 3BGAA 1C91A 2RGMA 4HA4A 4PMYA 3WQ8A 3K8MA 1V3JA 5BXTA 4MDPA 2Y4SA 1UR8A 3W6MA 1E6ZA 1FH8A 1LQ0A 3GXIA 3L4VA 3NSXA 4Z2IA 9CGTA 2ZXBA 1EIBA 3ZQ9A 2BVTA 2D0HA 3MV01 4A4AA 2J7FA 4GPNA 3VDAA 3MSDA 2UY5A 1NP0A 1J12A 2C8NA 4J3VA 1GQKA 4TX6A 3M7SA 2O9RA 4UQAA 3VNZA 1BYDA 1HKIA 4TTUA 5ABGA 3FN9A 3IK2A 4ZXLA 4MNKA 1O7AA 1DWJM 3VGEA 1QI4A 4W88A 3W25A 2W91A 2CITA 4JKKA 1JGIA 5D4YA 4R27A 3SEPA 1D3CA 2EXOA 3DYMA 3AXIA 4AZHA 1H5VA 3TP4A 2EQDA 1CGWA 1W3JA 3FAWA 4P7LA 4UNIA 3SCWA 5CGTA 3TTQA 3WKZA 1M7XA 2YDQA 2PB1A 3AMLA 1MXDA 3VD7A 3CHEA 2V3EA 3B9EA 1V02E 1WZLA 3QR3A 2VNCA 3NSNA 1GQIA 2DSZA 3OGVA 4CCDA 4WF7A 2W66A 1CBGA 4Z2HA 2YKKA 2PC8A 4BQ2A 4M56A 1IZKA 5CSYA 1CIUA 1M53A 4HP5A 1HVQA 4AZCA 4GO8A 2J4GA 3UERA 4U5KA 3WD0A 1JD9A 4AZCB 4XV0A 3GDBA 2XTKA 1MQPA 1C90A 4W85A 5BXSA 3NSMA 4F79A 3VMOA 8A3HA 3WQ5A 3NUKA 1EH9A 1WCGA 2PWHA 2GDVA 1DWAM 4LYPA 5CPTA 1SMAA 4AMCA 4V2XA 5D9MA 3SCQA 2YJQA 4ZE5A 1UA7A 1WNOA 4KH2A 3IJ7A 1E40A 3N15A 4MB4A 3VIJA 3KEHA 1B3YA 1HKJA 5C70A 3BAXA 3MUY1 5I0DA 1GOKA 3U57A 3CZ8A 1U30A 1XRVA 3SCRA 3VD4A 1GHSA 3T0AA 3HMCA 2F8QA 3OB8A 7CGTA 5IHRA 4UR9A 2CBJA 1AQMA 1XH1A 4R5EA 3AS0A 4LYQA 3T2PA 2D22A 1CGTA 4NRRA 3TTOA 1J0KA 2V38A 1UQZA 1UWIA 3AIVA 3T0BA 3SUVA 1EOMA 4DWSC 3N18A 1HJSA 1OSEA 2XM2A 3AHZA 1CXHA 1E5NA 3E1F1 2XVNA 3AMGA 2B31A 1CLXA 4H8HA 5FL0A 2J7EA 1CDGA 2X2YA 2WC4A 3WH6A 4F9JA 4ATWA 2E0PA 3AZSA 2EPNA 1J0ZA 3AOFA 3ZIZA 1CWYA 2QMJA 2XJ7A 1FHDA 1TA3A 4UQCA 4OIFA 1VAHA 2WVSA 3WEZA 3MUIA 2WANA 2E4TA 4D71A 5HBFA 4U3CA 3WEMA 5I2UA 3CO4A 1HVXA 4QP0A 1I1WA 4BQ3A 4P8WA 3MSGA 1XCWA 3FY1A 1B9ZA 3CUGA 1PX4A 1V0NA 1W1PA 2BS9A 1EDTA 1W9DM 2F2HA 4C91A 1NWTA 1GJWA 1J18A 4U2YA 4D6JA 1HP5A 4PEEA 1E73M 1ZBCA 1ODUA 4E2OA 3POCA 3THCA 2Y2WA 1G0CA 1KR0A 3K1DA 1OINA 1KGWA 4L4OA 5TD4A 3W27A 2WKLA 4MAVA 5M17A 1CZ1A 2BY0A 5E0FA 1V0MA 3WD2A 4AIOA 4AC1X 1HKMA 1E71M 1NWUA 2BHZA 2J62A 3AHVA 2WCAA 1JL8A 2J74A 4JAWA 1WE5A 5CZKA 2Y5EA 4CN4A 1VFOA 3WNLA 3WDJA 5A6KA 1VFFA 2JE8A 1L0PA 4HOXA 2F61A 4YN5A 3OZOA 3UETA 4H8VA 3CZKA 3GTNA 4C7FA 4PCSA 1TMQA 2V3GA 5JBEA 1KXVA 1UUQA 2G8ZA 3D3AA 4XZBA 1ISVA 3AS2A 1V0LA 1UZ1A 3CUIA 1IV8A 1JG9A 3QHMA 1NWRA 1PX8A 1QI0A 2BY2A 4GI6A 3UEQA 4DWSB 3AICA 1K9FA 3PZ9A 4XZWA 3WFLA 2G3NA 1A47A 1E4IA 3PZVA 3DHPA 3MU7A 1BTCA 1KBKA 2J25A 3AMKA 4AIUA 4UQEA 2JFEX 1G9HA 3WDQA 3ARWA 2BHYA 4UFHA 4CGTA 1ZJBA 4M8UA 3EDKA 4UTFA 3SCTA 2DSWA 1JYNA 2RGLA 4DUWA 4JIEA 3VX1A 3J7HA 3IAQA 2BXZA 1JZ7A 4GI9A 4JL1A 3WENA 2EPMX 2FGZA 3VIKA 3SURA 1JZ5A 3DYOA 3WUEA 1UD8A 4Z2JA 1YHTA 3FW6A 2O9TA 4M29A 4WKFA 1VEOA 1MVYA 4HA3A 4GZJA 3VMPA 1G5AA 5E9AA 1CPUA 4MNJA 1MW3A 3EDEA 3L4TA 4UOJA 3BXWA 1H0IA 3WBAA 2D20A 1QW9A 1ZBVA 3WSUA 1V02A 1BYAA 4MB3A 2IXVA 4D6CA 1HJVA 2DDXA 1P6WA 1LWHA 2WMFA 2FHCA 3WNMA 1GCYA 2XPKA 2WVTA 1OM0A 2FHBA 1GONA 2CCRA 3O2LA 2WLYA 1KCLA 1B0IA 5BYWA 2Q8XA 5BRPA 5A8MA 1ZBWA 2OYMA 4QAWA 4D1IA 1EHNA 4EAMA 1E9LA 2OSWA 3AS3A 2E8YA 1Q6GA 2E9BA 4XB3A 3WY1A 2BY1A 3NDZA 2WMGA 4UFKA 1RD6A 1UD4A 3BAIA 1UH4A 3A4WA 3M6DA 2ZIDA 1WPCA 1H09A 4GKLA 3I3DA 4BQ4A 5FIPA 1W3KA 3VIHA 3SIMA 2CKSA 1J0YA 4D6DA 4DM1A 3F5KA 1UA3A 3ARZA 2E9MA 1GVYA 2JIEA 3PZQA 1A3HA 4Z2KA 1QI2A 2J7CA 3WF3A 1R7OA 1QBBA 4U33A 1MYRA 2WBGA 3PZIA 3SCNA 4CU6A 3GYCA 4MB5A 3WNOA 1EHAA 2XFFA 3OBAA 4UFJA 4IISA 5LA0A 4WK9A 3UG4A 4PBGA 3OZPA 3U7VA 1H1NA 2J75A 2XVLA 3CBWA 5EB8A 2E40A 4HA1A 5CLWA 2CXGA 1V3IA 2PI6A 3EYPA 2A3HA 4D6GA 1JD7A 3MMWA 3VKKA 3AI0A 3PBGA 3W29A 3W24A 2QPSA 4TTGA 3N13A 3ZOAA 4LPCA 1OT2A 4UFLA 3W0KA 1H4PA 2V5DA 4TXEA 1Q6EA 1E4MM 1X6NA 2QPUA 3VIPA 4W7WA 2UY2A 4AXNA 4M1RA 2QF8A 3W6LA 2CBUA 3GNOA 2J7BA 1AQ0A 5CSUA 1VJZA 3LPPA 4AWEA 1LWJA 3WMBA 1MW2A 2Z1KA 3M07A 2PBOA 4JKLA 1MFUA 2JALA 1HF6A 1UR0A 3ARSA 1JFHA 4MNMA 3T08A 4CUCA 1BFNA 2ZX6A 3OA5A 4D1JA 2XGBA 2WNWA 1FFRA 2ZX5A 1B1YA 3PZGA 5E6YA 2J7GA 1WP6A 1DP0A 5LYRA 1QNRA 4NI3A 4LYRA 2CETA 2WM0A 3KL3A 4B9ZA 1LL4A 3KZSA 3VD5A 4F66A 3ARRA 3W38A 2QMKA 5AC5A 1K9DA 3AIEA 3WD4A 4AD1A 4AD0A 1IT0A 1ISZA 3KL0A 3K46A 2PWEA 2WZEA 1J0HA 1E3ZA 1E56A 3IJ8A 4HMCA 4WKHA 1J0IA 4W5UA 5JIPA 1BYCA 2E8ZA 2YA2A 5DF0A 4JHOA 1QOXA 3GNPA 1JNEA 4H04A 1BAGA 5A6AA 3N1AA 2WSPA 1QPKA 3ECQA 1BG4A 1W1TA 1S46A 1NOUA 3AFBA 4RE2A 4JZ5A 3T2OA 2XGIA 1V6WA 4TVUA 1ISWA 1GOOA 4D6FA 3WH5A 1BF2A 3TONA 1XGZA 2YDRA 4LXFA 4EKJA 3RM8A 1DWHM 3PTKA 1E1EA 4OJYA 4TUFA 3ZJ6A 2VX5A 5A94A 2AOSA 1EQPA 1C7SA 1JIBA 4URIA 3CLWA 5A2AA 5BWFA 4AEEA 4B16A 1NOWA 4PMDA 4K68A 1JZ2A 1JAKA 3B9AA 3ZJ8A 4HZ7A 1UR4A 2VT0A 3DECA 4E8DA 4DM2A 1JYXA 5I24A 1R8LA 3F4VA 4Z2GA 3ZJKA 3ZSTA 2XSBA 1OIMA 1LL6A 3PZMA 1WDRA 3K4DA 3G6MA 1N82A 4ATDA 5I77A 1UG6A 3FAXA 1VJSA 4S3KA 2NSXA 2WMIB 3AHYA 3CHFA 4AW7A 1UKQA 1GVIA 2J79A 1C8XA 1CNVA 2WLZA 4Q7NA 1QNPA 3TOPA 3RCNA 1NOFA 1SR0A 2WVVA 1BVNP 2DGAA 4AD2A 3N17A 2W61A 2WVVB 4MADA 3VMNA 3UR8A 2GSJA 3ZR6A 5GNYA 3AIBA 2WWDA 4JL2A 4W93A 2GJRA 1JI2A 3A4AA 4OZOA 2AMGA 1W91A 2W4XA 1ISYA 2WB5A 3K8LA 1CENA 1PPIA 2D0GA 2BV9A 1OWQA 3JUGA 2CERA 4WJXA 3FXYA 3WQVA 1H11A 3MUZ1 1UR1A 1WB0A 2EJ1A 3MMDA 4AZGA 4OKDA 3WNPA 3CUHA 4P7OA 3VIGA 2XSAA 5BROA 3FHQA 1V08A 1ZU8A 2HVMA 1VEMA 1V0KA 4J3TA 2UY3A 1LL7A 4BF7A 5GNXA 4B9YA 1TFVA 4OUEA 1E6NA 1ODZA 3VDCA 3SCOA 1E3XA 1CLVA 1H2JA 3VGFA 2J7DA 1CXLA 1EQCA 1VFUA 2WVUA 3BCDA 4CD7A 3AIUA 3RDKA 5HOSA 4DWSD 4KWUA 3WIJA 3EDFA 4P8XA 3WL1A 1BYBA 1UWSA 2VO5A 4M82A 3F5JA 4PUEA 4GI8A 3AZTA 3CUJA 1GNXA 4CVUA 1EOKA 3CHDA 1D2KA 3GH7A 4GIAA 1HNYA 1EXPA 1E6PA 1E0XA 4LGXA 5CGMA 1HN1A 3AYRA 5IHSA 3WNNA 7A3HA 1FP9A 3PHAA 5JBFA 2WMHA 4U3AA 4GO9A 1HP4A 3PN8A 3N04A 4DUVA 1ESWA 1PZ3A 1JZ4A 1OD0A 3CMGA 5DFAA 4JHZA 1KGUA 2A3CA 1EO5A 1JXJA 2GDUA 3IAPA 3EBVA 4H7VA 3CZGA 3GM8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2VI0 A;  2XII A;  4C7D A;  3VIL A;  3WMS A;  2YLL A;  3BLP X;  4B15 A;  3N9K A;  4CKQ A;  2QV4 A;  4QLK A;  1SFS A;  4B3K A;  5I79 A;  3WF2 A;  3VVG A;  4X9Y A;  2FHF A;  3VIN A;  5A6L A;  1W9X A;  2VVN A;  1UH2 A;  1WO2 A;  2JEP A;  2VL4 A;  4W8B A;  2VTF A;  1PIF A;  4NF7 A;  5I78 A;  1VBR A;  4HPH A;  4TVD A;  1FHL A;  2X0H A;  4MPK A;  1G01 A;  3L4Y A;  1RH9 A;  3QHO A;  4OBR A;  3WF1 A;  3WFZ A;  4BZY A;  1E15 A;  3BAK A;  3AMD A;  1V6V A;  4C7G A;  2Y24 A;  1PZ2 A;  4NZC A;  2DT3 A;  3S6T A;  2ZOX A;  4LQ1 A;  1WDS A;  1KR1 A;  3MUA A;  4QFU A;  4RE3 A;  1O6I A;  3ZT6 A;  2XVG A;  4U31 A;  1V03 A;  4GZI A;  4HU8 A;  3FND A;  1GHR A;  3BAJ A;  1Q6C A;  2DQX A;  1KGX A;  1PJ9 A;  1VB9 A;  4IUG A;  2XVK A;  2AAA A;  1HL8 A;  3OG2 A;  4FLR A;  3I3B A;  1D7F A;  1M03 A;  1E70 M;  4JFS A;  4J28 A;  1JF6 A;  1KXQ A;  3L2L A;  3AS1 A;  3EMQ A;  1M04 A;  2A3A A;  1JDC A;  4D72 A;  5A6J A;  2CNC A;  1XC6 A;  5HXM A;  4V28 A;  2YBU A;  1UKO A;  2VUY A;  4JCM A;  2IUZ A;  2ZX9 A;  4ML4 A;  3VM5 A; 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