2J47A

Bacteroides thetaiotaomicron gh84 o-glcnacase in complex with a imidazole-pugnac hybrid inhibitor
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
586
structure length
572
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of O-Glcnacase by a Gluco-Configured Nagstatin and a Pugnac-Imidazole Hybrid Inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Inhibitor
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 233
structure length 572
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j47A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j47A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j47A01
2VURA 1FP8A 1QNRA 1JD7A 3TTOA 1PJ9A 2W5FA 4C7GA 3PZNA 1LG1A 4QP0A 3VD3A 4CU6A 1KXTA 1GVYA 1VEOA 2DSVA 3SIMA 4GI6A 5A3HA 1MQPA 4HMEA 5D8WA 4IISA 3UETA 3CZJA 2XFYA 2Q8XA 3GBEA 5D9PA 4MB3A 1CLXA 1JDAA 5A6BA 4YHGA 3A47A 4QLKA 3WH8A 2YOCA 5ABGA 1WAWA 4JL2A 2X0YA 4AZCB 1TE1A 5KEZA 2XVPA 1JZ7A 4D6IA 2GK1A 3DYMA 4HA1A 4LXFA 3WF2A 2YJQA 2VZSA 2VCAA 1WDRA 5I78A 1KR0A 3ZR6A 2Z1KA 3AI0A 4AZIA 4DUVA 4MDPA 4PN2A 5JBEA 1GOMA 1JZ3A 1SMDA 2EXOA 3FAXA 4HOXA 4EAMA 4PYSA 1V0MA 3CHEA 4U2ZA 2JF6A 2ZUUA 1BVZA 2XIIA 2EPKX 1OWQA 2WKGA 4WSKA 3SURA 3ZIZA 3GXDA 5A8PA 1CLVA 2DIEA 4AZCA 3LPGA 1FA2A 1AMYA 3WF4A 1J18A 3T0DA 1H49A 1W3JA 3CZGA 3PZUA 3RM8A 1Q6DA 3PZ9A 4J3TA 3MMDA 3BSGA 1G9HA 1J12A 1OINA 3OLIA 3KE0A 1JDDA 2XFFA 1NH6A 2OLHA 2VMFA 2FHCA 1FOBA 4EANA 4QLLA 4AWEA 1UR1A 4TTUA 3OBAA 4QDMA 3EMZA 3SCUA 1OGBA 2BXZA 2E3ZA 4AMCA 1W9PA 1WDQA 4Q7NA 4A4AA 4WLCA 2BS9A 5JBFA 3ARTA 4XUYA 4UOJA 3SUVA 3SCSA 3S2CA 2EPLX 2UY3A 3ZM8A 4U31A 3AXXA 2NSXA 4AD2A 3IANA 3VD5A 3WF0A 2W4XA 2WMGA 1BGGA 2OWWA 5GNZA 1FFQA 1JNDA 2ZX9A 1FFRA 1EH9A 4UFKA 5BXTA 3MANA 1WZKA 3WBEA 1KWKA 1SR0A 3VINA 4Z2LA 1R7AA 2C0HA 4TX6A 3PZOA 1FHDA 2J8GA 3WF3A 2BY0A 4RE4A 2X05A 1JZ6A 4CD7A 3ARVA 2DH2A 2OWXA 1BHGA 1OT1A 1X6NA 2BY1A 1SYTA 4P8XA 1EDGA 3K1DA 4KMQA 2CHOA 2CEQA 3VIIA 3WUFA 2BY2A 3HU7A 2ZUVA 3QOKA 1JXKA 4AZHA 4ATDA 1EHNA 1CXKA 3ARQA 1B1YA 2VX7A 2A3CA 2WMFA 3L4ZA 2BHZA 3GXIA 3POCA 3VPLA 4PSRA 1KGUA 4W8LA 1B9ZA 4PUDA 1E4NA 1UZ4A 3N1AA 1CBGA 2PWHA 5TD4A 2J4GA 2XM1A 3BAXA 1E6QM 4PCSA 2W67A 4HU0A 4ATWA 4PMDA 3FXYA 1C7TA 4Z2JA 1UQZA 1JI2A 5EMYA 3CUHA 4QAWA 3SCPA 2QMKA 3W24A 1UKOA 2BV9A 1HKMA 3EDDA 4PCTA 3WN6A 2GUYA 4IUGA 2YBTA 3VGFA 2BXYA 4U3AA 4D1IA 3FAWA 3VIFA 2VZTA 3RIKA 4RE3A 4P7OA 2FDMA 3L4TA 1C90A 5ABEA 2F8QA 2D2OA 1Q6CA 4QFUA 4PMVA 5BXPA 5KZ6A 4UFLA 5CGMA 7TAAA 1GONA 3ZR5A 1CENA 4P7LA 2QMJA 1BG4A 1ZJBA 2WLYA 4V28A 2VRKA 2XVGA 4JL1A 4MNLA 3SEPA 2XSAA 3QOMA 3DECA 1D3CA 1HJUA 4KRTA 5LA2A 3L4WA 3U57A 3VGHA 5AYBA 2WB5A 2D0FA 2E8ZA 2VVNA 1E1FA 4D1JA 1CGUA 5HPOA 4M82A 3EMQA 3LPFA 2WHLA 4H7VA 3VM7A 2E9LA 3ZOAA 1LG2A 4JFSA 4KGJA 1K9TA 3BAIA 5A2BA 2BNJA 4W5UA 4GXPA 3CGTA 1UKPA 1KXHA 4M1RA 3VUPA 2GDVA 2VNCA 4E8CA 4E8DA 4W7WA 2XGIA 1DP0A 5CQ1A 1EHAA 4BA0A 2A3BA 3B9AA 3AMGA 1OIMA 1W1TA 2CBVA 2Y8VA 3WQ5A 7A3HA 1RPKA 1B3ZA 5GNYA 1JD9A 1QW9A 1OBAA 1KR1A 4E2OA 1ECEA 2OSXA 1H0IA 2YL8A 4GZJA 5BRPA 1O7AA 4CU7A 2X8RA 5ABHA 1KBKA 1JFXA 2GDUA 1D2KA 1V0NA 3IK2A 3T2OA 3GZAA 1GW1A 3NSMA 1XGZA 1MFUA 4AD4A 1OB0A 3BLKA 1J0HA 2JIEA 4NRSA 1R85A 3UCQA 1DWAM 3W6MA 5LYRA 1IV8A 4CGTA 4W8BA 3GDBA 4C91A 2VRJA 2AMGA 5I79A 1KQZA 2CYGA 2XWDA 3TTYA 4AY1A 5I2UA 1HJQA 4GIAA 4DUWA 1TVNA 4HTYA 3PZIA 1WDSA 1UWIA 2G41A 2YL5A 5E0FA 3MU7A 1W1PA 2IXVA 2J77A 4PTMA 2JFEX 3BCFA 3E1F1 2J8FA 2WM0A 3BXWA 4JKLA 2ZUMA 1W9DM 5A69A 4MADA 1E73M 1IZKA 3AXHA 3CZKA 2QHAA 1RD6A 5AYIA 4BZYA 5A8OA 5FCZA 5FIPA 3RPMA 3VIJA 1TA3B 2OSWA 4P8UA 4AISA 4GQQA 4LYRA 4AZ6A 2PF0A 3RM4A 1I75A 1BG9A 3BCDA 3BC9A 2WC3A 1V3KA 2WHMA 3CHCA 3CZ8A 1ESWA 4M56A 5CPTA 1TZ7A 1U33A 1GOOA 2YDSA 1E70M 5DT7A 4F79A 2JIWA 3OLDA 3RM9A 5BYWA 1EA9C 4J3UA 3WNLA 3W26A 1G01A 2VUYA 2W91A 4AXNA 5HNNA 4UFMA 4W8AA 7CGTA 2YL9A 3ARWA 4DM1A 1V3LA 3ZSTA 1V6UA 1XHGA 2CKRA 4AIOA 3O2LA 4L4OA 3W27A 1JYNA 3F5LA 1EDQA 3CBWA 4V2XA 1Z32X 1E6NA 4CCCA 2JEQA 6CGTA 3AHTA 3IAQA 2VZOA 4GZIA 4MJ4A 4PSPA 2JALA 1CNVA 1EIBA 2AAAA 1IZJA 4J27A 3WDJA 1PBGA 3B9EA 2QPSA 1QI2A 3W82A 3T0AA 2VCCA 2EQDA 1H09A 3RJXA 4D6CA 4MB1A 4U5IA 2J25A 4QCEA 1U30A 5D4YA 1GQIA 5A1AA 2WBGA 3K8KA 1US3A 4CN6A 2D24A 3THDA 1M7XA 3CIVA 1QHZA 2X1IA 4YPJA 5JIWA 3GH4A 2B31A 1XH1A 2XUCA 2D0GA 3CMGA 1W9VA 3WENA 2QPUA 3PTKA 1ODUA 2XTKA 4MDOA 4UCFA 1GPFA 4J28A 4PTXA 4AIUA 5CSUA 1VEMA 1E5JA 2RGLA 1TVPA 4HZ8A 2WKLA 1ZJAA 3VIGA 3CUFA 4IPNB 3GXMA 1A47A 2CBIA 3WDPP 1XV8A 2D3NA 3OGVA 2PBGA 4LX4A 1E56A 1C7SA 1O6IA 1UUQA 1VBRA 2YL6A 2UY2A 1K9EA 1UWQA 2G8ZA 1VFUA 3N12A 1OCQA 2EPMX 4E4PA 3EMCA 4ACZB 4AZBA 2V3FA 1DWFM 2WSPA 4OOUA 1E4IA 2PC8A 1E0VA 2PB1A 1X6LA 5FL0A 1OT2A 3VX0A 1FP9A 1UD5A 1KCLA 6TAAA 2NT1A 3RCNA 4B3KA 1HJSA 3HJEA 4X0VA 2OWCA 2VR4A 2EPOA 4ZE4A 3MMWA 1H1NA 1MYRA 1V3JA 2QV4A 1E71M 2CCRA 4OIFA 4PRWA 5A6KA 4IM4A 1ISWA 1JYWA 3VIHA 1AVAA 3PTQA 1BLIA 1DWGM 1DHKA 3TA9A 4M80A 1ZBKA 4ACZA 3AFBA 1QPKA 1QNSA 2VX6A 1GVIA 5FL1A 4DWSD 4KWUA 1C91A 1XCWA 1BYCA 3CMJA 2J7FA 4AW7A 2ZXQA 1E15A 4MAVA 3FHQA 3QR3A 4XB3A 1BPLB 4S3KA 1XSIA 2XPKA 5A2CA 3CHDA 1E6XM 1GOWA 1AQMA 1ISXA 2ESCA 2G3JA 1NOUA 1QNQA 1FH9A 2D0HA 4UZUA 4H2CA 1R8LA 1Y7VA 1E4LA 2DIJA 1CEOA 3MS8A 5DFAA 4P7QA 4UFHA 5M17A 4CCDA 1G94A 3BAJA 3K8MA 1J0JA 5BRQA 3ARPA 3ARRA 2PWDA 3SCTA 1UD3A 1V6YA 2IXUA 2E4TA 4FLRA 1ITCA 1JZ8A 1NOWA 3UG5A 2WBKA 1BTCA 3SCVA 2F61A 4LQ1A 5A6SA 3SCOA 3VX1A 4B3LA 3T2QA 4F8XA 5I3DA 4URIA 3RO8A 2VCBA 1KFWA 1JIBA 1SFSA 4D6HA 5HOSA 3WL1A 3AIWA 3W53A 2CITA 3SUTA 4PTVA 3SCRA 3WNMA 3WBAA 3I3BA 5HXMA 2ZXAA 3FY1A 1ZU8A 1NWTA 2DT3A 4IPLA 5BCAA 1JI1A 1EGZA 5IHRA 1BYAA 3G6MA 1V6WA 3MSGA 3O9NA 4DWSB 3AMLA 3CTTA 5A6LA 4NF7A 1JG9A 2ZXBA 2JF7A 2ZXDA 3T09A 4D72A 4TXEA 1RP8A 1NWUA 2VR5A 5CPSA 4BS0A 1K9FA 3AHYA 1CXHA 2VT0A 1XD0A 3AS0A 3VMPA 1B3XA 2D22A 4P8WA 2CPUA 3AICA 4UOQA 3RMEA 4UQDA 1UWTA 2JEPA 1FHLA 1JAKA 2J7DA 1GOIA 2VO5A 1L0PA 1DTUA 3OG2A 1FH7A 4DWSA 2XGBA 3J7HA 3RILA 2W62A 1JNEA 1W9UA 2WC7A 1HXJA 1HN1A 1W32A 2O9OA 2PWGA 8CGTA 5DT5A 1AQ0A 1F4HA 2ZUTA 2DQXA 5FOOA 1E3XA 3ZJ7A 1NP0A 1B3YA 4B9YA 3ARSA 4W85A 3WH6A 2XVLA 1V03A 1QBBA 2WMIB 3ZT7A 1UD2A 4JKKA 2VRQA 1QBAA 4ATLA 1XCXA 2XHYA 4OJYA 3VNZA 4UNIA 2V5DA 4M8UA 3GYCA 5JBDA 2OYLA 3GXFA 2X09A 1B30A 1XC6A 4NRRA 1HVXA 2WCAA 2G3MA 4PBGA 2E8YA 1D7FA 3WDHA 4MNMA 4AZGA 3N15A 1HIZA 5A6JA 4TTGA 1TCMA 3CO4A 1MW1A 3ZT6A 5LA0A 2Y2WA 3PN8A 5JIPA 4CD4A 1EOMA 4FK9A 3B8SA 1E72M 4HPGA 3ZJKA 4F9DA 1MW2A 2BHYA 2BVTA 3NYDA 2VX4A 1V6VA 2DT0A 4OBSA 3VIMA 4YN5A 4W89A 2XSBA 3OGRA 3T2PA 3IJ8A 1M01A 1MXDA 1WE5A 2OYMA 2WSKA 4WK9A 4UFIA 1EXPA 1V3MA 1HKKA 3ECQA 4AD0A 4EE9A 5IFTA 3ALGA 4ZXOA 3OLGA 2J75A 4GO9A 4BCEA 1MW0A 4PUEA 2VTFA 4Z2GA 2CETA 4MPKA 3EBVA 1MXGA 3OZPA 1CXLA 3ZJ8A 1WB0A 1ISZA 3OIHA 3IAPA 1LQ0A 1X1NA 2XVNA 1EQPA 3NSXA 2WAGA 4MNJA 3AIBA 3EYPA 3U5YA 1C92A 4D6EA 2CXGA 4H04A 1XYFA 2HISA 4WF7A 2A3EA 1HL8A 1UZ1A 1W3HA 4P7RA 2WNWA 2YIHA 3VIKA 4NI3A 3WUBA 3ARYA 3FNDA 2Y8KA 1JAEA 1E4MM 2Y4SA 3NIYA 1BF2A 2WC4A 3ZT5A 3L4YA 1W91A 3UG3A 1FH8A 3ARUA 4YHEA 1I1XA 3W29A 4UQCA 4TVCA 2PBOA 1HF6A 1HNYA 1KBBA 3CUGA 1KXQA 4CD5A 4K68A 1XYZA 5E6YA 3I3DA 3ZO9A 3VU2A 2WCSA 1P6WA 1BAGA 2VQUA 1J0ZA 3D3AA 1M04A 1JYXA 4ACYA 3BMVA 1LF1A 1VENA 1CXIA 4KRUA 5ABFB 2GJPA 4LYPA 2WVTA 3VNYA 2XYLA 3K46A 5IHSA 3APGA 1E40A 3WUEA 1US2A 2VJXA 3L4XA 1GJWA 1I1WA 3AIQA 1V3IA 3AOFA 4A3YA 1E6RA 1HJWA 2XIBA 1HX0A 3VGDA 4CD6A 1UD8A 3ZJ6A 3WDRA 4HOWA 4U33A 5I0DA 4FLSA 5GQBA 4CU8A 1GHRA 2WCGA 4ZEPA 2YA2A 5D8ZA 4A3HA 2WHKA 4ZXLA 2YA1A 1PIGA 4HA3A 2J7EA 1UKQA 1VFOA 3WH7A 2PWFA 1MQQA 4KH2A 4AD5A 2BHUA 1QNOA 2XG9A 3MV01 2WZIA 1XD1A 3U7BA 2Y5EA 3W37A 1UA3A 1JDCA 3KL3A 6A3HA 4X0NA 2WZEA 3N18A 2ZX8A 4P7NA 4PMOA 3B9DA 4BF7A 4PMYA 4D71A 2X2YA 2O9TA 1XH0A 3U7VA 4TVUA 3JUGA 4CN1A 2WXDM 3N11A 1KQYA 1AQHA 3UR7A 1Q6FA 4UQAA 4W7VA 1HKIA 3NDYA 4GINA 2WMHA 5HBFA 5HPCA 3NUKA 3GH7A 3THCA 3F5KA 1W1VA 2WW5A 1Q4NX 2Z1SA 3AZRA 2O9RA 3BAKA 3WH5A 1TA3A 3AMCA 2W63A 3DHPA 3O6AA 3BLPX 3RJYA 3VIOA 1F4AA 2YA0A 1HP4A 1BYDA 2A3AA 4B9ZA 1HJXA 2GJXB 4S3JA 4UZSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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