2J4GA

Bacteroides thetaiotaomicron gh84 o-glcnacase in complex with n-butyl- thiazoline inhibitor
Total Genus 229
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
229
sequence length
586
structure length
586
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Analysis of Pugnac and Nag-Thiazoline as Transition State Analogues for Human O-Glcnacase: Mechanistic and Structural Insights Into Inhibitor Selectivity and Transition State Poise.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
molecule tags Inhibitor
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 229
structure length 586
sequence length 586
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j4gA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j4gA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j4gA01
4PRWA 3WUGA 2GFTA 3TTYA 4J28A 4B3KA 1H4PA 3B9AA 2YIHA 2ZXAA 1J9YA 3GXDA 2G41A 1CZ1A 4ATDA 3W24A 1QI2A 5C71A 5CLTA 1CECA 5AC5A 4WKAA 2VRKA 1JFHA 4DWSC 1ZU8A 5DEZA 3ARRA 4AIUA 3T2OA 2ZX6A 1CGWA 4UNIA 4CD6A 4AD5A 4B15A 5DFAA 1D2KA 1HT6A 4P7OA 1KXVA 4HTYA 1E6XM 4MAVA 4D6GA 2GJXA 4HOXA 5KZ6A 4RE4A 1MW1A 2XIBA 3WNNA 2E8ZA 1VBRA 2D0HA 2VUYA 4DWSD 1PZ3A 1KR1A 1JD9A 3CMJA 2A3BA 3OA5A 3BMWA 1BTCA 4LPCA 2PI6A 4J3XA 2OYKA 5E0FA 4U3AA 1KQYA 4CCEA 3PTKA 1QI0A 1ZBKA 3CZJA 3OGRA 1E3XA 1H41A 2VZOA 4MNJA 2ZIDA 3AS2A 1L8NA 1U2YA 3ZOAA 3WQ8A 2WSPA 5BRPA 1TUXA 2CKRA 4D6CA 1G94A 2J47A 1RPKA 3WD1A 1UWUA 2G3MA 2DDXA 3WNMA 4AZHA 3ARXA 5LA2A 4GQRA 2XUCA 2BY2A 1V3KA 4Z2KA 3VIKA 2WAGA 2YKKA 3I3EA 2WXDM 1JF6A 3CUHA 4JZ5A 1H2JA 1UQZA 3PZMA 1HNYA 3CMGA 1JZ3A 1QW8A 4B9ZA 2ZE0A 3SUSA 3VVGA 1F4HA 1F4AA 4GINA 5D9MA 1E72M 1GOMA 3T2PA 1FH8A 1CDGA 1EO7A 2DT1A 1J0IA 3WEZA 1TA3A 4AC1X 4EKJA 3ARUA 5A6MA 3WKZA 2MANA 4HOZA 2D20A 1GOOA 1XD1A 2DEPA 3VDAA 4JAWA 5DT5A 4MNLA 4X0NA 5A8QA 3OLIA 2J7EA 3WF4A 1M04A 3NSXA 2D0GA 4M81A 1QOXA 2VOTA 5A2AA 4DM1A 3WNKA 3AIRA 2ZICA 1JDDA 4XX6A 3MMWA 4AZCB 2FHCA 5HBFA 2WSKA 4D6FA 1QI5A 3FN9A 3L4TA 2VMFA 2ZUSA 3IAPA 2XFFA 4P7RA 1HKJA 2GSJA 1V0NA 3WQ4A 4HZ7A 5BROA 1GJWA 3WUBA 2ZUUA 2ZX5A 1V3MA 1W3KA 1JD7A 2ZWYA 3B9DA 4U3CA 4HA3A 1CIUA 4KGJA 3WDRA 3ZR6A 1BQCA 1QNPA 4F66A 2WW5A 4BA0A 1XV8A 3VX0A 3VOCA 4J7RA 2YJQA 1QI3A 5I6SA 2BVDA 2VI0A 2XM2A 3F5JA 5EMYA 1YQ2A 4BQ5A 3BSGA 3QGVA 1V6YA 4AY1A 1LF1A 1UUQA 1TG7A 5FOOA 1GPFA 3CTTA 4JFUA 2WVVA 5IFTA 3K4AA 3DHPA 2ZXDA 1G1YA 3CGTA 4PMUA 5FKYA 3AZRA 5A2CA 2IXUA 3OZOA 4MDOA 4TTUA 1UKQA 2YBUA 1FHLA 1NARA 2VRJA 1HJQA 1BSIA 4MNMA 2J62A 2VQTA 1C91A 1MQRA 5ECUA 3SIMA 3VIJA 2Q8XA 3OBAA 3W81A 3W6MA 3ARWA 1CNVA 3WD2A 2CITA 3N9KA 3SCOA 2O9TA 3ARPA 4JFTA 4FMVA 5I78A 1ZJAA 5KEZA 1PBGA 2Z1SA 1SYTA 4OOUA 1TA3B 1GHSA 5BCAA 2FH6A 1GJUA 2DH3A 5BXRA 1WCGA 2FDMA 3VMOA 1CGXA 5EFFA 1FHDA 1JDAA 1V02E 2FHFA 5FL0A 2VURA 1VF8A 3T08A 1XHGA 3ZT6A 3WDIA 2EPNA 1CXIA 1QW9A 3CUJA 2F8QA 3FNDA 1JDCA 1XYFA 4NRRA 1GVIA 4CU6A 4U5IA 3O9NA 1FA2A 2VX6A 3UESA 1B3VA 4MADA 3RJXA 3M6DA 1H09A 3SCVA 2PWEA 2GDUA 1L0PA 1KCLA 2YOCA 3WSUA 3AIWA 4OUEA 1GCYA 1KGXA 2WLYA 3EMCA 3N04A 3TTQA 2WHJA 1WKYA 4S3JA 4XUYA 4XZWA 1SMAA 3UEQA 1W1TA 3ZSTA 2PBOA 1B0IA 3WFZA 1MXGA 5GNYA 4W8BA 2FHBA 2XHYA 1PIGA 5E9AA 5EBAA 5JUVA 1Q6FA 4JHOA 4PMYA 2PWFA 5C8BB 1J0YA 2X05A 5I23A 4AMCA 1DWFM 2WVTA 4U2ZA 1C8XA 2AMGA 2WBGA 4PMVA 3DYMA 1WB0A 1NWTA 1GZJA 4W86A 2V3FA 1QHPA 5A6LA 8A3HA 3RILA 1EHNA 1HN1A 1VFOA 2Y4SA 3N15A 1E4LA 3THCA 4V27A 3AMKA 3PZVA 2PWHA 1NOFA 3EDFA 1CGYA 3EYPA 4P7QA 1UKSA 1UWQA 4ZEPA 2DPEA 3KE0A 4GI9A 1FP9A 3L4VA 1HKKA 4IPLA 5GPRA 5FL1A 4UOZA 1HVQA 2YA1A 4DUWA 3UG5A 1DWHM 1G9HA 4RL3A 4PMNA 4IM4A 3U7VA 4OBRA 2OSXA 3THDA 3CPUA 5A94A 4YN5A 1J01A 4AZ7A 1QNOA 3VIGA 4DWSA 2YLAA 1E1FA 4JIEA 2G3NA 2VZSA 1HJUA 4KWUA 4PYSA 3DECA 1CGVA 1XH2A 1SMDA 5CPTA 3VGHA 5JIWA 1TFVA 4ZE4A 4J3WA 4U5KA 4QAWA 4FLOA 1SR0A 4C90A 1BG9A 2CIPA 3N12A 1BVZA 1MWOA 1WO2A 1MVYA 3WL1A 1GOIA 2X8RA 3QOMA 4YPJA 2NT1A 1I1WA 3ALGA 2Y8VA 3GXMA 4UFHA 1E43A 2WKLA 3VINA 2VX7A 4MAZA 2XJ7A 3SCRA 3VM5A 1B3XA 3MANA 4H8HA 3VGDA 1W9PA 4DUVA 4W8LA 2J7BA 4P8UA 3ARTA 3GBEA 2XVPA 1DEDA 3LPGA 2O9PA 4F79A 2XM1A 5E6ZA 4LGXA 4D6EA 3M07A 3N17A 4CD4A 3W0KA 4X9YA 3VO0A 5M03A 4ZENA 4JL2A 3MUIA 2CEQA 3BC9A 4A3HA 1GW1A 2GVYA 1E6QM 2AOSA 2E8YA 2VVSA 2J7GA 2Y5EA 3AIVA 5DF0A 1V0KA 5CGTA 1QBBA 1W3JA 4H8UA 2WCGA 3TONA 1UD8A 2ZUVA 3OLGA 2VVNA 1ESWA 2JALA 3AXHA 3D5HA 4HU8A 5F7UA 1G01A 3BAIA 2X2YA 4ZFMA 2CHOA 4J3VA 2J78A 1E71M 2C7FA 1CEOA 2NT0A 1B30A 2WB5A 3WY1A 4ZXLA 1QNQA 3M7SA 3BAJA 3W37A 4ATWA 4TVDA 5HPOA 1EQCA 3WFLA 3SCSA 5D8ZA 3GDBA 4NI3A 3L4YA 3W4RA 2YL8A 3I3BA 5HNNA 4GQQA 1MQQA 2JIEA 3EDKA 1VENA 4IISA 4HA4A 4E4PA 5EFDA 4JCLA 1JZ5A 3KL5A 2E9BA 4NSBA 3IANA 4R27A 5BXTA 2J4GA 1A3HA 2WKGA 3D3AA 3K46A 4F8XA 1FFQA 1WNOA 4H04A 1Q6CA 4QLLA 3UG4A 2DIEA 3ARQA 3LMYA 4H2CA 2V3GA 1ZB5A 2VNCA 3FY1A 3QHOA 5GQBA 3UR8A 1XSIA 1PX3A 1DWAM 4W84A 4YHEA 1XCWA 3CIVA 2X1IA 3A6OA 4TUFA 2J7DA 1UQYA 2W67A 3WDQA 1OINA 2WHLA 1PIFA 3AI0A 1E1EA 3G6MA 1N82A 1UD4A 2OLHA 2VR5A 4UZUA 3FAWA 1WAWA 3VD5A 3VGEA 1BYDA 1KWGA 3AIUA 2J7FA 1HJSA 3MS8A 3QHNA 1XSJA 3UR7A 3ZIZA 4D6JA 2UWFA 2Y2WA 3A4AA 1UHVA 2WWCA 4D6DA 1EDGA 4BQ3A 2BXZA 3GM8A 1AQ0A 3N11A 1HX0A 2E9MA 6TAAA 1C8YA 4AZCA 2C0HA 4AISA 2YDQA 4HMEA 1E6RA 3BMVA 4E8DA 1B31A 1ZBVA 3AXIA 4QP0A 2EJ1A 1W2VA 1BHGA 4CD5A 3K8LA 4OZOA 3WMBA 3DC0A 1Z32X 3MV01 3BAYA 4N42A 4AWEA 3A47A 4JHZA 3AS0A 1V6XA 2W4XA 1HKIA 2JEQA 2XTKA 4M29A 1MFVA 3VGGA 4GO9A 2V5CA 1E0WA 3DHUA 2CCRA 1OIFA 1UR1A 3PZOA 1IZKA 1PZ2A 3POCA 3I3DA 1UOKA 1HJXA 3FHQA 1AMYA 3U5YA 1PX8A 2PC8A 3EDEA 1UD3A 5HOSA 2NW0A 4PMQA 3VU2A 3WELA 4HU0A 4X0VA 1RP9A 2WPGA 3NJ3A 3GH5A 3PN8A 3ZJ6A 4XV0A 1V03A 2XVKA 3PZUA 4W85A 1AVAA 3EDJA 1OCQA 4CUCA 2QV4A 3KEHA 3VTRA 2XYLA 4V2XA 2WMKA 5E09A 1NQ6A 3HMCA 2XFRA 3W27A 4QFUA 4GZEA 1Q6EA 1ECEA 4NZCA 3AMCA 1NOWA 2VQUA 3L4WA 2VL4A 4CCDA 1GQIA 3NUKA 4J3TA 3VD7A 4GI8A 3BCFA 4PBGA 1MW2A 1PJ9A 4PMXA 2PB1A 1BPLB 2CPUA 2WMHA 4TX6A 3RPMA 4AZIA 5LA1A 1G0CA 3PTMA 4PCTA 1H0GA 4WIWA 1CXLA 4OIFA 1ZJBA 1JI2A 2ZUTA 1CGTA 3AMDA 2WMIA 4KRTA 5GNZA 3U57A 1FH9A 1NWUA 2X0HA 2QHAA 1J0HA 1W1VA 1UR0A 3W26A 2UY3A 4MB4A 1GNXA 5I3DA 2D0FA 1KB3A 1GQLA 1UZ4A 5FIPA 4WSKA 3WN6A 2YL9A 4W8AA 1R87A 2XGBA 1O7AA 1BGGA 3APGA 3MUY1 3WH9A 4IPNB 1XC6A 7TAAA 5AC4A 5BXSA 5A2BA 1HJWA 1QPKA 1UZ1A 2A3HA 3QOKA 3AJ7A 4JKMA 1E5JA 3BSHA 1UH4A 1KGUA 4TXEA 4N0RA 1ISVA 2BVYA 1A47A 1E0VA 4D72A 4W7WA 2VR4A 3PZ9A 4J3UA 3RJYA 2UY5A 2DGAA 5EB8A 5D4YA 5GNXA 1XYZA 4URIA 4CU7A 4J3SA 1J0KA 3AISA 1VJSA 5CGMA 2W62A 2O9OA 1GUVA 2JEPA 1KXHA 3WMCA 3AMLA 4PUEA 2VX4A 5CG0A 2WNWA 2O9RA 5BYWA 1K6AA 4P7LA 1H5VA 3W25A 4CGTA 1MW0A 3CZKA 2RGLA 4JCMA 4C7DA 1J0JA 2OYLA 3AS1A 4W93A 4UOQA 1E4IA 4Z2GA 3VMNA 3POHA 4P8XA 3WQVA 3BCDA 3WH7A 1JYXA 3K8KA 1K9DA 2OSYA 4TX8A 4C91A 3AIQA 5HDRA 3SCPA 4K68A 2FGLA 5ABFA 3CUFA 4TOQA 3MUZ1 7A3HA 2CYGA 3MMUA 1M7XA 3VUPA 5JBDA 3MUAA 2CBJA 2GUYA 3QR3A 3BGAA 3GTNA 4W5UA 1RD6A 1E55A 2WMIB 1E5NA 3WIJA 4ATLA 1NP0A 5A6SA 1ODUA 3BAKA 2V3DA 3ZJ7A 3VIFA 3ZO9A 3NIYA 3WBEA 1V6WA 4UTFA 1E4NA 1KBKA 1B3WA 2A3AA 4EK7A 4E8CA 2Z1KA 2IUZA 2GJRA 1AQMA 5E6YA 2EQDA 4MJ4A 3G6LA 1HL8A 1EO5A 3WF2A 1PEZA 1UWTA 1XH1A 2ZUNA 3PHAA 2WC3A 4Z2LA 1W3HA 3L4UA 4UFIA 2PBGA 1VFMA 3SCNA 4WJXA 4AD0A 1TMQA 2G3JA 1X1NA 2XWEA 3ZT5A 4UQBA 2YDRA 2DIJA 3OIHA 2E9LA 5DO8A 4BS0A 2XSBA 1UWRA 3TP4A 1QNSA 2JIWA 3WUEA 3PZTA 3OG2A 1W1PA 4OKDA 1VEPA 5D9NA 2J75A 1VFFA 3AFBA 3SCUA 4EANA 1QNRA 3ARVA 5BWFA 4AYSA 1X6LA 1YHTA 5JBEA 4DM2A 1V3HA 4Z2HA 1QHZA 3ARZA 3WBAA 1ISZA 2XWDA 3CHEA 2WANA 2XG9A 1E4MM 1V3LA 3J7HA 4UFMA 3UERA 4AIOA 5IHSA 1OD0A 2GK1A 2W61A 3WD4A 2BXYA 1IV8A 4TVUA 3ZT7A 1KQZA 1XRVA 2WMFA 2ZX9A 5ABFB 2D3NA 4EAMA 2ZUWA 3GBDA 4WF7A 4GO8A 3CZGA 3AZTA 5CQ1A 5D8WA 5M3WA 1UG6A 4GZJA 3IJ7A 1OGSA 4PUDA 3KL3A 2XGIA 1HP5A 4HA1A 1Q6GA 3RM9A 4WK9A 3WNPA 3L4ZA 1VJZA 3N18A 1OBAA 4LYPA 3BLPX 1B3ZA 1E6SM 4D1JA 3AIBA 1H0IA 1LJYA 2BHYA 1NM9A 4PN2A 5CJ5A 4Y7EA 4AZ5A 1JYWA 4IUGA 3UG3A 2W91A 1JGIA 3CHCA 4AXNA 4U31A 4MNKA 3SUTA 4M56A 3U7BA 3MSGA 2WLZA 4U2YA 1KWKA 4HZ8A 3GNPA 2X09A 4H41A 3WNOA 2XPKA 5I0DA 2XVLA 4W5ZA 4M8UA 1BAGA 3WNLA 3VM7A 2WVUA 2CERA 1UH2A 2DSZA 1JYNA 1PPIA 5DT7A 3CZEA 2WMGA 4BF7A 3AQUA 1M01A 2VT0A 1UR9A 1M53A 1R7OA 1ISWA 4FLQA 1JNEA 3AMGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4PRW A;  3WUG A;  2GFT A;  3TTY A;  4J28 A;  4B3K A;  1H4P A;  3B9A A;  2YIH A;  2ZXA A;  1J9Y A;  3GXD A;  2G41 A;  1CZ1 A;  4ATD A;  3W24 A;  1QI2 A;  5C71 A;  5CLT A;  1CEC A;  5AC5 A;  4WKA A;  2VRK A;  1JFH A;  4DWS C;  1ZU8 A;  5DEZ A;  3ARR A;  4AIU A;  3T2O A;  2ZX6 A;  1CGW A;  4UNI A;  4CD6 A;  4AD5 A;  4B15 A;  5DFA A;  1D2K A;  1HT6 A;  4P7O A;  1KXV A;  4HTY A;  1E6X M;  4MAV A;  4D6G A;  2GJX A;  4HOX A;  5KZ6 A;  4RE4 A;  1MW1 A;  2XIB A;  3WNN A;  2E8Z A;  1VBR A;  2D0H A;  2VUY A;  4DWS D;  1PZ3 A;  1KR1 A;  1JD9 A;  3CMJ A;  2A3B A;  3OA5 A;  3BMW A;  1BTC A;  4LPC A;  2PI6 A;  4J3X A;  2OYK A;  5E0F A;  4U3A A;  1KQY A;  4CCE A;  3PTK A;  1QI0 A;  1ZBK A;  3CZJ A;  3OGR A;  1E3X A;  1H41 A;  2VZO A;  4MNJ A;  2ZID A;  3AS2 A;  1L8N A;  1U2Y A;  3ZOA A;  3WQ8 A;  2WSP A;  5BRP A;  1TUX A;  2CKR A;  4D6C A;  1G94 A;  2J47 A;  1RPK A;  3WD1 A;  1UWU A;  2G3M A;  2DDX A;  3WNM A;  4AZH A;  3ARX A;  5LA2 A;  4GQR A;  2XUC A;  2BY2 A;  1V3K A;  4Z2K A;  3VIK A;  2WAG A;  2YKK A; 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