2J4G | Genus

Total Genus 229

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	229
sequence length	586
structure length	586
Chain Sequence	SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Analysis of Pugnac and Nag-Thiazoline as Transition State Analogues for Human O-Glcnacase: Mechanistic and Structural Insights Into Inhibitor Selectivity and Transition State Poise. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
molecule tags	Inhibitor
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
total genus	229
structure length	586
sequence length	586
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2006-08-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	2j4gA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2j4gA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	2j4gA01

2VZTA 1IV8A 1E73M 4U33A 1MFUA 5CPQA 2D3LA 1J0HA 2YA2A 4ZENA 2DQXA 3VIOA 3FY1A 1FOBA 3DYOA 2CBJA 2XGBA 1MXGA 1V6UA 1TE1A 4H8UA 4V27A 4PMNA 2PBGA 2BXZA 4EK7A 4MDOA 3WL1A 4IPLA 4J3WA 4GQRA 3N04A 2VNCA 3CLWA 2VVSA 5KZ6A 1JZ4A 3VD5A 2XYLA 1C3FA 1BF2A 2GUYA 4PUDA 4XB3A 5A8NA 1JZ2A 4P7QA 1CGYA 3OZPA 1Q6DA 5M3WA 1RD6A 1PPIA 3FHAA 3IANA 3SCUA 3U7BA 1D3CA 3EDDA 1GVIA 4E2OA 3ZOAA 1J9YA 2XVNA 3PN8A 4PMDA 2WZIA 5BYWA 5CZKA 1ZU8A 1JFXA 1R85A 1VRXA 3DYPA 4H41A 2OWXA 4NRSA 1U30A 1FH8A 1CZ1A 4OKDA 1UQYA 4CKQA 5I5RA 3WUFA 2IXUA 2ZX7A 3POCA 3RMEA 1B3YA 1GJWA 1UUQA 5AYIA 2YL8A 5E6ZA 2EXOA 1WP6A 2ESCA 3EBVA 1PX8A 1JF6A 5BXTA 4EANA 4W8AA 3RM8A 2VCCA 1J0ZA 1E43A 3KL3A 4KRTA 1WDPA 2OSYA 4OIFA 2FDMA 1UYQA 3WEMA 2E9LA 1I75A 1CBGA 1AQ0A 2W92A 1WNOA 3AIVA 1KQZA 3MMUA 1QI5A 3T0DA 3AS1A 2WHLA 3VGFA 4B3KA 1M53A 1UKTA 1OINA 4D71A 4WKHA 2GSJA 2YDQA 3PZTA 2OSXA 2X0YA 2WVVB 3F5KA 3VMNA 4U31A 3L4VA 5BWFA 1G5AA 3AS2A 5BXRA 1FH7A 1MW2A 1IZJA 1VIWA 2XFFA 3BAYA 3CUFA 2QHAA 2J25A 3ARYA 2JE8A 1QHZA 3L2MA 3WUGA 4U5KA 1VENA 2W61A 4UOZA 1ZBWA 2ZE0A 4Z2JA 2BVDA 1W1TA 1V08A 4U3AA 1KXVA 4FLSA 5A6MA 1H0IA 1B3WA 4PBGA 3CO4A 2E8YA 3OB8A 1EOMA 3AYRA 3WH6A 1CXFA 1H0GA 1XH1A 1UKQA 2DIEA 4P8XA 2ZWZA 4TX8A 4B15A 4W8BA 5C71A 1VEOA 4PTMA 5E70A 3WNLA 5CLWA 1E1EA 5A6KA 4M24A 2WC7A 1OGSA 4FMVA 4UFIA 4PMQA 1HP5A 1W1PA 1GQLA 1TUXA 4L4PA 2W62A 4GZJA 1GONA 1ZS2A 2HVMA 3A4XA 1V3KA 3K8LA 1KXQA 2EEXA 1V03A 3CZEA 1MW1A 3ARVA 1Q4NX 4NI3A 2AMGA 2VX6A 4PEEA 4U2YA 1LJYA 1O6IA 4QLJA 1WPCA 1XYFA 3BXWA 4E8CA 3KL5A 3W6MA 2UY5A 2CKSA 4ZE4A 3KEHA 5ECUA 4OUEA 5A69A 1AQHA 1HKMA 2TAAA 2D2OA 1JD9A 2J7EA 1J0YA 1ISVA 3QOKA 3W29A 1RP9A 3B8SA 3I3DA 2WVVA 1MYRA 2GJPA 4W5ZA 1BHGA 1SMDA 5BXPA 2DEPA 1SFSA 1ZJBA 4RE3A 4J3VA 1WZAA 3AXXA 3W6LA 3W28A 3ALFA 2WMHA 1A47A 3O9NA 5D9NA 1US2A 3BCDA 4AIOA 1E6XM 3M7SA 1UWUA 5I24A 5A8PA 3KE0A 1OD0A 1UWSA 1ITXA 2CITA 4N42A 4GPNA 4AEFA 1OM0A 2Y4SA 1BPLB 1JD7A 1KBKA 2E3ZA 3QGVA 3CH9A 5CPTA 4WKAA 4JFTA 1K9FA 1TVPA 4DUXA 3VDHA 3VIHA 1GCYA 1DEDA 3IAPA 4KMQA 3ZR6A 1BLIA 4OZOA 3AQUA 4HU0A 2DPEA 5D4YA 1VF8A 1PEZA 4CU8A 4M81A 3NDYA 2QPSA 3WQVA 3VPLA 1GW1A 1OWQA 4RE2A 3ZSSA 4D6DA 3AZSA 1GORA 1BGGA 2PWGA 4AD5A 4NF7A 3NSXA 2F2HA 4Z2IA 4J27A 3F5JA 4P7OA 2V3FA 4X0VA 1XD0A 4HZ6A 2CPUA 1WDRA 5JIWA 3ARUA 3GBEA 1UR2A 1E70M 2CESA 2DGAA 1YHTA 4H8VA 4D6GA 1UHVA 1UH3A 3BSGA 3W27A 3UESA 5F7UA 1OCQA 3WSUA 2VRQA 2G4FA 3PTMA 2VZOA 3AYSA 1WE5A 1WDSA 1EQCA 2GVYA 5I6SA 3HU7A 3VIKA 3PTKA 3SIMA 2ZICA 1JZ5A 1W3HA 2J7DA 5FD0A 3VNYA 3IJ8A 1OIMA 4J7RA 3T0BA 3JUGA 1NWSA 4YN5A 1MWOA 1MVYA 5FCZA 5CJ5A 1UZ1A 3CHDA 1CGWA 4CN4A 3W24A 2WCAA 1JZ8A 2PB1A 1LF1A 2J7BA 2IUZA 4TOQA 3VX1A 3RIKA 2VUYA 1CLVA 2NT0A 1E5NA 5CXPA 2YDRA 1EGZA 1V6VA 1B30A 5A2BA 4WKFA 2BVTA 3N13A 3K4DA 1E55A 1JNEA 2JALA 1TG7A 1KB3A 7A3HA 5ABHA 3SCSA 1FP8A 3ARTA 1W9BM 2Z1KA 1BYBA 3DECA 5FL1A 2BHYA 1B90A 3MS8A 1KWKA 1L8NA 3BAKA 2XSAA 1NWUA 1B0IA 4X9YA 5I0DA 5BRQA 3MMDA 3O2LA 4GI6A 5AC5A 3LPFA 1C8XA 5M17A 4J3XA 3CHEA 5DF0A 1MFVA 1UD4A 2VR5A 4BQ2A 1XCXA 2ZX9A 3BMWA 3EMZA 1PZ2A 3ECQA 4DWSB 2DSUA 5IXEA 4QP0A 5FIPA 1WZLA 1HJQA 3AXHA 3QHNA 3MUY1 1CTNA 1WZMA 2FHCA 3WD3A 1LG1A 3VIIA 4D1IA 1W9DM 1VBUA 1PJ9A 4JHOA 4DUVA 3WMSA 5DT5A 4UQAA 2XIBA 3K1DA 4PTXA 3L4XA 3VTRA 3SUWA 2VX7A 4PMZA 4ZE5A 2CNCA 1CNVA 2YBTA 6TAAA 1J0IA 4AXNA 1V3MA 5A6BD 1Q6EA 5A6JA 3AIEA 1ISYA 2VRKA 1E6PA 4ML4A 2XFYA 4XX6A 4JL1A 2XGIA 1G94A 3UEQA 3ZM8A 1QVBA 1YQ2A 1CENA 5A8OA 2DSKA 2DT3A 1CXEA 2WCSA 1GOOA 2J7FA 1OT1A 1ISWA 1QI3A 3OA5A 1JGIA 2QMKA 2D22A 4M82A 2WZHA 2YDSA 2CEQA 2QPUA 7TAAA 1LWJA 3MO4A 1XH2A 1GQJA 3LPPA 3VIMA 4V2XA 1LG2A 3WQ4A 5JBFA 5D8WA 2UY3A 4NSBA 1N82A 5A6SA 4MNMA 4CD6A 3VGHA 3AHYA 3SUSA 3VM7A 3PZOA 4B16A 1CGTA 1U2YA 3VD4A 2VCBA 1H09A 3T2PA 4XZWA 1V02E 2DT1A 3LMYA 3L4TA 1JZ7A 4QCFA 2J78A 4HZ7A 4A3HA 1V6WA 2V3DA 4D1JA 5JUVA 4W89A 4M29A 4HZ8A 3RO8A 2RGMA 3VVGA 3WD0A 4UQCA 1K9DA 4M1RA 4AZ7A 1GHRA 2WC4A 3M6DA 4PUEA 5HDRA 5BCAA 5D9OA 3GXFA 4BZYA 3A47A 5IHSA 2ZXBA 1GOIA 5ABFB 2VZSA 3FXYA 1CXIA 4DWSA 1XSIA 3GYCA 4HA3A 2NSXA 3AI0A 2CBUA 5IDIA 2WWCA 5CPSA 2C0HA 3WFZA 1H2JA 3WUEA 4JCMA 3ZMRA 4CCEA 1BFNA 3AS3A 4HP5A 1XC6A 3CHFA 3VM5A 2ZXDA 2G3IA 2VTFA 4D6EA 3FN9A 3DHUA 4LYQA 1D2KA 4DWSC 1CXLA 1GQIA 1HX0A 5EB8A 4W86A 1H4PA 1JZ6A 2EBNA 3BAIA 5HPCA 3CUJA 3PZGA 3GH5A 1E0XA 2JIEA 2WANA 1ECEA 3MU7A 1QPKA 2DT2A 2WWDA 1MQRA 2Y8KA 1UR4A 5FKYA 1I1XA 1UD2A 1WDQA 1BQCA 2WKGA 6CGTA 4C7GA 1VFOA 1FFQA 1ISXA 1E4IA 3WNPA 1RP8A 2BNJA 1H3GA 4W7VA 4PMVA 4ACZB 3BAWA 3AIBA 4GO9A 3T2QA 2F61A 2DT0A 3VGBA 2X0HA 1U33A 1PZ3A 3ARSA 3WH8A 1NOFA 3VMOA 4WSKA 1DWIM 3VOCA 3AROA 3S6TA 1F4HA 4HA1A 1H5VA 2VO5A 1KWGA 1H41A 2OLHA 1JYWA 5A6AA 2E4TA 1B2YA 5HOSA 4UR9A 3AZTA 3OBAA 3UCQA 3ZT5A 1NP2A 1IZKA 4GKLA 2WNWA 3G6LA 1R7OA 1MQPA 5ABFA 1DWFM 3QHMA 2CHOA 4D6CA 1B3ZA 2GJXB 1QI2A 1MW3A 3WDIA 2WXDM 3N15A 4XUYA 1RH9A 1JXJA 5CG0A 1VFUA 5A8QA 4JFVA 9CGTA 1ZBVA 3DC0A 4S3JA 3VD3A 1UOKA 2CCRA 4AISA 1BTCA 1CDGA 2C8NA 3DYMA 3RCNA 2A3HA 4JL2A 4R27A 3GNPA 3MV01 5CSYA 4P8UA 3UG4A 5HPOA 2EO7A 3HMCA 4OOUA 2WLYA 1QI0A 1UR8A 3I3EA 4MB1A 1R87A 3WQ5A 4FF5A 1FH9A 3GBDA 5DO8A 4TTGA 3CZKA 4YHEA 4W93A 2W63A 1D7FA 4KWUA 3EDFA 5HBFA 1NM9A 1TMQA 4UQ9A 4MJ2A 2DH3A 8A3HA 2WLZA 3OLIA 4YPJA 1J12A 3LPGA 4PMYA 1VJZA 1UA3A 3WD2A 3ZJKA 1HKIA 2QV4A 3NYDA 3WMCA 4W85A 2WVUA 1KCLA 4J3UA 3WNMA 1NWTA 2D0GA 4GZEA 5CSUA 4FK9A 1B3XA 1OIFA 3EMQA 4LX4A 1C91A 4R5EA 4H04A 4ACZA 3RILA 2Y5EA 2VL4A 1JDDA 2OSWA 4W8LA 1VEMA 1EH9A 3UR8A 2G3NA 2CBVA 1MXDA 4BQ5A 2Y24A 3CHCA 1WB0A 5A6LA 1J10A 3L4UA 2CXGA 4RE4A 1W2PA 2E40A 4ATWA 3SCRA 1CXHA 4PMXA 2PF0A 1E72M 1JIBA 5LYRA 2WBKA 4QLKA 3RDKA 1KFWA 3SCPA 1E5JA 3WFLA 3NCOA 3WNNA 3NIYA 3N9KA 4KRUA 3HJEA 3AIQA 1Y7VA 2WHJA 4ACYA 1TR1A 4UCFA 2BXYA 1JL8A 2PWFA 4W84A 3GNOA 4JKLA 2EPOA 2J75A 2J7GA 1EDTA 2GJXA 4UOJA 4AZGA 5D9PA 1NQ6A 2EPMX 4MJ4A 5JBDA 1HKJA 1UA7A 2XFRA 1V02A 2ZWYA 2WMGA 4P8WA 5EFFA 4UQDA 2OYLA 4DWSD 3NSMA 2WMIB 4TX6A 1CYGA 4MB5A 2QLYA 4MB4A 5A6BA 3WENA 1NARA 2WM0A 3ZO9A 2BVYA 2Y2WA 4FLQA 2D1ZA 1QNPA 4JKKA 4BF7A 3FNDA 3D5HA 1Q6FA 4HMEA 3CUGA 1UG6A 1JF5A 1W9PA 2W4XA 5HNNA 4KGJA 3BMVA 2V3GA 3VIGA 2BV9A 4CD7A 4AZCB 2XVGA 3EDKA 1JI1A 1C7SA 5A1AA 2YL9A 1PIFA 3W53A 1E4MM 1GOMA 3II1A 3WNOA 3OGRA 2W5FA 1J01A 4HMDA 2PWHA 4CN6A 1CLXA 4UQEA 2WHKA 4J28A 3IK2A 4AYSA 1DWHM 1A3HA 2ZUWA 1JYXA 2W91A 1SYTA 5CGTA 3AS0A 1HVQA 1NOWA 1TCMA 1MQQA 2O9RA 3LPOA 1XYZA 1UKSA 3ZJ6A 3U7VA 3ZIZA 1VEPA 3CZLA 2AAAA 2E0PA 3WNKA 1C8YA 3W38A 3AICA 2ZX8A 3ZT7A 1TVNA 4BQ3A 1QBBA 4MNJA 1PIGA 1WCGA 1OSEA 5EFDA 1W9XA 1HXJA 3ZQ9A 1IT0A 2DIJA 4LYRA 5EBAA 4UFMA 4U3CA 1F4AA 4QLLA 3PZNA 3WF3A 5I78A 2YA0A 4UOQA 4QAWA 3TONA 4M8UA 3VGEA 1HJXA 3UETA 5ABEA 3QOMA 1QHOA 2YLAA 4LQ1A 3VKKA 4N0RA 2WMIA 2WYSA 2YKKA 3RJXA 2CHNA 3QR3A 4CU6A 3VIPA 4F79A 4F8XA 4UNIA 3BLKA 7CGTA 1LLOA 1NWRA 2WC3A 2J8GA 4HPHA 3PTQA 5AC4A 4AIEA 3B9EA 4OBSA 4GINA 4RL3A 1EHNA 3OZOA 1WO2A 3GTNA 3OLEA 4IM4A 3OGVA 4CD8A 1B1YA 2GK1B 1E4NA 3AZRA 3WELA 3L4WA 1UWTA 2XM1A 3ZJ8A 1JZ3A 4AZCA 2OYKA 3TTSA 2X09A 2OYMA 2PWDA 1W9VA 1ZBKA 3AHVA 2XM2A 4NRRA 3OGSA 2XWEA 4AZ5A 2V5CA 2IXVA 4MTVA 3WH5A 3N17A 1G1YA 1CGVA 4DM2A 2A3EA 2YBUA 5BROA 1BAGA 5CGMA 4EAMA 2RGLA 1XSJA 4BQ4A 4CUCA 4GIAA 2XVPA 3AJ7A 2XVLA 1EHAA 3WD4A 3WUBA 4MAVA 3UERA 3ARQA 1WZKA 2YIHA 3VGGA 4W7WA 1DHKA 1QNSA 2O92A 1R86A 1R8LA 3N18A 5FOOA 1Z32X 4HMCA 4AD3A 2D20A 3PZIA 4HA4A 1BYDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1I1W A;  4TVD A;  1C8Q A;  3FAX A;  2D24 A;  3T08 A;  4X0N A;  3BGA A;  1XSK A;  4CN1 A;  1HT6 A;  5LA2 A;  1Q6G A;  4URI A;  3T0A A;  5A3H A;  1KR0 A;  3EDJ A;  1AVA A;  2VX4 A;  3OLD A;  4UTF A;  2VOT A;  5BRP A;  3SEP A;  2D0F A;  3CUI A;  3A4A A;  1BG9 A;  1E40 A;  3W81 A;  3CMG A;  3T2O A;  4AD2 A;  5E09 A;  4W7U A;  4AEE A;  4CGT A;  1X1N A;  2FGL A;  3WF4 A;  3TTO A;  3MAN A;  4JIE A;  4TUF A;  2XTK A;  4WIW A;  1G01 A;  4D6I A;  4PMO A;  1FFR A;  3OIH A;  3K8K A;  1QNQ A;  4D6F A;  4CCD A;  4AW7 A;  3WY1 A;  3TTY A;  2WBG A;  4PSR A;  3CMJ A;  1NOU A;  3NJ3 A;  5ABG A;  2DH2 A;  3ARZ A;  2F8Q A;  4JKM A;  4DUW A;  1O7A A;  3PHA A;  3VIL A;  2XII A;  2O9T A;  2A3A A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VLI A;  1MFU A;  3B5M A;  5CPQ A;  2D73 A;  4D8L A;  5LIW X;  1I2Q A;  4YSY A;  1SSD A;  3IJL A;  5CZS A;  4ZO9 A;  1MXG A;  5KXJ A;  3EDU A;  3R8H A;  3WZ0 E;  1FWE C;  2PBG A;  2A7P A;  3LTY A;  4N9B A;  4EK7 A;  2TPS A;  2BS4 A;  2NQJ A;  3GHT A;  2YCJ A;  3G1D A;  4LVA A;  3GE7 A;  4IPL A;  1TV5 A;  3N04 A;  4MFD A;  3CLW A;  3AEG A;  2VVS A;  5KZ6 A;  1XUU A;  3V16 A;  5AYZ A;  2UXD T;  2OLT A;  5AQN B;  2BX7 A;  4PUD A;  2F9R A;  5F1V A;  5DQW A;  4XB3 A;  2CA5 A;  3UZJ A;  5LJN A;  2D5U A;  1ZNN A;  3CAV A;  1J6P A;  1QAP A;  1NEN A;  3MI6 A;  2MBG A;  2SPC A;  1ZTV A;  3C86 A;  1DHP A;  3SCU A;  3U7B A;  1D3C A;  3CS2 A;  3P2V A;  4E2O A;  3GZ3 A;  4RJE A;  3NO3 A;  1ZU8 A;  2CZF A;  3C8N A;  5LIK X;  3LRK A;  3EKZ A;  2OWX A;  4WR3 A;  1CX9 A;  1FH8 A;  1CZ1 A;  4OKD A;  3KBT A;  3EA3 A;  2IXU A;  3WUF A;  3OVP A;  5F4S A;  3C2R A;  2V7M A;  3POC A;  4CI3 B;  2A7N A;  4PK5 A;  3EGJ A;  5L3F B;  1XIG A;  2YL8 A;  4S3B A;  3E38 A;  5E6Z A;  5HWX A;  3HKC E;  3MCN A;  3W7L A;  1WLX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2J4GA

Total Genus

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