2J62A

Structure of a bacterial o-glcnacase in complex with glcnacstatin
Total Genus 236

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
publication title GlcNAcstatin: a picomolar, selective O-GlcNAcase inhibitor that modulates intracellular O-glcNAcylation levels.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GlcNAcase NagJ
total genus 236
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j62A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j62A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j62A01
4W8BA 3U5YA 1FFQA 1OGGA 1OT1A 1JI1A 1WZLA 4W7UA 1TFVA 4UTFA 4W89A 1WZMA 3IK2A 3VDCA 4AXNA 1C90A 4HZ8A 1K6AA 2BS9A 3WUGA 3W81A 1XHGA 2VCCA 4S3KA 2W66A 2VR5A 2A3AA 5A6JA 1LLOA 5FL0A 1GW1A 3WL0A 3SCPA 3CUFA 4M8UA 4AZBA 3K4AA 4FK9A 3W28A 2E9BA 1HNYA 2DSUA 5GPRA 3SCOA 2XVKA 2E8ZA 2VZOA 1LL6A 2XFYA 1HVXA 4JIEA 4J3SA 1MFVA 1EOKA 1VJSA 3W29A 5E09A 5IHSA 2FHFA 1D3CA 4MDPA 4PRWA 2FGZA 4FF5A 1XV8A 4IPNB 4D6HA 3JUGA 2X8RA 1EOMA 4X9YA 3WNMA 5BRPA 4BZYA 4OKDA 4D6GA 3RIKA 4BS0A 1UR9A 1FFRA 1CNVA 5A6MA 2ZX5A 4Y7EA 7TAAA 2J7FA 3L2LA 3TOPA 1JAEA 4HU0A 1LQ0A 5CSYA 4UFJA 1CWYA 5CPQA 2JFEX 4TTGA 1H4PA 4LXFA 1OINA 4GI8A 5BXPA 1UR8A 2BVTA 3DC0A 2CPUA 4B16A 2JIWA 1N82A 4Z2KA 2JF6A 3CHFA 1GJWA 1QNSA 2GJXB 1TCMA 3GM8A 1C7SA 4AZ7A 3WUFA 4B9YA 1E56A 3TTQA 4JKLA 3HJEA 2V5DA 3OBAA 2DIJA 2XJ7A 4MNMA 3SCSA 2F61A 2CETA 3OIHA 4W88A 1GOMA 3VMPA 3FHAA 2WANA 5DFAA 2A3HA 4XUYA 3D5HA 1BVZA 3RILA 1QI2A 4F66A 1JFHA 1KQYA 2D2OA 4TOQA 1HJWA 3SURA 2GJXA 1V0LA 5A94A 3UR8A 3WBAA 3WN6A 4X0VA 1ESWA 4D6DA 5KEZA 4JKMA 7A3HA 5A6LA 1TMQA 4HMDA 1JAKA 3BCFA 5CGTA 2O9OA 3VDAA 4MNLA 3OGRA 1CGWA 2OSWA 2ZOXA 4A3HA 1TZ7A 1NOFA 4PMNA 5EFDA 4OOUA 1EQCA 4PCSA 5BXRA 1JZ5A 4BF7A 3ARSA 4W8AA 2PI6A 1UKPA 3L4YA 3WF1A 3PTKA 1QPKA 3L4VA 9CGTA 4B9ZA 1FHDA 1UWUA 3W25A 1H0IA 3MUZ1 4AZ6A 4GZJA 1QI4A 3GXFA 5D9NA 1MVYA 1DWIM 2YDRA 1LL4A 1UD6A 1JYWA 2V38A 3VOCA 3N11A 3VIFA 4W7WA 4DUVA 1K9EA 3VD4A 3QHNA 1A3HA 2VOTA 4MJ2A 1E6RA 3WQ4A 4OBSA 2TAAA 1UD5A 2CERA 3WD3A 3MU7A 2WXDM 3WFLA 4GIAA 2ZUMA 3SUSA 4NF7A 3HN3A 1W3KA 2VX7A 2DSVA 3OLEA 1BGAA 2J8GA 5BYWA 5A6SA 4W5ZA 2W63A 1KXHA 4ZXLA 5ABFB 4FLRA 1D2KA 2VTFA 1NH6A 4WF7A 5A2BA 1EDGA 3I3EA 2QMKA 1Q6EA 3T0DA 4UOJA 2XWEA 1J0ZA 3FNDA 1DP0A 5HNNA 3WH7A 3VNYA 2OWWA 1ECEA 3TTYA 1XCXA 3UETA 1E1FA 3K8LA 1UR4A 5ABFA 2W61A 1EQPA 3WY1A 2C7FA 4BQ5A 3ZJKA 3LPPA 1E55A 1H41A 3KZSA 2ZXBA 1R8LA 3APGA 5IHRA 4CU7A 5JBEA 4D1JA 2VQTA 2QF8A 3CUJA 4PTWA 3WF4A 3GBDA 3VDBA 3FHQA 5HDRA 2OSYA 3T2PA 2XWDA 3THCA 2IXUA 4RL3A 4MB1A 3QHOA 2EEXA 2CBUA 2WMJA 4AD1A 1JYNA 1V3KA 3F5JA 2XVNA 5C8BB 5A6KA 5I0DA 1E4LA 2EXOA 3B8SA 4QCFA 2WMHA 3WEZA 4AIUA 4PCTA 4TX8A 1KCKA 3MO4A 2XGBA 1E70M 1VFOA 4CN1A 1UQZA 2D0FA 4E8CA 2C8NA 3VIKA 7CGTA 1CIUA 3OGSA 2WLYA 1JZ8A 3PTMA 3ECQA 3TP4A 3W24A 3RPMA 1VAHA 3MMUA 2BXYA 3MKKA 1KXVA 5AY7A 1OGSA 1H0GA 4MNJA 2DH3A 2WZEA 2VX4A 1UH3A 4HMEA 1OIMA 3N15A 4H8HA 4WK9A 4ATLA 1BHGA 3UERA 4W8LA 1M7XA 1JDAA 2Q8XA 1XH0A 4HMCA 4DUWA 2ZUWA 1HJUA 1E3XA 3U7BA 1I1WA 4PEEA 1B2YA 2WMFA 3L4WA 1ZBKA 2EJ1A 2C0HA 1C8QA 2W92A 2WYSA 5CZKA 2J4GA 1QNOA 1JDCA 1CGTA 2G4FA 1HIZA 1JNDA 1QBBA 3PZOA 1J12A 3VGGA 5LA1A 3VGDA 1PAMA 1H1NA 1UWSA 1B3WA 2E4TA 5E6YA 5EB8A 5GNZA 4IUGA 2CNCA 1PEZA 5D9OA 3ARRA 4R5EA 3T2QA 4F9JA 1XYFA 2FH8A 1RD6A 2A3EA 3MANA 4MPKA 1JL8A 1EH9A 3AOFA 1J11A 1MQRA 3N9KA 3VD9A 1H5VA 2VMFA 4WKFA 3K4DA 3EMCA 1GVYA 2XVLA 3CPUA 1KR0A 3QGVA 3VM7A 1KFWA 3N04A 3O6AA 6A3HA 1IT0A 5CQ1A 3NJ3A 3WH6A 2XFRA 2XIIA 1ZJAA 2YLAA 3VIOA 1TR1A 1BYBA 3BSGA 2ZXAA 3QHMA 5CPTA 4JFVA 1JDDA 3WNPA 2VZUA 4BQ3A 1B90A 3AMLA 1ZBCA 4GZEA 1KQZA 4JCMA 4JL1A 3UEQA 1UD3A 3CZKA 4XZBA 5CSUA 2VCAA 1FA2A 5AYBA 2WVUA 1W3JA 1HF6A 3OB8A 4PMZA 3NSNA 3LPFA 3PZVA 2OLHA 3MUY1 2XGIA 1S46A 1C3FA 1E6SM 1TVPA 2EQDA 3WNOA 4AD4A 5EFFA 5IDIA 3PZUA 2VL4A 1CENA 4KRTA 4UZUA 2CKSA 2E8YA 4JAWA 2W4XA 4P8XA 2FHCA 3F5KA 4WKAA 2CIPA 1HL8A 3BLPX 2G3JA 3OGVA 2ZXQA 1OGBA 5DMYA 3ALFA 3FY1A 3VINA 4AY1A 3VIJA 1W1YA 4IM4A 4HOZA 1UKOA 2WHLA 2J7HA 1J01A 1C7TA 4DM2A 2ZX6A 1JI2A 3GDBA 3AZTA 2IXVA 4CU8A 3GXMA 1E3ZA 4J3XA 2DIEA 2D22A 1FHLA 4JCLA 4KGJA 2YA2A 1LF1A 1M01A 1OB0A 3W6MA 2DT2A 5EBAA 2WMIB 3VIMA 1QHZA 1V6WA 3AMDA 3VD5A 5EMYA 3RMEA 4U31A 3SCVA 4N42A 3AIVA 4DM1A 1JGIA 4GI9A 2GVYA 1UD4A 3GH4A 3AS2A 5IXEA 1V6XA 2X1IA 4J27A 1JF6A 4WJXA 3VGBA 3W37A 2DEPA 5I3DA 1FH7A 4ML4A 3MSDA 3WQVA 2JEQA 3AMCA 1BQCA 2AMGA 2WK2A 1NOWA 1BG4A 2E3ZA 2RGLA 3WH8A 5CLTA 2Z1SA 3WDIA 3T08A 4F9DA 4UQBA 4BA0A 2WMIA 1HN1A 1P6WA 1W3HA 2BNJA 2D3NA 1CGVA 2WLZA 4UQCA 3RO8A 3KE0A 2YBTA 1QW8A 1V02A 3POHA 4JHZA 3VIHA 2BVDA 4C91A 3RJXA 1ZBWA 4KRUA 1CECA 4M80A 2XVPA 3T0AA 1E1EA 1IZKA 2X0HA 4J3VA 4YHGA 3CZJA 4AZGA 4ZEPA 1QBAA 3NUKA 1HXJA 1BF2A 1UZ4A 4D6CA 3NCOA 2JE8A 3A4XA 3ZOAA 2Y2WA 3OLIA 1W9PA 1GHSA 1E9LA 3HU7A 3A4AA 5GQBA 6CGTA 2UY2A 2J25A 1G9HA 1XRVA 1AMYA 4W93A 2WSPA 1GQJA 4HOWA 3DHUA 1W9XA 1UWIA 1GONA 3AS0A 4WLCA 1ODZA 2VVNA 3WBEA 4J3WA 4UQ9A 3GBEA 3SCUA 1B0IA 3OLDA 4MTVA 2EO7A 2X2YA 1G0CA 4Q7NA 2WHKA 5BCAA 3CLWA 1BVNP 4TTUA 3QR3A 5I79A 3CGTA 5E0CA 3WDPP 4QLLA 5A8QA 1BYDA 1J0KA 1WZAA 4MADA 1DWFM 2VZSA 1E6PA 1XSIA 4YN5A 3WF2A 1Q4NX 2AAAA 2VI0A 5DEZA 2ZICA 5A6AA 1K9TA 3ARXA 3EYPA 4DWSD 4U2ZA 4XX6A 1J0HA 1HKKA 1HP5A 3J7HA 3L2MA 1A47A 1L8NA 4TX6A 3TA9A 2VX5A 3KL3A 2G8ZA 1CXHA 2J7BA 1WDQA 4WIWA 1B1YA 2WHJA 3WD4A 1V08A 2D3LA 5M03A 4EANA 3CBWA 4XB3A 3PZIA 2BHZA 1TVNA 4CGTA 4W86A 2ZUTA 5I77A 1QI5A 3VGFA 1HKIA 1HKMA 1VJZA 3GYCA 2OYKA 1W9VA 3VO0A 1MQPA 4P7QA 3FXYA 2DSWA 2J7GA 4AZ5A 4GQRA 2Y8VA 4D6IA 1JF5A 1RH9A 3ARWA 4LX4A 1E6NA 1ZB5A 1B3YA 3B9DA 4YPJA 1EGZA 2Y5EA 4H7VA 1E6XM 1OT2A 3QOMA 4CVWA 3ARZA 3OLGA 2OYLA 2DDXA 3AHXA 4U33A 3BAYA 4C90A 1HJVA 1WNOA 1MFUA 3WUEA 1E72M 4URIA 4TVDA 1NWUA 3SCWA 3W53A 4AWEA 1HP4A 5AC5A 1GQKA 1EXPA 1CZ1A 1W1TA 1H49A 4Q22A 3VILA 5TD4A 4E4PA 1V02E 3ZT7A 2E9LA 1MXGA 4ZE5A 3K8MA 1FH8A 1PX3A 1BYAA 5DF0A 1ISWA 4H41A 2F2HA 1ISVA 4JFSA 1E71M 3UESA 1U33A 1F4HA 5HBFA 1R7OA 4HOXA 3SUVA 2G3IA 1J9YA 5A69A 4OZOA 1UQYA 2RGMA 3WMBA 2VVSA 3PHAA 1QOXA 4W5UA 5CJ5A 1TA3A 3W26A 3EBVA 3E1F1 2QPUA 4IISA 3SUUA 2PBOA 1JYVA 3RM9A 4M82A 4H2CA 1VBRA 1ZL1A 4AMCA 2PWDA 1PPIA 4ZENA 5ABGA 2CBJA 3GXIA 1UWRA 3WMCA 2XSAA 1KWKA 3MS8A 3A4WA 1KXQA 3AHZA 1OD0A 1V3MA 3BC9A 3OZOA 3U7VA 4X0NA 2WVVB 2ZUVA 4TVUA 4P7OA 1DHKA 1CBGA 4NSBA 1AQHA 4OOZA 4JHOA 4UOZA 4U3AA 2J75A 4DWSC 1J10A 3MMWA 3VX0A 2ZUNA 4JZ5A 1CGXA 1PIGA 4BQ2A 5I5RA 2UY5A 5AC4A 1EHNA 1GOOA 3SCQA 3MV11 1WAWA 3AHTA 1UKTA 2WVVA 5D8WA 1MW3A 1UOKA 3PBGA 5BWFA 1HKJA 1B30A 2WWDA 3WUBA 1WDSA 1R7AA 3N17A 4UFKA 1W32A 1VIWA 1B31A 4KWUA 4H8UA 4B3KA 2YLLA 3AYSA 3AISA 2EBNA 4J3UA 2VRJA 2XYLA 4U3CA 2FHBA 1BAGA 1WO2A 1XD1A 1PZ3A 1NP2A 3WDRA 1W2PA 4CCDA 4GQQA 1QHOA 1R86A 2OWXA 1JZ6A 5A3HA 5FCZA 2BY2A 4MB3A 1FP8A 2YIHA 3AIEA 5LA2A 4CVUA 4P7LA 4CCEA 4PMVA 2WM0A 2ZUSA 1X6LA 1W9UA 2VJXA 2GJPA 1B3XA 4CD8A 3SEPA 1ITXA 4PSPA 1UKSA 1KGUA 5FL1A 1E73M 3BSHA 1KWGA 5HPOA 4W7VA 2VUYA 1VFUA 4HZ6A 3CUIA 3WQWA 2E9MA 4EKJA 1PZ2A 4HTYA 1SMDA 1VB9A 4W87A 4QLKA 3VKKA 5C70A 5LYRA 4PMQA 1UR1A 3T09A 4XZWA 3S2CA 1GOKA 1GUVA 3VGHA 4RE3A 1B3ZA 1Q6CA 1EIBA 1MXDA 2YOCA 1HJXA 1BPLB 1J0JA 1I75A 4GXPA 1C91A 1EO5A 2PC8A 1UHVA 1E0WA 1G1YA 2UY4A 3CUGA 4KH2A 2XSBA 1WZKA 3PZNA 4Z2LA 2J62A 4PMUA 2G41A 5E6ZA 2JF7A 1EDTA 1JXJA 3CO4A 1LG1A 1H2JA 1M03A 2BFGA 3L4TA 1UR0A 2NSXA 2ZX7A 1UUQA 5IFPA 4F79A 3AXXA 1JZ3A 5D9PA 3ARQA 3ZSTA 1KGWA 3BAXA 3FAXA 4MB5A 1W2VA 4MNKA 4CN4A 3RDKA 3BAJA 3W27A 1JNEA 1H11A 2O9TA 4V28A 2A3BA 2D23A 2WCSA 4UR9A 1I1XA 2ZIDA 4QP0A 3G6MA 3VGEA 2GDUA 4AD3A 1W1PA 3WD2A 1HT6A 1CTNA 4QLJA 4FLOA 3AHVA 3T2OA 2B31A 3ZQ9A 3CZ8A 3AI0A 4AZHA 4EK7A 1NWTA 2PWEA 1KBBA 1XCWA 2QMJA 4QAWA 2CHNA 2WKLA 3PZMA 2OWCA 1QVBA 3WEOA 1BG9A 3VM5A 5CG0A 3EDEA 2E40A 5I2UA 3ZT5A 2YDQA 3IAQA 3WF0A 3N13A 3EDDA 2DSKA 3AFBA 4CD7A 2WMKA 3AYRA 1VRXA 4D71A 4E2OA 4LYQA 4S3JA 4LGXA 2X09A 2XIBA 3PZQA 4PMRA 3W82A 3F4VA 4PTXA 4GO9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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