2J62A

Structure of a bacterial o-glcnacase in complex with glcnacstatin
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title GlcNAcstatin: a picomolar, selective O-GlcNAcase inhibitor that modulates intracellular O-glcNAcylation levels.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords O-GlcNAcase NagJ
total genus 236
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j62A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j62A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j62A01
3U5YA 1TFVA 4H8UA 2B31A 3WH6A 3N18A 1XSJA 4B3KA 1E6XM 8A3HA 2WMJA 3N9KA 2D3NA 5TD4A 3ALGA 1CXLA 3AROA 3BAXA 3L4XA 4PMOA 4UTFA 1P6WA 2WB5A 1LLOA 4GO8A 4D6DA 4LQ1A 1CNVA 3PZVA 3F5KA 2J4GA 3A4WA 4PTVA 4PSRA 1VJZA 3BSGA 1UR2A 3TP4A 2W92A 3AOFA 5GPRA 3W28A 5I79A 4P7NA 1E6SM 3WEOA 2J8GA 3QHNA 4HZ6A 3VIMA 3MO4A 2D0GA 5F7UA 1GOMA 2XVGA 2XHYA 1WZMA 4NZCA 3ZJ7A 1ITCA 1CGWA 4B3LA 1UH2A 4PUEA 1J18A 1Q6DA 2A3CA 3OLGA 1E56A 2CBVA 3WIJA 4IM4A 5IFTA 2UY5A 2D3LA 2CHOA 4C7DA 1XCWA 3FW6A 2PWFA 1EDQA 1B31A 2FDMA 5DT5A 4F8XA 3SUUA 1OINA 1UWSA 2YL8A 1R86A 1TUXA 2VX7A 4AC1X 1VENA 3VIJA 1H2JA 5DMYA 4AWEA 2VCBA 4BQ4A 3UESA 3WF3A 4ACZB 1JXJA 3KL5A 3W4RA 3FXYA 1OBAA 5LA2A 2W66A 3CZEA 2VZOA 2FHFA 2FHCA 2JIEA 2GK1A 3TTQA 1PPIA 1CXFA 3DYMA 3CLWA 2Q8XA 2QHAA 1X1NA 5JIPA 2VI0A 1JZ2A 2CBUA 3AICA 2VZVA 4HOWA 4BQ5A 4UCFA 1KQYA 2WVTA 4JFSA 1MFUA 1QW8A 1XH0A 3MV11 3TTOA 3VIKA 2WBKA 3NSXA 3WBAA 3WMBA 1BYBA 1WZLA 1BFNA 2ZXDA 3BCFA 3VINA 2WMIA 1CTNA 4KWUA 4PMXA 1V02E 1JGIA 3CGTA 3SCRA 2WSKA 3RM4A 3EDJA 3DYOA 4AZBA 5AYIA 3VGDA 4D6GA 2XFYA 5I3DA 1XSIA 1VBRA 5ABHA 1QI2A 4DUWA 1J12A 2D22A 4UZSA 4PUDA 2YOCA 2VUYA 2VR4A 2VRQA 1CENA 3CUIA 4MNKA 5JBEA 4BF7A 4TVCA 4WSKA 5LA0A 2WLZA 1B1YA 4EE9A 1J0YA 4D6HA 5A2AA 4BQ2A 1E1FA 2EJ1A 3PZMA 2Y5EA 3T2QA 3PZOA 2D23A 2VJXA 3F5LA 1KBKA 2E3ZA 1NWUA 4TTUA 4ATLA 1BPLB 1Q6FA 1Q6EA 1UR4A 1B3VA 4J3VA 1UR0A 3OZOA 2WHLA 3W38A 1Z32X 3U7BA 3AMDA 3SUVA 3I3BA 2A3EA 3GH4A 2BXYA 1WDSA 4E8CA 1UKQA 1Q6GA 1NOFA 4QP0A 2V3GA 5CPQA 3WF1A 2DSZA 2EXOA 4HOXA 3M7SA 2O9TA 1J10A 2CKRA 2J8FA 2JF6A 1EH9A 1W9UA 3AZSA 1KGUA 1V0KA 4OOZA 2D24A 2XYLA 4ACYA 5BWFA 3CO4A 4FLOA 4AD5A 1JF6A 1UZ1A 1LWJA 1ISZA 1NOUA 3VM7A 1KR1A 1F4AA 3MU7A 3PZ9A 4NRRA 1HN1A 4AMCA 5M5DA 3DECA 3VDCA 2PWEA 3CMGA 3VTRA 4GI6A 2WVSA 4FMVA 2D1ZA 1K6AA 4W5UA 2X8RA 1RD6A 3WD2A 3SCOA 3ZSTA 2CBIA 5CPSA 2GFTA 4DWSD 5A2BA 3K8MA 3UR8A 3FHAA 5A6SA 1LL6A 2QMJA 3VIPA 4MJ4A 4IISA 3WBEA 2MANA 1BVNP 2YLLA 2G4FA 3AHXA 2PC8A 1S46A 1QHZA 4PRWA 2V5CA 4JCMA 1G5AA 4IUGA 2FHBA 3AS0A 2XIIA 1HKJA 2YDRA 1JG9A 1A47A 4PMQA 4GIAA 4UOJA 2XVKA 4URIA 5HOSA 1EXPA 1GJUA 4HP5A 1C7SA 1OT2A 2G8ZA 4XV0A 4BS0A 1WDQA 2Y8VA 1ZBVA 5I23A 1UA7A 1MQPA 4PSPA 4LPCA 2WHKA 4W86A 1BF2A 1CLVA 2ZUVA 2CETA 2HVMA 3AXHA 4QFUA 2WZHA 1VFFA 2ZUTA 3N1AA 1W9PA 2VMFA 3ZMRA 4W7UA 4D71A 1QNQA 1ESWA 1G01A 2C0HA 4TVDA 2A3BA 1PX4A 2J25A 2EO7A 3MMWA 5HNNA 4TX6A 2WKLA 2DDXA 1HNYA 1KBBA 1EQCA 4UFHA 1OGBA 1EDTA 1Y7VA 1UWRA 5IFPA 3POHA 4W87A 1ITXA 5D8WA 4W7WA 1G1YA 4W8BA 5BCAA 3WDHA 1GONA 4PMYA 2VX6A 2VR5A 4GI9A 1XSKA 1V3LA 3NDZA 4ZFMA 4H7VA 1Q6CA 4N42A 2WC7A 3POCA 4GZJA 2VQTA 1C92A 1XV8A 2VURA 1W1TA 4CKQA 4FK9A 2OWCA 1J11A 2DH2A 3EDDA 5I2UA 3SCUA 3HU7A 4AZ5A 1WB0A 1FA2A 1D3CA 2O9PA 3VDBA 4S3KA 3QGVA 4AZGA 1NP0A 3ARTA 4FLQA 5FL1A 4J3UA 3DC0A 3VD3A 3ZOAA 2PBGA 1C8XA 1E4IA 2BVDA 3AIEA 3IAPA 2XSAA 4AW7A 4H2CA 3ZT7A 3WNKA 4CCDA 2FH8A 4AZ7A 3AS1A 1TA3B 2E8YA 4MDPA 3F4VA 3FHQA 3WUEA 2NT0A 3GXIA 5BXPA 1QNPA 3G6LA 1PIFA 3VMOA 2J7EA 4P8XA 1C8QA 1KGWA 3RPMA 3GNRA 3ZM8A 1V6WA 5CJ5A 4Z2GA 1HX0A 4JKLA 3VIHA 1UD8A 4HZ8A 1H0GA 3WQVA 7CGTA 3EDEA 2AOSA 3AJ7A 3BC9A 3CUGA 4X0NA 1NH6A 3ZR5A 4HPGA 3CHDA 1V0NA 1VEOA 1W2VA 3SURA 4CN6A 4TUFA 1GQJA 3BCDA 4CU7A 1WZAA 1B30A 1PAMA 1W3LA 3MUIA 3L4VA 2ZX6A 5EFDA 4CGTA 2CXGA 3N15A 1BYDA 2WMFA 4KGLA 4U2YA 1EHAA 3PBGA 2TAAA 2VRJA 2XVPA 4BZYA 4BA0A 1UUQA 5D4YA 1CBGA 3AFBA 3VDHA 4A3HA 4JL2A 1N82A 3VGGA 1KR0A 4F9DA 3VVGA 3ARZA 4JIEA 2BXZA 3OIHA 3OB8A 1SMDA 2OLHA 1LQ0A 4PMDA 5KZ6A 4CUCA 3AYSA 4WLCA 4NRSA 2JALA 4E4PA 1ZB5A 3BMVA 1E73M 4NI3A 2AAAA 4DM1A 1UR9A 5A2CA 2RGMA 5A8MA 4QLLA 1HL9A 1KB3A 4W84A 6TAAA 3E1F1 4HMEA 2V3DA 5C8BB 4M82A 2X09A 4LYQA 3GYCA 3QOMA 4AY1A 3OLDA 2DH3A 1FH8A 2XIBA 3VNZA 1EGZA 4LYRA 5D9PA 4AYSA 3L4UA 1OIFA 3CIVA 3BSHA 4CD5A 4U33A 1CPUA 3AZRA 1GW1A 3T2OA 2DT0A 4HA3A 3W26A 1LWHA 2A3HA 4FLRA 5EMYA 2VZUA 1BG9A 4AEFA 1CGYA 4EK7A 4TVUA 1HIZA 3EMCA 4P7LA 3CPUA 3S6TA 4WK9A 1CXKA 2J7HA 3BLPX 1BVZA 3S2CA 4N0RA 2YIHA 3AMCA 1OGSA 3CH9A 3ARWA 3WNNA 4MNJA 3AHVA 4D6EA 1C91A 5FKYA 1KFWA 9CGTA 2J79A 3PN8A 3WD0A 2Z1SA 3G6MA 3BMWA 3T0BA 5A6BA 1C7TA 3AIRA 3VD7A 4AEEA 1X6LA 1US3A 3ZT6A 1BYCA 1TA3A 1J0IA 3BAYA 4JFUA 3AIWA 3EDFA 5E9AA 1ZU8A 4C90A 1EHNA 1JFXA 1CGXA 4CN4A 1DWJM 5E70A 8CGTA 1D2KA 2OSYA 3OZPA 2XM1A 3BH4A 1DTUA 3WKZA 1TG7A 1BAGA 1K9EA 1XH1A 4PMVA 2XWEA 4CD4A 1E0XA 2DIEA 2EQDA 1M04A 1GJWA 4UQBA 1MQRA 1OD0A 1FFQA 1UKTA 3DHUA 1K9TA 5CSUA 5GNYA 1GORA 2ZXAA 1AQ0A 1R85A 2YLAA 3SUSA 1JYNA 4UFIA 3RMEA 4JHOA 2F2HA 3WNPA 2WZEA 5BRPA 3THCA 2W62A 4YHEA 3UR7A 4XZWA 1VAHA 4MNLA 2ZX8A 1RH9A 2OWXA 1EQPA 3BXWA 1HF6A 1C93A 1BGAA 2BNJA 2PBOA 4W93A 3CUFA 1UR1A 2ZXBA 3BAIA 2WZIA 3WDPP 5ECUA 4KGJA 5I5RA 5BROA 1B2YA 3WL0A 5ABGA 3AXXA 6A3HA 1BYAA 1IT0A 1NQ6A 2WC4A 3U5UA 3AS3A 1E6RA 3CTTA 2JFEX 4PCSA 4HA4A 3SUTA 2BY2A 2YBTA 3FAXA 2XFFA 1JNEA 3VGBA 4BQ3A 1CEOA 4MADA 3AMLA 3WMSA 1UOKA 1GPFA 4AIUA 4CCCA 3PTMA 3BAKA 1CDGA 3O2LA 3L4WA 1OCQA 3BAJA 1W9VA 2VVSA 4AD1A 3OLIA 3NIYA 2ZUMA 5IHRA 4RE2A 1ISYA 4M56A 1US2A 2WKGA 3RO8A 2D0HA 4ML4A 1GCYA 2RGLA 2NT1A 5DT7A 3UG5A 2V5DA 4F9JA 1IZJA 4B9YA 2WK2A 5I77A 2WMGA 5CQ1A 5FD0A 2J47A 1JD7A 3UETA 1U2YA 3RIKA 1FHDA 2BV9A 1CXEA 1R7AA 3WMCA 2CERA 1YQ2A 3KL0A 3WQ8A 3GTNA 4B15A 1JD9A 1HVXA 1LF1A 3K46A 4ZEPA 1VEMA 3LPGA 3BLKA 3U7VA 1UD4A 2WXDM 3D3AA 4P8UA 2WHMA 1KXTA 2BHYA 1CYGA 2YDSA 1GOQA 3VKKA 1AQHA 2XUCA 1CLXA 1QVBA 4J27A 3VPLA 1HJXA 1QBBA 4W89A 2WVUA 4J3WA 3B9DA 1FH7A 3L4TA 4K68A 1UKPA 1GQLA 1WDRA 1OT1A 1TE1A 4DUVA 5BXTA 1E72M 3ARYA 5BXRA 4IPNB 1WE5A 2XSBA 1BQCA 1V6VA 2WANA 1V3KA 3W53A 1XHGA 2HISA 5A8PA 2X0HA 3WD4A 2ZOXA 2FGZA 5HBFA 2OYLA 1QI0A 4MJ2A 2ZX7A 2QF8A 1PX3A 4CD6A 1RP9A 1L0PA 4BCEA 1E55A 2AMGA 3W0KA 1E6PA 1UWTA 2ZICA 2OYKA 5KEZA 3TA9A 3L4ZA 1HJSA 5A8QA 3OGVA 3WUBA 1HKMA 3W82A 3WUGA 4MPKA 1BG4A 1JYWA 1KXVA 4CD7A 3WF0A 3ARXA 2VVNA 3SEPA 2G3JA 4H04A 5CPTA 1JFHA 2X2YA 3VD4A 4HTYA 3CZLA 1GUVA 3WNMA 2EPMX 2ZUUA 4OIFA 3IK2A 5ABEA 4JHZA 4AZCB 2JIWA 3ARSA 4P8VA 2YL6A 1X6NA 1FP8A 5DEZA 1JYVA 3WY1A 1GZJA 4OUEA 3SUWA 1KXQA 4GINA 2WWCA 2X05A 2YBUA 1JDDA 1H0IA 1V6XA 3WELA 3OG2A 4J3SA 2XGBA 2G41A 1R8LA 1WCGA 5IXEA 1JXKA 2GSJA 4U3AA 3A3HA 4RE4A 3QR3A 1ZBWA 2WBGA 5CGMA 2XJ7A 3HMCA 1CWYA 4CVWA 1VBUA 3K8LA 1HVQA 1OWQA 4R27A 1ZBKA 3PHAA 2WSPA 4UQDA 1KCKA 4PN2A 1B3WA 3GNPA 3RM8A 4W8LA 1UD5A 2VC9A 1J0JA 3K4DA 1UZ4A 4LYPA 1DWFM 2VQUA 2XM2A 2BY1A 5A6BD 2XPKA 5GQBA 1KQZA 3FNDA 4J7RA 1W3KA 1W2PA 4PEEA 2YL5A 4U3CA 4ATWA 3CZ8A 2EPOA 3VO0A 3TONA 4KMQA 3MMDA 3QHMA 3IJ9A 4E2OA 1UWIA 1XYFA 3MSGA 4W85A 1HKKA 1L8NA 4P7RA 1GOOA 3NDYA 1ZJBA 3IANA 1OD8A 1GOWA 3AIVA 4GQQA 1HJWA 3IJ8A 1BLIA 1C8YA 1NWSA 3KE0A 4UOQA 1JZ5A 4M80A 2DQXA 1E4MM 4PBGA 3VOCA 5CG0A 1J0KA 7TAAA 5FOOA 3HJEA 4NSBA 2XVLA 1XRVA 4QLKA 3W24A 1KXHA 3WD3A 3THDA 1B3XA 1LJYA 2CHNA 2CESA 2WCSA 1M03A 3VU2A 1BTCA 3VD5A 2E40A 1KWGA 4H41A 3RCNA 1W32A 4AZIA 4X9YA 3ARVA 3MANA 5CXPA 2YKKA 3VIGA 1ISVA 3VGHA 4LXFA 2F61A 2PB1A 5JBFA 1V6UA 5AC5A 1NP2A 2NSXA 1H4PA 3AXIA 3T0DA 4C7FA 4UQAA 1EO5A 5I24A 5JUVA 1J9YA 3AYRA 2VNCA 2VOTA 1V6YA 4JAWA 3WF2A 1M01A 1G9HA 5CLTA 4FLSA 3PZIA 3OGSA 4PMRA 3T08A 5BYWA 5I6SA 1V03A 1CZ1A 3QOKA 5FL0A 4B9ZA 1HJUA 4GQRA 4D6JA 4CU8A 3JUGA 4MB4A 4AZCA 1E0WA 3TOPA 2CYGA 3WF4A 2ZE0A 2WPGA 3ZSSA 2YDQA 1UQZA 4QDMA 1TR1A 3WEZA 4PMNA 4WKFA 1HJVA 3VX1A 1VFUA 1OB0A 1GVIA 1VFMA 2E9LA 4P7OA 5M17A 4MB1A 4AIEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2NQH A;  4NXN T;  1S5M A;  5HJY A;  1UWU A;  3W7J A;  3NO3 A;  4F8H A;  4DR6 T;  2A21 A;  3ZJ1 A;  3R11 A;  3K4A A;  3EOL A;  2L8K A;  1ECE A;  2RHG A;  4OQV A;  3UG3 A;  2B1E A;  3T1H T;  3NQD A;  5BMX A;  2Z27 A;  4I5R A;  3URA A;  5CCZ A;  5G4E A;  4UNI A;  3MV0 1;  3N2C A;  3N6J A;  2OZT A;  4GX9 A;  3AED A;  3EWY A;  2HNH A;  3IWP A;  3UQ7 A;  4UNK A;  3K3N A;  4XX6 A;  4GOU A;  4GI8 A;  2VO5 A;  4MB3 A;  1H5V A;  3A4X A;  5LYR A;  4WHB A;  3AMK A;  5A6L A;  3MMT A;  3CBW A;  3W84 A;  4BHY A;  4C65 A;  3A5V A;  3EB4 A;  3SY8 A;  2QUN A;  1MRQ A;  1NJJ A;  2XQ5 A;  1QNS A;  3F5J A;  5TF0 A;  2FZM A;  4F0R A;  2GVG A;  4M1R A;  3TN5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3U5Y A;  1TFV A;  4H8U A;  2B31 A;  3WH6 A;  3N18 A;  1XSJ A;  4B3K A;  1E6X M;  8A3H A;  2WMJ A;  3N9K A;  2D3N A;  5TD4 A;  3ALG A;  1CXL A;  3ARO A;  3BAX A;  3L4X A;  4PMO A;  4UTF A;  1P6W A;  2WB5 A;  1LLO A;  4GO8 A;  4D6D A;  4LQ1 A;  1CNV A;  3PZV A;  3F5K A;  2J4G A;  3A4W A;  4PTV A;  4PSR A;  1VJZ A;  3BSG A;  1UR2 A;  3TP4 A;  2W92 A;  3AOF A;  5GPR A;  3W28 A;  5I79 A;  4P7N A;  1E6S M;  3WEO A;  2J8G A;  3QHN A;  4HZ6 A;  3VIM A;  3MO4 A;  2D0G A;  5F7U A;  1GOM A;  2XVG A;  2XHY A;  1WZM A;  4NZC A;  3ZJ7 A;  1ITC A;  1CGW A;  4B3L A;  1UH2 A;  4PUE A;  1J18 A;  1Q6D A;  2A3C A;  3OLG A;  1E56 A;  2CBV A;  3WIJ A;  4IM4 A;  5IFT A;  2UY5 A;  2D3L A;  2CHO A;  4C7D A;  1XCW A;  3FW6 A;  2PWF A;  1EDQ A;  1B31 A;  2FDM A;  5DT5 A;  4F8X A;  3SUU A;  1OIN A;  1UWS A;  2YL8 A;  1R86 A;  1TUX A;  2VX7 A;  4AC1 X;  1VEN A;  3VIJ A;  1H2J A;  5DMY A;  4AWE A;  2VCB A;  4BQ4 A;  3UES A;  3WF3 A;  4ACZ B;  1JXJ A;  3KL5 A;  3W4R A;  3FXY A;  1OBA A;  5LA2 A;  2W66 A;  3CZE A;  2VZO A; 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