2J62A

Structure of a bacterial o-glcnacase in complex with glcnacstatin
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title GlcNAcstatin: a picomolar, selective O-GlcNAcase inhibitor that modulates intracellular O-glcNAcylation levels.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords O-GlcNAcase NagJ
total genus 236
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j62A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j62A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j62A01
1JFXA 4HMDA 4MDPA 2UY2A 3VGBA 4DM2A 3PZNA 1UG6A 2VJXA 1TA3B 3W27A 5C70A 1Y7VA 3WMCA 1B90A 2YL8A 4UQ9A 4KMQA 1CDGA 4IPLA 1SMAA 5A6SA 1J18A 4W7WA 3VIHA 2YA0A 4MJ4A 1CXKA 3CIVA 1NWTA 5BXRA 2FH6A 1DWGM 1CIUA 2DT2A 3W4RA 3APGA 3LPFA 1MQRA 3OIHA 3GYCA 1E6NA 4MNMA 2XVLA 1M7XA 2D1ZA 2NT1A 1PPIA 4AEEA 2E9LA 3DYMA 1X1NA 1EDTA 4WKHA 3QHMA 1FH9A 1DWFM 2CNCA 2GVYA 3EDFA 1V3KA 2J4GA 3PZUA 1J0JA 3N17A 4XX6A 2GDUA 4QP0A 5I5RA 2UY4A 4AZBA 1RP8A 1C90A 1B3WA 4OIFA 2XFYA 2JALA 2VZTA 2WMJA 1HJXA 1LLOA 3VD9A 1U30A 3ZR6A 2PWDA 2BVYA 2WSKA 5A6BD 3GNOA 4L4PA 1ZB5A 3RO8A 3VIGA 2AOSA 4Z2KA 1MW1A 2E8ZA 4K68A 3VGHA 1ZS2A 3AFBA 1XHGA 4PEEA 1W2VA 1XH0A 5A6MA 4N42A 3OBAA 3VGFA 4GINA 3WF0A 3PZQA 3FHQA 4MB3A 4P7OA 2YDSA 4OBSA 3O6AA 3AS2A 3K4AA 3PTQA 4W8AA 1CGTA 1UKTA 3BH4A 4JL1A 1XCWA 3NDZA 3AOFA 4PMNA 1E15A 4A4AA 1QI5A 1W32A 4H2CA 2D24A 4J3TA 3BSGA 2BY1A 3VM5A 4EE9A 3GBDA 1N82A 2IXUA 3PTMA 2JF7A 4U33A 4UTFA 5A2BA 2V3EA 5LA1A 1JNEA 2VZUA 5BXSA 1QOXA 3BMWA 3JUGA 3SCRA 1X6LA 1VFOA 3RMEA 4D6HA 5I6SA 5DT5A 1PEZA 3W82A 1OINA 1IZJA 2CETA 1V0NA 3U5YA 4HA1A 2NSXA 3WUEA 2XUCA 2CESA 5AY7A 3VPLA 3WH6A 2D0FA 3GTNA 1GCYA 3EDJA 1L8NA 4ZE5A 3WEMA 4XZWA 2EBNA 3ZT5A 4ACYA 3DHPA 1JYWA 3F5JA 4PTMA 2VZSA 1OT1A 4UFIA 4HOXA 2D0HA 1G94A 3W25A 1OWQA 1WDQA 3OLGA 1OIMA 1EH9A 3AZSA 2WZIA 4JKMA 2VRQA 2BY3A 2WCAA 4XZBA 3HMCA 2CIPA 1WKYA 1M03A 2WVSA 4GO9A 4CCDA 1SFSA 2FH8A 1W3KA 5D9MA 3CZEA 1NWRA 2YKKA 1H0GA 1H2JA 1MXGA 1H09A 2XIIA 1HKMA 3W81A 1HJWA 3MANA 2DSVA 3FN9A 4PUEA 1TZ7A 5FIPA 5A95A 2WPGA 3HN3A 3PZIA 4DUVA 4CD8A 1ODUA 2VRKA 4Z2JA 1J10A 3VD4A 5E0CA 4HU8A 1LL7A 1ITCA 1JIBA 2F8QA 3CMGA 1KR0A 1RH9A 3EBVA 2BFGA 1BPLB 4W88A 4BQ4A 1O6IA 4U5IA 1ECEA 4B3LA 1V3IA 2D22A 1GOIA 1E3ZA 2VOTA 2Y2WA 2ZUNA 3CHFA 3UESA 5A6JA 4E8CA 1KCLA 4LPCA 4M1RA 3AIWA 2ZUWA 5D9NA 3ZT7A 2XSBA 3SCQA 3UCQA 4F66A 4JKLA 4GKLA 4GI6A 3ZJ8A 2ZOXA 3VX1A 2J47A 4PMDA 2WC3A 4MNLA 4GIAA 4U5KA 2CERA 5AC5A 5EB8A 3UR7A 1EO5A 2JF6A 1IT0A 3AMDA 2D0GA 3T2OA 4R27A 1GVYA 1ODZA 3ARTA 5HPCA 4ATDA 2CKRA 1TR1A 4LX4A 2X1IA 4UOQA 2WC7A 1EA9C 1MFUA 1W9BM 3QHNA 1XRVA 3PZGA 4ATWA 2WLYA 1ZJAA 1UWSA 1E4NA 2C8NA 1C7TA 3B8SA 4D6FA 3AMLA 4BS0A 3WENA 3GBEA 1WPCA 3D5HA 3BCFA 3GH4A 1UYQA 3GXFA 1Q6FA 3CLWA 1BG9A 1TE1A 2XWEA 2J7DA 3WD4A 3QHOA 1C92A 1ZBKA 1PX8A 2VX7A 3HU7A 5DT7A 3ARXA 3VIPA 3OLEA 2FGZA 3WELA 1KQZA 1ZJBA 2J7EA 2QPSA 4W8LA 3RDKA 2DIJA 3ZJ6A 3WEZA 4LYRA 1HT6A 1M53A 3N1AA 3BMVA 5E70A 1QHOA 3WNLA 4ZFMA 3CO4A 3ZMRA 7CGTA 1UD6A 1BYAA 1BQCA 3A47A 4M82A 3CUGA 1W3LA 3VIIA 1UA3A 4OOUA 1E5JA 1WNOA 2IXVA 2WBKA 4KGJA 4RL3A 4B15A 5M03A 1J0YA 2WVVB 1H11A 2FHFA 2OSXA 2CXGA 5BXTA 2ZIDA 1HL8A 3BAIA 1E72M 3VDCA 2CITA 1GOMA 4EK7A 2W66A 4PMZA 4ZXOA 3CMJA 5E9AA 3T0AA 3AHZA 4CU6A 1UH2A 3VDHA 3L4WA 3UERA 4AZGA 3WL1A 1AVAA 4QDMA 3KL0A 1GHRA 3T2QA 1TMQA 3OG2A 1JZ2A 4H04A 1G0CA 2DIEA 3FAXA 2G3JA 2ZX8A 3VIOA 1GOQA 4W93A 3IANA 1E0VA 1B31A 2WCGA 2E8YA 3VMNA 5D4YA 3RCNA 1HJSA 2DT1A 3WH7A 3NIYA 2XTKA 3GZAA 3PN8A 1OB0A 3ARPA 4B9YA 4JFVA 4PTVA 1C8XA 3AHVA 1KXTA 3EDKA 1JYVA 1E5NA 5CSUA 1W1VA 2PBGA 4YHEA 4TVCA 2WXDM 3EYPA 3RIKA 1E4MM 1I75A 3BAXA 4AZ7A 1CGVA 4LQ1A 1CXFA 4N0RA 4LYPA 1V3LA 2DT0A 4D71A 2X09A 2Q8XA 4MDOA 3ZO9A 1RD6A 3QGVA 5FCZA 5EMYA 1KXQA 2TAAA 1US2A 4C90A 2DSKA 6CGTA 1LJYA 2FHCA 2J7CA 1GHSA 2ZE0A 1D2KA 4QLJA 2V38A 1BGAA 2W61A 3RM8A 5FD0A 2X0YA 4W7UA 1TUXA 2VX4A 5ECUA 1QHZA 3CZJA 4KGLA 3CGTA 5A8NA 1MVYA 3W37A 1CENA 1UWRA 5BROA 2VX5A 3DYOA 1GONA 1QI3A 3ARYA 5E09A 1QPKA 1A3HA 2XGBA 3M46A 3M07A 2W67A 2ZUTA 4U2ZA 1E6XM 1JXJA 3ZQ9A 2YA1A 4GXPA 1E1FA 3WD0A 1FA2A 1PJ9A 1V0MA 4MTVA 2D2OA 4FLQA 4PMUA 4QLKA 1PX3A 1EGZA 4JAWA 4E2OA 4JHZA 4HMEA 1VJZA 3WH9A 1KBBA 1KGXA 3CBWA 1I1WA 3AHXA 1E6PA 9CGTA 4CUCA 1UQZA 5E6YA 1A47A 1B2YA 8A3HA 2DT3A 2QMKA 3SCTA 1BG4A 1GUVA 3CHEA 4JHOA 4D6IA 1J9YA 3TP4A 1V6VA 3ZSTA 1GQLA 1WAWA 1C8QA 4NI3A 2GUYA 4U3CA 1KB3A 2DH2A 3VDBA 4CCCA 4GZEA 3VD7A 1V03A 4S3JA 1VBUA 2AMGA 4V27A 4KRTA 3T0DA 1V3HA 5JIPA 1EQCA 3THDA 5IXEA 1HL9A 3EDDA 4CVUA 3MMDA 3TTYA 4B16A 1E4LA 3MMUA 5M5DA 1KWGA 3N11A 4AY1A 3SUVA 4AIUA 3GNRA 2J79A 8CGTA 2PB1A 2VR4A 1KCKA 2Y8KA 4PMQA 3VIMA 2XVKA 4WKAA 1BVZA 3AIUA 1MFVA 1BYBA 1B0IA 1BYCA 2BVTA 1UQYA 2MANA 4HZ8A 4QCFA 3T09A 1FFQA 5JBFA 5A6KA 5KEZA 4MB1A 1ZBWA 3WKZA 3WQ8A 5LA0A 1CLXA 1W1YA 2J25A 1K9EA 4UNIA 5I0DA 4TOQA 3BLKA 1B9ZA 2VO5A 3KZSA 2WVUA 3AMKA 4U2YA 3AQUA 2WAGA 1R86A 4AZ5A 2PC8A 3BXWA 3RJYA 3ZR5A 2WZHA 3AIBA 1CXLA 2WMHA 2D3LA 2VRJA 4WSJA 3AXHA 3G6LA 1MQPA 4QCEA 3OZPA 1LG2A 2XFRA 2YBUA 3F5LA 4AWEA 3G6MA 4AIOA 3WF3A 1D3CA 4JCMA 1R7OA 3CZKA 3POCA 3L2LA 3SCWA 5GNXA 1BGGA 1KGUA 1HJQA 2ESCA 3CHCA 7TAAA 3BGAA 4AXNA 2QLYA 3AMGA 4CN1A 1UR9A 1XH2A 1E55A 1L0PA 3UG3A 5CPQA 4TXEA 4CU8A 1D7FA 2OYLA 4YHGA 3ZT6A 4Q7NA 2FGLA 1CGWA 1JD9A 4H8UA 2XYLA 2BHYA 1JDCA 1KFWA 2F2HA 3GH7A 4HMCA 2W63A 4UOZA 4PMXA 1VFUA 5EFDA 3AS0A 2EPNA 3AJ7A 1H0IA 2DGAA 1FP8A 3ARQA 4TTUA 4GQQA 1R8LA 2Z1KA 2EPKX 1BTCA 4E4PA 1SR0A 2XM1A 4AZHA 2G8ZA 3MS8A 3DC0A 2CBUA 2VURA 1I1XA 2NW0A 1R7AA 5HBFA 3MUZ1 3L4TA 2BV9A 4BQ2A 6A3HA 1BF2A 2WBGA 5BWFA 1UR1A 3W24A 1XYZA 1OGSA 3BCDA 1GJWA 3L2MA 1KXHA 3BAWA 5A2CA 4AD4A 5CSYA 1TVNA 5A6BA 2WHMA 3EMCA 3K8MA 2WMIB 5BRQA 2JIEA 1JGIA 2WZEA 2ZUSA 1GQJA 3VINA 3AS1A 3BC9A 4QAWA 1V02E 5D9OA 4FMVA 4RE4A 1JL8A 5AYBA 1ISZA 4HTYA 3WQ6A 1C8YA 1DWIM 3NCOA 1O7AA 1XD1A 2YDRA 1CYGA 4X0NA 1UKSA 4J3XA 4P7QA 1JXKA 2VT0A 1M04A 3AMCA 2J7HA 3ARWA 4BZYA 1NWSA 2FHBA 1KXVA 4IPNB 1XH1A 2UY5A 3TTOA 2A3BA 4AYSA 1SMDA 2E4TA 2UY3A 3I3EA 5IHSA 1CZ1A 1F4AA 3FAWA 4XUYA 2J7GA 3M6DA 5A2AA 4Z2HA 3GH5A 2VX6A 3F4VA 2WVVA 2EPOA 1E40A 3UETA 1W3JA 2VI0A 3MUIA 2HVMA 1E56A 2YL6A 5A3HA 3LPPA 4Z2LA 2BY2A 2XVGA 4J28A 1K9DA 3KL3A 2ZX5A 3EMZA 2CPUA 1WCGA 4ML4A 4JKKA 1V0KA 4W87A 3VOCA 2JEPA 2Y4SA 1EOKA 3WUGA 1MYRA 1DWAM 3UG4A 1FOBA 1UA7A 3RILA 1W9UA 1NOUA 4GI9A 2O92A 3GXIA 3PTKA 1OT2A 3K1DA 1NP0A 3A6OA 2W5FA 3U7VA 3SURA 3W29A 3ZOAA 4OUEA 4LXFA 4UCFA 1PIFA 4M56A 2CBJA 5CGMA 1VEPA 3T2PA 4NRRA 2J75A 3THCA 3FNDA 1B3XA 1OD8A 4HU0A 1JFHA 1E43A 5CPTA 3LPOA 2QHAA 2J62A 2GJXB 3VKKA 1W9DM 5KZ6A 2VVNA 5LA2A 1XGZA 1XSJA 4WLCA 1WZLA 3VX0A 3DYPA 4HOZA 1GOWA 3SCOA 3WH8A 2C7FA 3WQWA 3SCNA 3MUY1 5M3WA 2NT0A 4A3HA 2D23A 3MKKA 5I24A 1AQHA 5HNNA 3FXYA 4P7RA 1UZ4A 4PMYA 1QNSA 4IISA 1VEMA 5M17A 1BHGA 2PBOA 2QMJA 4H8VA 4W85A 2VZOA 2OWCA 1JI1A 2VTFA 1GOKA 5E6ZA 1NWUA 1JAEA 1LF1A 3RJXA 2G3MA 4BQ5A 3TTSA 1MWOA 3W0KA 3NSMA 1FP9A 1TFVA 1V6UA 2CCRA 4AD0A 4MJ2A 4D6DA 2XFFA 2B31A 4XB3A 1FH8A 1QW9A 2YIHA 5C71A 1VFFA 1VEOA 4J3SA 1JAKA 2QF8A 5TD4A 2WNWA 5ABGA 2A3AA 1U33A 4Z2IA 3W26A 2ZXAA 2WKLA 4MB4A 3DECA 1E0WA 1ISWA 4X0VA 3VIKA 4AISA 1CGXA 1Q6GA 4GPNA 5CG0A 3CZLA 1UD4A 2XVNA 3VM7A 1QHPA 1V6XA 4DWSD 3WN6A 2WHKA 5C8BB 2C0HA 2DEPA 5BCAA 4M8UA 3AXIA 3WUFA 1E9LA 4V28A 3BAJA 2E9MA 4DUXA 1JZ8A 4CD6A 1EO7A 1NOFA 1WB0A 2RGMA 4V2XA 1UZ1A 3D3AA 5D8ZA 4MADA 3VGEA 4W5ZA 1JD7A 2ZUMA 1Z32X 2X05A 4D6EA 5CQ1A 2OWXA 1Q6EA 3S2CA 3NDYA 5EFFA 2JIWA 4W8BA 1JNDA 4CD4A 1W9XA 1XSIA 1ZBVA 4HPHA 1OM0A 4EKJA 2Y8VA 4KRUA 2VQUA 4EAMA 5A8OA 2ZWYA 2YL5A 3NSNA 1HF6A 1JYNA 5HOSA 2V3FA 3RM4A 5FL0A 2EQDA 1GORA 1WP6A 4D6JA 3LPGA 1GQKA 1U2YA 1W91A 3OZOA 4Y7EA 5D8WA 2DSZA 4DWSC 4JZ5A 3IJ9A 2XM2A 2CHOA 3AI0A 2V5CA 4PSPA 3K8LA 3HJEA 5DO8A 2G4FA 2CYGA 3TTQA 2E0PA 2XG9A 1JZ7A 3VIFA 3OA5A 1UD2A 4MAZA 1EXPA 3SEPA 4EANA 1VJSA 3U5UA 4WJXA 1V08A 3IJ8A 4U31A 3PZ9A 5I3DA 5IHRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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