2JIWA

Bacteroides thetaiotaomicron gh84 o-glcnacase in complex with 2- acetylamino-2-deoxy-1-epivalienamine
Total Genus 231
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
231
sequence length
590
structure length
590
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A 1-Acetamido Derivative of 6-Epi-Valienamine: An Inhibitor of a Diverse Group of Beta-N-Acetylglucosaminidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 231
structure length 590
sequence length 590
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2007-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2jiwA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2jiwA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2jiwA01
2W5FA 3IJ8A 1PX3A 4ZEPA 2FHFA 5A8NA 1ISYA 3NUKA 2JALA 2AMGA 4W7WA 1UR1A 3CH9A 3N12A 2PBGA 1TUXA 4JAWA 4EKJA 2WNWA 1EDTA 4QLJA 3N18A 2V3GA 3OIHA 1G9HA 2ZUSA 3AFBA 4V27A 4PMYA 2YLAA 2VTFA 4ATDA 5D8ZA 2MANA 1PX4A 2W67A 4B9YA 1UR0A 1KXQA 2WAGA 4J3WA 3RJYA 4D72A 4B3KA 2WANA 1PEZA 1HKMA 1LJYA 3BAXA 4IISA 3DHPA 4Y7EA 3SUUA 2D1ZA 4MNMA 4A3YA 3K8MA 4HOZA 5C8BB 3MKKA 4D6GA 1JFHA 4PSRA 3ARSA 2UY2A 5M3WA 2ZUNA 4B16A 1IT0A 1GQLA 1CXEA 5E6ZA 5I77A 1UWIA 4NI3A 1B2YA 1E6SM 3GZAA 2WZIA 1KBKA 1KCLA 4JHOA 3UG4A 3VPLA 2JEQA 2CBJA 3AMLA 4UQAA 3WQ5A 1ODZA 4D6IA 3WUEA 3CHDA 1X6LA 1WDQA 5GNXA 5BXRA 1B0IA 2X1IA 3ZR5A 2VRKA 4Q7NA 4LX4A 3QHMA 4EK7A 3T0BA 4NF7A 2WBKA 1DHKA 4MTVA 3WKZA 4OZOA 4H2CA 3ARUA 4IM4A 1TZ7A 5A6SA 1F4HA 2ZXDA 2A3EA 1W9BM 3VU2A 1ESWA 2DT1A 1TFVA 3SUWA 4AIOA 2GJRA 3CUIA 2EPNA 2B31A 1V3MA 4D71A 3WQ4A 2WHMA 3BAWA 1UH3A 1ZS2A 4RE3A 1JZ7A 1ZBCA 1RD6A 3VD3A 3VD5A 5IHRA 3CZKA 4UQ9A 2VCAA 3VUPA 3WQVA 5IXEA 2WM0A 5DO8A 5EFDA 3ZT5A 2DSVA 2BVDA 2E40A 4HU0A 7CGTA 2CYGA 4PMUA 1QBBA 4S3KA 4E2OA 1KXHA 2ZX9A 1B3WA 2VVSA 1VAHA 3VX0A 2VX6A 1UA3A 1E4IA 4C7FA 1E43A 4CCDA 6CGTA 3WBAA 2VQUA 3AMDA 4HA4A 1UKPA 2WMFA 4ACZB 1Q6EA 1XC6A 3EMQA 3W24A 2XTKA 3OLGA 1PZ3A 1OIMA 1VEPA 3POCA 3N13A 4YPJA 2ZUTA 4AIEA 1U2YA 2BY2A 5I0DA 4OBRA 4P8WA 3BMWA 4EE9A 2G3JA 1QOXA 3AIVA 1XH1A 4A3HA 3AOFA 1UHVA 4B9ZA 2X0HA 3DYPA 2JIWA 2WMGA 1E4LA 1ZBVA 3ARZA 4BCEA 2WMHA 4MB1A 1ZL1A 3WD3A 4ATLA 3G6MA 3UR7A 1KGWA 2IXVA 1E6RA 4OJYA 4ATWA 2DEPA 2WCGA 3MSGA 1BG9A 1ITCA 1HP5A 3UR8A 2J62A 5DT7A 3VMPA 1QVBA 4M56A 2CXGA 1KR0A 4V28A 2W62A 4WKFA 4AD5A 5IHSA 2CBVA 3W26A 1RP8A 3IK2A 1ISWA 2A3CA 4AMCA 1GJWA 3W6MA 5GQBA 4QAWA 5CJ5A 1C8QA 3B8SA 3MUAA 4AZ6A 1UA7A 2X05A 3THCA 4JIEA 4OOUA 4XX6A 4PYSA 3OBAA 2JE8A 1FH9A 1JZ4A 3PZOA 3RJXA 3RIKA 3VIOA 2DH2A 1B31A 2VZTA 5M17A 1E56A 3PZUA 4OUEA 2J77A 3E1F1 4AW7A 1WZAA 3U57A 3NCOA 3CO4A 3NYDA 1EO7A 3W25A 3RM4A 1EGZA 1J9YA 1E6NA 2GJPA 1CYGA 3A3HA 4J3UA 1W9XA 4UZSA 1W1TA 2V38A 1MXDA 1CZ1A 2ZUWA 4XZWA 4M80A 1HN1A 3AIRA 4WK9A 1TG7A 3W27A 1FH7A 3VNZA 4N0RA 2A3AA 2VC9A 2Y4SA 4LYQA 5CZKA 2Y5EA 1GVYA 1R7AA 3AHZA 4WIWA 1GOWA 2GFTA 3AICA 3WD4A 1BYAA 2D3LA 3N17A 2XVNA 3IAQA 2EPKX 1VFUA 3WH8A 1JNEA 1E0XA 1JYWA 2BFGA 1NWUA 1FH8A 2CKRA 3UETA 1UH4A 2EEXA 2V3DA 1UWTA 1JZ2A 1UD3A 4J27A 5FD0A 4LYPA 4LQ1A 1CTNA 4XUYA 5D9NA 3BSGA 4C7DA 1BYDA 1H3GA 3OB8A 1XHGA 2DSWA 2VJXA 3OZPA 2ZE0A 1WDRA 4UR9A 3T2PA 2BXZA 1E15A 4HTYA 5CQ1A 1I75A 1JDDA 5JIPA 4H8HA 3WF3A 2D22A 4GINA 3W81A 3AROA 3W28A 2BVTA 1NP2A 4PRWA 1JZ3A 1CLXA 5HDRA 3T09A 4OKDA 4D1IA 1BG4A 2G4FA 4C90A 1HJWA 1E40A 1D3CA 3GNOA 3KL0A 1JGIA 1OGBA 3WSUA 2ZWYA 3K8KA 1M01A 3ALFA 3FAXA 4UFLA 3GBEA 3B9AA 1O6IA 5D8WA 5AC4A 3KE0A 1Y7VA 1XH0A 1W3KA 1GOMA 3SCUA 1NM9A 3AS2A 5A2AA 5HOSA 5JBEA 3LPPA 2XVGA 4BA0A 1MFVA 2ZX6A 2ESCA 4MAVA 4AEFA 4QCEA 3U5YA 1BGGA 5HBFA 3BSHA 4P8VA 5E6YA 5A8QA 3OG2A 1CXHA 3FW6A 2ZXQA 1JYXA 5AC5A 5FIPA 3TTOA 3MANA 4JCMA 3L4XA 2Z1SA 1K9DA 3QGVA 1B3YA 3K1DA 3AIBA 3APGA 4MB3A 5ABEA 2IXUA 2D20A 3WNOA 2OSXA 4GO9A 3ZT6A 1BGAA 4AD0A 3W4RA 2YOCA 3N11A 4PEEA 4FLQA 5CXPA 2YA0A 1J10A 3RDKA 3M6DA 4CVWA 2BNJA 3WNMA 1AQHA 2OYLA 1E9LA 4DWSD 1FFRA 2J7EA 2J79A 4NZCA 3VIMA 3MUZ1 4HOWA 4WSJA 4J28A 4N42A 2HVMA 1UQZA 2JIEA 3J7HA 2WW5A 2OYKA 1QNQA 4AIUA 3A4XA 1HL8A 3OGVA 3VX1A 3PBGA 1AQMA 1WCGA 2J4GA 3CZJA 2CERA 2NT1A 5I23A 4HOXA 2EPMX 4M82A 3AMGA 2VT0A 3KEHA 3F5KA 2XM1A 1E1EA 1VBUA 1UR9A 3F4VA 2CIPA 1JI2A 3UG5A 3GDBA 2WZEA 1BTCA 3AXHA 3ZJ7A 2G3NA 2EQDA 1H5VA 4WKHA 1E5JA 3UEQA 4EANA 3ZO9A 4CN1A 1DWJM 3ALGA 2E3ZA 4JL1A 1EH9A 2WCSA 2ZXAA 3L4TA 2VCCA 5CPTA 4PN2A 4Q22A 5BCAA 4FMVA 3AMCA 4AWEA 4KRTA 3FHQA 3SCNA 1E4MM 5A2CA 2ZOXA 4BQ2A 2O9RA 3SUTA 1CGWA 1V0MA 3L2LA 5FCZA 3SEPA 4D6CA 1ZJBA 5KEZA 2YL5A 5HXMA 3WMCA 1V6UA 1VF8A 1QPKA 2WHJA 3WELA 3B9EA 2XVKA 4PMOA 4CD7A 3PHAA 2WKGA 2YJQA 1BPLB 2FGZA 2DQXA 3A6OA 2Q8XA 3RMEA 3L4WA 1QW8A 1VJSA 1TA3B 2XGIA 5IDIA 4MNJA 1LWJA 4GI9A 2O9PA 1UOKA 3U7VA 3PZIA 4TXEA 4Z2KA 3LMYA 1XSJA 3AIQA 1CGXA 4U33A 4JFWA 2CBIA 4H8UA 4FF5A 1FHLA 2O9TA 2QPUA 4AISA 3AHTA 1CGYA 2G3MA 1JAEA 5BXSA 3GM8A 2A3BA 4IPNB 1V3IA 5GNZA 1MQQA 2J7GA 2BY0A 2NSXA 3WY1A 3D3AA 1D7FA 1SR0A 1SYTA 3MUIA 2RGLA 5E9AA 2YKKA 3NSMA 4F9JA 2DDXA 3CUHA 2VI0A 3LPGA 5GPRA 2XM2A 4UFHA 3EBVA 3ZSSA 1CBGA 1IZKA 5C70A 3OGSA 1H11A 4AD4A 4HZ6A 4JKMA 2PF0A 3PZ9A 4HA1A 4ZE4A 2PC8A 2WK2A 4MB5A 1QW9A 2J8GA 2WMKA 4ZENA 5EFFA 4HMDA 2ZIDA 5JBDA 1GOQA 3OGRA 1CLVA 4RE2A 1XV8A 2CCRA 3WEZA 1CNVA 1E1FA 4ZFMA 2O92A 3ZJKA 1DWIM 2W63A 2JF7A 2F61A 5BXTA 3VMNA 4HPGA 2DIEA 1OT2A 4LYRA 3EDJA 1UKTA 1E3ZA 3RO8A 4BQ3A 1CXLA 2CHOA 4W8BA 1B3XA 2VO5A 3BAYA 2Y8VA 4QLKA 3DC0A 1UUQA 1BSIA 1JD9A 2VRJA 1W1VA 3I3BA 1UKOA 1V0LA 3WMBA 1WDSA 4TOQA 4XB3A 1IZJA 3NIYA 2D2OA 1NH6A 2J8FA 4MADA 4U3AA 2WVUA 3GH7A 5ABFB 2WPGA 3EDFA 4MB4A 4JCLA 4AD2A 3AXIA 3ZIZA 2FHCA 2XWEA 3VD7A 3AJ7A 4CGTA 4J3XA 2J7BA 2E0PA 1GPFA 1PX8A 1HVXA 4UFJA 5JUVA 4KWUA 2EPOA 3CHCA 4UOJA 1PJ9A 4CN6A 1ISZA 4OIFA 5E09A 3NJ3A 2EJ1A 2E9BA 1B90A 1X6NA 1AMYA 3WF2A 5LA0A 3SIMA 2YL6A 1H09A 1EA9C 5IFTA 2NT0A 5CPQA 5CLTA 2UY4A 1C7TA 1SFSA 1GOOA 1GOKA 1VFOA 1W32A 3FNDA 4J3VA 1TA3A 2CESA 3CGTA 2DSKA 4P7NA 1OSEA 4DWSB 3DHUA 2XFRA 1UZ1A 2W92A 4GPNA 1E6ZA 1H41A 2Z1KA 1NOWA 2PWDA 4Z2JA 1C8XA 3EDKA 1GHSA 1B3ZA 1BLIA 3AIUA 3M7SA 4GQRA 3RM8A 2WB5A 5A6JA 4FLOA 1B3VA 3VD4A 1OD0A 2BVYA 4UFMA 4CD6A 3WF0A 2J74A 1RP9A 2ZICA 1W1YA 5ECUA 5IFPA 3BGAA 4W5UA 1RPKA 3TTQA 2W91A 1J0ZA 1JFXA 4D6FA 5ABHA 4PMZA 2DT3A 3VGFA 4PMQA 3MV01 2IUZA 2C7FA 1GJUA 2DGAA 5A95A 1B30A 1MYRA 4BS0A 5LA1A 2XSAA 3VGDA 3SCRA 3WDJA 3CMGA 1M03A 4JKKA 3SCPA 5A2BA 3L4UA 2J7CA 2D0HA 1LF1A 4F66A 4Z2LA 1US3A 4KH2A 1DWGM 3GXDA 3II1A 3WH9A 3BLKA 1N82A 1FA2A 2BV9A 3UESA 4PSPA 2VQTA 1XYFA 1VRXA 2J7DA 8CGTA 3BAJA 4MPKA 5C71A 4TTGA 3GXIA 1D2KA 6A3HA 1NOUA 3ARXA 4TVCA 3AI0A 3ARQA 1EQPA 2GUYA 4ZE5A 1DP0A 3GTNA 1HKJA 5ABFA 4TX6A 1V3JA 1EHAA 3B9DA 2WMJA 1B1YA 4LGXA 1ITXA 1XGZA 2EPLX 2JEPA 3VVGA 1JAKA 3S6TA 2XYLA 4FLRA 3KZSA 1HVQA 1W2PA 1CEOA 5CGTA 2J75A 1W9UA 3N1AA 1JIBA 1UWRA 3I3DA 1I1WA 5BROA 4OBSA 3WIJA 3ARTA 4AZ7A 1HJVA 4JFTA 4C7GA 3VIHA 4M1RA 1CPUA 2X09A 4BQ4A 5A8OA 3WD1A 3WNLA 4HZ8A 1QNPA 1H0IA 2BHUA 5E70A 5CGMA 1UWSA 5I2UA 4U5IA 5M03A 1YQ2A 3VDBA 2FDMA 2V3EA 4KRUA 2VMFA 4CUCA 1L8NA 4H8VA 4DUXA 3DECA 4DWSA 1GOIA 4ACYA 4JFSA 1BVZA 1KFWA 4C91A 4URIA 3PZTA 2YDRA 1C7SA 4JFVA 3GH5A 3ARYA 3AIWA 3FXYA 1EOKA 4MJ2A 1VEOA 3AISA 3CZEA 4ACZA 2VZOA 1UD5A 2ZX8A 3WD0A 5BWFA 5A94A 1JNDA 3ARVA 4D6HA 3W37A 5EBAA 1MVYA 5CG0A 4GZEA 3S2CA 1KR1A 4AD3A 1J0YA 1P6WA 2A3HA 5A6AA 4MDPA 1CIUA 3ZQ9A 1XCWA 4P7OA 3WENA 5FKYA 2JFEX 1ISVA 1OB0A 2BY3A 4PTVA 4YHEA 1EHNA 3W53A 1EDQA 5ABGA 4MNKA 3T2QA 1MW0A 1U30A 1J0HA 3F5LA 3CUFA 3VO0A 3D5HA 4P7QA 3PZGA 2YIHA 1G94A 4UQDA 2WHLA 3ARPA 3SCSA 3BAKA 2E9MA 2VR5A 1E0WA 4H41A 3AIEA 1KWKA 2VX4A 2QMKA 3WDIA 2VL4A 1YHTA 1V6VA 2ZUVA 3CLWA 2JF6A 4HP5A 1V3KA 3BAIA 3HN3A 2CEQA 2XPKA 5D9OA 5D9MA 2VR4A 3QHOA 5DMYA 1E6QM 3CHFA 3A47A 4MNLA 2ZUMA 1OM0A 3AHYA 3CBWA 4WF7A 1H4PA 3AZSA 1WAWA 5HNNA 3L2MA 3LPOA 4NRRA 3BMVA 2CNCA 3ECQA 1E73M 4HMEA 1GUVA 4GZIA 2HISA 1HKIA 2DT0A 4GI8A 2XWDA 3GXMA 2PB1A 4GO8A 4HU8A 2OSYA 1J18A 4U5KA 4JL2A 2J7FA 3CUJA 1CWYA 2GDVA 1HT6A 3KL5A 3BLPX 4P7RA 3VDHA 3IANA 4V2XA 1FFQA 2OSWA 1R7OA 4CU8A 4DUWA 3EMCA 3FN9A 3QOKA 4X0VA 2WZHA 2WCAA 3W38A 2WLZA 4RE4A 3VIFA 1QNOA 3T08A 3OZOA 4UQCA 1MXGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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