2V5CA

Family 84 glycoside hydrolase from clostridium perfringens, 2.1 angstrom structure
Total Genus 230
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
230
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Portrait of an Enzyme: A Complete Structural Analysis of a Multi-Modular Beta-N-Acetylglucosaminidase from Clostridium Perfringens
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
total genus 230
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2v5cA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2v5cA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2v5cA01
2PF0A 2XG9A 1WE5A 1UR2A 2DT1A 2JE8A 1GPFA 1LL6A 3T2QA 3WELA 3W81A 5C71A 1J11A 1PAMA 2O9TA 5BXSA 5FKYA 1J0YA 5GQBA 4RL3A 1V0LA 3SURA 3PTMA 2V5DA 1GONA 2YBTA 1GJUA 3AHZA 5AYIA 1WDQA 4YPJA 4C91A 4D6EA 2V3GA 1EOKA 2J62A 1JYXA 1D7FA 1VEMA 3ARRA 3WL0A 1UD2A 2BXZA 3ZM8A 1WZAA 2EPKX 3KEHA 4HMEA 3FAWA 1HKMA 3EBVA 1LWJA 4JFTA 3BMVA 1WDRA 5FL0A 3RPMA 4PTXA 2V3FA 4TX8A 4KGJA 2VI0A 3GYCA 3PZMA 3WQ4A 4UFKA 3WD4A 2WZEA 1W1VA 2GJPA 4D6JA 2D1ZA 1E1FA 2BS9A 3WDIA 3WNNA 2WMIA 1SYTA 3QR3A 1X6NA 4UFMA 1QI4A 4F66A 1QBAA 5LA2A 4EKJA 1ZL1A 2XWDA 3A47A 2ZX5A 1J0KA 3AS3A 2E9MA 2G8ZA 3W53A 1E3ZA 3TA9A 2ZUNA 1CGVA 3K4DA 1JF5A 4TXEA 4U3CA 3SCRA 1HXJA 4AXNA 3B8SA 4GI9A 1JL8A 4D1JA 4UQCA 1I1WA 1HVQA 2EPOA 2ZXAA 3GH4A 1QPKA 3CBWA 1DWJM 5CG0A 2E0PA 3GH5A 1QI3A 1KWGA 3VDBA 1CGWA 2YIHA 3VIIA 2CXGA 3NDZA 2A3AA 9CGTA 2G3NA 4MNKA 2OSXA 3VIJA 1US2A 2CHNA 1WZLA 4EK7A 1IT0A 3CUGA 1HKKA 1KBBA 1BSIA 3G6MA 3ALGA 5DF0A 4NRRA 4MPKA 3MSGA 3BCFA 1HN1A 4J3VA 4HU0A 1K9EA 3RM4A 1H41A 3BXWA 3WKZA 2WNWA 3PZUA 1E4IA 4H41A 5A6BA 2WMHA 3SCTA 2J7FA 4KMQA 3SUTA 4OJYA 4AZBA 1BYAA 3PTQA 4CU8A 4AZIA 2D2OA 1V3HA 1JZ6A 1IZJA 4UZUA 3AIBA 5A6JA 4JFWA 4OIFA 3TTYA 3QHMA 1GZJA 1RPKA 1KGUA 4H04A 1OCQA 1BYCA 3DYOA 1DTUA 2QMKA 3F5LA 1UA7A 2IXVA 3FHAA 5JUVA 2Z1KA 5CJ5A 1C93A 1VFMA 1E43A 1P6WA 4GXPA 1E70M 2ZUTA 5A6MA 3BAWA 3EMCA 4HOXA 1SMDA 1TCMA 3W29A 1CXIA 2ZX7A 4FLRA 1JFXA 4P8VA 1B30A 1M04A 1ZBVA 1FFQA 3WNKA 5A69A 4CKQA 4W85A 1UQYA 4PMZA 3IJ7A 1W1PA 3VTRA 4HA3A 2X0HA 3VNYA 1V6UA 2ESCA 1NWTA 4ML4A 3EDFA 4GZEA 3WQWA 1FH8A 4TTUA 1JYVA 1X1NA 1JZ3A 5CZKA 3PBGA 2VURA 3W37A 2ZUVA 1VBUA 2A3HA 3AYSA 4UQBA 1R85A 2AMGA 3WMCA 3UG4A 3BAIA 4BA0A 4OOUA 1VBRA 4GI8A 2CITA 3KE0A 1PBGA 1DWFM 1FH7A 4U5KA 2WKGA 5BRQA 4P8UA 2NSXA 3VX0A 4PTMA 3TTSA 2MANA 1NWRA 4L4PA 3QOKA 4JZ5A 3WL1A 3VPLA 2ZUSA 2UY2A 3VMPA 4P7RA 2J7BA 1C92A 3L4VA 3SUWA 4WKAA 4ZXOA 5LA0A 2FGZA 3A4XA 4IPNB 4JFSA 2VL4A 2G41A 1VENA 2YL6A 3S6TA 2DIJA 1EGZA 4JL2A 1MQQA 3VMNA 5AY7A 3VD4A 4M81A 5I24A 4W84A 3OIHA 1BYBA 3UESA 4CD8A 3CZKA 4OBSA 3AMDA 2ZXQA 1JYWA 3SCOA 3ARVA 3BAXA 3RIKA 2BHUA 1W1TA 4AD5A 4PMYA 1UD6A 2D24A 2J8GA 1FH9A 1JXJA 1JI1A 1KXHA 1KCLA 1V3IA 1TMQA 1KXVA 1UKPA 4FF5A 2X09A 3RCNA 2GSJA 4Z2IA 4Y7EA 1G01A 1NOWA 2VZUA 1XH0A 1GOIA 2JEQA 1UOKA 4TVCA 2QPSA 2ZIDA 1HJQA 4CGTA 2CESA 3ARSA 1C8QA 4JFVA 4LYPA 4U31A 4W7UA 4WJXA 2PBOA 3VVGA 3AIUA 3MS8A 3VIGA 3PZ9A 1MW1A 3WD1A 4TVDA 5ABFB 3GXDA 1E6NA 4V27A 3VUPA 1W9UA 2D3LA 1UH3A 4PMUA 1QNPA 3PZGA 1E6XM 2QPUA 4YHEA 1OWQA 3QOMA 1VFUA 4MB3A 1TE1A 3GNRA 1FHDA 1UWSA 2XSBA 5E6ZA 5GPRA 3RILA 1XGZA 2BVTA 5GNXA 5A95A 3WH6A 4FLOA 2J7DA 3N13A 1Y7VA 1E4NA 5HPOA 5HBFA 1E5NA 2QV4A 2IUZA 1J0IA 1H1NA 1QNOA 1EQPA 2VZTA 1JD9A 1GCYA 3MV11 4J27A 3PZIA 4J3TA 2XGIA 2XIBA 1JI2A 3LPGA 1E15A 1V6VA 4RE4A 5M17A 1G94A 2DT3A 3QHNA 3CMGA 4AZ7A 1JZ8A 3CTTA 1LG2A 4AZCB 1LQ0A 1I75A 2PWEA 1GVIA 1JNDA 2OWWA 1W3KA 1CWYA 2EQDA 1TVNA 2BVDA 4MDOA 1CIUA 3AXIA 3WUGA 4JCMA 2VX4A 5EFFA 4W8BA 4PSRA 4JKLA 5HDRA 4ZEPA 2WCGA 4HMCA 4AW7A 2W92A 2XVLA 2VX6A 4E8DA 2WSKA 2J78A 3OLDA 1WDSA 4HA1A 1BQCA 3BMWA 3WQ8A 1HKJA 4U33A 3F5JA 5A2CA 2BY3A 2WK2A 1ISYA 3T09A 1QNSA 3WQ5A 2WCAA 3GZAA 3ZT5A 4D1IA 1MFVA 4PTWA 1G9HA 2QF8A 5I6SA 4HP5A 3VNZA 2FDMA 1G0CA 4AZ5A 4KGLA 3UETA 3ALFA 3WF3A 2NW0A 4DWSD 4W8LA 1KR0A 3AHYA 3MUY1 2WHMA 3AISA 2ZUWA 5IHSA 1PX3A 3M46A 1Q6GA 1XYZA 2WANA 1C7SA 2ZX8A 1GORA 2DT2A 3DYMA 1D2KA 2JF7A 1BG4A 3NDYA 1ISXA 4E2OA 1ISWA 5A8QA 3W25A 3NSMA 3BGAA 4XZBA 3T2OA 3MMWA 3AHVA 3MUZ1 5E09A 1B3XA 2CETA 1XD1A 2WCSA 4D72A 2DT0A 2E3ZA 3AMKA 3VD9A 1V0NA 1K6AA 4UOQA 5E70A 3JUGA 2EBNA 4PCSA 3ZT7A 5I78A 5TD4A 5A6KA 4CN4A 1JIBA 4Z2JA 1O6IA 1KGXA 2W4XA 2GK1B 5ABFA 1HF6A 4F79A 4PCTA 1UWIA 1WB0A 5I23A 2VUYA 2ZICA 4U2ZA 3CZGA 4IUGA 5EMYA 2VZSA 4L4OA 3OA5A 3AICA 4MADA 3CH9A 3ZSSA 3FW6A 2QHAA 5BYWA 2VQTA 1ESWA 4JHOA 3SUSA 1QI5A 3AQUA 5A94A 3B9AA 2E40A 1PX8A 4AD2A 5A1AA 1MW2A 1BG9A 1NWUA 3VDHA 1DWGM 4XV0A 2OYKA 5JBFA 4AISA 1SR0A 5A6AA 3HJEA 1O7AA 1Q6FA 4MJ4A 4D6IA 3VKKA 3QGVA 1J01A 3CZEA 4A3YA 2GVYA 1ITXA 4WKHA 4UFIA 4ZFMA 4AZCA 3VGDA 4AEEA 2BHZA 1E71M 4W89A 4E8CA 2ZOXA 3WD2A 5DT7A 4CD5A 3PN8A 3ARWA 1UD4A 1H11A 4PUDA 4V2XA 2ZE0A 1CXKA 3WNOA 4ZE4A 1E0WA 5A8NA 3ZO9A 1GNXA 1V08A 1E0XA 3W38A 2BHYA 2VC9A 4CCCA 2WXDM 2WYSA 1MW0A 1KFWA 1MXDA 3II1A 2CHOA 6TAAA 3A4AA 2VRKA 3WUBA 1VEOA 4JCLA 5CQ1A 1UKOA 3MMDA 5C70A 3ZT6A 3PZQA 5M03A 2HISA 3NIYA 2UY5A 4AEFA 4C7FA 3BLKA 1GQLA 2PWGA 4M80A 1W3LA 3VM5A 3WDJA 3WDPP 4BQ2A 4CD4A 1TZ7A 3MMUA 3EMQA 4GZJA 3ZJ8A 3SCQA 3BLPX 1M53A 3U7VA 1V3JA 4P7OA 4P7QA 1EA9C 4BS0A 1B0IA 4X0VA 1DWIM 2ZUUA 3N17A 3J7HA 3OG2A 1QW9A 1NARA 3ZJ6A 2XIIA 1VF8A 1EIBA 4LYQA 2J4GA 2VCAA 4MAZA 4E4PA 1H3GA 3M7SA 2VX5A 3ZR5A 1TUXA 3CUFA 2TAAA 2FHBA 3VMOA 3WUEA 5GNYA 3W6LA 1V03A 2GK1A 4HU8A 1XH2A 3WDQA 4D6GA 3WFZA 2WMFA 4URIA 1QNRA 1CGYA 3AS2A 4AIUA 1OT1A 2VZOA 2DSKA 5EBAA 1E5JA 4LQ1A 1N82A 3GH7A 3VD5A 4PMVA 1HJWA 3W0KA 1W91A 1CGTA 3ARPA 1RD6A 4PEEA 3WH8A 4WSKA 1E3XA 4H2CA 1CNVA 1LL4A 3BH4A 5EB8A 3N18A 1KWKA 4QLLA 2BY2A 4UOJA 1WPCA 4X9YA 2J8FA 1CXFA 1VJSA 3K8LA 3LMYA 4H7VA 1IZKA 3WDHA 4OZOA 3THDA 3HMCA 1BHGA 1QHZA 3VIOA 2PWDA 4OKDA 1GOMA 4W88A 2D0GA 2VRJA 3NUKA 4U2YA 5FIPA 1EDQA 4PMQA 1V3KA 4W93A 1V02A 4XZWA 1RH9A 2CEQA 1E4MM 4D71A 4P8WA 2YJQA 5BXTA 1QOXA 4JHZA 1E6RA 2VNCA 2W61A 4JKKA 5AC5A 1R86A 4J28A 5GNZA 3L2LA 3GBDA 2XM1A 4UQEA 2A3BA 3TTQA 3VIFA 4JFUA 1GJWA 3N11A 3ZQ9A 4AD3A 1TFVA 1WZMA 2J7CA 5CPTA 1ISVA 1JDDA 1V6YA 4S3KA 4CU7A 3F4VA 5ABHA 1Z32X 1PJ9A 2WC4A 2W91A 2DSZA 3UCQA 3T0BA 4D6FA 1D3CA 2J25A 3GXIA 2V38A 4HZ6A 5E9AA 5CGMA 1UWTA 4CD7A 4XUYA 1H0IA 1MQPA 5BXRA 4GI6A 4Q7NA 5JIPA 3AHTA 1AMYA 4PMRA 4AZ6A 1Q6EA 1CDGA 1U33A 3EDKA 4PN2A 1BFNA 4AZHA 3ARQA 4QLKA 3WF2A 4R27A 4MDPA 1NP0A 1MWOA 1B90A 4CCEA 1LLOA 1CTNA 2F2HA 3BCDA 8A3HA 3WUFA 2CPUA 4JL1A 3SIMA 1KQYA 2UWFA 4B15A 5I77A 1E0VA 4PSPA 1FOBA 2YA2A 4V28A 3OLEA 1QW8A 3FHQA 1EHAA 5A8PA 2YOCA 1PEZA 3G6LA 3SUVA 4IPLA 1OIMA 1Q4NX 2DH2A 3N1AA 5A2BA 4CN1A 2XJ7A 1UWQA 3ECQA 1E56A 1XSIA 1KXTA 1HJSA 3U5UA 5CLWA 2ZUMA 3VIKA 1E73M 4BCEA 2XVPA 4HOWA 1R8LA 3SUUA 3PZVA 1HJXA 4NSBA 2Y4SA 3OBAA 1W3JA 4AY1A 5D8WA 3FXYA 3SCVA 5DO8A 1UR0A 2WMJA 1JYNA 3LPOA 1PIFA 3CGTA 4CCDA 3D3AA 3I3DA 4QP0A 3L4TA 2EJ1A 2ZX6A 2VCBA 3CMJA 4WSJA 2D22A 1JZ4A 3L4WA 1E40A 5DMYA 2CNCA 2WLYA 1L8NA 4M1RA 4BZYA 3EMZA 4QCFA 1OBAA 2B31A 4QDMA 3CLWA 1XV8A 3L4XA 1WZKA 1C7TA 4K68A 4ATDA 1UKSA 3N12A 1E1EA 4HZ8A 3MO4A 1AVAA 1KB3A 1GQIA 3KL3A 4JAWA 4NI3A 4F8XA 2CIPA 3VINA 1GOKA 3ARUA 3PHAA 4J7RA 4DM2A 4ACZB 4M56A 3AIEA 5CSYA 1K9TA 1W9PA 3AXXA 3WD3A 5A2AA 4MTVA 1CXEA 2OWXA 4KH2A 5IFPA 2X0YA 2E8YA 4U3AA 3UEQA 2WVTA 2WB5A 4MAVA 1TVPA 1VAHA 3I3BA 2JF6A 1JZ7A 2RGLA 2WZHA 1H2JA 1GUVA 4H8HA 5D9MA 2FHCA 1OM0A 4LYRA 3NSNA 4UNIA 2PB1A 6A3HA 3ZR6A 3W82A 3KL5A 1H4PA 2XVNA 3T0AA 1C8XA 4B9YA 8CGTA 3VOCA 1UHVA 3WIJA 3ZSTA 2GJXB 2BV9A 2PWFA 4UQ9A 3VILA 4DM1A 3SCPA 4B16A 3AZSA 4ATLA 4PUEA 2DH3A 1RP9A 2CKSA 1UKQA 3M6DA 5KEZA 1M7XA 2J79A 3AI0A 4JIEA 3WF1A 3SCNA 2CERA 7TAAA 4F9JA 3LPFA 4NZCA 4TVUA 2V3DA 2O9PA 3S2CA 3AS1A 2XYLA 1HVXA 1UR9A 1MVYA 3BAJA 1HT6A 1M03A 3HU7A 3A6OA 3WENA 5DT5A 2G3JA 2V3EA 2J7EA 3B9EA 4DWSB 4GPNA 4D6CA 3UERA 1WCGA 5ABGA 1UA3A 1R7OA 4OBRA 5KZ6A 2X1IA 1J18A 5D9NA 3VGBA 1XH1A 1OSEA 3WBAA 1BF2A 5DEZA 3DYPA 2EXOA 5A6LA 3L4ZA 3VD7A 5HOSA 2VVSA 5IFTA 3U57A 5BWFA 1JNEA 5CSUA 3CZ8A 1KBKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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