2V5CA

Family 84 glycoside hydrolase from clostridium perfringens, 2.1 angstrom structure
Total Genus 230
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
230
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
publication title Portrait of an Enzyme: A Complete Structural Analysis of a Multi-Modular Beta-N-Acetylglucosaminidase from Clostridium Perfringens
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 230
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2v5cA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2v5cA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2v5cA01
3EDKA 4W5UA 4WF7A 4TTGA 2V3DA 1GJUA 8A3HA 3DHPA 1JFXA 1JYVA 5A6BA 3ZT7A 4HZ6A 4W84A 4B3KA 3UEQA 5A1AA 4UQBA 4HP5A 2OSYA 1JF6A 1CENA 1XGZA 2UWFA 2W5FA 2D3NA 2XVNA 1EHAA 1E5JA 3GH4A 4GXPA 1QHPA 1E6ZA 3MV01 4Z2LA 3IK2A 1J0HA 4W87A 3RCNA 4BQ4A 4AIEA 2YDSA 1C91A 3UERA 4W7VA 4GKLA 3ZJ7A 3UG5A 2W63A 4C90A 4J27A 4RL3A 1LG1A 1QNOA 4K68A 1EQCA 2WMHA 2AAAA 1FFRA 3NSXA 1GOKA 2YL5A 2J62A 1QI5A 3WH5A 1MXGA 3ARSA 2X8RA 2OYMA 1HJXA 3GYCA 3CUJA 4CGTA 1VEOA 4W86A 2WZIA 5E0CA 3WDIA 1UWRA 1VJSA 4OZOA 3M7SA 1C8YA 1OB0A 3N12A 1QI2A 2RGLA 3GM8A 5HPOA 3L4XA 2V3FA 2J47A 1FH9A 4PSRA 5DT7A 2HVMA 5EFDA 3D5HA 3WD1A 1B3ZA 4Y7EA 1I1XA 3AMDA 3M6DA 4CVUA 1S46A 4QLKA 5FIPA 1AQHA 1ZB5A 3ARWA 4M80A 1GJWA 4W8AA 1CXKA 1UYQA 1NP0A 1UZ1A 3ARXA 3LPGA 6A3HA 3AYRA 1H11A 1QNPA 3DC0A 2OWWA 1AQMA 4B15A 2J7CA 3THCA 1CTNA 2XG9A 5BXSA 3MO4A 3VGFA 1E5NA 1XH0A 3AS1A 3AIUA 1VIWA 2DEPA 3UR8A 2PWGA 3K8KA 1VB9A 4A4AA 2JF6A 1XCXA 1N82A 3ZO9A 5A8PA 1H09A 4XV0A 4NI3A 2WMIA 1HKJA 1TA3B 4P7OA 3AZSA 1OT1A 4Z2JA 2D20A 4CVWA 1M04A 4EK7A 1E73M 2WMGA 2ZUSA 1ODUA 4ZFMA 3CHFA 3GH7A 1DHKA 3K46A 5FL0A 3AHZA 5BXTA 2WC7A 4ATWA 4NZCA 2FHFA 2DT0A 1WDSA 3WH6A 2DDXA 4HOWA 4PCTA 4D6DA 3EDEA 4CN6A 2WC4A 1O6IA 3SURA 4CD7A 5A6AA 4TTUA 1W91A 3U7BA 4BCEA 4U2ZA 1G5AA 1J10A 4LQ1A 1E3ZA 2WWDA 3OZOA 2G8ZA 3AHYA 7CGTA 3BCFA 4YPJA 4HA3A 3VIOA 3EDDA 2BXYA 4PN2A 3KWXA 1B2YA 2WSPA 1NH6A 3JUGA 1TE1A 4QCFA 1EH9A 1H41A 3CMJA 3CUGA 5BWFA 2YL9A 1PX3A 1KQYA 4HOZA 4QDMA 4MADA 2E3ZA 3WDPP 3OIHA 3N18A 1DWFM 4YHEA 3TOPA 3GXFA 2XGBA 1US3A 7A3HA 1GHSA 3PZQA 3GBEA 3ZR6A 4S3KA 1ISZA 1OM0A 3DYOA 5DEZA 5A6LA 3T08A 2J7DA 2ZXBA 1V0MA 1J0JA 1J12A 3WSUA 4D6EA 3CGTA 4NRRA 2ZIDA 5AY7A 3WUEA 5HXMA 2YLLA 2PBGA 3W27A 4GI8A 4ACZA 4U31A 4ZXLA 1QNRA 4J3XA 2QMJA 3WMSA 1MQPA 3AI0A 1HP4A 5A6JA 3FW6A 1ISYA 4D1IA 2CITA 3IJ9A 3UG3A 4UOZA 5I0DA 1H2JA 2VR5A 4JKLA 3OGVA 1Y7VA 2OLHA 2WYSA 3PTQA 4H8UA 4E2OA 2HISA 3A6OA 3VVGA 3CTTA 3W0KA 1GOOA 2DSWA 1OCQA 3SUWA 1U30A 1W3LA 2GJXB 3ZT5A 2YKKA 1OT2A 3NIYA 2J75A 1W1TA 2J7HA 4IUGA 4PYSA 2ZWYA 3CLWA 1UR0A 3APGA 3AHXA 3WF0A 3GXDA 2D3LA 3VDHA 3UETA 1J0ZA 3AZRA 4RE4A 1GNXA 3I3BA 1QW8A 4JAWA 1GQIA 1SYTA 1UHVA 2FH6A 1IZKA 1HL8A 4JHZA 3VM7A 4UFLA 2QPSA 3BAIA 2CNCA 1GW1A 4DUXA 1UA7A 4ML4A 1JZ8A 3ZR5A 1R7AA 4AZ6A 2DSZA 2DT1A 4AW7A 2X0YA 4PTMA 3VNZA 3T2QA 3AIQA 3CHDA 1CGVA 4DWSB 1J0YA 4OUEA 5BCAA 3WUGA 2EQDA 3KE0A 3WNLA 2QPUA 2XFRA 3A47A 1JDAA 4AWEA 1GORA 3N1AA 2WWCA 1PEZA 2J25A 1SMDA 2WMJA 1HF6A 2WK2A 1Q6FA 3F5JA 1E6PA 1VRXA 2VL4A 4EANA 5AYBA 4PMZA 1JNEA 1HIZA 3BMVA 4UQDA 3OGRA 1E4LA 4B9YA 2WC3A 3PZOA 4J28A 3DYPA 4U2YA 4C7GA 4MAVA 2IXVA 4EE9A 1R7OA 5GNYA 4JZ5A 1C7TA 1QI3A 5HPCA 4F9DA 4UOQA 1DWJM 3G6MA 4UCFA 1UD5A 3SUTA 3OLEA 3MKKA 3WH8A 4OBSA 2QV4A 4HPGA 2CBUA 4IISA 4WKHA 1J0KA 4D6CA 3WQVA 2IXUA 4OOUA 4CD8A 1XRVA 3QOKA 4J7RA 2W91A 3K8LA 3F5LA 5LA1A 4W88A 1JZ2A 1JD9A 1J18A 3KZSA 4B3LA 1L8NA 1TZ7A 1B3WA 1W9XA 4R27A 1BYBA 3AMLA 4WK9A 1J9YA 1E1EA 2J7BA 1E6XM 2DIEA 3VMOA 2ZXDA 4U33A 3LPOA 3W38A 1WZLA 4PEEA 2NW0A 1OD0A 3FY1A 2G3JA 4AYSA 1IT0A 4HU8A 2PWDA 3FHAA 2XVGA 3BAYA 1LQ0A 1UH4A 1JXJA 3TA9A 3WD3A 5FL1A 3SCWA 3T0AA 1V0NA 2D24A 1BQCA 2XTKA 3VUPA 4NRSA 1SR0A 1V6WA 4DM1A 1ZU8A 2ZUWA 5IHRA 4PMYA 3U5YA 1A47A 1RPKA 2CBIA 4JCLA 1UD3A 1EDTA 1ESWA 1GUVA 1EXPA 3MV11 4FLRA 2J77A 3WQWA 3FAWA 1FP8A 1QI0A 4W8BA 4KWUA 1YQ2A 1DWGM 2XWDA 4ZEPA 2BY3A 2OYKA 2Z1KA 5JBFA 2XPKA 4GIAA 3ARQA 4AISA 3OBAA 3W24A 1KR1A 1UKPA 3SIMA 3W53A 2NSXA 1R8LA 2BXZA 3WD4A 1KGXA 2E40A 2IUZA 2YA1A 2CBJA 2BVDA 1EIBA 3L4YA 5EB8A 4U3CA 1M03A 3T0DA 3VGGA 3A4WA 1UR4A 5I5RA 5A94A 1FH8A 2WZEA 2A3AA 3BLKA 2PC8A 5D8WA 2PWHA 2ZX9A 5CPQA 1ZJBA 2DSVA 4S3JA 1Z32X 4BA0A 1V6VA 3QHOA 2WXDM 4CD5A 3VDBA 4AZCA 1VAHA 2E4TA 1KXQA 4MJ2A 4U5KA 1MQRA 3AMGA 5AYIA 4HPHA 1OWQA 1OGSA 1W9PA 2D1ZA 2EPMX 1Q4NX 2BS9A 1FFQA 5GPRA 4M81A 5I23A 2QLYA 2CHNA 1BYAA 1GQJA 5CLWA 2VMFA 2A3HA 1B9ZA 4HTYA 2JEQA 3NSMA 2XSBA 5HNNA 2Y24A 5D4YA 1GOIA 3PTMA 5ABEA 4LX4A 5E70A 2ZUUA 3U7VA 2E9BA 1KBKA 1CDGA 3VM5A 5BXRA 4FLQA 4JFTA 4ZENA 3E1F1 5A69A 4QCEA 1TFVA 1KQZA 3UG4A 3WEOA 5A3HA 4DWSD 3N11A 8CGTA 1IV8A 1HJVA 2J78A 1LWHA 4GI6A 5E0FA 1US2A 1JZ7A 1QHZA 3L2MA 3OLIA 7TAAA 2DPEA 1MFUA 1BSIA 3RIKA 4TOQA 3N04A 1GQLA 5TD4A 4MNMA 4MJ4A 1E0VA 1OIFA 4LPCA 2XSAA 5GNZA 4HOXA 4OIFA 3T2OA 4LYPA 5IFPA 3GDBA 4HA1A 1QVBA 4QLJA 3DYMA 1R87A 3HU7A 5FKYA 2XVPA 3ARRA 1D2KA 2FHCA 3A3HA 1A3HA 2QHAA 2JIWA 1NP2A 3W6MA 5FOOA 5IXEA 1ZBKA 3RM4A 3AYSA 4MTVA 1E71M 1HL9A 2XIBA 2ZX7A 4GQQA 1E4IA 4F79A 5EBAA 2JFEX 3OA5A 1LLOA 3MSDA 1W2PA 3FNDA 1BF2A 4WIWA 1G9HA 3W28A 2PBOA 4H41A 2YL6A 4CUCA 1PJ9A 5BYWA 1MFVA 2GK1B 2G3MA 4F66A 2CCRA 5AC5A 2XVLA 1WO2A 3CHCA 2VZOA 4LXFA 1HX0A 1CGYA 1UWUA 3WNOA 1F4HA 2VCCA 4P7QA 1DTUA 5BRQA 1HKIA 1BVZA 5I79A 2G41A 1CXEA 3CZ8A 3W82A 5KZ6A 4CU8A 1KXTA 4AD2A 1VBUA 4J3TA 4CCCA 3POHA 4UFKA 1MXDA 2DGAA 4D72A 3WQ4A 2DH3A 3VGHA 3WY1A 3MU7A 2VC9A 4AEFA 1OGBA 1QBAA 3LPFA 2OWCA 1C93A 2E9MA 2FGZA 1TA3A 3NSNA 4MDPA 2XHYA 1E6RA 3PZVA 1V08A 2VCBA 3MUAA 4P8VA 3GH5A 2DT2A 4Z2IA 1ZL1A 3EMCA 2W66A 1LJYA 3WH9A 5E9AA 1LL6A 2VZTA 3VO0A 1BYCA 4YN5A 3TTOA 3OZPA 4UR9A 1X6LA 4GI9A 1H4PA 1GCYA 3FXYA 3MANA 1R86A 1NARA 2J4GA 1BAGA 1QW9A 4PMRA 2WNWA 1U2YA 3CZGA 4HA4A 1B30A 4H04A 3ZM8A 3GNPA 2EBNA 3ARTA 3SCVA 4M1RA 1VBRA 3F4VA 4D6JA 2ZICA 4RE2A 4AD5A 4MNJA 2D0GA 1GOMA 2O92A 1B31A 1CLVA 1F4AA 4H8VA 1KWGA 2VTFA 3SCNA 2YA0A 3QR3A 1I75A 1C8QA 4GINA 5M17A 3VIIA 3ZJKA 3WH7A 5I2UA 4XZWA 1D7FA 2X09A 1WKYA 3ECQA 2YIHA 2PWFA 4UQAA 2VRQA 1WDQA 2YBTA 5LA0A 4H2CA 1XD1A 4P7RA 3IAPA 2WVVB 4AZGA 3WFLA 3RM9A 1XV8A 1CNVA 4AY1A 2G3NA 4QLLA 1CLXA 4WJXA 3SCTA 1Q6CA 3WNKA 2XM1A 2BHYA 1OINA 4JL1A 5HBFA 1UKOA 1E70M 1DWIM 1UD4A 2A3BA 4PUDA 5M03A 2WMFA 1SFSA 5A2AA 5A6MA 1B3VA 3VIHA 1K9TA 3UCQA 2CESA 4OBRA 1AQ0A 3VGDA 1GONA 3N15A 4OOZA 1OIMA 3WKZA 2E8ZA 2GSJA 2VX6A 2VVNA 3PZNA 4X0NA 1ZBVA 1QNQA 2VI0A 4GZEA 2OYLA 2DH2A 5ABHA 2BHUA 2JIEA 5FCZA 3L4UA 1W3HA 3VX1A 2VZUA 2EPNA 5IFTA 1L0PA 2GJXA 1E56A 1WCGA 3VU2A 1E4NA 3T2PA 1CXLA 3CHEA 3NDZA 5E09A 3BAXA 1ISVA 5CSYA 4N42A 1XH1A 2ZUTA 2XFYA 3WBEA 1BVNP 5C70A 2OSXA 5D8ZA 3O6AA 1UWIA 2JE8A 5DT5A 1JD7A 1E1FA 2ZOXA 2NT1A 1NOWA 2ZUMA 1UKQA 1HVXA 1UWQA 1TR1A 4F8XA 3CZJA 3WIJA 1WZMA 5BROA 2EO7A 4HZ7A 1W1YA 3QHMA 1XYFA 1FA2A 4MB5A 4URIA 3VIKA 1FH7A 1H5VA 5CQ1A 2OSWA 1Q6EA 3B8SA 3W6LA 1Q6GA 4AZ7A 2F8QA 4MDOA 5FD0A 1CXFA 2JEPA 4UNIA 1CZ1A 3LMYA 4CU7A 3ALFA 1UOKA 3BMWA 3K1DA 3WF1A 3W25A 1CWYA 3WNNA 5KEZA 1H49A 3WBAA 1HJUA 3AICA 2AOSA 2VURA 1HT6A 4CD4A 2W67A 4YHGA 4QFUA 4M82A 1W32A 2WBKA 4MB4A 2BY2A 2YOCA 5D9OA 4MB1A 2WHMA 3RILA 5EMYA 4M8UA 5GNXA 1JI2A 2FGLA 4UZSA 5F7UA 3VOCA 4PTXA 3BXWA 2WM0A 1C3FA 6TAAA 4FLSA 3HJEA 1R85A 3VIGA 4MPKA 1JL8A 1K6AA 2WVTA 1PAMA 2ZUVA 5A8QA 2DIJA 2D0HA 4JFSA 1VF8A 4JFWA 3L4TA 1C8XA 1TCMA 3T09A 3VD9A 2VUYA 3VD3A 4BZYA 1XSKA 1XSJA 2Q8XA 2W62A 1EOKA 4OJYA 3GXMA 3L4WA 1FP9A 3GXIA 1UUQA 4E8CA 4GZJA 1IZJA 2FHBA 2V5DA 3CZKA 5CZKA 1XCWA 4J3VA 4PMUA 1VFUA 4LYRA 1RP9A 1UA3A 4GZIA 3SCSA 1GVIA 1TG7A 1CEOA 5ABFA 3J7HA 1V03A 2V38A 1V3IA 1JDCA 2ZUNA 1ITCA 4HMEA 4JCMA 4W7WA 3OLDA 1XYZA 1V02E 3VILA 2GJPA 4AEEA 3W37A 1OBAA 3CO4A 4E4PA 3S6TA 2BY1A 4CN1A 2WPGA 4HMCA 4FK9A 3CZEA 3VIMA 1ODZA 2PWEA 5CG0A 2D23A 1UH3A 3AIRA 2CKRA 4WSKA 2BV9A 1GHRA 1BFNA 1OD8A 4UFJA 4P8WA 3A4XA 2XJ7A 4M56A 3D3AA 3L4VA 4H8HA 1NWRA 3PZ9A 3TTQA 1HVQA 1W2VA 4P7LA 1KWKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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