2V5CA

Family 84 glycoside hydrolase from clostridium perfringens, 2.1 angstrom structure
Total Genus 230
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
230
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Portrait of an Enzyme: A Complete Structural Analysis of a Multi-Modular Beta-N-Acetylglucosaminidase from Clostridium Perfringens
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 230
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2v5cA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2v5cA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2v5cA01
2BVTA 4XZBA 1GONA 3K4DA 5E09A 3RMEA 3UCQA 3PZGA 5M03A 3ARYA 2J7FA 4XV0A 1QNPA 2ZXDA 4PYSA 2IXUA 1WE5A 4HMDA 4ATDA 1E4LA 3L4YA 1E4IA 1LWJA 1W1VA 4U2YA 4M8UA 4BCEA 2XVKA 2G8ZA 5I24A 1NWUA 3WSUA 1HNYA 4D1JA 1JGIA 1KQYA 1TCMA 3ARPA 3WF0A 1R87A 2VX7A 3OGVA 2EBNA 4A4AA 1OIFA 4QDMA 3OGRA 4ZE4A 2YKKA 1WNOA 4D72A 1HKMA 3AIBA 5EMYA 4LX4A 1NH6A 3PZQA 5AC5A 4MB4A 1G9HA 1HL9A 3A4WA 2WSKA 1VAHA 4HPGA 3S2CA 1HP4A 4C90A 3CPUA 2O9RA 1H0IA 3OZPA 1FH7A 2GJXB 1B90A 3GXMA 1TG7A 2V5CA 5ABHA 4W5UA 3W37A 3K4AA 1W3HA 3MMDA 5C70A 3EBVA 3NIYA 1H4PA 3OG2A 1J11A 4PMNA 2EQDA 2X05A 2BHZA 2ZE0A 4Z2HA 3ZJKA 1B0IA 5DMYA 2FHFA 1K9FA 1XYZA 2O9PA 4CD8A 4H04A 4JKMA 2CBJA 3F5JA 4NZCA 3RM8A 1LL4A 1E43A 4D6EA 1V3KA 3GH5A 3NDZA 4OBSA 2OWWA 3BAKA 3VDHA 2NW0A 1XCWA 3MSDA 3GDBA 3L4WA 4ZENA 3OGSA 3L2MA 3NCOA 3ZT5A 4AW7A 3UERA 2ZWYA 4PTWA 1CXIA 3A4XA 5D9NA 1MW1A 4GI8A 3ZT7A 4CD7A 3IJ9A 4BQ2A 1VB9A 3GTNA 2VVSA 1MWOA 3BAYA 2W5FA 1JG9A 2ZXBA 4Z2JA 1B3WA 5CPTA 3GXDA 1BHGA 4IISA 2V3GA 2VX6A 2V5DA 4JFVA 5HPCA 3WQ6A 1XYFA 5TD4A 3WQWA 4W85A 4CU6A 1C91A 1IZKA 1EXPA 4DWSA 2WK2A 3RJYA 3T0DA 3WD4A 1XC6A 1ITXA 3IAQA 3GNOA 1MXGA 1E6RA 2WPGA 3DC0A 3WH6A 3W29A 1V6XA 1HJSA 2XUCA 4PMXA 2XJ7A 3W28A 1VEPA 2QPSA 4S3KA 4WIWA 4DWSC 2O9TA 5GNYA 2JALA 1ISYA 3NSXA 1QI3A 1YHTA 1UA7A 2BHUA 1EH9A 3W25A 1PIFA 4JKKA 2Q8XA 4AZCA 1B1YA 2PWGA 2W4XA 3EDJA 3K8MA 2V38A 4UFIA 3M07A 5DEZA 1EDGA 1J0IA 3TP4A 3BMWA 3RPMA 2GSJA 3VMNA 1P6WA 3WNKA 4JFSA 1WDQA 3VIFA 1MFUA 4LXFA 3A4AA 3WDIA 4HP5A 5A2CA 2C0HA 4H2CA 1KXHA 1V0NA 3ZM8A 2BY2A 1YQ2A 3T09A 1W9BM 2TAAA 3N15A 2W66A 2J62A 2YDQA 1PX3A 2ZX9A 5BWFA 1M03A 5BROA 1KR0A 3D3AA 4PCSA 5CQ1A 4H8VA 4ATLA 3CMGA 4BS0A 4P8UA 2XG9A 5ABGA 3CHCA 1V6WA 3VGBA 1V08A 3I3BA 3M7SA 2VRKA 2WBKA 2WWCA 1B3ZA 3CHFA 1MYRA 4UQCA 1BQCA 3DYPA 2DQXA 4QP0A 2Y8KA 1J0YA 1SYTA 4L4PA 3VIHA 3CH9A 1NWRA 2A3CA 3WDRA 1IZJA 2JF6A 1OGSA 5CSYA 3BGAA 2ZUVA 1FA2A 1MQQA 3B8SA 1KFWA 1VEMA 2J25A 3F5LA 4J3TA 4PUEA 2DDXA 4XX6A 1UD5A 5D8ZA 3VGHA 3I3DA 2XVLA 1JDAA 1XSJA 4QCFA 4IM4A 4E4PA 2BS9A 5ABEA 2QF8A 1K9EA 3GZAA 3HJEA 2XYLA 3RM4A 2WVVA 1MW0A 4CD6A 1GOIA 4HZ7A 1V03A 1QNOA 4GQRA 1WZLA 1NWTA 4LYPA 4D6JA 2VZVA 3TONA 3IJ8A 1H0GA 2ESCA 1J18A 4OJYA 4FLOA 4A3YA 1J01A 3NUKA 3AHTA 1HIZA 1ITCA 1HJXA 1ODUA 2YDRA 1B3XA 2E40A 4AZIA 1OB0A 3VIIA 3NSMA 2VQTA 3RCNA 4PMRA 4B9YA 4LYQA 2PWFA 4M29A 3VGGA 4AD0A 5E0FA 5A1AA 3ZT6A 1OGGA 5HBFA 4AZ5A 3W27A 3WUGA 1UH3A 4V28A 3U7VA 1E15A 2YJQA 1CECA 4U3CA 5DF0A 5EFDA 1ISWA 5HOSA 1W91A 5CPSA 3IAPA 1WPCA 2WKLA 4TUFA 4ACZA 2WB5A 3FAXA 2XVPA 1OCQA 2GJXA 5E9AA 3VMPA 5LA1A 4UQAA 3CZEA 4TTUA 1E6XM 1E0XA 4HA1A 4EKJA 3QOKA 3W0KA 3N12A 3WDPP 3VO0A 1UOKA 1HL8A 4FLSA 4ACYA 1CXHA 4UOQA 5ABFB 1DP0A 2BVYA 3FHQA 1W9VA 2YL9A 1E72M 5I6SA 1TVNA 6CGTA 5CLWA 1W2PA 3BCDA 4JFWA 1E9LA 2C7FA 1ZS2A 3WEOA 2WHJA 2G3JA 2WC7A 2GVYA 4CVWA 2VOTA 3VD7A 1VFOA 1J10A 3T0AA 4FMVA 3EYPA 5CZKA 2WC3A 3WUEA 3N9KA 1K9TA 3IK2A 2F2HA 4UFJA 3WIJA 1V3IA 2YA0A 3AS1A 1FFRA 3GYCA 4GZEA 3HMCA 1OBAA 3WBAA 1H2JA 1JZ8A 3FNDA 1OGBA 1VF8A 1JIBA 3KZSA 5CGTA 1CIUA 2ZXQA 3FN9A 2DIJA 1JYNA 5A8PA 1DHKA 4LQ1A 4CCCA 1JD7A 3CGTA 1ISZA 2VX5A 1MFVA 4PTMA 2D0FA 3WD0A 1OSEA 2YIHA 1JYWA 2A3HA 2VZSA 5I23A 4P8WA 4HOZA 1UKPA 2J7EA 3ARWA 4J3VA 1V3JA 4LGXA 4BQ5A 1JFXA 3QHMA 2WZHA 1QI4A 1W9UA 4R5EA 1EO7A 4GQQA 1OT1A 1JNEA 1V0KA 1EIBA 4DM1A 1HJQA 1JZ6A 4UFKA 2YA1A 3M6DA 1XD0A 3WENA 1C7TA 3ARZA 3W81A 4ATWA 2CETA 2E8YA 3AIRA 2IUZA 3HN3A 1XRVA 4MDOA 5C8BB 1WZKA 4OOUA 2D1ZA 4TVUA 4J7RA 1CDGA 2WM0A 4H7VA 1Z32X 4QLLA 4KRTA 4TVCA 4W93A 2DSVA 1CPUA 1E6SM 3WD1A 3ZR5A 4CKQA 2PBGA 2WSPA 2XSAA 3UG5A 3WNPA 4AD1A 4GINA 1X1NA 1AQMA 3MS8A 4UOJA 4D6HA 3SCSA 4K68A 1QHPA 5FCZA 2QV4A 4JCLA 1OD8A 5DT7A 3VM5A 1GNXA 1QBAA 3NYDA 3A6OA 4OIFA 4GKLA 2B31A 1VJSA 1G94A 1U30A 3W6LA 3WELA 1H3GA 3EDDA 4B16A 4WF7A 1JDDA 3CZ8A 1J12A 2D0GA 1EHNA 1L8NA 2O92A 3BAJA 4V2XA 2OYLA 3CBWA 4PBGA 2VCBA 1QW9A 3WH9A 4GPNA 4JL2A 1JAKA 3WBEA 5I0DA 4W89A 2UY4A 4UTFA 4MADA 1JF6A 3BSHA 1B31A 2WKGA 2XFYA 1UR1A 1UR8A 3RO8A 1M7XA 1U2YA 3ARQA 1UKQA 1E5NA 4W84A 1MQRA 4AEFA 2DSUA 4M24A 3WH8A 2XM2A 5HNNA 3W26A 3M46A 5I3DA 4TTGA 2E9MA 3O2LA 4NSBA 5A6AA 1V6UA 4BZYA 4OUEA 1MW2A 7TAAA 4AD3A 5FKYA 3D5HA 1NP2A 1EQPA 1ZBVA 1KGXA 2WMJA 4RE4A 4WKHA 3CUFA 3N17A 4QFUA 1XCXA 1BYBA 4J3UA 4W88A 2CBUA 1UKOA 2O9OA 3W38A 4OOZA 3VGFA 5KEZA 3WDQA 2YL6A 3WMCA 1HT6A 4ML4A 1J0JA 5KZ6A 1BSIA 2JFEX 3VIOA 3U5YA 1C90A 2G3IA 3SUVA 3W4RA 4CD4A 4FK9A 3CZGA 2JIWA 3A3HA 3BAXA 3PZTA 5A94A 1GOQA 2J74A 4D6GA 1JDCA 5D9PA 3AOFA 1KXVA 4C7GA 1GVYA 5M17A 4BQ3A 2J8FA 2DSWA 5CLTA 1QNRA 2WMIB 4MPKA 3SCOA 3THCA 3WUFA 1Q6CA 1UWSA 1WDPA 3UEQA 1UH4A 2CKSA 1HKKA 1KBKA 4PSPA 1QI5A 3QR3A 1UA3A 3OZOA 2VMFA 1RP8A 3WF3A 3TTYA 2EEXA 5JBDA 4AZGA 1BGAA 1QVBA 3WFZA 1TR1A 2FHCA 1UWTA 4EK7A 4W8LA 3UETA 3APGA 3L2LA 1TZ7A 1LG2A 2DSKA 2WVSA 4C7DA 2WLZA 4P7RA 1Q6GA 5FIPA 4GZJA 5JIPA 3E1F1 5GQBA 4RE3A 3LPFA 1X6NA 3SIMA 1UD2A 4C91A 2XVGA 3MMWA 2VL4A 3PTKA 1E1FA 9CGTA 1LWHA 4X0VA 3POHA 3EMCA 1BTCA 4CCEA 1E55A 5BXPA 4P7LA 3AS2A 4QCEA 1R7OA 3ZJ6A 1D3CA 2WHMA 1UHVA 2FGZA 3VX1A 5ABFA 1OM0A 4WKAA 4WLCA 5A6BA 3FHAA 1H41A 3B9AA 1KWKA 1C92A 4KWUA 4WK9A 3UR7A 2VURA 3F4VA 1K9DA 2AMGA 2BY1A 2AOSA 5BCAA 1GJWA 2WBGA 1JZ4A 5LA0A 1EDQA 4ZEPA 1XD1A 3AI0A 1ZJAA 3SCUA 1JD9A 4YN5A 4UFMA 2YLAA 3OLIA 2J4GA 2CITA 1PZ3A 1A3HA 1EA9C 3AIVA 3ALGA 3VUPA 2PI6A 5E6YA 4OKDA 1GPFA 3CIVA 3CHEA 2UY2A 1DEDA 4PN2A 1WP6A 3PZMA 3PZOA 2V3DA 2BY3A 4HPHA 2VUYA 3WEMA 1KGWA 1OWQA 2D0HA 5A6SA 2BXZA 2A3EA 3W82A 4AWEA 4X9YA 4TVDA 1ZBWA 4U31A 4YHGA 3OBAA 5CGMA 2VVNA 3AMLA 4CU8A 2WMGA 1XH2A 3VTRA 2UY5A 4PTXA 3VIJA 5I5RA 1C3FA 3CZLA 2WXDM 5BXRA 1R7AA 3AMDA 3MUIA 4M1RA 3TA9A 2XIIA 1OINA 4E8CA 1M53A 2Y24A 4QLKA 1G5AA 4F9DA 3ZO9A 2F8QA 4HZ6A 5A6KA 1IT0A 2EPNA 2WNWA 3KEHA 2J8GA 1K6AA 1VBRA 3AZTA 1WO2A 4PMYA 3CLWA 4F8XA 1B2YA 4HZ8A 3ARRA 1UUQA 1DWFM 4F79A 4PMUA 1EDTA 3VNYA 4BQ4A 1GZJA 1XH0A 2BFGA 4ZE5A 4BA0A 1W32A 4HOXA 4UNIA 1D2KA 4KH2A 2YL8A 1FHDA 1KBBA 4B15A 4GI9A 1J9YA 2GFTA 2WAGA 3U57A 1EO5A 3T2PA 1I75A 1UR2A 5BXSA 4IPNB 2A3BA 2E9BA 2CEQA 4W7WA 4AISA 1CGXA 4DM2A 5A2AA 1G0CA 2XHYA 1AQ0A 1E1EA 4W7UA 4UQDA 3AS3A 3GBEA 2CPUA 1HKJA 1H09A 5EB8A 2PC8A 4PMOA 3W6MA 3LPOA 1SR0A 3VU2A 4MJ2A 3AMCA 4FF5A 2VR5A 4GZIA 3ZJ7A 3FAWA 5CJ5A 1DWIM 4AY1A 2V3FA 4AD4A 3VD4A 1CXEA 1JL8A 1RD6A 2ZUSA 2OLHA 1BYCA 2G3MA 1EQCA 1PEZA 1ZJBA 2CBVA 1GOMA 3WDJA 7CGTA 5A8OA 2G3NA 3B9EA 3K8KA 1CWYA 3TTOA 4AC1X 3WKZA 2ZOXA 1E70M 2XTKA 3ECQA 5DO8A 1V3MA 1DWHM 2ZICA 2W61A 3ARSA 1O6IA 1C8QA 2J7DA 4FLRA 3N18A 1NWSA 4MB1A 1B3YA 3THDA 3OIHA 4PUDA 4HMEA 2W62A 1JXKA 3II1A 2W63A 1JYXA 4MNLA 5IFTA 1D7FA 1LJYA 3WL0A 4M56A 2Z1KA 2JIEA 5JUVA 3WH5A 1ZU8A 1LL7A 1ODZA 1V0LA 4A3HA 4GI6A 1AQHA 4ZXLA 4R27A 1W1TA 1CEOA 4U2ZA 1WAWA 2GJRA 3L4VA 1BVZA 1NQ6A 1VRXA 2CBIA 1GOKA 4P8VA 1W3JA 3CO4A 3N04A 1G1YA 5A8QA 4NF7A 4Z2IA 2GK1B 2OWCA 3RM9A 5BYWA 4CGTA 3K46A 2PBOA 3AIWA 2VO5A 4YHEA 1UH2A 1Q6EA 2E4TA 3GBDA 5GPRA 4EE9A 3VINA 3T2OA 3WL1A 4LPCA 1V0MA 2OSWA 2ZUTA 4JKLA 7A3HA 5M3WA 2CESA 5AYIA 4B3LA 4PEEA 1GCYA 3SCQA 3AICA 5A8MA 3KWXA 3DYOA 2CHNA 1GOOA 1HJVA 1CBGA 1E6PA 1ESWA 4GXPA 1FOBA 1HXJA 4PMZA 2BVDA 2D23A 4IPLA 2PWEA 3FW6A 4WJXA 5AY7A 2X09A 3MANA 3PBGA 5CSUA 4AD5A 3VVGA 3A47A 3WDHA 3ZQ9A 3AMGA 1G01A 5EBAA 3ARVA 1CLVA 1VIWA 1NARA 3SUTA 2G41A 1NOFA 4DUVA 5I78A 1CXFA 3POCA 3VD3A 3WMBA 1CNVA 1UWIA 4BF7A 4UQBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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