2V5CA

Family 84 glycoside hydrolase from clostridium perfringens, 2.1 angstrom structure
Total Genus 230
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
230
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Portrait of an Enzyme: A Complete Structural Analysis of a Multi-Modular Beta-N-Acetylglucosaminidase from Clostridium Perfringens
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
total genus 230
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2v5cA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2v5cA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2v5cA01
4D6HA 2V5CA 4AIOA 3CHEA 4MNKA 2DPEA 5DF0A 2W91A 5I3DA 1CXKA 3HN3A 1UR4A 2DH3A 2CPUA 4UQDA 4PMRA 2OWCA 4GZEA 3BAWA 3I3EA 3T0AA 4QLLA 3PZGA 3OZPA 4D1JA 4W85A 2YBTA 3ZM8A 3VNYA 5A2CA 5EMYA 4GZJA 1A47A 1JXKA 1ZBKA 2FHBA 1JAKA 3LPOA 1OGSA 3WNKA 1EDGA 2VVNA 4PN2A 1VJZA 1V3KA 3K46A 4Z2GA 1BGGA 2EPMX 3J7HA 3U7BA 2J8FA 2WVVA 5KEZA 1V0MA 5FL1A 1UOKA 3UR7A 1H1NA 1JFXA 4R27A 1J18A 1DWJM 3THCA 5E70A 2D24A 2QLYA 4JFUA 2VX6A 1MXDA 1E71M 2E3ZA 4UFHA 2BVDA 5CLWA 3GTNA 1BG9A 1E4NA 3VM5A 1JDCA 4S3KA 4ATLA 1OIFA 1G1YA 2YOCA 3AYSA 2EPOA 1R87A 1HF6A 4B9YA 3UG5A 1V0KA 5A69A 2O9RA 4RL3A 1DWAM 4W7UA 4HPHA 2ZUUA 1C8XA 1R7AA 1JI1A 3PZIA 2VZOA 1DWIM 1Q6FA 3AIUA 3ZIZA 2D0GA 4PMNA 1QI0A 1J0ZA 3W37A 1UH3A 2WMHA 1J0HA 1PX8A 2XWEA 1ISVA 3THDA 3WL1A 3UERA 1LWHA 1W9PA 1MFUA 2VZVA 2CEQA 3AS0A 4UTFA 1CGUA 4ZEPA 4OOZA 5CPSA 4AD5A 3F5JA 4GZIA 3UETA 1E1EA 4DWSB 2EXOA 2YL6A 5I77A 2JE8A 1E0VA 1V02E 3GXIA 4AZ7A 5BXRA 3ZOAA 1VF8A 4TOQA 4JKLA 3NYDA 1PIFA 3PTMA 3SIMA 5ECUA 3GDBA 1TCMA 4FLOA 3ZO9A 1W9BM 3K8MA 4DUVA 1W1VA 1U2YA 2HISA 3NSXA 1R8LA 1UD3A 4M1RA 1OCQA 4PTVA 3I3DA 4FK9A 1W3JA 3SUTA 1HL8A 3WMCA 3T0BA 2WPGA 3VX0A 2V3DA 1V3HA 1PIGA 1PX3A 4HA3A 2J78A 5I79A 1FP8A 1NARA 1QPKA 1HL9A 2D2OA 1FHLA 2CIPA 1UZ1A 1E0XA 4MB1A 3BLPX 5FIPA 1NWUA 4AD2A 4CGTA 3ARYA 3WIJA 1TR1A 3GYCA 3WF4A 3HJEA 4JL1A 4W7WA 4OBSA 4DUWA 5IXEA 2YBUA 3GNRA 2OWWA 3VD3A 4JFSA 1V6WA 2W66A 1J0IA 5LA0A 1H4PA 1V6XA 3SCWA 1V6UA 2PWGA 4OIFA 3GBEA 1KXHA 3ZJKA 1M04A 1E6NA 1VB9A 2VZSA 3WDHA 3K4AA 1PJ9A 1EQPA 5ABFB 4H8VA 5I24A 2JIWA 1TMQA 1J12A 2ZUVA 5FOOA 3PZ9A 4EAMA 1UKQA 2DH2A 1KBBA 2GJXB 3VUPA 3VVGA 1E43A 2ZX7A 4PSRA 4H04A 3WSUA 3G6LA 1S46A 2QPSA 1JZ4A 3CZJA 4WIWA 1XSIA 4XX6A 5D9NA 4TX8A 3ARTA 1JAEA 3O2LA 3EDEA 1TFVA 4HU0A 5BROA 2VX4A 2J62A 5E0FA 5CPTA 2O92A 1ZBVA 1LLOA 2WWCA 3CUJA 1C7SA 3FXYA 3CH9A 1R86A 1KXQA 1K9EA 4P7OA 2QF8A 5BWFA 3VIGA 2G3NA 2XYLA 3S6TA 2XFYA 2VQUA 3RM9A 4NRRA 4U3AA 1E6QM 4OJYA 1G5AA 3WDPP 3BC9A 4HOWA 3TP4A 4B3LA 2YL9A 3PZNA 2VZUA 3K4DA 3OLDA 1XH1A 4PEEA 4B3KA 3S2CA 4IPNB 5AYIA 3T09A 1X6LA 3KWXA 4GI9A 4N42A 1KXTA 1W91A 4H8HA 3TTQA 3UG4A 5HOSA 4TVDA 3VDBA 1W3KA 4P7NA 2D22A 3ZSSA 3TTOA 4M80A 2CHNA 1TVPA 3F4VA 2V3GA 3G6MA 2J77A 1WZLA 1OD8A 4ZENA 2FH6A 1J10A 3KL3A 2ZWYA 4ZXLA 3AHYA 1BQCA 3MMUA 5DT7A 2GVYA 3F5KA 1CGVA 2WHMA 5HBFA 2WHLA 1OT2A 1NWTA 2EEXA 1V3IA 1WDQA 1E0WA 4W5ZA 1H41A 4Z2JA 1BYAA 1CTNA 1VEOA 2WBKA 3RIKA 1JZ5A 2QHAA 1SMDA 2BHYA 1C8YA 1E5NA 1EDTA 1NWSA 4AISA 3W53A 5DEZA 1W2VA 1ODZA 2ZX9A 1DWFM 4XZWA 5CJ5A 2WMFA 3FY1A 3BAKA 4FLSA 3AMCA 1GVIA 1W9VA 1O6IA 3ZT7A 2PBOA 4MJ4A 4JHZA 2GFTA 1C93A 4RE2A 3AMLA 3RM4A 1GZJA 2A3EA 1EXPA 5A6KA 5EFDA 5A94A 5DMYA 2OSXA 2BXYA 1HJQA 5CGMA 1AQMA 3WBEA 1P6WA 1EH9A 4M56A 3IJ8A 2XGBA 1MQQA 3EDDA 2D3NA 5A8MA 4BCEA 1HX0A 6TAAA 1ZJBA 4NF7A 3RCNA 1XYFA 1EIBA 4HP5A 4GQRA 3WUBA 2PWFA 2VL4A 1H0GA 1UWTA 1MWOA 1UQZA 1C7TA 2Q8XA 3WF2A 3CZKA 1WPCA 1CXLA 3ZQ9A 3WUGA 4TX6A 4L4PA 1XV8A 1QI5A 1H49A 3VU2A 1D7FA 1EHNA 1C91A 4U31A 2YJQA 2Y4SA 1V02A 2WLZA 1TA3A 4J28A 1E5JA 4CU7A 4WKHA 1QOXA 3VGBA 3VIMA 3QR3A 2D0FA 1F4HA 2VCBA 4D6EA 2WVSA 1JDAA 1XRVA 3BMWA 3BGAA 2CKSA 2WSPA 4JCLA 1QW9A 1N82A 2CESA 2RGMA 5A6JA 3B9EA 4F79A 1JIBA 2XGIA 2WBGA 4PTWA 2EQDA 1AQ0A 3NSMA 3RPMA 1GOWA 4U2ZA 2WKGA 1V0NA 3CHFA 3CZ8A 4IPLA 3WF3A 1DWHM 3UCQA 1Q6CA 5BXTA 1CXEA 4HMCA 4URIA 1AVAA 2XVNA 2WMGA 3K1DA 1XYZA 3OIHA 2WNWA 2X1IA 3EBVA 5D4YA 4GQQA 2GUYA 2DSWA 1US2A 3AHXA 3CPUA 3WN6A 4GPNA 4TVCA 4PSPA 1WE5A 5JIPA 2WZEA 3VGEA 4C7GA 3BMVA 1SR0A 1UD4A 3WEOA 4BZYA 3OLGA 2F61A 4M8UA 4D71A 3QOKA 1BPLB 3AOFA 4DWSC 3ZJ6A 2G8ZA 1MQRA 1HKJA 3AMKA 3PZUA 3WNLA 4YPJA 3RJXA 4LYQA 4PMQA 3TA9A 4P8XA 5EFFA 1YQ2A 5E0CA 4W7VA 3ARVA 5D9PA 5M3WA 3CMGA 1Z32X 3ARXA 2JFEX 4AZ6A 3KEHA 3GXDA 3VOCA 4EKJA 4DM1A 1RP9A 4HTYA 1FH9A 4LGXA 4AW7A 1QHOA 4PCSA 1HT6A 3WDIA 3BCFA 3FNDA 4ZFMA 4XB3A 5IHSA 1M03A 1XC6A 3VNZA 2OWXA 1ODUA 5C8BB 2WKLA 3WH9A 1K9TA 3BCDA 1GPFA 1JD9A 1NOFA 1E3XA 2ZUSA 8A3HA 1E6SM 2J7GA 1XD1A 1KCKA 1LG1A 3FAXA 1TUXA 1UWSA 4PYSA 3PZVA 3O6AA 5M17A 3MSGA 2QPUA 2CERA 4LYRA 4LPCA 4MPKA 2VCAA 1XCXA 3GH4A 2WLYA 5A8NA 3QOMA 5IDIA 4H8UA 5GNXA 3CZEA 2NSXA 3VDCA 2Y8KA 4HU8A 4J3UA 1GHRA 2XVLA 3U5YA 2FGLA 1Q6EA 3ZT5A 3AZTA 1CXFA 3GM8A 1HP5A 5CQ1A 4ACYA 2W92A 3AS3A 3NDZA 4Y7EA 3BAYA 1HXJA 1CGXA 4UFKA 9CGTA 2A3CA 5IHRA 3A4AA 3EMCA 3T0DA 4HZ6A 1I1XA 2WAGA 5A6BD 2D3LA 1G0CA 3SCUA 4CCCA 1GOKA 1ITXA 3WQ5A 3RILA 3A47A 1OT1A 4UCFA 2O9TA 1Q6DA 2X05A 4AC1X 3AZSA 1HJSA 5C70A 1JZ6A 4JHOA 4F9JA 2PC8A 4KRUA 2PBGA 2V3FA 3U57A 3VPLA 2WZIA 2EPLX 2VC9A 4CCDA 1JXJA 2E9BA 1LG2A 2J25A 1B1YA 3N1AA 5GNYA 2Y8VA 1ZB5A 1L0PA 3OB8A 2DSKA 1VFFA 3U5UA 2XVPA 5A3HA 2ZX5A 3W81A 1JZ7A 2GK1A 4F66A 4GXPA 3VM7A 1KQYA 2AMGA 1FA2A 1RPKA 1TG7A 2XIBA 3AHZA 5IFTA 2YA1A 2X0YA 4UOJA 3AIWA 2V38A 1FOBA 3MUAA 3AHVA 4AZCA 3GH5A 2WWDA 3VIOA 2J75A 4WLCA 2FGZA 5CPQA 1PEZA 3MS8A 3QHMA 1M7XA 2W61A 3AISA 5D8WA 1GQJA 3CBWA 2WCGA 1QBBA 3IAQA 1EA9C 4U2YA 4D6GA 2GJRA 3VTRA 3SURA 1JYNA 4OKDA 5ABGA 2DT3A 3WDJA 3FN9A 1H0IA 3DYPA 1ZL1A 2DT1A 2VX5A 3AIQA 3ARUA 1KBKA 4A3HA 2D1ZA 2VTFA 4ATDA 1PZ2A 4UR9A 1WB0A 4PTXA 1LL6A 3OA5A 4KRTA 1BLIA 2WSKA 4WF7A 1QI2A 2BV9A 2NT1A 4WK9A 2XPKA 1LL4A 4J3XA 2CBJA 2OYKA 4U3CA 4X0VA 2DT0A 2E4TA 1TZ7A 2VMFA 3W26A 4KGLA 2VI0A 1ECEA 1QVBA 1UR1A 1E6XM 1GOMA 1UA3A 4JKKA 2A3BA 2WC3A 1DTUA 2J7DA 3MUY1 3WY1A 5LYRA 2CITA 1NM9A 1JD7A 3VDAA 3W25A 4UFLA 5F7UA 4YHEA 4UQCA 3WD1A 4QLJA 4W89A 1UWRA 5GPRA 4N0RA 4JFTA 3GZAA 3BH4A 3UG3A 2ZXDA 3ZT6A 2GDUA 5I23A 2F2HA 5C71A 4MB5A 2A3HA 1UR0A 4W86A 4DWSA 1IZJA 1FFQA 1CGTA 4B15A 5JIWA 4Z2KA 1KQZA 1CENA 4IISA 1JNEA 3GBDA 3KL5A 3OGRA 1KXVA 1VFUA 5CGTA 2XM1A 3BSGA 4U5IA 4CD4A 3RM8A 4AYSA 4DWSD 4GINA 4F8XA 4AIUA 4JFWA 5IFPA 4M81A 2BXZA 1C3FA 4ACZB 1PPIA 3WQWA 4AEFA 3WDQA 3WELA 4C91A 3N18A 1HKMA 2VX7A 1V0LA 3WUFA 5M5DA 1CPUA 1GCYA 3OBAA 3PN8A 7A3HA 1E4LA 2VR4A 2QMJA 3WD0A 2W4XA 4P8UA 1GONA 5A8PA 1QBAA 3VDHA 2Y24A 3B9DA 4PUEA 4LXFA 1VRXA 3KE0A 1W9XA 5A8QA 3WNOA 2VR5A 5GNZA 1GW1A 2WCSA 1BF2A 1NQ6A 4PMYA 1UA7A 3PZQA 1Q6GA 2YDQA 4JCMA 2ZXQA 3MU7A 4Z2LA 2WMIA 5DFAA 1WKYA 3SCOA 4W84A 1CEOA 1CIUA 1FP9A 4MJ2A 3II1A 1JF5A 2JALA 4WSKA 2D23A 3VKKA 2WC7A 4BQ2A 3OGSA 1G9HA 3PZOA 4Z2IA 4PMUA 1UHVA 2DT2A 3W6MA 1QI3A 2DIJA 4KWUA 4BQ5A 3T2QA 2J74A 4BS0A 1WDRA 2G4FA 3AFBA 2CBUA 1ZS2A 4FMVA 1E73M 3ZR5A 4BQ3A 1B30A 1B3YA 5ABFA 3VGFA 3CMJA 4WKFA 5BRQA 4BF7A 2VZTA 4D6FA 1GQLA 4HMEA 1UWUA 3A3HA 1E9LA 4B9ZA 2ZX6A 1WDPA 3WF0A 5I78A 1V3LA 2E9MA 3OZOA 1AMYA 2BY0A 3E1F1 3W27A 1H09A 2BVYA 5CXPA 1CXHA 3LPGA 2IXVA 4JL2A 1NOWA 2BNJA 3VIKA 1OINA 2EPNA 3GNPA 2WVUA 5BXPA 5A6AA 5HPOA 2W67A 1XH2A 3WQ4A 1NP2A 1BYDA 4WKAA 4UQEA 1UG6A 1E6ZA 1UWIA 3MKKA 5BYWA 4OUEA 4CVWA 1UKOA 3SUSA 3W82A 2ZUNA 4TUFA 7TAAA 3EMZA 1B0IA 3ARQA 4D1IA 2GDVA 3SCSA 5A95A 1JFHA 4KGJA 3WQ6A 4IUGA 1NP0A 3ZMRA 3VMPA 4EE9A 5M03A 1I75A 3W28A 4MNMA 4P7RA 2C7FA 4MAVA 2XJ7A 2XWDA 2YA0A 3WQVA 1EHAA 1FH7A 1DWGM 3L4TA 3A6OA 3A4XA 2ZIDA 1UR2A 3AIEA 1UD2A 1C8QA 1WCGA 2A3AA 2TAAA 4D6DA 1WZAA 1KCLA 1U30A 3OG2A 1E1FA 1E4IA 1KGWA 2EPKX 6CGTA 4M29A 2VURA 3D3AA 3OLIA 2VRKA 4UQAA 2CBVA 1KGUA 1LF1A 3CUHA 1WAWA 4XZBA 5CSUA 4CUCA 1XSJA 3SCNA 1E55A 5KZ6A 2E8YA 1D3CA 3AI0A 3OLEA 1K6AA 2WZHA 4AZ5A 5LA2A 2CBIA 8CGTA 1EO5A 1H11A 4CKQA 2DSUA 7CGTA 1TA3B 3BAXA 3MV11 3AXIA 4ZE5A 1HIZA 1QW8A 4QLKA 3WH5A 4DUXA 4CU8A 2AOSA 2ZUMA 5BCAA 1WZMA 2XSBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4D6H A;  2V5C A;  4AIO A;  3CHE A;  4MNK A;  2DPE A;  5DF0 A;  2W91 A;  5I3D A;  1CXK A;  3HN3 A;  1UR4 A;  2DH3 A;  2CPU A;  4UQD A;  4PMR A;  2OWC A;  4GZE A;  3BAW A;  3I3E A;  3T0A A;  4QLL A;  3PZG A;  3OZP A;  4D1J A;  4W85 A;  2YBT A;  3ZM8 A;  3VNY A;  5A2C A;  5EMY A;  4GZJ A;  1A47 A;  1JXK A;  1ZBK A;  2FHB A;  1JAK A;  3LPO A;  1OGS A;  3WNK A;  1EDG A;  2VVN A;  4PN2 A;  1VJZ A;  1V3K A;  3K46 A;  4Z2G A;  1BGG A;  2EPM X;  3J7H A;  3U7B A;  2J8F A;  2WVV A;  5KEZ A;  1V0M A;  5FL1 A;  1UOK A;  3UR7 A;  1H1N A;  1JFX A;  4R27 A;  1J18 A;  1DWJ M;  3THC A;  5E70 A;  2D24 A;  2QLY A;  4JFU A;  2VX6 A;  1MXD A;  1E71 M;  2E3Z A;  4UFH A;  2BVD A;  5CLW A;  3GTN A;  1BG9 A;  1E4N A;  3VM5 A;  1JDC A;  4S3K A;  4ATL A;  1OIF A;  1G1Y A;  2YOC A;  3AYS A;  2EPO A;  1R87 A;  1HF6 A;  4B9Y A;  3UG5 A;  1V0K A;  5A69 A;  2O9R A;  4RL3 A;  1DWA M;  4W7U A;  4HPH A;  2ZUU A;  1C8X A;  1R7A A;  1JI1 A;  3PZI A;  2VZO A;  1DWI M;  1Q6F A;  3AIU A;  3ZIZ A;  2D0G A;  4PMN A;  1QI0 A;  1J0Z A; 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