2V5CA

Family 84 glycoside hydrolase from clostridium perfringens, 2.1 angstrom structure
Total Genus 230
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
230
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Portrait of an Enzyme: A Complete Structural Analysis of a Multi-Modular Beta-N-Acetylglucosaminidase from Clostridium Perfringens
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 230
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2v5cA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2v5cA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2v5cA01
3M7SA 3AMCA 4CUCA 1CGUA 3LPFA 3TTOA 1I1WA 3QHOA 2WVSA 4IUGA 1ZBCA 1E3ZA 3UR8A 1B3ZA 3VIIA 1QI4A 3K8MA 4IM4A 2C7FA 2A3CA 3ZJ8A 1BGGA 2F61A 4JFSA 1E5NA 3WQ6A 3SCWA 4DWSB 4WSJA 2Z1KA 3GYCA 2VX6A 1QBBA 3ARYA 1LG2A 5D9PA 2Y4SA 1WPCA 5I77A 4UQ9A 3ZT6A 1E6XM 3VD5A 1MQQA 3WF2A 2XWEA 3EDEA 3RMEA 3WUGA 3VGBA 3T2QA 4PYSA 4NSBA 4RL3A 3EMZA 2XVGA 2J7HA 3NSMA 4L4OA 4MDPA 1KXHA 1J10A 2HVMA 3AHTA 5AYBA 1VFFA 5CPSA 1NARA 2VUYA 1W2VA 4MNJA 5A8MA 3ZMRA 2ZXDA 3VMPA 2X0YA 5LYRA 1NOFA 2VCAA 1W91A 1UR9A 1QW8A 1Q6FA 1UD2A 2G3MA 3L4TA 4DUWA 1PIGA 4URIA 5I79A 4V28A 2W62A 3KL3A 2WBGA 4GPNA 1D7FA 4DM1A 3AIEA 1DWIM 5I5RA 4UOJA 3W82A 5I3DA 1UQZA 1GOQA 2DH2A 4JAWA 4B9ZA 2CKRA 2V3EA 3F5JA 1OIMA 1RP9A 3ZR6A 3WQ4A 4M24A 2YL5A 1VBUA 1CLXA 1TCMA 2GJXB 1CIUA 1HNYA 2CCRA 3CHCA 3BLKA 2XUCA 5D8WA 1QHPA 5E0FA 1PX4A 3SUWA 3MMUA 1E55A 2VR4A 3B9AA 2OYLA 4AD0A 1K9DA 1EDTA 3AIUA 4BQ5A 6CGTA 1UH4A 1CXEA 1U2YA 5LA1A 3F4VA 3OGRA 4TTUA 3NUKA 4FMVA 4ATLA 5CJ5A 1M01A 1GPFA 1H1NA 1XSIA 3DYOA 3W26A 1J0IA 4QP0A 2XVKA 2YBTA 1KQZA 1E73M 1OB0A 4HZ8A 2NT1A 4AEFA 4F9DA 1UD5A 3CTTA 3VGHA 4YN5A 1XD0A 1B90A 3BH4A 3MUZ1 4EAMA 3CBWA 1KQYA 1H41A 3WEZA 3CIVA 3BAIA 1CLVA 1LWHA 2E9MA 2UWFA 1UD8A 2A3EA 3MUIA 4P8VA 4XZWA 5A2BA 5E6YA 1HKMA 3WFLA 2RGLA 2Y5EA 1JZ5A 1DTUA 1V02E 1VF8A 2GJXA 2OLHA 3VIOA 3A47A 4AZ6A 1FP9A 1VIWA 1L0PA 1W32A 5IDIA 1XV8A 3CGTA 2Q8XA 3GH7A 1KXTA 1G94A 4GZJA 2TAAA 4OZOA 1LWJA 1M53A 1P6WA 3CUGA 3SUUA 2W61A 1UKQA 1EA9C 3WQ8A 1MW3A 4AZHA 1KR1A 1LF1A 1UA7A 3BAKA 3WNLA 2PC8A 4HOZA 1OGBA 1ISYA 3W25A 3VMOA 3WD0A 3KZSA 1GOWA 4M81A 3AYSA 3U5UA 3A4AA 3ARPA 1MVYA 3WFZA 3VU2A 1VFUA 4HU8A 3FXYA 3WMSA 1ODZA 1MYRA 1QI3A 2JIWA 1B3WA 3M6DA 2J4GA 3ZO9A 1UR0A 3PTMA 3POCA 2WMFA 1J12A 2BHZA 2ZUMA 5I2UA 3BXWA 4OKDA 3FHAA 3OA5A 1WAWA 3VDBA 2WC7A 3VNZA 2D3NA 1H09A 4PRWA 1ZB5A 2YOCA 1Q4NX 4MAVA 1V6UA 1GJWA 1E6RA 1W2PA 1HL8A 2XG9A 1DWHM 1TFVA 3MKKA 1RH9A 3WD1A 1G5AA 1W9VA 1R7AA 4GIAA 2VI0A 1IZKA 1GQKA 3L2MA 4ML4A 5C8BB 5FCZA 2XWDA 1VFMA 1GJUA 3QOMA 1QI2A 2ZIDA 2V3FA 3FAXA 3T0DA 4J3SA 5FL1A 3GDBA 3VDHA 5HNNA 1JD9A 1TZ7A 3RDKA 3OG2A 2E8ZA 2JF6A 4UOZA 2VCCA 4N0RA 4C7FA 1PEZA 1EQPA 3VIHA 4BCEA 5A6KA 2NW0A 1UKSA 2DSKA 4GI6A 2ZUWA 3APGA 2W63A 2E9LA 4AMCA 3GXMA 1C7SA 1WNOA 4W7VA 1BFNA 1E72M 2VCBA 3MUAA 3AMGA 1QW9A 3BMVA 3U7BA 2XIIA 2DT2A 3ARRA 1B31A 3EBVA 1GVYA 4CU8A 1JIBA 1BYAA 4D6EA 2WCAA 3K1DA 4PTWA 1B1YA 4GO9A 1KBKA 3IAPA 1HX0A 1G01A 4FK9A 4BQ2A 2BVYA 3WNNA 2HISA 1EDQA 3BSGA 4MJ2A 1QNPA 2CHOA 4P7LA 4W89A 4W7WA 2Z1SA 1WZMA 1CGTA 2WCSA 3CMJA 3PZMA 1HJSA 5E9AA 2DSZA 2GDUA 1C91A 4UFKA 1HL9A 1UA3A 3AIWA 2YDRA 1ZBKA 1JF6A 2GDVA 3VM7A 3AS3A 3L4VA 3W6MA 1BAGA 5A6SA 1EOKA 1Z32X 3VGFA 2D20A 4D6CA 2XM1A 2J7GA 3WH8A 5A8NA 3AROA 3DYMA 2WCGA 2J77A 2CPUA 3QOKA 1UWUA 1ISXA 1OCQA 1MWOA 3W29A 3ZT5A 4AISA 3DYPA 3MU7A 1AQMA 2BXYA 3RM9A 4HA3A 1UOKA 5EBAA 2WMJA 4MDOA 3WY1A 4P7RA 2XGIA 3WIJA 1JYNA 1UWSA 4PMVA 2CBIA 2Y24A 2EO7A 4V27A 4UFIA 5E6ZA 4CGTA 4CCEA 1ZL1A 1FA2A 1VB9A 2F2HA 3HU7A 1HJXA 3GNPA 3NSNA 1QVBA 3WD3A 2W67A 3WDRA 4P8XA 4PMDA 1CZ1A 1J0YA 4D6IA 3BC9A 2QF8A 2XIBA 1XH1A 1X6LA 5F7UA 2PB1A 4U5IA 3CUFA 4Z2LA 3AS2A 3AZSA 1HN1A 2VZTA 3EDKA 4PMZA 1JZ4A 1W3LA 3ARVA 2V38A 1C92A 3ARQA 4TOQA 2CBJA 3W38A 1M03A 1UR1A 2CIPA 3GNRA 3BCFA 1E56A 1CGWA 4ACZB 2XFYA 1V6XA 1WDPA 3UCQA 4W88A 4D6GA 3GBDA 3WNMA 1QPKA 2PWFA 4A3HA 4Z2GA 4GI8A 2VL4A 4EKJA 4GXPA 4GO8A 3VGEA 2NSXA 3W6LA 4MB1A 5A6BA 2FH6A 3VKKA 2XVNA 3NIYA 4CVUA 2WSPA 2E3ZA 1QNOA 4GZIA 2A3AA 1GUVA 1XSJA 1JNDA 5D4YA 3N15A 3WUEA 2FHCA 2WKGA 3VMNA 1W3HA 4S3KA 3F5LA 4JKKA 5FL0A 5JIWA 4WK9A 1JXKA 2VX5A 4FLQA 4UQEA 2J7CA 4DUVA 2BS9A 1US2A 2D0FA 1L8NA 4UQDA 4AEEA 5A8QA 2J7FA 3FN9A 4PEEA 3D3AA 3THCA 1JI1A 2WHKA 2O92A 1UYQA 4AZGA 1EGZA 1D2KA 1OGSA 1PBGA 4MB4A 1OIFA 2WHLA 6TAAA 1E71M 3CPUA 2VX7A 3O6AA 4BA0A 2EEXA 5D9MA 2DEPA 1CXLA 7TAAA 1JFXA 3T0BA 3BAJA 5DT5A 2XPKA 4KGLA 4HP5A 1MFUA 5JIPA 4QFUA 4A4AA 1GOMA 3VINA 1V6YA 1DP0A 3GZAA 1E6NA 5IHRA 2VNCA 4HMCA 4J28A 1GOOA 3OGSA 4WKFA 4OBSA 2WLYA 5ABEA 1V3LA 1CGVA 4MNMA 1KGWA 2WB5A 1J0KA 1K9TA 4PTMA 1I75A 4HZ7A 1NWTA 3CZKA 1C90A 3UEQA 3IJ8A 3SUSA 1UUQA 2VMFA 4J3WA 5CGTA 5JBEA 3OIHA 4OIFA 4V2XA 2CKSA 4HOWA 3B9EA 5A8PA 3NYDA 3UG3A 3L4ZA 1RD6A 4CKQA 2YLAA 1KGXA 3L2LA 1V6WA 4KRTA 1R7OA 3M46A 2ZE0A 3CUJA 3VIJA 3W0KA 1VJZA 2VURA 3PZGA 2OWWA 5ABGA 3HMCA 4P7OA 2FHBA 4MB3A 4DWSC 1J0HA 2WWDA 1BYDA 1E4IA 3OB8A 1MW1A 3AHYA 2JIEA 2W5FA 4F8XA 2VJXA 4EE9A 2J8GA 4XX6A 3TOPA 3MMWA 3WKZA 2BXZA 3CZGA 3AIRA 3SCPA 1B30A 2D24A 5A2CA 3EMQA 3WL1A 1JZ8A 1O6IA 2J7EA 5AY7A 2WVUA 4X9YA 5C71A 3K8KA 2ZUUA 3VD3A 1H4PA 5A1AA 4FLRA 2YDSA 3KE0A 3WF1A 3OBAA 2J7BA 1GZJA 4AD2A 3VGGA 2ZICA 3NDZA 1H49A 2WKLA 2QPSA 3U5YA 2X8RA 3VX1A 1U30A 1V3KA 2WC3A 3WENA 3UG4A 2G41A 2ZUTA 2ZXBA 2V5DA 1QBAA 2OSXA 5D9OA 3RIKA 4L4PA 5E0CA 4ZE5A 4W84A 3IAQA 4BQ3A 3NSXA 5FOOA 2WNWA 3BCDA 4JFWA 2WW5A 1VAHA 4PMUA 1H11A 2ZUSA 2G3NA 1QHOA 4QCFA 4ZFMA 2UY4A 5I0DA 1UH3A 3N18A 1MQPA 1PPIA 5CSUA 1JZ7A 2BY3A 2FGLA 4DWSA 4AD5A 1B3VA 3AIQA 4W8LA 1UD3A 4J3UA 1C8YA 4PSRA 3PZVA 3AIBA 4TUFA 2X1IA 4ZEPA 4MNLA 2DH3A 3WF0A 3RM8A 4HOXA 1NP2A 1SFSA 1NOUA 4CCCA 3AHZA 3SCVA 4GKLA 2VTFA 1EH9A 4D6FA 5CLTA 4UQBA 1W3KA 3VDCA 2DPEA 3A3HA 1KWKA 1BQCA 1C8XA 1S46A 2A3HA 4B9YA 2WPGA 2XM2A 2PI6A 3MV11 1FFQA 1JYWA 2PBOA 5FIPA 2E4TA 1CEOA 1CDGA 1XHGA 1VENA 4Z2KA 4WF7A 2Y2WA 3WUBA 1V0MA 3VDAA 2QHAA 1E0WA 1ESWA 1C3FA 4TXEA 4WKAA 4CCDA 2WC4A 5A2AA 3ZSTA 2VZSA 1GORA 1EIBA 1V3HA 4KWUA 4E2OA 1JXJA 1FH9A 1E6SM 4LX4A 2BHUA 4FLSA 3O9NA 4B16A 1NH6A 3IJ7A 4IPNB 3ARUA 4PSPA 1BVNP 1V03A 4OBRA 2EJ1A 1JZ3A 2EXOA 1MW2A 1J0ZA 2DT0A 4P7NA 5IXEA 3K46A 4PMNA 2WZHA 1AVAA 5BXPA 2OYKA 3QGVA 4CU6A 4ZE4A 1OBAA 2GK1B 4W5ZA 1VBRA 4BZYA 3AZTA 4AC1X 1UWTA 4UNIA 3ZJ7A 5I78A 3WBAA 1QI5A 2BY1A 5HDRA 2ZX5A 3BAXA 1UZ1A 2YL9A 4N42A 3W4RA 3WN6A 2EQDA 1HJUA 2JALA 3AYRA 3KL5A 3SUVA 1WDQA 4D1JA 8A3HA 3GXFA 1BG9A 3ARSA 1BYBA 2G8ZA 3RCNA 4CN1A 2DSUA 5HXMA 4DM2A 1B3YA 4R27A 1B9ZA 3G6MA 3ALFA 3MMDA 4S3JA 4U2ZA 2E8YA 1US3A 5BRPA 1WDSA 4YPJA 1HKKA 3K4DA 1X6NA 3WNKA 3TP4A 3LPOA 4LQ1A 1AQHA 1CBGA 1B0IA 1E1EA 1JYXA 4B3KA 3MO4A 3POHA 1NM9A 4PTXA 1W1YA 3VIPA 3CLWA 1PZ3A 4PTVA 1HP4A 3WF3A 1DWAM 1K9FA 1W1TA 2WMHA 5GNXA 4PBGA 1Q6EA 3LMYA 1EXPA 4MJ4A 3BGAA 4MADA 1JDDA 2JEPA 3OLEA 1GQIA 4UFLA 2J8FA 4WIWA 2PWGA 1JDAA 1VEOA 4ATWA 2IXUA 4LYQA 4MAZA 4PCSA 4JKMA 2DIJA 4H41A 2VO5A 3D5HA 2QMKA 1JD7A 2WHJA 1JAKA 2EPKX 3N13A 2W91A 3II1A 1TA3B 5GQBA 2XJ7A 2GJPA 1OM0A 1OT2A 4QLLA 1E9LA 1UG6A 1W1VA 3ARTA 4AYSA 4F66A 2WVVB 4K68A 5CPQA 1WCGA 1OGGA 1TVNA 2VOTA 3WD2A 4GQRA 3WH6A 2BFGA 3I3BA 1OD0A 4Q7NA 1PZ2A 5KEZA 5BWFA 3ARZA 3AS0A 5HPCA 1E3XA 2BV9A 4HPGA 3B8SA 4LXFA 2J79A 2CYGA 3K4AA 1GVIA 3QR3A 1V3MA 4U5KA 4PMYA 3O2LA 3TTYA 4MNKA 4EK7A 3CH9A 4QDMA 3WH7A 2W4XA 2VVNA 1OD8A 4D72A 4NZCA 2ZUNA 5JUVA 1X1NA 4UFHA 3BMWA 2ZUVA 3WDHA 1LL7A 2NT0A 3AZRA 3VX0A 2QMJA 4CD4A 4BF7A 2X0HA 2J74A 2QPUA 3GXDA 4AZCB 2ESCA 3CUIA 4YHEA 3PZQA 1KWGA 1W9UA 5LA0A 2Y8VA 2VRKA 1ZU8A 1G0CA 1UQYA 4HZ6A 2WVTA 4H8VA 5JBFA 5M5DA 5A6MA 5AC4A 2QLYA 3UG5A 1QI0A 3MV01 1TG7A 2DT3A 3DC0A 3AHVA 3WDQA 3SCOA 2ZXAA 1E6QM 3CZ8A 3I3DA 2PWDA 3BAYA 2DSVA 4P7QA 3OLDA 1C93A 4MTVA 3WQ5A 4E4PA 3MS8A 5M3WA 5DFAA 4AWEA 1WZLA 1KBBA 3MANA 2J7DA 2YJQA 2CBUA 4CN6A 2YL6A 2B31A 2AAAA 4KGJA 3DHUA 3L4UA 4C90A 2J62A 3BLPX 3TTQA 1H0GA 2VT0A 1J0JA 1PAMA 3SUTA 2PWEA 4AZCA 2VVSA 1GONA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3M7S A;  3AMC A;  4CUC A;  1CGU A;  3LPF A;  3TTO A;  1I1W A;  3QHO A;  2WVS A;  4IUG A;  1ZBC A;  1E3Z A;  3UR8 A;  1B3Z A;  3VII A;  1QI4 A;  3K8M A;  4IM4 A;  2C7F A;  2A3C A;  3ZJ8 A;  1BGG A;  2F61 A;  4JFS A;  1E5N A;  3WQ6 A;  3SCW A;  4DWS B;  4WSJ A;  2Z1K A;  3GYC A;  2VX6 A;  1QBB A;  3ARY A;  1LG2 A;  5D9P A;  2Y4S A;  1WPC A;  5I77 A;  4UQ9 A;  3ZT6 A;  1E6X M;  3VD5 A;  1MQQ A;  3WF2 A;  2XWE A;  3EDE A;  3RME A;  3WUG A;  3VGB A;  3T2Q A;  4PYS A;  4NSB A;  4RL3 A;  3EMZ A;  2XVG A;  2J7H A;  3NSM A;  4L4O A;  4MDP A;  1KXH A;  1J10 A;  2HVM A;  3AHT A;  5AYB A;  1VFF A;  5CPS A;  1NAR A;  2VUY A;  1W2V A;  4MNJ A;  5A8M A;  3ZMR A;  2ZXD A;  3VMP A;  2X0Y A;  5LYR A;  1NOF A;  2VCA A;  1W91 A;  1UR9 A;  1QW8 A;  1Q6F A;  1UD2 A;  2G3M A;  3L4T A;  4DUW A;  1PIG A;  4URI A;  5I79 A;  4V28 A;  2W62 A;  3KL3 A;  2WBG A;  4GPN A;  1D7F A;  4DM1 A;  3AIE A;  1DWI M;  5I5R A;  4UOJ A;  3W82 A;  5I3D A;  1UQZ A;  1GOQ A;  2DH2 A;  4JAW A;  4B9Z A;  2CKR A;  2V3E A;  3F5J A;  1OIM A; 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