2V5CA

Family 84 glycoside hydrolase from clostridium perfringens, 2.1 angstrom structure
Total Genus 230
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
230
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Portrait of an Enzyme: A Complete Structural Analysis of a Multi-Modular Beta-N-Acetylglucosaminidase from Clostridium Perfringens
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
total genus 230
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2v5cA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2v5cA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2v5cA01
4P7LA 3W37A 4JL1A 3GNRA 3W0KA 3ZSSA 2WNWA 1G1YA 5FKYA 4CCCA 2VTFA 2TAAA 2J79A 4WKFA 3VM7A 1VF8A 1KCKA 1NWSA 1XHGA 1GQJA 5JBEA 1CYGA 1V6YA 3HJEA 1ZS2A 3HN3A 1PZ2A 2XFRA 1B3YA 1B90A 4ATWA 5AC5A 2BVYA 2O92A 1J0IA 2NT0A 4M81A 1DWFM 1L8NA 1BYDA 3VGGA 3PZMA 5AYBA 1H0IA 1HKJA 1HF6A 3RO8A 4B3LA 4UQAA 1Q6EA 1UR4A 2WHJA 4KWUA 4UFLA 2ZUSA 2NT1A 1FH9A 3GXIA 3WL0A 3CIVA 3SCUA 4D6HA 3VMOA 1DWJM 1FHLA 2WMIA 1E4IA 4GO8A 2NW0A 4AZCA 1E6NA 1U33A 3IJ7A 2B31A 3B8SA 1H41A 2ZX8A 2QLYA 2E3ZA 3VNZA 5I2UA 3MMWA 2ZE0A 1VRXA 2OSXA 5A2AA 2GFTA 5CXPA 4M56A 3O2LA 4H04A 3LMYA 1E0WA 1XH0A 1EIBA 1UHVA 1I1XA 5D9PA 4M82A 3ZJ7A 1EGZA 1BF2A 4PCTA 4JFVA 1E5JA 3UR7A 4HPGA 1W2VA 3AHZA 1BG9A 1E6SM 4NI3A 1E4MM 3EBVA 2AAAA 2DSVA 1FH7A 1D7FA 3WDRA 1NP2A 4D6JA 1JDCA 4UFKA 2JE8A 5BROA 2WMIB 3VO0A 4AZCB 2ESCA 4TTGA 1FOBA 4W5UA 1V6WA 2ZUNA 4PMYA 3DHPA 1XRVA 2J7DA 1CTNA 5A6JA 4P7RA 4PYSA 3A3HA 4MNLA 1DEDA 1XSIA 3ALFA 1HJQA 2NSXA 3KEHA 1ZBCA 3SCRA 4YHGA 4CN1A 5GNXA 4DM2A 3MUZ1 1WDRA 7TAAA 3SUUA 3L4VA 2PWEA 5FL0A 4LGXA 4HPHA 1UA7A 1J01A 1YQ2A 1VFOA 1EO5A 4AZBA 1CENA 1VEPA 3N13A 3ZT5A 1NWTA 4B9ZA 4HP5A 5A6BA 3N1AA 5M17A 2OSWA 2GUYA 4UZSA 4XUYA 1PBGA 2J4GA 3F5LA 2BVTA 5LYRA 1IV8A 4OZOA 2CETA 3L4WA 2PWFA 2VCCA 1CNVA 4P7NA 1B3ZA 3G6MA 4M24A 3GDBA 4TVDA 3CZLA 1NOFA 2XVGA 4OBRA 4WSJA 2C8NA 3N18A 4C90A 1WZMA 2FDMA 4JKKA 1HKKA 1UD8A 3FAWA 4H8HA 3VMPA 1GHSA 1CGYA 1WPCA 2YA0A 1CGTA 1H5VA 4AD3A 5A2BA 3UERA 1JF5A 3DYPA 4WF7A 2DSZA 1BTCA 3WDPP 4PMNA 3DC0A 3CZKA 1KXTA 4EKJA 3RDKA 1TCMA 3WQWA 1QI0A 1CGXA 2DGAA 4D6FA 2VR5A 3ZT6A 2W63A 1E6RA 2W92A 3WQ4A 4H8VA 1QPKA 1NQ6A 3IAPA 2DIJA 1HJXA 4AZIA 1SYTA 3WUEA 2XSAA 2DIEA 1CWYA 5ABFA 1Q6CA 3WF3A 3CO4A 4M80A 4C7GA 2BHZA 3UETA 2YDQA 2J25A 1I1WA 4GO9A 2VZOA 3EDDA 3CH9A 1QNOA 2XG9A 2VCAA 1S46A 4A4AA 1UKTA 4GPNA 3F4VA 1MW1A 1G01A 4MNKA 3PZGA 4GI8A 4WJXA 1OIMA 3VIGA 4QP0A 4HMCA 4HZ8A 5A8OA 2J7GA 2EQDA 4MAVA 3VDAA 4ATLA 4PSPA 3CBWA 5M03A 2OYLA 4AYSA 2Y8VA 3MUIA 4UQCA 3K4DA 3SCNA 2CXGA 1QNPA 1XV8A 5ABFB 2WSPA 3AQUA 3WEZA 4HMEA 3AJ7A 5I24A 3GTNA 1HXJA 2PBGA 1O7AA 5DT7A 4U5IA 4RL3A 1KWGA 2CITA 4TOQA 4UFHA 4CD8A 2YLLA 4ZXLA 3VNYA 1HVXA 2WKGA 5EBAA 1LF1A 1JG9A 2WHKA 1F4HA 3OB8A 1C93A 3AFBA 1E73M 3W29A 5CZKA 3PZOA 5I23A 2WC3A 2VZVA 1AQHA 3AZSA 3VDCA 1B3WA 3EMCA 1OT1A 2YL6A 4F8XA 1BVNP 1JI1A 3RPMA 2EPMX 2VOTA 3FHQA 4EK7A 2CKSA 3AIVA 4ML4A 3VGFA 5C8BB 1UG6A 1HL9A 2CHOA 2WHLA 1GORA 1W1PA 4DUWA 1GQLA 1V3LA 4J3UA 3AIEA 2BFGA 3AXXA 4F66A 3UCQA 3VM5A 1W2PA 2A3AA 4L4OA 3MV01 2X09A 3AZTA 3MV11 1E9LA 5IFPA 2WC4A 5CGMA 4IPNB 4TTUA 2UY2A 1UWRA 4H2CA 4IISA 5BRPA 1EHAA 4AISA 2OYMA 2ZOXA 2WCGA 3W28A 4B15A 1HJSA 2W91A 1ISVA 1OWQA 4KRUA 4OOZA 1PX3A 3CZ8A 4YPJA 3VIIA 1NOWA 1J0KA 3I3DA 3CMGA 1IT0A 1W9XA 4Q22A 3WF1A 1V0KA 4XX6A 3AIQA 3ARXA 3MU7A 1W1TA 3N04A 2Y8KA 1MFUA 4JZ5A 1C8QA 2VZSA 2W67A 2GJRA 5A8PA 4WIWA 3MSGA 4HOWA 1Q6DA 3AICA 3VOCA 1JZ3A 2A3EA 5A8MA 1GZJA 2D20A 3VGBA 1GONA 4UTFA 1KGUA 3ARSA 3AZRA 1QBBA 1HKIA 3UR8A 3LPGA 1W3LA 3VDBA 3W26A 3WY1A 4CU8A 4JFWA 1TMQA 5IFTA 4XV0A 1UWTA 3K8KA 7CGTA 3PZVA 5D9MA 3W25A 4E2OA 3L4YA 3VX1A 4AZ7A 3L4UA 4QFUA 2GJPA 2E9MA 4MJ4A 4CD7A 1VFFA 1X6LA 2WVSA 1CXKA 2X0HA 5DF0A 2VURA 1VJZA 1GNXA 3OZPA 4Z2HA 4Z2LA 2WYSA 2V5CA 4J3XA 1US2A 1EH9A 5CLWA 1ISYA 1XSJA 1W9UA 5E70A 2GDUA 5AY7A 4DWSD 2WZEA 3FHAA 1TUXA 5CQ1A 4D6EA 4CCDA 3JUGA 1E6XM 3WMCA 1UQYA 2WVUA 1XCWA 4E8DA 5I3DA 4PMVA 2G3MA 4BA0A 1NARA 2F61A 3PTQA 1V3JA 4KGJA 2XGIA 2EPKX 1FH8A 3ARZA 3N9KA 1CLVA 4AD2A 3WH5A 3WD2A 1TVNA 2WKLA 1C7SA 5I79A 1ECEA 1AQMA 1UD5A 3VKKA 4GKLA 2CBVA 2YBTA 1E71M 3N12A 1BPLB 3VIFA 5A6BD 3ZJKA 1ISXA 1TZ7A 4ACZA 1QHOA 3RIKA 4H7VA 1WO2A 2D1ZA 2CHNA 1TA3A 3ARTA 5FD0A 1XH1A 3WQVA 5CGTA 2VX7A 1BGGA 1LJYA 2ZXAA 4UOQA 2BHYA 1VFMA 1K6AA 3OLIA 3ARPA 3AS1A 3M7SA 5HXMA 4W93A 3SCVA 3W24A 1UH4A 3BSHA 2JFEX 3WQ8A 3SIMA 5FOOA 3IJ9A 2ZUMA 1HJUA 1VIWA 4UCFA 2OWXA 1BAGA 1EDTA 2WVTA 2F2HA 4AD4A 1US3A 3A4XA 3VIKA 3AIWA 1C3FA 5CSYA 1WDQA 3WD4A 3DECA 4LX4A 3O9NA 4ACZB 3QOMA 4NRRA 1HVQA 5C70A 1EQPA 2AMGA 3NDYA 5HPOA 1UR8A 1TA3B 3BAIA 4W8BA 1XD0A 1HJWA 1V3KA 1H2JA 1KGWA 4W7WA 4PTVA 3KL3A 2UY5A 4YN5A 3OG2A 3SUSA 1H49A 2CIPA 3O6AA 1LL4A 2WWCA 2WMJA 3E1F1 4J7RA 2DSWA 2VL4A 4R27A 3L4ZA 1QW9A 2J7BA 3FY1A 4P7QA 2A3HA 3SCOA 3WL1A 4J3VA 4ZENA 1LG1A 2WC7A 1KQYA 1GOMA 1JYXA 1V02E 1UD6A 2CEQA 1JL8A 3BAWA 2MANA 2PI6A 5A6LA 1GUVA 3WBAA 3W6MA 1BYCA 1ODUA 1X1NA 2ZWYA 1J12A 3SCTA 4NZCA 2ZXQA 3NSNA 2VI0A 2GK1A 1M03A 4D1IA 1QHZA 4M29A 3GYCA 2PBOA 3WDIA 1GOIA 1XYFA 1B1YA 2EXOA 2YA2A 1EXPA 4MJ2A 3THCA 1B3XA 5HPCA 3ARVA 4URIA 1ISWA 1J0HA 4J3WA 1J11A 4KMQA 4IM4A 4JFUA 2W66A 4Y7EA 1PAMA 1TE1A 3CMJA 2PC8A 4B16A 5EB8A 3FN9A 3GH4A 4ZFMA 2D23A 5D9OA 1E3XA 2YDRA 5GNZA 1JXKA 4QDMA 4OIFA 5ABEA 4PMDA 1M01A 4Z2KA 4D1JA 3DHUA 3WN6A 1PPIA 2BHUA 1UA3A 2GK1B 3VIPA 3ZOAA 4N0RA 5A6MA 1J0YA 4K68A 4PCSA 4AZ5A 5I77A 3BCDA 5ECUA 1VBRA 5A1AA 3VGHA 4TUFA 3BMWA 2YL9A 2V5DA 2E0PA 1GVIA 4BS0A 4DUVA 5JIWA 4DUXA 3M46A 2QPUA 3A4AA 4M8UA 1E6ZA 3CHFA 1WE5A 4BQ2A 3CUIA 2XSBA 2FHCA 1OD0A 2G4FA 3BH4A 3GXDA 3AS3A 1QI3A 2J7CA 2EPLX 1ISZA 1MQPA 3RMEA 1FFQA 2VNCA 3WF4A 3I3BA 1V08A 3LPPA 2VZTA 5TD4A 3AMLA 4UR9A 4JFSA 5BXTA 5EFFA 2XIBA 2WMGA 3QHMA 1C7TA 5EMYA 1VENA 2QHAA 5KZ6A 1ZJBA 1LL7A 5M5DA 4GZEA 1FP9A 3NIYA 5FL1A 2D2OA 5CPTA 1R86A 4JFTA 3PZIA 4LXFA 2OYKA 2XFYA 3EDEA 1V6XA 2VX6A 1W91A 1OCQA 5JBFA 2QMKA 3TTOA 3WUGA 4NRSA 5I6SA 1NM9A 3AYSA 1XGZA 4OOUA 5BWFA 4X0VA 4MPKA 1HX0A 2DT3A 1DWGM 1UWIA 1GOWA 1C90A 4JAWA 3W4RA 3BAJA 1E1FA 4E4PA 2ZIDA 1E6PA 1QOXA 3AIRA 1KBBA 4NSBA 1GHRA 1WZLA 4E8CA 1A47A 1E43A 1OSEA 3CPUA 2XHYA 4FK9A 3S6TA 4WKHA 3L4TA 1KB3A 3WMBA 2O9TA 2FH6A 4W85A 3GM8A 5A6SA 3MSDA 3BC9A 1J9YA 4JHOA 1JFHA 4P8XA 1XD1A 2J77A 2O9PA 3ARWA 1GCYA 4ZEPA 1WKYA 2E9BA 1CIUA 1VB9A 4AIOA 4UOJA 3OA5A 4W84A 4UQ9A 4D6GA 2D0FA 1FFRA 1B30A 2DT0A 1ESWA 3CTTA 2OLHA 3AI0A 1UWUA 4PMUA 4FLOA 2XWDA 1BQCA 2PWGA 2XPKA 3K4AA 8CGTA 4OKDA 3PTMA 3AYRA 1RP8A 4PUEA 1M04A 1WDSA 2OWWA 1HIZA 1MVYA 4PMQA 4WSKA 4PMXA 3PZTA 3MMUA 1L0PA 5BRQA 2WMKA 3WQ5A 4P8UA 2J74A 3L2LA 2XGBA 1TG7A 3WFLA 1GVYA 1WCGA 1SMAA 1CXFA 1PX4A 5AYIA 5C71A 1MW2A 4CKQA 3SCQA 2WANA 4W8LA 4W7UA 1QI5A 1NWUA 4UOZA 1GQKA 3F5KA 1HJVA 1QI4A 3UESA 1W3JA 3WEMA 4W5ZA 3DYMA 5LA1A 2WWDA 3AS2A 4LYPA 2F8QA 4UQDA 2JIWA 4GI6A 3RCNA 1EQCA 2Z1KA 3AMKA 4BF7A 3WMSA 3ZJ6A 1CDGA 4CGTA 4UZUA 2XIIA 3G6LA 1E40A 2Y5EA 2VC9A 4AZHA 1UR0A 4C91A 5HDRA 1ZB5A 3EDKA 1K9FA 3WH6A 4CU6A 4MB3A 4U2YA 3TONA 2E8YA 4UFIA 1AVAA 1W3KA 1BG4A 3OGRA 2W61A 4PTMA 2OSYA 4FF5A 4AD5A 1W9PA 3IANA 4KH2A 1W1YA 5D4YA 4D6CA 1PJ9A 2YLAA 4A3HA 4ZE4A 4GQRA 1R8LA 2J7HA 1CGUA 2E40A 2RGMA 2V3FA 2Z1SA 3SUTA 1NWRA 4HZ7A 2VVSA 1MFVA 2G8ZA 6CGTA 2PF0A 4ZE5A 1ODZA 1UKQA 2PWDA 1BYAA 3FAXA 1IZKA 1EDGA 2XJ7A 4W87A 1VEMA 2VR4A 1K9EA 1N82A 1FA2A 2V3DA 2AOSA 3EMQA 3GBEA 3AMGA 1MYRA 1UKPA 4MDOA 3WNKA 2BS9A 4AD1A 1UKSA 3OZOA 5GNYA 1KCLA 3T0DA 4JCMA 3WFZA 1UWSA 3A6OA 1UR9A 4F9JA 4JHZA 2ZX9A 3ZQ9A 2YIHA 4RE2A 1TFVA 2WSKA 4XZBA 4BQ4A 3BGAA 4ACYA 3AIUA 3WNPA 2DT2A 3ZIZA 1XYZA 1HN1A 1R87A 2G3IA 3WD0A 1LLOA 3IAQA 4X9YA 1U2YA 2XFFA 2Y4SA 3GXFA 3M6DA 3WF2A 2FHFA 4U5KA 3RM9A 3APGA 1JI2A 1PIFA 4H41A 2VQUA 4CVUA 1UD4A 2WW5A 4J27A 2ZICA 3UG5A 4B3KA 4P8VA 6TAAA 3ZMRA 3POCA 5A95A 3II1A 4TXEA 4AXNA 1WDPA 3ECQA 5CG0A 1W3HA 1JD9A 4H8UA 1YHTA 1WZKA 2EJ1A 5A3HA 6A3HA 1R7OA 3POHA 4F9DA 1JAKA 1JNDA 1XH2A 4HMDA 4JKMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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