2VURA

Chemical dissection of the link between streptozotocin, o-glcnac and pancreatic cell death
Total Genus 232
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
232
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Chemical Dissection of the Link between Streptozotocin, O-Glcnac, and Pancreatic Cell Death.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 232
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2vurA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vurA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2vurA01
4V2XA 2XFYA 3MV01 3EDFA 4OUEA 4CVWA 3IJ9A 2CHNA 3WL0A 2VX6A 2E0PA 2MANA 5M17A 1V3LA 1XD1A 1GCYA 3WQ6A 5HXMA 1UZ1A 4CKQA 4UFMA 4ZE5A 2JEPA 3RM4A 5A95A 4JFSA 1GNXA 2WHMA 3RJYA 2QHAA 1C90A 2FHCA 3FY1A 1E4LA 1TFVA 4UQDA 3VO0A 1QI0A 3U5YA 1EIBA 2OLHA 1GUVA 1R7AA 5ABEA 2XSAA 4BA0A 3WNLA 2FH8A 2X0HA 4KRTA 4MB1A 4BF7A 4PCSA 2ZUUA 5ABFA 1J01A 2JIWA 1JAKA 1GOMA 1L8NA 2BV9A 1RH9A 1GONA 4JFWA 3CO4A 4BQ3A 2EEXA 3FAWA 1OT2A 3AXHA 2XVNA 1FFQA 2W91A 4MADA 4V28A 5DT5A 1H3GA 1NOUA 5IDIA 3WD1A 3KL3A 1CGTA 4GZEA 1NOFA 3QOKA 4QLJA 4C7FA 5ABHA 1AVAA 1PIFA 1XH2A 4EE9A 3AMGA 4OJYA 2E8YA 1LWJA 3ARQA 4AZBA 4MDPA 1JD7A 2ZXQA 2ZUWA 1OCQA 1Q6GA 2E8ZA 3W24A 1BHGA 3GYCA 3RIKA 4F66A 3IANA 3MUY1 4MB5A 3AYSA 3OGRA 2GK1A 4HMEA 2WAGA 3PZQA 5IHSA 2GDVA 3WH5A 4J3TA 1HXJA 3W29A 2FGZA 4W5ZA 5DT7A 3MS8A 1ZB5A 4DUVA 1MQPA 3SEPA 3PTKA 1EQCA 3W38A 2V38A 5CG0A 3BAJA 3AIEA 2BVTA 4GZJA 1QNPA 4B15A 3GBDA 5E6YA 3RDKA 4MJ4A 1UD8A 2DGAA 1SMDA 3WDQA 4GO8A 2OYKA 1AQMA 2BY2A 4UQ9A 4H04A 1GHRA 1W9PA 4FLSA 5ABGA 4HTYA 2YOCA 2J7BA 5I77A 4PTMA 2X8RA 3T2PA 3POHA 1CGXA 4UNIA 3WFLA 2VURA 1ODZA 1PEZA 3VM5A 2JF7A 2CIPA 1QHOA 1MVYA 3AMCA 3AJ7A 5HPOA 1NM9A 4AD2A 1JDCA 3CPUA 1OBAA 3WH8A 1JF5A 3EDKA 3GXIA 2XVLA 3CZEA 2VO5A 4LGXA 3CMGA 4DM1A 1EQPA 4GINA 4TX6A 1F4AA 5A8MA 4KWUA 2O92A 3PZOA 1ITCA 2EPLX 1FHDA 3BGAA 1H4PA 2D20A 2YDRA 1BF2A 4W8AA 5I5RA 2O9OA 1X6LA 1V0LA 5D9NA 3WD3A 2PWHA 1D7FA 1UKSA 4D6CA 1HJVA 4PEEA 4Q22A 3UESA 1PZ3A 1ZJAA 2J8FA 3VMOA 1C7SA 5FD0A 3I3DA 4B9YA 4CD5A 2WANA 1PX8A 2YL8A 3AIRA 3GXMA 2Y24A 3LPOA 4CU8A 1UKTA 1PZ2A 3WF4A 5A94A 3JUGA 1Q6CA 4MTVA 1UR8A 4AIEA 5A8PA 2A3CA 1K9FA 4OBSA 1XD0A 3WL1A 3OLDA 1E5JA 3WUEA 1JI1A 4W87A 1BG9A 2WMIA 3DC0A 2QF8A 2G8ZA 1U33A 2GJXA 3AHVA 1VBRA 1CLVA 3QR3A 4CD8A 1VIWA 2EPNA 1TR1A 1D2KA 1MFUA 4DWSB 3EMQA 2RGMA 3ZOAA 4JCLA 1SR0A 1VEOA 1H1NA 2Q8XA 1HIZA 2YLAA 5DO8A 1C3FA 4M82A 4PMUA 1US3A 2PF0A 1CIUA 2ZUNA 1UA3A 3GM8A 2WWDA 3EDDA 5KEZA 1EA9C 1Q6FA 4AW7A 1R86A 3T0DA 4C90A 3WH7A 2Z1KA 4CVUA 2BXZA 1KB3A 3OG2A 2WPGA 4M81A 3WSUA 1G1YA 3MUZ1 4JCMA 3POCA 3WDPP 2ESCA 5GNXA 4D6DA 4PMYA 2VRKA 4P8WA 1XSKA 4HMDA 1UR1A 4JZ5A 2CITA 3AHZA 2YLLA 2XG9A 6A3HA 1NOWA 4CUCA 2DPEA 4ATWA 4B3LA 1V3MA 1J9YA 3EBVA 5ECUA 4D6HA 5BXTA 1QPKA 2VCCA 1DWFM 4AY1A 1VF8A 4J3VA 3CHEA 1LWHA 1OSEA 2WLZA 3ARRA 2VNCA 1M01A 4OOZA 3AZTA 3SUTA 1L0PA 2E9MA 3WH9A 3K8KA 1GW1A 3K8LA 5AYIA 4ZXLA 4ACZB 4TVUA 3DYPA 4PTXA 3L4XA 4UCFA 4DWSA 2DDXA 2BS9A 2NT0A 4H8HA 3UERA 4OKDA 1EGZA 3SIMA 1JZ7A 2O9TA 4D6JA 1C8QA 2WVTA 1CECA 4P8VA 5HOSA 5FL0A 3PHAA 4LYPA 3VDCA 3ZM8A 1TVPA 1QI4A 1W9UA 1P6WA 3AZRA 5FCZA 1V3JA 1VFUA 3GNPA 1SMAA 5CSYA 5A6BD 2D3NA 1KR0A 4EANA 3N13A 1X6NA 2GUYA 1J12A 2E40A 5I23A 1UWSA 1WZAA 3WMBA 1UQYA 2WSPA 4B3KA 1E71M 4MB4A 4M56A 1MQRA 3TP4A 3WQ8A 4ZXOA 1XH0A 4B16A 1B0IA 4P7OA 4U3CA 1W2PA 1UWUA 3A3HA 5FKYA 1PPIA 1W9XA 4NF7A 1MW2A 2CBUA 3NIYA 4H41A 1ZU8A 1QNSA 4RE2A 3CHFA 2DH3A 2W92A 4GI6A 4PUDA 3II1A 7CGTA 3N11A 4JKMA 1UR0A 4ACZA 2JALA 2X1IA 3UG4A 4A3HA 4CD7A 1E0VA 3T0AA 1ISXA 1H11A 5E70A 1JGIA 1KCLA 1E6SM 2JE8A 3DHUA 1KR1A 1UOKA 1E73M 3SCRA 5D8WA 5IHRA 2A3HA 1DEDA 1DP0A 4RE3A 5A6MA 2D0HA 2V3DA 3UG3A 2J62A 1EO7A 4HPHA 3ZT7A 3LPPA 4X0NA 2WCAA 3OBAA 1OGGA 4AZ5A 1EO5A 3PZVA 2PWEA 4J3SA 1QNOA 3OB8A 1TE1A 4H8VA 4NSBA 4PYSA 5LYRA 4TVCA 1S46A 4W85A 1E15A 1HP5A 3PZUA 2NW0A 2HISA 4CCCA 3OGVA 4FLRA 1CPUA 4AEEA 1C93A 4PMNA 1JZ8A 1NARA 4IPLA 2WM0A 1V0NA 5A6AA 4HOXA 3VDBA 1J0ZA 2YL5A 4BQ2A 4K68A 1UKPA 5A8QA 1VAHA 1EHAA 3VU2A 1ZBVA 4W84A 1GJUA 5BCAA 1E55A 3GDBA 1LL4A 4WK9A 3AFBA 3F5KA 3VD4A 2XGIA 3AHYA 3ZT5A 1Q4NX 5D9MA 2VR5A 1EXPA 2ZIDA 4HZ6A 4P8UA 1H5VA 5M5DA 1C8YA 6CGTA 1CNVA 5A69A 1V02A 1CGWA 1WB0A 1GQKA 2BHZA 2D22A 3HU7A 2CCRA 1E6PA 4QLLA 4HZ7A 1E6RA 3CUIA 2WSKA 2VX7A 3AZSA 1LG1A 4BCEA 3EDEA 3PTQA 3W37A 3TONA 3WD2A 1J0KA 4JFVA 1OM0A 1C7TA 5JIPA 1FH7A 3L4ZA 2J7EA 2J7CA 3T2QA 1XCXA 1H41A 2NSXA 1VJSA 4L4PA 2BFGA 1FP9A 4HU8A 2FDMA 2VTFA 5LA2A 4OIFA 5CPSA 2AOSA 1UH2A 4D6FA 4R27A 3WY1A 2WK2A 4NI3A 1PBGA 3AISA 2VZSA 2OYMA 1OIFA 3BSGA 2BHYA 3B9EA 4Z2IA 4ZFMA 3VD9A 1VJZA 1UA7A 4EAMA 4PTWA 1AQHA 2WW5A 5EBAA 3VIIA 3WIJA 1B3YA 1J0YA 1E4MM 1TA3A 3DECA 2W66A 1B3XA 1MW1A 4AZIA 1IT0A 4CU6A 4FK9A 1E1EA 5I79A 1DWJM 2PI6A 4MAZA 3UR7A 3OLIA 3GH7A 2UY5A 3N9KA 2E4TA 3BSHA 2D2OA 3CZ8A 1W3LA 3NCOA 4DM2A 5CGMA 2VZUA 4UR9A 4GI8A 3I3EA 3U7BA 3THDA 4WKHA 3M46A 1N82A 5A6JA 2DEPA 3ZO9A 3BLKA 1XSIA 2WC4A 3KZSA 1JYVA 1DWGM 5CLTA 1PX3A 3ZJ7A 1IV8A 1K9EA 1E0WA 1R7OA 3WN6A 1W3KA 1V03A 1CGYA 5A6SA 5BROA 4CN4A 1C92A 4NZCA 5CGTA 2V3EA 3CHDA 2VX4A 1GORA 2D23A 1M03A 1CXEA 2J4GA 4PBGA 2VX5A 3BAWA 4AZ6A 2FHBA 1JYXA 2CESA 2J74A 1ISYA 5F7UA 3BCFA 1HVQA 4QFUA 2W5FA 2VVSA 4B9ZA 3WMCA 1JNDA 4J3UA 5D4YA 3FXYA 2ZX5A 2A3AA 4LQ1A 4NRSA 3VIGA 5CXPA 4F9DA 4Z2GA 4TXEA 5A8OA 1HVXA 2VVNA 5AYBA 4UOQA 4AYSA 4D6IA 3BH4A 5I3DA 1PJ9A 4OBRA 2BY0A 2VRQA 3J7HA 1H09A 3VD5A 3BAYA 3K1DA 5DMYA 3AMLA 3O6AA 3QHMA 1J0HA 2CBVA 1JG9A 3TOPA 5A6KA 1UKOA 1D3CA 3K8MA 2V5DA 1JYWA 1W1PA 2EPKX 2WKLA 1B31A 3MMWA 4QCFA 5A2CA 5A3HA 2QMKA 2YA1A 3ARTA 4HZ8A 2WCGA 4MNLA 1V3KA 3CIVA 2WZIA 5A2BA 5HPCA 2WVVB 4YN5A 1Q6DA 2VZTA 3VOCA 2UY4A 2VQUA 3VM7A 3VD3A 2CKSA 4C91A 4CCEA 2W61A 2XM1A 3N12A 3W25A 2VOTA 2WBGA 4N42A 5D9OA 3W53A 4WSKA 1LG2A 2CBJA 2C8NA 2VZOA 4QP0A 3WKZA 1QI3A 4QAWA 4J27A 4CCDA 4W8BA 4CU7A 3N04A 2F8QA 5EMYA 2A3EA 1EDGA 4AZGA 1HP4A 1KXTA 1W1VA 4MNJA 2J78A 4GO9A 1OD8A 5BXRA 1V08A 1JFHA 1HKIA 1W9DM 3CUFA 4GQRA 2QLYA 3BAKA 3U5UA 1W3JA 1UR4A 3VIJA 9CGTA 3SCNA 5JBEA 1WP6A 3ARXA 5FOOA 3GZAA 1E3XA 2XTKA 1MQQA 5A6LA 2A3BA 4JL1A 3UCQA 1JYNA 1HKKA 5AC4A 3FW6A 3BLPX 4Y7EA 1UR9A 2WZEA 1GVYA 3TA9A 5GNYA 1US2A 1DTUA 2AMGA 1E6XM 3WF1A 2WKGA 2CYGA 3CUHA 3NDZA 3T09A 3KE0A 3AHXA 2D0FA 1EDTA 2D24A 1E56A 1LL6A 4MAVA 3WBEA 8CGTA 3F5LA 1EDQA 2EJ1A 3BAIA 4W89A 3NSMA 1FH8A 3VGBA 3WD0A 1VENA 3GNRA 5D9PA 1HKMA 2DSZA 1V6UA 3MANA 5CLWA 1AQ0A 2HVMA 3CZGA 3QHNA 2J79A 2XPKA 1CXKA 2OWXA 3KEHA 1B3ZA 1BYDA 2ZX7A 3KL0A 4M29A 5E0CA 3O9NA 1DWHM 1JF6A 3DYOA 1FH9A 2ZE0A 1LQ0A 3VGGA 3L2LA 2GJPA 1GOIA 3WQ5A 1CZ1A 2G3NA 1JZ5A 3SCPA 4OOUA 1K9TA 3AMKA 4ZENA 2EBNA 1CXIA 4JIEA 4ZEPA 5C71A 4QDMA 1W9BM 4XUYA 3K4DA 1UH3A 1BG4A 1E40A 3W28A 1OINA 3VGEA 2XUCA 5HBFA 4U31A 4AMCA 1TCMA 4WSJA 3NDYA 1QNQA 2Y8KA 2GJRA 3WFZA 1R87A 3ARSA 4U3AA 2XIBA 5I0DA 2XWDA 2WMKA 3ARWA 1HL9A 3CTTA 2JEQA 4BQ4A 4JFUA 3SCTA 3WQVA 3EDJA 1WPCA 4MNKA 2VT0A 3W6MA 3MMUA 3CH9A 4E2OA 1UYQA 2DIJA 2E9LA 3RPMA 2EXOA 3A4XA 3AMDA 2AAAA 4JKKA 2BY1A 3W82A 1VFFA 4XX6A 1W9VA 3UR8A 2PBOA 2OYLA 3VIPA 1EH9A 4C7GA 4DWSC 1CLXA 5BRPA 1R8LA 1SYTA 3NYDA 4U5IA 3VIHA 4HA1A 5CJ5A 4AIUA 1JFXA 3NSNA 1E72M 4BS0A 4C7DA 3VGHA 2WMFA 4UFKA 1FP8A 4TX8A 4AEFA 1H0IA 1DHKA 3VUPA 3I3BA 4W8LA 1B2YA 3ZJ8A 4AD5A 2ZX8A 5I24A 3DHPA 3AYRA 2PWDA 2GDUA 2DT2A 3VKKA 3ARPA 3VVGA 1E5NA 1XSJA 3QOMA 4IUGA 2OSWA 1UD4A 2WBKA 1UG6A 3WUGA 1B90A 4UZSA 4GXPA 4PSPA 1PX4A 1V6YA 3AXXA 1NQ6A 1FA2A 3PZGA 2V5CA 3T0BA 5BXSA 1KGUA 3SUVA 4URIA 3BMWA 5IFTA 2J8GA 1G0CA 4PMQA 4TUFA 1J18A 3L4WA 1RP8A 5JBDA 2YBTA 1WAWA 3SCUA 3TTSA 1KGWA 1NP0A 1ISVA 2C7FA 3WF0A 4YHEA 4E8DA 2YIHA 1NWUA 3LPFA 3AS0A 1AMYA 3OIHA 4CGTA 2X05A 3QHOA 2PB1A 3QGVA 4M24A 4FLOA 1OT1A 2Y8VA 1G01A 1PAMA 1QOXA 2CHOA 2O9RA 4IISA 4MNMA 2WZHA 3L4YA 3WBAA 3WENA 1V6XA 2D1ZA 1GPFA 1E6ZA 2IXVA 5A6BA 1B9ZA 3THCA 1KWGA 4H2CA 3GXDA 2WC7A 2WMGA 2UY3A 2XJ7A 4CN1A 3RM8A 1RD6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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