2VURA

Chemical dissection of the link between streptozotocin, o-glcnac and pancreatic cell death
Total Genus 232
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
232
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Chemical Dissection of the Link between Streptozotocin, O-Glcnac, and Pancreatic Cell Death.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
total genus 232
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2vurA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vurA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2vurA01
4JL2A 3VDHA 2D3NA 1Q6EA 3U5UA 3OGVA 3VO0A 4CN4A 4LPCA 1W32A 4CU8A 4X9YA 2G41A 5EB8A 1CYGA 1GUVA 3WKZA 4J27A 1VJSA 4MTVA 1C91A 1H49A 3I3BA 1CXHA 3K4AA 4H2CA 3U7BA 1GQJA 3KEHA 3K8MA 2J7DA 1E6XM 1PX4A 2WMKA 3AMKA 4AIEA 3RMEA 3WD1A 4W89A 3G6LA 3TP4A 2MANA 1FFQA 1UD3A 1UWTA 3OLEA 2WYSA 1E5JA 1KR1A 2BVYA 5CQ1A 3WNPA 4XX6A 5HOSA 1U33A 3CO4A 3AIQA 4P7NA 4H8HA 2YDRA 1SMAA 3M07A 1VBUA 1ZJAA 1HL8A 1EXPA 1L0PA 3EDKA 5A6BA 2DSZA 2ZE0A 4DWSB 1W1YA 1DEDA 3D5HA 4P8UA 3EDEA 5M3WA 1AMYA 4A4AA 1KWGA 3BCDA 1UD2A 1R7AA 3ZR6A 1CLXA 1EA9C 2O92A 3WDQA 1NOFA 1BF2A 2Z1KA 1PX3A 1MFVA 1D7FA 4UZSA 2J75A 3WH5A 4JFWA 4P7QA 3W37A 1E6QM 2W91A 1CPUA 4BQ3A 3VILA 1CXIA 1H11A 2QV4A 3TOPA 1JDCA 3A4AA 2X0HA 4LYRA 3L4VA 1V3JA 2J62A 2CXGA 3CTTA 3NCOA 3VMPA 2A3HA 4BQ2A 1J0JA 3WFLA 2WMFA 1MFUA 1GOQA 1DWFM 3WD3A 4ACZA 1JZ4A 1HJSA 4DUXA 1IT0A 3M46A 1OSEA 2ZUMA 1HIZA 1G1YA 2XG9A 3AS1A 3BLKA 4TOQA 4BQ4A 5A6MA 2ZWZA 2VX7A 1TUXA 1V6XA 2EO7A 1EQPA 5A8OA 2VX6A 1SR0A 3CUGA 3K46A 4Z2GA 3WBEA 1UYQA 3WQVA 3AXHA 1WZAA 1GW1A 3ZO9A 4CD6A 3WD4A 1V02E 2EJ1A 3VGGA 3AZSA 1QI4A 3VGFA 5E09A 5IHRA 4XZBA 3G6MA 3PZ9A 3W0KA 5A3HA 3WDRA 4DM1A 4B3LA 3WL0A 3EDFA 1HJVA 3ZR5A 1VEPA 2OWCA 3NJ3A 3A6OA 1JD7A 1E0WA 1CIUA 3EBVA 3UEQA 2GK1B 1H41A 4C7GA 4PCSA 4P8VA 5JIWA 1WDPA 4C7DA 2XHYA 2C7FA 1MVYA 2BHUA 1JGIA 3BH4A 4AZCA 1BGGA 1K9EA 5A8NA 3WNKA 4ZE5A 5I23A 4HMDA 1F4AA 1QNPA 1Q6GA 3BAWA 2UY3A 3WD0A 1WPCA 2WANA 2DSVA 1KB3A 3AMCA 4BS0A 1FHLA 2ZIDA 4HZ7A 4J3SA 5ABGA 1C8XA 1FP8A 2D3LA 3F5JA 4D72A 3VGBA 3WNLA 3B9AA 4HMEA 1O6IA 1E72M 3SCOA 1EGZA 2YLAA 5E6YA 5E70A 4HOXA 2VX4A 4F79A 4JFTA 1J0ZA 2IXVA 2XVNA 3WUGA 2D23A 5LA2A 3W28A 4MDPA 4CU6A 2BHZA 4UOQA 1G5AA 4PMRA 4W87A 3ZT7A 3GZAA 1J18A 2G3MA 3UR8A 3WMCA 3PZVA 2WWDA 5D9OA 1AQHA 4CCEA 2GJXA 3ZQ9A 5FD0A 1UKSA 2OSXA 1C3FA 3WNNA 4JCLA 2E9BA 5HBFA 2W62A 1BHGA 1J0YA 4MB1A 2FDMA 3BAKA 4IUGA 3AI0A 3FW6A 3VUPA 1V08A 3FNDA 4AY1A 3PZIA 3THCA 3WQ6A 3CHCA 1JZ3A 3VU2A 3SIMA 3AS0A 4MJ4A 1HJXA 2VCAA 4U2YA 4AEFA 2ZXBA 2O9PA 3BAJA 1OD8A 1NWTA 3SEPA 3VD5A 5KEZA 5HDRA 1GHRA 3CZJA 4TVDA 5D8WA 2AMGA 4FF5A 2VTFA 1W1PA 1ODZA 5TD4A 3W53A 3OGRA 4UFKA 4MAZA 4D6HA 4CN6A 5BWFA 1LLOA 1KXHA 1NWUA 4AIOA 1VB9A 5I2UA 1GQKA 3N15A 2W61A 4HTYA 3EYPA 3RJYA 4TTGA 2ZXAA 2WC7A 4PUEA 4D6JA 3WY1A 2BY2A 4H8VA 4UQBA 1UR0A 1QI0A 3WNOA 3KWXA 3BLPX 3ARXA 1NOUA 5F7UA 3IAPA 3B9DA 4OOZA 4M82A 3TA9A 4EAMA 1C90A 4J7RA 1CGYA 1MQRA 2BY0A 3WUFA 4ZXLA 1AQMA 3AHVA 4BCEA 4F9DA 2WKGA 1NQ6A 2D2OA 2JEQA 5A6LA 3RCNA 2WLYA 1E6NA 1PZ3A 2BXZA 1M03A 4JKMA 1KFWA 2WLZA 5CPQA 2VURA 1E71M 4PBGA 1OT2A 3W24A 3CLWA 2BV9A 3VINA 3ZJ6A 4DUWA 2YA2A 5DT5A 3ZT6A 1BYAA 3AJ7A 2Y2WA 3VGEA 1R87A 1BSIA 2DSWA 2WC3A 2G3JA 3CUHA 2E8YA 1BTCA 3N18A 3CGTA 3GH7A 3AQUA 1MXGA 1I1WA 4UQ9A 1UH2A 4YPJA 2VR4A 1NM9A 4JKKA 3QOMA 3WH8A 2A3CA 3OBAA 2Y8VA 2W67A 2CPUA 3WQWA 3F5KA 5A94A 3ZJKA 1GOMA 5ABFA 1GORA 6CGTA 5A6BD 2JFEX 3L4YA 1ISVA 1HT6A 1KGWA 4U5IA 4DUVA 1SMDA 3ARSA 2WMGA 3ZT5A 4AD4A 3WSUA 1B3XA 1RPKA 3SUVA 2GVYA 2YKKA 3VMNA 5D8ZA 1HJWA 5AC5A 5BXTA 3SCRA 2PBOA 1JI2A 4L4OA 5I0DA 1V3KA 4R27A 2DQXA 4AD5A 2VI0A 2WXDM 1OWQA 3FHAA 2DPEA 2UY5A 2D0FA 3N11A 1G0CA 4PSPA 5I24A 3BXWA 4UCFA 3NUKA 2UY4A 3B9EA 4MDOA 5D4YA 2CIPA 3AMGA 2FHCA 1WDRA 3WBAA 2D24A 2WK2A 1K9TA 4GZJA 4MADA 5A6JA 1QPKA 3ZJ8A 4CU7A 4MJ2A 1B90A 2V38A 1EQCA 2YA1A 2WPGA 3VD7A 5CXPA 4E8DA 3VTRA 3SCNA 4S3KA 2VQTA 2QF8A 3IK2A 3KL0A 5LA0A 3N9KA 3EDDA 5BCAA 1ZBCA 1W9PA 4B15A 1UA7A 1JYWA 3VX0A 3IANA 3AIUA 4CVWA 4C91A 1FOBA 4JCMA 2VO5A 4QLLA 4B3KA 1OGSA 4KGLA 3L4ZA 3GBDA 3CUJA 2D0HA 3GXMA 4AYSA 5CGTA 2XWDA 1O7AA 1H0IA 1OGBA 5BXPA 4N42A 3OA5A 2X0YA 2XM2A 5KZ6A 3N04A 1LG2A 1FFRA 4J3TA 1E73M 3ECQA 3VVGA 1V3IA 1QW8A 1GJWA 4RE4A 1FH7A 4RL3A 3RM4A 3GM8A 1CENA 1UWIA 3MUY1 3PZUA 1XH0A 2PWFA 2UWFA 2XFFA 3QHNA 3VIJA 5IFTA 2VUYA 1EHNA 3KZSA 3I3EA 2WZHA 2GDVA 5CSYA 2YDQA 5LA1A 1E1FA 3ALFA 1KR0A 1JF6A 3W6LA 1BYCA 2AOSA 5EFDA 3WH9A 2XFRA 1JZ6A 3VD3A 4KH2A 4UTFA 5FCZA 2WWCA 1PJ9A 3IJ9A 1JYNA 1E4NA 1GVIA 2YLLA 1W3LA 5I3DA 3T2OA 1XYZA 3PBGA 3N17A 1QHOA 1VRXA 5FL1A 4AW7A 5BYWA 3RPMA 5A2BA 1UQZA 3VOCA 2WHLA 1E15A 2O9OA 1OBAA 3KE0A 4DM2A 1XYFA 4UFHA 4HU8A 4WF7A 1W9DM 1W3JA 2QPSA 1UKTA 1CTNA 4PUDA 3ZMRA 2BS9A 1KWKA 1QNRA 1UR4A 4UQDA 1CGTA 3U7VA 3NDZA 1OINA 1Q4NX 1BLIA 4H8UA 1C8YA 2W66A 3VDBA 1Z32X 3WDJA 4N0RA 1UR9A 1XHGA 1HKJA 4FLOA 4WK9A 4W84A 2V5CA 4EANA 2V3FA 2WM0A 3CMJA 1WZKA 1C7TA 2HISA 4AZ5A 3MUAA 3ZIZA 4V27A 3ARZA 2YA0A 4JZ5A 4F66A 3BSGA 4AZHA 1BAGA 5ABHA 1RP9A 1JNEA 4CD7A 3SCVA 1VEOA 2W63A 1CBGA 3VIFA 1FA2A 2EXOA 2XGBA 3AZTA 4XB3A 3WF1A 1U2YA 1OM0A 3J7HA 3CHEA 2DH3A 1Q6FA 4H7VA 2JIEA 2ZUVA 1E1EA 1LJYA 2B31A 2PF0A 3AISA 3VDAA 1CZ1A 4B9YA 2BVDA 1H1NA 2CESA 2HVMA 3BMWA 3AIWA 3CUFA 1WE5A 3MV01 3PTKA 2PB1A 1IZJA 4TX8A 1TE1A 3F5LA 1UD8A 1QNQA 3DC0A 2AAAA 4ZXOA 2WHMA 5A6KA 4JL1A 3CZEA 4AZ6A 2V5DA 3L4XA 1BG4A 5E9AA 4C90A 2WMHA 3AFBA 1V6WA 1A47A 1EO7A 4TXEA 3WENA 2XVKA 1B31A 3VMOA 3GYCA 1UHVA 2JEPA 3LMYA 4IISA 5JBEA 4J3WA 1BYDA 1R86A 1G94A 3PZOA 3EMZA 6A3HA 1CXLA 4P8WA 3KL5A 2J7HA 4JKLA 3RM8A 3AICA 1JFHA 1HKIA 5GPRA 3W82A 2J4GA 3QHOA 3TTYA 4ATLA 2ZUUA 2F2HA 3VD9A 3AIEA 2J7EA 3APGA 2D0GA 1GOWA 2DT2A 1J0IA 4Z2IA 4J3VA 2XJ7A 1HN1A 5M5DA 4XV0A 2GSJA 3WUBA 4AZCB 1RH9A 1GVYA 1UZ4A 1VFOA 3QHMA 2CBJA 1R85A 5FIPA 4DWSA 3MMWA 1I75A 5M17A 1JNDA 2ZX6A 4WKAA 1W9UA 3SUSA 4IM4A 2F8QA 4M56A 2WBGA 2A3AA 5AC4A 1HKMA 4LYQA 1WZMA 1ZBWA 1JL8A 4PSRA 1KGXA 4X0VA 1BFNA 2XVLA 3CHDA 1Q6DA 2QMJA 3ARVA 2X1IA 3SUWA 1US3A 3UG3A 1HF6A 3VIOA 2XPKA 1UUQA 2EPOA 4FLQA 3PTMA 1KGUA 2Z1SA 4KRUA 1NARA 1JIBA 1MW0A 4E4PA 2C0HA 3T09A 1BVNP 2VZUA 1JG9A 1G01A 2WCAA 1V0KA 1UQYA 1V6VA 4Q7NA 3T08A 2VRKA 1E3ZA 1JAEA 3CZGA 3L4TA 4PMUA 4TUFA 5C70A 4ATDA 4QP0A 5A95A 5JIPA 1ITCA 1GZJA 1E9LA 2BXYA 4QDMA 4D6IA 2WVUA 3MV11 3A3HA 5A1AA 2WMIA 2WNWA 2NT0A 4J3XA 1WCGA 4W8LA 1LL4A 3GH5A 3VIKA 3VIGA 4KRTA 3DHPA 3OG2A 1E6ZA 3M7SA 1GOOA 2VRQA 1XSJA 4AZGA 2F61A 3LPOA 3K1DA 1DTUA 2DH2A 1MXDA 3PTQA 4AZ7A 2XSBA 2Y8KA 5E0CA 3U57A 4CUCA 4TVUA 1J0HA 4S3JA 2EEXA 5EMYA 2DT1A 1J0KA 1ECEA 1TA3A 1CDGA 4JIEA 5JBFA 4UFMA 5A2AA 1C7SA 5I77A 1E56A 2XGIA 4HZ8A 4M1RA 2WZEA 1AVAA 3AS3A 2W4XA 3MANA 1E6RA 1CECA 1UH3A 1HKKA 4WJXA 3RDKA 5E6ZA 4CD8A 2TAAA 2WVVB 3W25A 4Y7EA 1MQQA 4W7WA 2W92A 2CNCA 1R8LA 4QCFA 3OLIA 3WDIA 1KXVA 1E43A 2DGAA 1HP5A 3WNMA 3VM5A 3MSGA 1GHSA 2OLHA 4A3HA 3W27A 2XWEA 1PZ2A 4Q22A 2VVNA 1KBKA 1CGWA 1HJUA 2A3BA 3EDJA 2E0PA 3MSDA 4KWUA 1EOKA 5I78A 2WZIA 2DIEA 3L2MA 5CZKA 4QLJA 4AD1A 3WH7A 1FH8A 2VCCA 3WQ5A 1NOWA 4OBRA 5HPOA 3MO4A 2YL5A 2V3DA 3A4WA 1EIBA 1QI3A 1OB0A 3VD4A 3SCPA 3TTSA 4GO8A 4MNKA 4AD2A 1GPFA 4CD5A 4D1JA 5CSUA 4PTXA 4W85A 1MW1A 3MMUA 2VRJA 3W38A 5CJ5A 1XH1A 3WQ8A 3T2PA 3CZKA 2ZX7A 1QHZA 2NW0A 1W3HA 4B9ZA 2BVTA 2ZICA 3VGHA 1WP6A 3CZLA 4MNJA 4AIUA 3CH9A 5A6AA 2DDXA 4NI3A 2XVPA 2VZTA 4B16A 4H41A 4OZOA 5ABFB 3VDCA 3WH6A 3DECA 1QI2A 4PMDA 1M7XA 1W91A 5FOOA 1W9BM 2XUCA 3UG5A 3AROA 2VMFA 1B3VA 4HA1A 3AHTA 1B3YA 1XC6A 2XYLA 4BA0A 3TTQA 3K8LA 8A3HA 1H4PA 3TONA 1W2PA 3SCTA 3THDA 3EMQA 1CNVA 4OKDA 3WEOA 1MWOA 2O9RA 1WNOA 4LYPA 1H09A 1W3KA 1HVQA 1VFMA 4GZIA 2WHKA 2G8ZA 4MNMA 5HPCA 2D22A 2J77A 2G3NA 3CBWA 2GJRA 4D1IA 2FGLA 4AISA 3SCQA 2BNJA 2OWXA 3L4UA 1UD5A 4JHZA 2EPNA 4GIAA 4UFJA 4W88A 7A3HA 2ZX9A 1G9HA 1ISXA 2CBVA 3L4WA 2VC9A 4JAWA 1LWHA 1K6AA 3ZM8A 1LF1A 2EPKX 4U3CA 5FL0A 3WMBA 5IFPA 7CGTA 1E4MM 1KQZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4JL2 A;  3VDH A;  2D3N A;  1Q6E A;  3U5U A;  3OGV A;  3VO0 A;  4CN4 A;  4LPC A;  1W32 A;  4CU8 A;  4X9Y A;  2G41 A;  5EB8 A;  1CYG A;  1GUV A;  3WKZ A;  4J27 A;  1VJS A;  4MTV A;  1C91 A;  1H49 A;  3I3B A;  1CXH A;  3K4A A;  4H2C A;  3U7B A;  1GQJ A;  3KEH A;  3K8M A;  2J7D A;  1E6X M;  1PX4 A;  2WMK A;  3AMK A;  4AIE A;  3RME A;  3WD1 A;  4W89 A;  3G6L A;  3TP4 A;  2MAN A;  1FFQ A;  1UD3 A;  1UWT A;  3OLE A;  2WYS A;  1E5J A;  1KR1 A;  2BVY A;  5CQ1 A;  3WNP A;  4XX6 A;  5HOS A;  1U33 A;  3CO4 A;  3AIQ A;  4P7N A;  4H8H A;  2YDR A;  1SMA A;  3M07 A;  1VBU A;  1ZJA A;  1HL8 A;  1EXP A;  1L0P A;  3EDK A;  5A6B A;  2DSZ A;  2ZE0 A;  4DWS B;  1W1Y A;  1DED A;  3D5H A;  4P8U A;  3EDE A;  5M3W A;  1AMY A;  4A4A A;  1KWG A;  3BCD A;  1UD2 A;  1R7A A;  3ZR6 A;  1CLX A;  1EA9 C;  2O92 A;  3WDQ A;  1NOF A;  1BF2 A;  2Z1K A;  1PX3 A;  1MFV A;  1D7F A;  4UZS A;  2J75 A;  3WH5 A;  4JFW A;  4P7Q A;  3W37 A;  1E6Q M;  2W91 A;  1CPU A;  4BQ3 A;  3VIL A;  1CXI A;  1H11 A;  2QV4 A;  3TOP A;  1JDC A;  3A4A A; 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