2VVNA

Btgh84 in complex with nh-butylthiazoline
Total Genus 245
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
245
sequence length
712
structure length
648
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINFRLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Potent Mechanism-Inspired O-Glcnacase Inhibitor that Blocks Phosphorylation of Tau in Vivo.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 245
structure length 648
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2vvnA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vvnA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2vvnA01
3OZPA 3WDIA 2VJXA 2YJQA 4ML4A 3A6OA 3SUUA 5A6BD 3WH6A 1B2YA 3WMBA 1HJVA 2WMIB 3CBWA 3EDFA 1XSJA 3GBDA 2X2YA 1TVNA 4A3HA 3DYPA 4U2ZA 2WVVA 3VIMA 3AHZA 2NT0A 3ALGA 4Z2KA 1JD7A 2EPOA 1E4LA 2Y5EA 3ARWA 3IK2A 1C7SA 5LA2A 4BQ3A 4AD3A 4EKJA 1VFFA 3LPFA 4V28A 2VMFA 4Z2GA 1W2PA 2QLYA 2WC4A 3ALFA 3WUFA 1H0IA 2WZHA 1W3LA 2ESCA 3S6TA 1L0PA 5CJ5A 2QPUA 4KGJA 3SCNA 5A3HA 1K6AA 3L4ZA 3VGEA 5JUVA 1ISVA 1MW3A 5HDRA 4NF7A 2WKLA 4UQ9A 1GOIA 4MNLA 5BXRA 3BCFA 2JEPA 1JYXA 4TVUA 3K46A 2WYSA 1WO2A 3L4TA 3BAKA 3CUFA 3CZJA 4HOXA 1JXJA 3WKZA 1MXGA 4J27A 1GOKA 2FHCA 1W9UA 4GZEA 4D6HA 3PZTA 4U33A 1VJZA 1US2A 2GJRA 4PMOA 5CLTA 5AC5A 5FKYA 1UA3A 1XH1A 3VTRA 3A47A 3VPLA 2VCBA 4PSPA 1WZKA 2WZEA 1W1YA 1UKOA 2XVPA 3WD1A 1RPKA 1VBRA 3SCOA 3UR8A 3OGSA 2C8NA 1E0WA 1E72M 3QHOA 5A6SA 3T0AA 3D5HA 1GOQA 2FH6A 3F4VA 2D0FA 4CD7A 3T0BA 2PC8A 1E71M 4RE3A 2WKGA 3U5UA 4TTUA 4CN1A 1HX0A 2PB1A 1MXDA 4FF5A 3WUGA 1SFSA 3QHMA 4AD4A 3NJ3A 3POHA 1ISZA 3KL5A 3MKKA 1JZ4A 1OGGA 3ZT6A 3GH4A 1EXPA 4QCEA 2XVKA 1UR9A 2VVNA 4AYSA 3AIVA 3WQVA 1EOKA 3MV01 2XFFA 4PTXA 1V03A 4KH2A 3ARVA 2GJPA 4CCCA 3EDJA 5M3WA 2WMHA 4CD6A 4TUFA 3W6MA 5C8BB 1C3FA 1CGUA 3KE0A 2BY3A 1HN1A 1C90A 4Q7NA 4CUCA 5M5DA 5AYIA 1VBUA 2DIEA 4S3JA 3VINA 1ZB5A 4DWSC 4CU8A 4X0NA 1UR0A 1E6ZA 3KWXA 4W85A 1B3YA 3GBEA 1E6XM 1CGYA 3K8LA 3IAQA 2EEXA 3WNNA 1J0IA 2ZUSA 4CVUA 3KEHA 1UWUA 3W25A 3AMLA 4ACYA 1CGVA 2YKKA 1E0XA 2WANA 2TAAA 1VB9A 4PN2A 2PWGA 4MB4A 2VUYA 2PWFA 4CCEA 2BHZA 4P7NA 1EDGA 1TCMA 3G6LA 3BAWA 3ZR5A 2VZTA 3OA5A 1LJYA 4QLJA 5DT5A 1BVZA 2G4FA 3WDRA 2GVYA 1V6VA 4A3YA 5ABEA 1E3XA 2UY5A 3W37A 4AZ6A 3GXDA 2WCGA 1H1NA 4MNKA 1B30A 4BQ5A 4E8DA 1J0ZA 3PZGA 2XIBA 4R5EA 1UR2A 5EBAA 4WK9A 1GQJA 1BF2A 3G6MA 3SCVA 3AIBA 5FIPA 3AZRA 3K1DA 2DEPA 1LL7A 4LPCA 1E56A 2D1ZA 4K68A 3CLWA 3K4DA 4UFJA 1UQYA 2YOCA 2VNCA 3AIQA 4C7DA 3BAYA 4U5KA 3VU2A 1ODZA 2XG9A 1S46A 2JALA 2ZUVA 3SEPA 5BRQA 1R86A 1WDPA 5LYRA 2WB5A 3W24A 2BXZA 4M80A 1J11A 2CBVA 2YBUA 1OD0A 1HT6A 1ZBVA 3ZJKA 1HP5A 2X0HA 1G9HA 1RH9A 1FOBA 1KCLA 4PBGA 3AFBA 2Z1KA 3WN6A 2PBGA 4JKLA 3N11A 2J47A 4YN5A 1UA7A 1H49A 4PCSA 1BTCA 1DWJM 3CPUA 1E1EA 1XYZA 3RMEA 1LF1A 5FL0A 1WDRA 3II1A 3BC9A 1EDQA 1W3KA 2VCAA 1GUVA 4W8LA 1GOOA 4M8UA 4GO8A 3VIKA 4B15A 7CGTA 3WF1A 3W27A 1WZLA 3N12A 1PX4A 3OLGA 4HMEA 4PSRA 1BFNA 3RILA 1GHSA 3VILA 5EB8A 2YLAA 4UQCA 4X0VA 3W82A 2ZXBA 2CIPA 1G5AA 2PI6A 4CN4A 3NIYA 4XV0A 3MMUA 5TD4A 4J7RA 3AS3A 1KR1A 2CBIA 4H04A 2BY0A 4GKLA 2J62A 1D2KA 4PMQA 2WVTA 1E6RA 2DDXA 2Y24A 1H3GA 3RM4A 3WMCA 3UR7A 3VVGA 1JI1A 2ZIDA 3VGGA 1K9DA 1OCQA 1CBGA 3T2PA 2RGLA 1DWGM 4PMDA 1KWGA 4D71A 2WVVB 3AIUA 3N17A 2E4TA 5EMYA 4U5IA 1HJXA 4U31A 3BSHA 2E0PA 4M29A 4C7FA 2DGAA 2WHLA 1KGXA 2D23A 2XGIA 2AAAA 5ABGA 2FHBA 1XSIA 4Z2LA 3NYDA 1UH2A 3ARQA 4GQQA 4OZOA 1OBAA 3WDHA 3GTNA 2WSKA 2VRQA 1OT1A 1UZ1A 1A3HA 1MQQA 1LG2A 1B3VA 3PTKA 3WEMA 5HBFA 4EAMA 2DSZA 3WENA 4ZXLA 2QV4A 2XWEA 3FY1A 1QHOA 3DHPA 1MFUA 2E8ZA 4FLQA 3VUPA 2WSPA 2MANA 3GYCA 1IZJA 3VNYA 2A3HA 2NW0A 1RP8A 2VX5A 3ZQ9A 4F79A 1J10A 3WNOA 2E9BA 4UCFA 3WNLA 2JF7A 1NARA 3TTQA 2GDUA 3AHYA 1OIFA 1QNOA 2VT0A 4QCFA 2CERA 5JIWA 5HPCA 4L4PA 3IJ8A 3CTTA 3GZAA 2GUYA 1JI2A 1ZS2A 2CESA 1FHLA 4U3AA 2YLLA 3UG4A 4ACZA 2XIIA 5LA0A 4UFKA 4B9YA 2VZOA 3CO4A 4A4AA 4AZCA 1CGXA 2XJ7A 1UH4A 1VRXA 2CYGA 3K4AA 8A3HA 4ZE4A 1JG9A 2J75A 3VMPA 4LGXA 4CCDA 2XFYA 2O9PA 4V27A 5CG0A 2XM2A 3ZT5A 4TVCA 2ZUMA 1XSKA 1Q6CA 4PUEA 6TAAA 1I1XA 2DQXA 3L2LA 2CCRA 3VX0A 2JIWA 1SMDA 3A4XA 1TR1A 4PCTA 2D24A 5ABHA 3HJEA 3AHVA 3RDKA 1L8NA 1V3LA 3UEQA 3L4XA 3PHAA 3BGAA 1CWYA 4EE9A 1TUXA 4MB3A 4P8WA 4J3XA 5D9PA 4UTFA 2F8QA 2VRKA 4BA0A 1B3XA 1W1PA 1C8QA 4ZEPA 2CHNA 2V5CA 2J7FA 1QBBA 4MTVA 4M24A 1FFQA 3NCOA 1FP8A 2Q8XA 1D7FA 2JIEA 4CGTA 4ZE5A 2G41A 4AEEA 1VJSA 2GFTA 1CXLA 1W3JA 1J0KA 2YL5A 2YL9A 5E0FA 4MJ2A 3WSUA 2OWCA 3QGVA 3FAXA 2V3GA 1BAGA 4W7VA 5HXMA 1KB3A 1GVIA 1I75A 2WXDM 4HOZA 4UQAA 1AQ0A 1LWJA 2BXYA 4AZBA 1XD0A 4CVWA 4WKHA 4F9JA 5BROA 4JL1A 2WWCA 2OWWA 2E9LA 1X1NA 4PUDA 1VENA 3SCSA 1ZBKA 1UHVA 2UY2A 1E1FA 4V2XA 3K8KA 1ZU8A 3QHNA 5CGTA 1N82A 4DWSA 3BAIA 3MUAA 1NOUA 4UR9A 3TP4A 1GNXA 8CGTA 1FH8A 3L4WA 2CKRA 4AW7A 2ZICA 1W91A 1PZ2A 3HN3A 2EBNA 4LYRA 3ZJ7A 3WQ6A 2Y4SA 2BV9A 4WKAA 5I77A 2CBJA 1UR1A 4HA4A 3T2OA 3EYPA 3ZM8A 2WK2A 1UYQA 1JNEA 1GPFA 1VFMA 1CLXA 2XFRA 1UD4A 3BLKA 1NOFA 1OM0A 1PIGA 2F2HA 2VRJA 3NSNA 1V3JA 1CTNA 2G3NA 3WF0A 5I2UA 2G8ZA 2JEQA 3EMZA 3GNRA 1J0JA 4AISA 5JBFA 2A3AA 2EPLX 1EHNA 3N1AA 1JYWA 3AHXA 1XH0A 1HP4A 2WVUA 4JAWA 2DSKA 2W4XA 3OZOA 3L4UA 4ATDA 1LLOA 5A6AA 3T0DA 2V3FA 2DT3A 5A6KA 3MV11 1HL9A 4ATLA 2ZUNA 2ZX7A 3VDCA 1GW1A 1MYRA 1AMYA 1HJSA 1NH6A 4J3VA 4AY1A 3WEZA 1BQCA 3SCQA 1MVYA 2DSUA 5EFFA 3BSGA 1DTUA 1MQRA 1XGZA 3AJ7A 3KZSA 2CKSA 2VL4A 2CETA 3U7BA 5GQBA 1GQIA 4HMCA 1P6WA 1VEPA 3M46A 4M56A 3VIOA 1W9BM 1HJUA 3F5LA 3NUKA 3WH9A 3SUWA 3LPPA 1ZL1A 3SCUA 4WF7A 1OINA 3O9NA 3QOKA 3DHUA 1E6SM 4IPNB 3PZMA 4RL3A 5AC4A 2A3BA 2W62A 1ODUA 4PTVA 2PBOA 3PBGA 3GXFA 1UOKA 3OIHA 1PZ3A 4GQRA 3MS8A 4Y7EA 1UR8A 1GJUA 2OYMA 4GI6A 2DPEA 3AZSA 3MSGA 4EK7A 3SUVA 3WFZA 1UD6A 2J77A 4PYSA 3KL0A 4JKKA 1C7TA 2YL8A 2QF8A 4UQEA 1CXIA 1H41A 1SR0A 4NI3A 7TAAA 3VD9A 1KBKA 2WBGA 3E1F1 2C7FA 2BNJA 1B3ZA 1K9FA 4CU7A 3VGBA 3WDJA 2QMJA 3WQ8A 1KXTA 1BG9A 2YDQA 1UD5A 1DEDA 4JL2A 2ZXDA 3AS0A 5JBEA 1FH9A 3BLPX 2J4GA 1BHGA 4PMNA 3TA9A 1K9EA 1EDTA 5I5RA 4AEFA 3JUGA 1J0YA 3VM5A 4LQ1A 4CU6A 1R7OA 1VF8A 2DT0A 3FNDA 4TXEA 3WQWA 4JKMA 1ITXA 1US3A 1JIBA 1WP6A 4TVDA 3GDBA 1XV8A 1XH2A 1QW9A 1R7AA 5LA1A 1CXEA 5DMYA 4D6IA 4ZXOA 1DHKA 1CGWA 3RJYA 4S3KA 1VFUA 4ZFMA 4E2OA 3ZO9A 5CPQA 4ACZB 3VX1A 4WSJA 4B9ZA 1V0KA 3CHEA 2WNWA 1M03A 4AZCB 2G3JA 3O6AA 3CZEA 2XPKA 1V0MA 1TVPA 3W28A 4GINA 4AWEA 1UKTA 1V6UA 4UFIA 1TZ7A 2W67A 1FP9A 4WJXA 3WELA 1EQPA 2QMKA 2BVDA 3W4RA 4BCEA 2Z1SA 3MUIA 1V6WA 2FGLA 1GOMA 1J01A 2ZOXA 4C7GA 1ISXA 4JFSA 4P8XA 3CHDA 2GSJA 1DWFM 4KGLA 2ZWZA 1O6IA 2DH2A 1FFRA 3FXYA 2FHFA 1ZBWA 4UFHA 3AIEA 1GCYA 3GH5A 3BH4A 1ISWA 2V3EA 3OGVA 2VTFA 1UD2A 3W53A 1QW8A 1QNSA 5D9MA 2DSWA 1IV8A 4D6FA 3VNZA 4FLOA 1BYBA 1NWTA 2EQDA 2X05A 3AS2A 3OBAA 4U3CA 1E3ZA 4P8UA 1HF6A 1CGTA 2F61A 2HISA 5A6BA 1UQZA 2FGZA 1WE5A 4WIWA 4W8AA 3BAJA 3MUZ1 3CUHA 2WMJA 4HTYA 1PX3A 4D6GA 1YQ2A 4LYPA 1C92A 4PMYA 1UG6A 2X1IA 1M01A 2ZWYA 5F7UA 2WAGA 1KCKA 5D8ZA 4WSKA 2XSBA 4QDMA 5CGMA 4F8XA 3VIIA 1DWHM 4UOQA 4MADA 1Q4NX 1UWTA 4B3KA 3ZSSA 2E8YA 5FL1A 2XVNA 4H2CA 4J3WA 4XZWA 3MSDA 1WCGA 1NWRA 1JF5A 2W92A 1TMQA 3SUTA 4M82A 3VKKA 3CMGA 4QFUA 1J0HA 4E8CA 3MMWA 2W66A 1HVQA 2XUCA 5ABFA 5CXPA 2Y8VA 2ZUWA 4F9DA 2DT2A 3FHAA 3EMCA 1JD9A 4UZUA 4DWSB 5I78A 2JF6A 1GONA 4H41A 2J7EA 3SCRA 3WF2A 1G0CA 2EPMX 2WHJA 1AQHA 2WLZA 3AISA 2W61A 5C71A 1G1YA 4QAWA 2BVTA 1EHAA 1JZ2A 1BPLB 4QP0A 1QNQA 4PMUA 5BWFA 3ARPA 2E40A 2IUZA 1WPCA 3T08A 3GH7A 4NRSA 2YIHA 3OB8A 3WD0A 3M6DA 3BXWA 6CGTA 4IM4A 3APGA 4W87A 1FA2A 2EXOA 3PTMA 2OLHA 1EH9A 4KRTA 1XHGA 4MJ4A 6A3HA 1PAMA 1GORA 1CXKA 3AYRA 5JIPA 3CZLA 2YDSA 4D72A 1SYTA 3W81A 5DEZA 3WIJA 1E9LA 5A95A 3B9DA 3BCDA 4LX4A 5A8OA 1W9DM 3WL1A 3WBEA 3F5KA 4C90A 3BAXA 1V02A 2VZUA 3AQUA 2E3ZA 3F5JA 2XYLA 2ZX6A 1XRVA 1TG7A 2VVSA 2J7DA 2D3NA 4BQ4A 1JL8A 4LXFA 1E40A 3WD4A 4HU0A 4PMXA 4RE2A 4FLSA 5KEZA 1EQCA 1Q6FA 4GI9A 3NSXA 3WFLA 2OSWA 1MQPA 1NP0A 4W7UA 3CIVA 5I6SA 1CXHA 2ZXQA 3SUSA 4JHOA 4JIEA 1JAEA 3THCA 1B90A 2XTKA 2X09A 4RE4A 3RPMA 3ZJ6A 3B9AA 3PZIA 3ARSA 3AIRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3OZP A;  3WDI A;  2VJX A;  2YJQ A;  4ML4 A;  3A6O A;  3SUU A;  5A6B D;  3WH6 A;  1B2Y A;  3WMB A;  1HJV A;  2WMI B;  3CBW A;  3EDF A;  1XSJ A;  3GBD A;  2X2Y A;  1TVN A;  4A3H A;  3DYP A;  4U2Z A;  2WVV A;  3VIM A;  3AHZ A;  2NT0 A;  3ALG A;  4Z2K A;  1JD7 A;  2EPO A;  1E4L A;  2Y5E A;  3ARW A;  3IK2 A;  1C7S A;  5LA2 A;  4BQ3 A;  4AD3 A;  4EKJ A;  1VFF A;  3LPF A;  4V28 A;  2VMF A;  4Z2G A;  1W2P A;  2QLY A;  2WC4 A;  3ALF A;  3WUF A;  1H0I A;  2WZH A;  1W3L A;  2ESC A;  3S6T A;  1L0P A;  5CJ5 A;  2QPU A;  4KGJ A;  3SCN A;  5A3H A;  1K6A A;  3L4Z A;  3VGE A;  5JUV A;  1ISV A;  1MW3 A;  5HDR A;  4NF7 A;  2WKL A;  4UQ9 A;  1GOI A;  4MNL A;  5BXR A;  3BCF A;  2JEP A;  1JYX A;  4TVU A;  3K46 A;  2WYS A;  1WO2 A;  3L4T A;  3BAK A;  3CUF A;  3CZJ A;  4HOX A;  1JXJ A;  3WKZ A;  1MXG A;  4J27 A;  1GOK A;  2FHC A;  1W9U A;  4GZE A;  4D6H A;  3PZT A;  4U33 A;  1VJZ A;  1US2 A;  2GJR A;  4PMO A;  5CLT A;  5AC5 A;  5FKY A;  1UA3 A;  1XH1 A;  3VTR A;  3A47 A;  3VPL A;  2VCB A;  4PSP A;  1WZK A;  2WZE A; 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