2VVNA

Btgh84 in complex with nh-butylthiazoline
Total Genus 245
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
245
sequence length
712
structure length
648
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINFRLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Potent Mechanism-Inspired O-Glcnacase Inhibitor that Blocks Phosphorylation of Tau in Vivo.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 245
structure length 648
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2vvnA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vvnA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2vvnA01
4HP5A 2Y8KA 2XWDA 3BXWA 2UY5A 5D8WA 3VGDA 3EMQA 1Z32X 3AMCA 1KQZA 1BPLB 2A3BA 1JFXA 3WD3A 1X6NA 3SCPA 3N12A 2ZXQA 4PN2A 3VIFA 3CZGA 2DT3A 3TTOA 1KXVA 2XSAA 4ZFMA 5JIWA 4GI8A 4QAWA 1JD7A 3ZT6A 3FAXA 4J27A 1UR8A 1J18A 1WZAA 1ZBVA 1E5NA 4D6GA 4DWSB 5BXTA 3L4ZA 1NQ6A 1GVYA 2D1ZA 1JAKA 2J7HA 2PBOA 3VX0A 2MANA 2CEQA 4W5UA 2YDQA 2G3NA 4MDOA 1E9LA 3IK2A 3GXFA 3AMLA 3O2LA 3F4VA 3BCFA 1C92A 3I3BA 3RDKA 1TUXA 2DPEA 1W91A 4KGLA 1VEOA 2WYSA 4CCDA 2X2YA 4P7QA 3VDBA 1RH9A 2VX5A 4UQ9A 3EBVA 3CHFA 1C90A 5GQBA 2O92A 2XVGA 2JF6A 4MNJA 5A8NA 2W67A 1N82A 2J7GA 1Q4NX 2F2HA 1E4IA 1JI1A 1V3KA 4FLOA 2E3ZA 1RPKA 2G3MA 1GJUA 5BWFA 2JALA 3W6LA 4JL1A 3BSGA 3GYCA 3OLGA 3B9AA 1X6LA 2OWXA 1PBGA 5GPRA 1K9FA 1U33A 1JF6A 5HPCA 4NSBA 1UQYA 1JD9A 5I77A 2VT0A 1UWIA 1R7OA 3VMNA 2DIJA 5F7UA 3AHVA 3WL1A 3MSDA 3WF0A 3BSHA 3AIWA 3NDYA 5M3WA 3POHA 3LPFA 2YA1A 4ACYA 4OIFA 3NSMA 3T0AA 4F9JA 5GNXA 2QF8A 3WD2A 3ARUA 3GH4A 1W2PA 4URIA 1UQZA 1TG7A 1FP9A 2DIEA 1EHAA 2WANA 3WF2A 5D9NA 6A3HA 4D1IA 4W7VA 3AIRA 5D9MA 1PIGA 3W25A 1WB0A 3UCQA 5JBEA 5D4YA 4MAZA 3WNLA 2CBUA 3CGTA 1JIBA 1R87A 3AXIA 4UFMA 5BYWA 1JZ3A 1C8YA 5HNNA 4AD3A 3U5UA 3ZSSA 1XYZA 4Z2GA 1V0MA 1QW8A 2E40A 3OA5A 1WZMA 4W86A 4D6DA 1NWSA 1E15A 4OZOA 2GDVA 4W89A 2DH2A 4PRWA 4KMQA 4Z2JA 3ZJ6A 1CIUA 1NOWA 3T2OA 3VILA 3OZOA 1B3ZA 4Y7EA 3RO8A 1ODUA 4P7NA 1OINA 3GH7A 1JYVA 1MXDA 2VC9A 5DEZA 2Z1SA 1XSJA 2CBIA 2IXUA 4CD7A 1DEDA 2NT1A 4AIUA 2W5FA 1UR0A 3FAWA 1HL8A 3S6TA 1GOOA 4EK7A 2V3GA 3GM8A 1B1YA 2WBKA 4WSKA 1EOMA 3WUEA 3K4DA 3MANA 1D7FA 2VX7A 2XSBA 1JZ8A 4MNKA 5BRQA 5DMYA 1JZ4A 3CTTA 3AS0A 3DECA 1UD8A 2WCGA 2A3EA 2WC7A 2VZVA 3N9KA 4UQCA 3SCWA 3WMBA 3WF1A 2J79A 3L2MA 1FHDA 4DWSC 1H2JA 4BCEA 1VJZA 4D6HA 2D2OA 1XGZA 5A2CA 3WD0A 1SFSA 1QNOA 5A8MA 4YPJA 3DHUA 1BGAA 1WDQA 4H04A 3BAXA 1JYWA 5E9AA 2X09A 1J0IA 2ESCA 1OGGA 2QMKA 1HJVA 1WE5A 1ZS2A 3RIKA 5I78A 4M80A 1QNQA 1SMDA 3DYMA 1W2VA 2VL4A 2VZUA 3BLKA 4CD8A 4MDPA 5D9OA 5ABFB 1UHVA 4Q22A 4C7FA 3T0BA 4AEEA 3AIUA 3SUUA 3AXXA 3AS3A 1QHZA 2CXGA 5E70A 5M17A 2CKRA 1H3GA 1O6IA 3L4UA 1TZ7A 3WNNA 3AHZA 1UWSA 4JKMA 1KXTA 4P8WA 4UCFA 1W9PA 3WNOA 4MTVA 1V3JA 1OBAA 2J25A 2XGBA 2VCCA 2EBNA 2PWEA 5E0FA 2CETA 5FL0A 3WKZA 3BC9A 3WEOA 4U5IA 5FOOA 2Y8VA 2G8ZA 4JL2A 2ZUWA 2ZX6A 3O9NA 2BXYA 4W8AA 3THDA 2BVDA 1FH9A 4A4AA 2YL8A 1HNYA 4HU0A 5DO8A 4QCFA 4LGXA 1GNXA 1UKSA 3NSXA 1LF1A 3MV01 2J7CA 3VVGA 4JIEA 4V27A 4J7RA 1C8XA 4LQ1A 1EO7A 5I79A 1VIWA 3WUBA 3PN8A 1OT2A 3WNMA 4BZYA 2BXZA 1HKKA 3ZJKA 3PZNA 1FFQA 3II1A 1EO5A 3FY1A 3BH4A 1UD5A 3WH5A 1J10A 4IPNB 3ZQ9A 4W88A 4CN4A 3KL3A 1UOKA 1MVYA 1JG9A 3B9EA 1EH9A 1MW0A 3WMCA 1CECA 3ARYA 4PTXA 5IHRA 1DWJM 2W4XA 3AMGA 2XFRA 3HU7A 5HXMA 1X1NA 2GDUA 4NRSA 3M7SA 3W6MA 1E3XA 1J0HA 4H8UA 2ZUSA 2VRQA 3CHEA 4HOXA 3N18A 1IT0A 4LX4A 2VUYA 4UZUA 5JBFA 1GOMA 5CPTA 1JNEA 3VM5A 5M5DA 4PMZA 4DUWA 5CLTA 1VF8A 1EDGA 1UKPA 3AICA 3HJEA 3VKKA 1C8QA 4CKQA 2G4FA 3W81A 2VR4A 3W26A 2ZOXA 5CGMA 3GTNA 4OOZA 1VFOA 4HZ6A 1E4LA 2C0HA 1J0JA 4OOUA 1E40A 1GORA 1TE1A 2YBTA 3BMVA 5GNZA 3WQ8A 5EB8A 3WEMA 3MKKA 3SCOA 2VZSA 3DC0A 1UD6A 4J3TA 3A6OA 1BGGA 3HMCA 1W1YA 3U57A 1B90A 2CBJA 1AQMA 1ISXA 2WC3A 2EPLX 1NWTA 4XZWA 5A6MA 3GBEA 1K9EA 2WZHA 1UR2A 4Z2HA 1R86A 2ZXDA 3RMEA 2G3IA 1U30A 1XH2A 2WMHA 2G3JA 4C91A 3F5JA 1KBBA 2WHJA 3WIJA 1JL8A 1ZBCA 1K6AA 3D5HA 1ZJAA 5KEZA 4AEFA 4M81A 3A3HA 1WP6A 3VIMA 2VO5A 1C7TA 3CUFA 5IFPA 3RM9A 4NF7A 3K1DA 3OLDA 1US2A 2WHLA 3LPPA 1KQYA 1ISYA 2ZX9A 1GHSA 1G5AA 1LJYA 1CGUA 3AZSA 4M8UA 3WF3A 2YDSA 2XJ7A 1OT1A 4EANA 5CLWA 2J7EA 2EPMX 3SCSA 9CGTA 3K8LA 4AWEA 4MB5A 3SUWA 1JZ7A 4AZ5A 1XCXA 5DT5A 3VGHA 1EDQA 1WZLA 3OGSA 2E8YA 3W29A 4CCCA 3EDJA 1QI0A 3EDDA 4CD5A 2AAAA 4JFUA 1DWIM 1Q6CA 2V38A 3MO4A 3PZMA 2YKKA 2TAAA 1CXLA 2WVTA 3UR7A 4WIWA 3THCA 1XRVA 3AYSA 5JIPA 3VIOA 2XHYA 4CN6A 2EPNA 2VQUA 3CBWA 2DSWA 3MMDA 1K9TA 2ZX7A 2UY3A 1PZ2A 4CD4A 1GQKA 4GQRA 1MW1A 4GZJA 1NM9A 1J12A 1EA9C 2CKSA 4D6JA 2ZUVA 1CGWA 2BHZA 3ZR6A 3CHCA 2BHYA 1J0KA 4BQ2A 4MAVA 1AMYA 1UWTA 3SUTA 1E56A 2WC4A 3AHXA 4UQEA 1F4AA 1OIMA 4PYSA 3A47A 1HN1A 3WDQA 1BTCA 1V02A 2J74A 4P8UA 5I24A 1R8LA 1UYQA 4WSJA 1Q6EA 2WVVA 3ZM8A 1KGUA 2CERA 1OD8A 1LWJA 2WMIA 2NSXA 3J7HA 4U33A 1MXGA 4AZHA 2D3LA 3SUVA 2OWCA 3AISA 1SR0A 1W32A 4K68A 5A6LA 4H8VA 3CZLA 3FNDA 4CU8A 1I75A 1KBKA 3AHTA 5LA2A 1UZ4A 1EGZA 2G41A 4E4PA 1V6XA 3F5KA 2CIPA 3QOMA 5LA0A 4HMCA 4B16A 2XVNA 2XG9A 1KCLA 3VIPA 3LPGA 1H0IA 4UFHA 3S2CA 5EFDA 3MMWA 1OGBA 1W3LA 4AZBA 1B3YA 2YIHA 4RE4A 4JZ5A 1W3JA 3WUGA 4AMCA 1J11A 2J8FA 4PBGA 4B9ZA 5HBFA 1B31A 3PZGA 1MW2A 3WQ4A 5IFTA 4W87A 2ZUUA 2VURA 4WLCA 4XX6A 1SYTA 1UD3A 3KWXA 1EXPA 3NSNA 3BGAA 2D0HA 1CLXA 4W7WA 5HDRA 1ESWA 2J62A 1HVQA 3PZTA 1JXKA 3EDFA 3N1AA 2WVVB 3FHAA 2WKGA 2WMIB 1QW9A 4HZ8A 4P7OA 3MSGA 3TA9A 3SURA 4Q7NA 4GI6A 3KEHA 5E0CA 1JAEA 4E8CA 1ZBWA 3OIHA 4JFSA 1L8NA 8A3HA 1VEPA 2V3DA 2DT2A 5BRPA 3N11A 4UFJA 3ARZA 1BYCA 4E8DA 4Z2KA 3VGBA 4AD0A 3NJ3A 4HZ7A 3E1F1 4A3YA 4TVUA 1MW3A 3G6LA 1J0YA 2XYLA 2E9LA 3SCNA 4HPGA 3ZOAA 1JYNA 4W84A 1UD4A 4ATLA 1TR1A 2EPKX 5E6YA 4W93A 1B9ZA 1IV8A 2E9MA 3CHDA 2DEPA 1KXHA 3NDZA 2BS9A 2V3FA 4HPHA 1P6WA 5HOSA 1LG2A 1CZ1A 2FHBA 2J7DA 2VR5A 2VRJA 5JBDA 4KRTA 2YA2A 4D6EA 4OJYA 4OBRA 4CD6A 2PWHA 3ARQA 1WPCA 1UH4A 1GOWA 3AMKA 2E4TA 1CGTA 2EPOA 1W9VA 2VQTA 3WEZA 1BFNA 3VD7A 4BQ5A 1QI2A 1JZ2A 4J3SA 2VNCA 1H09A 2GVYA 1L0PA 1E6QM 2F61A 4H2CA 4PMQA 3WSUA 4YHEA 3RPMA 1G1YA 3CPUA 5ABEA 4CU7A 1TCMA 1TFVA 2JE8A 4PTMA 4C90A 4LPCA 1CXKA 2A3CA 3KE0A 3ALGA 4J3WA 2J47A 4AC1X 4CCEA 1UH2A 7A3HA 1HJXA 1XSKA 4UOJA 1PJ9A 3ARPA 2WMJA 3WUFA 1B3VA 1JNDA 1H1NA 3IAPA 3OZPA 4NI3A 3EYPA 2OWWA 2ZUTA 2UWFA 4PMOA 4WF7A 4QCEA 2WW5A 1BG4A 5E6ZA 4B9YA 1E5JA 3GZAA 1MQPA 5EBAA 2JIEA 1GOIA 2Y5EA 4D71A 5AC4A 4PMNA 1PPIA 4ZE5A 4JFVA 5CZKA 3PZOA 3U5YA 1G9HA 3NYDA 2ZUNA 2VX6A 2WXDM 5EFFA 3O6AA 1JDAA 4B15A 2WMKA 3AHYA 1E0VA 4D1JA 4AZCA 1UUQA 4AZ7A 2QMJA 2OSXA 1YHTA 4GINA 1E71M 1JXJA 1MQQA 1VB9A 3ZO9A 1I1XA 1B30A 1TA3A 3AZTA 3EDKA 3VTRA 5I23A 6TAAA 4PCTA 5BCAA 5A8OA 1BAGA 4M24A 3ZT7A 1BYDA 1M04A 2X8RA 1C93A 2QPUA 3WDPP 4GXPA 3OG2A 4TUFA 1FP8A 1BVNP 3W82A 5DT7A 2WZEA 4GZIA 5FD0A 2CNCA 7TAAA 2J7FA 4AIOA 4BS0A 4C7GA 2XM2A 3VDCA 3L4WA 5CSUA 1V03A 2XM1A 4QLLA 1QNSA 5C71A 1J0ZA 1QHPA 2GJRA 3HN3A 4MB1A 3AI0A 4FLSA 1DWHM 1D2KA 4MJ4A 3CZ8A 1HX0A 1BVZA 3TOPA 2WSPA 2W92A 4AZGA 2J4GA 1E0XA 4CVWA 1CDGA 3VIKA 1LL6A 2W91A 4P7RA 3WELA 3TTSA 1XH0A 3AFBA 1WKYA 2CYGA 3BMWA 2BV9A 2V5CA 1RP8A 3PTKA 2DT0A 1A3HA 4N0RA 2CHOA 2DSUA 4N42A 1JDDA 1MYRA 4AZCB 1M53A 2X0YA 3WDJA 1V6WA 4LYRA 1EQPA 3WQWA 1WDRA 3PTQA 1V02E 1HL9A 2EEXA 3WNKA 3WQ6A 1UKTA 1CXHA 2W62A 1HIZA 2WK2A 2JFEX 2XVLA 5AYIA 5A3HA 3ZR5A 3AYRA 1WO2A 1OCQA 1JI2A 3ARTA 4KGJA 4TXEA 4KH2A 3RILA 4EKJA 3WNPA 1UR1A 1PZ3A 4GZEA 2O9RA 3ARWA 4CU6A 4W8BA 1KWGA 4OUEA 3WFLA 4BQ4A 2JIWA 4DM2A 1UWQA 1BG9A 3ZJ7A 1PX4A 4F79A 4FLRA 1GOKA 1W3HA 1W9XA 1YQ2A 4ATDA 1FFRA 1HJSA 3OGRA 3AS1A 4UOZA 2J8GA 2WHKA 1NARA 3WBAA 4ML4A 3GNRA 4AISA 4QLKA 3D3AA 3ECQA 1DTUA 1EIBA 1GHRA 3K8MA 4HU8A 1B0IA 3IJ7A 5AY7A 1J01A 4J3UA 3AJ7A 1S46A 2VOTA 2GJXA 4JKLA 4YHGA 1E1FA 2WMGA 3RM4A 2E9BA 1ISZA 1FH8A 5D8ZA 3MUY1 1LWHA 1LL4A 4PUEA 4PSRA 5KZ6A 4P8XA 4RL3A 1PX8A 1E4NA 1E1EA 2YA0A 4WK9A 1OGSA 4CGTA 2EXOA 2GSJA 4U5KA 5IHSA 4GO8A 3AS2A 5A6JA 2E0PA 3BLPX 1NWUA 3CUJA 4Z2IA 4P8VA 4PMDA 3OBAA 3UERA 5I3DA 3VINA 4ZENA 5CPSA 4HOWA 3VX1A 2YLAA 3PHAA 2WNWA 3UG5A 8CGTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4HP5 A;  2Y8K A;  2XWD A;  3BXW A;  2UY5 A;  5D8W A;  3VGD A;  3EMQ A;  1Z32 X;  3AMC A;  1KQZ A;  1BPL B;  2A3B A;  1JFX A;  3WD3 A;  1X6N A;  3SCP A;  3N12 A;  2ZXQ A;  4PN2 A;  3VIF A;  3CZG A;  2DT3 A;  3TTO A;  1KXV A;  2XSA A;  4ZFM A;  5JIW A;  4GI8 A;  4QAW A;  1JD7 A;  3ZT6 A;  3FAX A;  4J27 A;  1UR8 A;  1J18 A;  1WZA A;  1ZBV A;  1E5N A;  4D6G A;  4DWS B;  5BXT A;  3L4Z A;  1NQ6 A;  1GVY A;  2D1Z A;  1JAK A;  2J7H A;  2PBO A;  3VX0 A;  2MAN A;  2CEQ A;  4W5U A;  2YDQ A;  2G3N A;  4MDO A;  1E9L A;  3IK2 A;  3GXF A;  3AML A;  3O2L A;  3F4V A;  3BCF A;  1C92 A;  3I3B A;  3RDK A;  1TUX A;  2DPE A;  1W91 A;  4KGL A;  1VEO A;  2WYS A;  4CCD A;  2X2Y A;  4P7Q A;  3VDB A;  1RH9 A;  2VX5 A;  4UQ9 A;  3EBV A;  3CHF A;  1C90 A;  5GQB A;  2O92 A;  2XVG A;  2JF6 A;  4MNJ A;  5A8N A;  2W67 A;  1N82 A;  2J7G A;  1Q4N X;  2F2H A;  1E4I A;  1JI1 A;  1V3K A;  4FLO A;  2E3Z A;  1RPK A;  2G3M A;  1GJU A;  5BWF A;  2JAL A;  3W6L A;  4JL1 A;  3BSG A;  3GYC A;  3OLG A;  3B9A A;  1X6L A;  2OWX A;  1PBG A; 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