2VVNA

Btgh84 in complex with nh-butylthiazoline
Total Genus 245
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
245
sequence length
712
structure length
648
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINFRLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Potent Mechanism-Inspired O-Glcnacase Inhibitor that Blocks Phosphorylation of Tau in Vivo.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 245
structure length 648
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2vvnA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vvnA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2vvnA01
4RL3A 5CQ1A 3ZM8A 1Q6EA 2W66A 2EJ1A 2DSUA 2OYKA 3NDYA 1BGGA 4PMQA 3L4ZA 3OZPA 5ABHA 1M03A 3WMSA 1HP4A 1DWHM 3UERA 3AIUA 9CGTA 5BYWA 1UKOA 3W0KA 5A2AA 1KCLA 3MU7A 1OSEA 1J0HA 3KWXA 4HOXA 3WF1A 1EHAA 1RP8A 3WNOA 3VD3A 3WQVA 1WDSA 1OCQA 3ZJ7A 1UA3A 3T2OA 3UEQA 4PMZA 3POCA 1XD0A 3ZOAA 4PMUA 3OGVA 5A6MA 2OWCA 3W29A 3SUWA 3VGFA 3VILA 2FHCA 4KH2A 3EMQA 5GNXA 2F61A 3WF4A 3MUZ1 1E70M 1E5NA 1TVNA 1W9XA 5JBEA 1GVIA 4U31A 4AC1X 2WVVB 2AAAA 3HMCA 1EO5A 1B3VA 2OWWA 3SIMA 2YL8A 4D6IA 4MADA 1Q6DA 5M3WA 2VVSA 5LA2A 4J7RA 2D24A 4AD3A 1HJUA 3EDFA 5A1AA 2XPKA 3QGVA 2J74A 4D71A 1V02A 3MS8A 4CD6A 3PTQA 4HPGA 3THDA 4M24A 2XWDA 1CNVA 1CIUA 1JXJA 1EGZA 1NOWA 3AIWA 1HNYA 3CGTA 4NZCA 4DWSD 4W7WA 2CXGA 3WD0A 3VD9A 1XSKA 3CUFA 1EO7A 1E6QM 1JFHA 2WZEA 2OSXA 1HT6A 4CCDA 3O6AA 1E6PA 3VPLA 3RM4A 2E9MA 4UTFA 4Z2LA 4UNIA 3I3EA 4H04A 3IK2A 4HTYA 2E4TA 1BLIA 4R5EA 4M56A 4X9YA 4DWSC 1JI1A 1V3MA 1HJSA 1JNEA 1UD5A 3AIQA 1VRXA 1NQ6A 4GI9A 2YL6A 5CSYA 3VIHA 1PZ2A 2F2HA 2D23A 1O6IA 4E4PA 5A2BA 1W2PA 2W5FA 4AD0A 4GI8A 2WHJA 4Y7EA 1WZLA 3SCOA 3APGA 5D9PA 4PRWA 2JE8A 4PBGA 3ARZA 5HPCA 2GDVA 1C90A 2PBGA 5I78A 3VD5A 3ZQ9A 2DSWA 4H2CA 4L4PA 4AZGA 2YKKA 2J7BA 1EXPA 3B9EA 3W26A 3WEOA 5LA0A 3VGEA 1FOBA 3PZVA 4FF5A 5CXPA 2IXVA 3GBDA 3U7VA 1CGTA 3EYPA 1ZBKA 1Q6FA 2ZXDA 3RJYA 1SR0A 4J3XA 2ZWZA 1I75A 2CYGA 4C7DA 2W4XA 2EPMX 3L4VA 4HOWA 1US2A 1UHVA 3SCVA 1OD0A 1HL8A 1CEOA 1X6NA 3A47A 4W85A 4D6GA 3SCNA 3IJ8A 1WO2A 2VTFA 2WMIA 3D3AA 3HJEA 5FL1A 3WNLA 3WL1A 4D1JA 4H41A 2JIWA 1E15A 1A47A 1U30A 1H41A 4UFMA 4GQQA 3SCWA 4BQ3A 2G3JA 4JKKA 3AZTA 3ARPA 3VDBA 2QPUA 2RGMA 3AZRA 3GXDA 4PMDA 4ZXLA 3OGRA 1V6XA 3ARYA 5GPRA 4JFUA 4JCLA 2V3FA 2VR4A 4PTMA 1QI2A 1J12A 1KGWA 2J7CA 4BQ2A 4B9YA 4KGLA 5CLWA 4XZWA 1KQZA 4W84A 4HZ7A 2D3NA 1QNSA 5CZKA 4TX8A 3DYPA 4CVUA 2VRKA 3A3HA 3WFLA 3WDJA 2WLZA 5BCAA 2GSJA 5M5DA 3CTTA 2DT1A 1ECEA 1CGVA 3WNNA 3DC0A 2ZUUA 3N17A 5I3DA 1ISVA 1W3LA 4CU8A 1J10A 2GVYA 1CBGA 3AROA 2ZX9A 3U5YA 3W4RA 2O92A 2OWXA 2VCAA 4PSRA 5D9OA 1DWFM 1B31A 2X0HA 3WIJA 5CPTA 1YHTA 1XD1A 3FN9A 3VIFA 1F4HA 1TZ7A 1GQJA 1MQPA 3CPUA 4J3UA 1KFWA 1KWGA 1LF1A 3SCUA 4JAWA 4EKJA 5I6SA 3ZJ8A 5A8NA 3CZGA 2Y8VA 4H8VA 2IXUA 1QNQA 2EPKX 2DT3A 1PBGA 4P8XA 1PX4A 2DH3A 3FY1A 1UQZA 3THCA 5CGTA 2XFRA 2ZUWA 5BXSA 2A3AA 2WZIA 3CMGA 3CUGA 1CXLA 4OIFA 3T2QA 1JI2A 2D20A 3WF0A 3KE0A 3ARRA 5LYRA 2J75A 1C7SA 2YJQA 4W8LA 2YL5A 1E4IA 2VC9A 3FHAA 2ZUSA 3WL0A 4AXNA 2JF7A 3CIVA 1WDPA 4HU8A 1QOXA 1LWHA 1AMYA 3WBAA 3CUIA 4WF7A 2V3GA 2BY3A 4PYSA 2BHYA 2BY1A 4AY1A 4F66A 1FH9A 2WHLA 4AZIA 5DT7A 4F9JA 4CVWA 3PZIA 1MFUA 1HJWA 4TTGA 2XSAA 3EMZA 5BXPA 2EEXA 1H49A 1EH9A 1P6WA 4DM2A 3WNKA 3FHQA 3FAWA 1IZKA 4QLKA 1CXIA 2Y8KA 2V5CA 2JF6A 3PN8A 1V02E 1B90A 1QI5A 4ZE5A 1LL4A 3CZLA 4N42A 2VVNA 1GOIA 3G6LA 4ZFMA 2XM1A 4TXEA 2ZUTA 4D72A 4D6DA 3M07A 1UR8A 2W61A 3IJ9A 2CERA 1ZJBA 1MXGA 1OT2A 3ZIZA 1V3KA 4CGTA 4AZ6A 2PWDA 2GDUA 2WXDM 4MAZA 1NOUA 1ODZA 1SMDA 2QPSA 1N82A 2YBUA 1UUQA 1DWIM 3W25A 1GQIA 1H11A 1ITCA 5DMYA 1ZBVA 5IFPA 2ZOXA 2WMIB 1BQCA 4D1IA 3T09A 3PTKA 2MANA 3BAXA 1JYVA 4J27A 1AQMA 4KRTA 2WAGA 5A6JA 2BXYA 2Y2WA 2J47A 2BNJA 1QVBA 4J3WA 4PMRA 1J18A 3CMJA 1Q4NX 3M46A 2Z1KA 4GIAA 3SURA 3L2MA 7A3HA 3CHFA 3PBGA 1CZ1A 3GH5A 2VZOA 1UH2A 1QBBA 2UY3A 1VENA 1WZAA 2VI0A 3RM8A 3KZSA 1FHDA 1E6SM 1BYCA 2XGBA 5GNYA 4ACYA 2WWDA 1KXHA 2X1IA 3UG3A 3ZJ6A 2V3EA 4BA0A 1B30A 3GXIA 1QW9A 3N1AA 1FP9A 3TTYA 3TONA 2E8ZA 1QBAA 4A3YA 1W1VA 1BGAA 3AS1A 3PZQA 1E71M 2XG9A 3WDIA 3N13A 3PZOA 2OYMA 1K9TA 3AXHA 1UR4A 4WKAA 3K1DA 3AHYA 3AI0A 3K8KA 4TVDA 4IUGA 1MYRA 3KL0A 2UY2A 4HP5A 2WNWA 1HX0A 1VEMA 4IPLA 5E09A 2WM0A 3L2LA 2VX4A 3N12A 2PF0A 4GZEA 3WNMA 5A6AA 3AMDA 1HJQA 2XSBA 3WQ5A 1W2VA 3TTSA 2E40A 1MWOA 5E9AA 3UR8A 1Q6GA 1QI3A 1GOWA 1C93A 3WEZA 3WENA 4QAWA 4ZE4A 3PZNA 1F4AA 1E72M 1GNXA 1PX3A 4FMVA 2GJRA 2G41A 2BVTA 4DM1A 2QF8A 1PIFA 2DT0A 3BC9A 5BXRA 2VRJA 4FLSA 3WD4A 3D5HA 1UD2A 1W9VA 2VX6A 2WCGA 3HU7A 3S6TA 2WYSA 2DGAA 1DEDA 3BSHA 2ZX7A 1E56A 4WSKA 1W3JA 1LWJA 3WH9A 4YPJA 4GQRA 2DEPA 4AD1A 4BCEA 4DWSB 4W89A 1UWSA 3WY1A 4H7VA 4BQ5A 1BF2A 5FCZA 2XFYA 3OZOA 3CH9A 4UQBA 2WMGA 4EAMA 4JIEA 2VL4A 1OB0A 1GUVA 3WUGA 2X8RA 4RE4A 1BYAA 3GXFA 2WMJA 1NARA 3ARTA 4K68A 3E1F1 3U5UA 1GOMA 2XGIA 4MNJA 1GW1A 5ABFA 3UG4A 1J0KA 3QHMA 4IM4A 1E9LA 1WE5A 1G9HA 1XSIA 3L4UA 3WUBA 1KWKA 2PWGA 1OINA 4LYPA 1V6WA 3BMWA 3RILA 1ZL1A 1JZ4A 4Z2HA 1UD6A 1OIMA 1W9BM 7TAAA 1LG1A 1PJ9A 3GBEA 3WN6A 2GJPA 4BZYA 3VDHA 1ZB5A 4DUWA 4UCFA 3POHA 1J9YA 4AIOA 2Z1SA 3OLEA 2ESCA 3GM8A 3SCTA 1HKIA 3VIPA 2J7EA 1CGUA 1V0NA 2YA2A 4FLRA 3UR7A 1BSIA 4JKLA 1LG2A 4MB3A 2AMGA 4HMCA 5BWFA 1MXDA 1XYZA 3K46A 3AHZA 3AMCA 2CEQA 4PEEA 2J7GA 1JL8A 2YA1A 2VJXA 3NJ3A 2VRQA 4CN1A 4S3KA 6A3HA 3PZTA 4JHZA 4PTVA 4RE3A 4JFSA 4W5UA 1E43A 2NW0A 4U3CA 3SCRA 3SUUA 3NDZA 2C8NA 2BY0A 4MB1A 1NM9A 2ZX5A 1VFOA 1RP9A 3KL5A 1PZ3A 3NCOA 3MMDA 4TUFA 1BG9A 4PSPA 1GQKA 1UA7A 5BRQA 3EDEA 3VD4A 4MDPA 2JEPA 1OGSA 5GQBA 1GJWA 1MW0A 4TOQA 3GDBA 1E1FA 2VT0A 4UQDA 1VEPA 3AMLA 3L4WA 2YA0A 2WANA 5AYIA 1NP2A 3PHAA 2WMHA 3WEMA 5EB8A 5HNNA 3ZR5A 3L4YA 3NUKA 1EDGA 2JFEX 1GVYA 3CZKA 5HPOA 1EOMA 1JAKA 2ZUVA 1ITXA 3A6OA 4J28A 4WKHA 2E9BA 4UQAA 2YDQA 1J0YA 3N15A 1WDRA 2WPGA 1JIBA 1JZ2A 3MMWA 1KR0A 1CXKA 2DSKA 2CKSA 4D6FA 1C7TA 3ZJKA 4UQEA 1R8LA 5D4YA 3W6MA 1CLVA 3O2LA 3IANA 2XWEA 3UG5A 3ZMRA 2HVMA 3RM9A 4ATWA 3HN3A 3B9AA 1E4LA 1XYFA 3OLIA 5EFDA 1HJVA 3U57A 2A3HA 4QLLA 3WQ6A 5A8QA 2G8ZA 3VOCA 1BYBA 4OOUA 3WDQA 2WCSA 1B3ZA 1VJZA 1CWYA 2BHZA 1B0IA 1K9DA 1SFSA 1B3WA 3WKZA 4W5ZA 2CHOA 4W7UA 3WMCA 1M04A 4FK9A 3AMGA 3VGHA 3ZT7A 1JAEA 3VIIA 4CN6A 5JUVA 2YDRA 4N0RA 3ALFA 3AJ7A 1E0VA 4L4OA 1QNOA 4GO9A 2WC7A 3VM7A 3WF3A 1VAHA 1UD3A 4OJYA 5A94A 4M1RA 1BAGA 1ISWA 4H8HA 5ABFB 1VIWA 1D2KA 4OUEA 1JZ6A 2DDXA 3SEPA 4B3LA 1HVQA 2WVUA 1FA2A 1R87A 2BHUA 4OKDA 3WMBA 1FH8A 5I77A 4S3JA 5IFTA 3ARWA 3PZ9A 3EDKA 3VD7A 5JIPA 2XFFA 3TTOA 3VGBA 4GZIA 5BXTA 3VTRA 4P8VA 1M01A 3CO4A 1IZJA 1EOKA 3ZR6A 4PMNA 1QNPA 4A3HA 3AHVA 5JBFA 3AOFA 2GFTA 4GI6A 4JCMA 3WQ4A 3ZT5A 3RO8A 2DIEA 4Q22A 2D1ZA 4W87A 5CG0A 1LL6A 1BVZA 1KR1A 3CLWA 3EDJA 3ZO9A 2BV9A 3DHUA 4LPCA 1NWTA 3BMVA 2FGZA 4C90A 3CHCA 1QW8A 2WBGA 3MUY1 5A8OA 3EDDA 1OWQA 5M03A 3MV11 3MMUA 4YN5A 3G6MA 1UWRA 1X6LA 1J0ZA 3VIKA 4CN4A 2G3NA 4PTWA 5JIWA 5BRPA 3OA5A 4UQCA 3SCQA 5A6KA 4D6HA 1MW1A 1QI0A 2UY4A 5KZ6A 3ZT6A 1DWGM 3JUGA 1WKYA 4WK9A 1JGIA 5DO8A 5C8BB 1V6UA 1WZMA 2B31A 2ZWYA 1DTUA 4AD5A 1XH1A 4OBRA 2NSXA 4GXPA 1H3GA 5I79A 2OYLA 4J3TA 1ZU8A 3SUSA 4UOJA 2PB1A 1WPCA 2GUYA 2WMFA 4MB5A 3BGAA 3WH5A 1Y7VA 1MQQA 3L4TA 5KEZA 1H0IA 4RE2A 5A8PA 1TG7A 4AZ7A 4U2YA 1JD7A 2WMKA 1KB3A 3IAQA 2VO5A 1XH0A 4MNMA 4W7VA 1QI4A 1JZ3A 5CGMA 2PI6A 2EBNA 4BS0A 5EMYA 4JHOA 3CHDA 1W1TA 1R85A 1FFRA 2ZICA 2X0YA 4PUEA 2DT2A 4XZBA 1NWRA 1OM0A 3W24A 4DUVA 1UH4A 5C71A 4QP0A 2EQDA 3WDPP 1XCWA 1G1YA 2UWFA 1KGUA 1VFFA 2J8GA 4AZHA 2JEQA 4UOQA 2VCBA 5E70A 3SCSA 1BHGA 2G3MA 2PBOA 3K8MA 3WUEA 3J7HA 3VUPA 1J11A 4JFWA 4ZXOA 4WSJA 4QDMA 3WSUA 1XV8A 2BY2A 3WDRA 1DP0A 3BAKA 4NF7A 1UD4A 5JBDA 3GH7A 4QCFA 1E3XA 3T0BA 2WKGA 3GNPA 4ZEPA 2WVSA 2DIJA 5I0DA 2CHNA 1GJUA 4CD5A 5E6YA 1BYDA 3OB8A 1B3XA 2VOTA 7CGTA 4E8DA 1VB9A 3GXMA 1ODUA 1HKMA 4B16A 2YL9A 1JF6A 4V28A 3K8LA 2G4FA 4MTVA 3W82A 3VMPA 1CENA 4J3SA 4JKMA 4F8XA 4ML4A 3MO4A 4W8AA 4PMYA 3VINA 2QMKA 3WD2A 4W88A 1UR1A 1W9DM 2VZUA 1MFVA 2A3BA 1A3HA 1HF6A 3T2PA 1JG9A 4AD2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4RL3 A;  5CQ1 A;  3ZM8 A;  1Q6E A;  2W66 A;  2EJ1 A;  2DSU A;  2OYK A;  3NDY A;  1BGG A;  4PMQ A;  3L4Z A;  3OZP A;  5ABH A;  1M03 A;  3WMS A;  1HP4 A;  1DWH M;  3UER A;  3AIU A;  9CGT A;  5BYW A;  1UKO A;  3W0K A;  5A2A A;  1KCL A;  3MU7 A;  1OSE A;  1J0H A;  3KWX A;  4HOX A;  3WF1 A;  1EHA A;  1RP8 A;  3WNO A;  3VD3 A;  3WQV A;  1WDS A;  1OCQ A;  3ZJ7 A;  1UA3 A;  3T2O A;  3UEQ A;  4PMZ A;  3POC A;  1XD0 A;  3ZOA A;  4PMU A;  3OGV A;  5A6M A;  2OWC A;  3W29 A;  3SUW A;  3VGF A;  3VIL A;  2FHC A;  4KH2 A;  3EMQ A;  5GNX A;  2F61 A;  3WF4 A;  3MUZ 1;  1E70 M;  1E5N A;  1TVN A;  1W9X A;  5JBE A;  1GVI A;  4U31 A;  4AC1 X;  2WVV B;  2AAA A;  3HMC A;  1EO5 A;  1B3V A;  2OWW A;  3SIM A;  2YL8 A;  4D6I A;  4MAD A;  1Q6D A;  5M3W A;  2VVS A;  5LA2 A;  4J7R A;  2D24 A;  4AD3 A;  1HJU A;  3EDF A;  5A1A A;  2XPK A;  3QGV A;  2J74 A;  4D71 A;  1V02 A;  3MS8 A;  4CD6 A;  3PTQ A;  4HPG A;  3THD A;  4M24 A;  2XWD A;  1CNV A;  1CIU A;  1JXJ A;  1EGZ A;  1NOW A;  3AIW A;  1HNY A;  3CGT A;  4NZC A;  4DWS D; 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