2VVSA

Btgh84 structure in complex with pugnac
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
588
structure length
580
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Elevation of Global O-Glcnac Levels in 3T3-L1 Adipocytes by Selective Inhibition of O-Glcnacase Does not Induce Insulin Resistance
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
total genus 236
structure length 580
sequence length 588
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2vvsA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vvsA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2vvsA01
1PIGA 1JNEA 3OB8A 2X1IA 3EBVA 3O6AA 3WDHA 1W9DM 4UFIA 1E6RA 5M17A 3W37A 3I3BA 2G3MA 3ALFA 1GOWA 2EPOA 2J75A 3WY1A 3K46A 4W7WA 4PTXA 4D1JA 3OLDA 2G41A 2FH8A 4H41A 5JBFA 1UHVA 4OJYA 3CZGA 1E0WA 1YHTA 3BC9A 3POCA 5ABFA 1D2KA 1WB0A 1C90A 1UD5A 2XIIA 2GFTA 4BQ5A 4HA3A 3NJ3A 1RD6A 5BXTA 1NM9A 1JDAA 1C8QA 2WMJA 1DWIM 2QMKA 1XH2A 3O9NA 5IHSA 2CKSA 3AIUA 1R85A 1B9ZA 4V2XA 3CMGA 2DQXA 1J0KA 2GDVA 2CBJA 1GQKA 4KWUA 4ATLA 4F66A 1IZJA 1KGWA 2VO5A 1O6IA 3TTSA 3WEMA 1EOKA 3N1AA 4TXEA 5BXRA 2WWDA 4AEFA 5D9NA 1V0NA 1UR1A 1SFSA 5C8BB 2WSPA 6A3HA 3L4YA 3RCNA 3WMSA 1V3KA 3VD5A 1UA3A 4HMEA 3FN9A 2J74A 1TG7A 5CZKA 2D0HA 1VEPA 2EPNA 5JIPA 2FHFA 1E56A 1CBGA 1CENA 4A4AA 4RE4A 1JZ7A 3WF3A 4FF5A 4J3UA 4X0VA 1V6UA 1ITCA 3EYPA 1FOBA 2QLYA 2BY3A 5GPRA 2YL8A 3ZOAA 5FKYA 3W28A 4H8UA 1H3GA 3CZ8A 3VOCA 4CUCA 3BAJA 1BFNA 1RP8A 4HOWA 2ZX9A 2EBNA 1E9LA 1ODZA 3HU7A 2JEQA 8CGTA 5LA1A 4WF7A 3VIHA 3AHXA 4DWSA 1Z32X 1W9PA 1GUVA 2W91A 3OZPA 4JCMA 1CGTA 3POHA 3N11A 2GDUA 3PZTA 2DGAA 4P7NA 3K8KA 3CHCA 1BGGA 5DFAA 3CIVA 3SCUA 3OG2A 1HJWA 1VRXA 3WF0A 3AMGA 2RGLA 1KXHA 4A3YA 5A95A 3WSUA 2G8ZA 2ZUNA 1EHAA 1C92A 1C3FA 1UR4A 3IANA 3PZMA 4KRTA 2ZUVA 3MV01 1E6QM 3ARQA 3WDQA 4MAVA 4PMUA 4PRWA 1UZ4A 4J3VA 4RL3A 1HL9A 3DECA 4W84A 3AS0A 1J18A 3VILA 1E1FA 1W1YA 3WDPP 4PMXA 1DEDA 4HU0A 1QI3A 1TFVA 5I5RA 1PEZA 3TA9A 3AISA 3WH6A 5EFFA 1E3XA 2DSWA 4F79A 4BQ4A 1UZ1A 3OIHA 3VGEA 1OWQA 4AW7A 3OZOA 4J27A 5LA2A 3B9EA 1NWTA 4OUEA 3UG5A 3OLGA 1CLXA 2XFRA 2WBKA 1UD2A 4KGLA 2BY1A 2VTFA 3ARWA 3GTNA 3GBEA 2XSBA 1MXGA 1UD8A 5ABFB 2WZHA 3N15A 2NW0A 5LA0A 1KXVA 4CCEA 1KBKA 2J7EA 1JI2A 1HVXA 4C90A 3AMCA 4WIWA 1KWGA 3PZGA 4TX6A 1JZ2A 2CIPA 5AC5A 1C8XA 3AQUA 1ZS2A 2GJXA 1UKPA 1EQPA 5DF0A 4AD2A 4AY1A 3T2OA 1ZBVA 1E73M 4D6FA 1JF5A 4JCLA 2CITA 1W91A 1UD3A 1C93A 6TAAA 5JIWA 4B9ZA 3N9KA 1MQPA 3VGDA 3AIBA 4AC1X 3S2CA 2WLYA 5A2AA 1Y7VA 4W8LA 1PIFA 1WP6A 1OSEA 3PTKA 4KGJA 4JL1A 1NP2A 4CD5A 1NOWA 3EDFA 3OGRA 4V28A 4D1IA 2E3ZA 4UOJA 5ECUA 2XYLA 4W8BA 5GQBA 4UFHA 2BHZA 1HKKA 2TAAA 4TX8A 3VTRA 4DM2A 4AZBA 2VRKA 4U2YA 1M03A 3KE0A 3U5UA 5A6SA 2BV9A 3U5YA 3W0KA 3VD4A 3L2MA 2IUZA 4GKLA 1W9UA 1TVNA 2X0HA 4H2CA 2W67A 1ISXA 3GZAA 5EMYA 4AISA 3OBAA 1Q6DA 3W25A 1BGAA 5E9AA 3AZSA 1FA2A 2BY2A 1CLVA 5CPQA 3BGAA 2VRJA 2AAAA 4GQRA 3WH9A 3ZR6A 2W66A 4NF7A 5E6YA 3SCNA 1HVQA 1CXLA 2F2HA 1UQZA 1NWUA 3A3HA 4M1RA 3N17A 4XV0A 1A47A 3WEZA 1UG6A 2XVNA 1CYGA 2JF7A 3KZSA 3ARPA 3ZT7A 2O9PA 4DWSB 1MW2A 3NSMA 1JXJA 4JL2A 3M46A 2VX7A 1D7FA 2IXUA 4AZCA 2RGMA 1UWRA 1IT0A 3AMLA 1XGZA 2XVPA 2WVVA 3F4VA 3U57A 4UQAA 4AZ7A 4ATDA 1LLOA 1OT2A 1LWJA 3MANA 4Z2GA 1XSIA 3GH5A 3K8LA 1Q6FA 3MKKA 5I6SA 4GI9A 4DUVA 5FOOA 3WF2A 4CN4A 4UQCA 3AIVA 1SMDA 2J7CA 3VX0A 3CUHA 1KXQA 2CKRA 2WZEA 3CUFA 2YA2A 3A4AA 5A6LA 3AXXA 4AIOA 1GZJA 3WNOA 4OOZA 3VPLA 5DMYA 4MAZA 1GCYA 1JZ8A 3MSDA 1UQYA 2Y8KA 1EO5A 4LPCA 2WMKA 1BHGA 2X8RA 3I3EA 1Q4NX 1ECEA 4HOXA 4FLRA 2XFYA 3ARRA 3UESA 4M56A 1C8YA 3GDBA 1TUXA 3SEPA 4W5ZA 1KCLA 4LYPA 4AZHA 1DWFM 1H49A 3SCTA 5D9MA 1FHDA 1CIUA 1HN1A 2AOSA 4AD4A 5HXMA 3WQ6A 1QI5A 1VBRA 4TOQA 1ISYA 3SCQA 1VEOA 5ABEA 1CXHA 2EEXA 4W8AA 3L4VA 3MMWA 5CSYA 3CHDA 1TMQA 3ALGA 1W9BM 5A6BD 3PTQA 2Q8XA 3DYMA 1OCQA 2CPUA 4JKLA 3WF4A 1E4LA 4Z2LA 3G6MA 5CPTA 3ECQA 2BY0A 3VD7A 4D6IA 2WW5A 2CBVA 1B3VA 3AHTA 3BAIA 4E8CA 1CGWA 3F5LA 4Y7EA 4XZBA 1WE5A 1R7AA 5BRQA 5FL0A 4KMQA 1W9VA 1RP9A 5AYIA 2PWDA 4D6EA 1JAEA 2C8NA 1XRVA 1OGBA 2WANA 3A4WA 2QV4A 1QW8A 2DT2A 2C7FA 2XWEA 3BLPX 3BCFA 1UR2A 3QGVA 2UY5A 3BLKA 1EOMA 1WDQA 3PZNA 5FL1A 2VT0A 1P6WA 3VGFA 3BH4A 2VZVA 2Y8VA 2J62A 4IPLA 4UR9A 3RM8A 1NOFA 2YA1A 5D8WA 4HTYA 4QCEA 4AZ5A 2CXGA 2WCAA 4JKKA 3RILA 4TVCA 5CG0A 3PN8A 2J7DA 2UWFA 5C71A 3AFBA 1WAWA 1JFXA 3DC0A 2WHJA 4P7RA 4ZFMA 3W38A 4HPGA 3KEHA 5IDIA 1VBUA 5E09A 5TD4A 2EPMX 4W89A 1V0KA 4H04A 1E70M 2WZIA 5D4YA 1JDDA 3AIEA 2EPKX 3VMOA 3VIFA 2DPEA 3BAKA 2UY4A 1MQQA 2D23A 3CGTA 3ZJKA 4AZCB 3ZSTA 5A8NA 3FHQA 2WVVB 3WIJA 4C91A 1UH3A 2ZX5A 1VFFA 1RPKA 1XCXA 3CZJA 2YA0A 3PHAA 4ZXLA 1GOIA 1XD1A 2ZUWA 5HDRA 3CLWA 1QHPA 4JKMA 1HKMA 4D6HA 2OLHA 4M81A 4PEEA 3CZKA 2F61A 1JF6A 1ZL1A 2VCBA 1BVZA 1WDSA 2WM0A 4GI6A 2PWGA 1WKYA 3CMJA 3GXIA 3AMDA 2WK2A 3MO4A 4W87A 1HJSA 3W24A 1J0ZA 3N12A 1PX3A 4EE9A 3VIOA 4W5UA 1QVBA 3VGGA 3VINA 5AC4A 1GQIA 1JZ4A 3WENA 5E70A 3M6DA 2E8YA 3FNDA 1UKOA 4PYSA 4DUXA 2D3LA 1G5AA 2EQDA 5E6ZA 3VDCA 2XGBA 1ISVA 4MNJA 4JHOA 2WBGA 3SURA 3GNRA 3A4XA 4AXNA 3W82A 3WL0A 4ZE5A 1AMYA 3AHZA 1JFHA 3SUVA 2QHAA 4JAWA 3FHAA 4ZXOA 3ZSSA 1GHSA 5ABGA 5IXEA 4ZE4A 3ARSA 3ARYA 2DSVA 1DTUA 2WVUA 3CHFA 1L8NA 2WKLA 3M7SA 4CU6A 4WKAA 4CVUA 2GJRA 2WC3A 2XTKA 3VU2A 3ZJ6A 1B3XA 3J7HA 1GW1A 2Z1SA 1BQCA 4ZEPA 3L4UA 3ZM8A 1E4NA 1AQMA 2ZUTA 3F5KA 3WQ5A 2VQUA 3SIMA 4B3LA 3IAPA 5JUVA 4UFKA 4CD6A 1IZKA 2A3BA 3CUGA 3WH5A 3W27A 4L4PA 2FGLA 2ZX6A 3RJYA 2GVYA 5M03A 1LL7A 3D3AA 3AXHA 1EDGA 1BAGA 2XG9A 4AD1A 3CZEA 5A6AA 4FK9A 3MS8A 2Y4SA 1KB3A 1DWAM 1R86A 5A6BA 1V02E 2BHYA 2OYLA 4BZYA 1HIZA 4E2OA 3WH7A 1PBGA 2WHMA 4LYQA 1U33A 3LPPA 2CYGA 1MWOA 3TOPA 3AICA 2VZTA 2CBUA 2E9LA 1LG2A 5M5DA 3W26A 3WKZA 4D6GA 1MFUA 5DT7A 3AXIA 3AS1A 3NYDA 4JHZA 4W88A 1ISWA 1V02A 4U5IA 4AYSA 3L4ZA 1JYVA 3AI0A 1VFOA 4YPJA 2ZX8A 3MMDA 2CNCA 2QMJA 2NSXA 3WUEA 3ARZA 2NT0A 4U5KA 1CPUA 2VR5A 2J4GA 3AJ7A 4GQQA 1UR0A 3OLIA 4WLCA 1CXEA 4PMYA 1CZ1A 4TVUA 1UWUA 1J12A 1UUQA 3WD0A 1GQLA 1E6PA 1H09A 4IPNB 4UQEA 4MDPA 3WUBA 1TR1A 2JFEX 1EDQA 3AZTA 3ZR5A 2VZUA 3WF1A 1V6WA 4XZWA 2ESCA 2DDXA 4J3SA 1GVYA 4MB5A 1JZ6A 1LWHA 1JNDA 3VGBA 3GM8A 1QI2A 3VUPA 4D6JA 1EQCA 1J9YA 4D72A 5F7UA 4UFJA 2PWHA 4QLKA 3W29A 4A3HA 4UFMA 5CPSA 1X1NA 3K1DA 1V3MA 3II1A 1I1WA 1W2PA 1V0LA 1H1NA 4XB3A 2WSKA 3IJ7A 3SCWA 5A8MA 3WQ4A 1NQ6A 1G9HA 2V3DA 2E9BA 1GOKA 5ABHA 2YDSA 2ZUSA 2FHCA 1N82A 3PZOA 4PTVA 2CCRA 1UR8A 1V6YA 4OBRA 2VCAA 2F8QA 5BYWA 3QHOA 1UKSA 4PUEA 4QLLA 4B3KA 9CGTA 1JXKA 4MJ4A 4PSRA 1OIMA 1CDGA 3WQ8A 4BS0A 3CBWA 1FP9A 3KL0A 2W92A 1V3IA 1TVPA 1R87A 4B15A 1HNYA 4NSBA 2FGZA 2C0HA 1WZKA 3OGSA 2XUCA 1R7OA 3WUGA 1HJQA 2EXOA 3NCOA 2WCGA 2XPKA 3MUY1 3GH4A 2WYSA 3HMCA 3CZLA 2V5CA 2UY3A 1UD4A 1XYFA 1NOUA 5KZ6A 1QI4A 4Q7NA 1VENA 3K4DA 1HJVA 2WVTA 2HISA 2CBIA 2VC9A 3UR7A 3UR8A 3WNPA 1XD0A 2VMFA 4P7QA 1FFQA 4GPNA 5I78A 2VURA 2G3IA 3NDYA 5A6MA 1X6LA 3AHYA 1M01A 3OLEA 4MB1A 3VNZA 2WKGA 1K9FA 1C7TA 3AZRA 4GZJA 1HL8A 2DSUA 3RJXA 2D0FA 4QFUA 2BVTA 3SUUA 4B9YA 4HZ6A 4CD7A 1XSKA 1E71M 1DWHM 2JF6A 2J8GA 1ZU8A 4U33A 4XUYA 4K68A 2PWFA 4JFTA 2GUYA 4UFLA 5A8PA 2XGIA 1E6XM 2OYKA 1MFVA 3GNOA 2DT3A 3TTOA 1SMAA 1W32A 3W81A 5HOSA 1W3JA 4CVWA 1HP5A 3GNPA 1BSIA 3BMWA 3DYOA 3NIYA 1E55A 1ZBKA 1KR0A 4P7OA 3SUTA 3SUSA 1PJ9A 3PZQA 1JYNA 3VDHA 4Z2IA 2ZE0A 2X09A 1XV8A 4HZ8A 2J7FA 3ARVA 2YDQA 2W61A 2WMIA 1J01A 1US2A 1CGUA 4OZOA 1GNXA 3WD3A 1FH9A 5BRPA 4EAMA 1GVIA 1FFRA 6CGTA 2WHKA 3UG4A 5HNNA 5LYRA 1JZ5A 3LPOA 1V6XA 5CXPA 2JIEA 2PC8A 2X05A 5I24A 4D6DA 4HP5A 1QNSA 2YBUA 1J11A 4URIA 1E72M 1VFUA 1JZ3A 2ZXAA 4HMDA 4QDMA 1B3WA 4Q22A 2VI0A 2XSAA 2GSJA 3T0DA 1CEOA 2DIEA 4Z2KA 1KQYA 1MW1A 1L0PA 4EKJA 4TTGA 1QBBA 3PZ9A 5AY7A 2B31A 2D22A 2OYMA 3APGA 4C7GA 2VCCA 2OWWA 3WDRA 2WPGA 1AQHA 2E8ZA 1OGGA 1E5NA 4HZ7A 1WNOA 3CUIA 3WL1A 4JIEA 4LQ1A 2O92A 2OSXA 1BVNP 1UH2A 3AIQA 1G1YA 2DH3A 1PAMA 4LYRA 4M8UA 1HT6A 1CWYA 4GXPA 4JFUA 1ESWA 4HMCA 4J7RA 1BTCA 3VVGA 3MV11 1W3LA 3LMYA 4RE2A 1M7XA 3PZVA 1HKJA 2O9TA 4BA0A 3WBEA 5A6KA 1CECA 1UWTA 2WCSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1PIG A;  1JNE A;  3OB8 A;  2X1I A;  3EBV A;  3O6A A;  3WDH A;  1W9D M;  4UFI A;  1E6R A;  5M17 A;  3W37 A;  3I3B A;  2G3M A;  3ALF A;  1GOW A;  2EPO A;  2J75 A;  3WY1 A;  3K46 A;  4W7W A;  4PTX A;  4D1J A;  3OLD A;  2G41 A;  2FH8 A;  4H41 A;  5JBF A;  1UHV A;  4OJY A;  3CZG A;  1E0W A;  1YHT A;  3BC9 A;  3POC A;  5ABF A;  1D2K A;  1WB0 A;  1C90 A;  1UD5 A;  2XII A;  2GFT A;  4BQ5 A;  4HA3 A;  3NJ3 A;  1RD6 A;  5BXT A;  1NM9 A;  1JDA A;  1C8Q A;  2WMJ A;  1DWI M;  2QMK A;  1XH2 A;  3O9N A;  5IHS A;  2CKS A;  3AIU A;  1R85 A;  1B9Z A;  4V2X A;  3CMG A;  2DQX A;  1J0K A;  2GDV A;  2CBJ A;  1GQK A;  4KWU A;  4ATL A;  4F66 A;  1IZJ A;  1KGW A;  2VO5 A;  1O6I A;  3TTS A;  3WEM A;  1EOK A;  3N1A A;  4TXE A;  5BXR A;  2WWD A;  4AEF A;  5D9N A;  1V0N A;  1UR1 A;  1SFS A;  5C8B B;  2WSP A;  6A3H A;  3L4Y A;  3RCN A;  3WMS A;  1V3K A;  3VD5 A;  1UA3 A;  4HME A;  3FN9 A;  2J74 A;  1TG7 A;  5CZK A;  2D0H A;  1VEP A;  2EPN A;  5JIP A;  2FHF A;  1E56 A;  1CBG A;  1CEN A;  4A4A A;  4RE4 A;  1JZ7 A;  3WF3 A; 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