2W4X | Genus

Total Genus 229

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	229
sequence length	586
structure length	579
Chain Sequence	SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structural Insight Into the Mechanism of Streptozotocin Inhibition of O-Glcnacase. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
total genus	229
structure length	579
sequence length	586
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2008-12-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	2w4xA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2w4xA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	2w4xA01

2YKKA 4UFIA 4C90A 5BRPA 3BCDA 4Q22A 1W32A 3L4VA 4AZ6A 2DEPA 4CVUA 3CUIA 1KWKA 1W91A 1W1VA 4LXFA 3VMPA 1CGYA 3PBGA 2XVNA 4HA4A 4QLLA 3VGBA 3MUY1 4FLRA 3D3AA 3BAJA 1JZ7A 2J7BA 5I5RA 5EB8A 1JFXA 1HVXA 1E0XA 1NARA 2VUYA 2J77A 2NSXA 4MB4A 1ODUA 3W81A 1SR0A 1B3XA 2VR5A 2PB1A 1VIWA 5CLTA 4Z2JA 1LWJA 3SCRA 3SIMA 1GJWA 4HMEA 2WAGA 3ARRA 1UKTA 2X1IA 2O9OA 3L2MA 4D6CA 2DT3A 3I3BA 3AS1A 4CD4A 1CGUA 1I1WA 3M6DA 2E9LA 4D1IA 2VX7A 4W8AA 2ZE0A 4CN6A 2DQXA 3N15A 5BRQA 3NIYA 1HJXA 4Z2GA 3RM9A 1C8XA 3CZEA 1JI2A 1ITCA 3CUHA 2WZIA 3VD4A 4JCLA 1OGGA 3F5JA 3EMCA 1H11A 3WDHA 4W5UA 2CKRA 4M56A 3TOPA 2J78A 5DO8A 2UY4A 3VIKA 2PBOA 4HP5A 3ZT6A 4AZHA 2G3IA 3ARPA 4J3SA 1VFMA 4U33A 2O9TA 1NOUA 1MW1A 3WD0A 1JYVA 4CCDA 1I75A 1TCMA 3OLGA 1HJSA 3OG2A 1VBUA 4KMQA 3J7HA 3ARSA 3OZOA 1V3MA 4P7QA 2VQTA 2CHNA 3U7VA 1PEZA 4AY1A 1PIGA 1UG6A 1WAWA 4M81A 3DYPA 4XV0A 2Z1SA 3VIOA 4Z2LA 2VZSA 4NI3A 2J74A 1IZJA 4HOXA 3CHFA 1MFVA 1QNRA 1K9DA 1C90A 1ISVA 1DWIM 4J3TA 3NSNA 4J3VA 2VNCA 4QAWA 4UOQA 1HJVA 4AZGA 4LYQA 3L4XA 3UG5A 5IHSA 1CXKA 1E6XM 2ZX6A 1ODZA 1R7AA 3N9KA 2ZICA 2J47A 4NRSA 4ACZB 4DWSB 2RGLA 1XH2A 2J7HA 2WLYA 3BH4A 1QNQA 2ZUSA 3EDFA 2ZX8A 2OYLA 3MS8A 2WVUA 1V03A 1WCGA 3WBAA 5A95A 1AQHA 4WK9A 2PC8A 3POHA 4L4OA 3MMWA 3GBDA 2G4FA 2WBGA 3AI0A 4AZ7A 1JZ5A 4PBGA 4V28A 2V3DA 1EOMA 1GPFA 1FH8A 5A2BA 3L4TA 3AS0A 3GTNA 1PBGA 4TX8A 4W8BA 1B3YA 1WE5A 5TD4A 4UQAA 5D9NA 1FA2A 3IJ9A 1UZ4A 1V0MA 5A6LA 4XX6A 3VU2A 1ZBCA 1KXQA 2CNCA 2ESCA 3GM8A 1C7SA 1V3JA 4U3AA 4TTUA 1DTUA 4MDPA 2FH6A 4AW7A 4U5KA 2CKSA 1OBAA 5M5DA 5CQ1A 2QV4A 2QMJA 1JZ8A 1GORA 1FP9A 3F5LA 4ATLA 2JIWA 3OGSA 4DWSA 2DDXA 2DPEA 3BAYA 2WCGA 3FHQA 3TTYA 2J7EA 3CMJA 3W25A 4P8WA 1UUQA 4TVDA 4CCCA 1JZ2A 4ML4A 3AHZA 4BS0A 2AAAA 2EXOA 2YL9A 4D6JA 2J7DA 3ARYA 3OLEA 3E1F1 5A1AA 4GINA 4OOZA 3PZ9A 4RL3A 3AMLA 4HTYA 4MAVA 2ZUVA 4FLOA 2BVDA 1CXEA 3NCOA 1KGUA 2XHYA 4J27A 4C7DA 2WLZA 5I24A 1GNXA 4GZIA 3L4ZA 3WQ8A 1F4HA 3U5YA 3T08A 4HU8A 1US2A 4H8HA 1EQCA 2XM2A 4Q7NA 3UETA 1HNYA 4ATDA 2UY5A 3ZJKA 3VDBA 1UQZA 1UKQA 3W6LA 2AMGA 3AMCA 1K9TA 1WO2A 3W6MA 4XUYA 4F9DA 3DC0A 1JAEA 1HP4A 4LYRA 1UWQA 1R86A 3UG3A 3CBWA 2D0HA 1NOWA 4HPHA 3M46A 1E3ZA 1HKIA 2J25A 1Q6GA 4GO9A 3MUAA 2GFTA 4CCEA 1KQYA 1J0HA 1TE1A 3CZGA 4TUFA 4KGJA 4PUEA 3W82A 1E15A 1LG2A 3CTTA 3F5KA 1V6YA 4QDMA 3CZJA 2VRJA 3VTRA 5BXPA 4MB5A 4MB1A 4D71A 2Y5EA 2WMGA 2DSZA 3VD3A 3UR7A 2BY0A 4UTFA 4UFMA 4RE2A 2D0GA 1HN1A 1WZLA 2E9BA 3WQ6A 1LL4A 1HKMA 1W9VA 2XGBA 3A4XA 2EPMX 4V2XA 2ZUTA 1IT0A 2EPKX 1TR1A 3UG4A 1E3XA 3MSGA 1HKKA 4S3JA 2VI0A 4W89A 4PCSA 1GQKA 1JF5A 1QI3A 2YLLA 4GQQA 2D3LA 4URIA 5JUVA 3BLPX 1W3JA 2WXDM 1J01A 4TVUA 2D22A 3VPLA 3ZT7A 2WBKA 1JAKA 3A6OA 4X0NA 2O9RA 1QOXA 3ARUA 3RM8A 1W1YA 1WP6A 4U2YA 4A4AA 2DH3A 4DUXA 2VQUA 1UD8A 4MAZA 1E73M 2GK1B 1GHRA 2VOTA 1E4IA 1J9YA 5AYIA 3ZJ7A 4WKAA 1U30A 1B3VA 3VDCA 1V0LA 1J11A 5D9PA 1U2YA 1GJUA 3N11A 1KWGA 4BQ4A 4W7VA 4CN4A 1BYAA 3WDRA 3VGGA 3WF3A 4JZ5A 1XCWA 3AIUA 2GJRA 1GOIA 1JYNA 4UR9A 1KXVA 1ISWA 4CD5A 3EYPA 1QVBA 2XVGA 4M1RA 1UWTA 1J12A 4FK9A 4CD7A 1V6WA 3ECQA 1VB9A 1M7XA 3EDKA 5A6JA 2MANA 5DFAA 2E8YA 1GOKA 3BSHA 3VM7A 1W9BM 2WKGA 2WYSA 1TVNA 5ABFB 1CLVA 3T0AA 1H1NA 1UHVA 5A6BA 1GCYA 3WNKA 1UKSA 3WUFA 3PHAA 2XVLA 1PX8A 1BVNP 1F4AA 4PSPA 1LL6A 2GSJA 4TX6A 3GH4A 3QOKA 4W93A 2ZUUA 5D9OA 3WNPA 2CERA 1TA3B 1WZAA 2CXGA 1M03A 3PZMA 1BVZA 2D3NA 1JXKA 4JFVA 4UCFA 2EPNA 3JUGA 1XSJA 1DWJM 3WDIA 2PWEA 3ZR5A 3PTQA 4CKQA 4OUEA 1UKOA 1JZ4A 4AZ5A 3VD9A 4UZSA 2Z1KA 5JIPA 1V6VA 1KQZA 5CLWA 5A8MA 3SEPA 2NT0A 4BQ5A 1RP8A 3VKKA 3B9DA 3KZSA 4DUVA 3TA9A 2OWXA 3W24A 1US3A 2JEPA 1XV8A 1QI2A 4NZCA 5ABFA 2DIEA 3B9AA 2X0YA 1V6UA 2DT0A 5CG0A 2VX6A 1FHLA 1QW9A 1ECEA 4HPGA 3WEOA 3TONA 3EMZA 1G01A 2UY2A 3A4WA 1UZ1A 1UYQA 2ZXAA 1G94A 4MPKA 1C8YA 4PMOA 1DWAM 1UR2A 4HZ6A 1JFHA 3PZOA 4W7UA 2YL6A 3CGTA 2VR4A 4UNIA 1D7FA 4FMVA 1CENA 2D0FA 3VIJA 3TTOA 3QHOA 4MJ4A 2WC4A 5ECUA 2XWEA 1MXGA 2WC3A 3RJYA 1H0GA 4MADA 1PZ3A 4H2CA 4J3UA 4AMCA 1CLXA 2X09A 4LPCA 1W3LA 1O6IA 3T0BA 1GVYA 4PMVA 4IPNB 1EHAA 5KZ6A 4Z2HA 3SURA 1FOBA 2QPSA 3I3EA 1JI1A 2YLAA 3CUGA 2ZXBA 3NDYA 2EQDA 1B1YA 2XIBA 4JIEA 2EPLX 4PCTA 3CZKA 5DF0A 1VFFA 3WQWA 1KFWA 2FGZA 2Y2WA 4ZE4A 5C71A 4FLSA 3UERA 5A2AA 2EEXA 1B2YA 1B31A 4WJXA 1SMAA 3ARZA 4QFUA 8CGTA 1CEOA 3ZJ8A 1PX3A 1E6SM 1H49A 5HPCA 5DEZA 3MV11 1MFUA 2VURA 4IM4A 5BROA 2QPUA 5HBFA 1YQ2A 2A3EA 3AFBA 4UQCA 3MANA 1R8LA 3GNRA 5A8QA 3B8SA 5A8NA 2V3FA 3AYRA 3AIBA 3CHEA 1QPKA 1ZU8A 4M8UA 1WB0A 4M82A 1TG7A 3HN3A 1BG9A 4PYSA 4H41A 3BC9A 4KH2A 5CXPA 1ESWA 2D20A 3VMOA 1J0JA 1FH7A 1W3KA 3WQ5A 2UWFA 1EO5A 3ARWA 4PEEA 1LLOA 2W92A 3BAXA 4AD1A 2XFRA 2ZUWA 2C7FA 3WH7A 1HJWA 1UR9A 1JZ6A 5JBDA 1E1EA 4TVCA 1CXLA 1LG1A 1NWUA 3AZSA 1GOWA 5A8PA 1YHTA 3FHAA 3NYDA 1VENA 3MUIA 1FH9A 5FCZA 1JIBA 4M24A 3AMKA 5A8OA 4Z2KA 2D24A 2BXYA 3OBAA 4AIEA 2VO5A 4JKKA 1H41A 3BAWA 4JKMA 1AQMA 3VD7A 3AIQA 3PZQA 3WNMA 1W9UA 2IUZA 3EDJA 3MUZ1 2W5FA 1EQPA 2E9MA 6A3HA 1J10A 1A3HA 4DWSD 3ALFA 1MWOA 2W62A 5E9AA 2WZHA 1ZBVA 4JHZA 1JDAA 2YA0A 4DWSC 1D2KA 4GZEA 4P7OA 1R85A 1W3HA 5LA0A 3PZIA 3DYOA 5A6MA 3WD2A 1QNPA 1WDPA 3O2LA 1OSEA 5JIWA 3WL0A 2PI6A 1JG9A 5IDIA 1L0PA 1W9XA 2YBTA 2BY1A 2ZUNA 4ZENA 1V02A 4MDOA 2J4GA 1V02E 2XJ7A 1KCLA 4PTMA 2GDVA 1Y7VA 2ZWYA 1CTNA 3BGAA 3GH5A 2BNJA 3RM4A 2YA2A 4UOJA 3DECA 4E2OA 4UOZA 1E5NA 4MNMA 1N82A 2JFEX 2W91A 1UR8A 4CVWA 5IFTA 4J3XA 1RH9A 1C8QA 5D4YA 3RILA 3SCSA 1K9EA 3WFLA 4TTGA 2VX4A 1EGZA 2J62A 2E4TA 3SCNA 1SFSA 1XRVA 1LF1A 3TTSA 3WMBA 3GXMA 5CPQA 1NWRA 4JHOA 4WKFA 3APGA 4ZFMA 4ZXOA 4DUWA 4AISA 2GJXB 1Z32X 3WDPP 1DEDA 5DT5A 3CMGA 2VZVA 5GPRA 3PZGA 3L4UA 3AIEA 3WKZA 2JEQA 4WSKA 3VINA 3AHXA 5A6AA 1JNDA 2CEQA 1OM0A 2FDMA 2OYMA 5EBAA 1ISXA 1JYXA 1C92A 1E1FA 1CYGA 3T09A 5E0FA 1BGGA 2J7CA 3WNLA 1HX0A 4N0RA 1NH6A 1WNOA 4AD2A 4R5EA 4D6DA 3GYCA 5A2CA 4BQ2A 1TUXA 1KCKA 2Y8KA 3WD3A 4ACZA 1UQYA 5CSUA 4BA0A 4PMZA 2YDQA 1B3ZA 1XYZA 3IANA 3AYSA 5EFDA 1BG4A 4KGLA 3ZIZA 3ZSTA 3W38A 4AWEA 3BSGA 3HU7A 1E6PA 4JCMA 1QW8A 1EHNA 1ZBWA 2ZXQA 1CECA 1JNEA 3SCPA 3PZVA 1EDQA 2YDRA 3W53A 3VIMA 1OWQA 4HOWA 1UA3A 3RMEA 1BLIA 2CBIA 4HA1A 3QOMA 1GQJA 3AXXA 2GJXA 1QHZA 2V3EA 3ZM8A 3SUUA 2VTFA 3VDHA 4Z2IA 4W86A 2PF0A 3WDQA 1G5AA 2XUCA 4AD3A 1PX4A 2AOSA 2BS9A 1KB3A 1XD1A 4K68A 4LYPA 9CGTA 1BTCA 2OSWA 4BCEA 1V3IA 4W84A 3TTQA 1UD6A 1JDCA 1H4PA 3K8MA 3RIKA 1GQLA 1UD4A 3CLWA 1X6LA 3B9EA 2BVTA 2J8FA 3I3DA 4W8LA 1JZ3A 1V0KA 5FL1A 1CXHA 4NF7A 3AHYA 4AZBA 2A3CA 2ZWZA 1EOKA 5A6BD 1CXFA 2VCBA 2WZEA 3N12A 3T0DA 1ZB5A 4M80A 1PAMA 2WSPA 4UFJA 1XCXA 4GZJA 1DWGM 2WMJA 5EFFA 3MO4A 1VAHA 3AROA 1B3WA 2VVNA 2PWFA 2X2YA 1O7AA 2CBUA 5FL0A 4E8CA 3VIIA 1GOOA 1QHOA 5E09A 1W9PA 5FIPA 5E6ZA 7TAAA 2YIHA 3AZTA 5AYBA 1KGXA 3A3HA 1E72M 1NQ6A 3SUWA 4IUGA 3WH9A 3CIVA 1E6QM 4PUDA 2WWCA 3W27A 3BAIA 4S3KA 1JD9A 1TVPA 4WSJA 1ISYA 2BY3A 1AMYA 2WMKA 3KEHA 1XHGA 1XD0A 3GH7A 5IHRA 2YL5A 3AMDA 1MVYA 1V3HA 3VGHA 3W0KA 4RE4A 1H3GA 2VJXA 2HVMA 4EAMA 4ZE5A 1SYTA 5M17A 2XVKA 3FW6A 4JFSA 2W67A 1KXHA 2GDUA 1EXPA 1V0NA 5KEZA 4OBSA 4HU0A 1FP8A 3N18A 1WDQA 2UY3A 5HXMA 1XC6A 2CPUA 2HISA 3A4AA 2DT1A 4R27A 4JFUA 4MB3A 2WVSA 5JBFA 2W61A 1OIMA 3MKKA 3SCVA 3W29A 4AIOA 1B30A 4GI8A 5E70A 3WQVA 3RJXA 2EPOA 4EKJA 1M53A 2YDSA 2ZXDA 5AC5A 5A6SA 1E0WA 2VZUA 1Q6FA 1E56A 4D6HA 3T2OA 7A3HA 3VGEA 1H0IA 1LL7A 3SCWA 1DP0A 2WK2A 5GQBA 1VEOA 1VEPA 3K4AA 1GZJA 3CO4A 3AOFA 5E0CA 4GXPA 4F8XA 1WPCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KM3 A;  4L0R A;  4AZ6 A;  3T40 A;  4D2J A;  3LV6 A;  3CUI A;  4CVU A;  1IJ5 A;  1W91 A;  2F38 A;  1MNS A;  4PUN A;  2KZ7 B;  4QG9 A;  5LOV E;  3VGB A;  4ILC A;  2XQA A;  3FVD A;  3UWY A;  3AAE B;  3GC5 A;  3BAJ A;  4H9Q C;  4PFH A;  1JZ7 A;  1BR1 A;  1DE6 A;  1JFX A;  4Q8O A;  4QQ3 A;  3RKO A;  3QMT A;  3TW6 A;  5FY0 A;  1E0X A;  1FWD C;  2VUY A;  4BY3 A;  4FXF A;  5HR6 A;  3VKG A;  1ODU A;  4LF8 T;  3QC9 A;  4Z2J A;  3S8H A;  1OFR A;  5AHM A;  1KNW A;  1Q2R A;  1FHU A;  4IJB A;  1KFE A;  2X1I A;  3N73 A;  4D6C A;  1P0E A;  4YWS A;  5LIX X;  2Z24 A;  5CJM A;  1GZG A;  3I3B A;  3QYQ A;  4JDY A;  3LK3 B;  3SGG A;  3PB0 A;  1CGU A;  2NVA A;  3IS4 A;  1ZJI A;  2BVL A;  1NFG A;  2WDQ A;  1RXO B;  3UWW A;  3FXE B;  2C14 A;  4CXY A;  2H90 A;  5XIN A;  3N15 A;  1HJX A;  2G0W A;  2Y0F A;  1M7O A;  4H00 A;  3CZE A;  4LF7 T;  2HSA A;  3OJG A;  2ZA2 A;  2GJL A;  3F5J A;  3LCW A;  3RPT A;  3WDH A;  3MTW A;  2CKR A;  2ZM8 A;  2J78 A;  3GR4 A;  3BZJ A;  2UY4 A;  2PBO A;  2PCQ A;  2AQV A;  1VH7 A;  4AZH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2W4XA

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