2W4X | Genus

Total Genus 229

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	229
sequence length	586
structure length	579
Chain Sequence	SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structural Insight Into the Mechanism of Streptozotocin Inhibition of O-Glcnacase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
total genus	229
structure length	579
sequence length	586
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2008-12-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	2w4xA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2w4xA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	2w4xA01

1GJWA 1JZ3A 1XCXA 4BQ3A 2IUZA 1W9XA 3WDQA 3EDKA 3WF2A 3WNNA 1G1YA 4A4AA 4JFWA 4C7FA 4LYRA 2XG9A 2DQXA 3SIMA 1PX4A 3A4AA 3VVGA 2XVGA 4JHZA 1KFWA 5E9AA 5M3WA 1W9BM 2VT0A 1UWRA 1E0VA 4EAMA 1HVXA 2PWHA 1ZJBA 4PUDA 1QW8A 2WC7A 2E8ZA 2RGLA 3WSUA 3RJYA 1GHRA 4P8XA 1V6UA 5I24A 1SMAA 5A6JA 1WZMA 3PZMA 1ZBWA 1ISVA 3ZT5A 4ZE5A 2VZSA 2ZUSA 2CKRA 4QCFA 3GNOA 1B30A 5HDRA 1UKOA 4KRTA 3PTKA 2WNWA 4XUYA 1VJSA 1BAGA 2VX7A 1MW2A 1LLOA 2QMJA 3EMZA 3N13A 3WNPA 3TA9A 4MNJA 1FOBA 3VIMA 1E1EA 4FF5A 1XC6A 1BGAA 5EBAA 4CCDA 1HJQA 5ABFB 2ZXQA 3PTQA 1WAWA 5ABEA 3AQUA 1WB0A 1JF5A 4IPNB 3VGDA 4ZFMA 3T2QA 4AIEA 3F5KA 4WKAA 1LWHA 4W5UA 3ZJKA 5GQBA 2E9BA 4NSBA 3NSNA 4E2OA 1K9TA 2D1ZA 2D3LA 2V3FA 4EANA 1ZB5A 4CN1A 3GYCA 4D6DA 3SUVA 1V3JA 2WHMA 3NYDA 1HIZA 1MXDA 3CIVA 2F61A 1UD8A 3ARZA 1MW3A 1LF1A 4P7NA 2VX5A 2WBKA 3VD4A 3CMGA 4AZ6A 6CGTA 1JG9A 1TVNA 2HVMA 3WMSA 4RE4A 2WWDA 2J8FA 3LPOA 3PZGA 4F9JA 1XD0A 4AIUA 1JGIA 4UQAA 1KGWA 3AHZA 4MDOA 3AIVA 4IM4A 3BMWA 5IFTA 2W67A 5A6BA 1KCKA 4QAWA 5CGTA 2DIEA 3NIYA 1JAEA 3VTRA 1PJ9A 2YIHA 3FAXA 2DGAA 3MSGA 4XB3A 4J3XA 4D1IA 2J25A 1U33A 1Q4NX 1TA3A 4K68A 4QLJA 1YHTA 1ODUA 5ABHA 1QNSA 1TUXA 3CO4A 2ZUNA 3A4XA 1MQQA 2BVYA 4PTVA 1GOIA 4LX4A 3BAIA 3AICA 4DWSA 1N82A 3A47A 3E1F1 4D6GA 1ODZA 1PX8A 1CECA 1BYCA 3BMVA 4BQ5A 3SCWA 4EKJA 3RDKA 2XVNA 2VNCA 2ZIDA 3NDYA 2ZWYA 5FOOA 4UQ9A 5JIWA 5GNXA 2BHZA 4JCMA 1QI0A 1RH9A 1QPKA 4HZ8A 2E8YA 3NSXA 2VRQA 1H49A 1QVBA 5I79A 3EMQA 2DSVA 4HZ7A 5E09A 3FN9A 3WD1A 2WMIB 1ZJAA 4ACZA 4QLKA 2OWCA 2PC8A 1HP4A 5JBFA 1NWTA 3K46A 1JXKA 1KBBA 2CIPA 3MMUA 3PZTA 2WVUA 4A3YA 2NW0A 1WP6A 5AC4A 3O2LA 1HJUA 2TAAA 3TTOA 4PUEA 2DT1A 2XIIA 2OWWA 1KXHA 3U57A 3AIQA 3ALFA 4U2ZA 3PZNA 1XRVA 7TAAA 3AXXA 1GQIA 3U5UA 2VO5A 1TZ7A 4UR9A 4M80A 2YL9A 5JBDA 2ZUWA 1CENA 1C91A 3U7VA 2WSKA 1UH2A 5BXTA 3AIBA 1FFQA 1JFXA 4C91A 1B31A 4GKLA 1J0YA 2VZTA 4RE3A 5F7UA 2CYGA 2FHBA 1D7FA 1QOXA 1BG9A 1VBRA 3MU7A 2XFFA 5KZ6A 2D20A 3WDPP 3WMCA 2ZE0A 2CBUA 4YN5A 4AZ5A 4QLLA 1UR2A 1NP0A 1B2YA 4TOQA 1JYVA 3VDAA 4FLQA 1E3ZA 1M53A 4W86A 3GZAA 3CZ8A 5LA2A 3B8SA 1HKIA 4CCCA 3THDA 1UQYA 3II1A 1VJZA 3OGVA 3ARVA 2V5DA 2J7GA 3I3BA 3AI0A 3M07A 4W7WA 4GZJA 3F5JA 3GDBA 4UNIA 4H2CA 4GZEA 1UWIA 4J28A 1MYRA 3KE0A 1R8LA 4PRWA 1NWUA 2GK1A 3MSDA 1DTUA 2GJRA 5M5DA 1RP8A 3CZGA 5DF0A 4Z2GA 5A1AA 4F79A 1LWJA 2PBOA 1CXHA 1MWOA 2Y5EA 8A3HA 1RP9A 2WMJA 3OLIA 1H5VA 2WKGA 3N04A 3DYPA 4PMDA 4BF7A 3VGEA 3DYOA 5A94A 1JD9A 4H8UA 4ZE4A 1OWQA 1H0GA 5IDIA 3AXHA 1UR8A 1H1NA 1E5JA 3OLDA 1IV8A 2G3JA 3VIIA 3M6DA 1E1FA 3WMBA 2VZUA 2WC4A 2XWEA 4UFKA 5A6LA 5ECUA 3RMEA 2XFRA 2UY2A 1E6ZA 1DP0A 2CPUA 2B31A 3VDHA 4HMDA 1C92A 4JCLA 2BY2A 4UFLA 3DYMA 1HJSA 2CESA 4CD6A 3CH9A 1E71M 3WQ6A 1QHOA 1UD2A 4BZYA 2E4TA 4M81A 9CGTA 5CLWA 4DM2A 2JF7A 4Z2IA 3DECA 2VL4A 4H04A 5A2CA 3A6OA 4OKDA 4AZBA 4CKQA 2A3BA 1TVPA 1QI5A 3ARSA 3QOKA 3ZIZA 1O7AA 1BYDA 1S46A 2ESCA 1LJYA 1WZAA 2C0HA 1B9ZA 2YOCA 3JUGA 4J7RA 2YJQA 1GQKA 2WB5A 2FHFA 5M03A 3PZ9A 4W85A 2VCAA 3CZLA 2EBNA 3VX0A 5A6BD 3OLGA 1EHNA 3CLWA 1V3LA 1WDQA 3AHVA 4WIWA 5A3HA 3L4ZA 1WKYA 3WF0A 2FDMA 2D22A 5IFPA 3B9DA 1R87A 4KGLA 3RILA 1JYNA 3WDRA 3NSMA 1UYQA 2VQTA 3IAQA 3M46A 3GXFA 3WIJA 2WHKA 2WLYA 3ARQA 2E3ZA 3G6LA 4M82A 1E6XM 1OGBA 5LA0A 3W82A 4DWSD 4WKFA 4NRRA 4UOJA 4MADA 1QI4A 2XHYA 4S3KA 5A95A 5A2BA 1LG1A 3DC0A 1FA2A 2ZXAA 1Z32X 4JL1A 3RCNA 4H8VA 2G41A 3UCQA 3SCPA 4MTVA 1FFRA 1L0PA 3ZJ6A 3PZQA 4P8WA 3ZOAA 3N9KA 3APGA 3AHYA 3RPMA 2ZXBA 1QI3A 4MB1A 4MB4A 4GO9A 1CZ1A 4J3VA 2WVTA 2QV4A 3RM8A 1BLIA 2G3NA 2C7FA 3W53A 2J75A 4PTMA 4AZHA 1ISWA 3W6LA 5ABFA 2O9PA 5AY7A 1OBAA 5E6ZA 1XHGA 1GJUA 1UOKA 4AZIA 2PWEA 1W1YA 1V03A 3GH7A 4L4OA 3W25A 1JD7A 3BAKA 1NWRA 1K6AA 1VAHA 2ZX7A 1Q6GA 3WY1A 1A3HA 1H0IA 3TP4A 1W32A 4MNLA 5ABGA 2NT1A 5BWFA 4QFUA 3VUPA 5E70A 4OIFA 2ZOXA 4D6CA 2CETA 2WHJA 4LYQA 2BY3A 4ATDA 4E8CA 3SCNA 4B3KA 1XSJA 5EFDA 4L4PA 3TOPA 3WUGA 1EGZA 4JFUA 1ZBKA 5C71A 1C90A 1OB0A 2WWCA 4D1JA 2GSJA 1C7SA 4HZ6A 1JXJA 4GI6A 4HA3A 2WLZA 1GOKA 3VMNA 2BHYA 4MPKA 5C70A 1KXQA 4UQDA 3MMWA 2WZIA 3ARTA 1NP2A 3VGFA 3WH8A 5DFAA 1CXIA 1WPCA 3CBWA 3ARUA 3PZVA 2J7CA 3QOMA 3W29A 4UQEA 5CGMA 3W27A 4YHGA 1W1TA 4CN6A 1NWSA 1VFOA 4ZXLA 1KWKA 3BSGA 1ECEA 3AZRA 1JFHA 2YKKA 4Q22A 2XPKA 1DWGM 4AD1A 5CZKA 4B9ZA 3MV11 3ZT7A 4PBGA 1U30A 4MAZA 3SCVA 1UH4A 1WO2A 5LYRA 3K8MA 1UD5A 1EIBA 2OWXA 4AXNA 1UWTA 2JIWA 3NUKA 2BY1A 2WCGA 2D24A 3WDHA 2W5FA 4XZWA 5I2UA 4IPLA 3FXYA 2YL5A 3CUIA 3VIKA 1UD4A 3WH9A 4U5KA 4LQ1A 2VCCA 3KWXA 5DT5A 3CUJA 4LPCA 4UZSA 3WNOA 2C8NA 5GPRA 2A3AA 1W9PA 2X1IA 1F4HA 1OCQA 3VMPA 1UR9A 1PX3A 1W1PA 1HP5A 1G0CA 1B0IA 2WMIA 4NF7A 3ZSSA 1V02A 2UY3A 3D5HA 2WZHA 1H2JA 1V3IA 1K9EA 4WSKA 5I23A 1BYAA 3VD7A 3VGBA 1VFMA 3SUUA 1SFSA 1V6XA 1LL7A 2ZWZA 1V0KA 2GDVA 4P7RA 4UQCA 2Y8KA 3EDJA 2WBGA 1OSEA 1EQPA 1ESWA 1JZ5A 1CEOA 1FHDA 1PEZA 1X6LA 2ZXDA 3AYRA 3T0BA 1B3XA 1FH8A 5HPCA 4AD2A 1M03A 4CD7A 3SCQA 1VRXA 1E4MM 1XYFA 8CGTA 1QNPA 3AS0A 2OSYA 4JL2A 2GJXA 1BGGA 2IXVA 4TUFA 5CJ5A 1BTCA 4TVUA 2XWDA 1JZ2A 3GH5A 2EPMX 1OINA 2G8ZA 4RE2A 1W3KA 1WCGA 1OT2A 3CZJA 3ZMRA 1JI1A 2VI0A 3GXDA 1ITXA 3VILA 3B9EA 1OM0A 3CZEA 1V0NA 4GINA 1NOUA 4Z2JA 4J3UA 3TTQA 1LG2A 2A3EA 1KXVA 2DDXA 2D2OA 2OSWA 5BXRA 2XVLA 2FGLA 3WEOA 2VJXA 3EYPA 4CD8A 5CPQA 2W92A 3UG4A 3VDBA 1W9UA 2V38A 5BRQA 2VMFA 5TD4A 3K1DA 2OYKA 2WCSA 3SCUA 3WQWA 5DMYA 2Q8XA 5GNYA 3SUSA 4PCSA 4Q7NA 1XSKA 5A8QA 1JZ8A 1KXTA 4FLOA 3VNYA 1CPUA 5C8BB 1E4NA 1BVNP 3AMCA 3WDIA 1E72M 2DH3A 3L4UA 4CU6A 1E55A 1FH9A 1QNOA 3AISA 4XX6A 4KGJA 4WKHA 4OBSA 1J0HA 1M01A 4W8AA 2RGMA 5A8OA 3VD3A 4MJ4A 1KB3A 1GPFA 3WNLA 3GNPA 4RL3A 5DEZA 3VM5A 2X09A 4P7OA 4QP0A 5D4YA 4MDPA 1D3CA 2JE8A 2VCBA 2BY0A 4OBRA 3N18A 4U5IA 1D2KA 2G4FA 4NI3A 1E6QM 4F8XA 2QHAA 4HP5A 1H11A 3HU7A 3WD4A 1KBKA 4KWUA 1CIUA 3J7HA 4U33A 1DHKA 3VOCA 1KR0A 3WFLA 2O9OA 4PYSA 5EFFA 4E4PA 1B1YA 4ZEPA 2NSXA 2W62A 3VNZA 1NH6A 2HISA 3T0DA 1VEMA 1QNQA 4PEEA 4N42A 1B90A 3CGTA 2Z1KA 3RM4A 1VENA 4AZGA 2E0PA 4M29A 3AS3A 4CVUA 1HXJA 4UFIA 3VGHA 4FLSA 4AD5A 1H09A 3KZSA 5A6MA 2CITA 3ARYA 3MANA 1GUVA 1CTNA 1V6WA 3FW6A 2QMKA 4X9YA 4UFMA 4C7DA 1J18A 4B15A 3GXMA 1U2YA 4FK9A 2DSKA 1UZ4A 1KCLA 1KWGA 1W2VA 1R7OA 4OZOA 2YA1A 3IANA 1XSIA 4GI9A 3AMKA 3AIEA 2YA2A 3U5YA 3CHEA 1A47A 1GORA 5CPTA 2ZUVA 4A3HA 4Z2KA 4Z2HA 3MV01 1G94A 2D0FA 2F2HA 1M7XA 3ZR6A 4J3SA 3W28A 3MUY1 2GVYA 3PHAA 1FHLA 4CUCA 1HKJA 1W9VA 1CLVA 2JEQA 2FH6A 2X8RA 1JYWA 1HJVA 2X0YA 3POHA 5EB8A 2OYMA 2VR4A 1J01A 1F4AA 1UZ1A 2W91A 2VZVA 4HOWA 5KEZA 3TTSA 2Z1SA 1V08A 4PMVA 1VEOA 3O9NA 1UQZA 1E0WA 3WUBA 2UY5A 1EA9C 4C7GA 2OSXA 5E0CA 4CVWA 4D6IA 1KQZA 2X05A 2JF6A 3SCSA 4J3WA 1UHVA 1TA3B 3AZTA 5FCZA 4QDMA 2DH2A 3WQVA 5CSUA 4AYSA 5IXEA 2WMHA 4IUGA 2VVSA 2EO7A 3FNDA 1V3HA 3W4RA 1GQJA 3NDZA 1AQHA 4PCTA 5CG0A 2XIBA 4TX8A 2EQDA 1E56A 2XFYA 3WEZA 4D72A 3LPFA 1J10A 1QI2A 2V3EA 2W63A 3SCRA 1O6IA 4HTYA 4ATLA 4HPGA 1E5NA 2WMGA 3OGSA 4DUXA 3VIJA 3KL0A 4D6FA 2X2YA 3ARXA 2EXOA 1HNYA 4LYPA 1J0JA 4PMRA 1VEPA 3AS1A 1CBGA 3KL3A 3D3AA 1HL9A 5D9NA 2GDUA 1E43A 4PSPA 3UR8A 3VINA 2YDQA 1JDCA 2XTKA 4PMNA 3WFZA 5IHRA 4U3AA 2VVNA 2XYLA 3ZO9A 3OG2A 4PMQA 3CUHA 1JYXA 3TONA 4U2YA 1QHZA 5BRPA 2YBTA 4MJ2A 1V02E 5AYBA 5JUVA 2DT0A 2UWFA 2VZOA 2EPOA 5I6SA 4JKMA 5D9MA 1OT1A 2G3IA 3CHDA 5CLTA 2XM2A 4D6JA 4R27A 5FL1A 4DM1A 3EBVA 4DUWA 1ZBVA 1BQCA 1CXKA 3WNMA 1JNDA 2W66A 5D8ZA 1GVIA 5GNZA 2NT0A 3N17A 3PZUA 3VU2A 4TVDA 1CGVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4DWS C;  5I0D A;  2J7H A;  2YA0 A;  2JIE A;  3AXI A;  3RIK A;  4J27 A;  2WZE A;  5A8N A;  1G5A A;  3EMC A;  1PAM A;  3SUW A;  2E40 A;  1CGY A;  3WF4 A;  1GZJ A;  4JIE A;  1X1N A;  5FKY A;  3ZQ9 A;  2CER A;  3GBE A;  4CU7 A;  4OJY A;  4XZB A;  5D9O A;  1JI2 A;  5IHS A;  2PF0 A;  5A8P A;  3ARW A;  3WEM A;  4GZI A;  1E4L A;  2Y24 A;  2A3H A;  4KH2 A;  4CU8 A;  1GW1 A;  3VIP A;  3AHT A;  1C8Y A;  2ZX9 A;  4JHO A;  1ISY A;  2EPL X;  1G9H A;  4D71 A;  3FHA A;  4HU0 A;  4BCE A;  2BXZ A;  5FD0 A;  1HJX A;  2XGB A;  2Y8V A;  2PWF A;  5DO8 A;  3HN3 A;  2WC3 A;  4YPJ A;  3AYS A;  1J0K A;  1H3G A;  2J62 A;  1DWF M;  5A8M A;  2AOS A;  1HKK A;  2J8G A;  1W1V A;  3OGR A;  1H41 A;  3UEQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C8F A;  1ZJI A;  1JZ3 A;  1IJ6 A;  4DUZ T;  5JDL A;  3EDK A;  3ITG A;  3RCY A;  4RCX A;  4LYR A;  5HUO A;  2ATS A;  3SIM A;  1PX4 A;  2XVG A;  1KFW A;  5E9A A;  3R10 A;  1RCX B;  4P0B A;  4GX9 A;  1JCT A;  1OFQ A;  1OX4 B;  3H22 A;  1HVX A;  4Z1B A;  2C1I A;  8RUC A;  1ZJB A;  3VYL A;  2I56 A;  1NEN A;  4H9Q C;  2E8Z A;  2RGL A;  4WDU A;  4IPP A;  3WSU A;  2WKJ A;  3H3M A;  4GVG A;  1WZM A;  3PZM A;  1ZBW A;  3ZT5 A;  1VCT A;  2VZS A;  3E0I A;  5F2L A;  2ZUS A;  2CKR A;  3CYV A;  4Y9O A;  3GNO A;  4ZST A;  3RKO A;  3PTK A;  4YJ5 A;  4GYS A;  3EWC A;  4XUY A;  1VJI A;  1GEH A;  1BAG A;  2VX7 A;  3LQG A;  5FJP A;  4MNJ A;  1FOB A;  4UUI A;  4GYR A;  1MMA A;  3NQ2 A;  3M0J A;  4NAE A;  4UMB A;  2ZXQ A;  2LLE A;  3J9X 1;  4GWE A;  4DN1 A;  1WAW A;  4H2H A;  1WB0 A;  4NJJ A;  6ENL A;  3CK5 A;  3F5K A;  1LWH A;  4V33 A;  2CLK A;  4BJH A;  4IRE A;  3PB2 A;  4IDP A;  3ZJ1 A;  4GFS A;  3W7R A;  2D1Z A;  4GUF A;  2V3F A;  2BG9 A;  4O15 A;  1TPC 1;  3GYC A;  1V3J A;  2WHM A;  2H7O A;  4QG8 A;  2Z0I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2W4XA

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