2W66 | Genus

Total Genus 244

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	244
sequence length	712
structure length	647
Chain Sequence	SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINFRLSAGLQKAPVKFVRFFVLTIEK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Molecular Basis for Inhibition of Gh84 Glycoside Hydrolases by Substituted Azepanes: Conformational Flexibility Enables Probing of Substrate Distortion. pubmed doi rcsb
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
total genus	244
structure length	647
sequence length	712
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2008-12-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	2w66A03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2w66A02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	2w66A01

2CIPA 2DGAA 1Q4NX 3DC0A 2WB5A 1UR1A 4IUGA 3W29A 5ECUA 3VD7A 1CGTA 4DWSD 1BGAA 4BCEA 2ZWZA 1SMDA 1WAWA 1W2VA 5BXRA 1UH2A 2WANA 3OLEA 1NOFA 5D8WA 3VIIA 3K46A 2VQUA 1IV8A 1BG9A 1WDPA 1VFOA 4PUDA 2F8QA 4GZEA 1H3GA 4H41A 3GH5A 3RJYA 3BSGA 3VDCA 1GW1A 2EPMX 1GVYA 4MAZA 1GORA 4IPLA 1VENA 5I78A 3MS8A 3WDRA 1C3FA 4OOUA 4BF7A 1Y7VA 4W84A 1JDAA 1L8NA 3L4VA 4Q7NA 1AQMA 1SFSA 3EDEA 3WDPP 1G5AA 3MMWA 4CN4A 5FCZA 4AZHA 3ZR5A 1JXJA 1E1FA 2WZEA 2NT0A 3J7HA 3UG4A 2GJXA 1W9BM 1BGGA 3AISA 1JZ4A 1GPFA 3CUGA 3EDFA 3THCA 3IJ7A 5A6LA 2BHUA 1F4AA 1KQYA 3VGEA 4X9YA 3QHMA 1EXPA 5CZKA 1UKQA 3AS1A 4CVUA 3ARQA 4U33A 1EOKA 3MMDA 1M03A 4UOQA 3WD0A 3WENA 4F9DA 1V0KA 4XUYA 1E6PA 1LJYA 1H0IA 5A6MA 2ZX5A 3MV11 3AHXA 2ZXDA 1H11A 1HL9A 5M17A 4U3CA 4KGLA 4Z2JA 4W7VA 1K9DA 2CCRA 2CHOA 2BNJA 1QNOA 4PMVA 3LMYA 1FA2A 1AMYA 1V6VA 1G01A 1VRXA 2WMGA 1BPLB 2Y4SA 3AHVA 3BSHA 2A3BA 4MNKA 3W24A 2XPKA 1JF6A 2J7CA 3RIKA 3BCDA 2YBTA 4MADA 4J7RA 4PTWA 5AC5A 3GYCA 1W1PA 1UA3A 2UY3A 4M56A 1ZJAA 3TA9A 2YOCA 2ZUWA 1OIMA 1CGVA 1LQ0A 5AYBA 3WQWA 1V0LA 3K1DA 3RM4A 2E9LA 1QHZA 3K4DA 4HMDA 5DO8A 3U5UA 2BV9A 1PIGA 3ZJKA 4WKHA 1JZ6A 1CLXA 2E4TA 1V6XA 2VCBA 3PZIA 4FLRA 3ALGA 3T2QA 4AY1A 2O92A 3FY1A 2WMFA 3CHFA 4OKDA 3M46A 2EJ1A 4JKKA 2WWCA 3B8SA 3EDKA 2V3FA 4H8HA 1CEOA 3VKKA 3WQ5A 1A47A 1V02E 4V28A 1UUQA 2WMIB 1C8QA 3MSGA 3L4YA 3PZNA 3A4WA 3UR7A 4BZYA 4B3LA 3VD9A 6TAAA 1FFRA 1G1YA 3AI0A 1CGUA 2YJQA 1V03A 3VMPA 4AZGA 1J0YA 4MNJA 2W5FA 1JF5A 1GHRA 2CYGA 4PBGA 1H2JA 1H1NA 1V3JA 4W8LA 4MNMA 1EQPA 1W3LA 3VIPA 4OBRA 1JAEA 2XVLA 3CMGA 3ZJ8A 1J01A 4FLSA 4M81A 3NJ3A 4CD8A 2OLHA 3MANA 4Z2KA 4OUEA 1J0IA 3UG3A 5FD0A 2VO5A 4D1IA 1V0MA 4AZIA 2X0HA 1QPKA 3SCVA 3WEZA 2G3IA 4H7VA 2QMKA 2D3LA 5E0CA 3UEQA 1TE1A 1Q6FA 1GOKA 4BQ2A 2C8NA 2EPNA 2WAGA 4EKJA 4AISA 3AXIA 1OCQA 4N42A 1QHOA 1E71M 3JUGA 1PX4A 4F79A 1W3HA 2XVPA 2YDRA 1JDDA 1LL7A 5ABEA 5IXEA 1E43A 2VNCA 4AEFA 5EFDA 1W1VA 3BC9A 1LL6A 3VM5A 1EO7A 4D6FA 1ISZA 4DM2A 4ML4A 3N11A 1Q6EA 4MJ4A 3WF2A 5IHSA 3WDJA 2WW5A 4EE9A 1UOKA 2WLZA 3WNMA 3T0BA 3SCNA 4GPNA 2ZUVA 1M04A 4X0VA 4HOXA 1NWRA 2VUYA 3D3AA 3ZT5A 1LG2A 3ARSA 1KFWA 2OYKA 4ATDA 3K8LA 2DT3A 3KEHA 4HZ8A 4PEEA 4P7NA 8A3HA 2VZTA 3PZTA 5A95A 1VFUA 3O9NA 5TD4A 5BWFA 1OGGA 1MW0A 1YHTA 1GCYA 3CZKA 2JF6A 5A6AA 3UERA 1RP9A 1EOMA 3EDDA 5LA1A 5GNYA 2V5DA 2GFTA 1QW8A 5A94A 4HMCA 2WK2A 4MB4A 3WF0A 4MDOA 3AMLA 3WNKA 2VOTA 3KE0A 1JZ5A 2WWDA 2CKSA 2CHNA 3AXXA 4NZCA 3SUVA 1E6QM 1UR0A 4P8WA 2E3ZA 2DT0A 6CGTA 1UD2A 2J7HA 4HZ6A 2W92A 4TVUA 2PB1A 5GNZA 1PX8A 4PMYA 5M5DA 3FN9A 5AY7A 3LPOA 4CD6A 5A8PA 1KR1A 5D8ZA 5A2CA 1C8YA 1ZU8A 1ZB5A 4UFKA 3VX0A 2F61A 1W9DM 2EBNA 5ABHA 2EPKX 2D3NA 3AMGA 3AHZA 1E6ZA 2OWWA 2XFRA 1BQCA 3N13A 5A8OA 1TVNA 4WKFA 1I75A 5FL1A 1KXHA 3F5JA 4CCCA 1W9XA 4LPCA 3PZUA 1V02A 2VRKA 3VIJA 1JYVA 1XCXA 3OZOA 1XC6A 1UKOA 5FIPA 1J0KA 3CUIA 1XV8A 4LXFA 4XV0A 1J18A 4NI3A 4RE3A 3APGA 4AWEA 3PTMA 1HVQA 3TTYA 1TVPA 3VU2A 4HA3A 2DIEA 3SCPA 3NSMA 1OD8A 1E15A 4BS0A 3N12A 1PPIA 1CGXA 5JIPA 3BAJA 2VVSA 1X1NA 1U33A 1JD9A 2VL4A 4ACZA 3FAWA 4DWSB 1B3WA 1NARA 4AZ5A 5JIWA 2ZWYA 3ZM8A 4CD4A 3LPGA 1H41A 3WFZA 5CGMA 5DMYA 2ZUMA 1E0WA 1R7AA 2DT1A 2WBKA 4CGTA 3BH4A 1M01A 2AAAA 2IXVA 3TOPA 1LF1A 5E0FA 1H0GA 5M3WA 2G3JA 1VJZA 2WVVA 1UD4A 2OWCA 4F9JA 4Q22A 4PMXA 2VZUA 5A6BA 3HMCA 4D6HA 4H8VA 1BFNA 3VMOA 4UFLA 2QPSA 4CU8A 5FL0A 2WCSA 4UQBA 4B15A 4U2YA 1ZL1A 5DFAA 2ZIDA 1RPKA 3IANA 3AIRA 3A4XA 4LYPA 3B9AA 1EDTA 3N9KA 2VJXA 4Z2IA 1JYWA 2FGZA 2RGMA 3N1AA 3L4WA 4L4PA 3VTRA 4D6JA 2VC9A 1GQKA 4GZJA 4UFIA 4W87A 1JD7A 1ESWA 3AICA 5JBFA 3EMZA 3W6LA 4D72A 4H04A 2WLYA 3SUTA 4LQ1A 1Q6GA 2JFEX 1B3ZA 3WUGA 5I6SA 5EBAA 3OBAA 1AQ0A 3E1F1 1HKKA 3ZJ6A 1E4MM 3W26A 3BMVA 1LG1A 2QMJA 5DT7A 4B9ZA 2J62A 2GVYA 1NP2A 2J25A 1UHVA 3VNZA 4W89A 1FH8A 1CPUA 1GQIA 3IJ8A 4PYSA 1WP6A 1QW9A 5AC4A 3ZJ7A 1CWYA 1WCGA 3ARPA 3VIOA 4D6EA 2VX5A 2GSJA 4PRWA 1JIBA 3CBWA 3SUWA 1E5NA 5E70A 2DH2A 2VZOA 2WMHA 1JFHA 3FHQA 2CEQA 4AD3A 2XSAA 4ZFMA 3QGVA 2D23A 3ARVA 4C91A 1L0PA 3T2PA 2BY1A 6A3HA 2PWDA 2PI6A 1J11A 4LYQA 1QI0A 2FHFA 4UQ9A 1CDGA 5BYWA 5D4YA 4C90A 4KRUA 5CLWA 3OA5A 1ISWA 1NH6A 7CGTA 4KWUA 2BFGA 1C92A 1EA9C 2O9OA 3VD3A 2NT1A 2YA2A 1GONA 3N15A 1NWSA 1I1XA 1W1YA 4AZCB 2VRQA 1GOMA 2OYMA 4E8CA 3EMQA 2XM2A 4AIOA 1MFVA 3AIEA 4GO8A 2VZSA 4W5ZA 1AQHA 4CU6A 3T0DA 3AIWA 1NOWA 3SCWA 4ACYA 1UD3A 4IM4A 4UQCA 3K4AA 3ZQ9A 2WSKA 4W7WA 2D24A 5GQBA 5EB8A 2XVNA 1ITCA 2DDXA 2PBOA 2GJRA 1B90A 5CPTA 4ZXOA 4P7OA 2C0HA 3WL1A 2XG9A 1KXVA 5HXMA 2WVUA 3KL3A 3VX1A 3RM9A 1DWHM 2OSYA 4R27A 5D9OA 3ZMRA 1Z32X 2BY3A 4GQQA 2EO7A 2O9TA 2XWEA 2GJPA 3RM8A 2WMKA 1E6XM 4U3AA 5BXTA 3S6TA 1VFMA 4JL2A 1G0CA 1JNEA 1US2A 1CGWA 3MV01 1EHAA 2PF0A 3QHOA 2ZUSA 1M53A 5E9AA 3HU7A 3SUSA 1WZAA 3PN8A 4DUVA 1KB3A 4PCTA 2ZUUA 1UH3A 1UD8A 2WPGA 1ISXA 5ABFB 2XUCA 4YPJA 2WVSA 2XTKA 2XJ7A 4HA1A 1WKYA 4EAMA 1R7OA 1R85A 1DTUA 4UNIA 4CN6A 1PAMA 4A3YA 2YL9A 4R5EA 4X0NA 3RJXA 1BTCA 3M07A 1E56A 3M6DA 2MANA 1IT0A 3GNPA 2X2YA 1QI4A 4D1JA 1HJXA 1HP4A 4UZUA 1E72M 5A6JA 1FHDA 5IDIA 3WBEA 3AFBA 4Z2LA 2YL5A 3L2LA 4EK7A 1UQZA 1JYNA 3PZGA 4OOZA 1ZJBA 4PTVA 3CZGA 2GUYA 3AXHA 2XFYA 3MKKA 1E70M 3RO8A 4WK9A 4DWSA 4JKLA 1RP8A 1GUVA 3CPUA 3WNPA 4FLOA 3EBVA 1U30A 3GNRA 3GXDA 1H5VA 2V3DA 1EIBA 2ESCA 4YHGA 1JI2A 2Q8XA 1DHKA 2BHYA 3CLWA 2IUZA 4AD2A 3KL5A 1EO5A 3DECA 4AD5A 2YLAA 3SUUA 4S3JA 1DEDA 3MUY1 2WHLA 1W91A 4P8VA 3S2CA 3WMCA 3VIGA 1E3XA 2J77A 5CSYA 4PMOA 4E2OA 1RD6A 4PSPA 4GKLA 3WMBA 1CENA 1DWGM 3AIBA 2PWEA 1YQ2A 4XZBA 4F8XA 2Y8KA 2BY0A 1B3XA 5A69A 2D22A 2W4XA 4OZOA 4BQ5A 4PUEA 1I1WA 3N18A 1CGYA 1QI5A 2CKRA 2J8FA 4M1RA 3NCOA 3VMNA 1GOWA 1TMQA 1WE5A 4JZ5A 1FFQA 4FK9A 2YBUA 1V3IA 2FHBA 2W66A 1W3KA 1E4IA 3WEOA 3GZAA 2YA1A 2A3EA 1NWUA 4GI8A 4E4PA 2WMJA 4MTVA 2W62A 3BMWA 3TP4A 4B3KA 5HOSA 5ABGA 4QCEA 4GI6A 1WB0A 3KWXA 3WELA 2V38A 1HIZA 2JE8A 3RILA 2CNCA 5A2AA 2J79A 2TAAA 4KH2A 1HT6A 2JEQA 1OT1A 4W86A 3CZJA 1MQPA 4W8BA 1OB0A 3MU7A 4HU0A 2XGIA 4JCMA 2ZXAA 5CPQA 4NRSA 1OM0A 1CXEA 1SMAA 3KL0A 3O6AA 1CXLA 5LA0A 1HJUA 2OYLA 4ZENA 3GXMA 4WLCA 1C90A 3CUFA 1V08A 5A8NA 2VVNA 2WVTA 1JAKA 4GQRA 4MPKA 1GQLA 1CXHA 1J0JA 2WHMA 2CXGA 4FF5A 1Q6DA 3W4RA 1UR2A 3PZVA 3VNYA 4TUFA 2ZICA 3LPFA 5BXSA 5IHRA 4J3TA 1UWUA 3BAYA 4D6GA 4KRTA 4UQAA 1XH2A 3NIYA 1BF2A 3A3HA 1KWKA 3ZSTA 3CZ8A 4AZCA 3L4XA 4D6IA 2JF7A 5CGTA 1MW3A 1UWTA 1ZBKA 3G6MA 4PMDA 5A6SA 1OGSA 1XGZA 1V3HA 3SCSA 1KBKA 5A1AA 3NUKA 3TTQA 3ZIZA 4RE2A 5BROA 4AEEA 2X09A 1TA3B 3WDQA 1Q6CA 1QI3A 3IJ9A 2VX4A 2VX6A 2VI0A 1O6IA 3WF4A 1VFFA 4WSKA 3UG5A 2E9MA 3WH6A 2O9RA 4B16A 3VDHA 3WD4A 3ZOAA 2FDMA 4W5UA 4AZ6A 1XCWA 2WSPA 4RL3A 1BG4A 1HJWA 2Y24A 4Z2GA 1JFXA 1X6NA 2J8GA 3OLIA 1CXFA 1V0NA 2ZUTA 4WJXA 1KCLA 3AMDA 1KWGA 3BAIA 3K8KA 1PZ3A 3AROA 3GH7A 3O2LA 4YHEA 3VILA 3CUJA 1WZLA 5BCAA 1BSIA 4UFHA 5ABFA 4BQ4A 4AD0A 1CIUA 3SCOA 5JUVA 2DSZA 5GPRA 2WHJA 4WIWA 4KMQA 4IISA 4J3UA 4V2XA 2ZOXA 2EPLX 1VF8A 3FHAA 2ZUNA 3CO4A 3EDJA 5E6YA 1D7FA 1OT2A 3AZRA 3VD5A 1R8LA 2NSXA 5D9NA 3THDA 3GXIA 3CUHA 1QHPA 4U5KA 3NYDA 2OWXA 1E4LA 1GQJA 2X8RA 1CTNA 5CG0A 2VQTA 3ARXA 1RH9A 2QHAA 4M82A 1DWJM 3OGSA 2G4FA 4PSRA 1E55A 2X1IA 4AZBA 1W1TA 1MXGA 4BA0A 5CXPA 2HVMA 2BXZA 4MJ2A 3L2MA 4B9YA 2QLYA 3ARYA 1D3CA 2WZIA 2Y2WA 2BVTA 5IFTA 4AW7A 1KGXA 1BYDA 1OWQA 1MQRA 1XH1A 3W25A 3AMKA 1GOQA 3W38A 2EXOA 2VRJA 2WBGA 3T08A 4JFTA 1GOOA 1HKJA 2ZXBA 1E0VA 1C8XA 3VIHA 3L4ZA 1E0XA 5I2UA 5I77A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2W66A

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