2W67A

Btgh84 in complex with fma34
Total Genus 243
100200300400500600050100150200250
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
243
sequence length
711
structure length
642
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMNLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINFGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
100200300400500600600500400300200100
050100150200Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
publication title Molecular Basis for Inhibition of Gh84 Glycoside Hydrolases by Substituted Azepanes: Conformational Flexibility Enables Probing of Substrate Distortion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 243
structure length 642
sequence length 711
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2w67A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2w67A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2w67A01
2JIEA 2F8QA 2AOSA 2DT2A 2J8FA 2CBJA 1EIBA 1VRXA 3KL5A 2YDRA 3TTOA 3WD0A 3CHDA 4FLRA 3OBAA 2E40A 4QFUA 1HNYA 1EO5A 4UNIA 4AD1A 4CCDA 1I1XA 1UD3A 1OINA 1E0VA 3ZJ8A 4CN6A 5JIPA 4UQAA 2EPMX 3KWXA 1MVYA 4NRSA 2ZX6A 1HT6A 1WKYA 3FHAA 2WB5A 2VMFA 1CGYA 1UWIA 3ZO9A 2W4XA 2GJRA 3CZJA 1HJWA 3EDEA 1DTUA 1OGBA 4W88A 1E6SM 4UQBA 1ITXA 1E1FA 1JF5A 1VF8A 1XH0A 3WNMA 5IHRA 1XHGA 2J25A 2OYLA 2E3ZA 3W37A 3CGTA 1MW1A 4P8WA 1Q6GA 1UWSA 3K4DA 2HVMA 5IDIA 4J3TA 1ITCA 5BXTA 5E0CA 3WN6A 1GOQA 3RCNA 3WQWA 4UQEA 2XJ7A 2CBIA 4UFHA 1C7TA 1D3CA 5LA2A 4U33A 1TA3A 2ZX5A 1QNSA 3TONA 4KMQA 5CLWA 1XYZA 3D3AA 2X2YA 1HVXA 2GDUA 3E1F1 2GK1B 1OGGA 1UG6A 4YHGA 3WH5A 1VAHA 3WEZA 1FH8A 4JFSA 3A4AA 4OBRA 3KL0A 4CU8A 5A6AA 3CZ8A 1W1VA 2PWHA 3MV01 4AD2A 3MV11 4AZ7A 5DMYA 2WHJA 2OSXA 4WIWA 1UZ4A 4WJXA 4MB1A 1OT1A 2ZE0A 2VZSA 3AYRA 1EHAA 1V02E 4CKQA 4HA3A 1W3LA 4M29A 3IK2A 1B3ZA 4TVDA 1PX8A 2EQDA 1UKTA 4TVCA 1U30A 4JFVA 4MB3A 2QMKA 3BLPX 3NUKA 3VIHA 3VDCA 4DWSB 4FK9A 1R87A 3GH7A 1TR1A 2WNWA 1DWHM 3T08A 3GXIA 2WZIA 4ZE4A 2OWCA 3L4UA 2DIJA 1K9DA 1BYAA 4H7VA 5BRPA 4AC1X 1NARA 3AZSA 1ESWA 2E8ZA 3LPGA 4JFTA 4UFIA 1JXKA 4H41A 1LWHA 4M56A 4QDMA 1E15A 4ATDA 1OCQA 1J12A 5A6KA 1UQYA 4QCEA 5A8NA 1C3FA 2YA0A 4MPKA 4Z2LA 3AMLA 1UR0A 2EPOA 1GOMA 3OLDA 1WZLA 3O2LA 1EQPA 4P7LA 4HA1A 4U5KA 3IANA 4AWEA 1GOOA 5IFPA 4GINA 1OM0A 4S3KA 2CKSA 2W92A 3W81A 3WY1A 4HU8A 4R27A 3DYOA 7A3HA 1IZKA 2ZX8A 3ECQA 4LXFA 4PEEA 2CYGA 2WMFA 1CXKA 4FMVA 5D9OA 3VILA 3UG5A 1H1NA 3F5JA 4D72A 1Q4NX 1ODZA 3VIIA 5FIPA 2G3MA 1CDGA 2X09A 5JBDA 1KCLA 1W2VA 1HL9A 1KXVA 1CYGA 3UESA 1CNVA 3SCQA 1XSKA 3AMDA 4M82A 5CPSA 1UQZA 4RL3A 2VQTA 3GM8A 3T0BA 4TTGA 4UFMA 5ABFA 6CGTA 8A3HA 1AQMA 3WENA 3DC0A 4MB5A 3ARSA 3F4VA 4AISA 3BAJA 2BXYA 3T09A 3U5UA 3FNDA 6TAAA 4ATWA 1EQCA 1JNDA 3KL3A 4W93A 4KWUA 4C90A 1H5VA 3SCSA 4HOXA 4OIFA 1MWOA 2DEPA 1UH4A 2CBUA 4CD8A 3ZJ7A 1FH7A 4AD0A 1RP8A 5A94A 3WIJA 2YIHA 1RH9A 2VT0A 1MXGA 3AIRA 1CPUA 4GQQA 4M8UA 3AHYA 3NDYA 4B9ZA 4P8VA 1M01A 4TUFA 1BLIA 2V3GA 3POHA 5DT7A 3NIYA 1PJ9A 3GBEA 2NW0A 1E1EA 1VEOA 4AZ6A 1UD5A 5DEZA 2YA1A 3MUY1 3VO0A 1VFUA 3SCPA 3HMCA 3KE0A 1RPKA 3CLWA 1BVNP 1V3LA 2BV9A 4MDOA 4ATLA 1W3HA 1ZS2A 1NM9A 1JDCA 3AS3A 3M07A 1VBRA 2YL8A 1HKIA 4HMEA 1OB0A 1OT2A 4JCMA 5D9NA 1SYTA 3AXHA 2YJQA 2VUYA 3SURA 2GDVA 9CGTA 2VX5A 4MAVA 3AS2A 2JEQA 3HN3A 3SEPA 3MMDA 1TA3B 1V6XA 4D71A 1I75A 1YQ2A 1B0IA 1EA9C 3NSNA 2WLYA 2VNCA 1NQ6A 2W61A 4J7RA 2WC4A 3O6AA 4A3HA 5A6BA 4OZOA 5LA1A 1J10A 3W28A 5BCAA 3MMWA 4HZ8A 3K8LA 4GI6A 3RJXA 3WNKA 5A8PA 1HX0A 1Q6DA 2A3CA 1J11A 2J75A 4J3WA 1WDPA 2O9OA 3T0AA 4MNMA 5M17A 3EMZA 1V3IA 2FGZA 4S3JA 1E6RA 2VR4A 3A3HA 1CGVA 3HJEA 1FA2A 4B3LA 2WWCA 4LYQA 5E9AA 1UH3A 2BY3A 1CZ1A 4PTWA 1GJWA 3GXDA 1LG1A 3PZOA 3B8SA 4UTFA 1H2JA 5CQ1A 2WPGA 3BMVA 2ZXDA 3MUAA 1HP4A 1HJSA 2ESCA 3WEOA 4PMNA 2VQUA 3WDHA 2WHKA 2CETA 2VCAA 2YKKA 3AYSA 1OBAA 3AOFA 1HKMA 1JGIA 3WMCA 1V6YA 2E9MA 4MJ4A 2XVKA 4HU0A 1I1WA 2JF6A 2WMIA 4H04A 1JDAA 2PBGA 3U7VA 3VIJA 4P7NA 1R8LA 4JFWA 5BROA 3AROA 3GNRA 1ZBCA 1UA7A 1NOWA 1UYQA 1G94A 1TZ7A 4BA0A 2J47A 1V6VA 4JCLA 1CIUA 2XVGA 5FL1A 3WNPA 2E4TA 5A6MA 3ALGA 2DSUA 3W0KA 2BY0A 3WBEA 3WELA 2F2HA 1UA3A 4UZUA 1UHVA 1V3HA 3NJ3A 4MJ2A 1J0IA 4D6FA 4B16A 1JYVA 1CBGA 1Q6FA 1B31A 3IJ8A 4FF5A 1JD7A 1UKOA 3VGEA 2XG9A 3WH9A 1B3WA 3A4XA 2DSKA 1GQKA 3CTTA 3W6MA 3ZT5A 5GNXA 2OSYA 4B15A 1NWRA 3AMKA 1JI1A 3FXYA 1H09A 1E0XA 4PYSA 1V02A 3NSMA 1BVZA 1NH6A 2OLHA 3CBWA 5CLTA 1FFQA 4XV0A 2J77A 3AIEA 3L2LA 1W9XA 4UFLA 3QOMA 4W85A 3AIQA 1PIFA 2DIEA 1E5NA 4WKHA 4JFUA 7TAAA 4CD6A 5ABFB 1MQQA 4P7RA 2WMHA 4CGTA 3U5YA 2G8ZA 1K9TA 3OLIA 1KXHA 1JD9A 3WSUA 1GVYA 2V38A 1EDGA 3S2CA 1UR9A 4X9YA 2WWDA 4XX6A 5EMYA 1W91A 1E6ZA 4KRTA 4L4OA 4PSRA 3M7SA 4HMCA 1W3JA 4H8HA 1Q6EA 3UETA 1B1YA 1E6XM 1NOFA 3UERA 1GJUA 2WC7A 3PZ9A 3RJYA 3AIUA 5JBEA 1KBBA 1UKPA 1DP0A 1OGSA 1EDQA 4CN1A 1KXTA 3WH6A 3WQ8A 3VOCA 3POCA 2ZUTA 3VTRA 2ZWYA 2D0GA 2ZIDA 4YHEA 5CSYA 3VMPA 5HOSA 1V0KA 2W62A 3SCNA 1ZB5A 2XYLA 3MSGA 1E3XA 5AYIA 4GKLA 1KGWA 5CZKA 3RM8A 5CG0A 1UD2A 3SCTA 4TOQA 1JZ5A 3ARPA 2VO5A 3PZNA 5GQBA 4IUGA 1HP5A 1ISZA 3N04A 1AQ0A 1J0HA 1C8YA 2W5FA 3BLKA 4PRWA 1W3KA 4ZFMA 4UFJA 1QHPA 5HPOA 2CPUA 4U31A 1W9UA 2WXDM 1E0WA 3VIOA 4HZ7A 1H3GA 3VGFA 1HVQA 4UCFA 3SUWA 5AC4A 1V0LA 1UOKA 3W53A 1S46A 1XD1A 1CENA 1QPKA 4PMYA 4Z2IA 2QLYA 5HBFA 4URIA 4WSJA 2VL4A 1QOXA 1CGTA 3SCVA 3WF3A 3GNOA 1GCYA 3N12A 2RGLA 2W67A 2ZOXA 4PMDA 1A47A 3BAYA 2V5CA 2D20A 3LPOA 2XIIA 3WDIA 1E3ZA 2YA2A 2WMKA 4PCSA 3WD2A 3J7HA 4GZJA 3ARTA 1UR1A 5A2BA 1UR2A 3OLEA 3WF0A 5I24A 5FOOA 1QI4A 3AXIA 1JAEA 3DYMA 3PHAA 3U57A 4AEFA 3AS1A 3ZT7A 4Z2JA 5I6SA 2FHFA 1JYNA 2ZUSA 1M03A 1VEPA 1UD4A 1CXHA 1SR0A 4XUYA 2D24A 5C8BB 4PUDA 1NP2A 4DUXA 5D8WA 4AMCA 2CCRA 5IFTA 3BAWA 2WVVA 3OIHA 4JHOA 4NRRA 2AAAA 4GIAA 3WQ4A 4Z2KA 2PI6A 1H0GA 2ZXBA 1F4AA 1M53A 4N42A 3VGBA 4DM1A 1DWFM 1WAWA 2WCAA 3W82A 4W7UA 1EOKA 4GO8A 3VDBA 1QNPA 1JNEA 2WMIB 3T2QA 3ARXA 2JF7A 1JIBA 3W26A 2A3HA 3WH8A 4NI3A 4BS0A 3VINA 1XV8A 1C8XA 1EO7A 4PTMA 3JUGA 3VD4A 1E9LA 1ZBVA 3FY1A 2OYMA 1UZ1A 1XCXA 3FN9A 3SCOA 5EB8A 2NT1A 3GYCA 3W38A 1E43A 3FAWA 1JZ6A 1UKSA 1ZL1A 2D23A 2WC3A 4DUVA 3BCFA 3LMYA 3WBAA 1ZJBA 3UCQA 1H11A 3ARUA 4EKJA 2X0YA 1DHKA 2EXOA 1E72M 3TTQA 1UWUA 2EEXA 4MTVA 4KGLA 2X0HA 4W8LA 1GHSA 2YL9A 2ZUVA 2VZOA 4ZXLA 3M46A 3BAXA 4B9YA 4ACYA 2XGBA 2XUCA 2A3EA 3T2PA 3LPPA 2XSAA 1UUQA 3GBDA 4AD3A 1VFFA 2CBVA 1QI3A 5JBFA 3AI0A 3ARZA 4PCTA 4U3CA 1H4PA 1TVPA 2UY3A 2PWGA 1CLXA 2DT1A 1QBAA 3APGA 5C71A 5A6BD 1JXJA 4MNLA 4C7FA 1HJXA 1E5JA 1VENA 3PZGA 2ZX9A 4E2OA 1KB3A 3OG2A 4KGJA 4CU7A 4BQ3A 1KGUA 2BS9A 1US2A 4AZIA 2XVLA 3SCWA 1ZBWA 4PSPA 1KWKA 3D5HA 1ISXA 3VIFA 4QLLA 3OGRA 3ZSSA 5I77A 1KBKA 5KZ6A 1WZAA 4GI9A 4N0RA 5FKYA 1OIFA 1BSIA 2CITA 4CCEA 2YL6A 3W4RA 4KRUA 3WD3A 2XWDA 3VIMA 1BPLB 4W86A 3WMBA 1VJZA 4W5UA 1CLVA 4C91A 4WF7A 2CXGA 3B9AA 3AHXA 5A3HA 3CZEA 1VIWA 4HZ6A 2HISA 1RD6A 2YDQA 2J7HA 3BSGA 2XM2A 3WDQA 2QHAA 4UZSA 5DT5A 3EYPA 4JL2A 4U3AA 2X8RA 3QOKA 1L0PA 2AMGA 2CIPA 3AXXA 4AZ5A 1BTCA 3CMJA 3HU7A 3SCRA 3K4AA 3FHQA 1UKQA 4M80A 2ZICA 5HNNA 3VU2A 4JIEA 3ZJ6A 2J79A 4GXPA 1DWGM 1JI2A 3WQ6A 1QW8A 1FOBA 4J3SA 3DYPA 4AZBA 3CHFA 3L4WA 2Y24A 1HKJA 3RDKA 4L4PA 1XSIA 1G0CA 1NWTA 1C91A 3TTSA 2JE8A 2WW5A 1R7AA 3N15A 4MAZA 1JZ8A 2PC8A 2D1ZA 1UWTA 1DWJM 1PBGA 1ISVA 3PTKA 4PMRA 3ARWA 3VPLA 3WH7A 5EBAA 3WUBA 1W9BM 4DM2A 2FGLA 5A8QA 3VIPA 4D6JA 3QGVA 1R86A 5JUVA 2WSKA 1TMQA 3EDJA 2XPKA 1E70M 3VX0A 1C92A 3IAPA 5D4YA 1W1PA 4P8XA 1UD6A 2YLLA 5DFAA 5C70A 2DDXA 1MW2A 4D6EA 1XYFA 2WVTA 3UG3A 1US3A 3N9KA 4AZGA 4JL1A 4V27A 4GQRA 4HTYA 5A2CA 3FW6A 1JZ4A 1KQZA 4R5EA 2BVDA 1WDRA 3W6LA 1PIGA 2J7BA 4PMUA 2WVVB 1QI2A 3K8MA 3N1AA 4GPNA 3WQVA 2E0PA 2GSJA 1QW9A 5M5DA 1E4NA 1IV8A 1OWQA 3WUFA 2F61A 1FH9A 5CSUA 4PTVA 1AVAA 3AISA 3IJ7A 3MKKA 3NCOA 1KQYA 1C90A 4X0NA 5ABEA 1PX3A 2BVYA 2VRKA 1X6LA 1VEMA 1J18A 3VGHA 2G41A 1W1YA 2OWWA 2XM1A 1HXJA 1JF6A 4EANA 3AJ7A 1VBUA 2XFFA 1U33A 5LYRA 1CEOA 3VKKA 1PEZA 2WMJA 4QCFA 1GHRA 5BYWA 1K6AA 4TXEA 2VC9A 1G5AA 2PWFA 4PTXA 4HPHA 4PMXA 1EDTA 1BFNA 1KXQA 2ZUNA 2RGMA 2WK2A 3THCA 1JDDA 1Y7VA 3ALFA 4HP5A 3WQ5A 4GO9A 1GOKA 2W66A 4CN4A 2J62A 1GW1A 5A6JA 5GPRA 4XB3A 4UFKA 5HXMA 2VVNA 5A1AA 2BHUA 1EHNA 3ZM8A 2CNCA 1D7FA 2DT0A 3AIVA 4PMVA 1B3VA 1V03A 5M3WA 3VNYA 2WVSA 3N17A 1D2KA 2X1IA 3VGDA 1EGZA 1W32A 2CKRA 1HJUA 3O9NA 3FAXA 2WVUA 2OSWA 2G3JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2JIE A;  2F8Q A;  2AOS A;  2DT2 A;  2J8F A;  2CBJ A;  1EIB A;  1VRX A;  3KL5 A;  2YDR A;  3TTO A;  3WD0 A;  3CHD A;  4FLR A;  3OBA A;  2E40 A;  4QFU A;  1HNY A;  1EO5 A;  4UNI A;  4AD1 A;  4CCD A;  1I1X A;  1UD3 A;  1OIN A;  1E0V A;  3ZJ8 A;  4CN6 A;  5JIP A;  4UQA A;  2EPM X;  3KWX A;  1MVY A;  4NRS A;  2ZX6 A;  1HT6 A;  1WKY A;  3FHA A;  2WB5 A;  2VMF A;  1CGY A;  1UWI A;  3ZO9 A;  2W4X A;  2GJR A;  3CZJ A;  1HJW A;  3EDE A;  1DTU A;  1OGB A;  4W88 A;  1E6S M;  4UQB A;  1ITX A;  1E1F A;  1JF5 A;  1VF8 A;  1XH0 A;  3WNM A;  5IHR A;  1XHG A;  2J25 A;  2OYL A;  2E3Z A;  3W37 A;  3CGT A;  1MW1 A;  4P8W A;  1Q6G A;  1UWS A;  3K4D A;  2HVM A;  5IDI A;  4J3T A;  1ITC A;  5BXT A;  5E0C A;  3WN6 A;  1GOQ A;  3RCN A;  3WQW A;  4UQE A;  2XJ7 A;  2CBI A;  4UFH A;  1C7T A;  1D3C A;  5LA2 A;  4U33 A;  1TA3 A;  2ZX5 A;  1QNS A;  3TON A;  4KMQ A;  5CLW A;  1XYZ A;  3D3A A;  2X2Y A;  1HVX A;  2GDU A;  3E1F 1;  2GK1 B;  1OGG A;  1UG6 A;  4YHG A;  3WH5 A;  1VAH A;  3WEZ A;  1FH8 A;  4JFS A;  3A4A A;  4OBR A; 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