2WCAA

Btgh84 in complex with n-butyl pugnac
Total Genus 225
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
225
sequence length
585
structure length
578
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Insight Into a Strategy for Attenuating Ampc- Mediated Beta-Lactam Resistance: Structural Basis for Selective Inhibition of the Glycoside Hydrolase Nagz.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
total genus 225
structure length 578
sequence length 585
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2009-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2wcaA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2wcaA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2wcaA01
3HN3A 2WC4A 1JNDA 3LPPA 3VMNA 2XGBA 2JF7A 4AZGA 1VJSA 1PX8A 1XV8A 2J4GA 5BXPA 1ZJBA 3N1AA 2O92A 4H8HA 1HJQA 1V02E 4MNLA 4TOQA 3EDDA 2DSKA 1E3ZA 2JE8A 3SUTA 3OGVA 1UZ4A 1CECA 1MWOA 4W87A 1GUVA 3WEZA 4Z2HA 3VGHA 1B90A 3UEQA 1QI4A 5I23A 1UR8A 3CTTA 1QNSA 3WEOA 2VCBA 1W2PA 1HJXA 1O6IA 2ZUSA 2WB5A 4HU8A 4AD5A 1FH9A 3IAPA 2ZWYA 4CCCA 1C8YA 4C91A 4D6IA 4PMRA 3WY1A 3QR3A 3A4WA 5CLWA 3THCA 2E9BA 4MAZA 3ZT5A 4TXEA 3WFLA 2NT1A 4P8VA 3GNOA 3BMVA 4CU6A 1UKQA 1XSJA 1IV8A 4PMXA 1HJVA 1V6VA 3WEMA 3BAXA 4UOQA 4P8WA 2V38A 1VF8A 2CNCA 1V6XA 3QOMA 1W9BM 1E6PA 1MQRA 2CCRA 3AJ7A 1KGWA 4OKDA 2A3EA 2GDUA 1KGXA 3BXWA 3WDJA 1XH0A 3W38A 3MSGA 4D72A 1TA3B 4HMDA 2V3FA 2DT3A 4D71A 4M56A 1RD6A 4CN6A 3WL1A 4HA1A 2VL4A 3WQWA 1PAMA 3BH4A 1JYNA 2J79A 3ZMRA 1CLVA 2BVDA 1OD8A 1R85A 1BFNA 5AC5A 4HOWA 1K9EA 1CNVA 3F5KA 1V3IA 2JALA 3EDKA 3U5UA 2XSBA 1CWYA 1WO2A 3AIUA 1JZ6A 1FFRA 1GVIA 2WCSA 2EPLX 2WK2A 1E0WA 2DT2A 4EANA 2GUYA 2X05A 5GNXA 3AHTA 2W61A 3OGSA 3ARZA 1UA7A 5E0FA 3VNZA 1JZ2A 2W63A 4W88A 1GQLA 1JI2A 3PTKA 3AYSA 3EMQA 4F8XA 5BXRA 1OCQA 1XSKA 1PIGA 2ZXAA 3SCUA 1C93A 5HPOA 2BNJA 4PRWA 3N9KA 1DTUA 1E72M 3SURA 3AIRA 3VU2A 1HJUA 1QI3A 1ODZA 3WH6A 1HKIA 3GNRA 1OD0A 1E15A 4U3CA 4GINA 1PZ2A 3PZGA 5DF0A 1YQ2A 3RCNA 3GH4A 5I78A 4EE9A 5A2BA 4FLSA 4QCFA 3S6TA 1JDAA 4NSBA 3F5LA 4L4OA 5CGMA 2WHLA 3WNLA 3AFBA 4JFUA 3SCRA 3UG4A 1J0KA 3VVGA 4A3HA 4PCSA 1GHRA 1X6LA 1AQMA 4Y7EA 4GI8A 3QOKA 1Z32X 1UR2A 4OBSA 4BQ4A 3MV01 1V6WA 3WF1A 3FAXA 3BSGA 3RM9A 3EYPA 3IJ9A 3KL0A 1V02A 2O9PA 2YLLA 4R27A 1J0JA 1KFWA 3ECQA 4CVUA 1XSIA 3VINA 3AHZA 4P7QA 2PWEA 4HA3A 4P8XA 3VD9A 1JI1A 3AYRA 5A2AA 3WNNA 3IJ7A 4YPJA 5IXEA 5KZ6A 1CXHA 4PMYA 4PMUA 2VCAA 1XH2A 4GQQA 1KB3A 4HOZA 4MJ2A 2X8RA 2WVVA 3VO0A 1XH1A 1KWGA 1MW2A 1V0LA 4FLOA 2EQDA 3GYCA 4LXFA 5CJ5A 4Z2LA 2WVVB 5ABEA 4AISA 3W37A 2PBGA 3SEPA 1ISZA 1W3KA 1RP9A 2QMKA 2BHYA 4D1IA 2VZVA 4QDMA 3VX0A 3MUZ1 2ZUNA 4P7RA 1OGSA 5BROA 1LLOA 4EAMA 4IPLA 2WVTA 3WD1A 1LQ0A 1UR4A 1UA3A 4S3JA 1HKJA 4ATWA 3KE0A 5DFAA 3UESA 1NWRA 3WD4A 1ZL1A 1E6RA 1Q6FA 1UG6A 2CERA 4QLLA 2X2YA 1BYDA 1HL9A 3T2PA 1B9ZA 3A3HA 4PMDA 2WBGA 1PJ9A 2XIBA 5JUVA 3WQVA 2DEPA 1ZB5A 3L4XA 3UG5A 2WCGA 2RGLA 2FH8A 3PZNA 1MXDA 1J0HA 1C7SA 2CKSA 4BZYA 4JFWA 1BGGA 2E8ZA 2DT0A 1TVNA 3W0KA 2YL5A 4W8AA 5ABGA 2EPMX 2F8QA 3FAWA 2XFRA 3UETA 3U57A 3K4DA 1Y7VA 3VIMA 2VVSA 1UD5A 1WZLA 2ESCA 3VDAA 3VGBA 4TUFA 1Q4NX 1BGAA 3CHEA 4LQ1A 1S46A 2CIPA 4B9ZA 3RO8A 4K68A 4F9DA 2YDSA 4PMZA 3AOFA 1CBGA 3CMJA 1ZBVA 4AIEA 2G3NA 3QHOA 1Q6CA 4F79A 4CN1A 2WMIA 3ZQ9A 3VGEA 3CUFA 5GPRA 1GJUA 2A3BA 4M1RA 2PB1A 1BG9A 2QLYA 3A4XA 2WVSA 2WMIB 2E8YA 4W5ZA 1I1WA 3VX1A 4ZXOA 2W92A 4LYRA 2DPEA 2VZTA 5EFFA 3ARYA 3MMUA 3MUIA 3OZOA 1A3HA 5AYBA 2ZICA 3OG2A 5DT7A 1OM0A 4UQDA 3N17A 1CXFA 3VD3A 3AICA 5IFPA 2NSXA 1RH9A 4J28A 4W85A 3WDRA 2CETA 1V3MA 2VC9A 4UR9A 1WDRA 3W81A 1UQYA 2C7FA 1QI5A 3DYMA 2CITA 2PC8A 4AC1X 4PTWA 3AMCA 4PBGA 4C90A 3GXFA 4H2CA 1M53A 3OLGA 1YHTA 1VBRA 2VX5A 5D9MA 4MDOA 1J11A 1NWTA 5ABHA 3DC0A 3HMCA 1G94A 4UQAA 4GI9A 5M5DA 3PN8A 2EPOA 3VGGA 2DSWA 3K8KA 2EO7A 1EDQA 2OSXA 1E55A 5E9AA 4UZUA 5AY7A 2YA2A 1C3FA 4UOJA 4BCEA 3FNDA 2QPSA 1VEMA 3AZRA 3B8SA 2GDVA 3VPLA 1R7OA 1JDCA 1JZ7A 3U7BA 5CPSA 1EDGA 2WZEA 1N82A 1OIFA 2ZX7A 4BQ5A 4WSKA 2CXGA 2EBNA 4AD2A 2OSYA 2X0YA 1QOXA 3MU7A 1E4MM 2X1IA 4CU8A 2ZUTA 1HJWA 1RP8A 5FKYA 1H0GA 2QMJA 4AIUA 2CEQA 1EA9C 1JZ3A 4B3KA 2YOCA 1CXKA 1E73M 2CBUA 3JUGA 4UFIA 4H8UA 4JCLA 3MMDA 2IXVA 1BHGA 1UKSA 4UQBA 1AQHA 4GKLA 4E4PA 4E2OA 3AIEA 3AZSA 1DHKA 2JFEX 1V3JA 1J9YA 4HZ8A 3WD2A 1BYBA 4ACZA 1GOMA 3LMYA 1BYCA 4TX8A 3W82A 3UERA 4CKQA 2YL9A 2WLZA 4ACZB 2BS9A 4IISA 2VQTA 1WP6A 2A3CA 3VDCA 4XB3A 2WZIA 2XHYA 3EDEA 4W89A 5A6KA 5LYRA 3SUVA 4PUEA 1DWGM 2HISA 2WWCA 2V3GA 1ISWA 2AOSA 2F2HA 1GVYA 2EPKX 1W32A 3TOPA 4GO8A 5CQ1A 2PWFA 2ZOXA 5LA1A 2BY1A 4M24A 1O7AA 1J01A 4WKAA 2ZE0A 4WJXA 2W66A 3K46A 4Z2KA 2FGZA 1H41A 3ZT6A 1HVQA 2OLHA 2VZOA 3VIPA 3L4WA 3VGFA 4Q22A 1HVXA 3T2QA 2D20A 1UOKA 3T09A 3VKKA 4D6JA 5A8OA 2DSVA 1OT1A 5GQBA 4IUGA 3K4AA 1CDGA 2WC3A 1GOKA 2XFFA 1G5AA 2YIHA 3CZEA 4UQEA 1H5VA 4C7FA 2BVYA 2NW0A 3M46A 1E0XA 1WDQA 3WDHA 1E6XM 3EDFA 4XV0A 3RM8A 4C7DA 2YJQA 1KXQA 1EGZA 3SCQA 1B1YA 1MQPA 2E4TA 4DWSA 4KGJA 1LL4A 3W29A 2WPGA 3W4RA 2WXDM 3TTOA 5A6BA 3IJ8A 1J10A 1NARA 4DWSB 1V0MA 4TVDA 4AD4A 1JAEA 1OBAA 1W3LA 1F4AA 5I5RA 1W9DM 4W86A 4CCEA 1W1TA 4RL3A 1E71M 1XYZA 2VUYA 5F7UA 3K8LA 1VEOA 5I79A 1H11A 4UTFA 3BCFA 1V03A 5E09A 2A3HA 4UQCA 1EOKA 2WWDA 2J7DA 3WNOA 3ZM8A 1NOUA 3GTNA 2V5DA 3ZJ7A 1J0YA 1CGVA 2XTKA 4W5UA 1JZ4A 3WBEA 3GM8A 4JKMA 4AY1A 1JD7A 1US3A 1ITCA 2J7CA 4U3AA 4B3LA 2BFGA 1WDSA 4WK9A 1IZJA 2EEXA 2YLAA 1E5JA 4A4AA 3WUFA 2OWWA 1ISVA 3ZO9A 1W1PA 4D6GA 2B31A 3WD3A 3UCQA 1H1NA 2Z1KA 1QHZA 1GQIA 2WSPA 5CXPA 1QHOA 1UR0A 1GQJA 4D6HA 2VQUA 2BVTA 2YL8A 3BAKA 3W27A 5CPQA 4P8UA 4B9YA 1FA2A 3TTYA 1Q6DA 1E1FA 3AS1A 1CGXA 4WIWA 1I75A 3CMGA 4BS0A 1U33A 1WZMA 1HT6A 4OJYA 4GQRA 3GNPA 1KR1A 5JIPA 1MFUA 1H2JA 3CZGA 3NSNA 3L2MA 1J0IA 2J25A 2CBIA 3RM4A 4FF5A 2YL6A 2O9RA 1NM9A 3CO4A 4ML4A 4D6CA 2E3ZA 2MANA 1V3HA 4D6EA 3SIMA 3MANA 4PMNA 2ZX9A 3W25A 3ARUA 1MQQA 1QI0A 4DWSD 4WLCA 4NI3A 1QI2A 3WD0A 4UOZA 3AMLA 1UWSA 1UR1A 5A6BD 1DWFM 2QV4A 3T2OA 4NRRA 1C90A 3VIJA 2G8ZA 4OUEA 1WE5A 1ZU8A 2WAGA 5GNZA 1V3KA 2WANA 1UWIA 1MW3A 4AZ7A 1QHPA 4PSPA 2ZWZA 3AI0A 3BSHA 4P7OA 4CVWA 1P6WA 1V3LA 3NDYA 3O6AA 2PWDA 1JG9A 3N13A 1VFMA 4OIFA 2XPKA 5M3WA 2JEPA 3VUPA 1TCMA 1V0NA 3VIHA 3W53A 2GJPA 3T08A 1VBUA 1VFOA 6CGTA 4W8LA 4QP0A 4U31A 3BLKA 2XWEA 1U30A 1EIBA 1KXHA 1M04A 1H09A 3OIHA 4J3XA 4FLRA 3AROA 2V5CA 5D8ZA 1VEPA 1JL8A 3ARQA 3MUAA 3SCSA 2PI6A 2FDMA 1ZS2A 2RGMA 4J3SA 5FL0A 2DIEA 4ZENA 1V08A 1C8QA 1BYAA 1OWQA 3II1A 3AMDA 7CGTA 3VTRA 2WMGA 3CZLA 4R5EA 1TE1A 2WMKA 2ZXQA 3EBVA 1BG4A 1G9HA 2ZX5A 3SCPA 3IK2A 5HNNA 5A6SA 2E9MA 2FHCA 2WM0A 1CGTA 2D22A 1D2KA 1HL8A 2J7GA 3GXDA 4JZ5A 1V6UA 3ARTA 4WKHA 3T0BA 5M17A 3WF0A 5I0DA 4U5KA 3OGRA 1CZ1A 1PIFA 3UG3A 2D3NA 1JF6A 3VIFA 2XM2A 3CZKA 1B3XA 4IM4A 2XVPA 1XRVA 4H8VA 3M7SA 2YBTA 1BLIA 4UFKA 1UD6A 2BHUA 5A1AA 1KBKA 4W7WA 2VO5A 5D9NA 1OIMA 2YA0A 3WH7A 4V28A 3CBWA 3RJYA 4H04A 1FHDA 2PF0A 4HTYA 2CBJA 2J8GA 1XCXA 3MSDA 3WUBA 4FLQA 3FY1A 4X9YA 1LG1A 4U2YA 4E8DA 2D0FA 3QHMA 3OB8A 5FIPA 4OOZA 3CIVA 4BQ3A 2FHBA 4CUCA 4PYSA 5A6AA 5IHRA 3OA5A 5ECUA 4MB5A 3FHQA 3LPOA 3W28A 2VJXA 4MB1A 3THDA 5BXSA 3AIWA 4S3KA 3PHAA 1OINA 1CXEA 5BCAA 3M07A 2JIWA 4PTVA 1DEDA 2G3MA 1HP4A 2XJ7A 2VRJA 3W6MA 1PX4A 1SMDA 4DUWA 3ZJKA 3AIBA 2CPUA 3WN6A 5DO8A 4AD0A 3AIQA 4PMQA 4AW7A 3VDHA 2WCAA 1NWUA 2GK1A 2Z1SA 5CGTA 1XC6A 4KRUA 4M81A 4UFJA 2IXUA 2XWDA 1W9XA 3CGTA 2GK1B 1PBGA 2ZIDA 3WMBA 1LG2A 2G3IA 2VVNA 4GZJA 3DYOA 2XIIA 1TVPA 3M6DA 2OSWA 2OWXA 3RJXA 3RILA 1ITXA 1UHVA 1HKKA 4ATLA 4N0RA 3KL5A 3POHA 4U5IA 3RPMA 3N18A 2FGLA 1LWJA 1CYGA 1XYFA 2UY2A 4QLKA 3AIVA 4UNIA 2W5FA 4ZE4A 4CD4A 4M8UA 1TG7A 1HP5A 1UKTA 4W93A 2XGIA 1MW1A 5CG0A 1UKPA 1GHSA 4DM1A 1VENA 4J27A 4Z2JA 1TR1A 1R8LA 1JZ8A 5A3HA 1VJZA 3L4YA 1EXPA 2BY2A 4PTMA 1E70M 1HJSA 3GXIA 1WB0A 1ZBKA 2VR5A 4BQ2A 3W24A 1LJYA 1KWKA 1BTCA 3PZ9A 4UFHA 1WZAA 2J7EA 4KWUA 1NQ6A 2W91A 2W67A 1FP8A 3GZAA 5IDIA 3VMOA 3SCWA 5HPCA 4CD6A 2D0HA 3EMCA 1GNXA 1M03A 1CXIA 2BV9A 3QHNA 4WF7A 2W62A 1WAWA 4HZ7A 2XVLA 3BAYA 3WKZA 4M29A 1PX3A 1HXJA 1QNRA 3WUEA 3AHVA 2CHNA 1OT2A 4PEEA 3ZSSA 3AXHA 5HBFA 3VDBA 4Z2IA 5CLTA 4MAVA 5DEZA 4BF7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2LOP A;  4GUJ A;  1JUK A;  1TV4 A;  4OOU A;  2DH2 A;  2WMH A;  5DX7 A;  5HJX A;  3KS5 A;  4HPH A;  3AS2 A;  3CL8 A;  2WMJ A;  1FDY A;  1JYW A;  3PB2 A;  2I9E A;  3IJD A;  2OYK A;  1KFY A;  3WFZ A;  3LM3 A;  4JUY A;  1A5L C;  1TFV A;  3UZW A;  4YN5 A;  2ICS A;  2ADA A;  3DU0 A;  1EDT A;  4C1L A;  3RKO A;  3AA1 B;  2BVM A;  4JX6 A;  1J4E A;  4NJJ A;  2BVL A;  1UH4 A;  4HCH A;  1AG1 O;  4TIM A;  3GDK A;  4MB3 A;  3UUN A;  1JNZ A;  5LGU B;  3IEB A;  2V7J A;  3SS1 A;  5AQG B;  4NJG A;  3W7Q A;  3B5M A;  3BZG A;  3ITG A;  5G5I A;  1EH9 A;  1E3X A;  5EYW A;  4HN9 A;  4JX5 A;  2J7B A;  6TAA A;  5C71 A;  4DO6 A;  4GH1 A;  3CV1 A;  3M9Y A;  4Q4M A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3HN3 A;  2WC4 A;  1JND A;  3LPP A;  3VMN A;  2XGB A;  2JF7 A;  4AZG A;  1VJS A;  1PX8 A;  1XV8 A;  2J4G A;  5BXP A;  1ZJB A;  3N1A A;  2O92 A;  4H8H A;  1HJQ A;  1V02 E;  4MNL A;  4TOQ A;  3EDD A;  2DSK A;  1E3Z A;  2JE8 A;  3SUT A;  3OGV A;  1UZ4 A;  1CEC A;  1MWO A;  4W87 A;  1GUV A;  3WEZ A;  4Z2H A;  3VGH A;  1B90 A;  3UEQ A;  1QI4 A;  5I23 A;  1UR8 A;  3CTT A;  1QNS A;  3WEO A;  2VCB A;  1W2P A;  1HJX A;  1O6I A;  2ZUS A;  2WB5 A;  4HU8 A;  4AD5 A;  1FH9 A;  3IAP A;  2ZWY A;  4CCC A;  1C8Y A;  4C91 A;  4D6I A;  4PMR A;  3WY1 A;  3QR3 A;  3A4W A;  5CLW A;  3THC A;  2E9B A;  4MAZ A;  3ZT5 A;  4TXE A;  3WFL A;  2NT1 A;  4P8V A;  3GNO A;  3BMV A;  4CU6 A;  1UKQ A;  1XSJ A;  1IV8 A;  4PMX A;  1HJV A;  1V6V A;  3WEM A;  3BAX A;  4UOQ A;  4P8W A;  2V38 A;  1VF8 A;  2CNC A;  1V6X A;  3QOM A;  1W9B M;  1E6P A;  1MQR A;  2CCR A;  3AJ7 A;  1KGW A;  4OKD A;  2A3E A;  2GDU A;  1KGX A;  3BXW A;  3WDJ A;  1XH0 A;  3W38 A;  3MSG A;  4D72 A;  1TA3 B;  4HMD A;  2V3F A;  2DT3 A;  4D71 A;  4M56 A;  1RD6 A; 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