2WZI | Genus

Total Genus 243

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	243
sequence length	712
structure length	640
Chain Sequence	SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDNISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINRLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Visualizing the Reaction Coordinate of an O-Glcnac Hydrolase pubmed doi rcsb
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
total genus	243
structure length	640
sequence length	712
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2009-11-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	2wziA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2wziA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	2wziA01

1GOQA 1NP0A 1M04A 2DT3A 3BMVA 3CO4A 2ZX6A 1WDSA 3CZKA 4MADA 3BLKA 1FH8A 1W3JA 1W2PA 1G0CA 2ESCA 3VIFA 5I23A 3CTTA 4RE4A 1QI0A 4PMUA 4TTGA 1UUQA 1G94A 1BYDA 1L8NA 1B3WA 1B31A 1GQLA 1RPKA 3B9DA 4QLJA 4OOZA 5EBAA 3NSMA 1V0MA 1UWRA 3VKKA 2DPEA 2D0FA 4AD5A 2BXZA 5E09A 2VZOA 1UWSA 4BA0A 5A6BA 1DEDA 4AIOA 3VU2A 4W84A 5BRPA 3LPPA 1JXJA 2VC9A 3UG5A 3GH4A 1HKMA 1CGWA 3CUIA 4DWSA 3APGA 4PMYA 1VFOA 1H2JA 2ZUVA 4PTXA 2G41A 5JUVA 3ARYA 2BV9A 4QAWA 4CU6A 1SMAA 2ZWZA 4OZOA 4CVWA 1C92A 5HOSA 4CCEA 3W82A 3GBDA 5HNNA 4PYSA 1JYXA 1UKTA 3M46A 2WCAA 1JF5A 2QHAA 4D1JA 1NWRA 1KQYA 3BAXA 4TUFA 4CCDA 3OZOA 4QCFA 3NYDA 3BAJA 1VFFA 2D23A 3WQ6A 3PZQA 3WL0A 3WUFA 1W9BM 3WMBA 3VPLA 2J7EA 2V3FA 4UQEA 2GJRA 2E8YA 5A2AA 3OGSA 4LXFA 1E6XM 4AW7A 5E9AA 3QR3A 2WKLA 3BAWA 4AY1A 4UQAA 1PEZA 2YA2A 5I3DA 3VIIA 3VD4A 1XH2A 2UY2A 1MVYA 4P7QA 5M5DA 4CD6A 4AZCA 5CGTA 3FW6A 5ECUA 5A2CA 1BVNP 1PZ3A 3HMCA 2D3NA 3MV11 5LA1A 3BH4A 2J7GA 4Z2IA 2O9OA 1UYQA 3ZM8A 1MFVA 4HZ7A 2VNCA 2JF6A 2WZHA 3THCA 1HJWA 2CXGA 3T2OA 2UY5A 1C91A 5BXSA 1TE1A 4B15A 2A3CA 4X0NA 2YBUA 5BXPA 4YPJA 1WKYA 1UHVA 5JBFA 2WXDM 3NJ3A 2O92A 4WSKA 1VJZA 4UZSA 3EDJA 1FFRA 4UFHA 2WVSA 4JZ5A 4AD4A 2FGLA 2ZIDA 3WL1A 4DUWA 4H04A 1FHLA 2ZX7A 1WAWA 1H0IA 5D9OA 1EHNA 4ZXLA 2XFFA 4HOZA 4PRWA 5I5RA 5CLTA 3U5UA 2VO5A 1C90A 1XD1A 4Y7EA 4ACYA 1GCYA 4GIAA 3PZ9A 1XSJA 2JALA 3N9KA 1JI1A 3L4VA 4L4OA 3SUWA 1HP4A 4HMCA 1E4MM 3TA9A 2GUYA 1W1TA 3IANA 5AYBA 2WK2A 4DUVA 1UWTA 1EDGA 5FD0A 2BY1A 3N18A 1BFNA 4UR9A 1KGWA 4DM2A 3VM5A 1V6UA 2BY0A 3EYPA 1E0VA 5I0DA 2PF0A 2CERA 1UD8A 2CBUA 2HISA 1WCGA 3IJ9A 5A2BA 1CGTA 4MNJA 1CLVA 4J7RA 1EH9A 1ZBKA 2V5DA 2XIIA 2WCSA 2WSKA 1V02A 2DEPA 2OWXA 2CKSA 4D1IA 4FLOA 4XUYA 4AZHA 4WKAA 3WBEA 1JG9A 3OB8A 1JZ6A 3ECQA 2PI6A 2XVGA 1CGUA 3GXFA 4NI3A 4OUEA 1D7FA 3VX0A 4PSRA 4OKDA 4X0VA 3ZJ8A 4CU8A 3OG2A 1H41A 1UKSA 3WSUA 1UR0A 1Q4NX 1UKPA 4UFKA 3VGEA 3WH7A 4DM1A 4WLCA 1LG2A 1F4AA 5DF0A 4CD7A 1PX8A 2EQDA 3MSGA 1C93A 3RM9A 3MUZ1 4D6FA 1NWTA 2VX7A 4UFIA 1GZJA 1SFSA 3QHMA 3L4TA 3I3EA 1BVZA 1KXQA 2WW5A 2Y2WA 1QNQA 1QHZA 1PZ2A 4E8DA 2ZXAA 3AHXA 1JYWA 3FN9A 3RPMA 3WKZA 4GKLA 3L4YA 2QLYA 4W5UA 2IXVA 3NDZA 4W7UA 3WQ4A 1E55A 1E15A 1E56A 1B3ZA 1V6YA 1KQZA 1XGZA 5A69A 4H41A 3WUBA 3FNDA 3PZIA 4A3HA 2WMIB 2DT1A 4WKHA 3PTMA 4D6EA 1W3HA 3VGDA 2VZUA 1N82A 3GXMA 3WD0A 1IV8A 3VO0A 1W9UA 4JAWA 1H49A 1EIBA 3W4RA 2QMKA 2BXYA 1MYRA 1JAKA 1K6AA 1I75A 2CHNA 5C71A 1CZ1A 1H1NA 3TP4A 1E70M 3AJ7A 1HT6A 1K9DA 3U57A 1VFMA 1QVBA 2CESA 1XH1A 1AQMA 1WPCA 4U33A 2IXUA 2GJXA 4W93A 3OIHA 1V08A 4GQRA 1GHSA 1WDRA 4UQBA 1J0JA 4XZBA 2EXOA 2WCGA 2C0HA 1QNRA 1SMDA 1ISVA 1C7TA 2UY3A 3T2QA 3U7BA 3RM4A 1KCKA 4J3UA 3K4DA 2VRQA 1H3GA 2YL8A 2BVTA 3LMYA 3MANA 4E8CA 1LJYA 3AIUA 5JIWA 3WFZA 2YL5A 1ZJAA 2WMGA 1FOBA 1W2VA 4GZJA 3T09A 4E4PA 3SIMA 2EBNA 3ZSTA 1IZJA 3AMKA 3GBEA 1V0LA 1HIZA 1KXHA 2VCBA 2WVUA 3AYRA 2X09A 3BMWA 1E72M 3WNMA 5A6MA 4JIEA 1JDAA 2CIPA 2X2YA 4ZENA 1ESWA 5FL1A 4B9ZA 3SCUA 1NM9A 1E3ZA 4Q7NA 4UQCA 4P7LA 2J62A 3GNPA 1E1EA 4CKQA 4BCEA 4J3VA 3A4XA 3WNNA 4H2CA 4PTMA 2W66A 1E9LA 3IK2A 4N0RA 3T0BA 3UR8A 2RGLA 3AHTA 4FLRA 1GJUA 4C7FA 2ZUMA 5C70A 5I78A 3CZ8A 4UOQA 3TONA 1TFVA 1GOWA 2VZSA 2XVKA 4CCCA 1OD8A 2O9PA 3OGRA 1E5JA 3SCWA 2VR4A 3HN3A 4QP0A 5A8NA 5EB8A 1PPIA 1QNPA 3AS1A 2D0HA 3S2CA 1QI3A 1XCWA 3BGAA 3OLGA 3PZVA 5FIPA 4DWSB 2XG9A 1CGYA 4WKFA 1MW0A 2CEQA 3AMDA 4MTVA 2XGIA 4HU8A 1O6IA 1HVXA 3EMZA 3BAIA 1X6NA 3QOKA 3WQ8A 6CGTA 3DC0A 2WZEA 2QF8A 1GOMA 4KRUA 1LLOA 3FXYA 3ALGA 3VD3A 4XZWA 1WZKA 4MNKA 3WQ5A 2FHBA 2VVSA 3EDFA 1H11A 3AIQA 4FF5A 1CGXA 1XYFA 2EEXA 4QLLA 3ZIZA 1EDTA 3FHAA 1JDDA 1W9DM 1BYBA 1GQJA 2VX5A 2VQTA 5CXPA 3WN6A 2ZICA 1MXDA 2EO7A 4JFVA 2J25A 4J3WA 2ZX9A 3CMJA 1EHAA 4CVUA 1JD9A 2OYMA 2WC7A 1QNOA 1J18A 2ZXBA 3SUUA 2E4TA 4Z2JA 2VRJA 5BWFA 4LQ1A 1J0YA 1ZJBA 4Q22A 1OSEA 4UOZA 4C90A 1C3FA 1DWHM 2WMJA 2Y24A 4LYPA 5D8ZA 3GXDA 1EA9C 1ZS2A 2WMHA 4D71A 5DO8A 3GNOA 1JYVA 1HL9A 2YLLA 2CBVA 1GJWA 1HN1A 4PMZA 2VQUA 3W38A 3ALFA 3GH5A 3UG3A 5LA2A 5AC4A 4JFWA 3W29A 2WNWA 1I1WA 3KL3A 2J7HA 4AZGA 3WDIA 3SCPA 4ZE4A 2XPKA 1V6XA 3OA5A 5GNXA 3VDAA 4AC1X 2WLYA 2VR5A 1E40A 4CN6A 4BQ3A 2G8ZA 2W91A 1ISXA 2ZUUA 5IDIA 3N13A 3ZMRA 4WIWA 4MNMA 1WE5A 5I77A 3W6LA 2JIWA 4D6IA 4HP5A 1UD4A 3BXWA 4PMVA 1R85A 1V3HA 1JFXA 5HBFA 2WM0A 3WY1A 4UTFA 3WDJA 3SCSA 3BLPX 1LF1A 4JCMA 3UERA 3MKKA 4EANA 1OGGA 4NRRA 3QGVA 2CHOA 3BAYA 1B3YA 4V27A 3VGBA 4JL2A 4H8HA 4D6CA 1CNVA 1EQCA 3GM8A 3U5YA 8A3HA 1CWYA 2NT0A 2VT0A 3F5LA 3WF3A 1E3XA 4B16A 4AEEA 2JEPA 3N12A 1LWHA 2PWHA 3VDCA 3QOMA 4AD1A 1BTCA 3AS0A 4QDMA 3K8LA 4Z2GA 1NH6A 5DEZA 3IAQA 5BROA 2XVNA 3WD2A 1WNOA 4PMRA 1D3CA 2D3LA 4UNIA 3A6OA 5DT5A 3EBVA 3L4XA 4HOWA 4W5ZA 1DWIM 1QNSA 1MQPA 1UD3A 4MB1A 2OWCA 1OT1A 3PHAA 4R5EA 2WANA 1WZMA 4ZXOA 1PBGA 3WF2A 1JF6A 1VIWA 3AIWA 4PBGA 1JZ3A 3A47A 1CPUA 1KBBA 3IJ7A 3FAXA 4HMDA 4BQ4A 2DGAA 3WDHA 2VX6A 3D5HA 3EDEA 2O9RA 1TVNA 1A3HA 4GQQA 3VMNA 2BVYA 1OB0A 2WYSA 3OBAA 5BXRA 4UQ9A 2W63A 4C7DA 3A3HA 1HVQA 5M17A 3MMDA 4C7GA 1PIFA 4J28A 3VIGA 1GW1A 3DHUA 1E4LA 1JZ5A 4N42A 1MW2A 1KR0A 2E3ZA 3AROA 4WJXA 4JHZA 1JFHA 3W53A 1BGGA 5CPTA 1K9TA 1IT0A 1ISZA 4JFTA 1UKQA 4AD3A 5IHSA 4M81A 1KFWA 2CYGA 1ECEA 3PBGA 3WIJA 1TZ7A 1UQYA 5LYRA 2DSZA 2WVTA 1R8LA 1UWUA 3I3BA 1QBAA 4F66A 1S46A 2FHFA 1VEPA 5D9NA 2DH3A 2FH6A 1FH7A 5ABFB 3BCDA 1U2YA 1H0GA 1DHKA 1RP8A 1W1YA 1QW8A 4B9YA 2CITA 3G6MA 4P7OA 3SCVA 2D2OA 1A47A 1JZ7A 1UQZA 3W81A 2BS9A 2WC3A 4HZ8A 2XWEA 2ZUNA 1R87A 2F8QA 3T08A 2J79A 3U7VA 5EFFA 1JGIA 3N11A 1D2KA 1UR1A 4TTUA 1HNYA 3CPUA 2XWDA 3O9NA 3K8MA 4WK9A 4HMEA 3MMUA 4PTVA 1J9YA 4M24A 2QV4A 2W67A 2WHKA 4J3SA 4TVDA 1E0WA 4Z2LA 4EK7A 3K8KA 1P6WA 3NSXA 3CZLA 1EXPA 3N17A 1J0IA 2J77A 2XVPA 4OIFA 1TUXA 3W25A 1XSIA 4P8VA 4HPGA 4ACZB 1H5VA 3SCNA 3K1DA 1QI4A 2BNJA 1VJSA 3CHDA 3TTYA 2YIHA 2JE8A 3WD1A 1O7AA 4RE2A 4CU7A 2A3BA 4P7NA 4MB3A 4W89A 3QHNA 2VTFA 3AZSA 5I6SA 2QPUA 1K9FA 1NWUA 3VNZA 1GPFA 3ARSA 4PUEA 4UFLA 4S3JA 1PX3A 1IZKA 1Y7VA 2PWFA 3WQVA 1UR8A 4HU0A 1XD0A 1LWJA 1JAEA 2J7BA 3OGVA 1F4HA 5A8OA 3N15A 4K68A 3DYOA 5BXTA 1OWQA 2E8ZA 1UKOA 3WEMA 4FLSA 5E0FA 1JL8A 4M1RA 1MXGA 3EDDA 2XM2A 2OSYA 1MFUA 1UG6A 1EOKA 4J3TA 3SCOA 4D6GA 3AMGA 4PCSA 4DWSD 4BF7A 2VCCA 3UG4A 3SUSA 4YHEA 3K46A 3GYCA 3B9AA 1BYAA 1LL4A 4PMQA 3QHOA 1W9XA 4JKKA 4AMCA 4GZIA 2O9TA 3TTSA 2AMGA 3AIRA 1UH4A 1GOKA 4AD0A 1V6VA 1GORA 1JNEA 3OLIA 1JXKA 4GO8A 4IPNB 3VILA 4HA1A 3WH6A 1W32A 4ATWA 3W26A 3ARVA 4AIEA 2UY4A 2VI0A 3N1AA 2EPKX 1ZB5A 2JEQA 2BHZA 1B1YA 1QOXA 2XIBA 2DT2A 1GOOA 1WDQA 5ABEA 2EPMX 1UR4A 3D3AA 2ZOXA 2OYKA 1CXLA 4AEFA 2E9BA 2WWCA 7TAAA 3VD5A 1R7OA 1UA7A 2WHMA 1TA3B 1E0XA 2J7DA 2PWGA 2Z1SA 5LA0A 3KWXA 5I24A 4NF7A 3AISA 1XHGA 3PN8A 5D8WA 1H4PA 1BG9A 7A3HA 3RM8A 1K9EA 1Q6FA 2D20A 4W8BA 4U31A 1MW1A 3NUKA 1B30A 2YDSA 1BAGA 1NOFA 1OM0A 2XM1A 4W86A 4CD8A 1LQ0A 2GJPA 5A95A 1LL6A 1CLXA 1Q6GA 3AIVA 2VOTA 2DIEA 1TCMA 1VBRA 1M7XA 2ZX8A 4YHGA 5F7UA 2NSXA 1V0NA 2VZTA 2OSWA 2YA0A 4HTYA 3CGTA 4IM4A 3AMCA 4MDOA 1JD7A 1EQPA 3JUGA 2Y4SA 1OD0A 1M01A 4TXEA 4HPHA 3WFLA 3NSNA 3W24A 2W92A 4QFUA 5IXEA 3BC9A 4XB3A 2J78A 2WHLA 3OLEA 1B0IA 4RE3A 3BSGA 3CZGA 1YQ2A 4PMXA 5KEZA 2CNCA 1E6PA 3PZTA 1BPLB 2VRKA 4QLKA 1CECA 3KEHA 1V6WA 3CBWA 1E73M 2YKKA 2DSWA 4PN2A 2IUZA 2J8FA 1ITCA 3KL0A 2E9MA 2ZX5A 3T2PA 2J7CA 4BQ2A 1FFQA 3KZSA 4TX8A 3FAWA 4CD4A 3K4AA 4BQ5A 1CXKA 3MO4A 3UCQA 1V3KA 3SCTA 2J47A 3ZT6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GOQ A;  5HAX A;  3TSB A;  3SN1 A;  3UU0 A;  1V79 A;  1W1B 1;  2EHH A;  4HFH A;  2DT3 A;  3BMV A;  3MI2 A;  3IJI A;  2ZX6 A;  4OX9 T;  1OX4 B;  1Y0E A;  1W09 A;  2GSE A;  4ERI A;  7ODC A;  2CLY B;  2OO6 A;  2DJL A;  3CC1 A;  3FJL A;  1W3J A;  1JNR A;  2VGB A;  4GUH A;  1HO4 A;  2X30 A;  5HIN A;  3GXP A;  5EJ1 B;  1L8N A;  2O7S A;  4I7W A;  3B9D A;  1A5C A;  2XDF A;  3NSM A;  4P5U A;  3K3O A;  1UWR A;  3VNK A;  4GI4 A;  2BP1 A;  3W1N A;  2DPE A;  4AD5 A;  3S0C A;  1TPC 1;  2J6V A;  5FJJ A;  5A6B A;  4OHQ A;  1DED A;  3UFE A;  2XH0 A;  2NXI A;  3AXJ A;  4A8L A;  3H2C A;  5J04 A;  2IS7 A;  4NXN T;  3WQD A;  3PJA A;  3LPP A;  3GH4 A;  1UOZ A;  3OOD A;  4GZ7 A;  4JX5 A;  4DWS A;  4H9Q C;  1H2J A;  3FEM A;  2ZUV A;  4PTX A;  1B3O A;  2G41 A;  5JUV A;  3AYT A;  1Q6R A;  2POT A;  2R1L A;  1X98 A;  1ZHA A;  2V6A A;  1C92 A;  5HOS A;  4J9J A;  4DNH A;  4KEM A;  3APY A;  1W1I E;  1UKT A;  3T1Y T;  3B0Y A;  4L80 A;  4D1J A;  4JTG A;  5JVD E;  3BAX A;  4H9Z A;  3U48 A;  4CCD A;  3OZO A;  4P02 B;  1OG0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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