2X0H | Genus

Total Genus 240

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	240
sequence length	711
structure length	630
Chain Sequence	LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINFLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
publication title	Visualizing the Reaction Coordinate of an O-Glcnac Hydrolase pubmed doi rcsb
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
total genus	240
structure length	630
sequence length	711
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2009-12-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	2x0hA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2x0hA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	2x0hA01

2CEQA 3VD3A 2JEPA 1W3JA 1E6SM 1ITCA 4A3HA 4N0RA 1F4HA 4U3AA 2DIEA 3CBWA 1E72M 3W27A 1HT6A 1R86A 1TA3A 1ZJBA 3WDHA 7TAAA 3CZKA 3WDPP 5IFTA 4ZFMA 2PWHA 3U7VA 1GORA 4DUVA 4TX8A 3UERA 3TTSA 2VVSA 4QP0A 4QAWA 1LLOA 1LL6A 1V3LA 3BMWA 3VKKA 1HIZA 1LQ0A 4AWEA 5IXEA 5LA2A 1VBRA 3EDEA 1DWHM 3L4UA 3S6TA 1W1VA 2J8FA 4B3KA 1H0IA 3BAXA 3U57A 3BLPX 1NP2A 2ZXAA 2XFYA 3CHDA 3RM8A 3FW6A 3SCVA 5A1AA 4C7GA 4W87A 2XVPA 4FLQA 3L4TA 3WDIA 4AZBA 2VT0A 2BS9A 3WNMA 5I79A 1GUVA 4AZCB 4HMDA 5CPTA 4EE9A 1DP0A 1QI4A 4JKLA 3WELA 5M5DA 1FFQA 4KGJA 2WBGA 1JI2A 2XWEA 3EDFA 2O9PA 5M3WA 2JE8A 2DSUA 2VO5A 3AXHA 3VGBA 3QGVA 2WVTA 2Z1KA 4F79A 1B31A 1VB9A 3WH7A 4UNIA 1GQLA 1UKSA 1J0HA 1JDCA 4V27A 2BHZA 3GXDA 3OB8A 5A69A 3AXIA 2OSWA 1QBBA 1XH1A 5ABGA 4P7RA 4AZCA 1JAEA 2OYLA 3F5LA 1EDQA 2WMHA 3RJXA 2OYMA 3VVGA 1QNOA 3NSNA 7CGTA 2A3AA 3ZR6A 4ACZB 5CGMA 1JDDA 1NWTA 1US2A 5F7UA 3ZT7A 1JDAA 4UFIA 2ZX6A 2OYKA 1ODUA 2JIWA 3N18A 1I1WA 4FLSA 1W9BM 3GXMA 4D6FA 1JZ5A 2GJRA 1AQMA 3DYMA 4PMOA 5JBDA 4WIWA 2YL8A 1JXKA 1CGYA 1GQKA 2CIPA 4YN5A 3WF4A 2X2YA 2DEPA 1GCYA 4ACZA 1XHGA 3GXIA 3A6OA 5EBAA 4GZIA 4J3VA 2EJ1A 4D72A 3ZR5A 1L0PA 1J9YA 4J3XA 4TVUA 1XD0A 1HJSA 1GQJA 3IAQA 2E8YA 1K6AA 3ZMRA 4ZE4A 5DFAA 2JF6A 3VIFA 3VO0A 2UY4A 4XV0A 1E43A 2JIEA 1WO2A 2G3JA 4B15A 1GQIA 1UD3A 5CG0A 4M80A 2FGLA 3AQUA 3VX0A 4DWSD 3B9AA 4UFLA 4JKKA 3CTTA 3GNRA 3MMUA 1JD9A 1UWSA 3OIHA 3VDHA 3WSUA 5FD0A 3VD4A 5JUVA 2CPUA 3MKKA 3UR7A 3A47A 2XUCA 2HISA 1HKMA 4JFWA 2VRKA 3WQWA 3DECA 1WZLA 3WD4A 3LMYA 4W5UA 3M07A 1UH4A 1EHNA 2ZUNA 1KGUA 2QMKA 4E2OA 2Y8KA 2E9MA 4WKAA 4UTFA 2XYLA 3AIEA 3PBGA 4P7LA 2ZUMA 3CUGA 1F4AA 4DWSC 4F9JA 4D6HA 3CGTA 2YA1A 1XYZA 5HDRA 5C8BB 4CD8A 2PWFA 1AMYA 4JCLA 3IAPA 1A3HA 1M04A 1PAMA 3WH5A 4GINA 5I0DA 1B0IA 5CLWA 3U7BA 1V3MA 2WKGA 3ZJ6A 2ZIDA 3F5KA 2D0GA 2J7CA 2O92A 4U5IA 5BXPA 4Z2LA 2X09A 1C92A 2YLAA 1UD8A 3UR8A 4L4PA 3WMSA 2J78A 2VZUA 3GM8A 4GI9A 5FOOA 4PMVA 4MNLA 3AISA 3WNOA 4KRUA 1G1YA 3AFBA 1XD1A 3RM9A 2CKSA 1ZBVA 1QNPA 2VZTA 1W3LA 1C8XA 3CUHA 4DWSB 3QOKA 1PZ3A 3W4RA 2YIHA 3WNPA 1B3WA 4FLRA 2DPEA 3PN8A 2TAAA 5AYBA 1KXHA 5IDIA 4AZ5A 2XG9A 4OUEA 2WB5A 3VGEA 1UR0A 2J74A 1BGGA 4J3WA 4AZ6A 1V0KA 1VRXA 1UOKA 2E8ZA 5HPOA 2EO7A 1MFVA 1KCLA 5M03A 5HXMA 3N15A 2VURA 2YJQA 3PZOA 4RE3A 1UZ1A 1UYQA 4DWSA 4EKJA 1QVBA 2A3CA 2GK1B 2EBNA 1PBGA 3VOCA 3GBDA 2W92A 3L4YA 4M1RA 5AYIA 4ACYA 1GOOA 4EAMA 1E55A 4K68A 3OZPA 3POCA 1CPUA 1KR0A 5DO8A 3L2MA 3NJ3A 1H49A 3WENA 3ARPA 4UZSA 4CD5A 1XYFA 2VCAA 3A3HA 3RM4A 3I3BA 5GNZA 5BROA 2DT3A 4NRRA 5GPRA 2WMKA 4PMYA 2J75A 1KBKA 1EO7A 1EDGA 2GK1A 3CZEA 4GIAA 4PTVA 5FKYA 3PZGA 2WMIB 1AQHA 2F8QA 3GZAA 5E6ZA 3WQ6A 4X0NA 3SCWA 5E9AA 3VD7A 3IJ8A 2EPLX 4TVCA 3WF2A 3WH6A 3ZIZA 1E6RA 1XSIA 3SCRA 4B16A 3IK2A 4UFMA 3KEHA 4W7VA 1WDPA 3CO4A 1UQZA 4GQRA 3VGGA 1BVNP 2Z1SA 4UZUA 1L8NA 1Q4NX 3GH5A 3SCQA 3ARXA 2CHNA 4H8VA 5I6SA 2WMIA 4HA4A 1CGTA 4FMVA 1OT1A 1QI5A 4UOQA 1QI3A 1JZ2A 4TXEA 3ZJKA 4RE4A 5E70A 5C71A 5I24A 4N42A 4OOZA 4DUWA 3NYDA 3WUEA 2YL5A 1J0KA 1J11A 4BF7A 1C90A 1US3A 3DYPA 4J3TA 2WVUA 4BCEA 3WF1A 2WBKA 2XFFA 1LWHA 1R85A 2WM0A 3OGSA 1JYWA 4HA1A 1MQPA 4CN6A 2VL4A 3BCDA 5JBFA 1XCXA 1B3XA 4KGLA 3I3DA 1OBAA 3ARVA 1B90A 4M8UA 4Z2HA 3GXFA 4PTMA 5HNNA 4W8AA 4X9YA 1NWSA 1MQQA 1VFOA 4P7QA 3TTOA 4AZIA 2PBOA 3N9KA 1EQCA 1ODZA 3ARZA 3WQ4A 5A94A 2WW5A 1FA2A 4J27A 1BPLB 1R8LA 3FHAA 4OOUA 2BV9A 1IV8A 1SMAA 3BGAA 2A3HA 5I3DA 2UY3A 1S46A 1UH2A 2E4TA 2D3LA 4CD4A 4WK9A 5I2UA 2BHYA 2VX7A 3WF3A 4QCEA 2W91A 3OLEA 5C70A 3PTKA 5CGTA 6TAAA 2DH3A 1JF6A 4LQ1A 4BQ3A 1BYAA 2DH2A 2EPNA 4OJYA 3WEOA 2C0HA 4UFHA 3GTNA 3VIOA 3ZJ7A 4LYPA 1WPCA 4YPJA 5BXSA 1VAHA 4A4AA 2VX4A 3QHNA 2W67A 5GQBA 2ZWYA 1OWQA 1E6NA 4PTXA 3ARQA 4MB3A 3WNKA 1C3FA 2CITA 4AY1A 4Z2KA 2G41A 2W61A 3GBEA 2J7FA 3BAJA 4J3SA 2GVYA 3AIUA 1QHOA 4ZEPA 4W7UA 5A8MA 3RJYA 5A6JA 3VD9A 2IUZA 1UZ4A 3CHFA 4NRSA 3RIKA 4TVDA 4AD5A 4P8VA 3OGRA 3ALGA 1HF6A 3SUUA 5CSYA 4JHOA 1HP5A 4W89A 4AIEA 1E4NA 1ECEA 2D2OA 4OKDA 2ZXDA 3BH4A 2FDMA 1ISVA 1NWRA 3WUGA 1ZBWA 3GH4A 5ABHA 3W53A 1OGSA 4KH2A 1OCQA 1WDSA 3W38A 1V3HA 4JAWA 4OZOA 4P8WA 3ARRA 3A4WA 3K8LA 1PIGA 1E3ZA 4HU0A 3B9EA 3B9DA 1JYXA 3MUY1 3LPGA 1DEDA 4CN4A 8A3HA 2ZE0A 3TONA 2FH8A 3CHEA 4U2YA 1V0LA 2Y8VA 3CZLA 3TOPA 2OSYA 4ZXLA 2BY2A 2CETA 1W32A 1H41A 4F8XA 2YA2A 3SUTA 1H5VA 4P8XA 1C91A 3TP4A 3FN9A 3VMNA 3CLWA 1R7AA 2VCBA 4TX6A 2YL6A 1XC6A 1G9HA 2WMGA 4ATWA 1DWJM 2RGMA 1PZ2A 4UQEA 1E40A 3N04A 2J7BA 3E1F1 4HMCA 3QHOA 2VTFA 1LF1A 3MU7A 1B3ZA 1Q6DA 4B9YA 3T08A 2W66A 3EDJA 1JZ4A 1V02E 2VZSA 4JFUA 4GZEA 1E70M 1JXJA 5I23A 2XTKA 4UQ9A 1HJUA 4B9ZA 1Z32X 3II1A 4PMZA 1C8YA 2D23A 3F5JA 4A3YA 1QNSA 1EA9C 3VNYA 1J0IA 4UQBA 4CCEA 2NW0A 1CGXA 1W2PA 2GJPA 1XCWA 3S2CA 3AS1A 1XSKA 4IISA 3VX1A 4KMQA 1JD7A 4AD4A 3PTMA 1MW0A 2XVLA 3EYPA 4D6GA 1OD8A 3BLKA 1B3VA 3NSMA 1E6PA 5EMYA 4AISA 3LPPA 5D8WA 1WB0A 3VM5A 3W81A 3OG2A 1BGAA 1WKYA 1UQYA 1IT0A 4UOJA 3DHPA 1QPKA 3L4VA 4M82A 3T2PA 2YOCA 4YHGA 3DHUA 4UOZA 1QI0A 1JF5A 1TUXA 1CECA 1EQPA 1EIBA 4HZ6A 2NSXA 1WCGA 2ZWZA 1BQCA 3NUKA 1GVIA 3BAKA 5BXTA 4MB4A 1H4PA 2D22A 4B3LA 1B30A 4PMXA 4EANA 3KWXA 4UR9A 1WZAA 2O9RA 4BQ5A 3PZMA 4D6CA 3SCUA 3AROA 5IFPA 3M46A 1W9XA 4GPNA 1BYBA 2EXOA 5A2BA 2HVMA 1UKQA 2J62A 4PRWA 1H11A 5KZ6A 4IUGA 5HOSA 4JCMA 4S3JA 4UFKA 1HX0A 2XGBA 2WWCA 4D6EA 3MMDA 3VILA 3VIMA 2FHFA 1QNRA 1RD6A 4W8LA 3WFZA 4MAZA 3AHZA 3K1DA 2G3MA 4MJ4A 1WE5A 1UKTA 3MSDA 3AIBA 2E9LA 2PC8A 2CKRA 1I1XA 5CZKA 2BNJA 5D8ZA 2OWCA 4OBRA 2E3ZA 2WHLA 3WIJA 5E0FA 4D6JA 1U30A 3AMCA 2X8RA 2DT1A 1HP4A 1TVNA 3KL0A 4H8HA 3UG5A 2D0HA 3L4WA 2WMJA 5A6MA 1AVAA 3AHXA 1PX3A 3L2LA 1CYGA 3N17A 1CIUA 2EPMX 2G3NA 1OGGA 3QR3A 1CENA 2VNCA 1H3GA 4GXPA 4MAVA 1HNYA 2YKKA 3SCTA 3W26A 4W93A 1H09A 4UFJA 1XSJA 4H8UA 1E1FA 2RGLA 2XM2A 5A2AA 3SUSA 1UR1A 4AIUA 3FXYA 2QF8A 2PWDA 3KL5A 1BVZA 2GJXB 5A8NA 4URIA 1MQRA 1CGUA 4XB3A 2WCAA 2XHYA 4W86A 1E6QM 4KRTA 4DM2A 4AD3A 1UR8A 4QLLA 4MNKA 3WEMA 3PZIA 2CHOA 2EPOA 3HJEA 4U31A 4C90A 7A3HA 1DWGM 1TVPA 1WAWA 3W82A 4ML4A 3KL3A 1TE1A 1Y7VA 2XJ7A 1AQ0A 4MJ2A 3CUJA 1J0ZA 3ALFA 3RO8A 4UQCA 3VGDA 1KQZA 1TZ7A 5ECUA 3ZT6A 1SMDA 5BRPA 4W84A 2D1ZA 1FOBA 1V3KA 2VX5A 4PN2A 2VQUA 5EB8A 1ISYA 2GJXA 2CYGA 4R5EA 1GOQA 3CMJA 1E1EA 1SR0A 1TCMA 4U3CA 1CEOA 2O9OA 3K8KA 1WDQA 2OLHA 2YBUA 4J7RA 2ZXQA 1JNEA 1JG9A 4JFTA 3POHA 3GYCA 3W28A 2VUYA 1B9ZA 2YLLA 3B8SA 1EXPA 4AW7A 2WAGA 5D4YA 1JZ8A 1N82A 5E09A 4JL1A 5I78A 5FL1A 1M53A 1UKPA 2QMJA 5GNYA 1E5JA 1K9TA 2BVDA 4LXFA 1H2JA 4MB5A 1G0CA 4MNMA 3AMDA 3BMVA 1W2VA 4TOQA 1X1NA 3AIVA 4AD2A 2J8GA 1BF2A 3EBVA 4PMDA 1UD5A 2EPKX 2V38A 2AOSA 3W37A 1C8QA 1OIFA 1NM9A 1E3XA 5BYWA 2EEXA 4PTWA 2IXVA 2DDXA 3VIIA 5ABEA 1ZU8A 4TTGA 4HOWA 3FNDA 4Q22A 5LA0A 2D3NA 3QOMA 5A6SA 1CXLA 1LG2A 4H7VA 1VF8A 2ZX7A 3TTYA 1GJUA 1IZKA 5CSUA 4D6DA 3BAIA 3BSHA 2XGIA 4BQ4A 3AMKA 3MANA 2FHBA 1CXIA 3AXXA 3LPOA 2FHCA 2G4FA 1DWAM 2F2HA 3VM7A 1BYCA 2CNCA 1UG6A 1V6XA 1OGBA 4H04A 4J3UA 4W85A 4GI6A 1M03A 3WF0A 2WWDA 4OIFA 2MANA 2WSPA 1VFFA 4AD1A 2FH6A 1P6WA 5E6YA 4CGTA 2DIJA 3SURA 4M29A 2WSKA 4H2CA 2PF0A 1CTNA 1UR4A 3SCNA 3AJ7A 1NARA 1RPKA 1GHSA 2A3BA 4X0VA 4M56A 1KB3A 2WLYA 1JGIA 2ZXBA 1FHLA 4UCFA 3IANA 2ZICA 4M81A 1TR1A 5I77A 1CXKA 3RDKA 2D20A 3O6AA 3L4XA 4JKMA 2XIIA 1NH6A 3WDRA 4GZJA 1KXQA 1VENA 1V6YA 3VPLA 1V6UA 4HMEA 4GKLA 4E4PA 1YHTA 1D7FA 3PZNA 3CPUA 3N11A 1J01A 3W6MA 3HN3A 3PHAA 1BTCA 1E56A 3VIGA 1OD0A 4MADA 2VR4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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