2X0YA

Screening-based discovery of drug-like o-glcnacase inhibitor scaffolds
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Screening-Based Discovery of Drug-Like O-Glcnacase Inhibitor Scaffolds
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase
total genus 233
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2009-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2x0yA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2x0yA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2x0yA01
1JDDA 4PSRA 4TVDA 5M03A 2VCCA 3WENA 1CEOA 4PMVA 1C7TA 1E6RA 5E9AA 1E1FA 1D7FA 1Z32X 4F9DA 5A2AA 1YQ2A 4LYPA 1EQCA 1AMYA 3ZIZA 1UKPA 5FIPA 2E40A 2VCAA 1UG6A 1E4IA 4E4PA 2W92A 1J9YA 2VX4A 2HISA 1GQKA 1E6PA 2ZXQA 1ISZA 3SUSA 4LQ1A 2JFEX 4MTVA 3CUGA 2WMIB 4CD8A 2WHMA 3LPFA 1KQZA 1TR1A 5EMYA 2BHUA 4Z2IA 3MU7A 4P8UA 1R8LA 2QPSA 1U33A 1BTCA 2CNCA 3GZAA 2J74A 1J0ZA 4EE9A 2DEPA 3GNOA 1CENA 3ARRA 4W8BA 3CO4A 2OYKA 4D6DA 1QNOA 1C91A 2XM2A 4JFVA 3NDZA 3VIFA 3KL5A 1V3LA 3L4VA 1D3CA 3AS2A 4JFWA 4R5EA 3MSDA 3FY1A 1ITXA 4GQRA 3CHCA 3VIMA 3OLGA 1JIBA 1WDSA 1B3YA 3M6DA 1DP0A 4GXPA 2F8QA 4ATWA 2Q8XA 1CGYA 3VDCA 2VOTA 4U5IA 2YLAA 3WL0A 3IAQA 3KL3A 1G9HA 1XCXA 3AHVA 1U2YA 2VUYA 1VF8A 1W9BM 1UD3A 2DPEA 3WH5A 1UR4A 4OOZA 1GNXA 5CLTA 3WH8A 7CGTA 4AZHA 2J7HA 2DIJA 1KFWA 1ODUA 3WD2A 1OD0A 3AIQA 1UKOA 4ACZA 4Q22A 5D9NA 3FW6A 1TE1A 4MNJA 3GH4A 4JKKA 3W29A 1V0LA 1C3FA 5DT5A 4CN6A 2GFTA 5BRPA 1H11A 3AHZA 3N1AA 3WY1A 2YDQA 1HJVA 2QLYA 3BAXA 5EFDA 5GNZA 2G4FA 4FMVA 2X0YA 3SCRA 1UKQA 2GJXB 3AHYA 1XH2A 4DUVA 1QNQA 3RILA 3CZGA 1O7AA 3VD9A 1C92A 1UR0A 3CHEA 2WB5A 2YL6A 4NI3A 5C8BB 3RO8A 1C8YA 2X1IA 4W8LA 1J11A 2J7BA 3MO4A 1ZJAA 5I6SA 3QOMA 3AHTA 3WQ8A 2WVSA 4QP0A 3AIEA 1OIFA 4HA3A 3NUKA 1MW1A 3WFZA 4PYSA 2VR5A 2X2YA 3BH4A 2DSZA 3OGSA 1UOKA 3M46A 4ZENA 3K8LA 4MB4A 5A6MA 8CGTA 1TMQA 4UQCA 2BXYA 4QLJA 3IK2A 5EBAA 4IUGA 1R86A 3NJ3A 1BVNP 1GQLA 4FLSA 4C7FA 1EDTA 1KR0A 3SCVA 3A47A 2VC9A 1DWHM 5BROA 4GQQA 2IXVA 3AIWA 4KRUA 5ABFA 3AXIA 2WHKA 2J8GA 3ALGA 3N13A 3BAIA 1K9DA 2DT3A 2ZICA 3WFLA 1NOUA 3WDJA 2VVSA 5E6YA 3T2QA 3L2MA 3CZ8A 3W53A 1FFRA 3BCFA 4MAZA 1MXDA 3N11A 3NSNA 4CKQA 2FGZA 1IZKA 4WKAA 3ZJKA 3AYSA 3WMCA 1XRVA 1BVZA 3QGVA 2BHYA 1LQ0A 1QHPA 3TP4A 1ZBKA 2WNWA 4AEEA 3W81A 1W1PA 4F66A 1UWRA 4AWEA 1PJ9A 2WHLA 1BF2A 4XUYA 1R85A 2VCBA 4ZE4A 4BCEA 3FXYA 4W8AA 3WF0A 2FH8A 1NWSA 4IPNB 1W9DM 2VX7A 3CBWA 1JD9A 1UH2A 1F4HA 3N9KA 4GI8A 2E9MA 1BG9A 4Z2HA 2Y2WA 3PZIA 3SCQA 4D71A 3WIJA 5A8MA 4M1RA 2GDUA 2DGAA 2J47A 2J75A 4ZE5A 1U30A 1E1EA 3UETA 4H2CA 4JKLA 1VJZA 3T0AA 3UESA 3MSGA 5FL0A 2BY0A 3W38A 1H09A 1ODZA 1M53A 4D6HA 2AOSA 3AJ7A 4JZ5A 4MB3A 4LX4A 2PBGA 4GZIA 4W88A 2WM0A 4C7DA 4Y7EA 1HF6A 1KGXA 3NSXA 3VDAA 4Z2LA 1QHZA 4RL3A 1UKSA 4K68A 5CPTA 1W1YA 4UQBA 2CHNA 4ATLA 2WZHA 5HXMA 1ZBCA 3AXHA 2Y24A 3BAYA 1OSEA 4HTYA 2WLZA 4C90A 2CIPA 1B31A 1E15A 1B90A 4HZ6A 4PMDA 5LYRA 1NWRA 2G41A 3AMGA 4FLQA 4P7OA 2QHAA 3BAJA 1JF6A 1KCKA 3WEZA 4MDPA 2C0HA 2AAAA 1XSKA 5A6JA 3GTNA 5M17A 1BYAA 4GPNA 3VNYA 2WK2A 1W32A 1KGUA 2J4GA 1OT1A 2PI6A 1DWFM 2EPNA 2D3LA 3WN6A 4E2OA 1LG2A 1E0XA 2VVNA 1VFUA 2YKKA 4TX8A 4HZ8A 4V2XA 4WJXA 1NQ6A 4PUEA 1JNEA 4D6GA 2D24A 1W1VA 5FOOA 4U3CA 3VTRA 1H0GA 1I75A 3ZT6A 2YA2A 2DSWA 2ZXBA 1WNOA 2D3NA 2XFYA 5BXRA 1H3GA 4PCSA 2JEPA 5JUVA 4ATDA 3OIHA 1J0KA 5D8ZA 1GONA 3FAXA 2W91A 3B9AA 1KWKA 2O9PA 2J7FA 2UWFA 2DT2A 3SUTA 3F5LA 3A6OA 3AZTA 3O2LA 4EK7A 5E0FA 3CH9A 4HU0A 1QW8A 1KCLA 2DH3A 4W5ZA 2VR4A 1QNPA 1V3MA 1J0HA 4ZEPA 1WZLA 3MMWA 4JIEA 5FCZA 3MV01 1CGXA 3AZRA 1LF1A 3N18A 4XV0A 3ZQ9A 4AC1X 2CBUA 6TAAA 1MW3A 1E5NA 1I1WA 4NRRA 3G6LA 4LPCA 4GI9A 3W37A 1BHGA 1UKTA 1G0CA 2VURA 1V08A 3KZSA 1R7OA 4PN2A 2XSAA 5FKYA 2X05A 1B1YA 4UTFA 1IV8A 1LLOA 4RE2A 1CXKA 1PEZA 3T2PA 1GQIA 3RM4A 1UWSA 4QCFA 1QNRA 3TONA 3UR8A 3VIPA 5CLWA 4QAWA 1UYQA 1LJYA 2PWHA 2E4TA 2EQDA 2W66A 1OM0A 2XGIA 2NSXA 3GBDA 3AIUA 3RPMA 1GVYA 4AZCA 3FAWA 2EBNA 2X0HA 2VRJA 1GOOA 2MANA 4URIA 5AYBA 2D0HA 3DYPA 2WC4A 1PIGA 1GORA 2YL5A 4RE3A 1MWOA 2VZUA 1F4AA 1TUXA 4UFHA 1DHKA 2BVDA 5HBFA 1UUQA 3RCNA 1HP4A 2JF6A 2WCSA 4PMNA 2OYLA 1LL7A 4AIUA 2XJ7A 1EHNA 3WSUA 1K9TA 2Y5EA 3ARXA 2PBOA 4W7UA 1LL6A 3WKZA 5A94A 1PZ2A 4WF7A 4D6JA 1G01A 2WVVA 3T0BA 1SMAA 1MYRA 2VZTA 3MUIA 3L4WA 2A3EA 4V28A 1JI2A 3QOKA 1A47A 4W87A 1VFOA 4B16A 3OA5A 1E4NA 1GOQA 3GXDA 1ZB5A 4PTXA 3VMNA 5HPCA 2ZXAA 1KR1A 3WUEA 3GXMA 1CBGA 1HN1A 2V5DA 1HJUA 1AVAA 1UD5A 4DUXA 5I3DA 4PTMA 1TZ7A 3WDQA 2A3AA 1V3KA 3OLEA 4XX6A 1QPKA 1OB0A 3VKKA 1UA3A 5FL1A 1EXPA 3WF3A 4GI6A 4U2ZA 1WP6A 3CHDA 3EMQA 3NSMA 4BQ4A 4UOJA 1HNYA 3LPPA 4UQAA 2YDRA 4FK9A 3W28A 5ABEA 2J7EA 1QBBA 4PMOA 2Z1SA 1TFVA 1I1XA 1H0IA 1JZ4A 4CVUA 2IUZA 3VILA 3BSHA 2V3EA 1ZJBA 3WH6A 4H7VA 1V6YA 3WDPP 3K8KA 1V3HA 4TVUA 5I0DA 4ML4A 2ZE0A 3T08A 2VX6A 3VMPA 1E4LA 4HOXA 3AOFA 3OB8A 2V5CA 3VM7A 5ABHA 3CIVA 2PB1A 4F79A 1JZ5A 2VRKA 1QOXA 1TCMA 3VIIA 2ZIDA 1JI1A 4PSPA 4HOZA 1DWIM 3W6LA 3RDKA 3CZKA 2EPLX 3W24A 4ACZB 2VRQA 1DWGM 1E6SM 3B8SA 1M7XA 2D20A 4PMXA 3SCUA 3RM9A 5A8PA 4JAWA 3UCQA 2CKRA 2CETA 3OLDA 1J12A 2WSPA 1E9LA 3WDHA 4D6FA 5E09A 4UFIA 1UWUA 3ECQA 3D3AA 3SCPA 2O92A 1GOIA 2BVYA 3QHNA 3RJYA 4Z2GA 4AEFA 5A1AA 3DYOA 4MNMA 4PRWA 4ZXOA 1CPUA 3PZ9A 5GNXA 5M5DA 4GINA 5A6SA 3I3EA 1E73M 3ARUA 2WZEA 4B15A 5BWFA 3OLIA 5I2UA 2WMHA 4HA1A 4IM4A 4L4PA 4X0NA 4ZFMA 1FOBA 4MJ4A 2ZUSA 1W9VA 4W5UA 1MXGA 4UZUA 4UCFA 3W25A 1BG4A 1CECA 1Q6FA 4U5KA 2WAGA 1CYGA 3AMLA 4QFUA 1B3VA 1C93A 4KGJA 4NZCA 5DFAA 1CGTA 1X1NA 1NOWA 1SFSA 3F5KA 1H2JA 4S3KA 3SCNA 4HPHA 2J25A 3WD3A 1BAGA 3OGVA 1OBAA 3S6TA 4E8CA 4HA4A 1H5VA 4YHGA 1JAEA 5CGMA 2EPMX 6A3HA 5CGTA 2J77A 3CUFA 1JDCA 2VTFA 5IHRA 2BV9A 4WIWA 2WXDM 3VD4A 5BXTA 4AD4A 4OJYA 4CD5A 1UA7A 1GOKA 3VIJA 2YJQA 2W5FA 4NF7A 1WB0A 3CUHA 3WUGA 1UZ4A 1FHDA 4YHEA 1HKKA 5AC4A 2G3MA 1G1YA 2WMIA 3E1F1 4HMDA 2XM1A 4J27A 2RGLA 4X9YA 2ZX6A 1O6IA 5IFTA 2E8ZA 3CMJA 1SR0A 1SMDA 3GYCA 3RMEA 1J0IA 2E8YA 1CIUA 1BYCA 1JNDA 1G5AA 3AIVA 2ZX9A 2QV4A 3VGFA 1E6NA 3T0DA 1DTUA 5A2BA 2ZX5A 2D23A 3I3DA 1JYVA 2HVMA 2XFRA 3BSGA 3VVGA 3VX1A 1JXKA 4HZ7A 4GO8A 1A3HA 3U7VA 3GH5A 4XB3A 1UD4A 5E6ZA 4D1IA 3T2OA 3WNPA 1GUVA 4DWSC 1JL8A 3THDA 1IT0A 4H04A 4EAMA 3BGAA 2B31A 1VRXA 3CGTA 1V6WA 3AMKA 4TTUA 1KWGA 2JE8A 1J18A 4C91A 4QCEA 4J3SA 3BMVA 1US2A 2EJ1A 5GPRA 3A4AA 4A3YA 5C71A 1HIZA 1V0KA 1JYXA 4QLKA 6CGTA 1DWJM 4AD5A 2ZUUA 3ZSSA 3QR3A 4WKHA 2YL9A 1HL8A 1J10A 2VQUA 2YA0A 2YDSA 1TA3B 1PX8A 2CESA 3NCOA 3MKKA 5CSUA 4CN4A 1Q6DA 2WMGA 3L4XA 2BY1A 1UWIA 2CITA 4P8XA 2VZSA 2BY3A 5FD0A 4JL1A 3GDBA 1JF5A 3WQ6A 2GJXA 3VGDA 1AQ0A 1GPFA 1K9EA 2ZX8A 3A4WA 2UY2A 2WLYA 1X6NA 2E0PA 3EDDA 4UQDA 2CYGA 1ITCA 1V6XA 4IPLA 4MADA 4AZ5A 3ZOAA 4M29A 1OWQA 5AC5A 4C7GA 3HJEA 1VFFA 2PWEA 4HU8A 5A6KA 2EXOA 1GQJA 3RJXA 1JXJA 1ZBWA 4MNLA 1K6AA 1QI5A 1XC6A 4JCMA 1V0NA 1PX4A 4JFSA 3ARSA 1V02A 2QPUA 1XD0A 4UFMA 2ZUWA 1LL4A 1MW0A 2WW5A 5HOSA 3O6AA 2CBVA 1JFXA 2W61A 1R7AA 1JYNA 4B9YA 3SEPA 4OZOA 2BY2A 4UR9A 1W91A 3CPUA 3K4DA 3VIOA 1GCYA 3IANA 5GNYA 4D6EA 1HJXA 1BQCA 2DSUA 2F61A 4JKMA 2GUYA 2O9RA 1JZ3A 1W2VA 4OBRA 4KMQA 4PMYA 1R87A 2E3ZA 1JZ7A 4MJ2A 2PC8A 2Y8KA 3A3HA 5D4YA 2GK1A 3WEOA 4BQ5A 1HVQA 4RE4A 4CCDA 2GSJA 2PWGA 3MUZ1 1XHGA 3GXFA 1LWHA 1V3IA 1W9PA 1CXEA 1PPIA 2PWDA 5DT7A 5AY7A 5I23A 1LG1A 5A2CA 3WH9A 2RGMA 2NW0A 4AZ6A 5D9OA 3SIMA 3U7BA 3ARTA 4CCEA 1K9FA 4DWSB 2D2OA 2WCGA 2WKGA 4AZBA 4UFJA 1PIFA 2OSYA 2XGBA 1DWAM 3KEHA 1AQMA 1TVNA 4CD7A 3SUVA 3L4ZA 2VNCA 1CNVA 3CUIA 5E0CA 3FN9A 1KBKA 1FH8A 1G94A 3WL1A 1GOWA 1V3JA 2IXUA 4J7RA 1KQYA 2WC7A 2O9OA 3EBVA 2EPOA 1OCQA 2GDVA 5CPQA 4BQ3A 4PTVA 1N82A 3AS1A 3LMYA 1E6QM 1NM9A 3CZLA 1VB9A 4OKDA 3AIBA 4R27A 3ARPA 1RPKA 2XWEA 3EMCA 4D6IA 4D1JA 1ZS2A 3HN3A 4M56A 1MQPA 3B9EA 3EDJA 3GBEA 4F8XA 3BC9A 3PZUA 4GZJA 2WWCA 4KH2A 2YOCA 3AMDA 2FH6A 1CTNA 1NWTA 5CPSA 4XZWA 5I78A 2D22A 2VI0A 1OINA 2WKLA 1NP0A 3IJ7A 3WELA 4AD0A 5A8QA 3PZVA 4AW7A 2XSBA 3PHAA 2DT0A 4CD4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1JDD A;  4PSR A;  4TVD A;  5M03 A;  2VCC A;  3WEN A;  1CEO A;  4PMV A;  1C7T A;  1E6R A;  5E9A A;  1E1F A;  1D7F A;  1Z32 X;  4F9D A;  5A2A A;  1YQ2 A;  4LYP A;  1EQC A;  1AMY A;  3ZIZ A;  1UKP A;  5FIP A;  2E40 A;  2VCA A;  1UG6 A;  1E4I A;  4E4P A;  2W92 A;  1J9Y A;  2VX4 A;  2HIS A;  1GQK A;  1E6P A;  2ZXQ A;  1ISZ A;  3SUS A;  4LQ1 A;  2JFE X;  4MTV A;  3CUG A;  2WMI B;  4CD8 A;  2WHM A;  3LPF A;  1KQZ A;  1TR1 A;  5EMY A;  2BHU A;  4Z2I A;  3MU7 A;  4P8U A;  1R8L A;  2QPS A;  1U33 A;  1BTC A;  2CNC A;  3GZA A;  2J74 A;  1J0Z A;  4EE9 A;  2DEP A;  3GNO A;  1CEN A;  3ARR A;  4W8B A;  3CO4 A;  2OYK A;  4D6D A;  1QNO A;  1C91 A;  2XM2 A;  4JFV A;  3NDZ A;  3VIF A;  3KL5 A;  1V3L A;  3L4V A;  1D3C A;  3AS2 A;  4JFW A;  4R5E A;  3MSD A;  3FY1 A;  1ITX A;  4GQR A;  3CHC A;  3VIM A;  3OLG A;  1JIB A;  1WDS A;  1B3Y A;  3M6D A;  1DP0 A;  4GXP A;  2F8Q A;  4ATW A;  2Q8X A;  1CGY A;  3VDC A;  2VOT A;  4U5I A;  2YLA A;  3WL0 A;  3IAQ A;  3KL3 A;  1G9H A;  1XCX A;  3AHV A;  1U2Y A;  2VUY A;  1VF8 A; 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