2X0YA

Screening-based discovery of drug-like o-glcnacase inhibitor scaffolds
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Screening-Based Discovery of Drug-Like O-Glcnacase Inhibitor Scaffolds
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 233
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2009-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2x0yA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2x0yA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2x0yA01
2CHNA 3SUWA 3VTRA 5GQBA 2VRJA 2W67A 4KGJA 4UFJA 1HJVA 2F2HA 5A2AA 4HA4A 3RPMA 5ABHA 1Q6EA 1UZ4A 2PBOA 4OJYA 4HPGA 3VIGA 3KL0A 4PN2A 2JEQA 4J3UA 2RGLA 3B8SA 3TP4A 2VR4A 1E3XA 3RCNA 4CN6A 1ISZA 1GOQA 3SUTA 3CHDA 4B3LA 4R5EA 4MB1A 3W81A 1UD3A 1EA9C 4MAVA 1ECEA 2ZX6A 1V08A 2D2OA 3ZR6A 1UUQA 3GH5A 5D9NA 1SMDA 3CUJA 2NT1A 3ARRA 3N13A 5DT5A 1V3IA 3BAKA 4HMEA 3PBGA 2EQDA 1GHSA 1QHZA 1GOWA 2XVLA 5EBAA 1IV8A 2XM1A 1LG2A 4QP0A 3WELA 3SEPA 4U5KA 5CJ5A 5IXEA 1VEPA 4J3TA 3W37A 3NJ3A 3APGA 1CNVA 1HF6A 3ARXA 4Z2KA 1X6LA 4WSKA 1Q4NX 3NSMA 2XFFA 3ALGA 3NDYA 3POCA 5A8QA 5E09A 2CHOA 3AMCA 3U57A 3CZJA 4J27A 3ECQA 1UWTA 3L4XA 4YPJA 2ZXQA 5CSUA 4FLQA 4A4AA 3A4AA 1V6XA 2XIIA 1B3ZA 2W4XA 3CZ8A 3AMKA 2XSAA 3CHFA 1JYWA 1BYDA 3O6AA 1JD7A 2BY0A 2E3ZA 5HDRA 2YBUA 1GNXA 2D23A 3VMPA 1NP2A 2WMGA 3AS3A 2OSWA 3GXDA 4GZIA 2JIWA 1E6XM 4S3JA 2J4GA 3WH9A 4MB3A 1UWSA 1JF6A 2YDQA 1UZ1A 1UWUA 1E73M 4GPNA 1CBGA 2J74A 1R86A 4H2CA 1QW8A 1M03A 2J7CA 4UQCA 2YDSA 2WYSA 5A6JA 3L2LA 2VZSA 1VIWA 5BRPA 1J0YA 3BCFA 2VOTA 1PAMA 5ABFB 3VIJA 4Z2GA 1FH7A 1D7FA 1E0XA 1E4IA 5ABEA 1B90A 1NQ6A 5AC5A 2O92A 4LX4A 1OCQA 5C71A 1CXIA 4PMYA 4C7DA 3RIKA 4NRRA 2BXYA 1KCKA 3W6LA 3K8MA 4OZOA 4Y7EA 4ZFMA 4X0NA 3GXMA 4AEFA 2QV4A 2J25A 4LYPA 1FH9A 2DSVA 2WSKA 3VUPA 4PMUA 3GNOA 3MSGA 2BHYA 2CPUA 2XFYA 2XSBA 3WUEA 4AY1A 1GUVA 1UR1A 4JCMA 4M1RA 1E56A 2J77A 4FF5A 1CGXA 5AY7A 1NOUA 3MMDA 3BLPX 4DUWA 1JNDA 3AMDA 1LL7A 3WIJA 4AWEA 1C7SA 2EPNA 4IPNB 1UD6A 1W2VA 1NOFA 4LQ1A 4PMNA 4PUDA 3BGAA 1XSJA 1K6AA 1UR8A 1CEOA 2J79A 2AAAA 1JZ4A 2J75A 3AISA 3VO0A 1TUXA 1QI5A 1H49A 3AQUA 2ZX7A 1DHKA 3VIKA 1UYQA 4P7RA 1PZ2A 1XSIA 5E6YA 2VTFA 2GFTA 4CD6A 2DSUA 4MB4A 2G4FA 1KBBA 1W9BM 2V38A 1B2YA 4GQRA 3VX0A 1W3JA 3CBWA 3RILA 2J7BA 5F7UA 2UY3A 2ZIDA 1VBUA 3B9AA 3AS2A 1W3LA 1W9DM 1XV8A 1EDGA 1JFHA 5BXTA 4H8VA 2NW0A 3WNPA 5HPCA 2G3IA 2WB5A 1G9HA 5I3DA 5FD0A 1MVYA 1HXJA 4MADA 2CEQA 3OGRA 3LPOA 1FFRA 3ARSA 3HJEA 5A2BA 3D5HA 3AIWA 3CUHA 4GIAA 4AIUA 3SIMA 4ATLA 3OZPA 4AW7A 2VVNA 1Q6CA 3VNZA 4W7VA 3L4UA 4EKJA 4UFKA 4QDMA 1G0CA 4ATDA 1G01A 1EHAA 3AJ7A 3MUAA 3SUSA 1GHRA 3AIUA 5IHRA 4U3AA 1H09A 3GH4A 4Z2JA 3K1DA 1QNSA 4LYRA 1E0VA 1K9DA 4PMDA 2E8YA 3RDKA 2ZXDA 1KQZA 1H3GA 1LWJA 2VL4A 3WF4A 4D1IA 1FHDA 5TD4A 1W3KA 4F66A 4ACZB 1CLXA 1B3VA 5HXMA 5CGTA 5BRQA 5FOOA 4N0RA 2EXOA 4GQQA 3WD2A 2QMJA 4C91A 1QI3A 4U3CA 3KEHA 4UZUA 1VEOA 5FIPA 2W61A 5I2UA 4HMDA 5E0CA 1HKIA 1ISWA 1KWKA 4YN5A 2WHLA 4JL2A 1H4PA 1NP0A 4V27A 3VMOA 3SUUA 2Z1KA 5ABGA 4WLCA 3F5KA 1B3WA 3NCOA 4XUYA 1QOXA 1JL8A 4CGTA 2WK2A 3VDBA 4QCEA 2FHBA 2WHJA 1NWSA 1JYVA 3WH8A 1PBGA 4UQ9A 4KWUA 1H5VA 1ZBVA 1MW3A 2QF8A 3OLGA 1RD6A 5I23A 5DO8A 1I75A 3WEZA 4U2YA 4M29A 4HTYA 5JBFA 2XUCA 2G41A 3SCPA 3WUFA 5A3HA 4PMQA 3GZAA 2E9BA 1WZMA 1MXGA 3WMSA 2WBGA 1GVIA 3GM8A 1KXHA 2O9OA 1BYCA 4GZJA 1BSIA 2WMHA 4W7UA 4CD5A 1HJQA 2O9PA 4JL1A 4WF7A 3DECA 1PIGA 1E6SM 2DDXA 3CUIA 1US3A 4C90A 2E40A 3QR3A 2X09A 4AIEA 6TAAA 1C7TA 4NRSA 1WCGA 2ZX5A 1XSKA 3CTTA 3T0AA 3T2PA 3PZTA 1NOWA 4RE3A 1ISXA 2XTKA 4KMQA 1JZ2A 3A6OA 4D6DA 3PHAA 3S2CA 1DP0A 4PCSA 5I5RA 3WL1A 1K9TA 1ZB5A 1GQLA 4D6JA 3EMZA 2ZUTA 5E9AA 4D6FA 2QPSA 3W29A 1JI1A 1EOMA 3AIEA 3GYCA 4YHGA 3GH7A 2Z1SA 3LPPA 1AQMA 2F8QA 1FP9A 2XWDA 3A3HA 4CU6A 1H0GA 2JALA 8A3HA 5JBEA 1JYXA 3QGVA 1O7AA 3AICA 4RL3A 1CTNA 1CZ1A 1W9PA 1UH2A 1TR1A 1HKJA 4OBSA 1QNOA 1HJWA 2D3NA 3L4WA 3WL0A 1SR0A 3VX1A 2WVVB 1CXLA 3VD7A 1VEMA 1E6PA 3K4DA 4NF7A 2EJ1A 1JZ5A 3POHA 4CU7A 1XH0A 3UG4A 5KEZA 1DWGM 7A3HA 5BWFA 1UH4A 4AZBA 2X0YA 1BYAA 1HJSA 1PZ3A 4P7OA 2XVKA 2UWFA 4MJ2A 4MNKA 4WIWA 1E9LA 3WF0A 3VILA 5CPSA 3WQ4A 3AZSA 4H04A 3RM9A 2W66A 1YQ2A 2V3DA 1C91A 5E70A 5A6LA 4DUXA 1OBAA 3WUBA 3AIQA 1HL8A 3UESA 1JDDA 4TVUA 4H41A 3OB8A 1OD0A 1QPKA 1OM0A 3ARYA 1W1YA 3VPLA 4BZYA 2ZWYA 3VGEA 1GQKA 3EYPA 2VJXA 3RMEA 2PWHA 3VNYA 1C3FA 2VRQA 2XPKA 4W85A 1O6IA 3AXXA 1BGGA 3VVGA 2Y8VA 3QOMA 4UOJA 1HIZA 4HA3A 1H11A 4W86A 1U30A 2WC7A 2YLLA 2ZUMA 4Q7NA 1QBAA 1E3ZA 4GI9A 5A1AA 3AI0A 2WCSA 2QHAA 4MDPA 1IZJA 4PCTA 1UD4A 3FN9A 4KGLA 2VZTA 1W91A 2XYLA 1JZ8A 1VBRA 3PZUA 3AHYA 2WLYA 4BF7A 4W84A 4AZIA 3UERA 4M81A 1OSEA 2Y8KA 1ZL1A 2JIEA 2OSXA 4ZENA 3VIMA 1AMYA 1WO2A 1V02A 3MUY1 2YOCA 4E4PA 2D0HA 3TONA 3W4RA 4PTVA 5DMYA 3CUFA 2GSJA 3BAJA 1TMQA 2B31A 3K46A 3TTQA 1ITCA 1NWUA 1KBKA 1J0JA 1G5AA 1F4HA 1GJUA 4UFLA 5EFFA 4H7VA 3MUZ1 5I0DA 5A8OA 3ZT5A 3N15A 1EOKA 4WK9A 2CERA 3QOKA 1S46A 4KRUA 3U7BA 4KRTA 1EH9A 4R27A 4XV0A 4TTUA 2DT0A 2EPOA 4BQ2A 1LLOA 4ZE5A 4MAZA 1MWOA 3CZGA 4W5ZA 1CGTA 3RJYA 4IM4A 3SCWA 2CKSA 3BMWA 5HBFA 1XRVA 1VFOA 3AS1A 4PRWA 2JF7A 1WPCA 3PTQA 1EO7A 1KWGA 2VQUA 4LYQA 1B3XA 3VINA 1TFVA 4OUEA 4J3SA 4X9YA 1R87A 3WBAA 3WDJA 1J18A 1DWFM 3W6MA 1HN1A 5CQ1A 3WBEA 5D8WA 2FGLA 3TTYA 1V3HA 1W3HA 2VRKA 5GNXA 3GNPA 4F8XA 2JF6A 2CCRA 3ARPA 4UQEA 1LL4A 4ML4A 4B9YA 3MV01 1RP8A 3HMCA 1XD1A 4HZ8A 2CBIA 1UKQA 3ARQA 1EHNA 4AD3A 2D22A 1E4LA 2XJ7A 3T0BA 4HP5A 4W88A 5AYBA 1CIUA 3SCQA 3WNMA 4AMCA 1UKOA 2XWEA 1QVBA 1M7XA 3DYOA 2BFGA 3QHMA 3WD3A 1OD8A 2Y5EA 2GJXB 1VB9A 3OG2A 3OLEA 4AZ6A 1PIFA 1E5NA 1E6RA 4EANA 3AIRA 5E0FA 4BQ4A 5FL1A 1D2KA 4GZEA 1UA3A 1V0LA 3W38A 3CGTA 4CD4A 3W82A 1KXTA 4UZSA 3UEQA 1QI2A 1LJYA 4HA1A 3PZGA 1UWIA 2D20A 3IJ7A 2J8GA 2V3GA 2MANA 1BVNP 1CXHA 1CXFA 1E0WA 2EBNA 4M80A 1M04A 2VT0A 3WQWA 4CCEA 4UR9A 1E70M 4P8VA 2D0GA 1H1NA 4UFHA 4D1JA 2UY5A 1XH2A 4P8XA 4TVDA 3ZJKA 2WMKA 3J7HA 1KGXA 4QLJA 3WN6A 4CVWA 3SCRA 3SCVA 4ACZA 1H0IA 6CGTA 2WANA 2BXZA 2VCBA 2YL6A 2VUYA 2JEPA 2BS9A 3OGVA 4E8CA 4F9JA 2GDUA 4B3KA 1ISYA 3WQ8A 3VGFA 3SCTA 4F79A 4Z2HA 1MFVA 4DWSB 1QHOA 2E9LA 2ZUVA 1H41A 1CXKA 3VIFA 5JIPA 1BVZA 3ZSTA 5C70A 3ZJ6A 4BS0A 1MW1A 1HL9A 3EBVA 1TVPA 3LMYA 1GCYA 3WD0A 1XGZA 2JFEX 2VX4A 1KFWA 4N42A 4HU0A 2D3LA 4FMVA 3VGDA 1KR1A 2OYLA 4GO8A 1Q6DA 3NSXA 4V28A 5A6BA 1OIFA 3N1AA 5D9MA 1HVXA 3CLWA 4AD5A 1RP9A 2BHUA 2VX5A 2J7DA 1NM9A 2CBUA 4HOZA 2CNCA 2WCGA 3VIHA 1ZS2A 2WAGA 3UG5A 3L2MA 4CUCA 5I79A 1BG9A 1OINA 5ECUA 4A3YA 3ZM8A 3AIBA 3UR7A 4P8UA 3OGSA 3AZRA 4PSRA 1GJWA 1CGYA 4HOWA 2CBVA 2DPEA 3NDZA 1WKYA 1AQ0A 2TAAA 3ARUA 4YHEA 3PZIA 3FNDA 1J11A 2VZVA 2OLHA 3FXYA 4HZ7A 3WH6A 2OSYA 2WZIA 4XZBA 1BQCA 2W63A 2WMFA 1EQPA 4JHOA 3VGGA 2DGAA 4AD0A 2PBGA 4CCDA 5C8BB 4PMRA 1JIBA 2DT3A 1B0IA 1W1TA 4UOZA 4TX6A 1GZJA 1Q6GA 3WH7A 3FAXA 5BCAA 4GKLA 8CGTA 1WDPA 4PEEA 2IUZA 5DF0A 1E4MM 2PWDA 1NWTA 1XYZA 1C8YA 1DWHM 2O9TA 1A47A 1GOOA 3WFZA 2XVGA 3AYSA 1VFMA 1VRXA 3RO8A 5A2CA 2NSXA 4AD1A 1JXKA 4D6HA 3CMGA 1TG7A 4QAWA 2G8ZA 2J7GA 3EMCA 2V5DA 2D0FA 3BSHA 2UY4A 3EDKA 3PZNA 1WDRA 1X1NA 5CZKA 5EB8A 1JZ6A 1R8LA 5I6SA 4JFTA 1CGVA 1GOIA 4C7FA 1DTUA 3N9KA 4CU8A 3ZT7A 1JF5A 5JBDA 4NSBA 4A3HA 5CSYA 5CLTA 2OWXA 2ZE0A 2DH3A 3DHPA 2WMIB 1XH1A 1F4AA 4P7LA 5A6BD 2XVNA 1OT1A 1LWHA 2WVUA 4CD7A 2PI6A 5FKYA 4M82A 1M01A 2NT0A 3FHAA 3IANA 3WH5A 3W25A 1I1WA 3WMCA 4JIEA 2YDRA 3I3DA 1E55A 1FH8A 5E6ZA 5CG0A 4Q22A 1JAKA 1B30A 1OGBA 5BXRA 2XG9A 3SUVA 4JKMA 5M03A 3MANA 3T2OA 3N04A 1CLVA 3AOFA 3G6MA 3I3EA 4PSPA 3AFBA 2YBTA 2EPMX 4JHZA 3W26A 1KQYA 5GNZA 1C8QA 1ZJBA 3ZOAA 4WKHA 4RE2A 3ALFA 3NYDA 1KR0A 3AHTA 1GW1A 2XGBA 2WWDA 2DEPA 2BV9A 4PMXA 1OGSA 1CENA 1UWRA 2JE8A 3F4VA 2DT1A 2WSPA 4PMVA 4QCFA 3BCDA 3M07A 4AZHA 2F61A 5CGMA 1PEZA 2BY1A 3SCNA 3ZSSA 4HOXA 4FLOA 1GQIA 3OIHA 4NZCA 3WEMA 1UWQA 2OYKA 5AC4A 3WUGA 3NSNA 2VQTA 3PZMA 2CXGA 2XM2A 1QI0A 1AQHA 1NH6A 2A3HA 1UHVA 1EXPA 1E6QM 2J7EA 1HKKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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