2X0YA

Screening-based discovery of drug-like o-glcnacase inhibitor scaffolds
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Screening-Based Discovery of Drug-Like O-Glcnacase Inhibitor Scaffolds
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 233
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2009-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2x0yA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2x0yA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2x0yA01
5HDRA 1QI2A 1UWUA 2J7DA 3WL0A 3AFBA 1VAHA 3EBVA 1IZJA 2ZUMA 3EDEA 1FH8A 1GQLA 3DHPA 3FHAA 1WDQA 4TVCA 3OLEA 4JL1A 2YBTA 3WDHA 1CXEA 1GQKA 3RJYA 3WFLA 2VX5A 2J79A 1UWRA 2CBIA 2RGMA 4GKLA 2CERA 3NDZA 1MW0A 1GQIA 5A8MA 3VPLA 3PZ9A 2WMIB 4F9JA 4ATLA 5A2BA 1LLOA 1TMQA 2OSWA 1V0NA 4AZHA 1Q6GA 4QCFA 1H0GA 4W84A 4XUYA 4AW7A 2JFEX 4W7UA 2ZX9A 3TTSA 4HPHA 3OZPA 4B16A 1UOKA 1C90A 2ZUWA 2QHAA 3ARUA 1KFWA 4A3HA 4TVUA 2WMKA 9CGTA 3AIUA 4J3UA 4W7VA 1G0CA 1L8NA 1EHNA 4UCFA 3L4ZA 3WSUA 1BYDA 2ZX7A 3O9NA 4DM2A 5ABFB 3CBWA 4D6CA 3WN6A 3GNRA 3I3BA 3D3AA 4ACZB 4UR9A 1VFFA 3CGTA 3SCOA 3KE0A 2VO5A 1J9YA 1UUQA 1QI4A 2WSKA 3T2QA 3ZM8A 2OYKA 4BQ4A 3WUEA 1GCYA 1W1VA 5D9PA 1V3IA 1DWHM 1UKOA 5A2CA 5CPQA 1RP8A 5IDIA 4AZ6A 5BRPA 1RP9A 2GDVA 3VNZA 3VD4A 1RH9A 1W1TA 4PRWA 1V6YA 1A3HA 4CU6A 2Y2WA 3MUIA 1Q6CA 3JUGA 4XZWA 2WMFA 2BHZA 3ZJKA 4JFTA 1VJZA 2W5FA 2V3EA 2V38A 3AIRA 1HIZA 3AMDA 3VGDA 1E6QM 1H1NA 3RM4A 2ZOXA 3KWXA 4J3WA 2BS9A 1GUVA 3WEOA 2J7HA 3W6MA 3WDQA 4W8LA 2EJ1A 3EDFA 2DH3A 4C90A 4M1RA 4A4AA 1C91A 4P7NA 1JYNA 5A6BD 2CNCA 4FF5A 3WL1A 1TVPA 1CECA 3EDKA 2G3JA 3SUVA 1GQJA 3HN3A 4D6IA 2WBKA 4BS0A 3T0DA 4PMXA 4U2ZA 4PSRA 3NCOA 1V03A 1HKIA 2WM0A 1IV8A 4JKMA 5CQ1A 5I3DA 1GVYA 1QI0A 3FNDA 1V08A 2BVTA 1PIGA 3PZQA 5AC4A 1OWQA 1BLIA 1QI3A 2CBUA 3VDBA 4E4PA 2WMGA 4RE2A 3WQ4A 2GJPA 3WUBA 4KMQA 4UTFA 4UFHA 1XCWA 2NSXA 4PYSA 3VO0A 3WDJA 2DDXA 4D6FA 2WNWA 1JG9A 4FLSA 2WC7A 3OGSA 3GNOA 5A6AA 2GK1A 3VD3A 5IFTA 1HJUA 1UR8A 2VC9A 1W9UA 1KXVA 3A4XA 3I3DA 3WNMA 1WKYA 2VT0A 1XHGA 5C8BB 2WHLA 4Z2KA 1J01A 5DFAA 4PMUA 1CYGA 4F66A 3PZNA 4R5EA 1GNXA 3O6AA 4E2OA 3WEZA 4CD4A 1IT0A 3CIVA 3M6DA 4BF7A 2J7FA 1R7AA 3CMJA 3AS0A 1W9DM 1ECEA 1U33A 3BAIA 3VGGA 3QOMA 1J11A 3DYMA 3AQUA 4FLRA 4OZOA 3CHFA 1HP4A 3RM9A 3W82A 1UQYA 4QLLA 3OLGA 4ATWA 5I6SA 2GFTA 3WDPP 3ARQA 5FL0A 1PEZA 4ZE4A 4GQQA 2XFYA 5DEZA 1FH7A 2VRJA 1B2YA 2XGIA 1G5AA 5DT7A 3MO4A 3PTMA 2VOTA 4M8UA 3CZGA 3L4WA 2PBGA 4V28A 2CKRA 1BG9A 4AD1A 1ZL1A 2WVVB 1JI1A 1X1NA 2D0HA 2A3BA 2J7GA 3OA5A 4NRRA 3PTQA 4P8XA 1ZJBA 5AYIA 3W29A 2WBGA 3W0KA 1B9ZA 5BYWA 3GXIA 1DTUA 1V0KA 1V02A 3ALFA 4HPGA 3GBEA 1VF8A 1VFMA 2F2HA 3TA9A 4NF7A 1DWJM 2WANA 1BPLB 1TA3B 3CUFA 5E0CA 4QFUA 3APGA 5HPOA 1NWTA 3ZIZA 1NWSA 5M17A 1M53A 3GM8A 4OOZA 4J3XA 3SUWA 3PHAA 2UY2A 5A6JA 1JDDA 2XVLA 3UEQA 3WELA 2FGZA 2VCAA 4HZ7A 3L4TA 4AZCB 4D6HA 4DUWA 5CJ5A 1OD0A 2BXYA 5A6BA 1CBGA 2W4XA 3KEHA 3WH5A 3UETA 3SCTA 4QP0A 1B90A 4ACZA 5FIPA 3S2CA 4CD8A 4UQBA 5A6MA 2ZXAA 3RILA 3VIFA 2YL9A 1CXHA 3AMKA 1UKSA 4YHGA 3AZSA 3WH8A 2JEPA 1E0WA 5JIPA 3W6LA 5HPCA 2VQUA 3S6TA 2D23A 3MMUA 1AQ0A 2WC3A 1EO7A 1US2A 2WB5A 1B31A 1I75A 4M24A 3AYSA 1QNRA 4NRSA 4MDOA 4ZXLA 1GORA 2WWDA 1UD2A 3SCWA 2ZXBA 1VJSA 2CESA 5BRQA 3UESA 2PB1A 4PCTA 5BWFA 1WO2A 2OYLA 3VMPA 3SUSA 2DT3A 2EPKX 1I1XA 5M3WA 2X09A 5D9MA 2G41A 1HVXA 2D1ZA 2IXVA 2FDMA 1GOWA 1CGYA 1XGZA 3WNKA 3ZSSA 1E40A 1GJWA 3CHEA 2JIEA 2VX6A 4W87A 3BMWA 1E15A 4H8VA 5KZ6A 4UQEA 3THCA 1C7SA 1HKJA 1EDGA 4IUGA 5ABGA 3AS2A 1NOWA 3W26A 2BVYA 4U5KA 3II1A 4ACYA 1EH9A 1FHDA 2VTFA 3WF1A 1NWUA 3WF0A 4B3KA 2HVMA 2OYMA 3GH5A 4ATDA 1JIBA 3IAQA 5A8QA 1VB9A 5E70A 3NJ3A 1BSIA 5EB8A 4P7OA 1MQPA 2BHYA 2PWFA 1K9TA 2E9LA 3VDHA 3EMQA 3HU7A 2JEQA 2WMHA 3BXWA 3N18A 2ESCA 4P8VA 2FHBA 5CG0A 2V3DA 4GPNA 2O9TA 4ZE5A 3OGVA 1QW8A 3WENA 1E73M 3VKKA 2X0HA 1MYRA 4OUEA 4V27A 4AZGA 2J7CA 2OWCA 4PMDA 4GI6A 3VX1A 1OB0A 3U5UA 2WVTA 4DUXA 1AQMA 1EHAA 4RL3A 1EQPA 4MTVA 3UG3A 4AWEA 6CGTA 1UWIA 1O6IA 4GQRA 1B3YA 5TD4A 2GJXA 3ZJ8A 1SMAA 4DWSB 4R27A 3NDYA 4JFVA 1HJVA 1XH2A 3AHXA 4FMVA 3LMYA 1E4IA 1UG6A 3N11A 3UG4A 4Y7EA 1J10A 3K4DA 1TCMA 3DYPA 4H04A 2ZX6A 2CXGA 3VGEA 1W32A 1XC6A 1HL8A 1CDGA 5FD0A 2O9OA 4DUVA 4JHOA 3FAWA 2YJQA 4ZEPA 2WKLA 4W85A 2ZUSA 5I2UA 1C7TA 2VZTA 1W9PA 4JCMA 1ZBWA 1UYQA 3WH9A 4Z2JA 2X1IA 3OLIA 3IJ9A 2OWWA 5ECUA 4C7DA 1GOIA 1QI5A 2B31A 4HOXA 4B9ZA 2VUYA 2VVNA 1ZB5A 1C8QA 5LYRA 4HZ6A 3W4RA 3VUPA 3WDRA 3AIQA 5DO8A 2GSJA 1VFUA 2VRKA 1QOXA 4D1JA 1E3ZA 3MUAA 5GNXA 2CKSA 4KGJA 3ARTA 3AIWA 2J77A 3ZT5A 2WZIA 4MAVA 3WH7A 4HOWA 1VEMA 3J7HA 4AC1X 3GYCA 3VIGA 1TA3A 1FOBA 1JZ6A 4P7RA 3N9KA 1CGXA 1OINA 4CKQA 3WD0A 3GXDA 3OZOA 4QDMA 4D1IA 1NM9A 3AZTA 3OGRA 4D71A 4HZ8A 4AY1A 1LWHA 1V3HA 4W88A 4XB3A 4LGXA 3VM5A 3WQVA 3AHYA 1Q6FA 2DSWA 4AZCA 1E0VA 1Q4NX 2J4GA 1R86A 1TVNA 1UH4A 1VENA 2XWEA 2YL6A 4JKLA 2EPNA 4JZ5A 2FHFA 1FH9A 3ZMRA 2J8FA 1BAGA 1E5NA 1R85A 4LX4A 2AMGA 3IJ7A 1MFVA 3CZJA 4JFWA 3AS3A 4CN6A 1UZ4A 1E6NA 4EKJA 1OCQA 3RIKA 1XSKA 2IXUA 3QOKA 5HXMA 3IANA 1WZLA 1AMYA 3K8LA 4W8AA 3SCUA 2C7FA 1GOKA 2J75A 1J12A 1EOMA 1E4NA 1CXLA 3WMSA 1YQ2A 1XH0A 1EA9C 2OLHA 1KB3A 3TONA 4GIAA 3W38A 4GO8A 1H09A 1F4AA 1LL6A 2E9MA 2ZUTA 3SCVA 1LL7A 3BLKA 4J3VA 3BSHA 5CSYA 5I23A 4CU8A 1E4LA 4PBGA 4GZIA 1NQ6A 4LYRA 1BG4A 5M5DA 5M03A 2VMFA 2DT0A 1G9HA 3OG2A 3AXXA 4JHZA 4RE4A 3NYDA 1GPFA 3WF4A 3ZOAA 1JGIA 2XGBA 4QCEA 2Z1KA 5F7UA 3CUIA 1OM0A 4UFMA 2NT0A 1VFOA 1XH1A 2W91A 2VR5A 3QHMA 5FL1A 4CD7A 2YA2A 3FHQA 3CTTA 1W9VA 3ZR5A 4B15A 1X6LA 1DEDA 2CIPA 2CYGA 2VX7A 2VZSA 2A3AA 1E0XA 3B9EA 3AJ7A 1EQCA 3SUUA 4JIEA 2WLYA 4W5UA 1H49A 1M7XA 3WD4A 1CENA 1XYZA 5JBDA 4B3LA 3W24A 5E9AA 1FHLA 3U7BA 2XFRA 1MXDA 2QPSA 4AIUA 4LXFA 2WHKA 4IPNB 1NOUA 2CEQA 3N12A 3VIHA 4MADA 2E9BA 3VINA 4OJYA 4DWSA 4WJXA 4AYSA 4UFLA 2W61A 3WBAA 2UY3A 1PX8A 2PWDA 2V5DA 3SURA 1S46A 3WNPA 1XCXA 2UY5A 1CLVA 2DGAA 3AHVA 2WMJA 2WWCA 3T2OA 5JBFA 1JZ4A 3CHDA 2CCRA 4QAWA 1VEPA 1H0IA 2J8GA 4HMDA 4Z2GA 2VCCA 5EBAA 1KGXA 4TXEA 4DM1A 3CZ8A 2BY0A 2UY4A 2ZUNA 4NZCA 1JZ5A 1B3XA 1V0LA 3AHZA 4EANA 2DIEA 3GH7A 3M07A 1V0MA 2XG9A 4MPKA 3EDDA 4C7GA 1DWAM 3AMGA 4BQ5A 3WMCA 2XTKA 2VX4A 2CPUA 1QBBA 1VBUA 2XSBA 1HJSA 1PPIA 2EEXA 3AS1A 4BA0A 1E6SM 4WLCA 1ISXA 3M7SA 5BCAA 2WVSA 3VGFA 4V2XA 1E55A 2VRQA 2XVPA 1JNDA 3U57A 4KRTA 2XSAA 4TOQA 4MAZA 1UA3A 4YHEA 1KGWA 4AXNA 3ZT6A 1QBAA 2DSVA 3LPOA 1RD6A 2JALA 1HT6A 2HISA 3AIVA 3KL3A 4MB1A 2JIWA 3MANA 2NW0A 1D7FA 3WH6A 3VIPA 1ODUA 5DF0A 2D3LA 3SCRA 3CZEA 4LYPA 2YOCA 3NSNA 4UZSA 1GHSA 4PUEA 2D20A 3K46A 2WMIA 1IZKA 1H41A 1UR0A 3WD2A 3ZSTA 3T0AA 3WUFA 5I24A 1LQ0A 4PEEA 2PWEA 3AHTA 2VI0A 2BY1A 2Y24A 4JFSA 2E4TA 3VTRA 1WAWA 4W93A 4MJ2A 4TTGA 4P8WA 1BFNA 4AEEA 2W67A 5A8PA 8A3HA 4AZBA 4D6JA 3NIYA 1E71M 4J7RA 1HVQA 4J3TA 3F4VA 4UQ9A 1CGWA 4CCCA 2X05A 1CXFA 4AD3A 4AMCA 1E1EA 4HU8A 1FP8A 3RMEA 2GVYA 5ABFA 4GZJA 3TTOA 2WLZA 2YLLA 4FLQA 5ABEA 3PZGA 1EIBA 3VIIA 1C93A 3BSGA 1ITCA 2V3GA 2D2OA 4TX6A 1OGBA 3WD1A 2XM2A 2XVNA 1KWGA 1KWKA 1C92A 2JE8A 5IHRA 2BXZA 1J0JA 6TAAA 2VURA 3L4UA 1LWJA 3WKZA 2ZX8A 1WNOA 4EK7A 3AISA 3HJEA 3BGAA 2PBOA 2VZOA 3OLDA 3W53A 4ZXOA 4HA3A 2WVUA 3VIMA 1HXJA 4WKFA 2FGLA 2EXOA 4PTWA 1LG2A 2Y5EA 1XD1A 2UWFA 3K4AA 3BAKA 3FAXA 3MMDA 2VQTA 2YKKA 3WNLA 1UQZA 4M56A 2XUCA 4UFJA 2XM1A 4MJ4A 2X8RA 2Y8VA 2AAAA 3SCSA 2MANA 3RO8A 4ZENA 1G94A 4ML4A 3SCNA 4Q7NA 3GZAA 1C3FA 3MUZ1 2EPOA 1ZS2A 5HBFA 1JZ2A 1GW1A 3G6LA 1J0ZA 1TR1A 1V3MA 3AXIA 1GOMA 4CN1A 2QMKA 5A3HA 4HA1A 1CPUA 4CCDA 4GO9A 3TTQA 1E1FA 1JNEA 3BCDA 1BYCA 1SFSA 3M46A 1PX4A 4UOZA 1HP5A 2WZHA 3WF2A 1OT1A 1KXTA 4CUCA 3ECQA 1UZ1A 1KQYA 1UR9A 2QMJA 2CBJA 3T09A 1Q6DA 4AEFA 4WKAA 1HKMA 2DQXA 3VIKA 2J62A 1MXGA 3AYRA 3ARVA 5E6YA 4Q22A 4H8UA 3EYPA 1KQZA 3VIOA 5LA1A 3T08A 3LPFA 3B9AA 2ZUUA 2VVSA 1QNOA 2F61A 3GTNA 2YLAA 1EXPA 3F5JA 1AQHA 3T2PA 3VD9A 4UQAA 2DPEA 3BAJA 5I0DA 3PBGA 1HF6A 1VIWA 2O92A 1HKKA 4LPCA 1XD0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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