2X0YA

Screening-based discovery of drug-like o-glcnacase inhibitor scaffolds
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Screening-Based Discovery of Drug-Like O-Glcnacase Inhibitor Scaffolds
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase
total genus 233
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2009-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2x0yA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2x0yA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2x0yA01
1WO2A 4F9JA 1KFWA 1E43A 4DM2A 4PMXA 4CKQA 3ARZA 3ZQ9A 3VM7A 5AYBA 3M07A 4MTVA 2UY2A 3W82A 1GOKA 3WN6A 2EPKX 4PUDA 4ACYA 3WUFA 2OWCA 1E9LA 4JIEA 1D7FA 2VRJA 4PMZA 4X0VA 1GOOA 4MB4A 2ZUUA 4W88A 3VD4A 2PF0A 2HISA 5CGMA 3LPGA 1JD7A 2CBVA 3ARXA 1CBGA 2JF7A 3GM8A 4GPNA 1XH2A 1US2A 2XHYA 1KBKA 5CLTA 3MKKA 5KZ6A 4Z2GA 3ZT6A 3GNOA 4UQAA 1YHTA 5AYIA 4J3XA 3WQ5A 2UY5A 3TTQA 3OG2A 1UR0A 1JI2A 2E0PA 1XSJA 2VL4A 5ABGA 2VMFA 3ZT5A 3DYOA 3OGRA 3ZMRA 4NI3A 3II1A 5CQ1A 2VZVA 1G5AA 1NP0A 4C91A 5M5DA 1JFXA 2WWCA 3MU7A 5LA1A 1JG9A 4RE4A 1E71M 4GI9A 3OZOA 3RDKA 4CCCA 1ISXA 4B16A 2BHUA 3RM9A 8A3HA 2WBGA 4U5IA 4P7RA 1E55A 1WZAA 2FHFA 2DDXA 3CZJA 2EPNA 1UHVA 3WH9A 1NWRA 2XVKA 4MDOA 2EO7A 5BXSA 1HNYA 1R87A 2CBUA 1A47A 4FLOA 5HOSA 4W5UA 1HKJA 3I3BA 4BCEA 2V38A 3HN3A 2WMFA 3QR3A 2E8ZA 3F4VA 4D71A 1MXGA 2JALA 2GJRA 2YA0A 3AMDA 1CXFA 1OGBA 7A3HA 2VVSA 2DEPA 2VNCA 3RMEA 3QHMA 1TMQA 1VFUA 2J77A 2WSPA 2XVNA 3AQUA 2BNJA 1X6LA 2PBGA 3I3EA 2CHNA 4AD1A 4V28A 3N12A 2D2OA 4CU6A 2DSKA 3L4YA 2CKRA 1ISYA 3K8MA 4YHGA 4TX8A 1JNDA 4TTUA 3AROA 4D6EA 1VENA 2WPGA 2CCRA 2C8NA 1AQMA 4F8XA 3MMDA 4PMVA 1TUXA 3T0AA 2A3HA 2J78A 3VMNA 4DWSA 4D6GA 1TA3A 1JZ2A 2PWEA 3NUKA 4TVUA 5IHSA 4CD8A 2W91A 3EBVA 7CGTA 5DF0A 1KWGA 3L4TA 5CGTA 4JFVA 3GH5A 3ZJ8A 4ZE4A 2O9OA 2HVMA 4HA4A 3ZIZA 1IV8A 1MQRA 6CGTA 5IDIA 4LYRA 4JHOA 4BQ5A 1GVIA 2J7EA 1L8NA 3CTTA 1UD2A 4HP5A 4Z2KA 5A2AA 2XFFA 3WQ4A 5A8QA 1JYXA 1V3LA 1NOFA 1D2KA 3B8SA 3WMBA 2YOCA 2DT2A 3U7VA 4ZFMA 4CCEA 3W27A 2XVPA 1V3JA 4RE3A 3N17A 3BAIA 3O6AA 1W2PA 4KH2A 2XGBA 5A6KA 4FMVA 3B9AA 4W8LA 4F9DA 4FLSA 3K1DA 2W67A 3L4ZA 3THCA 2VJXA 2WMIB 4HU8A 3BC9A 3O9NA 5A6BA 1E5JA 4CVUA 2J7CA 1RH9A 2XWDA 4MAZA 4M29A 3K4DA 2XWEA 1UD6A 1PIGA 5HPCA 3CUHA 3WIJA 4Z2LA 3WSUA 3VNZA 3U5UA 3F5KA 4ZE5A 2GDUA 4L4OA 4NSBA 3T0BA 1G9HA 1NWSA 2Z1SA 2WHJA 3ZJKA 2G3MA 1WZLA 1UD4A 2ZIDA 1RD6A 4M8UA 4HPGA 3WD1A 3UETA 1NP2A 4U2ZA 3WQVA 1BFNA 4U31A 2WVVB 1C93A 1MW2A 1GOQA 4OBRA 3CH9A 2G8ZA 4M81A 2PB1A 3THDA 4PTXA 1BAGA 4GI8A 4B9YA 3LMYA 2O9RA 4UZSA 1PJ9A 4KRUA 3F5LA 1ZBKA 3ARPA 3FY1A 3GH7A 1F4HA 4XZBA 1UWTA 3MS8A 1FFQA 5A69A 4AD4A 2CPUA 1V3IA 2VX5A 1PEZA 3O2LA 4QCFA 1C8QA 2VZTA 3VDAA 1Q4NX 1PZ2A 5A2CA 4CUCA 1UR2A 2NW0A 3MMUA 1C3FA 1HVXA 4KGJA 4XUYA 3WUGA 1VFMA 1KXQA 1KB3A 3W26A 3ARWA 1QNRA 4MDPA 1V6VA 4A4AA 4LYQA 1K9DA 3T2PA 2E9BA 2PWGA 1R85A 4PCSA 4PTWA 1WP6A 2WHMA 2DIEA 2YA2A 3AZRA 1J11A 1GOIA 2EXOA 5A6SA 1E4NA 4AY1A 1HP5A 4HPHA 3WDJA 1JZ3A 3MSDA 9CGTA 1VIWA 1V02E 1QNQA 3IAQA 5IXEA 2VZSA 1OSEA 1W3KA 5A8MA 4AC1X 4CD6A 3ARVA 2WXDM 2J7DA 1PAMA 2DGAA 2V3DA 1PPIA 2WSKA 1UA7A 4AZIA 2ZUWA 3AYRA 3PTQA 4D6JA 1J12A 2E9LA 1EQCA 5ABEA 3WQ6A 2XSAA 4W86A 4CD7A 3J7HA 3KL0A 3IJ7A 4AIEA 5JIWA 1C8YA 3CO4A 1PZ3A 4D1IA 5M03A 1B2YA 3AISA 1UUQA 5F7UA 3W38A 1V02A 5CLWA 3VD3A 5E0CA 3GNPA 4B15A 4E2OA 1E40A 5A8NA 4D6CA 1HKKA 5CPTA 4AD3A 3BLKA 4WJXA 1C7SA 2JIWA 2XFYA 4Q7NA 4W8AA 3GDBA 1EHNA 1ZJBA 4KGLA 3TTOA 1XHGA 1K9EA 3NJ3A 1V3MA 4Q22A 3E1F1 2IXVA 1UKTA 1FHLA 4JFSA 2JFEX 1UR9A 4AW7A 2ZUMA 3GXFA 4J28A 2OLHA 4ATWA 2DT0A 1QHOA 4H8VA 4UFKA 3VINA 2Y24A 2EQDA 1NARA 3SCWA 2WZIA 1UA3A 1V6YA 3ALFA 1HJVA 2D0FA 4GO9A 2PC8A 1RPKA 3GXDA 2CBIA 1W1YA 4U2YA 4IPLA 3ZM8A 3UERA 1GQJA 1JFHA 3WF0A 2F2HA 3PZOA 2QPUA 2TAAA 2J47A 2D20A 1FA2A 4PMNA 1D3CA 2CESA 3T09A 3MUZ1 1GQLA 4UFMA 2GUYA 5CPQA 4M56A 4A3HA 3BLPX 5M17A 3RO8A 2BY2A 2XTKA 1B90A 5CSYA 2WKGA 4PTVA 2VI0A 1DP0A 1EQPA 1JZ4A 3WQ8A 3GTNA 1LWJA 4U33A 6A3HA 3VILA 1OIFA 3BCFA 2VQUA 5AC5A 4JFTA 3VGEA 1JXJA 1QI5A 3L2LA 8CGTA 1E0XA 3AICA 2WMKA 4CCDA 1QPKA 4EKJA 4P7LA 1WE5A 1V3KA 1J01A 2WYSA 3BGAA 4KMQA 4AZHA 4PBGA 1OT2A 1C91A 1DWJM 1UH3A 3WMSA 3FHAA 5LA0A 3SCPA 2WZHA 1QI2A 3AMCA 4FF5A 4W85A 1DWIM 1GUVA 1B3ZA 1JDAA 1UD5A 2BV9A 3CBWA 2Y8KA 4N0RA 2WMIA 1H11A 2QLYA 4K68A 1EGZA 3PZQA 1C92A 2A3CA 1FFRA 3GBDA 1E73M 1GONA 1RP9A 4J27A 4B9ZA 2WAGA 2WBKA 1FH7A 2QMKA 2V3FA 2NSXA 1LL4A 4IUGA 1ZBVA 3CPUA 2OYLA 4E4PA 3BAXA 3WNNA 3AS1A 1H1NA 3CHDA 5C8BB 1HKMA 4YPJA 5EB8A 1MYRA 1WDPA 3G6MA 3EMQA 1E1FA 1GJUA 1WB0A 2ZWZA 1PX4A 2QHAA 3UR8A 3AIQA 2WVVA 1CENA 5HPOA 3UEQA 2D0GA 2VZOA 4H8HA 4ZXLA 4ATDA 5HXMA 1QHPA 3VDCA 2JEPA 1OD0A 2FGLA 3MANA 4HTYA 2J62A 1KGXA 3CGTA 1Q6EA 2W62A 4OOZA 4E8DA 3PZMA 3OA5A 3ZR6A 4W7WA 3VIOA 5DT5A 2XVLA 3WEZA 4PMYA 1HN1A 1Y7VA 2E9MA 4ZXOA 3CZ8A 2WC3A 2W61A 3UR7A 2DT3A 1VRXA 2E3ZA 2GK1B 4JKMA 5GNYA 1JI1A 5GPRA 4D6HA 1W2VA 1G0CA 3NIYA 5E70A 4JZ5A 2VTFA 2J8GA 4GZIA 4V27A 3WNKA 4MPKA 4X9YA 3VUPA 1JGIA 4H04A 3A47A 3W53A 3WENA 2Y5EA 1G1YA 2ESCA 4UQBA 1MW1A 2DH3A 4W7VA 1UR1A 4PMQA 5E0FA 4ACZB 4TTGA 2JEQA 2QF8A 4ZEPA 1MVYA 3SURA 3WF1A 2VVNA 3DC0A 3NDYA 4PSPA 1DWGM 1JF5A 2AMGA 2OWXA 4HZ7A 4P8UA 3BMWA 4IISA 1R8LA 2VT0A 1CXIA 3MV11 5CXPA 1QVBA 4CN1A 5I5RA 3W0KA 3IK2A 1IT0A 1EOMA 3W29A 3BH4A 1JD9A 3WF3A 5I0DA 4PTMA 4GZJA 4N42A 3AS0A 1GQIA 1E72M 1OB0A 3VIGA 3U57A 1TCMA 3MUAA 1E70M 3CHEA 5ABFB 1YQ2A 5E9AA 5CPSA 4HZ8A 1MQPA 3LPPA 2D23A 1JZ7A 3EDJA 4WKHA 1ZJAA 3WQWA 1BPLB 1DWFM 1L0PA 3D5HA 4H2CA 4JL1A 4H8UA 2ZXDA 3EDKA 5LYRA 3WBEA 1Q6GA 4P8VA 1EH9A 3A6OA 2BY1A 1HJQA 3ZSSA 5HBFA 4PMDA 1E0WA 1EA9C 2JF6A 1CGXA 3SCQA 1NOUA 3VTRA 3AHTA 1BGAA 4AD5A 3SCUA 4J3VA 3BAKA 1XRVA 4PEEA 1LL6A 3WEOA 1AQ0A 2WLZA 3W4RA 4MNJA 4GINA 3WUEA 1HJSA 4Z2JA 3ZR5A 2VX4A 4CVWA 1VJSA 2CITA 2F61A 1XGZA 3GBEA 1QI3A 3AXXA 3L2MA 1QNSA 3W37A 4AISA 4OBSA 5D9MA 3N04A 3VIHA 2J7HA 2ZICA 2WZEA 4P7NA 2XPKA 4HU0A 1W9PA 4IPNB 1OT1A 4AZCB 1JZ8A 3L4XA 4JFUA 2PI6A 1PX3A 3RCNA 4F66A 4MADA 1UKPA 5I2UA 3D3AA 1IZJA 3L4VA 1ISZA 2ZX7A 3WL1A 3AS3A 2G4FA 3MMWA 1J18A 1GOWA 1BTCA 1UWQA 2J8FA 4GQRA 1DWAM 2OSXA 1CGWA 2WANA 1BF2A 3OLGA 4W87A 2FHBA 2FHCA 4FLRA 3IANA 1HL8A 1HJWA 3VGHA 2WKLA 1E4MM 1GHRA 3N9KA 1J0HA 1CXEA 1E6SM 3FHQA 3PTKA 3MUY1 5EMYA 2A3AA 3OGSA 1OINA 4OZOA 4WIWA 2ZXAA 2OWWA 2YDSA 3M6DA 4BQ3A 2WVUA 1E6RA 5ABHA 2XUCA 4DUVA 1BYBA 1KBBA 4EAMA 1WZKA 4AMCA 1VFOA 2O9PA 3EDFA 5JBDA 1XD1A 5LA2A 2OYKA 1VBRA 3L4WA 3TTSA 2J7BA 4GIAA 2BFGA 3POCA 4EK7A 4JCMA 4BQ2A 2XGIA 2X0YA 3W81A 4ATLA 1CLVA 5CSUA 3RIKA 2VX6A 4UQEA 3WFLA 1KWKA 1CGUA 5A1AA 1OWQA 1GJWA 4IM4A 5BYWA 4HMCA 2W66A 3LPOA 2X2YA 2G3IA 2VOTA 1HIZA 3WL0A 4WLCA 3ALGA 1V0KA 3CUFA 1W1TA 2YLLA 3KE0A 2YA1A 3K46A 3OZPA 2GJXA 3GNRA 1AQHA 5CG0A 2PWHA 4WKAA 1I1XA 3VO0A 2W5FA 2VQTA 1QHZA 1HKIA 1E6PA 3SCTA 1B3YA 2J25A 2V3EA 1UKQA 2CETA 3VU2A 2J75A 2Y2WA 3T0DA 4W84A 4MJ2A 2YL6A 1WDSA 1QBBA 4CN6A 3A4WA 3GZAA 2W92A 4PSRA 1J0KA 3WUBA 1LJYA 4GI6A 2D22A 2BHYA 2VUYA 4X0NA 2WHLA 3CUJA 3OB8A 2QMJA 4OJYA 1TR1A 5FD0A 1R86A 3BCDA 4D1JA 1G94A 4H7VA 1XD0A 3UG3A 1NQ6A 5I78A 5A8OA 3ARUA 3VMOA 3A3HA 3EDDA 1IZKA 4HMDA 2BY3A 1BQCA 3GXIA 1ODUA 3HMCA 3ARTA 2EPMX 1H4PA 1XSKA 2BHZA 4ACZA 2XG9A 2D0HA 4XV0A 1GPFA 2XSBA 3WNPA 3IJ8A 2C7FA 2CXGA 2YL9A 2B31A 1QI0A 2VZUA 2ZXBA 1CNVA 5A3HA 2WWDA 5A8PA 1PBGA 3EDEA 4A3YA 1H0GA 3VMPA 5AY7A 3DHUA 1H41A 4F79A 3KZSA 1MW3A 2ZUTA 1U30A 2JIEA 3WEMA 1RP8A 4CD5A 3WD4A 4QLKA 2CIPA 1E6QM 3WH5A 3TA9A 4R5EA 1V3HA 1SFSA 5IHRA 3NSNA 3PZIA 1M53A 4UQ9A 2YBTA 2DSUA 3AHXA 1OGSA 3WF4A 4BQ4A 4TXEA 4C90A 1FP9A 2DH2A 1W9XA 4TVDA 1XYFA 5DFAA 2CHOA 1VJZA 4AEFA 1JYVA 2JE8A 3UG5A 1XCXA 1W9DM 1JYNA 1WPCA 4AD2A 3N11A 2A3EA 1LQ0A 4OIFA 3SCVA 1NOWA 3PBGA 1HL9A 2J74A 3OBAA 2WM0A 1M01A 3AXHA 3CIVA 1CGVA 4BF7A 2VX7A 2VC9A 4DWSB 4P8WA 1KQYA 4AZ5A 2CNCA 2WMJA 4DUWA 1UQZA 3WD2A 3VD9A 1TZ7A 3W24A 5IFTA 4CN4A 3NDZA 2E4TA 2QPSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1ESW A;  1JUB A;  2VR4 A;  4JY8 A;  1SJD A;  4BHY A;  4QKN A;  2VXN A;  4GUH A;  3RRW A;  6REQ B;  3L3P A;  5D30 A;  1GTE A;  3EXR A;  2KIN B;  5LXX A;  4YTU A;  1DU2 A;  3ARR A;  3DHF A;  2BVD A;  3PUE A;  1KCL A;  3N19 B;  1HT6 A;  3EMZ A;  5I06 A;  3A9B A;  3H53 A;  3CXO A;  3CT7 A;  3CM4 A;  4UR7 A;  4ZGY A;  5AQR B;  3FVD A;  1MI3 A;  1UX5 A;  3CLW A;  4AVO A;  1G67 A;  4JTG A;  4A3R A;  4URI A;  1WZM A;  2WC7 A;  4KRT A;  2PDL A;  2RDX A;  4YCO A;  3QR0 A;  1VCS A;  3B9D A;  3TYD A;  4JQ4 A;  2X16 A;  3EX4 A;  3GXP A;  5AN7 A;  1UP0 A;  1KCZ A;  2D2H A;  4H6R A;  1E3X A;  1FWI C;  3EKL A;  1K7X A;  3HV9 A;  3MUI A;  2IW0 A;  5DN1 A;  1TWZ A;  3SRK A;  3MKV A;  2XU2 A;  3HG2 A;  2JGY A;  2J1D G;  1X1N A;  1F6Y A;  4I9T A;  4EOU A;  1XKJ A;  3UXA A;  3EYP A;  1XH1 A;  3P84 A;  4AWE A;  2XFW A;  3SRD A;  3P0W A;  5EPD A;  3QGV A;  3IAC A;  1PO9 A;  4YJ5 A;  3IJL A;  4LAU A;  5KMG P;  3WDP P;  4EEB A;  3PG9 A;  3KEH A;  3LDV A;  1H3G A;  1Y64 B;  5ECU A;  2DY3 A;  1T7L A;  4H83 A;  4JYF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1WO2 A;  4F9J A;  1KFW A;  1E43 A;  4DM2 A;  4PMX A;  4CKQ A;  3ARZ A;  3ZQ9 A;  3VM7 A;  5AYB A;  3M07 A;  4MTV A;  2UY2 A;  3W82 A;  1GOK A;  3WN6 A;  2EPK X;  4PUD A;  4ACY A;  3WUF A;  2OWC A;  1E9L A;  4JIE A;  1D7F A;  2VRJ A;  4PMZ A;  4X0V A;  1GOO A;  4MB4 A;  2ZUU A;  4W88 A;  3VD4 A;  2PF0 A;  2HIS A;  5CGM A;  3LPG A;  1JD7 A;  2CBV A;  3ARX A;  1CBG A;  2JF7 A;  3GM8 A;  4GPN A;  1XH2 A;  1US2 A;  2XHY A;  1KBK A;  5CLT A;  3MKK A;  5KZ6 A;  4Z2G A;  3ZT6 A;  3GNO A;  4UQA A;  1YHT A;  5AYI A;  4J3X A;  3WQ5 A;  2UY5 A;  3TTQ A;  3OG2 A;  1UR0 A;  1JI2 A;  2E0P A;  1XSJ A;  2VL4 A;  5ABG A;  2VMF A;  3ZT5 A;  3DYO A;  3OGR A;  3ZMR A;  4NI3 A;  3II1 A;  5CQ1 A;  2VZV A;  1G5A A;  1NP0 A;  4C91 A;  5M5D A;  1JFX A;  2WWC A;  3MU7 A;  5LA1 A;  1JG9 A;  4RE4 A;  1E71 M;  4GI9 A;  3OZO A;  3RDK A;  4CCC A;  1ISX A;  4B16 A;  2BHU A;  3RM9 A;  8A3H A;  2WBG A;  4U5I A;  4P7R A;  1E55 A;  1WZA A;  2FHF A;  2DDX A;  3CZJ A;  2EPN A;  1UHV A;  3WH9 A;  1NWR A;  2XVK A;  4MDO A;  2EO7 A; 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