2X0YA

Screening-based discovery of drug-like o-glcnacase inhibitor scaffolds
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Screening-Based Discovery of Drug-Like O-Glcnacase Inhibitor Scaffolds
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase
total genus 233
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2009-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2x0yA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2x0yA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2x0yA01
1MQRA 3MUAA 4M24A 4HOWA 1NOWA 4QFUA 3O2LA 5EFDA 1HJSA 2ZUMA 2WVSA 4H2CA 5CG0A 5BWFA 4OZOA 5GNXA 3LPFA 3NIYA 1VB9A 1LJYA 3N1AA 1FHDA 1LG1A 2XM1A 4HP5A 4KGLA 1ZJBA 1X6NA 4M1RA 4JKMA 1MW3A 1B3XA 3BSHA 4GO9A 1R86A 3WL0A 3RM8A 1B3VA 5A8QA 4CCDA 1V0LA 1X6LA 3NYDA 3THCA 2XGIA 5C70A 1E0WA 1ZU8A 4WSJA 4TX6A 1E6QM 3AMLA 2ZWYA 1BLIA 2GJXA 2WLYA 1GUVA 1JFHA 4MAZA 4BQ5A 5BRPA 5EFFA 1JNEA 3N17A 3MMUA 4OUEA 3BMVA 2G3JA 3GH5A 4RE2A 4UZUA 2J62A 1UWSA 1MFVA 3W24A 5IHSA 1J0ZA 5BRQA 1CENA 3FAXA 1E55A 2E40A 1I1WA 4LYRA 2WM0A 2Y8VA 3VTRA 3WNOA 1UQZA 1CYGA 3AFBA 2X0HA 2W66A 2JF7A 3W25A 3GDBA 2X2YA 2Y4SA 1V0NA 2CESA 4JFUA 1G0CA 3WQWA 2J74A 3RM4A 2YA0A 4NZCA 3BAYA 2ZUSA 2XTKA 1H3GA 1JZ2A 3RJXA 5LA1A 1KXVA 3WDPP 2QMKA 4OOUA 3AIWA 4MAVA 4MJ4A 3K1DA 2J7BA 3CHEA 1C92A 4C7DA 5AC4A 3K46A 3VNZA 2BXZA 1CWYA 5DT5A 1LQ0A 1GHRA 4HMCA 2DIEA 3WH8A 2XM2A 4PTWA 1DWHM 2PC8A 1N82A 2WCGA 2XG9A 5FCZA 3QHMA 5EB8A 2AOSA 1ISWA 2ZX8A 1B9ZA 2ZXDA 1EQPA 1M7XA 1UKTA 2PBGA 1JZ8A 2WBKA 3WD4A 3I3EA 4Z2IA 1QNQA 3N15A 1OD0A 2W91A 4PMVA 2ZX6A 1CXLA 2GK1B 3B9EA 1XH2A 3L4YA 1LWHA 1W9PA 3EDEA 3RMEA 4W89A 3VVGA 4X0VA 6TAAA 5FIPA 4JL1A 4HPGA 4ACZA 1MXDA 2W61A 4NF7A 3IANA 2XFRA 2WVVA 5A6MA 1HIZA 4AWEA 3KEHA 3TTSA 1CLXA 1GOMA 5GNZA 2DSKA 1KCKA 1UWQA 3APGA 5I23A 3O9NA 4AD2A 3OLGA 5E09A 4D1JA 1D3CA 1UR2A 4J3SA 1EGZA 1C91A 1HL9A 1KR0A 1GOOA 3HN3A 1ITCA 4ZE5A 3MMDA 3UG5A 1XYZA 3IJ7A 4JKLA 3BLPX 3VNYA 5A6BD 2CITA 3AQUA 5HOSA 4CVWA 2E3ZA 3CUGA 4ZFMA 4HA4A 3W81A 3MV11 1U30A 4OOZA 1WO2A 1E5NA 2VT0A 1VEMA 4AD5A 2UY3A 1BYDA 4AD0A 3T0DA 3VGDA 3PTMA 3QOMA 2DH2A 2W67A 2WKLA 4DM1A 4EK7A 5BXRA 4N0RA 2F8QA 3WUBA 2W62A 1DWAM 1QNSA 2DIJA 3PZUA 2J4GA 1B3ZA 1E4NA 3AIBA 4HOZA 1OM0A 2VCCA 3OZOA 4ATWA 1AVAA 3OA5A 4JIEA 2V3GA 1BYCA 1JNDA 2RGLA 3WELA 2CHNA 4H8HA 2ZIDA 3AJ7A 3CUJA 4XUYA 4CD6A 4W8BA 3VO0A 3ZO9A 2DH3A 2Y5EA 3CPUA 3W29A 4F66A 4R27A 3GBDA 1CIUA 3T08A 5I24A 1NP0A 2E9BA 3WEZA 2D22A 4CN1A 1ZBKA 4AC1X 1G1YA 1ZB5A 2DT3A 4CU7A 3RPMA 2WZEA 1VBUA 1BVNP 1MXGA 2VUYA 1RH9A 2QMJA 1E3ZA 4WLCA 1ZJAA 3EDDA 2WWCA 5D8ZA 1EA9C 5M17A 2X8RA 1UD5A 1W3HA 1E71M 2HISA 1DP0A 5I3DA 4UFKA 3SCTA 3LMYA 3CH9A 2J79A 1C7SA 1W9VA 2E4TA 1H1NA 3U5YA 4W85A 3WEMA 3OLDA 4PUDA 1BAGA 5A3HA 1HT6A 3UETA 2BY1A 1LWJA 1Q6CA 4CN4A 2ZOXA 4A4AA 1E1EA 2NW0A 3LPOA 2HVMA 2EO7A 3QGVA 1WNOA 1C8XA 3VIIA 3PN8A 1FA2A 1HXJA 4N42A 1GQIA 3SCUA 4E2OA 3M07A 1WB0A 3GXFA 4WK9A 2BVDA 3WF1A 1BG9A 1KCLA 3ZQ9A 1FHLA 3MV01 3PTKA 3VU2A 4F8XA 4FLOA 4PYSA 4PMZA 3OLIA 1W3KA 1HKJA 2VZVA 2V38A 1W2PA 8CGTA 4CCEA 1JAEA 3ARYA 1B2YA 1KXHA 4AXNA 2CHOA 4D6IA 1HVXA 5E6YA 2EBNA 4Z2KA 2Q8XA 3II1A 1J10A 3BLKA 1JF5A 1QI5A 3S6TA 4AZCA 2CCRA 2VVNA 2Y24A 3HJEA 1DTUA 4S3JA 4D71A 1JF6A 4MTVA 1OIMA 1OT1A 4B15A 1GQLA 1IZKA 1PBGA 1B0IA 3ZT7A 2VQTA 4MNKA 5DEZA 1WPCA 3WNKA 1NWUA 4JFSA 2FDMA 5CLTA 3ARRA 2ZWZA 5DT7A 1CXHA 4J3UA 3EMCA 2FGLA 5A8PA 4HPHA 1AMYA 1KR1A 4C90A 2BNJA 4CU6A 2GJXB 1GHSA 2GSJA 1UD2A 3DYOA 3MSDA 3MUZ1 5E0CA 1X1NA 1E1FA 2GUYA 4X0NA 2WMHA 5F7UA 1TE1A 2XVPA 5JIWA 5FOOA 2Z1SA 4CUCA 1J0IA 1JL8A 1WP6A 3AIVA 3DECA 1NH6A 4DWSA 3MU7A 3WQ8A 5I77A 2W92A 1SMDA 2YIHA 4AZHA 2WHKA 3IK2A 5A1AA 2W4XA 5DFAA 4JCMA 1JZ4A 3ZSTA 3DYMA 4GZIA 3WNNA 2BY2A 2CKRA 3W6LA 1CGTA 2DSUA 4MDOA 3SURA 1B31A 3WMBA 1QOXA 1XD1A 1W1VA 5I0DA 2GVYA 1GOQA 5HBFA 3AIUA 2D23A 1KWGA 5FL0A 1R8LA 3CZJA 4UFJA 3PTQA 3AOFA 3BH4A 3SUVA 3L4XA 4BCEA 3BMWA 5D9PA 4EANA 4C91A 3N11A 1KQYA 1QBBA 2D2OA 1VIWA 1MW1A 3SEPA 2WLZA 5GPRA 1R7OA 1GQJA 1JDAA 3AHYA 1OBAA 2XSBA 5C8BB 5A6SA 4MPKA 2CNCA 3N9KA 3PZTA 3SUSA 4ACYA 2YA2A 5FKYA 3ARQA 3WDQA 1V0KA 4F9JA 1OWQA 3L2LA 3WBAA 3N04A 2WC4A 3KWXA 2PWEA 1UA3A 2Y8KA 4KWUA 1J0JA 2JALA 4KH2A 5GNYA 3I3DA 4J3VA 1AQ0A 2PF0A 3AZRA 1VEOA 1PZ2A 5D4YA 4WSKA 4M82A 4ACZB 5CSUA 3NDYA 4F9DA 4URIA 1K9TA 3A4AA 2WVVB 4TVCA 1YHTA 4MNJA 3WF2A 2C8NA 5KEZA 1HNYA 4MB5A 1ZBWA 4H04A 3WDJA 2A3HA 1WZMA 1XV8A 4OBSA 1PPIA 2F2HA 1VFOA 1Q6DA 2WHJA 3CLWA 3VDBA 4AD3A 3MSGA 3B8SA 4Z2GA 1E9LA 3WD2A 5CPTA 1JYVA 1JD9A 1KXTA 2J7DA 3K8LA 3EDKA 3BC9A 2J7FA 3M6DA 2QLYA 2RGMA 1EDTA 5JBDA 2YLLA 4XB3A 1QNRA 2OYKA 2IUZA 3VIPA 1FOBA 2G3NA 3VX0A 2EQDA 4WF7A 2O9TA 4BS0A 2XVGA 4PRWA 3S2CA 3ZR6A 3WFLA 2BXYA 4PMRA 4D6DA 4QDMA 4HA3A 5D9NA 2ZICA 3OGRA 1MW0A 1W9UA 1UA7A 1BF2A 4U31A 4U2YA 2XWEA 4CN6A 1W32A 1KQZA 1NOFA 1OIFA 3VINA 1NWRA 4PCSA 1JGIA 3FHQA 3W27A 1V3IA 1QHOA 4ML4A 4UQ9A 4P8WA 1XRVA 4GI8A 3U57A 1XH0A 1B30A 3T0AA 4GI9A 2WCAA 3VGEA 1W1PA 2VVSA 1UKQA 4LYPA 4OJYA 3TA9A 3ARXA 1QBAA 5BCAA 5ECUA 4P8XA 2VR5A 4UFLA 3OG2A 4D6JA 1NWTA 4PN2A 4OIFA 2WZHA 1I75A 1XC6A 4XZWA 3LPPA 3POHA 4FK9A 1HJWA 4FLSA 5CJ5A 2ZXAA 1R85A 4P7RA 3MKKA 4U2ZA 4U5IA 3AHXA 3ZJ8A 1JAKA 1TA3A 3SCQA 2EJ1A 1JDCA 5LYRA 1EQCA 1SFSA 2V3FA 1HKKA 1GORA 1W9XA 4ZXLA 1CBGA 3EYPA 4H8UA 4Q7NA 3VDHA 2XVNA 3VILA 1KGXA 2EPOA 3VUPA 2EEXA 3K8KA 2CBVA 3M46A 4PTVA 4H41A 1WDRA 1GW1A 1D2KA 5M03A 2VI0A 4HU8A 2AAAA 4AD4A 3CUHA 3KE0A 1EHNA 4ZENA 1TG7A 3VGFA 1TVNA 3OGVA 1VJZA 1UQYA 2D1ZA 4V28A 2J7CA 3KZSA 2X0YA 2E8ZA 3VM5A 3AISA 1JZ6A 1JZ7A 1KB3A 3HMCA 2YKKA 4QLLA 3MS8A 4D6GA 3SCRA 2G4FA 1US2A 2J75A 3OB8A 4AZCB 1GOWA 1GQKA 1G01A 1R7AA 1G5AA 5M5DA 4DUXA 2PBOA 3F5KA 2WXDM 1BVZA 3PZIA 2WKGA 4MB1A 1BFNA 2O92A 4ZEPA 3U7BA 1E6SM 1PIGA 4UFMA 1KWKA 3VD9A 2FGZA 4W5ZA 4PUEA 4P7QA 3FW6A 1W3LA 4JFTA 1S46A 4FLQA 3VIJA 2WMIA 1UWUA 1OT2A 4CU8A 4HU0A 1ZBVA 4EAMA 4P7NA 1E15A 4TUFA 2WCSA 2OSXA 2OSYA 2V3EA 1E56A 5BYWA 5A69A 4A3YA 5A6LA 5AC5A 2XVKA 6CGTA 1WAWA 1M53A 4DWSB 1JI2A 4U3CA 5A94A 4JHOA 1TR1A 4UFIA 5HPOA 2CBIA 3GTNA 4UQCA 3ARPA 3ARUA 3CIVA 2E8YA 1G9HA 4MDPA 3VGBA 2YL8A 3VDCA 2VRKA 3AS2A 2ZE0A 3JUGA 4F79A 4KGJA 1DEDA 3FAWA 2FH8A 1LLOA 3WH9A 4D6HA 5IDIA 3OLEA 3RCNA 1ZBCA 4MB4A 1VFMA 4AEEA 1VFFA 4QP0A 4HMDA 1UWIA 4L4PA 3ZJ6A 5AY7A 4GI6A 1H4PA 4E4PA 1AQHA 4B9ZA 5ABFA 2VMFA 3VOCA 5CQ1A 4AY1A 5EBAA 4PMNA 1YQ2A 1CDGA 3VIKA 4GXPA 3BAIA 4CVUA 4YHEA 2E9MA 2WHLA 4IISA 1RPKA 5LA0A 1W3JA 3BAXA 3WH6A 4XV0A 2BFGA 3N18A 3G6LA 3VIFA 5A6KA 4W86A 3U7VA 3DC0A 1HKMA 3VGHA 3WKZA 1RP8A 3OGSA 4P7OA 3AMGA 4EKJA 5D8WA 1QI2A 5A95A 6A3HA 4DWSD 3THDA 4UNIA 4GKLA 3U5UA 1OSEA 2XFFA 3FY1A 5M3WA 2WHMA 2IXVA 3IAQA 4OBRA 2BVYA 2VZOA 3AYRA 4DM2A 1IV8A 5HPCA 1Q4NX 3RM9A 3WD3A 4NI3A 1IZJA 3VX1A 2EXOA 4M29A 1JZ5A 1KFWA 3OIHA 4Q22A 1H41A 4P8VA 3PZGA 1UR1A 2PI6A 2BHZA 2VRQA 4CKQA 3SIMA 1W1TA 4M8UA 2CBUA 1WE5A 4BF7A 1CGXA 2XWDA 3AHZA 2QHAA 4DUWA 1PX3A 4DWSC 5DMYA 2O9OA 1UD8A 1ECEA 3AZSA 4TVDA 4TTUA 3N12A 4QCFA 2FH6A 3GH7A 4L4OA 2DQXA 2OYMA 4PTXA 2V5DA 1XSJA 4WIWA 2WMGA 4IPLA 3AMKA 3PBGA 4E8DA 4HTYA 1K6AA 3UR7A 1BG4A 4TVUA 4JCLA 4LX4A 3L4VA 1H09A 3PZQA 1UG6A 1Q6EA 3WUFA 3WH5A 1NARA 1B3YA 3BAWA 1KGWA 5IFTA 1CLVA 3MUIA 1E43A 1FP8A 2DGAA 3SUTA 1UR0A 1ODZA 2OWXA 2ZX5A 3VIOA 4S3KA 1B3WA 1V08A 1BPLB 4MJ2A 1ZS2A 4R5EA 1E6PA 3E1F1 5JBEA 1O7AA 1LF1A 1WKYA 1HJXA 3AMCA 2ZUTA 5E9AA 2JIEA 1UR8A 4BA0A 2WVTA 5CGTA 4JFVA 4J7RA 5GQBA 4GZEA 1CXKA 3K4DA 1JDDA 1HP5A 4AMCA 5A8MA 1HL8A 3WBEA 3GNPA 4V27A 1TA3B 5CLWA 2ESCA 1W9DM 3DHPA 1UD6A 2VR4A 2DPEA 4BQ2A 3VIGA 2WAGA 1LL6A 2DEPA 4K68A 1E4LA 2YLAA 3CGTA 4D72A 4GO8A 4GQRA 5IHRA 3CMGA 4KMQA 1QNOA 1WCGA 2F61A 2WBGA 3ZJ7A 2VO5A 2J8FA 2JEPA 5CSYA 1J18A 4PSPA 4U5KA 5A6JA 2OWCA 4PSRA 1OGGA 3SUWA 1V3JA 2WSKA 3AICA 4UR9A 3ZJKA 3L4TA 2VCBA 5BXSA 5ABEA 3AIEA 3WDRA 1HJVA 2JIWA 3WUGA 1FP9A 4ZXOA 1DWJM 3PZNA 2WB5A 1E0VA 3VD5A 5AYIA 1OD8A 4IPNB 2J7HA 1JD7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1MQR A;  3MUA A;  4M24 A;  4HOW A;  1NOW A;  4QFU A;  3O2L A;  5EFD A;  1HJS A;  2ZUM A;  2WVS A;  4H2C A;  5CG0 A;  5BWF A;  4OZO A;  5GNX A;  3LPF A;  3NIY A;  1VB9 A;  1LJY A;  3N1A A;  1FHD A;  1LG1 A;  2XM1 A;  4HP5 A;  4KGL A;  1ZJB A;  1X6N A;  4M1R A;  4JKM A;  1MW3 A;  1B3X A;  3BSH A;  4GO9 A;  1R86 A;  3WL0 A;  3RM8 A;  1B3V A;  5A8Q A;  4CCD A;  1V0L A;  1X6L A;  3NYD A;  3THC A;  2XGI A;  5C70 A;  1E0W A;  1ZU8 A;  4WSJ A;  4TX6 A;  1E6Q M;  3AML A;  2ZWY A;  1BLI A;  2GJX A;  2WLY A;  1GUV A;  1JFH A;  4MAZ A;  4BQ5 A;  5BRP A;  5EFF A;  1JNE A;  3N17 A;  3MMU A;  4OUE A;  3BMV A;  2G3J A;  3GH5 A;  4RE2 A;  4UZU A;  2J62 A;  1UWS A;  1MFV A;  3W24 A;  5IHS A;  1J0Z A;  5BRQ A;  1CEN A;  3FAX A;  1E55 A;  2E40 A;  1I1W A;  4LYR A;  2WM0 A;  2Y8V A;  3VTR A;  3WNO A;  1UQZ A;  1CYG A;  3AFB A;  2X0H A;  2W66 A;  2JF7 A;  3W25 A;  3GDB A;  2X2Y A;  2Y4S A;  1V0N A;  2CES A;  4JFU A;  1G0C A;  3WQW A;  2J74 A;  3RM4 A;  2YA0 A;  4NZC A;  3BAY A;  2ZUS A;  2XTK A;  1H3G A;  1JZ2 A; 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