2XM1A

Btgh84 in complex with n-acetyl gluconolactam
Total Genus 244
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
244
sequence length
712
structure length
645
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINFLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of a Bacterial O-Glcnacase Homologue by Lactone and Lactam Derivatives: Structural, Kinetic and Thermodynamic Analyses.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 244
structure length 645
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xm1A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xm1A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xm1A01
1KWKA 4J3VA 3VINA 3MUAA 3O9NA 4YN5A 1NWUA 1Q6EA 1E73M 4C90A 4P8WA 1WO2A 5GPRA 2JFEX 5HPOA 2YA0A 2J7EA 3JUGA 3BAIA 3PZUA 3WD4A 1H09A 4JCLA 4ACYA 4V27A 4JAWA 4QLJA 4OKDA 4D1IA 2E4TA 3MMWA 1GQLA 2CNCA 4IPNB 1W1PA 1MYRA 1NOFA 2UY5A 1JYVA 4W8AA 2XVPA 4HMDA 2X05A 3EMCA 4P7RA 1KB3A 1E4LA 4LGXA 3E1F1 3AMGA 1BLIA 5LA0A 1HJUA 3WNPA 1HN1A 4PTMA 3AQUA 3BLKA 1ZBVA 1JL8A 3CHFA 1GUVA 1E6PA 2PWEA 5C8BB 4GIAA 1KGXA 2XM1A 1RD6A 3BGAA 1CWYA 2Y5EA 2ZUNA 4QCEA 5CSUA 5FCZA 2G8ZA 4NZCA 1MQQA 1MW3A 2WCGA 1NWRA 3L2MA 3ALFA 2Y4SA 4J3TA 2PF0A 3RJXA 1YQ2A 3IAQA 1J01A 4F66A 1W9UA 4Z2GA 4J3UA 4JL1A 1GQJA 3AOFA 5ABGA 2VQTA 4QLKA 3SIMA 4CD8A 3F5JA 3MO4A 1V0NA 1JDAA 5D9OA 1JFXA 2ZUMA 1SMDA 4CN6A 4MPKA 1XHGA 4L4OA 1UD5A 4L4PA 1V3LA 4XZWA 1VFFA 1I1WA 4OIFA 3WBEA 1OCQA 4HOZA 1WE5A 3VGFA 3W6MA 2D23A 4UTFA 3B8SA 3W82A 1F4AA 3UG4A 2WMFA 2BS9A 3OG2A 3VPLA 3CLWA 3WN6A 2YL5A 3WF0A 2WCSA 3WMCA 1UD2A 2OSWA 1EDQA 4CCEA 1OD8A 3VO0A 3VX1A 1FFQA 3WMBA 4EKJA 2DDXA 4XZBA 3DECA 4V28A 5TD4A 2YL8A 1HKMA 3T08A 4AD0A 4GQQA 1J0JA 1UA3A 1CGTA 1RPKA 2VCAA 1UZ4A 3OLGA 4C7GA 3N1AA 4CD4A 1JAKA 3VIJA 4UR9A 2VX6A 1LWJA 4LYRA 3TOPA 1X1NA 1TFVA 1OSEA 2J79A 1R87A 2VVNA 1EIBA 4ACZB 3PTMA 3MKKA 3RM9A 4FK9A 1U33A 1OM0A 1JAEA 1G5AA 3IK2A 5E6ZA 2ZX7A 5D9MA 3SCPA 2GFTA 1E15A 1E1EA 1DWHM 1B90A 3DHPA 2W63A 1EDGA 1MWOA 4TXEA 4TX8A 3BCDA 2XIIA 3BSGA 4J3XA 4UFMA 3PZGA 4AWEA 2DGAA 4HPGA 2XVNA 3MV11 4PMQA 1LL4A 1GVIA 4NRRA 1JF5A 5KZ6A 3ARUA 1A47A 4WKHA 2PC8A 1ZBKA 3TTQA 5A3HA 2CESA 2TAAA 5FKYA 1Q6CA 4MB4A 3W53A 2HVMA 4MJ4A 2WCAA 4J3WA 3TTSA 1XSJA 2DT1A 4Y7EA 1JZ5A 3AHYA 1JYXA 3G6MA 2ZXDA 5I6SA 3CBWA 4HMEA 5DT7A 5DFAA 2VZUA 1C92A 2QPUA 4Q7NA 3WENA 1L0PA 1ISXA 5CGTA 2XVKA 5A69A 2CIPA 3OBAA 5A6MA 2W4XA 4WSJA 3VDBA 1ZU8A 3WNKA 1CXKA 4EAMA 1ODZA 4XV0A 2YDRA 3WDJA 3W4RA 1W9DM 2VCCA 2WZEA 5I0DA 1E6SM 3GXFA 3WF2A 1ISZA 4BQ5A 1WNOA 3K4DA 2WSKA 4A3YA 4W84A 3BAXA 1VBRA 2XWEA 4UOZA 1JYWA 1E55A 2FGLA 4R27A 4M56A 1JI1A 3GXMA 3W0KA 3GZAA 1CEOA 2Y8VA 3KZSA 3RM8A 1P6WA 2WKGA 4H8HA 5HPCA 1PEZA 3AJ7A 4R5EA 1NP0A 1JZ7A 2XGBA 2JALA 1C8QA 1H41A 4JHOA 2J25A 2DSZA 3CHDA 1GHRA 5FIPA 5I5RA 1W1TA 1JG9A 2W92A 2WANA 1VFUA 1EQCA 4HTYA 3WDQA 1E0VA 3SCUA 1KXHA 1QNRA 3RO8A 5A8MA 4UQEA 1VB9A 1UR1A 1E43A 3UCQA 2OYLA 1FA2A 1FH8A 1J11A 4YPJA 4UFIA 4DWSA 2ZICA 1KR0A 1US2A 2XFYA 3EYPA 4PMDA 1JXJA 1NWTA 2XUCA 4PCTA 5HXMA 3TP4A 1D2KA 3N11A 1QNOA 5DT5A 2E9MA 2ZUTA 3PZIA 4PTXA 1EHNA 4JFSA 5DEZA 3TONA 1DWJM 1H5VA 1B3VA 4AZHA 4RE4A 4AISA 2XG9A 4JFTA 5A8OA 1XGZA 2A3AA 1W3KA 1CGWA 2QV4A 5HOSA 4W85A 1CGUA 4Q22A 1TZ7A 2BY2A 2D22A 4MAVA 1E6ZA 3NIYA 1TMQA 4GI9A 4MB1A 1B3YA 5A6LA 2WC3A 5I24A 2RGLA 4QAWA 4W87A 3WDIA 5A1AA 3ZIZA 1VJZA 2XFRA 4CUCA 3PZNA 3AISA 3SCRA 4JCMA 3WH9A 3LPPA 2DSUA 1CZ1A 2J7GA 1B3WA 4U31A 1W2PA 2ZXBA 1EA9C 2CPUA 4IISA 1E6NA 1EO7A 5A6JA 2D24A 3AHVA 3WD1A 4TVDA 3K46A 1L8NA 3PBGA 1E0WA 3WDRA 2QMJA 3L4VA 4DUVA 2D0HA 3WQ4A 3G6LA 4PMRA 4W7WA 3VX0A 3OGRA 1BG9A 4MADA 1DTUA 3AMKA 3VD9A 3SCNA 4UCFA 4AEFA 3GH5A 2OLHA 4UQ9A 5CZKA 3MSGA 4HOXA 2DEPA 1HKIA 3WUFA 2GK1B 2VZSA 3W38A 1TUXA 5JIPA 3AMLA 2HISA 5I77A 4PTWA 1R86A 1G01A 2J78A 2WXDM 4HA4A 3WNOA 1WB0A 3W27A 1D3CA 4BQ3A 1UR0A 2Q8XA 2VUYA 3WY1A 5A94A 2X09A 1CTNA 2UY4A 1MW2A 1UG6A 2WBGA 2VR5A 3KE0A 1CXIA 4ACZA 3QOKA 2V5DA 4UZSA 4GO8A 5A2AA 2WVTA 2QF8A 4W8LA 1GPFA 1Y7VA 2EO7A 4TOQA 4KH2A 3WD2A 3CZ8A 1XH2A 3WD3A 1BTCA 2XWDA 3OLDA 5E0CA 4GZEA 3WELA 2FHFA 5ABEA 1XC6A 1CGXA 4MNJA 2CITA 5GNZA 5CG0A 2VZVA 4MB5A 3I3EA 4Z2LA 2V38A 3ARYA 2MANA 2ESCA 1ZBWA 4ZXOA 3WDPP 4CU6A 4UFJA 3VGGA 4W7UA 3CUHA 1VFOA 2PWGA 1V0MA 3K8MA 3AZRA 4HZ7A 2C0HA 1UR9A 1NARA 3K8LA 4AD5A 2PWHA 3W24A 2WMIB 2JEPA 2QMKA 5D9NA 3MUY1 2ZX6A 3VDAA 3II1A 3WUBA 1VEOA 1JNDA 3DHUA 2Y2WA 1DWFM 1H49A 3UESA 5ABFB 4PUDA 3OIHA 3L4WA 1BAGA 2VX7A 1I75A 2CXGA 3ZM8A 3CMJA 2V3GA 5BXSA 3T0DA 1UWSA 1NP2A 1ISYA 2VNCA 1U30A 2VJXA 3PTKA 2E9LA 1R7AA 2WAGA 1Q6GA 2VR4A 1XD1A 1LL7A 2GUYA 5D4YA 1XH1A 3UR7A 1UQZA 4B15A 4PSRA 2DT2A 4Z2KA 3AHTA 4TVCA 4D71A 1SR0A 3THCA 3CPUA 3VGHA 3WFLA 3WH6A 3J7HA 1QHZA 1QBAA 4X0VA 2PI6A 2VO5A 1KGWA 1EGZA 1TR1A 2WHLA 6A3HA 4C91A 4U5KA 2CCRA 4OZOA 2J77A 1UD3A 4KWUA 4Z2IA 2FHCA 3WF3A 3L4UA 1H11A 4WKFA 3AMCA 1KBKA 4H8VA 2OSXA 3BAKA 1HXJA 2DT0A 1QHOA 1B1YA 2WMKA 1KBBA 4M81A 3N12A 2DPEA 1UWRA 1H0IA 2NSXA 4ZEPA 3ZT7A 1FHDA 9CGTA 5A8QA 5E0FA 4S3KA 2OYMA 5BRPA 2YBTA 3M07A 1PAMA 2JF7A 2VURA 4U2YA 5HNNA 1UKQA 5FL1A 4GPNA 2IXUA 3L4XA 1LL6A 4P8VA 1OD0A 1BF2A 3UEQA 3SURA 1W1VA 3UG5A 4X9YA 3AFBA 1UH4A 3N04A 1WAWA 1GOOA 1FP8A 3WUGA 2VX4A 3VGEA 1PBGA 1LLOA 4FF5A 5CJ5A 1QOXA 4UNIA 2X8RA 2VRQA 5AY7A 6CGTA 2UWFA 1QI3A 2G3NA 4D6FA 2WVVB 3OZOA 1V3IA 3N13A 2WW5A 4LPCA 4PRWA 4DM2A 1CXHA 3ARVA 4TTUA 1RP9A 1E0XA 4PBGA 5A6KA 4H7VA 2XHYA 1NOWA 3M7SA 2D20A 4N42A 5E09A 1M04A 3AHZA 4AZCB 3WF4A 1CIUA 3WBAA 4QP0A 3NUKA 4GO9A 2W62A 5JUVA 3SCWA 3RM4A 1CXFA 4K68A 7A3HA 3ECQA 2W66A 1B31A 5FL0A 3IJ8A 3HU7A 1E72M 4JKMA 1YHTA 4LQ1A 1FH9A 4HP5A 1EDTA 1TG7A 2A3BA 2G41A 1E6RA 2QHAA 4HA1A 4C7FA 5IHRA 1J10A 4J28A 1TCMA 3GNOA 1V6UA 1BVZA 3VMOA 1W9VA 4HMCA 1J12A 4A4AA 4AIEA 2GK1A 2WKLA 1VIWA 3NCOA 3RDKA 2BHYA 2XYLA 1NOUA 2VVSA 4N0RA 4KMQA 1MQPA 4PMZA 3VKKA 1CGVA 1UKSA 1XCWA 1N82A 5E70A 3A4XA 4UFKA 3SEPA 1HL9A 1Q4NX 1UR2A 1MXGA 2EEXA 3UR8A 3ARPA 4JL2A 1J0YA 3LPOA 4MDPA 1AQHA 3RIKA 3FY1A 1GQIA 1V3JA 1W3HA 4HZ8A 4QLLA 3M6DA 3VGDA 2FGZA 3UERA 3PZQA 3ARXA 4MNLA 1QNSA 2CBUA 4RE3A 2WWCA 3BCFA 5M03A 4JKKA 3ZJ8A 3GBDA 2J7CA 5IDIA 5A8PA 1NH6A 3U7BA 1SYTA 1W1YA 3CUJA 2AAAA 2WB5A 3BMWA 4CD6A 3EDEA 2GVYA 3QGVA 3WNNA 1PX8A 1UOKA 3F5KA 3VIOA 1M7XA 5IFPA 2GSJA 3AHXA 1E71M 3DYPA 3TA9A 1UKTA 1ZL1A 3QHNA 3ZT6A 4ATWA 3GDBA 4PSPA 4HPHA 2WMIA 3VIHA 2D2OA 2XIBA 3LPFA 1R85A 4W89A 1Z32X 1J0ZA 5BRQA 1UR8A 3VOCA 3SUVA 4P7NA 2O92A 3FHAA 3BSHA 4FMVA 2GJRA 3T2QA 4B3LA 3HJEA 3F5LA 5BWFA 2VOTA 1DHKA 1BYAA 1GJUA 3ZT5A 1MW0A 1SFSA 2IUZA 3N18A 3K4AA 2G3MA 4D1JA 3T09A 3IANA 5JBDA 1UYQA 2GDVA 4PMUA 4P7QA 4NF7A 4Z2JA 1JIBA 1LG1A 2CKSA 2E8ZA 4CU8A 1UA7A 1ECEA 3AICA 4TX6A 3CGTA 3U7VA 2ZXQA 1JI2A 7TAAA 4CCCA 1E6XM 1WCGA 4AY1A 1HVQA 2ZUVA 1HX0A 1J0HA 3I3BA 3WIJA 1KWGA 4KRTA 3SCSA 5CSYA 1CXLA 1ZB5A 3CMGA 1OB0A 4GXPA 1TA3B 4GQRA 2IXVA 1LWHA 3AIVA 2WMHA 4PN2A 3W6LA 1BYDA 2WHKA 4CU7A 3NDYA 1EH9A 2GJXB 1PIFA 4M80A 3GBEA 1JDDA 2CBVA 3CUFA 3VM5A 3SUSA 4FLSA 1Q6FA 2ZIDA 2Z1KA 4U5IA 4WLCA 4PTVA 1W9PA 1QW8A 4P7LA 3PZVA 3NYDA 3QOMA 1QW9A 3NSNA 1BVNP 1ZS2A 4D6IA 3AXXA 4CVWA 3BAJA 2CEQA 2O9TA 1E1FA 4IUGA 1WZKA 4YHGA 2WVVA 2AOSA 2O9OA 1JZ6A 5HDRA 3WH7A 1AVAA 1C91A 4OJYA 2BY3A 2J62A 1F4HA 5DMYA 2DSVA 3GNRA 1GOWA 5I2UA 1KR1A 1ITXA 1QBBA 4IPLA 4PMVA 4ZE4A 1FH7A 1LF1A 4PEEA 3DYMA 3OGVA 1UWUA 3SCTA 2E0PA 3MUIA 4D6CA 5GQBA 3RPMA 1CXEA 3MUZ1 1HT6A 1V6XA 3BXWA 3F4VA 5I79A 2WK2A 5CXPA 2BHUA 4XX6A 3WH5A 1KXVA 2BY0A 1FHLA 5A8NA 1JD7A 2ZWYA 1HJXA 4WK9A 1JZ4A 3AXIA 5LA1A 4ATDA 3ALGA 1QI2A 1CLVA 2PB1A 4GKLA 3VD7A 3VD4A 3W26A 5D9PA 1PX4A 1OIFA 1PPIA 3EBVA 2DSKA 2G4FA 4F9DA 1UKOA 5M3WA 3SCVA 3D3AA 5FOOA 5CGMA 5ECUA 4RE2A 2PWFA 1W9XA 3AIEA 1EOMA 4MNMA 3ARTA 3RCNA 3B9DA 5CPTA 1DWIM 1K9TA 1GJWA 1PX3A 1CBGA 2GJPA 1E40A 5F7UA 1DEDA 1C7SA 1W32A 4XB3A 2WM0A 5AYIA 3ZQ9A 4W86A 1MFUA 3OLIA 3PZTA 3VUPA 3WNMA 2V3EA 2D3NA 2YKKA 3TTYA 1CYGA 1R7OA 4D6GA 4F79A 5A6BD 1KFWA 3VNZA 3OA5A 3WUEA 1BYCA 4BA0A 3ZSSA 2UY3A 4X0NA 1W3JA 5BCAA 6TAAA 2JIWA 1VF8A 5D8ZA 2PBGA 2XGIA 3AIUA 1E4MM 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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