2XM1A

Btgh84 in complex with n-acetyl gluconolactam
Total Genus 244
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
244
sequence length
712
structure length
645
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINFLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of a Bacterial O-Glcnacase Homologue by Lactone and Lactam Derivatives: Structural, Kinetic and Thermodynamic Analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
total genus 244
structure length 645
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xm1A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xm1A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xm1A01
4D71A 3THDA 2J8GA 4TVDA 5AY7A 5M5DA 2XVLA 2QHAA 4AZ7A 1BYDA 2JEPA 2BY0A 4W8BA 3GH4A 1D2KA 1H11A 2YDSA 4GZJA 2G4FA 4UFIA 1XYZA 1WDRA 3WD0A 1XD0A 5BYWA 5CSUA 1E6XM 1VEOA 1ODZA 5C70A 2Y5EA 4HA3A 2XM2A 3GH5A 2GSJA 4MPKA 3VO0A 2VUYA 3PZOA 2XVPA 4IPLA 3DC0A 4Q22A 1VFFA 2WW5A 2J74A 4M1RA 2UY2A 2J25A 4XB3A 3L4UA 1QNRA 1GORA 1ZJBA 1NOUA 4GKLA 3DHPA 5CZKA 3N12A 3NIYA 1E0XA 2WMIB 1EQPA 3W53A 3WDRA 1I75A 4ZE4A 4NF7A 2XSAA 5CSYA 1ZBKA 4KRTA 3VDBA 1JF5A 3AIVA 3QOMA 4J3SA 1OWQA 2Q8XA 1C93A 1E70M 1ZJAA 2D0FA 5HBFA 3WF3A 1W9XA 3KE0A 1GQLA 2AMGA 4PSPA 2WVVA 2WXDM 1JXJA 1MYRA 1QPKA 4CU8A 8CGTA 1Q6DA 4J3VA 3WD4A 2UY3A 2VCCA 4L4OA 1JZ7A 1XGZA 1W3HA 1CLVA 3BAYA 2OSXA 2V3EA 3AMDA 1J10A 2WWDA 3WFZA 1IZKA 5A2BA 2ZUSA 3N9KA 3ARXA 5BXSA 3UETA 5A8QA 2DGAA 2CBJA 4BCEA 1JZ8A 1GOIA 1E6QM 4TX6A 1TVPA 2WK2A 4MB3A 3SCNA 3PHAA 2G3IA 2PC8A 3BAWA 3WF2A 1HP4A 3GNRA 1G9HA 1PZ2A 5IHRA 4BQ5A 3CHEA 3ARYA 2XGIA 3PZQA 1W1YA 4OJYA 2VNCA 1JIBA 1F4AA 4GI6A 1QI0A 1BPLB 3T2OA 3FW6A 1GNXA 1E55A 3WNLA 4Y7EA 1V3KA 4HMEA 1LF1A 2D24A 3OGRA 2BY2A 4W93A 5DT7A 4ZE5A 4H8VA 4TUFA 3CHCA 3PBGA 4JAWA 1EGZA 4QCEA 2V5CA 3O9NA 3RM8A 1FH8A 1QVBA 4AXNA 4W86A 1W1PA 4NRRA 2ZX8A 1SMAA 2DIJA 4FLOA 2NW0A 2VZUA 3FXYA 1G94A 2A3EA 2E0PA 5E6ZA 3W24A 4URIA 1KXHA 1ISXA 1F4HA 3TTOA 2CESA 1J0IA 5AYIA 1LJYA 3MUAA 3PZUA 4CN1A 5GNZA 2RGMA 1UQZA 2YDQA 2VX6A 2IXUA 3HMCA 4HZ7A 3L4YA 3GXFA 3WH8A 4CCEA 4AIOA 3WD2A 3BH4A 3IJ8A 1EO7A 3WIJA 3AS2A 4GQRA 1UQYA 3AFBA 2WCAA 4F9JA 2XFFA 1GQIA 3L4TA 2WCGA 4JCMA 4XUYA 4D6FA 3U5UA 2WZHA 2BXYA 3OIHA 1J0HA 1H3GA 1FHLA 2PWHA 1C8XA 3I3DA 2Y8KA 4J3WA 2PWFA 3RM9A 3QHNA 4FLSA 3CIVA 2Z1SA 4UTFA 1GQJA 1MXGA 1W2VA 1QNOA 4WSJA 4WLCA 4IPNB 2BFGA 2XHYA 1KXVA 4BQ3A 3PZVA 1CYGA 4PBGA 4U31A 4UOZA 4KMQA 3VIIA 2E3ZA 1MVYA 3BMWA 5FD0A 1KQYA 2BXZA 1MQRA 1Q6EA 3FAWA 5EFFA 4JFSA 1KGWA 4EAMA 4ACYA 1NM9A 4LYPA 1QNSA 3IAQA 2IXVA 3M7SA 1KB3A 1OM0A 3BAIA 4JCLA 4QAWA 1VENA 3VINA 1UR8A 1JD9A 1CWYA 3G6MA 2XPKA 1BLIA 1EOKA 1GOOA 2ZWYA 4TX8A 3W26A 1ITXA 3TA9A 1XV8A 1U2YA 4IM4A 3NJ3A 3ZR6A 1UA7A 4B15A 4H7VA 1V3HA 1OIFA 1UYQA 4D1JA 2VURA 3M6DA 1V6VA 3RMEA 1AMYA 2WSPA 1E6ZA 3WUEA 4M82A 3EDEA 3ARSA 2XSBA 4P8XA 2NT1A 3K8KA 5D8WA 5A6LA 3KEHA 1TMQA 4HPGA 2VOTA 2V3GA 3VGEA 9CGTA 3WBEA 2EEXA 4OBRA 1CTNA 1UG6A 4UFMA 3W6LA 1NP2A 3W29A 3L4VA 1GVYA 4ZFMA 2J75A 3CHFA 3K8LA 2O9TA 3FN9A 4U3AA 1V0NA 1VJSA 3JUGA 3QGVA 5F7UA 4UFJA 5FL0A 4HP5A 3AYSA 4CVWA 2EXOA 5HDRA 1LG1A 1ZS2A 1GZJA 3RO8A 4PCTA 4CU6A 4PMUA 1XSIA 1PZ3A 4L4PA 4QP0A 7A3HA 1AQ0A 3GYCA 5EBAA 3CO4A 1UD6A 2BVDA 1HF6A 1UKOA 1HVXA 3OB8A 1BQCA 4P7OA 4HOWA 3ZT6A 5CPTA 1H4PA 2CEQA 1H1NA 1NWUA 1C91A 1Z32X 1PIFA 4ACZB 3VIJA 3SUTA 4UQCA 2PI6A 1QI3A 2WBGA 3AXXA 3M46A 3CTTA 1E1FA 1H2JA 1PJ9A 2JFEX 1C7SA 5HPCA 3UEQA 3DECA 4A3HA 4F79A 1W1VA 4XZWA 3WQWA 3AIUA 4W7UA 3O2LA 4WSKA 3AS1A 3AS3A 2WHMA 4MNKA 3APGA 2VMFA 3AMCA 2BHYA 3NDYA 3ZQ9A 2YJQA 3II1A 3SUUA 3DYMA 6A3HA 1VEMA 2XJ7A 1EDTA 4JL2A 1HJVA 3ALGA 1TG7A 3OG2A 2QF8A 3VMNA 4BQ2A 1MFUA 3GZAA 2FHBA 4NI3A 3VKKA 2DT0A 4LPCA 1HXJA 3RM4A 4Z2IA 2J7HA 5A3HA 5CG0A 1SFSA 1GQKA 2E9BA 1CZ1A 4WKFA 3OA5A 1UKSA 1CIUA 4MB5A 1QBBA 3ARRA 3VX0A 3GBEA 4UR9A 3MV11 5JIWA 1UD5A 3MSGA 1PX3A 3WUGA 1BG9A 2VX7A 5BROA 2GVYA 1OT2A 4B3LA 3WMSA 5DT5A 3WH5A 3UG4A 4J3XA 3MSDA 1XCXA 2QMKA 3HN3A 3RJXA 3RJYA 1QHOA 3CUFA 3W4RA 5ABGA 4GZEA 3QHOA 2XYLA 4H8HA 2VZVA 2OYKA 1G0CA 3AIEA 3TOPA 2FGLA 4X0VA 1E3ZA 4P7QA 2J8FA 1UWUA 3WQ6A 2XVNA 3ARUA 5HOSA 1V08A 5E70A 1W9DM 3FAXA 2JF6A 3OZPA 4KGLA 4AD5A 1E71M 3RCNA 1Q4NX 1IT0A 2GJXB 1OGGA 4KRUA 2J79A 4AD4A 2EJ1A 3PZGA 2WAGA 1ISZA 4KH2A 3GNPA 1V0MA 2WWCA 3W82A 3WBAA 5M03A 3VIOA 4J28A 2A3BA 1QHZA 3OLEA 1UWSA 1OINA 4RE4A 2YKKA 2X05A 2VZTA 3CMGA 3WNPA 2YDRA 5FL1A 2D20A 4PMXA 1XD1A 2YIHA 2ZXAA 3VM7A 2E8ZA 4YN5A 3VGFA 3BLKA 2OWWA 5A8MA 1KXTA 3SCRA 2X09A 4H04A 1G1YA 3U5YA 2FDMA 3L4WA 4GQQA 4W5UA 1US3A 2XVKA 3VD5A 5FCZA 3CZKA 1B0IA 3AS0A 2C0HA 3ARWA 5I5RA 1W3LA 1ZBVA 2V3FA 2EPMX 1GCYA 4K68A 3ZSSA 1E0WA 1B3VA 1CGYA 4ATLA 2D2OA 3PZMA 4PMYA 4DWSD 1B9ZA 1WZLA 5AC4A 4N0RA 1H5VA 1UD2A 2W4XA 4UZSA 5IHSA 1WDPA 4EE9A 1ESWA 1CGXA 3A4WA 1FOBA 4ZENA 1HJWA 1UH2A 5I77A 1NWSA 4UQAA 3T09A 1WE5A 3AZTA 4UZUA 2X2YA 1CENA 5E0FA 3FHAA 1CNVA 2XVGA 4TTGA 1ODUA 1GHRA 1C92A 3VUPA 1LLOA 2PWGA 4MB1A 4CKQA 4CU7A 3WKZA 4DWSC 2PWEA 4CD5A 5CPSA 1NWTA 3RDKA 3CZ8A 2XM1A 4H41A 4GXPA 2WM0A 3VDCA 2CPUA 2CETA 4HZ6A 3ZO9A 3VD4A 1BVZA 2VQUA 2B31A 2HISA 5BRQA 1E4MM 4UFHA 2ZXDA 4W85A 5BRPA 1V6YA 4GINA 4DUXA 1PPIA 3ZIZA 1HP5A 1PIGA 1Y7VA 3VIGA 3AHYA 2VX5A 2CNCA 2TAAA 1E56A 1WZMA 2W5FA 5I78A 4CN4A 1HJQA 4ML4A 1JFXA 4Z2HA 1BFNA 1JAKA 1PX4A 3VD3A 1BAGA 2AOSA 3EMZA 1QW9A 3T0DA 4TTUA 2F61A 2WMGA 3A3HA 4YPJA 5I3DA 5D9OA 2J77A 4HU8A 1K9TA 1HKKA 4PTMA 3T2PA 3SIMA 2G3JA 3UERA 1WB0A 5A2AA 3AMGA 3VIMA 4W88A 4JKLA 5FKYA 1E6PA 3AQUA 5CGTA 1ZB5A 1E4LA 2VR5A 3VMOA 1EHNA 3WUBA 1WKYA 1JYXA 2E40A 1C90A 3GTNA 4GO9A 2UY5A 5HPOA 3AHZA 3BC9A 1ZBWA 3DYOA 4U3CA 3VU2A 2V3DA 4Q7NA 4D6CA 4M81A 2J7DA 1FFQA 2FH8A 5D8ZA 3WF4A 3N18A 1WNOA 4OIFA 2BY1A 2YA2A 1XC6A 3OGVA 2C7FA 3WEMA 2WHLA 3ZJ7A 4NRSA 2GK1A 4W89A 1QNQA 1TA3B 2ZUTA 3NSMA 3I3BA 1OGSA 4JIEA 1TR1A 3EMCA 3VGBA 1EOMA 2UWFA 1E6RA 2ZX5A 2EO7A 3SCVA 1H09A 4F66A 1XRVA 4C90A 1HJXA 3MANA 3CZEA 4AEEA 2AAAA 2ZICA 3KWXA 1DWAM 3EDFA 4W87A 1GHSA 3POHA 3ZM8A 2WC7A 3LPFA 1QBAA 3ZT7A 1KFWA 1VIWA 4P8VA 2ZUUA 4FLRA 1OBAA 3AXHA 5AYBA 1V6WA 2F8QA 2BS9A 1FH7A 2A3CA 1E5JA 4P8WA 2VZOA 1E9LA 3AICA 1KBKA 4JL1A 2JEQA 4DWSB 2WYSA 1CXLA 2WCSA 3ZOAA 1A47A 4MAVA 1B2YA 2YL8A 4AZHA 2D3LA 2Y4SA 3UG3A 2YL6A 2A3HA 4AISA 2PB1A 4CGTA 2G3NA 1U33A 4E2OA 2FHFA 1NOWA 3WSUA 1BYAA 3B9AA 4MB4A 1K6AA 1W2PA 4PMVA 1JDAA 3BSGA 1C3FA 1KXQA 4MNJA 4CN6A 4DUVA 5A8OA 1E73M 4C91A 2WHJA 5A8NA 3VDAA 1GJUA 3PTKA 1WZAA 4HA4A 3MV01 1UR2A 3N13A 2DEPA 4GO8A 2YLAA 1JZ6A 1EXPA 2QMJA 5A2CA 4PMDA 4AY1A 2D0GA 2G3MA 2X8RA 1OB0A 2XGBA 3K1DA 2WC4A 1J9YA 3VDHA 1VB9A 3ZJ8A 4ATWA 1WPCA 3N04A 4A4AA 1EDQA 3WQ8A 4AD0A 2VRJA 3VIFA 3TONA 5ABEA 1X1NA 2DSKA 3MUIA 1R7AA 1GVIA 4C7DA 2WPGA 4HU0A 4ZEPA 1HIZA 1E6NA 5CQ1A 3ARZA 2J7CA 2WKGA 1G5AA 1XYFA 2ZUMA 1LWJA 2DQXA 3O6AA 2WANA 2J4GA 5JIPA 2GJXA 1MW3A 1JG9A 2Z1KA 4BA0A 1UD3A 1ZL1A 4UQDA 4AD2A 1BGGA 4QFUA 4WIWA 2VVNA 4AC1X 5GNXA 4PUDA 6TAAA 1VAHA 3F5JA 1FP8A 1X6LA 3ZJKA 3AROA 3G6LA 1QI5A 1NH6A 4E8CA 1QI2A 1DEDA 2YL5A 4P7NA 2OWCA 3LPOA 3WDQA 2ZX6A 3MMUA 1CLXA 3FNDA 3F5LA 2XFRA 3SUSA 3CZGA 3WDJA 1WAWA 1SYTA 1B3YA 4H8UA 3OGSA 2X0YA 2WVVB 5I24A 1JFHA 4AZCA 3CUHA 1V03A 3CUIA 1CECA 2PWDA 2DT1A 3WF0A 2ZXQA 4HPHA 5A6JA 3KZSA 3WH7A 4U2ZA 3CZJA 5LYRA 3AZRA 4LQ1A 1XHGA 3CHDA 1QHPA 2VTFA 4JFVA 4AZBA 2XTKA 1XH2A 3RILA 3WQ5A 1E0VA 1J18A 3W25A 4AIEA 4GPNA 3WD1A 4A3YA 4M24A 2BVTA 1JI2A 4PTVA 4BZYA 1E43A 1OT1A 4D6JA 1UUQA 4AW7A 3NDZA 1X6NA 1B31A 1VFMA 1HJUA 2YL9A 3WNMA 1KR1A 3GM8A 3BCFA 4PCSA 2O9PA 4B9YA 3ARTA 4LYRA 1RPKA 2XUCA 3TP4A 2W61A 3AXIA 4BQ4A 1CGWA 1FFRA 2ZX9A 1QNPA 4AIUA 4M8UA 3VIHA 3WNOA 2J7GA 1EHAA 3L2MA 1CXKA 2WMIA 1CXHA 3W37A 2WBKA 4RL3A 4MTVA 4QCFA 5E09A 4AZIA 1DWJM 3SCQA 1MQQA 5A94A 2WSKA 3W27A 2ZIDA 3ARQA 1GPFA 4NSBA 5DMYA 3PZIA 1UKPA 1UWRA 1NQ6A 3T08A 2FGZA 3U57A 1W3JA 3PZ9A 1GONA 4BF7A 1UOKA 1KWKA 2XFYA 1R7OA 1OCQA 5D4YA 4J3TA 1V3LA 1AQMA 3DYPA 3S6TA 3SUVA 2WLZA 5CJ5A 1OD8A 1B3ZA 1BVNP 1A3HA 3AMLA 3SUWA 1MQPA 4X0NA 3IAPA 2O9OA 4QDMA 5D9MA 3GH7A 4UQBA 2VI0A 4E4PA 1V6XA 2X1IA 1NOFA 2YOCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4D71 A;  3THD A;  2J8G A;  4TVD A;  5AY7 A;  5M5D A;  2XVL A;  2QHA A;  4AZ7 A;  1BYD A;  2JEP A;  2BY0 A;  4W8B A;  3GH4 A;  1D2K A;  1H11 A;  2YDS A;  4GZJ A;  2G4F A;  4UFI A;  1XYZ A;  1WDR A;  3WD0 A;  1XD0 A;  5BYW A;  5CSU A;  1E6X M;  1VEO A;  1ODZ A;  5C70 A;  2Y5E A;  4HA3 A;  2XM2 A;  3GH5 A;  2GSJ A;  4MPK A;  3VO0 A;  2VUY A;  3PZO A;  2XVP A;  4IPL A;  3DC0 A;  4Q22 A;  1VFF A;  2WW5 A;  2J74 A;  4M1R A;  2UY2 A;  2J25 A;  4XB3 A;  3L4U A;  1QNR A;  1GOR A;  1ZJB A;  1NOU A;  4GKL A;  3DHP A;  5CZK A;  3N12 A;  3NIY A;  1E0X A;  2WMI B;  1EQP A;  3W53 A;  3WDR A;  1I75 A;  4ZE4 A;  4NF7 A;  2XSA A;  5CSY A;  1ZBK A;  4KRT A;  3VDB A;  1JF5 A;  3AIV A;  3QOM A;  4J3S A;  1OWQ A;  2Q8X A;  1C93 A;  1E70 M;  1ZJA A;  2D0F A;  5HBF A;  3WF3 A;  1W9X A;  3KE0 A;  1GQL A;  2AMG A;  4PSP A;  2WVV A;  2WXD M;  1JXJ A;  1MYR A;  1QPK A;  4CU8 A;  8CGT A;  1Q6D A;  4J3V A;  3WD4 A;  2UY3 A;  2VCC A;  4L4O A;  1JZ7 A;  1XGZ A;  1W3H A;  1CLV A;  3BAY A;  2OSX A;  2V3E A;  3AMD A;  1J10 A; 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