2XM1A

Btgh84 in complex with n-acetyl gluconolactam
Total Genus 244
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
244
sequence length
712
structure length
645
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINFLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of a Bacterial O-Glcnacase Homologue by Lactone and Lactam Derivatives: Structural, Kinetic and Thermodynamic Analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
total genus 244
structure length 645
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xm1A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xm1A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xm1A01
5CQ1A 4ZFMA 3WDJA 2BVYA 1GHSA 1RP8A 4U33A 1I1WA 3HJEA 2PWHA 1C8YA 4MNLA 4CUCA 1H11A 2CBIA 4HA4A 2EO7A 2Y4SA 2O9PA 2VVNA 3EDKA 3WEOA 4OIFA 4CCDA 4E4PA 3VNZA 1M53A 2W63A 7CGTA 1OGBA 5I24A 2WZHA 1UWRA 3AMDA 3TP4A 1L8NA 3AMKA 1PBGA 3VDHA 3ZJ6A 1QI4A 2ZXQA 4P7NA 1M01A 3VOCA 3IANA 3CBWA 5BCAA 1W3JA 5ABEA 4D1IA 1LLOA 2WZIA 1H09A 4V2XA 2G3MA 1E6QM 1KR0A 3WUGA 1XCXA 2ESCA 5I77A 2BXYA 4CU7A 2V3FA 3IJ9A 2WSPA 1JXJA 4PMRA 2AOSA 4AZHA 1KBKA 2WVTA 2XSBA 1J0HA 1MYRA 3VIHA 3SCVA 2J47A 2PWEA 1WP6A 4IPLA 1E3XA 3WD4A 3HN3A 1DHKA 3UCQA 1KXQA 1E6SM 3GH4A 5CG0A 8A3HA 3PN8A 1WZLA 1RH9A 4JFUA 4WK9A 1HKIA 3AICA 3CHFA 2VZOA 2WYSA 1UD8A 3VPLA 1CXFA 1WO2A 3GNRA 2VQTA 5GQBA 3BAWA 1QOXA 4AWEA 1TA3A 1EDGA 3N04A 3OBAA 1UD4A 4UFHA 1JDCA 3FHQA 4PYSA 1JFHA 4A3HA 1W32A 2QHAA 4JFWA 1LG1A 2WM0A 2ZX8A 2G3JA 1N82A 1F4HA 2VJXA 1TA3B 5FKYA 2O92A 2OYKA 1JZ3A 4D1JA 5IHSA 3CIVA 2ZE0A 3FN9A 1ODUA 3WKZA 1WPCA 3WDHA 2NT0A 2BNJA 1UQZA 1C93A 4MDPA 4C91A 5JUVA 4ZXLA 3EMZA 3GTNA 1E4MM 2BY1A 3B9EA 4HMEA 1M7XA 3POHA 4OZOA 2J25A 2OLHA 2DT1A 1CXKA 2E3ZA 2XSAA 3W25A 2BFGA 1W9UA 3OLEA 4W87A 3UG5A 1TE1A 3E1F1 3DYPA 1ZU8A 4C90A 5E6ZA 2VUYA 3NCOA 2UY3A 3WN6A 1E4LA 3WUBA 3CMJA 2D22A 4CU8A 4Z2HA 2J74A 1WDSA 3KL5A 2CBVA 3BC9A 4OOZA 3WNNA 4H7VA 4JKMA 4GZEA 4HZ6A 1VFMA 4CCCA 1V6YA 5DMYA 4DUWA 3AYRA 4Z2IA 4UFMA 5D8ZA 1U33A 1HVXA 1K9EA 5A8OA 2E40A 4P7RA 1UQYA 2GJRA 3T2OA 3SUTA 3PTKA 3BCDA 2E8YA 1GQKA 2BY3A 2UWFA 3SCSA 4DWSD 4A3YA 2JFEX 3CUJA 4BCEA 4Z2GA 3WNMA 3WDRA 4AEEA 1FH8A 2GVYA 2W66A 3MMDA 3KZSA 2WC3A 3WUFA 2XVNA 5EB8A 1XCWA 1KQYA 1LF1A 4PTWA 4CD4A 3WMBA 2WMHA 5ECUA 1GOIA 2BVDA 1ZBCA 2EEXA 4XUYA 5A6AA 1CNVA 4DM2A 5BRQA 1ITXA 1KBBA 3AMLA 1PX4A 3G6LA 2VVSA 3N9KA 1NP0A 3ARXA 5IFPA 1GHRA 1UWSA 3NYDA 3PZMA 4FLQA 4AD1A 3L2MA 4IPNB 1TVPA 1UH3A 1BYBA 3L4YA 1QI2A 5F7UA 3F5KA 3AXXA 3GXDA 3CHDA 2Z1SA 1KXVA 1JG9A 1RD6A 4UZUA 3AHYA 5D4YA 4DUXA 5BROA 2ZOXA 3PZIA 4HPGA 4FLRA 4AZ6A 2EPNA 1BQCA 4HP5A 1QNSA 1C8XA 4AY1A 1E71M 4TVUA 1LJYA 3OIHA 5BXSA 3IAPA 1JNEA 1AQMA 2C7FA 1JD9A 3OZPA 4QFUA 1D7FA 3VX0A 3AS0A 3W26A 4J3TA 3ALGA 4AD2A 4AIEA 5D9OA 1Y7VA 1E72M 2CPUA 3CZJA 4B16A 5FIPA 2NW0A 1TFVA 1V3HA 1ESWA 1UOKA 4BA0A 1WCGA 1GZJA 1FHDA 2VZVA 1C90A 3A4WA 1GJWA 1ITCA 2F61A 1WZKA 1Q6EA 3MMUA 3FAWA 1E1EA 3WEMA 1BVZA 4ACYA 4LX4A 2A3EA 4UFIA 3SEPA 1NM9A 2CNCA 3GXFA 1B90A 2D3LA 4AD0A 2DT2A 5A8QA 2X8RA 2XFRA 4P7OA 3MSDA 1CXEA 2QMKA 3TA9A 2G8ZA 5FL1A 4UQBA 1OBAA 5LA2A 4JHOA 3S6TA 4URIA 2BS9A 2BY2A 1UG6A 4TX8A 3VTRA 2CESA 2VX4A 2QMJA 2YL9A 4W93A 5AYBA 3T08A 4BQ2A 2YL8A 3W6LA 5M3WA 4U2ZA 1BHGA 1MQPA 3L4VA 4BQ3A 3PZ9A 1B31A 2CYGA 4S3JA 4AZCA 3CZLA 1BAGA 3THDA 4GQQA 4HU8A 3VMOA 2DSWA 1SR0A 1U2YA 3MSGA 1UKSA 4PMYA 3CHCA 2XYLA 4AZCB 1BG9A 3L4TA 1OB0A 3T0AA 3VIGA 3WH7A 4HTYA 5EMYA 2VR4A 2GJXB 4PRWA 3QHMA 1W1YA 1QBAA 3VIJA 4AISA 2OSYA 5IHRA 1HIZA 4KGLA 4OUEA 1VFFA 2MANA 1VRXA 4CD5A 1GORA 3MANA 2WC4A 5CLWA 4AEFA 4GO8A 2DH3A 2IXVA 1UUQA 1E15A 1XC6A 3IJ8A 3F5LA 5DF0A 3AMGA 1JGIA 2W92A 4AIUA 2ZUMA 1R8LA 3CO4A 2RGLA 1JZ8A 3AZSA 3ZM8A 1FP8A 3CUGA 4JZ5A 3KE0A 1TZ7A 4TVDA 5GPRA 2Y24A 1E6ZA 2XGBA 3BH4A 5KEZA 3I3EA 4B9YA 1BYDA 3IK2A 4AD5A 3WQ5A 1J9YA 1GQJA 3FXYA 4W7WA 1PEZA 3AHVA 3VX1A 1KXHA 4D6DA 2ZX5A 1H41A 3TONA 3U7VA 3QOMA 1QVBA 3K1DA 4MB4A 1DWJM 1JDDA 2YL6A 3AIEA 5JBEA 2EPOA 1GVIA 4PMQA 1VIWA 3MU7A 4AZ7A 1R7AA 1XHGA 2CETA 5I79A 4Z2KA 3VGFA 3GNOA 4PMNA 4ZENA 4UQAA 5A69A 1JAKA 1V3JA 3ARZA 4GIAA 3EMQA 4WKHA 4FLOA 1B3XA 1B3WA 3U5UA 4GXPA 4GI8A 4JCMA 3VM7A 2W4XA 1HKJA 3TTOA 1R86A 4QDMA 4JKKA 2EJ1A 2JALA 4P8UA 2E9MA 2VC9A 2DT3A 4LYRA 4K68A 3CPUA 1CLXA 1PAMA 1K9FA 2YA1A 4PUDA 1MXDA 1VBUA 4PTMA 4ATLA 4H2CA 3WQWA 5FD0A 3NSXA 1W91A 1PX8A 1VENA 1KB3A 4P8VA 3VUPA 2J62A 1H2JA 1EGZA 4GINA 1GVYA 3AFBA 4QLLA 5CGTA 4F8XA 1KGWA 3HMCA 3PZTA 2X1IA 1J0KA 2WLYA 2WNWA 5HPCA 4L4OA 1GOMA 2X0YA 5JBFA 3GDBA 2CHOA 1J12A 3BSGA 3ZT5A 1DP0A 2CEQA 4E8CA 3UEQA 1JZ7A 5E0CA 5CSUA 2VX7A 2G41A 2WB5A 1W9PA 3RMEA 2WMJA 2VRJA 1YHTA 2D0FA 1H3GA 1F4AA 4M81A 4AZIA 1HKMA 1V03A 1JAEA 3B8SA 1QPKA 2DIJA 3A4AA 3K4AA 4M82A 2OWCA 4TVCA 2OSXA 5HOSA 1OM0A 1K9TA 1MFUA 1Q4NX 1HKKA 1JYVA 3GBEA 1HP4A 4UQEA 4W8LA 5IXEA 1E3ZA 4L4PA 2VCAA 2FHFA 1PIFA 2C8NA 3N17A 4JFSA 5A6BD 2NT1A 1ODZA 4JCLA 2A3AA 4PCSA 4MTVA 2ZUWA 1R7OA 5I5RA 5ABFA 1E6RA 1V3IA 3RJYA 3K8LA 4CD8A 1XV8A 2DH2A 4W85A 1EO5A 1AVAA 2D3NA 3VGHA 3VDCA 1HP5A 4UFLA 2VNCA 4V27A 4C7FA 3WH6A 3EDEA 3CZKA 3CGTA 1BTCA 1WDPA 3EDJA 2WMFA 1K9DA 3WF3A 4MNJA 2FGZA 6TAAA 1G1YA 2CKRA 4W8AA 1NH6A 1QHOA 1GUVA 1U30A 5DT7A 1OGGA 1TR1A 3WD0A 5C8BB 4JL2A 4B15A 1MFVA 3VD3A 3TTYA 1Z32X 2BVTA 3BGAA 2J7EA 1W3HA 3OLDA 1E55A 1OIFA 1FA2A 2VO5A 5BWFA 1DWIM 3DYOA 4PMVA 5A2CA 2AMGA 4TTUA 3EYPA 3KEHA 3EDFA 3ZR5A 2DT0A 4EAMA 1W3LA 2EPLX 3SCNA 1ISZA 1KXTA 3NIYA 3THCA 4U2YA 1HJXA 1ZBKA 2XHYA 4PSRA 3ZSSA 1UKTA 3WD1A 3LPFA 3MV11 3DC0A 3AI0A 4CU6A 1DTUA 3VIFA 1MW2A 2WLZA 1RPKA 1JYNA 1BGGA 2Q8XA 4CVWA 5EFDA 2J4GA 1QNOA 3SCPA 4EKJA 3JUGA 1HT6A 3FW6A 1W3KA 1HX0A 2D2OA 3QHOA 1VFUA 2BY0A 3W4RA 5ABHA 3UR7A 2PBOA 3CUIA 2E0PA 2CKSA 3BAIA 4MPKA 2XFYA 4IUGA 2V38A 2WKGA 3SIMA 1NP2A 1WZMA 3WNKA 3M07A 4RE2A 2GDVA 1CGTA 4MB1A 3ZT7A 2GDUA 2WBKA 5HNNA 2VR5A 3BAYA 3OLGA 2ZICA 3SCTA 4NI3A 3ZO9A 1J11A 1J18A 2ZXDA 5M5DA 1IZJA 1CYGA 1GNXA 1PPIA 4OKDA 1JF6A 5DEZA 2D20A 3W6MA 3IJ7A 3B9AA 1W9BM 1J0IA 3PZVA 2CERA 1QHZA 4P8WA 4GZIA 2J79A 1ZBVA 3AS1A 2XIIA 3N1AA 3WMSA 3PZOA 4OBRA 1QBBA 3PZNA 1PIGA 2YA2A 1WDRA 4TTGA 1OINA 4Y7EA 1C91A 1GONA 1KWGA 5DFAA 3K8MA 2EXOA 4NRRA 1UKOA 3WQ8A 3PTMA 3SCOA 1G94A 1E6XM 2JE8A 1V0KA 4RL3A 2O9TA 3ZR6A 3TOPA 4X9YA 1SFSA 2VCCA 1B3VA 2WANA 1EIBA 3ZT6A 4TX6A 3ZIZA 4ZE5A 4MNMA 3WF2A 1XYFA 4XZBA 1RP9A 2WXDM 3GXMA 1EH9A 3VMNA 2CHNA 2VX6A 3EBVA 3W37A 4M8UA 1FFRA 1UWIA 4CN6A 2CBUA 1E1FA 2ZWZA 3RM4A 1B30A 1JIBA 4PTVA 4Q7NA 3F5JA 2AAAA 2X05A 3ZJ7A 3HU7A 3VO0A 4ZEPA 1NQ6A 4PMDA 3MS8A 2PI6A 4JIEA 4CKQA 2HISA 3N18A 4DWSA 2YA0A 1E0WA 2X2YA 1HJSA 2XM1A 1FH7A 3CUHA 3ARYA 2JIEA 2J7CA 4TUFA 3PBGA 1HJWA 1W1PA 3PZUA 4W84A 4PMXA 1UHVA 1G9HA 4UOZA 3MMWA 4GI6A 5I78A 4XV0A 2FGLA 5A2BA 1R87A 1WZAA 4MJ4A 4YHGA 3GXIA 4CN1A 2WAGA 5BXTA 4AZBA 2E9BA 3A4XA 3LPGA 2WMIA 1OIMA 3QGVA 5AY7A 2YDQA 5A8PA 1BPLB 1M04A 1ZJBA 5D9MA 1VFOA 4BF7A 3D3AA 4AIOA 3WNPA 4LQ1A 2WZEA 1NWSA 3VIOA 1WKYA 2IXUA 3W82A 4PMUA 1DWGM 5FOOA 1JFXA 4QLJA 2VQUA 5E9AA 3ARTA 1K6AA 5D9PA 1UZ1A 4J3SA 2WCAA 2VT0A 1FP9A 2WMIB 1EHNA 2XVLA 1NWRA 3ARQA 2VZUA 2DGAA 2W5FA 2Y8KA 4J3UA 3I3DA 2WHKA 2UY4A 1BSIA 1CWYA 1VEPA 2WBGA 3WF1A 3KL3A 5E0FA 4MADA 1NOWA 1UA7A 3N13A 4W88A 2YDRA 4P7QA 1C3FA 4PEEA 2ZUVA 5I3DA 1FFQA 2E4TA 3RO8A 1ZJAA 3WF0A 1CGYA 1E56A 2WVVA 1QI3A 3J7HA 2BV9A 1W1VA 4GO9A 1OSEA 2FDMA 1V02A 5HXMA 3ZSTA 3BAXA 3AISA 1M03A 2B31A 3VDAA 1JYWA 1HN1A 3VIIA 2WVVB 4NZCA 1VF8A 1ZBWA 1NARA 1XD1A 4R5EA 2VURA 3AIVA 2OWXA 4CD6A 4AD3A 2WCGA 3RCNA 4PUEA 2VX5A 5CSYA 3GM8A 1V6WA 1UYQA 5FCZA 3ZJ8A 1CZ1A 5TD4A 3W29A 4J7RA 1YQ2A 2G3NA 4BS0A 1WAWA 3AIBA 4PCTA 4P8XA 4D71A 1LL6A 5A6MA 3OGSA 3WUEA 1TG7A 4H8UA 2NSXA 1S46A 2GK1A 1IT0A 1WE5A 1EHAA 4J28A 3W81A 4AYSA 4B9ZA 4JFVA 1EXPA 5DT5A 1XYZA 1QI0A 2GUYA 4AXNA 1DWAM 1MVYA 3BAKA 3B9DA 3FNDA 4J3WA 3AS3A 2V3DA 2ZUSA 3O9NA 1UWUA 1TCMA 2Y8VA 1KCKA 1TUXA 5M03A 5A94A 1SYTA 3CZ8A 1JYXA 1E4IA 4PMZA 2O9OA 1KCLA 3W28A 4W5ZA 3RJXA 4WIWA 2BXZA 5M17A 4D6GA 5A2AA 2D1ZA 4MB3A 4M24A 2D0HA 4U31A 1BYAA 4C7GA 3WL0A 4TOQA 2OSWA 7TAAA 8CGTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 5CQ1 A;  4ZFM A;  3WDJ A;  2BVY A;  1GHS A;  1RP8 A;  4U33 A;  1I1W A;  3HJE A;  2PWH A;  1C8Y A;  4MNL A;  4CUC A;  1H11 A;  2CBI A;  4HA4 A;  2EO7 A;  2Y4S A;  2O9P A;  2VVN A;  3EDK A;  3WEO A;  4OIF A;  4CCD A;  4E4P A;  3VNZ A;  1M53 A;  2W63 A;  7CGT A;  1OGB A;  5I24 A;  2WZH A;  1UWR A;  3AMD A;  3TP4 A;  1L8N A;  3AMK A;  1PBG A;  3VDH A;  3ZJ6 A;  1QI4 A;  2ZXQ A;  4P7N A;  1M01 A;  3VOC A;  3IAN A;  3CBW A;  5BCA A;  1W3J A;  5ABE A;  4D1I A;  1LLO A;  2WZI A;  1H09 A;  4V2X A;  2G3M A;  1E6Q M;  1KR0 A;  3WUG A;  1XCX A;  2ESC A;  5I77 A;  2BXY A;  4CU7 A;  2V3F A;  3IJ9 A;  2WSP A;  1JXJ A;  4PMR A;  2AOS A;  4AZH A;  1KBK A;  2WVT A;  2XSB A;  1J0H A;  1MYR A;  3VIH A;  3SCV A;  2J47 A;  2PWE A;  1WP6 A;  4IPL A;  1E3X A;  3WD4 A;  3HN3 A;  1DHK A;  3UCQ A;  1KXQ A;  1E6S M;  3GH4 A;  5CG0 A;  8A3H A;  3PN8 A;  1WZL A;  1RH9 A;  4JFU A;  4WK9 A;  1HKI A;  3AIC A;  3CHF A;  2VZO A;  2WYS A;  1UD8 A;  3VPL A;  1CXF A;  1WO2 A;  3GNR A;  2VQT A;  5GQB A;  3BAW A;  1QOX A;  4AWE A; 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